2C_813/2017 - 2018-09-17 - Finances publiques et droit fiscal - Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2009

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 813/2017

Arrêt du 17 septembre 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Juge présidant, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Romain Jordan, avocat,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct, périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2009,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 2 août 2017 (A/1696/2014-ICCIFD).

Faits :

A.

A.a. X.________ SA a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A.________ en est l'unique administrateur et actionnaire. B.________ Promotions Immobilières SA (ci-après: B.________, désormais en liquidation) avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X.________ SA en détenait la moitié du capital-actions et A.________ en était membre du conseil d'administration jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B.________ a donné à bail à X.________ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C.________ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. A.________ y réside depuis le 4 mai 1999.

B.

B.a. Dans son compte de résultat de l'exercice 2009, X.________ SA a comptabilisé un montant de 50'251 fr. 85 dans le poste "loyer et charges". Le 2 décembre 2010, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration cantonale) a demandé à X.________ SA des justificatifs concernant cette charge. La contribuable n'ayant pas donné suite à cette demande en dépit d'un rappel et d'une sommation, l'Administration cantonale a, le 6 avril 2011, procédé à une taxation d'office de la période fiscale 2009, en reprenant dans le bénéfice de X.________ SA notamment le montant de 50'251 fr. 85 tant pour l'impôt cantonal et communal (ICC) que pour l'impôt fédéral direct (IFD).
Le 9 mai 2011, X.________ SA a formé réclamation contre cette décision de taxation, produisant à l'appui de son écriture l'extrait des comptes "loyers" (charges), "électricité", "chauffage", "nettoyage", "entretien des locaux" et "autres charges", dont la somme équivalait à 50'251 fr. 85. L'Administration cantonale a sollicité d'autres pièces; le 22 août 2011, la contribuable a notamment fourni les factures correspondant au poste de 50'251 fr. 85, qui concernaient la maison d'habitation susmentionnée sise sur la commune de C.________. Le compte "loyer encaissé" également transmis ne faisait état d'aucun versement de la part de A.________.
Le 31 juillet 2013, l'Administration cantonale a informé la contribuable qu'elle entendait rectifier la taxation en sa défaveur en procédant à une reprise de 63'063. fr. 15 dans le compte "loyer encaissé" et à une reprise de 9'543 fr. dans son chiffre d'affaires. Le 30 septembre 2013, X.________ SA a fourni des justificatifs concernant le compte "loyer encaissé" et contesté la reprise de 9'543 francs.
Par décision sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation sur des points qui ne sont plus litigieux, mais maintenu la reprise de 50'251 fr. 85 au titre de distribution dissimulée de bénéfice accordée à A.________ et modifié la taxation en défaveur de la contribuable en reprenant un montant de 9'543 fr. au titre de chiffre d'affaires non comptabilisé.

B.b. Le 21 octobre 2011, l'Administration cantonale a informé X.________ SA de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, pour avoir accordé des distributions dissimulées de bénéfice à A.________ en mettant gratuitement à sa disposition la villa de C.________. Elle convoquait les représentants de la société dans ses locaux, en les priant d'apporter diverses pièces. N'ayant pas obtenu de réponse, l'Administration cantonale a indiqué à la contribuable le 18 octobre 2012 qu'à défaut de lui fournir les documents requis le 2 novembre 2012, elle statuerait en l'état du dossier. La contribuable a sollicité en vain la suspension de la procédure en raison d'un litige avec l'ancien associé de A.________.
Le 21 août 2013, l'Administration cantonale a notifié à X.________ SA des bordereaux de rappel d'impôt (taxation d'office) pour l'IFD et l'ICC. Les reprises s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 27'020 fr. pour 2006, à 27'288 fr. pour 2007 et à 3'327 fr. pour 2008. A la même date, l'Administration cantonale a notifié à X.________ SA deux bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt, d'un montant de 15'491 fr. pour l'IFD et de 42'264 fr. pour l'ICC. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 23 septembre 2013, X.________ SA a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. Elle faisait en substance valoir que la villa de C.________ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles elle participait.
Par décisions sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes.

B.c. Le 10 juin 2014, X.________ SA a recouru contre les décisions sur réclamation du 8 mai 2014 concernant les périodes 2001 à 2004 et 2006 à 2009 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).
S'agissant de la période fiscale 2009, elle demandait l'annulation de la décision sur réclamation en tant qu'elle maintenait la reprise de 50'502 fr. (recte: 50'251 fr. 85). S'agissant des périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, elle concluait à l'annulation des décisions entreprises.
Au cours de la procédure, l'Administration cantonale a précisé que, pour 2001 et 2002, la reprise correspondait au poste "loyer et charges", soit 27'849 francs. Pour 2003, la reprise s'élevait au même montant de 27'849 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 69'868 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 24'951 francs. Pour les périodes 2004, 2006 et 2007, le montant de la reprise correspondait au poste "loyer et charges", qui s'élevait à 31'822 fr. pour 2004, 27'020 fr. pour 2006 et 27'288 fr. pour 2007. Pour la période fiscale 2008, la reprise correspondait au poste "loyer et charges" de 16'430 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 80'000 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 3'327 francs.
L'Administration cantonale a par ailleurs précisé que le poste "loyer et charges" comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture, qui concernaient la villa.

B.d. Par jugement du 24 mars 2016, le Tribunal administratif a rejeté les recours. Il a confirmé que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice était réalisées en lien avec la mise à disposition de la villa à A.________ et a d'emblée confirmé le montant des amendes fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que X.________ SA ne les avait pas expressément contestées dans ses recours.

B.e. Le 9 mai 2016, X.________ SA a recouru contre le jugement du 24 mars 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). En substance, elle a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'elle n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'elle avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son bénéfice n'étaient pas justifiées, car elle n'avait pas procédé à des distributions dissimulées de bénéfice.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé que X.________ SA avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en lien avec la mise à disposition de la villa à A.________ et a jugé que les conditions de la soustraction d'impôt étaient réalisées. La période fiscale 2001, qui avait fait l'objet d'une taxation d'office, n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant cette même période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans ses décisions du 8 mai 2014 soient annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. La recourante a répliqué.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
La décision attaquée est finale (art. 90 LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (cf. art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42 LTF) par la destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p 41). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à un droit fondamental (cf. ATF 142 I 172 consid. 4.3 p. 176; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521 s.; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est
limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. ATF 142 V 94 consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; 134 II 207 consid. 2 p. 210).

3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 24) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).

II. Griefs formels

4.
La recourante reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Elle y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. et un irrespect du double degré de juridiction garanti par l'art. 50 LHID, dès lors que le canton de Genève a fait usage de la possibilité, prévue par l'art. 50 al. 3 LHID, de prévoir une double instance judiciaire cantonale.
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.

4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (ATF 117 Ia 116 en lien avec l'art. 4 aCst.; arrêts 1C 326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 3.1 non publié in ATF 144 II 41; 2C 1014/2013 du 22 août 2014 consid. 7.1 non publié in ATF 140 I 271).
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de la recourante et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment de la recourante.

4.2. Selon l'art. 50 al. 3 LHID, le contribuable et l'Administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'Administration, à condition que le droit cantonal le prévoie. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (cf. art. 7 de la loi genevoise sur la procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17). L'art. 50 al. 3 LHID s'applique par analogie à la procédure pour soustraction d'impôt, par le renvoi de l'art. 57bis al. 3 LHID.
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. ATF 140 I 68 consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, la recourante n'en formule aucun. Elle se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Elle n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.

4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50 LHID sont partant rejetés.

III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription

5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a conclu que la période fiscale 2001 n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4 LIFD), car il fallait considérer qu'elle était entrée en force le 8 mai 2014.

5.1. La recourante soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente pour parvenir à cette conclusion est erroné et arbitraire Elle invoque une violation de l'art. 120 al. 4 LIFD, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et de son droit d'accès au juge (art. 29a Cst.).

5.2. La période fiscale 2001 a fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt qui a été ouverte le 21 octobre 2011. Comme la contribuable n'a pas fourni les pièces requises par l'Administration cantonale malgré rappel et sommation, cette dernière a fixé d'office les éléments imposables pour établir le bordereau de rappel de l'impôt 2001, daté du 21 août 2013. La recourante a contesté la décision y afférente par réclamation du 23 septembre 2013. La décision sur réclamation est intervenue le 8 mai 2014 et la Cour de justice a statué sur le recours interjeté par la recourante à son encontre le 2 août 2017.

5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4 LIFD pour examiner la prescription en l'espèce. Ils ont estimé que la prescription de quinze ans du droit de procéder à la taxation par cette disposition arrivait à échéance en principe le 31 décembre 2016 pour la période fiscale 2001. Toutefois, cette règle s'appliquait différemment en cas de taxation d'office, en raison de l'obligation de démontrer dans la réclamation, sous peine d'irrecevabilité, le caractère manifestement inexact de la taxation. L'irrecevabilité d'une réclamation entraînait l'entrée en force de la décision la constatant, avec effet ex tunc si cette irrecevabilité devait être confirmée à l'issue d'une procédure de recours. En l'occurrence, la recourante n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la décision de taxation d'office du 21 août 2013 dans sa réclamation, et l'Administration cantonale "devait en constater l'irrecevabilité et refuser d'entrer en matière sur celle-ci" dans sa décision sur réclamation (consid. 16, 1er paragraphe). Les juges précédents poursuivent en relevant qu'en l'espèce, "le rejet du recours a entraîné la confirmation des décisions sur réclamation du 8 mai 2014. Dès lors, l'ensemble des décisions de taxation (...)
sont entrées en force avec effet au 8 mai 2014, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 16, 2e paragraphe). Le droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 n'était donc pas prescrit, car l'entrée en force était intervenue rétroactivement le 8 mai 2014, soit avant le délai de prescription de quinze ans échéant le 31 décembre 2016.

5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.

5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant la période fiscale 2001 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 16) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.

5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4 LIFD pour calculer la prescription, les juges précédents ont perdu de vue que l'art. 120 LIFD concerne la prescription du droit de taxer. Or, cette disposition ne peut pas entrer en ligne de compte, puisque la période fiscale 2001 ici litigieuse avait déjà fait l'objet d'une taxation, l'Administration cantonale ayant ouvert une procédure en rappel d'impôt pour cette période fiscale. Ce sont donc les règles sur la prescription du rappel d'impôt, qui figurent à l'art. 152 LIFD, qui s'appliquent.
Selon l'art. 152 al. 3 LIFD, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Ce délai de quinze ans est un délai de péremption (cf. arrêts 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C 146/2013 du 4 septembre 2013 consid. 3.2).
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3 en lien avec l'art. 130 al. 2 et 132 al. 3 LIFD; cf. arrêt 2C 304/2013 du 22 octobre 2013 consid. 3.4 et les références) n'a pas d'incidence sur le calcul de la prescription (cf. sur ce point l'arrêt 2C 722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 3.1.2, dûment cité par la recourante dans sa réplique). Le raisonnement de la Cour de justice est partant contraire à l'art. 152 al. 3 LIFD.
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force à titre rétroactif ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.

5.4.3. Ce qui précède conduit au constat que l'arrêt attaqué a violé l'art. 152 al. 3 LIFD en ne retenant pas que le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si la recourante a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF les griefs d'ordre constitutionnels qu'elle fait aussi valoir en lien avec la question de la prescription de la période fiscale 2001 (cf. supra consid. 5).

5.5. Pour les mêmes raisons, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017, comme le relève à juste titre la recourante dans sa réplique.

6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.

6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, prévoit que la poursuite pénale se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète. Selon le nouvel art. 184 al. 2 LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Cela implique que la prescription est atteinte si aucune décision n'a été rendue par l'autorité cantonale compétente dans les dix ans après la fin de la période fiscale concernée (cf. arrêts 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.2, non publié in ATF 144 IV 136; 2C 1010/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.4.1).
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1 et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b CP (arrêt 2C 173/2015 du 21 novembre 2014 consid. 5.1.1, in RF 71/2016 p. 882).

Selon l'art. 205f LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2017, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêts 2C 844/2017 du 17 août 2018 consid. 2.3.1; 2C 12/2017 précité consid. 4.1 non publié).

6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 21 août 2013, soit plus de dix ans après la fin de la période fiscale 2002.

7.
Les périodes fiscales 2001 et 2002 sont ainsi prescrites tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. Restent seules litigieuses les périodes fiscales 2003 et 2004 et 2006 à 2009.
III.2 Griefs relatifs à l'existence de distributions dissimulées de bénéfice

8.
La recourante soutient que la Cour de justice a violé les art. 57 et 58 al. 1 let. b cinquième tiret LIFD en retenant que la mise à disposition de la villa sise à C.________ à A.________ était constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice et qu'elle a partant à tort procédé aux reprises des charges y afférentes dans son bénéfice imposable. Le litige ne porte donc que sur ces reprises fiscales.

8.1. L'impôt sur le bénéfice des personnes morales a pour objet le bénéfice net (art. 57 LIFD). Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre des prélèvements au sens de la let. b figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).

8.1.1. Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice si: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607).

8.1.2. Les dépenses qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial doivent être réintégrées au bénéfice imposable si elles ont été portées en déduction. Selon la jurisprudence, la justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (arrêt 2C 124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C 276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C 795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C 543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C 124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C 795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office),
constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C 795/2015 consid. 4.5 et 4.6).

8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C 927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).

8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a constaté que la recourante était liée par un contrat de bail avec B.________, à qui elle versait un loyer de 18'000 fr. par année, charges non comprises, pour une villa sise à C.________ qu'elle mettait à disposition de A.________, qui l'occupait comme logement depuis 1999. Le poste "loyer et charges" que la recourante avait comptabilisé comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, d'autres factures liées à l'utilisation de la villa, à savoir des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture. Selon les constatations de la Cour de justice qui lient le Tribunal fédéral, A.________ était un des actionnaires et l'unique administrateur de la recourante.
La Cour de justice a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée et qu'il incombait à la recourante de démontrer le contraire. Or, elle avait échoué à le faire. La recourante avait allégué en vain que la villa représentait son siège. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C.________. La recourante n'avait par ailleurs pas prouvé avoir conclu le contrat de bail auprès de B.________ dans le but d'y exercer son activité lucrative. Il ressortait des allégations de la recourante que A.________ utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de A.________ et ne pouvait pas justifier une déduction dans le chef de la recourante. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par la recourante, lequel avait été abaissé en conséquence. La recourante n'aurait d'ailleurs jamais mis
à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que la recourante soutenait que si A.________ n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide,et qu'elle aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.

8.3. La recourante soutient que ce raisonnement viole les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD. La villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. Le fait qu'elle soit utilisée comme villa témoin pour des expositions requérait un entretien impeccable régulier, de sorte qu'elle ne pouvait pas être louée à un tiers. Son utilisation pour son activité commerciale lui permettait d'éviter d'avoir à payer un loyer pour des locaux commerciaux pour le travail effectué par A.________. Le fait que l'actionnaire occupe cette villa, sans engendrer de charges supplémentaires ni manque à gagner pour elle, ne pouvait pas être constitutif d'une distribution dissimulée de bénéfice. A.________ avait du reste fourni une contre-prestation puisqu'il avait dû subir des visites et prendre en charge de nombreux frais d'entretien, faisant économiser à la recourante les frais de gardiennage de la villa.

8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure au caractère commercialement justifié des charges déduites.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée dans les circonstances d'espèce. Les dépenses qu'une société anonyme encourt en payant le loyer ainsi qu'à tout le moins une partie des charges d'entretien du logement privé de son actionnaire et administrateur, qui l'occupe gratuitement, ne constitue a priori manifestement pas une dépense justifiée par l'usage commercial.
Les arguments développés par la recourante dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient la recourante, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la recourante se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence de A.________ lui aurait permis d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, la recourante échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que A.________ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la recourante des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, la recourante n'a pas démontré que le travail prétendument effectué à domicile par A.________ justifiait une prise en charge du loyer par la recourante.
Finalement, en tant que la recourante soutient qu'elle s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucune distribution dissimulée de bénéfice ne pourrait être retenue, elle perd de vue que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si la recourante a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec l'actionnaire/administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.

8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en niant le caractère justifié commercialement des charges litigieuses.
Les autres conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice sont au surplus réunies: la prestation de la recourante a été fournie à un actionnaire, et les organes de la recourante ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs de la recourante sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées.

9.
La recourante conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Elle soutient qu'elle n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. La recourante avait du reste toujours été transparente tant avec l'Administration fiscale qu'avec sa fiduciaire, car elle n'avait jamais caché que la villa était occupée par A.________. La production d'un rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B.________ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve de la recourante garanti à l'art. 29 al.2 Cst.

9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2). La recourante n'a en particulier pas exposé en quoi les juges auraient procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en jugeant que ce rapport n'apporterait aucun élément pertinent pour juger de la réalisation des conditions de soustraction d'impôt (cf. arrêt attaqué consid. 6). Les juges précédents retiennent du reste que ce rapport semble n'avoir jamais existé, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits.

9.2. Selon l'art. 181 al. 1 LIFD, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition renvoie à l'art. 175 al. 1 LIFD pour définir l'infraction de soustraction fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90).
Aux termes de l'art. 175 al. 1 LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1 LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C 1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.1 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).

9.3. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).

9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que l'administrateur de la recourante ne pouvait pas ignorer les avantages fiscaux, pour cette dernière, que représentaient le fait de passer en charges déductibles le loyer et des frais liés à l'entretien de la villa, alors que ces dépenses n'avaient pas de caractère commercial, la villa servant au logement privé de A.________. Ce dernier étant administrateur de la recourante, il ne pouvait pas ignorer que la jouissance de cette maison lui était accordée à titre gratuit. L'avantage accordé à A.________ est si manifeste qu'il ne pouvait procéder que d'une démarche intentionnelle. Quoi qu'en dise la recourante, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence de A.________ dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait que la recourante a diminué son bénéfice imposable en prenant à sa charge des dépenses privées de son administrateur et actionnaire. On ne voit au surplus pas que le fait qu'elle ait aussi été transparente avec sa fiduciaire jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la
soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1 LIFD est partant rejeté.

9.5. Au surplus, la recourante ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références).

IV. Impôt cantonal et communal

10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références citées).

11.
S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3 LHID et l'art. 61 al. 3 LPFisc ont la même teneur que l'art. 152 al. 3 LIFD. Le même raisonnement que pour l'IFD s'applique donc pour l'impôt cantonal harmonisé (cf. arrêts 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C 722/2017 précité consid. 3.1.1) et conduit au constat de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes 2001 et 2002, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3 LHID; cf. arrêt 2C 760/2017 précité consid. 4.2). L'art. 78f LHID prévoit également l'application de la lex mitior (cf. arrêt 2C 12/2017 précité consid. 4.3 non publié). Le même raisonnement est partant applicable en matière d'ICC qu'en matière IFD et conduit au constat que la poursuite pénale pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est prescrite, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.

12.
Concernant la reprise des charges dans le bénéfice de la recourante, l'art. 12 let. d de la loi sur l'imposition des personnes morales (LIPM, RSGE D 3 15), dans sa version en vigueur jusqu'au 30 mars 2016 applicable au cas d'espèce prévoit que les sommes qui sont prélevées, avant le calcul du bénéfice net, sur les résultats de l'exercice, pour couvrir les dépenses qui ne peuvent pas être considérées comme des frais d'exploitation sont considérés comme bénéfice net imposable. Cette disposition correspond matériellement à l'art. 24 let. a LHID, selon lequel le bénéfice net imposable comprend les charges non justifiées par l'usage commercial. Le droit cantonal harmonisé prévoit donc également la non-déductibiltié des charges non justifiées par l'usage commercial, comme l'art. 58 al. 1 let. b LIFD. Le raisonnement développé ci-dessus en matière d'IFD est partant aussi applicable en matière d'ICC.
Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, les art. 69 al. 1 et 74 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que les art. 56 et 57 LHID et correspondant aux art. 175 al. 1 et 181 al. 1 LIFD.

V. Conséquences, ainsi que frais et dépens

13.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est périmé s'agissant des périodes fiscales 2001 et 2002 et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour la période fiscale 2002, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

14.
Comme la recourante obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, elle ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant à la charge de l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF). La recourante a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge de la recourante et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.

4.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.

5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.

6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Juge présidant : Zünd

La Greffière : Vuadens

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
¹	Le recours est recevable contre les décisions:
^a	du Tribunal administratif fédéral;
^b	du Tribunal pénal fédéral;
^c	de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
^d	des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
²	Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
³	Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
^a	contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
^b	contre les actes normatifs cantonaux;
^c	qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
^a	les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
^b	les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
^c	les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
^c1	l'entrée en Suisse,
^c2	une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
^c3	l'admission provisoire,
^c4	l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
^c5	les dérogations aux conditions d'admission,
^c6	la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
^d	les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
^d1	par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
^d2	par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
^e	les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
^f	les décisions en matière de marchés publics:
^fbis	les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
^f1	si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
^f2	si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
^g	les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
^h	les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
ⁱ	les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
^j	les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
^k	les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
^l	les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
^m	les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
ⁿ	les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
ⁿ¹	l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
ⁿ²	l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
ⁿ³	les permis d'exécution;
^o	les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
^p	les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
^p1	une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
^p2	un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
^p3	un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
^q	les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
^q1	l'inscription sur la liste d'attente,
^q2	l'attribution d'organes;
^r	les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
^s	les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
^s1	...
^s2	la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
^t	les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
^u	les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
^v	les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
^w	les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
^x	les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
^y	les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
^z	les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
¹	Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
^a	du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
^b	du 15 juillet au 15 août inclus;
^c	du 18 décembre au 2 janvier inclus.
²	L'al. 1 ne s'applique pas:
^a	aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
^b	à la poursuite pour effets de change;
^c	aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
^d	à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
^e	aux marchés publics.19

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
¹	Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
²	Le délai de recours est de dix jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
^b	les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
^c	les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
^d	les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
³	Le délai de recours est de cinq jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
^b	les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
⁴	Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
⁵	En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
⁶	...96
⁷	Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
¹	Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
²	Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
³	Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
⁴	En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
^a	le format du mémoire et des pièces jointes;
^b	les modalités de la transmission;
^c	les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
⁵	Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁶	Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁷	Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
¹	A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
^a	a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
^b	est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
^c	a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
²	Ont aussi qualité pour recourir:
^a	la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
^b	l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
^c	les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
^d	les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
³	En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
¹	Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
²	Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
¹	Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
²	Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
³	Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
^a	du droit fédéral;
^b	du droit international;
^c	de droits constitutionnels cantonaux;
^d	de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
^e	du droit intercantonal.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
¹	Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
²	Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
¹	Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
²	Les parties ont le droit d'être entendues.
³	Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 50 - 1 Le contribuable peut interjeter un recours écrit et motivé contre la décision sur réclamation devant une commission de recours indépendante des autorités fiscales, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée.
¹	Le contribuable peut interjeter un recours écrit et motivé contre la décision sur réclamation devant une commission de recours indépendante des autorités fiscales, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée.
²	Toute erreur dans la décision attaquée et tout vice de procédure constituent des motifs de recours.
³	Le contribuable et l'administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 57^bis Procédure - 1 L'instruction terminée, l'autorité cantonale compétente rend une décision, qui est notifiée par écrit à l'intéressé.208
¹	L'instruction terminée, l'autorité cantonale compétente rend une décision, qui est notifiée par écrit à l'intéressé.208
²	Les décisions des autorités fiscales dans les cas de soustraction fiscale peuvent être attaquées devant des autorités ou des juridictions administratives. Les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral209. La voie pénale est exclue.210
³	Les dispositions relatives aux principes généraux, à la procédure de taxation et à la procédure de recours sont applicables par analogie.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
¹	Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
²	La prescription ne court pas ou est suspendue:
^a	pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
^b	aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
^c	aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
³	Un nouveau délai de prescription commence à courir:
^a	lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
^b	lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
^c	lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
^d	lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
⁴	La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
¹	Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
²	L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
³	Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
¹	Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
^1bis	Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
²	Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
³	Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
¹	Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
²	La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
³	Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
¹	La poursuite pénale se prescrit:
^a	en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
^b	en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
^b1	à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
^b2	à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
²	La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.

SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937 CP Art. 333 - 1 Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
¹	Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
²	Dans les autres lois fédérales:
^a	la réclusion est remplacée par une peine privative de liberté de plus d'un an;
^b	l'emprisonnement est remplacé par une peine privative de liberté de trois ans au plus ou par une peine pécuniaire;
^c	l'emprisonnement de moins de six mois est remplacé par la peine pécuniaire, un mois d'emprisonnement valant 30 jours-amende d'au maximum 3000 francs.
³	L'infraction passible de l'amende ou des arrêts, ou de l'amende exclusivement, est une contravention. Les art. 106 et 107 sont applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif546. L'infraction passible, en vertu d'une autre loi fédérale entrée en vigueur avant 1942, d'une peine d'emprisonnement ne dépassant pas trois mois est également une contravention.
⁴	Sont réservées les durées des peines qui dérogent à l'al. 2, les montants des amendes qui dérogent à l'art. 106, ainsi que l'art. 41.
⁵	Si une autre loi fédérale prévoit l'amende pour un crime ou un délit, l'art. 34 est applicable. Les règles sur la fixation de l'amende qui dérogent à cet article ne sont pas applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif. Si l'amende est limitée à un montant inférieur à 1 080 000 francs, cette limitation est supprimée; au-delà, elle est maintenue. En pareil cas, le nombre maximum de jours-amende équivaut au montant maximum de l'amende encourue jusqu'alors divisé par 3000.
⁶	...547
^6bis	Si une infraction est punie soit d'une peine privative de liberté soit d'une peine pécuniaire d'un nombre minimal de jours-amende, cette limite inférieure vaut aussi pour la durée minimale en jours de la peine privative de liberté.548
⁷	Les contraventions prévues par d'autres lois fédérales sont punissables même quand elles ont été commises par négligence, à moins qu'il ne ressorte de la disposition applicable que la contravention est réprimée seulement si elle a été commise intentionnellement.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
¹	Le bénéfice net imposable comprend:
^a	le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
^b	tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
^c	les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
²	Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
³	Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 181 - 1 Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
¹	Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
²	Lorsqu'une personne morale a incité, prêté assistance ou participé, dans l'exercice de son activité, à la soustraction commise par un tiers, l'art. 177 lui est applicable par analogie.
³	La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 177 est réservée.
⁴	Les al. 1 à 3 s'appliquent par analogie aux corporations et établissements de droit étranger et aux communautés de personnes étrangères sans personnalité juridique.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
¹	Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
²	En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
³	Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
^a	qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
^b	qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
^c	qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
⁴	Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
¹	Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
²	Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
³	Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
⁴	Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 58 Prescription de la poursuite pénale - 1 La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
¹	La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
²	La poursuite de la soustraction d'impôt consommée se prescrit par dix ans:
^a	à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle le contribuable n'a pas été taxé ou l'a été de manière incomplète, ou pour laquelle la retenue de l'impôt à la source n'a pas été faite conformément à la loi (art. 56, al. 1);
^b	à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution illégale ou une remise injustifiée d'impôt a été obtenue (art. 56, al. 1) ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 56, al. 4).
³	La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 57bis, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
¹	L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
^a	les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
^b	les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
^c	les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
²	Ne constituent pas un bénéfice imposable:
^a	les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
^b	le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
^c	les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
³	Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
^a	en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
^b	en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
^c	en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
^d	en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
^3bis	Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
^3ter	En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
^3quater	Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
^3quinquies	Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
⁴	Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
^4bis	En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
⁵	Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 57 Cas particuliers - 1 La personne morale au profit de laquelle des obligations de procédure auront été violées ou au profit de laquelle une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt aura été commise sera punie de l'amende. La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 56, al. 3, est réservée.
¹	La personne morale au profit de laquelle des obligations de procédure auront été violées ou au profit de laquelle une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt aura été commise sera punie de l'amende. La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 56, al. 3, est réservée.
²	L'art. 56, al. 3, est applicable par analogie à la personne morale qui aura incité, prêté son assistance ou participé, dans l'exercice de son activité, à la soustraction commise par un tiers.
³	...205
⁴	Le contribuable marié qui vit en ménage commun avec son conjoint ne répond que de la soustraction des éléments imposables qui lui sont propres. L'art. 56, al. 3, est réservé. Le seul fait de contresigner la déclaration d'impôts commune n'est pas constitutif d'une infraction au sens de l'art. 56, al. 3.206

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
¹	En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
²	Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
³	Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
⁴	En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
⁵	Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
¹	Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
²	En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
³	En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
⁴	L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
⁵	Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.