Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
4A 490/2011

Arrêt du 10 janvier 2012
Ire Cour de droit civil

Composition
Mmes et M. les Juges Klett, Présidente, Corboz et Rottenberg Liatowitsch.
Greffier: M. Piaget.

Participants à la procédure
X.________, représentée par Me Christian van Gessel,
recourante,

contre

Y.________ SA, représentée par Me Maud Volper,
intimée.

Objet
bail à loyer,

recours contre l'arrêt de la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève du 20 juin 2011.

Faits:

A.
Par contrat du 4 mars 1997, X.________ (ci-après: la locataire) a loué, à la S.I. V.________ (ci-après: la bailleresse principale), un appartement de 6,5 pièces au 5ème étage de l'immeuble situé 7, avenue ..., à Genève.
Il a été constaté qu'à la prise d'effet du bail, le logement remis à la locataire était vétuste et mal entretenu; le loyer initial a alors été fixé à 3'500 fr. par mois, plus 200 fr. de charges.
La locataire a entrepris une importante rénovation, courant 1997-1998.
Le logement a été sous-loué à Y.________ SA (ci-après: la sous-locataire) à compter du 1er février 2002. Il a alors été occupé par A.________, administrateur de Y.________ SA, son épouse et leur enfant.
Un bail de sous-location, prévoyant un loyer mensuel de 5'000 fr., charges comprises, a été signé entre les parties pour une durée initiale d'une année et demie, le bail étant ensuite reconduit de mois en mois, à défaut d'une résiliation donnée par une partie en respectant un préavis de deux mois.
Par contrat séparé, les parties ont convenu, en date du 20 novembre 2001, que la sous-locataire verserait à la locataire un montant de 2'500 fr. par mois; celui-ci tenait compte, d'une part, du mobilier de standing mis à disposition (meubles de style "Directoire", lampes de 1900, lustres "Empire", etc.), et, d'autre part, des importants travaux de rénovation entrepris dans l'appartement en 1997-1998 (soit en particulier la mise en place d'une décoration luxueuse: remplacement des peintures décoratives, des trompe-l'oeil, des moulures, peintures anciennes, etc.), étant précisé que les frais de transformation ont été chiffrés dans une fourchette de 100'000 fr. à 150'000 fr. La cour cantonale a retenu que, dans l'esprit des parties, le montant de 2'500 fr. prévu dans le contrat rémunérait la plus-value apportée au logement par la locataire.
Dès le mois de février 2003, la locataire a augmenté de 100 fr. par mois le montant perçu sur la base du contrat du 20 novembre 2001, le portant à 2'600 fr.
Par avis officiel du 2 décembre 2004 contresigné par la locataire, le loyer principal a été majoré d'un montant de 625 fr. par mois, dû à titre de participation de la bailleresse principale au produit de la sous-location. La locataire a répercuté, en partie, cette hausse sur le loyer de la sous-location, réclamant à la sous-locataire le règlement d'un montant supplémentaire de 625 fr. tous les deux mois.
Par courrier du 15 décembre 2006, la sous-locataire a indiqué mettre un terme au contrat de sous-location pour la fin janvier 2007. La résiliation a été acceptée à fin février 2007 par la locataire, qui a sollicité le règlement du loyer jusqu'à cette date.
Un litige est survenu entre les parties à l'occasion de la remise des locaux, la locataire reprochant à la sous-locataire une utilisation de l'objet loué non conforme au contrat et réclamant à celle-ci un montant de 6'500 fr. à titre de remise en état du mobilier et des locaux mis à disposition.
Par courrier du 27 mars 2007, la sous-locataire a soulevé l'absence de notification du loyer initial au moyen de la formule officielle et la nullité partielle du contrat s'agissant de la fixation du loyer.

B.
Par requête déposée le 9 juillet 2007 devant les tribunaux genevois, la sous-locataire a conclu à la fixation judiciaire du loyer au montant de 4'400 fr. par mois, charges comprises, dès le 1er février 2002.
Le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève a retenu que, faute de notification d'un avis de fixation du loyer initial, le contrat de sous-location était frappé de nullité sur ce point; il a fixé le loyer mensuel, charges comprises, à 6'000 fr., dès le 1er février 2002 jusqu'à la fin février 2007; eu égard aux montants déjà versés par la sous-locataire, la locataire devait être condamnée au remboursement d'un trop-perçu de 95'613 fr. 80. Faute de notification d'un avis des défauts dans les délais, le Tribunal des baux et loyers a débouté la locataire de ses conclusions en paiement des dégâts portés à l'appartement et au mobilier. Cette prétention n'est plus litigieuse, la locataire ayant renoncé à appeler sur ce point.
Par arrêt du 20 juin 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par la locataire. En substance, elle a retenu qu'il y avait bien lieu d'appliquer les dispositions sur la protection des loyers abusifs (les conditions d'application de l'art. 253b al. 2
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 253b - 1 Le disposizioni sulla protezione dalle pigioni abusive (art. 269 segg.) sono applicabili per analogia agli affitti non agricoli e ad altri rapporti contrattuali il cui contenuto essenziale risieda nella concessione rimunerata di locali d'abitazione o commerciali.
1    Le disposizioni sulla protezione dalle pigioni abusive (art. 269 segg.) sono applicabili per analogia agli affitti non agricoli e ad altri rapporti contrattuali il cui contenuto essenziale risieda nella concessione rimunerata di locali d'abitazione o commerciali.
2    Esse non sono applicabili alle locazioni di appartamenti e case unifamiliari di lusso che comprendono 6 o più locali (cucina non compresa).
3    Le disposizioni sulla contestazione delle pigioni abusive non si applicano ai locali d'abitazione in favore dei quali sono state prese misure di incoraggiamento da parte dei poteri pubblici e le cui pigioni sono sottoposte al controllo di un'autorità.
CO n'étant pas remplies en l'espèce), qu'il se justifiait de traiter le loyer de l'appartement et des objets mobiliers comme un tout et de le soumettre aux règles protectrices des art. 269 ss
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO, et que la sous-locataire n'avait pas fait preuve d'abus de droit en se prévalant de l'absence de l'usage de la formule officielle lors de la fixation du loyer initial.
Pour fixer le loyer adéquat applicable au contrat de sous-location, la cour cantonale est partie du loyer initial fixé, dans le bail principal, à 3'500 fr. net par mois. Elle a ajouté à ce montant la valeur des prestations supplémentaires fournies à la sous-locataire, soit une somme de 2'500 fr. par mois (cf. contrat séparé du 20 novembre 2001). Elle a alors conclu que le montant de 6'000 fr. par mois, charges incluses, arrêté en première instance, tenait compte ex aequo et bono de l'ensemble des circonstances du cas particulier. L'autorité précédente a précisé que les hausses de loyer (625 fr. et 100 fr. par mois) requises par la locataire n'étaient pas valables et qu'elles ne devaient pas être supportées par la sous-locataire; ces points ne sont plus discutés dans la procédure fédérale. Dans le calcul du trop-perçu, l'autorité cantonale a constaté que les pièces versées au dossier attestent de règlements par la sous-locataire d'un total de 461'613 fr. 80 et que cette dernière devait s'acquitter de 6'000 fr. (loyer fixé judiciairement) par mois du 1er février 2002 au 28 février 2007. Confirmant le montant arrêté par la première instance, elle a constaté qu'il en résulte un trop-perçu de 95'613 fr. 80, en faveur de la sous-
locataire, portant intérêt moyen au 1er février 2005.

C.
La locataire exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 20 juin 2011. Sous suite de dépens, elle conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt entrepris, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. La recourante invoque une violation de l'art. 2 al. 2
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 2 - 1 Ognuno è tenuto ad agire secondo la buona fede così nell'esercizio dei propri diritti come nell'adempimento dei propri obblighi.
1    Ognuno è tenuto ad agire secondo la buona fede così nell'esercizio dei propri diritti come nell'adempimento dei propri obblighi.
2    Il manifesto abuso del proprio diritto non è protetto dalla legge.
CC, subsidiairement de l'art. 269
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO, et reproche à l'autorité précédente d'avoir commis un déni de justice.
Par ordonnance du 28 septembre 2011, la Cour de céans a octroyé l'assistance judiciaire partielle (exonération des frais de justice) sollicitée par la recourante.

Considérant en droit:

1.
1.1 Le recours en matière civile étant un recours en réforme (cf. art. 107 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF), la partie recourante doit en principe prendre des conclusions sur le fond et non se borner à conclure à l'annulation de l'arrêt attaqué; elle ne peut s'abstenir de conclusions sur le fond que si le Tribunal fédéral, dans l'hypothèse où il admettrait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond (ATF 134 III 379 consid. 1.3 p. 383; 133 III 489 consid. 3.1 p. 489 s.; récemment: arrêt 4A 266/2011 du 19 août 2011 consid. 1.2).
En l'espèce, on ne voit pas ce qui empêcherait le Tribunal fédéral, s'il suivait l'argumentation de la recourante, de rejeter la demande. Les conclusions sont donc mal prises puisque la recourante aurait dû conclure sur le fond au rejet de la demande formée contre elle par l'intimée. On comprend cependant qu'en concluant à l'annulation de la décision attaquée, la recourante voudrait supprimer la condamnation prononcée à son encontre; les conclusions doivent être interprétées à la lumière de la motivation contenue dans le mémoire (ATF 127 IV 101 consid. 1 p. 102 s.) et les arguments présentés confirment cette interprétation. Il serait donc excessivement formaliste de déclarer irrecevable le recours pour ce défaut dans les conclusions.

1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 76 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia civile chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia civile chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo; e
b  è particolarmente toccato dalla decisione impugnata e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica della stessa.
2    Il diritto di ricorrere contro le decisioni di cui all'articolo 72 capoverso 2 spetta inoltre alla Cancelleria federale, ai dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, ai servizi loro subordinati, se la decisione impugnata viola la legislazione federale nella sfera dei loro compiti.40
LTF) et dirigé contre un arrêt final (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 72 Principio - 1 Il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in materia civile.
1    Il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in materia civile.
2    Al ricorso in materia civile soggiacciono anche:
a  le decisioni in materia di esecuzione e fallimento;
b  le decisioni in rapporto diretto con il diritto civile pronunciate in applicazione di norme di diritto pubblico, segnatamente le decisioni:
b1  sul riconoscimento e l'esecuzione di decisioni e sull'assistenza giudiziaria in materia civile,
b2  sulla tenuta del registro fondiario, dei registri dello stato civile, del registro di commercio e dei registri in materia di marchi, disegni e modelli, brevetti d'invenzione, varietà vegetali e topografie,
b3  sull'autorizzazione al cambiamento del nome,
b4  in materia di vigilanza sulle fondazioni, eccettuati gli istituti di previdenza e di libero passaggio,
b5  in materia di vigilanza sugli esecutori testamentari e altri rappresentanti previsti dal diritto successorio,
b6  in materia di protezione dei minori e degli adulti,
b7  ...
LTF) par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 75 Autorità inferiori - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni pronunciate dalle autorità cantonali di ultima istanza, dal Tribunale amministrativo federale e dal Tribunale federale dei brevetti.36
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni pronunciate dalle autorità cantonali di ultima istanza, dal Tribunale amministrativo federale e dal Tribunale federale dei brevetti.36
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori quali autorità cantonali di ultima istanza. Tali tribunali giudicano su ricorso, salvo nei casi in cui:
a  una legge federale prevede un'istanza cantonale unica;
b  un tribunale specializzato nelle controversie di diritto commerciale giudica in istanza cantonale unica;
c  è proposta loro direttamente, con il consenso di tutte le parti, un'azione con un valore litigioso di almeno 100 000 franchi.
LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. déterminant en matière de droit du bail (art. 74 al. 1 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 74 Valore litigioso minimo - 1 Nelle cause di carattere pecuniario il ricorso è ammissibile soltanto se il valore litigioso ammonta almeno a:
1    Nelle cause di carattere pecuniario il ricorso è ammissibile soltanto se il valore litigioso ammonta almeno a:
a  15 000 franchi nelle controversie in materia di diritto del lavoro e di locazione;
b  30 000 franchi in tutti gli altri casi.
2    Quando il valore litigioso non raggiunge l'importo determinante secondo il capoverso 1, il ricorso è ammissibile:
a  se la controversia concerne una questione di diritto di importanza fondamentale;
b  se una legge federale prevede un'istanza cantonale unica;
c  contro le decisioni delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
d  contro le decisioni del giudice del fallimento e del concordato;
e  contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti.
LTF), le recours en matière civile est recevable puisqu'il a été déposé dans le délai (48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) prévus par la loi.

1.3 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
et 96
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 96 Diritto estero - Il ricorrente può far valere che:
a  non è stato applicato il diritto estero richiamato dal diritto internazionale privato svizzero;
b  il diritto estero richiamato dal diritto internazionale privato svizzero non è stato applicato correttamente, sempreché la decisione non concerna una causa di natura pecuniaria.
LTF. Il peut donc également être formé pour violation d'un droit constitutionnel (ATF 136 I 241 consid. 2.1 p. 247; 136 II 304 consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400; 134 III 102 consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 108 Giudice unico - 1 Il presidente della corte decide in procedura semplificata circa:
1    Il presidente della corte decide in procedura semplificata circa:
a  la non entrata nel merito su ricorsi manifestamente inammissibili;
b  la non entrata nel merito su ricorsi manifestamente non motivati in modo sufficiente (art. 42 cpv. 2);
c  la non entrata nel merito su ricorsi querulomani o abusivi.
2    Può delegare questo compito a un altro giudice.
3    La motivazione della decisione si limita a una breve indicazione del motivo d'inammissibilità.
LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (ATF 135 III 384 consid. 2.2.1 p. 389; 135 III 397 consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF).

1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 I 184 consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF).
En l'espèce, la recourante, aux pages 3 à 9 de son mémoire, présente son propre état de fait; elle souligne qu'elle n'entend toutefois pas faire valoir de faits nouveaux ni invoquer l'arbitraire. Le raisonnement sera donc mené exclusivement sur la base des faits constatés par la cour cantonale.

1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
LTF).
S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut réformer la décision attaquée, c'est-à-dire qu'il peut statuer lui-même sur le fond à la place de l'autorité précédente (art. 107 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF).

2.
La recourante soutient que c'est à tort que la cour cantonale a retenu que la somme totale des loyers dont s'est acquittée l'intimée se monte à 461'613 fr. 80. Certains loyers n'ayant, selon elle, pas été versés, le montant ne s'élèverait qu'à 447'100 fr. Rappelant qu'elle a encore réclamé le paiement de ces loyers dans le cadre de son appel, la recourante reproche à la cour cantonale de n'être pas entrée en matière sur l'une de ses conclusions et invoque un déni de justice formel.
Le moyen est sans consistance.
Au consid. 5.3 de son arrêt (p. 16), l'autorité précédente s'est exprimée sans aucune ambiguïté sur la somme des loyers dont s'est acquittée l'intimée, soulignant que les pièces versées au dossier attestent de règlements d'un total de 461'613 fr. 80. L'autorité cantonale s'est dès lors effectivement prononcée sur les loyers payés. Autre est la question de savoir si elle a établi les faits (soit des versements s'étendant sur une durée de 61 mois) en appréciant correctement les pièces versées au dossier. A cet égard, la recourante n'invoque pas l'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst.) et ne fournit pas le début d'une motivation sous cet angle; il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière à ce sujet (cf. supra consid. 1.3 et 1.4).

3.
3.1
La recourante considère que l'intimée a adopté un comportement constitutif d'un abus de droit en ne contestant le loyer initial qu'au moment de la survenance d'un litige, alors même qu'elle s'est acquittée de son loyer, prétendument surévalué, pendant cinq ans.
La locataire ne conteste pas en soi la nullité du loyer initial causée par le défaut de notification de la formule officielle (cf. art. 270 al. 2
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 270 - 1 Il conduttore può contestare innanzi l'autorità di conciliazione, entro 30 giorni dalla consegna della cosa, la liceità della pigione iniziale a' sensi degli articoli 269 e 269a e domandarne la riduzione se:
1    Il conduttore può contestare innanzi l'autorità di conciliazione, entro 30 giorni dalla consegna della cosa, la liceità della pigione iniziale a' sensi degli articoli 269 e 269a e domandarne la riduzione se:
a  è stato costretto a concludere il contratto per necessità personale o familiare oppure a causa della situazione del mercato locale di abitazioni e di locali commerciali; o
b  il locatore ha aumentato in modo rilevante la pigione iniziale rispetto a quella precedente per la stessa cosa.
2    In caso di penuria di abitazioni, i Cantoni possono dichiarare obbligatorio, in tutto o parte del loro territorio, l'uso del modulo ufficiale di cui all'articolo 269d per la conclusione di un nuovo contratto di locazione.
CO et art. 109 de la loi genevoise d'application du code civil suisse et autres lois fédérales en matière civile (LaCC; E 1 05); ATF 124 III 62 consid. 2a p. 63 s.; 120 II 341 consid. 5 p. 347 ss). Tout au plus nie-t-elle le droit de l'intimée à faire valoir un tel vice de forme.

3.2 A teneur de l'art. 2 al. 2
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 2 - 1 Ognuno è tenuto ad agire secondo la buona fede così nell'esercizio dei propri diritti come nell'adempimento dei propri obblighi.
1    Ognuno è tenuto ad agire secondo la buona fede così nell'esercizio dei propri diritti come nell'adempimento dei propri obblighi.
2    Il manifesto abuso del proprio diritto non è protetto dalla legge.
CC, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. Ce principe permet de corriger les effets de la loi dans certains cas où l'exercice d'un droit allégué créerait une injustice manifeste. Le juge apprécie la question au regard des circonstances concrètes, qui sont déterminantes. L'emploi dans le texte légal du qualificatif "manifeste" démontre que l'abus de droit doit être admis restrictivement. Les cas typiques en sont l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique de façon contraire à son but, la disproportion manifeste des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement ou l'attitude contradictoire (ATF 135 III 162 consid. 3.3.1 p. 169 et les arrêts cités).
S'agissant de la nullité du loyer initial, l'abus de droit peut entrer en considération lorsque la partie a eu conscience d'emblée du vice de forme et qu'elle s'est abstenue intentionnellement de le faire valoir sur-le-champ afin d'en tirer avantage par la suite (ATF 113 II 187 consid. 1a p. 189; récemment: arrêt 4A 129/2011 du 28 avril 2011 consid. 2.3; arrêt 4A 185/2008 du 24 septembre 2008 consid. 2.2).
En l'espèce, la cour cantonale constate qu'aucun élément du dossier ne permet de retenir que l'intimée, dès la conclusion du bail en 2002, avait connaissance du vice de forme lié au défaut d'usage de la formule officielle; rien n'indique non plus qu'elle aurait sciemment tu la connaissance du vice dans le but d'en tirer profit ultérieurement. L'autorité cantonale a au contraire établi que l'intimée n'a été informée de la nécessité d'utiliser une formule officielle et de son droit de contester le loyer initial qu'au moment où elle s'est attachée les services d'un avocat en début d'année 2007, étant précisé qu'elle a alors rapidement informé la recourante du vice de forme, par courrier du 27 mars 2007.
L'absence de toute constatation selon laquelle l'intimée se serait rendue compte du vice de forme et se serait abstenue de protester dans le dessein d'en tirer, le cas échéant, ultérieurement profit, est, pour juger d'un éventuel abus de droit, déterminante (arrêt 4C.134/2001 du 18 octobre 2001 consid. 3b). Le fait de payer sans discuter pendant cinq ans un loyer surévalué par rapport aux critères contenus aux art. 269 ss
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO et de s'inquiéter de cette situation à l'occasion d'un litige ne saurait, à lui seul, faire admettre que la sous-locataire commet un abus de droit en arguant de la nullité du loyer initial (cf. arrêt 4A 129/2011 déjà cité consid. 2.3 qui traite du paiement d'un loyer surévalué pendant plus de quatre ans). De même, il est sans importance que la sous-locataire - ou l'administrateur occupant effectivement le logement - ait disposé de moyens considérables, qu'elle ait sollicité la prolongation du bail, ou que l'appartement ait été somptueusement décoré.
Quant à la réaction de l'intimée qui semblerait, de l'avis de la recourante, plutôt relever de la vengeance, rien de tel n'a été constaté dans l'état de fait qui lie le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF). Il est hors de question de raisonner avec une hypothèse qui ne trouve aucun point d'appui dans les constatations cantonales.
C'est donc à bon droit que les juges précédents ont nié tout abus de droit de la part de l'intimée et reconnu son droit à solliciter la fixation judiciaire du loyer.
Le grief est infondé.

4.
4.1 La recourante reconnaît qu'en cas de nullité partielle du contrat, le juge doit compléter celui-ci en fixant un loyer non abusif. Insistant sur le fait que l'autorité précédente a additionné des loyers contenus dans deux contrats distincts, elle invoque une violation de l'art. 269
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO; elle tente de démontrer qu'il convenait de tenir compte uniquement du loyer qu'elle a réclamé (soit un montant de 5'000 fr. charges comprises), à l'exclusion du loyer du mobilier (soit 2'500 fr.) qui, compte tenu de "sa nature, de sa quantité et de sa valeur ne [pouvait] être considéré comme un accessoire du contrat de bail immobilier".
On peine à comprendre l'argumentation de la recourante, empreinte de nombreuses contradictions. D'une part, elle admet elle-même que le fait que le contrat du 20 novembre 2001 soit distinct de celui ayant pour objet la sous-location proprement dite, ne "saurait permettre d'échapper au contrôle du loyer global, compte tenu de l'art. 253a al. 1
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 253a - 1 Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
1    Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
2    Dette disposizioni non si applicano alle abitazioni di vacanza locate per tre mesi al massimo.
3    Il Consiglio federale emana le prescrizioni esecutive.
CO". D'autre part, elle ne conteste pas que le vice de forme, lié au défaut d'usage de la formule officielle, a entraîné la nullité du rapport contractuel noué entre les parties pour ce qui est de la fixation du loyer total, à savoir aussi bien le montant de 5'000 fr. contenu dans le premier contrat que la somme de 2'500 fr. comprise dans la seconde convention (cf. déjà supra consid. 3.1); cela suppose logiquement que le juge, dans le cadre du complètement du contrat, fixe globalement le loyer (et non seulement celui portant sur le logement au sens strict). Enfin, la recourante s'écarte des faits établis par la cour précédente quand elle affirme que le contrat du 20 novembre 2001 a pour seul objet les meubles fournis par la sous-locataire. Selon les constatations cantonales, la rémunération de 2'500 fr. mensuels fixé dans cette convention ne représente pas uniquement la contrepartie prévue
pour la mise à disposition du mobilier de standing, mais ce montant tient également compte des importantes rénovations entreprises dans le logement, étant précisé que les parties n'ont pas indiqué la part de cette somme affectée au mobilier et celle consacrée aux transformations.
Quoi qu'il en soit, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir admis que l'objet du contrat du 20 novembre 2001 était soumis aux art. 269 ss
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO. L'art. 253a al. 1
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 253a - 1 Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
1    Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
2    Dette disposizioni non si applicano alle abitazioni di vacanza locate per tre mesi al massimo.
3    Il Consiglio federale emana le prescrizioni esecutive.
CO prévoit que les dispositions concernant les baux d'habitations s'appliquent aussi aux choses dont l'usage est cédé avec ces habitations. On entend par là notamment les biens mobiliers (art. 1
SR 221.213.11 Ordinanza del 9 maggio 1990 concernente la locazione e l'affitto di locali d'abitazione o commerciali (OLAL)
OLAL Art. 1 Campo d'applicazione - (art. 253a cpv. 1 CO)
OBLF). En l'occurrence, il n'est pas contesté que la sous-locataire n'a loué les objets mobiliers (décorations et mobilier à proprement parler) que parce qu'elle avait loué l'appartement. Il ne fait aucun doute que le critère de l'interdépendance entre les deux objets loués, retenu par le Tribunal fédéral (ATF 125 III 231 consid. 2a p. 233), est rempli en l'espèce. Peu importe que les contrats aient été conclus à des dates différentes ou que les parties aient conclu deux contrats distincts (ATF 125 III 231 consid. 2a p. 233).
On ne saurait non plus faire grief à la cour précédente d'avoir, dans un deuxième temps (sur les deux étapes: PETER HIGI, Commentaire de l'ATF 125 III 231, PJA 2/2000 p. 224 s.; Commentaire SVIT, Le droit suisse du bail à loyer, 2011, no 14 ad art. 253a
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 253a - 1 Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
1    Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
2    Dette disposizioni non si applicano alle abitazioni di vacanza locate per tre mesi al massimo.
3    Il Consiglio federale emana le prescrizioni esecutive.
CO), traité le loyer de l'appartement et celui visant les objets mobiliers comme un tout. Certes, deux contrats formellement indépendants ont été conclus, l'un pour le principal, l'autre pour l'accessoire. Il n'en demeure pas moins qu'en l'espèce, le contenu même des contrats oblige à retenir que les parties n'avaient pas l'intention de soumettre les deux conventions à un sort juridique différent (sur le critère, cf. Commentaire SVIT, op. cit., no 14 ad art. 253a
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 253a - 1 Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
1    Le disposizioni concernenti la locazione di locali d'abitazione e commerciali si applicano parimenti alle cose concesse in uso con questi locali.
2    Dette disposizioni non si applicano alle abitazioni di vacanza locate per tre mesi al massimo.
3    Il Consiglio federale emana le prescrizioni esecutive.
CO; HIGI, op. cit. p. 225); la rémunération de 2'500 fr. prévue dans le contrat du 20 novembre 2001 porte en effet également sur les rénovations entreprises (peintures, etc.); pour cette raison, il aurait, par exemple, été impossible de résilier uniquement le contrat du 20 novembre 2001, puisque cela aurait conduit à la situation absurde consistant à priver la sous-locataire des rénovations effectuées dans l'appartement, sans l'empêcher de faire usage du logement. Les contrats sont intimement liés et on doit admettre que
les parties les concevaient comme un rapport contractuel unique, et partant, comme un tout au regard des art. 269 ss
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO.

4.2 Critiquant la manière dont les juges cantonaux ont fixé le loyer dû par la sous-locataire, la recourante soutient que ceux-ci, faute d'avoir émis une appréciation quelconque quant à la valeur du mobilier, se sont fourvoyés en fixant à 6'000 fr. par mois le loyer auquel elle peut prétendre. Elle estime qu'elle pouvait facturer au sous-locataire un loyer de 5'000 fr., pour tenir compte des travaux luxueux de rénovation. Elle précise qu'il convient d'ajouter à ce montant la somme de 2'500 fr. facturée pour le mobilier contenu dans l'appartement.
Il convient d'examiner si la cour cantonale a transgressé le droit fédéral en fixant le loyer initial de la sous-location en se référant au loyer net prévu dans le bail principal (cf. infra consid. 4.3 - 4.4), puis en ajoutant le montant supplémentaire de 2'500 fr. convenu entre les parties pour les objets mobiliers (cf. infra consid. 4.5).

4.3 En cas de nullité partielle du bail reposant sur l'art. 270 al. 2
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 270 - 1 Il conduttore può contestare innanzi l'autorità di conciliazione, entro 30 giorni dalla consegna della cosa, la liceità della pigione iniziale a' sensi degli articoli 269 e 269a e domandarne la riduzione se:
1    Il conduttore può contestare innanzi l'autorità di conciliazione, entro 30 giorni dalla consegna della cosa, la liceità della pigione iniziale a' sensi degli articoli 269 e 269a e domandarne la riduzione se:
a  è stato costretto a concludere il contratto per necessità personale o familiare oppure a causa della situazione del mercato locale di abitazioni e di locali commerciali; o
b  il locatore ha aumentato in modo rilevante la pigione iniziale rispetto a quella precedente per la stessa cosa.
2    In caso di penuria di abitazioni, i Cantoni possono dichiarare obbligatorio, in tutto o parte del loro territorio, l'uso del modulo ufficiale di cui all'articolo 269d per la conclusione di un nuovo contratto di locazione.
CO, le Tribunal fédéral considère que le juge appelé à fixer le loyer initial doit se fonder sur toutes les circonstances du cas. Parmi les facteurs à prendre en compte, il y a notamment le montant admissible selon l'art. 269
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 269 - Sono abusive le pigioni con le quali è ottenuto un reddito sproporzionato dalla cosa locata o fondate su un prezzo d'acquisto manifestamente eccessivo.
CO (qui intègre la notion de rendement), les loyers non abusifs pratiqués dans le quartier, le loyer payé par le précédent locataire (ATF 124 III 62 consid. 2b p. 64).
Le rendement d'une sous-location ne peut être fixé pour le locataire (sous-bailleur) de la même manière que pour le propriétaire de l'immeuble. La notion de rendement effectif n'a en effet pas de sens pour le locataire qui peut au mieux faire un léger bénéfice sur la sous-location (cf. art. 262 al. 2 let. b
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 262 - 1 Il conduttore può sublocare in tutto o in parte la cosa con il consenso del locatore.
1    Il conduttore può sublocare in tutto o in parte la cosa con il consenso del locatore.
2    Il locatore può negare il consenso soltanto se:
a  il conduttore rifiuta di comunicargli le condizioni della sublocazione;
b  le condizioni della sublocazione, comparate con quelle del contratto principale di locazione, sono abusive;
c  la sublocazione causa al locatore un pregiudizio essenziale.
3    Il conduttore è responsabile verso il locatore se il subconduttore usa della cosa locata in modo diverso da quello permesso al conduttore. A tale effetto, il locatore può rivolgersi direttamente al subconduttore.
CO; ATF 119 II 353 consid. 6e; JEAN JACQUES SCHWAAB, La fixation et la contestation du loyer initial, in 15e Séminaire sur le droit du bail, 2008, n. 68 p. 17; BISE/PLANAS, in Droit du bail à loyer, 2010, no 77 ad art. 262
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 262 - 1 Il conduttore può sublocare in tutto o in parte la cosa con il consenso del locatore.
1    Il conduttore può sublocare in tutto o in parte la cosa con il consenso del locatore.
2    Il locatore può negare il consenso soltanto se:
a  il conduttore rifiuta di comunicargli le condizioni della sublocazione;
b  le condizioni della sublocazione, comparate con quelle del contratto principale di locazione, sono abusive;
c  la sublocazione causa al locatore un pregiudizio essenziale.
3    Il conduttore è responsabile verso il locatore se il subconduttore usa della cosa locata in modo diverso da quello permesso al conduttore. A tale effetto, il locatore può rivolgersi direttamente al subconduttore.
CO).
Ainsi, en matière de sous-location, si le local est régulièrement sous-loué, le loyer du précédent sous-locataire représente pour le juge un élément d'appréciation important puisqu'il constitue la rémunération pour l'usage de la même chose (SCHWAAB, op. cit., n. 100 p. 24; SÉBASTIEN FETTER, La contestation du loyer initial, thèse Berne 2005, n. 409 p. 189).
Dans le cadre d'une première sous-location, le Tribunal fédéral a jugé que le seul loyer permettant de servir de point de comparaison est celui fixé dans le bail principal (ATF 124 III 62 consid. 2b p. 65; DAVID LACHAT, Le bail à loyer, 2008, n. 2.4.5 p. 397 et note de pied 101; ROGER WEBER, in Basler Kommentar, 4e éd. 2007, no 9 ad art. 272
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 272 - 1 Il conduttore può esigere la protrazione della locazione se la fine della medesima produce per lui o per la sua famiglia effetti gravosi che nemmeno si giustificano tenendo conto degli interessi del locatore.
1    Il conduttore può esigere la protrazione della locazione se la fine della medesima produce per lui o per la sua famiglia effetti gravosi che nemmeno si giustificano tenendo conto degli interessi del locatore.
2    L'autorità competente pondera gli interessi delle parti tenendo segnatamente conto:
a  delle circostanze che hanno determinato la conclusione del contratto e del contenuto del contratto;
b  della durata della locazione;
c  della situazione personale, familiare ed economica delle parti e del loro comportamento;
d  dell'eventuale fabbisogno del locatore o dei suoi stretti parenti od affini, come pure dell'urgenza di siffatto fabbisogno;
e  della situazione sul mercato locale degli alloggi e dei locali commerciali.
3    Se è chiesta una seconda protrazione, l'autorità competente considera anche se il conduttore ha intrapreso quanto si poteva ragionevolmente pretendere da lui per porre rimedio agli effetti gravosi.
CO; SCHWAAB, op. cit., n. 100 p. 24; FETTER, n. 566 p. 258 s.).

4.4 La locataire ayant sous-loué, pour la première fois, l'entier de l'appartement objet du bail principal, et non seulement une partie, on ne saurait, à la lumière des considérations qui précèdent, reprocher à la cour cantonale d'avoir pris comme référence le loyer fixé dans le bail principal (3'500 fr.).
A ce point, le raisonnement de la cour précédente laisse toutefois apparaître une contradiction. Pour confirmer le montant du loyer arrêté en première instance, soit 6'000 fr., charges comprises, l'autorité cantonale s'est fondée sur le loyer net fixé dans le bail principal (3'500 fr.), auquel elle a ajouté le montant de 2'500 fr. (convention du 20 novembre 2001). Ce dernier chiffre vise la rémunération du mobilier mis à disposition et des travaux de rénovation importants entrepris par la locataire, mais ne comprend aucun frais accessoires. Autrement dit, la cour cantonale a fixé le montant du loyer global, charges comprises, en omettant de tenir compte de ces charges dans son calcul.
La comparaison des loyers (sous-location / bail principal) ne saurait se fonder sur des critères différents (loyer net d'une part, loyer brut d'autre part). A suivre le raisonnement de la cour cantonale, le vice de forme lié à l'absence de notification d'une formule officielle aurait pour effet de faire supporter à la locataire des charges - incluses dans le loyer - que les parties ont pourtant prévu d'attribuer à la sous-locataire, ce qui n'est évidemment pas satisfaisant.
En l'espèce, le montant du loyer de 5'000 fr. prévu par les parties pour le logement comprenait les charges. Le juge qui, lorsqu'il complète le contrat, est tenu de fonder sa décision sur toutes les circonstances du cas, doit en tenir compte.
La Cour de céans dispose des données nécessaires pour faire usage de sa faculté de réformer l'arrêt entrepris (cf. supra consid. 1.5). Le montant des charges prévu dans le bail principal est de 200 fr. L'intimée a reconnu (arrêt entrepris p. 5) qu'elle était redevable de ce montant à titre de charges pour le chauffage et l'eau. Quant à la recourante, elle n'allègue pas, dans son mémoire de recours, que, sur les 5'000 fr. préalablement convenu entre les parties, la partie afférente aux charges dépasserait les 200 fr.
Cela étant, il convenait d'ajouter au montant de 3'500 fr., en sus des 2'500 fr. prévu dans le contrat du 20 novembre 2001, le montant de 200 fr. à titre de charges, pour aboutir à la conclusion que le loyer devait être fixé à 6'200 fr., charges incluses, dès le 1er février 2002 jusqu'à la fin février 2007 (cette période de 61 mois n'étant pas contestée, cf. supra consid. 2).
La recourante mentionne encore, sans s'y arrêter, des augmentations de loyer ultérieures (100 fr. et 625 fr.). La cour précédente les a toutefois écartées du calcul du loyer en motivant sa décision. La recourante ne fait valoir aucun grief à cet égard et il n'y a donc pas lieu d'examiner la question (cf. supra consid. 1.3).
Ainsi, l'intimée devait verser à la recourante la somme de 378'200 fr. (61 x 6'200 fr.), le montant versé par la sous-locataire n'étant lui pas modifié (total des versements: 461'613 fr. 80). Il en résulte un trop-perçu de l'ordre de 83'413 fr. 80 qui doit revenir à l'intimée.
L'intérêt de 5%, auquel le paiement de cette somme est assorti, n'est pas contesté. Il courra dès l'échéance moyenne du 1er février 2005 (arrêt entrepris consid. 5.3).

4.5 S'agissant du montant de 2'500 fr., on précisera enfin qu'il a été ajouté au loyer (3'500 fr.) par la cour précédente sans que celle-ci ne transgresse le droit fédéral.
Il est en effet admis que le locataire peut également prétendre à une rémunération pour les prestations supplémentaires fournies au sous-locataire, comme le mobilier par exemple (cf. ATF 119 III 353 consid. 5c p. 357).
En l'occurrence, la cour cantonale a accordé un supplément de 2'500 fr. tenant compte de l'importante rénovation entreprise par la recourante et du fait que le logement était richement décoré et dans ses moindres détails.
L'argument de la recourante, qui consiste à dire qu'une appréciation de la valeur du mobilier aurait permis de justifier le montant de 5'000 fr. convenu entre les parties, tombe dès lors à faux. La valeur du mobilier, soit la prestation supplémentaire offerte par la locataire, a déjà été prise en compte dans le montant de 2'500 fr. prévu dans la convention du 20 novembre 2001. La cour cantonale s'est référée à ce contrat, soulignant qu'elle n'avait pas pu déterminer le loyer afférent au mobilier sur la base de son prix de revient objectif, les pièces versées au dossier par la recourante ne permettant pas ce calcul. La recourante ne prétend pas, ni ne prouve a fortiori qu'elle aurait apporté dans la procédure cantonale des éléments suffisants permettant d'apprécier la valeur du mobilier, et en particulier d'établir que celle-ci serait supérieure à la valeur prise en compte dans la convention du 20 novembre 2001. La cour de céans ne saurait donc se prononcer à cet égard (cf. ATF 119 II 353 consid. 5/c/aa p. 257).
Enfin, en se bornant à affirmer qu'un témoin a déclaré que des appartements équivalents étaient loués 5'000 fr. dans le quartier, la recourante ne fournit pas, en se conformant aux exigences posées par la jurisprudence (cf. ATF 123 III 317 consid. 4a p. 319), les éléments de comparaison nécessaires. Il n'appartenait pas au juge de les rechercher pour la recourante (cf. SCHWAAB, op. cit., n. 154 p. 38). On ne saurait reprocher à la cour cantonale une quelconque violation du droit fédéral à ce sujet.

5.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être partiellement admis et l'arrêt de l'autorité précédente réformé.
S'agissant des frais et dépens de l'instance fédérale, on observe que la recourante, qui voulait supprimer la condamnation prononcée à son encontre (cf. supra consid. 1.1), doit encore restituer à la sous-locataire un trop-perçu de 83'413 fr. 80, soit, en tenant compte de l'intérêt auquel les montants correspondants sont assortis, environ le 7/8 du montant (95'613 fr. 80) auquel l'a condamnée la cour cantonale.
Dans ces conditions, l'intimée prendra à sa charge le 1/8 des frais judiciaires, soit le montant de 500 fr.
La recourante étant au bénéfice de l'assistance judiciaire (partielle), aucun frais judiciaire ne sera mis à sa charge.
La recourante versera à l'intimée, après compensation, une indemnité de 4'500 fr. à titre de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).
Vu l'issue de la querelle, la cause sera renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais (cf. art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé dans le sens suivant:

Le loyer de l'appartement de 6,5 pièces au 5ème étage de l'immeuble situé 7, avenue ..., à Genève, est fixé à 6'200 fr. par mois, charges comprises, du 1er février 2002 au 28 février 2007.

La recourante est condamnée à rembourser à l'intimée un montant de 83'413 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2005.

2.
Un émolument judiciaire de 500 fr. est mis à la charge de l'intimée.

3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 4'500 fr. à titre de dépens.

4.
La cause est retournée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais de l'instance cantonale.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.

Lausanne, le 10 janvier 2012

Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente: Klett

Le Greffier: Piaget