Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-258/2007
{T 0/2}

Arrêt du 27 avril 2009

Composition
Pascal Mollard (président du collège), Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Raphaël Bagnoud, greffier.

Parties
X._______, ***,
représentée par PricewaterhouseCoopers SA, ***,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et prescription du droit au remboursement de la TVA des organisations internationales.

Faits :

A.
X._______ est une organisation humanitaire internationale fondée en ***.

B.
Se fondant sur un accord de siège conclu le *** avec le Conseil fédéral (CF), X._______, par lettre du 28 décembre 2001, introduisit des demandes de remboursement de l'impôt pour les années 1995 à 1998.
Par courrier du 24 mars 2004, l'AFC refusa le remboursement de la TVA pour les prestations reçues en 1995, au motif que l'acquisition de la prescription du droit au remboursement de l'impôt était survenue le 1er janvier 2001, soit antérieurement au dépôt des demandes en question.

C.
Par lettre du 30 septembre 2004, X._______ contesta ce prononcé et requit l'AFC de reconsidérer sa position et de la fixer dans une décision formelle.
Par décision du 18 octobre 2004 au sens de l'art. 51
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 51 Livres et autres imprimés sans caractère publicitaire - (art. 25, al. 2, let. a, ch. 9, LTVA)
a  ils se présentent sous la forme de livres, de brochures ou d'ouvrages composés de feuilles mobiles; les ouvrages composés de feuilles mobiles sont considérés comme des livres lorsqu'ils sont constitués de feuilles mobiles destinées à être reliées sous couverture munie d'un système à vis, à spirales ou à anneaux, et qu'ils apparaissent comme un ouvrage complet d'au moins 16 pages et dont le titre figure sur la couverture;
b  ils comptent au moins 16 pages, pages de couverture et de garde comprises, à l'exception des livres pour enfants, des partitions musicales imprimées et des parties d'ouvrages composés de feuilles mobiles;
c  ils ont un contenu religieux, littéraire, artistique, récréatif, éducatif, instructif, informatif, technique ou scientifique;
d  ils ne sont pas destinés à recevoir des inscriptions ou des images à collectionner, à l'exception des manuels scolaires ainsi que de certains livres pour enfants comme les cahiers d'exercice illustrés contenant des illustrations accompagnées d'un texte complémentaire et les albums à dessiner ou à colorier avec modèles et instructions.
de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures), l'AFC confirma le rejet de la demande du 28 décembre 2001.

D.
Par lettre signature du 16 novembre 2004, X._______ forma réclamation contre ce prononcé, concluant à l'annulation de la décision du 18 octobre 2004 et à ce qu'il soit constaté que la demande de remboursement du 28 décembre 2001 est intervenue avant l'échéance du délai de prescription. A l'appui de ses conclusions, X._______ exposa que le droit au remboursement de l'impôt pour les prestations reçues en 1995 est né avec la signature de l'Accord de siège, le ***, et non courant 1995, comme retenu par l'AFC. A titre subsidiaire, X._______ soutint que la prescription du droit au remboursement avait été suspendue jusqu'à la conclusion de l'Accord de siège.
Par décision sur réclamation du 28 novembre 2006, l'AFC rejeta la réclamation formée le 16 novembre 2004 par X._______.

E.
A l'encontre de cette décision, X._______ (ci-après: la recourante) a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral, par mémoire du 10 janvier 2007, en reprenant en substance l'argumentation développée devant l'AFC. Par réponse du 20 mars 2007, l'AFC a conclu au rejet du recours.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :

1.
1.1 Depuis le 1er janvier 2007, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
et 34
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF.
Aux termes de l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF, le recours est recevable contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).
Aux termes des art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
et 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA, le mémoire de recours doit en outre être déposé dans les trente jours qui suivent la notification de la décision, indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire.
En l'occurrence, le recours du 10 janvier 2007 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 28 novembre 2006 a été interjeté dans le délai légal auprès du Tribunal administratif fédéral, lequel est effectivement compétent. Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.

1.2 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 (aCst.), en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999, et à l'art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 196 - 1. Disposition transitoire ad art. 84 (Transit alpin)
1    La taxe sur la valeur ajoutée peut être perçue jusqu'à la fin de 2035.153
2    Pour garantir le financement de l'assurance-invalidité, le Conseil fédéral relève comme suit les taux de la taxe sur la valeur ajoutée, du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2017: ...
a  pour les camions et les véhicules articulés dont le tonnage
2bis    Le Conseil fédéral peut affecter les moyens visés à l'al. 2 jusqu'au 31 décembre 2018 au financement de l'infrastructure ferroviaire, et ensuite à la rémunération et au remboursement des avances faites au fonds visé à l'art. 87a, al. 2. Les moyens sont calculés conformément à l'art. 86, al. 2, let. e.142
2ter    Le taux visé à l'art. 86, al. 2, let. f, s'applique deux ans après l'entrée en vigueur de cette disposition. Avant cette échéance, il s'élève à 5 %.143
3    Le produit du relèvement prévu à l'al. 2 est entièrement affecté au Fonds de compensation de l'assurance-invalidité.154
4    Pour garantir le financement de l'infrastructure ferroviaire, le Conseil fédéral relève de 0,1 point les taux visés à l'art. 25 de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA155 à partir du 1er janvier 2018 et jusqu'au 31 décembre 2030 au plus tard, pour autant que le délai visé à l'al. 1 soit prolongé.156
5    Le produit du relèvement prévu à l'al. 4 est entièrement affecté au fonds visé à l'art. 87a.157
6    Le Conseil fédéral règle l'exécution. Il peut établir pour des catégories de véhicules spéciaux les montants prévus à l'al. 2, exempter de la redevance certains véhicules et établir, notamment pour les déplacements dans les zones frontalières, une réglementation particulière. Celle-ci ne doit pas privilégier les véhicules immatriculés à l'étranger au détriment des véhicules suisses. Le Conseil fédéral peut prévoir des amendes en cas d'infraction. Les cantons perçoivent la redevance pour les véhicules immatriculés en Suisse.
7    La perception de cette redevance peut être restreinte ou supprimée par une loi.
8    Le présent article a effet jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi du 19 décembre 1997 relative à une redevance sur le trafic des poids lourds139.
de la Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté l'OTVA. Le 2 septembre 1999, le Parlement a introduit la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette loi, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), a abrogé l'OTVA. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables, sous réserve de l'art. 94
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité.
Dans le cas présent, l'art. 94
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
LTVA n'entre pas en considération, de sorte que l'OTVA est seule applicable à la présente cause.

1.3 Enfin, il reste à préciser l'objet du litige, tendant au seul examen de la date d'acquisition de la prescription des créances en remboursement de la TVA de la recourante, pour les prestations reçues dans le courant de l'année 1995.
A cette fin, il convient en premier lieu de se pencher sur le statut fiscal, en matière de TVA, de la recourante, tel qu'il résulte de l'Accord de siège (consid. 2). Il sera ensuite question de la réglementation régissant le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie (consid. 3). Il s'agira alors de présenter l'institution de la prescription, en tant qu'institution générale du droit et, en matière de TVA, s'agissant du droit à la déduction de l'impôt préalable (consid. 4). Il y aura finalement lieu d'en tirer les conséquences qui s'imposent au cas d'espèce (consid. 5).

2.
2.1 L'arrêté fédéral du 30 septembre 1955 concernant la conclusion ou la modification d'accords avec des organisations internationales en vue de déterminer leur statut juridique en Suisse (RO 1956 1216), en vigueur jusqu'au 1er janvier 2008, attribuait au CF la compétence de conclure des accords de siège avec les organisations internationales désirant s'établir en Suisse. C'est dans ce cadre que le CF et la recourante ont signé l'Accord de siège du ***, entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. art. 34 de l'Accord).

2.2 Aux termes de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, la recourante est exonérée de la TVA pour toutes les acquisitions destinées à un usage officiel et pour toutes les prestations de services faites pour un tel usage, conformément à la législation suisse. A son art. 12 par. 1, l'Accord de siège étend dans la même mesure ce privilège, en ce qui concerne les biens mobiliers, à toute caisse de pension ou institution de prévoyance exerçant officiellement son activité en faveur des collaborateurs de la recourante. Par voie d'échange de lettres du ***, valant avenant à l'Accord, le CF et la recourante sont en outre convenus d'appliquer l'art. 7 par. 2 à partir du 1er janvier 1995, de sorte que la TVA puisse être remboursée rétroactivement à partir de cette date. L'Accord ne contient au surplus aucun article réglant les conditions, ainsi que la prescription du droit au remboursement de l'impôt.

3.
L'art. 81 let. b
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 81 Passage de la méthode des taux de la dette fiscale nette à la méthode effective - (art. 37, al. 1 à 4, LTVA)
1    Les assujettis qui veulent passer de la méthode des taux de la dette fiscale nette à la méthode effective doivent le communiquer par écrit à l'AFC au plus tard 60 jours après le début de la période fiscale à partir de laquelle le passage doit avoir lieu. En cas d'annonce tardive, le passage a lieu au début de la période fiscale suivante.
2    L'assujetti qui dépasse l'une ou les deux limites fixées à l'art. 37, al. 1, LTVA de 50 % au plus durant deux périodes fiscales consécutives doit passer à la méthode effective au début de la période fiscale suivante.
3    L'assujetti qui dépasse l'une ou les deux limites fixées à l'art. 37, al. 1, LTVA de plus de 50 % doit passer à la méthode effective au début de la période fiscale suivante. Si les limites sont déjà dépassées durant les douze premiers mois de l'adhésion à la méthode des taux de la dette fiscale nette, l'autorisation est révoquée rétroactivement.
4    Si le dépassement de plus de 50 % de l'une ou des deux limites est dû à la reprise de l'ensemble ou d'une partie d'un patrimoine dans le cadre d'une procédure de déclaration, l'assujetti peut décider s'il veut appliquer la méthode de décompte effective rétroactivement dès le début de la période fiscale durant laquelle le transfert a eu lieu ou dès le début de la période fiscale suivante.
5    En cas de passage de la méthode des taux de la dette fiscale nette à la méthode effective, il n'y a pas de correction sur les stocks, les moyens d'exploitation et les biens d'investissement. Demeure réservé un dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable au sens de l'art. 32 LTVA, lorsque des stocks, des moyens d'exploitation ou des biens d'investissement sont utilisés, à compter du changement de méthode, dans une plus large mesure pour une activité donnant droit à la déduction de l'impôt préalable.75
6    Si le passage à la méthode effective a lieu en même temps que le changement du mode de décompte prévu à l'art. 39 LTVA, les corrections suivantes doivent être effectuées:
a  en cas de passage des contre-prestations convenues aux contre-prestations reçues, l'AFC crédite à l'assujetti l'impôt sur les postes débiteurs existant à la date du passage aux taux de la dette fiscale nette autorisés; il n'y a pas de correction à faire sur les postes créanciers;
b  en cas de passage des contre-prestations reçues aux contre-prestations convenues, l'AFC débite l'impôt sur les postes débiteurs existant à la date du passage aux taux de la dette fiscale nette autorisés; il n'y a pas de correction à faire sur les postes créanciers.
OTVA attribue au Département fédéral des finances (DFF) la compétence de réglementer, en accord avec le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE), le dégrèvement de la TVA pour les missions diplomatiques, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour les représentants diplomatiques, les fonctionnaires consulaires et les hauts fonctionnaires des organisations internationales.

3.1 Faisant usage de cette compétence, le DFF a édicté l'Ordonnance sur le dégrèvement de la TVA pour les organisations internationales et la diplomatie du 14 décembre 1994 (ODFF 1, RO 1994 3159), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, ainsi que l'Ordonnance du 26 juin 1995 relative au dégrèvement de la taxe sur la valeur ajoutée pour les missions diplomatiques, les missions permanentes, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour certaines catégories de personnes (ODFF 2, RO 1995 2888), qui est entrée en vigueur le 1er juillet 1995 et a abrogé l'ODFF 1 (cf. art. 9 et 10 ODFF 2).

3.2 Les conditions de remboursement de la TVA des entités et personnes visées sont réglées à l'art. 5 ODFF 2. S'agissant du délai de conservation des documents et pièces justificatives, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie expressément à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA. En vertu de cette disposition, l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. En outre, lorsqu'au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les documents en question n'est pas encore prescrite, l'obligation de conservation est prolongée jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA i.f.). Le délai de conservation est ainsi manifestement fonction du délai de prescription de cinq ans dès la naissance de la créance fiscale de l'art. 40 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 40
OTVA. L'ODFF 2 ne contient pour le surplus aucune disposition réglant expressément la prescription du droit au remboursement de l'impôt.

4.
4.1 La prescription libératoire (ou extinctive) constitue une institution générale du droit, qui trouve application tant en droit privé qu'en droit public. Il s'agit d'une institution de droit matériel, prévue par le droit fédéral, et non de procédure. Elle a généralement pour but de favoriser la sécurité du droit et la paix sociale, en limitant la possibilité d'invoquer après un certain délai des créances que l'on a pas fait valoir à temps et en visant à empêcher des contestations juridiques tardives ainsi que les difficultés de preuve qui en découlent. La prescription a pour effet d'éteindre le droit d'action relatif à une créance par suite de l'écoulement du temps. La prescription est ainsi rattachée aux créances qu'elle atteint, et non aux rapports d'obligation sur lesquels ces dernières reposent (PIERRE TERCIER, Le droit des obligations, 3e éd., Genève 2004, n° 1424 ss; PIERRE ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd., Berne 1997, p. 796 s. et 799; ROBERT K. DÄPPEN, Basler Kommentar, Obligationenrecht I: Art. 1-529 OR, 4e éd., Bâle 2007, n° 1 ad Vorbemerkungen zu Art. 127-142, n° 3 ad art. 127; PETER GAUCH/WALTER R. SCHLUEP/JÖRG SCHMID/SUSAN EMMENEGGER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Band II, 9e éd., Zurich 2008, n °3269 ss et 3278 ss; cf. également ATF 118 II 447 consid. 1b/bb; THEO GUHL, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9e éd., Zurich 2000, § 39 n° 1 p. 316 s.; voir également en droit administratif: MARKUS BINDER, Die Verjährung im schweizerischen Steuerrecht, Dissertation Zürich 1985, p. 5 ss et 14; PIERRE MOOR, Droit administratif, Volume I, 2e éd., Berne 1994 [Vol. I], par. 2.1.3.2 p. 58 s.; MOOR, Droit administratif, Volume II, 2e éd., Berne 2002 [Vol. II], par. 1.3.1.1 p. 82 s.; BLAISE KNAPP, précis de droit administratif, 4e éd., Bâle 1991, n° 743 et 748 ss).
En droit privé, les créances prescrites subsistent. Il appartient dès lors au débiteur de soulever la prescription par voie d'exception, le juge ne pouvant la relever d'office (cf. art. 142
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 142 - Le juge ne peut suppléer d'office le moyen résultant de la prescription.
de la loi fédérale complétant le code civil du 30 mars 1911, Livre cinquième: Droit des obligations [CO, RS 220]). Selon le Tribunal fédéral et une partie de la doctrine, la prescription des créances de droit public doit au contraire être examinée d'office lorsque la collectivité publique est créancière, avec pour conséquence, dans ce cas, que la prescription éteint définitivement la créance qu'elle atteint, et non seulement le droit d'action y relatif, ne laissant subsister aucune obligation naturelle (ATF 133 II 366 consid. 3.3 et références citées, 101 Ib 348, 98 Ib 351 consid. 2a; cf. également, en droit fiscal, ATF 73 I 129 consid. 1, l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.441/2000 du 25 juin 2001 consid. 2.4 ainsi que les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1464/2006 du 27 février 2009 consid. 6.3.1, 6.3.2.2, 6.3.2.3 et références citées et A-1402/2006 du 17 juillet 2007 consid. 2.4; d'un avis opposé, cf. notamment Lydia Masmejan-Fey, in: Yersin/Nöel [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Bâle 2008, n° 2 ad art. 120; Niklaus Honauer/Peter Zollinger, Verjährung und Verjährungsunterbrechung in der MWST, in: L'expert comptable 2005 p. 730 s; Binder, op. cit., p. 299 ss, en particulier p. 305 et 310; Moor, Vol. II, p. 82 s.; André Grisel, Traité de droit administratif, Volume II, Neuchâtel 1984, p. 663; cf. également ATF 111 V 135 consid. 3b). La prescription des créances de droit public ne doit en revanche pas être examinée d'office lorsqu'elle joue au détriment du citoyen qui actionne l'état (ATF 111 Ib 269 consid. 3a/bb, 106 Ib 357 consid. 3a, 101 Ib 348 p. 350).
4.2
4.2.1 Aux termes de l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA, le droit à la déduction de l'impôt préalable se prescrit par cinq ans dès la fin de l'année civile où il a pris naissance. Selon l'art. 29 al. 6 let. a
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA, le droit à la déduction prend naissance, pour l'impôt transféré par d'autres assujettis, à la fin de la période de décompte au cours de laquelle l'assujetti a reçu la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations convenues, qui constitue la règle (cf. art. 35 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 35 Condition pour qu'une personne soit reconnue comme dispensatrice de traitements médicaux - (art. 21, al. 2, ch. 3, LTVA)
1    Un fournisseur de prestations dispose d'une autorisation de pratiquer une profession au sens de l'art. 21, al. 2, ch. 3, LTVA, s'il:
a  est détenteur de l'autorisation cantonale de pratiquer la profession à titre indépendant, ou
b  est autorisé à dispenser des traitements médicaux conformément à la législation cantonale.
2    Sont réputés faire partie des professions du secteur de la santé au sens de l'art. 21, al. 2, ch. 3, LTVA, notamment:
a  les médecins;
b  les médecins-dentistes;
c  les prothésistes dentaires;
cbis  les hygiénistes dentaires;
d  les psychothérapeutes;
e  les chiropraticiens;
f  les physiothérapeutes;
g  les ergothérapeutes;
h  les naturopathes et autres personnes pratiquant l'art de guérir, les praticiens en thérapeutiques naturelles;
i  les sages-femmes;
j  les infirmiers;
k  les masseurs médicaux;
l  les logopédistes-orthophonistes;
m  les diététiciens;
n  les pédicures-podologues;
o  ...
p  ...
OTVA), ou payé la facture, en cas de décompte établi selon les contre-prestations reçues (voir également les art. 40 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 40
et 34
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 34 Traitements médicaux - (art. 21, al. 2, ch. 3, LTVA)
1    Sont réputés traitements médicaux le diagnostic et le traitement des maladies, des blessures et d'autres troubles corporels ou mentaux de l'être humain, de même que l'exercice d'une activité servant à prévenir les maladies et les troubles de la santé de l'être humain.
2    Sont assimilés aux traitements médicaux:
a  certaines prestations particulières en cas de maternité, telles que les examens de contrôle, la préparation à l'accouchement ou les conseils en cas d'allaitement;
b  les examens, conseils et traitements en relation avec la fécondation artificielle, la contraception ou l'interruption de grossesse;
c  les livraisons et les prestations de services effectuées par un médecin ou un médecin-dentiste pour l'établissement d'un rapport médical ou d'une expertise servant à déterminer des prétentions dans le domaine du droit des assurances sociales.
3    Ne sont pas considérés comme des traitements médicaux, notamment:
a  les examens, conseils et traitements visant uniquement à accroître le bien-être ou les performances, ou encore entrepris uniquement à des fins esthétiques, à moins que l'examen, le conseil ou le traitement ne soit effectué par un médecin ou un médecin-dentiste autorisé à exercer la médecine ou la médecine dentaire sur le territoire suisse;
b  les examens entrepris pour établir une expertise, mais n'ayant pas de rapport avec le traitement concret de la personne examinée, excepté les cas selon l'al. 2, let. c;
c  la remise de médicaments ou de matériel médical, à moins que la personne qui dispense le traitement médical n'en fasse usage dans le cadre dudit traitement;
d  la livraison d'appareils orthopédiques et de prothèses fabriqués par l'assujetti ou acquis par lui, même si elle intervient dans le cadre d'un traitement médical; est réputé prothèse un élément corporel de remplacement qui peut être ôté et remis en place sans intervention chirurgicale;
e  les mesures ressortissant aux soins de base; elles sont considérées comme des soins au sens de l'art. 21, al. 2, ch. 4, LTVA.
let. a OTVA qui prescrivent des solutions comparables concernant la naissance et la prescription de la créance fiscale; cf. les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 4.1 et A-1385/2006 du 3 avril 2008 consid. 4.1).
4.2.2 En vertu de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA, la prescription du droit à la déduction de l'impôt préalable est interrompue par tout exercice de ce droit devant l'AFC. Selon l'al. 3 de cette disposition, la prescription est en outre suspendue tant qu'est pendante une procédure de décision, de réclamation ou de recours sur le droit prétendu. Compte tenu de la systématique de la loi, il s'impose à cet égard de considérer que les procédures dont cette dernière disposition fait mention se rapportent à celles des art. 51
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 51 Livres et autres imprimés sans caractère publicitaire - (art. 25, al. 2, let. a, ch. 9, LTVA)
a  ils se présentent sous la forme de livres, de brochures ou d'ouvrages composés de feuilles mobiles; les ouvrages composés de feuilles mobiles sont considérés comme des livres lorsqu'ils sont constitués de feuilles mobiles destinées à être reliées sous couverture munie d'un système à vis, à spirales ou à anneaux, et qu'ils apparaissent comme un ouvrage complet d'au moins 16 pages et dont le titre figure sur la couverture;
b  ils comptent au moins 16 pages, pages de couverture et de garde comprises, à l'exception des livres pour enfants, des partitions musicales imprimées et des parties d'ouvrages composés de feuilles mobiles;
c  ils ont un contenu religieux, littéraire, artistique, récréatif, éducatif, instructif, informatif, technique ou scientifique;
d  ils ne sont pas destinés à recevoir des inscriptions ou des images à collectionner, à l'exception des manuels scolaires ainsi que de certains livres pour enfants comme les cahiers d'exercice illustrés contenant des illustrations accompagnées d'un texte complémentaire et les albums à dessiner ou à colorier avec modèles et instructions.
à 54
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 54 Installations particulières pour la consommation sur place - (art. 25, al. 3, LTVA)
1    Sont réputés installations particulières pour la consommation sur place des denrées alimentaires (installations pour la consommation) les tables, les tables où se tenir debout, les bars et les autres aménagements prévus pour déposer et consommer des denrées alimentaires ou les équipements de ce genre installés notamment dans des moyens de transport. Peu importe:
a  à qui appartiennent les installations;
b  si le client utilise effectivement ces installations;
c  si les installations sont suffisantes pour permettre à tous les clients de consommer sur place.
2    Ne sont pas réputés installations pour la consommation:
a  les simples sièges sans tables destinés essentiellement à se reposer;
b  pour les kiosques et les restaurants sur les places de camping: les tentes et les caravanes des locataires de places de camping.
OTVA (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.701/2006 du 3 mai 2007 consid. 7, à propos de l'art. 11 al. 3
SR 313.0 Loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif (DPA)
DPA Art. 11 - 1 En matière de contraventions, l'action pénale se prescrit par quatre ans.8
1    En matière de contraventions, l'action pénale se prescrit par quatre ans.8
2    Si cependant la contravention consiste en une soustraction ou une mise en péril de contributions ou en l'obtention illicite d'un remboursement, d'une réduction ou d'une remise de contributions, le délai de prescription est de sept ans.9
3    En matière de crimes, de délits et de contraventions, la prescription est suspendue:
a  pendant la durée d'une procédure de réclamation, de recours ou d'une procédure judiciaire concernant l'assujettissement à la prestation ou à la restitution ou sur une autre question préjudicielle à trancher selon la loi administrative spéciale, ou
b  tant que l'auteur subit à l'étranger une peine privative de liberté.10
4    Les peines se prescrivent par cinq ans pour les contraventions.
de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif [DPA, RS 313.0] traitant de la suspension de la prescription de l'action pénale).
4.2.3
4.2.3.1 Il convient en outre de rappeler que le Tribunal fédéral a jugé que la prescription constitue une institution générale du droit, visant à assurer la sécurité juridique et, qu'à ce titre, tous les droits et prétentions de droit public y sont soumis, également en l'absence de disposition légale expresse. Si une règle de droit ne contient aucune disposition sur la prescription, sa durée et son mode de calcul, il s'agit en premier lieu de déterminer si des délais prévus dans la même loi peuvent s'appliquer. Si la loi ne contient ni délai de prescription ni délai de péremption, la jurisprudence dispose qu'il y a lieu de se fonder, pour fixer la durée ainsi que le point de départ de la prescription, sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues; à défaut de telles normes, ou en présence de solutions contradictoires ou casuelles, le juge administratif doit fixer le délai qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur (ATF 125 V 396 consid. 3a et références citées, 116 Ia 461 consid. 3a et 3c, 112 Ia 260 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2.2; arrêt du Tribunal fédéral 2P.299/2002 du 3 novembre 2003 consid. 2.2; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contribution (CRC) 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; BINDER, op. cit., p. 14 ss, en particulier p. 32 ss; MOOR, Vol. I, par. 2.1.3.2 p. 58 s. et par. 2.4.4 p. 154 s.; MOOR, Vol. II, par. 1.3.1.1 p. 82 s.; KNAPP, op. cit., n° 745 et 748 ss).
4.2.3.2 En d'autres termes, jurisprudence et doctrine considèrent qu'en droit administratif, l'absence de disposition traitant de la prescription constitue une lacune proprement dite. Ce type de lacune suppose que la loi ne contienne aucune règle sur un point essentiel à son application. Les autorités administratives ou judiciaires peuvent remédier à de telles lacunes en faisant « acte de législateur » (cf. art. 1 al. 2
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 1 - 1 La loi régit toutes les matières auxquelles se rapportent la lettre ou l'esprit de l'une de ses dispositions.
1    La loi régit toutes les matières auxquelles se rapportent la lettre ou l'esprit de l'une de ses dispositions.
2    À défaut d'une disposition légale applicable, le juge prononce selon le droit coutumier et, à défaut d'une coutume, selon les règles qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur.
3    Il s'inspire des solutions consacrées par la doctrine et la jurisprudence.
et 3
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 1 - 1 La loi régit toutes les matières auxquelles se rapportent la lettre ou l'esprit de l'une de ses dispositions.
1    La loi régit toutes les matières auxquelles se rapportent la lettre ou l'esprit de l'une de ses dispositions.
2    À défaut d'une disposition légale applicable, le juge prononce selon le droit coutumier et, à défaut d'une coutume, selon les règles qu'il établirait s'il avait à faire acte de législateur.
3    Il s'inspire des solutions consacrées par la doctrine et la jurisprudence.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC, RS 210]). Pour ce faire, elles s'inspireront du but de la loi et des règles adoptées en d'autres matières ou domaines. Tel ne sera en revanche pas le cas si le législateur a renoncé volontairement à codifier une situation qui n'appelait pas nécessairement une intervention de sa part. Dans ce cas, son inaction correspond à son intention. Il est alors question de silence qualifié.
Il s'agit finalement de distinguer la lacune proprement dite de la lacune improprement dite, qui se caractérise par le fait que la loi offre certes une réponse, mais que celle-ci est insatisfaisante. D'après la jurisprudence, seule l'existence d'une lacune proprement dite appelle l'intervention des autorités administratives ou judiciaires, tandis qu'il leur est en principe interdit de corriger les lacunes improprement dites, sous peine de se substituer au législateur et de violer la Constitution (cf. les arrêts du Tribunal fédéral 2A.372/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.1, 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.1 et 2A.105/2005 du 6 juillet 2005 consid. 3.5 et les références citées; décision de la CRC 094/97 du 1er mai 1998 consid. 3a; Binder, op. cit., p. 18 et 25; MOOR, Vol. I, par. 2.4.4 p. 154 s.; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 2ème éd., Bâle 2002, p. 48 et 50; ERNST HÖHN/ROBERT WALDBURGER, Steuerrecht, Volume I, 9e éd., Berne 2001, p. 149 s.; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, Zurich 2002, p. 33).

5.
5.1 En l'espèce, les demandes en remboursement litigieuses concernent des prestations reçues courant 1995. Ainsi qu'il a été exposé, l'Accord de siège, signé le ***, est entré en vigueur le jour même de sa signature (cf. consid. 2.1 ci-avant). Par avenant au contrat du ***, les parties sont toutefois convenues d'appliquer l'art. 7 par. 2 de l'Accord rétroactivement, à partir du 1er janvier 1995, de telle sorte que la TVA puisse être remboursée à la recourante à compter de cette date (cf. consid. 2.2 ci-avant). Il apparaît dès lors clairement que les prestations reçues par la recourante en 1995 entrent dans le champ d'application temporel de l'art. 7 par. 2 de l'Accord de siège, tel que complété par l'avenant, et que, partant, la recourante dispose, à leur égard, de créances en remboursement envers l'AFC. Ce point n'est par ailleurs pas contesté par les parties à la présente procédure.
Il convient dès lors d'examiner, dans un premier temps, si les créances en remboursement de l'impôt des prestations reçues par la recourante en 1995 étaient sujettes à prescription (consid. 5.2). Dans l'affirmative, il s'agira alors, dans un second temps, de déterminer la date d'acquisition de la prescription des créances en question, afin d'établir si elles étaient prescrites au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001 (consid. 5.3).

5.2 Il ressort en l'occurrence des pièces versées au dossier que l'AFC, par lettre du 17 janvier 1997, a communiqué à la Mission permanente de la Suisse près les Organisations Internationales que l'ODFF 2 était également valable pour la recourante, s'agissant des demandes en remboursement de la TVA (cf. la pièce n° 5 du bordereau des pièces relatif à la réponse de l'AFC au présent recours). Or, cette ordonnance, pas plus que l'Accord de siège, ne contiennent de règles traitant de la prescription du droit au remboursement de l'impôt (cf. consid. 2.2 et 3.2 ci-avant). Tous les droits et prétentions de droit public étant soumis à prescription, conformément au principe susmentionné, il s'impose dès lors de considérer qu'il s'agit, en l'occurrence, d'une lacune proprement dite, qu'il s'impose impérativement de combler en se fondant sur les normes établies par le législateur dans des cas analogues (cf. consid. 4.2.3.1 et 4.2.3.2 ci-avant).
5.3
5.3.1 A cet égard, il convient de rappeler que, s'agissant du délai de conservation des documents, l'art. 6 al. 2 ODFF 2 renvoie à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA, en vertu duquel l'assujetti doit conserver pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Ainsi qu'il a été exposé, le délai de conservation institué par cette disposition est clairement fonction du délai de prescription de cinq ans de l'art. 40 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 40
OTVA, repris, concernant le droit à la déduction de l'impôt préalable, par l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA (cf. consid. 3.2 et 4.2.1 ci-avant). Par conséquent, en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA, il convient de retenir que le délai de prescription de cinq ans prévu à l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA est applicable, par analogie, aux créances en remboursement litigieuses, lesquelles se prescrivent dès lors dans le délai de cinq ans dès l'expiration de l'année civile au cours de laquelle elles ont pris naissance.
Cette solution, qui n'est par ailleurs pas formellement contestée par la recourante, se justifie d'autant plus au vu de l'analogie existant entre la question qui se pose dans le présent cas et celle réglée à l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA, à savoir le remboursement, respectivement l'abattement, de la TVA transférée par un assujetti.
5.3.2 S'agissant de la naissance du droit au remboursement, point de départ du délai de prescription, l'argument de la recourante, selon lequel le droit n'a pris naissance qu'avec la signature de l'Accord de siège et la prescription n'a commencé à courir qu'à la fin de l'année civile au cours de laquelle l'exonération a été accordée, soit le 1er janvier 1997, ne résiste pas à l'examen. Il y a d'emblée lieu d'observer qu'il existe une confusion manifeste, dans l'esprit de la recourante, entre le droit au remboursement et le rapport d'obligation, découlant de l'Accord de siège, sur lequel ledit droit repose. C'est précisément le lieu de rappeler que la prescription est rattachée à la créance qu'elle atteint, et non au rapport d'obligation sur lequel elle se fonde (cf. consid. 4.1 ci-avant).
Alors que l'Accord de siège a été signé par les parties courant ***, il s'agit, pour déterminer le moment de la naissance du droit au remboursement de l'impôt, de se référer à l'art. 29 al. 6 let. a
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA, également applicable par analogie pour déterminer le point de départ de la prescription en vertu du renvoi implicite de l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA à cette disposition (cf. dans ce sens l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.709/2005 du 28 août 2006 consid. 2.3). A défaut d'indications à ce propos, il y a en outre lieu de considérer, s'agissant des prestations faisant l'objet des demandes en remboursement litigieuses, que la recourante a établi ses décomptes de la même façon qu'un assujetti y procède en principe, à savoir selon le système des contre-prestations convenues, qui en constitue le mode habituel (cf. consid. 4.2.1 ci-avant).
Il en découle que les créances en remboursement litigieuses ont pris naissance à la fin de la période de décompte au cours de laquelle la recourante a reçu la facture des prestations auxquelles elles se rapportent. S'agissant du droit au remboursement de la TVA des prestations pour lesquelles la recourante a reçu les factures en 1995, la prescription n'a ainsi pas commencé à courir à la fin de l'année 1996, mais bien, au mieux, si l'on suit l'art. 41 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA, dès le 1er janvier 1996, ce qui conduit à une acquisition de la prescription fin 2000. En conséquence, et pour autant que la prescription n'ait pas été prolongée entre temps (cf. consid. 5.3.4 et 5.3.5 ci-après), le droit au remboursement de l'impôt ayant frappé les prestations en question était en principe déjà prescrit au moment du dépôt des demandes, le 28 décembre 2001.
Cette solution se justifie également en considération des buts poursuivis par l'institution de la prescription et au regard du délai de conservation des documents et pièces justificatives, fixé à six ans en vertu du renvoi de l'art. 6 al. 2 ODFF 2 à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA (cf. consid. 4.1 et 3.2 ci-avant). Afin de garantir la sécurité du droit et d'éviter des contestations juridiques tardives et les difficultés de preuve qui en résultent, l'acquisition de la prescription doit survenir avant l'achèvement du délai de conservation, ce que garantit par ailleurs cette dernière disposition en prolongeant le délai de conservation lorsque, à son terme, la créance n'est pas encore prescrite (cf. consid. 3.2 ci-avant). L'obligation faite à l'assujetti de conserver les documents et pièces justificatives relatifs aux prestations reçues en 1995 s'étendait ainsi, en principe, jusque dans le courant de l'année 2001. Il apparaît dès lors judicieux de faire courir le délai de prescription des créances litigieuses dès le 1er janvier 1996, de sorte que la prescription intervienne le 31 décembre 2000, soit avant l'échéance du délai de conservation, sans qu'il soit au surplus nécessaire de prolonger ce dernier.
En conséquence, l'argument de la recourante, tiré du point de départ de la prescription, s'avère sur le principe mal fondé et le recours doit être rejeté sous cet angle, s'agissant des prestations dont les factures ont été reçues en 1995 par la recourante.
5.3.3
5.3.3.1 Cela dit, il convient de relever que, selon le droit exposé ci-dessus (cf. consid. 4.2.1 et 5.3.2 ci-avant), la date de réception de la facture constitue la date déterminante concernant la naissance du droit au remboursement, et non sa date d'émission, comme indiqué, semble-t-il, dans le tableau figurant au verso de la formule de demande exceptionnelle de remboursement de la TVA « usage officiel - C » (pièce n° 7 du bordereau joint au mémoire de réponse de l'AFC) ainsi que dans le courrier de l'AFC du 17 janvier 1997 (pièce n° 5 dudit bordereau, sous rubrique « Période rétroactive du 1.1.1995 à ce jour », 2e §). Or, cette distinction peut avoir une incidence pour les prestations reçues en 1995, notamment concernant celles dont les factures respectives ont été émises à la fin de l'année 1995 et sont susceptibles d'avoir été reçues par la recourante en 1996, auquel cas elles devaient être prises en compte dans le remboursement. Il y a dès lors lieu de calculer à nouveau le montant dont le remboursement doit être refusé, en se fondant, non pas sur la date d'émission, mais sur la date de réception, par la recourante, des factures en question.
5.3.3.2 La date de réception des factures n'étant toutefois pas possible à établir sur la base du dossier en mains de l'autorité de céans, il convient, compte tenu des présentes constatations, de renvoyer la cause à l'AFC, afin qu'elle affine le calcul du montant de l'impôt dont la recourante ne peut obtenir le remboursement en raison de l'acquisition de la prescription, quitte à opérer un nouveau contrôle sur place, s'agissant notamment des prestations acquises en 1995 mais dont les factures sont susceptibles d'avoir été reçues en 1996 seulement, étant à cet égard précisé que le fardeau de la preuve en incombe à la recourante.
5.3.4 S'agissant du moyen invoqué à titre subsidiaire par la recourante, à savoir que la prescription a été suspendue jusqu'à la signature de l'Accord de siège, le Tribunal de céans ne saurait le retenir, et ce pour la raison suivante. Ainsi qu'il a été exposé (cf. consid. 4.2.2 ci-avant), les procédures de décision, de réclamation ou de recours dont il est question à l'art. 41 al. 3
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA se rapportent à celles des art. 51
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 51 Livres et autres imprimés sans caractère publicitaire - (art. 25, al. 2, let. a, ch. 9, LTVA)
a  ils se présentent sous la forme de livres, de brochures ou d'ouvrages composés de feuilles mobiles; les ouvrages composés de feuilles mobiles sont considérés comme des livres lorsqu'ils sont constitués de feuilles mobiles destinées à être reliées sous couverture munie d'un système à vis, à spirales ou à anneaux, et qu'ils apparaissent comme un ouvrage complet d'au moins 16 pages et dont le titre figure sur la couverture;
b  ils comptent au moins 16 pages, pages de couverture et de garde comprises, à l'exception des livres pour enfants, des partitions musicales imprimées et des parties d'ouvrages composés de feuilles mobiles;
c  ils ont un contenu religieux, littéraire, artistique, récréatif, éducatif, instructif, informatif, technique ou scientifique;
d  ils ne sont pas destinés à recevoir des inscriptions ou des images à collectionner, à l'exception des manuels scolaires ainsi que de certains livres pour enfants comme les cahiers d'exercice illustrés contenant des illustrations accompagnées d'un texte complémentaire et les albums à dessiner ou à colorier avec modèles et instructions.
à 54
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 54 Installations particulières pour la consommation sur place - (art. 25, al. 3, LTVA)
1    Sont réputés installations particulières pour la consommation sur place des denrées alimentaires (installations pour la consommation) les tables, les tables où se tenir debout, les bars et les autres aménagements prévus pour déposer et consommer des denrées alimentaires ou les équipements de ce genre installés notamment dans des moyens de transport. Peu importe:
a  à qui appartiennent les installations;
b  si le client utilise effectivement ces installations;
c  si les installations sont suffisantes pour permettre à tous les clients de consommer sur place.
2    Ne sont pas réputés installations pour la consommation:
a  les simples sièges sans tables destinés essentiellement à se reposer;
b  pour les kiosques et les restaurants sur les places de camping: les tentes et les caravanes des locataires de places de camping.
OTVA, auxquelles la procédure d'adoption de l'Accord de siège ne peut manifestement pas être assimilée. Partant, le recours doit également être rejeté sur ce point.
5.3.5 Quant à une éventuelle interruption de la prescription, qui n'est du reste pas invoquée par la recourante, le Tribunal de céans constate qu'en vertu de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA, applicable par analogie, la prescription est interrompue par tout exercice du droit au remboursement (cf. consid. 4.2.2 et 4.2.3 ci-avant). Or, l'Accord de siège, intervenu en ***, a donné naissance, avec effet rétroactif, aux créances en remboursement litigieuses. Il ne pouvait dès lors pas, tout en leur donnant naissance, en interrompre simultanément la prescription. Il aurait plutôt fallu, au sens de l'art. 41 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 41 Exonération de l'impôt pour le trafic aérien international - (art. 23, al. 4, LTVA)
1    Sont exonérés de l'impôt:
a  les transports aériens dont l'aéroport de départ ou d'arrivée se situe sur le territoire suisse;
b  les transports aériens qui s'effectuent au-dessus du territoire suisse, d'un aéroport étranger à un autre aéroport étranger.
2    Est exonérée de l'impôt la partie d'un transport international effectuée entre deux aéroports suisses, pour autant que ce transport soit uniquement interrompu par une escale technique ou que cette interruption permette à un voyageur de changer d'avion pour prendre un vol de correspondance.
OTVA, un exercice de ce droit postérieur à la signature de l'Accord. S'agissant finalement de la demande d'exemption présentée par la recourante le 14 décembre 1994 auprès du CF, elle ne pouvait clairement pas non plus constituer un acte interruptif de la prescription du droit au remboursement, dès lors que ledit droit n'existait pas encore, puisque fixé par l'Accord de siège du *** et étendu rétroactivement pour les prestations reçues à partir du 1er janvier 1995.

6.
6.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 5.3.3 ci-dessus et à renvoyer la cause à l'AFC afin qu'elle établisse le montant d'impôt, concernant les prestation reçues en 1995, dont le remboursement est refusé, sur la base de la date de reception, par la recourante, des factures y relatives.

6.2 Conformément à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA, les frais de procédure sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Ceux-ci sont fixés selon l'art. 4
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 4 Emolument judiciaire dans les contestations pécuniaires - Dans les contestations pécuniaires, l'émolument judiciaire se monte à:
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2). Si la partie qui succombe n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits (art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA). L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse les surplus éventuels (art. 1 ss, plus particulièrement art. 5 al. 3 de l'ordonnance sur les frais et indemnités en procédure administrative du 10 septembre 1969 [RS 172.041.0]). En outre, aucun frais de procédure n'est mis à la charge de l'autorité inférieure déboutée (art. 63 al. 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA). Aux termes de l'art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA finalement, l'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. également art. 7 ss
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF).

6.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu de réduire les frais de procédure mis à la charge de la recourante, d'un montant de Fr. 5'000.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, compte tenu du fait que la recourante n'a que très partiellement obtenu gain de cause, sur un point d'importance marginal qu'elle n'a au surplus pas invoqué, mais qui a été examiné d'office par le Tribunal de céans. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure déjà versée de Fr. 5'000.--. Une indemnité à titre de dépens n'est au surcroît pas allouée, pour les mêmes motifs.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 5.3.3.

2.
La décision de l'Administration fédérale des contributions du 28 novembre 2006 est partiellement annulée.

3.
La cause est renvoyée à l'Administration fédérale des contributions afin qu'elle calcule le montant de TVA ayant frappé les prestations reçues par la recourante en 1995 et dont le remboursement est refusé, au sens du considérant 5.3.3.

4.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 5'000.--, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé par l'avance de frais déjà versée de Fr. 5'000.--.

5.
Il n'est pas alloué de dépens.

6.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire);
à l'autorité inférieure (n° de réf. *** ; Acte judiciaire).

Le président du collège : Le greffier :

Pascal Mollard Raphaël Bagnoud

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).
Expédition :