Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C_696/2013

Urteil vom 29. April 2014

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Seiler, Bundesrichterin Aubry Girardin, Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,
Gerichtsschreiber Egli.

Verfahrensbeteiligte
Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich,
Beschwerdeführer,

gegen

A.________ AG,
Beschwerdegegnerin,
vertreten durch Herrn Dr. Walter Jakob,

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern 2005, 2006, 2007,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 12. Juni 2013.

Sachverhalt:

A.

Die A.________ AG (bzw. ihre Rechtsvorgängerin) hatte per 30. November 2004 im Rahmen einer Fusion sämtliche Aktiven und Passiven der B.________ AG übernommen. In der Steuererklärung 2004 brachte die A.________ AG den Verlustvortrag der B.________ AG von Fr. 28'482'740.-- vom ausgewiesenen Reingewinn des Geschäftsjahres 2004 in Abzug. In der Folge verweigerte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteilen vom 18. November 2009 den Verlustabzug sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004.

Die A.________ AG zog das Urteil des Verwaltungsgerichts hinsichtlich der direkten Bundessteuer ans Bundesgericht weiter, während sie dasjenige bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern in Rechtskraft erwachsen liess. Das Bundesgericht erkannte (im zweiten Rechtsgang) mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 auf Zulässigkeit des Abzugs der Vorjahresverluste und setzte den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004 auf Fr. 0.-- fest.

B.

In den Steuererklärungen 2005, 2006 und 2007 brachte die A.________ AG den um den Gewinn 2004 gekürzten, verbleibenden Verlustvortrag der B.________ AG zum Abzug, wonach sich für jede der drei Steuerperioden ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.-- ergab. Das Kantonale Steueramt Zürich verweigerte mit Einschätzungsentscheiden vom 25. Mai 2011 bzw. Einspracheentscheid vom 5. April 2012 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern die Verlustverrechnung und schätzte die A.________ AG mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 5'854'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2005), Fr. 4'919'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2006) und Fr. 5'440'600.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2007) ein. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht am 28. Juni 2012 ab. Die anschliessende Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht am 12. Juni 2013 gut und setzte den steuerbaren Reingewinn für die Steuerperioden 2005 bis 2007 auf jeweils Fr. 0.-- fest.

C.

Vor Bundesgericht beantragt das Kantonale Steueramt Zürich, den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Juni 2013 aufzuheben und den Einspracheentscheid vom 5. April 2012 zu bestätigen.

Die A.________ AG und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) verzichtet auf Vernehmlassung.

D.

Das Bundesgericht hat die Angelegenheit am 29. April 2014 öffentlich beraten.

Erwägungen:

1.

1.1. Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
und Art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
BGG). Das Kantonale Steueramt Zürich ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
BGG i.V.m. Art. 73 Abs. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) zur Beschwerde befugt (siehe auch § 154 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [LS 631.1; nachfolgend: StG/ZH]; BGE 134 I 303 E. 1.2 S. 305 f.; 134 II 124 E. 2.6.3 S. 130 f.). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.

1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
und 96
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 96 Diritto estero - Il ricorrente può far valere che:
a  non è stato applicato il diritto estero richiamato dal diritto internazionale privato svizzero;
b  il diritto estero richiamato dal diritto internazionale privato svizzero non è stato applicato correttamente, sempreché la decisione non concerna una causa di natura pecuniaria.
BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
und 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; Urteil 2C_124/2013 vom 25. November 2013 E. 1.6).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür und unterliegt den erhöhten Rügeanforderungen des Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.).

1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
BGG (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
i.V.m. Art. 42 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
und Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG; vgl. zum Ganzen BGE 139 II 404 E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).

2.
Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin für die Staats- und Gemeindesteuern in der Steuerperiode 2004 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 2'759'800.-- veranlagt wurde. Weiter ist unbestritten, dass - entsprechend dem vom Bundesgericht mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 betreffend die direkte Bundessteuer 2004 Entschiedenen - die Beschwerdegegnerin den Verlust, den sie im Rahmen der Fusion von der B.________ AG übernahm, auch für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 hätte zur Anrechnung bringen können. Schliesslich ist unbestritten, dass bei Anrechnung dieses Verlustes - also im Umfang von Fr. 2'759'800.-- und damit Veranlagung mit einem Gewinn von Fr. 0.-- in der Steuerperiode 2004 - der ab Steuerperiode 2005 noch verbleibende verrechenbare Verlust Fr. 25'722'900.-- betragen hätte.
Streitig ist dagegen, ob die Beschwerdegegnerin diesen verbleibenden Verlust von Fr. 25'722'900.-- in den Steuerperioden 2005, 2006 und 2007 mit ihren Gewinnen verrechnen kann, obschon sie in der Steuerperiode 2004 rechtskräftig mit einem Gewinn eingeschätzt wurde.

3.

3.1. Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reingewinn (Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.110
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.111 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.112
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.113
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.114 115
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.116
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.117
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
StHG; § 63 StG/ZH). Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten (Art. 25 Abs. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 25 Oneri - 1 Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
1    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
a  le imposte federali, cantonali e comunali;
b  i versamenti a istituzioni di previdenza in favore del personale, in quanto sia esclusa ogni utilizzazione contraria allo scopo;
c  le prestazioni volontarie in contanti e in altri beni, entro i limiti determinati dal diritto cantonale, a persone giuridiche con sede in Svizzera che sono esentate dall'imposta in virtù del loro scopo pubblico o di utilità pubblica (art. 23 cpv. 1 lett. f) nonché alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e ai loro stabilimenti (art. 23 cpv. 1 lett. a-c);
d  i ribassi, gli sconti, gli abbuoni e i rimborsi sulla rimunerazione di forniture e prestazioni, nonché le eccedenze che le società d'assicurazione destinano alla distribuzione agli assicurati;
e  le spese di formazione e formazione continua professionali del personale, comprese le spese di riqualificazione;
f  le sanzioni finalizzate al prelievo dell'utile illecito, nella misura in cui non abbiano carattere penale.
1bis    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale non comprendono segnatamente:
a  i versamenti di retribuzioni corruttive ai sensi del diritto penale svizzero;
b  le spese finalizzate a rendere possibili reati o che costituiscono la controprestazione per la commissione di reati;
c  le multe;
d  le sanzioni pecuniarie amministrative, nella misura in cui abbiano carattere penale.133
1ter    Se pronunciate da autorità penali o amministrative estere, le sanzioni di cui al capoverso 1bis lettere c e d sono deducibili se:
a  sono contrarie all'ordine pubblico svizzero; o
b  il contribuente dimostra in modo plausibile di aver intrapreso tutto quanto si poteva ragionevolmente pretendere per conformarsi alla legge.134
2    Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di tali anni.135
3    Le perdite degli esercizi commerciali anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni che sono destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 24 capoverso 2 lettera a.
4    I capoversi 2 e 3 si applicano anche in caso di trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva all'interno della Svizzera.136
StHG; § 70 Abs. 1 StG/ZH). Die Regelung bei der direkten Bundessteuer stimmt damit inhaltlich überein (Art. 57
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto.
und 67
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 67 Deduzione delle perdite - 1 Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
1    Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
2    Le perdite degli esercizi anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 60 lettera a.
DBG [SR 642.11]; Urteil 2C_1027/2011 / 2C_1028/2011 vom 14. Juni 2012 E. 5, in: StR 67/2012 S. 593).

Mit dieser gesetzlich vorgesehenen Möglichkeit, Gewinne mit früheren Verlusten zu verrechnen, wird das im Steuerrecht geltende Periodizitätsprinzip durchbrochen, um bis zu einem gewissen Grad dem Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit gerecht zu werden (vgl. z.B. Urteil 2C_33/2009 vom 27. November 2009 E. 3.2, publ. in: StE 2010 B 23.9 Nr. 13). Soll das Periodizitätsprinzip nicht ausgehöhlt werden, können die mit ihm verbundenen Härten aber nicht vollständig beseitigt werden. Das Gesetz selbst beschränkt die Verrechnungsmöglichkeit daher in zweierlei Hinsicht: Zum einen können Verluste höchstens aus den sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren geltend gemacht werden; zum andern ist der Abzug nur zulässig, wenn er in vorausgehenden Jahren nicht berücksichtigt werden konnte ( AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 2 zu Art. 67
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 67 Deduzione delle perdite - 1 Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
1    Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
2    Le perdite degli esercizi anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 60 lettera a.
DBG; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 6 zu Art. 67
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 67 Deduzione delle perdite - 1 Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
1    Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
2    Le perdite degli esercizi anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 60 lettera a.
DBG). Hat es die steuerpflichtige Person versäumt, in einer früheren Steuerperiode einen Verlust bzw. einen Verlustvortrag vom Reingewinn abzuziehen, kann die Verlustverrechnung in einer späteren Steuerperiode nicht nachgeholt werden. Verluste sind
stets im nächstmöglichen Jahr mit Gewinn zu verrechnen; Verzögerungen sind unzulässig (Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung; Urteil 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1 mit Hinweisen, in: StR 58/2003 S. 365).
Das Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung - mitunter auch "Verrechnungszwang" genannt - ist als solches in Lehre wie Praxis anerkannt. Kontrovers diskutiert wird dagegen, ob daraus folgt, eine spätere Berücksichtigung von Verlustüberschüssen sei generell ausgeschlossen, wenn eine rechtskräftige Veranlagung nicht auf Null gelautet hat (so BRÜLISAUER/HELBING, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 9 zu Art. 67
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 67 Deduzione delle perdite - 1 Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
1    Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
2    Le perdite degli esercizi anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 60 lettera a.
DBG; ROBERT DANON, in: Commentaire romand LIFD, 2008, N. 9 zu Art. 67
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 67 Deduzione delle perdite - 1 Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
1    Dall'utile netto del periodo fiscale possono essere dedotte le perdite di sette esercizi precedenti il periodo fiscale (art. 79), in quanto non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di quegli anni.
2    Le perdite degli esercizi anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 60 lettera a.
DBG; KUHN/BRÜLISAUER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, 2. Aufl. 2002, N. 46 zu Art 25
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 25 Oneri - 1 Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
1    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
a  le imposte federali, cantonali e comunali;
b  i versamenti a istituzioni di previdenza in favore del personale, in quanto sia esclusa ogni utilizzazione contraria allo scopo;
c  le prestazioni volontarie in contanti e in altri beni, entro i limiti determinati dal diritto cantonale, a persone giuridiche con sede in Svizzera che sono esentate dall'imposta in virtù del loro scopo pubblico o di utilità pubblica (art. 23 cpv. 1 lett. f) nonché alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e ai loro stabilimenti (art. 23 cpv. 1 lett. a-c);
d  i ribassi, gli sconti, gli abbuoni e i rimborsi sulla rimunerazione di forniture e prestazioni, nonché le eccedenze che le società d'assicurazione destinano alla distribuzione agli assicurati;
e  le spese di formazione e formazione continua professionali del personale, comprese le spese di riqualificazione;
f  le sanzioni finalizzate al prelievo dell'utile illecito, nella misura in cui non abbiano carattere penale.
1bis    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale non comprendono segnatamente:
a  i versamenti di retribuzioni corruttive ai sensi del diritto penale svizzero;
b  le spese finalizzate a rendere possibili reati o che costituiscono la controprestazione per la commissione di reati;
c  le multe;
d  le sanzioni pecuniarie amministrative, nella misura in cui abbiano carattere penale.133
1ter    Se pronunciate da autorità penali o amministrative estere, le sanzioni di cui al capoverso 1bis lettere c e d sono deducibili se:
a  sono contrarie all'ordine pubblico svizzero; o
b  il contribuente dimostra in modo plausibile di aver intrapreso tutto quanto si poteva ragionevolmente pretendere per conformarsi alla legge.134
2    Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di tali anni.135
3    Le perdite degli esercizi commerciali anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni che sono destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 24 capoverso 2 lettera a.
4    I capoversi 2 e 3 si applicano anche in caso di trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva all'interno della Svizzera.136
StHG; BERNHARD F. SCHÄRER, Verlustverrechnung von Kapitalgesellschaften im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, 1997, S. 68 f.; a.M. - zumindest mit Bezug auf die ordentliche Veranlagung - R EICH/WALDBURGER, Rechtsprechung im Jahr 2006 (1. Teil), FStR 2007 S. 228 ff., 237 ff.; J ULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2. Aufl. 2011, S. 142; ROLF BENZ, Ordentliche Verlustverrechnung bei selbständig Erwerbenden nach Art. 211
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 25 Oneri - 1 Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
1    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale comprendono anche:128
a  le imposte federali, cantonali e comunali;
b  i versamenti a istituzioni di previdenza in favore del personale, in quanto sia esclusa ogni utilizzazione contraria allo scopo;
c  le prestazioni volontarie in contanti e in altri beni, entro i limiti determinati dal diritto cantonale, a persone giuridiche con sede in Svizzera che sono esentate dall'imposta in virtù del loro scopo pubblico o di utilità pubblica (art. 23 cpv. 1 lett. f) nonché alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e ai loro stabilimenti (art. 23 cpv. 1 lett. a-c);
d  i ribassi, gli sconti, gli abbuoni e i rimborsi sulla rimunerazione di forniture e prestazioni, nonché le eccedenze che le società d'assicurazione destinano alla distribuzione agli assicurati;
e  le spese di formazione e formazione continua professionali del personale, comprese le spese di riqualificazione;
f  le sanzioni finalizzate al prelievo dell'utile illecito, nella misura in cui non abbiano carattere penale.
1bis    Gli oneri giustificati dall'uso commerciale non comprendono segnatamente:
a  i versamenti di retribuzioni corruttive ai sensi del diritto penale svizzero;
b  le spese finalizzate a rendere possibili reati o che costituiscono la controprestazione per la commissione di reati;
c  le multe;
d  le sanzioni pecuniarie amministrative, nella misura in cui abbiano carattere penale.133
1ter    Se pronunciate da autorità penali o amministrative estere, le sanzioni di cui al capoverso 1bis lettere c e d sono deducibili se:
a  sono contrarie all'ordine pubblico svizzero; o
b  il contribuente dimostra in modo plausibile di aver intrapreso tutto quanto si poteva ragionevolmente pretendere per conformarsi alla legge.134
2    Dall'utile netto del periodo fiscale sono dedotte le perdite dei sette esercizi commerciali che precedono il periodo fiscale (art. 31 cpv. 2), sempreché non se ne sia potuto tenere conto per il calcolo dell'utile netto imponibile di tali anni.135
3    Le perdite degli esercizi commerciali anteriori che non abbiano ancora potuto essere dedotte dagli utili possono essere compensate con le prestazioni che sono destinate a equilibrare un bilancio deficitario nell'ambito di un risanamento e che non costituiscono apporti ai sensi dell'articolo 24 capoverso 2 lettera a.
4    I capoversi 2 e 3 si applicano anche in caso di trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva all'interno della Svizzera.136
DBG, zsis) 2010, Monatsflash Nr. 7, Ziff. 3.6.2; ROMAN BLÖCHLIGER, Die Nachholung der in früheren Jahren unterlassenen Verlustverrechnung, StR 2006 S. 578 ff., 580 f.; FRANK LAMPERT,
Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 154; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 6 zu § 29 StG/ZH; FELIX SCHALCHER, Die Sanierung von Kapitalgesellschaften im schweizerischen Steuerrecht, 2008, Rz. 186).

3.2. Das Bundesgericht hat den Verrechnungsausschluss bei positiver Veranlagung bereits im Urteil 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1, publ. in: StR 58/2003 S. 365 ff., mit folgender Begründung bejaht: "Wird die juristische Person in einer Steuerperiode zu einem Reingewinn veranlagt und ficht sie diese Veranlagung nicht an, können Verluste aus dem massgeblichen Geschäftsjahr bzw. die Verlustüberträge aus früheren Geschäftsjahren in den nachfolgenden Steuerperioden (...) nicht mehr zum Abzug gebracht werden. Da die Verlustverrechnung nicht aufgeschoben werden darf, rechtfertigt der Verzicht auf die Ergreifung eines Rechtsmittels gegen eine derartige Veranlagung die Annahme, dass keine verrechenbare Verluste (mehr) vorliegen. Insofern liegt über das Bestehen von Verlusten bzw. über deren vollständige Kompensation mit Gewinnen bis und mit Abschluss des zuletzt steuerlich erfassten Geschäftsjahres ein rechtskräftiger Entscheid vor, auf welchen nicht mehr zurückgekommen werden kann, es sei denn, die Voraussetzungen einer Revision seien erfüllt. Dies im Unterschied zu einer Veranlagung zu einem Reingewinn von Fr. 0.--; eine solche lässt die Möglichkeit der Verlustverrechnung nicht untergehen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.192/2000
vom 9. Mai 2001, publ. in: RDAF 2001 II S. 261 ff., E. 1)."

Diese Rechtsprechung hat das Bundesgericht in der Folge mehrfach bestätigt (Urteile 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65; 2C_240/2011 vom 8. April 2011 E. 2, in: StR 66/2011 S. 679; 2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886; je mit Hinweisen).

3.3. Die Vorinstanz setzt sich von dieser Praxis ab und begründet dies namentlich damit, angesichts der neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts könne am generellen Vorrang des Periodizitätsprinzips bei der Verlustverrechnung insoweit nicht festgehalten werden, als dieser zur unwiderlegbaren Vermutung führe, nach einer positiven Einschätzung seien alle Vorjahresverluste verrechnet. Ein Verstoss gegen den Grundsatz der ungesäumten Verlustverrechnung dürfe der steuerpflichtigen Person zwar keinen Vorteil verschaffen, diese sei aber grundsätzlich auch nicht schlechter zu stellen, wie wenn sie sich an die Regeln gehalten hätte. Folglich müsse der steuerpflichtigen Person grundsätzlich die Möglichkeit offenstehen, die Vermutung fehlender verrechenbarer Verlustvorträge zu entkräften und allfällige noch nicht verrechnete Verlustvorträge rechtsgenügend geltend zu machen und nachzuweisen.

3.4. Die Änderung einer Rechtsprechung muss sich auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Hinblick auf das Gebot der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung für zutreffend erachtet worden ist. Eine Praxisänderung lässt sich grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht (BGE 138 III 359 E. 6.1 S. 361; 137 V 314 E. 2.2 S. 316; 135 II 78 E. 3.2 S. 85 mit Hinweisen).

3.4.1. Die Vorinstanz verweist darauf, dass das Bundesgericht das Periodizitätsprinzip nicht in der Weise strikt handhabt, dass es der Abschreibung einer uneinbringlich gewordenen Forderung schon deshalb entgegensteht, weil in einer früheren Periode eine Wertberichtigung der damals schon zweifelhaft gewordenen Forderung hätte vorgenommen werden sollen (BGE 137 II 353). Das ist zwar richtig, das Bundesgericht hat aber präzisiert, dass die Abschreibung, um steuerlich berücksichtigt zu werden, spätestens zu erfolgen hat, wenn in guten Treuen angenommen werden muss, dass die Forderung uneinbringlich geworden ist (BGE 137 II 353 E. 6.4.5 S. 365). Für die hier strittige Frage der Verlustrechnung lässt sich aus diesem Entscheid nichts ableiten. Vielmehr hat das Bundesgericht in Bestätigung seiner konstanten Praxis auch jüngst festgehalten, dass eine positive Gewinnveranlagung für künftige Veranlagungsperioden die nicht widerlegbare Vermutung begründet, alle verrechenbaren Verluste seien bereits berücksichtigt worden (vgl. oben E. 3.2).

3.4.2. Wohl trifft es zu, dass sich die Rechtskraft eines Steuerentscheids grundsätzlich (nur) auf das Dispositiv und zeitlich auf die jeweilige Steuerperiode erstreckt (BGE 140 I 114 E. 2.4 S. 119 ff. mit Hinweisen; aus der Lehre z.B. LAMPERT, a.a.O., S. 154; REICH/ WALDBURGER, a.a.O., S. 238). Indes gibt es Fälle, wo Steuerentscheide über eine bestimmte Steuerperiode hinaus Rechtskraftwirkung entfalten (vgl. bereits BGE 81 I 5 S. 8). So verhält es sich vorliegend: Eine positive Gewinneinschätzung schliesst notwendigerweise die Feststellung mit ein, dass kein verrechenbarer Verlustvortrag (mehr) vorhanden ist. Dabei handelt es sich um die Feststellung einer dauernden, von den besonderen Verhältnissen der einzelnen Steuerperiode grundsätzlich unabhängigen Rechtslage; der Entscheid wirkt daher periodenübergreifend ( MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 26 Rz. 113). Folglich schliesst eine nicht auf Null lautende rechtskräftige Gewinneinschätzung die spätere Berücksichtigung von Verlustüberschüssen generell aus, und zwar unabhängig davon, ob die frühere Einschätzung als solche nach pflichtgemässem Ermessen oder als ordentliche ergangen ist (Urteile 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65;
2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886; je mit Hinweisen; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 9 zu VB §§ 155-162a StG/ZH).

Eine andere Lösung wäre mit der Rechtssicherheit nicht vereinbar. Frühere Beurteilungen der Steuer (justiz) behörden könnten in späteren Steuerperioden immer wieder infrage gestellt werden (vgl. Blöchliger, a.a.O., S. 580); über Verluste erginge nie eine definitive Entscheidung. Die steuerpflichtige Person würde dadurch in die Lage versetzt, in neuen Steuerperioden auf vormals akzeptierte Beurteilungen und eigene Erklärungen zu Bestand und Höhe von Verlusten zurückzukommen, was in Spannung geriete zum Grundsatz von Treu und Glauben und dem daraus folgenden Verbot widersprüchlichen Verhaltens (Art. 5 Abs. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 5 Stato di diritto - 1 Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
1    Il diritto è fondamento e limite dell'attività dello Stato.
2    L'attività dello Stato deve rispondere al pubblico interesse ed essere proporzionata allo scopo.
3    Organi dello Stato, autorità e privati agiscono secondo il principio della buona fede.
4    La Confederazione e i Cantoni rispettano il diritto internazionale.
BV; BGE 97 I 125 E. 3 S. 130 f.; Urteil 2C_475/2008 vom 1. Juli 2009 E. 3.3 mit Hinweisen).

3.4.3. Davon zu unterscheiden ist die Situation bei einer Nullveranlagung: Ergibt sich aufgrund der Verlustverrechnung eine Nullveranlagung, fehlt es der steuerpflichtigen Person in der Folge an einem Feststellungs- oder einem andersartigen Rechtsschutzinteresse, das sie zur Anfechtung des Entscheids und Geltendmachung eines allfälligen überschiessenden Verlustvortrages berechtigen könnte (vgl. dazu jüngst BGE 140 I 114 E. 2.4.1 S. 119 f. mit Hinweisen). In diesem Fall ist die Höhe des für die Nachfolgeperiode massgebenden verbleibenden Verlustvortrags folglich in der Nachfolgeperiode zu prüfen (Urteil 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65).

3.5. Zusammenfassend ergibt sich demnach, dass an der bisherigen Praxis festzuhalten ist. Die Beschwerde erweist sich als begründet, der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. April 2012 zu bestätigen.

Die von der Beschwerdegegnerin erhobenen Rügen dringen nicht durch. Zusätzlich zu den bisherigen Ausführungen ist darauf hinzuweisen, dass sich die Rechtskraft des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 18. November 2009 entgegen der Beschwerdegegnerin nicht durch allfällige Vorbehalte auf den Akontozahlungen beseitigen lässt.

4.
Dem Ausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
BGG). Die Festsetzung der Kosten des kantonalen Verfahrens wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. April 2012 bestätigt.

2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.

3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.

4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 29. April 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Egli