Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 1023/2011
2C 1024/2011

Arrêt du 10 mai 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Zünd, Président,
Karlen et Donzallaz.
Greffière: Mme Cavaleri Rudaz.

Participants à la procédure
X.________,
représenté par Me Dominique Morand, avocat,
recourant,

contre

Service cantonal des contributions du canton du Valais.

Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct 2004 - 2006,

recours contre la décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 20 avril 2011.

Faits:

A.
En 1983, X.________, domicilié à A.________, a constitué avec d'autres partenaires la société en nom collectif "B.________", dont le siège social est à A.________ (ci-après: la SNC), société ayant pour but la promotion, la construction et l'exploitation de l'ensemble du complexe de B.________. La société a réalisé ce complexe comprenant un hôtel, des appartements et des bains thermaux, et l'a dans un premier temps exploité elle-même.

En 1994, suite notamment au décès de l'un des partenaires et dans le but de clarifier les engagements bancaires, les associés ont envisagé de restructurer la SNC et de procéder à une scission des activités de cette dernière. Plus exactement, il était envisagé le transfert à une société anonyme à créer, des actifs et des passifs concernant les bains thermaux ainsi que le transfert de l'exploitation de ces bains à dite société, la SNC conservant l'activité hôtelière et immobilière.

Dans le cadre de ce projet, la SNC, par son mandataire la Fiduciaire C.________ SA à D.________, a pris contact avec le Service cantonal des contributions (ci-après: le Service cantonal) pour discuter des aspects fiscaux de cette restructuration. Par lettre du 19 décembre 1994, la Commission d'impôt du district de A.________ a confirmé à la SNC sa position en ce qui concernait le traitement fiscal du projet.

Par acte du 22 mars 1996, la SNC et ses divers associés ont constitué une nouvelle société anonyme sous la raison sociale "B.________ SA" (ci-après: la SA) de siège social à A.________, société ayant pour but la promotion, la construction, l'exploitation de l'ensemble du complexe de B.________, la mise en valeur des terrains de la société pour la création de logements et d'hôtels, etc. Le capital-action de la nouvelle société anonyme s'élevait à Fr. 2'500'000.-. Il était libéré intégralement par un apport en nature des actifs et passifs se rapportant aux bains thermaux ainsi que par un versement en espèce de Fr. 1'000'000.-. Les actions étaient souscrites pour la quasi-totalité par la SNC, les associés de celle-ci n'en souscrivant qu'une seule chacun. Elles ont par la suite été cédées aux divers associés de celle-ci, X.________ détenant depuis cette cession une participation de 25%.

Suite à cette restructuration, la SNC avait convenu avec la SA le versement en faveur de cette dernière d'une contribution par m2 de plancher vendu sur les promotions effectuées, ceci en raison de l'attrait présenté par la proximité des bains thermaux.

Par convention des 2 et 3 décembre 2004, avec entrée en vigueur au plus tard le 31 janvier 2005, X.________ a cédé cette participation de 25% à ses partenaires pour le prix de Fr. 4'000'000.-. Par deuxième convention des mêmes jours, il a également cédé à ses partenaires sa participation à la SNC pour un montant de Fr. 2'200'000.-, auquel s'ajoutait un montant supplémentaire de Fr. 62'750.- comprenant les honoraires d'administration 2004 ainsi que la participation à des ventes conclues en 2004 mais non encore inscrites au Registre foncier.

B.
Dans la première partie de l'année 2008, le Service cantonal a fait procéder à un contrôle des comptes de X.________ pour les années 2004 à 2006.

Le rapport de contrôle proposait notamment d'opérer les reprises suivantes:
Sur l'exercice 2004, reprise de Fr. 106'270.- concernant la part de X.________ aux résultats de la SNC;
Sur l'exercice 2005, reprise de Fr. 3'020'553.- sur le bénéfice de sortie de la SNC et le bénéfice de vente des actions de la SA, étant relevé notamment que le recourant n'avait pas comptabilisé le bénéfice provenant de la vente des actions de la SA, bénéfice s'élevant à Fr. 3'375'000.- avant déduction des cotisations sociales.
Par décisions des 3, 8 et 9 juillet 2008, la Commission d'impôt de district a suivi les propositions de l'expert. Pour la période 2004, le revenu net imposable était fixé, compte tenu des autres revenus et des déductions ordinaires, à Fr. 387'459.- en matière d'impôts cantonal et communal, et à Fr. 4'679'177.- en matière d'impôt fédéral direct. De plus, les bénéfices de sortie de la SNC et de la vente des actions de la SA, arrêtés à un montant total de Fr. 4'437'900.-, étaient soumis à une imposition annuelle séparée en matière d'impôts cantonal et communal, au sens de l'art. 63 de la loi fiscale cantonale du 10 mars 1976 (LF; RS/VS 642.1).

Sur réclamation de X.________ du 31 juillet 2008, la Commission d'impôt de district modifia la taxation pour l'année 2005 en matière d'impôts cantonal et communal, en intégrant à la taxation ordinaire le bénéfice de la vente des actions de la SA. Le revenu net imposable en matière d'impôts cantonal et communal pour l'année 2005 était ainsi fixé à Fr. 4'686'876.- par nouveau bordereau du 14 avril 2009 confirmé par décision sur réclamation du 27 avril 2009.

Le 27 mai 2009, X.________ a interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale (ci-après: la Commission cantonale), concluant à l'annulation de la reprise de Fr. 106'270.- effectuée sur l'année 2004, à l'exonération de tout impôt sur le bénéfice provenant de la vente des actions de la SA, et à l'application de l'art. 63 al. 3 LF en ce qui concerne l'imposition du bénéfice de sortie de la SNC en matière d'impôts cantonal et communal pour 2005.

Par décision du 20 avril 2011, notifiée le 9 novembre 2011, la Commission cantonale a partiellement admis le recours. Elle a fixé le revenu net imposable pour l'année 2004 à Fr. 273'402.- en matière d'impôt fédéral direct et à Fr. 281'189.- en matière d'impôts cantonal et communal. Pour l'année 2005, elle a fixé le revenu net imposable à Fr. 4'752'483.- en matière d'impôt fédéral direct et à Fr. 4'760'182.- en matière d'impôts cantonal et communal.

C.
Par acte du 9 décembre 2011, X.________ a formé recours devant le Tribunal fédéral, concluant principalement à l'annulation de la décision du 20 avril 2011. Le recourant conteste l'attribution à la fortune commerciale de ses parts dans la société B.________ SA. Il soutient que les actions de la SA appartiennent à sa fortune privée, et que par conséquent, le gain réalisé par leur aliénation est exonéré d'impôt. A l'appui de son recours, il invoque les garanties constitutionnelles de protection de la bonne foi et du droit d'être entendu. Il se plaint également de l'application arbitraire du droit cantonal.

Invités à se prononcer sur le recours, la Commission cantonale a produit des observations en date du 1er février 2012, tandis que le Service cantonal des contributions a renoncé à répondre.

L'administration fédérale des contributions a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:

1.
La Commission de recours a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher aux recourants d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans leur recours au Tribunal fédéral (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Comme il ressort des griefs que l'affaire devrait être renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision, l'acte est conforme aux exigences posées par la jurisprudence et la doctrine (cf. ATF 130 II 509 consid. 8.3 p. 511 s., précisé par l'ATF 135 II 260 consid. 1.3 p. 262 ss; Laurent Merz, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2e éd. 2008, n° 16 ad art. 42). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C 1024/2011), l'autre l'ICC (2C 1023/2011). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les
deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
LTF et 24 PCF).

2.
Dirigé contre un arrêt final (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF), le recours a été rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 LF). Le recours a, en outre, été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes requises (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF). L'arrêt querellé concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé pour lesquels la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF. L'art. 146
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD. L'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) fait de même pour l'ICC, l'imposition du revenu étant une matière harmonisée au Titre 2, art. 7 ss
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 7 Principe - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative.16 Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée.17 18
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques, en particulier le produit d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, le rendement de la fortune y compris la valeur locative de l'habitation du contribuable dans son propre immeuble, les prestations d'institutions de prévoyance professionnelle ainsi que les rentes viagères. Quel que soit leur montant, les frais de formation et de formation continue15 à des fins professionnelles assumés par l'employeur, frais de reconversion compris, ne constituent pas des revenus imposables. Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.) sont imposables à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participatio
1bis    En cas de vente de droits de participation, au sens de l'art. 4a de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé19, à la société de capitaux ou à la société coopérative qui les a émis, le revenu de la fortune est considéré comme étant réalisé dans l'année pendant laquelle la créance d'impôt prend naissance (art. 12, al. 1 et 1bis, de la LF du 13 oct. 1965 sur l'impôt anticipé).20
1ter    Les rendements versés, en cas de vie ou de rachat, d'assurances de capitaux susceptibles de rachat et acquittées au moyen d'une prime unique sont imposables, sauf si ces assurances servent à la prévoyance. La prestation d'assurance est réputée servir à la prévoyance lorsqu'elle est versée à un assuré de 60 ans révolus, en vertu d'un contrat qui a duré au moins cinq ans et qui a été conclu avant le 66e anniversaire de ce dernier. Dans ce cas, la prestation est exonérée.21
2    Les rentes viagères et les revenus provenant de contrats d'entretien viager sont imposables à raison de 40 %.22
3    Chacun des investisseurs ajoute à ses propres éléments imposables sa part du revenu de placements collectifs au sens de la loi du 23 juin 2006 sur les placements collectifs (LPCC)23; le revenu des parts de placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe est uniquement imposable lorsque l'ensemble des revenus du placement excède le rendement de ces immeubles.24
4    Sont seuls exonérés de l'impôt:
a  le produit de l'aliénation des droits de souscription, lorsque les droits patrimoniaux font partie de la fortune privée du contribuable;
b  les gains en capital réalisés sur des éléments de la fortune privée du contribuable. L'art. 12, al. 2, let. a et d, est réservé;
c  les dévolutions de fortune ensuite d'une succession, d'un legs, d'une donation ou de la liquidation du régime matrimonial;
d  les versements provenant d'assurances de capitaux privées susceptibles de rachat, à l'exception des polices de libre-passage. L'al. 1ter est réservé;
e  les prestations en capital versées par l'employeur ou par une institution de prévoyance professionnelle lors d'un changement d'emploi, lorsque le bénéficiaire les réinvesti dans le délai d'un an dans une institution de prévoyance professionnelle ou les utilise pour acquérir une police de libre-passage;
f  les subsides provenant de fonds publics ou privés;
g  les prestations versées en exécution d'une obligation fondée sur le droit de la famille, à l'exception de la pension alimentaire que le conjoint divorcé, séparé judiciairement ou de fait obtient pour lui-même et des contributions d'entretien que l'un des parents reçoit pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale;
h  la solde du service militaire et l'indemnité de fonction pour service de protection civile, ainsi que l'argent de poche des personnes astreintes au service civil;
hbis  la solde des sapeurs-pompiers de milice, jusqu'à concurrence d'un montant annuel déterminé par le droit cantonal, pour les activités liées à l'accomplissement de leurs tâches essentielles (exercices, services de piquet, cours, inspections et interventions, notamment pour le sauvetage, la lutte contre le feu, la lutte contre les sinistres en général et la lutte contre les sinistres causés par les éléments naturels); les indemnités supplémentaires forfaitaires pour les cadres, les indemnités supplémentaires de fonction, les indemnités pour les travaux administratifs et les indemnités pour les prestations fournies volontairement ne sont pas exonérées;
i  les versements à titre de réparation du tort moral;
k  les revenus perçus en vertu de la législation fédérale sur les prestations complémentaires à l'assurance-vieillesse, survivants et invalidité;
l  les gains provenant des jeux de casino exploités dans les maisons de jeu et autorisés par la loi fédérale du 29 septembre 2017 sur les jeux d'argent (LJAr)29, pour autant que ces gains ne soient pas issus d'une activité lucrative indépendante;
lbis  les gains unitaires jusqu'à concurrence d'un montant d'un million de francs ou du montant supérieur fixé dans le droit cantonal provenant de la participation à un jeu de grande envergure autorisé par la LJAr et de la participation en ligne à des jeux de casino autorisés par la LJAr;
lter  les gains provenant d'un jeu de petite envergure autorisé par la LJAr;
m  les gains unitaires jusqu'au seuil fixé dans le droit cantonal provenant de jeux d'adresse ou de loteries destinés à promouvoir les ventes qui ne sont pas soumis à la LJAr selon l'art. 1, al. 2, let. d et e, de cette loi.
n  les revenus perçus en vertu de la loi fédérale du 19 juin 2020 sur les prestations transitoires pour les chômeurs âgés34.
LHID.

3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
ainsi que 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Sauf dans les cas cités expressément par l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 137 V 143 consid. 1.2 p. 145; 137 V 57 consid. 1.3 p. 60; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521/522; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Il appartient toutefois au recourant d'invoquer ce grief et de le motiver d'une manière suffisante (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; ATF 137 V 57 consid. 1.3 p. 60; 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254).

4.
Le recourant reproche à l'instance précédente d'avoir conclu au caractère commercial de la participation dans la SA sans s'être déterminé sur chacun de ses arguments.

4.1 Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de nature formelle ancrée à l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 p. 285), de sorte qu'il convient de commencer par son examen.

Le droit d'être entendu comprend notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Celle-ci n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.2 p. 236).

4.2 La Commission cantonale a conclu au caractère commercial des actions de la SA en se basant sur les faits suivants:

- les participations du recourant à des sociétés dans le domaine de l'immobilier se rattachent à son activité lucrative indépendante dans le même domaine;
- la SA est issue des activités de la SNC, son capital-action a été libéré à concurrence de Fr. 1'500'000 par un apport en nature provenant de la SNC et ses actions étaient à l'origine détenues en quasi-totalité par la SNC elle-même;
- les participations du recourant se rattachent de manière générale à l'exercice d'une activité immobilière.
Motivée par les faits retenus, la décision est suffisamment claire pour que le recourant puisse la comprendre et l'attaquer, ce qu'il a fait en contestant l'appartenance des actions à la fortune commerciale, de sorte que le grief de violation de l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. est rejeté.

5.
Découlant directement de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636; 130 I 26 consid. 8.1 p. 60). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (1) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (2) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (3) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637 et les références, en particulier ATF 99 Ib 94
consid. 4 p. 101 s.).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables; le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée en ce domaine, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 5 Principes de l'activité de l'État régi par le droit - 1 Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
1    Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
2    L'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé.
3    Les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi.
4    La Confédération et les cantons respectent le droit international.
et 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; arrêt 2C 99/2010 du 6 septembre 2010 consid. 4.1; Danielle Yersin, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires n° 77; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 6ème éd. 2002, p. 28 et les références).
Comme l'indique le recourant, les associés de la SNC se sont adressés au Service cantonal avant de procéder à la scission de la SNC avec la création d'une nouvelle SA afin de s'assurer de la neutralité fiscale de l'opération. Le recourant prétend que la réponse dudit service lui garantissait l'appartenance des actions à sa fortune privée.

Si l'autorité s'est bel et bien prononcée dans une situation concrète, celle-ci concernait un état de fait différent que celui dont est recours en l'espèce. En effet, il s'agissait alors pour les associés d'obtenir confirmation de l'absence d'imposition en bénéfice de liquidation sur les apports faits à la SA en constitution, et de l'admissibilité d'une convention en vue du versement d'une contribution à la SA en constitution afin de défalquer les bénéfices immobiliers de la SNC. Comme l'admet lui-même le recourant, cette situation vise une restructuration codifiée désormais par l'art. 19
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
LIFD, visant un rappel d'impôt sur les réserves latentes transférées, dans la mesure où les droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré. Le contribuable est la société à l'origine du transfert.

En revanche, le présent recours a pour objet la contestation de l'appartenance à la fortune commerciale des participations du recourant, une personne physique, au sens de l'art. 18
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD. Il s'agit de la vente des participations du contribuable. Ni la personne du contribuable, ni les faits à l'origine du transfert d'actions ne sont identiques à ceux sur lesquels reposait la détermination de l'autorité. Le recourant ne peut se prévaloir du principe de la bonne foi de l'administration dès lors que la première des conditions cumulatives à son application fait défaut.
I. Impôt fédéral direct

6.
Le recourant conteste le caractère commercial de sa participation aliénée dans la SA.

6.1 En principe, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 16 - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques.
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques.
2    Sont aussi considérés comme revenu les prestations en nature de tout genre dont bénéficie le contribuable, notamment la pension et le logement, ainsi que les produits et marchandises qu'il prélève dans son exploitation et qui sont destinés à sa consommation personnelle; ces prestations sont estimées à leur valeur marchande.
3    Les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée ne sont pas imposables.
LIFD). Sont exonérés d'impôt, selon l'art. 16 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 16 - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques.
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques.
2    Sont aussi considérés comme revenu les prestations en nature de tout genre dont bénéficie le contribuable, notamment la pension et le logement, ainsi que les produits et marchandises qu'il prélève dans son exploitation et qui sont destinés à sa consommation personnelle; ces prestations sont estimées à leur valeur marchande.
3    Les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée ne sont pas imposables.
LIFD, les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée. L'art. 18 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD prévoit que tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont imposables. Font partie des revenus provenant de l'activité lucrative indépendante, selon l'art. 18 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD, tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale.

Selon la jurisprudence, la distinction entre un gain privé en capital (non imposable sur le revenu) ou un bénéfice commercial en capital provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante (imposable sur le revenu), dépend des circonstances concrètes du cas (cf. arrêts 2C 349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2; 2C 893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète toutefois largement, de telle sorte que sont seuls considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée. En revanche, si l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante dont les bénéfices en capital sont imposables. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et/ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale, et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire, voire même ponctuelle (arrêts 2C 455/2011 et 2C 456/2011 du 5 avril
2012 consid. 5.1 et les références citées). Les éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante sont pour leur part considérés comme des actifs commerciaux (cf. ATF 125 II 113 consid. 6c/bb p. 126 s.).

C'est avant tout en lien avec les transactions effectuées par les particuliers sur des immeubles ou sur des titres que la jurisprudence a été amenée à dégager des critères permettant de tracer la limite entre les gains (privés) en capital et les bénéfices (commerciaux) en capital (arrêt 2C 893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). Elle a notamment considéré que valent comme indices d'une activité lucrative indépendante dépassant la simple administration de la fortune privée les éléments suivants: le caractère systématique et/ou planifié des opérations, la fréquence élevée des transactions, la courte durée de possession des biens avant leur (re)vente, la relation étroite entre l'activité indépendante (accessoire) supposée et la formation et/ou la profession (principale) du contribuable, l'utilisation de connaissances spécialisées, l'engagement de fonds étrangers d'une certaine importance pour financer les opérations, le réinvestissement du bénéfice réalisé ou encore la constitution d'une société de personnes. On peut aussi mentionner l'utilisation effective du bien et le motif de son aliénation. Chacun de ces indices peut conduire, en concours avec les autres voire même - exceptionnellement - isolément s'il revêt une intensité
particulière, à la reconnaissance d'une activité lucrative indépendante (arrêts 2C 455/2011 et 2C 456/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées). En outre, l'absence d'éléments typiques d'une telle activité dans un cas concret peut être relativisée par d'autres circonstances revêtant une intensité particulière (cf. ATF 125 II 113 consid. 3c p. 118 et 6a p. 124; arrêt 2C 893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). En tout état, les circonstances concrètes du cas sont déterminantes, telles qu'elles se présentent au moment de l'aliénation (arrêts 2C 455/2011 et 2C 456/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées).

6.2 En ce qui concerne les droits de participation, ceux-ci ressortissent à la fortune commerciale lorsqu'il existe un rapport économique étroit entre la participation à la société anonyme et les autres affaires menées par le contribuable. Ce rapport doit en particulier être admis si la participation a été acquise dans un but commercial ou si l'acquéreur exerce une influence prépondérante sur la société en cause, qui correspond à ses propres activités commerciales ou les complète judicieusement, lui permettant ainsi d'étendre ses propres activités commerciales (arrêt 2A.431/2000 du 9 avril 2001 consid. 4, in ASA 71, 288). Le Tribunal fédéral a jugé en particulier que des droits de participation qu'un architecte exerçant une activité accessoire de commerçant d'immeubles détenait dans une société anonyme qui devait réaliser un important projet immobilier appartenait à sa fortune commerciale. L'aliénation de ces participations constituait par conséquent un bénéfice en capital imposable (arrêt 2A.547/2004 du 22 avril 2005 in StE 2006 B 23.2 n° 31). Une participation majoritaire n'est cependant pas requise pour l'attribution des participations à la fortune commerciale (cf. arrêt 2A.168/1998 du 3 septembre 1999).

6.3 En l'espèce, la SA est issue de la scission des activités de la SNC, qui lui a transféré les actifs et passifs concernant les bains thermaux ainsi que l'exploitation de ces bains. Son but social est la promotion, la construction, l'exploitation de l'ensemble du complexe des B.________, la mise en valeur des terrains de la société pour la création de logements et d'hôtels, etc. Le capital action de la nouvelle société anonyme a ainsi été intégralement libéré par un apport en nature des actifs et passifs provenant de la SNC se rapportant aux bains thermaux, ainsi que par un versement en espèces de Fr. 1'000'000. Les actions étaient souscrites pour la quasi totalité (2496 sur 2500) par la SNC, les associés n'en souscrivant qu'une seule chacun. L'existence d'un contrat de fiducie n'a pas été établie. Il était de plus convenu que la SA recevrait de la SNC une contribution par m2 de plancher vendu sur les promotions effectuées par cette dernière. Les actions ont par la suite été cédées par la SNC aux associés de celle-ci, le recourant détenant depuis cette cession une participation de 25%. Il est en outre admis que le recourant exerçait parallèlement une activité indépendante de courtier immobilier.

Au vu de ces circonstances objectives, c'est à bon droit que l'instance précédente a conclu à l'attribution des actions au patrimoine commercial du recourant. Contrairement à la jurisprudence citée par celui-ci, la SA est directement issue de la scission de la SNC, dont les buts sont similaires. Les opportunités d'hébergement liées au thermalisme sont à tel point liées au développement des bains qu'il faisait sens, à l'origine, de les regrouper au sein d'une même entité. La convention prévoyant le versement à la SA d'une contribution par m2 de surfaces de promotions immobilières réalisées par la SNC atteste également de l'intérêt du développement de la SNC pour la SA, le tout constituant un même complexe immobilier. Réciproquement, la SNC bénéficiait de prix de vente élevés en raison de la proximité immédiate des bains. Il n'est d'ailleurs ni contesté ni contestable que la participation du recourant à la SNC relève de sa fortune commerciale. Le choix de la SNC de réduire son bénéfice par le biais de cette convention dont on perçoit l'intérêt fiscal est sans incidence, dans le cas d'espèce, sur l'appréciation qui précède.
II. Impôt cantonal et communal

7.
Dans le cadre du droit fiscal harmonisé qui régit l'imposition directe aux niveaux fédéral, cantonal et communal (cf. consid. 1 ci-dessus), la notion d'activité lucrative indépendante correspond aux concepts employés par la LIFD. Les art. 8 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID et 14 al. 2 LF prévoient ainsi que la fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition. Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct s'appliquent également aux impôts cantonal et communal relatifs aux périodes fiscales sous examen. Il s'ensuit que le recours doit également être rejeté sur ce point pour les mêmes raisons.

8.
Le recourant soutient que la Commission cantonale a agi de manière arbitraire en lui refusant un abattement pour la cessation de son activité dans la SNC, respectivement en cédant ses actions de la SA, en application de l'art. 63 al. 3 LF.

8.1 L'art. 63 al. 3 LF dispose notamment qu'en cas de cessation complète ou partielle de l'assujettissement ou lorsque le contribuable renonce à l'exercice de son activité lucrative indépendante, toutes les réserves latentes touchées par cet état de fait, qui n'ont pas été soumises à l'impôt jusque-là, font l'objet d'un impôt annuel entier perçu au taux correspondant au montant total de ces seuls revenus. Un abattement de 50 % est accordé sur l'impôt frappant ces bénéfices.

Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (ATF 137 I 1 consid. 2.4 p. 5; 136 III 552 consid. 4 p. 560).

8.2 La Commission cantonale considère que la lettre claire de la loi correspond aux intentions du législateur cantonal, et qu'il convient de distinguer entre la cessation, complète ou partielle, de l'assujettissement et la renonciation à l'exercice de l'activité indépendante. En l'espèce, le contribuable reste assujetti et poursuit son activité lucrative indépendante, dans le cadre de l'exploitation d'un bureau immobilier, de sorte qu'il ne remplit aucune des conditions alternatives de l'art. 63 al. 3 LF.

L'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause. Elle est de plus conforme à la LHID. Elle doit par conséquent être confirmée.

9.
Au vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être rejeté.

Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF) et n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C 1023/2011 et 2C 1024/2011 sont jointes.

2.
Le recours en matière d'impôts cantonal et communal (2C 1023/2011) est rejeté.

3.
Le recours en matière d'impôt fédéral direct (2C 1024/2011) est rejeté.

4.
Des frais judiciaires de 15'000 fr. sont mis à la charge du recourant.

5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 10 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Cavaleri Rudaz