Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 153/2021

Urteil vom 25. August 2021

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Seiler, Präsident,
Bundesrichterin Hänni,
nebenamtlicher Bundesrichter Berger,
Gerichtsschreiber Brunner.

Verfahrensbeteiligte
1. A.________ AG,
2. B.________ AG,
3. C.________,
Beschwerdeführer,
alle drei vertreten durch Rechtsanwalt Nils Harbeke,

gegen

1. Staat Zürich, vertreten durch das kantonale Steueramt, Dienstabteilung Recht, Bändliweg 21 / Postfach, 8090 Zürich,
2. Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden, Bahnhofplatz 3, 6370 Stans,
3. Steuerverwaltung des Kantons Schwyz, Bahnhofstrasse 15, 6430 Schwyz.

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuer des Kantons Zürich, Steuerperiode 2012 und 2013 (Doppelbesteuerung),

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Abteilung, vom 16. Dezember 2020 (SB.2019.00029).

Sachverhalt:

A.
Die A.________ AG wurde 2006 (unter anderem Namen) vom damaligen Alleinaktionär C.________ gegründet. 2009 verlegte die Gesellschaft ihren Sitz von Zürich nach Stans, unter gleichzeitiger Änderung der Firma und des Zwecks (neu: Erbringung von Dienstleistungen aller Art, namentlich Beratung, Planung, Ausbildung im Steuer-, Finanz-, Vorsorge-, Treuhand- und Rechtswesen). Am 2. Februar 2010 erfolgte die Umfirmierung in A.________ AG.
Am 1. September 2010 gründete C.________ als einziger Gesellschafter und Geschäftsführer die Schwestergesellschaft B.________ GmbH (nachfolgend B.________ AG; seit 11. Dezember 2019: B.________ AG) mit Domizil an gleicher Adresse wie die A.________ AG in Stans. Gleichentags schlossen die A.________ AG und die B.________ AG eine Vereinbarung, in der sich die B.________ AG namentlich dazu verpflichtete, für die A.________ AG im Inland und Ausland Kunden zu gewinnen, die strategische Führung zu besorgen, das unternehmerische Risiko zu tragen, dafür besorgt zu sein, dass die A.________ AG über die notwendigen liquiden Mittel verfüge, sowie ihr ein Nutzungsrecht am Namen und Logo A.________ einzuräumen. Die dafür von der A.________ AG geschuldete Entschädigung orientierte sich pauschal an den Umsätzen bzw. am Reingewinn der A.________ AG (Reinertrag der A.________ AG abzüglich einer Marge von 1.5% des Honorarertrages [ohne Fremdleistungen]).
Am 22. September 2010 liess die A.________ AG eine Zweigniederlassung an der U.________ in Zürich eintragen, wo sie für ihre Mitarbeitenden Büroräumlichkeiten angemietet hatte. Am 20. März 2012 verlegten die A.________ AG und die B.________ AG ihre statutarischen Sitze von ihrem gemeinsamen früheren Domizil in Stans in von der B.________ AG angemietete Räumlichkeiten (282 m2) an einer anderen Adresse in Stans. Im Kanton Nidwalden wurde die A.________ AG für die Steuerperioden 2012 bzw. 2013 mit einem satzbestimmenden/steuerbaren Gewinn von Fr. 54'000.--/Fr. 24'200.-- bzw. Fr. 64'500.--/Fr. 30'900.-- veranlagt. Dabei wurden 2012 Gewinnanteile von Fr. 5'300.-- bzw. Fr. 24'500.-- und 2013 solche von Fr. 4'600.-- bzw. Fr. 29'000.-- in die Kantone Zug und Zürich ausgeschieden.
Im Rahmen einer bei der A.________ AG vom kantonalen Steueramt Zürich durchgeführten Buchprüfung forderte der Revisor die Gesellschaft auf, anhand von Unterlagen den Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit der an die B.________ AG bezahlten Fremdhonorare (2012: Fr. 706'927.--, 2013: Fr. 875'551.--) zu erbringen. Nachdem der Revisor auch nach Erlass einer Mahnung zur Auffassung gelangt war, die A.________ AG habe den geforderten Nachweis nicht erbracht, rechnete die Steuerkommissärin in den Einschätzungsentscheiden zu den Staats- und Gemeindesteuern für die Steuerperioden 1.1. - 31.12.2012 und 1.1. - 31.12.2013 namentlich den durch die B.________ AG in Rechnung gestellten Honoraraufwand auf.

B.
Auf Einsprache der A.________ AG hin reduzierte die Steuerkommissärin die Aufrechnung für an die B.________ AG bezahlte Honorare im Rahmen einer Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen, indem sie die steuerlich akzeptierte Entschädigung an die B.________ AG mit je Fr. 200'000.-- für beide Steuerperioden schätzte; hingegen rechnete sie zusätzlich an die B.________ AG bezahlte Lizenzgebühren von Fr. 87'296.-- (2012) bzw. Fr. 99'546.-- (2013) auf. Für die Betriebsstätte Zug wurde eine Steuerausscheidung vorgenommen, während auf eine Gewinnausscheidung in den Sitzkanton verzichtet wurde mit der Begründung, dass sich dort keine Arbeitsplätze befunden hätten. Einen Rekurs der A.________ AG gegen die Einspracheentscheide wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich am 26. Februar 2019, soweit hier erheblich, unter Berücksichtigung zusätzlicher Steuerrückstellungen für beide Steuerperioden ab. Eine Beschwerde der A.________ AG gegen diesen Entscheid blieb erfolglos. Am 16. Dezember 2020 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.

C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Februar 2021 beantragen die A.________ AG, die B.________ AG und C.________, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und den im Kanton Zürich steuerbaren Reingewinn der A.________ AG auf Fr. 47'486.70 (2012) bzw. Fr. 56'707.70 (2013) festzulegen; zudem seien die im Kanton Nidwalden ergangenen Veranlagungen für die Steuerperioden 2012 und 2013 aufzuheben, die damit verbundene interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen und der Kanton Nidwalden anzuweisen, die entrichteten Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Nidwalden 2012 und 2013 zurückzuerstatten. Eventualiter wird beantragt, die Veranlagungen des Kantonalen Steueramts Nidwalden betreffend die B.________ AG der Steuerperioden 2012 und 2013 aufzuheben, den steuerbaren Gewinn der B.________ AG auf je Fr. 0.-- festzulegen, die damit verbundene interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen sowie den Kanton Nidwalden anzuweisen, die entrichteten Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Nidwalden zurückzuerstatten. Zudem seien die Einkommenssteuerveranlagungen von C.________ im Kanton Schwyz der Jahre 2012 und 2013 aufzuheben, soweit diese Lohnzahlungen der B.________ AG an ihn betreffen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und das kantonale Steueramt Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung Schwyz schliesst auf Nichteintreten auf die Beschwerde, soweit mit dieser die Aufhebung von Einkommenssteuerveranlagungen des Kantons Schwyz betreffend C.________ beantragt wird. Das kantonale Steueramt Nidwalden hat sich nicht vernehmen lassen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst mit Bezug auf die Aufrechnungen bei den Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei; hinsichtlich der Thematik der interkantonalen Doppelbesteuerung verzichtet sie auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. In einer unverlangt eingereichten Replik vom 20. Mai 2021 halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:

1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 29 Examen - 1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
1    Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence.
2    En cas de doute quant à sa propre compétence, il procède à un échange de vues avec l'autorité dont la compétence lui paraît entrer en ligne de compte.
BGG) und mit freier Kognition (BGE 146 II 276 E. 1; 141 II 114 E. 1).

1.1. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, Art. 83 e
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
BGG in Verbindung mit Art. 73
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
und Art. 100 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG). Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist unter Vorbehalt des Folgenden einzutreten.

1.2. In den vorinstanzlichen Verfahren ging es allein um die Steuerpflicht der A.________ AG bzw. den dieser in den beiden infrage stehenden Steuerperioden zurechenbaren steuerbaren Reingewinn. Sie allein ist denn auch vom Entscheid der Vorinstanz in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Soweit auch ihre Schwestergesellschaft und ihr Aktionär gegen den Entscheid der Vorinstanz Beschwerde erheben, ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten.

1.3. Nach Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
BGG ist die Beschwerde gegen kantonale Entscheide zulässig, wenn sie im Kanton letztinstanzlich sind und dagegen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht nicht offensteht. Grundsätzlich muss es sich um einen Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts handeln, sofern das Bundesrecht die Beschwerde an das Bundesgericht nicht für Entscheide anderer richterlicher Behörden vorsieht (Art. 86 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
BGG). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung jedoch zusammen mit einem letztinstanzlichen Entscheid des einen Kantons die bereits rechtskräftige Veranlagung des anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden, obwohl es sich dabei nicht um ein letztinstanzliches Urteil im Sinne von Art. 86
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
BGG handelt. Der Instanzenzug muss also nur, aber immerhin in einem Kanton durchlaufen werden (BGE 139 II 373 E. 1.7; 133 I 300 E. 2.4; 133 I 308 E. 2.4; Urteil 2C 522/2019 vom 20. August 2020 E. 1.2; vgl. Art. 100 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
BGG; Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4326). Die Veranlagungsverfügungen der Steuerverwaltung Nidwalden betreffend die Beschwerdeführerin 1 vom 30. September 2014 und vom
31. März 2016 betreffend die Steuerperioden 1.1. - 31.12.2012 und 1.1. - 31.12.2013 gelten deshalb als durch die Beschwerdeführerin 1 mitangefochten.

1.4. Die Beschwerdeführerin 2 verlangt eventualiter die Aufhebung der sie betreffenden Veranlagungen des Kantons Nidwalden für die Steuerperioden 2012 und 2013. Sie macht geltend, als Schwestergesellschaften seien sie und die Beschwerdeführerin 1 wirtschaftlich so eng verbunden, dass praxisgemäss eine unzulässige interkantonale Doppelbesteuerung vorliegen könne, obschon das Kriterium der Subjektidentität nicht erfüllt sei. Sie beruft sich für ihren Standpunkt auf zwei Urteile des Bundesgerichts (BGE 115 Ia 157; Urteil 2P.168/1998 vom 9. Juli 1999, in: StE 1999 A 24.34 Nr. 3, StR 54/1999 S. 679).

1.4.1. In BGE 115 Ia 157 erwog das Bundesgericht, dass auf das Kriterium der Subjektidentität im Rahmen von Art. 46 Abs. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 46 Mise en oeuvre du droit fédéral - 1 Les cantons mettent en oeuvre le droit fédéral conformément à la Constitution et à la loi.
1    Les cantons mettent en oeuvre le droit fédéral conformément à la Constitution et à la loi.
2    La Confédération et les cantons peuvent convenir d'objectifs que les cantons réalisent lors de la mise en oeuvre du droit fédéral; à cette fin, ils mettent en place des programmes soutenus financièrement par la Confédération.10
3    La Confédération laisse aux cantons une marge de manoeuvre aussi large que possible en tenant compte de leurs particularités.11
aBV (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV) allenfalls zu verzichten ist, wenn eine Gesellschaft ihrer Schwestergesellschaft einen Vorteil zuwendet, bei der zuwendenden Gesellschaft dieser Vorteil als verdeckte Gewinnausschüttung steuerlich aufgerechnet wird und die Empfängerin in ihrem Sitzkanton für den aufgerechneten Vorteil ebenfalls besteuert wird. Die Doppelbesteuerung muss jedoch aktuell und nicht bloss virtuell sein, das heisst, die Empfängerin muss für den empfangenen Vorteil bereits veranlagt worden sein. Zudem bezweifelte das Bundesgericht, dass es an ihm sein kann, als einzige Rekursinstanz die erforderlichen Untersuchungen vorzunehmen, um den steuerbaren Gewinn der Schwestergesellschaft zu beziffern (BGE 115 Ia 157 E. 3g). Im konkreten Fall hatte sich die Doppelbesteuerung nicht aktualisiert, sodass das Bundesgericht letztlich nicht zu entscheiden brauchte, ob die Schwestergesellschaft gegen die Veranlagung des Sitzkantons Beschwerde führen konnte (vgl. BGE 115 Ia 157 E. 5a; vgl. auch Urteil 2P.168/1998 vom 9. Juli 1999 E. 1b/ee, in: StE 1999 A 24.34 Nr. 3, StR 54/1999 S. 679, wo es zusätzlich an der Objektidentität
fehlte).

1.4.2. Seither hat sich die Rechtslage geändert: Das am 1. Januar 2007 in Kraft getretene BGG verlangt im Unterschied zu Art. 86 Abs. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; AS 60 271) auch in interkantonalen Doppelbesteuerungssachen, dass der Instanzenzug zumindest in einem Kanton ausgeschöpft wird (vgl. oben E. 1.3). Diese Änderung stand im Einklang mit einem der wichtigsten Ziele der Bundesrechtspflegereform, das Bundesgericht zu entlasten und deshalb nicht als erste richterliche Behörde tätig werden zu lassen; bevor es angerufen werden kann, soll zuvor immer mindestens ein Gericht über die Streitsache entschieden haben, was mit einer gewissen Filterwirkung verbunden ist und dem Bundesgericht aufwändige Sachverhaltsabklärungen ersparen soll (vgl. zum Ganzen BGE 133 I 308 E. 2; 133 I 300 E. 2.3).

1.4.3. Vor dem Hintergrund dieser geänderten Rechtslage wiegen die Bedenken, die das Bundesgericht in BGE 115 Ia 157 bezüglich der Zulässigkeit einer Beschwerde einer Schwestergesellschaft gegen ihren eigenen, nicht letztinstanzlichen Veranlagungsentscheid bereits unter altem Recht geäussert hatte, noch schwerer als bereits unter altem Recht. Es kann nicht am Bundesgericht sein, als erste Rekursinstanz die Veranlagung einer Gesellschaft zu prüfen, die von einem angefochtenen Urteil einer letzten kantonalen Instanz bloss mittelbar betroffen ist und selbst nirgends den Instanzenzug durchlaufen hat.
Um den Rechtsschutz für eng verbundene Gesellschaften nicht zu beeinträchtigen und ihr verfassungsmässiges Recht aus Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV nicht zu vereiteln, ist indessen zu gewährleisten, dass die bevorteilte Schwestergesellschaft ihre eigene Veranlagung anfechten und dort eine sogenannte Gegenberichtigung verlangen kann, sofern effektiv eine interkantonale Doppelbesteuerung vorliegt. Keine Probleme stellen sich diesbezüglich, solange die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft noch nicht in Rechtskraft erwachsen ist und ihr der ordentliche Rechtsmittelweg noch offensteht. Ist die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft bereits rechtskräftig, kann sie in Revision gezogen werden. Die Aufrechnung bei der zuwendenden Gesellschaft (sog. Primärberichtigung) bedeutet für die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft nämlich eine erhebliche Tatsache im Sinne von Art. 51 Abs. 1 lit. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 51 Révision - 1 Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
1    Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
a  lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts;
b  lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître, ou qu'elle a violé de quelque autre manière une règle essentielle de procédure;
c  lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé.
2    La révision est exclue lorsque le requérant invoque des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui.
3    La demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé.
4    La révision d'une décision ou d'un prononcé est de la compétence de l'autorité qui a rendu cette décision ou ce prononcé.
StHG, die sie im ordentlichen Verfahren nicht hätte geltend machen können. Denn erst die aus der Aufrechnung resultierende aktuelle und nicht wie ansonsten im interkantonalen Steuerrecht üblich bereits die virtuelle Doppelbesteuerung verleiht der bevorteilten Schwestergesellschaft einen Anspruch aus Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV (BGE 115
Ia 157
E. 3g; vgl. BRUNNER/SEILER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2. Aufl. 2021, § 46 N. 6).

1.4.4. Für den vorliegenden Fall ergibt sich aus dem Gesagten, dass auf die Beschwerde der Beschwerdeführerin 2 gegen die Veranlagungen des Kantons Nidwalden nicht einzutreten ist. Ob diese Veranlagungen zusammen mit den Veranlagungen der Beschwerdeführerin 1 durch den Kanton Zürich eine interkantonale Doppelbesteuerung gemäss Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV bedeuten, braucht an dieser Stelle nicht beurteilt zu werden. Ebensowenig braucht vertieft geprüft zu werden, ob die Beschwerdeführerin 2 die Anforderungen für eine Revision ihrer Veranlagung im Kanton Nidwalden erfüllt oder ihr und der Beschwerdeführerin 1 allenfalls missbräuchliches Verhalten vorzuwerfen ist (vgl. dazu BRUNNER/SEILER, a.a.O., § 46 N. 6).

1.5. Ebenfalls nicht einzutreten ist schliesslich auf die Beschwerde des Beschwerdeführers 3 gegen die ihn betreffenden Veranlagungen des Kantons Schwyz. Die Lohnzahlungen, die er von der Beschwerdeführerin 2 erhalten hat und für die er von seinem damaligen Wohnsitzkanton Schwyz veranlagt worden ist, sind offensichtlich nicht dasselbe Steuerobjekt wie die Zahlungen der Beschwerdeführerin 1 an die Beschwerdeführerin 2, die Gegenstand des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich sind. Auch der Beschwerdeführer 3 zieht dies nicht ernsthaft in Zweifel. Vielmehr macht er geltend, dass er als Alleinaktionär der Beschwerdeführerin 1 wegen der Dreieckstheorie eine Aufrechnung einer verdeckten Gewinnausschüttung zu befürchten habe, obschon er dieses Geld bereits als Lohn versteuert habe. Zum heutigen Zeitpunkt ist es jedoch reine Spekulation, ob es jemals zu einer solchen Aufrechnung kommt. Zudem besteht bestenfalls ein mittelbarer Zusammenhang zwischen dem letztinstanzlichen Urteil des Verwaltungsgerichts Zürich und der angeblichen Doppelbesteuerung. Dies genügt offensichtlich nicht, um den Beschwerdeführer 3 davon zu entbinden, den kantonalen Instanzenzug auszuschöpfen.

2.

2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können Rechtsverletzungen nach Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
und 96
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 96 Droit étranger - Le recours peut être formé pour:
a  inapplication du droit étranger désigné par le droit international privé suisse;
b  application erronée du droit étranger désigné par le droit international privé suisse, pour autant qu'il s'agisse d'une affaire non pécuniaire.
BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 141 V 234 E. 1; 139 II 404 E. 3; Urteil 2C 987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 2.1). Soweit das kantonale Recht durch das Bundesrecht harmonisiert ist, prüft das Bundesgericht seine Anwendung gleich wie Bundesrecht; die Anwendung des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts prüft es hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (BGE 143 II 449 E. 2.1; 134 II 207 E. 2). In Bezug auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt nach Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
BGG eine gesteigerte Rüge- und Substanziierungspflicht (BGE 143 II 283 E. 1.2.2; 139 I 229 E. 2.2; 138 I 274 E. 1.6).

2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
BGG beruht (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
BGG). Sie hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen; wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (BGE 140 III 16 E. 1.3.1).

3.

3.1. Die Beschwerdeführerin 1 macht zunächst geltend, die Voraussetzungen für eine Schätzung ihrer Aufwendungen für von der B.________ AG empfangene Leistungen nach pflichtgemässem Ermessen seien gar nicht erfüllt gewesen, so dass sich diese schon deshalb als unrechtmässig erweise. Entgegen der Vorinstanz sei der Sachverhalt schon vor der Auflage des Steuerkommissärs klar erstellt gewesen. Eine allfällige Nichtbeantwortung von Informationsanfragen müsse daher folgenlos bleiben, soweit die relevanten Tatsachen in der Substanz bereits erstellt seien. Das Steuerrekursgericht habe festgestellt, dass C.________ und D.________ in solch einem Ausmass mit massgebenden wertschöpfenden Beiträgen für die Beschwerdeführerin 1 tätig gewesen seien, dass sie sogar ihren Ort der tatsächlichen Verwaltung in Zürich gehabt habe. Es habe zudem festgehalten, dass C.________ und D.________ von insgesamt jährlich 4'400 Arbeitsstunden je rund 1'000 Stunden im Namen der Beschwerdeführerin 1 persönlich operativ Kunden von dieser beraten hätten und diese Leistungen den Kunden denn auch unbestrittenermassen durch die Beschwerdeführerin 1 in Rechnung gestellt worden seien. Es sei daher widersprüchlich und es liege eine widersprüchliche Tatsachenwürdigung vor,
wenn das Verwaltungsgericht andererseits im Zusammenhang mit der Anfechtung der Ermessenseinschätzung annehme, es sei nicht ausreichend nachgewiesen, inwiefern die Beschwerdeführerin 1 aufgrund des Managementvertrags mit der B.________ AG vergütungsfähige Leistungen erhalten habe.

3.2.

3.2.1. Gemäss Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
StHG unterliegt der Gewinnsteuer der gesamte Reingewinn, wozu insbesondere auch der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand zählt (Art. 24 Abs. 1 lit. a
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
StHG; vgl. auch Art. 58 Abs. 1 lit. b
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
1    Le bénéfice net imposable comprend:
a  le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
b  tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
c  les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
2    Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
3    Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] und § 64 Abs. 1 Ziff. 2 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1], wonach dem Saldo der Erfolgsrechnung alle vor dessen Berechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses hinzuzurechnen sind, die nicht zur Deckung geschäftsmässig begründeten Aufwands verwendet werden). Daraus ergibt sich e contrario, dass generell (nur) jener Aufwand steuerlich abzugsfähig ist, der geschäftsmässig begründet ist (vgl. Urteil 2C 987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 3.1 m.H.).

3.2.2. Die Frage, ob ein Aufwand geschäftsmässig begründet ist, beurteilt sich in der Regel danach, ob er kaufmännisch angemessen ist (vgl. Urteile 2C 151/2017 / 2C 152/2017 / 2C 178/2017 / 2C 179/2017 vom 16. Dezember 2019 E. 2.6, nicht publ. in BGE 146 II 111, aber in: StE 2020 B 11.3 Nr. 31; 2C 414/2019 vom 14. November 2019 E. 4.3). Kaufmännisch angemessen und demnach geschäftsmässig begründet sind Kosten, wenn sie aus unternehmungswirtschaftlicher Sicht vertretbar erscheinen; nach der Rechtsprechung sind Aufwendungen dann geschäftsmässig begründet, wenn sie mit dem erzielten Erwerb unternehmungswirtschaftlich in einem unmittelbaren und direkten (organischen) Zusammenhang stehen (BGE 124 II 29 E. 3c; 113 lb 114 E. 2c; Urteil 2C 717/2018 vom 24. Januar 2020 E. 5.2 m.H.). Somit muss alles, was nach kaufmännischer Auffassung in guten Treuen zum Kreis der Unkosten gerechnet werden kann, steuerlich als geschäftsmässig begründet anerkannt werden. Dabei spielt es keine Rolle, ob ein Betrieb auch ohne den infrage stehenden Aufwand ausgekommen wäre und ob dieser Aufwand im Sinne einer rationellen und gewinnorientierten Betriebsführung zweckmässig war (vgl. auch BGE 113 Ib 114; Urteil 2C 795/2015, 796/2015 vom 3. Mai 2016 E. 2.2 m.H.).

3.2.3. Von der rechtlichen Qualifikation von Aufwendungen als geschäftsmässig begründet zu unterscheiden ist die Frage von deren Nachweis. Dieser obliegt, da es um steuermindernde Tatsachen geht, dem Steuerpflichtigen (vgl. BGE 143 II 661 E. 7.2). Während es hinsichtlich der steuerrechtlichen Anerkennung eines verbuchten Aufwands als geschäftsmässig begründet grundsätzlich nicht Sache der Steuerbehörden ist, dessen Zweckmässigkeit in Frage zu stellen (vgl. vorangehende E. 3.2.2), bleibt es hinsichtlich der Frage, ob und in welchem Umfang tatsächlich entsprechende Aufwendungen entstanden sind (namentlich ob mit solchen Aufwendungen der steuerpflichtigen Person tatsächlich zugeflossene Leistungen "eingekauft" wurden), bei der Beweislastverteilung gemäss der Normentheorie, d.h. im Fall der Beweislosigkeit trägt die steuerpflichtige Person deren Folgen.

3.2.4. Abgaberechtlich ist im Übrigen vom Handelsrecht auszugehen, namentlich von den Regeln zur kaufmännischen Buchführung und Rechnungslegung (Art. 957 ff
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 957 - 1 Doivent tenir une comptabilité et présenter des comptes conformément au présent chapitre:
1    Doivent tenir une comptabilité et présenter des comptes conformément au présent chapitre:
1  les entreprises individuelles et les sociétés de personnes qui ont réalisé un chiffre d'affaires supérieur à 500 000 francs lors du dernier exercice;
2  les personnes morales.
2    Les entreprises suivantes ne tiennent qu'une comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine:
1  les entreprises individuelles et les sociétés de personnes qui ont réalisé un chiffre d'affaires inférieur à 500 000 francs lors du dernier exercice;
2  les associations et les fondations qui n'ont pas l'obligation de requérir leur inscription au registre du commerce;
3  les fondations dispensées de l'obligation de désigner un organe de révision en vertu de l'art. 83b, al. 2, CC797.
3    Le principe de régularité de la comptabilité s'applique par analogie aux entreprises visées à l'al. 2.
. OR in der Fassung vom 23. Dezember 2011 [nachfolgend: OR 2011], in Kraft seit 1. Januar 2013 [AS 2012 6679]). Das Massgeblichkeitsprinzip (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; BGE 141 II 8 E. 7.1) findet in § 64 Abs. 1 Ziff. 1 und § 18 Abs. 4 StG/ZH eine ausdrückliche gesetzliche Grundlage. Ihm zufolge bildet die handelsrechtskonform erstellte Jahresrechnung (Art. 959 ff
SR 220 Première partie: Dispositions générales Titre premier: De la formation des obligations Chapitre I: Des obligations résultant d'un contrat
CO Art. 959 - 1 Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
1    Le bilan reflète l'état du patrimoine et la situation financière de l'entreprise à la date du bilan. Il se compose de l'actif et du passif.
2    L'actif comprend les éléments du patrimoine dont l'entreprise peut disposer en raison d'événements passés, dont elle attend un flux d'avantages économiques et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant. Aucun autre élément du patrimoine ne peut être porté au bilan.
3    L'actif circulant comprend la trésorerie et les actifs qui seront vraisemblablement réalisés au cours des douze mois suivant la date du bilan, dans le cycle normal des affaires ou d'une autre manière. Tous les autres actifs sont classés dans l'actif immobilisé.
4    Le passif comprend les capitaux étrangers et les capitaux propres.
5    Les capitaux étrangers comprennent les dettes qui résultent de faits passés, qui entraînent un flux probable d'avantages économiques à la charge de l'entreprise et dont la valeur peut être estimée avec un degré de fiabilité suffisant.
6    Les capitaux étrangers à court terme comprennent les dettes qui seront vraisemblablement exigibles dans les douze mois suivant la date du bilan ou dans le cycle normal des affaires. Toutes les autres dettes sont classées dans les capitaux étrangers à long terme.
7    Les capitaux propres sont présentés et structurés en fonction de la forme juridique de l'entreprise.
. OR 2011) den Ausgangspunkt für die steuerliche Bemessung von Gewinn und Kapital. Sie bindet neben der Veranlagungsbehörde auch die steuerpflichtige Person; diese muss sich darauf behaften lassen. Vorbehalten bleiben die Korrekturen aufgrund besonderer Vorschriften, mit welchen das Abgaberecht bewusst vom Handelsrecht abweicht (Urteil 2C 1059/2019 vom 1. Dezember 2020 E. 3.1.1, zur Publikation vorgesehen, in: StE 2021 B 23.44.2 Nr. 9, m.H.).
Auch insoweit gilt indessen wiederum: Ob ein verbuchter Aufwand als geschäftsmässig begründet zu qualifizieren ist, richtet sich, abgesehen von steuerrechtlichen Korrekturnormen, nach den einschlägigen handelsrechtlichen Normen. Ob und in welchem Ausmass einer Aufwandbuchung tatsächlich Aufwendungen entsprechen, ist hingegen eine Frage der Beweiswürdigung, welche die Steuerbehörde nach Ausschöpfung der ihr obliegenden Untersuchungspflicht vorzunehmen hat.

3.2.5. Mit Blick auf die allfällige Vornahme einer Ermessenseinschätzung mit Bezug auf Aufwendungen gilt schliesslich, dass für diese steuermindernde Tatsachen die steuerpflichtige Person die objektive Beweislast trägt. Lässt sich trotz der gebotenen Untersuchungsmassnahmen der Steuerbehörde (vgl. dazu Urteil 2C 211/2021 / 2C 212/2021 vom 8. Juni 2021 E. 5.1.1 m.H.) nicht feststellen, ob die Aufwendungen überhaupt angefallen sind, so ist ein Beweislastentscheid zulasten der steuerpflichtigen Person zu fällen. Wenn hingegen feststeht, dass Aufwendungen getätigt wurden, und einzig ihr Umfang nicht festgestellt werden kann, ist dieser Umfang pflichtgemäss zu schätzen (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, III. Teil, 2015, Einleitung zu Art. 122 ff., N. 37).

3.3.

3.3.1. Hier bezog die Beschwerdeführerin 1 gemäss ihrer Buchhaltung von ihrer Schwestergesellschaft im Geschäftsjahr 2012 Leistungen für Fr. 706'927.-- und 2013 für Fr. 875'551.--, wobei der steueramtliche Revisor anlässlich der Revision der Jahresrechnungen 2012 und 2013 der Beschwerdeführerin 1 feststellte, dass jegliche aussagekräftigen Belege für die angeblich bezogenen Leistungen fehlten. Bei dieser Sachlage ist es auch unter Geltung des Massgeblichkeitsprinzips nicht zu beanstanden, dass der Revisor im Hinblick auf den tatsächlichen Nachweis der von der Schwestergesellschaft bezogenen Leistungen, deren Bezahlung sich für die Beschwerdeführerin 1 steuermindernd auswirkte, genaueren Aufschluss über die erhaltenen Leistungen verlangte. Wenn die Beschwerdeführerin 1 in der Folge keinerlei Aufschluss über die konkret von der B.________ AG bezogenen Leistungen gab und auch im Einspracheverfahren bloss auf den völlig unspezifischen Inhalt des zwischen der B.________ AG und ihr abgeschlossenen Managementvertrags und die darin enthaltene pauschale Entgeltslösung (Reinertrag der Beschwerdeführerin 1 abzüglich einer Marge von 1.5% des Honorarertrages [ohne Fremdleistungen]) verwies, so kam sie damit jedenfalls der ihr obliegenden
Mitwirkungspflicht zur Sachverhaltsaufklärung im Veranlagungsverfahren nur völlig unzureichend nach.

3.3.2. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 erschien der Sachverhalt - Vorliegen und Umfang der von der Beschwerdeführerin 1 von der B.________ AG bezogenen Fremdleistungen - auch keineswegs aufgrund des Umstands als geklärt, dass C.________ und D.________ in erheblichem Umfang direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbracht haben. Bereits das Steuerrekursgericht hat in diesem Zusammenhang hervorgehoben, dass C.________ und D.________ in erheblichem Umfang Leistungen für Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbracht haben, welche diesen direkt in Rechnung gestellt wurden, und dass diese Art der Leistungserbringung im Managementvertrag mit der B.________ AG nicht vorgesehen war (vgl. Urteil des Steuerrekursgerichts, S. 19: "je rund 1'000 Stunden im Namen der Pflichtigen persönlich operativ Kunden der Pflichtigen beraten"). Erbrachten C.________ und D.________ aber in erheblichem Umfang direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1, welche diese auch direkt - und nicht via einen Leistungsbezug ihrerseits von der B.________ AG für Leistungen von C.________ und D.________ - ihren Kunden verrechnete, so kann jedenfalls mit Bezug auf diese Arbeitsleistungen der beiden genannten Personen, auch wenn sie ihr
Gehalt von der B.________ AG und nicht von der Beschwerdeführerin 1 bezogen, kein Leistungsbezug von der B.________ AG vorliegen. Auch aus dem Umstand dieser Kundenleistungen kann keineswegs der Schluss gezogen werden, dadurch seien in erheblichem Umfang Leistungsbezüge der Beschwerdeführerin 1 von der B.________ AG belegt. Im Gegenteil: Zumindest in dem Umfang, in dem C.________ und D.________ direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbrachten und die Beschwerdeführerin 1 die entsprechenden Entgelte direkt von ihren Kunden vereinnahmte, fehlte von vornherein jegliche Veranlassung für Zahlungen an die B.________ AG für von dieser angeblich an die Beschwerdeführerin 1 erbrachte Leistungen.

3.3.3. Nach dem Gesagten war der Sachverhalt trotz Ausschöpfens der Untersuchungsmittel seitens des Steueramts illiquid geblieben, sodass ein Beweislastentscheid oder zumindest eine Ermessensveranlagung hinsichtlich der Leistungen der B.________ AG an die Beschwerdeführerin 1 angebracht war.

4.
Kein Erfolg ist der Beschwerde auch beschieden, soweit die Beschwerdeführerin damit der Sache nach geltend macht, die von der Vorinstanz geschützte Ermessenseinschätzung hinsichtlich der Leistungsbezüge von der B.________ AG sei offensichtlich unrichtig bzw. die Vorinstanz habe zu Unrecht die offensichtliche Unrichtigkeit der Ermessenseinschätzung verneint.

4.1. Gemäss § 140 Abs. 2 StG/ZH (vgl. auch Art. 48 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 48 Réclamation - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
3    L'autorité de taxation a les mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans la procédure de taxation.
4    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut réévaluer tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
StHG und Art. 132 Abs. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 132 Conditions - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    La réclamation déposée contre une décision de taxation déjà motivée peut être considérée comme un recours et transmise à la commission cantonale de recours en matière d'impôt si le contribuable et les autres ayants droit y consentent (art. 103, al. 1, let. b, et 104, al. 1).
3    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
DBG) kann die steuerpflichtige natürliche oder juristische Person eine Veranlagungsverfügung, die vollständig (Ermessensveranlagung i.e.S.) oder teilweise (Ermessenszuschlag) aufgrund pflichtgemässen Ermessens ergangen ist, einzig mit der Begründung anfechten, die Veranlagung sei offensichtlich unrichtig. Der Unrichtigkeitsnachweis ist umfassend anzutreten. Die steuerpflichtige Person kann hierzu entweder weitere Beweismittel nachreichen, wodurch die Untersuchungspflicht der kantonalen Behörden wiederauflebt, oder aber aufzeigen, dass die angefochtene Veranlagungsverfügung offensichtlich übersetzt ist. Das Bundesgericht prüft das Ergebnis einer Aufrechnung, Bewertung oder Schätzung aber nur zurückhaltend, das heisst auf offensichtliche Fehler und Irrtümer hin. Es schreitet daher nur bei groben methodischen oder rechnerischen Fehlern ein, was regelmässig auf den Nachweis der Willkür hinausläuft. Dies alles trifft in gleicher Weise auf das kantonale Beschwerdeverfahren zu (Urteil 2C 684/2019 vom 11. November 2020 E. 3.2.3 m.H.).

4.2. Nicht zu beanstanden ist zunächst, dass die Vorinstanz die bei ihr erstmals eingereichten zusätzlichen Beweismittel (u.a. Listen, die angeblich der Beschwerdeführerin 1 verrechnete Stunden von C.________ und D.________ beweisen sollen) im Hinblick auf den der Beschwerdeführerin 1 obliegenden Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der ermessenweise aufgerechneten Aufwendungen (Art. 48 Abs. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 48 Réclamation - 1 Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
1    Le contribuable peut adresser à l'autorité de taxation une réclamation écrite contre la décision de taxation dans les 30 jours qui suivent sa notification.
2    Le contribuable qui a été taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve.
3    L'autorité de taxation a les mêmes compétences dans la procédure de réclamation que dans la procédure de taxation.
4    L'autorité de taxation prend, après enquête, une décision sur la réclamation. Elle peut réévaluer tous les éléments de l'impôt et, après avoir entendu le contribuable, modifier la taxation même au désavantage de ce dernier.
StHG) nicht berücksichtigt hat.
Vor dem Verwaltungsgericht Zürich als zweiter verwaltungsunabhängiger kantonaler Instanz (Art. 50 Abs. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 50 - 1 Le contribuable peut interjeter un recours écrit et motivé contre la décision sur réclamation devant une commission de recours indépendante des autorités fiscales, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée.
1    Le contribuable peut interjeter un recours écrit et motivé contre la décision sur réclamation devant une commission de recours indépendante des autorités fiscales, dans les 30 jours à compter de la notification de la décision attaquée.
2    Toute erreur dans la décision attaquée et tout vice de procédure constituent des motifs de recours.
3    Le contribuable et l'administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie.
StHG) gilt grundsätzlich ein Verbot tatsächlicher Noven. Danach sind (wie gemäss Art. 99 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
BGG) neue tatsächliche Vorbringen und Beweismittel nur zulässig, soweit erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (vgl. dazu BGE 131 II 548 sowie RICHNER/FREI/KAUFMANN/ROHNER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 4. Aufl. 2021, § 153 StG Rz. 46). Hier stand spätestens mit dem Einspracheentscheid fest, dass die Steuerkommissärin - im Gegensatz zum Veranlagungsentscheid, in dem noch sämtliche Entschädigungen der Beschwerdeführerin 1 an die B.________ AG für (angeblich) von dieser erbrachte Leistungen aufgerechnet worden waren - einen Teil der von der B.________ AG an die Beschwerdeführerin 1 verrechneten Leistungen als geschäftsmässig begründet betrachtet und diesen für beide Jahre auf Fr. 200'000.-- geschätzt hatte. Unter diesen Umständen hätte die Beschwerdeführerin 1 den ihr obliegenden Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit dieser Schätzung spätestens im Rekursverfahren vor Steuerrekursgericht mit allen ihr zur Verfügung stehenden Beweismitteln antreten müssen. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die
ihr im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren zusätzlich vorgelegten Beweismittel unbeachtet gelassen hat.

4.3.

4.3.1. Die Beschwerdeführerin 1 macht weiter geltend, schon aufgrund der Erhebungen im Veranlagungs- und Einspracheverfahren erweise sich die von der Steuerkommissärin vorgenommene (teilweise) Ermessensveranlagung als offensichtlich unrichtig. Vor den Tatsacheninstanzen sei detailliert dargelegt worden, dass die für die beiden bei der B.________ AG mit Vollzeitpensen angestellten zwei Personen übliche Entgelte verrechnet worden seien. Bereits deshalb seien die gebuchten Aufwendungen der Beschwerdeführerin 1 als geschäftsmässig begründet zum Abzug zuzulassen. Dass die der Ermessenseinschätzung zugrundeliegende Entschädigung von je Fr. 100'000.-- offensichtlich unrichtig sei, bestätige im Übrigen schon die einfache Anrechnung des Stundenansatzes von Fr. 100.-- bei einer solchen Annahme, der etwa der Hälfte des Stundenansatzes eines Substituten im Raum Zürich entspreche, weshalb sich die Ermessenseinschätzung als offensichtlich unrichtig erweise.

4.3.2. Zunächst ändert der Umstand, dass die B.________ AG mit C.________ und D.________ zwei Personen angestellt hatte, die auch direkt für Kunden der Beschwerdeführerin 1 Leistungen erbrachten, und dass für diese Leistungen (branchen-) übliche Entgelte verrechnet wurden, nichts daran, dass auch im Einsprache- und Rekursverfahren kein irgendwie gearteter Nachweis für die von der B.________ AG an die Beschwerdeführerin 1 erbrachten Leistungen geleistet wurde. N Die Beschwerdeführerin 1 geht offenbar davon aus, die Steuerkommissärin habe - auf der Grundlage, dass die beiden für die B.________ AG tätigen C.________ und D.________ je im Umfang von etwa 1'000 Stunden jährlich direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbracht haben - die restliche, von diesen beiden Personen erbrachte verrechenbare Arbeitszeit der B.________ AG zugerechnet bzw. in diesem Umfang Leistungen der B.________ AG an die Beschwerdeführerin 1 unter Zugrundelegung eines Stundensatzes von Fr. 100.-- geschätzt. Dafür, dass die Steuerkommissärin so vorgegangen wäre, fehlen indessen jegliche Anhaltspunkte in den Akten. Die Steuerkommissärin hat vielmehr offensichtlich den als geschäftsmässig begründet anerkannten Umfang der Leistungen der B.________ AG an die Beschwerdeführerin 1 bzw. das dafür von dieser an die B.________ AG geleistete Entgelt pauschal geschätzt (vgl. Einspracheentscheide, S. 7 Ziff. 5 in fine). Dieses Vorgehen ist entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 unter Zugrundelegung des dargelegten Massstabs, wonach nur grobe methodische oder rechnerische Fehler einer Schätzung zur Annahme deren offensichtlicher Unrichtigkeit führen, nicht zu beanstanden. Vielmehr erweist es sich angesichts
des gänzlichen Fehlens verlässlicher Anhaltspunkte für den Umfang der von der B.________ AG an die Beschwerdeführerin 1 erbrachten Leistungen, ohne weiteres als nachvollziehbar, dass die Steuerkommissärin eine pauschale Schätzung vornahm.
Ebenso ist nicht erkennbar, inwiefern ihre Schätzung mit angenommenen Leistungen von Fr. 200'000.-- offensichtlich zu tief ausgefallen sein soll, steht doch entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 keineswegs fest, dass die von der B.________ AG angestellten C.________ und D.________ ihre Arbeitskraft, soweit sie nicht direkt für Kunden der Beschwerdeführerin 1 eingesetzt wurde, ausschliesslich für Leistungen einsetzten, welche die B.________ AG der Beschwerdeführerin 1 erbrachte. Von einer offensichtlich unrichtigen bzw. willkürlichen Schätzung der geschäftsmässig begründeten Aufwendungen der Beschwerdeführerin 1 im Zusammenhang mit ihr von der B.________ AG erbrachten Leistungen kann mithin keine Rede sei, so dass es auch dem Umfang nach bei der von der Vorinstanz geschützten teilweisen Ermessensveranlagung der Beschwerdeführerin 1 bleibt.

5.
Zu prüfen bleibt der Antrag der Beschwerdeführerin 1, wonach die im Kanton Nidwalden ergangenen Veranlagungen für die Steuerperioden 2012 und 2013 aufzuheben seien, die damit verbundene interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen und die Kantonale Steuerverwaltung Nidwalden anzuweisen sei, die entrichteten Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Nidwalden 2012 und 2013 zurückzuerstatten.

5.1. Die Vorinstanz hat in Anknüpfung an die tatsächlichen Feststellungen des Steuerrekursgerichts ausgeführt, die betriebliche Tätigkeit der Beschwerdeführerin 1 sei im Wesentlichen in Zürich abgewickelt worden, nebst einer zeitweiligen kleinen Betriebsstätte in Zug. Die Beschwerdeführerin 1 habe in den bisherigen Verfahren auch nie substanziiert geltend gemacht, C.________ und D.________ hätten ihre geschäftsführenden Funktionen als Verwaltungsräte regelmässig in Stans vorgenommen. Gemäss den unwidersprochenen tatsächlichen Feststellungen des Steuerrekursgerichts erscheine unter Berücksichtigung der Arbeitswege und der grosszügigen Büroräumlichkeiten in Zürich die Annahme abwegig, die beiden Verwaltungsräte der Beschwerdeführerin 1 hätten ihre Geschäftsführungsaufgaben in einem kleinen Einzelbüro in Stans erledigt. Dass trotz der Verwaltungsratstätigkeit und der Präsenz von leitenden Angestellten in der Zürcher Zweigniederlassung die tatsächliche Verwaltung im Auftragsverhältnis von Dritten andernorts ausgeübt worden sei, sei überdies kaum denkbar.

5.2. Gestützt auf diese Feststellungen kam die Vorinstanz zum Schluss, die Beschwerdeführerin habe ihre tatsächliche Verwaltung im Kanton Zürich gehabt. Sie sei dem Kanton Zürich persönlich zugehörig gewesen (§ 55 StG/ZH; vgl. auch Art. 20 Abs. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 20 Assujettissement à raison du rattachement personnel - 1 Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives, les associations, les fondations et les autres personnes morales sont assujetties à l'impôt lorsqu'elles ont leur siège ou leur administration effective dans le canton. Les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe au sens de l'art. 58 ou 118a LPCC95 sont assimilés aux autres personnes morales.96 Les sociétés d'investissement à capital fixe au sens de l'art. 110 LPCC sont imposées comme des sociétés de capitaux.97
2    Les personnes morales, les sociétés commerciales et les communautés de personnes étrangères sont assimilées aux personnes morales suisses dont elles se rapprochent le plus par leur forme juridique ou leurs structures effectives.
StHG) und habe dort ihr Hauptsteuerdomizil. Dies steht im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, wonach bei einem Konflikt zwischen verschiedenen Kantonen mit Bezug auf die Steuerhoheit wegen persönlicher Zugehörigkeit einer juristischen Person das Hauptsteuerdomizil am Ort der tatsächlichen Verwaltung liegt (Urteil 2C 522/2019 vom 20. August 2020 E. 2.2, in: StE 2021 A 24.22 Nr. 7, m.H.). Die im bundesgerichtlichen Verfahren zur Vernehmlassung eingeladene Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden hat sich zur Frage der interkantonalen Doppelbesteuerung nicht vernehmen lassen, so dass mangels Bestreitung der tatsächlichen Grundlagen des mit Bezug auf die doppelbesteuerungsrechtliche Zuordnung der Steuerhoheit kraft persönlicher Zugehörigkeit nicht zu beanstandenden Entscheids der Vorinstanz davon ausgegangen werden darf, dass diese unbestrittenen Feststellungen zutreffen.
Das gleiche Ergebnis ergibt sich mit Blick auf die Annahme der Vorinstanz, wonach mangels einer ernsthaften, quantitativ bzw. qualitativ wesentlichen Geschäftstätigkeit durch die Mitarbeitenden der Beschwerdeführerin 1 in Stans und des zusätzlichen Umstands, dass die Beschwerdeführerin 1 im vorinstanzlichen Verfahren nicht geltend machte, lokalisierbare Einkünfte in Stans erzielt zu haben, die Ausscheidung eines Teils der von der Beschwerdeführerin 1 erzielten Gewinns in den Kanton Nidwalden zu Recht verweigert wurde. Auch dazu hat sich die Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden nicht vernehmen lassen, so dass auch insoweit davon ausgegangen werden darf, die Vorinstanz habe zu Recht das Vorliegen eines Neben- oder Spezialsteuerdomizils im Kanton Nidwalden für die hier betroffenen Steuerperioden verneint.

5.3. Das führt, zumal auch eine Verwirkung des Rechts der Beschwerdeführerin 1 zur Anfechtung der (rechtskräftigen) Veranlagungen des Kantons Nidwalden nicht in Frage steht (vgl. dazu Urteil 2C 522/2019 vom 20. August 2020 E. 4, zur Publikation vorgesehen, in: StE 2021 A 24.22 Nr. 7, m.H), zur Gutheissung des Antrags der Beschwerdeführerin 1, mit dem sie die ersatzlose Aufhebung der sie betreffenden Veranlagungen des Kantons Nidwalden für die Steuerperioden 2012 und 2013 beantragt.

6.

6.1. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 gegen das Urteil der Vorinstanz, welches allein den Kanton Zürich betrifft, als unbegründet und ist abzuweisen. Dagegen ist die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 mit Bezug auf den Kanton Nidwalden gutzuheissen; die Veranlagungsverfügungen des Kantons Nidwalden für die Zeiträume 1.1. - 31.12.2012 und 1.1. - 31.12.2013 sind aufzuheben, da insoweit ein Verstoss gegen Art. 127 Abs. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
BV vorliegt. Die bereits bezahlten Steuern sind der Beschwerdeführerin 1 zurückzuerstatten.
Auf die Beschwerden des Beschwerdeführers 2 und der Beschwerdeführerin 3 ist nicht einzutreten (vgl. oben E. 1.4 und 1.5).

6.2. Die Beschwerdeführerin 2 und der Beschwerdeführer 3 unterliegen vollständig. Die Beschwerdeführerin 1 unterliegt, soweit sich ihre Beschwerde gegen den Kanton Zürich richtet, obsiegt jedoch mit ihrem Antrag gegen den Kanton Nidwalden. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu je einem Drittel der Beschwerdeführerin 2 und dem Beschwerdeführer 3 sowie zu je einem Sechstel der Beschwerdeführerin 1 und dem Kanton Nidwalden aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
BGG). Die Beschwerdeführerinnen und der Beschwerdeführer haften solidarisch (Art. 66 Abs. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
BGG). Den Kantonen Schwyz und Zürich als obsiegenden Parteien steht nach Art. 68 Abs. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
BGG keine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Auf die Beschwerden der Beschwerdeführerin 2 und des Beschwerdeführers 3 wird nicht eingetreten.

2.
Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 gegen den Kanton Zürich wird abgewiesen.

3.
Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 gegen den Kanton Nidwalden wird gutgeheissen. Die Veranlagungen des Steueramts des Kantons Nidwalden vom 30. September 2014 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern 2012 und vom 31. März 2016 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern 2013 werden aufgehoben. Der Kanton Nidwalden wird angewiesen, die bereits bezogenen Steuern zurückzuerstatten.

4.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden zu Fr. 1'000.-- der Beschwerdeführerin 1, zu je Fr. 2'000.-- der Beschwerdeführerin 2 und dem Beschwerdeführer 3, jeweils unter solidarischer Haftung, und zu Fr. 1'000.-- dem Kanton Nidwalden auferlegt.

5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 25. August 2021

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Seiler

Der Gerichtsschreiber: Brunner