Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
2C 813/2017
Arrêt du 17 septembre 2018
IIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Juge présidant, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière : Mme Vuadens.
Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Romain Jordan, avocat,
recourante,
contre
Administration fiscale cantonale genevoise.
Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct, périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2009,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 2 août 2017 (A/1696/2014-ICCIFD).
Faits :
A.
A.a. X.________ SA a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A.________ en est l'unique administrateur et actionnaire. B.________ Promotions Immobilières SA (ci-après: B.________, désormais en liquidation) avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X.________ SA en détenait la moitié du capital-actions et A.________ en était membre du conseil d'administration jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B.________ a donné à bail à X.________ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C.________ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. A.________ y réside depuis le 4 mai 1999.
B.
B.a. Dans son compte de résultat de l'exercice 2009, X.________ SA a comptabilisé un montant de 50'251 fr. 85 dans le poste "loyer et charges". Le 2 décembre 2010, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration cantonale) a demandé à X.________ SA des justificatifs concernant cette charge. La contribuable n'ayant pas donné suite à cette demande en dépit d'un rappel et d'une sommation, l'Administration cantonale a, le 6 avril 2011, procédé à une taxation d'office de la période fiscale 2009, en reprenant dans le bénéfice de X.________ SA notamment le montant de 50'251 fr. 85 tant pour l'impôt cantonal et communal (ICC) que pour l'impôt fédéral direct (IFD).
Le 9 mai 2011, X.________ SA a formé réclamation contre cette décision de taxation, produisant à l'appui de son écriture l'extrait des comptes "loyers" (charges), "électricité", "chauffage", "nettoyage", "entretien des locaux" et "autres charges", dont la somme équivalait à 50'251 fr. 85. L'Administration cantonale a sollicité d'autres pièces; le 22 août 2011, la contribuable a notamment fourni les factures correspondant au poste de 50'251 fr. 85, qui concernaient la maison d'habitation susmentionnée sise sur la commune de C.________. Le compte "loyer encaissé" également transmis ne faisait état d'aucun versement de la part de A.________.
Le 31 juillet 2013, l'Administration cantonale a informé la contribuable qu'elle entendait rectifier la taxation en sa défaveur en procédant à une reprise de 63'063. fr. 15 dans le compte "loyer encaissé" et à une reprise de 9'543 fr. dans son chiffre d'affaires. Le 30 septembre 2013, X.________ SA a fourni des justificatifs concernant le compte "loyer encaissé" et contesté la reprise de 9'543 francs.
Par décision sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation sur des points qui ne sont plus litigieux, mais maintenu la reprise de 50'251 fr. 85 au titre de distribution dissimulée de bénéfice accordée à A.________ et modifié la taxation en défaveur de la contribuable en reprenant un montant de 9'543 fr. au titre de chiffre d'affaires non comptabilisé.
B.b. Le 21 octobre 2011, l'Administration cantonale a informé X.________ SA de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, pour avoir accordé des distributions dissimulées de bénéfice à A.________ en mettant gratuitement à sa disposition la villa de C.________. Elle convoquait les représentants de la société dans ses locaux, en les priant d'apporter diverses pièces. N'ayant pas obtenu de réponse, l'Administration cantonale a indiqué à la contribuable le 18 octobre 2012 qu'à défaut de lui fournir les documents requis le 2 novembre 2012, elle statuerait en l'état du dossier. La contribuable a sollicité en vain la suspension de la procédure en raison d'un litige avec l'ancien associé de A.________.
Le 21 août 2013, l'Administration cantonale a notifié à X.________ SA des bordereaux de rappel d'impôt (taxation d'office) pour l'IFD et l'ICC. Les reprises s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 27'020 fr. pour 2006, à 27'288 fr. pour 2007 et à 3'327 fr. pour 2008. A la même date, l'Administration cantonale a notifié à X.________ SA deux bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt, d'un montant de 15'491 fr. pour l'IFD et de 42'264 fr. pour l'ICC. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 23 septembre 2013, X.________ SA a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. Elle faisait en substance valoir que la villa de C.________ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles elle participait.
Par décisions sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes.
B.c. Le 10 juin 2014, X.________ SA a recouru contre les décisions sur réclamation du 8 mai 2014 concernant les périodes 2001 à 2004 et 2006 à 2009 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).
S'agissant de la période fiscale 2009, elle demandait l'annulation de la décision sur réclamation en tant qu'elle maintenait la reprise de 50'502 fr. (recte: 50'251 fr. 85). S'agissant des périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, elle concluait à l'annulation des décisions entreprises.
Au cours de la procédure, l'Administration cantonale a précisé que, pour 2001 et 2002, la reprise correspondait au poste "loyer et charges", soit 27'849 francs. Pour 2003, la reprise s'élevait au même montant de 27'849 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 69'868 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 24'951 francs. Pour les périodes 2004, 2006 et 2007, le montant de la reprise correspondait au poste "loyer et charges", qui s'élevait à 31'822 fr. pour 2004, 27'020 fr. pour 2006 et 27'288 fr. pour 2007. Pour la période fiscale 2008, la reprise correspondait au poste "loyer et charges" de 16'430 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 80'000 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 3'327 francs.
L'Administration cantonale a par ailleurs précisé que le poste "loyer et charges" comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture, qui concernaient la villa.
B.d. Par jugement du 24 mars 2016, le Tribunal administratif a rejeté les recours. Il a confirmé que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice était réalisées en lien avec la mise à disposition de la villa à A.________ et a d'emblée confirmé le montant des amendes fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que X.________ SA ne les avait pas expressément contestées dans ses recours.
B.e. Le 9 mai 2016, X.________ SA a recouru contre le jugement du 24 mars 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). En substance, elle a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'elle n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'elle avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son bénéfice n'étaient pas justifiées, car elle n'avait pas procédé à des distributions dissimulées de bénéfice.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé que X.________ SA avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en lien avec la mise à disposition de la villa à A.________ et a jugé que les conditions de la soustraction d'impôt étaient réalisées. La période fiscale 2001, qui avait fait l'objet d'une taxation d'office, n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant cette même période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans ses décisions du 8 mai 2014 soient annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. La recourante a répliqué.
Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
La décision attaquée est finale (art. 90

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide: |
|
1 | Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide: |
a | des Bundesverwaltungsgerichts; |
b | des Bundesstrafgerichts; |
c | der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen; |
d | letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist. |
2 | Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen. |
3 | Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden: |
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a | gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts; |
b | gegen kantonale Erlasse; |
c | betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen: |
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a | Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt; |
b | Entscheide über die ordentliche Einbürgerung; |
c | Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend: |
c1 | die Einreise, |
c2 | Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt, |
c3 | die vorläufige Aufnahme, |
c4 | die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung, |
c5 | Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen, |
c6 | die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer; |
d | Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die: |
d1 | vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen, |
d2 | von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt; |
e | Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal; |
f | Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn: |
fbis | Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200964; |
f1 | sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder |
f2 | der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201962 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht; |
g | Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen; |
h | Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen; |
i | Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes; |
j | Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind; |
k | Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht; |
l | Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt; |
m | Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt; |
n | Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend: |
n1 | das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung, |
n2 | die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten, |
n3 | Freigaben; |
o | Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs; |
p | Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:69 |
p1 | Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren, |
p2 | Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199770, |
p3 | Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201072; |
q | Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend: |
q1 | die Aufnahme in die Warteliste, |
q2 | die Zuteilung von Organen; |
r | Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3473 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200574 (VGG) getroffen hat; |
s | Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend: |
s1 | ... |
s2 | die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters; |
t | Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung; |
u | Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201577); |
v | Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe; |
w | Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; |
x | Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201681 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt; |
y | Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung; |
z | Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201684 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 46 Stillstand - 1 Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still: |
|
1 | Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still: |
a | vom siebenten Tag vor Ostern bis und mit dem siebenten Tag nach Ostern; |
b | vom 15. Juli bis und mit dem 15. August; |
c | vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar. |
2 | Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend: |
a | die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen; |
b | die Wechselbetreibung; |
c | Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c); |
d | die internationale Rechtshilfe in Strafsachen und die internationale Amtshilfe in Steuersachen; |
e | die öffentlichen Beschaffungen.19 |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen. |
|
1 | Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen. |
2 | Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage: |
a | bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen; |
b | bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen; |
c | bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198090 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198091 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung; |
d | bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195493. |
3 | Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage: |
a | bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung; |
b | bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen. |
4 | Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage. |
5 | Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann. |
6 | ...94 |
7 | Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. |
|
1 | Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. |
1bis | Wurde in einer Zivilsache das Verfahren vor der Vorinstanz in englischer Sprache geführt, so können Rechtsschriften in dieser Sprache abgefasst werden.14 |
2 | In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 15 16 |
3 | Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen. |
4 | Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201617 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement: |
a | das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen; |
b | die Art und Weise der Übermittlung; |
c | die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.18 |
5 | Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt. |
6 | Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden. |
7 | Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer: |
|
1 | Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer: |
a | vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat; |
b | durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und |
c | ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. |
2 | Zur Beschwerde sind ferner berechtigt: |
a | die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann; |
b | das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals; |
c | Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt; |
d | Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt. |
3 | In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist. |
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
|
1 | Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
2 | Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
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1 | Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
2 | Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
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1 | Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
2 | Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. |

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden. |
limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. ATF 142 V 94 consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; 134 II 207 consid. 2 p. 210).
3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. |
|
1 | Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. |
2 | Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht. |
3 | Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.96 |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von: |
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a | Bundesrecht; |
b | Völkerrecht; |
c | kantonalen verfassungsmässigen Rechten; |
d | kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen; |
e | interkantonalem Recht. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. |
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1 | Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. |
2 | Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht. |
3 | Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.96 |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. |
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1 | Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. |
2 | Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.87 |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
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1 | Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
2 | Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. |
II. Griefs formels
4.
La recourante reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Elle y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
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1 | Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
2 | Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör. |
3 | Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 50 - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
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1 | Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
2 | Der Rekurs ist zu begründen. Es können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden. |
3 | Der Steuerpflichtige und die kantonale Steuerverwaltung können den Rekursentscheid an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz ziehen, wenn das kantonale Recht dies vorsieht. |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 50 - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
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1 | Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
2 | Der Rekurs ist zu begründen. Es können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden. |
3 | Der Steuerpflichtige und die kantonale Steuerverwaltung können den Rekursentscheid an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz ziehen, wenn das kantonale Recht dies vorsieht. |
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.
4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
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1 | Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
2 | Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör. |
3 | Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. |
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de la recourante et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment de la recourante.
4.2. Selon l'art. 50 al. 3

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 50 - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
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1 | Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
2 | Der Rekurs ist zu begründen. Es können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden. |
3 | Der Steuerpflichtige und die kantonale Steuerverwaltung können den Rekursentscheid an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz ziehen, wenn das kantonale Recht dies vorsieht. |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 50 - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
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1 | Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
2 | Der Rekurs ist zu begründen. Es können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden. |
3 | Der Steuerpflichtige und die kantonale Steuerverwaltung können den Rekursentscheid an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz ziehen, wenn das kantonale Recht dies vorsieht. |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 57bis Verfahren - 1 Nach Abschluss der Untersuchung erlässt die zuständige kantonale Behörde eine Verfügung, die sie der betroffenen Person schriftlich eröffnet.215 |
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1 | Nach Abschluss der Untersuchung erlässt die zuständige kantonale Behörde eine Verfügung, die sie der betroffenen Person schriftlich eröffnet.215 |
2 | Entscheide der Steuerbehörden bei Hinterziehungstatbeständen sind vor Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsbehörden anfechtbar. Gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide kann beim Bundesgericht nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005216 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden. Die Strafgerichtsbarkeit ist ausgeschlossen.217 |
3 | Die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Rekursverfahren gelten sinngemäss. |
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. ATF 140 I 68 consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, la recourante n'en formule aucun. Elle se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Elle n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.
4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 50 - 1 Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
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1 | Der Steuerpflichtige kann gegen den Einspracheentscheid innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Justizbehörde schriftlich Rekurs erheben. |
2 | Der Rekurs ist zu begründen. Es können alle Mängel des angefochtenen Entscheides und des vorangegangenen Verfahrens gerügt werden. |
3 | Der Steuerpflichtige und die kantonale Steuerverwaltung können den Rekursentscheid an eine weitere verwaltungsunabhängige kantonale Instanz ziehen, wenn das kantonale Recht dies vorsieht. |
III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription
5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a conclu que la période fiscale 2001 n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
|
1 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
2 | Die Verjährung beginnt nicht oder steht still: |
a | während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens; |
b | solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist; |
c | solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben. |
3 | Die Verjährung beginnt neu mit: |
a | jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird; |
b | jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden; |
c | der Einreichung eines Erlassgesuches; |
d | der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens. |
4 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt. |
5.1. La recourante soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente pour parvenir à cette conclusion est erroné et arbitraire Elle invoque une violation de l'art. 120 al. 4

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
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1 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
2 | Die Verjährung beginnt nicht oder steht still: |
a | während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens; |
b | solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist; |
c | solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben. |
3 | Die Verjährung beginnt neu mit: |
a | jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird; |
b | jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden; |
c | der Einreichung eines Erlassgesuches; |
d | der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens. |
4 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt. |

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden. |

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
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1 | Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
2 | Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör. |
3 | Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. |

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 29a Rechtsweggarantie - Jede Person hat bei Rechtsstreitigkeiten Anspruch auf Beurteilung durch eine richterliche Behörde. Bund und Kantone können durch Gesetz die richterliche Beurteilung in Ausnahmefällen ausschliessen. |
5.2. La période fiscale 2001 a fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt qui a été ouverte le 21 octobre 2011. Comme la contribuable n'a pas fourni les pièces requises par l'Administration cantonale malgré rappel et sommation, cette dernière a fixé d'office les éléments imposables pour établir le bordereau de rappel de l'impôt 2001, daté du 21 août 2013. La recourante a contesté la décision y afférente par réclamation du 23 septembre 2013. La décision sur réclamation est intervenue le 8 mai 2014 et la Cour de justice a statué sur le recours interjeté par la recourante à son encontre le 2 août 2017.
5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
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1 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
2 | Die Verjährung beginnt nicht oder steht still: |
a | während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens; |
b | solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist; |
c | solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben. |
3 | Die Verjährung beginnt neu mit: |
a | jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird; |
b | jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden; |
c | der Einreichung eines Erlassgesuches; |
d | der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens. |
4 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt. |
sont entrées en force avec effet au 8 mai 2014, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 16, 2e paragraphe). Le droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 n'était donc pas prescrit, car l'entrée en force était intervenue rétroactivement le 8 mai 2014, soit avant le délai de prescription de quinze ans échéant le 31 décembre 2016.
5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.
5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant la période fiscale 2001 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 16) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.
5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
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1 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
2 | Die Verjährung beginnt nicht oder steht still: |
a | während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens; |
b | solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist; |
c | solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben. |
3 | Die Verjährung beginnt neu mit: |
a | jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird; |
b | jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden; |
c | der Einreichung eines Erlassgesuches; |
d | der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens. |
4 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 120 Veranlagungsverjährung - 1 Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
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1 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, verjährt fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode. Vorbehalten bleiben die Artikel 152 und 184. |
2 | Die Verjährung beginnt nicht oder steht still: |
a | während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens; |
b | solange die Steuerforderung sichergestellt oder gestundet ist; |
c | solange weder der Steuerpflichtige noch der Mithaftende in der Schweiz steuerrechtlichen Wohnsitz oder Aufenthalt haben. |
3 | Die Verjährung beginnt neu mit: |
a | jeder auf Feststellung oder Geltendmachung der Steuerforderung gerichteten Amtshandlung, die einem Steuerpflichtigen oder Mithaftenden zur Kenntnis gebracht wird; |
b | jeder ausdrücklichen Anerkennung der Steuerforderung durch den Steuerpflichtigen oder den Mithaftenden; |
c | der Einreichung eines Erlassgesuches; |
d | der Einleitung einer Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung oder wegen Steuervergehens. |
4 | Das Recht, eine Steuer zu veranlagen, ist 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode auf jeden Fall verjährt. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
|
1 | Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
2 | Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens. |
3 | Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. |
Selon l'art. 152 al. 3

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
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1 | Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
2 | Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens. |
3 | Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. |
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 153 Verfahren - 1 Die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens wird dem Steuerpflichtigen schriftlich mitgeteilt. |
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1 | Die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens wird dem Steuerpflichtigen schriftlich mitgeteilt. |
1bis | Wenn bei Einleitung des Verfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird, noch hängig ist, noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.256 |
2 | Das Verfahren, das beim Tod des Steuerpflichtigen noch nicht eingeleitet oder noch nicht abgeschlossen ist, wird gegenüber den Erben eingeleitet oder fortgesetzt. |
3 | Im Übrigen sind die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren sinngemäss anwendbar. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 132 Voraussetzungen - 1 Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben. |
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1 | Gegen die Veranlagungsverfügung kann der Steuerpflichtige innert 30 Tagen nach Zustellung bei der Veranlagungsbehörde schriftlich Einsprache erheben. |
2 | Richtet sich die Einsprache gegen eine einlässlich begründete Veranlagungsverfügung, so kann sie mit Zustimmung des Einsprechers und der übrigen Antragsteller (Art. 103 Abs. 1 Bst. b und 104 Abs. 1) als Beschwerde an die kantonale Steuerrekurskommission weitergeleitet werden. |
3 | Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann der Steuerpflichtige nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
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1 | Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
2 | Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens. |
3 | Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. |
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force à titre rétroactif ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.
5.4.3. Ce qui précède conduit au constat que l'arrêt attaqué a violé l'art. 152 al. 3

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
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1 | Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
2 | Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens. |
3 | Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. |
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si la recourante a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
|
1 | Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
2 | Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. |
5.5. Pour les mêmes raisons, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017, comme le relève à juste titre la recourante dans sa réplique.
6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.
6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt: |
|
1 | Die Strafverfolgung verjährt: |
a | bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden; |
b | bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf: |
b1 | der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1), |
b2 | des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3). |
2 | Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt: |
|
1 | Die Strafverfolgung verjährt: |
a | bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden; |
b | bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf: |
b1 | der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1), |
b2 | des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3). |
2 | Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat. |
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1

SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937 StGB Art. 184 - Freiheitsberaubung und Entführung werden mit Freiheitsstrafe nicht unter einem Jahr bestraft, |

SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937 StGB Art. 333 - 1 Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen. |
|
1 | Die allgemeinen Bestimmungen dieses Gesetzes finden auf Taten, die in andern Bundesgesetzen mit Strafe bedroht sind, insoweit Anwendung, als diese Bundesgesetze nicht selbst Bestimmungen aufstellen. |
2 | In den anderen Bundesgesetzen werden ersetzt: |
a | Zuchthaus durch Freiheitsstrafe von mehr als einem Jahr; |
b | Gefängnis durch Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe; |
c | Gefängnis unter sechs Monaten durch Geldstrafe, wobei einem Monat Freiheitsstrafe 30 Tagessätze Geldstrafe zu höchstens 3000 Franken entsprechen. |
3 | Wird Haft oder Busse oder Busse allein als Höchststrafe angedroht, so liegt eine Übertretung vor. Die Artikel 106 und 107 sind anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974511 über das Verwaltungsstrafrecht. Eine Übertretung ist die Tat auch dann, wenn sie in einem anderen Bundesgesetz, welches vor 1942 in Kraft getreten ist, mit einer Gefängnisstrafe bedroht ist, die drei Monate nicht übersteigt. |
4 | Vorbehalten sind die von Absatz 2 abweichenden Strafdauern und Artikel 41 sowie die von Artikel 106 abweichenden Bussenbeträge. |
5 | Droht ein anderes Bundesgesetz für ein Verbrechen oder Vergehen Busse an, so ist Artikel 34 anwendbar. Von Artikel 34 abweichende Bemessungsregeln sind nicht anwendbar. Vorbehalten bleibt Artikel 8 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht. Ist die Busse auf eine Summe unter 1 080 000 Franken begrenzt, so fällt diese Begrenzung dahin. Ist die angedrohte Busse auf eine Summe über 1 080 000 Franken begrenzt, so wird diese Begrenzung beibehalten. In diesem Fall ergibt der bisher angedrohte Bussenhöchstbetrag geteilt durch 3000 die Höchstzahl der Tagessätze. |
6 | ...512 |
6bis | Wird eine Tat mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe mit einer Mindestanzahl Tagessätzen bedroht, so gilt diese Untergrenze auch für die Mindestanzahl Tage Freiheitsstrafe.513 |
7 | Die in andern Bundesgesetzen unter Strafe gestellten Übertretungen sind strafbar, auch wenn sie fahrlässig begangen werden, sofern nicht nach dem Sinne der Vorschrift nur die vorsätzliche Begehung mit Strafe bedroht ist. |
Selon l'art. 205f

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 205f Übergangsbestimmung zur Änderung vom 26. September 2014 - Für die Beurteilung von Straftaten, die in Steuerperioden vor Inkrafttreten der Änderung vom 26. September 2014 begangen wurden, ist das neue Recht anwendbar, sofern dieses milder ist als das in jenen Steuerperioden geltende Recht. |
6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 21 août 2013, soit plus de dix ans après la fin de la période fiscale 2002.
7.
Les périodes fiscales 2001 et 2002 sont ainsi prescrites tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. Restent seules litigieuses les périodes fiscales 2003 et 2004 et 2006 à 2009.
III.2 Griefs relatifs à l'existence de distributions dissimulées de bénéfice
8.
La recourante soutient que la Cour de justice a violé les art. 57

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
|
1 | Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
a | dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres; |
b | allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere: |
c | den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...138 |
2 | Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1. |
3 | Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen. |
8.1. L'impôt sur le bénéfice des personnes morales a pour objet le bénéfice net (art. 57

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
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1 | Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
a | dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres; |
b | allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere: |
c | den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...138 |
2 | Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1. |
3 | Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen. |
8.1.1. Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice si: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607).
8.1.2. Les dépenses qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial doivent être réintégrées au bénéfice imposable si elles ont été portées en déduction. Selon la jurisprudence, la justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (arrêt 2C 124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C 276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C 795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C 543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C 124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C 795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office),
constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C 795/2015 consid. 4.5 et 4.6).
8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C 927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).
8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a constaté que la recourante était liée par un contrat de bail avec B.________, à qui elle versait un loyer de 18'000 fr. par année, charges non comprises, pour une villa sise à C.________ qu'elle mettait à disposition de A.________, qui l'occupait comme logement depuis 1999. Le poste "loyer et charges" que la recourante avait comptabilisé comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, d'autres factures liées à l'utilisation de la villa, à savoir des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture. Selon les constatations de la Cour de justice qui lient le Tribunal fédéral, A.________ était un des actionnaires et l'unique administrateur de la recourante.
La Cour de justice a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée et qu'il incombait à la recourante de démontrer le contraire. Or, elle avait échoué à le faire. La recourante avait allégué en vain que la villa représentait son siège. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C.________. La recourante n'avait par ailleurs pas prouvé avoir conclu le contrat de bail auprès de B.________ dans le but d'y exercer son activité lucrative. Il ressortait des allégations de la recourante que A.________ utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de A.________ et ne pouvait pas justifier une déduction dans le chef de la recourante. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par la recourante, lequel avait été abaissé en conséquence. La recourante n'aurait d'ailleurs jamais mis
à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que la recourante soutenait que si A.________ n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide,et qu'elle aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.
8.3. La recourante soutient que ce raisonnement viole les art. 57

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
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1 | Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
a | dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres; |
b | allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere: |
c | den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...138 |
2 | Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1. |
3 | Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen. |
8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure au caractère commercialement justifié des charges déduites.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée dans les circonstances d'espèce. Les dépenses qu'une société anonyme encourt en payant le loyer ainsi qu'à tout le moins une partie des charges d'entretien du logement privé de son actionnaire et administrateur, qui l'occupe gratuitement, ne constitue a priori manifestement pas une dépense justifiée par l'usage commercial.
Les arguments développés par la recourante dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient la recourante, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la recourante se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence de A.________ lui aurait permis d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, la recourante échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que A.________ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la recourante des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, la recourante n'a pas démontré que le travail prétendument effectué à domicile par A.________ justifiait une prise en charge du loyer par la recourante.
Finalement, en tant que la recourante soutient qu'elle s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucune distribution dissimulée de bénéfice ne pourrait être retenue, elle perd de vue que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si la recourante a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec l'actionnaire/administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.
8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en niant le caractère justifié commercialement des charges litigieuses.
Les autres conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice sont au surplus réunies: la prestation de la recourante a été fournie à un actionnaire, et les organes de la recourante ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs de la recourante sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées.
9.
La recourante conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Elle soutient qu'elle n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. La recourante avait du reste toujours été transparente tant avec l'Administration fiscale qu'avec sa fiduciaire, car elle n'avait jamais caché que la villa était occupée par A.________. La production d'un rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B.________ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve de la recourante garanti à l'art. 29 al.2

SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
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1 | Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. |
2 | Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör. |
3 | Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. |
9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
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1 | Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an. |
2 | Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. |
9.2. Selon l'art. 181 al. 1

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 181 - 1 Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. |
|
1 | Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. |
2 | Werden im Geschäftsbereich einer juristischen Person Teilnahmehandlungen (Anstiftung, Gehilfenschaft, Mitwirkung) an Steuerhinterziehungen Dritter begangen, so ist Artikel 177 auf die juristische Person anwendbar. |
3 | Die Bestrafung der handelnden Organe oder Vertreter nach Artikel 177 bleibt vorbehalten. |
4 | Bei Körperschaften und Anstalten des ausländischen Rechts und bei ausländischen Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit gelten die Absätze 1-3 sinngemäss. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
|
1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
2 | Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. |
3 | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.275 |
4 | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.276 |
Aux termes de l'art. 175 al. 1

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
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1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
2 | Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. |
3 | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.275 |
4 | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.276 |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
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1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
2 | Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. |
3 | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.275 |
4 | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.276 |
9.3. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
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1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
2 | Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. |
3 | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.275 |
4 | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.276 |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 181 - 1 Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. |
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1 | Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. |
2 | Werden im Geschäftsbereich einer juristischen Person Teilnahmehandlungen (Anstiftung, Gehilfenschaft, Mitwirkung) an Steuerhinterziehungen Dritter begangen, so ist Artikel 177 auf die juristische Person anwendbar. |
3 | Die Bestrafung der handelnden Organe oder Vertreter nach Artikel 177 bleibt vorbehalten. |
4 | Bei Körperschaften und Anstalten des ausländischen Rechts und bei ausländischen Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit gelten die Absätze 1-3 sinngemäss. |
9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que l'administrateur de la recourante ne pouvait pas ignorer les avantages fiscaux, pour cette dernière, que représentaient le fait de passer en charges déductibles le loyer et des frais liés à l'entretien de la villa, alors que ces dépenses n'avaient pas de caractère commercial, la villa servant au logement privé de A.________. Ce dernier étant administrateur de la recourante, il ne pouvait pas ignorer que la jouissance de cette maison lui était accordée à titre gratuit. L'avantage accordé à A.________ est si manifeste qu'il ne pouvait procéder que d'une démarche intentionnelle. Quoi qu'en dise la recourante, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence de A.________ dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait que la recourante a diminué son bénéfice imposable en prenant à sa charge des dépenses privées de son administrateur et actionnaire. On ne voit au surplus pas que le fait qu'elle ait aussi été transparente avec sa fiduciaire jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la
soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
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1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
2 | Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. |
3 | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.275 |
4 | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.276 |
9.5. Au surplus, la recourante ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références).
IV. Impôt cantonal et communal
10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références citées).
11.
S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 53 - 1 Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden. |
|
1 | Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, so wird die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert. Wegen ungenügender Bewertung allein kann keine Nachsteuer erhoben werden. |
2 | Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
3 | Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. |
4 | Wenn bei Einleitung eines Nachsteuerverfahrens ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung weder eingeleitet wird noch hängig ist noch von vornherein ausgeschlossen werden kann, wird die steuerpflichtige Person auf die Möglichkeit der späteren Einleitung eines solchen Strafverfahrens aufmerksam gemacht.204 |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 152 Verwirkung - 1 Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
|
1 | Das Recht, ein Nachsteuerverfahren einzuleiten, erlischt zehn Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, für die eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist. |
2 | Die Eröffnung der Strafverfolgung wegen Steuerhinterziehung oder Steuervergehens gilt zugleich als Einleitung des Nachsteuerverfahrens. |
3 | Das Recht, die Nachsteuer festzusetzen, erlischt 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode, auf die sie sich bezieht. |
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 58 Verjährung der Strafverfolgung - 1 Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden. |
|
1 | Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden. |
2 | Die Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung verjährt zehn Jahre nach Ablauf: |
a | der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 56 Abs. 1); |
b | des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 56 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 56 Abs. 4). |
3 | Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 57bis Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 184 - 1 Die Strafverfolgung verjährt: |
|
1 | Die Strafverfolgung verjährt: |
a | bei Verletzung von Verfahrenspflichten drei Jahre und bei versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden; |
b | bei vollendeter Steuerhinterziehung zehn Jahre nach Ablauf: |
b1 | der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 175 Abs. 1), |
b2 | des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 175 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 178 Abs. 1-3). |
2 | Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 182 Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat. |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 72s |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 58 Verjährung der Strafverfolgung - 1 Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden. |
|
1 | Die Strafverfolgung wegen Verletzung von Verfahrenspflichten verjährt drei Jahre und diejenige wegen versuchter Steuerhinterziehung sechs Jahre nach dem rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens, in dem die Verfahrenspflichten verletzt oder die Steuern zu hinterziehen versucht wurden. |
2 | Die Strafverfolgung wegen vollendeter Steuerhinterziehung verjährt zehn Jahre nach Ablauf: |
a | der Steuerperiode, für welche die steuerpflichtige Person nicht oder unvollständig veranlagt wurde oder der Steuerabzug an der Quelle nicht gesetzmässig erfolgte (Art. 56 Abs. 1); |
b | des Kalenderjahres, in dem eine unrechtmässige Rückerstattung oder ein ungerechtfertigter Erlass erwirkt wurde (Art. 56 Abs. 1) oder Nachlasswerte im Inventarverfahren verheimlicht oder beiseitegeschafft wurden (Art. 56 Abs. 4). |
3 | Die Verjährung tritt nicht mehr ein, wenn die zuständige kantonale Behörde (Art. 57bis Abs. 1) vor Ablauf der Verjährungsfrist eine Verfügung erlassen hat. |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 78f Übergangsbestimmung zur Änderung vom 26. September 2014 - Für die Beurteilung von Straftaten, die in Steuerperioden vor Inkrafttreten der Änderung vom 26. September 2014 begangen wurden, ist das neue Recht anwendbar, sofern dieses milder ist als das in jenen Steuerperioden geltende Recht. |
12.
Concernant la reprise des charges dans le bénéfice de la recourante, l'art. 12 let. d de la loi sur l'imposition des personnes morales (LIPM, RSGE D 3 15), dans sa version en vigueur jusqu'au 30 mars 2016 applicable au cas d'espèce prévoit que les sommes qui sont prélevées, avant le calcul du bénéfice net, sur les résultats de l'exercice, pour couvrir les dépenses qui ne peuvent pas être considérées comme des frais d'exploitation sont considérés comme bénéfice net imposable. Cette disposition correspond matériellement à l'art. 24 let. a

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch: |
|
1 | Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch: |
a | der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand; |
b | die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne; |
c | die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a). |
2 | Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch: |
a | Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu: |
b | Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden; |
c | Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung. |
3 | Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden: |
a | bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person; |
b | bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen; |
c | beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen; |
d | bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.113 |
3bis | Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.114 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.115 |
3ter | Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.116 |
3quater | Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.117 118 |
3quinquies | Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.119 |
4 | Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss. |
4bis | Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.120 |
5 | Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen. |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
|
1 | Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus: |
a | dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres; |
b | allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere: |
c | den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...138 |
2 | Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1. |
3 | Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen. |
Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, les art. 69 al. 1 et 74 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que les art. 56

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 56 Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
|
1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
1bis | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Steuerbehörden bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.208 |
1ter | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 1bis auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.209 |
2 | Wer Steuern zu hinterziehen versucht, wird mit einer Busse bestraft, die zwei Drittel der bei vollendeter Begehung auszufällenden Busse beträgt. |
3 | Wer zu einer Steuerhinterziehung anstiftet, Hilfe leistet oder als Vertreter des Steuerpflichtigen vorsätzlich eine Steuerhinterziehung bewirkt oder an einer solchen mitwirkt, wird ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit des Steuerpflichtigen mit Busse bestraft und haftet solidarisch für die hinterzogene Steuer. Die Busse beträgt bis zu 10 000 Franken, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu 50 000 Franken. |
3bis | Zeigt sich eine Person nach Absatz 3 erstmals selbst an und sind die Voraussetzungen nach Absatz 1bis Buchstaben a und b erfüllt, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen und die Solidarhaftung entfällt.210 |
4 | Wer Nachlasswerte, zu deren Bekanntgabe er im Inventarverfahren verpflichtet ist, verheimlicht oder beiseite schafft, in der Absicht, sie der Inventaraufnahme zu entziehen, sowie |
5 | Zeigt sich eine Person nach Absatz 4 erstmals selbst an, so wird von einer Strafverfolgung wegen Verheimlichung oder Beiseiteschaffung von Nachlasswerten im Inventarverfahren und wegen allfälliger anderer in diesem Zusammenhang begangener Straftaten abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Widerhandlung keiner Steuerbehörde bekannt ist; und |
b | die Person die Verwaltung bei der Berichtigung des Inventars vorbehaltlos unterstützt.212 |

SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz StHG Art. 57 Besondere Fälle - 1 Werden zum Vorteil einer juristischen Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. Die handelnden Organe oder Vertreter können zudem nach Artikel 56 Absatz 3 bestraft werden. |
|
1 | Werden zum Vorteil einer juristischen Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. Die handelnden Organe oder Vertreter können zudem nach Artikel 56 Absatz 3 bestraft werden. |
2 | Werden im Geschäftsbereich einer juristischen Person Teilnahmehandlungen (Anstiftung, Gehilfenschaft, Mitwirkung) an Steuerhinterziehungen Dritter begangen, so ist Artikel 56 Absatz 3 auf die juristische Person anwendbar. |
3 | ...213 |
4 | Die steuerpflichtige Person, die in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe lebt, wird nur für die Hinterziehung ihrer eigenen Steuerfaktoren gebüsst. Vorbehalten bleibt Artikel 56 Absatz 3. Die Mitunterzeichnung der Steuererklärung stellt für sich allein keine Widerhandlung nach Artikel 56 Absatz 3 dar.214 |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
|
1 | Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, |
2 | Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden. |
3 | Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn: |
a | die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist; |
b | sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und |
c | sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.275 |
4 | Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.276 |

SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG) DBG Art. 181 - 1 Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. |
|
1 | Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst. |
2 | Werden im Geschäftsbereich einer juristischen Person Teilnahmehandlungen (Anstiftung, Gehilfenschaft, Mitwirkung) an Steuerhinterziehungen Dritter begangen, so ist Artikel 177 auf die juristische Person anwendbar. |
3 | Die Bestrafung der handelnden Organe oder Vertreter nach Artikel 177 bleibt vorbehalten. |
4 | Bei Körperschaften und Anstalten des ausländischen Rechts und bei ausländischen Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit gelten die Absätze 1-3 sinngemäss. |
V. Conséquences, ainsi que frais et dépens
13.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est périmé s'agissant des périodes fiscales 2001 et 2002 et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour la période fiscale 2002, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
14.
Comme la recourante obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, elle ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben. |
|
1 | Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben. |
2 | Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden. |
3 | Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht. |
4 | Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist. |
5 | Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben. |
|
1 | Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben. |
2 | Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden. |
3 | Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht. |
4 | Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist. |
5 | Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben. |
|
1 | Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben. |
2 | Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden. |
3 | Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht. |
4 | Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist. |
5 | Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
|
1 | Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
2 | Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen. |
3 | Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen. |
4 | Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar. |
5 | Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
|
1 | Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
2 | Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen. |
3 | Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen. |
4 | Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar. |
5 | Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
|
1 | Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
2 | Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen. |
3 | Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen. |
4 | Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar. |
5 | Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen. |
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
|
1 | Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind. |
2 | Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen. |
3 | Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen. |
4 | Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar. |
5 | Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen. |
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge de la recourante et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Zünd
La Greffière : Vuadens