Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 508/2014

2C 509/2014

{T 0/2}

Arrêt du 20 février 2015

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Stadelmann.
Greffier: M. Tissot-Daguette.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Daniel Schafer et Me Arnaud Martin, avocats,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
2C 508/2014
Impôts cantonal et communal 2006, 2007 et 2009; soustraction d'impôt, amendes,

2C 509/2014
Impôt fédéral direct 2006, 2007 et 2009; soustraction d'impôt, amendes,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 1er avril 2014.

Faits :

A.
A.X.________ SA (d'avril 2005 à janvier 2007: B.X.________ SA, actuellement: X.________ SA) est une société anonyme ayant son siège à Genève et inscrite au registre du commerce de ce canton depuis le 3 avril 1996. Son but statutaire est la gestion de fortune et conseils financiers; transactions financières; toutes activités en qualité de trustee, cotrustee, exécuteur testamentaire, fiduciaire et mandataire général; acquisition, vente et gestion de participations dans d'autres sociétés. Jusqu'en juillet 2011, Y.________ a successivement été administrateur délégué puis, dès octobre 2004, administrateur président de la société, avec signature collective à deux. Il a en particulier cosigné les déclarations fiscales des années 2006 à 2009 de la société. Cette dernière est une filiale à 100% du groupe C.________ AG, société anonyme ayant depuis février 2007 son siège à H.________, dans le canton de Zoug.

Auparavant, depuis août 1998, C.________ AG avait son siège dans le canton de Schwyz, sous la raison sociale Z.________ AG. Cette société a quant à elle pour but l'achat, la vente ainsi que l'administration de participations suisses et étrangères. Elle peut acquérir, grever et aliéner des biens immobiliers. Depuis une augmentation de capital survenue en décembre 2005, elle détient des actions de plusieurs sociétés, qui ont leur siège à Genève, à Tortola dans les Iles Vierges Britanniques, ainsi qu'au Luxembourg.

La société D.________ Limited est également une filiale à 100% du groupe C.________ AG. Elle a son siège à Tortola où elle ne dispose pas de personnel. En décembre 2009, cette société a absorbé la société E.________ Limited, dont le siège était aussi à Tortola. Cette dernière était, entre 2006 et 2009, une filiale à 100% du groupe C.________ AG et ne disposait pas non plus de personnel à son siège. L'activité des sociétés D.________ Limited et E.________ Limited était exercée dans leurs succursales de Moscou et de Saint-Pétersbourg. Le groupe C.________ AG détient également à 100% une autre filiale, la société F.________ AG, dont le siège principal est à Zurich (société radiée du registre du commerce du canton de Zurich en 2014, suite à sa fusion avec la G.________ SA avec siège à Genève). Y.________ a été, entre décembre 2005 et mai 2007, administrateur de F.________ AG, avec signature collective à deux, et ensuite jusqu'en septembre 2007, vice-président du conseil d'administration, avec signature collective à deux. Entre septembre 2007 et octobre 2011, il a été gérant de F.________ AG avec signature collective à deux.

B.
En février 2009, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à une révision des comptes de A.X.________ SA en relation avec l'impôt anticipé. Dans le cadre de cette révision, elle a appris que C.________ AG exerçait, depuis la Suisse, notamment par l'intermédiaire de A.X.________ SA, une haute surveillance sur les activités déployées par les sociétés apparentées offshore D.________ Limited et E.________ Limited et leurs succursales. A.X.________ SA exerçait également, au besoin, des activités de controlling en matière financière et offrait son support dans les domaines de la comptabilité et de la gestion des ressources humaines. L'Administration fédérale a constaté que les prix de transfert pour les services intragroupe faisaient défaut. Elle a chiffré l'absence de rémunération pour les services rendus par A.X.________ SA à D.________ Limited et E.________ Limited, pour les années 2006 à 2008, à un montant total de 6'811'091 fr. Le 29 janvier 2010 A.X.________ SA a conclu un accord avec l'Administration fédérale (ruling) tendant à fixer une rémunération adéquate des services qu'elle fournissait à ses sociétés soeurs dès le 1er janvier 2009.

Suite à une communication de l'Administration fédérale, l'Administration fiscale cantonal de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé à un rappel d'impôts et ouvert une procédure pénale en soustraction fiscale pour l'impôt fédéral direct (ci-après: l'IFD) ainsi que pour les impôts cantonal et communal (ci-après: l'ICC) des années 2006, 2007 et 2009. Les reprises sur le bénéfice pour les années 2006 à 2008 s'élevaient à respectivement 1'054'592 fr., 3'014'742 fr. et 2'741'757 fr. (cette dernière reprise ayant également une incidence sur la taxation 2009, en ce qu'elle diminuait la perte reportée et augmentait le bénéfice). Le 14 avril 2011 A.X.________ SA a admis les montants des reprises sur le bénéfice et accepté l'émission des bordereaux rectificatifs y relatifs. Ceux-ci ont été émis le 18 mai 2011.

C.
Dans son courrier du 14 avril 2011 adressé à l'Administration fiscale cantonale, A.X.________ SA a toutefois contesté avoir commis une soustraction fiscale. Le 18 mai 2011, l'Administration fiscale cantonale a établi deux bordereaux "amende". L'amende relative à l'IFD 2006, 2007 et 2009 s'élevait à 428'417 fr. et celle relative à l'ICC 2006, 2007 et 2009 à 1'163'477 fr. Ces deux montants correspondaient à une fois la somme totale des suppléments d'impôt dus pour ces trois années. A.X.________ SA a élevé réclamation contre ces amendes. Par décision sur réclamation du 16 avril 2012, l'Administration fiscale cantonale a confirmé les amendes sur leur principe, mais réduit leur quotité à 0,75 fois le montant des impôts soustraits, prenant en compte la bonne collaboration et la régulation des opérations intragroupe. La société a interjeté recours contre ce prononcé. Le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a rejeté le recours par jugement du 22 avril 2013. A.X.________ SA a contesté cette décision le 29 mai 2013 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de
justice).

Dans un arrêt du 1er avril 2014, la Cour de justice a rejeté le recours de la société A.X.________ SA. Elle a jugé que la différence entre le montant d'impôt des taxations définitives et le montant qui aurait dû être effectivement perçu constituait une soustraction. En outre, en n'annonçant pas les rémunérations pour les services rendus, la société avait violé son obligation de déclarer tous les éléments du bénéfice imposable. La Cour de justice a considéré que les organes dirigeants de A.X.________ SA, et en particulier Y.________, avaient envisagé et accepté qu'une soustraction fiscale se réalise, agissant ainsi à tout le moins par dol éventuel. Elle a finalement confirmé la quotité de l'amende et exclu que celle-ci viole le principe ne bis in idem, la procédure conduisant à la perception de l'impôt anticipé n'ayant pas le même objet que celle relative aux amendes fiscales.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 1er avril 2014 et de constater qu'elle n'a commis aucune soustraction fiscale en relation avec les périodes fiscales 2006, 2007, 2008 et 2009. Elle se plaint en particulier de violation du droit fédéral et du principe de l'interdiction de la double peine.

La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale concluent au rejet du recours. Dans des observations finales, A.X.________ SA persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit :

1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt concernant les amendes pour les périodes fiscales 2006, 2007 et 2009 s'agissant de l'ICC et de l'IFD. Partant, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir présenté une seule écriture et pris des conclusions valant pour les amendes tant en matière d'ICC et d'IFD (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C 509/2014), l'autre l'ICC (2C 508/2014). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent en partie, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.

2.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
et 46 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
let. a LTF) par la contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11], art. 73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188 s.).

2.2. Aux termes de l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. De simples renvois à des écritures antérieures ou au dossier ne sont pas admissibles (ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 399 s.; arrêt 4A 709/2011 du 30 mai 2012 consid. 1.1). Par conséquent, en tant que la recourante fait référence à la motivation tenue devant des instances précédentes, il n'en sera pas tenu compte.

2.3. D'après la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être portée devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (arrêts 2C 319/2009 du 26 janvier 2010 consid. 2.2, non publié in ATF 136 II 241; 2D 144/2008 du 23 mars 2009 consid. 3 et 2C 669/2008 du 8 décembre 2008 consid. 4.1 et les références citées) et par les conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF). En l'espèce, la décision attaquée portant exclusivement sur la soustraction d'impôt commise durant les années fiscales 2006, 2007 et 2009, le litige ne saurait s'étendre à une autre période fiscale que celles-ci, soit en l'occurrence à l'année 2008. La conclusion de la recourante à ce propos doit être déclarée irrecevable.

2.4. Selon un principe général de procédure, les conclusions en constatation de droit ne sont recevables que lorsque des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues. Sauf situations particulières, les conclusions constatatoires ont donc un caractère subsidiaire (cf. ATF 135 I 119 consid. 4 p. 122; arrêts 2C 490/2014 du 26 novembre 2014 consid. 1.2; 2C 199/2010 du 12 avril 2011 consid. 3.3, non publié in ATF 137 II 383). Dans la mesure où la recourante conclut, parallèlement à l'annulation de l'arrêt du 1er avril 2014 de la Cour de justice, à ce qu'il soit constaté "que A.X.________ SA n'a commis aucune soustraction fiscale en relation avec les périodes fiscales 2006, 2007, 2008 et 2009", elle formule une conclusion constatatoire qui est irrecevable.

3.

3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450).

Par conséquent, et même si la recourante affirme que l'état de fait résumé par la Cour de justice est correct, en tant que celle-ci avance un nombre important d'éléments de fait ne ressortant pas de l'arrêt attaqué, sans exposer en quoi les conditions qui viennent d'être rappelées seraient réunies, il n'en sera pas tenu compte.

3.2. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté (cf. art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF). Les documents remis par la recourante en annexe de son mémoire et nommés "pièces nouvelles" sont des moyens de preuve nouveaux et par conséquent irrecevables.

4.
La recourante estime que c'est à tort que son comportement a été considéré comme illicite par la Cour de justice. Elle exclut également toute culpabilité et invoque une violation du principe de l'interdiction de la double peine ainsi que de l'art. 54
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP.

Les décisions portant sur le rappel d'impôt pour les années 2006, 2007 et 2009 n'ayant pas été contestées par la recourante, seule reste donc litigieuse la question de la soustraction fiscale pour ces trois années. Il convient ainsi d'examiner si la recourante remplit les conditions objectives et subjectives de cette infraction. Le cas échéant, il s'agira encore de déterminer si la condamnation à cette contravention constitue une violation du principe ne bis in idemet s'il peut être renoncé à la peine en raison de l'atteinte subie par l'auteur.

I. Impôt fédéral direct

5.

5.1. Aux termes de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD). Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (arrêt 2C 664/2008 du 4 février 2009 consid. 2, non publié in ATF 135 II 86).

5.2. L'existence et le montant du dommage ne sont à juste titre pas contestés par la recourante. Il ressort des faits retenus par les juges cantonaux que celle-ci n'a pas déclaré un montant total de 6'811'091 fr. de prestations effectuées pour des sociétés soeurs durant les années fiscales 2006 à 2008. Cette somme n'ayant pas été prise en compte comme bénéfice, il existe manifestement une différence entre les montants d'impôt figurant dans les décisions de taxation entrées en force pour les années en cause et les montants qui auraient effectivement dû être perçus.

5.3. La recourante nie en premier lieu avoir violé une obligation légale. Elle soutient en particulier que dans un tel cas, il ne lui était pratiquement pas possible de déclarer à temps les prestations effectuées en faveur de ses sociétés soeurs et qu'il ne saurait être question de soustraction fiscale lorsque le principe de pleine concurrence est violé sans que le droit comptable n'ait été transgressé.

5.3.1. L'art. 57
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. D'après l'art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Il s'ensuit que le bénéfice imposable est, sous réserve des règles correctrices prévues notamment par l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
et c LIFD, celui qui ressort de la comptabilité commerciale, dont le contenu, pour autant qu'il soit conforme au droit commercial, est contraignant pour l'autorité fiscale en vertu du principe de l'autorité du bilan commercial ("Massgeblichkeitsprinzip"), si bien que, pour autant que les autres conditions soient remplies, une soustraction est commise dès qu'il y a irrégularité dans la comptabilité (cf. ATF 135 II 86 consid. 3.1 p. 88).

Le bénéfice net comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
in fine LIFD). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêts 2C 30/2010 du 19 mai 2010 consid. 2.1 et 2C 788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et les références citées). Les transactions internationales entre sociétés du même groupe doivent correspondre à ce qui se ferait entre tiers. Même s'il n'est pas toujours facile de déterminer les
prix de transfert pour ces opérations au sein d'un groupe, ceux-ci ne peuvent être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre ou à égaliser les résultats des sociétés (arrêts 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.1, in RDAF 2012 II 37; 2C 788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).

5.3.2. En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (cf. arrêt 2C 620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1). Le présent litige porte sur les périodes fiscales 2006 à 2009 (l'année fiscale 2008 n'est pas concernée par l'infraction de soustraction fiscale, mais par une éventuelle violation du droit comptable ayant entraîné un report de pertes erroné en 2009). C'est par conséquent le droit comptable antérieur à la révision du 23 décembre 2011 (RO 2012 6679) qui est applicable.

La comptabilisation est soumise à un certain nombre de principes, dont on présentera brièvement notamment les suivants. Le principe de sincérité représente l'un des buts même des comptes annuels, comme cela ressort de l'exigence de transparence figurant à l'ancien art. 959
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959 - 1 Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
1    Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
2    L'actif comprend les éléments du patrimoine dont l'entreprise peut disposer en raison d'événements passés, dont elle attend un flux d'avantages économiques et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant. Aucun autre élément du patrimoine ne peut être porté au bilan.
3    L'actif circulant comprend la trésorerie et les actifs qui seront vraisemblablement réalisés au cours des douze mois suivant la date du bilan, dans le cycle normal des affaires ou d'une autre manière. Tous les autres actifs sont classés dans l'actif immobilisé.
4    Le passif comprend les capitaux étrangers et les capitaux propres.
5    Les capitaux étrangers comprennent les dettes qui résultent de faits passés, qui entraînent un flux probable d'avantages économiques à la charge de l'entreprise et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant.
6    Les capitaux étrangers à court terme comprennent les dettes qui seront vraisemblablement exigibles dans les douze mois suivant la date du bilan ou dans le cycle normal des affaires. Toutes les autres dettes sont classées dans les capitaux étrangers à long terme.
7    Les capitaux propres sont présentés et structurés en fonction de la forme juridique de l'entreprise.
CO. En vertu de la sincérité matérielle, il est ainsi interdit d'omettre purement et simplement un actif dans les comptes pour créer une réserve latente (cf. Pierre-Marie Glauser, Apports et impôt sur le bénéfice, 2005, p. 55; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4e éd. 2009, § 8 n° 899; Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Zweifel/Athanas [éd.], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2e éd. 2008, n° 23 ad art. 58
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD). Le principe de l'intégralité découle du principe de sincérité. Il exige que tous les faits économiques qui ont un effet sur les capitaux engagés soient pris en compte, aussi bien dans le bilan que dans le compte de profits et pertes. Les comptes ne doivent ainsi ni taire, ni escamoter des éléments essentiels (cf. ancien art. 662a al. 2 ch. 1
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 662a
CO; Glauser, op. cit., p. 56; Böckli, op. cit., § 8 n° 115). Le principe de prudence pousse à une approche pessimiste dans les différents aspects de la démarche comptable; en cas d'hésitation sur
l'évaluation, c'est ainsi la valeur la plus basse qui doit être retenue (cf. ancien art. 662a al. 2 ch. 3
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 662a
CO; Glauser, op. cit., p. 56; Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 26 ad art. 58
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD).

5.3.3. En l'espèce, il ressort des faits retenus par la Cour de justice que la recourante n'a pas facturé certaines prestations effectuées en faveur de deux de ses sociétés soeurs. Il faut admettre, avec la recourante d'ailleurs, que celle-ci n'aurait pas consenti de telles prestations en faveur de tiers. La recourante a ainsi fourni des services pour un montant de 6'811'091 fr., sans encaisser de contre-prestations, ou à tout le moins sans reporter le montant de ces contre-prestations à l'actif de son bilan pour les années en cause. De ce fait, contrairement à ce qu'elle avance, elle a violé le droit commercial. Elle n'a en effet notamment pas respecté les principes de sincérité et d'intégralité du bilan qui lui commandaient de prendre en compte les faits économiques ayant une incidence sur les capitaux engagés et de ne pas simplement les omettre. Le fait que la question des prix de transfert soit, selon elle, hautement technique, n'y change rien. Certes, la recourante pourrait arguer avoir respecté le principe de prudence. Toutefois, ce principe, s'il pousse à une approche pessimiste dans l'évaluation des produits, ne permet pas de passer ceux-ci complètement sous silence. Or, dans le cas d'espèce, il n'est pas question d'une
mauvaise appréciation du montant des prix de transfert, mais du fait que la prestation fournie n'a purement et simplement pas été prise en compte. On peine au demeurant à saisir ce que la recourante tente d'invoquer lorsqu'elle explique ne pas avoir eu la possibilité de démontrer la légalité de ses agissements. Dans ces conditions, la Cour de justice pouvait juger, sans violer les art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
et 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD, que la recourante avait violé une disposition de droit commercial et constater que cet élément objectif de la soustraction fiscale était réalisé. Mal fondé, ce grief doit être rejeté.

5.4. La recourante conteste également qu'un montant d'impôt aurait été soustrait à la collectivité publique par son comportement. Elle estime que l'autorité précédente a reconnu le caractère intentionnel de son comportement sur la base d'une simple présomption et qu'un défaut de rémunération de certaines prestations rendues à deux sociétés du groupe n'implique en rien une conscience préalable des risques fiscaux, ceux-ci étant essentiellement liés à la croissance du groupe et la technicité des questions liées aux prix de transfert.

5.4.1. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
et 181
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 181 - 1 Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
1    Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
2    Lorsqu'une personne morale a incité, prêté assistance ou participé, dans l'exercice de son activité, à la soustraction commise par un tiers, l'art. 177 lui est applicable par analogie.
3    La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 177 est réservée.
4    Les al. 1 à 3 s'appliquent par analogie aux corporations et établissements de droit étranger et aux communautés de personnes étrangères sans personnalité juridique.
LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci. (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).

Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève par ailleurs des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (cf. ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 4 s.; 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156; arrêt 6B 712/2012 du 26 septembre 2013 consid. 3.4, non publié in ATF 139 IV 282; consid. 3.1 ci-dessus).

5.4.2. En l'espèce, selon les faits retenus par la Cour de justice, " les organes dirigeants de la recourante ne pouvaient, au moment des faits reprochés entre 2006 et 2008, ignorer le risque que des prestations soient fournies par la recourante aux sociétés soeurs sans rémunération correspondante conforme au prix du marché, ni celui qu'elles ne soient pas déclarées dans leur intégralité et à leur juste valeur aux autorités fiscales compétentes ". S'agissant ensuite de Y.________, l'autorité précédente continue en mentionnant que celui-ci " se trouvait, au moment des faits litigieux, dans une situation hiérarchique et concrète lui permettant d'identifier et d'apprécier en toute connaissance de cause ledit risque ".

Pour sa part, la recourante explique que les organes dirigeants de la société ne pouvaient avoir conscience du défaut de rémunération en raison du fait que le groupe dans lequel elle se trouve croît et que les questions de prix de transfert intragroupe sont des questions techniques. En outre, elle estime que l'insuffisance de rémunération n'était que le résultat d'une mauvaise appréciation de son implication envers ses sociétés soeurs et pas une volonté de ne pas facturer.

Dans la mesure où les critiques de la recourante portent sur l'établissement des faits, sans exposer concrètement, dans le respect des exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, en quoi l'instance précédente serait tombée dans l'arbitraire en matière de constatation des faits, ses griefs sont irrecevables.

Les faits retenus par les juges cantonaux lient par conséquent le Tribunal fédéral. Il en découle que, ne pouvant ignorer qu'il existait un risque de fournir des prestations à des sociétés soeurs sans contre-prestation, les administrateurs de la recourante ont, à tout le moins par dol éventuel, cherché à obtenir une taxation moins élevée. Le grief relatif à cette question doit par conséquent également être rejeté, dans la mesure où il est recevable.

5.5. L'ensemble des griefs soulevés par la recourante en lien avec l'application de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD s'avère ainsi sans fondement. En fixant l'amende à un montant de 0,75 fois le montant d'impôt soustrait et en prenant en compte la bonne collaboration de la contribuable au cours de la procédure, l'appréciation des juges cantonaux à ce propos n'est pas critiquable. Au demeurant, la recourante ne se plaint pas, devant le Tribunal fédéral, de la quotité de l'amende en relation avec une infraction commise intentionnellement ou par dol éventuel.

6.
La recourante estime ensuite que l'amende pour soustraction d'impôt contrevient au principe ne bis in idem, puisqu'elle s'ajoute au montant perçu par l'Administration fédérale au titre de l'impôt anticipé.

Selon la jurisprudence, le principe ne bis in idem, qui est un corollaire de l'autorité de chose jugée, interdit qu'une personne soit pénalement poursuivie deux fois pour les mêmes faits. L'autorité de chose jugée et le principe ne bis in idem supposent qu'il y ait identité de l'objet de la procédure, de la personne visée et des faits retenus (ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466; 120 IV 10 consid. 2b p. 12 s.; 118 IV 269 consid. 2 p. 271).

En l'occurrence, si l'amende pour soustraction d'impôt constitue bien l'issue d'une poursuite pénale, le paiement d'un montant au titre de l'impôt anticipé n'est ni le résultat d'une procédure pénale ou d'une procédure disciplinaire, ni même ne constitue une sanction administrative (cf. arrêt 2C 54/2008 du 16 avril 2008 consid. 4.6). Au demeurant, la recourante indique que le paiement de l'impôt anticipé constitue une charge pour le groupe auquel elle appartient. Or, ce groupe a une personnalité propre. Partant, l'objet de la procédure et, si l'on suit les propos de la recourante, les personnes visées étant différentes, le principe ne bis in idem ne saurait s'appliquer au présent cas d'espèce. Le recours doit être rejeté sur ce point.

7.
Dans un dernier grief, la recourante invoque une violation de l'art. 54
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP. Selon elle, en raison de l'ampleur de la charge définitive que représente l'impôt anticipé pour le groupe C.________ AG, une peine pour soustraction fiscale est inappropriée.

Selon cette disposition, si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine. Cette disposition a été reprise de l'ancien art. 66 bis
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP dont les principes demeurent valables (ATF 137 IV 105 consid. 2.3). En cas d'infraction intentionnelle, une réduction de la peine en application de l'art. 54
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP est possible, mais ne doit être admise qu'avec retenue (arrêt 6B 373/2009 du 22 septembre 2009 consid. 3.3.2; Franz Riklin, Basler Kommentar, Strafrecht, 3e éd. 2013, n° 41 ad art. 54
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP). L'auteur est directement atteint par les conséquences de son acte s'il a subi des atteintes physiques - par exemple s'il a été blessé lors de l'accident qu'il a provoqué - ou psychiques - comme celles qui affectent une mère de famille devenue veuve par suite de l'accident de la circulation qu'elle a causé (ATF 119 IV 280 consid. 2b p. 283) - résultant de la commission même de l'infraction. En revanche, les désagréments dus à l'ouverture d'une instruction pénale, le paiement de frais de procédure, la réparation du préjudice, ainsi que la dégradation de la situation financière, le divorce ou
le licenciement consécutifs à l'acte délictueux, ne constituent que des conséquences indirectes de l'infraction, sans pertinence au regard de l'art. 54
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP (cf. ATF 117 IV 245 consid. 2a p. 247).

En l'occurrence, on ne voit pas en quoi la recourante serait atteinte par les conséquences de son acte. Au demeurant, seule la situation financière de la recourante est concernée par le paiement de l'impôt anticipé suite à l'ajustement des prix de transfert. Il ne s'agit-là tout au plus que d'une conséquence indirecte de l'infraction qui n'entre donc de toute façon pas dans le champ d'application de l'art. 54
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
CP. Au surplus, s'agissant du montant de l'impôt anticipé versé par la recourante, débitrice de la prestation imposable, on peut encore relever que l'obligation fiscale incombe certes à cette dernière en tant que contribuable (cf. art. 10 al. 1
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 10 - 1 L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable.
1    L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable.
2    Lorsqu'il s'agit de placements collectifs au sens de la LPCC47, la direction du fonds, la société d'investissement à capital variable ou fixe et la société en commandite de placements collectifs sont soumis à l'impôt anticipé. Si une majorité des associés indéfiniment responsables d'une société en commandite de placements collectifs ont leur domicile à l'étranger ou si les associés indéfiniment responsables sont des personnes morales dans lesquelles participent une majorité de personnes dont le domicile ou le siège se trouvent à l'étranger, la banque dépositaire de la société en commandite de placements collectifs est solidairement responsable pour l'impôt sur les rendements versés.48
de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé [LIA; RS 642.21]), il n'en demeure pas moins que le montant de l'impôt est en finalité à la charge du bénéficiaire de la prestation (cf. art. 14 al. 1
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 14 - 1 Le contribuable doit, en versant, virant, créditant ou imputant la prestation imposable, en déduire le montant de l'impôt anticipé, sans avoir égard à la personne du créancier; toute convention contraire est nulle.
1    Le contribuable doit, en versant, virant, créditant ou imputant la prestation imposable, en déduire le montant de l'impôt anticipé, sans avoir égard à la personne du créancier; toute convention contraire est nulle.
2    Le contribuable doit donner au bénéficiaire de la prestation imposable les indications nécessaires pour faire valoir le droit au remboursement et, à sa demande, lui délivrer une attestation.
LIA). Le recours, sur ce point, doit également être rejeté.

8.
Entièrement mal fondé, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

II. Impôts cantonal et communal

9.
Les art. 56 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
LHID et 69 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc/GE; D 3 17) relatifs à la soustraction d'impôt, ont la même teneur que l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD. Par ailleurs, conformément aux art. 24 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LHID et 12 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; D 3 15), le bénéfice net se détermine de manière comparable et selon les mêmes principes comptables que ceux prévus à l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LIFD (cf. Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, in Zweifel/Athanas [éd.], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2002, n° 9 ss ad art. 24
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LHID; Glauser, op. cit., p. 69 s.). Partant, les considérations développées en relation avec l'amende pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'amende relative aux impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales sous examen (cf. arrêt 2C 104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.2). Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de l'amende pour les impôts cantonal et communal, aux considérants relatifs à l'amende relative à l'impôt fédéral direct (cf. arrêt 2C 276/2010 du 19 octobre 2010 consid. 5). Le recours doit par conséquent être rejeté également en tant qu'il concerne
l'amende prononcée en lien avec les impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales 2006, 2007 et 2009, dans la mesure où il est recevable.

10.
Succombant en tous points, la recourante supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 508/2014 et 2C 509/2014 sont jointes.

2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 20 février 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

Le Greffier : Tissot-Daguette
Information de décision   •   DEFRITEN
Document : 2C_508/2014
Date : 20 février 2015
Publié : 10 mars 2015
Source : Tribunal fédéral
Statut : Non publié
Domaine : Finances publiques et droit fiscal
Objet : Impôt fédéral direct et impôts communal et cantonal 2006, 2007 et 2009; soustraction d'impôt, amendes


Répertoire des lois
CO: 662a 
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 662a
959
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959 - 1 Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
1    Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
2    L'actif comprend les éléments du patrimoine dont l'entreprise peut disposer en raison d'événements passés, dont elle attend un flux d'avantages économiques et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant. Aucun autre élément du patrimoine ne peut être porté au bilan.
3    L'actif circulant comprend la trésorerie et les actifs qui seront vraisemblablement réalisés au cours des douze mois suivant la date du bilan, dans le cycle normal des affaires ou d'une autre manière. Tous les autres actifs sont classés dans l'actif immobilisé.
4    Le passif comprend les capitaux étrangers et les capitaux propres.
5    Les capitaux étrangers comprennent les dettes qui résultent de faits passés, qui entraînent un flux probable d'avantages économiques à la charge de l'entreprise et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant.
6    Les capitaux étrangers à court terme comprennent les dettes qui seront vraisemblablement exigibles dans les douze mois suivant la date du bilan ou dans le cycle normal des affaires. Toutes les autres dettes sont classées dans les capitaux étrangers à long terme.
7    Les capitaux propres sont présentés et structurés en fonction de la forme juridique de l'entreprise.
CP: 54 
SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937
CP Art. 54 - Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
66bis
Cst: 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
LHID: 24 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
56 
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LIA: 10 
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 10 - 1 L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable.
1    L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable.
2    Lorsqu'il s'agit de placements collectifs au sens de la LPCC47, la direction du fonds, la société d'investissement à capital variable ou fixe et la société en commandite de placements collectifs sont soumis à l'impôt anticipé. Si une majorité des associés indéfiniment responsables d'une société en commandite de placements collectifs ont leur domicile à l'étranger ou si les associés indéfiniment responsables sont des personnes morales dans lesquelles participent une majorité de personnes dont le domicile ou le siège se trouvent à l'étranger, la banque dépositaire de la société en commandite de placements collectifs est solidairement responsable pour l'impôt sur les rendements versés.48
14
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 14 - 1 Le contribuable doit, en versant, virant, créditant ou imputant la prestation imposable, en déduire le montant de l'impôt anticipé, sans avoir égard à la personne du créancier; toute convention contraire est nulle.
1    Le contribuable doit, en versant, virant, créditant ou imputant la prestation imposable, en déduire le montant de l'impôt anticipé, sans avoir égard à la personne du créancier; toute convention contraire est nulle.
2    Le contribuable doit donner au bénéficiaire de la prestation imposable les indications nécessaires pour faire valoir le droit au remboursement et, à sa demande, lui délivrer une attestation.
LIFD: 57 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
58 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
146 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
175 
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
181
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 181 - 1 Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
1    Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
2    Lorsqu'une personne morale a incité, prêté assistance ou participé, dans l'exercice de son activité, à la soustraction commise par un tiers, l'art. 177 lui est applicable par analogie.
3    La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 177 est réservée.
4    Les al. 1 à 3 s'appliquent par analogie aux corporations et établissements de droit étranger et aux communautés de personnes étrangères sans personnalité juridique.
LTF: 42 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
46 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
66 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
68 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
71 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
82 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
86 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
89 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
90 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
95 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
97 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
99 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
100 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
105 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
106 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
107
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
Répertoire ATF
114-IB-27 • 117-IV-245 • 118-IV-269 • 119-IB-431 • 119-IV-280 • 120-IV-10 • 123-II-464 • 131-II-593 • 133-II-249 • 133-II-396 • 134-II-186 • 135-I-119 • 135-II-260 • 135-II-86 • 135-IV-152 • 136-II-241 • 136-II-447 • 137-II-383 • 137-IV-1 • 137-IV-105 • 139-IV-282 • 140-II-88
Weitere Urteile ab 2000
2A.588/2006 • 2C_104/2008 • 2C_199/2010 • 2C_276/2010 • 2C_30/2010 • 2C_319/2009 • 2C_490/2014 • 2C_508/2014 • 2C_509/2014 • 2C_54/2008 • 2C_620/2012 • 2C_664/2008 • 2C_669/2008 • 2C_724/2010 • 2C_788/2010 • 2C_908/2011 • 2D_144/2008 • 4A_709/2011 • 6B_373/2009 • 6B_712/2012
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
tribunal fédéral • viol • impôt anticipé • impôt fédéral direct • soustraction d'impôt • société soeur • impôt cantonal et communal • prix de transfert • ne bis in idem • autorité fiscale • contre-prestation • bénéfice net • signature collective • dol éventuel • violation du droit • chose jugée • calcul • personne morale • droit public • droit commercial • constatation des faits • société anonyme • frais judiciaires • titre • recours en matière de droit public • première instance • incident • greffier • incombance • situation financière • succursale • registre du commerce • tribunal administratif • procédure pénale • autorisation ou approbation • bilan • décision • augmentation • usage commercial • transaction financière • directive • décision de taxation • champ d'application • augmentation de capital • vente • membre d'une communauté religieuse • matériau • président • autorité inférieure • directeur • loi fédérale de procédure civile fédérale • prolongation • lf sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes • loi fédérale sur l'impôt fédéral direct • gestion de fortune • prestation appréciable en argent • distribution dissimulée de bénéfices • dommage • genève • étendue • objet du litige • participation à la procédure • lettre • décompte • défaut de la chose • participation ou collaboration • syndrome d'aliénation parentale • mesure de protection • salaire • fortune • ayant droit • condition • ordonnance de renvoi • sanction administrative • prix du marché • décision finale • intérêt digne de protection • autorité cantonale • procédure disciplinaire • moyen de preuve • siège principal • procédure fiscale • dernière instance • lausanne • examinateur • mention • personne physique • droit matériel • compte de profits et pertes • conseil d'administration • accident de la circulation • réserve latente • perception de l'impôt • physique • ressources humaines • collectivité publique • veuve • comptabilité commerciale • quant
... Ne pas tout montrer
AS
AS 2012/6679
RDAF
2012 II 37