Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-1444/2018

Arrêt du 25 mars 2021

Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),

Composition Raphaël Gani, Daniel Riedo, juges,

John Romand, greffier.

Steuerverwaltung des Kantons Zug,
Parties
recourante,

contre

1. A._______,

représentée par

Maître Antoine Berthoud,

Bruderlein Berthoud & Martin-Du Pan,

2. Administration fiscale du canton de Genève,

intimées,

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre,

autorité inférieure.

Objet For fiscal ; cantons de Genève et Zoug ; IFD 2005 à 2012.

Faits :

A.

A.a A._______ (ci-après : société contribuable), société anonyme de droit suisse, a été inscrite au registre du commerce (ci-après : RC ; IDE : [...]) du canton de Zoug du (...) au (...), ce avec les but et siège suivants : "(...)" ; (...).

Depuis lors, à savoir dès le (...), la société contribuable est inscrite au RC de la République et canton de Genève avec comme but et siège : "(...)" ; "(...)" puis, dès le (...) : "(...), c/o B._______ [ci-après : société fiduciaire 3 ; IDE : {...}], (...)".

A.b C._______ (ci-après : société fiduciaire 1 ; IDE : [...]) et D._______ (ci-après : société fiduciaire 2 ; IDE : [...]), toutes deux situées à la même adresse dans le canton (...), se sont succédées en tant qu'organe de révision de la société contribuable : la première, du (...) au (...) ; la seconde, dès cette dernière date jusqu'au (...). Selon déclaration du (...), la société contribuable a renoncé à un contrôle restreint.

B.

B.a Dans ses formules déposées pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable a fait valoir, tant auprès de l'administration fiscale zougoise (ci-après : recourante) que celle genevoise (ci-après : intimée 2), un for fiscal, principal, dans le canton de Zoug et, spécial, dans le canton de Genève.

B.b Par huit décisions des 4 septembre 2007, 17 juillet 2009, 28 juillet 2010, 31 mai 2012 et 28 novembre 2013, le canton de Zoug a effectué la taxation de l'impôt sur le bénéfice de la société contribuable, au titre de l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD), pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

C.
Le 17 novembre 2014, la société contribuable a, par l'intermédiaire de la société fiduciaire 3, déposé auprès de l'intimée 2 une dénonciation spontanée, formulée ainsi :

[la société contribuable] est une société anonyme domiciliée dans le canton de [Zoug]. Cette société est taxée à Zoug pour le bénéfice provenant de ces revenus mobiliers et à Genève pour celui provenant de ses revenus immobiliers.

[La société contribuable] ne possède à Zoug aucun locaux ni personnel chargé de l'administration de la société. L'administration effective a lieu [dans le canton de Genève], au domicile de l'administrateur et actionnaire.

Compte tenu de ce qui précède, les résultats des exercices 2004 à 2013 auraient dû être taxés en totalité dans le canton de Genève.

D.

D.a Le 9 mars 2015, la recourante a communiqué un avis de taxation en matière d'IFD pour la période fiscale 2013 à la société contribuable, contre lequel cette dernière a, le 30 mars 2015, élevé une réclamation. Celle-ci a été rejetée le 13 mai 2015.

D.b Par pli du 19 mai 2015 adressé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après : autorité inférieure ou AFC), la société contribuable a demandé la désignation de son for fiscal et l'annulation du bordereau IFD 2013.

Dans le cadre de la procédure qui s'en est suivie, la recourante s'est prononcé, le 25 août 2015, sur la compétence de procéder à la taxation de l'IFD pour la période fiscale 2013, qu'elle a considéré attribuée au canton de Genève. L'intimée 2 a, par courrier du 16 septembre 2015, pris position en faveur d'un assujettissement illimité de la société contribuable dans le canton de Genève depuis l'origine.

D.c Par une nouvelle décision sur réclamation du 10 mars 2016, la recourante a admis la réclamation de la société contribuable du 30 mars 2015, annulé le bordereau litigieux et arrêté le montant de l'IFD pour la période fiscale 2013 à zéro franc.

D.d Considérant que la procédure de détermination du for fiscal alors pendante devant elle n'avait plus d'objet, l'autorité inférieure a, le 26 avril 2016, décidé de rayer la cause du rôle.

E.

E.a Le 23 octobre 2015, l'intimée 2 a informé la société contribuable de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années 2005 à 2013, se fondant notamment sur les art. 151 ss
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
et 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11).

E.b Le canton de Genève a, par neuf bordereaux du 6 décembre 2016 adressés à la société contribuable, procédé à un rappel d'impôt concernant l'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2013 et, par décisions semble-t-il du même jour, renoncé à la poursuite pénale.

F.
Après un échange de correspondances entre les administrations fiscales concernées et la société contribuable, cette dernière a, par pli du 27 décembre 2016, demandé à l'AFC une décision en détermination de son for fiscal en matière d'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

G.
Des échanges d'écritures ont suivi, portant essentiellement sur les droits alors contestés du canton de Genève de procéder à un rappel d'impôt et de la société contribuable de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD.

H.
L'instruction terminée, l'autorité inférieure a, le 6 février 2018, rendu une décision avec le dispositif suivant :

- [l]e for fiscal de [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012 est attribué, en matière d'impôt fédéral direct, au canton de Genève.

- [L'intimée 2] est ainsi compétente pour assujettir de manière illimitée [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

- En conséquence, les actes liés à l'assujettissement illimité [de la société contribuable] en matière d'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2005 à 2012 effectués par le canton de Zoug doivent être annulés.

I.

Dans son mémoire de recours du 8 mars 2019, déposé (en langue allemande) auprès du Tribunal administratif fédéral, la recourante requiert, sous suite de frais et dépens, que le for fiscal de la société contribuable en matière d'IFD 2005 à 2012 soit attribué conjointement à l'intimée 2 et à elle-même, contrairement à ce que prévoient les chiffres 1 et 2 du dispositif de la décision entreprise, et que soit constatée la déchéance du droit de recours en matière de double imposition, notamment sous l'angle de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, de la société contribuable, de sorte que cette dernière doive supporter une double imposition effective. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'acte attaqué et le renvoi de la cause à l'AFC pour nouvel examen. Pour cette conclusion subsidiaire, elle invoque le caractère vague du chiffre 3 du dispositif de la décision précitée.

A l'appui de ses conclusions, la recourante fait en substance grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir retenu contre la société contribuable la déchéance du droit de se plaindre d'une double imposition, voire l'abus de droit, et partant la perte de la saisine prévue à l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD.

J.
Par réponse du 26 avril 2018, la société contribuable conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la recourante soit déboutée de ses conclusions et, subsidiairement, à l'annulation des bordereaux de rappels d'IFD 2005 à 2012 émis par l'intimée 2.

K.
Par déterminations du 27 avril 2018, l'intimée 2 se prononce contre une double imposition de la société contribuable et conclut à la confirmation de la décision attaquée.

L.
Par déterminations du 25 mai 2018, l'AFC confirme que le chiffre 3 du dispositif de sa décision litigieuse doit être compris comme impliquant l'annulation des décisions de taxation en matière d'IFD rendues par la recourante pour les années 2005 à 2012. Elle indique au surplus s'en remettre à la justice pour ce qui est des autres griefs de la recourante.

M.
Par réplique du 11 juin 2018, la recourante maintient sa position.

Les autres faits et arguments seront repris ci-après dans la mesure utile à la résolution du litige.

Droit :

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues par l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32], le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 31 Grundsatz - Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt Beschwerden gegen Verfügungen nach Artikel 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 196819 über das Verwaltungsverfahren (VwVG).
LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF. En l'occurrence, l'AFC est une autorité au sens de cette disposition et la présente affaire porte sur un recours contre une décision, en cas de for incertain ou litigieux (art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD), ne remplissant pas une des exceptions de l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
LTAF. Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent.

1.2 Le recours a au surplus été formé en temps utile (art. 50 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 - 1 Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
PA), avec le contenu et la forme prescrits à l'art. 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA. La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et qui est touchée dans ses intérêts financiers, à tout le moins pour la part de l'IFD qui lui reviendrait et dans le cadre de la péréquation intercantonale, doit se voir octroyer la qualité pour recourir (art. 48 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 48 - 1 Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde berechtigt sind ferner Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
PA ; dans le même sens, cf. arrêt du TAF A-162/2013 du 29 octobre 2013 consid. 1.2). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours.

1.3 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF ; voir aussi, art. 108 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
2ème phrase LIFD).

2.

2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA).

2.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 62 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
1    Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
2    Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
3    Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
4    Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. L'autorité saisie s'en tient toutefois en général aux griefs soulevés et n'examine les autres points de droit que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATAF 2014/24 consid. 2.2, 2009/57 consid. 1.2).

2.3 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal de céans définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement. Le principe inquisitoire doit être toutefois tempéré par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits, en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur recours (cf. art. 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA ; ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c ; entre autres, arrêt du TAF A-2491/2018 du 18 mars 2019 consid. 1.4.1 [confirmé par arrêt du TF 2C_384/2019 du 18 novembre 2019]).

3.

Le litige porte sur le for fiscal de la société contribuable, fixé dans le canton de Genève par l'AFC, pour l'IFD 2005 à 2012. Seront traitées ci-après, les questions d'une péremption du droit de procéder au rappel de l'impôt (consid. 4), de l'attribution du for fiscal (consid. 5) et d'une déchéance du droit de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD (consid. 6).

4.

4.1 L'exception de la péremption du droit d'imposer, qui ne peut être élevée que par un canton, à l'exclusion du contribuable lui-même (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 132 I 29 consid. 3.1), doit être traitée en premier lieu puisque si elle s'avère fondée, le recours doit d'emblée être admis (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1).

4.2 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, dans un rapport de double imposition intercantonale, un canton est déchu de son droit d'imposer un contribuable lorsque, connaissant ou pouvant connaître les faits déterminants pour l'imposition, il tarde néanmoins outre mesure à faire valoir sa prétention fiscale et que, si cette dernière était admise, un autre canton pourrait être tenu de restituer un impôt perçu dans les formes voulues, de bonne foi et dans l'ignorance de la prétention fiscale concurrente (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 137 I 273 consid. 3.3.4 ; 132 I 29 consid. 3.2 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2).

L'exception de péremption du droit d'imposer soulevée par un canton vis-à-vis d'un autre canton n'entre pas en ligne de compte, dans le système de taxation postnumerando annuel, lorsque cet autre canton a été actif dans le délai de deux ans après la fin de la période fiscale ("n+2" ; cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2). Il est sans importance que la procédure de taxation n'ait pas été terminée dans l'année suivant la période fiscale, du moment que cette procédure suivait son cours et que l'autre canton en cause connaissait les prétentions du canton désirant également imposer le contribuable. Les actes interruptifs de la prescription (au sens de l'art. 120
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
1    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184.
2    Die Verjährung beginnt nicht oder steht still:
a  während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens;
b  solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist;
c  solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben.
3    Die Verjährung beginnt neu mit:
a  jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird;
b  jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden;
c  der Einreichung eines Erlassgesuches;
d  der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens.
4    Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt.
LIFD notamment) valent également comme actes de sauvegarde de la péremption du droit d'imposer. Ainsi, la nécessité de rendre une décision de taxation définitive susceptible d'être attaquée a été exclue (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.4 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2 et les réf. cit.). Il a en outre été jugé qu'il y avait lieu de se montrer plus strict en matière de procédure de rappel d'impôt (au sens de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 151 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
1    Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismittel, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert.
2    Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen und Reingewinn in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und das Eigenkapital zutreffend ausgewiesen und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, so kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war.245
LIFD notamment) et que le canton devait faire valoir sa prétention dès qu'il avait connaissance des faits déterminants pour l'imposition (cf. arrêt du TF 2C_604/2013, 2C_605/2013 du 10 février 2014 consid. 4.2).

4.3 La recourante a, par-devant le Tribunal administratif fédéral, renoncé (mémoire de recours [ci-après : recours], ch. 4.4, p. 7) à maintenir l'exception, soulevée préalablement par elle vis-à-vis du canton de Genève, de péremption du droit d'imposer, de sorte que ce point n'est plus contesté et ne fait plus partie de l'objet du litige.

5.

5.1 La taxation et la perception de l'IFD sont effectuées par les cantons, sous la surveillance de la Confédération (art. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 2 Steuererhebung - Die direkte Bundessteuer wird von den Kantonen unter Aufsicht des Bundes veranlagt und bezogen.
LIFD). Les autorités cantonales perçoivent l'impôt auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement (art. 105 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 105 Bei persönlicher Zugehörigkeit - 1 Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder, wenn ein solcher in der Schweiz fehlt, ihren steuerrechtlichen Aufenthalt im Kanton haben. Vorbehalten bleiben die Artikel 3 Absatz 5 und 107.
1    Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder, wenn ein solcher in der Schweiz fehlt, ihren steuerrechtlichen Aufenthalt im Kanton haben. Vorbehalten bleiben die Artikel 3 Absatz 5 und 107.
2    Kinder unter elterlicher Sorge werden für ihr Erwerbseinkommen (Art. 9 Abs. 2) in dem Kanton besteuert, in dem sie für dieses Einkommen nach den bundesrechtlichen Grundsätzen betreffend das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht steuerpflichtig sind.
3    Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den juristischen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder Steuerpflicht ihren Sitz oder den Ort ihrer tatsächlichen Verwaltung im Kanton haben.
4    Begünstigte von Kapitalleistungen nach Artikel 38 werden für diese Leistungen in dem Kanton besteuert, in dem sie im Zeitpunkt der Fälligkeit ihren steuerrechtlichen Wohnsitz haben.
LIFD). Conformément à l'art. 108 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, le for fiscal d'un contribuable est, lorsqu'il ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux et si plusieurs cantons sont en cause, fixé par l'AFC.

5.2 Selon le principe de l'unicité du lieu de l'imposition, dont le but est d'éviter un morcellement de la taxation, le contribuable n'est imposé sur l'ensemble de ses éléments qu'au lieu de son domicile (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.4, 142 II 182 consid. 2.2.6, 137 I 273 consid. 3.3.1 publié in RDAF 2013 II p. 71 s.).

5.3 Dans une ancienne jurisprudence, le Tribunal fédéral avait jugé que, en matière d'IFD, le for de taxation des personnes morales se détermine dans les rapports internes à la Suisse en principe en fonction du siège, même si la société est administrée d'un autre lieu ; que c'est seulement lorsque le siège statutaire ne constitue qu'une simple "boîte aux lettres" que le lieu de la direction effective est reconnu comme domicile fiscal (arrêt du TF 2A.196/2001 du 13 mai 2002, in Archives 72 p. 304 s. et RDAF 2002 II p. 452 s.). Cela a été précisé, plus récemment, en ce sens qu'il a été jugé que, bien que dans les relations intercantonales le domicile fiscal principal se trouve au lieu de l'administration effective, celui-ci, dans le cadre de l'art. 105 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 105 Bei persönlicher Zugehörigkeit - 1 Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder, wenn ein solcher in der Schweiz fehlt, ihren steuerrechtlichen Aufenthalt im Kanton haben. Vorbehalten bleiben die Artikel 3 Absatz 5 und 107.
1    Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder, wenn ein solcher in der Schweiz fehlt, ihren steuerrechtlichen Aufenthalt im Kanton haben. Vorbehalten bleiben die Artikel 3 Absatz 5 und 107.
2    Kinder unter elterlicher Sorge werden für ihr Erwerbseinkommen (Art. 9 Abs. 2) in dem Kanton besteuert, in dem sie für dieses Einkommen nach den bundesrechtlichen Grundsätzen betreffend das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht steuerpflichtig sind.
3    Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den juristischen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder Steuerpflicht ihren Sitz oder den Ort ihrer tatsächlichen Verwaltung im Kanton haben.
4    Begünstigte von Kapitalleistungen nach Artikel 38 werden für diese Leistungen in dem Kanton besteuert, in dem sie im Zeitpunkt der Fälligkeit ihren steuerrechtlichen Wohnsitz haben.
LIFD, ne prévaut pas automatiquement sur le lieu du siège (pour un exemple où le lieu de l'administration effective a été déterminant, dans un cas d'application de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, cf. arrêts précités du TF 2C_384/2019 et du TAF A-2491/2018). Il a en outre été rappelé que les cantons concernés doivent plutôt s'entendre sur le lieu d'imposition pour l'IFD (cf. art. 111
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 111 Amtshilfe unter Steuerbehörden - 1 Die mit dem Vollzug dieses Gesetzes betrauten Behörden unterstützen sich gegenseitig in der Erfüllung ihrer Aufgabe; sie erteilen den Steuerbehörden des Bundes, der Kantone, Bezirke, Kreise und Gemeinden die benötigten Auskünfte kostenlos und gewähren ihnen auf Verlangen Einsicht in amtliche Akten. Die in Anwendung dieser Vorschrift gemeldeten oder festgestellten Tatsachen unterliegen der Geheimhaltung nach Artikel 110.
1    Die mit dem Vollzug dieses Gesetzes betrauten Behörden unterstützen sich gegenseitig in der Erfüllung ihrer Aufgabe; sie erteilen den Steuerbehörden des Bundes, der Kantone, Bezirke, Kreise und Gemeinden die benötigten Auskünfte kostenlos und gewähren ihnen auf Verlangen Einsicht in amtliche Akten. Die in Anwendung dieser Vorschrift gemeldeten oder festgestellten Tatsachen unterliegen der Geheimhaltung nach Artikel 110.
2    Muss bei einer Veranlagung der kantonale Anteil unter mehrere Kantone aufgeteilt werden, so gibt die zuständige Steuerbehörde den beteiligten kantonalen Verwaltungen für die direkte Bundessteuer davon Kenntnis.
LIFD) et, le cas échéant, en appeler à l'AFC (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.1 à 2.3.7).

5.4 En l'espèce, il n'est pas contesté que pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable ne disposait dans le canton de Zoug d'aucune infrastructure propre et exerçait son administration effective dans le canton de Genève. La recourante ne conteste pas la fixation du for principal de la société contribuable dans le canton de Genève pour les périodes précitées. Dans son recours, elle indique en tant que conclusion principale : "Der Veranlagungsort der direkten Bundessteuer 2005 - 2012 sei entgegen den Dispositivziffern 1 und 2 der Vorinstanz sowohl der Beschwerdeführerin [soit le canton de Zoug] wie auch der Beschwerdegegnerin 2 [soit le canton de Genève] zuzuweisen. Ergänzend sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin 1 [soit la société contribuable] ihr Recht zur Erhebung von Doppelbesteuerungsbeschwerden, namentlich zur Anrufung von Art. 108 DBG, verwirkt und damit eine aktuelle Doppelbesteuerung hinzunehmen habe". On comprend à la lecture de la suite du recours (en particulier ch. 3.2, p. 5) qu'elle en appelle à la déchéance du droit de la société contribuable d'invoquer la double imposition intercantonale, de même que celle de solliciter une décision de fixation de for, avec pour résultat qu'une double imposition effective subsisterait et qu'ainsi l'IFD serait payé à double.

La recourante ne conteste toutefois pas directement l'attribution du for principal au canton de Genève, au lieu de l'administration effective de la société contribuable, de telle sorte que ce point ne fait pas partie de l'objet du litige.

6.

6.1 Il reste ainsi à déterminer si, comme le soutient la recourante, la société contribuable doit être déchue de son droit d'invoquer la double imposition intercantonale et par conséquent de remettre en cause les décisions de taxation zougoises entrées en force.

Pour mémoire, au ch. 3 de la décision entreprise tel qu'explicité par détermination du 25 mai 2018, l'autorité inférieure a fixé que les décisions de taxation en matière d'IFD, rendues par la recourante, pour les périodes fiscales 2005 à 2012, devaient être annulées, en raison de l'attribution du for principal au canton de Genève. Cette conclusion du dispositif est conforme à la jurisprudence du Tribunal fédéral qui admet que l'AFC, dans le cadre de la procédure de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, puisse annuler des opérations de taxations effectuées à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc], in RDAF 2002 II p. 227 s. et Archives 70 p. 529 s. ; Andrea Pedroli, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, art. 108 n° 9 ; voir aussi, infra consid. 7).

La recourante semble tirer de la déchéance du droit invoquée par elle, une déchéance corollaire du droit de solliciter la fixation du for au sens de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD (recours, ch. 14, p. 11). La décision attaquée (au considérant 4) traite d'ailleurs l'argumentaire de la recourante sous un tel angle (cf. à cet égard aussi l'arrêt du TF 2C_396/2011 du 26 avril 2012 consid. 3.2.2 ayant trait cependant à la procédure cantonale préjudicielle de fixation du for et pas à la procédure fédérale de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD). Il n'est pas nécessaire en l'espèce de déterminer si la déchéance du droit à invoquer le droit constitutionnel d'interdiction de la double imposition intercantonale doit conduire à une déchéance du droit de demander la fixation du for au sens de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, compte tenu de l'issue du litige. Comme on le verra, il n'y a en l'occurrence pas de motif de considérer que la société contribuable ait abusé de son droit (voir ci-après consid. 6.2 ss). Il n'est par conséquent pas déterminant de savoir si c'est le droit de demander une décision préjudicielle ou celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition qui devrait être touché.

6.2 Le principe de l'interdiction de la double imposition au sens de l'art. 127 al. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
de Constitution fédérale du 18 avril 1999 de la Confédération suisse (Cst., RS 101) s'oppose notamment à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet et pendant la même période à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle ; cf. ATF 134 I 303 consid. 2.1, 133 I 308 consid. 2.1 ; 132 I 29 consid. 2.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 4 ; en matière d'impôts cantonaux et communaux). Cela exposé, l'art. 127 al. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
Cst. ne concerne en principe que les doubles impositions résultant de la concurrence de deux (ou plusieurs) souverainetés cantonales et ne devrait par conséquent pas trouver application en matière d'IFD (dans ce sens, Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2e éd. 2013, n° 33).

6.3

6.3.1 La déchéance du droit d'invoquer la double imposition intercantonale est une particularité propre au recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. Elle existait déjà sous l'égide de l'ancienne loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (OJ ; RS 3 521). Une partie de la doctrine estime qu'elle n'est plus conforme aux principes de procédure valables dans un Etat de droit et qu'elle n'a plus de raison de subsister sous le nouveau droit de procédure (Michael Beusch, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 42 n° 9 s. ; voir arrêt du TF 2C_655/2016 du 17 juillet 2017 consid. 2.3.3). Une autre partie est d'avis qu'elle continue à exister sous la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral ([LTF, RS 173.110 ;] Daniel de Vries Reilingh, op. cit., n° 1382 ; voir toutefois, Daniel de Vries Reilingh, Brennpunkte im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, in Aktuelle Fragen des schweizerischen Steuerrechts, Festgabe für Prof. em. Dr. Urs R. Behnisch, 2020, p. 40 s., 41).

6.3.2 Selon l'ancienne jurisprudence du Tribunal fédéral, le contribuable perdait le droit de contester la taxation d'un canton, en particulier, lorsque, bien qu'ayant connaissance de la prétention fiscale concurrente d'un autre canton (in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines andern Kantons), il reconnaissait sans réserve son assujettissement, par exemple en acceptant expressément ou tacitement la taxation, i.e. en remettant la déclaration d'impôt, en renonçant à former réclamation ou un recours ultérieur et en payant le montant de l'impôt taxé (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité c. 2.3.2 avec renvois aux ATF 137 I 273 c. 3.3.3 et 123 I 264 c. 2d).

6.3.3 Dans sa jurisprudence plus récente en matière d'impôts cantonaux et communaux (arrêt du TF 2C_522/2019 du 20 août 2020, prévu à la publication), le Tribunal fédéral a postulé qu'une déchéance du droit à contester une double imposition ne peut être admise qu'avec retenue, ceci conformément à la reconnaissance du caractère de droit constitutionnel de l'interdiction de la double imposition. Un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation est propre à entraîner à lui seul la péremption du droit d'invoquer la double imposition par voie de recours (à cet égard, cf. arrêts du TF 2C_592/2018 du 1er octobre 2019, 2C_655/2016 précité). Tel n'est pas le cas en revanche d'une demande de ruling qui ne peut être qualifiée de transparente et complète à tous égards mais qui ne contient pas non plus de véritables contrevérités. Ce serait aussi aller trop loin que de toujours conclure à un comportement contraire à la bonne foi si une personne assujettie doit s'attendre à une prétention fiscale contradictoire d'un autre canton, et qu'elle ne le signale pas au premier canton (cf. arrêt du TF 2C_522/2019 précité consid. 4.2 s., in StR 75/2020 p. 918 s.).

6.3.4 Jusqu'à présent, le Tribunal fédéral n'a pas eu à trancher la question de savoir si cette jurisprudence au sujet de la déchéance du droit de recourir était applicable également à l'IFD, en particulier dans le cadre d'une procédure en désignation du for fiscal au sens de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD. Il est cependant permis de douter que cela soit effectivement le cas. En effet, faire application d'une telle règle de déchéance entrainerait de fait une double imposition difficilement justifiée voire injustifiée (cf. l'arrêt récent du TF 2C_974/2019 du 17 décembre 2020 consid. 15, suivant lequel il n'y a pas de motif que la Confédération perçoive un montant d'impôt supérieur à l'impôt légalement dû), en tant qu'elle contreviendrait au système de l'IFD, en particulier aux règles régissant la compétence territoriale pour effectuer la taxation et la perception de l'IFD (cf. section 2 LIFD, art. 105 s
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 105 Bei persönlicher Zugehörigkeit - 1 Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder, wenn ein solcher in der Schweiz fehlt, ihren steuerrechtlichen Aufenthalt im Kanton haben. Vorbehalten bleiben die Artikel 3 Absatz 5 und 107.
1    Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den natürlichen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht ihren steuerrechtlichen Wohnsitz oder, wenn ein solcher in der Schweiz fehlt, ihren steuerrechtlichen Aufenthalt im Kanton haben. Vorbehalten bleiben die Artikel 3 Absatz 5 und 107.
2    Kinder unter elterlicher Sorge werden für ihr Erwerbseinkommen (Art. 9 Abs. 2) in dem Kanton besteuert, in dem sie für dieses Einkommen nach den bundesrechtlichen Grundsätzen betreffend das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung am Ende der Steuerperiode oder der Steuerpflicht steuerpflichtig sind.
3    Die kantonalen Behörden erheben die direkte Bundessteuer von den juristischen Personen, die am Ende der Steuerperiode oder Steuerpflicht ihren Sitz oder den Ort ihrer tatsächlichen Verwaltung im Kanton haben.
4    Begünstigte von Kapitalleistungen nach Artikel 38 werden für diese Leistungen in dem Kanton besteuert, in dem sie im Zeitpunkt der Fälligkeit ihren steuerrechtlichen Wohnsitz haben.
.), et se distancerait de la finalité de l'impôt, attendu que la part de la Confédération à celui-ci (cf. art. 196 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 196 Abrechnung mit dem Bund - 1 Die Kantone liefern 78,8 Prozent der bei ihnen eingegangenen Steuerbeträge, Bussen wegen Steuerhinterziehung oder Verletzung von Verfahrenspflichten sowie Zinsen dem Bund ab.300
1    Die Kantone liefern 78,8 Prozent der bei ihnen eingegangenen Steuerbeträge, Bussen wegen Steuerhinterziehung oder Verletzung von Verfahrenspflichten sowie Zinsen dem Bund ab.300
1bis    Sie gelten den Gemeinden die Auswirkungen der Aufhebung der Artikel 28 Absätze 2-5301 und 29 Absatz 2 Buchstabe b302 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990303 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden angemessen ab.304
2    Sie liefern den Bundesanteil an den im Laufe eines Monats bei ihnen eingegangenen Beträgen bis zum Ende des folgenden Monats ab.
3    Über die an der Quelle erhobene direkte Bundessteuer erstellen sie eine jährliche Abrechnung.
LIFD) est en principe assurée qu'elle soit versée par l'un ou l'autre des cantons en cause et que celle cantonale doit être répartie entre ces derniers selon les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition (cf. art. 197 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 197 Verteilung der kantonalen Anteile - 1 Der kantonale Anteil an den Steuerbeträgen, Bussen wegen Steuerhinterziehung oder Verletzung von Verfahrenspflichten sowie Zinsen, die von Steuerpflichtigen mit Steuerobjekten in mehreren Kantonen geschuldet sind, wird von den Kantonen unter sich nach den bundesrechtlichen Grundsätzen betreffend das Verbot der Doppelbesteuerung verteilt. ...305
1    Der kantonale Anteil an den Steuerbeträgen, Bussen wegen Steuerhinterziehung oder Verletzung von Verfahrenspflichten sowie Zinsen, die von Steuerpflichtigen mit Steuerobjekten in mehreren Kantonen geschuldet sind, wird von den Kantonen unter sich nach den bundesrechtlichen Grundsätzen betreffend das Verbot der Doppelbesteuerung verteilt. ...305
2    Können sich die Kantone nicht einigen, so entscheidet das Bundesgericht als einzige Instanz.306
LIFD). Cette question souffre cependant de demeurer ouverte dans le cas d'espèce puisqu'il apparaît que, même si la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 6.3.3) devait trouver à s'appliquer sous l'angle de l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, les conditions pour admettre une péremption du droit de recourir de la société contribuable n'en seraient pas remplies pour autant en ce qui la concerne.

6.3.5 Il y a lieu de rappeler d'abord que, pendant les périodes considérées, la société contribuable disposait principalement d'un patrimoine immobilier sis dans le canton de Genève, auquel s'ajoutait des liquidités et un portefeuille de titres. Considérant initialement qu'elle avait un for fiscal, spécial, dans le canton de Genève et, principal, dans le canton de Zoug, la société contribuable a déclaré aux autorités fiscales des deux cantons les éléments précités pour les périodes fiscales 2005 à 2013, répartissant les éléments imposables entre les deux cantons.

Il est vrai que la société contribuable a remis des formules de déclaration d'impôt qui se sont, après coup, avérées (en partie) erronées, en tout cas clairement au moment du dépôt de la dénonciation spontanée. Certes aussi, il était renvoyé dans ces formules aux sociétés fiduciaires 1 ([...] à [...]) et 3 ([...] à [...]) pour toute question fiscale. Il n'apparaît pas cependant que la société contribuable ait manqué à son obligation de collaboration, que des informations auraient été délibérément omises (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité consid. 2.4.2) ou transmises de manière volontairement erronée (cf. arrêt du TF 2C_592/2018 précité consid. 6.4 et 6.6) dans la procédure de taxation dans le canton de Zoug, ni du reste dans celle du canton de Genève. A cet égard, la société contribuable a, sans doute depuis sa constitution, déposé auprès de la recourante et de l'intimée 2 des pièces qui comprenaient des indications du même type, sans que leur contrôle n'ait révélé d'erreur manifeste et, ou, amené à une demande de renseignements.

Il ne peut ainsi être reproché à la société contribuable un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation de l'IFD. Dans ce sens, la recourante elle-même n'a pas considéré que la société contribuable était déchue de son droit de former une réclamation contre la taxation de l'IFD 2013 effectuée par le canton de Zoug. Or les éléments fournis pour celle-ci par la société contribuable étaient analogues à ceux transmis par elle pour les périodes fiscales précédentes. Ils n'ont au demeurant pas fait obstacle à une admission de la réclamation et partant à l'annulation de l'imposition contestée.

On rappellera ici que les éléments de fait, tels qu'ils figurent dans la dénonciation spontanée, s'ils ne sont pas constitutifs en soi d'un comportement contraire à la bonne foi, ont en revanche été pris en compte dans le cadre de la fixation du for fiscal pour l'IFD. Or une telle manière de procéder apparaît proportionnée au but visé par les règles de la dénonciation spontanée.

6.3.6 Sur le vu de ce qui précède, le motif d'une déchéance du droit de la société contribuable de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, de même que celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition intercantonale, doit en l'occurrence être rejeté.

Il n'est, compte tenu de cette solution, pas nécessaire d'examiner l'argument de la société contribuable selon lequel si une déchéance de son droit était admise, cela contreviendrait à l'absence de punissabilité de sa dénonciation spontanée.

7.

7.1 La recourante demande, comme conclusion subsidiaire, que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure en raison de l'incertitude provoquée par la formulation du ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. La recourante estime que le texte de ce chiffre serait vague, de telle sorte qu'on ne pourrait pas déterminer si les décisions de taxation qu'elle a rendues en matière d'IFD sont nulles, si elles ont été annulées, ou si elles devront l'être par un acte ultérieur.

7.2

7.2.1 Aux termes de l'art. 108 al. 3
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 108 Bei ungewisser oder streitiger Zuständigkeit - 1 Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
1    Ist der Ort der Veranlagung im Einzelfall ungewiss oder streitig, so wird er, wenn die Veranlagungsbehörden nur eines Kantons in Frage kommen, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer, wenn mehrere Kantone in Frage kommen, von der ESTV bestimmt. Die Verfügung der ESTV unterliegt der Beschwerde nach den allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege.209
2    Die Feststellung des Veranlagungsortes kann von der Veranlagungsbehörde, von der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer und von den Steuerpflichtigen verlangt werden.
3    Hat im Einzelfall eine örtlich nicht zuständige Behörde bereits gehandelt, so übermittelt sie die Akten der zuständigen Behörde.
LIFD, l'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente. Cette disposition n'a de sens que si les actes de taxation déjà effectués ne déploient aucun effet de leur côté. De surcroît, la décision en constatation de l'AFC fixant le for fiscal et l'injonction donnée à l'un des cantons impliqués de procéder désormais à l'imposition en conséquence entraîne nécessairement l'annulation de fait des actes effectués à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc] in RDAF 2002 II p. 227, 232).

Cela étant, en règle générale, les actes administratifs ne sont pas nuls, mais seulement annulables, et à défaut de contestation ils produisent des effets juridiques. La nullité, respectivement l'absence totale d'effets d'une décision rendue, n'est admise que lorsque le vice dont la décision est entachée est particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable et si, en outre, la constatation de la nullité ne met pas sérieusement en danger la sécurité du droit (voir parmi d'autres ATF 137 I 273 consid. 3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 73). A titre d'exemple, si un canton assujettit à l'IFD un contribuable en raison d'un rattachement économique, nonobstant un rattachement personnel dans un autre canton, il y a atteinte au principe de droit fédéral de la territorialité ; cette atteinte peut le cas échéant entraîner la nullité de la décision de taxation litigieuse (ATF 137 I 273 consid. 3.3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 75). La sécurité du droit implique par ailleurs de ne pas appliquer dans tous les cas de fixation du for fiscal la nullité de la taxation effectuée à tort en raison d'une incompétence à raison du lieu (dans ce sens, cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] bb] ; voir cependant l'arrêt du TF 2C_806/2019 du 8 juin 2020).

7.2.2 Dans le cas d'espèce, la compétence de la recourante de taxer l'IFD 2005 à 2012 n'était pas contestée et son incompétence à raison du lieu n'était pas évidente, avant la dénonciation spontanée. On ne peut dès lors qualifier sa faute de particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable. Dans ces conditions, les décisions de taxation de l'IFD 2005 à 2012 rendues dans le canton de Zoug ne sont pas nulles mais doivent être annulées, en ce sens qu'il est donné instruction à la recourante de les annuler formellement. C'est ainsi à juste titre que l'autorité inférieure a décidé que sa décision de fixation de for devait emporter l'annulation des décisions rendues antérieurement à tort par la recourante, comme elle en avait par ailleurs la compétence (cf. ci-avant consid. 6.1). Ce point du dispositif de la décision attaquée ayant ainsi été précisé, un renvoi à l'autorité inférieure ne s'impose pas.

8.

8.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 7.2.2 et à le rejeter pour le surplus. Vu l'issue de la cause - en application des art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
et 2
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA et 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure, fixés à 7 500 francs, sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs, étant précisé que le litige porte sur des intérêts pécuniaires du canton de Zoug (cf. entre autres, l'arrêt du TAF A-5044/2011 du 29 mars 2012 consid. 5.1) et que la réduction partielle des frais supportés par la recourante se justifie par la précision apportée (cf. ci-avant consid. 7.2.2) au ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. Le montant de 5 000 francs sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs sera restitué à la recourante une fois le présent arrêt entré en force.

8.2 Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (cf. art. 64 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 64 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
1    Die Beschwerdeinstanz kann der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen.
2    Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann.
3    Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat.
4    Die Körperschaft oder autonome Anstalt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, haftet für die einer unterliegenden Gegenpartei auferlegte Entschädigung, soweit sich diese als uneinbringlich herausstellt.
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Entschädigung.108 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005109 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010110.111
PA et art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF, a contrario) ni à l'intimée 2 (cf. art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
et 4
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
FITAF). La société contribuable doit, en revanche, recevoir des dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (cf. art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
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SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
1    Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten.
2    Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen.
3    Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten.
4    Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden.
5    Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7
s. FITAF). A défaut d'un éventuel décompte remis par la partie concernée, l'indemnité est fixée sur la base du dossier (art. 14 al. 2
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 14 Festsetzung der Parteientschädigung - 1 Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
1    Die Parteien, die Anspruch auf Parteientschädigung erheben, und die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen haben dem Gericht vor dem Entscheid eine detaillierte Kostennote einzureichen.
2    Das Gericht setzt die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtlich bestellten Anwälte und Anwältinnen auf Grund der Kostennote fest. Wird keine Kostennote eingereicht, so setzt das Gericht die Entschädigung auf Grund der Akten fest.
FITAF). En l'occurrence, au vu de la nature de la cause et de son degré de complexité, ainsi que de l'écriture brève de réponse du mandataire de la société contribuable, l'indemnité de dépens allouée à la précitée est arrêtée à 1 000 francs, à charge de la recourante.

(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 7.2.2 et rejeté pour le surplus.

2.
Les frais de procédure de 7 500 francs sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs lui sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.

3.
Une indemnité de 1 000 francs est allouée à la société contribuable à titre de dépens, à charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- aux intimées (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

La présidente du collège : Le greffier :

Annie Rochat Pauchard John Romand

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 48 Einhaltung - 1 Eingaben müssen spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden.
1    Eingaben müssen spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden.
2    Im Falle der elektronischen Einreichung ist für die Wahrung einer Frist der Zeitpunkt massgebend, in dem die Quittung ausgestellt wird, die bestätigt, dass alle Schritte abgeschlossen sind, die auf der Seite der Partei für die Übermittlung notwendig sind.19
3    Die Frist gilt auch als gewahrt, wenn die Eingabe rechtzeitig bei der Vorinstanz oder bei einer unzuständigen eidgenössischen oder kantonalen Behörde eingereicht worden ist. Die Eingabe ist unverzüglich dem Bundesgericht zu übermitteln.
4    Die Frist für die Zahlung eines Vorschusses oder für eine Sicherstellung ist gewahrt, wenn der Betrag rechtzeitig zu Gunsten des Bundesgerichts der Schweizerischen Post übergeben oder einem Post- oder Bankkonto in der Schweiz belastet worden ist.
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF).

Expédition :
Decision information   •   DEFRITEN
Document : A-1444/2018
Date : 25. März 2021
Published : 07. April 2021
Source : Bundesverwaltungsgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Indirekte Steuern
Subject : for fiscal; cantons de Genève et de Zoug; années 2005 à 2012


Legislation register
BGG: 42  48  82  90
BV: 127
DBG: 2  105  108  111  120  151  175  196  197
VGG: 31  32  33  37
VGKE: 7  14
VwVG: 5  48  49  50  52  62  63  64
BGE-register
121-V-204 • 122-V-157 • 123-I-264 • 132-I-29 • 133-I-308 • 134-I-303 • 137-I-273 • 139-I-64 • 142-II-182 • 146-II-111
Weitere Urteile ab 2000
2A.196/2001 • 2C_384/2019 • 2C_396/2011 • 2C_505/2015 • 2C_522/2019 • 2C_592/2018 • 2C_604/2013 • 2C_605/2013 • 2C_655/2016 • 2C_806/2019 • 2C_974/2019
Keyword index
Sorted by frequency or alphabet
[noenglish] • abrogation • abuse of legal right • administrative procedure and legal proceedings in an administrative court • advance on costs • appeal concerning affairs under public law • assessment decree • assessment procedure • auditor • calculation • cantonal administration • cantonal and municipal tax • cantonal proceeding • certificate • clerk • commercial register • communication • confederation • conflict rule • constitutional law • cooperation obligation • corporation • decision • declaration • diplomatic representation • direct federal tax • directive • director • discretion • doctrine • double taxation • doubt • eu • evidence • ex officio • examinator • false statement • federal administrational court • federal constitution of the swiss confederation • federal court • federal law • federal law on administrational proceedings • federal law on direct federal tax • federal law on judicature • fiscal sovereignty • fixed day • form and content • german • individual affiliation • infrastructure • infringement of a right • instructions about a person's right to appeal • inter-cantonal • inter-cantonal double taxation • internal relationship • judicial precedent • knowledge • lausanne • legal certainty • legal demand • legal entity • legitimation of appeal • letter • letter of complaint • local competence • lower instance • material defect • member of a religious community • misstatement • news • notification of judgment • officialese • opinion • party in the proceeding • pecuniary interest • postbox • principle of judicial investigation • prolongation • property • rape • reevaluation • rejection decision • remedies • self-indictment • silk • stamp duty • subject matter of action • swiss law • switzerland • tax authority • tax declaration • tax domicile • tax liability • term • the post • the term of double taxation • to parcel out • trust company • wage • watch • withholding tax • writ
BVGE
2014/24
BVGer
A-1444/2018 • A-162/2013 • A-2491/2018 • A-5044/2011
RDAF
2002 II 227 • 2002 II 452 • 2013 II 71
StR
75/2020 S.918