Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 916/2012

Arrêt du 28 février 2013
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Kneubühler.
Greffière: Mme Beti.

Participants à la procédure
X.________,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôt fédéral direct 2003,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, du 31 juillet 2012.

Faits:

A.
X.________, domicilié dans le canton de Genève, exerçait une activité salariée auprès de la société A.________ SA en 2003. A la même période, il était actionnaire unique, administrateur unique avec signature individuelle et directeur de la société B.________ SA, dont le but, selon le registre du commerce, était le commerce, l'importation, l'exportation et la distribution de matériel de télécommunication, informatique, électronique et accessoires divers. Il était par ailleurs actif dans le domaine immobilier sous la raison individuelle C.________, X.________.
X.________ disposait d'un droit d'emption sur la parcelle n° xxx de la commune de D.________, propriété de Y.________. Le 22 avril 2003, il a donné à la société B.________ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur cette parcelle. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue.
Après la division de la parcelle susmentionnée en deux parcelles distinctes, X.________ a cédé le 8 décembre 2003 son droit d'emption sur la première parcelle pour un montant de CHF 44'000.- à un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-. Par acte du même jour, X.________ a cédé son droit d'emption sur la seconde parcelle pour un montant de CHF 40'000.- à un autre couple, qui a acquis ladite parcelle pour la somme de CHF 200'000.-.
Dans sa déclaration fiscale 2003, X.________ n'a pas fait état de ces opérations immobilières. Les bordereaux de taxation relatifs à la période fiscale 2003 ont été établis le 26 mai 2005.

B.
Le 24 octobre 2005, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) a informé X.________ de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt pour la période fiscale 2003, tant pour les impôts cantonal et communal que pour l'impôt fédéral direct, en relation avec les opérations immobilières précitées. X.________ a produit un décompte relatif à ces opérations d'où il ressortait que son bénéfice net se montait à CHF 5'664.05. Parmi les frais qu'il faisait valoir figuraient les deux commissions de CHF 25'000.- en faveur de B.________ SA.
Le 20 février 2006, l'Administration cantonale a établi deux bordereaux rectificatifs. Les commissions en faveur de B.________ SA étaient limitées à 5 % de CHF 44'000.- et de CHF 40'000.-, soit CHF 4'200.- en lieu et place du montant de CHF 50'000.- indiqué par le contribuable. X.________ était par ailleurs astreint à verser un supplément d'impôt de CHF 14'866.20 et des intérêts de retard de CHF 273.40 pour les impôts cantonal et communal, et un supplément d'impôt de CHF 6'205.15 et des intérêts de retard de CHF 133.95 pour l'impôt fédéral direct, ainsi que des amendes de CHF 14'800.- pour les impôts cantonal et communal et de CHF 6'200.- pour l'impôt fédéral direct.
Le 5 septembre 2006, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation déposée par le contribuable. X.________ a recouru contre cette décision auprès des Commissions cantonales de recours en matière fiscale du canton de Genève, remplacées dès le 1er janvier 2009 par la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours), devenue dès le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI).
Par décision du 19 mai 2009, la Commission de recours a rejeté le recours de X.________ en ce qui concernait les impôts cantonal et communal. Le recours formé par le contribuable auprès du Tribunal administratif, devenu la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève le 1er janvier 2011 (ci-après : la Cour de justice), a été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010.
Par jugement du 28 février 2011, le TAPI a rejeté le recours de X.________ en ce qui concernait l'impôt fédéral direct. Le recours du contribuable a été rejeté par la Cour de justice par arrêt du 31 juillet 2012. Celle-ci a considéré, en substance, que les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées et que la commission de CHF 50'000.- n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale.

C.
Par acte du 15 septembre 2012 adressé au Tribunal administratif fédéral, X.________ recourt contre l'arrêt précité. Il requiert l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle rectifie les bordereaux, afin de tenir compte de la commission de CHF 50'000.- versée et qu'elle annule les amendes. Il demande également qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B.________ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale.
Le 18 septembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a transmis le recours de X.________ au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence.
La Cour de justice a renoncé à formuler des observations, s'en est rapportée à justice quant à la recevabilité du recours et a persisté dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais. Quant à l'Administration fédérale des contributions, elle s'est ralliée aux observations de l'Administration cantonale et a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. art. 29 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 29 Examen - 1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
1    Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
2    En cas de doute quant à sa propre compétence, il procède à un échange de vues avec l'autorité dont la compétence lui paraît entrer en ligne de compte.
LTF). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 136 II 101 consid. 1 p. 103).

1.1 Le recourant a adressé son recours au Tribunal administratif fédéral qui l'a transmis au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence (cf. art. 8 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 8 - 1 L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente.
1    L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente.
2    L'autorité qui tient sa compétence pour douteuse ouvre sans délai un échange de vues avec l'autorité qu'elle considère comme compétente.
PA [RS 172.021]). Le recourant n'a par ailleurs pas indiqué par quelle voie de droit il entendait agir. Cette imprécision ne saurait toutefois lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui lui est ouverte (cf. ATF 134 III 379 consid. 1.2 p. 382 s.).

1.2 Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF), le recours est en principe recevable.

1.3 Les mémoires de recours doivent indiquer les conclusions (art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF). Les conclusions de nature constatatoire sont admissibles dans le cadre d'un recours en matière de droit public pour autant qu'elles répondent à un intérêt légitime et ne se limitent pas à des questions théoriques; il faut en outre que le recourant ne puisse pas obtenir satisfaction par le biais de conclusions formatrices (cf. arrêt 2C 517/2009 du 12 novembre 2010 consid. 1.3 non publié aux ATF 137 II 136; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n° 936).
Au vu de ce qui précède, les conclusions du recours qui tendent à ce qu'il soit constaté que le jugement du 31 juillet 2012 viole le principe de la maxime inquisitoire et l'interdiction de l'arbitraire, que la société B.________ SA avait la capacité légale de mener des affaires immobilières, et que les commissions versées n'étaient pas insolites et ne constituaient pas une évasion fiscale, ne sont pas recevables puisque le recourant peut obtenir satisfaction par le biais des conclusions réformatoires prises.

1.4 Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (cf. ATF 135 III 397 consid. 1.4 p. 400 s.). A cet égard, le recourant doit se déterminer au moins brièvement par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris et exposer, ne serait-ce que succinctement, en quoi l'autorité cantonale supérieure viole le droit fédéral (cf. ATF 134 II 244 consid. 2.1 p. 245 s.).

1.5 Lorsque la décision attaquée se fonde sur plusieurs motivations indépendantes, alternatives ou subsidiaires, toutes suffisantes, il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer que chacune d'entre elles est contraire au droit (cf. ATF 138 I 97 consid. 4.1.4; arrêt 2C 176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 2). En l'espèce, la Cour de justice a refusé la déduction d'une commission de CHF 50'000.- pour le double motif qu'elle n'était pas conforme aux usages professionnels et réalisait également les conditions de l'évasion fiscale. Le recourant s'en prend à ces deux motivations, bien qu'il ne les traite que succinctement et concentre l'essentiel de son argumentation sur la qualité de société active dans le domaine de l'immobilier de B.________ SA. Il convient donc d'entrer en matière. Il suffit toutefois que l'une des motivations permette de maintenir l'arrêt attaqué pour que le recours doive être rejeté (cf. ATF 133 III 221 consid. 7 p. 228; 132 I 13 consid. 6 p. 20).

2.
2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire - ou en violation du droit (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF137 II 353 consid. 5.1 p. 356).

Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a tiré des déductions insoutenables (cf. ATF 136 III 552 consid. 4.2 p. 560; arrêt 2C 122/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1).

2.2 Le recourant estime que la Cour de justice a violé la maxime inquisitoire en ne déterminant pas tous les éléments de fait pertinents, de sorte que la décision prise contredit, à son avis, la situation de fait. Son grief se confond de la sorte avec celui de constatation arbitraire des faits, qui sera examiné ci-après (cf. infra consid. 2.3).

2.3 Le recourant reproche à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire en ne retenant pas que la société B.________ SA avait la capacité légale de gérer des affaires immobilières, en refusant d'admettre l'intervention de la société B.________ SA dans la valorisation du projet immobilier en cause, en insistant sur l'incompétence du personnel de la société B.________ SA en matière immobilière et en ne retenant pas les factures émises par des tiers et honorées par la société B.________ SA. Tous ces éléments étaient, selon le recourant, propres à démontrer que la société B.________ SA avait déployé une activité effective, de sorte que la commission qui lui a été versée était justifiée.
La Cour de justice, dans la partie "en fait" de l'arrêt attaqué, mentionne effectivement l'ensemble des faits critiqués par le recourant, mais elle ne les fait pas siens. Elle se limite à reproduire l'argumentation utilisée par l'Administration cantonale dans une détermination du 5 septembre 2006 (cf. consid. 10 de l'arrêt attaqué), mais sans en tirer de conséquences juridiques. On ne saurait donc, dans ce contexte, lui reprocher d'avoir arbitrairement établi les faits.
Dans son raisonnement, la Cour de justice a d'ailleurs retenu qu'une commission était bien due à la société B.________ SA, seul son montant étant sujet à discussion. Ce faisant, la Cour de justice a admis que la société B.________ SA exerçait bien une activité dans le domaine immobilier et que cette activité méritait le versement d'une commission de courtage. On ne voit donc pas en quoi les éléments dont se prévaut le recourant seraient de nature à modifier le résultat de l'arrêt attaqué, dès lors qu'ils tendent à établir la réalité des activités immobilières B.________ SA que les juges cantonaux ont admise.
Dans ces conditions, la Cour de céans rendra son arrêt en se basant sur les faits tels qu'ils ressortent de l'arrêt attaqué.

3.
La cause concerne une procédure de rappel d'impôt initiée le 24 octobre 2005 à l'encontre du recourant.

3.1 Le présent litige porte exclusivement sur l'impôt fédéral direct pour l'année 2003. La question du rappel d'impôt pour les impôts cantonal et communal de la même année a en effet déjà été tranchée par décision définitive et exécutoire de la Commission de recours du 19 mai 2009, le recours du contribuable contre cette décision ayant été déclaré irrecevable le 16 novembre 2010.

3.2 Aux termes de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (cf. arrêt 2C 724/2010 du 27 juil-let 2011 consid. 8.1 et les arrêts cités, in RDAF 2012 II 37).
En l'espèce, les conditions du rappel d'impôt sont manifestement remplies. En effet, il ressort de l'état de fait que le recourant a réalisé un bénéfice - dont le montant est contesté - en lien avec une opération immobilière ayant eu lieu en 2003, qu'il n'a pas fait état de cette opération immobilière dans sa déclaration fiscale 2003, et que l'Administration cantonale en a eu connaissance par ailleurs et postérieurement à la taxation ordinaire. Au demeurant, le recourant ne s'oppose pas au principe du rappel d'impôt qui a été effectué par l'Administration cantonale. Le litige porte seulement sur la prise en compte de certains montants à titre de revenu, dont il convient d'examiner le bien-fondé.

4.
Il y a lieu de déterminer quel montant doit être admis en qualité de revenu du recourant en lien avec l'opération immobilière au cours de laquelle il a vendu le droit d'emption dont il disposait sur la parcelle n° xxx de la commune de D.________ pour un montant total de CHF 84'000.-. Cette opération immobilière comprenait en particulier un mandat donné à la société B.________ SA pour lequel la Cour de justice a admis une commission de courtage de CHF 4'200.- en déduction du revenu du recourant, alors que ce dernier entend déduire CHF 50'000.- à ce titre.

4.1 Selon l'art. 16 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 16 - 1 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques.
1    L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques.
2    Sont aussi considérés comme revenu les prestations en nature de tout genre dont bénéficie le contribuable, notamment la pension et le logement, ainsi que les produits et marchandises qu'il prélève dans son exploitation et qui sont destinés à sa consommation personnelle; ces prestations sont estimées à leur valeur marchande.
3    Les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée ne sont pas imposables.
LIFD, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques. Aux termes de l'art. 18 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD, sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante. L'impôt sur le revenu frappe le revenu net, après déduction des frais d'acquisition, des déductions générales et des déductions sociales (cf. YVES NOËL, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 5 ad art. 25
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 25 - Le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33a.
LIFD). Sont des frais d'acquisition du revenu les frais que le contribuable ne peut raisonnablement éviter et qui sont essentiellement occasionnés par la réalisation du revenu. En d'autres termes, il faut que la dépense soit économiquement nécessaire à l'obtention du revenu et que l'on ne puisse exiger du contribuable d'y renoncer (cf. ATF 124 II 29 consid. 3a p. 32; arrêt 477/2009 du 8 janvier 2010 consid. 3.2). Aux termes de l'art. 27 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 27 En général - 1 Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
1    Les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel.
2    Font notamment partie de ces frais:
a  les amortissements et les provisions au sens des art. 28 et 29;
b  les pertes effectives sur des éléments de la fortune commerciale, à condition qu'elles aient été comptabilisées;
c  les versements à des institutions de prévoyance en faveur du personnel de l'entreprise, à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue;
d  les intérêts des dettes commerciales ainsi que les intérêts versés sur les participations visées à l'art. 18, al. 2;
e  les frais de formation et de formation continue à des fins professionnelles du personnel de l'entreprise, frais de reconversion compris;
f  les sanctions visant à réduire le bénéfice, dans la mesure où elles n'ont pas de caractère pénal.
3    Ne sont notamment pas déductibles:
a  les versements de commissions occultes au sens du droit pénal suisse;
b  les dépenses qui permettent la commission d'infractions ou qui constituent la contrepartie à la commission d'infractions;
c  les amendes et les peines pécuniaires;
d  les sanctions financières administratives, dans la mesure où elles ont un caractère pénal.72
4    Si des sanctions au sens de l'al. 3, let. c et d, ont été prononcées par une autorité pénale ou administrative étrangère, elles sont déductibles si:
a  la sanction est contraire à l'ordre public suisse, ou si
b  le contribuable peut démontrer de manière crédible qu'il a entrepris tout ce qui est raisonnablement exigible pour se comporter conformément au droit.73
LIFD, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. La possibilité
de déduire ces frais est conditionnée à la preuve de leur nécessité au regard de l'activité poursuivie. A cet égard, le renvoi du législateur à l'usage, commercial ou professionnel, donne à l'autorité de taxation un pouvoir d'appréciation important. L'autorité de taxation doit notamment apprécier le caractère professionnellement usuel de la dépense (cf. arrêt 2C 132/2010 du 17 août 2010 consid. 3.2 et les références citées).

4.2 En l'espèce, le recourant a vendu un droit d'emption pour un montant total de CHF 84'000.-. Précédemment, il avait donné à la société B.________ SA le mandat de vendre deux villas sur plans situées sur la parcelle sur laquelle portait son droit d'emption. Il s'engageait à payer au mandataire une commission de CHF 25'000.- par villa vendue. Selon l'état de fait retenu par la Cour de justice, la première cession a été faite en faveur d'un couple qui, par le même acte, a acquis la parcelle, sur laquelle avait été érigée une habitation, pour le prix de CHF 871'000.-, alors que la seconde cession concernait un autre couple, qui a acquis la parcelle pour la somme de CHF 200'000.-. Dans l'arrêt attaqué, la Cour de justice relève que, selon les conditions générales de la Société des régisseurs de Genève, le taux de la commission de courtage en cas de vente immobilière est de 5 % sur les premiers CHF 500'000.- et de 3 % au-delà, ce que le recourant ne conteste pas.
La Cour de justice a appliqué ce pourcentage au montant encaissé par le recourant pour la vente de son droit d'emption, soit CHF 84'000.-. Elle a relevé que le recourant n'était pas propriétaire des parcelles aliénées, mais ne détenait qu'un droit d'emption, qu'il avait cédé. De son côté, le recourant fait valoir que le pourcentage doit être appliqué à l'ensemble du marché, de sorte que la commission de CHF 50'000.- qu'il s'était engagé à verser à la société B.________ SA représente moins de 4 % du prix de vente des deux villas.
En l'occurrence, on ne peut que suivre l'argument de la Cour de justice selon lequel il convient de calculer la commission de courtage déductible au titre des frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel sur le prix de cession du droit d'emption plutôt que sur l'ensemble du marché. En effet, c'est en cédant son droit d'emption que le recourant a réalisé le revenu en cause. Seule une commission de courtage relative à cette cession peut par conséquent être considérée comme professionnellement usuelle et économiquement nécessaire à l'obtention de ce revenu. Peu importe à cet égard que le recourant ait promis contractuellement et versé une commission plus élevée à la société B.________ SA. Seule importe la commission admise par les usages professionnels, nécessaire à l'acquisition du revenu. Or, le recourant ne conteste pas que cette commission s'élève à 5 % sur les premiers CHF 500'000.- selon les conditions générales de la Société des régisseurs de Genève. C'est donc à juste titre que la Cour de justice a fixé à CHF 4'200.- la commission de courtage qui pouvait être déduite au titre de frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel et le recours doit être rejeté sur ce point.

4.3 Au vu de ce qui précède, point n'est besoin d'examiner si les conditions de l'évasion fiscale, également admise par la Cour de justice, sont remplies en l'espèce (cf. supra consid. 1.5).

4.4 Enfin, en ce qui concerne les conclusions du recourant relatives à l'annulation de l'amende prononcée, elles ne sont étayées par aucune motivation, ce qui n'est pas admissible (cf. art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF; cf. supra consid. 1.4). On ne voit en outre pas en quoi, en n'annulant pas l'amende prononcée à l'encontre du recourant, la Cour de justice aurait violé le droit fédéral dès lors que l'art. 175
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
LIFD prévoit que le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1) qui, en règle générale, est fixée au montant de l'impôt soustrait (al. 2).

5.
Le recours sera par conséquent rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 2'500.-, sont mis à la charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 28 février 2013

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Beti