Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 138/2009
{T 0/2}

Arrêt du 3 novembre 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Dupraz.

Parties
A.X.________,
agissant par B.X.________, elle-même représentée par Me Caroline Ledermann, avocate,
recourant,

contre

Département de l'instruction publique de la République et canton de Genève, rue Ami-Lullin 4, 1207 Genève,

Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, rue du
Mont-Blanc 18, case postale 1955, 1211 Genève 1,
autorité concernée.

Objet
Prise en charge d'un traitement de logopédie,

recours contre la décision du Tribunal administratif genevois du 22 janvier 2009.

Faits:

A.
Le 22 mai 2008, Z.________ a été informée que les séances de logopédie qu'elle dispensait à A.X.________ ne seraient plus remboursées par le Secrétariat genevois à la formation scolaire spéciale (ci-après: le SFSS), qui est sous la direction administrative du Service médico-pédagogique genevois (ci-après: le Service cantonal) lui-même rattaché au Département genevois de l'instruction publique.

A la suite du désaccord exprimé par Z.________, le Service cantonal, par décision du 3 juin 2008 adressée à la logopédiste avec copie à B.X.________, la mère de A.X.________, a indiqué que, comme la logopédie avait été supprimée du catalogue des prestations médicales de l'assurance-invalidité, les prestations fournies par Z.________ ne seraient remboursées par le SFSS que jusqu'au 22 mai 2008.

B.
Contre la décision susmentionnée du 3 juin 2008, A.X.________, représenté par sa mère, et Z.________ ont déposé, le 25 juin 2008, un recours auprès du Tribunal cantonal genevois des assurances sociales (ci-après: le Tribunal des assurances), afin que A.X.________ puisse poursuivre sa thérapie.

Par arrêt du 1er octobre 2008, le Tribunal des assurances s'est déclaré incompétent ratione materiae pour connaître du recours et a transmis d'office le dossier au Tribunal administratif genevois (ci-après: le Tribunal administratif). Il a considéré en substance que, comme l'assurance-invalidité fédérale ne réglait plus, depuis le 1er janvier 2008, l'octroi des prestations dans le domaine de la formation scolaire spéciale, la décision contestée n'était pas fondée sur une disposition fédérale en matière d'assurances sociales. Elle ne reposait pas non plus sur une loi cantonale dont le Tribunal des assurances pouvait connaître. Certes, il était prévu de conférer une compétence au Tribunal des assurances en la matière, mais la disposition topique ne devait entrer en vigueur que le 1er janvier 2009.

C.
Par décision du 22 janvier 2009, le Tribunal administratif, se fondant sur la législation genevoise en matière d'organisation judiciaire dans sa teneur au 1er janvier 2009, a déclaré irrecevable le recours formé le 25 juin 2008 par A.X.________ et Z.________ et l'a transmis au Tribunal des assurances comme objet de sa compétence.

D.
Contre la décision précitée du 22 janvier 2009, A.X.________, agissant par sa mère, B.X.________, a déposé un recours en matière de droit public, subsidiairement un recours constitutionnel subsidiaire, au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée, à ce qu'il soit dit que le Tribunal administratif est compétent pour connaître du recours du 25 juin 2008 et à ce qu'il soit ordonné à cette autorité d'entrer en matière et de rendre un jugement sur le fond, au besoin après instruction complémentaire. Le recourant requiert la production de différents dossiers.

Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les conclusions et le dispositif de la décision entreprise. Le Département genevois de l'instruction publique s'en remet à justice s'agissant d'une question de compétence entre deux tribunaux. Le Tribunal des assurances a confirmé qu'il s'estimait incompétent et que la cause entrait bien dans la compétence du Tribunal administratif.

Considérant en droit:

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 29 Esame - 1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza.
1    Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza.
2    In caso di dubbio, procede a uno scambio di opinioni con l'autorità che presume competente.
LTF) Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 II 94 consid. 1 p. 96 et la jurisprudence citée).

1.1 Le litige porte sur le point de savoir quelle est l'autorité judiciaire compétente pour statuer sur la prise en charge du traitement de logopédie du recourant, attendu qu'il s'agit de prestations qui, depuis le 1er janvier 2008, ont été supprimées du catalogue couvert par l'assurance-invalidité. Le présent recours a ainsi pour objet une décision rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF), qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. Partant la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.

1.2 Selon la jurisprudence, une décision par laquelle un tribunal déclare un recours irrecevable, notamment pour défaut de compétence, est une décision finale au sens de l'art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF (ATF 133 V 477 consid. 4.1.1 p. 480). Une décision de renvoi est en principe considérée comme une décision incidente (cf. art. 92
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 92 Decisioni pregiudiziali e incidentali sulla competenza e la ricusazione - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione.
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione.
2    Tali decisioni non possono più essere impugnate ulteriormente.
et 93
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 93 Altre decisioni pregiudiziali e incidentali - 1 Il ricorso è ammissibile contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente se:
1    Il ricorso è ammissibile contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente se:
a  esse possono causare un pregiudizio irreparabile; o
b  l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa.
2    Le decisioni pregiudiziali e incidentali nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e nel campo dell'asilo non sono impugnabili.86 Rimangono salvi i ricorsi contro le decisioni sulla carcerazione in vista d'estradizione come anche sul sequestro di beni e valori, sempreché siano adempiute le condizioni di cui al capoverso 1.
3    Se il ricorso in virtù dei capoversi 1 e 2 non è ammissibile o non è stato interposto, le decisioni pregiudiziali e incidentali possono essere impugnate mediante ricorso contro la decisione finale in quanto influiscano sul contenuto della stessa.
LTF), car elle ne met pas fin à la procédure (ATF 133 V 477 consid. 4.2 p. 481).

La décision entreprise revêt les deux aspects, puisque le Tribunal administratif, constatant son incompétence, a refusé d'entrer en matière, tout en transmettant la cause au Tribunal des assurances pour qu'il statue sur le fond. Savoir s'il faut la qualifier de décision finale ou incidente peut toutefois demeurer indécis, dès lors que, même si elle était de nature incidente, la décision du 22 juin 2009 serait immédiatement attaquable auprès du Tribunal fédéral, s'agissant d'une question de compétence (cf. art. 92
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 92 Decisioni pregiudiziali e incidentali sulla competenza e la ricusazione - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione.
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente e concernenti la competenza o domande di ricusazione.
2    Tali decisioni non possono più essere impugnate ulteriormente.
LTF).

1.3 La décision attaquée émane d'un tribunal supérieur (art. 86 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
LTF). Encore faut-il qu'elle ait été rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
LTF). En droit genevois, l'art. 131 al. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 131 - 1 La Confederazione può riscuotere imposte speciali di consumo su:
1    La Confederazione può riscuotere imposte speciali di consumo su:
a  il tabacco greggio e manufatto;
b  le bevande distillate;
c  la birra;
d  le automobili e le loro parti costitutive;
e  il petrolio, altri oli minerali, il gas naturale e i prodotti ottenuti dalla loro lavorazione nonché i carburanti.
2    La Confederazione può inoltre riscuotere:
a  un supplemento sull'imposta di consumo sui carburanti, eccetto i carburanti per l'aviazione;
b  un'imposta in caso di impiego, nei veicoli a motore, di mezzi di propulsione diversi dai carburanti di cui al capoverso 1 lettera e.111
2bis    Se i mezzi non sono sufficienti ai fini dell'adempimento dei compiti connessi al traffico aereo di cui all'articolo 87b, la Confederazione riscuote un supplemento sull'imposta di consumo sui carburanti per l'aviazione.112
3    Il 10 per cento del prodotto netto dell'imposizione delle bevande distillate è devoluto ai Cantoni. È impiegato per combattere, nelle sue cause e nei suoi effetti, l'abuso di sostanze che generano dipendenza.
Cst. (RSGE A 2 00) prévoit l'institution d'un Tribunal des conflits pour trancher les questions de compétence entre une juridiction administrative d'une part et une juridiction civile ou pénale d'autre part. Le Tribunal des conflits a été mis en oeuvre par la loi genevoise du 22 novembre 1941 sur l'organisation judiciaire (LOJ; RSGE E 2 05). L'art. 56L al. 1 LOJ précise qu'une voie de recours auprès du Tribunal des conflits est ouverte contre une décision rendue en dernière instance cantonale par l'une des juridictions concernées en cas de conflit avec une autre juridiction. En l'espèce, le litige concerne la compétence respective du Tribunal administratif et du Tribunal des assurances. Dès lors qu'il s'agit d'autorités judiciaires relevant toutes les deux de la juridiction administrative (cf. ATF 130 I 366 consid. 2.2 p. 368 s.), il n'y a pas de conflit entre deux juridictions, ce qui exclut la voie du recours auprès du Tribunal des conflits. Partant, la décision entreprise a été rendue en dernière instance cantonale.

1.4 Par ailleurs, interjeté en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
et 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF), par le recourant, mineur représenté par sa mère (art. 304
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 304 - 1 I genitori rappresentano per legge il figlio verso i terzi, nella misura dell'autorità parentale che loro compete.
1    I genitori rappresentano per legge il figlio verso i terzi, nella misura dell'autorità parentale che loro compete.
2    Se ambedue i genitori sono detentori dell'autorità parentale, i terzi di buona fede possono presumere che ciascun genitore agisca con il consenso dell'altro.386
3    I genitori non possono, in rappresentanza del figlio, contrarre fideiussioni, costituire fondazioni né fare donazioni, fatti salvi i regali d'uso.387
CC; ATF 129 III 55 consid. 3.1.2 p. 57), qui est destinataire de l'acte attaqué et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF), le recours est en principe recevable.

2.
La voie du recours en matière de droit public étant ouverte, le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable (art. 113
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 113 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi in materia costituzionale interposti contro le decisioni cantonali di ultima istanza laddove non sia ammissibile il ricorso ordinario secondo gli articoli 72-89.
LTF).

3.
Le recourant demande la production de leurs dossiers par l'Office genevois de l'assurance-invalidité, le SFSS, le Tribunal des assurances et le Tribunal administratif.

Le Tribunal administratif et le Tribunal des assurances ont annexé leurs dossiers respectifs à leurs déterminations (cf. art. 102
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 102 Scambio di scritti - 1 Se necessario, il Tribunale federale notifica il ricorso all'autorità inferiore e a eventuali altre parti, altri partecipanti al procedimento o autorità legittimate a ricorrere impartendo loro un termine per esprimersi in merito.
1    Se necessario, il Tribunale federale notifica il ricorso all'autorità inferiore e a eventuali altre parti, altri partecipanti al procedimento o autorità legittimate a ricorrere impartendo loro un termine per esprimersi in merito.
2    L'autorità inferiore gli trasmette gli atti entro tale termine.
3    Di regola non si procede a un ulteriore scambio di scritti.
LTF). L'Autorité de céans s'estime suffisamment renseignée pour statuer en l'état du dossier. Par conséquent, il y a lieu de rejeter la réquisition d'instruction du recourant dans la mesure où elle n'est pas satisfaite.

4.
Entre autres critiques, le recourant affirme qu'en déclinant sa compétence le Tribunal administratif a violé la garantie de l'accès au juge.

4.1 La garantie générale de l'accès au juge figure à l'art. 29a
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29a Garanzia della via giudiziaria - Nelle controversie giuridiche ognuno ha diritto al giudizio da parte di un'autorità giudiziaria. In casi eccezionali, la Confederazione e i Cantoni possono escludere per legge la via giudiziaria.
Cst. Selon cette disposition, toute personne a droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce (cf. ATF 134 V 443 consid. 3.1 p. 446; 130 I 388 consid. 4 p. 393). Il s'agit d'une garantie minimale de procédure qui s'impose aux cantons (ANDREAS AUER ET AL., Droit constitutionnel suisse, vol. II, 2e éd. 2006, p. 561 n. 1195). La violation de la garantie de l'accès au juge se confond avec le déni de justice lorsqu'une autorité judiciaire n'entre pas en matière sur une cause qui lui est soumise dans la forme et les délais prévus par la loi, alors qu'elle relève de sa compétence (cf. arrêt H 236/00 du 29 janvier 2001 consid. 2b).

4.2 D'après la jurisprudence, en l'absence de dispositions transitoires contraires, les nouvelles règles de procédure doivent en principe être appliquées dès leur entrée en vigueur (ATF 129 V 113 consid. 2.2 p. 115). Cette règle ne s'applique cependant pas lorsque le litige a été déféré à une instance judiciaire avant l'entrée en vigueur du nouveau droit, le cas restant soumis à l'ancien droit, notamment quant à la compétence. En effet, conformément au principe de la perpetuatio fori, la compétence se détermine en fonction de la date d'ouverture de la procédure, sous réserve du cas où l'ancienne autorité n'existe plus (ATF 130 V 90 consid. 3.2 p. 93; 129 III 404 consid. 4.3.1 p. 406; arrêt 9C 313/2008 du 6 mars 2009 consid. 4.1, in SVR 2009 IV n° 44 p. 129).

4.3 En l'espèce, par arrêt du 1er octobre 2008, le Tribunal des assurances s'est déclaré incompétent ratione materiae et a transmis le dossier au Tribunal administratif. Ce dernier, par la décision du 22 janvier 2009 qui fait l'objet de la présente procédure, s'est à son tour déclaré incompétent et a retransmis le dossier au Tribunal des assurances. Dans ses déterminations adressées au Tribunal fédéral, le Tribunal des assurances a indiqué qu'il continuait à s'estimer incompétent pour connaître du recours. On est donc en présence d'un conflit négatif de compétence qui a pour effet de priver le recourant de l'accès à un juge. Reste à examiner laquelle de ces autorités devait statuer.

4.4 En droit genevois, le Tribunal administratif, désigné comme l'autorité supérieure ordinaire de recours en matière administrative (art. 56A al. 1 LOJ), est au bénéfice d'une clause générale de compétence, alors que le Tribunal des assurances ne peut se saisir que des causes relevant des matières limitativement énumérées à l'art. 56V LOJ (STEPHANE GRODECKI, Quelques réflexions sur l'histoire tumultueuse du Tribunal cantonal des assurances sociales genevois, RDAF 2005 I p. 35 ss, p. 37). La décision du Service cantonal du 3 juin 2008 attaquée devant le Tribunal des assurances se fonde sur le règlement genevois du 10 décembre 2007 relatif à la reprise des mesures de formation scolaire spéciale de l'assurance-invalidité (RFSAI; RSGE C 1 12.03), entré en vigueur le 1er janvier 2008 (art. 24 RFSAI). L'art. 20 al. 2 RFSAI prévoit que les décisions rendues par le SFSS peuvent faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal des assurances. Conformément au système genevois, cette désignation ne suffit pas à elle seule à créer la compétence du Tribunal des assurances, mais elle suppose d'être concrétisée dans la LOJ. C'est ce que le législateur cantonal a fait, dans le cadre de modifications de la LOJ du 18 septembre 2008 entrées en vigueur
le 1er janvier 2009. Ainsi, à la liste des domaines relevant de la compétence du Tribunal des assurances, il a été ajouté, à l'art. 56V al. 2 let. g LOJ, les contestations prévues à l'art. 20 al. 2 RFSAI. Des dispositions transitoires concernant spécifiquement les modifications du 18 septembre 2008 ont également été introduites à l'art. 162 al. 3 à 7 LOJ, qui prévoit notamment que:
"3 Les juridictions administratives visées par la modification du 18 septembre 2008 connaissent de tous les recours entrant dans leurs attributions déposés postérieurement à l'entrée en vigueur de la modification du 18 septembre 2008.
4 Les recours interjetés avant l'entrée en vigueur de la modification du 18 septembre 2008 et pendants devant une autre juridiction sont transmis d'office au Tribunal administratif, respectivement à la commission cantonale de recours en matière administrative, s'ils entrent dans leur compétence en vertu des dispositions du nouveau droit.
5 Toutefois, dans l'hypothèse visée à l'alinéa précédent, la juridiction compétente au moment du dépôt du recours reste saisie si toutes les parties en font la demande et que la cause est en état d'être jugée.
(...)"

4.5 Il ressort de la décision attaquée que le Tribunal administratif a simplement considéré qu'en vertu de l'art. 56V al. 2 let. g LOJ, le Tribunal des assurances était compétent pour statuer sur le recours interjeté par A.X.________, de sorte que la cause devait lui être transmise. Il semble toutefois avoir échappé au Tribunal administratif que le recours avait été interjeté sur le plan cantonal le 25 juin 2008, soit à un moment où l'art. 56V al. 2 let. g LOJ n'était pas encore en vigueur. Or, les dispositions transitoires topiques ne prévoient, pour les recours interjetés comme en l'espèce avant l'entrée en vigueur du nouveau droit, que l'hypothèse où une cause relevant de la compétence du Tribunal administratif ou de la commission cantonale de recours en matière administrative en vertu du nouveau droit serait pendante auprès d'une autre autorité (cf. art. 162 al. 3 à 5 LOJ). Ces dispositions n'envisagent en revanche pas l'hypothèse inverse où le nouveau droit confierait la compétence de statuer, dans un domaine attribué auparavant au Tribunal administratif en vertu de sa compétence résiduelle, à une autre autorité. En l'absence de disposition transitoire traitant expressément de la question, rien ne justifie donc de s'écarter
des principes généraux de procédure (cf. supra, consid. 4.2). Selon ceux-ci, l'autorité judiciaire compétente pour connaître du recours formé par A.X.________ en juin 2008 doit être déterminée au regard des dispositions de procédure applicables à cette date. Or, à ce moment, l'art. 56V al. 2 let. g LOJ instituant la compétence du Tribunal des assurances pour connaître des contestations prévues à l'art. 20 al. 2 RFSAI n'était pas en vigueur. L'autorité compétente était donc bien le Tribunal administratif, en vertu de sa compétence générale. C'est donc à juste titre que le Tribunal des assurances lui a transmis la cause, le 1er octobre 2008.

Par conséquent, il convient d'admettre le recours, d'annuler la décision du Tribunal administratif du 22 janvier 2009 et de renvoyer la cause à cette autorité comme objet de sa compétence.

5.
En principe, des frais judiciaires et des dépens ne peuvent être mis à la charge d'un canton si ses décisions font, comme en l'occurrence, l'objet d'un recours au Tribunal fédéral, sans que son intérêt patrimonial soit en cause (art. 66 al. 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
et 68 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). Il y a lieu de déroger à ce principe lorsque la décision attaquée viole de manière qualifiée les règles d'application de la justice et cause de ce fait des frais aux parties (art. 66 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
et 68 al. 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF; ATF 133 V 402 consid. 5 p. 407 et la jurisprudence citée; arrêt 9C 557/2008 du 3 avril 2009 consid. 8.2, non publié in ATF 135 III 289). En déclarant le recours du 25 juin 2008 irrecevable pour défaut de compétence, le Tribunal administratif a commis un déni de justice formel, privant le recourant de l'accès à un juge. Il est donc justifié de mettre les frais de justice à la charge de la République et canton de Genève, qui supportera également les dépens dus au recourant (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

2.
Le recours en matière de droit public est admis. La décision du 22 janvier 2009 est annulée et la cause transmise au Tribunal administratif genevois comme objet de sa compétence.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.

4.
La République et canton de Genève versera au recourant la somme de 2'000 fr. à titre de dépens.

5.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, au Département de l'instruction publique, au Tribunal cantonal des assurances sociales et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève.

Lausanne, le 3 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Müller Dupraz