Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 127/2021

Urteil vom 29. November 2021

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Seiler, Präsident,
Bundesrichter Beusch, Hartmann,
Gerichtsschreiber Matter.

Verfahrensbeteiligte
A.________ AG (vormals B.________ AG), Beschwerdeführerin,
vertreten durch Rechtsanwalt Walter Frei,

gegen

Kantonales Steueramt Zürich, Dienstabteilung Spezialdienste, Postfach, Bändeliweg 21, 8090 Zürich.

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich sowie direkte Bundessteuer (Steuerperioden 2009-2012),

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Abteilung, vom 16. Dezember 2020 (SR.2020.00020, SR.2020.00021).

Sachverhalt:

A.
Die A.________ AG (bis am 10. April 2014: B.________ AG) mit Sitz in U.________ bezweckte in den Jahren 2009 bis 2012 die Erbringung von Reinigungen, Hauswartungen, Gebäudeunterhaltsleistungen sowie von Beratungsdienstleistungen in diesen Bereichen. Die Gesellschaft wird zu je 50 % von den Brüdern A.C.________ und B.C.________ gehalten. Diese sind auch je zu 50 % an der D.________ AG mit Sitz in V.________/ZG beteiligt, welche ebenfalls in den Bereichen Reinigungen, Hauswartungen und Gebäudeunterhaltsleistungen tätig ist. Die beiden Brüder sind zudem die einzigen Gesellschafter der Kollektivgesellschaft E.________ (mit Sitz in V.________), welche die Ausübung von Verwaltungs-, Buchhaltungs- und Beratungsmandaten sowie die Übernahme von Liegenschaftsverwaltungen bezweckt.

B.
Aufgrund einer Meldung der Eidgenössischen Steuerverwaltung, wonach der E.________ gestützt auf eine Mehrtwertsteuer-Buchprüfung unverbuchte Umsätze nachbelastet worden seien, eröffnete das Kantonale Steueramt ein Nachsteuerverfahren. In dessen Rahmen wurde bei der E.________ eine Buchprüfung durchgeführt und umfangreiche Korrespondenz ausgetauscht. Auch fand eine Besprechung zwischen dem Steueramt und dem Vertreter der Pflichtigen statt.

C.
Mit Einspracheentscheid vom 18. August 2018 hielt das Kantonale Steueramt Zürich gegenüber der A.________ AG für die Steuerperioden 2009 bis 2012 Nachsteuern (samt Zins) von Fr. 200'196.15 (Staats- und Gemeindesteuern) und Fr. 106'190.95 (direkte Bundessteuer) fest. Gegen diesen Entscheid gelangte die Gesellschaft erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (Urteil vom 16. Dezember 2020).

D.
Am 4. Februar 2021 hat die A.________ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie stellt den Antrag, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben und auf alle Aufrechnungen zu verzichten. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz für eine Aufrechnung nach pflichtgemässem Ermessen zurückzuweisen.

Das Kantonale Steueramt, das Verwaltungsgericht und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen (soweit darauf einzutreten sei).

Erwägungen:

I. Prozessuales

1.

1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 82 ff
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
. BGG in Verbindung mit Art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) zulässig. Die Beschwerdeführerin ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten (Art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
und 100
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG).

1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht gerügt werden. Bei der Prüfung verfügt das Bundesgericht über volle Kognition und wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (BGE 140 III 86 E. 2 unten; 140 V 136 E. 1.1). Doch prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten und weiteren verfassungsmässigen Rechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG; BGE 142 II 369 E. 2.1 m.w.H.).

1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG). Die vorinstanzlichen Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (Art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
BV; BGE 137 II 353 E. 5.1) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
BGG; BGE 137 III 226 E. 4.2).

II. Direkte Bundessteuer

2.

2.1. Ergibt sich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln, die der Steuerbehörde nicht bekannt waren, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist, oder ist eine unterbliebene oder unvollständige Veranlagung auf ein Verbrechen oder ein Vergehen gegen die Steuerbehörde zurückzuführen, wird laut Art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
DBG die nicht erhobene Steuer samt Zins als Nachsteuer eingefordert (Abs. 1). Hat der Steuerpflichtige Einkommen, Vermögen, Reingewinn oder Eigenkapital in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben und haben die Steuerbehörden die Bewertung anerkannt, kann keine Nachsteuer erhoben werden, selbst wenn die Bewertung ungenügend war (Abs. 2; zur nachfolgenden E. 2 gesamthaft: Urteil 2C 230/2015 vom 3. Februar 2016 E. 2 m.w.H.).

2.2. Gemäss Art. 153 Abs. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
DBG sind im Nachsteuerverfahren die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze sowie das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren sinngemäss anwendbar. Damit gelten auch im Nachsteuerverfahren die allgemeinen Grundsätze zur Be- weislast und Mitwirkungspflicht im System der gemischten Veranlagung (vgl. Art. 123 ff
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
. DBG; BGE 121 II 273 E. 3c/aa). Nach der im Steuerrecht herrschenden Normentheorie trägt die Steuerbehörde die Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen. Dagegen ist der Steuerpflichtige für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen beweisbelastet (Art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
ZGB analog; BGE 138 II 57 E. 7.1; 133 II 153 E. 4.3).

2.2.1. Nach Artikel 123 Absatz 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
DBG stellen die Veranlagungsbehörden zusammen mit dem Steuerpflichtigen die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest. Behörden und Steuerpflichtiger arbeiten grundsätzlich gemeinsam auf eine richtige und vollständige Veranlagung hin. Der Steuerpflichtige muss alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Art. 126 Abs. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 126 Collaboration ultérieure - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques qui exercent une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent conserver pendant dix ans les livres ou les relevés prévus à l'art. 125, al. 2, ainsi que les pièces justificatives en relation avec leur activité. Le mode de tenue et de conservation de ces documents est régi par les art. 957 à 958f CO227.228 229
DBG). Insbesondere muss er das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (Art. 124 Abs. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 124 Déclaration d'impôt - 1 L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
1    L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
2    Le contribuable doit remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; il doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité fiscale compétente avec les annexes prescrites, dans le délai qui lui est imparti.221
3    Le contribuable qui omet de déposer la déclaration d'impôt ou qui dépose une déclaration incomplète est invité à remédier à l'omission dans un délai raisonnable.222
4    Le contribuable qui dépasse le délai imparti pour remettre sa déclaration ou la retourner lorsqu'elle lui a été renvoyée pour qu'il la complète est excusé s'il établit que, par suite de service militaire, de service civil, d'absence du pays, de maladie ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de remplir cette obligation en temps utile et qu'il s'en est acquitté dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.223
DBG); dazu hat er bestimmte Beilagen einzureichen, und er trägt die Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit der Steuererklärung. Ist er sich über die steuerrechtliche Bedeutung einer Tatsache im Unklaren, darf er diese nicht einfach verschweigen, sondern hat er auf die Unsicherheit hinzuweisen. Jedenfalls muss er die Tatsache als solche vollständig und zutreffend darlegen (Urteile 2C 868/2020 vom 25. August 2021 E. 2.2.1; 2C 651/2017 vom 2. November 2017 E. 2.2.1 m.w.H.).

2.2.2. Demgegenüber prüft die Veranlagungsbehörde die Steuererklärung und nimmt die erforderlichen Untersuchungen vor (Art. 130 Abs. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 130 Exécution - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable.
DBG). Die Steuerbehörde darf sich jedoch grundsätzlich darauf verlassen, dass die Steuererklärung richtig und vollständig ist. Sie ist nicht verpflichtet, ohne besonderen Anlass Quervergleiche mit Akten anderer Steuerpflichtiger vorzunehmen oder im Steuerdossier nach ergänzenden Unterlagen zu suchen. Die Steuerbehörde darf freilich auch nicht unbesehen in der Art auf die Steuererklärung abstellen, wie wenn es sich um eine Selbstveranlagung handeln würde. Sie muss insbesondere berücksichtigen, dass in den Steuererklärungsformularen nicht nur Tatsachen einzutragen sind, sondern sich dabei auch eigentliche Rechtsfragen stellen (Urteil 2C 868/2020 vom 25. August 2021 E. 2.2.2).

3.
In Anwendung dieser Bestimmungen hat das Kantonale Steueramt bei der Beschwerdeführerin namentlich zwei Aufrechnungen aufgrund verdeckter Gewinnausschüttung - im Zusammenhang mit internen Abrechnungen gegenüber der D.________ AG - vorgenommen.

3.1. Das Verwaltungsgericht hat seine Beurteilung betreffend die mit der Zusammenarbeit zwischen den zwei Gesellschaften (Positionen ''Interne Verrechnung mit D.________ AG, V.________" für die Steuerperioden 2009 bis 2011 und "Interne Verrechnung zu Gunsten B.________ AG, U.________" hinsichtlich 2012) begründeten Aufrechnungen namentlich auf folgende tatsächlichen Feststellungen gestützt:

3.1.1. Die Beschwerdeführerin und die D.________ AG waren in den streitbetroffenen Nachsteuerjahren beide in den Bereichen Reinigungen, Hauswartungen und Gebäudeunterhalt tätig. Insgesamt beschäftigten sie über 1'000 Mitarbeiter. Zwischen den zwei Gesellschaften fand ein reger interner Leistungsaustausch statt, indem bei Bedarf Mitarbeiter der Pflichtigen auch Tätigkeiten für die D.________ AG ausführten und umgekehrt. Dieser interne Leistungsaustausch zeigte sich in der Bilanz der beiden Gesellschaften in der Ertragsposition "Interne Verrechnung", welche in den Jahren 2009 bis 2011 einen Saldo zu Gunsten der D.________ AG und im Jahr 2012 einen Saldo zu Gunsten der Beschwerdeführerin auswies.

3.1.2. Im August 2016 nahm das Kantonale Steueramt gegenüber der Beschwerdeführerin eine Buchprüfung vor (vgl. oben Sachverhalt A.). Im Prüfungsbericht führte der Revisor aus, dass die von Geschäftspartnern beider Gesellschaften generierten Einnahmen in den Jahren 2009 bis 2011 an die Beschwerdeführerin gingen und diese einen Anteil davon an die D.________ AG weiterleitete; ab 2012 übernahm die D.________ AG die Fakturierung und leitete der Beschwerdeführerin deren Umsatzanteil weiter. Gemäss Bericht zur Buchprüfung wurden die internen Verrechnungen 2009 bis 2012 detailliert geprüft. Dabei stellte der Revisor fest, dass die Umsatzverteilung entgegen den Rechnungslegungsvorschriften durch Korrekturbuchungen am Jahresende zulasten der Beschwerdeführerin ausgefallen war. Er korrigierte diese Falschbuchungen mittels der von ihm vorgenommenen Aufrechnungen (vgl. zum Ganzen ausführlich E. 3.1 des angefochtenen Urteils).

3.2. Die den beiden Aufrechnungen zugrunde liegende Sachverhaltsermittlung bzw. Beweiswürdigung des Verwaltungsgerichts erweist sich für das Bundesgericht als verbindlich, wenn es der Beschwerdeführerin nicht gelingt, diese tatsächlichen Feststellungen als geradezu offensichtlich unzutreffend darzutun (vgl. oben E. 1.3). Die hier vorgebrachten Einwendungen vermögen jedoch weder einzeln noch zusammengenommen eine solche willkürliche Faktengrundlage aufzuzeigen.

3.2.1. Das gilt zuerst einmal für den Vorwurf, das Verwaltungsgericht habe in E. 3.1.2 und 3.3.2.2 des angefochtenen Urteils aktenwidrig festgestellt, dass der Bücherrevisor anlässlich der im August 2016 erfolgten Buchprüfung die internen Verrechnungen zwischen den F.________-Gesellschaften detailliert geprüft habe.

Dieser Vorwurf geht vom Ansatz her an der Sache vorbei. Im August 2016 nahm der Revisor ohne Zweifel eine eingehende und detaillierte Prüfung der Bücher der Beschwerdeführerin - und namentlich der Ertragsposition "Interne Verrechnung" jeweils für die Jahre 2009 bis 2012 - vor. Er korrigierte die dabei festgestellten Falschbuchungen und nahm gestützt darauf die entsprechenden Aufrechnungen vor. (vgl. oben E. 2.1.2).

Der Einwand der Beschwerdeführerin bezieht sich in Wirklichkeit auf etwas Anderes, nämlich auf eine "Interne Verrechnung der geleisteten Arbeitsstunden", womit sie den Umstand des gegenseitigen Personalaustauschs meint. Sie erhob jedoch den Einwand, die F.________-Gesellschaften hätten sich bei verschiedenen Aufträgen gegenseitig Personal zur Verfügung gestellt, erst im Nachsteuerverfahren, also nach erfolgter Buchprüfung. Der Revisor konnte den gegenseitigen Personalaustausch somit bei seiner Buchprüfung im August 2016 nicht berücksichtigen. Die auf dieser Buchprüfung beruhende Faktengrundlage kann unter den gegebenen Umständen nicht als aktenwidrig bezeichnet werden.

3.2.2. In E. 3.3.2.2 des angefochtenen Urteils hat die Vorinstanz geprüft, ob die Beschwerdeführerin den von ihr geltend gemachten gegenseitigen Personalaustausch rechtsgenügend nachgewiesen hatte. Das hat sie verneint, was die Beschwerdeführerin als aktenwidrig erachtet, ohne damit aber eine geradezu willkürliche Sachverhaltsermittlung bzw. Beweiswürdigung aufzuzeigen.

Das gilt namentlich für folgende Feststellungen des Verwaltungsgerichts: Hinsichtlich des Umfangs des Personalaustauschs existierten keine Aufzeichnungen. Auch im Nachsteuerverfahren vermochte die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend nachzuweisen, dass die D.________ AG der Beschwerdeführerin in einem höheren Ausmass Personal zur Verfügung gestellt hatte als umgekehrt. Der gegenseitige Personalaustausch mit der D.________ AG wurde buchhalterisch nicht erfasst, und weil diesbezüglich keine Aufzeichnungen geführt wurden, erschien der Austausch nach dem Rechnungslegungsgrundsatz "Keine Buchung ohne Beleg" auch nicht in den Erfolgsrechnungen. Erst im Verlauf des Nachsteuerverfahrens wurde er als Rechtfertigung für die am Jahresende vorgenommenen Korrekturbuchungen unter der Erfolgsposition "Interne Verrechnungen" geltend gemacht. Dabei blieb aber über das ganze Verfahren im Dunkeln, was die von der D.________ AG angeblich erbrachten Dienstleistungen zum Gegenstand hatten. Konkrete Beispiele, welche die Natur und Notwendigkeit dieser Leistungen aufgezeigt hätten, fehlten ebenso wie irgendwelche Beweise oder Indizien. Ohne jegliche Aufzeichnungen (wie etwa detaillierte Stundenrapporte oder Rechnungen über die gegenseitig geleisteten
Arbeiten) liess sich weder der Bestand noch der Umfang des gegenseitigen Personalaustausches nachvollziehen (vgl. dazu ausführlich E. 3.3, insb. 3.3.2.2, des angefochtenen Urteils).

3.2.3. Ausserdem macht die Beschwerdeführerin geltend, aus den Gewinnzahlen der D.________ AG in den Jahren 2013 bis 2016 ergebe sich, dass die Aufrechnungen durch das kantonale Steueramt zu einer massiven Überbesteuerung führen würden, was auch die vorzunehmende konsolidierte Betrachtungsweise belege. Willkürlich sei es weiter, dass die für die Aufrechnungen im Nachsteuerverfahren beweisbelasteten Steuerbehörden keine Erklärung für die unterschiedlichen Gewinnzahlen der beiden Gesellschaften erbracht und die Entwicklung der nachfolgenden Jahre 2013 bis 2016 ausser Acht gelassen hätten.

Eine solche Willkür ist jedoch nicht ersichtlich. Die Aufrechnungen im Nachsteuerverfahren sind darauf zurückzuführen, dass zwischen den beiden Gesellschaften unter dem Konto "Interne Verrechnungen" eine gegen die Rechnungslegungsvorschriften verstossende Umsatzverteilung zulasten der Beschwerdeführerin erfolgte. Das belegte die im Nachsteuerverfahren für steuererhöhende Tatsachen beweisbelastete Behörde und wurde von der Beschwerdeführerin nicht in Abrede gestellt, sondern explizit anerkannt (vgl. Rz 35 der Beschwerdeschrift: "formal nicht korrekt verbucht"). Es kann nicht Aufgabe dieser Behörde sein, Gewinnsituationen und Gewinnentwicklungen zu beurteilen, welche die vorzunehmenden Aufrechnungen im Nachhinein neutralisieren könnten oder sich auf andere Steuerperioden beziehen.

3.3. Wenn sich die vom Verwaltungsgericht seiner Beurteilung zugrunde gelegten tatsächlichen Feststellungen für das Bundesgericht als verbindlich erweisen, ist nicht ersichtlich, wie die von der Vorinstanz daraus gezogenen rechtlichen Schlüsse gegen Art. 151 Abs. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
DBG verstossen würden. Ebenso wenig rechtfertigt sich eine bloss ermessensweise Korrektur der festgestellten Falschbuchungen. Die in Zusammenhang mit den internen Verrechnungen zwischen den beiden Gesellschaften verfügten Aufrechnungen sind als bundesrechtskonform zu bestätigen.

4.
Umstritten ist im Übrigen eine Aufrechnung gegenüber der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit zwei in ihre Buchhaltung übernommenen Aktien eines Sportclubs, deren Eigentümer A.C.________ war.

4.1. Das Kantonale Steueramt hat in seiner Verfügung erwogen, dass A.C.________ und nicht die Beschwerdeführerin Aktionär der Grasshopper Fussball Holding AG war. Die Auslagen im Zusammenhang mit der Zeichnung dieser Aktien in den Jahren 2011 und 2012 in Höhe von je Fr. 50'000.- hätten bei der Beschwerdeführerin nicht als Aufwand auf dem Konto "Diverse Reklamekosten'' verbucht werden dürfen; sie stellten geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand dar und seien bei der Gesellschaft infolge verdeckter Gewinnausschüttung an A.C.________ aufzurechnen.

4.2. Das hat das Verwaltungsgericht mit folgender Begründung bestätigt: Unabhängig von der Frage, wer die Aktien zeichnete, wären diese gemäss Art. 959 Abs. 2
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959 - 1 Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
1    Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
2    L'actif comprend les éléments du patrimoine dont l'entreprise peut disposer en raison d'événements passés, dont elle attend un flux d'avantages économiques et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant. Aucun autre élément du patrimoine ne peut être porté au bilan.
3    L'actif circulant comprend la trésorerie et les actifs qui seront vraisemblablement réalisés au cours des douze mois suivant la date du bilan, dans le cycle normal des affaires ou d'une autre manière. Tous les autres actifs sont classés dans l'actif immobilisé.
4    Le passif comprend les capitaux étrangers et les capitaux propres.
5    Les capitaux étrangers comprennent les dettes qui résultent de faits passés, qui entraînent un flux probable d'avantages économiques à la charge de l'entreprise et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant.
6    Les capitaux étrangers à court terme comprennent les dettes qui seront vraisemblablement exigibles dans les douze mois suivant la date du bilan ou dans le cycle normal des affaires. Toutes les autres dettes sont classées dans les capitaux étrangers à long terme.
7    Les capitaux propres sont présentés et structurés en fonction de la forme juridique de l'entreprise.
OR - je nach geplanter Haltedauer im Umlauf- oder Anlagevermögen - zu aktivieren gewesen. Einem allfälligen Wertverlust aufgrund der schlechten Lage der Fussballclub Grasshopper Holding AG hätte gemäss Art. 960a Abs. 3
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 960a - 1 Lors de sa première comptabilisation, un actif est évalué au plus à son coût d'acquisition ou à son coût de revient.
1    Lors de sa première comptabilisation, un actif est évalué au plus à son coût d'acquisition ou à son coût de revient.
2    Lors des évaluations subséquentes, la valeur de l'actif ne peut être supérieure à son coût d'acquisition ou à son coût de revient. Les dispositions relatives à certaines catégories d'actifs sont réservées.
3    Les pertes de valeur dues à l'utilisation de l'actif et au facteur temps sont comptabilisées par le biais des amortissements, celles dues à d'autres facteurs, par le biais de corrections de valeur. Les corrections de valeur et les amortissements sont calculés conformément aux principes généralement admis dans le commerce. Ils sont imputés directement ou indirectement sur l'actif visé, à charge du compte de résultat; leur comptabilisation au passif est prohibée.
4    Des amortissements et corrections de valeur supplémentaires peuvent être opérés à des fins de remplacement et pour assurer la prospérité de l'entreprise à long terme. L'entreprise peut, pour les mêmes motifs, renoncer à dissoudre des amortissements ou des corrections de valeur qui ne sont plus justifiés.
OR mit einer Wertberichtigung Rechnung getragen werden müssen (E. 4.3.2 u. 4.4 des angefochtenen Urteils).

4.3. Dagegen macht die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht geltend, als Voraussetzung für eine Nachsteuer sei eine Unterbesteuerung erforderlich, die hier aber nicht gegeben sei. Bilanzberichtigungen seien im Nachsteuerverfahren zulässig, wenn die zu korrigierenden Mängel gegen zwingende Vorschriften des Handelsrechts verstossen würden. Die direkte Belastung des Aufwands der Investition in die GC-Aktien anstelle Aktivierung mit nachträglicher Wertberichtigung verstosse gemäss Feststellung der Vorinstanz gegen zwingende Vorschriften des Handelsrechts. Eine Korrektur sei somit im Nachsteuerverfahren zulässig und infolge des Überbesteuerungsverbots geboten. Das Kantonale Steueramt habe im Rahmen der Revision die wirtschaftlich schwierige Situation von GC in den geprüften Jahren selbst festgehalten, und ein Wertberichtigungsbedarf sei damit erstellt.

4.4. In diesem Punkt ist die Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abzuweisen (vgl. oben E. 1.2), die sich weitgehend aus der Beschwerdeantwort des Kantonalen Steueramtes vor Bundesgericht ergibt (vgl. dort Ziff. 2 S. 8 ff.). Grundlegend ist festzuhalten, dass nicht die Beschwerdeführerin die Aktien zeichnete und erwarb, sondern ihr Aktionär A.C.________ (was die Beschwerdeführerin so bestätigt, vgl. Ziff. 24 ihrer Replik). Eine Übernahme der Kosten für diesen Kauf war für die Gesellschaft geschäftsmässig nicht begründet, im Gegensatz zu all den anderen, durch das Steueramt zugelassenen Abzügen im Werbe-, Networking- und Sponsoring-Bereich. So anerkannte das Amt als gewinnmindernd nicht nur die gesamten deklarierten Ausgaben für Inserate, Bandenwerbungen und Tickets, sondern sogar den jährlichen Mitgliederbeitrag von A.C.________ im sog. GC-"Donnerstagsclub" (Fr. 9'000.-- jährlich, daneben im Jahr 2010 einen ausserordentlichen Sanierungsbeitrag von Fr. 15'000.--, den jedes Mitglied des "Donnerstagclubs" aufgrund der wirtschaftlich schwierigen Situation des Vereins leistete).
Einem unabhängigen Dritten hätte die Beschwerdeführerin diesen Aktien-Kauf nicht finanziert. Daran konnte die Steuerbehörde ohne weiteres die Annahme einer verdeckten Gewinnausschüttung der Gesellschaft an deren Aktionär knöpfen. Wie schon im Bereich der "Internen Verrechnungen" mit der D.________ AG (vgl. dazu ausführlich oben E. 3), handelt es sich bei der Übernahme der Kosten für den Kauf der Aktien um einen weiteren Einzelaspekt, in Bezug auf den die Beschwerdeführerin in den hier zu beurteilenden Steuerperioden 2009 bis 2012 gegenüber nahestehenden Gesellschaften und Personen geschäftsmässig nicht begründete Aufwendungen deklarierte, die im Nachsteuerverfahren bei ihrem steuerbaren Gewinn aufzurechnen sind.

4.5. Gegen die Verweigerung der geschäftsmässigen Begründetheit kann im Übrigen nicht eingewendet werden, A.C.________ habe durch den Kauf der Aktien keine Vorteile erlangt, im Gegensatz zur Beschwerdeführerin (insbesondere durch den Eingang diverser Reinigungsaufträge an das Unternehmen). Wie das Kantonale Steueramt zutreffend hervorhebt (vgl. Ziff. 2.3 S. 9 in fine der Beschwerdeantwort vom 25. März 2021), wären allfällige Dividendenzahlungen und der Erlös für den Verkauf der Aktien an A.C.________ persönlich (und nicht an die Beschwerdeführerin) gegangen. Es kann weiter offenbleiben, ob der Aktienkauf daneben auch für die D.________ AG (gegebenenfalls sogar für die Kollektivgesellschaft der beiden Brüder, vgl. dazu oben Sachverhalt/A.) indirekte Vorteile brachte; solche Vorteile könnten bei dieser Gesellschaft eine Übernahme der Kaufkosten ohnehin nicht als geschäftsmässig begründet erscheinen lassen.

5.
Daraus ergibt sich für alle im Bereich der direkten Bundessteuer noch strittigen Aufrechnungen, dass die Beschwerde abzuweisen ist.

III. Staats- und Gemeindesteuern

6.
Die für die Staats- und Gemeindesteuern anwendbaren Bestimmungen stimmen mit denen zur direkten Bundessteuer überein (vgl. insb. Art. 53 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
, Art. 42 Abs. 1 u
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 42 Obligations du contribuable - 1 Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
1    Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte.
2    Sur demande de l'autorité de taxation, il doit notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires.
3    Les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration:
a  les comptes annuels signés (bilan, compte de résultats) concernant la période fiscale, ou
b  en cas de tenue d'une comptabilité simplifiée en vertu de l'art. 957, al. 2, CO186: un relevé des recettes et des dépenses, de l'état de la fortune ainsi que des prélèvements et apports privés concernant la période fiscale.187
4    Le mode de tenue et de conservation des documents visés à l'al. 3 est régi par les art. 957 à 958f CO.188
. Art. 46 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 46 Taxation - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle communique au contribuable les modifications apportées à sa déclaration au plus tard lors de la notification de la décision de taxation.
3    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou si les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue faute de données suffisantes.
StHG; § 160, 132 Abs. 1 u. 133 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997). Das muss zum selben Ergebnis und somit auch diesbezüglich zur Abweisung der Beschwerde führen.

IV. Kostenfolgen

7.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.

2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.

3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Staat Zürich, Kantonales Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 29. November 2021

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Seiler

Der Gerichtsschreiber: Matter