Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-3894/2008
{T 0/2}

Arrêt du 10 septembre 2008

Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège), Kathrin Dietrich, Beat Forster, juges,

Loris Pellegrini, greffier.

Parties
A._______SA, 3, représentée par Maître Roger Mock, rue du Conseil-Général, 1205 Genève,
recourante,

contre

1. Les Chemins de fer fédéraux suisses (CFF), Service juridique infrastructure, 43 avenue de la Gare, 1001 Lausanne,
2. La République et canton de Genève, 1200 Genève,
représentés par Maître Bernard Ziegler, 14, cours des Bastions, case postale 401, 1211 Genève 12,
intimés,

Office fédéral des transports (OFT),
Palais fédéral Nord, 3003 Berne,
autorité inférieure,

Objet
approbation de plans ferroviaires (CEVA).

Faits :

A.
Par décision du 5 mai 2008, l'Office fédéral des transports (OFT) a approuvé les plans portant sur la construction de la liaison ferroviaire Cornavin - Eaux-Vives - Annemasse (CEVA). Il a aussi déclaré irrecevable la demande d'indemnisation déposée le 19 octobre 2006 par l'entreprise A._______ SA au motif qu'elle était tardive.

Selon l'Office, le Département genevois des constructions et des technologies de l'information (DCTI) a adressé à l'intéressée un avis personnel par lettre recommandé postée le 6 septembre 2006 l'informant de l'ouverture de l'enquête publique relative à l'approbation des plans du projet CEVA. Celle-ci n'ayant pas retiré l'envoi, l'acte était réputé notifié le 18 septembre suivant. Déposée le 19 octobre 2006, sa demande intervenait ainsi en dehors du délai légal de 30 jours.

B.
Le 10 juin 2008, l'OFT a transmis au Tribunal administratif fédéral (TAF) une lettre de l'entreprise A._______ SA du 5 juin précédent comme objet de sa compétence. Cette dernière demandait à l'OFT de lui transmettre la lettre du 6 septembre 2006 en précisant qu'elle ne l'avait jamais reçue. Elle requérait aussi que l'autorité lui indique à qui celle-ci avait été adressée (Maison A._______, M. T._______ou Mme M._______).

Par lettre du 16 juin 2008, le TAF a rendu A._______ SA attentive au fait que son écriture ne pouvait, en tant que telle, être considérée comme un recours recevable. Il lui a imparti un délai pour préciser si elle entendait effectivement recourir contre la décision de l'OFT dans la mesure où cette autorité avait déclaré sa réclamation irrecevable. Dans l'affirmative, il lui appartenait d'exposer les raisons permettant de retenir que sa réclamation était recevable et de fournir tous les moyens de preuve à l'appui de ses allégations.

En réponse à cette dernière écriture, A._______ SA a exposé, pour l'essentiel, qu'elle avait conclu un arrangement sur la location du terrain sur lequel était construit l'entrepôt, pièce maîtresse de l'entreprise. Elle a en outre demandé que des propositions correctes lui soient adressées (lettre du 26 juin 2008).

C.
Par acte du 3 juillet 2008, la République et canton de Genève ainsi que les CFF ont conclu à l'irrecevabilité du recours formé par l'entreprise A._______ SA au motif que la demande d'indemnisation déposée par cette dernière auprès de l'OFT était tardive. En outre, cette demande, objet du recours, relevait de la compétence de la Commission fédérale d'estimation, de sorte que, pour ce motif également, le recours devait être déclaré irrecevable.

Dans une écriture complémentaire du 7 juillet 2008, A._______ SA a exposé en substance, qu'en raison de l'organisation défaillante des services postaux, elle n'a jamais reçu l'avis de retrait et, par voie de conséquence, n'a pas eu connaissance de l'avis personnel. Celui-ci ne lui est parvenu que par pli simple du 3 octobre 2006. Elle estime dès lors que sa demande du 19 octobre suivant est intervenue dans le délai légal.

Elle s'est par ailleurs acquittée de l'avance de frais de 1'500.-- francs requise par le TAF.

D.
Les écritures des parties ont été transmises à chacune d'elles pour information (ordonnance du 10 juillet 2008).
Droit :
1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF ; RS 173.32), le TAF, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
et 34
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF.

L'OFT est une unité de l'administration fédérale subordonnée au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC). Sa décision du 5 mai 2008, en tant qu'elle porte sur la recevabilité de la demande d'indemnisation déposée par A._______SA, satisfait aux conditions de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
PA. Elle n'entre en outre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
LTAF. Cela étant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du litige.
1.2 Contrairement à ce que soutiennent les intimés, on ne saurait en aucun cas conclure à l'irrecevabilité du recours interjeté devant le TAF au motif que ladite demande aurait été déposée tardivement devant l'instance inférieure. En effet, c'est précisément ce que le tribunal de céans doit examiner dans la présente procédure. Ainsi, l'objet du litige porte uniquement sur la question de savoir si c'est à juste titre que l'OFT a tenu pour tardive la demande d'indemnisation, la déclarant, par voie de conséquence, irrecevable.

Par ailleurs et compte tenu de l'objet du litige devant le TAF, le fait que la recourante maintienne implicitement ses conclusions relatives à une indemnisation ne suffit pas à déclarer son recours irrecevable.
1.3 L'on peut en outre se demander si les lettres des 5 et 26 juin 2008 satisfont aux exigences de motivation d'un recours requis par l'art. 52
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA. De même, l'on peut aussi s'interroger sur l'obligation, par le Tribunal de céans, de tenir compte de l'écriture complémentaire du 7 juillet 2008 déposée par la recourante. Ces questions peuvent cependant souffrir de demeurer indécises dès lors que, comme on le verra ci-après, le recours doit de toute façon être rejeté sur le fond.

2.
Aux termes de l'art. 18e
SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr)
Lferr Art. 18e
de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF, RS 742.101), l'entreprise ferroviaire adresse aux intéressés, au plus tard lors de la mise à l'enquête de la demande, un avis personnel les informant des droits à exproprier, conformément à l'art. 31
SR 711 Legge federale del 20 giugno 1930 sull'espropriazione (LEspr)
LEspr Art. 31 - 1 Prima della pubblicazione della domanda di approvazione dei piani, l'espropriante deve trasmettere una copia del testo da pubblicare a tutti gli espropriandi risultanti dal registro fondiario e dagli altri registri pubblici o a lui altrimenti noti. Deve indicare ciò che chiede da ciascuno di essi.
1    Prima della pubblicazione della domanda di approvazione dei piani, l'espropriante deve trasmettere una copia del testo da pubblicare a tutti gli espropriandi risultanti dal registro fondiario e dagli altri registri pubblici o a lui altrimenti noti. Deve indicare ciò che chiede da ciascuno di essi.
2    Per gli espropriandi che ricevono l'avviso personale dopo la pubblicazione della domanda di approvazione dei piani, il termine di opposizione decorre dal ricevimento di tale avviso.
3    L'avviso personale deve enunciare:
a  lo scopo e l'estensione dell'espropriazione;
b  sommariamente, il genere e l'ubicazione dell'opera da costruire;
c  i diritti di cui si chiede la cessione o la costituzione;
d  il luogo dove la documentazione inerente alla domanda può essere esaminata durante il termine di opposizione;
e  la diffida a notificare le opposizioni e pretese conformemente all'articolo 33 capoverso 1;
f  l'ingiunzione di avvertire i conduttori e gli affittuari conformemente all'articolo 32;
g  il bando di espropriazione e le relative conseguenze secondo gli articoli 42-44.
de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711). Selon l'art. 31 al. 2
SR 711 Legge federale del 20 giugno 1930 sull'espropriazione (LEspr)
LEspr Art. 31 - 1 Prima della pubblicazione della domanda di approvazione dei piani, l'espropriante deve trasmettere una copia del testo da pubblicare a tutti gli espropriandi risultanti dal registro fondiario e dagli altri registri pubblici o a lui altrimenti noti. Deve indicare ciò che chiede da ciascuno di essi.
1    Prima della pubblicazione della domanda di approvazione dei piani, l'espropriante deve trasmettere una copia del testo da pubblicare a tutti gli espropriandi risultanti dal registro fondiario e dagli altri registri pubblici o a lui altrimenti noti. Deve indicare ciò che chiede da ciascuno di essi.
2    Per gli espropriandi che ricevono l'avviso personale dopo la pubblicazione della domanda di approvazione dei piani, il termine di opposizione decorre dal ricevimento di tale avviso.
3    L'avviso personale deve enunciare:
a  lo scopo e l'estensione dell'espropriazione;
b  sommariamente, il genere e l'ubicazione dell'opera da costruire;
c  i diritti di cui si chiede la cessione o la costituzione;
d  il luogo dove la documentazione inerente alla domanda può essere esaminata durante il termine di opposizione;
e  la diffida a notificare le opposizioni e pretese conformemente all'articolo 33 capoverso 1;
f  l'ingiunzione di avvertire i conduttori e gli affittuari conformemente all'articolo 32;
g  il bando di espropriazione e le relative conseguenze secondo gli articoli 42-44.
LEx, le délai de production (à savoir notamment les prétentions à une indemnité; cf. art. 30 al. 1
SR 711 Legge federale del 20 giugno 1930 sull'espropriazione (LEspr)
LEspr Art. 30 - 1 Nel testo pubblicato della domanda di approvazione dei piani va indicato che le istanze di cui all'articolo 33 capoversi 1 e 2 devono essere presentate entro il termine di opposizione.
1    Nel testo pubblicato della domanda di approvazione dei piani va indicato che le istanze di cui all'articolo 33 capoversi 1 e 2 devono essere presentate entro il termine di opposizione.
2    Vi si deve richiamare espressamente l'attenzione:
a  sull'articolo 32, concernente l'informazione dei conduttori e degli affittuari;
b  sugli articoli 42-44, concernenti il bando di espropriazione.
LEx) court dès la date de réception de l'avis personnel pour les intéressés qui reçoivent cet avis postérieurement à la publication des plans et des tableaux des droits expropriés.

Selon la jurisprudence, un envoi recommandé est notifié à la date à laquelle son destinataire le reçoit effectivement (ATF 117 V 131 consid. 4a). Lorsque ce dernier ne peut pas être atteint et qu'une invitation à retirer l'envoi est déposée dans sa boîte aux lettres ou dans sa case postale, la date du retrait de l'envoi est déterminante. Si l'envoi n'est pas retiré dans le délai de garde de sept jours, il est réputé avoir été communiqué le dernier jour de ce délai, quand bien même il ne s'agirait pas d'un jour ouvrable (ATF 127 I 31 consid. 2b). Cette pratique a d'ailleurs été reprise et inscrite à l'art. 20 al. 2bis
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 20 - 1 Un termine computato in giorni, se deve essere notificato alle parti, comincia a decorrere il giorno dopo la notificazione.
1    Un termine computato in giorni, se deve essere notificato alle parti, comincia a decorrere il giorno dopo la notificazione.
2    Se non deve essere notificato alle parti, esso comincia a decorrere il giorno dopo l'evento che lo fa scattare.
2bis    Una notificazione recapitabile soltanto dietro firma del destinatario o di un terzo autorizzato a riceverla è reputata avvenuta al più tardi il settimo giorno dopo il primo tentativo di consegna infruttuoso.49
3    Se l'ultimo giorno del termine è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dal diritto federale o cantonale, il termine scade il primo giorno feriale seguente. È determinante il diritto del Cantone ove ha domicilio o sede la parte o il suo rappresentante.50
PA (entré en vigueur le 1er janvier 2007) [cf. ATF 134 V 49], qui prévoit qu'une communication qui n'est remise que contre la signature du destinataire ou d'un tiers habilité est réputée reçue au plus tard sept jours après la première tentative de distribution. Cela présuppose qu'un avis de retrait ait été déposé dans la boîte aux lettres du destinataire et qu'il soit donc arrivé dans sa sphère privée. Le fardeau de la preuve de la notification et la date de celle-ci incombe en principe à l'autorité qui entend en tirer une conséquence juridique (ATF 129 I 8 consid. 2.2 et les arrêts cités; cf. aussi arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1232/2008 du 19 août 2008 consid. 3.2.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.339/2006 du 31 juillet 2006 consid. 4.2, où le Tribunal admet la notification alors que le recourant soutient n'avoir pas reçu l'avis de retrait; voir aussi Yves Donzallaz, La notification en droit interne suisse, Berne 2002, p. 582 n° 1231: plus catégorique et qui estime que la preuve de la notification incombe exclusivement à l'autorité).
3.
3.1 En l'occurrence, le dossier comprend une copie de l'enveloppe dans laquelle on peut valablement présumer qu'elle contenait l'avis personnel litigieux. Ce document a été expédié par le DCTI et a été adressé au recourant le 6 septembre 2006 selon le timbre postal. Sur cette enveloppe, l'Office postal de Chêne-Bourgeries a collé le talon d'une formule, où il est indiqué que le destinataire a été avisé afin qu'il retire l'envoi au guichet et que le délai de garde court jusqu'au 18 septembre 2006. De son côté, la recourante se contente d'affirmer qu'elle n'a pas reçu l'invitation à retirer l'envoi (en raison d'une défaillance du service postale, singulièrement de la lenteur du facteur selon les explications fournies dans l'écriture du 7 juillet 2008 et pour autant qu'elles doivent être prises en compte ici [cf. supra consid. 1.3]), sans alléguer aucune circonstance de nature à faire douter de la remise effective de cet avis.

Dans ces circonstances, l'on doit admettre que l'autorité inférieure a rapporté la preuve lui incombant de la notification de l'avis personnel. Celle-ci a eu lieu au terme du délai de garde de sept jour, soit le 18 septembre 2006. Déposée le 19 octobre 2006, la demande d'indemnité est intervenue après le délai légal de 30 jours, de sorte qu'elle est tardive. C'est donc à juste titre que l'OFT l'a déclarée irrecevable.
3.2 Dans sa motivation du 7 juillet 2008 subséquente au recours, la recourante estime que l'irrecevabilité retenue par l'administration est arbitraire et constitue un formalisme excessif dès lors que le retard ne porte en réalité que sur un jour et qu'il s'agit en l'occurrence d'une demande d'indemnisation et non d'un appel ou d'un recours. A supposer que l'on doive examiner ce grief (cf. supra consid. 1.3), le Tribunal de céans y répond comme suit.

Il résulte des art. 18d et 18f LCdque les oppositions doivent être portées devant l'autorité d'approbation des plans dans le délai de mise à l'enquête qui est de 30 jours. Toute personne qui ne fait pas opposition dans ce délai est exclue de la suite de la procédure. Cela est également valable pour les objections en matière d'expropriation et les demandes d'indemnités ou de réparation en nature (cf. art. 18f al. 2
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 20 - 1 Un termine computato in giorni, se deve essere notificato alle parti, comincia a decorrere il giorno dopo la notificazione.
1    Un termine computato in giorni, se deve essere notificato alle parti, comincia a decorrere il giorno dopo la notificazione.
2    Se non deve essere notificato alle parti, esso comincia a decorrere il giorno dopo l'evento che lo fa scattare.
2bis    Una notificazione recapitabile soltanto dietro firma del destinatario o di un terzo autorizzato a riceverla è reputata avvenuta al più tardi il settimo giorno dopo il primo tentativo di consegna infruttuoso.49
3    Se l'ultimo giorno del termine è un sabato, una domenica o un giorno riconosciuto festivo dal diritto federale o cantonale, il termine scade il primo giorno feriale seguente. È determinante il diritto del Cantone ove ha domicilio o sede la parte o il suo rappresentante.50
1ère phrase). En outre, selon l'art. 22
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 22 - 1 Il termine stabilito dalla legge non può essere prorogato.
1    Il termine stabilito dalla legge non può essere prorogato.
2    Il termine stabilito dall'autorità può essere prorogato per motivi sufficienti, se la parte ne fa domanda prima della scadenza.
PA (règle générale applicable au cas particulier), seuls les délais impartis par l'autorité peuvent être prolongés pour des motifs suffisants lorsque la partie en fait la demande avant son expiration (al. 2). Tel n'est en revanche pas le cas des délais légaux (al. 1). Or, le délai fixé par la LCdF pour faire opposition ou pour déposer une demande d'indemnisation est un délai fixé par la loi et ne peut donc être prolongé. Aussi, doit-on admettre, contrairement à que soutient la recourante, qu'en l'occurrence, les délais d'opposition et de recours sont de même nature. Par ailleurs, celle-ci n'a fait valoir aucun élément propre amener l'autorité de première instance à s'interroger sur une éventuelle restitution du délai. Le grief de la recourante serait donc de toute manière mal-fondé.
4.
4.1 Sur le vu de tout ce qui précède, le recours doit être rejeté et la décision attaquée confirmée. La recourante qui succombe supportera les frais de justice (cf. art. 63 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA). Ceux-ci sont fixés à 500.-- francs en application de l'art. 3 let. b
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 3 Tassa di giustizia nelle cause senza interesse pecuniario - Nelle cause senza interesse pecuniario, la tassa di giustizia varia:
a  tra 200 e 3000 franchi se la causa è giudicata da un giudice unico;
b  tra 200 e 5000 franchi negli altri casi.
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Ils seront compensés avec l'avance de frais de 1'500.-- que la recourante a versée. Le solde de 1'000.-- francs lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.
4.2 En ce qui concerne l'indemnité au titre de dépens requis par les intimés, il convient de relever ce qui suit. Selon l'art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
FITAF, les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens. En l'occurrence, la République et Canton de Genève revêt la qualité d'autorité au sens de cette disposition, de sorte qu'aucune indemnité de dépens ne lui sera allouée. Quant aux CFF, même s'ils n'ont pas cette qualité, il n'y a pas non plus lieu de leur allouer de dépens dans la présente cause. En effet, leur intervention devant le Tribunal de céans n'a pas été requise. En outre, le litige portait non pas sur l'approbation des plans déposés par les intimés mais bien plutôt sur le bien-fondé de l'appréciation de l'OFT en tant qu'il considérait la demande d'indemnisation de la recourante irrecevable.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 500.-- francs, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 1500.-. Le solde de 1'000.-- francs lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt.

3.
Il n'est pas alloué d'indemnité au titre de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- aux intimés (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. 341.11/2006-0098 ; recommandé)
- au Secrétariat général du DETEC (acte judiciaire)

La présidente du collège : Le greffier :

Claudia Pasqualetto Péquignot Loris Pellegrini

Indication des voies de droit :
Le présent arrêt peut être attaqué devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. L'arrêt attaqué et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF).

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