Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-5745/2015

Arrêt du 13 juin 2016

Pascal Mollard (président du collège),

Composition Daniel Riedo, Jürg Steiger, juges,

Cédric Ballenegger, greffier.

Fondation A._______,

représentée par Maîtres
Parties
Pierre-Marie Glauser et Anne Tissot Benedetto,

recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,

autorité inférieure.

Objet Taxe sur la valeur ajoutée ; 1ertrimestre 2002 au
4etrimestre 2008.

Faits :

A.
La Fondation A._______ (ci-après : la Fondation ou l'institution recourante) est une fondation de droit privé qui a pour but .... Elle est inscrite au registre des assujettis à la TVA depuis le 1er janvier 1995.

B.
...

C.
...

D.
...

E.
...

F.
...

G.
...

H.
...

I.
En décembre 2007, l'AFC a entamé un contrôle fiscal auprès de la Fondation. Celui-ci a toutefois été suspendu pour permettre à cette dernière de réunir certaines pièces et de faire part de son analyse de la situation à l'AFC. Le 14 décembre 2007, l'AFC a remis à l'institution recourante un courrier ayant pour but d'interrompre la prescription pour toutes prestations imposables à la TVA qui n'auraient pas été décomptées correctement par la Fondation pour les exercices 2002 et suivantes.

J.
Le 19 septembre 2008, la Fondation a fait parvenir à l'AFC diverses pièces ainsi que sa prise de position relative à la TVA, considérant en substance qu'il n'existait aucun échange de prestations entre elle et [l'hôpital public qui lui est lié ; ci-après : l'Hôpital public], mais que le financement qu'elle avait obtenu par ce dernier devait être qualifié de subvention. Les parties ont ensuite échangé divers courriers dans lesquels elles ont chaque fois maintenu leur position.

K.
Le contrôle a finalement été mené à chef les 7 et 8 janvier 2010. Il porte sur les périodes allant du 1er trimestre 2002 au 4e trimestre 2008. Le 26 août 2010, la Fondation a demandé que l'AFC lui notifie d'emblée une décision suffisamment motivée afin qu'elle puisse recourir directement auprès du Tribunal administratif fédéral. Le 9 septembre 2010, l'AFC a adressé à l'institution recourante deux notifications d'estimation, n° ... en ce qui concerne les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2002 au 4e trimestre 2003 et n° ... pour ce qui a trait aux périodes fiscales allant du 1er trimestre 2004 au 4e trimestre 2008. La première des deux notifications porte sur une correction d'impôt de Fr. 31'710.-, la seconde sur un montant de Fr. 566'105.-, en faveur de l'AFC. Les deux notifications d'estimation ont également été qualifiées de décisions au sens formel. L'AFC y retient en particulier que l'institution recourante a omis d'imposer les prestations administratives, celles de logistique et celles de restauration fournies à l'Hôpital public durant la période examinée.

L.
Par réclamation du 11 octobre 2010, l'institution recourante s'est opposée aux décisions du 9 septembre 2010. Elle a fait valoir, en substance, que les prestations qu'elle avait fournies à l'Hôpital public ne résultaient pas d'un échange de prestations et qu'elles n'étaient par conséquent pas imposables ; elles devaient au contraire être tenues pour des subventions. Elle sollicitait en outre que sa réclamation fût transmise directement au Tribunal administratif fédéral à titre de recours. Par décision incidente du 14 juin 2011, l'AFC a rejeté cette demande. Par décision sur réclamation du 17 août 2015, l'AFC a également confirmé ses deux premières décisions.

M.
L'institution recourante a porté l'affaire devant le Tribunal administratif fédéral par acte du 16 septembre 2015. Elle conclut à l'annulation de la décision attaquée. L'autorité inférieure a conclu au rejet du recours par réponse du 9 décembre 2015. Le 10 février 2016, la recourante a encore déposé une brève écriture spontanée.

Les autres faits seront repris, en tant que de besoin, dans la partie en droit du présent arrêt.

Droit :

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
1    Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben:
a  Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten;
b  Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten;
c  Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren.
2    Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25
3    Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG56, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt.
LTAF). L'Administration fédérale des contributions étant une autorité au sens de l'art. 33
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen:
a  des Bundesrates und der Organe der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals einschliesslich der Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung;
b  des Bundesrates betreffend:
b1  die Amtsenthebung eines Mitgliedes des Bankrats, des Direktoriums oder eines Stellvertreters oder einer Stellvertreterin nach dem Nationalbankgesetz vom 3. Oktober 200325,
b10  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Schweizerischen Trassenvergabestelle oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Geschäftsführerin oder des Geschäftsführers durch den Verwaltungsrat nach dem Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 195743;
b2  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitgliedes der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Finanzmarktaufsichtsgesetz vom 22. Juni 200726,
b3  die Sperrung von Vermögenswerten gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 201528 über die Sperrung und die Rückerstattung unrechtmässig erworbener Vermögenswerte ausländischer politisch exponierter Personen,
b4  das Verbot von Tätigkeiten nach dem NDG30,
b5bis  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Eidgenössischen Instituts für Metrologie nach dem Bundesgesetz vom 17. Juni 201133 über das Eidgenössische Institut für Metrologie,
b6  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde oder die Genehmigung der Auflösung des Arbeitsverhältnisses der Direktorin oder des Direktors durch den Verwaltungsrat nach dem Revisionsaufsichtsgesetz vom 16. Dezember 200535,
b7  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Heilmittelinstituts nach dem Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 200037,
b8  die Abberufung eines Verwaltungsratsmitglieds der Anstalt nach dem Ausgleichsfondsgesetz vom 16. Juni 201739,
b9  die Abberufung eines Mitglieds des Institutsrats des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung nach dem Bundesgesetz vom 28. September 201841 über das Schweizerische Institut für Rechtsvergleichung,
c  des Bundesstrafgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cbis  des Bundespatentgerichts auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses seiner Richter und Richterinnen und seines Personals;
cquater  des Bundesanwaltes oder der Bundesanwältin auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von ihm oder ihr gewählten Staatsanwälte und Staatsanwältinnen sowie des Personals der Bundesanwaltschaft;
cquinquies  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses ihres Sekretariats;
cter  der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses der von der Vereinigten Bundesversammlung gewählten Mitglieder der Bundesanwaltschaft;
d  der Bundeskanzlei, der Departemente und der ihnen unterstellten oder administrativ zugeordneten Dienststellen der Bundesverwaltung;
e  der Anstalten und Betriebe des Bundes;
f  der eidgenössischen Kommissionen;
g  der Schiedsgerichte auf Grund öffentlich-rechtlicher Verträge des Bundes, seiner Anstalten und Betriebe;
h  der Instanzen oder Organisationen ausserhalb der Bundesverwaltung, die in Erfüllung ihnen übertragener öffentlich-rechtlicher Aufgaben des Bundes verfügen;
i  kantonaler Instanzen, soweit ein Bundesgesetz gegen ihre Verfügungen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht vorsieht.
LTAF, et aucune des exceptions de l'art. 32
SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz
VGG Art. 32 Ausnahmen - 1 Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
1    Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Verfügungen auf dem Gebiet der inneren und äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Verfügungen betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie Volkswahlen und -abstimmungen;
c  Verfügungen über leistungsabhängige Lohnanteile des Bundespersonals, soweit sie nicht die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
d  ...
e  Verfügungen auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
e1  Rahmenbewilligungen von Kernanlagen,
e2  die Genehmigung des Entsorgungsprogramms,
e3  den Verschluss von geologischen Tiefenlagern,
e4  den Entsorgungsnachweis;
f  Verfügungen über die Erteilung oder Ausdehnung von Infrastrukturkonzessionen für Eisenbahnen;
g  Verfügungen der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
h  Verfügungen über die Erteilung von Konzessionen für Spielbanken;
i  Verfügungen über die Erteilung, Änderung oder Erneuerung der Konzession für die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG);
j  Verfügungen über die Beitragsberechtigung einer Hochschule oder einer anderen Institution des Hochschulbereichs.
2    Die Beschwerde ist auch unzulässig gegen:
a  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Einsprache oder durch Beschwerde an eine Behörde im Sinne von Artikel 33 Buchstaben c-f anfechtbar sind;
b  Verfügungen, die nach einem anderen Bundesgesetz durch Beschwerde an eine kantonale Behörde anfechtbar sind.
LTAF n'étant réalisée, le Tribunal administratif fédéral est compétent ratione materiae pour juger de la présente affaire.

1.2
S'agissant de la compétence fonctionnelle de la Cour de céans, il convient de mentionner un élément particulier. Par courrier du 26 août 2010, l'institution recourante a annoncé qu'elle contestait le résultat du contrôle opéré par l'AFC (cf. pièce 12 de l'AFC). Elle n'avait encore pas reçu de notification d'estimation à ce moment-là. Dès lors, c'est à bon droit que l'AFC a joint à sa notification d'estimation une décision au sens formel, alors même que ce procédé n'est pas conforme à la loi en temps normal (cf. art. 43 al. 1 let. a
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 43 Rechtskraft der Steuerforderung - 1 Die Steuerforderung wird rechtskräftig durch:
1    Die Steuerforderung wird rechtskräftig durch:
a  eine in Rechtskraft erwachsene Verfügung, einen in Rechtskraft erwachsenen Einspracheentscheid oder ein in Rechtskraft erwachsenes Urteil;
b  die schriftliche Anerkennung oder die vorbehaltlose Bezahlung einer Einschätzungsmitteilung durch die steuerpflichtige Person;
c  den Eintritt der Festsetzungsverjährung.
2    Bis zum Eintritt der Rechtskraft können die eingereichten und bezahlten Abrechnungen korrigiert werden.
, 78 al. 5
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 78 Kontrolle - 1 Die ESTV kann bei steuerpflichtigen Personen Kontrollen durchführen, soweit dies zur Abklärung des Sachverhalts erforderlich ist. Zu diesem Zweck haben diese Personen der ESTV den Zugang zu ihrer Buchhaltung sowie zu den dazugehörigen Belegen zu gewähren. Dasselbe gilt für auskunftspflichtige Drittpersonen nach Artikel 73 Absatz 2.
1    Die ESTV kann bei steuerpflichtigen Personen Kontrollen durchführen, soweit dies zur Abklärung des Sachverhalts erforderlich ist. Zu diesem Zweck haben diese Personen der ESTV den Zugang zu ihrer Buchhaltung sowie zu den dazugehörigen Belegen zu gewähren. Dasselbe gilt für auskunftspflichtige Drittpersonen nach Artikel 73 Absatz 2.
2    Als Kontrolle gilt auch das Einfordern und die Überprüfung von umfassenden Unterlagen durch die ESTV.
3    Eine Kontrolle ist schriftlich anzukündigen. In begründeten Fällen kann ausnahmsweise von der Ankündigung einer Kontrolle abgesehen werden.
4    Die steuerpflichtige Person kann mittels begründeten Gesuchs die Durchführung einer Kontrolle verlangen. Die Kontrolle ist innerhalb von zwei Jahren durchzuführen.
5    Die Kontrolle ist innert 360 Tagen seit Ankündigung mit einer Einschätzungsmitteilung abzuschliessen; diese hält den Umfang der Steuerforderung in der kontrollierten Periode fest.
6    Feststellungen, die Dritte betreffen und bei einer Kontrolle nach den Absätzen 1-4 bei folgenden Einrichtungen gemacht werden, dürfen ausschliesslich für die Durchführung der Mehrwertsteuer verwendet werden:
a  der Schweizerischen Nationalbank;
b  einer Pfandbriefzentrale;
c  einer Bank oder Sparkasse im Sinne des Bankengesetzes vom 8. November 1934137;
d  bei einem Finanzinstitut im Sinne des Finanzinstitutsgesetzes vom 15. Juni 2018138;
e  bei einer Finanzmarktinfrastruktur im Sinne des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 2015139.140
7    Die Berufsgeheimnisse nach dem Bankengesetz, nach dem Finanzinstitutsgesetz und nach dem Finanzmarktinfrastrukturgesetz sind zu wahren.141
, 82
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 82 Verfügungen der ESTV - 1 Die ESTV trifft von Amtes wegen oder auf Verlangen der steuerpflichtigen Person alle für die Steuererhebung erforderlichen Verfügungen, insbesondere wenn:
1    Die ESTV trifft von Amtes wegen oder auf Verlangen der steuerpflichtigen Person alle für die Steuererhebung erforderlichen Verfügungen, insbesondere wenn:
a  Bestand oder Umfang der Steuerpflicht bestritten wird;
b  die Eintragung oder Löschung im Register der steuerpflichtigen Personen bestritten wird;
c  Bestand oder Umfang der Steuerforderung, der Mithaftung oder des Anspruchs auf Rückerstattung von Steuern streitig ist;
d  die steuerpflichtige Person oder Mithaftende die Steuer nicht entrichten;
e  sonstige Pflichten nicht anerkannt oder nicht erfüllt werden, die sich aus diesem Gesetz oder aus gestützt darauf ergangenen Verordnungen ergeben;
f  für einen bestimmten Fall vorsorglich die amtliche Feststellung der Steuerpflicht, der Steuerforderung, der Grundlagen der Steuerbemessung, des anwendbaren Steuersatzes oder der Mithaftung beantragt wird oder als geboten erscheint.
2    Verfügungen werden der steuerpflichtigen Person schriftlich eröffnet. Sie müssen eine Rechtsmittelbelehrung sowie eine angemessene Begründung enthalten.
s. de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 12 juin 2009 [LTVA, RS 641.20]; ATF 140 II 202; arrêts du TAF A 666/2012 du 28 octobre 2013 consid. 1.2, A-707/2013 du 25 juillet 2013 consid. 4).

1.3
Posté le 16 septembre 2015, alors que la décision attaquée, datée du 17 août 2015, a été notifiée le lendemain au plus tôt, le mémoire de recours a été déposé dans le délai légal de trente jours (art. 50 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 50 - 1 Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
1    Die Beschwerde ist innerhalb von 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen.
2    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern einer Verfügung kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
PA). Par ailleurs, il répond manifestement aux exigences de forme de la procédure administrative (art. 52 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 52 - 1 Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
1    Die Beschwerdeschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift des Beschwerdeführers oder seines Vertreters zu enthalten; die Ausfertigung der angefochtenen Verfügung und die als Beweismittel angerufenen Urkunden sind beizulegen, soweit der Beschwerdeführer sie in Händen hat.
2    Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht oder lassen die Begehren des Beschwerdeführers oder deren Begründung die nötige Klarheit vermissen und stellt sich die Beschwerde nicht als offensichtlich unzulässig heraus, so räumt die Beschwerdeinstanz dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung ein.
3    Sie verbindet diese Nachfrist mit der Androhung, nach unbenutztem Fristablauf auf Grund der Akten zu entscheiden oder, wenn Begehren, Begründung oder Unterschrift fehlen, auf die Beschwerde nicht einzutreten.
PA).

Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.

2.

2.1 La LTVA est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. S'agissant du droit applicable, il y a lieu de distinguer ce qui a trait au fond de ce qui concerne la procédure. Sur le plan du droit matériel, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 112 Anwendung bisherigen Rechts - 1 Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben, unter Vorbehalt von Artikel 113, weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar. Die Verjährung richtet sich weiterhin nach den Artikeln 49 und 50 des bisherigen Rechts.
1    Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben, unter Vorbehalt von Artikel 113, weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar. Die Verjährung richtet sich weiterhin nach den Artikeln 49 und 50 des bisherigen Rechts.
2    Für Leistungen, die vor Inkrafttreten dieses Gesetzes erbracht worden sind, sowie für Einfuhren von Gegenständen, bei denen die Einfuhrsteuerschuld vor Inkrafttreten dieses Gesetzes entstanden ist, gilt das bisherige Recht.
3    Leistungen, die teilweise vor Inkrafttreten dieses Gesetzes erbracht worden sind, sind für diesen Teil nach bisherigem Recht zu versteuern. Leistungen, die teilweise ab Inkrafttreten dieses Gesetzes erbracht werden, sind für diesen Teil nach neuem Recht zu versteuern.
LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2002 au 4e trimestre 2008, la présente cause tombe matériellement sous le coup de l'ancienne loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA ; RS 641.20), et de son ordonnance du 29 mars 2000 (aOLTVA, RO 2000 1347 et les modifications ultérieures), toutes deux en vigueur depuis le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000 [RO 2000 1346] et art. 48 aOLTVA; cf. également art. 93
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 93 Sicherstellung - 1 Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn:
1    Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn:
a  deren rechtzeitige Bezahlung als gefährdet erscheint;
b  die zahlungspflichtige Person Anstalten trifft, ihren Wohn- oder Geschäftssitz oder ihre Betriebsstätte in der Schweiz aufzugeben oder sich im schweizerischen Handelsregister löschen zu lassen;
c  die zahlungspflichtige Person mit ihrer Zahlung in Verzug ist;
d  die steuerpflichtige Person ein Unternehmen, über das der Konkurs eröffnet worden ist, ganz oder teilweise übernimmt;
e  die steuerpflichtige Person offensichtlich zu tiefe Abrechnungen einreicht.
2    Verzichtet die steuerpflichtige Person auf die Befreiung von der Steuerpflicht (Art. 11) oder optiert sie für die Versteuerung von ausgenommenen Leistungen (Art. 22), so kann die ESTV von ihr die Leistung von Sicherheiten gemäss Absatz 7 verlangen.
3    Die Sicherstellungsverfügung hat den Rechtsgrund der Sicherstellung, den sicherzustellenden Betrag und die Stelle, welche die Sicherheiten entgegennimmt, anzugeben; sie gilt als Arrestbefehl im Sinne von Artikel 274 SchKG152. Die Einsprache gegen die Sicherstellungsverfügung ist ausgeschlossen.
4    Gegen die Verfügung kann beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde geführt werden.
5    Beschwerden gegen Sicherstellungsverfügungen haben keine aufschiebende Wirkung.
6    Die Zustellung einer Verfügung über die Steuerforderung gilt als Anhebung der Klage nach Artikel 279 SchKG. Die Frist für die Einleitung der Betreibung beginnt mit dem Eintritt der Rechtskraft der Verfügung über die Steuerforderung zu laufen.
7    Die Sicherstellung ist zu leisten durch Barhinterlage, solvente Solidarbürgschaften, Bankgarantien, Schuldbriefe und Grundpfandverschreibungen, Lebensversicherungspolicen mit Rückkaufswert, kotierte Frankenobligationen von schweizerischen Schuldnern oder Kassenobligationen von schweizerischen Banken.
et 94
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 94 Andere Sicherungsmassnahmen - 1 Ein Überschuss aus der Steuerabrechnung zugunsten der steuerpflichtigen Person kann:
1    Ein Überschuss aus der Steuerabrechnung zugunsten der steuerpflichtigen Person kann:
a  mit Schulden für frühere Perioden verrechnet werden;
b  zur Verrechnung mit zu erwartenden Schulden für nachfolgende Perioden gutgeschrieben werden, sofern die steuerpflichtige Person mit der Steuerentrichtung im Rückstand ist oder andere Gründe eine Gefährdung der Steuerforderung wahrscheinlich erscheinen lassen; der gutgeschriebene Betrag wird vom 61. Tag nach Eintreffen der Steuerabrechnung bei der ESTV bis zum Zeitpunkt der Verrechnung zum Satz verzinst, der für den Vergütungszins gilt; oder
c  mit einer von der ESTV geforderten Sicherstellungsleistung verrechnet werden.
2    Bei steuerpflichtigen Personen ohne Wohn- oder Geschäftssitz in der Schweiz kann die ESTV ausserdem Sicherstellung der voraussichtlichen Schulden durch Leistung von Sicherheiten nach Artikel 93 Absatz 7 verlangen.
3    Bei wiederholtem Zahlungsverzug kann die ESTV die zahlungspflichtige Person dazu verpflichten, künftig monatliche oder halbmonatliche Vorauszahlungen zu leisten.
aLTVA). En revanche, pour ce qui est de la procédure, le nouveau droit est applicable (cf. art. 113 al. 3
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 113 Anwendung des neuen Rechts - 1 Für die Feststellung, ob die Befreiung von der Steuerpflicht nach Artikel 10 Absatz 2 mit dem Inkrafttreten dieses Gesetzes besteht, ist das neue Recht auf die in den vorangegangenen zwölf Monaten vor dem Inkrafttreten erzielten, nach diesem Gesetz steuerbaren Leistungen anzuwenden.
1    Für die Feststellung, ob die Befreiung von der Steuerpflicht nach Artikel 10 Absatz 2 mit dem Inkrafttreten dieses Gesetzes besteht, ist das neue Recht auf die in den vorangegangenen zwölf Monaten vor dem Inkrafttreten erzielten, nach diesem Gesetz steuerbaren Leistungen anzuwenden.
2    Die Bestimmungen über die Einlageentsteuerung nach Artikel 32 gelten auch für Leistungen, für die vor dem Inkrafttreten des neuen Rechts kein Anspruch auf Vorsteuerabzug gegeben war.
3    Unter Vorbehalt von Artikel 91 ist das neue Verfahrensrecht auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängigen Verfahren anwendbar.
LTVA).

2.2 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA) ou l'inopportunité (cf. art. 49 let. c
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 49 - Der Beschwerdeführer kann mit der Beschwerde rügen:
a  Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens;
b  unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes;
c  Unangemessenheit; die Rüge der Unangemessenheit ist unzulässig, wenn eine kantonale Behörde als Beschwerdeinstanz verfügt hat.
PA). De son côté, le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 62 - 1 Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
1    Die Beschwerdeinstanz kann die angefochtene Verfügung zugunsten einer Partei ändern.
2    Zuungunsten einer Partei kann sie die angefochtene Verfügung ändern, soweit diese Bundesrecht verletzt oder auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des Sachverhaltes beruht; wegen Unangemessenheit darf die angefochtene Verfügung nicht zuungunsten einer Partei geändert werden, ausser im Falle der Änderung zugunsten einer Gegenpartei.
3    Beabsichtigt die Beschwerdeinstanz, die angefochtene Verfügung zuungunsten einer Partei zu ändern, so bringt sie der Partei diese Absicht zur Kenntnis und räumt ihr Gelegenheit zur Gegenäusserung ein.
4    Die Begründung der Begehren bindet die Beschwerdeinstanz in keinem Falle.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Moor/Poltier, Droit administratif, vol. II, 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois aux griefs soulevés, sauf exception, et elle n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; arrêts du TAF A-2516/2014 du 15 décembre 2014 consid. 2.2, A-4659/2010 du 14 juin 2011 consid. 1.2).

2.3 Avant d'examiner le cas présent, il convient de rappeler les règles applicables à l'assujettissement des collectivités publiques d'une part (cf. consid. 3 ci-dessous) et celles qui régissent l'imposition des subventions d'autre part (cf. consid. 4 ci-dessous).

3.

3.1 L'assujettissement des collectivités publiques à la TVA était régi, sous l'ancien droit, par l'art. 23 aLTVA. Celui-ci prévoyait que (cf. art. 23 al. 1, 1ère phrase, aLTVA) :

Les services autonomes de la Confédération, des cantons et des communes, de même que les autres institutions de droit public ainsi que les personnes et les organismes chargés de tâches de droit public sont assujettis si leurs prestations commerciales dépassent la limite du chiffre d'affaires minimal déterminant et si le chiffre d'affaires des prestations imposables fournies à des tiers autres que des collectivités publiques excède le montant de 25'000 francs par année. (...)

3.2 En outre, une réglementation spécifique était prévue au sujet de l'imposition des prestations effectuées par les services autonomes (cf. art. 23 al. 3 aLTVA) :

Si un service autonome remplit les conditions de l'assujettissement à l'impôt visées à l'al. 1, il doit imposer les prestations fournies à des tiers autres que des collectivités publiques, les prestations analogues fournies à d'autres collectivités publiques ou à des groupements de collectivités publiques et les prestations analogues fournies à d'autres services de la même collectivité publique ; ces dernières ne doivent toutefois être imposées que si le service autonome fournit des prestations analogues principalement à des tiers autres que des collectivités publiques.

Cette exception ne vise que les services autonomes assujettis. Il ne s'agit donc pas d'y voir une exception pour les autres institutions de droit public qui fournissent des prestations. En ce sens, l'exception de l'art. 23 al. 3
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 23 Von der Steuer befreite Leistungen - 1 Ist eine Leistung nach diesem Artikel von der Steuer befreit, so ist auf dieser Leistung keine Inlandsteuer geschuldet.
1    Ist eine Leistung nach diesem Artikel von der Steuer befreit, so ist auf dieser Leistung keine Inlandsteuer geschuldet.
2    Von der Steuer sind befreit:
1  die Lieferung von Gegenständen mit Ausnahme der Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung, die direkt ins Ausland befördert oder versendet werden;
10  in eigenem Namen erbrachte Dienstleistungen von Reisebüros und Organisatoren von Veranstaltungen, soweit sie Lieferungen und Dienstleistungen Dritter in Anspruch nehmen, die von diesen im Ausland bewirkt werden; werden diese Leistungen Dritter sowohl im Inland als auch im Ausland erbracht, so ist nur der Teil der Dienstleistung des Reisebüros oder des Organisators von der Steuer befreit, der auf Leistungen im Ausland entfällt;
11  die Lieferung von Gegenständen nach Artikel 17 Absatz 1bis ZG an ins Ausland abfliegende oder aus dem Ausland ankommende Reisende.
2  die Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung, namentlich die Vermietung und Vercharterung, von Gegenständen, sofern die Gegenstände vom Lieferungsempfänger oder von der Lieferungsempfängerin selbst überwiegend im Ausland genutzt werden;
3  die Lieferung von Gegenständen, die im Rahmen eines Transitverfahrens (Art. 49 ZG48), Zolllagerverfahrens (Art. 50-57 ZG), Zollverfahrens der vorübergehenden Verwendung (Art. 58 ZG) oder der aktiven Veredelung (Art. 59 ZG) nachweislich im Inland unter Zollüberwachung standen, sofern das Verfahren ordnungsgemäss oder mit nachträglicher Bewilligung des Bundesamtes für Zoll und Grenzsicherheit (BAZG) abgeschlossen wurde;
3bis  die Lieferung von Gegenständen, die wegen Einlagerung in einem Zollfreilager (Art. 62-66 ZG) nachweislich im Inland unter Zollüberwachung standen und diesen Zollstatus nicht rückwirkend verloren haben;
4  das Verbringen oder Verbringenlassen von Gegenständen ins Ausland, das nicht im Zusammenhang mit einer Lieferung steht;
5  das mit der Einfuhr von Gegenständen im Zusammenhang stehende Befördern oder Versenden von Gegenständen und alle damit zusammenhängenden Leistungen bis zum Bestimmungsort, an den die Gegenstände im Zeitpunkt der Entstehung der Steuerschuld nach Artikel 56 zu befördern sind; entsteht keine Steuerschuld, so gilt für den massgebenden Zeitpunkt Artikel 69 ZG sinngemäss;
6  das mit der Ausfuhr von Gegenständen des zollrechtlich freien Verkehrs im Zusammenhang stehende Befördern oder Versenden von Gegenständen und alle damit zusammenhängenden Leistungen;
7  Beförderungsleistungen und Nebentätigkeiten des Logistikgewerbes wie Beladen, Entladen, Umschlagen, Abfertigen oder Zwischenlagern:
7a  bei denen der Ort der Dienstleistung nach Artikel 8 Absatz 1 im Inland liegt, die Dienstleistung selbst aber ausschliesslich im Ausland ausgeführt wird, oder
7b  die im Zusammenhang mit Gegenständen unter Zollüberwachung erbracht werden;
8  die Lieferung von Luftfahrzeugen an Luftverkehrsunternehmen, die gewerbsmässige Luftfahrt im Beförderungs- oder Charterverkehr betreiben und deren Umsätze aus internationalen Flügen jene aus dem Binnenluftverkehr übertreffen; Umbauten, Instandsetzungen und Wartungen an Luftfahrzeugen, die solche Luftverkehrsunternehmen im Rahmen einer Lieferung erworben haben; Lieferungen, Instandsetzungen und Wartungen der in diese Luftfahrzeuge eingebauten Gegenstände oder der Gegenstände für ihren Betrieb; Lieferungen von Gegenständen zur Versorgung dieser Luftfahrzeuge sowie Dienstleistungen, die für den unmittelbaren Bedarf dieser Luftfahrzeuge und ihrer Ladungen bestimmt sind;
9  die Dienstleistungen von ausdrücklich in fremdem Namen und für fremde Rechnung handelnden Vermittlern und Vermittlerinnen, wenn die vermittelte Leistung entweder nach diesem Artikel von der Steuer befreit ist oder ausschliesslich im Ausland bewirkt wird; wird die vermittelte Leistung sowohl im Inland als auch im Ausland bewirkt, so ist nur der Teil der Vermittlung von der Steuer befreit, der auf Leistungen im Ausland oder auf Leistungen, die nach diesem Artikel von der Steuer befreit sind, entfällt;
3    Direkte Ausfuhr nach Absatz 2 Ziffer 1 liegt vor, wenn der Gegenstand der Lieferung ohne Ingebrauchnahme im Inland ins Ausland ausgeführt oder in ein offenes Zolllager oder Zollfreilager ausgeführt wird. Bei Reihengeschäften erstreckt sich die direkte Ausfuhr auf alle beteiligten Lieferanten und Lieferantinnen. Der Gegenstand der Lieferung kann vor der Ausfuhr durch Beauftragte des nicht steuerpflichtigen Abnehmers oder der nicht steuerpflichtigen Abnehmerin bearbeitet oder verarbeitet werden.
4    Der Bundesrat kann zur Wahrung der Wettbewerbsneutralität Beförderungen im grenzüberschreitenden Luft-, Eisenbahn- und Busverkehr von der Steuer befreien.
5    Das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) regelt die Bedingungen, unter denen Inlandlieferungen zwecks Ausfuhr im Reiseverkehr von der Steuer befreit sind, und legt die hierfür erforderlichen Nachweise fest.
LTVA ne concerne pas toutes les collectivités publiques au sens large de l'art. 23 al. 1
SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz
MWSTG Art. 23 Von der Steuer befreite Leistungen - 1 Ist eine Leistung nach diesem Artikel von der Steuer befreit, so ist auf dieser Leistung keine Inlandsteuer geschuldet.
1    Ist eine Leistung nach diesem Artikel von der Steuer befreit, so ist auf dieser Leistung keine Inlandsteuer geschuldet.
2    Von der Steuer sind befreit:
1  die Lieferung von Gegenständen mit Ausnahme der Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung, die direkt ins Ausland befördert oder versendet werden;
10  in eigenem Namen erbrachte Dienstleistungen von Reisebüros und Organisatoren von Veranstaltungen, soweit sie Lieferungen und Dienstleistungen Dritter in Anspruch nehmen, die von diesen im Ausland bewirkt werden; werden diese Leistungen Dritter sowohl im Inland als auch im Ausland erbracht, so ist nur der Teil der Dienstleistung des Reisebüros oder des Organisators von der Steuer befreit, der auf Leistungen im Ausland entfällt;
11  die Lieferung von Gegenständen nach Artikel 17 Absatz 1bis ZG an ins Ausland abfliegende oder aus dem Ausland ankommende Reisende.
2  die Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung, namentlich die Vermietung und Vercharterung, von Gegenständen, sofern die Gegenstände vom Lieferungsempfänger oder von der Lieferungsempfängerin selbst überwiegend im Ausland genutzt werden;
3  die Lieferung von Gegenständen, die im Rahmen eines Transitverfahrens (Art. 49 ZG48), Zolllagerverfahrens (Art. 50-57 ZG), Zollverfahrens der vorübergehenden Verwendung (Art. 58 ZG) oder der aktiven Veredelung (Art. 59 ZG) nachweislich im Inland unter Zollüberwachung standen, sofern das Verfahren ordnungsgemäss oder mit nachträglicher Bewilligung des Bundesamtes für Zoll und Grenzsicherheit (BAZG) abgeschlossen wurde;
3bis  die Lieferung von Gegenständen, die wegen Einlagerung in einem Zollfreilager (Art. 62-66 ZG) nachweislich im Inland unter Zollüberwachung standen und diesen Zollstatus nicht rückwirkend verloren haben;
4  das Verbringen oder Verbringenlassen von Gegenständen ins Ausland, das nicht im Zusammenhang mit einer Lieferung steht;
5  das mit der Einfuhr von Gegenständen im Zusammenhang stehende Befördern oder Versenden von Gegenständen und alle damit zusammenhängenden Leistungen bis zum Bestimmungsort, an den die Gegenstände im Zeitpunkt der Entstehung der Steuerschuld nach Artikel 56 zu befördern sind; entsteht keine Steuerschuld, so gilt für den massgebenden Zeitpunkt Artikel 69 ZG sinngemäss;
6  das mit der Ausfuhr von Gegenständen des zollrechtlich freien Verkehrs im Zusammenhang stehende Befördern oder Versenden von Gegenständen und alle damit zusammenhängenden Leistungen;
7  Beförderungsleistungen und Nebentätigkeiten des Logistikgewerbes wie Beladen, Entladen, Umschlagen, Abfertigen oder Zwischenlagern:
7a  bei denen der Ort der Dienstleistung nach Artikel 8 Absatz 1 im Inland liegt, die Dienstleistung selbst aber ausschliesslich im Ausland ausgeführt wird, oder
7b  die im Zusammenhang mit Gegenständen unter Zollüberwachung erbracht werden;
8  die Lieferung von Luftfahrzeugen an Luftverkehrsunternehmen, die gewerbsmässige Luftfahrt im Beförderungs- oder Charterverkehr betreiben und deren Umsätze aus internationalen Flügen jene aus dem Binnenluftverkehr übertreffen; Umbauten, Instandsetzungen und Wartungen an Luftfahrzeugen, die solche Luftverkehrsunternehmen im Rahmen einer Lieferung erworben haben; Lieferungen, Instandsetzungen und Wartungen der in diese Luftfahrzeuge eingebauten Gegenstände oder der Gegenstände für ihren Betrieb; Lieferungen von Gegenständen zur Versorgung dieser Luftfahrzeuge sowie Dienstleistungen, die für den unmittelbaren Bedarf dieser Luftfahrzeuge und ihrer Ladungen bestimmt sind;
9  die Dienstleistungen von ausdrücklich in fremdem Namen und für fremde Rechnung handelnden Vermittlern und Vermittlerinnen, wenn die vermittelte Leistung entweder nach diesem Artikel von der Steuer befreit ist oder ausschliesslich im Ausland bewirkt wird; wird die vermittelte Leistung sowohl im Inland als auch im Ausland bewirkt, so ist nur der Teil der Vermittlung von der Steuer befreit, der auf Leistungen im Ausland oder auf Leistungen, die nach diesem Artikel von der Steuer befreit sind, entfällt;
3    Direkte Ausfuhr nach Absatz 2 Ziffer 1 liegt vor, wenn der Gegenstand der Lieferung ohne Ingebrauchnahme im Inland ins Ausland ausgeführt oder in ein offenes Zolllager oder Zollfreilager ausgeführt wird. Bei Reihengeschäften erstreckt sich die direkte Ausfuhr auf alle beteiligten Lieferanten und Lieferantinnen. Der Gegenstand der Lieferung kann vor der Ausfuhr durch Beauftragte des nicht steuerpflichtigen Abnehmers oder der nicht steuerpflichtigen Abnehmerin bearbeitet oder verarbeitet werden.
4    Der Bundesrat kann zur Wahrung der Wettbewerbsneutralität Beförderungen im grenzüberschreitenden Luft-, Eisenbahn- und Busverkehr von der Steuer befreien.
5    Das Eidgenössische Finanzdepartement (EFD) regelt die Bedingungen, unter denen Inlandlieferungen zwecks Ausfuhr im Reiseverkehr von der Steuer befreit sind, und legt die hierfür erforderlichen Nachweise fest.
LTVA (cf. Mollard et al., Traité TVA, 2009, p. 524 n. marg. 377 a ; Camenzindet et al., Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2ème éd. 2003, ch. 1083 : toutefois, ceux-ci indiquent aussi, ch. 1082, que l'AFC aurait eu une pratique plus souple, que celle-ci refuserait cependant de confirmer ; par ailleurs, l'exemple fourni au ch. 1086 ne précise pas s'il doit s'entendre d'un service autonome ou d'une autre institution de droit public).

La réglementation prévue à l'art. 23 al. 3 aLTVA s'explique parce que l'assujettissement des services autonomes constitue une exception au regard des principes généraux de la TVA. Selon les règles ordinaires sur l'assujettissement, c'est la collectivité tout entière qui devrait être assujettie (principe de l'unité de l'entreprise ; cf. Mollard et al., op. cit., p. 431 s. ch. 50 ss). Dès lors, les prestations faites entre services ne seraient pas imposables. Cependant, par exception, les collectivités ne sont pas assujetties en tant que telles, mais par service autonome. Il se justifie donc, sous réserve de certaines limites, d'exonérer les prestations fournies entre les services autonomes d'une même collectivité, afin d'éviter un trop grand décalage avec les principes généraux de la TVA. Ainsi, pour que l'exception de l'art. 23 al. 3 aLTVA puisse s'appliquer, trois conditions doivent être remplies : a) le fournisseur doit être un service autonome d'une collectivité publique ; b) les prestations qu'il fournit doivent être effectuées en faveur de la collectivité publique dont il dépend ; c) le service autonome ne doit pas fournir de prestations du même genre à des tiers autres que des collectivités publiques à titre principal (cf. Mollard et al., op. cit., p. 524 ch. 376 s.).

4.

4.1 Aux termes de l'art. 5 al. 1 let. a et b aLTVA, sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément "exclues de son champ" (c'est-à-dire exonérées au sens impropre, cf. arrêt du TF 2C_979/2011 du 12 juin 2012 consid. 4), les livraisons de biens et les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse.

4.2 Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation et d'une contre-prestation entre lesquelles existe un rapport économique étroit (ATF 132 II 353 consid. 4.1, 126 II 249 consid. 4a; arrêt du TF 2C_892/2010 du 26 avril 2011 consid. 2.2; arrêt du TAF A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.2.1; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss; cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62).

Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable. Un tel échange suppose l'existence d'un lien économique entre la prestation et la contre-prestation. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. ATF 126 II 443 consid. 6a, 126 II 249 consid. 4a; ATAF 2008/63 consid. 2.1; arrêt du TAF A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.2.2). En revanche, l'existence d'un rapport contractuel n'est pas requise. Il faut et il suffit que la prestation et la contre-prestation soient liées de façon telle que la prestation déclenche la contre-prestation (ATF 126 II 249 consid. 4a).

4.3 Pour déterminer l'existence, ainsi que l'étendue d'une prestation soumise à la TVA, il y a lieu considérer les choses d'un point de vue économique. Les rapports de droit privé qui peuvent être à la base des prestations ont en principe seulement une valeur d'indices et ne peuvent à eux seuls justifier une qualification fiscale (cf. arrêt du TF 2A.502/2004 du 28 avril 2005 consid. 5.1 et les nombreuses références citées; arrêts du TAF A-1933/2011 du 29 mai 2012 consid. 4.3.1, A-1107/2008 et A 1108/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.1). Dans ce cadre, il faut tenir compte des faits tels qu'ils se sont produits et non pas des faits tels qu'ils auraient pu se produire. Cela vaut en particulier à l'égard des formes juridiques choisies par les parties (cf. arrêts du TAF A-1524/2006 du 28 janvier 2008 consid. 2.3.2 medio; A-1689/2006 du 13 août 2007 consid. 2.4).

4.4 Les versements d'argent d'une partie à une autre ne constituent pas toujours des contre-prestations. Selon les circonstances, ils peuvent également apparaître comme des subventions ou des dons. Cette problématique apparaît plus particulièrement dans les relations tripartites.

4.4.1 Le texte légal ne définit pas ce qu'il faut entendre par don ou par subvention. L'art. 33 al. 6 let. b aLTVA prévoit uniquement que les subventions ne font pas partie de la contre-prestation. Il est dès lors nécessaire de préciser le sens de cette notion et d'examiner sa place dans le système de la TVA.

C'est principalement l'art. 8 al. 2 aOLTVA qui fournit une définition plus précise de la notion de subvention (cf. arrêt du TF 2C_196/2012 du 10 décembre 2012 consid. 2.6) :

Il n'y a pas d'échange de prestations si celui qui verse la contribution n'exige aucune contrepartie déterminée du bénéficiaire, mais verse les contributions uniquement dans le but d'inciter le bénéficiaire à adopter un comportement déterminé qui serve les intérêts de la politique économique, scientifique et sociale ou analogues de celui qui verse la contribution. L'octroi de la contribution peut être lié à des conditions et à des objectifs à remplir dans le cadre de mandats de prestations et peut comporter pour le bénéficiaire l'obligation de rendre des comptes sur son activité. Il n'y a pas échange de prestations, notamment :

[...]

b. si celui qui verse la contribution la destine uniquement à diminuer ou à compenser des charges financières découlant de l'exécution de tâches de droit public ; [...]

4.4.2 Peut ainsi être envisagé comme une subvention au sens de la TVA tout versement ou contribution appréciable en argent des pouvoirs publics, qu'il prenne la forme de contribution à fonds perdu, de couverture de déficit, de prêt, de compensation, de rabais, d'avantage en nature, de prime, d'allocation, de subside, etc. Le terme de "subvention", dans ce contexte, s'entend au sens large et se réfère à l'origine étatique de la contribution appréciable en argent, s'opposant, dans cette perspective, au don, de provenance privée. Sont des subventions les versements des pouvoirs publics qui visent à inciter leur bénéficiaire à adopter une certaine attitude ou à effectuer certaines tâches dans un but d'intérêt public. Hormis le comportement attendu de leur bénéficiaire, ces montants sont toutefois alloués « gratuitement », c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui les verse (ATF 141 II 182 consid. 3.5, 126 II 443 consid. 6c; arrêts du TF 2C_196/2012 du 10 décembre 2012 consid. 2.5, 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3 ; arrêts du TAF A 2599/2015 du 19 octobre 2015 consid. 3.1.3, A-3044/2009 du 21 décembre 2011 consid. 3.1.1). Cette « gratuité » explique pourquoi ils ne peuvent être assimilés à des contre-prestations imposables (arrêt du TAF A 162/2010 du 8 août 2012 consid. 5.2.2 ; décision de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2b).

4.4.3 En revanche, même si un versement prend l'apparence formelle d'une subvention, il y a échange de prestations, et donc opération à caractère onéreux au sens de la TVA, quand la somme versée constitue la contre-prestation d'une prestation de l'assujetti effectuée en faveur de la collectivité publique. La condition est que la collectivité publique en retire une utilité directe de consommateur. Les pouvoirs publics sont alors consommateurs de la prestation (cf. ATF 141 II 182 consid. 3.5 ; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, publiée dans TVA/MWST/VAT - Journal 3/2000, p. 129 ss, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). De même, lorsque l'Etat verse un montant qui correspond directement à une part du prix de la prestation fournie à un tiers, le montant versé s'analyse comme un complément de prix, et non comme une subvention. Dans ce cas, même si l'Etat n'est pas le bénéficiaire direct de la prestation, mais que le montant qu'il alloue au prestataire se trouve en lien direct avec celle-ci, il existe un rapport d'échange et l'opération entre dans le champ de la TVA (cf. arrêt du TAF A-162/2010 du 8 août 2012 consid. 5.2.4). Le critère déterminant se situe donc dans le rapport qui unit le montant versé par l'Etat et la prestation fournie par le récipiendaire. Si ce rapport apparaît comme direct, on ne se trouve plus en présence d'une subvention, mais bien d'une contre-prestation versée en échange d'une prestation.

Dans les cas décrits ci-dessus, la subvention des pouvoirs publics est parfois qualifiée de "fausse" subvention (cf. décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb; Riedo, op. cit., p. 236). En tant que contre-prestation ou part de la contre-prestation, elle est ajoutée au chiffre d'affaires imposable de l'assujetti qui la reçoit et elle fait partie de la base d'imposition (cf. arrêt du TAF A-162/2010 du 8 août 2012 consid. 5.2.4 ; JAAC 69.8 consid. 2b/bb; décisions de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2d, CRC 1999-001 du 26 avril 2000, consid. 3b/bb).

5.

5.1 En l'espèce, le litige porte sur l'imposition de certaines des prestations fournies par l'institution recourante à l'Hôpital public sur la base des conventions passées entre ces deux entités. Les prestations en question portent les services suivants :

- en ce qui concerne les années 2002 et 2003 : prestations administratives et techniques fournies à l'Hôpital public et à deux fondations (cf. notification d'estimation/décision ...) ; les prestations fournies à ces deux dernières fondations n'ayant pas été mentionnées par l'institution recourante dans ses écritures, on retiendra que l'imposition de celles-ci n'est pas contestée et que seule celle des prestations fournies à l'Hôpital public doit être examinée (cf. consid. 2.2 ci-dessus) ;

- en ce qui concerne les années 2004 à 2008 : prestations administratives, techniques (surveillance, économat, nettoyage, maintenance, etc.) et de restauration fournies à l'Hôpital public (cf. notification d'estimation/décision ...).

Les autres services fournis à l'Hôpital public par l'institution recourante n'ont pas été imposés, tous ayant bénéficié d'une exonération au sens impropre (en tant que mise à disposition de personnel médical ou de loyer ; cf. art. 18 ch. 12 et 21 aLTVA). De manière générale, les faits ne sont pas contestés. Seul reste donc à dire si l'autorité inférieure a procédé à juste titre à une reprise de TVA sur les prestations litigieuses.

Il s'agit dès lors d'abord de savoir si les règles spécifiques relatives à l'assujettissement des collectivités publiques trouvent à s'appliquer à l'institution recourante (cf. consid. 5.2 ci-dessous). Il conviendra ensuite d'examiner si les montants qui lui ont été versés par l'Hôpital public constituent des subventions ou des contre-prestations imposables (cf. consid. 5.3 ci-dessous).

5.2 L'art. 23 al. 1, 1ère phrase, aLTVA prévoit des règles spécifiques au sujet des services autonomes de la Confédération, des cantons et des communes de même qu'à l'égard des autres institutions de droit public ainsi que des personnes et des organisations chargées de tâches de droit public. Les entités qui entrent dans le champ d'application de cette disposition sont soumises à des règles spéciales relativement à leur assujettissement (cf. consid. 3.1 ci-dessus). Or, en l'occurrence, il n'est pas contesté que l'institution recourante est assujettie à la TVA. Elle l'est d'ailleurs depuis le 1er janvier 1995, soit depuis l'instauration de cet impôt. Elle ne prétend nullement et n'a jamais prétendu qu'elle devait être radiée de la liste des assujettis à la TVA. L'art. 23 al. 1, 1ère phrase, aLTVA n'est dès lors d'aucun secours ici.

De même, l'art. 23 al. 3 aLTVA invoqué par l'institution recourante vise les prestations fournies par les services autonomes des collectivités publiques (cf. consid. 3.2 ci-dessus). L'institution recourante étant une fondation, soit une personne morale indépendante, elle ne saurait être assimilée à un service autonome. L'art. 23 al. 2 aLTVA ayant précisément pour but de délimiter les prestations qui doivent être attribuées à un service autonome de celle qui relèvent du reste d'une collectivité publique, il n'est d'aucune utilité ici, puisque l'institution recourante est, par son existence même comme personne morale, clairement délimitée du reste de la collectivité publique formée par le canton .... Cette constatation serait valable même si l'on considérait la recourante comme une institution publique. L'élément essentiel ici est que celle-ci est organisée sous la forme d'une personne morale indépendante et qu'elle n'entre dès lors pas dans le champ d'application de l'art. 23 al. 3 aLTVA.

En d'autres termes, si les montants versés par l'Hôpital public à l'institution recourante doivent être soustraits à la TVA, cela ne peut tenir qu'à leur nature propre et non à celle de l'institution recourante. Il convient donc de dire si ces montants constituent des subventions ou non.

5.3 Pour qu'un versement puisse être qualifié de subvention, il doit viser à ce que son bénéficiaire adopte une certaine attitude ou effectue certaines tâches dans un but d'intérêt public. Toutefois, ce montant doit être alloué "gratuitement", c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui le verse (cf. consid. 4.4.2 ci-dessus). Il apparaît d'emblée que les montants versés par l'Hôpital public à l'institution recourante ne remplissent pas les conditions susmentionnées. Dans le cas présent, il s'agit au contraire de prestations précises (assistance administrative, soutien technique, surveillance, économat, nettoyage, maintenance, etc.) effectuées en faveur de l'Hôpital public directement en échange d'une contre-prestation qui est censée correspondre à la valeur de ces prestations. Les accords passés entre l'Hôpital public et la Fondation ne visent pas à soutenir l'activité hospitalière de celle-ci. Ils visent à créer une association étroite entre un service étatique et une fondation privée ayant tous deux comme but de soigner ....

L'activité hospitalière de l'institution recourante a disparu depuis l'année ..., sans que les contre-prestations en question aient été supprimées. Cette évolution montre bien que les montants reçus par la Fondation servent à rémunérer les services que celle-ci s'est engagée à fournir à l'Hôpital public, et non à soutenir « gratuitement » la réalisation de leur but commun, soit les soins .... Il appartient à l'Hôpital public d'effectuer ensuite les prestations en faveur des patients. Autrement dit, l'institution publique, soit l'Hôpital public, acquiert ici des prestations provenant de l'institution recourante comme il pourrait en acquérir de n'importe quel tiers. Or rien ne permet d'exonérer des prestations de la TVA du simple fait qu'elles sont fournies à une institution étatique dans un but idéal. Bien au contraire, l'Etat, lorsqu'il agit comme un consommateur ordinaire est soumis à la TVA comme n'importe qui. La nature des prestations litigieuses montre également que celles-ci n'ont aucun caractère particulier qui justifierait qu'elles bénéficiassent d'une subvention. Il s'agit de prestations qui pourraient être fournies de manière économiquement viable par n'importe quel acteur de l'économie dans le domaine (mise à disposition de locaux, fourniture de services techniques, prestations de restauration).

5.4 La nature des prestations fournies par l'institution recourante ressort encore plus quand on tient compte du fait qu'il s'agit d'une relation purement bipartite. Souvent, une subvention a pour objectif de permettre à une entité de fournir des prestations à tiers que ceux-ci n'acquerraient pas à leur prix de revient effectif, comme des places de spectacle, des services d'aide ou des activités d'enseignement. Dès lors, l'Etat verse tout ou partie des fonds nécessaires et le bénéficiaire de la subvention peut ensuite mettre sur pied les prestations attendues et en faire profiter la population. Certes, il peut arriver qu'il n'y ait pas de tiers acquéreur d'une prestation, quand les activités subventionnées ont pour but la promotion d'une idée, la préservation du patrimoine ou la protection de la nature, par exemple, mais il n'en reste pas moins que le bénéficiaire direct de l'activité exercée n'est pas l'Etat lui-même. Dans le domaine médical, les subventions ont pour but de permettre à un prestataire de prodiguer des soins aux malades sans que ceux-ci aient à supporter un coût trop élevé de ce fait, ne serait-ce que par l'intermédiaire de primes d'assurance-maladie excessives.

Ici, les prestations litigieuses consistent en un soutien logistique aux services de l'Etat. L'institution recourante n'effectue pas elle-même une activité en faveur de tiers, du moins en relation avec les prestations litigieuses. L'institution recourante reçoit également des subventions, en lien avec .... Toutefois, celles-ci ne sont pas concernées par la présente procédure. Pour ce qui a trait aux prestations litigieuses, personne d'autre n'en profite que l'Etat. C'est celui-ci qui, ensuite, utilise ces services pour pouvoir soigner .... Autrement dit, on se trouve en présence d'une situation inversée par rapport à celle dans laquelle un processus de subventionnement peut apparaître.

5.5 Les éléments qui précèdent apparaissent clairement pour les années ... et suivantes, lorsque la Fondation a renoncé à avoir des patients propres (sous réserve de ce qui concerne ..., dont le financement n'est toutefois pas concerné par la présente procédure). La situation devient même évidente à partir de l'année ..., alors que la Fondation n'exploite plus d'hôpital. En ce qui concerne les années ... et ..., il semble en revanche que l'institution recourante ait continué d'avoir des patients propres. Les parties ont toutefois donné peu d'indications sur ce point et la Convention ... ne permet pas de connaître exactement le régime qui leur était appliqué. Néanmoins, cela ne change rien à ce qui précède. Dès le moment que l'Etat s'associe avec un tiers pour fournir en commun avec lui un service précis, pour lequel il passe commande et qu'il rétribue en tant que tel, on ne saurait plus parler de subvention.

Dans le cadre du ..., les parties à la Convention ... ont mis en commun leurs compétences en matière de médecine .... Le service n'a par conséquent qu'une seule direction (art. 3 Convention ...), nommée par l'Etat en association avec l'institution recourante (art. 8 Convention ...). Celle-ci n'exerce donc plus librement une activité, pour laquelle elle requiert un soutien financier. Elle est liée à un service étatique, auquel elle doit fournir les prestations dont il a besoin, selon ses directives. L'essence même de la collaboration mise en place avec l'Hôpital public réside dans la création de ce cadre unique et cohérent pour la médecine .... L'engagement pris par l'institution recourante envers le l'Hôpital public correspond à celui que l'on trouve dans n'importe quel contrat bilatéral, et la rémunération aussi, qui doit couvrir l'intégralité des frais.

Si l'on reprend les critères indiqués dans l'art. 8 aOLTVA (cf. consid. 4.4.1), on voit que l'engagement de l'institution recourante va plus loin que le seul fait de devoir remplir des objectifs particuliers ou de devoir rendre des comptes sur son activité. De même, les fonctions prises en charge par la Fondation ne sont pas en tant que telles des tâches de droit public. Il s'agit au contraire de prestations administratives et logistiques fournies en faveur de l'Hôpital public, qui lui effectue une tâche de droit public. La définition des subventions contenue à l'art. 8 aOLTVA ne correspond donc pas aux services fournis par la Fondation.

5.6 Il est parfaitement envisageable que l'institution recourante ait bénéficié de véritables subventions du temps où elle gérait et dirigeait encore elle-même son hôpital. Toutefois, à partir du moment où elle a décidé de confier cette mission à l'Hôpital public, soit à l'Etat, et de se faire rétribuer par celui-ci en fonction des prestations qu'elle lui fournissait, la situation a changé. De ce point de vue, le Tribunal ne peut suivre le raisonnement de la recourante, qui souhaiterait en substance que les montants qui lui sont versés continuent à être traités comme des subventions en considération du fait que, à l'origine, elle assurait elle-même les soins et que le bien-être des ... demeure le but de son action. Les prestations litigieuses doivent être analysées pour elles-mêmes et non à raison des motifs qui poussent l'institution recourante à les fournir. Il en résulterait sinon une distorsion de concurrence vis-à-vis des autres prestataires potentiels. De surcroît, l'analyse des motifs profonds qui poussent un assujetti effectuer telle ou telle opération serait impossible. D'ailleurs, poursuivre un but de bienfaisance ne permet pas, en soi, d'obtenir une exemption de la TVA.

5.7 Le texte des contrats passés par l'institution recourante souligne également cet état de fait. Ces conventions décrivent successivement les prestations effectuées par celle-ci en faveur l'Hôpital public et celles qui sont fournies par l'Hôpital public à l'institution recourante. On y trouve maintes fois le terme de prestation et, concomitamment, celui de rémunération. Certes, comme l'institution recourante le relève à juste titre, les termes employés dans un contrat ne sont pas seuls déterminants pour l'analyse des opérations soumises à la TVA. Toutefois, dans le cas présent, ceux-ci reflètent parfaitement la situation réelle. Deux parties s'engagent dans une convention bilatérale à se fournir réciproquement certaines prestations et à en payer chacune le prix. Le montant des contre-prestations à verser par l'Hôpital public est calculé de manière à ce que l'institution puisse couvrir l'intégralité des charges y relatives. Comme cela a déjà été mentionné, le cas présent se distingue donc clairement de la situation dans laquelle l'Etat verse un montant à un établissement hospitalier pour que celui-ci ne reporte pas l'intégralité de ses charges sur les patients.

5.8 Les prestations litigieuses n'étant pas des subventions et la recourante ne jouissant d'aucune exemption, le Tribunal de céans ne voit pas d'autre motif qui justifierait que la TVA ne soit pas perçue sur les montants payés par l'Hôpital public. Les montants perçus par l'institution recourante doivent donc être inclus dans le calcul de l'impôt.

6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. En conséquence, conformément à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz
VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
1    Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden.
2    Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht.
3    Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
4    Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102
4bis    Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103
5    Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107
PA et aux art. 1 ss
SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE)
VGKE Art. 1 Verfahrenskosten - 1 Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
1    Die Kosten der Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (Gericht) setzen sich zusammen aus der Gerichtsgebühr und den Auslagen.
2    Mit der Gerichtsgebühr sind die Kosten für das Kopieren von Rechtsschriften und der für Dienstleistungen normalerweise anfallende Verwaltungsaufwand wie Personal-, Raum- und Materialkosten sowie Post-, Telefon- und Telefaxspesen abgegolten.
3    Auslagen sind insbesondere die Kosten für Übersetzungen und für die Beweiserhebung. Die Kosten für Übersetzungen werden nicht verrechnet, wenn es sich um Übersetzungen zwischen Amtssprachen handelt.
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 12'500.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, seront mis à la charge de la recourante. Ce montant sera ainsi imputé sur l'avance de frais déjà fournie. Par ailleurs, vu l'issue de la cause, il n'y a pas lieu de procéder à l'allocation de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de la cause, par Fr. 12'500.- (douze mille cinq cents francs), sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais du même montant déjà versée.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. ... ; Acte judiciaire)

Le président du collège : Le greffier :

Pascal Mollard Cédric Ballenegger

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
ss et 100 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF).

Expédition :
Decision information   •   DEFRITEN
Document : A-5745/2015
Date : 13. Juni 2016
Published : 22. Juni 2016
Source : Bundesverwaltungsgericht
Status : Unpubliziert
Subject area : Indirekte Steuern
Subject : taxe sur la valeur ajoutée ; (1er trimestre 2002 au 4e trimestre 2008)


Legislation register
BGG: 42  82  90
MWSTG: 23  43  78  82  93  94  112  113
VGG: 32  33  37
VGKE: 1
VwVG: 5  49  50  52  62  63
BGE-register
121-V-204 • 122-V-157 • 126-II-249 • 126-II-443 • 132-II-353 • 140-II-202 • 141-II-182
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AS
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VPB
69.8