Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 971/2012

{T 0/2}

Arrêt du 28 juin 2013

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Stadelmann.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale du canton de Genève, recourante,

contre

X.________, représentée par Me Per Prod'Hom, avocat,
intimée.

Objet
Impôts cantonaux et communaux 2008, impôt anticipé

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, du 21 août 2012.

Faits:

A.
X.________ (ci-après la contribuable) était imposée dans le canton de Genève pour l'exercice fiscal 2008. Le 2 novembre 2009, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) lui a adressé un bordereau relatif aux impôts cantonal et communal 2008. Pour un revenu imposable de CHF 3'781'680.- et une fortune imposable de CHF 164'467'357.-, la charge fiscale se montait à CHF 2'727'337.15. Un montant de CHF 746'117.05 était porté en déduction au titre de l'impôt anticipé et de la retenue supplémentaire USA. La contribuable ayant en outre acquitté entre avril et octobre 2008 dix acomptes provisionnels de CHF 252'312.- chacun, soit un total de CHF 2'523'120.-, il en résultait un solde en sa faveur de CHF 541'899.90.

B.
La contribuable a élevé réclamation contre ce bordereau et demandé que des intérêts moratoires sur l'excédent d'impôt versé lui soient payés. Par décision du 16 février 2010, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé le bordereau litigieux.
La contribuable a porté le litige devant la Commission cantonale de recours en matière administrative, devenue depuis le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après le TAPI). Par jugement du 21 novembre 2011, le TAPI a rejeté ce recours.
La contribuable a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après la Cour de justice), en concluant à l'annulation de la décision sur réclamation et du bordereau querellé, ainsi qu'au renvoi du dossier à l'Administration cantonale pour l'établissement d'un bordereau rectificatif comprenant le paiement d'un intérêt rémunératoire sur le montant de CHF 541'899.90 payé en trop.
La Cour de justice a rendu son arrêt le 21 août 2012. Elle a admis le recours, annulé le jugement du TAPI du 21 novembre 2011, annulé la décision sur réclamation de l'Administration cantonale du 16 février 2010, annulé le bordereau du 2 novembre 2009, et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Cour de justice a considéré, en substance, que la contribuable avait acquitté la somme totale de CHF 3'269'237.05 sous forme d'acomptes provisionnels, d'impôts anticipés et de retenue supplémentaire USA, dont le solde positif en sa faveur, soit CHF 541'899.90, devait porter intérêt rémunératoire conformément aux principes découlant des dispositions cantonales applicables.

C.
Par acte du 28 septembre 2012, l'Administration cantonale dépose un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du 21 août 2012. Elle conclut, sous suite de frais, à ce que l'arrêt attaqué soit annulé, que la décision sur réclamation du 16 février 2010 et le bordereau du 2 novembre 2009 soient confirmés, et qu'il soit dit qu'il ne peut pas être alloué d'intérêt rémunératoire ou financier sur les montants imputés ou à rembourser en matière d'impôt anticipé, de retenue d'impôt USA et d'imputation forfaitaire d'impôt étranger.

L'intimée a répondu le 8 novembre 2012. Elle conclut, à la forme, à ce que le recours soit déclaré irrecevable en raison du défaut de qualité pour recourir de l'Administration cantonale, et au fond, à ce qu'il soit rejeté, l'arrêt attaqué confirmé et la cause renvoyée à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens.

La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux conclusions formulées par l'Administration cantonale.

L'Administration cantonale a déposé des observations le 21 février 2013 et l'intimée en a fait de même le 18 mars 2013. Toutes deux ont maintenu leurs conclusions respectives.

D.
Le 21 février 2013, l'Administration cantonale a sollicité la suspension de la cause. Elle exposait qu'elle avait déposé une demande de révision de l'arrêt attaqué, afin de pouvoir intégrer dans la taxation 2008 de la recourante des éléments de revenu et de fortune que cette dernière avait omis de déclarer.

L'intimée s'est opposée à cette demande de suspension.

Par décision du 25 février 2013, la Cour de justice a suspendu la procédure de révision jusqu'à droit jugé par le Tribunal fédéral dans la présente affaire.

Considérant en droit:

1.
Sur le plan procédural, la recourante demande la suspension de la présente procédure jusqu'à ce que la Cour de justice se prononce sur la demande de révision qu'elle a déposée. Il n'apparaît toutefois pas opportun de suspendre cette procédure (art. 6 al. 1
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 6 - 1 Le juge peut ordonner la suspension pour des raisons d'opportunité, notamment lorsque le jugement d'un autre litige peut influencer l'issue du procès.
1    Le juge peut ordonner la suspension pour des raisons d'opportunité, notamment lorsque le jugement d'un autre litige peut influencer l'issue du procès.
2    Le procès est suspendu de plein droit dans les cas spécialement prévus par la loi, ainsi que lors du décès d'une partie.
3    Dans ce dernier cas, le juge ordonne la reprise du procès dès que la succession ne peut plus être répudiée ou que la liquidation officielle a été instituée. La reprise anticipée de procès urgents par le représentant de la succession est réservée.
4    Si le juge n'obtient ni de la communauté héréditaire ni de l'autre partie les renseignements nécessaires pour continuer le procès, l'affaire est rayée du rôle.
PCF [RS 273] par renvoi de l'art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
LTF), dès lors que la demande de révision ne porte pas sur l'objet litigieux dans la présente cause, mais sur d'autres éléments de l'arrêt attaqué. La Cour de justice a par ailleurs elle-même prononcé la suspension de la procédure de révision jusqu'à droit jugé par le Tribunal fédéral sur le présent recours. La requête de suspension sera par conséquent rejetée.

2.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 29 Examen - 1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
1    Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
2    En cas de doute quant à sa propre compétence, il procède à un échange de vues avec l'autorité dont la compétence lui paraît entrer en ligne de compte.
LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 101 consid. 1 p. 103).

2.1. Bien que l'arrêt attaqué constitue une décision de renvoi, il peut être qualifié de décision finale au sens de l'art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF, dès lors que l'autorité à qui la cause est renvoyée ne dispose plus d'aucune marge de manoeuvre, mais doit se limiter à calculer l'intérêt rémunératoire dont le principe a été admis par les juges cantonaux (cf. ATF 134 II 124 consid. 1.3 p. 127 s.). Il émane en outre d'une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale dans une cause de droit public et qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. Le présent recours est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
et 86 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
let. d et al. 2 LTF). Encore faut-il que l'Administration cantonale ait qualité pour recourir au sens de l'art. 89
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF, ce que l'intimée conteste.

2.2. La qualité pour recourir des collectivités publiques est visée en premier lieu par l'art. 89 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF. Selon cette disposition, ont en particulier qualité pour recourir les autorités auxquelles une loi fédérale accorde un droit de recours (cf. art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Pour satisfaire aux exigences de la disposition légale, le droit de recours doit être contenu dans une loi au sens formel (cf. ATF 134 V 53 consid. 2.2.2 p. 56), ouvrant expressément le recours à une autorité donnée (cf. ATF 131 II 753 consid. 4.2 p. 755 ss; arrêt 2C 527/2007 du 13 mai 2008 consid. 3.1).

2.2.1. En application de l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), l'administration fiscale cantonale a le droit de recourir contre les décisions portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1 (cf. art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID). Cette disposition constitue une base légale conférant aux autorités qu'elle désigne la qualité pour recourir conformément à l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF; du moment que la décision attaquée concerne une matière relevant du droit cantonal harmonisé, cette qualité existe, indépendamment de la marge d'autonomie cantonale dans le domaine considéré et des griefs soulevés (ATF 134 II 186 consid. 1.3 et 1.4 p. 188 ss).
Sous réserve de quelques dispositions (cf. not. les art. 47
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
1    Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
2    Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.
al. , 49 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 49 Perception de l'impôt à la source - 1 Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
1    Le contribuable et le débiteur des prestations imposables doivent donner, sur demande, tous renseignements sur les éléments déterminants pour la perception de l'impôt à la source.
2    Le contribuable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement:
a  s'il conteste l'impôt à la source indiqué sur l'attestation mentionnée à l'art. 37, ou
b  si l'employeur ne lui a pas remis l'attestation mentionnée à l'art. 37.191
2bis    Le débiteur de la prestation imposable peut, jusqu'au 31 mars de l'année fiscale qui suit l'échéance de la prestation, exiger que l'autorité de taxation rende une décision relative à l'existence et l'étendue de l'assujettissement.192
2ter    Il est tenu d'opérer la retenue jusqu'à l'entrée en force de la décision.193
3    Lorsque le débiteur des prestations imposables a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu. Le droit du débiteur de se retourner contre le contribuable est réservé.
4    Si le débiteur a opéré une retenue d'impôt trop élevée, il doit restituer la différence au contribuable.
5    Lorsque le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune et que l'autorité de taxation n'est pas en mesure de recouvrer ultérieurement cet impôt auprès du débiteur, elle peut obliger le contribuable à acquitter l'impôt à la source dû.194
et 78 LHID), la LHID ne règle pas la perception des impôts cantonaux et communaux, qui est ainsi régie essentiellement par le droit cantonal (cf. arrêts 2C 939/2011 du 7 août 2012 consid. 6; 2C 546/2008 du 29 janvier 2009 consid. 4.2). L'Administration cantonale ne peut par conséquent fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF en lien avec l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID, ce qu'elle a d'ailleurs elle-même admis.

2.2.2. L'Administration cantonale se prévaut des art. 54
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 54 - 1 La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
1    La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
2    La commission de recours prend les mesures d'enquête nécessaires; les art. 48 à 50 sont applicables par analogie.
3    La possibilité doit être donnée à l'AFC de prendre part à la procédure et de déposer des conclusions.
4    La procédure de recours est poursuivie, nonobstant le retrait du recours, s'il y a des indices que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi, de même que si l'administration fédérale ou l'administration cantonale des contributions a déposé des conclusions et les maintient.
5    La commission de recours rend la décision sur recours en se fondant sur le résultat de son enquête, sans être liée par les conclusions déposées.
6    La décision doit être motivée et indiquer la voie de recours; elle est communiquée par écrit aux personnes qu'elle touche directement, ainsi qu'aux administrations cantonale et fédérale des contributions.
et 56
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 56 - La décision de la commission cantonale de recours peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
de la loi fédérale sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21). Dans un chapitre consacré au remboursement de l'impôt anticipé par le canton, ces dispositions règlent le recours au plan cantonal (art. 54
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 54 - 1 La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
1    La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
2    La commission de recours prend les mesures d'enquête nécessaires; les art. 48 à 50 sont applicables par analogie.
3    La possibilité doit être donnée à l'AFC de prendre part à la procédure et de déposer des conclusions.
4    La procédure de recours est poursuivie, nonobstant le retrait du recours, s'il y a des indices que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi, de même que si l'administration fédérale ou l'administration cantonale des contributions a déposé des conclusions et les maintient.
5    La commission de recours rend la décision sur recours en se fondant sur le résultat de son enquête, sans être liée par les conclusions déposées.
6    La décision doit être motivée et indiquer la voie de recours; elle est communiquée par écrit aux personnes qu'elle touche directement, ainsi qu'aux administrations cantonale et fédérale des contributions.
LIA) et le recours au Tribunal fédéral (art. 56
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 56 - La décision de la commission cantonale de recours peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
LIA). Tant l'une que l'autre de ces dispositions mentionnent cependant seulement que la décision rendue respectivement sur réclamation et sur recours peut faire l'objet d'un recours, mais sans préciser qui a qualité pour recourir. La doctrine n'envisage pas le recours d'autorités fiscales cantonales en cette matière (cf. BRUNO KNÜSEL, in Zweifel/Beusch/Bauer-Balmelli (éd.), Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2e éd. 2012, n° 3 et 4 ad art. 54
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 54 - 1 La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
1    La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
2    La commission de recours prend les mesures d'enquête nécessaires; les art. 48 à 50 sont applicables par analogie.
3    La possibilité doit être donnée à l'AFC de prendre part à la procédure et de déposer des conclusions.
4    La procédure de recours est poursuivie, nonobstant le retrait du recours, s'il y a des indices que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi, de même que si l'administration fédérale ou l'administration cantonale des contributions a déposé des conclusions et les maintient.
5    La commission de recours rend la décision sur recours en se fondant sur le résultat de son enquête, sans être liée par les conclusions déposées.
6    La décision doit être motivée et indiquer la voie de recours; elle est communiquée par écrit aux personnes qu'elle touche directement, ainsi qu'aux administrations cantonale et fédérale des contributions.
et n° 1 ad art. 56
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 56 - La décision de la commission cantonale de recours peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
LIA) et il n'y a pas de jurisprudence relative à cette question. L'art. 54 al. 6
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 54 - 1 La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
1    La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
2    La commission de recours prend les mesures d'enquête nécessaires; les art. 48 à 50 sont applicables par analogie.
3    La possibilité doit être donnée à l'AFC de prendre part à la procédure et de déposer des conclusions.
4    La procédure de recours est poursuivie, nonobstant le retrait du recours, s'il y a des indices que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi, de même que si l'administration fédérale ou l'administration cantonale des contributions a déposé des conclusions et les maintient.
5    La commission de recours rend la décision sur recours en se fondant sur le résultat de son enquête, sans être liée par les conclusions déposées.
6    La décision doit être motivée et indiquer la voie de recours; elle est communiquée par écrit aux personnes qu'elle touche directement, ainsi qu'aux administrations cantonale et fédérale des contributions.
LIA prévoit certes que la décision rendue par l'autorité cantonale de recours doit être communiquée, entre autres, à l'administration cantonale. Cette communication est justifiée par le fait qu'il appartient ensuite à cette administration de veiller à l'exécution de la décision (cf. art. 30 al. 1
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 30 - 1 Les personnes physiques doivent faire valoir leur demande en remboursement auprès des autorités fiscales du canton où elles étaient domiciliées à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation imposable est échue.83
1    Les personnes physiques doivent faire valoir leur demande en remboursement auprès des autorités fiscales du canton où elles étaient domiciliées à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle la prestation imposable est échue.83
2    Les personnes morales, les sociétés commerciales sans personnalité juridique et tous les autres ayants droit qui ne sont pas mentionnées à l'al. 1 doivent présenter leur demande à l'AFC.
3    Lorsque les circonstances le justifient, le Conseil fédéral peut régler différemment la compétence.
et 31
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 31 - 1 Les cantons remboursent l'impôt anticipé, en règle générale, sous forme d'imputation sur les impôts cantonaux et communaux que doit payer le requérant, le surplus étant versé en espèces; ils peuvent prévoir, dans leurs dispositions d'exécution, le remboursement total de l'impôt en espèces.
1    Les cantons remboursent l'impôt anticipé, en règle générale, sous forme d'imputation sur les impôts cantonaux et communaux que doit payer le requérant, le surplus étant versé en espèces; ils peuvent prévoir, dans leurs dispositions d'exécution, le remboursement total de l'impôt en espèces.
2    Les impôts cantonaux et communaux sur lesquels l'impôt anticipé est imputé, conformément à l'al. 1, seront désignés dans les dispositions cantonales d'exécution.
3    Lorsque la demande en remboursement est adressée en même temps que la déclaration d'impôt cantonale ou, s'il n'y a pas de déclaration à présenter, dans un délai à fixer par le canton, l'imputation se fait sur les impôts cantonaux et communaux qui doivent être payés pendant la même année.
4    Les montants à imputer ou à rembourser ne portent pas intérêt.
LIA; art. 11-17 du règlement genevois d'application de diverses dispositions
fiscales fédérales [RDDFF; RS-GE D 3 80.04]), mais elle ne suffit pas pour en déduire un droit de recours de l'administration cantonale. Pour le recours au Tribunal fédéral, les art. 54
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 54 - 1 La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
1    La décision rendue sur réclamation par l'office cantonal de l'impôt anticipé peut, dans les trente jours suivant sa notification, être attaquée par voie de recours écrit à la commission cantonale de recours; le recours doit contenir des conclusions précises et indiquer les faits qui le motivent. L'art. 55 est réservé.
2    La commission de recours prend les mesures d'enquête nécessaires; les art. 48 à 50 sont applicables par analogie.
3    La possibilité doit être donnée à l'AFC de prendre part à la procédure et de déposer des conclusions.
4    La procédure de recours est poursuivie, nonobstant le retrait du recours, s'il y a des indices que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi, de même que si l'administration fédérale ou l'administration cantonale des contributions a déposé des conclusions et les maintient.
5    La commission de recours rend la décision sur recours en se fondant sur le résultat de son enquête, sans être liée par les conclusions déposées.
6    La décision doit être motivée et indiquer la voie de recours; elle est communiquée par écrit aux personnes qu'elle touche directement, ainsi qu'aux administrations cantonale et fédérale des contributions.
et 56
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 56 - La décision de la commission cantonale de recours peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
LIA ne sont ainsi pas assez précis pour en déduire l'existence d'une voie de recours au sens de l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF (cf. supra consid. 2.2). L'Administration cantonale ne peut par conséquent fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF en conjonction avec l'art. 56
SR 642.21 Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA)
LIA Art. 56 - La décision de la commission cantonale de recours peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
LIA.

2.2.3. Aucun des autres cas de figure visés à l'art. 89 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF n'est par ailleurs réalisé. Un canton ne peut en particulier pas invoquer l'art. 89 al. 2 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF pour attaquer une décision de son propre tribunal administratif (cf. ATF 133 II 400 consid. 2.4.1 p. 405 s.). Au surplus, le présent recours n'émane pas du canton lui-même, mais d'un simple service administratif (cf. infra consid. 2.3).
L'Administration fédérale des contributions aurait en revanche eu la qualité pour recourir dans la présente affaire en vertu de l'art. 89 al. 2 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF en lien avec l'art. 4 al. 1
SR 172.215.1 Ordonnance du 17 février 2010 sur l'organisation du Département fédéral des finances (Org DFF)
Org-DFF Art. 4 Dispositions communes à l'ensemble des unités administratives - 1 Les unités administratives du DFF mentionnées au chap. 2 ont, dans leur domaine de compétence, qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral.
1    Les unités administratives du DFF mentionnées au chap. 2 ont, dans leur domaine de compétence, qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral.
2    Les objectifs définis aux art. 5, 7, 8, 10, 12, 14, 16, 19, 21 et 25 guident les unités administratives du DFF dans l'accomplissement des tâches et l'exercice des compétences fixées dans la législation fédérale.
de l'ordonnance du 17 février 2010 sur l'organisation du Département fédéral des finances (Org DFF; RS 172.215.1), mais elle n'a pas fait usage de cette faculté.

2.3. Reste la clause générale de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF sur la base de laquelle la jurisprudence admet, à certaines conditions restrictives, le recours des collectivités publiques (cf. ATF 136 II 383 consid. 2.2). La qualité pour recourir ne saurait cependant appartenir qu'au canton ou à la commune eux-mêmes, à l'exclusion d'une de leurs autorités administratives (cf. ATF 138 II 506 consid. 2.1 p. 508 ss; 134 II 45 consid. 2.2.3 p. 48; arrêts 2C 1016/2011 du 3 mai 2012 consid. 1.3 non publié aux ATF 138 I 196; 2C 812/2011 du 18 janvier 2012 consid. 1.2).

En l'espèce, le recours a été formé au nom de l'Administration cantonale qui ne prétend pas qu'elle aurait agi en tant que représentante du canton de Genève. Du reste, les corporations de droit public sont en principe représentées seulement par leurs autorités supérieures, en l'occurrence le Conseil d'État s'agissant de Genève (cf. arrêt 2C 1016/2011 du 3 mai 2012 consid. 1.3 non publié aux ATF 138 I 196). Partant, il aurait appartenu à la recourante d'indiquer sur la base de quelle disposition légale cantonale elle aurait été compétente pour agir pour le compte du canton (cf. ATF 134 II 45 consid. 2.2.3 p. 48). Force est donc d'admettre que le recours émane d'une autorité administrative cantonale, ce qui exclut d'emblée qu'elle puisse se prévaloir d'un droit de recours en application de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.

3.
Au vu de ce qui précède, la qualité pour recourir fait défaut à l'Administration cantonale. Le recours est par conséquent irrecevable.
Compte tenu de l'issue du litige, le canton de Genève, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. arrêt 2C 620/2012 du 14 février 2013 consid. 4), doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il versera en outre à l'intimée une indemnité à titre de dépens (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et al. 3 LTF), qui sera fixée en tenant compte de la valeur litigieuse, qui se limite au montant des intérêts rémunératoires en cause.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
La requête de suspension de la procédure est rejetée.

2.
Le recours est irrecevable.

3.
Les frais judiciaires, fixés à CHF 1'000.-, sont mis à la charge du canton de Genève.

4.
Le canton de Genève versera à l'intimée une indemnité de CHF 1'500.- à titre de dépens.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 28 juin 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti