Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 239/2013, 2C 240/2013

Arrêt du 27 mai 2014

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Jolidon.

Participants à la procédure
A.A.________ et B.A.________,
représentés par Me Antoine Berthoud, avocat,
recourants,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève.

Objet
Impôt fédéral direct, impôts cantonal et communal 2007,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 6 février 2013.

Faits:

A.

A.a. Les époux A.________, soit A.A.________ et B.A.________, nés en 1952 respectivement en 1953, sont domiciliés dans le canton de Genève, à Z.________. B.A.________ exerçait une activité lucrative indépendante en tant que maraîcher et producteur de gazon sous la raison individuelle C.________sise à Z.________; le but de cette entreprise individuelle est le commerce, la distribution, l'importation et l'exploitation de matières premières en relation avec le "paysagisme" et l'agriculture.

Les époux A.________ exploitent, depuis le 28 octobre 1998, une société à responsabilité limitée, sise à Z.________, dont ils détiennent chacun 19'000 fr. du capital social s'élevant au total à 40'000 fr. Cette société, dont la raison de commerce est D.________ Sàrl (ci-après: la société), a le même but que C.________.

B.A.________ est propriétaire, entre autre biens immobiliers, de la parcelle no eee du registre foncier de la commune Z.________ qu'il a reçue en donation de ses parents en avril 2008. Cette parcelle, d'une surface de 9'984 m2, est située en zone agricole et comprenait en 2007 un hangar, ainsi que des serres s'étendant sur 5'562 m2.

A.b. Dans leur déclaration fiscale 2007, les époux A.________ n'ont plus fait état d'une d'activité lucrative indépendante mais uniquement d'une activité lucrative dépendante en tant que salariés de D.________ Sàrl. Selon cette déclaration, leur revenu imposable s'élevait à 62'642 fr. pour les impôts cantonal et communal et à 77'759 fr. pour l'impôt fédéral direct; la fortune imposable se montait 342'767 fr. Le formulaire servant à déterminer le revenu et la fortune des professionnels de l'agriculture annexé à la déclaration indiquait, sous la rubrique "Amortissements sur immeubles agricoles (en propriété) ", dans la colonne "Constructions légères (hangars, ateliers, couverts, box et stabulation) ", un report de l'année précédente à la valeur au 1er janvier 2007 de 57'956 fr. et un "amortissement admis" de 2'897 fr.

Après que l'autorité de taxation eut demandé aux intéressés des renseignements complémentaires, ceux-ci ont informé le fisc qu'en date du 1er janvier 2007 B.A.________ avait vendu, à leur valeur comptable, tous les actifs et les passifs de son exploitation à D.________ Sàrl, dont il était devenu salarié, ne conservant en nom propre qu'un bâtiment qu'il mettait gratuitement à disposition de ladite société. Un document récapitulant tous les actifs et les passifs ayant fait l'objet de la vente à la valeur comptable était joint au courrier. Les actifs comportaient un poste intitulé "Serres" s'élevant à 7'688 fr.

A.c. Par bordereau du 19 août 2009 pour l'impôt fédéral direct 2007, l'autorité de taxation a fixé le revenu imposable à 543'500 fr. pour un impôt s'élevant à 58'001 fr. Le bordereau des impôts cantonaux et communaux montrait un revenu et une fortune imposables se montant à 529'802 fr. respectivement 392'300 fr. pour un impôt total de 148'062 fr. Pour les deux catégories d'impôts, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) avait notamment repris un montant de 492'043 fr. (valeur de transfert retenue de 550'000 fr. ./. valeur comptable de 57'957 fr.) au titre de bénéfice net, ce qui correspondait au bénéfice réalisé sur le transfert de la fortune commerciale à la fortune privée du bien immobilier diminué de 61'505 fr. de cotisations AVS calculées sur ce bénéfice; un montant de 35'211 fr. avait également été ajouté au revenu imposable au titre de rendement de la fortune immobilière (cet élément n'est plus en cause devant le Tribunal fédéral).

A.d. Par décision sur réclamation du 4 octobre 2010, l'Administration fiscale a partiellement modifié les décisions de taxation du 19 août 2009. Dans la mesure où l'ensemble des actifs de l'entreprise individuelle C.________avait été transféré le 1er janvier 2007 à D.________ Sàrl, le bien immobilier utilisé à titre professionnel devait être requalifié selon les principes de la prépondérance et les réserves latentes devaient être imposées. Compte tenu du fait que la parcelle en cause était assujettie au droit foncier rural, la taxation était cependant rectifiée: pouvaient être imposés au titre de bénéfice uniquement les amortissements cumulés admis fiscalement jusque-là, soit 91'177 fr. pour le terrain/verger et 30'353 fr. pour le hangar; dès lors le bénéfice imposable concernant ce transfert dans la fortune privée était ramené de 492'043 fr. à 121'530 fr. Le montant des cotisations AVS était adapté en conséquence. Le revenu imposable était fixé à 219'300 fr. pour l'impôt fédéral direct et à 205'439 fr. pour les impôts cantonaux et communaux.

Le 11 octobre 2010, l'Administration fiscale a transmis aux époux A.________ le détails des amortissements retenus relatifs au verger et au hangar pour les années 1992 à 2006.

B.
Par jugement du 23 mars 2012, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a admis le recours des époux A.________ tant pour l'impôt fédéral direct que les impôts cantonaux et communaux 2007. Les amortissements du terrain/verger se montant à 91'177 fr. (seuls contestés) comprenaient les amortissements des années 1992 à 2006; or, B.A.________ n'avait reçu cette parcelle en donation de ses parents qu'en 2008; c'était donc à tort que les 91'177 fr. avaient été ajoutés au bénéfice imposable. En outre, ledit tribunal a pris acte du fait que les intéressés "admettent l'imposition de l'amortissement sur le hangar en 30'353 fr.".

C.
La Cour de Justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de Justice) a partiellement admis le recours de l'Administration fiscale par arrêt du 6 février 2013; elle a annulé le jugement du 23 mars 2012 en tant qu'il retenait que la nouvelle taxation ne devait pas inclure le montant de 91'177 fr. pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux 2007 et l'a confirmé pour le surplus. La parcelle eee sur laquelle étaient construites les serres (improprement qualifiées de terrain/verger par les autorités précédentes) et le hangar, n'était devenue la propriété du recourant qu'en 2008. Cependant, les comptes 2007 de D.________ Sàrl et le document inventoriant les actifs qui lui avaient été cédés par C.________comportaient un poste intitulé "Serres" avec des amortissements correspondant dans le compte de résultat 2007; au surplus, il n'était pas contesté que B.A.________ utilisait ces serres avant 2008 dans le cadre de son entreprise agricole; c'était dès lors à bon droit que le fisc avait considéré ces éléments comme appartenant à la fortune commerciale de l'intéressé. Par ailleurs, "il y avait bien eu transfert de la fortune commerciale à la fortune privée dans la mesure où les actifs considérés - serres et hangars - ont
été acquis par un sujet de droit fiscal indépendant, soit la société, qui salarie désormais le contribuable". La reprise des 91'177 fr. était ainsi justifiée.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A.________ et B.A.________ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler "la reprise des amortissements à hauteur de 91'177 fr. et de 30'353 fr. dans la détermination du revenu imposable 2007".

L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. La Cour de Justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

A.A.________ et B.A.________ se sont encore exprimés par écriture du 24 septembre 2013.

Considérant en droit:

1.

1.1. Dans les cas où l'autorité cantonale rend une seule décision valant pour l'impôt fédéral direct et pour les impôts cantonal et communal, car la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé, le recourant doit pouvoir attaquer cette décision dans un seul recours (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.3 p. 264). Il faut cependant qu'il ressorte de la motivation du recours que celui-ci s'en prend tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonal et communal, pour que ces deux catégories d'impôts soient revues par le Tribunal fédéral (ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263).

En l'espèce, dans leurs conclusions, les recourants s'en prennent à la détermination du "revenu imposable", sans préciser s'il s'agit du revenu imposable pour l'impôt fédéral direct et/ou pour les impôts cantonal et communal. Ils mentionnent toutefois, à une reprise, dans leur argumentation les deux impôts et citent des dispositions de droit fédéral et de droit cantonal. Partant, on peut considérer qu'ils s'en prennent tant à l'impôt fédéral direct qu'aux impôts cantonal et communal.

1.2. Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C 240/2013) et l'autre les impôts cantonal et communal (2C 239/2013). Comme l'état de fait et la question juridique posée sont identiques, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 71 - Lorsque la présente loi ne contient pas de dispositions de procédure, les dispositions de la PCF31 sont applicables par analogie.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

1.3. L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) qui concerne le revenu imposable pour l'impôt fédéral direct et les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2007. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF.

L'art. 146
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 146 - La décision de la dernière instance cantonale peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral dans les limites de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral241. L'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a également qualité pour recourir dans les causes de droit public.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. S'agissant des impôts cantonal et communal, la détermination du produit provenant de l'activité lucrative indépendante (art. 8
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) étant une matière harmonisée au titre 2 de ladite loi, la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID (cf. ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188).

1.4. Pour le surplus, le recours, interjeté par les contribuables destinataires de l'arrêt attaqué (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), remplit les conditions des art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 82
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
ss LTF et est, en principe, recevable.

2. Le Tribunal fédéral ne peut statuer au-delà de l'arrêt attaqué, qui définit l'objet du litige qui peut être porté devant lui (cf. ATF 136 II 457 consid. 4.2 p. 462; 136 II 165 consid. 5 p. 174; arrêt 2C 176/2012 du 18 octobre 2012 consid. 3.3, non publié in ATF 138 II 536).

En l'occurrence, l'arrêt attaqué se prononce sur la reprise de l'amortissement relatif aux serres d'un montant de 91'177 fr., dont la Cour de Justice a estimé qu'il était imposable, ainsi que sur une somme de 35'211 fr. dont il a été considéré qu'elle ne constituait pas un rendement de la fortune immobilière et qui n'est plus remis en cause devant le tribunal de céans. Dans leurs conclusions, les recourants demandent (cf. art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF) au Tribunal fédéral d'annuler la reprise des amortissements relatifs aux serres de 91'177 fr. et au hangar de 30'353 fr. Or, non seulement l'autorité précédente ne s'est pas penchée sur ce second point (cf. supra partie "Faits" let. C) mais, de plus, les contribuables ont expressément admis, dans leur recours du 3 novembre 2010 devant le Tribunal administratif de première instance, le bien-fondé de cette reprise de 30'353 fr., ce que d'ailleurs le jugement de ce tribunal mentionne (cf. supra partie "Faits" let. B in fine). Ils ne peuvent donc plus le contester devant la Cour de céans.

En conclusion, seule sera examinée par le Tribunal fédéral la reprise des amortissements relatifs aux serres de 91'177 fr., à l'exclusion de la reprise de 30'353 fr., celle-ci ne faisant plus partie de l'objet du litige.

3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), en particulier en contrevenant à l'interdiction de l'arbitraire (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 136 II 447 consid. 2.1 p. 450). Le recourant doit expliquer de manière circonstanciée (ATF 136 II 101 consid. 3, p. 105), dans une argumentation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (cf. ATF 138 I 171 consid. 1.4 p. 176), en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF), faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356; 136 II 101 consid. 3 p. 104; voir aussi arrêt 4A 326/2007 du 29 novembre 2007, consid. 4.1).

La violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF peut consister en un état de fait incomplet, car l'autorité précédente viole le droit matériel en n'établissant pas tous les faits pertinents pour l'application de celui-ci (ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). En présence d'un état de fait manifestement inexact ou lacunaire, le Tribunal fédéral peut compléter ou rectifier d'office l'état de fait (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Toutefois, comme il est un juge du droit et non du fait, le complètement ou la rectification des faits n'intervient que si le fait peut être déduit sans aucun doute possible des pièces du dossier. S'il apparaît qu'il faut compléter l'administration des preuves, l'affaire devra être renvoyée à l'autorité précédente ou à l'autorité de première instance, conformément à l'art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF (cf. ATF 133 IV 293 consid. 3.4.2 p. 295 s.; arrêt 2C 800/2012 du 6 mars 2013 consid. 2.2).

4.
Dans la partieen fait de leur mémoire, les recourants soulignent que la Cour de Justice "a établi certains faits de façon incomplète, voire erronée". Puis, ils mentionnent toute une série de points sur lesquels les constatations de l'arrêt attaqué devraient, selon eux, être corrigées et/ou complétées.

Les recourants se contentent ainsi de présenter leur propre version des faits sans expliquer en quoi celle de l'arrêt attaqué aurait été établie de façon manifestement inexacte ou en violation du droit. Une telle façon de procéder ne répond pas aux exigences de motivation en la matière (cf. consid. 3). Partant, les critiques appellatoires des recourants sont irrecevables.

5.
Selon les recourants, la Cour de Justice a violé les règles sur le fardeau de la preuve. Ils estiment que le fisc n'a pas prouvé que les serres faisaient partie de leur fortune commerciale et qu'ils avaient procédé à des amortissements sur celles-ci. En retenant à tort que tel était le cas et que les recourants n'avaient pas démontré le contraire, la Cour de Justice aurait renversé le fardeau de la preuve.

5.1. En matière fiscale, il appartient à l'autorité d'établir les faits qui fondent la créance d'impôt ou qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (ATF 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 en matière de TVA; 121 II 257 consid. 4c/aa p. 266). Quand des indices clairs et précis rendent vraisemblable l'état de fait établi par l'autorité, il revient ensuite au contribuable de réfuter, preuves à l'appui, les faits avancés par celle-ci (RDAF 2011 II 142, 2C 484/2009 consid. 3.3). La procédure de taxation est ainsi caractérisée par la collaboration réciproque de l'autorité fiscale et du contribuable (cf. arrêt 2C 111/2012 du 25 juillet 2012 consid. 4.4). Savoir si un fait est ou non prouvé relève des faits, alors que la répartition du fardeau de la preuve est une question de droit (cf. ATF 130 III 321 consid. 5 p. 327).

5.2. Il ressort de l'arrêt attaqué que le document inventoriant les actifs qui avaient été vendus par C.________ à D.________ Sàrl le 1er janvier 2007 mentionnait des serres valant 7'688 fr. De plus, le bilan au 31 décembre 2007 de D.________ Sàrl comportait un poste d'actif intitulé "Serres" atteignant 6'151 fr. et le compte de profits et pertes de la même année comprenait un amortissement y relatif d'un montant de 1'537 fr. La Cour de Justice a en outre relevé qu'il n'était pas contesté que le recourant bénéficiait de l'usage de ces serres dans le cadre de l'exploitation de son entreprise agricole, tout en précisant que la parcelle sur laquelle elles étaient érigées avait appartenu aux parents de l'intéressé, retraités, jusqu'en 2008. S'ils contestaient ces faits, il appartenait effectivement aux recourants de démontrer qu'ils n'étaient corrects. Ainsi, en mettant la contre-preuve à charge des recourants, l'autorité précédente n'a pas violé les règles sur la répartition du fardeau de la preuve.

Compte tenu de ces éléments, ladite cour a considéré que les serres faisaient partie, avant la cessation de leur activité lucrative indépendante, de la fortune commerciale des recourants, ce que ceux-ci contestent. Déterminer si, sur la base des faits constatés, un bien fait partie de la fortune commerciale ou privée du contribuable constitue une question de droit, question que le Tribunal fédéral revoit librement.

5.3. Les recourants contestent le montant des amortissements, arrêtés à 91'177 fr. par l'autorité de taxation; ils prétendent que le tableau des amortissements d'un total de 91'177 fr. établi par le fisc n'a aucune force probante. Avec cet argument, ils se plaignent non pas du renversement du fardeau de la preuve mais d'une appréciation arbitraire des preuves, caractère arbitraire qu'ils doivent démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (cf. consid. 3). Or, les intéressés se contentent de déclarer que, si la parcelle en cause, reçue en 2008 des parents de B.A.________, comporte bien des serres, "cela ne signifie pas pour autant que les contribuables aient procédé pendant les années précédentes à des amortissements en déduction du revenu de leur activité lucrative". Une telle argumentation est appellatoire et ne répond pas aux exigences susmentionnées. Dès lors, le grief est irrecevable.

I. Impôt fédéral direct

6.

6.1. L'art. 18 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD prévoit:

"1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.

2 Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; ...
...
4 Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement."

Selon l'art. 19 al. 1 let. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
LIFD, les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu notamment en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale.

6.2. Le présent cas est extrêmement confus. Cela est dû à différents facteurs dont le complexe de faits à imposer (avec le mélange du patrimoine des recourants et de celui des parents de l'époux), la qualification du bien en cause qui est tantôt appelé verger, tantôt terrain ou serres et le manque de collaboration des intéressés avec le fisc. Les termes utilisés prêtent également à confusion: sont en effet évoqués divers biens mobiliers (le hangar, le bâtiment, les serres, etc.) et immobiliers sans rigueur dans l'usage des noms les désignant si bien que lorsque l'on parle, par exemple, de "l'immeuble", on ne sait pas exactement à quel bien il est fait référence, ce qui rend l'affaire peu compréhensible.

Il y a lieu de mentionner ici que les recourants sont malvenus de se plaindre du fait que le fisc a d'abord qualifié le bien litigieux de verger pour ensuite seulement déclarer qu'il s'agissait de serres. Ils oublient en effet à cet égard leur devoir de collaboration et obligation de renseigner (art. 123 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 123 - 1 Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
1    Les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable.
2    Elles peuvent en particulier ordonner des expertises, procéder à des inspections et examiner sur place les comptes et les pièces justificatives. Tout ou partie des frais entraînés par ces mesures d'instruction peuvent être mis à la charge du contribuable ou de toute autre personne astreinte à fournir des renseignements, lorsque ceux-ci les ont rendus nécessaires par un manquement coupable à leurs obligations de procédure.
LIFD) qui portent sur les faits importants qui créent un droit au paiement d'une somme d'argent dans le cadre d'un acte juridique ou qui sont nécessaires à la qualification fiscale d'un état de fait (circulaire no 19 de l'Administration fédérale des contributions du 7 mars 1995 sur l'obligation de renseigner, d'attester et d'informer dans la LIFD). Ainsi, plutôt que de se contenter de prétendre, comme ils l'ont fait au cours de la procédure, n'avoir jamais détenu de verger, ils devaient informer le fisc que la parcelle en question ne comprenait pas un verger mais des serres.

6.3. Ceci dit, les faits établis sont les suivants: les recourants ont cessé l'exploitation de l'entreprise individuelle C.________le 1er janvier 2007; ils ont alors transféré cette exploitation à la société dont ils détiennent les parts et dont B.A.________ est devenu salarié. Celui-ci a cependant gardé un hangar situé sur la parcelle n° eee.

Est en cause un autre bien, qui a été qualifié de verger, de terrain, puis de serres. Ce bien faisait partie de la fortune commerciale des recourants. L'état de fait de l'arrêt attaqué ne permet cependant pas de comprendre ce qu'il en est advenu à la cessation de l'activité lucrative indépendante des intéressés. Deux hypothèses sont à considérer:

- le bien est passé dans la fortune privée des recourants. Ce passage représente alors une réalisation et les éventuelles réserves latentes constituées sur cet actif doivent être imposées; la parcelle n° eee étant soumise à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (RS 211.412.11), l'art. 18 al. 4
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD s'applique. C'est à ce titre que l'autorité de taxation a repris le montant de 91'177 fr. qu'elle a ajouté au revenu imposable.

- le bien a été transféré avec les autres actifs et passifs à la société. Il s'agit, dans ce cas, du transfert d'une exploitation ou d'une partie de celle-ci de la raison individuelle à la société et, si les conditions attachées à ce type de restructuration (cf. circulaire no 5 de l'Administration fédérale des contributions du 1er juin 2004 sur les restructurations; Xavier Oberson/Pierre-Marie Glauser, in Yersin/ Noël, éd., Commentaire de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, nos 16 ss ad art. 19
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
LIFD p. 272) sont remplies, les réserves latentes échappent à l'imposition en vertu de l'art. 19
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
LIFD. Dès lors, le transfert des serres de la raison individuelle à la société se ferait en neutralité fiscale.

Le raisonnement des juges précédents qui consiste à dire que l'actif en question a été acquis par un sujet de droit fiscal indépendant, soit la société, et qu'en conséquence il y a bien eu transfert de la fortune commerciale à la fortune privée n'est pas correct. S'il y a eu transfert dans la société, il s'agit de la deuxième hypothèse évoquée ci-dessus et d'une application potentielle de l'art. 19
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
LIFD. Ce n'est cependant pas le cas de figure évoqué par l'autorité de taxation.

C omme susmentionné, les faits ne sont pas clairs. Le Tribunal fédéral ne dispose pas des éléments permettant d'examiner si l'actif en cause a été transféré dans la fortune privée du recourant ou dans la société, il ne peut dès lors pas appliquer le droit fédéral. Il convient par conséquent de renvoyer le cas à la Cour de Justice (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF) afin qu'elle détermine la situation exacte devant être imposée et qu'elle statue à nouveau en se prononçant en fonction de l'une ou l'autre des hypothèses évoquées ci-dessus.

II. Impôts cantonal et communal

6.4. La présente cause a trait à la période fiscale 2007. L'art. 72 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP; RS/GE D 3 08), entrée en vigueur le 1er janvier 2010 (art. 71 LIPP), prévoit que les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures à 2010 demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit. S'applique, dès lors, au présent litige la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques, Impôt sur le revenu (revenu imposable) (aLIPP-IV).

Selon les art. 8 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID et 3 al. 2 et 5 aLIPP-IV, les bénéfices en capital provenant du transfert dans la fortune privée d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante; les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont pris en compte que de façon restreinte. La neutralité fiscale en cas de transfert de l'exploitation d'une entreprise individuelle à une personne morale assujettie en Suisse est prévue aux art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID et 4 al. 1 let. a aLIPP-IV. Ces dispositions correspondent à celles mentionnées ci-dessus de la loi sur l'impôt fédéral direct. Partant, les considérations développées pour cet impôt s'appliquent mutatis mutandis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2007.

Il y a donc aussi lieu d'admettre le recours en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et de renvoyer la cause à la Cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

7.
Compte tenu de ce qui précède, le recours en matière de droit public doit être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt du 6 février 2013 de la Cour de justice annulé tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal. La cause est renvoyée à cette autorité pour instruction complémentaire des faits et nouvelle décision dans le sens des considérants (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF).

Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du canton de Genève, qui succombe et qui défend un intérêt patrimonial (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
in fine LTF; cf. ATF 136 I 39 consid. 8.1.3 p. 40 s.). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF) aux recourants, la confusion qui règne dans la présente affaire étant largement imputable à leur manque de collaboration envers le fisc durant la procédure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C 239/2013 et 2C 240/2013 sont jointes.

2.
Le recours en matière de droit public est admis dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

3.
Le recours en matière de droit public est admis dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.

4.
L'arrêt rendu le 6 février 2013 par la Cour de Justice de la République et canton de Genève est annulé et la cause lui est renvoyée pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.

6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 27 mai 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

La Greffière: Jolidon