Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2D 151/2008
{T 0/2}

Arrêt du 25 mai 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière: Mme Rochat.

Parties
X.________, recourant,

contre

Institut de hautes études internationales et du développement, rue de Lausanne 132, 1202 Genève.

Objet
Elimination du programme de doctorat,

recours constitutionnel subsidiaire contre la décision de la Commission de recours de l'Université de Genève du 11 novembre 2008.

Faits:

A.
X.________, né en 1970, a obtenu un diplôme d'études approfondies auprès de l'Institut universitaire d'études de développement (ci-après: l'IUED), le 7 octobre 2003. Il est inscrit en programme doctoral depuis octobre 2004. Après avoir obtenu plusieurs prolongations de délai pour présenter son mémoire préliminaire de thèse, il a soutenu ce dernier, le 29 mars 2007, devant le jury qui en a constaté à l'unanimité l'insuffisance, mais l'a néanmoins autorisé à présenter une nouvelle version. Un délai à fin juin 2007 a été convenu avec lui, sa directrice de thèse, A.________, et le codirecteur de thèse, B.________, sollicité pour renforcer le soutien méthodologique, pour présenter cette nouvelle version.

Sans nouvelle de l'intéressé, A.________ l'a contacté par courrier électronique du 12 juillet 2007, mais X.________ n'a pas répondu. Le 27 septembre 2007, B.________ lui a rappelé les délais prévus par le règlement d'études et l'a informé de son intention d'entamer une procédure d'exclusion du programme doctoral. A la demande de l'étudiant, un ultime délai au 21 octobre 2007 lui alors été accordé pour rendre son mémoire préliminaire.

Constatant que ce délai n'avait pas été respecté, le Directeur de l'IUED a prononcé l'élimination de X.________ du programme doctoral, par décision du 3 décembre 2007. Ce prononcé a été confirmé sur opposition, le 24 avril 2008, par le Directeur de l'Institut des hautes études internationales et du développement (ci-après: l'IHEID - qui a englobé l'IUED au 1er janvier 2008 - ), qui se fondait sur le rapport d'instruction de la Commission des oppositions et des recours de l'Université de Genève du 3 avril 2008.

B.
X.________ a fait opposition à cette décision auprès de la Commission de recours de l'Université de Genève (ci-après: la Commission de recours), en soutenant essentiellement que seul l'échec à son second mémoire pourrait justifier son élimination, dès lors qu'aucun délai réglementaire ne lui était applicable. Ses observations du 14 août 2008 sur les déterminations de l'IHEID ont été acceptées à titre de réplique.

Par décision du 11 novembre 2008, la Commission de recours a rejeté le recours, au motif que l'élimination du recourant pour dépassement du délai d'études - qui arrivait à échéance au plus tard en novembre 2005 et avait été prolongé jusqu'au 21 octobre 2007 - ne souffrait d'aucune critique. Il n'y avait pas lieu non plus de tenir compte de circonstances exceptionnelles, non réalisées en l'espèce.

C.
X.________ forme un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral et conclut à la modification ou à l'annulation de la décision de la Commission de recours du 11 novembre 2008, et partant, de celle du Directeur de l'IHEID du 3 décembre 2007, afin qu'il puisse présenter sa deuxième version du mémoire préliminaire de thèse.

La Commission de recours, dont les compétences ont été transférées au Tribunal administratif du canton de Genève, persiste dans les considérants et le dispositif de sa décision. L'IHEID conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.

D.
Par ordonnance présidentielle du 17 mars 2009, la demande d'effet suspensif contenue dans le recours a été admise.

Considérant en droit:

1.
Le recourant a déposé un recours constitutionnel subsidiaire, en se fiant aux indications de la Commission de recours, et déclare limiter son recours à la question du dépassement du délai pour déposer son mémoire préliminaire de thèse, qui a motivé son élimination du programme doctoral de l'IHEID. Il y a lieu toutefois d'examiner d'office et librement si la voie du recours en matière de droit public est ouverte (ATF 135 III 1 consid. 1 p. 3).

1.1 En vertu de l'art. 83 let. t
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF, le recours en matière de droit public n'est pas ouvert à l'encontre des décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession. Une décision d'élimination d'une faculté ou d'un programme d'études peut tomber sous le coup de l'art. 83 let. t
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF si elle est directement en lien avec une évaluation des capacités de l'étudiant évincé. A contrario, une exmatriculation ou une élimination qui n'est pas liée à un résultat d'examen ou à une autre évaluation des capacités n'est pas couverte par la clause d'irrecevabilité de l'art. 83 let. t
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF (cf. arrêt 2D 142/2008 du 23 avril 2009, consid. 1.2 et les arrêts cités). Il en va ainsi, par exemple, de la question de savoir si un étudiant peut se faire exclure d'une faculté pour n'avoir pas déposé un mémoire dans les délais réglementaires (arrêt 2C 549/2008 du 7 novembre 2008). En l'espèce, l'élimination du recourant est fondée sur le non-respect des délais accordés. Il s'ensuit que la voie du recours en matière de droit public est ouverte, ce qui exclut la recevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 113 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours constitutionnels contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance qui ne peuvent faire l'objet d'aucun recours selon les art. 72 à 89.
LTF a contrario).
L'indication erronée de la voie de droit ne nuit toutefois pas au recourant, car le litige relève du droit cantonal. Dans le cadre d'un recours en matière de droit public, l'application de ce droit ne peut être revue que sous l'angle de la violation des droits constitutionnels (cf. art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF; cf. infra consid. 1.4). Partant, le recourant qui a agi par la voie du recours constitutionnel subsidiaire ne s'est pas vu privé de la possibilité d'invoquer des griefs qui auraient été possibles, s'il avait su qu'il pouvait agir par le biais du recours en matière de droit public.

1.2 La décision prononçant l'élimination du recourant du programme doctoral de l'IHEID est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF). Dans la mesure où elle a été rendue avant le 1er janvier 2009, soit dans le délai transitoire de deux ans à compter de l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral (art. 130 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 130 Dispositions cantonales d'exécution - 1 Les cantons édictent d'ici à l'entrée en vigueur d'un code de procédure pénale suisse les dispositions d'exécution relatives à la compétence, à l'organisation et à la procédure des autorités précédentes en matière pénale au sens des art. 80, al. 2, et 111, al. 3, y compris les dispositions nécessaires pour garantir l'accès au juge prévu à l'art. 29a de la Constitution. Si un code de procédure pénale suisse n'est pas encore entré en vigueur six ans après l'entrée en vigueur de la présente loi, le Conseil fédéral fixe, après avoir consulté les cantons, le délai dans lequel ceux-ci doivent édicter les dispositions d'exécution.
1    Les cantons édictent d'ici à l'entrée en vigueur d'un code de procédure pénale suisse les dispositions d'exécution relatives à la compétence, à l'organisation et à la procédure des autorités précédentes en matière pénale au sens des art. 80, al. 2, et 111, al. 3, y compris les dispositions nécessaires pour garantir l'accès au juge prévu à l'art. 29a de la Constitution. Si un code de procédure pénale suisse n'est pas encore entré en vigueur six ans après l'entrée en vigueur de la présente loi, le Conseil fédéral fixe, après avoir consulté les cantons, le délai dans lequel ceux-ci doivent édicter les dispositions d'exécution.
2    Les cantons édictent d'ici à l'entrée en vigueur d'un code de procédure civile suisse les dispositions d'exécution relatives à la compétence, à l'organisation et à la procédure des autorités précédentes en matière civile au sens des art. 75, al. 2, et 111, al. 3, y compris les dispositions nécessaires pour garantir l'accès au juge prévu à l'art. 29a de la Constitution. Si un code de procédure civile suisse n'est pas encore entré en vigueur six ans après l'entrée en vigueur de la présente loi, le Conseil fédéral fixe, après avoir consulté les cantons, le délai dans lequel ceux-ci doivent édicter les dispositions d'exécution.
3    Les cantons édictent, dans les deux ans à compter de l'entrée en vigueur de la présente loi, les dispositions d'exécution relatives à la compétence, à l'organisation et à la procédure des autorités précédentes au sens des art. 86, al. 2 et 3, et 88, al. 2, y compris celles qui sont nécessaires pour garantir l'accès au juge prévu à l'art. 29a de la Constitution.
4    Jusqu'à l'adoption de leur législation d'exécution, les cantons peuvent édicter, à titre provisoire, des dispositions d'exécution sous la forme d'actes législatifs non sujets au référendum si cela est nécessaire pour respecter les délais prévus aux al. 1 à 3.
LTF), la question de savoir si la Commission de recours constitue un tribunal supérieur au sens de l'art. 86 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF, entrant dans la catégorie des autorités cantonales de dernière instance visées par l'art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF, peut demeurer indécise (arrêt 2D 130/2008 du 13 février 2009 consid. 1.3). Du reste, en 2009, les compétences de cette Commission ont été transférées au Tribunal administratif du canton de Genève (voir art. 36 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 36 Demande de récusation - 1 La partie qui sollicite la récusation d'un juge ou d'un greffier doit présenter une demande écrite au Tribunal fédéral dès qu'elle a connaissance du motif de récusation. Elle doit rendre vraisemblables les faits qui motivent sa demande.
1    La partie qui sollicite la récusation d'un juge ou d'un greffier doit présenter une demande écrite au Tribunal fédéral dès qu'elle a connaissance du motif de récusation. Elle doit rendre vraisemblables les faits qui motivent sa demande.
2    Le juge ou le greffier visé prend position sur le motif de récusation invoqué.
du règlement relatif à la procédure d'opposition au sein de l'Université de Genève du 16 mars 2009).

1.3 Déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF), par le destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation (art. 89 al. 1 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF), l'acte de recours est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public.

1.4 Sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
et d LTF) non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral ne contrôle pas l'application du droit cantonal en tant que tel, mais examine uniquement si celle-ci viole le droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF, qui comprend les droits constitutionnels des citoyens. Lorsque, comme dans le présent recours, il est question de la violation de droits fondamentaux, ainsi que de l'application arbitraire du droit cantonal, le Tribunal fédéral se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; ATF 133 II 249 consid. 1.4.2 p. 254; 133 III 393 consid. 6 p. 397).

2.
Le recourant prétend tout d'abord que son élimination du programme doctoral de l'IHEID ne reposerait sur aucune disposition réglementaire, de sorte que la Commission de recours serait tombée dans l'arbitraire et aurait abusé de son pouvoir d'appréciation en confirmant la décision d'élimination du Directeur de l'IHEID.

2.1 Aux termes de l'art. 63D al. 3 de la loi genevoise sur l'université du 26 mai 1973 (LU; RSGE C 1 30), les conditions d'immatriculation, d'exmatriculation, d'inscription et d'élimination des étudiants et auditeurs sont fixées par le règlement de l'université. Intitulé "Elimination", l'art. 22 du règlement de l'université du 7 septembre 1988 (RU; RSGE C 1 30.06) dispose que l'étudiant éliminé d'une subdivision, d'une faculté ou d'une école ne peut plus s'inscrire aux enseignements de cette subdivision, de cette faculté ou de cette école (al. 1). L'alinéa 2 de cette disposition précise les deux cas d'élimination d'un étudiant, à savoir:
"a) l'étudiant qui échoue à un examen ou à une session d'examens auxquels il ne peut plus se présenter en vertu du règlement d'études;
b) l'étudiant qui ne subit pas les examens et ne termine pas ses études dans les délais fixés par le règlement d'études."

Selon l'art. 22 al. 3 RU, "la décision d'élimination est prise par le doyen de la faculté ou par le président d'école, lesquels tiennent compte des situations exceptionnelles".

2.2 L'IHEID, dans lequel est inscrit le recourant, est un institut en relation avec l'Université de Genève au sens de l'art. 7 RU (cf. art. 10 RU). Les dispositions concernant les études de doctorat ont été récemment modifiées pour l'IHEID. Son règlement d'études de doctorat (RE), entré en vigueur le 15 septembre 2008, a notamment abrogé le règlement d'étude et les clauses d'application du doctorat en études du développement du 1er décembre 2006 (ci-après: REdév.). Il prévoit toutefois, à l'art. 15 ch. 6 de ses dispositions transitoires, que les étudiants inscrits au doctorat en études du développement avant le 15 septembre 2008 sont soumis au nouveau règlement, à l'exception de l'art. 7 al. 1 et 2 et de l'art. 10 al. 1 et 2. Par ailleurs, les art. 7 al. 1 et 9 al. 1 et 2 anciens leur restent applicables. Il s'ensuit que, pour la question du délai présentement litigieuse, le recourant est bien soumis à l'ancien droit, soit aux art. 9 et 10 REdév. Selon l'art. 9 al. 1 REdév., "le candidat doit avoir présenté avec succès son mémoire préliminaire de thèse au plus tard deux semestres à dater de son immatriculation", le Directeur de l'Institut pouvant accorder une prolongation du délai dans les cas exceptionnels (art. 9 al. 3). Quant à
l'art. 10 al. 1 REdév., il énumère les deux cas dans lesquels l'élimination du candidat est prononcée, soit le non-respect des délais prévus à l'art. 9
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
et la non-acceptation du mémoire préliminaire à la deuxième tentative (lettre b).

Contrairement au nouvel art. 10 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
RE, qui permet de prolonger le délai pour présenter le mémoire préliminaire de thèse après un premier échec du troisième au quatrième semestre au plus tard, l'art. 9 al. 1 REdév. ne prévoyait pas cette possibilité en cas d'échec. Cette absence de prolongation n'a cependant pas nui au recourant dans la mesure où, comme l'a constaté la Commission de recours, le délai impératif au 21 octobre 2007 qui lui avait été fixé dépassait largement le délai de l'art. 9 al. 1 REdév., même si l'on tient compte de la date d'immatriculation la plus favorable au recourant, soit octobre 2004.

En effet, avant et après l'échec de sa première tentative de présentation de son mémoire complémentaire, le 29 mars 2007, le recourant a bénéficié de plusieurs prolongations de délai, la dernière impérativement fixée au 21 octobre 2007. Il se trouvait donc déjà en dehors du délai de deux semestres dès l'immatriculation prévu par l'art. 9 al. 1 REdév. Ces prolongations n'ont donc pu lui être accordées que sur la base de l'art. 9 al. 3 REdév., selon lequel le Directeur de l'IUED peut accorder une prolongation dans les cas exceptionnels. Cela ne signifie pas encore que la Commission de recours devait faire abstraction de la réglementation usuelle en matière de délai de présentation du mémoire préliminaire, pour apprécier le bien-fondé de l'élimination du recourant. On ne saurait en effet suivre ce dernier lorsqu'il se plaint d'arbitraire et d'abus du pouvoir d'appréciation de la Commission de recours, parce qu'elle a estimé que son élimination se justifiait, au motif qu'il avait dépassé le délai réglementaire d'études. Le fait qu'il a obtenu à plusieurs reprises et à titre exceptionnel de pouvoir différer la remise de son mémoire préliminaire de thèse, tant pour la première tentative que pour la seconde, ne pouvait en effet avoir
pour résultat de le soustraire à toute application de l'art. 10 al. 1 let. a REdév. prévoyant l'élimination définitive du candidat pour non-respect des délais prévus à l'art. 9 REdév. En outre, lors de l'ultime prolongation au 21 octobre 2007, il avait été dûment averti que, sans nouvelle de sa part à cette date, une procédure d'élimination serait entamée. Toute autre interprétation reviendrait à privilégier sans raison un candidat obtenant une prolongation de délai pour cas exceptionnels, en le dispensant de respecter le délai ainsi prolongé.

2.3 Dans ces conditions, la Commission de recours pouvait retenir sans arbitraire que le recourant se trouvait bien, au mois de décembre 2007, en situation de dépassement du délai d'études, ce qui entraînait son élimination, conformément aux art. 10 al. 1 let. a REdév. et 22 al. 2 let. b RU.

2.4 Pour le reste le recourant ne prétend pas que la Commission de recours aurait retenu arbitrairement qu'au mois de décembre 2007, il ne pouvait plus bénéficier de circonstances exceptionnelles, au sens des art. 9 al. 3 REdév. ou 22 al. 3 RU.

3.
Le recourant se plaint aussi de violations de l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
et 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., parce que la Commission de recours, à la fois juge et partie, ne l'aurait pas traité équitablement et aurait violé son droit d'être entendu en laissant de côté les éléments pertinents.

3.1 Le droit d'être entendu est l'un des aspects de la notion générale de procès équitable. Il comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 126 I 7 consid. 2b p. 10), de s'exprimer sur des éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277), ainsi que le droit de prendre connaissance de toute prise de position soumise au tribunal et de se déterminer à ce propos (ATF 133 I 100 consid. 4.6 p. 104).

Il faut tout d'abord souligner qu'en l'espèce, la Commission de recours a respecté le droit d'être entendu du recourant en lui transmettant les déterminations du Directeur de l'IHEID et en acceptant ensuite ses observations comme réplique (sur ce point, voir arrêt 2D 130/2008 du 13 février 2009, consid. 3). Au surplus, le recourant ne dit pas sur quels points la Commission de recours l'aurait empêché de s'exprimer ou aurait omis de tenir compte d'éléments pertinents. Pour autant qu'elle soit recevable au regard des exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF et de la jurisprudence (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143), toute son argumentation revient en fait à contester l'application des art. 9 al. 1 et 10 al. 1 let. a REdév. à son cas, dont on vient de voir qu'elle échappait au grief d'arbitraire. Le recours ne peut dès lors qu'être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il porte sur une violation de l'art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
et 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.

4.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, avec suite de frais à la charge du recourant (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF).

Le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Institut de hautes études internationales et du développement et à la Commission de recours de l'Université de Genève.

Lausanne, le 25 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Müller Rochat