Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-258/2007
{T 0/2}

Arrêt du 27 avril 2009

Composition
Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.

Parties
X._______, ***,
représentée par PricewaterhouseCoopers SA, ***,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et prescription du droit au remboursement de la TVA des organisations internationales.

Faits :

A.
X._______ est une organisation humanitaire internationale fondée en ***.

B.
Se fondant sur un accord de siège conclu le *** avec le Conseil fédéral (CF), X._______, par lettre du 28 décembre 2001, introduisit des demandes de remboursement de l'impôt pour les années 1995 à 1998.
Par courrier du 24 mars 2004, l'AFC refusa le remboursement de la TVA pour les prestations reçues en 1995, au motif que l'acquisition de la prescription du droit au remboursement de l'impôt était survenue le 1er janvier 2001, soit antérieurement au dépôt des demandes en question.

C.
Par lettre du 30 septembre 2004, X._______ contesta ce prononcé et requit l'AFC de reconsidérer sa position et de la fixer dans une décision formelle.
Par décision du 18 octobre 2004 au sens de l'art. 51
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 51 Libri e altri stampati senza carattere pubblicitario - (art. 25 cpv. 2 lett. a n. 9 LIVA)
a  hanno forma di libri, opuscoli o fogli sciolti; le opere a fogli sciolti sono considerate libri se sono composte di una copertina con legatura a vite, spirale o cucitura rapida e dei fogli sciolti da inserirvi, e si presentano come un'opera completa di almeno 16 pagine il cui titolo figura sulla copertina;
b  hanno almeno 16 pagine, compresi la copertina e il risguardo, tranne i libri per l'infanzia, le partiture musicali stampate e le parti di stampati a fogli sciolti;
c  hanno un contenuto religioso, letterario, artistico, ricreativo, educativo, istruttivo, informativo, tecnico o scientifico;
d  non sono destinati ad accogliere iscrizioni o figurine da collezione, eccezion fatta per i libri scolastici e didattici nonché determinati libri per l'infanzia quali i quaderni d'esercizi con illustrazioni accompagnate da testi a carattere complementare e gli album da dipingere o colorare contenenti modelli e istruzioni.
de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures), l'AFC confirma le rejet de la demande du 28 décembre 2001.

D.
Par lettre signature du 16 novembre 2004, X._______ forma réclamation contre ce prononcé, concluant à l'annulation de la décision du 18 octobre 2004 et à ce qu'il soit constaté que la demande de remboursement du 28 décembre 2001 est intervenue avant l'échéance du délai de prescription. A l'appui de ses conclusions, X._______ exposa que le droit au remboursement de l'impôt pour les prestations reçues en 1995 est né avec la signature de l'Accord de siège, le ***, et non courant 1995, comme retenu par l'AFC. A titre subsidiaire, X._______ soutint que la prescription du droit au remboursement avait été suspendue jusqu'à la conclusion de l'Accord de siège.
Par décision sur réclamation du 28 novembre 2006, l'AFC rejeta la réclamation formée le 16 novembre 2004 par X._______.

E.
A l'encontre de cette décision, X._______ (ci-après: la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral, par mémoire du 10 janvier 2007, en reprenant en substance l'argumentation développée devant l'AFC. Par réponse du 20 mars 2007, l'AFC a conclu au rejet du recours.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :

1.
1.1 Depuis le 1er janvier 2007, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
de la loi du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
et 34
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF.
Aux termes de l'art. 33 let. d
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
LTAF, le recours est recevable contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 37 Principio - La procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale è retta dalla PA56, in quanto la presente legge non disponga altrimenti.
LTAF).
Aux termes des art. 50 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 50 - 1 Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
1    Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
2    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
et 52 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA, le mémoire de recours doit en outre être déposé dans les trente jours qui suivent la notification de la décision, indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire.
En l'occurrence, le recours du 10 janvier 2007 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 28 novembre 2006 a été interjeté dans le délai légal auprès du Tribunal administratif fédéral, lequel est effectivement compétent. Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.

1.2 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999, et à l'art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 196 - 1. Disposizione transitoria dell'art. 84 (Transito alpino)
1    La facoltà di riscuotere l'imposta sul valore aggiunto decade alla fine del 2035.151
2    Per garantire il finanziamento dell'assicurazione invalidità, il Consiglio federale aumenta le aliquote dell'imposta sul valore aggiunto, dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2017, come segue:
a  per gli autocarri e i veicoli articolati:
2bis    Il Consiglio federale può utilizzare i mezzi di cui al capoverso 2 fino al 31 dicembre 2018 per finanziare l'infrastruttura ferroviaria e, in seguito, per rimunerare e rimborsare gli anticipi al fondo di cui all'articolo 87a capoverso 2. I mezzi sono calcolati conformemente all'articolo 86 capoverso 2 lettera e.141
2ter    L'aliquota di cui all'articolo 86 capoverso 2 lettera f si applica due anni dopo l'entrata in vigore di tale disposizione. Prima di tale data ammonta al 5 per cento.142
3    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 2 è devoluto integralmente al fondo di compensazione dell'assicurazione invalidità.152
4    Per garantire il finanziamento dell'infrastruttura ferroviaria, dal 1° gennaio 2018 il Consiglio federale aumenta di 0,1 punti percentuali le aliquote secondo l'articolo 25 della legge del 12 giugno 2009153 sull'IVA; in caso di proroga del termine di cui al capoverso 1, l'aumento si applica al più tardi sino al 31 dicembre 2030.154
5    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 4 è devoluto integralmente al fondo di cui all'articolo 87a.155
6    Il Consiglio federale disciplina l'esecuzione. Per speciali categorie di veicoli può stabilire le aliquote nel senso del capoverso 2, esentare dalla tassa determinati veicoli e emanare normative speciali segnatamente per i trasporti nella zona di confine. I veicoli immatricolati all'estero non vanno però privilegiati rispetto a quelli svizzeri. Il Consiglio federale può prevedere multe in caso di contravvenzione. I Cantoni riscuotono la tassa per i veicoli immatricolati in Svizzera.
7    In via legislativa si potrà rinunciare interamente o parzialmente alla tassa.
8    Il presente articolo ha effetto sino all'entrata in vigore della legge del 19 dicembre 1997138 concernente una tassa sul traffico pesante commisurata alle prestazioni.
de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté l'OTVA. Le 2 septembre 1999, le Parlement a introduit la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette loi, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), a abrogé l'OTVA. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 93 Garanzie - 1 L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
1    L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
a  l'esazione tempestiva sembra in pericolo;
b  il debitore prende disposizioni per abbandonare il suo domicilio, la sua sede sociale o il suo stabilimento d'impresa in Svizzera o per farsi cancellare dal registro svizzero di commercio;
c  il debitore è in mora con il loro pagamento;
d  il contribuente assume in tutto o in parte un'impresa in fallimento.
e  il contribuente presenta rendiconti in cui figurano importi manifestamente troppo bassi.
2    Se il contribuente rinuncia all'esenzione dall'assoggettamento (art. 11) o opta per l'imposizione di prestazioni escluse dall'imposta (art. 22), l'AFC può esigere che presti garanzie conformemente al capoverso 7.
3    La richiesta di garanzie deve indicare la causa giuridica delle stesse, l'importo da garantire e l'ufficio incaricato di riceverle; essa vale come decreto di sequestro ai sensi dell'articolo 274 LEF182. Contro la richiesta di garanzie non è ammesso reclamo.
4    La richiesta di garanzie è impugnabile con ricorso al Tribunale amministrativo federale.
5    Il ricorso contro la richiesta di garanzie non ha effetto sospensivo.
6    La notificazione della decisione concernente il credito fiscale vale come inizio dell'azione ai sensi dell'articolo 279 LEF. Il termine per promuovere l'esecuzione decorre dal momento in cui la decisione relativa al credito fiscale è passata in giudicato.
7    Le garanzie devono essere prestate sotto forma di depositi in contanti, fideiussioni solidali solvibili, garanzie bancarie, cartelle ipotecarie o ipoteche, polizze di assicurazione sulla vita con valore di riscatto, obbligazioni in franchi svizzeri, quotate in borsa, di debitori svizzeri o obbligazioni di cassa emesse da banche svizzere.
LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables, sous réserve de l'art. 94
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 94 Altri provvedimenti di garanzia - 1 Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
1    Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
a  compensata con debiti di periodi precedenti;
b  accreditata per compensare debiti di periodi successivi, se il contribuente è in ritardo con i pagamenti o per altri motivi il credito fiscale appare verosimilmente messo in pericolo; l'importo accreditato frutta interesse, allo stesso tasso di quello rimuneratorio, a contare dal 61° giorno dopo la ricezione del rendiconto da parte dell'AFC e sino al momento della compensazione; oppure
c  compensata con garanzie richieste dall'AFC.
2    Se il contribuente non ha né domicilio né sede sociale in Svizzera, l'AFC può inoltre esigere la prestazione di garanzie secondo l'articolo 93 capoverso 7 per i debiti probabili.
3    In caso di ripetuto pagamento tardivo, l'AFC può obbligare il debitore a effettuare pagamenti anticipati mensili o bimensili.
LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité.
Dans le cas présent, l'art. 94
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 94 Altri provvedimenti di garanzia - 1 Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
1    Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
a  compensata con debiti di periodi precedenti;
b  accreditata per compensare debiti di periodi successivi, se il contribuente è in ritardo con i pagamenti o per altri motivi il credito fiscale appare verosimilmente messo in pericolo; l'importo accreditato frutta interesse, allo stesso tasso di quello rimuneratorio, a contare dal 61° giorno dopo la ricezione del rendiconto da parte dell'AFC e sino al momento della compensazione; oppure
c  compensata con garanzie richieste dall'AFC.
2    Se il contribuente non ha né domicilio né sede sociale in Svizzera, l'AFC può inoltre esigere la prestazione di garanzie secondo l'articolo 93 capoverso 7 per i debiti probabili.
3    In caso di ripetuto pagamento tardivo, l'AFC può obbligare il debitore a effettuare pagamenti anticipati mensili o bimensili.
LTVA n'entre pas en considération, de sorte que l'OTVA est seule applicable à la présente cause.

1.3 Enfin, il reste à préciser l'objet du litige, tendant au seul examen de la date d'acquisition de la prescription des créances en remboursement de la TVA de la recourante, pour les prestations reçues dans le courant de l'année 1995.
A cette fin, il convient en premier lieu de se pencher sur le statut fiscal, en matière de TVA, de la recourante, tel qu'il résulte de l'Accord de siège (consid. 2). Il sera ensuite question de la réglementation régissant le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie (consid. 3). Il s'agira alors de présenter l'institution de la prescription, en tant qu'institution générale du droit et, en matière de TVA, s'agissant du droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 4). Il y aura finalement lieu d'en tirer les conséquences qui s'imposent au cas d'espèce (consid. 5).

2.
2.1 L'arrêté fédéral du 30 septembre 1955 concernant la conclusion ou la modification d'accords avec des organisations internationales en vue de déterminer leur statut juridique en Suisse (RO 1956 1216), en vigueur jusqu'au 1er janvier 2008, attribuait au CF la compétence de conclure des accords de siège avec les organisations internationales désirant s'établir en Suisse. C'est dans ce cadre que le CF et la recourante ont signé l'Accord de siège du ***, entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. art. 34 de l'Accord).

2.2 Aux termes de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, la recourante est exonérée de la TVA pour toutes les acquisitions destinées à un usage officiel et pour toutes les prestations de services faites pour un tel usage, conformément à la législation suisse. A son art. 12 par. 1, l'Accord de siège étend dans la même mesure ce privilège, en ce qui concerne les biens mobiliers, à toute caisse de pension ou institution de prévoyance exerçant officiellement son activité en faveur des collaborateurs de la recourante. Par voie d'échange de lettres du ***, valant avenant à l'Accord, le CF et la recourante sont en outre convenus d'appliquer l'art. 7 par. 2 à partir du 1er janvier 1995, de sorte que la TVA puisse être remboursée rétroactivement à partir de cette date. L'Accord ne contient au surplus aucun article réglant les conditions, ainsi que la prescription du droit au remboursement de l'impôt.

3.
L'art. 81 let. b
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 81 Passaggio dal metodo delle aliquote saldo al metodo di rendiconto effettivo - (art. 37 cpv. 1-4 LIVA)
1    I contribuenti che intendono passare dal metodo delle aliquote saldo al metodo di rendiconto effettivo devono notificarlo per scritto all'AFC entro 60 giorni dall'inizio del periodo fiscale a partire dal quale ha luogo il passaggio. In caso di notifica tardiva il passaggio ha luogo all'inizio del periodo fiscale successivo.
2    Chi, nel corso di due periodi fiscali consecutivi, supera del 50 per cento al massimo uno o entrambi i limiti fissati all'articolo 37 capoverso 1 LIVA deve passare al metodo di rendiconto effettivo all'inizio del periodo fiscale successivo.
3    Chi supera di oltre il 50 per cento uno o entrambi i limiti fissati all'articolo 37 capoverso 1 LIVA deve passare al metodo di rendiconto effettivo all'inizio del periodo fiscale successivo. Se i limiti sono già superati nei primi 12 mesi dall'adesione al metodo delle aliquote saldo, l'autorizzazione è revocata con effetto retroattivo.
4    Se il superamento di uno o di entrambi i limiti di oltre il 50 per cento è riconducibile all'assunzione di un patrimonio o di parte di esso nell'ambito della procedura di notifica, il contribuente può decidere se intende passare al metodo di rendiconto effettivo retroattivamente, all'inizio del periodo fiscale in cui ha avuto luogo l'assunzione, o all'inizio del periodo fiscale successivo.
5    In caso di passaggio dal metodo delle aliquote saldo al metodo di rendiconto effettivo non si effettuano correzioni sulle scorte di merci, sui mezzi d'esercizio né sui beni d'investimento. Resta salvo uno sgravio fiscale successivo conformemente all'articolo 32 LIVA, se dal momento del passaggio le scorte di merci, i mezzi d'esercizio o i beni d'investimento vengono utilizzati in maggior misura per un'attività che dà diritto alla deduzione dell'imposta precedente.72
6    Se, simultaneamente al passaggio al metodo di rendiconto effettivo, è modificato anche il sistema di rendiconto secondo l'articolo 39 LIVA, occorre effettuare le seguenti correzioni:
a  se si passa dalle controprestazioni convenute a quelle ricevute, l'AFC accredita al contribuente, applicando le aliquote saldo autorizzate, l'imposta sulle posizioni debitori esistenti al momento del passaggio. Sulle posizioni creditori non vanno effettuate correzioni;
b  se si passa dalle controprestazioni ricevute a quelle convenute, l'AFC addebita, applicando le aliquote saldo autorizzate, l'imposta sulle posizioni debitori esistenti al momento del passaggio. Sulle posizioni creditori non vanno effettuate correzioni.
OTVA attribue au Département fédéral des finances (DFF) la compétence de réglementer, en accord avec le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE), le dégrèvement de la TVA pour les missions diplomatiques, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour les représentants diplomatiques, les fonctionnaires consulaires et les hauts fonctionnaires des organisations internationales.

3.1 Faisant usage de cette compétence, le DFF a édicté l'Ordonnance sur le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie du 14 décembre 1994 (ODFF 1, RO 1994 3159), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, ainsi que l'Ordonnance du 26 juin 1995 relative au dégrèvement de la taxe sur la valeur ajoutée pour les missions diplomatiques, les missions permanentes, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour certaines catégories de personnes (ODFF 2, RO 1995 2888), qui est entrée en vigueur le 1er juillet 1995 et a abrogé l'ODFF 1 (cf. art. 9 et 10 ODFF 2).

3.2 Les conditions de remboursement de la TVA des entités et personnes visées sont réglées à l'art. 5 ODFF 2. S'agissant du délai de conservation des documents et pièces justificatives, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie expressément à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA. En vertu de cette disposition, l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. En outre, lorsqu'au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les documents en question n'est pas encore prescrite, l'obligation de conservation est prolongée jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA i.f.). Le délai de conservation est ainsi manifestement fonction du délai de prescription de cinq ans dès la naissance de la créance fiscale de l'art. 40 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 40
OTVA. L'ODFF 2 ne contient pour le surplus aucune disposition réglant expressément la prescription du droit au remboursement de l'impôt.

4.
4.1 La prescription libératoire (ou extinctive) constitue une institution générale du droit, qui trouve application tant en droit privé qu'en droit public. Il s'agit d'une institution de droit matériel, prévue par le droit fédéral, et non de procédure. Elle a généralement pour but de favoriser la sécurité du droit et la paix sociale, en limitant la possibilité d'invoquer après un certain délai des créances que l'on a pas fait valoir à temps et en visant à empêcher des contestations juridiques tardives ainsi que les difficultés de preuve qui en découlent. La prescription a pour effet d'éteindre le droit d'action relatif à une créance par suite de l'écoulement du temps. La prescription est ainsi rattachée aux créances qu'elle atteint, et non aux rapports d'obligation sur lesquels ces dernières reposent (PIERRE TERCIER, Le droit des obligations, 3e éd., Genève 2004, n° 1424 ss; PIERRE ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., Berne 1997, p. 796 s. et 799; ROBERT K. DÄPPEN, Basler Kommentar, Obligationenrecht I: Art. 1-529 OR, 4e éd., Bâle 2007, n° 1 ad Vorbemerkungen zu Art. 127-142, n° 3 ad art. 127; PETER GAUCH/WALTER R. SCHLUEP/JÖRG SCHMID/SUSAN EMMENEGGER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 9e éd., Zurich 2008, n °3269 ss et 3278 ss; cf. également ATF 118 II 447 consid. 1b/bb; THEO GUHL, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9e éd., Zurich 2000, § 39 n° 1 p. 316 s.; voir également en droit administratif: MARKUS BINDER, Die Verjährung im schweizerischen Steuerrecht, Dissertation Zürich 1985, p. 5 ss et 14; PIERRE MOOR, Droit administratif, Volume I, 2e éd., Berne 1994 [Vol. I], par. 2.1.3.2 p. 58 s.; MOOR, Droit administratif, Volume II, 2e éd., Berne 2002 [Vol. II], par. 1.3.1.1 p. 82 s.; BLAISE KNAPP, précis de droit administratif, 4e éd., Bâle 1991, n° 743 et 748 ss).
En droit privé, les créances prescrites subsistent. Il appartient dès lors au débiteur de soulever la prescription par voie d'exception, le juge ne pouvant la relever d'office (cf. art. 142
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 142 - Il giudice non può supplire d'ufficio l'eccezione di prescrizione.
de la loi fédérale complétant le code civil du 30 mars 1911, Livre cinquième: Droit des obligations [CO, RS 220]). Selon le Tribunal fédéral et une partie de la doctrine, la prescription des créances de droit public doit au contraire être examinée d'office lorsque la collectivité publique est créancière, avec pour conséquence, dans ce cas, que la prescription éteint définitivement la créance qu'elle atteint, et non seulement le droit d'action y relatif, ne laissant subsister aucune obligation naturelle (ATF 133 II 366 consid. 3.3 et références citées, 101 Ib 348, 98 Ib 351 consid. 2a; cf. également, en droit fiscal, ATF 73 I 129 consid. 1, l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.441/2000 du 25 juin 2001 consid. 2.4 ainsi que les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1464/2006 du 27 février 2009 consid. 6.3.1, 6.3.2.2, 6.3.2.3 et références citées et A-1402/2006 du 17 juillet 2007 consid. 2.4; d'un avis opposé, cf. notamment Lydia Masmejan-Fey, in: Yersin/Nöel [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Bâle 2008, n° 2 ad art. 120; Niklaus Honauer/Peter Zollinger, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der MWST, in: L'expert comptable 2005 p. 730 s; Binder, op. cit., p. 299 ss, en particulier p. 305 et 310; Moor, Vol. II, p. 82 s.; André Grisel, Traité de droit administratif, Volume II, Neuchâtel 1984, p. 663; cf. également ATF 111 V 135 consid. 3b). La prescription des créances de droit public ne doit en revanche pas être examinée d'office lorsqu'elle joue au détriment du citoyen qui actionne l'état (ATF 111 Ib 269 consid. 3a/bb, 106 Ib 357 consid. 3a, 101 Ib 348 p. 350).
4.2
4.2.1 Aux termes de l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA, le droit à la déduction de l'impôt préalable se prescrit par cinq ans dès la fin de l'année civile où il a pris naissance. Selon l'art. 29 al. 6 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 29 Sussidi e altri contributi di diritto pubblico - (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA)
a  gli aiuti finanziari ai sensi dell'articolo 3 capoverso 1 della legge del 5 ottobre 199026 sui sussidi (LSu);
b  le indennità ai sensi dell'articolo 3 capoverso 2 lettera a LSu, in quanto non sia dato un rapporto di prestazione;
c  i contributi per la ricerca, in quanto la collettività pubblica non abbia il diritto esclusivo sui risultati della ricerca;
d  i flussi di mezzi finanziari paragonabili a quelli di cui alle lettere a-c versati in virtù del diritto cantonale e comunale.
OTVA, le droit à la déduction prend naissance, pour l'impôt transféré par d'autres assujettis, à la fin de la période de décompte au cours de laquelle l'assujetti a reçu la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations convenues, qui constitue la règle (cf. art. 35 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 35 Condizione per il riconoscimento come prestatore di cure mediche - (art. 21 cpv. 2 n. 3 LIVA)
1    Il prestatore dispone di un'autorizzazione all'esercizio della professione ai sensi dell'articolo 21 capoverso 2 numero 3 LIVA se:
a  dispone dell'autorizzazione all'esercizio indipendente della professione richiesta dal diritto cantonale; o
b  è ammesso all'esercizio della cura medica secondo la legislazione cantonale.
2    Sono considerate professioni mediche e sanitarie ai sensi dell'articolo 21 capoverso 2 numero 3 LIVA segnatamente quelle di:
a  medici;
b  medici-dentisti;
c  protesisti dentari;
cbis  igienisti dentali;
d  psicoterapeuti;
e  chiropratici;
f  fisioterapisti;
g  ergoterapisti;
h  naturopati, guaritori, guaritori naturali;
i  levatrici;
j  infermieri;
k  massaggiatori medico-terapeutici;
l  logopedisti;
m  dietisti;
n  podologi;
o  ....
p  ...
OTVA), ou payé la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations reçues (voir également les art. 40 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 40
et 34
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 34 Cure mediche - (art. 21 cpv. 2 n. 3 LIVA)
1    Sono considerati cure mediche l'accertamento e il trattamento di malattie, lesioni e altri disturbi della salute fisica e psichica dell'uomo nonché le attività che servono alla prevenzione di malattie e di disturbi della salute dell'uomo.
2    Sono assimilati alle cure mediche:
a  le prestazioni specifiche di maternità come esami di controllo, preparazione al parto o consulenza per l'allattamento;
b  gli esami, le consulenze e i trattamenti in relazione con la fecondazione artificiale, la contraccezione o l'interruzione della gravidanza;
c  tutte le forniture e le prestazioni di servizi effettuate da un medico o da un medico-dentista per l'allestimento di un rapporto medico o di una perizia medica, volti ad appurare le pretese secondo il diritto delle assicurazioni sociali.
3    Non sono considerati cure mediche segnatamente:
a  gli esami, le consulenze e i trattamenti miranti unicamente a migliorare il benessere o il rendimento o eseguiti unicamente per ragioni estetiche, salvo che l'esame, la consulenza o il trattamento sia effettuato da un medico o da un medico-dentista abilitato a esercitare l'attività medica o dentaria sul territorio svizzero;
b  gli esami eseguiti per l'allestimento di una perizia che non sono in relazione con un trattamento concreto della persona esaminata, fatto salvo il capoverso 2 lettera c;
c  la somministrazione di medicinali o di mezzi ausiliari medici, salvo che siano utilizzati dalla persona curante nell'ambito di una cura medica;
d  la somministrazione di protesi e di apparecchi ortopedici fabbricati in proprio o acquistati, anche se essa avviene nell'ambito di una cura medica; è considerato protesi un pezzo sostitutivo del corpo che, senza intervento chirurgico, può essere reimpiegato o riapplicato dopo essere stato tolto dal corpo;
e  i provvedimenti della cura di base; questi sono considerati prestazioni di cura giusta l'articolo 21 capoverso 2 numero 4 LIVA.
let. a OTVA qui prescrivent des solutions comparables concernant la naissance et la prescription de la créance fiscale; cf. les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 4.1 et A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.1).
4.2.2 En vertu de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA, la prescription du droit à la déduction de l'impôt préalable est interrompue par tout exercice de ce droit devant l'AFC. Selon l'al. 3 de cette disposition, la prescription est en outre suspendue tant qu'est pendante une procédure de décision, de réclamation ou de recours sur le droit prétendu. Compte tenu de la systématique de la loi, il s'impose à cet égard de considérer que les procédures dont cette dernière disposition fait mention se rapportent à celles des art. 51
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 51 Libri e altri stampati senza carattere pubblicitario - (art. 25 cpv. 2 lett. a n. 9 LIVA)
a  hanno forma di libri, opuscoli o fogli sciolti; le opere a fogli sciolti sono considerate libri se sono composte di una copertina con legatura a vite, spirale o cucitura rapida e dei fogli sciolti da inserirvi, e si presentano come un'opera completa di almeno 16 pagine il cui titolo figura sulla copertina;
b  hanno almeno 16 pagine, compresi la copertina e il risguardo, tranne i libri per l'infanzia, le partiture musicali stampate e le parti di stampati a fogli sciolti;
c  hanno un contenuto religioso, letterario, artistico, ricreativo, educativo, istruttivo, informativo, tecnico o scientifico;
d  non sono destinati ad accogliere iscrizioni o figurine da collezione, eccezion fatta per i libri scolastici e didattici nonché determinati libri per l'infanzia quali i quaderni d'esercizi con illustrazioni accompagnate da testi a carattere complementare e gli album da dipingere o colorare contenenti modelli e istruzioni.
à 54
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 54 Impianti particolari per il consumo sul posto - (art. 25 cpv. 3 LIVA)
1    Sono considerati impianti particolari per il consumo di derrate alimentari sul posto (impianti per il consumo) segnatamente tavoli, tavoli alti, banchi e altri ripiani a disposizione per il consumo o impianti equivalenti, segnatamente quelli presenti su mezzi di trasporto. È irrilevante:
a  chi sia il proprietario degli impianti;
b  che il cliente utilizzi effettivamente l'impianto;
c  che gli impianti siano in numero sufficiente a permettere a tutti i clienti di consumare sul posto.
2    Non sono considerate impianti per il consumo:
a  le sedie e le panchine senza tavolo che servono principalmente a permettere ai clienti una breve pausa;
b  le tende e le roulotte dei locatari presso il chiosco o il ristorante di un campeggio.
OTVA (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.701/2006 du 3 mai 2007 consid. 7, à propos de l'art. 11 al. 3
SR 313.0 Legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo (DPA)
DPA Art. 11 - 1 L'azione penale per le contravvenzioni si prescrive in quattro anni.8
1    L'azione penale per le contravvenzioni si prescrive in quattro anni.8
2    Tuttavia, se la contravvenzione consiste nella sottrazione o nella messa in pericolo di tasse o nell'ottenimento indebito di una restituzione, di una riduzione o di un condono di tasse, il termine di prescrizione è di sette anni.9
3    Per i crimini, i delitti e le contravvenzioni, la prescrizione è sospesa:
a  durante i procedimenti d'opposizione, di reclamo o giudiziari circa l'obbligo di pagamento o restituzione o circa altre questioni pregiudiziali da decidere secondo la singola legge amministrativa; o
b  finché l'imputato sconti all'estero una pena privativa della libertà.10
4    La pena per le contravvenzioni si prescrive in cinque anni.
de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif [DPA, RS 313.0] traitant de la suspension de la prescription de l'action pénale).
4.2.3
4.2.3.1 Il convient en outre de rappeler que le Tribunal fédéral a jugé que la prescription constitue une institution générale du droit, visant à assurer la sécurité juridique et, qu'à ce titre, tous les droits et prétentions de droit public y sont soumis, également en l'absence de disposition légale expresse. Si une règle de droit ne contient aucune disposition sur la prescription, sa durée et son mode de calcul, il s'agit en premier lieu de déterminer si des délais prévus dans la même loi peuvent s'appliquer. Si la loi ne contient ni délai de prescription ni délai de péremption, la jurisprudence dispose qu'il y a lieu de se fonder, pour fixer la durée ainsi que le point de départ de la prescription, sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues; à défaut de telles normes, ou en présence de solutions contradictoires ou casuelles, le juge administratif doit fixer le délai qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur (ATF 125 V 396 consid. 3a et références citées, 116 Ia 461 consid. 3a et 3c, 112 Ia 260 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2.2; arrêt du Tribunal fédéral 2P.299/2002 du 3 novembre 2003 consid. 2.2; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contribution (CRC) 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; BINDER, op. cit., p. 14 ss, en particulier p. 32 ss; MOOR, Vol. I, par. 2.1.3.2 p. 58 s. et par. 2.4.4 p. 154 s.; MOOR, Vol. II, par. 1.3.1.1 p. 82 s.; KNAPP, op. cit., n° 745 et 748 ss).
4.2.3.2 En d'autres termes, jurisprudence et doctrine considèrent qu'en droit administratif, l'absence de disposition traitant de la prescription constitue une lacune proprement dite. Ce type de lacune suppose que la loi ne contienne aucune règle sur un point essentiel à son application. Les autorités administratives ou judiciaires peuvent remédier à de telles lacunes en faisant « acte de législateur » (cf. art. 1 al. 2
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 1 - 1 La legge si applica a tutte le questioni giuridiche alle quali può riferirsi la lettera od il senso di una sua disposizione.
1    La legge si applica a tutte le questioni giuridiche alle quali può riferirsi la lettera od il senso di una sua disposizione.
2    Nei casi non previsti dalla legge il giudice decide secondo la consuetudine e, in difetto di questa, secondo la regola che egli adotterebbe come legislatore.
3    Egli si attiene alla dottrina ed alla giurisprudenza più autorevoli.
et 3
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 1 - 1 La legge si applica a tutte le questioni giuridiche alle quali può riferirsi la lettera od il senso di una sua disposizione.
1    La legge si applica a tutte le questioni giuridiche alle quali può riferirsi la lettera od il senso di una sua disposizione.
2    Nei casi non previsti dalla legge il giudice decide secondo la consuetudine e, in difetto di questa, secondo la regola che egli adotterebbe come legislatore.
3    Egli si attiene alla dottrina ed alla giurisprudenza più autorevoli.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]). Pour ce faire, elles s'inspireront du but de la loi et des règles adoptées en d'autres matières ou domaines. Tel ne sera en revanche pas le cas si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part. Dans ce cas, son inaction correspond à son intention. Il est alors question de silence qualifié.
Il s'agit finalement de distinguer la lacune proprement dite de la lacune improprement dite, qui se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention des autorités administratives ou judiciaires, tandis qu'il leur est en principe interdit de corriger les lacunes improprement dites, sous peine de se substituer au législateur et de violer la Constitution (cf. les arrêts du Tribunal fédéral 2A.372/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.1, 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.5 et les références citées; décision de la CRC 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; Binder, op. cit., p. 18 et 25; MOOR, Vol. I, par. 2.4.4 p. 154 s.; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Bâle 2002, p. 48 et 50; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, Volume I, 9e éd., Berne 2001, p. 149 s.; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich 2002, p. 33).

5.
5.1 En l'espèce, les demandes en remboursement litigieuses concernent des prestations reçues courant 1995. Ainsi qu'il a été exposé, l'Accord de siège, signé le ***, est entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. consid. 2.1 ci-avant). Par avenant au contrat du ***, les parties sont toutefois convenues d'appliquer l'art. 7 par. 2 de l'Accord rétroactivement, à partir du 1er janvier 1995, de telle sorte que la TVA puisse être remboursée à la recourante à compter de cette date (cf. consid. 2.2 ci-avant). Il apparaît dès lors clairement que les prestations reçues par la recourante en 1995 entrent dans le champ d'application temporel de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, tel que complété par l'avenant, et que, partant, la recourante dispose, à leur égard, de créances en remboursement envers l'AFC. Ce point n'est par ailleurs pas contesté par les parties à la présente procédure.
Il convient dès lors d'examiner, dans un premier temps, si les créances en remboursement de l'impôt des prestations reçues par la recourante en 1995 étaient sujettes à prescription (consid. 5.2). Dans l'affirmative, il s'agira alors, dans un second temps, de déterminer la date d'acquisition de la prescription des créances en question, afin d'établir si elles étaient prescrites au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001 (consid. 5.3).

5.2 Il ressort en l'occurrence des pièces versées au dossier que l'AFC, par lettre du 17 janvier 1997, a communiqué à la Mission permanente de la Suisse près les Organisations Internationales que l'ODFF 2 était également valable pour la recourante, s'agissant des demandes en remboursement de la TVA (cf. la pièce n° 5 du bordereau des pièces relatif à la réponse de l'AFC au présent recours). Or, cette ordonnance, pas plus que l'Accord de siège, ne contiennent de règles traitant de la prescription du droit au remboursement de l'impôt (cf. consid. 2.2 et 3.2 ci-avant). Tous les droits et prétentions de droit public étant soumis à prescription, conformément au principe susmentionné, il s'impose dès lors de considérer qu'il s'agit, en l'occurrence, d'une lacune proprement dite, qu'il s'impose impérativement de combler en se fondant sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues (cf. consid. 4.2.3.1 et 4.2.3.2 ci-avant).
5.3
5.3.1 A cet égard, il convient de rappeler que, s'agissant du délai de conservation des documents, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA, en vertu duquel l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Ainsi qu'il a été exposé, le délai de conservation institué par cette disposition est clairement fonction du délai de prescription de cinq ans de l'art. 40 al. 1
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OIVA Art. 40
OTVA, repris, concernant le droit à la déduction de l'impôt préalable, par l'art. 41 al. 1
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OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA (cf. consid. 3.2 et 4.2.1 ci-avant). Par conséquent, en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA, il convient de retenir que le délai de prescription de cinq ans prévu à l'art. 41 al. 1
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OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA est applicable, par analogie, aux créances en remboursement litigieuses, lesquelles se prescrivent dès lors dans le délai de cinq ans dès l'expiration de l'année civile au cours de laquelle elles ont pris naissance.
Cette solution, qui n'est par ailleurs pas formellement contestée par la recourante, se justifie d'autant plus au vu de l'analogie existant entre la question qui se pose dans le présent cas et celle réglée à l'art. 41 al. 1
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OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA, à savoir le remboursement, respectivement l'abattement, de la TVA transférée par un assujetti.
5.3.2 S'agissant de la naissance du droit au remboursement, point de départ du délai de prescription, l'argument de la recourante, selon lequel le droit n'a pris naissance qu'avec la signature de l'Accord de siège et la prescription n'a commencé à courir qu'à la fin de l'année civile au cours de laquelle l'exonération a été accordée, soit le 1er janvier 1997, ne résiste pas à l'examen. Il y a d'emblée lieu d'observer qu'il existe une confusion manifeste, dans l'esprit de la recourante, entre le droit au remboursement et le rapport d'obligation, découlant de l'Accord de siège, sur lequel ledit droit repose. C'est précisément le lieu de rappeler que la prescription est rattachée à la créance qu'elle atteint, et non au rapport d'obligation sur lequel elle se fonde (cf. consid. 4.1 ci-avant).
Alors que l'Accord de siège a été signé par les parties courant ***, il s'agit, pour déterminer le moment de la naissance du droit au remboursement de l'impôt, de se référer à l'art. 29 al. 6 let. a
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OIVA Art. 29 Sussidi e altri contributi di diritto pubblico - (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA)
a  gli aiuti finanziari ai sensi dell'articolo 3 capoverso 1 della legge del 5 ottobre 199026 sui sussidi (LSu);
b  le indennità ai sensi dell'articolo 3 capoverso 2 lettera a LSu, in quanto non sia dato un rapporto di prestazione;
c  i contributi per la ricerca, in quanto la collettività pubblica non abbia il diritto esclusivo sui risultati della ricerca;
d  i flussi di mezzi finanziari paragonabili a quelli di cui alle lettere a-c versati in virtù del diritto cantonale e comunale.
OTVA, également applicable par analogie pour déterminer le point de départ de la prescription en vertu du renvoi implicite de l'art. 41 al. 1
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OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA à cette disposition (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.3). A défaut d'indications à ce propos, il y a en outre lieu de considérer, s'agissant des prestations faisant l'objet des demandes en remboursement litigieuses, que la recourante a établi ses décomptes de la même façon qu'un assujetti y procède en principe, à savoir selon le système des contre-prestations convenues, qui en constitue le mode habituel (cf. consid. 4.2.1 ci-avant).
Il en découle que les créances en remboursement litigieuses ont pris naissance à la fin de la période de décompte au cours de laquelle la recourante a reçu la facture des prestations auxquelles elles se rapportent. S'agissant du droit au remboursement de la TVA des prestations pour lesquelles la recourante a reçu les factures en 1995, la prescription n'a ainsi pas commencé à courir à la fin de l'année 1996, mais bien, au mieux, si l'on suit l'art. 41 al. 1
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OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA, dès le 1er janvier 1996, ce qui conduit à une acquisition de la prescription fin 2000. En conséquence, et pour autant que la prescription n'ait pas été prolongée entre temps (cf. consid. 5.3.4 et 5.3.5 ci-après), le droit au remboursement de l'impôt ayant frappé les prestations en question était en principe déjà prescrit au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001.
Cette solution se justifie également en considération des buts poursuivis par l'institution de la prescription et au regard du délai de conservation des documents et pièces justificatives, fixé à six ans en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2
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OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA (cf. consid. 4.1 et 3.2 ci-avant). Afin de garantir la sécurité du droit et d'éviter des contestations juridiques tardives et les difficultés de preuve qui en résultent, l'acquisition de la prescription doit survenir avant l'achèvement du délai de conservation, ce que garantit par ailleurs cette dernière disposition en prolongeant le délai de conservation lorsque, à son terme, la créance n'est pas encore prescrite (cf. consid. 3.2 ci-avant). L'obligation faite à l'assujetti de conserver les documents et pièces justificatives relatifs aux prestations reçues en 1995 s'étendait ainsi, en principe, jusque dans le courant de l'année 2001. Il apparaît dès lors judicieux de faire courir le délai de prescription des créances litigieuses dès le 1er janvier 1996, de sorte que la prescription intervienne le 31 décembre 2000, soit avant l'échéance du délai de conservation, sans qu'il soit au surplus nécessaire de prolonger ce dernier.
En conséquence, l'argument de la recourante, tiré du point de départ de la prescription, s'avère sur le principe mal fondé et le recours doit être rejeté sous cet angle, s'agissant des prestations dont les factures ont été reçues en 1995 par la recourante.
5.3.3
5.3.3.1 Cela dit, il convient de relever que, selon le droit exposé ci-dessus (cf. consid. 4.2.1 et 5.3.2 ci-avant), la date de réception de la facture constitue la date déterminante concernant la naissance du droit au remboursement, et non sa date d'émission, comme indiqué, semble-t-il, dans le tableau figurant au verso de la formule de demande exceptionnelle de remboursement de la TVA « usage officiel - C » (pièce n° 7 du bordereau joint au mémoire de réponse de l'AFC) ainsi que dans le courrier de l'AFC du 17 janvier 1997 (pièce n° 5 dudit bordereau, sous rubrique « Période rétroactive du 1.1.1995 à ce jour », 2e §). Or, cette distinction peut avoir une incidence pour les prestations reçues en 1995, notamment concernant celles dont les factures respectives ont été émises à la fin de l'année 1995 et sont susceptibles d'avoir été reçues par la recourante en 1996, auquel cas elles devaient être prises en compte dans le remboursement. Il y a dès lors lieu de calculer à nouveau le montant dont le remboursement doit être refusé, en se fondant, non pas sur la date d'émission, mais sur la date de réception, par la recourante, des factures en question.
5.3.3.2 La date de réception des factures n'étant toutefois pas possible à établir sur la base du dossier en mains de l'autorité de céans, il convient, compte tenu des présentes constatations, de renvoyer la cause à l'AFC, afin qu'elle affine le calcul du montant de l'impôt dont la recourante ne peut obtenir le remboursement en raison de l'acquisition de la prescription, quitte à opérer un nouveau contrôle sur place, s'agissant notamment des prestations acquises en 1995 mais dont les factures sont susceptibles d'avoir été reçues en 1996 seulement, étant à cet égard précisé que le fardeau de la preuve en incombe à la recourante.
5.3.4 S'agissant du moyen invoqué à titre subsidiaire par la recourante, à savoir que la prescription a été suspendue jusqu'à la signature de l'Accord de siège, le Tribunal de céans ne saurait le retenir, et ce pour la raison suivante. Ainsi qu'il a été exposé (cf. consid. 4.2.2 ci-avant), les procédures de décision, de réclamation ou de recours dont il est question à l'art. 41 al. 3
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OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA se rapportent à celles des art. 51
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OIVA Art. 51 Libri e altri stampati senza carattere pubblicitario - (art. 25 cpv. 2 lett. a n. 9 LIVA)
a  hanno forma di libri, opuscoli o fogli sciolti; le opere a fogli sciolti sono considerate libri se sono composte di una copertina con legatura a vite, spirale o cucitura rapida e dei fogli sciolti da inserirvi, e si presentano come un'opera completa di almeno 16 pagine il cui titolo figura sulla copertina;
b  hanno almeno 16 pagine, compresi la copertina e il risguardo, tranne i libri per l'infanzia, le partiture musicali stampate e le parti di stampati a fogli sciolti;
c  hanno un contenuto religioso, letterario, artistico, ricreativo, educativo, istruttivo, informativo, tecnico o scientifico;
d  non sono destinati ad accogliere iscrizioni o figurine da collezione, eccezion fatta per i libri scolastici e didattici nonché determinati libri per l'infanzia quali i quaderni d'esercizi con illustrazioni accompagnate da testi a carattere complementare e gli album da dipingere o colorare contenenti modelli e istruzioni.
à 54
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OIVA Art. 54 Impianti particolari per il consumo sul posto - (art. 25 cpv. 3 LIVA)
1    Sono considerati impianti particolari per il consumo di derrate alimentari sul posto (impianti per il consumo) segnatamente tavoli, tavoli alti, banchi e altri ripiani a disposizione per il consumo o impianti equivalenti, segnatamente quelli presenti su mezzi di trasporto. È irrilevante:
a  chi sia il proprietario degli impianti;
b  che il cliente utilizzi effettivamente l'impianto;
c  che gli impianti siano in numero sufficiente a permettere a tutti i clienti di consumare sul posto.
2    Non sono considerate impianti per il consumo:
a  le sedie e le panchine senza tavolo che servono principalmente a permettere ai clienti una breve pausa;
b  le tende e le roulotte dei locatari presso il chiosco o il ristorante di un campeggio.
OTVA, auxquelles la procédure d'adoption de l'Accord de siège ne peut manifestement pas être assimilée. Partant, le recours doit également être rejeté sur ce point.
5.3.5 Quant à une éventuelle interruption de la prescription, qui n'est du reste pas invoquée par la recourante, le Tribunal de céans constate qu'en vertu de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA, applicable par analogie, la prescription est interrompue par tout exercice du droit au remboursement (cf. consid. 4.2.2 et 4.2.3 ci-avant). Or, l'Accord de siège, intervenu en ***, a donné naissance, avec effet rétroactif, aux créances en remboursement litigieuses. Il ne pouvait dès lors pas, tout en leur donnant naissance, en interrompre simultanément la prescription. Il aurait plutôt fallu, au sens de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 41 Esenzione dall'imposta per i trasporti aerei internazionali - (art. 23 cpv. 4 LIVA)
1    Sono esenti dall'imposta:
a  i trasporti per via aerea di cui soltanto il luogo d'arrivo o di partenza si situa sul territorio svizzero;
b  i trasporti per via aerea attraverso il territorio svizzero da un aeroporto estero a un altro aeroporto estero.
2    I tragitti sul territorio svizzero per i trasporti aerei internazionali sono esenti dall'imposta se il volo sul territorio svizzero è interrotto unicamente da uno scalo tecnico intermedio o per il trasbordo su un volo di coincidenza.
OTVA, un exercice de ce droit postérieur à la signature de l'Accord. S'agissant finalement de la demande d'exemption présentée par la recourante le 14 décembre 1994 auprès du CF, elle ne pouvait clairement pas non plus constituer un acte interruptif de la prescription du droit au remboursement, dès lors que ledit droit n'existait pas encore, puisque fixé par l'Accord de siège du *** et étendu rétroactivement pour les prestations reçues à partir du 1er janvier 1995.

6.
6.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 5.3.3 ci-dessus et à renvoyer la cause à l'AFC afin qu'elle établisse le montant d'impôt, concernant les prestation reçues en 1995, dont le remboursement est refusé, sur la base de la date de reception, par la recourante, des factures y relatives.

6.2 Conformément à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA, les frais de procédure sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés selon l'art. 4
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 4 Tassa di giustizia per le cause con interesse pecuniario - Nelle cause con interesse pecuniario, la tassa di giustizia ammonta a:
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Si la partie qui succombe n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (art. 63 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse les surplus éventuels (art. 1 ss, plus particulièrement art. 5 al. 3 de l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative du 10 septembre 1969 [RS 172.041.0]). En outre, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (art. 63 al. 2
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA). Aux termes de l'art. 64 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
PA finalement, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 ss
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
FITAF).

6.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu de réduire les frais de procédure mis à la charge de la recourante, d'un montant de Fr. 5'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, compte tenu du fait que la recourante n'a que très partiellement obtenu gain de cause, sur un point d'importance marginal qu'elle n'a au surplus pas invoqué, mais qui a été examiné d'office par le Tribunal de céans. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure déjà versée de Fr. 5'000.--. Une indemnité à titre de dépens n'est au surcroît pas allouée, pour les mêmes motifs.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 5.3.3.

2.
La décision de l'Administration fédérale des contributions du 28 novembre 2006 est partiellement annulée.

3.
La cause est renvoyée à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle calcule le montant de TVA ayant frappé les prestations reçues par la recourante en 1995 et dont le remboursement est refusé, au sens du considérant 5.3.3.

4.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 5'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 5'000.--.

5.
Il n'est pas alloué de dépens.

6.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire);
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire).

Le président du collège : Le greffier :

Pascal Mollard Raphaël Bagnoud

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF).
Expédition :