Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Abteilung I
A-654/2008
{T 0/2}
Urteil vom 7. September 2010
Besetzung
Richter Daniel Riedo (Vorsitz), Richter Pascal Mollard, Richterin Marianne Ryter Sauvant,
Gerichtsschreiberin Gabriela Meier.
Parteien
X._______ AG, vormals: X._______,...,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV,
Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand
MWST; Subventionen (1/1995 - 2/2001).
Sachverhalt:
A.
Die X._______ wurde ab 1. Januar 1995 ins Register der Mehrwertsteuerpflichtigen der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen. Im Anschluss an die Kontrollen zwischen 5. und 13. September 2001 stellte die ESTV am 18. September 2001 zwei Ergänzungsabrechnungen (EA) aus: EA Nr. ***'***(1) betreffend die Steuerperioden vom 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 2000 (1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000) über Fr. 135'538.-- und EA Nr. ***'***(2) für die Steuerperioden vom 1. Januar 2001 bis 30. Juni 2001 (1. und 2. Quartal 2001) über Fr. 10'208.--, beide zuzüglich Verzugszins von 5%. Die Positionen 3a der Nachbelastungen von Fr. 81'279.-- (EA Nr. ***'***[1]) sowie Fr. 5'627.-- ([EA Nr. ***'***[2]]; beide nebst Verzugszins) waren auf Vorsteuerabzugsberichtigungen durch die ESTV zurückzuführen. Nach Auffassung der ESTV waren die aufgrund der Treibstoffzoll- bzw. Mineralölsteuer-Rückerstattungen vorzunehmenden Vorsteuerabzugskürzungen durch die Beschwerdeführerin nicht korrekt berechnet worden.
B.
Mit den Entscheiden vom 24. Januar 2003 bestätigte die ESTV die Steuernachforderungen in der Höhe von Fr. 135'538.--, zuzüglich Verzugszins von Fr. 18'598.--, sowie Fr. 10'208.--, zuzüglich Verzugszins von Fr. 103.--.
C.
Dagegen erhob die Schifffahrtsgesellschaft des Vierwaldstättersees (SGV) mit einer Eingabe vom 26. Februar 2003 bei der ESTV Einsprache.
D.
Mit Einspracheentscheid der ESTV (Vorinstanz) vom 9. Januar 2008 wurden die "Entscheidverfahren" der ESTV vom 24. Januar 2003 vereinigt. Weiter wurde festgestellt, dass die Steuernachbelastungen im Umfang von Fr. 54'259.-- (EA Nr. ***'***[1]) und Fr. 4'581.-- (EA Nr. ***'***[2]) in Rechtskraft erwachsen seien. Die Einsprache der X._______ wurde vollumfänglich abgewiesen.
E.
Gegen diesen Einspracheentscheid gelangte die X._______; (nachfolgend: Beschwerdeführerin) mit Eingaben vom 31. Januar 2008 und 11. Februar 2008 an das Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte insbesondere, der Entscheid der ESTV vom 9. Januar 2008 sei aufzuheben. Weiter sei festzustellen, dass es sich bei den Treibstoffzoll- bzw. Mineralölsteuer-Rückerstattungen nicht um Subventionen im mehrwertsteuerlichen Sinne handle, weshalb keine Kürzung des Vorsteuerabzuges durch die ESTV erfolgen dürfe - unter Kosten- und Entschädigungsfolge.
F.
Mit Eingabe vom 3. März 2008 beantragte die Vorinstanz sinngemäss die kostenfällige Abweisung der Beschwerde.
G.
Mit Zwischenverfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. März 2008 wurde das Verfahren auf Antrag der Beschwerdeführerin bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids im Verfahren A-1668/2006 sistiert.
H.
Die Vorinstanz wurde mit Verfügung vom 3. Februar 2010 aufgefordert, zu den Auswirkungen des in der Zwischenzeit ergangenen Urteils A-1668/2006 vom 16. November 2009 (BVGE 2010/6) auf das vorliegende Beschwerdeverfahren Stellung zu nehmen bzw. gegebenenfalls den Einspracheentscheid vom 9. Januar 2008 in Wiedererwägung zu ziehen.
I.
Die Vorinstanz reichte ihre Stellungnahme am 23. Februar 2010 ein. Sie beantragte grundsätzlich weiterhin die Abweisung der Beschwerde. Implizit stimmte sie jedoch einer teilweisen Gutheissung der Beschwerde dahingehend zu, als sie für den Zeitraum von 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 2000 die Pauschalabzüge von 2,2% bzw. 2,7% anerkannte und somit nicht an der die Korrekturen der Vorsteuerabzugskürzungen betreffenden Steuernachforderung in der Höhe von Fr. 81'279.-- festhielt. Des Weiteren brachte sie vor, die Beschwerdeführerin sei bei der Berechnung der Vorsteuerabzugskürzungen von einer zu hohen Grundlage ausgegangen; ihr sei folglich ein Betrag von rund Fr. 42'670.-- zu erstatten. Für die Steuerperioden des Jahres 2001 hielt die Vorinstanz an der Rechtmässigkeit der Steuernachbelastungen fest.
J.
Mit Eingabe vom 18. März 2010 erklärte sich die Beschwerdeführerin mit dem Inhalt der vorinstanzlichen Stellungnahme einverstanden.
Auf die Begründung der Eingaben ans Bundesverwaltungsgericht wird - soweit entscheidwesentlich - im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen näher eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Angefochten ist ein Einspracheentscheid der ESTV und damit eine Verfügung nach Art. 5

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben: |
|
1 | Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben: |
a | Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten; |
b | Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten; |
c | Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren. |
2 | Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25 |
3 | Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen. |

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 5 - 1 Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben: |
|
1 | Als Verfügungen gelten Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen und zum Gegenstand haben: |
a | Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten; |
b | Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten; |
c | Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten oder Nichteintreten auf solche Begehren. |
2 | Als Verfügungen gelten auch Vollstreckungsverfügungen (Art. 41 Abs. 1 Bst. a und b), Zwischenverfügungen (Art. 45 und 46), Einspracheentscheide (Art. 30 Abs. 2 Bst. b und 74), Beschwerdeentscheide (Art. 61), Entscheide im Rahmen einer Revision (Art. 68) und die Erläuterung (Art. 69).25 |
3 | Erklärungen von Behörden über Ablehnung oder Erhebung von Ansprüchen, die auf dem Klageweg zu verfolgen sind, gelten nicht als Verfügungen. |

SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz VGG Art. 33 Vorinstanzen - Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen: |

SR 173.32 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (Verwaltungsgerichtsgesetz, VGG) - Verwaltungsgerichtsgesetz VGG Art. 37 Grundsatz - Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG58, soweit dieses Gesetz nichts anderes bestimmt. |
1.2 Am 1. Januar 2010 ist das Mehrwertsteuergesetz vom 12. Juni 2009 (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar (Art. 112 Abs. 1

SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz MWSTG Art. 112 Anwendung bisherigen Rechts - 1 Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben, unter Vorbehalt von Artikel 113, weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar. Die Verjährung richtet sich weiterhin nach den Artikeln 49 und 50 des bisherigen Rechts. |

SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz MWSTG Art. 93 Sicherstellung - 1 Die ESTV kann Steuern, Zinsen und Kosten, auch wenn sie weder rechtskräftig festgesetzt noch fällig sind, sicherstellen lassen, wenn: |

SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz MWSTG Art. 94 Andere Sicherungsmassnahmen - 1 Ein Überschuss zugunsten der steuerpflichtigen Person aus der Steuerabrechnung oder aus der Differenz zwischen den bezahlten Raten und der Steuerforderung kann:202 |
Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinne von Art. 113 Abs. 3

SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz MWSTG Art. 113 Anwendung des neuen Rechts - 1 Für die Feststellung, ob die Befreiung von der Steuerpflicht nach Artikel 10 Absatz 2 mit dem Inkrafttreten dieses Gesetzes besteht, ist das neue Recht auf die in den vorangegangenen zwölf Monaten vor dem Inkrafttreten erzielten, nach diesem Gesetz steuerbaren Leistungen anzuwenden. |

SR 641.20 Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG) - Mehrwertsteuergesetz MWSTG Art. 113 Anwendung des neuen Rechts - 1 Für die Feststellung, ob die Befreiung von der Steuerpflicht nach Artikel 10 Absatz 2 mit dem Inkrafttreten dieses Gesetzes besteht, ist das neue Recht auf die in den vorangegangenen zwölf Monaten vor dem Inkrafttreten erzielten, nach diesem Gesetz steuerbaren Leistungen anzuwenden. |
1.3 Anfechtungs- und Beschwerdeobjekt ist vorliegend der Einspracheentscheid der Vorinstanz vom 9. Januar 2008. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bilden die Nachbelastungen von Fr. 81'279.-- (EA Nr. ***'***[1], Position 3a) sowie Fr. 5'627.-- (EA Nr. ***'***[2], Postion 3a), welche auf Vorsteuerabzugsberichtigungen durch die ESTV zurückzuführen sind; nicht hingegen die Steuernachbelastungen im Umfang von Fr. 54'259.-- (EA Nr. ***'***[1]) und Fr. 4'581.-- (EA Nr. ***'***[2]), die offensichtlich in Rechtskraft erwachsen sind.
1.4 Gemäss Art. 25 Abs. 2

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 25 - 1 Die in der Sache zuständige Behörde kann über den Bestand, den Nichtbestand oder den Umfang öffentlichrechtlicher Rechte oder Pflichten von Amtes wegen oder auf Begehren eine Feststellungsverfügung treffen. |
|
1 | Die in der Sache zuständige Behörde kann über den Bestand, den Nichtbestand oder den Umfang öffentlichrechtlicher Rechte oder Pflichten von Amtes wegen oder auf Begehren eine Feststellungsverfügung treffen. |
2 | Dem Begehren um eine Feststellungsverfügung ist zu entsprechen, wenn der Gesuchsteller ein schutzwürdiges Interesse nachweist. |
3 | Keiner Partei dürfen daraus Nachteile erwachsen, dass sie im berechtigten Vertrauen auf eine Feststellungsverfügung gehandelt hat. |
Mit diesen Einschränkungen ist auf die grundsätzlich form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde einzutreten.
2.
2.1 Lieferungen und Dienstleistungen unterliegen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden (Art. 4 aMWSTV, Art. 5 aMWSTG). Damit überhaupt ein steuerbarer Umsatz vorliegt, ist ein Austausch von Leistungen notwendig. Dies verlangt, dass einer Leistung eine Gegenleistung (Entgelt) gegenüber steht. Die Entgeltlichkeit - vom Eigenverbrauch abgesehen - stellt ein unabdingbares Tatbestandsmerkmal einer mehrwertsteuerlichen Leistung dar. Besteht zwischen Leistungserbringer und -empfänger kein Austauschverhältnis in diesem Sinne, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-5745/2008 vom 11. Juni 2010 E. 2.2 f. und A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.2.1). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1 und 126 II 443 E. 6a; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-5745/2008 vom 11. Juni 2010 E. 2.3).
2.2 Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand gehören hingegen nicht zum Entgelt. Diese fliessen nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht (Art. 26 Abs. 6 Bst. b aMWSTV, Art. 33 Abs. 6 Bst. b aMWSTG). Die Steuerbefreiung des von den Konzessionierten Transportunternehmungen (KTU) verwendeten Treibstoffs, welche über den Weg der Rückerstattung der Treibstoffzölle, der Mineralölsteuern und der Mineralölsteuerzuschläge erfolgt, stellt gemäss Rechtsprechung eine Subventionen im mehrwertsteuerlichen Sinne dar (vgl. BVGE 2010/6 E. 6; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6834/2007 und A-6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 3.1).
2.3 Der Vorsteuerabzug ist verhältnismässig zu kürzen, wenn ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält (Art. 30 Abs. 6 aMWSTV, Art. 38 Abs. 8 aMWSTG). Das Bundesgericht hat die Verfassungsmässigkeit dieser Bestimmung bestätigt (BGE 126 II 443 E. 6b, c und 132 II 353 E. 4.3, 7.1). Subventionen, die als echte Zuschüsse nicht im Rahmen eines Leistungsaustauschverhältnisses zwischen Zuschussgeber und -empfänger stehen, stellen kein steuerbares Entgelt dar. Damit stehen sie ausserhalb des Mehrwertsteuersystems und könnten im Grunde auch keine verhältnismässige Vorsteuerabzugskürzung zur Folge haben (zum Ganzen BVGE 2010/6 E. 3.2.1; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Bern 1999, S. 247 ff.; Diego Clavadetscher, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel 2000, N. 5 ff. zu Art. 38 Abs. 8; Botschaft des Bundesrats zur Vereinfachung der Mehrwertsteuer vom 26. Juni 2008, BBl 2008 S. 6979). Die Vorsteuerabzugskürzung bei Subventionen ist aber wie gezeigt in höchstrichterlicher Rechtsprechung für die Herrschaft der aMWSTV und durch den Gesetzgeber für jene des aMWSTG geschützt worden.
2.4 Für den Zeitraum von 1995-2000 war gemäss Branchenbroschüre "konzessionierte Transportunternehmen" (herausgegeben von der ESTV im Februar 1995) zur aMWSTV eine besondere Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung bei Subventionen noch nicht vorgesehen (vgl. Ziff. 2.20). Beruhend auf einer Abmachung mit dem Bundesamt für Verkehr (BAV) aus dem Jahr 1995, hat die ESTV dennoch die Vorsteuerabzugskürzung anhand eines Pauschalsatzes von 2,2% berechnet. Der Pauschalsatz galt uneingeschränkt für alle Subventionen für den Betrieb von KTU und somit auch für Steuerrückerstattungen der Treibstoffzölle, der Mineralölsteuern und der Mineralölsteuerzuschläge. Die Berechnung erfolgte anhand einer Multiplikation der Betriebsbeiträge inklusive der Steuerrückerstattungen mit dem Pauschalsatz. Dieser betrug von 1995-1998 2,2% und von 1999-2000 2,7%. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Pauschalsatzmethode zur Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung zum Satz von 2,2%, respektive 2,7% als zulässig anerkannt (vgl. dazu BVGE 2010/6 E. 7.3 und 7.4.2; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6834/2007 und A-6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 3.4).
2.5 Vor kurzem hat das Bundesverwaltungsgericht in einem weitestgehend gleich gelagerten Fall A-6834/2007 und A-6835/2007 im Urteil vom 14. Juni 2010 betreffend die Steuerperioden 1. Quartal bis 4. Quartal 2001 erwogen, was folgt (E. 4.2):
"Für die Steuerperioden 1. Quartal bis 4. Quartal 2001 war die Branchenbroschüre Nr. 10, Konzessionierte Transportunternehmungen (KTU), Seilbahnen und Sportbahnen, von August 2000 massgeblich. Diese sah Folgendes vor: Erhielt eine KTU Betriebsbeiträge der öffentlichen Hand, hatte sie die Vorsteuerabzugskürzung nach dem von der ESTV zusammen mit dem Bundesamt für Verkehr (BAV) festgelegten Pauschalsatz zu ermitteln. Die Berechnung der Vorsteuerkürzung erfolgte aufgrund der erhaltenen Betriebssubventionen multipliziert mit dem Pauschalsatz von 2,7% (vgl. BB Nr.10/2000 Ziff. 4.2). Für Rückerstattungen von fiskalischen Belastungen auf Treibstoffen, welche die KTU auf konzessionierten Fahrten für motorische Zwecke verwenden, bestimmte die BB Nr. 10/2000 (Ziff. 8.15) ausdrücklich, dass die Vorsteuerabzugskürzung mit dem anzuwendenden Pauschalsatz von 2,7% nicht abgegolten war. Im angeführten Berechnungsbeispiel erfolgte die Vorsteuerkürzung infolge Mineralölsteuerrückerstattungen zum Satz von 7,6% (der Rückerstattung brutto) [...].
Die ESTV stützte seine Praxis auf technisches Fachwissen, weshalb das Bundesverwaltungsgericht die Praxis nur zurückhaltend prüft [...].
Aus dem Umstand, dass sich die Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung per 1. Januar 2004 erneut änderte, kann nicht abgeleitet werden, dass die in den Jahren 2001-2003 geltende Praxis nicht sachgerecht gewesen wäre. Für die Zeitspanne von 2004-2009 wurde der Pauschalsatz für die Vorsteuerabzugskürzung infolge Betriebsbeiträgen der öffentlichen Hand von bisher 2,7% auf 3,5% angehoben. Neu waren für die Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung nur die erhaltenen Betriebssubventionen, nicht aber die Mineralölsteuerrückerstattungen mit dem Pauschalsatz von 3,5% zu multiplizieren, da diese darin bereits berücksichtigt waren (vgl. Praxismitteilung vom 30. Januar 2004; Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1668/2006 vom 16. November 2009 E. 7.4.2). Die Vorsteuerabzugskürzung berechnete sich demnach durch Multiplikation der Betriebsbeiträge exklusive Steuerrückerstattungen mit dem Pauschalsatz von 3,5% (vgl. BB Nr. 10/2008, Transportunternehmungen des öffentlichen und des touristischen Verkehrs, gültig ab 1. Januar 2008 bis 31. Dezember 2009). Der tiefere Satz von 3,5% ab dem Jahr 2004 ergibt sich aus der unterschiedlichen Berechnungsweise der Vorsteuerabzugskürzung (Betriebsbeiträge exklusive Steuerrückerstattungen multipliziert mit 3,5%) und besagt nicht, dass die Berechnung von 2001-2003 (7,6% für Steuerrückerstattungen, 2,7% für die übrigen Betriebsbeiträge) nicht sachgerecht gewesen wäre. Insgesamt ist nicht ersichtlich, inwiefern die in den Jahren 2001-2003 zur Anwendung gelangte Berechnungsweise zu einer unverhältnismässigen, Art. 38 Abs. 8 aMWSTG verletzenden oder sonstigen nicht sachgerechten Vorsteuerabzugskürzung geführt hätte."
3.
3.1 Im vorliegenden Fall stellt die Steuerbefreiung des von der Beschwerdeführerin verwendeten Treibstoffs auf dem Weg der Rückerstattung der Treibstoffzölle, Mineralölsteuern und -zuschläge entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin eine Subvention im mehrwertsteuerlichen Sinne dar (E. 2.2). Der Vorsteuerabzug ist in der Folge zu kürzen (E. 2.3).
3.2
3.2.1 Für die Steuerperioden 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 1998 ist gemäss Rechtsprechung der Vorsteuerabzug mit einem Pauschalsatz von 2,2%, für die Steuerperioden 1. Quartal 1999 bis 4. Quartal 2000 mit einem solchen von 2,7% zu kürzen (E. 2.4). Entsprechend ist die Beschwerde in diesem Punkt gutzuheissen und Ziffer 5 des angefochtenen Einspracheentscheides aufzuheben. Der Beschwerdeführerin sind Fr. 81'279.--, zuzüglich des anteilmässigen Verzugszinses, zurückzuerstatten. Die ESTV hat zudem den gesetzlich geschuldeten Vergütungszins auszurichten (BVGE 2010/6 E. 7.5).
3.2.2 Die Vorinstanz bringt vor, die Berechnungen der Vorsteuerabzugskürzungen durch die Beschwerdeführerin beruhten auf "einer zu hohen Basis"; anstelle der Berechnungsgrundlage "Zollrückerst. konz. Fahrten" sei "Total Zollrückerstattung" als Basis herangezogen worden. Die Vorinstanz errechnete gestützt auf die Berechnungsgrundlage "Zollrückerst. konz. Fahrten" eine der Beschwerdeführerin zu erstattende Differenz von Fr. 42'669.01. Die Beschwerdeführerin hat sich mit Eingabe vom 18. März 2010 mit den durch die Vorinstanz vorgenommenen Korrekturen damit auch betragsmässig einverstanden erklärt. Der Pauschalsatz von 2,2% bzw. 2,7% kann demnach auf der Grundlage "Zollrückerst. konz. Fahrten" berechnet werden und der Beschwerdeführerin ist folglich ein Betrag in der Höhe von Fr. 42'669.01 zurückzuerstatten, zuzüglich des darauf gesetzlich geschuldeten Vergütungszinses.
3.3 Schliesslich ist betreffend die Steuerperioden des Jahres 2001 gänzlich auf das in E. 2.5 zitierte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6834/2007 und A-6835/2007 vom 14. Juni 2010 zu verweisen. Der Vorsteuerabzug ist demgemäss und entsprechend der vorinstanzlichen Praxis in diesem Zeitraum um 7,6% zu kürzen. Insoweit dringt die Beschwerdeführerin mit ihrer Beschwerde nicht durch und die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
4.
Die Beschwerde ist im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Im Übrigen ist sie aber abzuweisen.
4.1 Angesichts der teilweisen Gutheissung werden der Beschwerdeführerin die Kosten für das vorliegende Verfahren (inkl. Zwischenverfügung vom 6. März 2008) von Fr. 6'000.-- im reduzierten Umfang von Fr. 1'000.-- auferlegt (Art. 63 Abs. 1

SR 172.021 Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (Verwaltungsverfahrensgesetz, VwVG) - Verwaltungsverfahrensgesetz VwVG Art. 63 - 1 Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden. |
|
1 | Die Beschwerdeinstanz auferlegt in der Entscheidungsformel die Verfahrenskosten, bestehend aus Spruchgebühr, Schreibgebühren und Barauslagen, in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt. Ausnahmsweise können sie ihr erlassen werden. |
2 | Keine Verfahrenskosten werden Vorinstanzen oder beschwerdeführenden und unterliegenden Bundesbehörden auferlegt; anderen als Bundesbehörden, die Beschwerde führen und unterliegen, werden Verfahrenskosten auferlegt, soweit sich der Streit um vermögensrechtliche Interessen von Körperschaften oder autonomen Anstalten dreht. |
3 | Einer obsiegenden Partei dürfen nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat. |
4 | Die Beschwerdeinstanz, ihr Vorsitzender oder der Instruktionsrichter erhebt vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten. Zu dessen Leistung ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Wenn besondere Gründe vorliegen, kann auf die Erhebung des Kostenvorschusses ganz oder teilweise verzichtet werden.102 |
4bis | Die Spruchgebühr richtet sich nach Umfang und Schwierigkeit der Streitsache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien. Sie beträgt: |
a | in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 100-5000 Franken; |
b | in den übrigen Streitigkeiten 100-50 000 Franken.103 |
5 | Der Bundesrat regelt die Bemessung der Gebühren im Einzelnen.104 Vorbehalten bleiben Artikel 16 Absatz 1 Buchstabe a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005105 und Artikel 73 des Strafbehördenorganisationsgesetzes vom 19. März 2010106.107 |
4.2 Die obsiegende Partei hat Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihr erwachsenen notwendigen Kosten (Art. 7 Abs. 1

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 7 Grundsatz - 1 Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten. |
|
1 | Obsiegende Parteien haben Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten. |
2 | Obsiegt die Partei nur teilweise, so ist die Parteientschädigung entsprechend zu kürzen. |
3 | Keinen Anspruch auf Parteientschädigung haben Bundesbehörden und, in der Regel, andere Behörden, die als Parteien auftreten. |
4 | Sind die Kosten verhältnismässig gering, so kann von einer Parteientschädigung abgesehen werden. |
5 | Artikel 6a ist sinngemäss anwendbar.7 |

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 8 Parteientschädigung - 1 Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere Auslagen der Partei. |
|
1 | Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere Auslagen der Partei. |
2 | Unnötiger Aufwand wird nicht entschädigt. |

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 9 Kosten der Vertretung - 1 Die Kosten der Vertretung umfassen: |
|
1 | Die Kosten der Vertretung umfassen: |
a | das Anwaltshonorar oder die Entschädigung für eine nichtanwaltliche berufsmässige Vertretung; |
b | die Auslagen, namentlich die Kosten für das Kopieren von Schriftstücken, die Reise-, Verpflegungs- und Unterkunftskosten, die Porti und die Telefonspesen; |
c | die Mehrwertsteuer für die Entschädigungen nach den Buchstaben a und b, soweit eine Steuerpflicht besteht und die Mehrwertsteuer nicht bereits berücksichtigt wurde. |
2 | Keine Entschädigung ist geschuldet, wenn der Vertreter oder die Vertreterin in einem Arbeitsverhältnis zur Partei steht. |

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 13 Weitere notwendige Auslagen der Partei - Als weitere notwendige Auslagen der Partei werden ersetzt: |
|
a | die Spesen der Partei im Umfang von Artikel 11 Absätze 1-4, soweit sie 100 Franken übersteigen; |
b | der Verdienstausfall der Partei, soweit er einen Tagesverdienst übersteigt und die Partei in bescheidenen finanziellen Verhältnissen lebt. |

SR 173.320.2 Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE) VGKE Art. 13 Weitere notwendige Auslagen der Partei - Als weitere notwendige Auslagen der Partei werden ersetzt: |
|
a | die Spesen der Partei im Umfang von Artikel 11 Absätze 1-4, soweit sie 100 Franken übersteigen; |
b | der Verdienstausfall der Partei, soweit er einen Tagesverdienst übersteigt und die Partei in bescheidenen finanziellen Verhältnissen lebt. |
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1.
Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen, soweit darauf eingetreten wird. Die ESTV hat der Beschwerdeführerin Fr. 81'279.--, zuzüglich des anteilmässigen Verzugszinses, und Fr. 42'669.01, beide zuzüglich des gesetzlich geschuldeten Vergütungszinses, zu bezahlen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen und der Einspracheentscheid soweit bestätigt.
2.
Die Verfahrenskosten werden in reduziertem Umfang von Fr. 1'000.-- der Beschwerdeführerin auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 6'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft zurückerstattet.
3.
Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. _______; Gerichtsurkunde)
Für die Rechtsmittelbelehrung wird auf die nächste Seite verwiesen.
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin:
Daniel Riedo Gabriela Meier
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden: |
|
a | gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts; |
b | gegen kantonale Erlasse; |
c | betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen. |

SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. |
|
1 | Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. |
1bis | Wurde in einer Zivilsache das Verfahren vor der Vorinstanz in englischer Sprache geführt, so können Rechtsschriften in dieser Sprache abgefasst werden.14 |
2 | In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 15 16 |
3 | Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen. |
4 | Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201617 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement: |
a | das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen; |
b | die Art und Weise der Übermittlung; |
c | die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.18 |
5 | Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt. |
6 | Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden. |
7 | Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig. |
Versand: