Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 441/2013, 2C 442/2013

Urteil vom 27. März 2014

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Seiler, präsidierendes Mitglied,
Bundesrichter Donzallaz,
Bundesrichter Stadelmann,
Gerichtsschreiber Winiger.

Verfahrensbeteiligte
1. A.Y.________,
2. B.Y.________,
Beschwerdeführer,
beide vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Heinrich Jud,

gegen

Kantonale Steuerkommission Schaffhausen,
Administration fiscale cantonale genevoise.

Gegenstand
2C 441/2013
Kantons- und Gemeindesteuern 2003; Doppelbesteuerung,

2C 442/2013
Direkte Bundessteuer 2003,

Beschwerden gegen die Entscheide des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 9. April 2013.

Sachverhalt:

A.

A.a. Den Steuerpflichtigen A.Y.________ und B.Y.________, wohnhaft in Schaffhausen, wurden im Jahr 2003 Gewinne aus der Liquidation von zwei Immobilien-Aktiengesellschaften mit Sitz im Kanton Genf wie folgt ausbezahlt: aus der Liquidation der Q.________ Fr. 1'945'330.-- bzw. aus der Liquidation der R.________ Fr. 18'084.--. Aufgrund einer steueramtlichen Meldung des Kantons Genf an den Wohnsitzkanton Schaffhausen vom 14. Oktober 2003 berücksichtigte die kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen die Liquidationsgewinne als Ertrag aus dem beweglichen Privatvermögen und eröffnete den Steuerpflichtigen am 11. Dezember 2009 die entsprechenden Veranlagungen für die direkte Bundessteuer 2003 (steuerbares Einkommen Fr. 2'449'400.--) bzw. die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 (steuerbares Einkommen Fr. 2'108'400.--).

A.b. Am 13. Januar 2010 liessen die Steuerpflichtigen gegen diese Veranlagung Einsprache erheben. Gleichzeitig ersuchten sie den Kanton Genf, den Gewinn aus der Liquidation der Q.________ als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit zu besteuern, da der Ehemann im Kanton Genf als Liegenschaftenhändler anerkannt sei. Am 28. Januar 2011 korrigierte die kantonale Steuerverwaltung Genf ihre ursprüngliche Veranlagung der Kantons- und Gemeindesteuern 2003 entsprechend und teilte mit Schreiben vom 10. März bzw. 7. Juni 2011 der Schaffhauser Steuerverwaltung mit, der Gewinn aus der Liquidation der Q.________ sei im Kanton Genf besteuert worden, da es sich um Geschäftseinkommen handle, das am Ort der Liegenschaft zu besteuern sei. Die ursprüngliche steueramtliche Meldung sei irrtümlich erfolgt.

B.
Mit Entscheid vom 24. Februar 2012 wies die kantonale Steuerkommission Schaffhausen die Einsprache betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 sowie die direkte Bundessteuer 2003 ab und stellte fest, dass es sich bei den Liquidationsgewinnen um Ertrag aus beweglichem Vermögen handle, der vollumfänglich am Hauptsteuerdomizil zu versteuern sei. Die dagegen erhobenen Rekurs (Kantons- und Gemeindesteuer 2003) und Beschwerde (direkte Bundessteuer 2003) wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit je separaten Entscheiden am 9. April 2013 ab.

C.
Mit Eingabe vom 10. Mai 2013 erheben A.Y.________ und B.Y.________ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragen, in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuer sei die interkantonale Doppelbesteuerung zwischen den Kantonen Schaffhausen und Genf zu beseitigen, entweder durch Aufhebung des Rekursentscheids des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 9. April 2013 bzw. durch Aufhebung der Veranlagung des Kantons Genf vom 28. Januar 2011. Weiter sei die Veranlagung der direkten Bundessteuer 2003 aufzuheben und es sei die Einkommenssteuer ohne Aufrechnung eines Liquidationsgewinnes von Fr. 1'937'722.-- (Q.________) bzw. Fr. 18'084.-- (R.________) mit einem Wertschriftenertrag von Fr. 493'655.-- und somit einem steuerpflichtigen Einkommen von Fr. 493'655.-- zu veranlagen. Eventualiter sei der Steuerbetrag bei der direkten Bundessteuer 2003 gemäss Art. 207
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG um 75 Prozent zu kürzen. Die Kantone seien anzuweisen, die zu Unrecht bezogenen Steuern verzinslich zurückzuerstatten.

D.
Die Steuerkommission und das Obergericht des Kantons Schaffhausen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Genf schliesst in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern auf Gutheissung der Beschwerde gegen den Kanton Schaffhausen und entsprechend auf Abweisung gegen den Kanton Genf. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) verzichtet in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern auf einen Antrag, in Bezug auf die direkte Bundessteuer beantragt sie die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:

1.

1.1. Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen zwei praktisch übereinstimmende Urteile, betrifft dieselben Parteien und wirft identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerde in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. Art. 71
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 71 - Nei casi per i quali la presente legge non prevede disposizioni speciali sulla procedura si applicano per analogia le prescrizioni della PC30.
BGG in Verbindung mit Art. 24
SR 273 Legge del 4 dicembre 1947 di procedura civile federale
PC Art. 24 - 1 L'attore che intende esercitare più azioni contro lo stesso convenuto può farle valere in un'unica petizione, se il Tribunale federale è competente per giudicare ogni singola pretesa. Questa condizione non è richiesta per pretese accessorie.
1    L'attore che intende esercitare più azioni contro lo stesso convenuto può farle valere in un'unica petizione, se il Tribunale federale è competente per giudicare ogni singola pretesa. Questa condizione non è richiesta per pretese accessorie.
2    Più persone possono agire o essere convenute con la stessa petizione:
a  se esiste tra loro una comunione giuridica in relazione con l'oggetto litigioso o se i loro diritti o le loro obbligazioni derivano da una stessa causa materiale e giuridica. Il giudice può chiamare in causa un terzo che faccia parte della comunione giuridica. Il chiamato in causa diventa parte in lite;
b  se pretese di eguale natura, che si fondano su di una causa materiale e giuridica essenzialmente dello stesso genere, formano l'oggetto di una lite, semprechè la competenza del Tribunale federale esista per ognuna di esse.
3    Quando lo reputa necessario, il giudice può ordinare d'ufficio, in ogni stadio della procedura, la disgiunzione delle cause.
BZP; BGE 131 V 59 E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).

1.2. Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um kantonal letztinstanzliche Endentscheide über die Kantons- und Gemeindesteuern bzw. die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss Art. 82 ff
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
. BGG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) bzw. Art. 146
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 146 - Le decisioni pronunciate dalle autorità cantonali di ultima istanza possono essere impugnate con ricorso al Tribunale federale conformemente alla legge del 17 giugno 2005241 sul Tribunale federale. Anche l'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Die Beschwerdeführer sind gestützt auf Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
BGG zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich - unter Vorbehalt von E. 2 hiernach - einzutreten (Art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
und 100
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
BGG).

1.3. Die hier zur Anwendung gelangenden bundesrechtlichen und kantonalen Vorschriften über die Besteuerung der Erträge aus beweglichem Vermögen (Art. 20 Abs. 1 lit. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
DBG bzw. Art. 22 Abs. 1 lit. d des Gesetzes [des Kantons Schaffhausen] vom 20. März 2000 über die direkten Steuern [StG/SH; SHR 641.100] sind harmonisiert und stimmen in den relevanten Punkten überein, weshalb es sich für die Beschwerdeführer erübrigte, für die Kantons- und Gemeindesteuern und für die direkte Bundessteuer zwei unterschiedliche Begründungen für die Beschwerde abzufassen (vgl. Urteil 2C 465/2011 vom 10. Februar 2012 E. 1.3, in: StE 2012 B 22.3 Nr. 106, mit Hinweis auf BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 263).

2.

2.1. Auch auf dem Gebiet des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV) ist der Instanzenzug in einem Kanton vollständig zu durchlaufen, ehe das Bundesgericht angerufen werden kann (Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
i.V.m. Abs. 2 BGG). Trifft dies zu, kann zusammen mit dem noch nicht rechtskräftigen letztinstanzlichen Entscheid des einen Kantons auch die bereits rechtskräftige Veranlagungsverfügung oder der bereits rechtskräftige Rechtsmittelentscheid eines weiteren Kantons bzw. mehrerer weiterer Kantone angefochten werden. In Bezug auf diese Verfügungen und Entscheide aus einem oder mehreren anderen Kantonen besteht praxisgemäss kein Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (BGE 139 II 373 E. 1.4 S. 376; 133 I 300 E. 2.4 S. 307, 308 E. 2.4 S. 313; Urteile 2C 708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.3, nicht publ. in: BGE 139 I 64; 2C 92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.3, in: ASA 81 S. 671). Die Beschwerdefrist bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt spätestens zu laufen, sobald in beiden (bzw. allen) Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann (Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
BGG; vgl. zum Ganzen zitiertes Urteil 2C 92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.3).
Im hier zu beurteilenden Fall herrscht hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuern 2003 - nicht aber in Bezug auf die direkte Bundessteuer 2003 - zwischen den Kantonen Schaffhausen und Genf ein derartiger (positiver) interkantonaler Kompetenzkonflikt. Neben dem (nicht rechtskräftigen) Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 9. April 2013 kann damit auch die rechtskräftige Veranlagungsverfügung des Kantons Genf vom 28. Januar 2011 angefochten werden. Dementsprechend richtet sich die Beschwerde für den Fall, dass dem (Haupt-) Antrag nicht stattgegeben wird, in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 auch gegen den Kanton Genf.

2.2. Nicht zulässig ist die Beschwerde insofern, als die Kantone anzuweisen seien, die zu Unrecht bezogenen Steuern "verzinslich" zurückzuerstatten. Ein etwaiger Anspruch auf Verzinsung von zuviel bezahlten Steuern ist nicht im Doppelbesteuerungsverbot von Art. 127 Abs. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV begründet, sondern richtet sich ausschliesslich nach kantonalem Recht; dieser Anspruch ist bisher nicht Gegenstand eines Entscheids gewesen, weshalb darüber nicht im Rahmen des vorliegenden Verfahrens entschieden werden kann (vgl. Urteil 2C 396/2011 vom 26. April 2012 E. 1.3 mit Hinweisen, in: StE 2012 A 24.1 Nr. 7).

2.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Zudem prüft das Bundesgericht die Verletzung kantonalen Rechts nur auf entsprechende Rüge hin (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG). Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
BGG (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
bzw. Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
BGG).
Die Bindung des Bundesgerichts an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG) sowie das Novenverbot (Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 99 - 1 Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
1    Possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore.
2    Non sono ammissibili nuove conclusioni.
BGG) gelten auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung. Für den Fall, dass der Zweitkanton diese Feststellungen bestreitet, kommt das Bundesgericht aber nicht umhin, den Sachverhalt frei zu prüfen, und ist auch das Novenverbot zu relativieren (BGE 139 II 373 E. 1.7 S. 378 mit Hinweisen).

2.4. Gemäss Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird.

I. Direkte Bundessteuer

3.

3.1. Unbestrittenermassen liegt hier in Bezug auf die direkte Bundessteuer kein interkantonaler Kompetenzkonflikt und damit auch keine Doppelbesteuerung vor. Die Beschwerdeführer beantragen, die Veranlagung der direkten Bundessteuer 2003 sei aufzuheben und die Einkommenssteuer ohne Aufrechnung der umstrittenen Liquidationsgewinne mit einem steuerpflichtigen Einkommen von Fr. 493'655.-- zu veranlagen. Damit bildet die Berechnung der Liquidationsergebnisse aus der Q.________ (Fr. 1'937'722.--) wie auch der R.________ (Fr. 18'084.--) Streitgegenstand.

3.2. Gemäss Art. 20 Abs. 1 lit. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
DBG sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen insbesondere steuerbar Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art.

3.2.1. Für die Berechnung des Liquidationsergebnisses ist entscheidend, ob die fragliche Beteiligung als Geschäftsvermögen oder Privatvermögen zu qualifizieren war. Diese Frage entscheidet sich praxisgemäss aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände. Ausschlaggebendes Zuteilungskriterium ist die aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion des fraglichen Vermögensgegenstandes. Massgeblich ist also in erster Linie, ob der Gegenstand in seiner tatsächlichen Nutzung dem Geschäft dient. Daneben können als weitere Abgrenzungskriterien die äussere Beschaffenheit des Vermögenswertes, die Herkunft der Mittel zu dessen Finanzierung, das Erwerbs- oder Veräusserungsmotiv, die zivilrechtlichen Eigentumsverhältnisse und auch dessen buchmässige Behandlung dienen (vgl. BGE 133 II 420 E. 3.2 S. 422 mit Hinweisen).

3.2.2. Wie schon die Vorinstanz festgestellt hat, ergeben sich aus den Akten keine Hinweise darauf, dass die Liquidationsgewinne aus selbständiger Erwerbstätigkeit stammen und damit Geschäftsvermögen darstellen sollen (vgl. angefochtener Entscheid E. 3c). Vielmehr haben die Steuerpflichtigen in ihren Steuererklärungen nie Geschäftsvermögen oder Geschäftsschulden deklariert, weshalb die umstrittene Beteiligung in früheren Steuerjahren auch nie als Geschäftsvermögen behandelt worden ist. Für die Annahme von Privatvermögen spricht weiter der Umstand, dass die Steuerpflichtigen - trotz entsprechender Aufforderung - nie die eingeforderten Buchhaltungsunterlagen eingereicht haben, um damit die buchhalterische Behandlung der Beteiligung offenzulegen. Schliesslich gehen die Steuerpflichtigen - wie auch die ESTV in ihrer Vernehmlassung zu Recht ausgeführt hat - in ihrer Beschwerdeschrift selber davon aus, dass sie ihre Liegenschaften als langfristige Investitionen und "als konservative Geldanlagen und somit als zur üblichen privaten Vermögensverwaltung gehörend" (vgl. Beschwerde Ziff. 34) betrachten. Auf dieser (Eigen-) Qualifikation ihrer Tätigkeit sind die Steuerpflichtigen zu behaften. Es leuchtet unter diesen Umständen nicht ein, warum
die Beschwerdeführer (im Kanton Genf) als gewerbsmässige Liegenschaftenhändler zu qualifizieren sein sollen. Der blosse Hinweis, das Deklarationsformular der Genfer Steuerverwaltung vom 14. Oktober 2003 (vgl. Sachverhalt lit. A.a hiervor) bescheinige, dass sich die Anteile im Geschäftsvermögen befunden hätten, vermag an diesem Ergebnis nichts zu ändern.

3.2.3. Damit steht zunächst fest, dass die Vorinstanz die fraglichen Beteiligungen zu Recht als Privatvermögen qualifiziert hat. Daraus folgt weiter, dass der nach Art. 20 Abs. 1 lit. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
DBG steuerbare Liquidationsüberschuss im Differenzbetrag zwischen dem Rückkaufpreis und dem Nennwert der Aktien besteht (vgl. Urteil 2A.413/2001 vom 13. März 2002 E. 1; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, Art. 20 N. 124). Die Beschwerdeführer legen in ihrer Beschwerde jedoch nicht rechtsgenüglich dar, inwiefern die von den Vorinstanzen vorgenommenen Berechnungen unrichtig sein sollen (vgl. E. 2.4 hiervor). Insbesondere zielen ihre Ausführungen betreffend Erwerbspreis der Aktien aufgrund des hier anwendbaren Nennwertprinzips an der Sache vorbei. Im Ergebnis erweist sich die Berechnung des Liquidationserlöses damit nicht als bundesrechtswidrig.

3.3. Zu prüfen bleibt damit noch der Eventualantrag, wonach bei der direkten Bundessteuer der Steuerbetrag auf den Liquidationsgewinnen gemäss Art. 207
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG um 75 Prozent zu kürzen sei. Dazu hat die Vorinstanz festgestellt, dass gemäss Handelsregisterauszug die Q.________ am 10. Dezember 2004 und die R.________ am 28. Juni 2007 gelöscht worden seien. Da die Löschungen damit nach dem Stichdatum (31. Dezember 2003) gemäss Art. 207 Abs. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG erfolgt seien, könne keine Steuerprivilegierung mehr gewährt werden.

Was die Beschwerdeführer dagegen ausführen, vermag nicht zu überzeugen: Zunächst ergibt sich weder aus dem angefochtenen Entscheid noch aus den Akten (insb. den entsprechenden Handelsregisterauszügen), dass es sich bei den beiden Gesellschaften um sog. Mieter-Aktiengesellschaften ("sociétés immobilières d'actionnaires-locataires") im Sinne von Art. 207 Abs. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG handelt. Zwar spricht die Vorinstanz in ihrem Entscheid (E. 3a) von einer Mieter-Aktiengesellschaft; entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer bezieht sich diese Wortwahl aber klarerweise nicht auf den vorliegenden Fall, sondern auf einen im Urteil zitierten Entscheid aus dem Jahre 2007. Den Beschwerdeführern gelingt damit der Nachweis nicht, dass es sich hier um Mieter-Aktiengesellschaften handelt. Vielmehr ist aufgrund des verbindlich festgestellten Sachverhalts davon auszugehen, dass es sich um "normale" Immobiliengesellschaften im Sinne von Art. 207 Abs. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG handelt, weshalb die Frist von Art. 207 Abs. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG ohne Weiteres zur Anwendung kommt. Unbestritten geblieben ist, dass die Löschung nach dem 31. Dezember 2003 erfolgte. Damit ist der Schluss der Vorinstanz, wonach den Steuerpflichtigen keine Steuerermässigung nach Art. 207
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 207 Riduzione dell'imposta in caso di liquidazione di società immobiliare - 1 L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
1    L'imposta sull'utile in capitale ottenuto da una società immobiliare costituita innanzi l'entrata in vigore della presente legge, all'atto del trasferimento di un immobile all'azionista, è ridotta del 75 per cento se la società viene sciolta.
2    L'imposta sull'eccedenza di liquidazione ottenuta dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.
3    La liquidazione e la cancellazione della società immobiliare devono avvenire il più tardi il 31 dicembre 2003.320
4    Se l'azionista acquisisce da una società immobiliare di azionisti inquilini, in proprietà per piani e contro cessione dei suoi diritti di partecipazione, la parte dell'immobile il cui uso è legato ai diritti ceduti, l'imposta sull'utile di capitale della società è ridotta del 75 per cento, qualora la società sia stata fondata prima del 1° gennaio 1995. Inoltre, il trasferimento del fondo all'azionista deve essere iscritto nel registro fondiario il 31 dicembre 2003 al più tardi. A queste condizioni, l'imposta sul ricavato della liquidazione ottenuto dall'azionista è ridotta nella stessa proporzione.321
DBG gewährt werden kann, im Ergebnis
nicht zu beanstanden.

3.4. Daraus folgt, dass die Beschwerde in Bezug auf die direkte Bundessteuer abzuweisen ist.

II. Kantons- und Gemeindesteuern

4.

4.1. Ein Verstoss gegen das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von Art. 127 Abs. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV liegt vor, wenn ein Steuersubjekt von zwei oder mehreren Kantonen (Steuerhoheiten) für das gleiche Steuerobjekt und dieselbe Steuerperiode zur Besteuerung herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton ein Steuersubjekt grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil es nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge seiner territorialen Beziehungen auch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; BGE 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.; 137 I 145 E. 2.2 S. 147; 134 I 303 E. 2.1 S. 306 f.).

4.2. Streitgegenstand ist vorliegend, welche Art von Einkommen der Liquidationsgewinn aus der Q.________ darstellt und welchem Steuerdomizil der Steuerpflichtigen dieser zuzuweisen ist. Sowohl der Kanton Schaffhausen als auch der Kanton Genf beanspruchen die Besteuerung dieses Liquidationsgewinnes. Damit liegt unbestrittenermassen eine aktuelle Doppelbesteuerung im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vor. Die Doppelbesteuerung betrifft sodann nur die Kantons- und Gemeindesteuern 2003, nicht aber die direkte Bundessteuer 2003 (vgl. E. 2.1 hiervor), was von den Verfahrensbeteiligten nicht in Frage gestellt wird.
Gemäss den von den Beschwerdeführern nicht als unrichtig gerügten - und damit für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen (vgl. E. 2.3 hiervor) - Feststellungen der Vorinstanz, hat der Kanton Genf nur den Gewinn der Q.________ als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit erfasst, nicht hingegen den Gewinn der R.________ (vgl. angefochtener Entscheid E. 2a). Damit liegt nur in Bezug auf die Besteuerung des Liquidationsgewinnes der Q.________ eine Doppelbesteuerung vor.

4.3. Wie bereits erwähnt, sind die bundesrechtlichen und kantonalen Vorschriften über die Besteuerung der Erträge aus beweglichem Vermögen (Art. 20 Abs. 1 lit. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
DBG bzw. Art. 22 Abs. 1 lit. d StG/SH) harmonisiert und stimmen in den relevanten Punkten überein (vgl. E. 1.3 hiervor). Damit ergibt sich für die direkte Bundessteuer an sich das gleiche Resultat wie für die Kantons- und Gemeindesteuern. Daraus folgt sodann auch für die Kantons- und Gemeindesteuern, dass die umstrittenen Aktien als Privatvermögen zu qualifizieren sind (vgl. E. 3.2 hiervor). Daran vermögen schliesslich auch die grundsätzlich zulässigen (vgl. E. 2.3 hiervor) Vorbringen des Kantons Genf (insb. die angeführte Zusammenarbeit der Steuerpflichtigen mit einer Genfer Immobiliengesellschaft) nichts zu ändern, da diese keine geschäftliche Aktivität belegen.

4.4. Gemäss Art. 22 Abs. 1 lit. d StG/SH sind als Ertrag aus beweglichem Vermögen insbesondere steuerbar Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art. Nach den vom Bundesgericht zum Doppelbesteuerungsrecht aufgestellten Regeln werden das bewegliche Privatvermögen und dessen Ertrag am Hauptsteuerdomizil des Eigentümers bzw. Nutzniessers besteuert; dies gilt auch für Beteiligungsrechte an Immobilien- oder Mieteraktiengesellschaften (vgl. Urteil 2C 446/2012 vom 16. Januar 2013 E. 3.3, in: RDAF 2013 II S. 27; Mäusli-Allenspach, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, Basel 2011, § 16 N. 1 und 5 mit Hinweisen).

4.5. Da sich die Beteiligung an der Q.________ in der Steuerperiode 2003 wie dargelegt im Privatvermögen der Steuerpflichtigen befand, durfte die Vorinstanz hier damit ohne Weiteres den Schluss ziehen, der entsprechende Liquidationsüberschuss sei als Einkommen aus beweglichem Privatvermögen gemäss Art. 22 Abs. 1 lit. d StG/SH im Wohnsitzkanton der Steuerpflichtigen, also im Kanton Schaffhausen, zu besteuern.

4.6. Soweit die Beschwerdeführer schliesslich noch geltend machen, mit dem "Widerruf" der Steuermeldung durch den Kanton Genf (vgl. Beschwerde Ziff. 14 und 41 f.) sei die Besteuerungsgrundlage weggefallen, kann ihnen ebenfalls nicht gefolgt werden: Die Besteuerungsgrundlage für den erzielten Liquidationsgewinn ergibt sich hier nicht aus der steueramtlichen Mitteilung aus Genf, sondern aus dem Umstand, dass die Beschwerdeführer ihr Hauptsteuerdomizil im Kanton Schaffhausen haben, wo sämtliche Erträge aus beweglichem Vermögen (inkl. Liquidation sgewinne) zu versteuern sind. Dafür spricht im Übrigen auch, dass die Meldung über den erzielten Liquidationsgewinn nicht nur an den Kanton Schaffhausen, sondern auch an die ESTV gegangen ist.

4.7. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde in Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 gegenüber dem Kanton Schaffhausen abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Gegenüber dem Kanton Genf ist die Beschwerde dagegen gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und die mit angefochtene Veranlagung des Kantons Genf vom 28. Januar 2011 ist aufzuheben. Der Kanton Genf hat den Beschwerdeführern die für die Steuerperiode 2003 zu viel bezogenen Steuern zurückzuerstatten.

III. Kosten und Entschädigung

5.

5.1. Die Gerichtskosten im Sinne von Art. 65
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 65 Spese giudiziarie - 1 Le spese giudiziarie comprendono la tassa di giustizia, l'emolumento per la copia di atti scritti, le spese per le traduzioni in o da una lingua non ufficiale e le indennità versate a periti e testimoni.
1    Le spese giudiziarie comprendono la tassa di giustizia, l'emolumento per la copia di atti scritti, le spese per le traduzioni in o da una lingua non ufficiale e le indennità versate a periti e testimoni.
2    La tassa di giustizia è stabilita in funzione del valore litigioso, dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti.
3    Di regola, il suo importo è di:
a  200 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  200 a 100 000 franchi nelle altre controversie.
4    È di 200 a 1000 franchi, a prescindere dal valore litigioso, nelle controversie:
a  concernenti prestazioni di assicurazioni sociali;
b  concernenti discriminazioni fondate sul sesso;
c  risultanti da un rapporto di lavoro, sempreché il valore litigioso non superi 30 000 franchi;
d  secondo gli articoli 7 e 8 della legge del 13 dicembre 200223 sui disabili.
5    Se motivi particolari lo giustificano, il Tribunale federale può aumentare tali importi, ma al massimo fino al doppio nei casi di cui al capoverso 3 e fino a 10 000 franchi nei casi di cui al capoverso 4.
BGG werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
BGG). Im vorliegenden Fall unterliegen in Bezug auf die direkte Bundessteuer die steuerpflichtigen Beschwerdeführer, weshalb ihnen die Hälfte der Gerichtskosten auferlegt wird. In Bezug auf die Kantons- und Gemeindesteuern unterliegt der Kanton Genf, der das Besteuerungsrecht des Kantons Schaffhausen bestritten hat und damit nicht durchgedrungen ist. Der Kanton Genf nahm mit seinem Antrag Vermögensinteressen wahr (Art. 66 Abs. 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
BGG). Es rechtfertigt sich, ihm die andere Hälfte der Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzuerlegen.

5.2. Dementsprechend ist der Kanton Genf zu verpflichten, den Steuerpflichtigen für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Verfahren 2C 441/2013 und 2C 442/2013 werden vereinigt.

2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer (Verfahren 2C 442/2013) wird abgewiesen.

3.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 (Verfahren 2C 441/2013) gegen den Kanton Schaffhausen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.

4.
Die Beschwerde betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003(Verfahren 2C 441/2013) gegen den Kanton Genf wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Die Veranlagungsverfügung vom 28. Januar 2011 der Steuerverwaltung des Kantons Genf wird aufgehoben. Die zu viel bezahlten Steuern sind den Beschwerdeführern zurückzuerstatten.

5.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit und dem Kanton Genf je zur Hälfte mit Fr. 5'000.-- auferlegt.

6.
Der Kanton Genf wird verpflichtet, die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.

7.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 27. März 2014

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der präsidierende Richter: Seiler

Der Gerichtsschreiber: Winiger