Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-258/2007
{T 0/2}

Arrêt du 27 avril 2009

Composition
Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.

Parties
X._______, ***,
représentée par PricewaterhouseCoopers SA, ***,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et prescription du droit au remboursement de la TVA des organisations internationales.

Faits :

A.
X._______ est une organisation humanitaire internationale fondée en ***.

B.
Se fondant sur un accord de siège conclu le *** avec le Conseil fédéral (CF), X._______, par lettre du 28 décembre 2001, introduisit des demandes de remboursement de l'impôt pour les années 1995 à 1998.
Par courrier du 24 mars 2004, l'AFC refusa le remboursement de la TVA pour les prestations reçues en 1995, au motif que l'acquisition de la prescription du droit au remboursement de l'impôt était survenue le 1er janvier 2001, soit antérieurement au dépôt des demandes en question.

C.
Par lettre du 30 septembre 2004, X._______ contesta ce prononcé et requit l'AFC de reconsidérer sa position et de la fixer dans une décision formelle.
Par décision du 18 octobre 2004 au sens de l'art. 51
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 51 Bücher und andere Druckerzeugnisse ohne Reklamecharakter - (Art. 25 Abs. 2 Bst. a Ziff. 9 MWSTG)
a  Sie weisen Buch-, Broschüren- oder Loseblattform auf; Loseblattwerke gelten als Bücher, wenn sie sich aus einer Einbanddecke, versehen mit einer Schraub-, Spiral- oder Schnellheftung, und den darin einzuordnenden losen Blättern zusammensetzen, als vollständiges Werk mindestens 16 Seiten umfassen und der Titel des Werks auf der Einbanddecke erscheint.
b  Sie weisen inklusive Umschlag und Deckseiten mindestens 16 Seiten auf, mit Ausnahme von Kinderbüchern, gedruckten Musikalien und Teilen zu Loseblattwerken.
c  Sie weisen einen religiösen, literarischen, künstlerischen, unterhaltenden, erzieherischen, belehrenden, informierenden, technischen oder wissenschaftlichen Inhalt auf.
d  Sie sind nicht zur Aufnahme von Eintragungen oder Sammelbildern bestimmt, mit Ausnahme von Schul- und Lehrbüchern sowie bestimmten Kinderbüchern wie Übungsheften mit Illustrationen und ergänzendem Text und Zeichen- und Malbüchern mit Vorgaben und Anleitungen.
de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures), l'AFC confirma le rejet de la demande du 28 décembre 2001.

D.
Par lettre signature du 16 novembre 2004, X._______ forma réclamation contre ce prononcé, concluant à l'annulation de la décision du 18 octobre 2004 et à ce qu'il soit constaté que la demande de remboursement du 28 décembre 2001 est intervenue avant l'échéance du délai de prescription. A l'appui de ses conclusions, X._______ exposa que le droit au remboursement de l'impôt pour les prestations reçues en 1995 est né avec la signature de l'Accord de siège, le ***, et non courant 1995, comme retenu par l'AFC. A titre subsidiaire, X._______ soutint que la prescription du droit au remboursement avait été suspendue jusqu'à la conclusion de l'Accord de siège.
Par décision sur réclamation du 28 novembre 2006, l'AFC rejeta la réclamation formée le 16 novembre 2004 par X._______.

E.
A l'encontre de cette décision, X._______ (ci-après: la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral, par mémoire du 10 janvier 2007, en reprenant en substance l'argumentation développée devant l'AFC. Par réponse du 20 mars 2007, l'AFC a conclu au rejet du recours.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :

1.
1.1 Depuis le 1er janvier 2007, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 31 Grundsatz - Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 196819 über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
et 34
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 34
LTAF.
Aux termes de l'art. 33 let. d
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF, le recours est recevable contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF).
Aux termes des art. 50 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 - 1 Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
et 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA, le mémoire de recours doit en outre être déposé dans les trente jours qui suivent la notification de la décision, indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire.
En l'occurrence, le recours du 10 janvier 2007 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 28 novembre 2006 a été interjeté dans le délai légal auprès du Tribunal administratif fédéral, lequel est effectivement compétent. Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.

1.2 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999, et à l'art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 196 - 1. Übergangsbestimmung zu Art. 84 (Alpenquerender Transitverkehr)
1    Die Befugnis zur Erhebung der Mehrwertsteuer ist bis Ende 2035 befristet.153
2    Zur Sicherung der Finanzierung der Invalidenversicherung hebt der Bundesrat die Mehrwertsteuersätze vom 1. Januar 2011 bis 31. Dezember 2017 wie folgt an: ...
a  für Lastwagen und Sattelmotorfahrzeuge von
2bis    Der Bundesrat kann die Mittel nach Absatz 2 bis zum 31. Dezember 2018 zur Finanzierung der Eisenbahninfrastruktur und anschliessend zur Verzinsung und zur Rückzahlung der Bevorschussung des Fonds nach Artikel 87a Absatz 2 verwenden. Die Mittel berechnen sich nach Artikel 86 Absatz 2 Buchstabe e.143
2ter    Der Prozentsatz nach Artikel 86 Absatz 2 Buchstabe f gilt zwei Jahre nach Inkrafttreten dieser Bestimmung. Davor beträgt er 5 Prozent.144
3    Der Ertrag aus der Anhebung nach Absatz 2 wird vollumfänglich dem Ausgleichsfonds der Invalidenversicherung zugewiesen.154
4    Zur Sicherung der Finanzierung der Eisenbahninfrastruktur hebt der Bundesrat die Steuersätze nach Artikel 25 des Mehrwertsteuergesetzes vom 12. Juni 2009155 ab 1. Januar 2018 um 0,1 Prozentpunkt an, im Fall einer Verlängerung der Frist gemäss Absatz 1 bis längstens 31. Dezember 2030.156
5    Der Ertrag aus der Anhebung nach Absatz 4 wird vollumfänglich dem Fonds nach Artikel 87a zugewiesen.157
6    Der Bundesrat regelt den Vollzug. Er kann für besondere Fahrzeugkategorien die Ansätze im Sinne von Absatz 2 festlegen, bestimmte Fahrzeuge von der Abgabe befreien und Sonderregelungen treffen, insbesondere für Fahrten im Grenzbereich. Dadurch dürfen im Ausland immatrikulierte Fahrzeuge nicht besser gestellt werden als schweizerische. Der Bundesrat kann für Übertretungen Bussen vorsehen. Die Kantone ziehen die Abgabe für die im Inland immatrikulierten Fahrzeuge ein.
7    Auf dem Weg der Gesetzgebung kann ganz oder teilweise auf diese Abgabe verzichtet werden.
8    Diese Bestimmung gilt bis zum Inkrafttreten des Schwerverkehrsabgabegesetzes vom 19. Dezember 1997140.
de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté l'OTVA. Le 2 septembre 1999, le Parlement a introduit la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette loi, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), a abrogé l'OTVA. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 93 Sicherstellung - 1 Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn:
1    Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn:
a  deren rechtzeitige Bezahlung als gefährdet erscheint;
b  die zahlungspflichtige Person Anstalten trifft, ihren Wohn- oder Geschäftssitz oder ihre Betriebsstätte in der Schweiz aufzugeben oder sich im schweizerischen Handelsregister löschen zu lassen;
c  die zahlungspflichtige Person mit ihrer Zahlung in Verzug ist;
d  die steuerpflichtige Person ein Unternehmen, über das der Konkurs eröffnet worden ist, ganz oder teilweise übernimmt;
e  die steuerpflichtige Person offensichtlich zu tiefe Abrechnungen einreicht.
2    Verzichtet die steuerpflichtige Person auf die Befreiung von der Steuerpflicht (Art. 11) oder optiert sie für die Versteuerung von ausgenommenen Leistungen (Art. 22), so kann die ESTV von ihr die Leistung von Sicherheiten gemäss Absatz 7 verlangen.
3    Die Sicherstellungsverfügung hat den Rechtsgrund der Sicherstellung, den sicherzustellenden Betrag und die Stelle, welche die Sicherheiten entgegennimmt, anzugeben; sie gilt als Arrestbefehl im Sinne von Artikel 274 SchKG152. Die Einsprache gegen die Sicherstellungsverfügung ist ausgeschlossen.
4    Gegen die Verfügung kann beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde geführt werden.
5    Beschwerden gegen Sicherstellungsverfügungen haben keine aufschiebende Wirkung.
6    Die Zustellung einer Verfügung über die Steuerforderung gilt als Anhebung der Klage nach Artikel 279 SchKG. Die Frist für die Einleitung der Betreibung beginnt mit dem Eintritt der Rechtskraft der Verfügung über die Steuerforderung zu laufen.
7    Die Sicherstellung ist zu leisten durch Barhinterlage, solvente Solidarbürgschaften, Bankgarantien, Schuldbriefe und Grundpfandverschreibungen, Lebensversicherungspolicen mit Rückkaufswert, kotierte Frankenobligationen von schweizerischen Schuldnern oder Kassenobligationen von schweizerischen Banken.
LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables, sous réserve de l'art. 94
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 94 Andere Sicherungsmassnahmen - 1 Ein Überschuss aus der Steuerabrechnung zugunsten der steuerpflichtigen Person kann:
1    Ein Überschuss aus der Steuerabrechnung zugunsten der steuerpflichtigen Person kann:
a  mit Schulden für frühere Perioden verrechnet werden;
b  zur Verrechnung mit zu erwartenden Schulden für nachfolgende Perioden gutgeschrieben werden, sofern die steuerpflichtige Person mit der Steuerentrichtung im Rückstand ist oder andere Gründe eine Gefährdung der Steuerforderung wahrscheinlich erscheinen lassen; der gutgeschriebene Betrag wird vom 61. Tag nach Eintreffen der Steuerabrechnung bei der ESTV bis zum Zeitpunkt der Verrechnung zum Satz verzinst, der für den Vergütungszins gilt; oder
c  mit einer von der ESTV geforderten Sicherstellungsleistung verrechnet werden.
2    Bei steuerpflichtigen Personen ohne Wohn- oder Geschäftssitz in der Schweiz kann die ESTV ausserdem Sicherstellung der voraussichtlichen Schulden durch Leistung von Sicherheiten nach Artikel 93 Absatz 7 verlangen.
3    Bei wiederholtem Zahlungsverzug kann die ESTV die zahlungspflichtige Person dazu verpflichten, künftig monatliche oder halbmonatliche Vorauszahlungen zu leisten.
LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité.
Dans le cas présent, l'art. 94
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 94 Andere Sicherungsmassnahmen - 1 Ein Überschuss aus der Steuerabrechnung zugunsten der steuerpflichtigen Person kann:
1    Ein Überschuss aus der Steuerabrechnung zugunsten der steuerpflichtigen Person kann:
a  mit Schulden für frühere Perioden verrechnet werden;
b  zur Verrechnung mit zu erwartenden Schulden für nachfolgende Perioden gutgeschrieben werden, sofern die steuerpflichtige Person mit der Steuerentrichtung im Rückstand ist oder andere Gründe eine Gefährdung der Steuerforderung wahrscheinlich erscheinen lassen; der gutgeschriebene Betrag wird vom 61. Tag nach Eintreffen der Steuerabrechnung bei der ESTV bis zum Zeitpunkt der Verrechnung zum Satz verzinst, der für den Vergütungszins gilt; oder
c  mit einer von der ESTV geforderten Sicherstellungsleistung verrechnet werden.
2    Bei steuerpflichtigen Personen ohne Wohn- oder Geschäftssitz in der Schweiz kann die ESTV ausserdem Sicherstellung der voraussichtlichen Schulden durch Leistung von Sicherheiten nach Artikel 93 Absatz 7 verlangen.
3    Bei wiederholtem Zahlungsverzug kann die ESTV die zahlungspflichtige Person dazu verpflichten, künftig monatliche oder halbmonatliche Vorauszahlungen zu leisten.
LTVA n'entre pas en considération, de sorte que l'OTVA est seule applicable à la présente cause.

1.3 Enfin, il reste à préciser l'objet du litige, tendant au seul examen de la date d'acquisition de la prescription des créances en remboursement de la TVA de la recourante, pour les prestations reçues dans le courant de l'année 1995.
A cette fin, il convient en premier lieu de se pencher sur le statut fiscal, en matière de TVA, de la recourante, tel qu'il résulte de l'Accord de siège (consid. 2). Il sera ensuite question de la réglementation régissant le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie (consid. 3). Il s'agira alors de présenter l'institution de la prescription, en tant qu'institution générale du droit et, en matière de TVA, s'agissant du droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 4). Il y aura finalement lieu d'en tirer les conséquences qui s'imposent au cas d'espèce (consid. 5).

2.
2.1 L'arrêté fédéral du 30 septembre 1955 concernant la conclusion ou la modification d'accords avec des organisations internationales en vue de déterminer leur statut juridique en Suisse (RO 1956 1216), en vigueur jusqu'au 1er janvier 2008, attribuait au CF la compétence de conclure des accords de siège avec les organisations internationales désirant s'établir en Suisse. C'est dans ce cadre que le CF et la recourante ont signé l'Accord de siège du ***, entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. art. 34 de l'Accord).

2.2 Aux termes de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, la recourante est exonérée de la TVA pour toutes les acquisitions destinées à un usage officiel et pour toutes les prestations de services faites pour un tel usage, conformément à la législation suisse. A son art. 12 par. 1, l'Accord de siège étend dans la même mesure ce privilège, en ce qui concerne les biens mobiliers, à toute caisse de pension ou institution de prévoyance exerçant officiellement son activité en faveur des collaborateurs de la recourante. Par voie d'échange de lettres du ***, valant avenant à l'Accord, le CF et la recourante sont en outre convenus d'appliquer l'art. 7 par. 2 à partir du 1er janvier 1995, de sorte que la TVA puisse être remboursée rétroactivement à partir de cette date. L'Accord ne contient au surplus aucun article réglant les conditions, ainsi que la prescription du droit au remboursement de l'impôt.

3.
L'art. 81 let. b
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 81 - (Art. 37 Abs. 1-4 MWSTG)
1    Steuerpflichtige Personen, die von der Saldosteuersatzmethode zur effektiven Methode wechseln wollen, müssen dies der ESTV bis spätestens 60 Tage nach Beginn der Steuerperiode schriftlich melden, ab welcher der Wechsel erfolgen soll. Bei verspäteter Meldung erfolgt der Wechsel auf den Beginn der nachfolgenden Steuerperiode.
2    Wer eine oder beide der in Artikel 37 Absatz 1 MWSTG festgelegten Grenzen in zwei aufeinander folgenden Steuerperioden um höchstens 50 Prozent überschreitet, muss auf den Beginn der folgenden Steuerperiode zur effektiven Abrechnungsmethode wechseln.
3    Wer eine oder beide der in Artikel 37 Absatz 1 MWSTG festgelegten Grenzen um mehr als 50 Prozent überschreitet, muss auf den Beginn der folgenden Steuerperiode zur effektiven Abrechnungsmethode wechseln. Werden die Grenzen bereits in den ersten 12 Monaten der Unterstellung unter die Saldosteuersatzmethode überschritten, so wird die Bewilligung rückwirkend entzogen.
4    Ist die Überschreitung einer oder beider Grenzen um mehr als 50 Prozent auf die Übernahme eines Gesamt- oder Teilvermögens im Meldeverfahren zurückzuführen, so kann die steuerpflichtige Person entscheiden, ob sie rückwirkend auf den Beginn der Steuerperiode, in der die Übernahme erfolgte, oder auf den Beginn der nachfolgenden Steuerperiode zur effektiven Abrechnungsmethode wechseln will.
5    Beim Wechsel von der Saldosteuersatzmethode zur effektiven Abrechnungsmethode erfolgen keine Korrekturen auf dem Warenlager, den Betriebsmitteln und den Anlagegütern. Vorbehalten bleibt eine Einlageentsteuerung nach Artikel 32 MWSTG, wenn Warenlager, Betriebsmittel oder Anlagegüter ab dem Wechsel in grösserem Umfang für eine zum Vorsteuerabzug berechtigende Tätigkeit verwendet werden.63
6    Wird gleichzeitig mit dem Wechsel zur effektiven Abrechnungsmethode auch die Abrechnungsart nach Artikel 39 MWSTG geändert, so sind folgende Korrekturen vorzunehmen:
a  Wird von vereinbarten auf vereinnahmte Entgelte gewechselt, so schreibt die ESTV der steuerpflichtigen Person auf den im Zeitpunkt der Umstellung bestehenden Debitorenposten die Steuer zu den bewilligten Saldosteuersätzen gut. Auf den Kreditorenposten sind keine Korrekturen vorzunehmen.
b  Wird von vereinnahmten auf vereinbarte Entgelte gewechselt, so belastet die ESTV die Steuer auf den im Zeitpunkt der Umstellung bestehenden Debitorenposten zu den bewilligten Saldosteuersätzen. Auf den Kreditorenposten sind keine Korrekturen vorzunehmen.
OTVA attribue au Département fédéral des finances (DFF) la compétence de réglementer, en accord avec le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE), le dégrèvement de la TVA pour les missions diplomatiques, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour les représentants diplomatiques, les fonctionnaires consulaires et les hauts fonctionnaires des organisations internationales.

3.1 Faisant usage de cette compétence, le DFF a édicté l'Ordonnance sur le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie du 14 décembre 1994 (ODFF 1, RO 1994 3159), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, ainsi que l'Ordonnance du 26 juin 1995 relative au dégrèvement de la taxe sur la valeur ajoutée pour les missions diplomatiques, les missions permanentes, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour certaines catégories de personnes (ODFF 2, RO 1995 2888), qui est entrée en vigueur le 1er juillet 1995 et a abrogé l'ODFF 1 (cf. art. 9 et 10 ODFF 2).

3.2 Les conditions de remboursement de la TVA des entités et personnes visées sont réglées à l'art. 5 ODFF 2. S'agissant du délai de conservation des documents et pièces justificatives, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie expressément à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 47 Leistungen an das Personal - (Art. 24 MWSTG)
1    Bei entgeltlichen Leistungen an das Personal ist die Steuer vom tatsächlich
2    Leistungen des Arbeitgebers an das Personal, die im Lohnausweis zu deklarieren sind, gelten als entgeltlich erbracht. Die Steuer ist von dem Betrag zu berechnen, der auch für die direkten Steuern massgebend ist.
3    Leistungen, die im Lohnausweis nicht zu deklarieren sind, gelten als nicht entgeltlich erbracht und es wird vermutet, dass ein unternehmerischer Grund besteht.
4    Soweit bei den direkten Steuern Pauschalen für die Ermittlung von Lohnanteilen zulässig sind, die auch für die Bemessung der Mehrwertsteuer dienlich sind, können diese für die Mehrwertsteuer ebenfalls angewendet werden.
5    Für die Anwendung der Absätze 2-4 ist nicht erheblich, ob es sich dabei um eng verbundene Personen nach Artikel 3 Buchstabe h MWSTG handelt.40
OTVA. En vertu de cette disposition, l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. En outre, lorsqu'au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les documents en question n'est pas encore prescrite, l'obligation de conservation est prolongée jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 47 Leistungen an das Personal - (Art. 24 MWSTG)
1    Bei entgeltlichen Leistungen an das Personal ist die Steuer vom tatsächlich
2    Leistungen des Arbeitgebers an das Personal, die im Lohnausweis zu deklarieren sind, gelten als entgeltlich erbracht. Die Steuer ist von dem Betrag zu berechnen, der auch für die direkten Steuern massgebend ist.
3    Leistungen, die im Lohnausweis nicht zu deklarieren sind, gelten als nicht entgeltlich erbracht und es wird vermutet, dass ein unternehmerischer Grund besteht.
4    Soweit bei den direkten Steuern Pauschalen für die Ermittlung von Lohnanteilen zulässig sind, die auch für die Bemessung der Mehrwertsteuer dienlich sind, können diese für die Mehrwertsteuer ebenfalls angewendet werden.
5    Für die Anwendung der Absätze 2-4 ist nicht erheblich, ob es sich dabei um eng verbundene Personen nach Artikel 3 Buchstabe h MWSTG handelt.40
OTVA i.f.). Le délai de conservation est ainsi manifestement fonction du délai de prescription de cinq ans dès la naissance de la créance fiscale de l'art. 40 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 40
OTVA. L'ODFF 2 ne contient pour le surplus aucune disposition réglant expressément la prescription du droit au remboursement de l'impôt.

4.
4.1 La prescription libératoire (ou extinctive) constitue une institution générale du droit, qui trouve application tant en droit privé qu'en droit public. Il s'agit d'une institution de droit matériel, prévue par le droit fédéral, et non de procédure. Elle a généralement pour but de favoriser la sécurité du droit et la paix sociale, en limitant la possibilité d'invoquer après un certain délai des créances que l'on a pas fait valoir à temps et en visant à empêcher des contestations juridiques tardives ainsi que les difficultés de preuve qui en découlent. La prescription a pour effet d'éteindre le droit d'action relatif à une créance par suite de l'écoulement du temps. La prescription est ainsi rattachée aux créances qu'elle atteint, et non aux rapports d'obligation sur lesquels ces dernières reposent (PIERRE TERCIER, Le droit des obligations, 3e éd., Genève 2004, n° 1424 ss; PIERRE ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., Berne 1997, p. 796 s. et 799; ROBERT K. DÄPPEN, Basler Kommentar, Obligationenrecht I: Art. 1-529 OR, 4e éd., Bâle 2007, n° 1 ad Vorbemerkungen zu Art. 127-142, n° 3 ad art. 127; PETER GAUCH/WALTER R. SCHLUEP/JÖRG SCHMID/SUSAN EMMENEGGER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 9e éd., Zurich 2008, n °3269 ss et 3278 ss; cf. également ATF 118 II 447 consid. 1b/bb; THEO GUHL, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9e éd., Zurich 2000, § 39 n° 1 p. 316 s.; voir également en droit administratif: MARKUS BINDER, Die Verjährung im schweizerischen Steuerrecht, Dissertation Zürich 1985, p. 5 ss et 14; PIERRE MOOR, Droit administratif, Volume I, 2e éd., Berne 1994 [Vol. I], par. 2.1.3.2 p. 58 s.; MOOR, Droit administratif, Volume II, 2e éd., Berne 2002 [Vol. II], par. 1.3.1.1 p. 82 s.; BLAISE KNAPP, précis de droit administratif, 4e éd., Bâle 1991, n° 743 et 748 ss).
En droit privé, les créances prescrites subsistent. Il appartient dès lors au débiteur de soulever la prescription par voie d'exception, le juge ne pouvant la relever d'office (cf. art. 142
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 142 - Der Richter darf die Verjährung nicht von Amtes wegen berücksichtigen.
de la loi fédérale complétant le code civil du 30 mars 1911, Livre cinquième: Droit des obligations [CO, RS 220]). Selon le Tribunal fédéral et une partie de la doctrine, la prescription des créances de droit public doit au contraire être examinée d'office lorsque la collectivité publique est créancière, avec pour conséquence, dans ce cas, que la prescription éteint définitivement la créance qu'elle atteint, et non seulement le droit d'action y relatif, ne laissant subsister aucune obligation naturelle (ATF 133 II 366 consid. 3.3 et références citées, 101 Ib 348, 98 Ib 351 consid. 2a; cf. également, en droit fiscal, ATF 73 I 129 consid. 1, l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.441/2000 du 25 juin 2001 consid. 2.4 ainsi que les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1464/2006 du 27 février 2009 consid. 6.3.1, 6.3.2.2, 6.3.2.3 et références citées et A-1402/2006 du 17 juillet 2007 consid. 2.4; d'un avis opposé, cf. notamment Lydia Masmejan-Fey, in: Yersin/Nöel [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Bâle 2008, n° 2 ad art. 120; Niklaus Honauer/Peter Zollinger, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der MWST, in: L'expert comptable 2005 p. 730 s; Binder, op. cit., p. 299 ss, en particulier p. 305 et 310; Moor, Vol. II, p. 82 s.; André Grisel, Traité de droit administratif, Volume II, Neuchâtel 1984, p. 663; cf. également ATF 111 V 135 consid. 3b). La prescription des créances de droit public ne doit en revanche pas être examinée d'office lorsqu'elle joue au détriment du citoyen qui actionne l'état (ATF 111 Ib 269 consid. 3a/bb, 106 Ib 357 consid. 3a, 101 Ib 348 p. 350).
4.2
4.2.1 Aux termes de l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA, le droit à la déduction de l'impôt préalable se prescrit par cinq ans dès la fin de l'année civile où il a pris naissance. Selon l'art. 29 al. 6 let. a
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 29 Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge - Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG)
a  Finanzhilfen im Sinn von Artikel 3 Absatz 1 des Subventionsgesetzes vom 5. Oktober 199021 (SuG);
b  Abgeltungen im Sinn von Artikel 3 Absatz 2 Buchstabe a SuG, sofern kein Leistungsverhältnis vorliegt;
c  Forschungsbeiträge, sofern dem Gemeinwesen kein Exklusivrecht auf die Resultate der Forschung zusteht;
d  mit den Buchstaben a-c vergleichbaren Mittelflüsse, die gestützt auf kantonales und kommunales Recht ausgerichtet werden.
OTVA, le droit à la déduction prend naissance, pour l'impôt transféré par d'autres assujettis, à la fin de la période de décompte au cours de laquelle l'assujetti a reçu la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations convenues, qui constitue la règle (cf. art. 35 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 35 Voraussetzung für die Anerkennung als Erbringer oder Erbringerin einer Heilbehandlung - (Art. 21 Abs. 2 Ziff. 3 MWSTG)
1    Ein Leistungserbringer oder eine Leistungserbringerin verfügt über eine Berufsausübungsbewilligung im Sinn von Artikel 21 Absatz 2 Ziffer 3 MWSTG, wenn er oder sie:
a  im Besitz der nach kantonalem Recht erforderlichen Bewilligung zur selbstständigen Berufsausübung ist; oder
b  zur Ausübung der Heilbehandlung nach der kantonalen Gesetzgebung zugelassen ist.
2    Als Angehörige von Heil- und Pflegeberufen im Sinn von Artikel 21 Absatz 2 Ziffer 3 MWSTG gelten namentlich:
a  Ärzte und Ärztinnen;
b  Zahnärzte und Zahnärztinnen;
c  Zahnprothetiker und Zahnprothetikerinnen;
cbis  Dentalhygieniker und Dentalhygienikerinnen;
d  Psychotherapeuten und Psychotherapeutinnen;
e  Chiropraktoren und Chiropraktorinnen;
f  Physiotherapeuten und Physiotherapeutinnen;
g  Ergotherapeuten und Ergotherapeutinnen;
h  Naturärzte, Naturärztinnen, Heilpraktiker, Heilpraktikerinnen, Naturheilpraktiker und Naturheilpraktikerinnen;
i  Entbindungspfleger und Hebammen;
j  Pflegefachmänner und Pflegefachfrauen;
k  medizinische Masseure und Masseurinnen;
l  Logopäden und Logopädinnen;
m  Ernährungsberater und Ernährungsberaterinnen;
n  Podologen und Podologinnen;
o  ...
p  ...
OTVA), ou payé la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations reçues (voir également les art. 40 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 40
et 34
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 34 Heilbehandlungen - (Art. 21 Abs. 2 Ziff. 3 MWSTG)
1    Als Heilbehandlungen gelten die Feststellung und Behandlung von Krankheiten, Verletzungen und anderen Störungen der körperlichen und seelischen Gesundheit des Menschen sowie Tätigkeiten, die der Vorbeugung von Krankheiten und Gesundheitsstörungen des Menschen dienen.
2    Den Heilbehandlungen gleichgestellt sind:
a  besondere Leistungen bei Mutterschaft, wie Kontrolluntersuchungen, Geburtsvorbereitung oder Stillberatung;
b  Untersuchungen, Beratungen und Behandlungen, die mit künstlicher Befruchtung, Empfängnisverhütung oder Schwangerschaftsabbruch im Zusammenhang stehen;
c  Lieferungen und Dienstleistungen eines Arztes, einer Ärztin, eines Zahnarztes oder einer Zahnärztin für die Erstellung eines medizinischen Berichts oder Gutachtens zur Abklärung sozialversicherungsrechtlicher Ansprüche.
3    Nicht als Heilbehandlungen gelten namentlich:
a  Untersuchungen, Beratungen und Behandlungen, die lediglich der Hebung des Wohlbefindens oder der Leistungsfähigkeit dienen oder lediglich aus ästhetischen Gründen vorgenommen werden, ausser die Untersuchung, Beratung oder Behandlung erfolge durch einen Arzt, eine Ärztin, einen Zahnarzt oder eine Zahnärztin, die im Inland zur Ausübung der ärztlichen oder zahnärztlichen Tätigkeit berechtigt sind;
b  die zur Erstellung eines Gutachtens vorgenommenen Untersuchungen, die nicht mit einer konkreten Behandlung der untersuchten Person im Zusammenhang stehen, ausser in Fällen nach Absatz 2 Buchstabe c;
c  die Abgabe von Medikamenten oder von medizinischen Hilfsmitteln, es sei denn, diese werden von der behandelnden Person im Rahmen einer Heilbehandlung verwendet;
d  die Abgabe von selbst hergestellten oder zugekauften Prothesen und orthopädischen Apparaten, auch wenn diese im Rahmen einer Heilbehandlung erfolgt; als Prothese gilt ein Körper-Ersatz, der ohne operativen Eingriff vom Körper entfernt und wieder eingesetzt oder angebracht werden kann;
e  Massnahmen der Grundpflege; diese gelten als Pflegeleistungen nach Artikel 21 Absatz 2 Ziffer 4 MWSTG.
let. a OTVA qui prescrivent des solutions comparables concernant la naissance et la prescription de la créance fiscale; cf. les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 4.1 et A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.1).
4.2.2 En vertu de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA, la prescription du droit à la déduction de l'impôt préalable est interrompue par tout exercice de ce droit devant l'AFC. Selon l'al. 3 de cette disposition, la prescription est en outre suspendue tant qu'est pendante une procédure de décision, de réclamation ou de recours sur le droit prétendu. Compte tenu de la systématique de la loi, il s'impose à cet égard de considérer que les procédures dont cette dernière disposition fait mention se rapportent à celles des art. 51
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 51 Bücher und andere Druckerzeugnisse ohne Reklamecharakter - (Art. 25 Abs. 2 Bst. a Ziff. 9 MWSTG)
a  Sie weisen Buch-, Broschüren- oder Loseblattform auf; Loseblattwerke gelten als Bücher, wenn sie sich aus einer Einbanddecke, versehen mit einer Schraub-, Spiral- oder Schnellheftung, und den darin einzuordnenden losen Blättern zusammensetzen, als vollständiges Werk mindestens 16 Seiten umfassen und der Titel des Werks auf der Einbanddecke erscheint.
b  Sie weisen inklusive Umschlag und Deckseiten mindestens 16 Seiten auf, mit Ausnahme von Kinderbüchern, gedruckten Musikalien und Teilen zu Loseblattwerken.
c  Sie weisen einen religiösen, literarischen, künstlerischen, unterhaltenden, erzieherischen, belehrenden, informierenden, technischen oder wissenschaftlichen Inhalt auf.
d  Sie sind nicht zur Aufnahme von Eintragungen oder Sammelbildern bestimmt, mit Ausnahme von Schul- und Lehrbüchern sowie bestimmten Kinderbüchern wie Übungsheften mit Illustrationen und ergänzendem Text und Zeichen- und Malbüchern mit Vorgaben und Anleitungen.
à 54
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 54 Besondere Konsumvorrichtungen an Ort und Stelle - (Art. 25 Abs. 3 MWSTG)
1    Als besondere Vorrichtungen zum Konsum von Lebensmitteln an Ort und Stelle (Konsumvorrichtungen) gelten namentlich Tische, Stehtische, Theken und andere für den Konsum zur Verfügung stehende Abstellflächen oder entsprechende Vorrichtungen, namentlich in Beförderungsmitteln. Unerheblich ist:
a  wem die Vorrichtungen gehören;
b  ob der Kunde oder die Kundin die Vorrichtung tatsächlich benutzt;
c  ob die Vorrichtungen ausreichen, um sämtlichen Kunden und Kundinnen den Konsum an Ort und Stelle zu ermöglichen.
2    Nicht als Konsumvorrichtungen gelten:
a  blosse Sitzgelegenheiten ohne dazugehörige Tische, die in erster Linie als Ausruhmöglichkeit dienen;
b  bei Kiosks oder Restaurants auf Campingplätzen: die Zelte und Wohnwagen der Mieter und Mieterinnen.
OTVA (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.701/2006 du 3 mai 2007 consid. 7, à propos de l'art. 11 al. 3
SR 313.0 Bundesgesetz vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR)
VStrR Art. 11 - 1 Eine Übertretung verjährt in vier Jahren.8
1    Eine Übertretung verjährt in vier Jahren.8
2    Besteht die Übertretung jedoch in einer Hinterziehung oder Gefährdung von Abgaben oder im unrechtmässigen Erlangen einer Rückerstattung, einer Ermässigung oder eines Erlasses von Abgaben, so beträgt die Verjährungsfrist sieben Jahre.9
3    Bei Verbrechen, Vergehen und Übertretungen ruht die Verjährung:
a  während der Dauer eines Einsprache-, Beschwerde- oder gerichtlichen Verfahrens über die Leistungs- oder Rückleistungspflicht oder über eine andere nach dem einzelnen Verwaltungsgesetz zu beurteilende Vorfrage; oder
b  solange der Täter im Ausland eine Freiheitsstrafe verbüsst.10
4    Die Strafe einer Übertretung verjährt in fünf Jahren.
de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif [DPA, RS 313.0] traitant de la suspension de la prescription de l'action pénale).
4.2.3
4.2.3.1 Il convient en outre de rappeler que le Tribunal fédéral a jugé que la prescription constitue une institution générale du droit, visant à assurer la sécurité juridique et, qu'à ce titre, tous les droits et prétentions de droit public y sont soumis, également en l'absence de disposition légale expresse. Si une règle de droit ne contient aucune disposition sur la prescription, sa durée et son mode de calcul, il s'agit en premier lieu de déterminer si des délais prévus dans la même loi peuvent s'appliquer. Si la loi ne contient ni délai de prescription ni délai de péremption, la jurisprudence dispose qu'il y a lieu de se fonder, pour fixer la durée ainsi que le point de départ de la prescription, sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues; à défaut de telles normes, ou en présence de solutions contradictoires ou casuelles, le juge administratif doit fixer le délai qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur (ATF 125 V 396 consid. 3a et références citées, 116 Ia 461 consid. 3a et 3c, 112 Ia 260 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2.2; arrêt du Tribunal fédéral 2P.299/2002 du 3 novembre 2003 consid. 2.2; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contribution (CRC) 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; BINDER, op. cit., p. 14 ss, en particulier p. 32 ss; MOOR, Vol. I, par. 2.1.3.2 p. 58 s. et par. 2.4.4 p. 154 s.; MOOR, Vol. II, par. 1.3.1.1 p. 82 s.; KNAPP, op. cit., n° 745 et 748 ss).
4.2.3.2 En d'autres termes, jurisprudence et doctrine considèrent qu'en droit administratif, l'absence de disposition traitant de la prescription constitue une lacune proprement dite. Ce type de lacune suppose que la loi ne contienne aucune règle sur un point essentiel à son application. Les autorités administratives ou judiciaires peuvent remédier à de telles lacunes en faisant « acte de législateur » (cf. art. 1 al. 2
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch vom 10. Dezember 1907
ZGB Art. 1 - 1 Das Gesetz findet auf alle Rechtsfragen Anwendung, für die es nach Wortlaut oder Auslegung eine Bestimmung enthält.
1    Das Gesetz findet auf alle Rechtsfragen Anwendung, für die es nach Wortlaut oder Auslegung eine Bestimmung enthält.
2    Kann dem Gesetz keine Vorschrift entnommen werden, so soll das Gericht4 nach Gewohnheitsrecht und, wo auch ein solches fehlt, nach der Regel entscheiden, die es als Gesetzgeber aufstellen würde.
3    Es folgt dabei bewährter Lehre und Überlieferung.
et 3
SR 210 Schweizerisches Zivilgesetzbuch vom 10. Dezember 1907
ZGB Art. 1 - 1 Das Gesetz findet auf alle Rechtsfragen Anwendung, für die es nach Wortlaut oder Auslegung eine Bestimmung enthält.
1    Das Gesetz findet auf alle Rechtsfragen Anwendung, für die es nach Wortlaut oder Auslegung eine Bestimmung enthält.
2    Kann dem Gesetz keine Vorschrift entnommen werden, so soll das Gericht4 nach Gewohnheitsrecht und, wo auch ein solches fehlt, nach der Regel entscheiden, die es als Gesetzgeber aufstellen würde.
3    Es folgt dabei bewährter Lehre und Überlieferung.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]). Pour ce faire, elles s'inspireront du but de la loi et des règles adoptées en d'autres matières ou domaines. Tel ne sera en revanche pas le cas si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part. Dans ce cas, son inaction correspond à son intention. Il est alors question de silence qualifié.
Il s'agit finalement de distinguer la lacune proprement dite de la lacune improprement dite, qui se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention des autorités administratives ou judiciaires, tandis qu'il leur est en principe interdit de corriger les lacunes improprement dites, sous peine de se substituer au législateur et de violer la Constitution (cf. les arrêts du Tribunal fédéral 2A.372/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.1, 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.5 et les références citées; décision de la CRC 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; Binder, op. cit., p. 18 et 25; MOOR, Vol. I, par. 2.4.4 p. 154 s.; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Bâle 2002, p. 48 et 50; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, Volume I, 9e éd., Berne 2001, p. 149 s.; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich 2002, p. 33).

5.
5.1 En l'espèce, les demandes en remboursement litigieuses concernent des prestations reçues courant 1995. Ainsi qu'il a été exposé, l'Accord de siège, signé le ***, est entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. consid. 2.1 ci-avant). Par avenant au contrat du ***, les parties sont toutefois convenues d'appliquer l'art. 7 par. 2 de l'Accord rétroactivement, à partir du 1er janvier 1995, de telle sorte que la TVA puisse être remboursée à la recourante à compter de cette date (cf. consid. 2.2 ci-avant). Il apparaît dès lors clairement que les prestations reçues par la recourante en 1995 entrent dans le champ d'application temporel de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, tel que complété par l'avenant, et que, partant, la recourante dispose, à leur égard, de créances en remboursement envers l'AFC. Ce point n'est par ailleurs pas contesté par les parties à la présente procédure.
Il convient dès lors d'examiner, dans un premier temps, si les créances en remboursement de l'impôt des prestations reçues par la recourante en 1995 étaient sujettes à prescription (consid. 5.2). Dans l'affirmative, il s'agira alors, dans un second temps, de déterminer la date d'acquisition de la prescription des créances en question, afin d'établir si elles étaient prescrites au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001 (consid. 5.3).

5.2 Il ressort en l'occurrence des pièces versées au dossier que l'AFC, par lettre du 17 janvier 1997, a communiqué à la Mission permanente de la Suisse près les Organisations Internationales que l'ODFF 2 était également valable pour la recourante, s'agissant des demandes en remboursement de la TVA (cf. la pièce n° 5 du bordereau des pièces relatif à la réponse de l'AFC au présent recours). Or, cette ordonnance, pas plus que l'Accord de siège, ne contiennent de règles traitant de la prescription du droit au remboursement de l'impôt (cf. consid. 2.2 et 3.2 ci-avant). Tous les droits et prétentions de droit public étant soumis à prescription, conformément au principe susmentionné, il s'impose dès lors de considérer qu'il s'agit, en l'occurrence, d'une lacune proprement dite, qu'il s'impose impérativement de combler en se fondant sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues (cf. consid. 4.2.3.1 et 4.2.3.2 ci-avant).
5.3
5.3.1 A cet égard, il convient de rappeler que, s'agissant du délai de conservation des documents, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 47 Leistungen an das Personal - (Art. 24 MWSTG)
1    Bei entgeltlichen Leistungen an das Personal ist die Steuer vom tatsächlich
2    Leistungen des Arbeitgebers an das Personal, die im Lohnausweis zu deklarieren sind, gelten als entgeltlich erbracht. Die Steuer ist von dem Betrag zu berechnen, der auch für die direkten Steuern massgebend ist.
3    Leistungen, die im Lohnausweis nicht zu deklarieren sind, gelten als nicht entgeltlich erbracht und es wird vermutet, dass ein unternehmerischer Grund besteht.
4    Soweit bei den direkten Steuern Pauschalen für die Ermittlung von Lohnanteilen zulässig sind, die auch für die Bemessung der Mehrwertsteuer dienlich sind, können diese für die Mehrwertsteuer ebenfalls angewendet werden.
5    Für die Anwendung der Absätze 2-4 ist nicht erheblich, ob es sich dabei um eng verbundene Personen nach Artikel 3 Buchstabe h MWSTG handelt.40
OTVA, en vertu duquel l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Ainsi qu'il a été exposé, le délai de conservation institué par cette disposition est clairement fonction du délai de prescription de cinq ans de l'art. 40 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 40
OTVA, repris, concernant le droit à la déduction de l'impôt préalable, par l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA (cf. consid. 3.2 et 4.2.1 ci-avant). Par conséquent, en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 47 Leistungen an das Personal - (Art. 24 MWSTG)
1    Bei entgeltlichen Leistungen an das Personal ist die Steuer vom tatsächlich
2    Leistungen des Arbeitgebers an das Personal, die im Lohnausweis zu deklarieren sind, gelten als entgeltlich erbracht. Die Steuer ist von dem Betrag zu berechnen, der auch für die direkten Steuern massgebend ist.
3    Leistungen, die im Lohnausweis nicht zu deklarieren sind, gelten als nicht entgeltlich erbracht und es wird vermutet, dass ein unternehmerischer Grund besteht.
4    Soweit bei den direkten Steuern Pauschalen für die Ermittlung von Lohnanteilen zulässig sind, die auch für die Bemessung der Mehrwertsteuer dienlich sind, können diese für die Mehrwertsteuer ebenfalls angewendet werden.
5    Für die Anwendung der Absätze 2-4 ist nicht erheblich, ob es sich dabei um eng verbundene Personen nach Artikel 3 Buchstabe h MWSTG handelt.40
OTVA, il convient de retenir que le délai de prescription de cinq ans prévu à l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA est applicable, par analogie, aux créances en remboursement litigieuses, lesquelles se prescrivent dès lors dans le délai de cinq ans dès l'expiration de l'année civile au cours de laquelle elles ont pris naissance.
Cette solution, qui n'est par ailleurs pas formellement contestée par la recourante, se justifie d'autant plus au vu de l'analogie existant entre la question qui se pose dans le présent cas et celle réglée à l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA, à savoir le remboursement, respectivement l'abattement, de la TVA transférée par un assujetti.
5.3.2 S'agissant de la naissance du droit au remboursement, point de départ du délai de prescription, l'argument de la recourante, selon lequel le droit n'a pris naissance qu'avec la signature de l'Accord de siège et la prescription n'a commencé à courir qu'à la fin de l'année civile au cours de laquelle l'exonération a été accordée, soit le 1er janvier 1997, ne résiste pas à l'examen. Il y a d'emblée lieu d'observer qu'il existe une confusion manifeste, dans l'esprit de la recourante, entre le droit au remboursement et le rapport d'obligation, découlant de l'Accord de siège, sur lequel ledit droit repose. C'est précisément le lieu de rappeler que la prescription est rattachée à la créance qu'elle atteint, et non au rapport d'obligation sur lequel elle se fonde (cf. consid. 4.1 ci-avant).
Alors que l'Accord de siège a été signé par les parties courant ***, il s'agit, pour déterminer le moment de la naissance du droit au remboursement de l'impôt, de se référer à l'art. 29 al. 6 let. a
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 29 Subventionen und andere öffentlich-rechtliche Beiträge - Art. 18 Abs. 2 Bst. a MWSTG)
a  Finanzhilfen im Sinn von Artikel 3 Absatz 1 des Subventionsgesetzes vom 5. Oktober 199021 (SuG);
b  Abgeltungen im Sinn von Artikel 3 Absatz 2 Buchstabe a SuG, sofern kein Leistungsverhältnis vorliegt;
c  Forschungsbeiträge, sofern dem Gemeinwesen kein Exklusivrecht auf die Resultate der Forschung zusteht;
d  mit den Buchstaben a-c vergleichbaren Mittelflüsse, die gestützt auf kantonales und kommunales Recht ausgerichtet werden.
OTVA, également applicable par analogie pour déterminer le point de départ de la prescription en vertu du renvoi implicite de l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA à cette disposition (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.3). A défaut d'indications à ce propos, il y a en outre lieu de considérer, s'agissant des prestations faisant l'objet des demandes en remboursement litigieuses, que la recourante a établi ses décomptes de la même façon qu'un assujetti y procède en principe, à savoir selon le système des contre-prestations convenues, qui en constitue le mode habituel (cf. consid. 4.2.1 ci-avant).
Il en découle que les créances en remboursement litigieuses ont pris naissance à la fin de la période de décompte au cours de laquelle la recourante a reçu la facture des prestations auxquelles elles se rapportent. S'agissant du droit au remboursement de la TVA des prestations pour lesquelles la recourante a reçu les factures en 1995, la prescription n'a ainsi pas commencé à courir à la fin de l'année 1996, mais bien, au mieux, si l'on suit l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA, dès le 1er janvier 1996, ce qui conduit à une acquisition de la prescription fin 2000. En conséquence, et pour autant que la prescription n'ait pas été prolongée entre temps (cf. consid. 5.3.4 et 5.3.5 ci-après), le droit au remboursement de l'impôt ayant frappé les prestations en question était en principe déjà prescrit au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001.
Cette solution se justifie également en considération des buts poursuivis par l'institution de la prescription et au regard du délai de conservation des documents et pièces justificatives, fixé à six ans en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 47 Leistungen an das Personal - (Art. 24 MWSTG)
1    Bei entgeltlichen Leistungen an das Personal ist die Steuer vom tatsächlich
2    Leistungen des Arbeitgebers an das Personal, die im Lohnausweis zu deklarieren sind, gelten als entgeltlich erbracht. Die Steuer ist von dem Betrag zu berechnen, der auch für die direkten Steuern massgebend ist.
3    Leistungen, die im Lohnausweis nicht zu deklarieren sind, gelten als nicht entgeltlich erbracht und es wird vermutet, dass ein unternehmerischer Grund besteht.
4    Soweit bei den direkten Steuern Pauschalen für die Ermittlung von Lohnanteilen zulässig sind, die auch für die Bemessung der Mehrwertsteuer dienlich sind, können diese für die Mehrwertsteuer ebenfalls angewendet werden.
5    Für die Anwendung der Absätze 2-4 ist nicht erheblich, ob es sich dabei um eng verbundene Personen nach Artikel 3 Buchstabe h MWSTG handelt.40
OTVA (cf. consid. 4.1 et 3.2 ci-avant). Afin de garantir la sécurité du droit et d'éviter des contestations juridiques tardives et les difficultés de preuve qui en résultent, l'acquisition de la prescription doit survenir avant l'achèvement du délai de conservation, ce que garantit par ailleurs cette dernière disposition en prolongeant le délai de conservation lorsque, à son terme, la créance n'est pas encore prescrite (cf. consid. 3.2 ci-avant). L'obligation faite à l'assujetti de conserver les documents et pièces justificatives relatifs aux prestations reçues en 1995 s'étendait ainsi, en principe, jusque dans le courant de l'année 2001. Il apparaît dès lors judicieux de faire courir le délai de prescription des créances litigieuses dès le 1er janvier 1996, de sorte que la prescription intervienne le 31 décembre 2000, soit avant l'échéance du délai de conservation, sans qu'il soit au surplus nécessaire de prolonger ce dernier.
En conséquence, l'argument de la recourante, tiré du point de départ de la prescription, s'avère sur le principe mal fondé et le recours doit être rejeté sous cet angle, s'agissant des prestations dont les factures ont été reçues en 1995 par la recourante.
5.3.3
5.3.3.1 Cela dit, il convient de relever que, selon le droit exposé ci-dessus (cf. consid. 4.2.1 et 5.3.2 ci-avant), la date de réception de la facture constitue la date déterminante concernant la naissance du droit au remboursement, et non sa date d'émission, comme indiqué, semble-t-il, dans le tableau figurant au verso de la formule de demande exceptionnelle de remboursement de la TVA « usage officiel - C » (pièce n° 7 du bordereau joint au mémoire de réponse de l'AFC) ainsi que dans le courrier de l'AFC du 17 janvier 1997 (pièce n° 5 dudit bordereau, sous rubrique « Période rétroactive du 1.1.1995 à ce jour », 2e §). Or, cette distinction peut avoir une incidence pour les prestations reçues en 1995, notamment concernant celles dont les factures respectives ont été émises à la fin de l'année 1995 et sont susceptibles d'avoir été reçues par la recourante en 1996, auquel cas elles devaient être prises en compte dans le remboursement. Il y a dès lors lieu de calculer à nouveau le montant dont le remboursement doit être refusé, en se fondant, non pas sur la date d'émission, mais sur la date de réception, par la recourante, des factures en question.
5.3.3.2 La date de réception des factures n'étant toutefois pas possible à établir sur la base du dossier en mains de l'autorité de céans, il convient, compte tenu des présentes constatations, de renvoyer la cause à l'AFC, afin qu'elle affine le calcul du montant de l'impôt dont la recourante ne peut obtenir le remboursement en raison de l'acquisition de la prescription, quitte à opérer un nouveau contrôle sur place, s'agissant notamment des prestations acquises en 1995 mais dont les factures sont susceptibles d'avoir été reçues en 1996 seulement, étant à cet égard précisé que le fardeau de la preuve en incombe à la recourante.
5.3.4 S'agissant du moyen invoqué à titre subsidiaire par la recourante, à savoir que la prescription a été suspendue jusqu'à la signature de l'Accord de siège, le Tribunal de céans ne saurait le retenir, et ce pour la raison suivante. Ainsi qu'il a été exposé (cf. consid. 4.2.2 ci-avant), les procédures de décision, de réclamation ou de recours dont il est question à l'art. 41 al. 3
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA se rapportent à celles des art. 51
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 51 Bücher und andere Druckerzeugnisse ohne Reklamecharakter - (Art. 25 Abs. 2 Bst. a Ziff. 9 MWSTG)
a  Sie weisen Buch-, Broschüren- oder Loseblattform auf; Loseblattwerke gelten als Bücher, wenn sie sich aus einer Einbanddecke, versehen mit einer Schraub-, Spiral- oder Schnellheftung, und den darin einzuordnenden losen Blättern zusammensetzen, als vollständiges Werk mindestens 16 Seiten umfassen und der Titel des Werks auf der Einbanddecke erscheint.
b  Sie weisen inklusive Umschlag und Deckseiten mindestens 16 Seiten auf, mit Ausnahme von Kinderbüchern, gedruckten Musikalien und Teilen zu Loseblattwerken.
c  Sie weisen einen religiösen, literarischen, künstlerischen, unterhaltenden, erzieherischen, belehrenden, informierenden, technischen oder wissenschaftlichen Inhalt auf.
d  Sie sind nicht zur Aufnahme von Eintragungen oder Sammelbildern bestimmt, mit Ausnahme von Schul- und Lehrbüchern sowie bestimmten Kinderbüchern wie Übungsheften mit Illustrationen und ergänzendem Text und Zeichen- und Malbüchern mit Vorgaben und Anleitungen.
à 54
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 54 Besondere Konsumvorrichtungen an Ort und Stelle - (Art. 25 Abs. 3 MWSTG)
1    Als besondere Vorrichtungen zum Konsum von Lebensmitteln an Ort und Stelle (Konsumvorrichtungen) gelten namentlich Tische, Stehtische, Theken und andere für den Konsum zur Verfügung stehende Abstellflächen oder entsprechende Vorrichtungen, namentlich in Beförderungsmitteln. Unerheblich ist:
a  wem die Vorrichtungen gehören;
b  ob der Kunde oder die Kundin die Vorrichtung tatsächlich benutzt;
c  ob die Vorrichtungen ausreichen, um sämtlichen Kunden und Kundinnen den Konsum an Ort und Stelle zu ermöglichen.
2    Nicht als Konsumvorrichtungen gelten:
a  blosse Sitzgelegenheiten ohne dazugehörige Tische, die in erster Linie als Ausruhmöglichkeit dienen;
b  bei Kiosks oder Restaurants auf Campingplätzen: die Zelte und Wohnwagen der Mieter und Mieterinnen.
OTVA, auxquelles la procédure d'adoption de l'Accord de siège ne peut manifestement pas être assimilée. Partant, le recours doit également être rejeté sur ce point.
5.3.5 Quant à une éventuelle interruption de la prescription, qui n'est du reste pas invoquée par la recourante, le Tribunal de céans constate qu'en vertu de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA, applicable par analogie, la prescription est interrompue par tout exercice du droit au remboursement (cf. consid. 4.2.2 et 4.2.3 ci-avant). Or, l'Accord de siège, intervenu en ***, a donné naissance, avec effet rétroactif, aux créances en remboursement litigieuses. Il ne pouvait dès lors pas, tout en leur donnant naissance, en interrompre simultanément la prescription. Il aurait plutôt fallu, au sens de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV)
MWSTV Art. 41 Steuerbefreiung des internationalen Luftverkehrs - (Art. 23 Abs. 4 MWSTG)
1    Von der Steuer sind befreit:
a  Beförderungen im Luftverkehr, bei denen entweder der Ankunfts- oder der Abflugsort im Inland liegt;
b  Beförderungen im Luftverkehr von einem ausländischen Flughafen zu einem anderen ausländischen Flughafen über inländisches Gebiet.
2    Inlandstrecken im internationalen Luftverkehr sind von der Steuer befreit, wenn der Flug im Inland lediglich durch eine technische Zwischenlandung oder zum Umsteigen auf einen Anschlussflug unterbrochen wird.
OTVA, un exercice de ce droit postérieur à la signature de l'Accord. S'agissant finalement de la demande d'exemption présentée par la recourante le 14 décembre 1994 auprès du CF, elle ne pouvait clairement pas non plus constituer un acte interruptif de la prescription du droit au remboursement, dès lors que ledit droit n'existait pas encore, puisque fixé par l'Accord de siège du *** et étendu rétroactivement pour les prestations reçues à partir du 1er janvier 1995.

6.
6.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 5.3.3 ci-dessus et à renvoyer la cause à l'AFC afin qu'elle établisse le montant d'impôt, concernant les prestation reçues en 1995, dont le remboursement est refusé, sur la base de la date de reception, par la recourante, des factures y relatives.

6.2 Conformément à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA, les frais de procédure sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés selon l'art. 4
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 4 Gerichtsgebühr in Streitigkeiten mit Vermögensinteresse - In Streitigkeiten mit Vermögensinteresse beträgt die Gerichtsgebühr:
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Si la partie qui succombe n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse les surplus éventuels (art. 1 ss, plus particulièrement art. 5 al. 3 de l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative du 10 septembre 1969 [RS 172.041.0]). En outre, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (art. 63 al. 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA). Aux termes de l'art. 64 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA finalement, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 ss
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF).

6.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu de réduire les frais de procédure mis à la charge de la recourante, d'un montant de Fr. 5'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, compte tenu du fait que la recourante n'a que très partiellement obtenu gain de cause, sur un point d'importance marginal qu'elle n'a au surplus pas invoqué, mais qui a été examiné d'office par le Tribunal de céans. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure déjà versée de Fr. 5'000.--. Une indemnité à titre de dépens n'est au surcroît pas allouée, pour les mêmes motifs.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 5.3.3.

2.
La décision de l'Administration fédérale des contributions du 28 novembre 2006 est partiellement annulée.

3.
La cause est renvoyée à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle calcule le montant de TVA ayant frappé les prestations reçues par la recourante en 1995 et dont le remboursement est refusé, au sens du considérant 5.3.3.

4.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 5'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 5'000.--.

5.
Il n'est pas alloué de dépens.

6.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire);
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire).

Le président du collège : Le greffier :

Pascal Mollard Raphaël Bagnoud

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF).
Expédition :
Decision information   •   DEFRITEN
Document : A-258/2007
Date : 27. April 2009
Published : 11. Mai 2009
Source : Bundesverwaltungsgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Indirekte Steuern
Subject : Taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et la prescription du droit au remboursement de la TVA aux organisations internationales


Legislation register
BGG: 42  82  90
BV: 196
MWSTG: 93  94
MWSTV: 29  34  35  40  41  47  51  54  81
OR: 142
VGG: 31  32  33  34  37
VGKE: 4  7
VStrR: 11
VwVG: 5  50  52  63  64
ZGB: 1
BGE-register
101-IB-348 • 106-IB-357 • 111-IB-269 • 111-V-135 • 112-IA-260 • 116-IA-461 • 118-II-447 • 125-V-396 • 133-II-366 • 73-I-125 • 98-IB-351
Weitere Urteile ab 2000
2A.105/2005 • 2A.372/2006 • 2A.441/2000 • 2A.701/2006 • 2A.709/2005 • 2P.299/2002
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1995 • [noenglish] • abatement of tax • abrogation • account books • accounting • administrative authority • administrative criminal law • administrative procedure and legal proceedings in an administrative court • adoption procedure • advance on costs • analogy • appeal concerning affairs under public law • appellate instance • basel-stadt • beginning • birth • book expert • burdon of proof • calculation • certificate • civil code • civil law • claim under public law • clerk • coming into effect • comment • communication • condition • confederation • corporation under public law • cost • counter-performance • criminal prosecution • decision • deduction of input tax • diplomatic mission • diplomatic personnel • diplomatic representation • direct federal tax • dismissal • doctrine • end • endowment • evidence • evidence • ex officio • examinator • exemption from duty • federal administrational court • federal constitution of the swiss confederation • federal council of switzerland • federal court • federal department • federal department of finances • federal department of foreign affairs • federal law • federal law on administrational penal law • federal law on administrational proceedings • federal law on value added tax • federal resolution • fixed day • imperfect legal loophole • imperfect obligation • incident • instructions about a person's right to appeal • international organization • lausanne • legal certainty • legal time limit • legislature • letter • letter of complaint • lower instance • material point • neuchâtel • notification of judgment • nullity • obligation • officialese • opinion • parliament • person taking over a debt • precautionary institution • public law • qualified silence • rape • real gap • scope • service • standard • state organization and administration • statement of claim • subject matter of action • substantive law • swiss code of obligations • swiss code of obligations • swiss law • switzerland • tax code • tax refund • value added tax • writ
BVGer
A-1385/2006 • A-1402/2006 • A-1464/2006 • A-1581/2006 • A-258/2007
AS
AS 2000/1346 • AS 1995/2888 • AS 1994/3159 • AS 1994/1464 • AS 1956/1216