Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C_696/2013

Urteil vom 29. April 2014

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Seiler, Bundesrichterin Aubry Girardin, Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,
Gerichtsschreiber Egli.

Verfahrensbeteiligte
Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich,
Beschwerdeführer,

gegen

A.________ AG,
Beschwerdegegnerin,
vertreten durch Herrn Dr. Walter Jakob,

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern 2005, 2006, 2007,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 12. Juni 2013.

Sachverhalt:

A.

Die A.________ AG (bzw. ihre Rechtsvorgängerin) hatte per 30. November 2004 im Rahmen einer Fusion sämtliche Aktiven und Passiven der B.________ AG übernommen. In der Steuererklärung 2004 brachte die A.________ AG den Verlustvortrag der B.________ AG von Fr. 28'482'740.-- vom ausgewiesenen Reingewinn des Geschäftsjahres 2004 in Abzug. In der Folge verweigerte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteilen vom 18. November 2009 den Verlustabzug sowohl für die Staats- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer der Steuerperiode vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004.

Die A.________ AG zog das Urteil des Verwaltungsgerichts hinsichtlich der direkten Bundessteuer ans Bundesgericht weiter, während sie dasjenige bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern in Rechtskraft erwachsen liess. Das Bundesgericht erkannte (im zweiten Rechtsgang) mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 auf Zulässigkeit des Abzugs der Vorjahresverluste und setzte den steuerbaren Reingewinn für die direkte Bundessteuer vom 1. Januar bis 31. Dezember 2004 auf Fr. 0.-- fest.

B.

In den Steuererklärungen 2005, 2006 und 2007 brachte die A.________ AG den um den Gewinn 2004 gekürzten, verbleibenden Verlustvortrag der B.________ AG zum Abzug, wonach sich für jede der drei Steuerperioden ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.-- ergab. Das Kantonale Steueramt Zürich verweigerte mit Einschätzungsentscheiden vom 25. Mai 2011 bzw. Einspracheentscheid vom 5. April 2012 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern die Verlustverrechnung und schätzte die A.________ AG mit steuerbaren Reingewinnen von Fr. 5'854'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2005), Fr. 4'919'800.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2006) und Fr. 5'440'600.-- (1. Januar bis 31. Dezember 2007) ein. Den dagegen erhobenen Rekurs wies das Steuerrekursgericht am 28. Juni 2012 ab. Die anschliessende Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht am 12. Juni 2013 gut und setzte den steuerbaren Reingewinn für die Steuerperioden 2005 bis 2007 auf jeweils Fr. 0.-- fest.

C.

Vor Bundesgericht beantragt das Kantonale Steueramt Zürich, den angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Juni 2013 aufzuheben und den Einspracheentscheid vom 5. April 2012 zu bestätigen.

Die A.________ AG und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) verzichtet auf Vernehmlassung.

D.

Das Bundesgericht hat die Angelegenheit am 29. April 2014 öffentlich beraten.

Erwägungen:

1.

1.1. Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a , Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Das Kantonale Steueramt Zürich ist gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG i.V.m. Art. 73 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) zur Beschwerde befugt (siehe auch § 154 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [LS 631.1; nachfolgend: StG/ZH]; BGE 134 I 303 E. 1.2 S. 305 f.; 134 II 124 E. 2.6.3 S. 130 f.). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.

1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 138 I 274 E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG; BGE 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 134 II 244 E. 2.2 S. 246; 133 II 249 E. 1.4.2 S. 254; Urteil 2C_124/2013 vom 25. November 2013 E. 1.6).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür und unterliegt den erhöhten Rügeanforderungen des Art. 106 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.).

1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG (Art. 105 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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i.V.m. Art. 42 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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und Art. 106 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
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BGG; vgl. zum Ganzen BGE 139 II 404 E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).

2.
Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin für die Staats- und Gemeindesteuern in der Steuerperiode 2004 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 2'759'800.-- veranlagt wurde. Weiter ist unbestritten, dass - entsprechend dem vom Bundesgericht mit Urteil 2C_351/2011 vom 4. Januar 2012 betreffend die direkte Bundessteuer 2004 Entschiedenen - die Beschwerdegegnerin den Verlust, den sie im Rahmen der Fusion von der B.________ AG übernahm, auch für die Staats- und Gemeindesteuern 2004 hätte zur Anrechnung bringen können. Schliesslich ist unbestritten, dass bei Anrechnung dieses Verlustes - also im Umfang von Fr. 2'759'800.-- und damit Veranlagung mit einem Gewinn von Fr. 0.-- in der Steuerperiode 2004 - der ab Steuerperiode 2005 noch verbleibende verrechenbare Verlust Fr. 25'722'900.-- betragen hätte.
Streitig ist dagegen, ob die Beschwerdegegnerin diesen verbleibenden Verlust von Fr. 25'722'900.-- in den Steuerperioden 2005, 2006 und 2007 mit ihren Gewinnen verrechnen kann, obschon sie in der Steuerperiode 2004 rechtskräftig mit einem Gewinn eingeschätzt wurde.

3.

3.1. Gegenstand der Gewinnsteuer der juristischen Person ist der Reingewinn (Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
StHG; § 63 StG/ZH). Vom Reingewinn der Steuerperiode können Verluste aus sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Reingewinns dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten (Art. 25 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
StHG; § 70 Abs. 1 StG/ZH). Die Regelung bei der direkten Bundessteuer stimmt damit inhaltlich überein (Art. 57
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net.
und 67
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 67 Déduction des pertes - 1 Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
1    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
2    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement, à condition que celles-ci ne constituent pas des apports selon l'art. 60, let. a.
DBG [SR 642.11]; Urteil 2C_1027/2011 / 2C_1028/2011 vom 14. Juni 2012 E. 5, in: StR 67/2012 S. 593).

Mit dieser gesetzlich vorgesehenen Möglichkeit, Gewinne mit früheren Verlusten zu verrechnen, wird das im Steuerrecht geltende Periodizitätsprinzip durchbrochen, um bis zu einem gewissen Grad dem Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit gerecht zu werden (vgl. z.B. Urteil 2C_33/2009 vom 27. November 2009 E. 3.2, publ. in: StE 2010 B 23.9 Nr. 13). Soll das Periodizitätsprinzip nicht ausgehöhlt werden, können die mit ihm verbundenen Härten aber nicht vollständig beseitigt werden. Das Gesetz selbst beschränkt die Verrechnungsmöglichkeit daher in zweierlei Hinsicht: Zum einen können Verluste höchstens aus den sieben der Steuerperiode vorangegangenen Geschäftsjahren geltend gemacht werden; zum andern ist der Abzug nur zulässig, wenn er in vorausgehenden Jahren nicht berücksichtigt werden konnte ( AGNER/JUNG/STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 2 zu Art. 67
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 67 Déduction des pertes - 1 Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
1    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
2    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement, à condition que celles-ci ne constituent pas des apports selon l'art. 60, let. a.
DBG; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 6 zu Art. 67
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 67 Déduction des pertes - 1 Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
1    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
2    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement, à condition que celles-ci ne constituent pas des apports selon l'art. 60, let. a.
DBG). Hat es die steuerpflichtige Person versäumt, in einer früheren Steuerperiode einen Verlust bzw. einen Verlustvortrag vom Reingewinn abzuziehen, kann die Verlustverrechnung in einer späteren Steuerperiode nicht nachgeholt werden. Verluste sind
stets im nächstmöglichen Jahr mit Gewinn zu verrechnen; Verzögerungen sind unzulässig (Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung; Urteil 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1 mit Hinweisen, in: StR 58/2003 S. 365).
Das Gebot der ungesäumten Verlustverrechnung - mitunter auch "Verrechnungszwang" genannt - ist als solches in Lehre wie Praxis anerkannt. Kontrovers diskutiert wird dagegen, ob daraus folgt, eine spätere Berücksichtigung von Verlustüberschüssen sei generell ausgeschlossen, wenn eine rechtskräftige Veranlagung nicht auf Null gelautet hat (so BRÜLISAUER/HELBING, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 9 zu Art. 67
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 67 Déduction des pertes - 1 Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
1    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
2    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement, à condition que celles-ci ne constituent pas des apports selon l'art. 60, let. a.
DBG; ROBERT DANON, in: Commentaire romand LIFD, 2008, N. 9 zu Art. 67
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 67 Déduction des pertes - 1 Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
1    Les pertes des sept exercices précédant la période fiscale (art. 79) peuvent être déduites du bénéfice net de cette période, à condition qu'elles n'aient pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années.
2    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement, à condition que celles-ci ne constituent pas des apports selon l'art. 60, let. a.
DBG; KUHN/BRÜLISAUER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/1, 2. Aufl. 2002, N. 46 zu Art 25
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
StHG; BERNHARD F. SCHÄRER, Verlustverrechnung von Kapitalgesellschaften im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, 1997, S. 68 f.; a.M. - zumindest mit Bezug auf die ordentliche Veranlagung - R EICH/WALDBURGER, Rechtsprechung im Jahr 2006 (1. Teil), FStR 2007 S. 228 ff., 237 ff.; J ULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2. Aufl. 2011, S. 142; ROLF BENZ, Ordentliche Verlustverrechnung bei selbständig Erwerbenden nach Art. 211
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
DBG, zsis) 2010, Monatsflash Nr. 7, Ziff. 3.6.2; ROMAN BLÖCHLIGER, Die Nachholung der in früheren Jahren unterlassenen Verlustverrechnung, StR 2006 S. 578 ff., 580 f.; FRANK LAMPERT,
Die Verlustverrechnung von juristischen Personen im Schweizer Steuerrecht, 2000, S. 154; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 6 zu § 29 StG/ZH; FELIX SCHALCHER, Die Sanierung von Kapitalgesellschaften im schweizerischen Steuerrecht, 2008, Rz. 186).

3.2. Das Bundesgericht hat den Verrechnungsausschluss bei positiver Veranlagung bereits im Urteil 2A.587/2002 vom 11. März 2003 E. 1.1, publ. in: StR 58/2003 S. 365 ff., mit folgender Begründung bejaht: "Wird die juristische Person in einer Steuerperiode zu einem Reingewinn veranlagt und ficht sie diese Veranlagung nicht an, können Verluste aus dem massgeblichen Geschäftsjahr bzw. die Verlustüberträge aus früheren Geschäftsjahren in den nachfolgenden Steuerperioden (...) nicht mehr zum Abzug gebracht werden. Da die Verlustverrechnung nicht aufgeschoben werden darf, rechtfertigt der Verzicht auf die Ergreifung eines Rechtsmittels gegen eine derartige Veranlagung die Annahme, dass keine verrechenbare Verluste (mehr) vorliegen. Insofern liegt über das Bestehen von Verlusten bzw. über deren vollständige Kompensation mit Gewinnen bis und mit Abschluss des zuletzt steuerlich erfassten Geschäftsjahres ein rechtskräftiger Entscheid vor, auf welchen nicht mehr zurückgekommen werden kann, es sei denn, die Voraussetzungen einer Revision seien erfüllt. Dies im Unterschied zu einer Veranlagung zu einem Reingewinn von Fr. 0.--; eine solche lässt die Möglichkeit der Verlustverrechnung nicht untergehen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.192/2000
vom 9. Mai 2001, publ. in: RDAF 2001 II S. 261 ff., E. 1)."

Diese Rechtsprechung hat das Bundesgericht in der Folge mehrfach bestätigt (Urteile 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65; 2C_240/2011 vom 8. April 2011 E. 2, in: StR 66/2011 S. 679; 2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886; je mit Hinweisen).

3.3. Die Vorinstanz setzt sich von dieser Praxis ab und begründet dies namentlich damit, angesichts der neueren Rechtsprechung des Bundesgerichts könne am generellen Vorrang des Periodizitätsprinzips bei der Verlustverrechnung insoweit nicht festgehalten werden, als dieser zur unwiderlegbaren Vermutung führe, nach einer positiven Einschätzung seien alle Vorjahresverluste verrechnet. Ein Verstoss gegen den Grundsatz der ungesäumten Verlustverrechnung dürfe der steuerpflichtigen Person zwar keinen Vorteil verschaffen, diese sei aber grundsätzlich auch nicht schlechter zu stellen, wie wenn sie sich an die Regeln gehalten hätte. Folglich müsse der steuerpflichtigen Person grundsätzlich die Möglichkeit offenstehen, die Vermutung fehlender verrechenbarer Verlustvorträge zu entkräften und allfällige noch nicht verrechnete Verlustvorträge rechtsgenügend geltend zu machen und nachzuweisen.

3.4. Die Änderung einer Rechtsprechung muss sich auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die - vor allem im Hinblick auf das Gebot der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung für zutreffend erachtet worden ist. Eine Praxisänderung lässt sich grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht (BGE 138 III 359 E. 6.1 S. 361; 137 V 314 E. 2.2 S. 316; 135 II 78 E. 3.2 S. 85 mit Hinweisen).

3.4.1. Die Vorinstanz verweist darauf, dass das Bundesgericht das Periodizitätsprinzip nicht in der Weise strikt handhabt, dass es der Abschreibung einer uneinbringlich gewordenen Forderung schon deshalb entgegensteht, weil in einer früheren Periode eine Wertberichtigung der damals schon zweifelhaft gewordenen Forderung hätte vorgenommen werden sollen (BGE 137 II 353). Das ist zwar richtig, das Bundesgericht hat aber präzisiert, dass die Abschreibung, um steuerlich berücksichtigt zu werden, spätestens zu erfolgen hat, wenn in guten Treuen angenommen werden muss, dass die Forderung uneinbringlich geworden ist (BGE 137 II 353 E. 6.4.5 S. 365). Für die hier strittige Frage der Verlustrechnung lässt sich aus diesem Entscheid nichts ableiten. Vielmehr hat das Bundesgericht in Bestätigung seiner konstanten Praxis auch jüngst festgehalten, dass eine positive Gewinnveranlagung für künftige Veranlagungsperioden die nicht widerlegbare Vermutung begründet, alle verrechenbaren Verluste seien bereits berücksichtigt worden (vgl. oben E. 3.2).

3.4.2. Wohl trifft es zu, dass sich die Rechtskraft eines Steuerentscheids grundsätzlich (nur) auf das Dispositiv und zeitlich auf die jeweilige Steuerperiode erstreckt (BGE 140 I 114 E. 2.4 S. 119 ff. mit Hinweisen; aus der Lehre z.B. LAMPERT, a.a.O., S. 154; REICH/ WALDBURGER, a.a.O., S. 238). Indes gibt es Fälle, wo Steuerentscheide über eine bestimmte Steuerperiode hinaus Rechtskraftwirkung entfalten (vgl. bereits BGE 81 I 5 S. 8). So verhält es sich vorliegend: Eine positive Gewinneinschätzung schliesst notwendigerweise die Feststellung mit ein, dass kein verrechenbarer Verlustvortrag (mehr) vorhanden ist. Dabei handelt es sich um die Feststellung einer dauernden, von den besonderen Verhältnissen der einzelnen Steuerperiode grundsätzlich unabhängigen Rechtslage; der Entscheid wirkt daher periodenübergreifend ( MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 26 Rz. 113). Folglich schliesst eine nicht auf Null lautende rechtskräftige Gewinneinschätzung die spätere Berücksichtigung von Verlustüberschüssen generell aus, und zwar unabhängig davon, ob die frühere Einschätzung als solche nach pflichtgemässem Ermessen oder als ordentliche ergangen ist (Urteile 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65;
2C_220/2009 vom 10. August 2009 E. 8.1, in: StR 64/2009 S. 886; je mit Hinweisen; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, a.a.O., N. 9 zu VB §§ 155-162a StG/ZH).

Eine andere Lösung wäre mit der Rechtssicherheit nicht vereinbar. Frühere Beurteilungen der Steuer (justiz) behörden könnten in späteren Steuerperioden immer wieder infrage gestellt werden (vgl. Blöchliger, a.a.O., S. 580); über Verluste erginge nie eine definitive Entscheidung. Die steuerpflichtige Person würde dadurch in die Lage versetzt, in neuen Steuerperioden auf vormals akzeptierte Beurteilungen und eigene Erklärungen zu Bestand und Höhe von Verlusten zurückzukommen, was in Spannung geriete zum Grundsatz von Treu und Glauben und dem daraus folgenden Verbot widersprüchlichen Verhaltens (Art. 5 Abs. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
BV; BGE 97 I 125 E. 3 S. 130 f.; Urteil 2C_475/2008 vom 1. Juli 2009 E. 3.3 mit Hinweisen).

3.4.3. Davon zu unterscheiden ist die Situation bei einer Nullveranlagung: Ergibt sich aufgrund der Verlustverrechnung eine Nullveranlagung, fehlt es der steuerpflichtigen Person in der Folge an einem Feststellungs- oder einem andersartigen Rechtsschutzinteresse, das sie zur Anfechtung des Entscheids und Geltendmachung eines allfälligen überschiessenden Verlustvortrages berechtigen könnte (vgl. dazu jüngst BGE 140 I 114 E. 2.4.1 S. 119 f. mit Hinweisen). In diesem Fall ist die Höhe des für die Nachfolgeperiode massgebenden verbleibenden Verlustvortrags folglich in der Nachfolgeperiode zu prüfen (Urteil 2C_973/2012 / 2C_974/2012 vom 4. Oktober 2013 E. 4.2, in: StR 69/2014 S. 65).

3.5. Zusammenfassend ergibt sich demnach, dass an der bisherigen Praxis festzuhalten ist. Die Beschwerde erweist sich als begründet, der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. April 2012 zu bestätigen.

Die von der Beschwerdegegnerin erhobenen Rügen dringen nicht durch. Zusätzlich zu den bisherigen Ausführungen ist darauf hinzuweisen, dass sich die Rechtskraft des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 18. November 2009 entgegen der Beschwerdegegnerin nicht durch allfällige Vorbehalte auf den Akontozahlungen beseitigen lässt.

4.
Dem Ausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
BGG). Die Festsetzung der Kosten des kantonalen Verfahrens wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 25 Charges - 1 Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
1    Les charges justifiées par l'usage commercial comprennent également:
a  les impôts fédéraux, cantonaux et communaux;
b  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
c  les dons en espèces et sous forme d'autres valeurs patrimoniales, jusqu'à concurrence du montant prévu par le droit cantonal, en faveur de personnes morales qui ont leur siège en Suisse et sont exonérées de l'impôt en raison de leurs buts de service public ou d'utilité publique (art. 23, al. 1, let. f) ou en faveur de la Confédération, des cantons, des communes et de leurs établissements (art. 23, al. 1, let. a à c);
d  les rabais, escomptes, bonifications et ristournes accordés sur la contre-valeur de livraisons et de prestations ainsi que les parts de bénéfice des compagnies d'assurances destinées à être réparties entre les assurés;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
1bis    Ne font notamment pas partie des charges justifiées par l'usage commercial:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.131
1ter    Si des sanctions au sens de l'al. 1bis, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.132
2    Lorsqu'elles n'ont pas pu être prises en considération lors du calcul du bénéfice net imposable de ces années, les pertes des sept exercices précédant la période fiscale sont déduites du bénéfice net de cette période (art. 31, al. 2).133
3    Les pertes des exercices antérieurs qui n'ont pas encore pu être déduites du bénéfice peuvent également être défalquées des prestations qui sont destinées à équilibrer un bilan déficitaire dans le cadre d'un assainissement et qui ne sont pas des apports au sens de l'art. 24, al. 2, let. a.
4    Les al. 2 et 3 sont aussi applicables en cas de transfert du siège ou de l'administration effective à l'intérieur de la Suisse.134
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und der Einspracheentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. April 2012 bestätigt.

2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.

3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.

4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 29. April 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Egli