Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
1C 348/2011

Arrêt du 15 mars 2012
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Fonjallaz, Président, Aemisegger et Merkli.
Greffière: Mme Mabillard.

Participants à la procédure
A.________ et B.________,
recourantes,

contre

Chemins de fer fédéraux SA (CFF), Service juridique infrastructures, avenue de la Gare 43, case postale 345, 1001 Lausanne,
République et canton de Genève,
tous les deux représentés par Me Bernard Ziegler, avocat,
intimés,

Office fédéral des transports, 3003 Berne.

Objet
Approbation de plans ferroviaires,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 15 juin 2011.

Faits:

A.
Le 6 mars 2006, le canton de Genève et les Chemins de fer fédéraux (ci-après: les CFF) ont requis de l'Office fédéral des transports (ci-après: l'OFT) l'approbation des plans de la nouvelle ligne ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (CEVA). Ce projet consiste en substance à construire une ligne de chemin de fer à double voie de 14 km environ entre la gare de Cornavin et la frontière franco-suisse, avec une nouvelle gare aux Eaux-Vives, quatre stations et plusieurs ouvrages d'art. Les CFF ont la qualité de maître d'ouvrage. Ce projet a été mis à l'enquête publique dans les communes concernées du 11 septembre au 10 octobre 2006 selon la procédure ordinaire d'approbation des plans prévue aux art. 18 ss

SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr) Lferr Art. 18 Principio - 1 Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1	Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1bis	È considerata modifica di un impianto ferroviario anche l'integrazione di costruzioni e impianti non ferroviari, purché l'impianto ferroviario continui a essere destinato prevalentemente alla costruzione o all'esercizio della ferrovia.104
2	L'autorità competente per l'approvazione dei piani è l'UFT.105
3	Con l'approvazione dei piani sono rilasciate tutte le autorizzazioni necessarie secondo il diritto federale.
4	Non è necessaria alcuna autorizzazione o piano del diritto cantonale. Va tenuto conto del diritto cantonale per quanto esso non limiti in modo sproporzionato l'adempimento dei compiti dell'impresa ferroviaria.
5	Per l'approvazione dei piani di progetti che incidono considerevolmente sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente, occorre di principio un piano settoriale secondo la legge federale del 22 giugno 1979106 sulla pianificazione del territorio.
6	Sono considerati impianti ferroviari anche le strutture di raccordo e gli impianti connessi con la costruzione e l'esercizio nonché le ubicazioni per il riciclaggio e il deposito di materiale di scavo o di detriti che sono in uno stretto rapporto spaziale e funzionale con l'impianto progettato.

de la loi fédérale sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Le projet a suscité plus de 1'700 oppositions.
Le 5 mai 2008, l'OFT a rendu une décision d'approbation des plans au sens des art. 18 ss

SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr) Lferr Art. 18 Principio - 1 Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1	Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1bis	È considerata modifica di un impianto ferroviario anche l'integrazione di costruzioni e impianti non ferroviari, purché l'impianto ferroviario continui a essere destinato prevalentemente alla costruzione o all'esercizio della ferrovia.104
2	L'autorità competente per l'approvazione dei piani è l'UFT.105
3	Con l'approvazione dei piani sono rilasciate tutte le autorizzazioni necessarie secondo il diritto federale.
4	Non è necessaria alcuna autorizzazione o piano del diritto cantonale. Va tenuto conto del diritto cantonale per quanto esso non limiti in modo sproporzionato l'adempimento dei compiti dell'impresa ferroviaria.
5	Per l'approvazione dei piani di progetti che incidono considerevolmente sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente, occorre di principio un piano settoriale secondo la legge federale del 22 giugno 1979106 sulla pianificazione del territorio.
6	Sono considerati impianti ferroviari anche le strutture di raccordo e gli impianti connessi con la costruzione e l'esercizio nonché le ubicazioni per il riciclaggio e il deposito di materiale di scavo o di detriti che sono in uno stretto rapporto spaziale e funzionale con l'impianto progettato.

LCdF pour la construction de la liaison ferroviaire CEVA et a déclaré irrecevables, rejeté ou partiellement admis les oppositions suscitées par le projet. Cette décision accorde aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier et prescrit que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation. L'OFT a également accordé diverses dérogations et octroyé les autorisations découlant de l'application du droit fédéral. Enfin, la décision d'approbation des plans est assortie de très nombreuses charges, dont certaines exigent la production de documents (études, projets de détail, etc.) à l'OFT, pour approbation ou pour information, dans des délais de six à douze mois avant le début des travaux.

B.
De nombreux opposants, parmi lesquels figurent A.________ et B.________, ont recouru contre la décision de l'OFT auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après: le TAF).
Les prénommées sont propriétaires de la parcelle 1945 de Genève-Plainpalais, sise au Chemin des Crêts-de-Champel 8, à hauteur des km 68.393 et 68.950 du projet. Le tracé passe directement sous leur fonds et même sous l'un des immeubles qui y est érigé, et qu'elles occupent. Le projet comporte une expropriation définitive de 4'203 m2 et une occupation temporaire de 1'028 m2. Une servitude personnelle de superficie pour un tunnel ferroviaire, une servitude personnelle d'interdiction de bâtir et une servitude personnelle de tolérance d'exploitation ferroviaire sont également prévues. La parcelle fait au surplus l'objet d'une autorisation de défrichement définitif de 310 m2 et de défrichement temporaire de 1'600 m2.
Par arrêt du 15 juin 2011, le TAF a rejeté le recours de A.________ et B.________ dans la mesure de sa recevabilité.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les prénommées demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du TAF du 15 juin 2011. Elles se plaignent pour l'essentiel d'une violation du droit fédéral et de la garantie de la propriété. Elles invoquent également l'art. 29 al. 1

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.

Cst. relatif aux garanties générales de procédure.
Le TAF et les intimés concluent au rejet du recours. L'OFT renvoie à sa décision d'approbation des plans du 5 mai 2008 et renonce à se prononcer sur la présente cause. L'Office fédéral de l'environnement estime que l'arrêt litigieux est conforme au droit fédéral de l'environnement.
Par ordonnance du 22 septembre 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a admis les requêtes d'effet suspensif contenues dans les recours dirigés contre l'arrêt du TAF en ce sens qu'aucuns travaux de gros oeuvre du tunnel de Champel ne pouvaient être exécutés avant la décision finale du Tribunal fédéral.
Les recourantes ont réagi à l'ordonnance précitée par courrier du 17 octobre 2011. Le 28 octobre 2011, elles ont déposé une nouvelle requête d'effet suspensif, complétée le 20 novembre 2011.
Par ordonnance du 30 novembre 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la nouvelle requête d'effet suspensif des recourantes en ce sens qu'aucun abattage d'arbres ne pourra être effectuée sur leur parcelle avant la décision finale du Tribunal fédéral.
Dans leur réplique du 24 janvier 2012, les recourantes ont maintenu leurs conclusions.

Considérant en droit:

1.
1.1 Dirigé contre une décision finale (art. 90

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.

LTF) émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1	Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a	del Tribunale amministrativo federale;
b	del Tribunale penale federale;
c	dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d	delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2	I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3	Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.

LTF) et rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a	contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b	contro gli atti normativi cantonali;
c	concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.

LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a	contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b	contro gli atti normativi cantonali;
c	concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.

LTF, aucune exception de l'art. 83

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a	le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b	le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c	le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1	l'entrata in Svizzera,
c2	i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3	l'ammissione provvisoria,
c4	l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5	le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6	la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d	le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1	dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2	da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e	le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f	le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis	le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200964 sul trasporto di viaggiatori;
f1	non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2	il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201962 sugli appalti pubblici;
g	le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h	le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i	le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j	le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k	le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l	le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m	le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n	le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1	l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2	l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3	i nulla osta;
o	le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p	le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:69
p1	concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2	controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199770 sulle telecomunicazioni;
p3	controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201072 sulle poste;
q	le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1	l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2	l'attribuzione di organi;
r	le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3473 della legge del 17 giugno 200574 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s	le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1	...
s2	la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t	le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u	le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201578 sull'infrastruttura finanziaria);
v	le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w	le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x	le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201682 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y	le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z	le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201685 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.

LTF n'étant réalisée.
Les recourantes ont pris part à la procédure devant le TAF. Elles sont particulièrement touchées par la décision attaquée, laquelle confirme l'approbation des plans du CEVA dont le tracé passe directement sous leur parcelle et qui implique l'expropriation d'une partie de leur fonds, la création de diverses servitudes personnelles et un défrichement définitif et temporaire de leur forêt. Elles ont donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1	Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a	ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b	è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c	ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2	Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a	la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b	in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c	i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d	le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3	In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.

LTF.
Il convient donc d'entrer en matière, sous les réserves qui suivent.

1.2 Selon l'art. 100 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1	Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2	Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a	delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b	nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c	in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198091 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198092 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d	del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195494 sui brevetti.
3	Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a	delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b	dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4	Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5	Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6	...95
7	Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.

LTF, le recours doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision attaquée. L'art. 42 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1	Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1bis	Se un procedimento in materia civile si è svolto in inglese dinanzi all'autorità inferiore, gli atti scritti possono essere redatti in tale lingua.14
2	Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.15 16
3	Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4	In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201617 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a	il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b	le modalità di trasmissione;
c	le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.18
5	Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6	Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7	Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.

LTF prévoit que le mémoire de recours doit notamment contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci. Seul l'art. 43

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 43 Memoria integrativa - Il Tribunale federale accorda alla parte che ne abbia fatto richiesta nel ricorso un congruo termine per completarne la motivazione se:
a	ritiene ammissibile un ricorso interposto in materia di assistenza giudiziaria internazionale;
b	l'estensione straordinaria o la particolare difficoltà della causa lo richiede.

LTF permet au Tribunal fédéral, à certaines conditions, d'accorder au recourant un délai approprié pour compléter la motivation de son recours, et ce en matière d'entraide pénale internationale uniquement.
Dans leurs écritures des 28 octobre et 20 novembre 2011, les recourantes développent de nouveaux griefs qui n'ont pas été soulevés dans leur mémoire de recours (disparition sur les plans d'un point de limite au km 68.393 et ajout d'une tranchée couverte rive droite qui n'aurait fait l'objet d'aucune procédure d'approbation des plans). Elles ne sont toutefois pas légitimées à compléter la motivation de leur mémoire après l'échéance du délai de recours. Partant, ces critiques, tardives, sont irrecevables.

1.3 Aux termes de l'art. 42 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1	Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1bis	Se un procedimento in materia civile si è svolto in inglese dinanzi all'autorità inferiore, gli atti scritti possono essere redatti in tale lingua.14
2	Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.15 16
3	Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4	In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201617 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a	il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b	le modalità di trasmissione;
c	le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.18
5	Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6	Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7	Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.

LTF, le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1	Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1bis	Se un procedimento in materia civile si è svolto in inglese dinanzi all'autorità inferiore, gli atti scritti possono essere redatti in tale lingua.14
2	Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.15 16
3	Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4	In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201617 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a	il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b	le modalità di trasmissione;
c	le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.18
5	Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6	Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7	Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.

LTF). Pour satisfaire à cette obligation de motiver, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il n'est pas indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales ou qu'il désigne expressément les principes de droit qui auraient été violés; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité précédente (cf. ATF 121 III 397 consid. 2a p. 400; 116 II 745 consid. 3 p. 748 s. et les arrêts cités). Autrement dit, le Tribunal fédéral, qui applique le droit d'office (art. 106 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1	Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2	Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.

LTF), n'examine cependant que les griefs invoqués, pour autant que les vices juridiques ne soient pas manifestes. Il n'est en effet pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui.
Dans leur mémoire, les recourantes expriment leur opposition au projet et leur désaccord avec les conclusions du TAF, sans toutefois expliquer clairement en quoi l'arrêt attaqué ne serait pas conforme au droit fédéral et aux dispositions légales qu'elles invoquent. L'argumentation développée est plutôt confuse et il n'est pas toujours évident de déceler quels sont les vices soulevés. La question de la recevabilité du recours sous l'angle de la motivation peut toutefois rester indécise puisque celui-ci doit de toute façon être rejeté au fond.

1.4 Par ailleurs, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1	Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2	Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3	Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.97

LTF). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.

Cst. (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 304 consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a	del diritto federale;
b	del diritto internazionale;
c	dei diritti costituzionali cantonali;
d	delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e	del diritto intercantonale.

LTF (art. 105 al. 2

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1	Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2	Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3	Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.97

LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1	Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2	Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.88

LTF). S'il entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1	Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2	Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3	Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.97

LTF sont réalisées.
En début de mémoire, les recourantes présentent leur propre version des faits et résument l'historique du projet du CEVA en relation avec leur parcelle. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits constatés dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable, le Tribunal fédéral n'étant pas une instance d'appel (ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322).

2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourantes se plaignent d'une violation de l'art. 29 al. 1

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.

Cst. Elles font valoir que, lors de la visite sur place organisée par le TAF le 15 mars 2011, les membres du tribunal sont arrivés dans un car réservé pour l'occasion, accompagnés de plusieurs représentants de la partie intimée, à savoir des CFF et de l'Etat de Genève. Les juges auraient ainsi pu être influencés en faveur du projet CEVA et la cause n'aurait par conséquent pas été jugée équitablement.

2.1 L'art. 29 al. 1

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.

Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement. Selon la jurisprudence, ce droit permet notamment d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée. La récusation peut s'imposer même si une prévention effective du membre de l'autorité visée n'est pas établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Cependant, seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d'une des personnes impliquées ne sont pas décisives (ATF 133 I 1 consid. 6.2 p. 6; 131 I 24 consid. 1.1 p. 25 et les arrêts cités).
Le grief tiré de la prévention du juge doit être soulevé aussitôt que possible, à défaut de quoi le plaideur est réputé avoir tacitement renoncé à s'en prévaloir. Celui qui omet de dénoncer immédiatement un tel vice et laisse la procédure se dérouler sans intervenir, agit contrairement à la bonne foi et voit se périmer son droit de se plaindre ultérieurement de la violation qu'il allègue (cf. ATF 132 II 485 consid. 4.3 p. 496; 124 I 121 consid. 2 p. 122 s.; 119 Ia 221 consid. 5a p. 227 s.). Une partie ne saurait en effet attendre l'issue de la procédure, par hypothèse défavorable, pour dénoncer un tel vice de procédure.

2.2 En l'espèce, l'inspection locale critiquée a eu lieu le 15 mars 2011. Bien qu'elles aient eu la possibilité de le faire avant le prononcé de l'arrêt litigieux, rendu le 15 juin 2011, à aucun moment les recourantes n'ont contesté la procédure suivie et n'ont demandé la récusation des juges qu'elles accusent de prévention. Tardif, leur grief est dès lors irrecevable sur ce point.

2.3 Dans le cadre du grief de la prévention des juges du TAF, les recourantes allèguent encore qu'une photographie du jardin, réalisée par le TAF lors de l'inspection locale, montrant un représentant des CFF "placé - volontairement - à un endroit très erroné dans le pré", ne présenterait qu'une surface très réduite de l'emprise du chantier et donnerait donc des indications trompeuses. Par ailleurs, le TAF s'est abstenu de se déplacer au pied de la falaise de Champel, alors que cette visite lui aurait permis de constater l'ampleur de la forêt menacée d'abattage. Il est douteux que ces considérations relèvent de l'art. 29 al. 1

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.

Cst. et que le grief ait été soulevé en temps utile. Quoi qu'il en soit, les circonstances invoquées ne permettent nullement de faire naître un doute sur l'impartialité des juges et il ressort du dossier que ceux-ci ont rendu leur arrêt en se fondant sur de nombreux plans et photographies du projet litigieux et des parcelles concernées. L'on ne saurait dès lors retenir, comme le soutiennent les recourantes sur la base des éléments précités, que le TAF avait une méconnaissance totale du dossier. Mal fondées, les critiques des intéressées doivent donc être rejetées dans la mesure où elles sont recevables.

3.
Les recourantes allèguent une violation de la loi fédérale du 18 juin 1999 sur la coordination et la simplification des procédures de décision (ci-après: la LCoord; RO 1999 3071) et de l'art. 18 al. 2

SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr) Lferr Art. 18 Principio - 1 Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1	Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1bis	È considerata modifica di un impianto ferroviario anche l'integrazione di costruzioni e impianti non ferroviari, purché l'impianto ferroviario continui a essere destinato prevalentemente alla costruzione o all'esercizio della ferrovia.104
2	L'autorità competente per l'approvazione dei piani è l'UFT.105
3	Con l'approvazione dei piani sono rilasciate tutte le autorizzazioni necessarie secondo il diritto federale.
4	Non è necessaria alcuna autorizzazione o piano del diritto cantonale. Va tenuto conto del diritto cantonale per quanto esso non limiti in modo sproporzionato l'adempimento dei compiti dell'impresa ferroviaria.
5	Per l'approvazione dei piani di progetti che incidono considerevolmente sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente, occorre di principio un piano settoriale secondo la legge federale del 22 giugno 1979106 sulla pianificazione del territorio.
6	Sono considerati impianti ferroviari anche le strutture di raccordo e gli impianti connessi con la costruzione e l'esercizio nonché le ubicazioni per il riciclaggio e il deposito di materiale di scavo o di detriti che sono in uno stretto rapporto spaziale e funzionale con l'impianto progettato.

LCdF, lesquels préconiseraient que l'autorité d'approbation examine et tranche tous les aspects d'un projet. Elles soutiennent que, selon l'arrêt attaqué, l'OFT pourra modifier sa décision, ce qui implique que les expropriations définitives, les occupations provisoires et les servitudes, actuellement connues, ne sont pas figées et que l'impact quant à leur propriété pourrait encore être aggravé. Par ailleurs, les CFF leur auraient annoncé qu'un empiètement plus grand serait nécessaire pour le chantier installé dans leur jardin. Enfin, des quatre scénarios envisagés "dans la falaise", le plus dommageable aurait été retenu par les intimés et il serait contraire aux dispositions précitées que l'OFT se contente de futurs plans de détail, non soumis à l'ensemble de la population, alors que tous les habitants de Carouge, situés en contrebas, seraient concernés.
Les recourantes croient à tort que l'OFT pourra modifier sa décision en tant qu'elle concerne les expropriations définitives, les occupations provisoires et les servitudes. En effet, la réserve contenue au ch. 3 du dispositif de la décision du 5 mai 2008, qui prévoit que l'OFT "se réserve expressément le droit de modifier la présente décision en fonction du résultat de l'examen des projets de détail ordonnés dans la présente décision d'approbation des plans", ne se rapporte qu'aux charges par lesquelles des plans de détails ont été exigés et non pas à tous les points de la décision (cf. arrêt attaqué consid. 5.2). Ensuite, s'agissant de l'empiètement nécessité par le chantier, il ne ressort pas des faits retenus par l'arrêt attaqué qu'un empiètement plus grand serait nécessaire sur leur terrain. Au contraire, les juges du TAF ont rappelé que la surface de la zone d'emprise provisoire a été fixée à 1'028 m2 et que seules pourront être expropriées les surfaces indiquées sur les plans approuvés (cf. arrêt attaqué consid. 31.6.1.1). Enfin, les recourantes n'indiquent pas sur quoi elles se fondent pour affirmer que le scénario le plus dommageable aurait été retenu par les CFF. Elles n'expliquent pas non plus pourquoi l'élaboration de
plans de détail serait contraire au droit fédéral, ce qui n'est de toute façon manifestement pas le cas, comme l'a pertinemment rapporté le TAF au consid. 12.3 de son arrêt. Les plans de détail seront donc soumis aux personnes intéressées, lesquelles pourront faire opposition en temps utile (cf. art. 18i al. 3

SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr) Lferr Art. 18i Procedura semplificata - 1 La procedura semplificata di approvazione dei piani è applicata a:
1	La procedura semplificata di approvazione dei piani è applicata a:
a	progetti di costruzioni e impianti limitati localmente e che concernono pochi interessati chiaramente individuabili;
b	impianti ferroviari la cui modifica o trasformazione della destinazione non alterano in maniera sostanziale l'aspetto esterno, non ledono interessi degni di protezione di terzi e hanno soltanto ripercussioni insignificanti sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente;
c	impianti ferroviari che sono rimossi entro tre anni al più tardi.
2	Ai piani particolareggiati che si basano su un progetto già approvato si applica la procedura semplificata.
3	L'autorità competente per l'approvazione dei piani può ordinare il picchettamento. La domanda non è né pubblicata né depositata pubblicamente. L'autorità competente per l'approvazione dei piani sottopone il progetto agli interessati, sempreché non abbiano dato precedentemente il loro consenso per scritto; questi possono fare opposizione entro 30 giorni. L'autorità competente per l'approvazione dei piani può chiedere un parere a Cantoni e Comuni. Impartisce un termine adeguato a tal fine.
4	Per il rimanente si applicano le disposizioni sulla procedura ordinaria. In caso di dubbio è eseguita la procedura ordinaria.

LCdF). Le présent grief est dès lors entièrement mal fondé et doit être rejeté.

4.
Invoquant l'art. 18

SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr) Lferr Art. 18 Principio - 1 Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1	Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1bis	È considerata modifica di un impianto ferroviario anche l'integrazione di costruzioni e impianti non ferroviari, purché l'impianto ferroviario continui a essere destinato prevalentemente alla costruzione o all'esercizio della ferrovia.104
2	L'autorità competente per l'approvazione dei piani è l'UFT.105
3	Con l'approvazione dei piani sono rilasciate tutte le autorizzazioni necessarie secondo il diritto federale.
4	Non è necessaria alcuna autorizzazione o piano del diritto cantonale. Va tenuto conto del diritto cantonale per quanto esso non limiti in modo sproporzionato l'adempimento dei compiti dell'impresa ferroviaria.
5	Per l'approvazione dei piani di progetti che incidono considerevolmente sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente, occorre di principio un piano settoriale secondo la legge federale del 22 giugno 1979106 sulla pianificazione del territorio.
6	Sono considerati impianti ferroviari anche le strutture di raccordo e gli impianti connessi con la costruzione e l'esercizio nonché le ubicazioni per il riciclaggio e il deposito di materiale di scavo o di detriti che sono in uno stretto rapporto spaziale e funzionale con l'impianto progettato.

LCdF, les recourantes estiment que l'OFT s'est basé sur des plans contradictoires pour prendre sa décision du 5 mai 2008 et que, contrairement à ce qu'affirme le TAF, le plan de piquetage ne correspond dès lors pas aux emprises prévues.
Les intéressées font valoir que les chiffres et les plans des CFF sont contradictoires et fantaisistes, en particulier concernant l'assiette de la servitude souterraine. Elles exposent que selon le plan déposé le 23 mars 2006, l'assiette de la servitude souterraine est de 4'524 m2 alors que le plan du 2 mai 2006 indique 3'325 m2, ce qui ferait une différence de 1'200 m2. Le TAF a retenu une surface de 3'325 m2 (cf. arrêt attaqué consid. 31.6.1.1). Dans leur réponse du 19 septembre 2011, les intimés expliquent de manière convainquante que le plan du 23 mars 2006 concernait l'ensemble de la parcelle n° 1945 dans son état actuel, alors que le plan du 2 mai 2006 représentait la servitude après l'expropriation; la différence de 1'199 m2 était dès lors comprise dans l'emprise définitive qui aura lieu sur cette parcelle. Les recourantes affirment dès lors en vain que l'arrêt attaqué se fonde sur des plans contradictoires. Quant au piquetage, elles ne montrent pas concrètement en quoi il aurait été défectueux et les aurait empêchées de se défendre convenablement, pas plus qu'elles ne disent en quoi l'arrêt attaqué serait contraire au droit fédéral, en particulier à l'art. 18

SR 742.101 Legge federale del 20 dicembre 1957 sulle ferrovie (Lferr) Lferr Art. 18 Principio - 1 Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1	Le costruzioni e gli impianti destinati esclusivamente o prevalentemente alla costruzione e all'esercizio di una ferrovia (impianti ferroviari) possono essere costruiti o modificati unicamente previa approvazione dei piani da parte dell'autorità competente.
1bis	È considerata modifica di un impianto ferroviario anche l'integrazione di costruzioni e impianti non ferroviari, purché l'impianto ferroviario continui a essere destinato prevalentemente alla costruzione o all'esercizio della ferrovia.104
2	L'autorità competente per l'approvazione dei piani è l'UFT.105
3	Con l'approvazione dei piani sono rilasciate tutte le autorizzazioni necessarie secondo il diritto federale.
4	Non è necessaria alcuna autorizzazione o piano del diritto cantonale. Va tenuto conto del diritto cantonale per quanto esso non limiti in modo sproporzionato l'adempimento dei compiti dell'impresa ferroviaria.
5	Per l'approvazione dei piani di progetti che incidono considerevolmente sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente, occorre di principio un piano settoriale secondo la legge federale del 22 giugno 1979106 sulla pianificazione del territorio.
6	Sono considerati impianti ferroviari anche le strutture di raccordo e gli impianti connessi con la costruzione e l'esercizio nonché le ubicazioni per il riciclaggio e il deposito di materiale di scavo o di detriti che sono in uno stretto rapporto spaziale e funzionale con l'impianto progettato.

LCdF, sur ce point. Quoi qu'il en soit, le TAF a rappelé à juste
titre que seuls les plans dûment approuvés font foi et ont force contraignante dès lors que le piquetage, effectué avant même la mise à l'enquête, est par définition une mesure éphémère (cf. consid. 10.1 de l'arrêt attaqué). Au surplus, même un piquetage défectueux, voire absent, n'entraîne pas ipso facto l'invalidation de la mise à l'enquête et consécutivement de la procédure d'approbation des plans (cf. arrêt 1C 518/2010 du 22 mars 2011 consid. 3.3 et les références). L'on ne décèle dès lors pas de violation du droit fédéral en l'espèce.

5.
Les recourantes se prévalent de la garantie de la propriété. Elles contestent le principe de l'expropriation, en déniant un intérêt public au projet litigieux, ainsi que la proportionnalité de la mesure.
Au consid. 8.3.1 de son arrêt, le TAF reproduit la motivation de l'OFT, selon lequel le projet litigieux a pour but d'assurer le transfert des déplacements motorisés individuels sur les transports publics, d'améliorer la qualité de l'air dans l'agglomération genevoise, d'augmenter la capacité d'accueil de l'agglomération aux heures de pointe, de drainer, par le biais des connexions avec les transports publics existants, un large périmètre d'un million d'habitants du bassin transfrontalier franco-valdo-genevois, d'assurer un accès aisé à plusieurs pôles d'importance cantonale en matière d'emploi et d'habitation et de réduire les temps de parcours en ville par rapport au trafic motorisé. Il ne fait dès lors pas de doute que le CEVA répond à un intérêt public. Que le projet nécessite dix années de chantier et que la ligne puisse également servir à un trafic de marchandise, comme le soutiennent les recourantes, ne saurait affecter son but d'intérêt public. Par ailleurs, les intéressées affirment que la ligne serait déjà considérée comme déficitaire par les CFF, sans prouver ce fait, au demeurant démenti par les intimés, et sans que celui-ci ne ressorte de l'arrêt attaqué. Il n'y a dès lors pas lieu d'en tenir compte pour apprécier
l'intérêt public du projet et le bien-fondé de l'expropriation.
Ensuite, les recourantes considèrent que l'expropriation, les surfaces expropriées et les servitudes découlant du projet ne respectent pas le principe de la proportionnalité. Elles ne développent toutefois pas ce grief, n'expliquent pas en quoi ce principe serait violé et ne critiquent pas l'arrêt attaqué sur ce point. Elles se contentent d'affirmer que ces surfaces "risquent d'être encore moins proportionnées", si les CFF restent autorisés à fournir par la suite de nouveaux plans de détail, impliquant de nouvelles surfaces à exproprier. Or, les craintes des recourantes ne sont pas fondées puisque, comme il a été relevé au consid. 3 ci-dessus, l'OFT ne pourra pas modifier sa décision sur ces questions et seules pourront être expropriées les surfaces indiquées sur les plans approuvés. Les recourantes allèguent également en vain que la construction du tunnel poserait de graves problèmes techniques et que la destruction irrémédiable du site ne serait plus du tout proportionnée si l'ouvrage n'était finalement pas réalisable. En effet, rien dans le dossier n'indique que leur terrain serait impropre au percement d'un tunnel, lequel nécessitera par ailleurs des travaux qui seront de nature à stabiliser la falaise et diminueront le risque
craint par les recourantes (cf. consid. 23.7 de l'arrêt attaqué). Les maîtres d'ouvrage se sont du reste engagés à prendre toutes les précautions possibles lors de l'exécution du gros oeuvre et seront prêts à adapter les méthodes de construction au fur et à mesure de l'avancement des travaux et en fonction des caractéristiques rencontrées (cf. consid. 23.3 de l'arrêt attaqué).
Au vu de ce qui précède, le TAF pouvait, sans violer la garantie de la propriété des recourantes, considérer que les mesures d'expropriation et les servitudes nécessitées par le CEVA répondaient à un intérêt public et qu'elles étaient conformes au principe de la proportionnalité.

6.
Les recourantes dénoncent une violation de l'art. 25

SR 814.01 Legge federale del 7 ottobre 1983 sulla protezione dell'ambiente (Legge sulla protezione dell'ambiente, LPAmb) - Legge sulla protezione dell'ambiente LPAmb Art. 25 Costruzione di impianti fissi - 1 La costruzione di impianti fissi è autorizzata solo se le immissioni foniche da essi prodotte non superano da sole i valori di pianificazione nelle vicinanze; l'autorità che rilascia i permessi può esigere una valutazione preventiva del rumore.
1	La costruzione di impianti fissi è autorizzata solo se le immissioni foniche da essi prodotte non superano da sole i valori di pianificazione nelle vicinanze; l'autorità che rilascia i permessi può esigere una valutazione preventiva del rumore.
2	Se l'impianto è d'interesse pubblico preponderante, in particolare dal profilo della pianificazione del territorio, e se l'osservanza dei valori di pianificazione costituisce un onere sproporzionato per la realizzazione del progetto, possono essere accordate facilitazioni.37 In tal caso, riservato il capoverso 3, i valori limite delle immissioni non devono però essere superati.
3	Se, nella costruzione di nuove strade, aeroporti, impianti ferroviari o altri impianti fissi pubblici o concessionati, i valori limite delle immissioni non possono essere rispettati mediante misure alla fonte, gli edifici esposti al rumore devono essere protetti con finestre insonorizzate o analoghe misure edili a spese del proprietario dell'impianto.

de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01). Elles se plaignent du bruit "aérien" produit par les passages de train sur le pont de l'Arve qui, contrairement à ce qu'auraient affirmé les CFF, ne sera pas couvert. Leur immeuble étant situé sur les hauts de la falaise, tous les bruits produits en contrebas leur parviendraient donc nécessairement, et amplifiés.
L'art. 25 al. 1

SR 814.01 Legge federale del 7 ottobre 1983 sulla protezione dell'ambiente (Legge sulla protezione dell'ambiente, LPAmb) - Legge sulla protezione dell'ambiente LPAmb Art. 25 Costruzione di impianti fissi - 1 La costruzione di impianti fissi è autorizzata solo se le immissioni foniche da essi prodotte non superano da sole i valori di pianificazione nelle vicinanze; l'autorità che rilascia i permessi può esigere una valutazione preventiva del rumore.
1	La costruzione di impianti fissi è autorizzata solo se le immissioni foniche da essi prodotte non superano da sole i valori di pianificazione nelle vicinanze; l'autorità che rilascia i permessi può esigere una valutazione preventiva del rumore.
2	Se l'impianto è d'interesse pubblico preponderante, in particolare dal profilo della pianificazione del territorio, e se l'osservanza dei valori di pianificazione costituisce un onere sproporzionato per la realizzazione del progetto, possono essere accordate facilitazioni.37 In tal caso, riservato il capoverso 3, i valori limite delle immissioni non devono però essere superati.
3	Se, nella costruzione di nuove strade, aeroporti, impianti ferroviari o altri impianti fissi pubblici o concessionati, i valori limite delle immissioni non possono essere rispettati mediante misure alla fonte, gli edifici esposti al rumore devono essere protetti con finestre insonorizzate o analoghe misure edili a spese del proprietario dell'impianto.

LPE dispose que de nouvelles installations fixes ne peuvent être construites que si les immissions causées par le bruit de ces seules installations ne dépassent pas les valeurs de planification dans le voisinage. Or, les recourantes ne prétendent pas que les valeurs de planification prévues par l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41) ne seraient pas respectées; elles ne critiquent pas non plus l'arrêt attaqué qui les avait déboutées sur ce point. Il est dès lors fort douteux que la motivation de leur grief réponde aux réquisits de l'art. 42 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1	Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1bis	Se un procedimento in materia civile si è svolto in inglese dinanzi all'autorità inferiore, gli atti scritti possono essere redatti in tale lingua.14
2	Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.15 16
3	Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4	In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201617 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a	il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b	le modalità di trasmissione;
c	le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.18
5	Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6	Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7	Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.

et 2

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1	Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1bis	Se un procedimento in materia civile si è svolto in inglese dinanzi all'autorità inferiore, gli atti scritti possono essere redatti in tale lingua.14
2	Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.15 16
3	Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4	In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201617 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a	il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b	le modalità di trasmissione;
c	le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.18
5	Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6	Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7	Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.

LTF et soit recevable. Quoi qu'il en soit, les considérations du TAF apparaissent conformes au droit fédéral et doivent être confirmées. Les juges ont en effet relevé, au consid. 24.2.3 de leur arrêt, que la propriété des recourantes se situait en zone de degré de sensibilité II (DS II). Les valeurs de planification pertinentes de l'OPB étaient donc de 55 dB(A) le jour et de 45 dB(A) la nuit. L'EIE exposait qu'une rapide modélisation montrait que les niveaux d'immission en façade des bâtiments les plus proches seront sensiblement inférieurs aux valeurs de planification du DS II. L'Office fédéral de l'environnement n'a émis
aucune critique concernant cette évaluation et l'un de ses représentants a confirmé cette position lors de la vision locale, expliquant par ailleurs que la falaise elle-même ferait obstacle à toute propagation de bruit dès lors que l'immeuble des recourantes était situé en retrait et non pas directement au bord de ladite falaise. Partant, c'est à juste titre que les juges précédents ont considéré que l'art. 25

SR 814.01 Legge federale del 7 ottobre 1983 sulla protezione dell'ambiente (Legge sulla protezione dell'ambiente, LPAmb) - Legge sulla protezione dell'ambiente LPAmb Art. 25 Costruzione di impianti fissi - 1 La costruzione di impianti fissi è autorizzata solo se le immissioni foniche da essi prodotte non superano da sole i valori di pianificazione nelle vicinanze; l'autorità che rilascia i permessi può esigere una valutazione preventiva del rumore.
1	La costruzione di impianti fissi è autorizzata solo se le immissioni foniche da essi prodotte non superano da sole i valori di pianificazione nelle vicinanze; l'autorità che rilascia i permessi può esigere una valutazione preventiva del rumore.
2	Se l'impianto è d'interesse pubblico preponderante, in particolare dal profilo della pianificazione del territorio, e se l'osservanza dei valori di pianificazione costituisce un onere sproporzionato per la realizzazione del progetto, possono essere accordate facilitazioni.37 In tal caso, riservato il capoverso 3, i valori limite delle immissioni non devono però essere superati.
3	Se, nella costruzione di nuove strade, aeroporti, impianti ferroviari o altri impianti fissi pubblici o concessionati, i valori limite delle immissioni non possono essere rispettati mediante misure alla fonte, gli edifici esposti al rumore devono essere protetti con finestre insonorizzate o analoghe misure edili a spese del proprietario dell'impianto.

LPE était respecté en l'espèce.

7.
Dans un dernier grief, les recourantes se plaignent d'une violation de l'art. 44 al. 1

SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999 Cost. Art. 44 Principi - 1 La Confederazione e i Cantoni collaborano e si aiutano reciprocamente nell'adempimento dei loro compiti.

Cst., selon lequel la Confédération et les cantons s'entraident dans l'accomplissement de leurs tâches et collaborent entre eux. Le canton de Genève n'aurait pas répondu à la demande de mise sous protection de la falaise de Champel faite par la Confédération et cette inertie leur aurait porté préjudice, puisqu'un classement de la falaise aurait permis une pesée des intérêts différente et plus équilibrée.
Invoqué pour la première fois devant le Tribunal fédéral, sur la base d'un état de fait qui n'a pas été constaté dans l'arrêt attaqué, ce grief est irrecevable (cf. arrêt 4A 28/2007 du 30 mai 2007 consid. 1.3 in fine, non publié in ATF 133 III 421). Quoi qu'il en soit, il est douteux que les recourantes puissent, dans ce contexte, déduire un droit directement applicable de cette disposition et il apparaît qu'un classement du site n'aurait de toute façon pas eu pour effet d'empêcher la réalisation du CEVA (cf. consid. 25.2 de l'arrêt attaqué).

8.
Entièrement mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourantes qui succombent (art. 65

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 65 Spese giudiziarie - 1 Le spese giudiziarie comprendono la tassa di giustizia, l'emolumento per la copia di atti scritti, le spese per le traduzioni in o da una lingua non ufficiale e le indennità versate a periti e testimoni.
1	Le spese giudiziarie comprendono la tassa di giustizia, l'emolumento per la copia di atti scritti, le spese per le traduzioni in o da una lingua non ufficiale e le indennità versate a periti e testimoni.
2	La tassa di giustizia è stabilita in funzione del valore litigioso, dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti.
3	Di regola, il suo importo è di:
a	200 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b	200 a 100 000 franchi nelle altre controversie.
4	È di 200 a 1000 franchi, a prescindere dal valore litigioso, nelle controversie:
a	concernenti prestazioni di assicurazioni sociali;
b	concernenti discriminazioni fondate sul sesso;
c	risultanti da un rapporto di lavoro, sempreché il valore litigioso non superi 30 000 franchi;
d	secondo gli articoli 7 e 8 della legge del 13 dicembre 200224 sui disabili.
5	Se motivi particolari lo giustificano, il Tribunale federale può aumentare tali importi, ma al massimo fino al doppio nei casi di cui al capoverso 3 e fino a 10 000 franchi nei casi di cui al capoverso 4.

et 66 al. 1

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1	Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2	In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3	Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4	Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5	Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.

et 5

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 5 Elezione - 1 I giudici sono eletti dall'Assemblea federale.
1	I giudici sono eletti dall'Assemblea federale.
2	È eleggibile chiunque abbia diritto di voto in materia federale.

LTF). En vertu de l'art. 68 al. 3

SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1	Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2	La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3	Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4	Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5	Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.

LTF, les intimés n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.

Lausanne, le 15 mars 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Fonjallaz

La Greffière: Mabillard