Urteilskopf

150 II 478

38. Extrait de l'arrêt de la IIIe Cour de droit public dans la cause A. contre Administration fiscale cantonale du canton de Genève (recours en matière de droit public) 9C_393/2023 du 10 juin 2024

Regeste (de):

Regeste (fr):

Regesto (it):


Sachverhalt ab Seite 479

BGE 150 II 478 S. 479

A. A. (ci-après: la contribuable ou la fondation), inscrite au registre du commerce du canton de U., a pour but le placement collectif et la gestion des avoirs de prévoyance confiés par ses investisseurs. Dans ce contexte, elle gère des opérations en relation avec des biens immobiliers (notamment des immeubles sis dans le canton de Genève) et des hypothèques. Le 21 décembre 2018, elle a présenté une demande d'exonération de l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) sur le bénéfice et le capital sur la base de l'art. 9 al. 1 let. e de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; rs/GE D 3 15), en raison de biens immobiliers détenus dans le canton de Genève. Par décision du 24 juillet 2019, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a accepté la demande d'exonération de la contribuable à partir de l'année 2018 et pour une durée indéterminée, à condition que les fonds recueillis fussent effectivement utilisés conformément au but social. Cette exonération s'étendait aux droits de succession sur les institutions d'héritiers, legs et autres libéralités à cause de mort ainsi qu'aux droits d'enregistrement sur les donations. En revanche, elle ne s'étendait pas à l'impôt immobilier complémentaire, ni aux ICC calculés sur les bénéfices résultant d'aliénations de biens et d'actifs immobiliers, lesquels étaient imposables de manière ordinaire dans le cadre de la détermination de l'impôt sur le bénéfice en vertu de la LIPM, ni encore aux droits d'enregistrement afférents aux actes et opérations immobiliers à titre onéreux. Statuant sur réclamation le 29 septembre 2021, l'Administration fiscale a déclaré la réclamation de la contribuable irrecevable, faute d'un
BGE 150 II 478 S. 480

intérêt digne de protection, puisque celle-ci n'avait pas réalisé de bénéfice immobilier. En outre et si la réclamation devait être recevable, elle l'a rejetée et a confirmé que la décision d'exonération du 24 juillet 2019 ne s'étendait pas aux bénéfices d'aliénation de biens et d'actifs immobiliers qui seraient, le cas échéant, imposables de manière ordinaire à l'impôt sur le bénéfice.
B.

B.a Dans son jugement du 29 août 2022, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a partiellement admis le recours de la contribuable, le considérant recevable, et l'a rejeté sur le fond.
B.b Par arrêt du 2 mai 2023, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), a rejeté le recours de la fondation.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A. conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 2 mai 2023. À titre principal, elle demande à ce qu'il soit dit que l'exonération des ICC sur le bénéfice et le capital prononcée par la décision du 24 juillet 2019 de l'Administration fiscale s'étende également aux éventuels gains immobiliers futurs réalisés et qu'il soit dit que ces gains soient exclusivement soumis à "l'impôt spécial sur les bénéfices et gains immobiliers". À titre subsidiaire, la fondation conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Après que l'Administration fiscale a conclu au rejet du recours, la contribuable s'est encore déterminée. Le Tribunal fédéral a admis le recours.

Erwägungen

Extrait des considérants:

5.

5.1 La LHID (RS 642.14) ne contient que peu de dispositions sur l'impôt sur les gains immobiliers. La perception d'un tel impôt est certes prescrite (cf. art. 2 al. 1 let. d
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 2 Impôts directs à prélever - 1 Les cantons prélèvent les impôts suivants:
1    Les cantons prélèvent les impôts suivants:
a  un impôt sur le revenu et un impôt sur la fortune des personnes physiques;
b  un impôt sur le bénéfice et un impôt sur le capital des personnes morales;
c  un impôt à la source auprès de certaines personnes physiques et morales;
d  un impôt sur les gains immobiliers.
2    Les cantons peuvent déterminer si l'impôt sur les gains immobiliers est prélevé par le canton ou par les communes.
LHID). Cependant, la LHID demeure vague en ce qui concerne l'aménagement de l'impôt et ne contient que peu de directives pour les cantons (ATF 143 II 382 consid. 2.1; arrêt 9C_9/2023 du 2 août 2023 consid. 4.1). Elle ne s'exprime notamment que de manière générale sur la détermination du bénéfice imposable. Conformément à la marge de manoeuvre qui leur est laissée, les cantons n'ont pas réglé l'imposition des gains immobiliers
BGE 150 II 478 S. 481

de manière uniforme (ATF 143 II 382 consid. 2.1; ATF 134 II 124 consid. 3.2; arrêt 9C_9/2023 du 2 août 2023 consid. 4.1). L'impôt sur les gains immobiliers est un impôt spécial sur le revenu, respectivement sur le bénéfice, qui se substitue à l'impôt ordinaire sur le revenu et le bénéfice dans la mesure de son objet fiscal. Il constitue un impôt réél (art. 12 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID; ATF 148 II 299 consid. 7.4.5; ATF 145 II 206 consid. 3.2; ATF 143 II 382 consid. 2.3).
5.1.1 L'art. 12 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID prévoit que l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). Le législateur fédéral a conçu les éléments essentiels de la disposition précitée comme des notions juridiques indéterminées; les notions de "produit", de "frais d'investissement" et de "valeur de remplacement" ne sont pas définies plus en avant, et la Confédération laisse aux cantons une certaine marge de manoeuvre dans la définition du bénéfice imposable. Dans cette mesure, le droit cantonal en matière d'impôt sur les gains immobiliers se présente comme du droit cantonal (art. 1 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 1 But et champ d'application - 1 La présente loi désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit.
1    La présente loi désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit.
2    Pour les impôts que les cantons doivent prélever en vertu de l'art. 2, al. 1, la présente loi s'applique également aux communes dans la mesure où le droit cantonal leur accorde la compétence fiscale.
3    Lorsqu'aucune réglementation particulière n'est prévue, les impôts cantonaux et communaux sont établis en vertu du droit cantonal. Restent en particulier de la compétence des cantons la fixation des barèmes, celle des taux et celle des montants exonérés d'impôt.
LHID; ATF 143 II 382 consid. 3.1 et 3.3; arrêt 9C_9/2023 du 2 août 2023 consid. 4.2.1).
5.1.2 L'art. 12 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
phrase, LHID prévoit que les cantons peuvent percevoir l'impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale du contribuable, à condition que ces gains ne soient pas soumis à l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice ou que l'impôt sur les gains immobiliers soit déduit de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice. L'art. 12 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID permet dès lors aux cantons d'adopter soit un système moniste, qui a pour conséquence que l'impôt sur le gain immobilier est dû et ce, qu'il s'agisse d'un bien immobilier faisant partie de la fortune privée ou de la fortune commerciale (ATF 145 II 206 consid. 2.2.1; ATF 143 II 233 consid. 2.1), soit d'adopter un système dualiste, selon lequel les gains et pertes issus de la vente d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale sont soumis à l'impôt sur le revenu ou le bénéfice. Il en découle que le système dualiste ne différencie pas d'emblée le produit de la vente d'un immeuble du produit de la vente d'une autre activité commerciale (cf. ATF 145 II 206 consid. 2.2.1).
BGE 150 II 478 S. 482

5.2 Aux termes de l'art. 23 al. 1 let. d
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID, sont exonérées de l'impôt les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel. L'al. 4 précise que les personnes morales mentionnées à l'al. 1 let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8 al. 4), aux amortissements (art. 10 al. 1 let. a), aux provisions (art. 10 al. 1 let. b) et à la déduction des pertes (art. 10 al. 1 let. c
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 10 Activité lucrative indépendante - 1 Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
1    Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
a  les amortissements justifiés d'éléments de la fortune commerciale;
b  les provisions constituées pour couvrir des engagements dont le montant est encore indéterminé ou d'autres risques de pertes imminentes;
c  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, qui ont été comptabilisées;
d  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
e  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 8, al. 2;
f  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
g  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.78
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.79
2    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale au sens de l'art. 15 peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées.80
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du revenu peuvent être soustraites des prestations de tiers destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du domicile au regard du droit fiscal ou du lieu d'exploitation de l'entreprise à l'intérieur de la Suisse.81
) s'appliquent par analogie. Selon la jurisprudence, la notion d'"impôt sur les gains immobiliers" de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
, 1re
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
phrase, LHID correspond à celle de l'art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID (arrêt 2C_216/2019 du 28 janvier 2020 consid. 2 et les références).
Ces règles ont été reprises dans le droit cantonal genevois. L'art. 9 al. 1 let. e LIPM prévoit que sont exonérées de l'impôt les institutions de prévoyance d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel. Selon l'art. 9 al. 2, 1re phrase, LIPM, les personnes morales mentionnées à l'al. 1, notamment let. f, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi, aux amortissements, aux provisions et à la déduction des pertes s'appliquent par analogie.
5.3 En droit de la prévoyance professionnelle, l'art. 80 al. 2
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP prévoit que dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçues par les cantons et les communes. Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation (art. 80 al. 3
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP). Conformément à l'art. 80 al. 4
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP, les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
BGE 150 II 478 S. 483

5.4

5.4.1 En droit cantonal genevois, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net (cf. art. 11 LIPM); en vertu de l'art. 12 al. 1 let. a LIPM, est considéré comme bénéfice net imposable le bénéfice net tel qu'il résulte du compte de profits et pertes.
5.4.2 Figurant dans le titre II intitulé "Impôt sur les bénéfices et gains immobiliers", l'art. 80 de la loi générale du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques (LCP; rs/GE D 3 05) prévoit que "l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation". Le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (art. 82 al. 1 LCP) et la valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (art. 82 al. 2 LCP). Quant à la valeur d'aliénation, elle est égale au prix de vente diminué des impenses que l'aliénateur a supportées à cette occasion (art. 82 al. 6 LCP). L'art. 82 al. 8 LCP précise que sont considérés comme impenses les frais liés à l'acquisition ou à l'aliénation de l'immeuble et les dépenses qui en ont augmenté la valeur. L'art. 26 LIPM prévoit en outre que "lorsque le bénéfice réalisé lors de l'aliénation d'immeubles est soumis à un impôt annuel entier sur le bénéfice net ou le revenu net, l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers perçus en application des articles 80 à 87 de la loi générale sur les contributions publiques, du 9 novembre 1887, est imputé sur l'impôt annuel ou remboursé pour la part qui en excède le montant".
5.4.3 Il résulte des dispositions cantonales précitées que, de manière générale, le canton de Genève prélève l'impôt sur les gains immobiliers non seulement sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles privés, comme l'exige l'art. 12 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, mais aussi sur ceux réalisés lors de l'aliénation d'immeubles commerciaux, comme le permet l'art. 12 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID (cf. art. 80 al. 1 LCP; arrêt 2C_501/2020 du 15 mars 2021 consid. 6.1.1 et les références). Dans ce cas toutefois, et conformément à l'art. 12 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, l'impôt sur les gains immobiliers est imputé sur l'impôt sur le revenu, respectivement sur le bénéfice (système dit mixte ou matériellement dualiste; cf. arrêts 2C_501/2020 du 15 mars 2021 consid. 6.1.1; 2C_834/2012 du 19 avril
BGE 150 II 478 S. 484

2013 consid. 5.2; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 5e éd. 2021, p. 365 n. 56; MARKUS REICH, Steuerrecht, 3e éd. 2020, p. 510; FREY/DOLDER, Besteuerung von Grundstückgewinnen bei Vorsorgeeinrichtungen, RF 74/2019 p. 518; ANNE-CHRISTINE SCHWAB, La vente des actions de la société immobilière en droit fiscal suisse, 2019, p. 108; BASTIEN VERREY, L'imposition différée du gain immobilier: harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, 2011, p. 303).
6.

6.1 La juridiction cantonale a tout d'abord rappelé que le canton de Genève avait adopté, pour l'imposition du gain immobilier provenant de la vente d'immeubles appartenant à une personne morale, un système "formellement moniste" mais qui était en réalité "matériellement dualiste". Elle a également rappelé que la jurisprudence du Tribunal fédéral avait retenu que pour les cantons qui connaissaient un système dualiste, l'assujettissement du gain immobilier issu de la vente d'un immeuble par une personne morale à l'impôt spécial sur les gains immobiliers était étranger à ce système (cf. arrêt 2C_1080/2014 du 5 juillet 2016 consid. 5.5.2). En se fondant sur les travaux préparatoires relatifs à la LIPM, la Cour de justice est parvenue à la conclusion que la conservation du système dualiste des gains immobiliers dans le canton de Genève était admise, y compris après le 1er janvier 2001 (qui correspond à la date jusqu'à laquelle les cantons devaient adapter leur législation à la LHID [cf. art. 72 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.233
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.233
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.234
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
LHID; arrêt 2C_793/2019 du 22 janvier 2020 consid. 3.2]). Partant, puisque les éventuels gains immobiliers réalisés par la recourante ne provenaient pas d'éléments de la fortune privée, ceux-ci devaient être soumis à l'impôt sur le bénéfice. Selon les juges précédents, l'intimée avait expliqué qu'elle n'imposait pas les réévaluations, ni les rattrapages d'amortissements et retranchait l'ICC. Or ce procédé correspondait à la lettre de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
, 2e
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
phrase, LHID. En définitive et puisque l'impôt sur les gains immobiliers, le cas échéant prélevé à titre de garantie, pouvait être imputé sur l'impôt (sur les bénéfices) annuel prélevé, c'était à bon droit que la contribuable devait être assujettie à l'impôt ordinaire sur le bénéfice pour les éventuels futurs gains en capital réalisés sur la vente d'immeubles lui appartenant.
6.2 À l'encontre de ce raisonnement, la recourante fait valoir que quand bien même un canton, comme celui de Genève, aurait opté pour un mode d'imposition dit dualiste, une personne morale exonérée de l'impôt sur le bénéfice devrait être néanmoins soumise à
BGE 150 II 478 S. 485

l'impôt spécial pour les gains immobiliers, et ce conformément à l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID. En se fondant notamment sur une interprétation littérale de cette disposition, selon laquelle la 2e phrase de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID ne pourrait faire sens que si la phrase qui la précède renverrait spécifiquement à l'impôt spécial sur les gains immobiliers, la recourante allègue que le législateur fédéral aurait "strictement entendu soumettre les gains immobiliers réalisés par une institution de prévoyance exonérée d'impôt sur les bénéfices à l'impôt spécial sur les gains immobiliers". De plus, elle reproche à la juridiction cantonale d'avoir considéré que l'art. 80 al. 4
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP était de nature à justifier le prélèvement de l'impôt sur le bénéfice sans "prendre en compte le sens et la portée propres octroyés à l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID", méconnaissant ainsi les dispositions du droit fédéral harmonisé.
7.

7.1 À titre liminaire, il n'est à juste titre pas contesté que la recourante, en tant que fondation de placement, peut être exonérée de l'impôt au sens des art. 23 al. 1 let. f
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID et 80 al. 2 LPP, de sorte qu'elle est fondée à se plaindre d'une violation de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID (cf. arrêt 2C_340/2011 du 1er février 2012 consid. 2; ROTH/FANKHAUSER/BRÜGGER, Grundstückgewinnsteuer: Steuerneutralität bei Immobilienübertragungen auf Anlagestiftungen, RSAS 2022 p. 268 s.).
7.2 Le litige soulève la question de savoir si "l'impôt sur les gains immobiliers", auquel est soumise la recourante pour ses éventuels futurs gains immobiliers en vertu de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID et de l'art. 9 al. 2, 1re phrase, LIPM, correspond à l'impôt spécial sur les gains immobiliers, au sens des art. 80 ss LCP, ou à l'impôt ordinaire sur le bénéfice au sens de l'art. 11 LIPM.
7.2.1 S'agissant de l'étendue de l'autonomie dont le législateur cantonal dispose dans le cadre de la loi fédérale d'harmonisation, singulièrement pour réglementer un domaine fiscal particulier, elle se détermine sur la base des méthodes et critères d'interprétation généralement applicables (ATF 128 II 56 consid. 3b; arrêt 2C_954/2010 du 8 décembre 2011 consid. 3.1; sur ces critères, cf. consid. 7.2.2 infra). En l'espèce, il ne ressort pas du texte de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID ("... sont soumises en tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers"; "... unterliegen jedoch in jedem Fall der Grundstückgewinnsteuer"; "... sottostanno nondimeno in tutti i casi all'imposta sui guadagni immobiliari") que les cantons pourraient adopter une solution différente de celle qui résulterait de la disposition de droit fédéral.
BGE 150 II 478 S. 486

En outre, à l'occasion des débats parlementaires au sujet de cette disposition, il a été spécifiquement mis en évidence que "chaque exception inscrite dans la loi en faveur des cantons contredit le principe de l'harmonisation" (rapporteur Salvioni, BO 1989 CN 74). On peut dès lors en déduire que le législateur cantonal ne dispose pas d'autonomie dans le cadre de la mise en oeuvre de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID. Le Tribunal fédéral examinera dès lors la question litigieuse avec un plein pouvoir d'examen (consid. 2.2 non publié).
7.2.2 La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte se prête à plusieurs interprétations, s'il y a de sérieuses raisons de penser qu'il ne correspond pas à la volonté du législateur, il convient de rechercher sa véritable portée au regard notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant ces différentes interprétations, sans les soumettre à un ordre de priorité (ATF 148 I 251 consid. 3.6 et les références; ATF 147 II 78 consid. 6.4 et les références).
7.2.3 Comme le fait valoir la contribuable, la lettre de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
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3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
phrase, LHID est univoque; celle-ci se réfère en effet clairement à l'impôt sur les gains immobiliers au sens strict, étant précisé que les versions allemande et italienne, qui font respectivement référence au "Grundstückgewinnsteuer" et à l'"imposta sui guadagni immobiliari", ne diffèrent pas de la version française. La lettre même de la loi implique donc que les gains en cause soient soumis à l'impôt sur les gains immobiliers (dans ce sens, ZWEIFEL/HUNZIKER/MARGRAF/ OESTERHELT, Schweizerisches Grundstückgewinnsteuerrecht, 2021, § 9 n. 22, selon lesquels le canton de Genève est le seul canton avec un système dualiste qui soumet lesdits gains à l'impôt sur le bénéfice). Cette interprétation littérale est corroborée par le fait que la notion d'"impôt sur les gains immobiliers" contenue à l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
, 1re
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
phrase, LHID correspond à celle de l'art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID (consid. 5.2 supra). Or la formulation de l'art. 12 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID (consid. 5.1.2 supra) fait clairement le départ entre l'"impôt sur les gains immobiliers" et l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice. Les travaux préparatoires relatifs à l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID ne permettent pas de parvenir à une conclusion différente. Certes, le Message sur
BGE 150 II 478 S. 487

l'harmonisation fiscale (Message du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral [Message sur l'harmonisation fiscale], FF 1983 III 1, 117) indiquait, dans le cadre du projet relatif à la disposition correspondant à l'actuel art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID, que celle-ci correspondait à l'art. 80 al. 4
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP (RO 1983 818). Toutefois, à l'inverse de l'art. 80 al. 4
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP dont la formulation est potestative et prévoit une alternative entre "l'impôt général sur les bénéfices" et l'"impôt spécial sur les gains immobiliers" auquel sont soumis les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles (consid. 5.3 supra), le législateur, à l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID, a introduit une obligation pour les cantons de prélever "l'impôt sur les gains immobiliers" (cf. BO 1989 CN 74; BO 1986 CE 147). Partant, on ne saurait parler d'une véritable concordance entre ces deux dispositions de droit fédéral sur le point ici litigieux. En fait, selon la jurisprudence, l'art. 80
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
LPP comprend des principes sur le traitement fiscal de la prévoyance professionnelle mais pas de règles sur l'aménagement de l'impôt en cause (arrêt 2C_1080/2014 du 5 juillet 2016 consid. 5.6). On doit donc admettre, avec une partie de la doctrine (cf. FREY/DOLDER, op. cit., p. 532; ZUPPINGER/BÖCKLI/LOCHER/REICH, Steuerharmonisierung, 1984, p. 140) que l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID impose aux cantons de prélever, pour les personnes morales exonérées de l'impôt et qui sont énumérées à son al. 1, un impôt sur les gains immobiliers (au sens strict).
7.3 Le point de vue contraire de la juridiction cantonale, qui repose avant tout sur le caractère admissible du système dualiste genevois sans égard à l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
(1re phrase) LHID, ne saurait être suivi. La référence qu'elle fait à l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_1080/2014 du 5 juillet 2016 n'est pas pertinente. Dans cet arrêt, également cité par l'intimée à l'appui de ses conclusions, le Tribunal fédéral a relevé que dans les cantons qui connaissent le système dualiste, l'imposition du gain immobilier d'une personne morale au titre de l'impôt sur les gains immobiliers se révèle de toute façon étrangère au système ("systemfremd"). Dans ce contexte, il a considéré que la réglementation de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
, 2e
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
phrase, LHID, qui réserve à la fois l'imposition des gains immobiliers et la déduction des pertes n'est pas du tout contraire au système, mais s'insère à l'inverse de manière conséquente dans le système valant aussi pour les autres personnes morales (arrêt 2C_1080/2014 du 5 juillet 2016 consid. 5.5.2). Or on ne saurait déduire de la considération sur le caractère étranger au système de l'imposition des gains immobiliers d'une personne morale
BGE 150 II 478 S. 488

par l'impôt sur les gains immobiliers que le Tribunal fédéral n'aurait fait aucune objection à un assujettissement selon l'impôt général sur le bénéfice si le droit cantonal le prévoit (déduction faite par GRETER/ GRETER, in Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, 4e éd. 2022, n° 46 ad art. 23
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID). Le Tribunal fédéral n'avait pas à se prononcer alors sur l'assujettissement d'une institution de prévoyance (exemptée de l'impôt) pour ses bénéfices immobiliers à l'impôt sur le bénéfice. Il a en revanche retenu que l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
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3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
, 1re
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
phrase, LHID réservait expressément la perception de l'impôt sur les gains immobiliers pour les institutions de prévoyance professionnelle au sens de l'art. 23 al. 1 let. d
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID. Partant, la contribuable en cause dans l'arrêt précité n'était pas soumise à l'impôt sur le bénéfice, mais bien à l'impôt sur les gains immobiliers pour les gains immobiliers qu'elle avait réalisés sur sa fortune commerciale dans le canton de Saint-Gall (tel que prévu par le droit cantonal), et ce nonobstant l'existence d'un système d'imposition dualiste (cf. arrêt 2C_1080/2014 du 5 juillet 2016 consid. 5.3).
7.4 En conséquence de ce qui précède, les éventuels gains immobiliers futurs de la recourante doivent être soumis à l'impôt sur les gains immobiliers, tel que prévu par les art. 80 ss LCP et non pas au régime de l'impôt sur le bénéfice selon la LIPM. Fondé sur une violation de l'art. 23 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
LHID, l'arrêt cantonal doit être réformé en ce sens. La conclusion principale y relative de la recourante se révèle bien fondée. Aussi, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs de la recourante, qui concernent avant tout le calcul de l'impôt et donc un aspect étranger au litige qui ne devrait, le cas échéant, être pris en considération qu'à l'occasion d'une imposition effective.
Information de décision   •   DEFRITEN
Document : 150 II 478
Date : 10 juillet 2024
Publié : 30 janvier 2025
Source : Tribunal fédéral
Statut : 150 II 478
Domaine : ATF - Droit administratif et droit international public
Objet : Art. 23 al. 1 let. f et al. 4 LHID; art. 80 al. 2 LPP; nature de l'impôt sur le gain immobilier au sens de la LHID prélevé...


Répertoire des lois
LHID: 1 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 1 But et champ d'application - 1 La présente loi désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit.
1    La présente loi désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit.
2    Pour les impôts que les cantons doivent prélever en vertu de l'art. 2, al. 1, la présente loi s'applique également aux communes dans la mesure où le droit cantonal leur accorde la compétence fiscale.
3    Lorsqu'aucune réglementation particulière n'est prévue, les impôts cantonaux et communaux sont établis en vertu du droit cantonal. Restent en particulier de la compétence des cantons la fixation des barèmes, celle des taux et celle des montants exonérés d'impôt.
2 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 2 Impôts directs à prélever - 1 Les cantons prélèvent les impôts suivants:
1    Les cantons prélèvent les impôts suivants:
a  un impôt sur le revenu et un impôt sur la fortune des personnes physiques;
b  un impôt sur le bénéfice et un impôt sur le capital des personnes morales;
c  un impôt à la source auprès de certaines personnes physiques et morales;
d  un impôt sur les gains immobiliers.
2    Les cantons peuvent déterminer si l'impôt sur les gains immobiliers est prélevé par le canton ou par les communes.
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 10 Activité lucrative indépendante - 1 Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
1    Les frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel qui peuvent être déduits comprennent notamment:
a  les amortissements justifiés d'éléments de la fortune commerciale;
b  les provisions constituées pour couvrir des engagements dont le montant est encore indéterminé ou d'autres risques de pertes imminentes;
c  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, qui ont été comptabilisées;
d  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
e  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 8, al. 2;
f  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
g  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.78
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.79
2    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale au sens de l'art. 15 peuvent être déduites pour autant qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du revenu imposable des années concernées.80
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du revenu peuvent être soustraites des prestations de tiers destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du domicile au regard du droit fiscal ou du lieu d'exploitation de l'entreprise à l'intérieur de la Suisse.81
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire88, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
1    Seuls sont exonérés de l'impôt:
a  la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
b  le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
c  les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
d  les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
e  les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
f  les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.106 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
g  les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
h  les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte108, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
i  les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
j  les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
2    ...111
3    Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
4    Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.112
72 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.233
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.233
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.234
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
80
LPP: 80
SR 831.40 Loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP)
LPP Art. 80 Institutions de prévoyance - 1 Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
1    Les dispositions du présent titre s'appliquent aussi aux institutions de prévoyance non inscrites dans le registre de la prévoyance professionnelle.
2    Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance de droit privé ou de droit public qui ont la personnalité juridique sont exonérées des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, ainsi que d'impôts sur les successions et sur les donations perçus par les cantons et les communes.
3    Les immeubles peuvent être frappés d'impôts fonciers, en particulier d'impôts immobiliers sur la valeur brute de l'immeuble et de droits de mutation.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles peuvent être frappés de l'impôt général sur les bénéfices ou d'un impôt spécial sur les gains immobiliers. Les bénéfices qui résultent de la fusion ou de la division d'institutions de prévoyance ne sont pas imposables.
Répertoire ATF
128-II-56 • 134-II-124 • 143-II-233 • 143-II-382 • 145-II-206 • 147-II-72 • 148-I-251 • 148-II-299 • 150-II-478
Weitere Urteile ab 2000
2C_1080/2014 • 2C_216/2019 • 2C_340/2011 • 2C_501/2020 • 2C_793/2019 • 2C_834/2012 • 2C_954/2010 • 9C_393/2023 • 9C_9/2023
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
administration • allemand • analogie • application ratione materiae • assujettissement • augmentation • autorité fiscale • autorité législative • bien acquis en remploi • bénéfice • bénéfice net • calcul • calcul de l'impôt • compte de profits et pertes • directeur • doctrine • droit cantonal • droit des successions • droit fiscal • droit fédéral • droit public • droits de mutation • durée indéterminée • décision • déclaration • dépense d'investissement • examinateur • fondation de placement • fortune • fortune commerciale • fortune privée • futur • gain en capital • gain immobilier • genève • harmonisation fiscale • immeuble agricole • impôt annuel • impôt cantonal et communal • impôt foncier • impôt réel • impôt spécial • impôt sur le revenu • impôt sur les gains immobiliers • institution d'héritier • institution de prévoyance • interprétation historique • interprétation littérale • interprétation systématique • interprétation téléologique • intérêt digne de protection • lf sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes • matériau • notion juridique indéterminée • parlement • parlementaire • perception de l'impôt • personne morale • pouvoir d'examen • première instance • prévoyance professionnelle • quant • recours en matière de droit public • registre du commerce • revenu net • saint-gall • société immobilière • suie • syndrome d'aliénation parentale • titre • travaux préparatoires • tribunal administratif • tribunal fédéral • valeur de remplacement • valeur vénale • vente d'immeuble • vue
AS
AS 1983/818
FF
1983/III/1
BO
1986 CE 147 • 1989 CN 74
RF
74/2019 S.518