Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 495/2017, 2C 512/2017

Arrêt du 27 mai 2019

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd, Aubry Girardin, Donzallaz et Stadelmann.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
2C 495/2017
Service cantonal des contributions du canton du Valais,
recourant,

contre

A.________, représentée par Maîtres René Matteotti et Kilian Perroulaz,

et

2C 512/2017
A.________, représentée par Maître René Matteotti et Maître Kilian Perroulaz,
recourante,

contre

Service cantonal des contributions du canton du Valais.

Objet
Impôt fédéral direct, impôt cantonal et communal 2009, 2010 et 2011; prestations d'une entreprise d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public à des entreprises proches,

recours contre l'arrêt de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 26 avril 2017.

Faits :

A.

A.a. A.________ (ci-après: la Société) a été constituée en 1947, avec pour but notamment l'aménagement des forces hydrauliques de la rivière de I.________, en particulier, la construction et l'exploitation des usines de B.________, la construction, l'exploitation, l'acquisition, la prise à ferme des installations de transport et de distribution d'énergie, ainsi que l'achat et la vente d'énergie électrique. L'aménagement central de A.________ est constitué du barrage voûte de B.________, dont la construction a débuté en 1951 et s'est terminée en 1958. Les usines de A.________ produisent annuellement plus d'un million de mégawattsheures (MWH) d'électricité dite hydraulique à accumulation.
Son capital social de 100 millions de francs est divisé en 20'000 actions réparties comme suit entre ses actionnaires:
C.________ AG 29.25%
D.________ AG 19.50%
E.________ AG 19.50%
F.________ SA 19.50%
G.________ 9.75%
H.________ 2.50%

A.b. En 1952, les actionnaires de A.________ ont arrêté les modalités de leurs relations avec et en faveur de A.________ au travers d'un contrat dit de partenaires. Actuellement, ces relations sont régies par un contrat du 1er novembre 1996 intitulé " Convention fondamentale concernant l'exploitation et le financement de l'aménagement hydro-électrique de B.________ " et par son avenant du 23 mars 2005 (ci-après: la Convention).
La Convention prévoit que l'énergie produite par la société de partenaires A.________ le serait en faveur de ses actionnaires (les partenaires), à charge pour eux de faire face à toutes les charges de A.________, en fonction de la quote-part de leur participation au capital de la Société. Elle stipule aussi que les actionnaires de A.________ lui versent annuellement, en fonction de la quote-part de leur participation, un " dividende " d'au moins 3,5% du capital-actions libéré, mais au maximum supérieur de 1% en chiffre rond au taux moyen des emprunts de la Société, la fixation du montant du dividende restant de la compétence de l'assemblée générale de A.________.
Jusqu'en 2005, A.________ a été imposée, tant au plan de l'impôt cantonal et communal que de l'impôt fédéral direct, sur ses bénéfices déclarés, qui résultaient du système de rémunération prévu par la Convention (coût de revient majoré d'un pourcentage du capital-actions).
Les Départements des finances et les administrations fiscales des cantons du Valais et des Grisons ont remis en cause ce mécanisme de rémunération des sociétés de partenaires. Des discussions ont été menées entre les départements des finances et les administrations fiscales de l'ensemble des cantons suisses et Swisselectric, avec la collaboration, notamment, de Swissgrid SA.
Au début de l'année 2010, un modèle d'imposition provisoire de transition a été arrêté par convention entre A.________ et les autorités valaisannes pour les périodes fiscales 2006 à 2008. Il en découlait un bénéfice imposable de 16'844'000 fr. pour 2006, de 21'554'000 fr. pour 2007 et de 32'909'000 fr. pour 2008.
Les discussions entre administrations cantonales concernant l'imposition des sociétés de forces motrices pour les périodes fiscales suivantes se sont poursuivies jusqu'à l'été 2013, date à laquelle il a été pris acte du refus du canton de Soleure, puis du canton de Vaud, d'adhérer au modèle d'imposition " au prix du marché " élaboré avec la collaboration de Swissgrid.

B.

B.a. Pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011, A.________ a déclaré un bénéfice imposable de respectivement 5'270'000 fr., 5'215'477 fr. et 5'270'000 francs. Ces bénéfices résultaient de l'application de la Convention.
Le 30 août 2013, le Service cantonal a notifié à A.________ des décisions de taxation pour les périodes fiscales 2009 à 2011, fixant le bénéfice imposable de A.________ à 26'625'174 fr. pour la période fiscale 2009, à 24'509'987 fr. pour la période fiscale 2010 et à 26'586'590 fr. pour la période fiscale 2011. Le Service cantonal y joignait le modèle d'imposition qu'il avait appliqué, qui avait été défini en collaboration avec le canton des Grisons et Swisselectric. Ce modèle partait de la production annuelle d'électricité de A.________ à disposition des partenaires (sans l'énergie de pompage). Etant donné la libéralisation partielle du marché de l'électricité, la production de A.________ était divisée en une part "approvisionnement " (prix de l'énergie d'approvisionnement) et en une part " commerce " (prix de l'énergie sur le marché boursier), dont les prix respectifs étaient estimés pour chaque période fiscale. Etaient ensuite pris en compte une série de critères destinés à inclure les paramètres jugés déterminants pour aboutir à un bénéfice correspondant au prix du marché (facteur de qualité de l'énergie [" EQF "]; possibilité de valoriser la production par l'émission de certificats verts négociables en bourse [" énergie verte
"]; conversion des montants sur le marché boursier euros/francs suisses; revenus provenant des prestations de services système, attribués à la centrale; revenus divers; charges d'exploitation; provisions pour risque; attribution d'une part du profit réalisé aux partenaires, afin de tenir compte des fonctions et des risques qu'ils assument [" profit split "]). Le modèle d'imposition se présentait comme suit pour les périodes fiscales 2009 à 2011 (version simplifiée tirée de l'arrêt attaqué p. 14 ss) :

1. Énergie des partenaires, sans l'énergie de pompage

2008/2009 1'118'302 MWH
2009/2010 989'489 MWH
2010/2011 982'932 MWH

2. Répartition de l'énergie des partenaires

L'énergie est répartie à raison de 65% pour la part approvisionnement et de 35% pour la part commercialisée à la bourse/OTC.

3. Prix de l'approvisionnement

Le prix de référence au 01.01.2009 est de 83 fr./MWH. Il se base sur les prix et les quantités d'énergie vendues aux consommateurs finaux par 49 gestionnaires du réseau de distribution (GRD), représentant plus de 60% du marché suisse. Ce prix est ensuite actualisé avec l'indice des prix à la production électrique (OFS).
Un facteur correctif de 2.5% réduit les prix afin de tenir compte des tarifs différents entre le marché de l'approvisionnement et celui du commerce.
Les prix de référence représentent les prix de revente aux consommateurs finaux. Pour parvenir au prix de production, un abattement de 14 fr. est accordé/MWH pour la partie distribution. Cette correction comprend aussi bien les frais d'administration, d'exploitation que le résultat du GRD.

Fr./MWH
2008/2009 81.46
2009/2010 83.90
2010/2011 86.20

Production Approv. Fr./MWH EQF (cf. ch. 5) Revenu brut

2008/2009:

1'118'30 x 65% x 81.46 x 113.82% 67'399'031 fr.

2009/2010:

989'489 x 65% x 83.90 x 111.62% 60'233'893 fr.

2010/2011:

982'392 x 65% x 86.20 x 109.57% 60'307'666 fr.

Production Approv. Abattement Revenu brut

2008/2009:

118'302 x 65% x 14 10'176'548 fr.

2009/2010:

989'489 x65% x 14 9'004'350 fr.

2010/2011:

982'932 x 65% x 14 8'939'767 fr.

4. Prix du commerce

Le prix du marché se compose de la moyenne pondérée (convertie en francs suisses) des indices EPEX/EEX pour l'année N (Phelix Day Base en heure) et EPEX/EEX- Futures sur 3 ans, soit N-1, N-2, N-3 (Phelix Baseload Year Futures). Un abattement de 7 fr./MHW est alloué pour les frais d'administration et de commercialisation de l'énergie sur le marché libre.

Production Commerce Fr./MWH EQF (cf. ch. 5) Revenu brut

2008/2009:

1'118'302 x 35% x 87.70 x 113.82% 39'069'058 fr.

2009/2010:

989'489 x 35% x 84.48 x 111.62% 32'654'966 fr.

2010/2011:

982'392 x 35% x 83.47 x 109.57% 31'447'632 fr.

Production Commerce Abattement Revenu brut

2008/2009:

1'118'302 x 35% x 7 2'739'840 fr.

2009/2010:

989'489 x 35% x 7 2'424'248 fr.

2010/2011:

982'392 x 35% x 7 2'406'860 fr.

5. Facteur de qualité de l'énergie (EQF)

Facteur valorisant l'énergie selon le type d'aménagement: plus l'aménagement a la capacité de produire lors des pics, plus ce coefficient est élevé et inversement.

EQF
2008/2009: 113.82%
2009/2010: 111.62%
2010/2011: 109.57%

6. Energie verte

Un euro/MWH est ajouté sur l'énergie de commerce pour tenir compte du fait que l'aménagement peut valoriser sa production sur le marché de l'énergie renouvelable (certificats verts). Taux de conversion: cf. ch. 7.

Production Commerce Euros/fr. Revenu énergie verte

2008/2009:

1'118'302 x 35% x 1.5139 592'549 fr.

2009/2010:

989'489 x 35% x 1.4291 494'928 fr.

2010/2011:

982'392 x 35% x 1.2578 432'478 fr.

7. Cours euros/fr.

Le cours de conversion est fondé sur les cours mensuels moyens publiés par la BNS.

2008/2009: 1.5139
2009/2010: 1.4291
2010/2011: 1.2578

8. Services système (SDL)

Les revenus provenant des services système sont versés directement aux partenaires. Ils sont toutefois intégrés au résultat imposable de l'aménagement car ils sont générés par celui-ci.
Vu la structure de la gestion des aménagements par portefeuille et la difficulté des partenaires à détailler l'énergie de réglage (primaire, secondaire et tertiaire), il a été convenu avec Swisselectric d'imputer un forfait par MWH basé sur les tarifs publiés par Swissgrid:

2008/2009: 4 fr./MWH
2009/2010: 4 fr./MWH
2010/2011: 6.10 fr./MWH

Production Commerce (sic) Fr./MWH Revenu énergie de réglage

2008/2009:

1'118'302 x 65% x 4 2'907'585 fr.

2009/2010:

989'489 x 65% x 4 2'572'671 fr.

2010/2011:

982'392 x 65% x 6.10 3'895'184 fr.

Pour tous les autres services système, les montants effectifs par aménagement sont retenus:

2008/2009: 889'603 fr.
2009/2010: 1'150'286 fr.
2010/2011: 1'023'564 fr.

9. Revenus divers

Prestations propres activées, produits divers d'exploitation, produits financiers et produits hors exploitation revenant à l'aménagement:

2008/2009: 4'151'337 fr.
2009/2010: 6'586'081 fr.
2010/2011: 5'363'339 fr.

10. Charges d'exploitation

Les charges d'exploitation comptabilisées sont prises en considération, à l'exception des coûts liés à l'énergie de pompage, à la provision pour impôt sur le bénéfice et aux provisions d'impôts sur le bénéfice déjà admises lors des exercices 2006 à 2008, ce qui aboutit aux montants suivants:

2008/2009: 56'485'435 fr.
2009/2010: 50'363'164 fr.
2010/2011: 46'097'325 fr.

11. Provision pour risque

Une provision égale à 5% par année est admise sur les charges totales de l'exploitation, incluant les impôts mais pas les coûts afférents à l'énergie de pompage, pour tous les risques liés à l'exploitation de l'aménagement (exploitation, livraison, commercialisation), ce qui aboutit aux montants suivants:

2008/2009: 3'189'718 fr.
2009/2010: 2'854'521 fr.
2010/2011: 2'669'782 fr.

La provision fiscale sera utilisée lors d'événements justifiant son emploi.

12. Profit split:

Un profit split de 20% calculé sur le bénéfice avant impôt est alloué aux partenaires, pour tenir compte des éventuelles fonctions et des éventuels risques qu'ils assumeraient via leur propre structure pour l'exploitation et la gestion de l'aménagement.
Un abattement de 14 fr./MHW respectivement de 7 fr./MHW a été accordé lors de la détermination des prix de références, pour les fonctions et les risques de commercialisation et de distribution d'énergie (cf. chiffres 3 et 4 ci-dessus).

2008/2009: 8'483'524 fr.
2009/2010: 7'809'308 fr.
2010/2011: 8'471'226 fr.

13. Charges fiscales de l'année

2008/2009: 7'308'923 fr.
2009/2010: 6'727'246 fr.
2010/2011: 7'298'313 fr.

14. Pertes reportées

En l'occurrence, il n'y a pas de pertes reportées des années antérieures.

15. Résultat net imposable

Le résultat imposable comprend l'ensemble des produits et charges établis sous chiffres 1 à 14:

2008/2009: 26'625'174 fr.
2009/2010: 24'509'987 fr.
2010/2011: 26'586'591 fr.

B.b. Le 27 septembre 2013, A.________ a élevé réclamation contre les décisions de taxation du 30 août 2013, en demandant leur annulation et à être imposée sur la base de ses bénéfices déclarés.
Le 19 décembre 2013, le Service cantonal a informé A.________, en lui impartissant un délai pour se déterminer, qu'il avait l'intention de réformer les décisions de taxation 2009 à 2011 en sa défaveur, d'une part en lui imputant les revenus liés aux services système (SDL) sur une base effective et non plus forfaitaire (cf. tableau ci-dessus ch. 8), et d'autre part en supprimant le " profit split " de 20% attribué aux partenaires (cf. tableau ci-dessus ch. 12). Dans ses déterminations du 20 janvier 2014, A.________ a fait valoir son point de vue et a demandé que la procédure soit menée en langue allemande.

B.c. Le 21 mars 2014, Le Service cantonal a rendu une décision sur réclamation (en français). Il a rejeté la réclamation, confirmé l'imposition selon le modèle établi et modifié les décisions de taxation 2009 à 2011 en défaveur de A.________, comme annoncé.
Le Service cantonal annexait à la décision sur réclamation des décisions de taxation corrigées, selon lesquelles le bénéfice imposable de A.________ s'élevait désormais à 56'362'393 fr. pour la période fiscale 2009 (au lieu des 26'625'174 fr. de la décision de taxation initiale), à 43'347'882 fr. pour la période fiscale 2010 (au lieu des 24'509'987 fr. de la taxation initiale), et à 39'655'119 fr. pour la période fiscale 2011 (au lieu des 26'586'590 fr. de la taxation initiale) (arrêt attaqué ch. 13 p. 18 s. et art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vor­instanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.92
LTF).

B.d. Le 21 avril 2014, A.________ a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 21 mars 2014 auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours), en demandant en substance son annulation et à être imposée conformément aux déclarations d'impôts déposées pour les périodes fiscales 2009 à 2011. Elle reprochait aussi au Service cantonal, notamment, d'avoir violé la liberté du choix de la langue garantie par la Constitution valaisanne et demandait que la procédure soit conduite en allemand.
Le 11 février 2015, la Commission de recours a rejeté à titre incident la requête de A.________ tendant à ce que la procédure soit menée en allemand. Cette décision n'a pas été contestée.

B.e. Par décision du 26 avril 2017, la Commission de recours a partiellement admis le recours. Elle a confirmé que le principe d'une reprise dans le bénéfice déclaré de A.________ était justifié, mais a écarté le modèle d'imposition appliqué par le Service cantonal pour évaluer les prestations de A.________ au profit de l'application de la méthode du coût majoré (en l'occurrence de 5%), à quoi elle a ajouté un " correctif " d'un centime par KWH produit par l'aménagement de A.________. Il en découlait un bénéfice imposable de 10'512'794 fr. pour la période fiscale 2009, de 9'265'585 fr. pour la période fiscale 2010 et de 9'039'457 fr. pour la période fiscale 2011, tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal.

C.
Contre la décision du 26 avril 2017 de la Commission de recours, le Service cantonal et A.________ forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral.

C.a. Dans son recours (cause 2C 495/2017), le Service cantonal conclut, sous suite de frais, à l'annulation de l'arrêt attaqué, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal, et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 21 mars 2014; subsidiairement, au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Service cantonal invoque une violation de l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
de la loi sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et de l'art. 24 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).
A.________ s'est déterminée. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, principalement, à ce que le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur le recours du Service cantonal, subsidiairement, à son rejet.

C.b. Dans son recours formé en langue allemande (cause 2C 512/2017), A.________ conclut, sous suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce qu'elle soit imposée conformément à ses déclarations d'impôts pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011; subsidiairement, au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision. Elle fait valoir une violation de l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, de l'art. 24 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LHID, du principe d'interdiction de l'arbitraire (art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst.), du principe de l'imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforder­lichen Massnahmen.
Cst.) et de l'art. 49 al. 2
SR 721.80 Bundesgesetz vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG) - Wasserrechtsgesetz
WRG Art. 49
1    Der Wasserzins darf bis Ende 2024 jährlich 110 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung nicht übersteigen. Davon kann der Bund höchstens 1 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung zur Finanzierung der Ausgleichsbeiträge an Kantone und Gemeinden nach Artikel 22 Ab­sätze 3-5 beziehen.71
1bis    Der Bundesrat unterbreitet der Bundesversammlung rechtzeitig einen Erlassentwurf für die Festlegung der Maximalhöhe des Wasser­zinses für die Zeit nach dem 1. Januar 2025.72
2    Die auf Konzession beruhenden Wasserkraftwerke und die von sol­chen Werken erzeugte elektrische Energie dürfen nicht mit besondern Steuern belegt werden. Jedoch kann in Kantonen, in denen der Maxi­malwasserzins gesetzlich auf weniger als den nach den eidgenössi­schen Vorschriften zulässigen Ansatz festgesetzt ist, eine besondere kantonale Steuer erhoben werden, die zusammen mit dem maximalen Wasserzins nicht mehr als höchstens diesen Ansatz ausmacht.
3    Die Gebühren, Wasserzinse und sonstigen Abgaben sollen für die nach andern Kantonen ausgeführte elektrische Energie nicht höher als für die im Kanton selbst verwendete sein.
4    Wasserkraftwerke, die bis zu 1 Megawatt Bruttoleistung erbringen, sind von der Zahlung eines Wasserzinses befreit. Bei Leistungen zwi­schen 1 und 2 Megawatt ist höchstens ein linearer Anstieg bis zum Maximum nach Absatz 1 zulässig.
de la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques (LFH; RS 721.80). Elle reproche également à la Commission de recours d'avoir arbitrairement omis de tenir compte de faits déterminants (cf. art. 97
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensicht­lich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entschei­dend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.83
LTF), et demande au Tribunal fédéral de les compléter d'office en application de l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vor­instanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.92
LTF.
Le Service des contributions s'est déterminé sur le recours et a conclu à son rejet. A.________ a déposé une réplique.

C.c. La Commission de recours conclut au rejet des recours et renvoie à sa décision. Au terme de ses observations, limitées à l'impôt fédéral direct, l'Administration fédérale renonce à se déterminer sur l'issue des présentes causes.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
Les recours en matière de droit public interjetés par le Service cantonal et par A.________ sont dirigés contre le même arrêt de la Commission de recours et ils portent sur la même problématique, liée à la détermination du bénéfice imposable de A.________ et plus particulièrement sur le bien-fondé des reprises prononcées dans l'arrêt attaqué pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011. Il est donc justifié de joindre les causes et de statuer dans un seul arrêt, pour des motifs d'économie de procédure (art. 24
SR 273 Bundesgesetz vom 4. Dezember 1947 über den Bundeszivilprozess
BZP Art. 24
1    Mehrere Ansprüche des Klägers gegen denselben Beklagten können in der gleichen Klage geltend gemacht werden, wenn das Bundes­gericht für jeden einzelnen Anspruch zuständig ist. Dieses Erfordernis gilt nicht für Nebenansprüche.
2    Mehrere Personen können in der gleichen Klage als Kläger auftre­ten oder als Beklagte belangt werden:
a  wenn sie mit Rücksicht auf den Streitgegenstand in Rechts­gemeinschaft stehen oder aus dem gleichen tatsächlichen und rechtlichen Grunde berechtigt oder verpflichtet sind. Der Richter kann einen Dritten, der in der Rechtsgemeinschaft steht, zum Streite beiladen. Der Beigeladene wird Partei.
b  wenn gleichartige, auf einem im Wesentlichen gleichartigen tat­sächlichen und rechtlichen Grunde beruhende Ansprüche den Streitgegenstand bilden und die Zuständigkeit des Bun­desge­richts für jeden einzelnen Anspruch begründet ist.
3    Der Richter kann jederzeit verbundene Klagen trennen, wenn er es für zweckmässig hält.
PCF [RS 273] en relation avec l'art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF). La requête correspondante de A.________ est partant admise.

2.
Le Tribunal fédéral examine d'office et avec pleine cognition la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 143 III 416 consid. 1 p. 417; 142 III 643 consid. 1 p. 644).

2.1. La décision attaquée est finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesver­waltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer rich­terlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gericht­li­che Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfas­sung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betref­fen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilli­gung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völker­recht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200962;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201960 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeu­tung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeuten­den Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausser­­­betriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:67
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199768,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201070;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwal­tungsgericht gestützt auf Artikel 3471 des Verwaltungsgerichts­gesetzes vom 17. Juni 200572 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertun­gen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Wei­terbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201575);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plan­genehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201679 über die Aufarbeitung der fürsor­gerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.

2.2. Le Service cantonal a qualité pour contester la décision entreprise, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct, dont il est chargé de l'application (cf. art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundes­recht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefoch­tene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsver­hältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfas­sung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF en lien avec l'art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundes­gerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005242 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kan­tonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
LIFD et l'art. 2 al. 1 et 2 let. j de la loi valaisanne d'application de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 24 septembre 1997 [LALIFD]; RS/VS 658.1), que de l'impôt cantonal et communal, étant précisé que la question de l'évaluation des prestations fournies par des entreprises d'économie mixte est une matière harmonisée (cf. art. 73 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundes­gerichts­gesetzes vom 17. Juni 2005252 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Ange­legen­heiten an das Bundesgericht.253
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zustän­dige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...254
et 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundes­gerichts­gesetzes vom 17. Juni 2005252 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Ange­legen­heiten an das Bundesgericht.253
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zustän­dige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...254
LHID en lien avec l'art. 24 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LHID qui fait partie du Titre III de la loi).

2.2.1. De l'avis de A.________, le recours du Service cantonal devrait être déclaré irrecevable, faute de respecter les règles de l'art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF à plusieurs égards.
En premier lieu, A.________ relève que le Service cantonal demande l'annulation de l'arrêt attaqué et la confirmation de sa décision sur réclamation du 21 mars 2014, sans produire ladite décision. Les conclusions du recours ne seraient donc pas précises, en violation de l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF.
L'art. 42 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF prévoit que le mémoire de recours doit indiquer les conclusions. Celles-ci doivent être claires et précises, mentionner sur quels points la décision est attaquée et quelles sont les modifications demandées (cf. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 14 et 15 ad art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF). En l'occurrence, la conclusion querellée est précise. Certes, la portée de la conclusion tendant à la confirmation de la décision sur réclamation n'est pas d'emblée limpide, mais cela est imputable non pas au Service cantonal, mais à l'instance précédente, qui omet de détailler dans l'arrêt attaqué la manière dont les bénéfices imposables ont été établis dans cette décision, compte tenu de la reformatio in pejus prononcée par le Service cantonal. La Cour de céans a du reste dû compléter d'office les faits sur ce point (cf. supra consid. B.c).
En deuxième lieu, A.________ relève, en évoquant l'art. 42 al. 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF, que le Service cantonal a demandé, sous le titre " Moyens de preuve ", l'édition du dossier par la Commission de recours, sans préciser sur quels documents du dossier il entendait se fonder. Cette démarche ne respecterait pas les exigences formelles de la LTF.
En l'occurrence, il apparaît que le Service cantonal a demandé l'édition du dossier par la Commission de recours, afin que le dossier de la cause soit transmis à la Cour de céans, et non pas au titre de moyen de preuve à strictement parler. Quoi qu'il en soit, la Commission de recours a annexé à sa détermination le dossier complet de la cause, conformément à l'art. 102 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 102 Schriftenwechsel
1    Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
2    Die Vorinstanz hat innert dieser Frist die Vorakten einzusenden.
3    Ein weiterer Schriftenwechsel findet in der Regel nicht statt.
LTF, de sorte que la requête du Service cantonal est de toute manière sans objet.
En troisième et dernier lieu, A.________ reproche au Service cantonal de s'être limité à répéter le point de vue qu'il avait développé devant la Commission de recours et de n'avoir répondu que brièvement à l'arrêt attaqué, sans démontrer en quoi celui-ci était contraire au droit. En outre, le Service cantonal n'aurait pas réussi à démontrer le bien-fondé de son modèle d'imposition. Le recours devrait aussi être déclaré irrecevable, subsidiairement être rejeté, pour ces motifs.

L'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF exige que le recourant expose succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Cette condition n'est pas respectée si la motivation du recours au Tribunal fédéral est identique à celle qui était déjà présentée dans la procédure cantonale (ATF 134 II 244 consid. 2.3 p. 246 s.).
En l'occurrence, le Service cantonal expose les motifs pour lesquels il est d'avis que la Commission de recours a violé les art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD et 24 al. 1 et 5 LHID en appliquant la méthode du coût majoré (avec correctif) pour établir le prix de pleine concurrence de l'électricité produite par A.________ et en rejetant le modèle d'imposition qu'il avait appliqué. L'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF est partant respecté. Pour le reste, le point de savoir si le Service cantonal a réussi à démontrer le bien-fondé de son propre modèle d'imposition est une question qui relève du fond et non de la recevabilité.

2.2.2. Le recours du Service cantonal respecte donc les exigences de l'art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF. Il a par ailleurs été formé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Straf­sachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198086 über die Anerkennung und Voll­streckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198087 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindes­entführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195489.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössi­sche Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die National­ratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...90
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF). Il convient partant d'entrer en matière sur son recours.

2.3. S'agissant du recours de A.________, celle-ci est la destinataire de la décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'elle a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundes­recht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefoch­tene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsver­hältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfas­sung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF). Son recours a été formé temps utile (art. 45 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 45 Ende
1    Ist der letzte Tag der Frist ein Samstag, ein Sonntag oder ein vom Bundesrecht oder vom kantonalen Recht anerkannter Feiertag, so endet sie am nächstfolgenden Werktag.
2    Massgebend ist das Recht des Kantons, in dem die Partei oder ihr Vertreter bezie­hungsweise ihre Vertreterin den Wohnsitz oder den Sitz hat.
et 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Straf­sachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198086 über die Anerkennung und Voll­streckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198087 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindes­entführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195489.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössi­sche Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die National­ratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...90
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
LTF). Il respecte les prescriptions de l'art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF, étant rappelé qu'il n'est pas nécessaire que le mémoire (écrit en allemand) soit rédigé dans la langue de la décision attaquée (en l'espèce le français; cf. arrêt 2C 237/2013 du 27 mars 2013 consid. 1.2; cf. toutefois ATF 130 I 234 consid. 3.5 p. 239 concernant les recours des autorités fédérales).

3.
A.________ demande que le présent arrêt soit rendu en allemand, car il pourrait avoir des conséquences sur la fiscalité de ceux de ses actionnaires qui sont établis dans des cantons alémaniques.
Selon l'art. 54 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 54
1    Das Verfahren wird in einer der Amtssprachen (Deutsch, Französisch, Italienisch, Rumantsch Grischun) geführt, in der Regel in der Sprache des angefochtenen Ent­scheids. Verwenden die Parteien eine andere Amtssprache, so kann das Verfahren in dieser Sprache geführt werden.
2    Bei Klageverfahren wird auf die Sprache der Parteien Rücksicht genommen, sofern es sich um eine Amtssprache handelt.
3    Reicht eine Partei Urkunden ein, die nicht in einer Amtssprache verfasst sind, so kann das Bundesgericht mit dem Einverständnis der anderen Parteien darauf ver­zichten, eine Übersetzung zu verlangen.
4    Im Übrigen ordnet das Bundesgericht eine Übersetzung an, wo dies nötig ist.
LTF, la procédure est en règle générale conduite dans la langue de la décision attaquée. Le Tribunal fédéral peut y déroger exceptionnellement lorsque le recourant comprend mieux une autre langue et qu'il n'est pas représenté par un avocat (cf. arrêts 6B 376/2012 du 17 juillet 2012; 4A 94/2007 du 10 juillet 2007 consid. 2 et les réf.; 6P.62/2005 du 14 novembre 2006 consid. 1.1 non publié in ATF 132 IV 102). Lorsque le recourant est assisté par un avocat, la jurisprudence retient qu'il est censé connaître les " langues nationales de la Confédération " (arrêt 1A.71/2005 du 11 mai 2005 consid. 4.1 et les références; YVES DONZALLAZ, Commentaire de la loi sur le Tribunal fédéral, 2008, p. 629 n° 1528). Comme A.________ est représentée par deux avocats, il n'y a donc pas de raison de ne pas rendre le présent arrêt en français. Au demeurant, tous les actionnaires de A.________ ne sont pas établis dans des cantons alémaniques (G.________ et H.________).

4.

4.1. D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantona­lem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Conformément à l'art 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantona­lem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantona­lem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (cf. ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p 41).

4.2. Le Tribunal fédéral revoit librement la conformité du droit cantonal harmonisé et sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi ne laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons. Dans un tel cas, l'examen du Tribunal fédéral se limite à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués et motivés par le recourant et en particulier l'arbitraire (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantona­lem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF; ATF 134 II 207 consid. 2 p. 210).

5.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vor­instanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.92
LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - soit arbitrairement au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 244; 140 III 115 consid. 2 p. 117) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bür­ger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensicht­lich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entschei­dend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.83
LTF), ce qu'il incombe au recourant de démontrer conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantona­lem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques appellatoires portant sur l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits par l'autorité précédente (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p 266; 139 II 404 consid. 10.1 p. 445).

II. Impôt fédéral direct

6.
Le litige porte sur le point de savoir si, pour les périodes fiscales 2009 à 2011, c'est à bon droit que la Commission de recours a procédé à une reprise dans le bénéfice imposable de A.________ au motif que celle-ci avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en faveur de ses actionnaires (les partenaires).
Le raisonnement des juges cantonaux est en substance le suivant. Le bénéfice net imposable des personnes morales comprend les distributions dissimulées de bénéfice non justifiées par l'usage commercial. Pour déterminer si une société a procédé à une telle distribution dissimulée de bénéfice, il faut examiner si la prestation fournie à l'actionnaire ou à un proche aurait été octroyée dans la même mesure à un tiers (Drittvergleich; principe de pleine concurrence). Le droit de l'impôt fédéral direct ne prévoit pas de règle expresse mettant en oeuvre le principe de pleine concurrence, sauf à l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, en lien avec les prestations d'entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public, qui concerne les entreprises productrices d'électricité. Selon cette disposition, les prestations doivent être évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice. Les juges cantonaux précisent que l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD ne consacre pas de nouvelles règles régissant la détermination du bénéfice imposable, qui continue à être déterminé par le renvoi au droit comptable selon la règle de l'art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, et
qu'il n'intervient que lorsque l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice est constatée. En l'occurrence, il n'était pas contesté qu'en sa qualité de société de partenaires fournissant des prestations à ses actionnaires sous la forme de livraisons d'électricité, A.________ était une entreprise d'économie mixte au sens de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. La manière dont la Convention prévoyait que A.________ devait être rémunérée pour les prestations à ses actionnaires (prise en charge de ses coûts annuels, incluant une dividende d'au moins 3.5% du capital-actions libéré, mais au maximum supérieur de 1% arrondi au taux moyen des emprunts de la Société) procédait d'une construction comptable artificielle qui justifiait sur le principe une reprise dans le bénéfice déclaré, au titre de distribution dissimulée de bénéfice, car si A.________ fournissait les mêmes prestations à des tiers, elle les facturerait au prix du marché, avec une marge bénéficiaire ordinaire. La méthode appliquée par le Service cantonal pour évaluer les prestations fournies par A.________ ne pouvait toutefois pas être confirmée: il était notoire que le marché de l'électricité n'était pas un marché libre, de sorte qu'il n'était pas possible de déterminer de manière
objective et concrète le prix du marché de l'électricité. Il fallait dès lors tenter d'évaluer les prestations de A.________ à leur coût actuel de production majoré, à quoi il convenait d'ajouter un " correctif ", d'un centime par KWH produit par A.________.
Concrètement, les juges cantonaux ont procédé comme suit: au titre de coût actuel de production de A.________ au sens de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, ils ont pris en compte ses charges d'exploitation, sous déduction de la charge fiscale sur le bénéfice et le capital. Pour déterminer la marge de pleine concurrence, ils ont appliqué le taux de 5% prévu par la lettre-circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 17 septembre 1997 concernant les sociétés de services. Quant au " correctif " d'un centime par KWH produit par A.________, les juges précédents l'ont déterminé par référence au surcoût payé en 2017 par les consommateurs d'énergie renouvelable résidant dans les communes de Sion et de Martigny, qui s'était élevé à respectivement 1.7 ct./KWH et 1.4 ct./KWH. La valeur des prestations de A.________ correspondait à la somme de la marge de 5% et du correctif. Le bénéfice de pleine concurrence imposable de A.________ s'obtenait donc par l'addition de la marge sur coût et du correctif, après déduction de la charge fiscale, comme suit (cf. arrêt attaqué p. 48) :
en francs 2009 2010 2011

1. Marge de 5%
sur charges d'exploitation* 2'794'963 2'492'901 2'275'558

2. Correctif de 1 ct.
par KWH produit 11'183'020 9'894'890 9'823'920

3. Valeur des prestations fournies
(1+2) 13'977'983 12'387'791 12'099'478

4. (Impôt bén. + impôt capital) (3'465'189) (3'122'206) (3'060'021)

5. Bénéfice imposable
selon arrêt attaqué 10'512'794 9'265'585 9'039'457

* charges d'exploitation de A.________ diminuées des impôts sur le bénéfice et sur le capital

A titre de comparaison (cf. supra consid. B.a. et B.c.) :

Bénéfice imposable selon A.________ 5'270'000 5'215'477 5'270'000

Bénéfice imposable selon
Serv. cantonal 56'362'393 43'347'882 39'655'119

7.
Tant A.________ que le Service cantonal font valoir que l'arrêt attaqué viole l'art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. En substance, A.________ conteste avoir procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en faveur de ses actionnaires et en déduit qu'elle doit être imposée sur la base de ses bénéfices déclarés pour les périodes fiscales litigieuses. De son côté, le Service cantonal fait valoir que l'application de la méthode du coût majoré à laquelle ont recouru les juges cantonaux est contraire à la jurisprudence et que les prestations de A.________ doivent être évaluées selon la méthode qu'il a appliquée.
Avant d'examiner les griefs formulés par les recourants à l'encontre de l'arrêt attaqué, il convient de rappeler ce qu'est une société de partenaires (ci-après consid. 7.1) et d'exposer de manière générale les principes qui président à son imposition (ci-après consid. 7.2).

7.1. Une société de partenaires est une personne morale créée par plusieurs sociétés partenaires dans le but qu'elle leur fournisse des prestations sur le long terme. Dans le domaine de l'électricité produite par énergie hydraulique, une société de partenaires, qui prend en général la forme d'une société anonyme et qui est en principe entièrement ou majoritairement détenue en mains publiques, s'engage à produire de l'électricité en faveur des partenaires, au pro-rata de leur participation, en exécution d'un contrat à long terme qui a la même durée que la concession hydraulique qui lui a été octroyée. Les partenaires s'engagent de leur côté à acquérir l'électricité produite. Une société de partenaires n'assume en principe pas de risque entrepreneurial ni financier. Celui-ci est pris en charge par les partenaires (PHILIP WALTER, Die steuerliche Gewinnberichtigung bei den Partnerwerken der Elektrizitätswirtschaft nach Art. 58 Abs. 3 DBG, 1996, p. 63 s. et 201 s.; cf. aussi MANUEL SAITZEW, Die Partnerwerke in der schweizerischen Elekrtrizitätswirtschaft, 1950, p. 13; GOTTFRIED HERTIG, Die Standesinitiative des Kantons Graubünden über die steuerliche Gewinnberichtigung bei Partnerwerken der Elektrizitätswirtschaft, in RF 1981 p. 147
s.; MARCO GRETER, Die steuerliche Gewinnberichtigung bei Partnerwerken der Elektrizitätswirtschaft, in RF 12/1989 p. 583 s.; PETER LOCHER, Besteuerung von Partnerkraftwerken sowie deren Partneraktionären nach Art. 24 Abs. 5 StHG bzw. Art. 58 Abs. 3 DBG, in RF 1/1994 p. 3 s.; RICARDO JAGMETTI, Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Vol. VII: Energierecht, 2005, p. 440 n° 4224; STEPHAN KUHN/MARC DIETSCHI, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 3e éd. 2017, n° 531 ad art. 58 DBG). La doctrine relève qu'une société de partenaires exerce des activités de routine, sans endosser de risque et sans disposer de compétences pour être en mesure de se profiler sur le marché et que ce sont les partenaires qui assument les fonctions essentielles liées à la production, qu'ils planifient en fonction de la demande (KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 541 et 547 ad art. 58 DBG). La jurisprudence a également mis en évidence que ce sont les partenaires qui supportent les risques de l'exploitation, et non pas les sociétés de partenaires (arrêt A.145/1983 du 21 juin 1985 consid. 8a [arrêt Hinterrhein], in ZBl 87/1986 p. 375, StE 1986 B 72.13.22 Nr. 5, RF 41/1986 p. 488; cf. aussi arrêt 2A.182/
1989 du 30 avril 1991 consid. 3b [arrêt Salanfe], in Archives 61 p. 49, StE 1992 B 72.13.22 Nr. 23, RF 47/1992 p. 484). La figure de la société de partenaires est connue en Suisse depuis des décennies : en 1950, SAITZEW en répertoriait plus d'une dizaine (op. cit., p. 19 ss).
Traditionnellement, les actionnaires/partenaires versent à la société de partenaires, en contrepartie de l'électricité qu'elle a produite en leur faveur, un montant qui équivaut à la somme des frais annuels qu'elle a encourus, à quoi s'ajoute un montant (en principe appelé " dividende "), établi sur la base du montant du capital-actions de la société, dont les modalités de calcul sont fixées contractuellement entre les partenaires (cf. les exemples fournis par S AITZEW, op. cit., p. 13 s.). En l'occurrence, la Convention qui lie les actionnaires de A.________ stipule que l'énergie produite par A.________ le serait en leur faveur, à charge pour eux de faire face à toutes les charges et frais annuels de A.________, en fonction de la quote-part de leur participation à son capital-actions. Les actionnaires de A.________ s'engagent également à verser annuellement à A.________, en fonction de la quote-part de leur participation au capital de la Société, un " dividende " d'au moins 3.5% du capital-actions libéré, mais au maximum supérieur de 1% en chiffre rond au taux moyen des emprunts de la société, la fixation du montant du dividende restant de la compétence de l'assemblée générale. Le mode de rémunération de A.________ tel que prévu
par la Convention correspond ainsi sur le principe à ce qui est traditionnellement appliqué aux sociétés de partenaires dans le domaine de l'électricité.

7.2. S'il n'est pas contesté que A.________ est une société de partenaires, elle est d'abord une personne morale.

7.2.1. Selon l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, le bénéfice net imposable des personnes morales comprend le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que, notamment, tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre des prélèvements au sens de la lettre b figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).
En définissant le bénéfice imposable par renvoi au solde du compte de résultats, l'art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD exprime le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance ( "Massgeblichkeitsprinzip "), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. L'autorité fiscale s'écarte du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent, comme en cas de distribution dissimulée de bénéfice (cf. notamment ATF 141 II 83 consid. 3.1 p. 85 et les réf.; 137 II 353 consid. 6.2 p. 359 s.).
Il y a distribution dissimulée de bénéfice si la société n'aurait pas accordé la prestation fournie à son actionnaire ou à un proche dans la même mesure à un tiers étranger, en d'autres termes lorsque le principe de pleine concurrence (" Drittvergleich ", " Fremdvergleich ", "dealing at arm's length ") n'a pas été respecté (cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607).

7.2.2. Selon l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
L'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD concerne les entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public, mais vise avant tout les sociétés de partenaires dans le domaine de l'électricité (cf. WALTER, op. cit., p. 13 s.; KUHN/DIETSCHI, in Kommentar DBG, n° 530 ad art. 58 DBG; RAOUL STOCKER/CHRISTOPH STUDER, Bestimmung von Verrechnungspreisen. Ausgewählte Aspekte der schweizerischen Praxis, in L'expert-comptable suisse 2009/5, p. 386).
La disposition renvoie aux trois méthodes traditionnelles dites fondées sur les transactions qui ont été développées par l'OCDE pour mettre en oeuvre le principe de pleine concurrence, à savoir la méthode du prix comparable, la méthode du coût majoré et la méthode du prix de revente (sur ces méthodes, cf. infra consid. 11.1.1 à 11.1.3). Aussi, quand bien même la lettre de la disposition pourrait laisser entendre qu'elle vise à régler la manière dont le bénéfice réalisé par les entreprises d'économie mixte doit être fixé, la mention de ces trois méthodes montre qu'elle est destinée à mettre en oeuvre le principe de pleine concurrence. Le Tribunal fédéral l'a déjà relevé de manière incidente (arrêt 2C 333/2017 du 12 avril 2018 consid. 4.2; cf. aussi arrêt 2C 1082/2013 du 14 janvier 2015 consid. 5.5), et c'est aussi en ce sens que la disposition est interprétée par la doctrine unanime (KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 534 et 535 ad art. 58 DBG; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3e éd. 2016, n° 172 ad art. 58 DBG; ROBERT DANON, in Commentaire de la LIFD, 2e éd. 2017, n° 287 ad art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
-58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD; LOCHER, op. cit. n° 186-7 ad art. 58 DBG; AGNER/JUNG/STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n° 17
ad art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD; WALTER, p. 13). Dès lors, même si, comme le relève WALTER (op. cit., p. 13 s.), cela ne ressort pas toujours clairement des débats parlementaires (cf. toutefois les références au Drittvergleich ou au Fremdvergleich in BO CE 1988 835; BO CE 1988 839; BO CE 1989 578), l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD ne doit pas être compris comme une règle de détermination du bénéfice imposable, qui continue à être établi par référence au droit comptable (cf. DANON, in op. cit., n° 287 ad art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD). Pour reprendre l'expression de LOCHER, les méthodes d'évaluation figurant à l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD ne sont pas un but en soi (" Selbstzweck "; Kommentar, n° 186 ad art. 58 DBG), mais codifient le principe de pleine concurrence s'agissant de l'évaluation des prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent à des entreprises qui leur sont proches.
S'agissant de la recourante, cela signifie en particulier que si le prix qu'elle reçoit pour la livraison d'électricité est manifestement inférieur à la valeur de cette prestation telle qu'elle découle de l'application de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, alors le bénéfice déclaré doit faire l'objet d'une reprise fiscale pour la différence (cf. KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 548 ad art. 58 DBG). L'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
in fine LIFD prescrit ensuite un ajustement en conséquence du résultat de chaque partenaire (WALTER, op. cit., p. 267 ss.; KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 549 s. ad art. 58 DBG).
L'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD s'applique sans conteste pour évaluer les prestations en nature (livraison d'électricité) que la société de partenaires fournit à ses actionnaires. Le point de savoir s'il s'applique aussi dans le sens inverse, à savoir aux prestations fournies par les actionnaires à la société de partenaires, est controversé (de cet avis, majoritaire: WALTER, op. cit., p. 102 ss et p. 262; KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 533 ad art. 58 DBG; GRETER, in op. cit., p. 586; de l'avis contraire: LOCHER, in RF 1/1994 p. 11 et Kommentar, n° 182-184 DBG). Cette question peut rester indécise en l'espèce, puisque le présent litige a pour seul objet le point de savoir si la Commission de recours a correctement appliqué le droit fédéral en estimant que A.________ avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en faveur de ses partenaires durant les périodes fiscales litigieuses.

7.3. Ceci étant posé, il convient d'examiner les différents griefs des recourants à l'encontre de l'arrêt attaqué.

8.
A.________ soutient en premier lieu que les conditions d'application de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD n'étaient pas remplies. Elle fait valoir, en substance, que les juges précédents n'ont pas prouvé qu'elle avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en faveur de ses actionnaires. Elle leur reproche d'avoir qualifié la rémunération prévue par la Convention de structure comptable artificielle et d'avoir arbitrairement omis de procéder à une analyse des risques et des fonctions qu'elle et ses actionnaires assumaient respectivement, alors que si la Commission de recours y avait procédé, elle serait parvenue à la conclusion que la marge de plus de 5% sur son capital-actions serait conforme au principe de pleine concurrence. La méthode consistant à rémunérer une société sous la forme d'une rente calculée sur le capital était du reste connue à l'étranger et s'avérait appropriée. Par ailleurs, la méthode du prix de revient majoré d'un dividende était proche de la méthode de la marge nette, qui était aussi envisagée par l'OCDE. Le mode de calcul de la rémunération de A.________ n'était au surplus ni simulé ni constitutif d'un abus de droit, mais était appliqué par les parties depuis des décennies, de sorte que les juges cantonaux
n'avaient pas d'autre choix que de s'y tenir.

8.1. De manière générale, l'appréciation fiscale des relations entre un actionnaire et la société doit respecter la liberté de la société d'aménager ses relations (Gestaltungsfreiheit). Cela implique que, sous réserve d'une distribution dissimulée de bénéfice, l'autorité fiscale ne peut pas s'écarter des transactions conclues entre les parties, à moins que l'on se trouve dans un cas de simulation ou d'abus de droit (cf. arrêts 2C 95/2013 du 21 août 2013 consid. 2.3, in RF 68/2013 p. 810, StE 2013 B 22.2 Nr. 28, traduit in RDAF 2014 II 336; 2C 487/2011 du 13 février 2013 consid. 2.8, in Archives 82 p. 241). Or en l'espèce, ni les juges précédents ni le Service cantonal ne soutiennent que l'on se trouverait dans un cas de simulation ou d'abus de droit. Ils sont en revanche d'avis que la rémunération obtenue par A.________ n'est pas conforme au principe de pleine concurrence et qu'elle est constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice.
Le fardeau de la preuve de l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice incombe à l'autorité (cf. ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158). Dans le contexte du cas d'espèce, c'est au moyen de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD que l'autorité doit prouver l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice, puisque c'est cette disposition qui décrit la manière dont les prestations fournies par une société de partenaires doivent être évaluées.
Il en découle que l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD ne s'applique pas après que l'autorité fiscale a prouvé l'existence d'une disproportion entre les prestations et les contreprestations fournies (ce que semble soutenir DANON, in op. cit., no 287 ad art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
-58
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD), mais bien pour déterminer s'il existe une telle disproportion (cf. LOCHER, Kommentar, n° 186 ad art. 58 DBG; KUHN/DIETSCHI, in Kommentar DBG, n° 535 ad art. 58 DBG; cf. aussi WALTER, op. cit., p. 204). Il suffit donc que l'on soit en présence de prestations fournies par une société de partenaires à des entreprises proches pour que l'autorité soit en droit de vérifier, en appliquant l'art. 58 al. 3
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, si le principe de pleine concurrence a été respecté.
L'art. 58 al. 3
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD prévoit trois méthodes d'évaluation: le prix actuel du marché, le coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou le prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice. Cette liste est exhaustive (WALTER, op. cit., p. 120; LOCHER, Kommentar, n° 187 ad art. 58 DBG; d'un autre avis: AGNER/JUNG/STEINMANN, op. cit., n° 17 ad art. 58
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, ainsi que, apparemment, RICHARD J. WUERMLI, Verrechnungspreisproblematik aus schweizerischer Sicht, in RF 2/2003 p. 3; ne tranchent pas: KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 540 ad art. 58 DBG). Partant, les autres méthodes envisagées par l'OCDE dans ses travaux sur les prix de transfert, comme la méthode de la marge nette (cf. Principes de l'OCDE applicables en matière de prix de transfert à l'intention des entreprises multinationales et des administrations fiscales [ci-après: Principes OCDE], édition 1995 § 3.1 ss; § 2.56 ss de l'édition 2010 et § 2.4 ss de l'édition 2017), ne figurent pas à l'art. 58 al. 3
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD et ne peuvent donc pas être utilisées comme méthodes d'évaluation.

8.2. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt attaqué que, pour les juges précédents, la " construction comptable montée " par A.________ et ses partenaires était " manifestement artificielle ", car la Société aurait facturé ses prestations avec une marge bénéficiaire ordinaire si elle les avait fournies à des tiers, de sorte que le principe d'une reprise dans le bénéfice déclaré de A.________ était justifié.
La manière dont A.________ est rémunérée par ses actionnaires en contrepartie de l'électricité qu'elle produit en leur faveur correspond au mode traditionnel de rémunération des sociétés de partenaires, qui existe depuis des décennies en Suisse (supra consid. 7.1) et qui, avant l'entrée en vigueur de la LIFD, a été validé par le Tribunal fédéral (cf. sur ce point infra consid. 9). Le point de savoir si, aujourd'hui, cette manière de calculer la contreprestation devrait être considérée comme une " construction comptable artificielle " n'a pas à être tranché ici. Cela étant, même s'ils ont admis à tort le principe d'une reprise avant d'avoir prouvé l'existence d'une disproportion, il n'en demeure pas moins que les juges cantonaux ont bien recouru à l'art. 58 al. 3
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a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD pour évaluer les prestations de A.________ et qu'ilen ressort implicitement une disproportion manifeste entre les prestations. Ainsi, alors que A.________ a déclaré un bénéfice imposable de 5'270'000 fr. en 2009, de 5'215'477 fr. en 2010 et de 5'270'000 en 2011, les juges précédents parviennent à un bénéfice imposable de pleine concurrence qui s'élève presque au double pour chacune des périodes concernées (10'512'794 fr. pour 2009, de 9'265'585 fr. pour 2010 et de
9'039'457 fr. pour 2011; cf. arrêt attaqué consid. 4b et le tableau figurant ci-dessus sous consid. 6.1).
Les éléments que A.________ avance dans son recours pour démontrer que la rémunération qu'elle obtient des partenaires est conforme au principe de pleine concurrence et qu'il n'y a pas lieu d'appliquer l'art. 58 al. 3
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a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, notamment en invoquant la méthode de la marge nette, ne sont pas relevants, car ils ne correspondent pas à l'une des méthodes d'évaluation prévues à l'art. 58 al. 3
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a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD.

9.
A.________ fait aussi valoir que les juges cantonaux ont violé l'art. 58
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a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD en procédant à une reprise dans son bénéfice, alors que la rémunération qu'elle a obtenue durant les périodes fiscales litigieuses a été calculée en vertu d'une méthode qui a été validée par le Tribunal fédéral dans l'arrêt Hinterrhein du 21 juin 1985 (arrêt A.145/1983 déjà cité, in ZBl 87/1986 p. 375, StE 1986 B 72.13.22 Nr. 5, RF 41/1986 p. 488).

9.1. Avant la LIFD, le droit de l'impôt fédéral direct ne contenait aucune disposition comparable à l'art. 58 al. 3
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a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. La question de la proportionnalité entre la prestation de livraison d'électricité par une société de partenaires et sa rémunération sous la forme d'une prise en charge de ses coûts annuels incluant un " dividende " (méthode du coût majoré d'un dividende) s'est posée pour la première fois en 1956 au Tribunal fédéral, qui a jugé que le mode de rémunération prévu pour une société de partenaires, calculé de manière à couvrir ses coûts annuels et incluant un dividende de 6%, ne constituait pas une distribution dissimulée de bénéfice compte tenu de la durée totale du contrat et de l'absence de risques pour la société de partenaires (ATF 82 I 288; cf. aussi arrêt 2A.182/1989 du 30 avril 1991 consid. 3 [arrêt Salanfe], in Archives 61 p. 49, StE 1992 B 72.13.22 Nr. 23, RF 47/1992 p. 484).
Le 27 mai 1980, le canton des Grisons, constatant la hausse des prix de l'électricité, a déposé une initiative cantonale invitant la Confédération à introduire dans le droit fédéral une disposition réglant les répartitions de bénéfices des entreprises partenaires du secteur de l'électricité. Dans un rapport du 20 septembre 1982, le Conseil fédéral a estimé que cette problématique devait être réglée par le biais de décisions de taxations, dans le cadre légal existant (WALTER, op. cit., p. 7; GRETER, in op. cit., p. 584; AGNER/JUNG/STEINMANN, op. cit., no 15 ad art. 58
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a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD). Le Conseil des Etats a suivi cette recommandation et rejeté l'initiative grisonne en 1982 (BO CE 1982 715; WALTER, op. cit., p. 7). L'autorité fiscale cantonale des Grisons a dès lors procédé, au titre de cas pilote, à l'imposition de la société de partenaires grisonne Krafftwerke Hinterrhein AG, dont il a redressé le bénéfice déclaré au motif que sa rémunération, fondée sur les coûts majorés d'un dividende supérieur de 1% arrondi au taux moyen des engagements de la société, n'était pas conforme au marché. Le Tribunal cantonal des Grisons ayant admis le recours de la société, l'autorité fiscale grisonne a porté l'affaire devant le Tribunal fédéral qui, le 21
juin 1985, lui a donné tort (arrêt A.145/1983 précité [arrêt Hinterrhein]). Le Tribunal fédéral y a jugé, en substance, que compte tenu des obligations mutuelles à long terme et de l'intérêt public à ce que les prix de l'électricité restent bon marché, il ne se justifiait pas de reprendre le bénéfice déclaré par la société de partenaires Kraftwerke Hinterrhein AG à hauteur d'un prix de marché approprié, qui était en outre complexe à mettre en oeuvre eu égard au fait que les parties étaient liées par un contrat à long terme (cf. consid. 6 et 7 de l'arrêt). Le Tribunal fédéral n'a donc pas appliqué les règles relatives au principe du Drittvergleich, développées en droit fiscal international, pour évaluer les prestations de la société de partenaires (AGNER/JUNG/STEINMANN, op. cit., n° 15 ad art. 58
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD). Lorsque l'initiative grisonne du 27 mai 1980 a été traitée par le Conseil national en 1986, l'arrêt Hinterrhein et partant la position de la jurisprudence était connus. Comme, dans l'intervalle, le montant de la redevance hydraulique avait été doublé, le litige a été politiquement résolu de cette manière (WALTER, p. 7 s.; BO CN 1986 596). L'idée de régler la matière dans la loi est toutefois réapparue lors des débats autour de la
LHID, puis de la LIFD, pour finalement aboutir à l'adoption de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD s'agissant de l'impôt fédéral direct (pour le détail des travaux parlementaires, cf. WALTER p. 9 ss).

9.2. En mentionnant les trois méthodes d'évaluation reposant sur le principe de pleine concurrence développées par l'OCDE, le législateur a indiqué la manière dont les prestations fournies par les sociétés de partenaires dans le domaine de l'électricité devaient être évaluées. Le renvoi à ces méthodes montre que le législateur a voulu s'écarter de l'arrêt Hinterrhein pour imposer l'application du principe de pleine concurrence lors de l'évaluation des prestations des sociétés de partenaires (cf. aussi WALTER, op. cit., p. 223). C'est partant à tort que la recourante reproche à la Commission de recours de ne pas avoir appliqué au cas d'espèce les principes de l'arrêt Hinterrhein pour en déduire qu'il n'y avait pas de distribution dissimulée de bénéfice.

10.
Encore faut-il vérifier si l'application de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD permet de conclure à l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice.

10.1. Dans les cas où le bénéfice imposable déclaré de la société de partenaires n'est pas le résultat de l'application de l'une des méthodes d'évaluation de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, l'autorité de taxation est en droit de vérifier si les prestations ont été correctement rémunérées, en appliquant l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. Cette disposition n'établissant pas de hiérarchie entre les méthodes d'évaluation (WALTER, op. cit., p. 119; LOCHER, Kommentar, n° 186 ad art. 58 DBG; KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 536 ad art. 58 DBG; WUERMLI, in op. cit., p. 3) et n'exposant pas non plus la manière dont chacune d'elles doit être concrètement mise en oeuvre, l'autorité dispose à cet effet d'un pouvoir d'appréciation. Comme le Tribunal fédéral ne peut intervenir qu'en cas de violation du droit (art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bür­ger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
al. LTF), son pouvoir d'examen consiste à vérifier que l'autorité précédente n'a pas excédé ou abusé de ce pouvoir d'appréciation (sur les notions d'abus et d'excès du pouvoir d'appréciation, cf. ATF 140 I 257 consid. 6.3.1 p. 267; 137 V 71 consid. 5.1 p. 72 s.).

10.2. Si en revanche la rémunération de la société de partenaires a été calculée en application de l'une des trois méthodes d'évaluation de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, l'autorité cantonale ne peut pas modifier unilatéralement cette méthode au profit d'une des autres méthodes figurant à l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. Cette limitation se justifie par le fait qu'une reprise dans le bénéfice imposable d'une société de partenaires a des conséquences directes sur la fiscalité des partenaires établis dans d'autres cantons, puisque l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
in fine LIFD impose un ajustement en conséquence dans leur résultat.

11.
En l'espèce, le bénéfice imposable déclaré de la société de partenaires n'est pas le résultat de l'application de l'une des méthodes d'évaluation de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. Il faut partant d'abord se demander si la méthode d'évaluation du coût majoré adoptée par la Commission pour vérifier le respect du principe de pleine concurrence est conforme au droit, ce que conteste le Service cantonal, qui fait valoir que cette méthode ne serait plus applicable en Suisse et que la méthode qu'il a lui-même appliquée devrait être privilégiée.

11.1. Comme déjà souligné, l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD renvoie aux trois méthodes traditionnelles fondées sur les transactions développées par l'OCDE, à savoir la méthode du prix comparable (" prix actuel du marché "), la méthode du coût majoré (" coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ") et la méthode du prix de revente (" prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice "). Lors des travaux parlementaires qui ont conduit à l'adoption de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 1995 avec la LIFD (RO 1991 1184), le texte de référence de l'OCDE sur la détermination des prix de transfert était un rapport publié en 1979, intitulé " Prix de transfert et entreprises multinationales " (ci-après: Rapport OCDE 1979; cf. WALTER, op. cit., p. 119; LOCHER, Kommentar, n° 187 ad art. 58 DBG). Ce rapport a été remplacé en 1995 par les Principes de l'OCDE applicables en matière de prix de transfert à l'intention des entreprises multinationales et des administrations fiscales (ci-après: Principes OCDE), qui ont eux-mêmes été complétés et modifiés par la suite, les deux dernières éditions datant de 2010 et de 2017. Si rien ne s'oppose à ce que l'on recoure aux Principes OCDE s'ils permettent d'interpréter et
d'appliquer l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, il ne faut pas perdre de vue que l'on se trouve ici dans un contexte de pur droit interne et qu'il n'y a pas d'obligation pour l'autorité de procéder à une reprise dynamique de ces textes (sur la prise en compte des travaux de l'OCDE et l'interprétation dynamique, cf. ATF 144 II 130 consid. 8.2.2 et 8.2.3 p. 140 et les références; 2C 695/2017 du 29 octobre 2018 consid. 4.1.2, in StE 2019 A 31.1 Nr. 14). Quoi qu'il en soit, les définitions des trois méthodes traditionnelles de l'OCDE fondées sur les transactions sont restées en substance les mêmes depuis 1979:

11.1.1. La méthode du prix comparable sur le marché libre consiste à comparer le prix d'un bien ou d'un service transféré dans le cadre d'une transaction contrôlée à celui d'un bien ou d'un service transféré dans des conditions comparables. Une transaction est comparable si a) aucune différence (s'il en existe) entre les transactions faisant l'objet de la comparaison ou entre les entreprises effectuant ces transactions n'est susceptible d'avoir une incidence sensible sur le prix du marché libre ou si b) des ajustements suffisamment fiables peuvent être apportés pour supprimer les effets matériels de ces différences (cf. Principes OCDE 2017 § 2.14 et § 2.15; § 2.13 et § 2.14 de l'édition 2010 et § 2.6 et 2.7 de l'édition de 1995; Rapport OCDE 1979, § 11; cf. aussi ATF 140 II 88 consid. 4.2 p. 93). Les Principes OCDE prévoient en particulier deux types de comparaisons: la comparaison interne et la comparaison externe (cf. Principes OCDE 2017 § 3.24; § 3.24 de l'édition 2010). La comparaison dite interne consiste à comparer la transaction contrôlée avec une transaction comparable intervenue entre une partie à la transaction contrôlée et une partie indépendante. La comparaison externe consiste à comparer la transaction contrôlée avec
celle qui est intervenue entre deux entreprises dont aucune n'est partie à la transaction contrôlée (cf. VÖGELE/WITT, Quantifizierung der Verrechnungspreise, in Verrechnungspreise. Betriebswirtschaft, Steuerrecht, 4e éd. 2015, p. 713 § 29; JÖRG HÜLSHORST/KATHARINA MANK, in Handbuch Internationale Verrechnungspreise, 1999-, n° 52 ad Tz. 2.13 OECD-Verrechnungspreisleitlinien). Etant donné que, pour aboutir à un résultat fiable, une comparaison ne peut intervenir qu'avec une transaction comparable, la comparaison doit en principe être effectuée avec des transactions qui interviennent au même niveau dans la chaîne qui va du producteur au consommateur, ou sinon que les différences soient facilement quantifiables et puissent faire l'objet de correctifs pour en effacer les effets (WALTER, op. cit., p. 138). Le Rapport OCDE de 1979 précisait du reste, au sujet de la méthode du prix comparable, que pour que des prix soient facilement comparables, il faut comparer des marchandises vendues au même point de la chaîne qui va du producteur au consommateur, ou alors pouvoir chiffrer aisément la différence de prix provenant de ce que les marchandises se trouvent à des stades différents de cette chaîne (cf. Rapport OCDE 1979 § 50).

11.1.2. La méthode du coût majoré consiste d'abord à déterminer, pour les biens ou services transférés à un acheteur associé, les coûts supportés par le fournisseur dans le cadre d'une transaction entre entreprises associées, à quoi est ajoutée une marge appropriée à ces coûts, de façon à obtenir un bénéfice approprié compte tenu des fonctions exercées et des conditions du marché (cf. Principes OCDE 2017 § 2.45; § 2.39 de l'édition 2010 et § 2.32 de l'édition 1995; cf. aussi Rapport OCDE 1979 § 12). La solution idéale, selon les Principes OCDE, consiste à déterminer la marge sur coûts du fournisseur dans le cadre d'une transaction contrôlée par référence à la marge sur coûts de ce même fournisseur dans le cadre de transactions comparables sur le marché libre (Principes OCDE 2017 § 2.46; § 2.40 de l'édition 2010). En cas d'absence de transaction comparable, une comparaison doit être effectuée avec une marge (hypothétique) qui aurait été fixée par des entreprises indépendantes dans les mêmes circonstances (cf. JEAN-FRÉDÉRIC MARAIA, Prix de transfert des biens incorporels, 2008, p. 21). L'OCDE relève que la méthode du coût majoré est appropriée lorsque des produits semi-finis sont vendus ou lorsque des entreprises associées ont
conclu des accords de mise en commun d'équipements ou d'approvisionnement à long terme (cf. Principes OCDE 2017 § 2.45; § 2.39 de l'édition 2010 § 2.32 de l'édition 1995; cf. aussi Rapport 1979 § 65).

11.1.3. Enfin, avec la méthode du prix de revente, le point de départ est le prix auquel un produit acheté à une entreprise associée est revendu à une entreprise indépendante. On défalque ensuite de ce prix (prix de revente) une marge brute appropriée (cf. Principes OCDE 2017 § 2.27; § 2.21 de l'édition 2010 et § 2.14 de l'édition de 1995; cf. aussi Rapport OCDE 1979 § 12). La marge sur prix de revente dans le cadre de la transaction contrôlée peut être déterminée par référence à la marge que le même revendeur réalise sur des produits achetés et revendus dans le cadre de transactions sur le marché libre (Principes OCDE 2017 § 2.27; § 2.22 de l'édition 2010).

11.2. Pour sélectionner la méthode la plus appropriée, les Principes OCDE préconisent une analyse de comparabilité. Les facteurs de comparabilité incluent les caractéristiques des biens et des services transférés, les fonctions assumées par les parties (compte tenu des actifs mis en oeuvre et des risques assumés), les clauses contractuelles, les circonstances économiques des parties et les stratégies industrielles et commerciales qu'elles poursuivent (cf. Principes OCDE 2010 § 1.36 et 1.42; cf. aussi WERNER ROSAR, Die Funktions - une Risikoanalyse und deren Bedeutung für die Methodenauswahl, in Handbuch Verrechnungspreise, 2e éd. 2012, p. 111; MICHAEL PULS, Funktions- und Risikoanalyse als Ausgangspunkt der Verrechnungspreisbestimmung, in Verrechnungspreise international verbundener Unternehmen, 2014, p. 279 s.). Les éditions 2010 et 2017 des Principes OCDE contiennent une procédure par étapes, afin d'aider l'autorité à choisir la méthode de prix de transfert la plus appropriée et à déterminer le prix de pleine concurrence. Outre le fait que cette procédure n'est pas présentée comme contraignante pour les Etats (cf. Principes 2010 et 2017 § 3.4), l'autorité suisse n'a de toute manière aucune obligation de la suivre dans le cadre
de l'application de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD (cf. supra consid. 11.1). On ne peut par conséquent pas suivre l'Administration fédérale lorsque, dans ses observations, elle reproche aux juges précédents de ne pas avoir suivi ces étapes pour déterminer la méthode appropriée pour évaluer les prestations de A.________.

11.3. En l'occurrence, le Service cantonal ne parvient pas à démontrer que les juges cantonaux ont violé l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
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1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD en recourant à la méthode du coût majoré.
Premièrement, contrairement à ce que le Service cantonal affirme en invoquant les Principes OCDE, la méthode du prix comparable n'a pas d'emblée de rang prioritaire sur les autres méthodes, l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD ne prévoyant aucune hiérarchie entre celles-ci (supra consid. 10.1). Au demeurant, les Principes OCDE ne privilégient la méthode du prix comparable, en tant que méthode la plus directe pour déterminer le prix de pleine concurrence, que s'il est possible d'identifier des transactions comparables sur le marché libre (cf. Principes OCDE 2017 § 2.15; § 2.14 de l'édition 2010 et § 2.14 de l'édition de 1995; cf. aussi Rapport OCDE 1979 § 46).
Deuxièmement, le Service cantonal n'a pas démontré que les juges cantonaux auraient abusé de leur pouvoir d'appréciation en estimant qu'il n'était pas possible d'appliquer la méthode du prix comparable pour évaluer les prestations de A.________. Il ne ressort pas des constatations de l'arrêt attaqué que, pour les années litigieuses, A.________ aurait aussi livré de l'électricité à des tiers. La question d'une comparaison interne avec une transaction comparable ne se pose donc pas (cf. aussi WALTER, op. cit., p. 204). Sous l'angle, apparemment, d'une comparaison externe, l'arrêt attaqué nie qu'une comparaison soit possible entre A.________ et d'autres producteurs d'électricité, notamment les centrales nucléaires, car l'énergie produite par A.________ présenterait des différences importantes, de nature à se refléter dans les prix. Le Service cantonal ne formule aucun grief sur cette constatation de faits, qui lie par conséquent le Tribunal fédéral (consid. 5).
Le Service cantonal se limite à faire valoir qu'il est possible de déterminer le prix du marché de l'électricité depuis la libéralisation partielle du secteur intervenue le 1er janvier 2008, et que le modèle d'imposition qu'il a appliqué y est parvenu. Ce point de vue ne peut pas être suivi. Depuis l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2008, de la loi fédérale sur l'approvisionnement en électricité (LApEl; RS 734.7) et en particulier de son art. 6 (cf. RO 2007 6827; RO 2008 45 et RO 2008 75), les personnes qui consomment annuellement plus de 100'000 KWH/an par site de consommation peuvent choisir librement leur fournisseur d'électricité (cf. arrêt 2C 12/2016 du 16 août 2016 consid. 2.1). Or, les consommateurs d'électricité et les actionnaires de A.________ ne se situent pas au même stade du marché. Pour pouvoir néanmoins comparer les prix, il faudrait alors pouvoir identifier les différences affectant leur comparabilité et mettre en oeuvre des correctifs pour en effacer les effets. Dans le modèle d'imposition qu'il a appliqué, le Service cantonal a cherché à reconstituer un prix de production de pleine concurrence de l'électricité à partir de prix appliqués aux consommateurs finaux, sans expliquer en quoi les critères qu'il a
appliqués à cet effet (abattements, facteur " EQF ", énergie verte, cours de conversion, allocation de services système; cf. supra consid. B.a) seraient de nature à rendre ces prix comparables. Ce modèle d'imposition ne tient en outre pas compte des spécificités des relations existant entre la société de partenaires et ses actionnaires, régies par un contrat à long terme (cf. aussi WALTER, op. cit., p. 165 et p. 208). Par ailleurs, les prix de l'électricité pour les consommateurs que le modèle d'imposition prend comme points de départ sont le résultat de moyennes obtenues sur la base de différents prix retenus, dont on ignore la source exacte. Il faut en outre souligner que le Service cantonal a lui-même changé d'approche dans l'application du modèle d'imposition qu'il entend appliquer, puisqu'après la réclamation formée par A.________, il a procédé, dans sa décision sur réclamation, à une reformatio in pejus en attribuant désormais entièrement à A.________ les revenus provenant des prestations de services système et en renonçant au " profit split " qui était initialement prévu. Ce changement d'approche a eu des conséquences importantes, puisque les bénéfices de pleine concurrence évalués par le Service cantonal ont
considérablement augmenté entre les décisions de taxation initiales et la décision sur réclamation (cf. consid. B.c). Cela dénote le caractère incertain, si ce n'est aléatoire de ce modèle d'imposition et partant des évaluations qui en découlent. Pour cette raison également, on ne peut reprocher aux juges précédents de ne pas avoir vu dans ce modèle d'imposition un mécanisme fiable pour évaluer le prix de pleine concurrence des prestations de A.________.
Aussi, force est de constater que la méthode du prix comparable ne paraît en l'état pas adéquate pour juger si A.________ a accordé une distribution dissimulée de bénéfice à ses actionnaires. C'est aussi la conclusion à laquelle parvient la doctrine (cf. KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 537 ad art. 58 DBG et WALTER, op. cit., p. 204 ss spéc. p. 206).

11.4. Au surplus, et contrairement à ce qu'affirme le Service cantonal, la méthode du coût majoré reste applicable en Suisse. D'une part, cette méthode est expressément prévue à l'art 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. D'autre part, l'arrêt 2C 603/2012 (publié in StE 2013 A 21.14 Nr. 23) que le Service cantonal invoque rappelle que la lettre-circulaire du 17 septembre 1997, qui prévoyait d'appliquer aux sociétés de services un coût majoré de 5% du total des prix de revient (ou de 1/12 du total des salaires), a été remplacée par la circulaire de l'Administration fédérale du 19 mars 2004 sur les sociétés de services, selon laquelle la marge bénéficiaire doit désormais être déterminée conformément au principe de pleine concurrence. Cet arrêt ne signifie pas que la méthode du coût majoré est prohibée en Suisse, mais implique que l'application automatique d'une marge de 5%, sans examen sous l'angle de la pleine concurrence, ne doit plus avoir cours (cf. dans le même sens RAOUL STOCKER/ JÜRGEN RAAB, Verrechnungspreise in der Schweiz, in Verrechnungspreise. Betriebswirtschaft, Steuerrecht, 4e éd. 2015, p. 2349 § 43 et note 48; STOCKER/ STUDER, in op. cit., p. 388).

11.5. Enfin, la critique du Service cantonal selon laquelle l'électricité produite par A.________ ne devrait pas être considérée comme un produit semi-fini, mais comme un produit fini, est une critique appellatoire portant sur les faits, sur laquelle la Cour de céans ne peut entrer en matière (cf. supra consid. 5). La doctrine est au demeurant aussi d'avis que l'électricité produite par les sociétés de partenaires est un produit semi-fini, car elle doit faire l'objet de transformations avant d'être livrée aux consommateurs finaux, et que cet élément plaide en faveur du recours à la méthode du coût majoré (cf. KUHN/DIETSCHI, in op. cit., n° 537 ad art. 58 DBG; WALTER, op. cit., p. 208).

11.6. Il découle de ce qui précède que c'est à tort que le Service cantonal reproche aux juges précédents d'avoir privilégié le recours à la méthode du coût majoré pour évaluer les prestations de A.________. Son grief de violation de l'art. 58 al. 3
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DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD est partant rejeté.

12.
Il convient à présent de se demander si c'est à juste titre que la Commission de recours, appliquant la méthode du coût majoré, est parvenue à la conclusion qu'il y avait une distribution dissimulée de bénéfice. Cette question revient à contrôler que la marge que A.________ a réalisée et qui est à la base du bénéfice imposable déclaré correspond à une marge de pleine concurrence.

12.1. Cela suppose que l'on identifie une transaction comparable à la transaction contrôlée (HÜLSHORST/MANK, in op. cit., n° 191 ad Tz. 2.40 OECD-Verrechnungspreisleitlinien). Selon les Principes OCDE, dans le cadre de transactions entre deux entreprises indépendantes, la rémunération correspondra en général aux fonctions exercées par chaque entreprise, compte tenu des actifs mis en oeuvre et des risques assumés. L'analyse fonctionnelle doit prendre en compte les principaux risques supportés par chacune des parties, dès lors qu'il est admis que l'acceptation d'un risque accru est généralement compensée sur le marché libre par une augmentation du rendement escompté (cf. Principes OCDE 2017 § 1.51 ss; § 1.42 ss de l'édition 2010; PULS, in op. cit., p. 279 §. 4.1 et § 4.2).
Toujours selon les Principes OCDE, une transaction est comparable pour l'application de la méthode du coût majoré si 1) aucune différence (s'il en existe) entre les transactions n'est susceptible d'avoir une incidence sensible sur la marge sur coûts pratiqué sur le marché libre ou 2) que des correctifs suffisamment exacts puissent être apportés pour supprimer les effets matériels de ces différences (cf. Principes OCDE 2017 § 2.47; § 2.41 de l'édition 2010; § 2.34 de l'édition 1995). Les correctifs envisagés par les Principes OCDE visent ainsi à effacer les conséquences de différences qui affectent la comparabilité des marges. Le résultat aboutit en principe à une fourchette de marges de pleine concurrence, la détermination du prix de transfert n'étant pas une science exacte (cf. HÜLSHORST/MANK, in op. cit., n° 36 ad Tz. 2.10 et n° 203 ad Tz. 2.41 OECD-Verrechnungspreisleitlinien).
Si aucune comparaison n'est possible avec une transaction comparable, la comparaison doit être effectuée avec une marge hypothétique de pleine concurrence, qui doit être déterminée de cas en cas. Face à la difficulté d'établir une marge de pleine concurrence, la doctrine propose une classification des entreprises en distinguant les entreprises de routine (" Routineunternehmen ") des entreprises de stratégie ou entrepreneurs (" Strategieträger ", " Entrepreneure "), à quoi s'ajoute parfois la catégorie intermédiaire des entreprises moyennes ou hybrides (" Mittelunternehmer ", " Hybridunternehmen "). Les entreprises de routine n'exercent que des fonctions simples et ne supportent que des risques économiques minimes, en contrepartie de quoi elles obtiennent des revenus réduits, mais stables. A l'inverse, les entreprises de stratégie ou entrepreneurs endossent les fonctions à risques, à quoi doit correspondre une rémunération qui en tient compte (PULS, in op. cit. p. 308 § 4.62-4.67; BAUMHOFF/LIEBCHEN, in Verrechnungspreise international verbundener Unternehmen, 2014, p. 195 s. § 3.67; ENGLER/KACHUR, in Verrechnungspreiser, Betriebswirtschaft, Steuerrecht, 4e éd. 2015, p. 1620 § 80-96; ROSAR, in op. cit. p. 117). La doctrine fait état
de fourchettes de marges qui sont appliquées en pratique au titre de solutions pragmatiques. HÜLSHORST/MANK mentionne une fourchette de 5 à 10% ou de 5 à 15%, et de 3% à 10% pour les sociétés de services (in op. cit., n° 195 ad TZ. 2.40 OECD-Verrechnungspreisleitlinien). BAUMHOFF relève qu'une fourchette de 5 à 10% sur le prix de revient est considérée comme usuelle, en insistant sur l'importance de l'examen de chaque cas d'espèce, à savoir l'allocation des fonctions, des risques, et des moyens de production mis en oeuvre (BAUMHOFF, in op. cit., p. 348 § 5.77).
La comparaison des marges effectivement réalisées par une société avec la marge de pleine concurrence suppose aussi que l'on ait une base de coûts comparable. Il n'est pas nécessaire d'examiner en détail la manière dont les Principes OCDE et la doctrine traitent cette question délicate, puisque, dans le contexte de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, la disposition fournit une définition légale de la base de coûts, qui équivaut au " coût actuel de production " de la société de partenaires. Il s'agit d'un concept juridique indéterminé.

12.2. En l'espèce, au titre de marge de pleine concurrence, les juges précédents ont retenu une marge de 5%, par référence à la lettre-circulaire de l'Administration fédérale des contributions de 1997 sur les sociétés de services. Ils ont appliqué cette marge aux charges d'exploitation de A.________, desquelles ils ont déduit la charge fiscale de l'impôt sur le bénéfice et le capital. Au résultat obtenu, ils ont ajouté un " correctif " d'un centime par KWH produit par le barrage-voûte de B.________. Les juges précédents ont justifié l'application de ce correctif en ces termes:

" le fait que l'énergie hydraulique offre une grande souplesse et permette notamment de compenser les différents besoins énergétiques journaliers du ruban (par les pointes), confère à cette énergie une plus-value qui doit donc être valorisée différemment du courant dit " ordinaire ". Compte tenu du prix très fluctuant sur les marchés libres, il paraît justifié de tenir compte de cet aspect par une marge d'un centime par KWH. (...). Cette marge (...) tient compte du fait qu'au niveau des distributeurs, on constate que l'offre pour l'énergie renouvelable existe et qu'un surcoût existe pour le consommateur. Ce surcoût tourne autour de 1.5ct/KWH (Sion = 1.7 ct., Martigny = 1.4 ct. selon les tarifs 2017). (...) Cette méthode du cost plus avec correctif permet ainsi de tenir compte d'une part des charges (...) et d'autre part des fluctuations sur le coût de l'électricité ".

Ils sont ainsi parvenus à une évaluation des prestations de A.________ à 13'977'983 fr., 12'387'791 fr. et 12'099'478 fr. pour 2009, 2010 et 2011, ce qui aboutit, après déduction de la charge fiscale de 3'465'189 fr., 3'122'206 fr. et 3'060'021 fr., à des bénéfices de pleine concurrence de respectivement 10'512'794 fr., 9'265'585 fr. et 9'039'457 fr. (cf. tableau consid. 6.1).
Tant A.________ que le Service cantonal contestent la manière dont les juges précédents ont appliqué la méthode du coût majoré.

12.3. Le Service cantonal critique ce raisonnement à trois égards.
Il juge d'abord que le correctif d'un centime par KWH n'est pas assez élevé pour refléter correctement la capacité de production de A.________ et propose de l'appliquer au facteur " EQF ". Outre que l'on saisit mal comment ce procédé resterait compatible avec la méthode du coût majoré, son argumentation est de toute manière confuse et ne contient aucun grief de violation du droit (art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Ent­scheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessfüh­rung beruhen, sind unzulässig.
LTF). Il n'y a partant pas lieu d'examiner plus avant cette critique.
Il soutient aussi que la charge fiscale des impôts directs ne doit pas être déduite pour obtenir l'assiette fiscale nette imposable, car elle serait implicitement comprise dans le taux appliqué sur les charges d'exploitation corrigées. Ce raisonnement ne peut pas être suivi. D'une part, il n'est pas établi et il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que le pourcentage de marge de 5% a été retenu en tenant compte de la charge fiscale directe de A.________. Par ailleurs, quoi qu'il en soit, les impôts fédéraux, cantonaux et communaux restent des charges déductibles de par la loi, conformément à l'art. 59 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 59 Geschäftsmässig begründeter Aufwand
1    Zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören auch:
a  die eidgenössischen, kantonalen und kommunalen Steuern;
b  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Perso­nals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
c  die freiwilligen Leistungen von Geld und übrigen Vermögenswerten bis zu 20 Prozent des Reingewinns an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf ihre öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 56 Bst. g), sowie an Bund, Kantone, Gemein­den und deren Anstalten (Art. 56 Bst. a-c);
d  die Rabatte, Skonti, Umsatzbonifikationen und Rückvergütungen auf dem Ent­­gelt für Lieferungen und Leistungen sowie zur Verteilung an die Ver­­sicherten bestimmte Überschüsse von Versicherungsgesellschaften;
e  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
f  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
2    Nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand gehören insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.139
3    Sind Sanktionen nach Absatz 2 Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.140
LIFD. Le grief est partant rejeté.
Enfin, le grief du Service cantonal relatif à une correction qui devrait être effectuée dans les provisions d'impôt pour 2010 repose sur des faits non constatés, dont le Tribunal fédéral ne peut pas tenir compte (cf. consid. 5). Il ne sera donc pas examiné.

12.4. De son côté, A.________ conteste la base de coûts retenue par les juges cantonaux au titre de coût actuel de production, ainsi que le correctif appliqué. Ces griefs sont examinés ci-après (consid. 12.4.1 et 12.4.2).

12.4.1. Selon A.________, les frais financiers ne font pas partie du coût actuel de production. Par ailleurs, inclure la redevance hydraulique dans le coût actuel de production serait contraire à l'art. 49 al. 2
SR 721.80 Bundesgesetz vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG) - Wasserrechtsgesetz
WRG Art. 49
1    Der Wasserzins darf bis Ende 2024 jährlich 110 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung nicht übersteigen. Davon kann der Bund höchstens 1 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung zur Finanzierung der Ausgleichsbeiträge an Kantone und Gemeinden nach Artikel 22 Ab­sätze 3-5 beziehen.71
1bis    Der Bundesrat unterbreitet der Bundesversammlung rechtzeitig einen Erlassentwurf für die Festlegung der Maximalhöhe des Wasser­zinses für die Zeit nach dem 1. Januar 2025.72
2    Die auf Konzession beruhenden Wasserkraftwerke und die von sol­chen Werken erzeugte elektrische Energie dürfen nicht mit besondern Steuern belegt werden. Jedoch kann in Kantonen, in denen der Maxi­malwasserzins gesetzlich auf weniger als den nach den eidgenössi­schen Vorschriften zulässigen Ansatz festgesetzt ist, eine besondere kantonale Steuer erhoben werden, die zusammen mit dem maximalen Wasserzins nicht mehr als höchstens diesen Ansatz ausmacht.
3    Die Gebühren, Wasserzinse und sonstigen Abgaben sollen für die nach andern Kantonen ausgeführte elektrische Energie nicht höher als für die im Kanton selbst verwendete sein.
4    Wasserkraftwerke, die bis zu 1 Megawatt Bruttoleistung erbringen, sind von der Zahlung eines Wasserzinses befreit. Bei Leistungen zwi­schen 1 und 2 Megawatt ist höchstens ein linearer Anstieg bis zum Maximum nach Absatz 1 zulässig.
LFH. Enfin, les juges précédents seraient tombés dans l'arbitraire en incluant les coûts de services système au coût actuel de production de A.________.

12.4.1.1. S'agissant des frais financiers, comme l'unique fonction de A.________ consiste à produire de l'électricité, il ne paraît pas abusif de considérer qu'un financement par des tiers permet d'exercer cette activité de production d'électricité et que, partant, les intérêts passifs y relatifs font partie du coût actuel de production.

12.4.1.2. S'agissant de la redevance hydraulique, la recourante ne conteste à juste titre pas le principe que la redevance fait partie du coût actuel de production, dès lors que cette charge est due en contrepartie du droit d'eau qui lui a été concédé par le canton du Valais. Elle soutient en revanche qu'appliquer une marge de 5% sur la redevance reviendrait à prélever un impôt de 5% sur celle-ci, ce qui serait contraire à l'art. 49 al. 2
SR 721.80 Bundesgesetz vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG) - Wasserrechtsgesetz
WRG Art. 49
1    Der Wasserzins darf bis Ende 2024 jährlich 110 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung nicht übersteigen. Davon kann der Bund höchstens 1 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung zur Finanzierung der Ausgleichsbeiträge an Kantone und Gemeinden nach Artikel 22 Ab­sätze 3-5 beziehen.71
1bis    Der Bundesrat unterbreitet der Bundesversammlung rechtzeitig einen Erlassentwurf für die Festlegung der Maximalhöhe des Wasser­zinses für die Zeit nach dem 1. Januar 2025.72
2    Die auf Konzession beruhenden Wasserkraftwerke und die von sol­chen Werken erzeugte elektrische Energie dürfen nicht mit besondern Steuern belegt werden. Jedoch kann in Kantonen, in denen der Maxi­malwasserzins gesetzlich auf weniger als den nach den eidgenössi­schen Vorschriften zulässigen Ansatz festgesetzt ist, eine besondere kantonale Steuer erhoben werden, die zusammen mit dem maximalen Wasserzins nicht mehr als höchstens diesen Ansatz ausmacht.
3    Die Gebühren, Wasserzinse und sonstigen Abgaben sollen für die nach andern Kantonen ausgeführte elektrische Energie nicht höher als für die im Kanton selbst verwendete sein.
4    Wasserkraftwerke, die bis zu 1 Megawatt Bruttoleistung erbringen, sind von der Zahlung eines Wasserzinses befreit. Bei Leistungen zwi­schen 1 und 2 Megawatt ist höchstens ein linearer Anstieg bis zum Maximum nach Absatz 1 zulässig.
LFH. Elle en déduit que la redevance hydraulique devrait être indemnisée par une marge de 0%. Ce raisonnement ne peut pas être suivi.
L'art. 49 al. 2
SR 721.80 Bundesgesetz vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG) - Wasserrechtsgesetz
WRG Art. 49
1    Der Wasserzins darf bis Ende 2024 jährlich 110 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung nicht übersteigen. Davon kann der Bund höchstens 1 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung zur Finanzierung der Ausgleichsbeiträge an Kantone und Gemeinden nach Artikel 22 Ab­sätze 3-5 beziehen.71
1bis    Der Bundesrat unterbreitet der Bundesversammlung rechtzeitig einen Erlassentwurf für die Festlegung der Maximalhöhe des Wasser­zinses für die Zeit nach dem 1. Januar 2025.72
2    Die auf Konzession beruhenden Wasserkraftwerke und die von sol­chen Werken erzeugte elektrische Energie dürfen nicht mit besondern Steuern belegt werden. Jedoch kann in Kantonen, in denen der Maxi­malwasserzins gesetzlich auf weniger als den nach den eidgenössi­schen Vorschriften zulässigen Ansatz festgesetzt ist, eine besondere kantonale Steuer erhoben werden, die zusammen mit dem maximalen Wasserzins nicht mehr als höchstens diesen Ansatz ausmacht.
3    Die Gebühren, Wasserzinse und sonstigen Abgaben sollen für die nach andern Kantonen ausgeführte elektrische Energie nicht höher als für die im Kanton selbst verwendete sein.
4    Wasserkraftwerke, die bis zu 1 Megawatt Bruttoleistung erbringen, sind von der Zahlung eines Wasserzinses befreit. Bei Leistungen zwi­schen 1 und 2 Megawatt ist höchstens ein linearer Anstieg bis zum Maximum nach Absatz 1 zulässig.
LFH prévoit que les aménagements hydro-électriques faisant l'objet d'une concession et l'énergie qu'ils produisent ne peuvent être grevés d'impôts spéciaux. Or, dans le système du coût majoré, la marge n'est pas un impôt (spécial), mais sert uniquement à évaluer le bénéfice de pleine concurrence soumis à l'impôt. Appliquer une marge sur la redevance hydraulique (qui fait partie du coût actuel de production) n'est donc pas contraire à l'art. 49 al. 2
SR 721.80 Bundesgesetz vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG) - Wasserrechtsgesetz
WRG Art. 49
1    Der Wasserzins darf bis Ende 2024 jährlich 110 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung nicht übersteigen. Davon kann der Bund höchstens 1 Franken pro Kilowatt Bruttoleistung zur Finanzierung der Ausgleichsbeiträge an Kantone und Gemeinden nach Artikel 22 Ab­sätze 3-5 beziehen.71
1bis    Der Bundesrat unterbreitet der Bundesversammlung rechtzeitig einen Erlassentwurf für die Festlegung der Maximalhöhe des Wasser­zinses für die Zeit nach dem 1. Januar 2025.72
2    Die auf Konzession beruhenden Wasserkraftwerke und die von sol­chen Werken erzeugte elektrische Energie dürfen nicht mit besondern Steuern belegt werden. Jedoch kann in Kantonen, in denen der Maxi­malwasserzins gesetzlich auf weniger als den nach den eidgenössi­schen Vorschriften zulässigen Ansatz festgesetzt ist, eine besondere kantonale Steuer erhoben werden, die zusammen mit dem maximalen Wasserzins nicht mehr als höchstens diesen Ansatz ausmacht.
3    Die Gebühren, Wasserzinse und sonstigen Abgaben sollen für die nach andern Kantonen ausgeführte elektrische Energie nicht höher als für die im Kanton selbst verwendete sein.
4    Wasserkraftwerke, die bis zu 1 Megawatt Bruttoleistung erbringen, sind von der Zahlung eines Wasserzinses befreit. Bei Leistungen zwi­schen 1 und 2 Megawatt ist höchstens ein linearer Anstieg bis zum Maximum nach Absatz 1 zulässig.
LFH.

12.4.1.3. S'agissant finalement des charges de services système, la recourante ne soutient pas que ces charges devraient de par leur nature être exclues de son coût actuel de production. Elle soutient en revanche que, comme ces charges lui ont été ultérieurement remboursées par Swissgrid, les inclure dans le coût actuel de production des périodes litigieuses aurait des conséquences fiscales, sans que cela ne puisse être compensé ultérieurement, ce qui serait arbitraire.
Les services système sont définis à l'art. 4 al. 1 let. g
SR 734.7 Bundesgesetz vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG) - Stromversorgungsgesetz
StromVG Art. 4 Begriffe
1    In diesem Gesetz bedeuten:
a  Elektrizitätsnetz: Anlage aus einer Vielzahl von Leitungen und den erforderli­chen Nebenanlagen zur Übertragung und Verteilung von Elektri­zität. Elektrizitätsleitungen mit kleiner räumlicher Ausdehnung zur Feinver­teilung, wie auf Industriearealen oder innerhalb von Gebäuden, gelten nicht als Elektrizitätsnetze;
b  Endverbraucher: Kunden, welche Elektrizität für den eigenen Verbrauch kaufen. Ausgenommen hiervon ist der Elektrizitätsbezug für den Eigen­be­darf eines Kraftwerkes sowie für den Antrieb von Pumpen in Pumpspeicher­kraftwerken;
c  Erneuerbare Energien: Wasserkraft, Sonnenenergie, Geothermie, Umge­bungswärme, Windenergie und Energie aus Biomasse und aus Abfällen aus Biomasse;
d  Netzzugang: Recht auf Netznutzung, um von einem Lieferanten freier Wahl Elektrizität zu beziehen oder Elektrizität in ein Netz einzuspeisen;
e  Regelenergie: Automatischer oder von Kraftwerken abrufbarer Einsatz von Elektrizität zur Einhaltung des geplanten Elektrizitätsaustausches und zur Gewährleistung des sicheren Netzbetriebes;
ebis  Bilanzgruppe: rechtlicher Zusammenschluss von Teilnehmern am Elektrizitätsmarkt, um gegenüber der nationalen Netzgesellschaft eine gemein­same Mess- und Abrechnungseinheit innerhalb der Regelzone Schweiz zu bilden;
eter  Ausgleichsenergie: Elektrizität, die zum Ausgleich der Differenz zwischen dem effektiven Bezug oder der effektiven Lieferung einer Bilanzgruppe und deren Bezug beziehungsweise deren Lieferung nach Fahrplan in Rechnung gestellt wird.
f  Regelzone: Gebiet, für dessen Netzregelung die nationale Netzgesellschaft verantwortlich ist. Die Regelzone wird physikalisch durch Messstellen fest­gelegt;
g  Systemdienstleistungen: Die für den sicheren Betrieb der Netze notwendigen Hilfsdienste. Diese umfassen insbesondere Systemkoordination, Bilanz­ma­nagement, Primärregelung, Schwarzstart- und Inselbetriebsfähigkeit von Er­zeugern, Spannungshaltung (inkl. Anteil Blindenergie), betriebliche Mes­sungen und Ausgleich der Wirkverluste;
h  Übertragungsnetz: Elektrizitätsnetz, das der Übertragung von Elektrizität über grössere Distanzen im Inland sowie dem Verbund mit den ausländi­schen Netzen dient und in der Regel auf der Spannungsebene 220/380 kV betrieben wird;
i  Verteilnetz: Elektrizitätsnetz hoher, mittlerer oder niederer Spannung zum Zwecke der Belieferung von Endverbrauchern oder Elektrizitätsversor­gungsunternehmen.
2    Der Bundesrat kann die Begriffe nach Absatz 1 sowie weitere in diesem Gesetz verwendete Begriffe näher ausführen und veränderten technischen Voraussetzungen anpassen.
LApEl comme les prestations nécessaires à une exploitation sûre des réseaux. En fait partie l'énergie de réglage (art. 4 al. 1 let. e LApEL) qui vise à assurer en permanence un équilibre entre la production d'électricité et la consommation (A NDREA GLASER, in Kommentar zum Energierecht, Bd I, 2016, n° 3 ad art. 4 Abs. 1 lit. g StromVG. En tant qu'exploitantes de centrales hydrauliques, les sociétés de partenaires sont en mesure de moduler rapidement leur production d'électricité et peuvent partant contribuer à assurer ces prestations de services système, par le biais de contrats conclus avec Swissgrid (cf. GLASER, in op. cit., n° 8 ad art. 4 Abs. 1 lit. g StromVG). Dans un arrêt de principe A-2607/2009 du 8 juillet 2010, publié in ATAF 2010/49 et confirmé par le Tribunal fédéral (cf. arrêt 2C 572/2012 du 27 mars 2013 consid. 3.1), le Tribunal administratif fédéral a jugé qu'en introduisant pour les exploitants des centrales électriques d'une puissance supérieure ou égale à 50 MW l'obligation de payer des coûts de services système généraux, l'art. 31b al. 2
SR 734.7 Bundesgesetz vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG) - Stromversorgungsgesetz
StromVG Art. 4 Begriffe
1    In diesem Gesetz bedeuten:
a  Elektrizitätsnetz: Anlage aus einer Vielzahl von Leitungen und den erforderli­chen Nebenanlagen zur Übertragung und Verteilung von Elektri­zität. Elektrizitätsleitungen mit kleiner räumlicher Ausdehnung zur Feinver­teilung, wie auf Industriearealen oder innerhalb von Gebäuden, gelten nicht als Elektrizitätsnetze;
b  Endverbraucher: Kunden, welche Elektrizität für den eigenen Verbrauch kaufen. Ausgenommen hiervon ist der Elektrizitätsbezug für den Eigen­be­darf eines Kraftwerkes sowie für den Antrieb von Pumpen in Pumpspeicher­kraftwerken;
c  Erneuerbare Energien: Wasserkraft, Sonnenenergie, Geothermie, Umge­bungswärme, Windenergie und Energie aus Biomasse und aus Abfällen aus Biomasse;
d  Netzzugang: Recht auf Netznutzung, um von einem Lieferanten freier Wahl Elektrizität zu beziehen oder Elektrizität in ein Netz einzuspeisen;
e  Regelenergie: Automatischer oder von Kraftwerken abrufbarer Einsatz von Elektrizität zur Einhaltung des geplanten Elektrizitätsaustausches und zur Gewährleistung des sicheren Netzbetriebes;
ebis  Bilanzgruppe: rechtlicher Zusammenschluss von Teilnehmern am Elektrizitätsmarkt, um gegenüber der nationalen Netzgesellschaft eine gemein­same Mess- und Abrechnungseinheit innerhalb der Regelzone Schweiz zu bilden;
eter  Ausgleichsenergie: Elektrizität, die zum Ausgleich der Differenz zwischen dem effektiven Bezug oder der effektiven Lieferung einer Bilanzgruppe und deren Bezug beziehungsweise deren Lieferung nach Fahrplan in Rechnung gestellt wird.
f  Regelzone: Gebiet, für dessen Netzregelung die nationale Netzgesellschaft verantwortlich ist. Die Regelzone wird physikalisch durch Messstellen fest­gelegt;
g  Systemdienstleistungen: Die für den sicheren Betrieb der Netze notwendigen Hilfsdienste. Diese umfassen insbesondere Systemkoordination, Bilanz­ma­nagement, Primärregelung, Schwarzstart- und Inselbetriebsfähigkeit von Er­zeugern, Spannungshaltung (inkl. Anteil Blindenergie), betriebliche Mes­sungen und Ausgleich der Wirkverluste;
h  Übertragungsnetz: Elektrizitätsnetz, das der Übertragung von Elektrizität über grössere Distanzen im Inland sowie dem Verbund mit den ausländi­schen Netzen dient und in der Regel auf der Spannungsebene 220/380 kV betrieben wird;
i  Verteilnetz: Elektrizitätsnetz hoher, mittlerer oder niederer Spannung zum Zwecke der Belieferung von Endverbrauchern oder Elektrizitätsversor­gungsunternehmen.
2    Der Bundesrat kann die Begriffe nach Absatz 1 sowie weitere in diesem Gesetz verwendete Begriffe näher ausführen und veränderten technischen Voraussetzungen anpassen.
aOApEl violait le principe du paiement par le consommateur final consacré à l'art. 14 al. 2
SR 734.7 Bundesgesetz vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG) - Stromversorgungsgesetz
StromVG Art. 14 Netznutzungsentgelt
1    Das Entgelt für die Netznutzung darf die anrechenbaren Kosten sowie die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nicht übersteigen.
2    Das Netznutzungsentgelt ist von den Endverbrauchern je Ausspeisepunkt zu ent­richten.
3    Für die Festlegung der Netznutzungstarife gilt:
a  Sie müssen einfache Strukturen aufweisen und die von den Endverbrauchern verursachten Kosten widerspiegeln.
b  Sie müssen unabhängig von der Distanz zwischen Ein- und Ausspeisepunkt sein.
c  Sie müssen sich am Bezugsprofil orientieren und im Netz eines Netzbetreibers pro Spannungsebene und Kundengruppe einheitlich sein.
d  ...
e  Sie müssen den Zielen einer effizienten Netzinfrastruktur und Elektrizitäts­verwendung Rechnung tragen.
3bis    Kosten, die die Netzbetreiber individuell in Rechnung stellen, dürfen bei der Festlegung des Netznutzungsentgelts nicht berücksichtigt werden.21
4    Die Kantone treffen die geeigneten Massnahmen zur Angleichung unverhältnis­mässiger Unterschiede der Netznutzungstarife in ihrem Gebiet. Falls diese Mass­nahmen nicht ausreichen, trifft der Bundesrat andere geeignete Massnahmen. Er kann insbesondere einen Ausgleichsfonds mit obligatorischer Beteiligung aller Netzbetreiber anordnen. Die Effizienz des Netzbetriebs muss gewahrt bleiben. Bei Zusammenschlüssen von Netzbetreibern besteht eine Übergangsfrist von fünf Jahren ab dem Zusammenschluss.
5    Die im Zusammenhang mit geltenden Wasserrechtsverleihungen (Konzessions­verträge) vereinbarten Leistungen, insbesondere die Energielieferungen, werden durch die Bestimmungen über das Netznutzungsentgelt nicht berührt.
LApEl. Du fait de
l'illégalité de l'ancien art. 31b
SR 734.71 Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 (StromVV)
StromVV Art. 31b
OApEl, Swissgrid a dû rembourser les exploitants de centrales électriques, dont la recourante (cf. ATF 143 II 37 consid. 2 p. 42).
En l'occurrence, le fait que ces charges aient été remboursées ultérieurement à la recourante ne change rien au fait qu'elles ont bien été encourues et portées en déduction de son résultat durant les périodes litigieuses, influençant les marges qu'elle a réalisées. Dans ces circonstances, il n'était pas arbitraire de prendre aussi en compte ces charges pour établir les marges de pleine concurrence des périodes fiscales litigieuses destinées à être comparées avec les marges réalisées.

12.4.1.4. Il découle de ce qui précède que les juges précédents n'ont pas mésusé de leur pouvoir d'appréciation en établissant le coût actuel de production de A.________ en prenant en compte ses charges d'exploitation, sous déduction des impôts sur le bénéfice et le capital.

12.4.2. A.________ soutient ensuite que les juges précédents sont tombés dans l'arbitraire en ajoutant un correctif d'un centime par KWH à la marge obtenue sur les coûts. Ce correctif ne trouverait aucun ancrage dans l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD, aboutirait à des marges irréalistes et procéderait d'une mauvaise compréhension de la notion de correctif au sens des Principes OCDE. Au surplus, les références prises pour fixer ce correctif (surcoût payés par les consommateurs d'énergie renouvelable de deux communes valaisannes en 2017) auraient été arbitrairement choisies. En définitive, l'application de ce correctif aboutirait à allouer arbitrairement du bénéfice au canton du Valais en recourant à une méthode " mixte " contraire au droit fédéral.
La méthode du coût majoré est fondée sur deux facteurs: la marge et les coûts. Le recours à des correctifs est destiné à permettre la comparabilité des marges si des différences sont constatées lors de l'identification de transactions comparables (cf. supra consid. 12.1). Or en l'espèce, les juges cantonaux ont recouru à un correctif pour tenir compte, en substance, de la capacité de A.________ de produire de l'énergie renouvelable de pointe. Cette démarche n'est pas compatible avec la méthode du coût majoré et c'est à juste titre que A.________ soutient que ce correctif n'a aucun ancrage dans l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. En l'ajoutant à la marge obtenue, les juges précédents ont partant abusé de leur pouvoir d'appréciation d'une manière insoutenable et partant arbitraire, et ce d'autant plus que l'application de ce correctif représente la part la plus importante dans la valorisation des prestations de A.________ (11'183'020 fr. sur 13'977'983 fr. en 2009, 9'894'890 fr. sur 12'387'791 fr. en 2010, 9'823'920 fr. sur 12'099'478 fr, en 2011; cf. le tableau supra consid. 6.1). Le grief d'arbitraire invoqué par A.________ est partant fondé.

12.5. Il découle de ce qui précède que c'est à bon droit que A.________ reproche aux juges précédents d'avoir appliqué arbitrairement la méthode du coût majoré en recourant à un correctif d'un centime par KWH. Ce correctif doit être annulé.

13.
En résumé, si on ne peut pas reprocher aux juges cantonaux d'avoir recouru à la méthode du coût majoré et d'avoir retenu, comme coût de production de A.________, les charges d'exploitation diminuées des impôts sur le bénéfice et le capital, ceux-ci ont en revanche arbitrairement tenu compte d'un correctif d'un centime par KWH produit.
Le seul élément de la méthode du coût majoré qui n'a pas encore été examiné est le pourcentage de 5% que les juges cantonaux ont retenu comme marge de pleine concurrence permettant une évaluation du bénéfice imposable. Appliqué au coût actuel de production défini dans l'arrêt attaqué, ce pourcentage aboutit à évaluer le bénéfice en fonction des charges d'exploitation de A.________ à 2'794'963 fr. pour la période fiscale 2009, à 2'492'901 fr. pour la période fiscale 2010 et à 2'275'558 fr. pour la période fiscale 2011 (cf. tableau consid. 6.1).
En comparant cette évaluation avec les bénéfices déclarés, on peut d'emblée exclure que A.________ a procédé à une distribution dissimulée de bénéfice, puisque les bénéfices déclarés (5'270'000 fr. pour 2009, 5'215'477 pour 2010 et 5'270'000 fr. pour 2011) en représentent presque ou plus du double. Dans ces circonstances, la Cour de céans n'a pas à examiner le bien-fondé du pourcentage de 5%, ce d'autant qu'aucun des recourants ne le conteste. Il en découle que l'application de l'art. 58 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD et la méthode du coût majoré ne permettent pas d'établir l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice, de sorte que les reprises effectuées s'avèrent infondées.

14.

Ce qui précède conduit au rejet du recours du Service cantonal et à l'admission du recours de A.________ en ce qui concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que A.________ doit être imposée sur la base de ses bénéfices déclarés pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011.

III. Droit cantonal

15.
En droit cantonal, la disposition légale applicable dans le canton du Valais est l'art. 81 al. 1 let. a, let. b et let. e de la loi fiscale valaisanne (LF; RS/VS 642.1). Ces normes contiennent des règles semblables à celles de l'art. 24 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 5
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Auf­wand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquida­tions- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossen­schaf­ten einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Be­triebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buch­mässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegen­ständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochter­gesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genos­senschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossen­schaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.108
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.109 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Ak­ti­ven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.110
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.111
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeb­lichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.112 113
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräus­sert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheit­licher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.114
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibun­gen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.115
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LHID et correspondent à l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
et 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Tei­len des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begrün­detem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung er­stel­len, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Un­ter­nehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Markt­preis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Auf­schlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinn­marge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entspre­chend zu berichtigen.
LIFD. Les considérants développés en matière d'impôt fédéral direct s'appliquent partant aussi à l'impôt cantonal et communal.
Il s'ensuit que le recours du Service cantonal est rejeté et que le recours de A.________ est admis en ce qui concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que A.________ doit être imposée sur la base de ses bénéfices déclarés pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011.

IV. Frais et dépens

16.
Au vu de l'issue du litige, les frais judiciaires de la procédure devant le Tribunal fédéral sont mis à la charge du canton du Valais, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auf­erlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
et 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auf­erlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). A.________, qui a obtenu gain de cause avec l'aide de mandataires professionnels, a droit à des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verur­sachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugespro­chen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundes­gericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenös­sischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verur­sachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugespro­chen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundes­gericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenös­sischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF) à la charge du canton du Valais.
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
et 68 al. 5
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verur­sachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugespro­chen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundes­gericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenös­sischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 495/2017 et 2C 512/2017 sont jointes.

2.
Le recours en matière de droit public formé par le Service cantonal est rejeté, tant en ce qu'il concerne l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2009 à 2011.

3.
Le recours en matière de droit public formé par A.________ est admis, tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 2009 à 2011. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que A.________ doit être imposée sur la base de ses bénéfices déclarés pour les périodes fiscales 2009 à 2011.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 36'000 fr., sont mis à la charge du canton du Valais.

5.
Le canton du Valais versera à A.________ une indemnité de 36'000 fr. à titre de dépens.

6.
La cause est renvoyée à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais pour qu'elle statue à nouveau sur le sort des frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

7.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 27 mai 2019

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Vuadens
Information de décision   •   DEFRITEN
Décision : 2C_495/2017
Date : 27. Mai 2019
Publié : 19. Juni 2019
Tribunal : Bundesgericht
Statut : Unpubliziert
Domaine : Öffentliche Finanzen und Abgaberecht
Regeste : Impôt fédéral direct; impôt cantonal et communal 2009, 2010 et 2011; prestations d'une entreprise d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public à des entreprises proches


Répertoire des lois
Cst: 9 
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
127
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
LApEl: 4 
SR 734.7 Loi du 23 mars 2007 sur l'approvisionnement en électricité (LApEl)
LApEl Art. 4 Définitions
1    Au sens de la présente loi, on entend par:
a  réseau électrique: l'ensemble d'installations constitué d'un grand nombre de lignes et des équipements annexes nécessaires au transport et à la distribution d'électricité; ne sont pas considérées comme des réseaux les installations de peu d'étendue destinées à la distribution fine telles que celles que l'on trouve sur des périmètres industriels ou dans les bâtiments;
b  consommateur final: le client achetant de l'électricité pour ses propres besoins; cette définition n'englobe ni l'électricité fournie aux centrales électriques pour leurs propres besoins, ni celle destinée à faire fonctionner les pompes des centrales de pompage.
c  énergies renouvelables: l'énergie hydraulique, l'énergie solaire, l'énergie géothermique, la chaleur ambiante, l'énergie éolienne ainsi que l'énergie tirée de la biomasse et des déchets de biomasse;
d  accès au réseau: le droit d'utiliser le réseau afin d'acquérir de l'électricité auprès d'un fournisseur de son choix ou d'injecter de l'électricité;
e  énergie de réglage: l'électricité dont l'apport est automatique ou commandé à partir de centrales et qui est destinée à maintenir les échanges d'électricité au niveau prévu ainsi qu'à garantir le bon fonctionnement du réseau;
ebis  groupe-bilan: le groupement de nature juridique d'acteurs du marché de l'électricité visant à constituer vis-à-vis de la société nationale du réseau de transport une unité de mesure et de décompte dans le cadre de la zone de réglage Suisse;
eter  énergie d'ajustement: l'énergie électrique facturée servant à compenser la différence entre la consommation ou la fourniture effectives d'un groupe-bilan et sa consommation ou sa fourniture programmées;
f  zone de réglage: le secteur du réseau dont le réglage incombe à la société nationale du réseau de transport; ce secteur est délimité physiquement par des points de mesure;
g  services-système: les prestations nécessaires à une exploitation sûre des réseaux; elles comprennent notamment la coordination du système, la gestion des bilans d'ajustement, le réglage primaire, l'aptitude au démarrage autonome et à la marche en îlotage pour les producteurs, le maintien de la tension (part d'énergie réactive comprise), les mesures pour l'exploitation et la compensation des pertes de transport;
h  réseau de transport: le réseau électrique qui sert au transport d'électricité sur de grandes distances à l'intérieur du pays ainsi qu'à l'interconnexion avec les réseaux étrangers; il est généralement exploité à 220/380 kV;
i  réseau de distribution: le réseau électrique à haute, à moyenne ou à basse tension servant à l'alimentation de consommateurs finaux ou d'entreprises d'approvisionnement en électricité.
2    Le Conseil fédéral peut préciser les définitions données à l'al. 1 ainsi que d'autres notions employées dans la présente loi et les adapter aux conditions techniques nouvelles.
14 
SR 734.7 Loi du 23 mars 2007 sur l'approvisionnement en électricité (LApEl)
LApEl Art. 14 Rémunération pour l'utilisation du réseau
1    La rémunération pour l'utilisation du réseau ne doit pas dépasser la somme des coûts imputables et des redevances et prestations fournies à des collectivités publiques.
2    La rémunération pour l'utilisation du réseau doit être versée par les consommateurs finaux par point de prélèvement.
3    Les tarifs d'utilisation du réseau doivent:
a  présenter des structures simples et refléter les coûts occasionnés par les consommateurs finaux;
b  être fixés indépendamment de la distance entre le point d'injec­tion et le point de prélèvement;
c  se baser sur le profil de soutirage et être uniformes par niveau de tension et par catégorie de clients pour le réseau d'un même gestionnaire;
d  ...
e  tenir compte d'une infrastructure de réseau et d'une utilisation de l'électri­cité efficaces.
3bis    La rémunération pour l'utilisation du réseau ne peut pas inclure les coûts facturés individuellement par les gestionnaires de réseau.21
4    Les cantons prennent des mesures propres à réduire les différences disproportionnées entre les tarifs d'utilisation du réseau pratiqués sur leur territoire. Si ces mesures ne suffisent pas, le Conseil fédéral en prend d'autres. Il peut en particulier prévoir l'institution d'un fonds de compensation auquel tous les gestionnaires de réseau sont tenus de participer. L'efficacité de l'exploitation du réseau ne doit pas être compromise. Si des gestionnaires de réseau fusionnent, un délai transitoire de cinq ans est prévu pour adapter les tarifs.
5    Les prestations découlant des concessions hydrauliques en vigueur, notamment la fourniture d'énergie, ne sont pas touchées par les dispositions sur la rémunération pour l'utilisation du réseau.
31b
LFH: 49
SR 721.80 Loi fédérale du 22 décembre 1916 sur l'utilisation des forces hydrauliques (Loi sur les forces hydrauliques, LFH) - Loi sur les forces hydrauliques
LFH Art. 49
1    La redevance hydraulique annuelle ne peut excéder 110 francs par kilowatt théorique jusqu'à fin 2024. Sur ce montant, la Confédération peut percevoir au plus 1 franc par kilowatt théorique afin de financer les montants compensatoires alloués aux cantons et aux communes en vertu de l'art. 22, al. 3 à 5.63
1bis    En temps utile, le Conseil fédéral soumet à l'Assemblée fédérale un projet d'acte fixant le taux maximal de la redevance hydraulique applicable à partir du 1er janvier 2025.64
2    Les aménagements hydro-électriques faisant l'objet d'une concession et l'énergie qu'ils produisent ne peuvent être grevés d'impôts spéciaux.65 Toutefois, si la législation cantonale fixe une redevance maximum inférieure au taux admis par les prescriptions fédérales, le canton peut percevoir un impôt spécial, pourvu que les deux taxes réunies n'excèdent pas ce taux.
3    La taxe de concession, la redevance annuelle et les autres prestations ne seront pas plus élevées pour l'énergie dérivée dans d'autres cantons que pour l'énergie employée dans le canton même.
4    Les aménagements hydro-électriques dont la puissance n'excède pas 1 mégawatt sont exemptés de la redevance hydraulique annuelle. Pour ceux dont la puissance s'échelonne entre 1 et 2 mégawatts, il convient de prévoir, au plus, une augmentation linéaire allant jusqu'au maxi­mum prévu à l'al. 1.
LHID: 24 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établisse­ment stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévalua­tion comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructu­rations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre per­sonne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties dis­tinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immo­bilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopéra­tive qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.108
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.109 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.110
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs trans­férées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspon­dantes imposées comme bénéfice.111
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être trans­férées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des cir­constances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.112 113
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les élé­ments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidaire­ment du rappel d'impôt.114
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortis­sements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.115
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont pro­ches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appro­priée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral253.254
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...255
LIFD: 57 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
58 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice pré­cédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justi­fiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y com­pris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquida­tion, sous réserve de l'art. 64 . ...134
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'inté­rêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont pro­ches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
59 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 59 Charges justifiées par l'usage commercial
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'en­treprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence de 20 % du bénéfice net, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exo­nérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publi­que (art. 56, let. g) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 56, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations, ainsi que les parts de bénéfice des com­pagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins profession­nelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
2    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.139
3    Si des sanctions au sens de l'al. 2, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.140
146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral242. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
LTF: 42 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
45 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 45 Fin
1    Si le dernier jour du délai est un samedi, un dimanche ou un jour férié selon le droit fédéral ou cantonal, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit.
2    Le droit cantonal déterminant est celui du canton où la partie ou son mandataire a son domicile ou son siège.
54 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 54
1    La procédure est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée.
2    Dans les procédures par voie d'action, il est tenu compte de la langue des parties s'il s'agit d'une langue officielle.
3    Si une partie a produit des pièces qui ne sont pas rédigées dans une langue offi­cielle, le Tribunal fédéral peut, avec l'accord des autres parties, renoncer à exiger une traduction.
4    Si nécessaire, le Tribunal fédéral ordonne une traduction.
66 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
67 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 67 Frais de la procédure antérieure - Si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure.
68 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
71 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
82 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
83 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit57 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs64;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics62;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'excep­tion de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommuni­cations, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:69
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications70;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste72;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3473 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)74;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers78);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opi­nion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198182, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal.
86 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
89 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué; et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
90 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
95 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
97 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.86
100 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de pour­suite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants89 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlève­ment international d'enfants90.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets92.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...93
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
102 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 102 Échange d'écritures
1    Si nécessaire, le Tribunal fédéral communique le recours à l'autorité précédente ainsi qu'aux éventuelles autres parties ou participants à la procédure ou aux autorités qui ont qualité pour recourir; ce faisant, il leur impartit un délai pour se déterminer.
2    L'autorité précédente transmet le dossier de la cause dans le même délai.
3    En règle générale, il n'y a pas d'échange ultérieur d'écritures.
105 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.96
106
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
OApEl: 31b
SR 734.71 Ordonnance du 14 mars 2008 sur l'approvisionnement en électricité (OApEl)
OApEl Art. 31b
PCF: 24
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 24
1    Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fé­dé­ral est compétent pour connaî­tre de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoi­res.
2    Plusieurs personnes peuvent agir comme demandeurs ou être ac­tion­nées comme défendeurs par la même demande:
a  s'il existe entre elles, en raison de l'objet litigieux, une com­mu­nauté de droit ou si leurs droits ou leurs obligations déri­vent de la même cause matérielle et ju­ridique. Le juge peut ap­peler en cause un tiers qui fait partie de la communauté de droit. L'appelé en cause devient partie au procès;
b  si des prétentions de même nature et reposant sur une cause ma­térielle et juri­dique essentiellement de même nature forment l'objet du litige et que la compé­tence du Tribunal fédéral soit donnée à l'égard de chacune d'elles.
3    Le juge peut en tout état de cause ordonner la disjonction, s'il l'es­time opportun.
Répertoire ATF
130-I-234 • 131-II-593 • 132-IV-102 • 133-II-153 • 134-II-207 • 134-II-244 • 137-II-353 • 137-V-71 • 138-II-57 • 139-II-404 • 140-I-257 • 140-II-88 • 140-III-115 • 140-III-264 • 141-I-36 • 141-II-83 • 142-I-99 • 142-III-643 • 143-II-37 • 143-III-416 • 143-IV-241 • 144-II-130 • 82-I-288
Weitere Urteile ab 2000
1A.71/2005 • 2A.182/1989 • 2C_1082/2013 • 2C_12/2016 • 2C_237/2013 • 2C_333/2017 • 2C_487/2011 • 2C_495/2017 • 2C_512/2017 • 2C_572/2012 • 2C_603/2012 • 2C_695/2017 • 2C_95/2013 • 4A_94/2007 • 6B_376/2012 • 6P.62/2005
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
ocde • tribunal fédéral • distribution dissimulée de bénéfices • commission de recours • impôt fédéral direct • tennis • examinateur • 1995 • grisons • impôt cantonal et communal • décision de taxation • entreprise d'économie mixte • prix de transfert • doctrine • prix du marché • viol • vue • charge fiscale • capital-actions • autorité fiscale
... Les montrer tous
BVGE
2010/49
BVGer
A-2607/2009
AS
AS 2008/45 • AS 2008/75 • AS 2007/6827 • AS 1991/1184
BO
1982 CE 715 • 1986 CN 596 • 1988 CE 835 • 1988 CE 839 • 1989 CE 578
RDAF
2014 II 336
RF
1/1994 S.11 • 1/1994 S.3 • 12/1989 S.583 • 2/2003 S.3 • 41/1986 S.488 • 47/1992 S.484 • 68/2013 S.810