Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 916/2012

Arrêt du 28 février 2013
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Kneubühler.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
X.________,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôt fédéral direct 2003,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, du 31 juillet 2012.

Faits:

A.
X.________, domicilié dans le canton de Genève, exerçait une activité salariée auprès de la société A.________ SA en 2003. A la même période, il était actionnaire unique, administrateur unique avec signature individuelle et directeur de la société B.________ SA, dont le but, selon le registre du commerce, était le commerce, l'importation, l'exportation et la distribution de matériel de télécommunication, informatique, électronique et accessoires divers. Il était par ailleurs actif dans le domaine immobilier sous la raison individuelle C.________, X.________.
X.________ disposait d'un droit d'emption sur la parcelle n° xxx de la commune de D.________, propriété de Y.________. Le 22 avril 2003, il a donné à la société B.________ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur cette parcelle. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue.
Après la division de la parcelle susmentionnée en deux parcelles distinctes, X.________ a cédé le 8 décembre 2003 son droit d'emption sur la première parcelle pour un montant de CHF 44'000.- à un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-. Par acte du même jour, X.________ a cédé son droit d'emption sur la seconde parcelle pour un montant de CHF 40'000.- à un autre couple, qui a acquis ladite parcelle pour la somme de CHF 200'000.-.
Dans sa déclaration fiscale 2003, X.________ n'a pas fait état de ces opérations immobilières. Les bordereaux de taxation relatifs à la période fiscale 2003 ont été établis le 26 mai 2005.

B.
Le 24 octobre 2005, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) a informé X.________ de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt pour la période fiscale 2003, tant pour les impôts cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct, en relation avec les opérations immobilières précitées. X.________ a produit un décompte relatif à ces opérations d'où il ressortait que son bénéfice net se montait à CHF 5'664.05. Parmi les frais qu'il faisait valoir figuraient les deux commissions de CHF 25'000.- en faveur de B.________ SA.
Le 20 février 2006, l'Administration cantonale a établi deux bordereaux rectificatifs. Les commissions en faveur de B.________ SA étaient limitées à 5 % de CHF 44'000.- et de CHF 40'000.-, soit CHF 4'200.- en lieu et place du montant de CHF 50'000.- indiqué par le contribuable. X.________ était par ailleurs astreint à verser un supplément d'impôt de CHF 14'866.20 et des intérêts de retard de CHF 273.40 pour les impôts cantonal et communal, et un supplément d'impôt de CHF 6'205.15 et des intérêts de retard de CHF 133.95 pour l'impôt fédéral direct, ainsi que des amendes de CHF 14'800.- pour les impôts cantonal et communal et de CHF 6'200.- pour l'impôt fédéral direct.
Le 5 septembre 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation déposée par le contribuable. X.________ a recouru contre cette décision auprès des Commissions cantonales de recours en matière fiscale du canton de Genève, remplacées dès le 1er janvier 2009 par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours), devenue dès le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI).
Par décision du 19 mai 2009, la Commission de recours a rejeté le recours de X.________ en ce qui concernait les impôts cantonal et communal. Le recours formé par le contribuable auprès du Tribunal administratif, devenu la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève le 1er janvier 2011 (ci-après : la Cour de justice), a été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010.
Par jugement du 28 février 2011, le TAPI a rejeté le recours de X.________ en ce qui concernait l'impôt fédéral direct. Le recours du contribuable a été rejeté par la Cour de justice par arrêt du 31 juillet 2012. Celle-ci a considéré, en substance, que les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées et que la commission de CHF 50'000.- n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale.

C.
Par acte du 15 septembre 2012 adressé au Tribunal administratif fédéral, X.________ recourt contre l'arrêt précité. Il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle rectifie les bordereaux, afin de tenir compte de la commission de CHF 50'000.- versée et qu'elle annule les amendes. Il demande également qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B.________ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale.
Le 18 septembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a transmis le recours de X.________ au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence.
La Cour de justice a renoncé à formuler des observations, s'en est rapportée à justice quant à la recevabilité du recours et a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. Quant à l'Administration fédérale des contributions, elle s'est ralliée aux observations de l'Administration cantonale et a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 29 Esame - 1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza.
1    Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza.
2    In caso di dubbio, procede a uno scambio di opinioni con l'autorità che presume competente.
LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 101 consid. 1 p. 103).

1.1 Le recourant a adressé son recours au Tribunal administratif fédéral qui l'a transmis au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence (cf. art. 8 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 8 - 1 L'autorità che si reputa incompetente trasmette senz'indugio la causa a quella competente.
1    L'autorità che si reputa incompetente trasmette senz'indugio la causa a quella competente.
2    L'autorità che dubita di essere competente provoca senza indugio uno scambio d'opinioni con quella che potrebbe esserlo.
PA [RS 172.021]). Le recourant n'a par ailleurs pas indiqué par quelle voie de droit il entendait agir. Cette imprécision ne saurait toutefois lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 s.).

1.2 Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF). Déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 46 Sospensione - 1 I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
1    I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  l'esecuzione cambiaria;
c  i diritti politici (art. 82 lett. c);
d  l'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e l'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
e  gli appalti pubblici.18
et 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF), le recours est en principe recevable.

1.3 Les mémoires de recours doivent indiquer les conclusions (art. 42 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF). Les conclusions de nature constatatoire sont admissibles dans le cadre d'un recours en matière de droit public pour autant qu'elles répondent à un intérêt légitime et ne se limitent pas à des questions théoriques; il faut en outre que le recourant ne puisse pas obtenir satisfaction par le biais de conclusions formatrices (cf. arrêt 2C 517/2009 du 12 novembre 2010 consid. 1.3 non publié aux ATF 137 II 136; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n° 936).
Au vu de ce qui précède, les conclusions du recours qui tendent à ce qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B.________ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale, ne sont pas recevables puisque le recourant peut obtenir satisfaction par le biais des conclusions réformatoires prises.

1.4 Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (cf. ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400 s.). A cet égard, le recourant doit se déterminer au moins brièvement par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris et exposer, ne serait-ce que succinctement, en quoi l'autorité cantonale supérieure viole le droit fédéral (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1 p. 245 s.).

1.5 Lorsque la décision attaquée se fonde sur plusieurs motivations indépendantes, alternatives ou subsidiaires, toutes suffisantes, il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer que chacune d'entre elles est contraire au droit (cf. ATF 138 I 97 consid. 4.1.4; arrêt 2C 176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 2). En l'espèce, la Cour de justice a refusé la déduction d'une commission de CHF 50'000.- pour le double motif qu'elle n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale. Le recourant s'en prend à ces deux motivations, bien qu'il ne les traite que succinctement et concentre l'essentiel de son argumentation sur la qualité de société active dans le domaine de l'immobilier de B.________ SA. Il convient donc d'entrer en matière. Il suffit toutefois que l'une des motivations permette de maintenir l'arrêt attaqué pour que le recours doive être rejeté (cf. ATF 133 III 221 consid. 7 p. 228; 132 I 13 consid. 6 p. 20).

2.
2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire - ou en violation du droit (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF137 II 353 consid. 5.1 p. 356).

Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a tiré des déductions insoutenables (cf. ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; arrêt 2C 122/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1).

2.2 Le recourant estime que la Cour de justice a violé la maxime inquisitoire en ne déterminant pas tous les éléments de fait pertinents, de sorte que la décision prise contredit, à son avis, la situation de fait. Son grief se confond de la sorte avec celui de constatation arbitraire des faits, qui sera examiné ci-après (cf. infra consid. 2.3).

2.3 Le recourant reproche à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire en ne retenant pas que la société B.________ SA avait la capacité légale de gérer des affaires immobilières, en refusant d'admettre l'intervention de la société B.________ SA dans la valorisation du projet immobilier en cause, en insistant sur l'incompétence du personnel de la société B.________ SA en matière immobilière et en ne retenant pas les factures émises par des tiers et honorées par la société B.________ SA. Tous ces éléments étaient, selon le recourant, propres à démontrer que la société B.________ SA avait déployé une activité effective, de sorte que la commission qui lui a été versée était justifiée.
La Cour de justice, dans la partie "en fait" de l'arrêt attaqué, mentionne effectivement l'ensemble des faits critiqués par le recourant, mais elle ne les fait pas siens. Elle se limite à reproduire l'argumentation utilisée par l'Administration cantonale dans une détermination du 5 septembre 2006 (cf. consid. 10 de l'arrêt attaqué), mais sans en tirer de conséquences juridiques. On ne saurait donc, dans ce contexte, lui reprocher d'avoir arbitrairement établi les faits.
Dans son raisonnement, la Cour de justice a d'ailleurs retenu qu'une commission était bien due à la société B.________ SA, seul son montant étant sujet à discussion. Ce faisant, la Cour de justice a admis que la société B.________ SA exerçait bien une activité dans le domaine immobilier et que cette activité méritait le versement d'une commission de courtage. On ne voit donc pas en quoi les éléments dont se prévaut le recourant seraient de nature à modifier le résultat de l'arrêt attaqué, dès lors qu'ils tendent à établir la réalité des activités immobilières B.________ SA que les juges cantonaux ont admise.
Dans ces conditions, la Cour de céans rendra son arrêt en se basant sur les faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué.

3.
La cause concerne une procédure de rappel d'impôt initiée le 24 octobre 2005 à l'encontre du recourant.

3.1 Le présent litige porte exclusivement sur l'impôt fédéral direct pour l'année 2003. La question du rappel d'impôt pour les impôts cantonal et communal de la même année a en effet déjà été tranchée par décision définitive et exécutoire de la Commission de recours du 19 mai 2009, le recours du contribuable contre cette décision ayant été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010.

3.2 Aux termes de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
2    Il ricupero di imposta non può essere operato, nemmeno nel caso di valutazione insufficiente, se il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e ha giustificato in modo adeguato il capitale proprio, e se l'autorità fiscale ha accettato la valutazione.245
LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (cf. arrêt 2C 724/2010 du 27 juil-let 2011 consid. 8.1 et les arrêts cités, in RDAF 2012 II 37).
En l'espèce, les conditions du rappel d'impôt sont manifestement remplies. En effet, il ressort de l'état de fait que le recourant a réalisé un bénéfice - dont le montant est contesté - en lien avec une opération immobilière ayant eu lieu en 2003, qu'il n'a pas fait état de cette opération immobilière dans sa déclaration fiscale 2003, et que l'Administration cantonale en a eu connaissance par ailleurs et postérieurement à la taxation ordinaire. Au demeurant, le recourant ne s'oppose pas au principe du rappel d'impôt qui a été effectué par l'Administration cantonale. Le litige porte seulement sur la prise en compte de certains montants à titre de revenu, dont il convient d'examiner le bien-fondé.

4.
Il y a lieu de déterminer quel montant doit être admis en qualité de revenu du recourant en lien avec l'opération immobilière au cours de laquelle il a vendu le droit d'emption dont il disposait sur la parcelle n° xxx de la commune de D.________ pour un montant total de CHF 84'000.-. Cette opération immobilière comprenait en particulier un mandat donné à la société B.________ SA pour lequel la Cour de justice a admis une commission de courtage de CHF 4'200.- en déduction du revenu du recourant, alors que ce dernier entend déduire CHF 50'000.- à ce titre.

4.1 Selon l'art. 16 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 16 - 1 Sottostà all'imposta sul reddito la totalità dei proventi, periodici e unici.
1    Sottostà all'imposta sul reddito la totalità dei proventi, periodici e unici.
2    Sono pure considerati reddito i proventi in natura di qualsiasi specie, segnatamente il vitto e l'alloggio, come anche i prodotti e le merci prelevati dal contribuente nella propria azienda e destinati al consumo personale; essi sono valutati al valore di mercato.
3    Gli utili in capitale conseguiti nella realizzazione di sostanza privata sono esenti da imposta.
LIFD, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques. Aux termes de l'art. 18 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 18 Principio - 1 Sono imponibili tutti i proventi dall'esercizio di un'impresa, commerciale, industriale, artigianale, agricola o forestale, da una libera professione e da ogni altra attività lucrativa indipendente.
1    Sono imponibili tutti i proventi dall'esercizio di un'impresa, commerciale, industriale, artigianale, agricola o forestale, da una libera professione e da ogni altra attività lucrativa indipendente.
2    Fanno parte dei proventi da attività indipendente anche tutti gli utili in capitale conseguiti mediante alienazione, realizzazione o rivalutazione contabile di elementi della sostanza commerciale. Il trasferimento di questi elementi nella sostanza privata o in imprese o stabilimenti d'impresa siti all'estero è equiparato all'alienazione. La sostanza commerciale comprende tutti i valori patrimoniali che servono integralmente o in modo preponderante all'attività lucrativa indipendente; lo stesso dicasi delle partecipazioni di almeno il 20 per cento al capitale azionario o al capitale sociale di una società di capitali o di una società cooperativa, purché il proprietario le dichiari come sostanza commerciale al momento del loro acquisto. Rimane salvo l'articolo 18b.30
3    L'articolo 58 s'applica per analogia ai contribuenti che tengono una contabilità in buona e debita forma.
4    Gli utili conseguiti con l'alienazione di fondi agricoli e silvicoli rientrano nel reddito imponibile sino a concorrenza delle spese d'investimento.
LIFD, sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante. L'impôt sur le revenu frappe le revenu net, après déduction des frais d'acquisition, des déductions générales et des déductions sociales (cf. YVES NOËL, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 5 ad art. 25
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 25 - Il reddito netto corrisponde ai proventi lordi imponibili meno le spese d'acquisizione e le deduzioni generali di cui agli articoli 26-33a.
LIFD). Sont des frais d'acquisition du revenu les frais que le contribuable ne peut raisonnablement éviter et qui sont essentiellement occasionnés par la réalisation du revenu. En d'autres termes, il faut que la dépense soit économiquement nécessaire à l'obtention du revenu et que l'on ne puisse exiger du contribuable d'y renoncer (cf. ATF 124 II 29 consid. 3a p. 32; arrêt 477/2009 du 8 janvier 2010 consid. 3.2). Aux termes de l'art. 27 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 27 In generale - 1 In caso di attività lucrativa indipendente sono deducibili le spese aziendali e professionali giustificate.
1    In caso di attività lucrativa indipendente sono deducibili le spese aziendali e professionali giustificate.
2    Sono tali segnatamente:
a  gli ammortamenti e gli accantonamenti secondo gli articoli 28 e 29;
b  le perdite effettive sul patrimonio aziendale, se sono state allibrate;
c  i versamenti a istituzioni previdenziali in favore del personale, a condizione che sia esclusa qualsiasi utilizzazione contraria allo scopo.
d  gli interessi su debiti commerciali come pure gli interessi versati sulle partecipazioni i sensi dell'articolo 18 capoverso 2;
e  le spese di formazione e formazione continua professionali del personale, comprese le spese di riqualificazione;
f  le sanzioni finalizzate al prelievo dell'utile illecito, nella misura in cui non abbiano carattere penale.
3    Non sono deducibili segnatamente:
a  i versamenti di retribuzioni corruttive ai sensi del diritto penale svizzero;
b  le spese finalizzate a rendere possibili reati o che costituiscono la controprestazione per la commissione di reati;
c  le multe e le pene pecuniarie;
d  le sanzioni pecuniarie amministrative, nella misura in cui abbiano carattere penale.74
4    Se pronunciate da autorità penali o amministrative estere, le sanzioni di cui al capoverso 3 lettere c e d sono deducibili se:
a  sono contrarie all'ordine pubblico svizzero; o
b  il contribuente dimostra in modo plausibile di aver intrapreso tutto quanto si poteva ragionevolmente pretendere per conformarsi alla legge.75
LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La possibilité
de déduire ces frais est conditionnée à la preuve de leur nécessité au regard de l'activité poursuivie. A cet égard, le renvoi du législateur à l'usage, commercial ou professionnel, donne à l'autorité de taxation un pouvoir d'appréciation important. L'autorité de taxation doit notamment apprécier le caractère professionnellement usuel de la dépense (cf. arrêt 2C 132/2010 du 17 août 2010 consid. 3.2 et les références citées).

4.2 En l'espèce, le recourant a vendu un droit d'emption pour un montant total de CHF 84'000.-. Précédemment, il avait donné à la société B.________ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur la parcelle sur laquelle portait son droit d'emption. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue. Selon l'état de fait retenu par la Cour de justice, la première cession a été faite en faveur d'un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-, alors que la seconde cession concernait un autre couple, qui a acquis la parcelle pour la somme de CHF 200'000.-. Dans l'arrêt attaqué, la Cour de justice relève que, selon les conditions générales de la Société des régisseurs de Genève, le taux de la commission de courtage en cas de vente immobilière est de 5 % sur les premiers CHF 500'000.- et de 3 % au-delà, ce que le recourant ne conteste pas.
La Cour de justice a appliqué ce pourcentage au montant encaissé par le recourant pour la vente de son droit d'emption, soit CHF 84'000.-. Elle a relevé que le recourant n'était pas propriétaire des parcelles aliénées, mais ne détenait qu'un droit d'emption, qu'il avait cédé. De son côté, le recourant fait valoir que le pourcentage doit être appliqué à l'ensemble du marché, de sorte que la commission de CHF 50'000.- qu'il s'était engagé à verser à la société B.________ SA représente moins de 4 % du prix de vente des deux villas.
En l'occurrence, on ne peut que suivre l'argument de la Cour de justice selon lequel il convient de calculer la commission de courtage déductible au titre des frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel sur le prix de cession du droit d'emption plutôt que sur l'ensemble du marché. En effet, c'est en cédant son droit d'emption que le recourant a réalisé le revenu en cause. Seule une commission de courtage relative à cette cession peut par conséquent être considérée comme professionnellement usuelle et économiquement nécessaire à l'obtention de ce revenu. Peu importe à cet égard que le recourant ait promis contractuellement et versé une commission plus élevée à la société B.________ SA. Seule importe la commission admise par les usages professionnels, nécessaire à l'acquisition du revenu. Or, le recourant ne conteste pas que cette commission s'élève à 5 % sur les premiers CHF 500'000.- selon les conditions générales de la Société des régisseurs de Genève. C'est donc à juste titre que la Cour de justice a fixé à CHF 4'200.- la commission de courtage qui pouvait être déduite au titre de frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel et le recours doit être rejeté sur ce point.

4.3 Au vu de ce qui précède, point n'est besoin d'examiner si les conditions de l'évasion fiscale, également admise par la Cour de justice, sont remplies en l'espèce (cf. supra consid. 1.5).

4.4 Enfin, en ce qui concerne les conclusions du recourant relatives à l'annulation de l'amende prononcée, elles ne sont étayées par aucune motivation, ce qui n'est pas admissible (cf. art. 42 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF; cf. supra consid. 1.4). On ne voit en outre pas en quoi, en n'annulant pas l'amende prononcée à l'encontre du recourant, la Cour de justice aurait violé le droit fédéral dès lors que l'art. 175
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.265
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.266
LIFD prévoit que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1) qui, en règle générale, est fixée au montant de l'impôt soustrait (al. 2).

5.
Le recours sera par conséquent rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 2'500.-, sont mis à la charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 28 février 2013

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti