Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-1444/2018

Arrêt du 25 mars 2021

Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),

Composition Raphaël Gani, Daniel Riedo, juges,

John Romand, greffier.

Steuerverwaltung des Kantons Zug,
Parties
recourante,

contre

1. A._______,

représentée par

Maître Antoine Berthoud,

Bruderlein Berthoud & Martin-Du Pan,

2. Administration fiscale du canton de Genève,

intimées,

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre,

autorité inférieure.

Objet For fiscal ; cantons de Genève et Zoug ; IFD 2005 à 2012.

Faits :

A.

A.a A._______ (ci-après : société contribuable), société anonyme de droit suisse, a été inscrite au registre du commerce (ci-après : RC ; IDE : [...]) du canton de Zoug du (...) au (...), ce avec les but et siège suivants : "(...)" ; (...).

Depuis lors, à savoir dès le (...), la société contribuable est inscrite au RC de la République et canton de Genève avec comme but et siège : "(...)" ; "(...)" puis, dès le (...) : "(...), c/o B._______ [ci-après : société fiduciaire 3 ; IDE : {...}], (...)".

A.b C._______ (ci-après : société fiduciaire 1 ; IDE : [...]) et D._______ (ci-après : société fiduciaire 2 ; IDE : [...]), toutes deux situées à la même adresse dans le canton (...), se sont succédées en tant qu'organe de révision de la société contribuable : la première, du (...) au (...) ; la seconde, dès cette dernière date jusqu'au (...). Selon déclaration du (...), la société contribuable a renoncé à un contrôle restreint.

B.

B.a Dans ses formules déposées pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable a fait valoir, tant auprès de l'administration fiscale zougoise (ci-après : recourante) que celle genevoise (ci-après : intimée 2), un for fiscal, principal, dans le canton de Zoug et, spécial, dans le canton de Genève.

B.b Par huit décisions des 4 septembre 2007, 17 juillet 2009, 28 juillet 2010, 31 mai 2012 et 28 novembre 2013, le canton de Zoug a effectué la taxation de l'impôt sur le bénéfice de la société contribuable, au titre de l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD), pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

C.
Le 17 novembre 2014, la société contribuable a, par l'intermédiaire de la société fiduciaire 3, déposé auprès de l'intimée 2 une dénonciation spontanée, formulée ainsi :

[la société contribuable] est une société anonyme domiciliée dans le canton de [Zoug]. Cette société est taxée à Zoug pour le bénéfice provenant de ces revenus mobiliers et à Genève pour celui provenant de ses revenus immobiliers.

[La société contribuable] ne possède à Zoug aucun locaux ni personnel chargé de l'administration de la société. L'administration effective a lieu [dans le canton de Genève], au domicile de l'administrateur et actionnaire.

Compte tenu de ce qui précède, les résultats des exercices 2004 à 2013 auraient dû être taxés en totalité dans le canton de Genève.

D.

D.a Le 9 mars 2015, la recourante a communiqué un avis de taxation en matière d'IFD pour la période fiscale 2013 à la société contribuable, contre lequel cette dernière a, le 30 mars 2015, élevé une réclamation. Celle-ci a été rejetée le 13 mai 2015.

D.b Par pli du 19 mai 2015 adressé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après : autorité inférieure ou AFC), la société contribuable a demandé la désignation de son for fiscal et l'annulation du bordereau IFD 2013.

Dans le cadre de la procédure qui s'en est suivie, la recourante s'est prononcé, le 25 août 2015, sur la compétence de procéder à la taxation de l'IFD pour la période fiscale 2013, qu'elle a considéré attribuée au canton de Genève. L'intimée 2 a, par courrier du 16 septembre 2015, pris position en faveur d'un assujettissement illimité de la société contribuable dans le canton de Genève depuis l'origine.

D.c Par une nouvelle décision sur réclamation du 10 mars 2016, la recourante a admis la réclamation de la société contribuable du 30 mars 2015, annulé le bordereau litigieux et arrêté le montant de l'IFD pour la période fiscale 2013 à zéro franc.

D.d Considérant que la procédure de détermination du for fiscal alors pendante devant elle n'avait plus d'objet, l'autorité inférieure a, le 26 avril 2016, décidé de rayer la cause du rôle.

E.

E.a Le 23 octobre 2015, l'intimée 2 a informé la société contribuable de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années 2005 à 2013, se fondant notamment sur les art. 151 ss
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
2    Il ricupero di imposta non può essere operato, nemmeno nel caso di valutazione insufficiente, se il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e ha giustificato in modo adeguato il capitale proprio, e se l'autorità fiscale ha accettato la valutazione.245
et 175
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.265
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.266
ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11).

E.b Le canton de Genève a, par neuf bordereaux du 6 décembre 2016 adressés à la société contribuable, procédé à un rappel d'impôt concernant l'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2013 et, par décisions semble-t-il du même jour, renoncé à la poursuite pénale.

F.
Après un échange de correspondances entre les administrations fiscales concernées et la société contribuable, cette dernière a, par pli du 27 décembre 2016, demandé à l'AFC une décision en détermination de son for fiscal en matière d'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

G.
Des échanges d'écritures ont suivi, portant essentiellement sur les droits alors contestés du canton de Genève de procéder à un rappel d'impôt et de la société contribuable de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD.

H.
L'instruction terminée, l'autorité inférieure a, le 6 février 2018, rendu une décision avec le dispositif suivant :

- [l]e for fiscal de [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012 est attribué, en matière d'impôt fédéral direct, au canton de Genève.

- [L'intimée 2] est ainsi compétente pour assujettir de manière illimitée [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

- En conséquence, les actes liés à l'assujettissement illimité [de la société contribuable] en matière d'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2005 à 2012 effectués par le canton de Zoug doivent être annulés.

I.

Dans son mémoire de recours du 8 mars 2019, déposé (en langue allemande) auprès du Tribunal administratif fédéral, la recourante requiert, sous suite de frais et dépens, que le for fiscal de la société contribuable en matière d'IFD 2005 à 2012 soit attribué conjointement à l'intimée 2 et à elle-même, contrairement à ce que prévoient les chiffres 1 et 2 du dispositif de la décision entreprise, et que soit constatée la déchéance du droit de recours en matière de double imposition, notamment sous l'angle de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, de la société contribuable, de sorte que cette dernière doive supporter une double imposition effective. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'acte attaqué et le renvoi de la cause à l'AFC pour nouvel examen. Pour cette conclusion subsidiaire, elle invoque le caractère vague du chiffre 3 du dispositif de la décision précitée.

A l'appui de ses conclusions, la recourante fait en substance grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir retenu contre la société contribuable la déchéance du droit de se plaindre d'une double imposition, voire l'abus de droit, et partant la perte de la saisine prévue à l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD.

J.
Par réponse du 26 avril 2018, la société contribuable conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la recourante soit déboutée de ses conclusions et, subsidiairement, à l'annulation des bordereaux de rappels d'IFD 2005 à 2012 émis par l'intimée 2.

K.
Par déterminations du 27 avril 2018, l'intimée 2 se prononce contre une double imposition de la société contribuable et conclut à la confirmation de la décision attaquée.

L.
Par déterminations du 25 mai 2018, l'AFC confirme que le chiffre 3 du dispositif de sa décision litigieuse doit être compris comme impliquant l'annulation des décisions de taxation en matière d'IFD rendues par la recourante pour les années 2005 à 2012. Elle indique au surplus s'en remettre à la justice pour ce qui est des autres griefs de la recourante.

M.
Par réplique du 11 juin 2018, la recourante maintient sa position.

Les autres faits et arguments seront repris ci-après dans la mesure utile à la résolution du litige.

Droit :

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues par l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32], le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
LTAF. En l'occurrence, l'AFC est une autorité au sens de cette disposition et la présente affaire porte sur un recours contre une décision, en cas de for incertain ou litigieux (art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD), ne remplissant pas une des exceptions de l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
LTAF. Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent.

1.2 Le recours a au surplus été formé en temps utile (art. 50 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 50 - 1 Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
1    Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
2    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
PA), avec le contenu et la forme prescrits à l'art. 52 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA. La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et qui est touchée dans ses intérêts financiers, à tout le moins pour la part de l'IFD qui lui reviendrait et dans le cadre de la péréquation intercantonale, doit se voir octroyer la qualité pour recourir (art. 48 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 48 - 1 Ha diritto di ricorrere chi:
1    Ha diritto di ricorrere chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione impugnata; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modificazione della stessa.
2    Ha inoltre diritto di ricorrere ogni persona, organizzazione o autorità cui un'altra legge federale riconosce tale diritto.
PA ; dans le même sens, cf. arrêt du TAF A-162/2013 du 29 octobre 2013 consid. 1.2). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours.

1.3 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 37 Principio - La procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale è retta dalla PA56, in quanto la presente legge non disponga altrimenti.
LTAF ; voir aussi, art. 108 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
2ème phrase LIFD).

2.

2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 49 - Il ricorrente può far valere:
a  la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento;
b  l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti;
c  l'inadeguatezza; questa censura non è ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso.
PA).

2.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorità di ricorso può modificare la decisione impugnata a vantaggio di una parte.
1    L'autorità di ricorso può modificare la decisione impugnata a vantaggio di una parte.
2    Essa può modificare a pregiudizio di una parte la decisione impugnata quando questa violi il diritto federale o poggi su un accertamento inesatto o incompleto dei fatti; per inadeguatezza, la decisione impugnata non può essere modificata a pregiudizio di una parte, a meno che la modificazione giovi ad una controparte.
3    L'autorità di ricorso che intenda modificare la decisione impugnata a pregiudizio di una parte deve informarla della sua intenzione e darle la possibilità di esprimersi.
4    L'autorità di ricorso non è vincolata in nessun caso dai motivi del ricorso.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. L'autorité saisie s'en tient toutefois en général aux griefs soulevés et n'examine les autres points de droit que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATAF 2014/24 consid. 2.2, 2009/57 consid. 1.2).

2.3 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal de céans définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement. Le principe inquisitoire doit être toutefois tempéré par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits, en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur recours (cf. art. 52 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA ; ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c ; entre autres, arrêt du TAF A-2491/2018 du 18 mars 2019 consid. 1.4.1 [confirmé par arrêt du TF 2C_384/2019 du 18 novembre 2019]).

3.

Le litige porte sur le for fiscal de la société contribuable, fixé dans le canton de Genève par l'AFC, pour l'IFD 2005 à 2012. Seront traitées ci-après, les questions d'une péremption du droit de procéder au rappel de l'impôt (consid. 4), de l'attribution du for fiscal (consid. 5) et d'une déchéance du droit de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD (consid. 6).

4.

4.1 L'exception de la péremption du droit d'imposer, qui ne peut être élevée que par un canton, à l'exclusion du contribuable lui-même (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 132 I 29 consid. 3.1), doit être traitée en premier lieu puisque si elle s'avère fondée, le recours doit d'emblée être admis (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1).

4.2 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, dans un rapport de double imposition intercantonale, un canton est déchu de son droit d'imposer un contribuable lorsque, connaissant ou pouvant connaître les faits déterminants pour l'imposition, il tarde néanmoins outre mesure à faire valoir sa prétention fiscale et que, si cette dernière était admise, un autre canton pourrait être tenu de restituer un impôt perçu dans les formes voulues, de bonne foi et dans l'ignorance de la prétention fiscale concurrente (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 137 I 273 consid. 3.3.4 ; 132 I 29 consid. 3.2 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2).

L'exception de péremption du droit d'imposer soulevée par un canton vis-à-vis d'un autre canton n'entre pas en ligne de compte, dans le système de taxation postnumerando annuel, lorsque cet autre canton a été actif dans le délai de deux ans après la fin de la période fiscale ("n+2" ; cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2). Il est sans importance que la procédure de taxation n'ait pas été terminée dans l'année suivant la période fiscale, du moment que cette procédure suivait son cours et que l'autre canton en cause connaissait les prétentions du canton désirant également imposer le contribuable. Les actes interruptifs de la prescription (au sens de l'art. 120
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD notamment) valent également comme actes de sauvegarde de la péremption du droit d'imposer. Ainsi, la nécessité de rendre une décision de taxation définitive susceptible d'être attaquée a été exclue (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.4 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2 et les réf. cit.). Il a en outre été jugé qu'il y avait lieu de se montrer plus strict en matière de procédure de rappel d'impôt (au sens de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
2    Il ricupero di imposta non può essere operato, nemmeno nel caso di valutazione insufficiente, se il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e ha giustificato in modo adeguato il capitale proprio, e se l'autorità fiscale ha accettato la valutazione.245
LIFD notamment) et que le canton devait faire valoir sa prétention dès qu'il avait connaissance des faits déterminants pour l'imposition (cf. arrêt du TF 2C_604/2013, 2C_605/2013 du 10 février 2014 consid. 4.2).

4.3 La recourante a, par-devant le Tribunal administratif fédéral, renoncé (mémoire de recours [ci-après : recours], ch. 4.4, p. 7) à maintenir l'exception, soulevée préalablement par elle vis-à-vis du canton de Genève, de péremption du droit d'imposer, de sorte que ce point n'est plus contesté et ne fait plus partie de l'objet du litige.

5.

5.1 La taxation et la perception de l'IFD sont effectuées par les cantons, sous la surveillance de la Confédération (art. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 2 Riscossione dell'imposta - La tassazione e la riscossione dell'imposta federale diretta spettano ai Cantoni sotto la vigilanza della Confederazione.
LIFD). Les autorités cantonales perçoivent l'impôt auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement (art. 105 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 105 Appartenenza personale - 1 Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone fisiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno domicilio fiscale in Svizzera o, in mancanza del medesimo, hanno dimora fiscale nel Cantone. Sono fatti salvi gli articoli 3 capoverso 5 e 107.
1    Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone fisiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno domicilio fiscale in Svizzera o, in mancanza del medesimo, hanno dimora fiscale nel Cantone. Sono fatti salvi gli articoli 3 capoverso 5 e 107.
2    I figli soggetti all'autorità parentale sono assoggettati all'imposta sul reddito da attività lucrativa (art. 9 cpv. 2) nel Cantone nel quale, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, sono assoggettati per tale reddito sulla base del diritto federale relativo al divieto della doppia imposizione intercantonale.
3    Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone giuridiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno la sede o l'amministrazione effettiva nel Cantone.
4    I beneficiari di prestazioni in capitale di cui all'articolo 38 sono tassati per queste prestazioni nel Cantone in cui hanno domicilio fiscale al momento della loro scadenza.
LIFD). Conformément à l'art. 108 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, le for fiscal d'un contribuable est, lorsqu'il ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux et si plusieurs cantons sont en cause, fixé par l'AFC.

5.2 Selon le principe de l'unicité du lieu de l'imposition, dont le but est d'éviter un morcellement de la taxation, le contribuable n'est imposé sur l'ensemble de ses éléments qu'au lieu de son domicile (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.4, 142 II 182 consid. 2.2.6, 137 I 273 consid. 3.3.1 publié in RDAF 2013 II p. 71 s.).

5.3 Dans une ancienne jurisprudence, le Tribunal fédéral avait jugé que, en matière d'IFD, le for de taxation des personnes morales se détermine dans les rapports internes à la Suisse en principe en fonction du siège, même si la société est administrée d'un autre lieu ; que c'est seulement lorsque le siège statutaire ne constitue qu'une simple "boîte aux lettres" que le lieu de la direction effective est reconnu comme domicile fiscal (arrêt du TF 2A.196/2001 du 13 mai 2002, in Archives 72 p. 304 s. et RDAF 2002 II p. 452 s.). Cela a été précisé, plus récemment, en ce sens qu'il a été jugé que, bien que dans les relations intercantonales le domicile fiscal principal se trouve au lieu de l'administration effective, celui-ci, dans le cadre de l'art. 105 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 105 Appartenenza personale - 1 Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone fisiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno domicilio fiscale in Svizzera o, in mancanza del medesimo, hanno dimora fiscale nel Cantone. Sono fatti salvi gli articoli 3 capoverso 5 e 107.
1    Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone fisiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno domicilio fiscale in Svizzera o, in mancanza del medesimo, hanno dimora fiscale nel Cantone. Sono fatti salvi gli articoli 3 capoverso 5 e 107.
2    I figli soggetti all'autorità parentale sono assoggettati all'imposta sul reddito da attività lucrativa (art. 9 cpv. 2) nel Cantone nel quale, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, sono assoggettati per tale reddito sulla base del diritto federale relativo al divieto della doppia imposizione intercantonale.
3    Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone giuridiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno la sede o l'amministrazione effettiva nel Cantone.
4    I beneficiari di prestazioni in capitale di cui all'articolo 38 sono tassati per queste prestazioni nel Cantone in cui hanno domicilio fiscale al momento della loro scadenza.
LIFD, ne prévaut pas automatiquement sur le lieu du siège (pour un exemple où le lieu de l'administration effective a été déterminant, dans un cas d'application de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, cf. arrêts précités du TF 2C_384/2019 et du TAF A-2491/2018). Il a en outre été rappelé que les cantons concernés doivent plutôt s'entendre sur le lieu d'imposition pour l'IFD (cf. art. 111
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 111 Assistenza tra autorità fiscali - 1 Le autorità incaricate dell'esecuzione della presente legge si assistono vicendevolmente nell'adempimento del loro compito; comunicano gratuitamente le informazioni necessarie alle autorità fiscali della Confederazione, dei Cantoni, dei distretti, dei circoli e dei Comuni e permettono loro, a domanda, di consultare gli atti ufficiali. I fatti annunciati o accertati in applicazione della presente prescrizione soggiacciono all'obbligo del segreto secondo l'articolo 110.
1    Le autorità incaricate dell'esecuzione della presente legge si assistono vicendevolmente nell'adempimento del loro compito; comunicano gratuitamente le informazioni necessarie alle autorità fiscali della Confederazione, dei Cantoni, dei distretti, dei circoli e dei Comuni e permettono loro, a domanda, di consultare gli atti ufficiali. I fatti annunciati o accertati in applicazione della presente prescrizione soggiacciono all'obbligo del segreto secondo l'articolo 110.
2    Se, per la tassazione, la quota cantonale dev'essere ripartita fra più Cantoni, l'autorità fiscale competente ne informa le amministrazioni cantonali dell'imposta federale diretta interessate.
LIFD) et, le cas échéant, en appeler à l'AFC (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.1 à 2.3.7).

5.4 En l'espèce, il n'est pas contesté que pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable ne disposait dans le canton de Zoug d'aucune infrastructure propre et exerçait son administration effective dans le canton de Genève. La recourante ne conteste pas la fixation du for principal de la société contribuable dans le canton de Genève pour les périodes précitées. Dans son recours, elle indique en tant que conclusion principale : "Der Veranlagungsort der direkten Bundessteuer 2005 - 2012 sei entgegen den Dispositivziffern 1 und 2 der Vorinstanz sowohl der Beschwerdeführerin [soit le canton de Zoug] wie auch der Beschwerdegegnerin 2 [soit le canton de Genève] zuzuweisen. Ergänzend sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin 1 [soit la société contribuable] ihr Recht zur Erhebung von Doppelbesteuerungsbeschwerden, namentlich zur Anrufung von Art. 108 DBG, verwirkt und damit eine aktuelle Doppelbesteuerung hinzunehmen habe". On comprend à la lecture de la suite du recours (en particulier ch. 3.2, p. 5) qu'elle en appelle à la déchéance du droit de la société contribuable d'invoquer la double imposition intercantonale, de même que celle de solliciter une décision de fixation de for, avec pour résultat qu'une double imposition effective subsisterait et qu'ainsi l'IFD serait payé à double.

La recourante ne conteste toutefois pas directement l'attribution du for principal au canton de Genève, au lieu de l'administration effective de la société contribuable, de telle sorte que ce point ne fait pas partie de l'objet du litige.

6.

6.1 Il reste ainsi à déterminer si, comme le soutient la recourante, la société contribuable doit être déchue de son droit d'invoquer la double imposition intercantonale et par conséquent de remettre en cause les décisions de taxation zougoises entrées en force.

Pour mémoire, au ch. 3 de la décision entreprise tel qu'explicité par détermination du 25 mai 2018, l'autorité inférieure a fixé que les décisions de taxation en matière d'IFD, rendues par la recourante, pour les périodes fiscales 2005 à 2012, devaient être annulées, en raison de l'attribution du for principal au canton de Genève. Cette conclusion du dispositif est conforme à la jurisprudence du Tribunal fédéral qui admet que l'AFC, dans le cadre de la procédure de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, puisse annuler des opérations de taxations effectuées à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc], in RDAF 2002 II p. 227 s. et Archives 70 p. 529 s. ; Andrea Pedroli, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, art. 108 n° 9 ; voir aussi, infra consid. 7).

La recourante semble tirer de la déchéance du droit invoquée par elle, une déchéance corollaire du droit de solliciter la fixation du for au sens de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD (recours, ch. 14, p. 11). La décision attaquée (au considérant 4) traite d'ailleurs l'argumentaire de la recourante sous un tel angle (cf. à cet égard aussi l'arrêt du TF 2C_396/2011 du 26 avril 2012 consid. 3.2.2 ayant trait cependant à la procédure cantonale préjudicielle de fixation du for et pas à la procédure fédérale de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD). Il n'est pas nécessaire en l'espèce de déterminer si la déchéance du droit à invoquer le droit constitutionnel d'interdiction de la double imposition intercantonale doit conduire à une déchéance du droit de demander la fixation du for au sens de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, compte tenu de l'issue du litige. Comme on le verra, il n'y a en l'occurrence pas de motif de considérer que la société contribuable ait abusé de son droit (voir ci-après consid. 6.2 ss). Il n'est par conséquent pas déterminant de savoir si c'est le droit de demander une décision préjudicielle ou celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition qui devrait être touché.

6.2 Le principe de l'interdiction de la double imposition au sens de l'art. 127 al. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
de Constitution fédérale du 18 avril 1999 de la Confédération suisse (Cst., RS 101) s'oppose notamment à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet et pendant la même période à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle ; cf. ATF 134 I 303 consid. 2.1, 133 I 308 consid. 2.1 ; 132 I 29 consid. 2.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 4 ; en matière d'impôts cantonaux et communaux). Cela exposé, l'art. 127 al. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
Cst. ne concerne en principe que les doubles impositions résultant de la concurrence de deux (ou plusieurs) souverainetés cantonales et ne devrait par conséquent pas trouver application en matière d'IFD (dans ce sens, Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2e éd. 2013, n° 33).

6.3

6.3.1 La déchéance du droit d'invoquer la double imposition intercantonale est une particularité propre au recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. Elle existait déjà sous l'égide de l'ancienne loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (OJ ; RS 3 521). Une partie de la doctrine estime qu'elle n'est plus conforme aux principes de procédure valables dans un Etat de droit et qu'elle n'a plus de raison de subsister sous le nouveau droit de procédure (Michael Beusch, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 42 n° 9 s. ; voir arrêt du TF 2C_655/2016 du 17 juillet 2017 consid. 2.3.3). Une autre partie est d'avis qu'elle continue à exister sous la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral ([LTF, RS 173.110 ;] Daniel de Vries Reilingh, op. cit., n° 1382 ; voir toutefois, Daniel de Vries Reilingh, Brennpunkte im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, in Aktuelle Fragen des schweizerischen Steuerrechts, Festgabe für Prof. em. Dr. Urs R. Behnisch, 2020, p. 40 s., 41).

6.3.2 Selon l'ancienne jurisprudence du Tribunal fédéral, le contribuable perdait le droit de contester la taxation d'un canton, en particulier, lorsque, bien qu'ayant connaissance de la prétention fiscale concurrente d'un autre canton (in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines andern Kantons), il reconnaissait sans réserve son assujettissement, par exemple en acceptant expressément ou tacitement la taxation, i.e. en remettant la déclaration d'impôt, en renonçant à former réclamation ou un recours ultérieur et en payant le montant de l'impôt taxé (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité c. 2.3.2 avec renvois aux ATF 137 I 273 c. 3.3.3 et 123 I 264 c. 2d).

6.3.3 Dans sa jurisprudence plus récente en matière d'impôts cantonaux et communaux (arrêt du TF 2C_522/2019 du 20 août 2020, prévu à la publication), le Tribunal fédéral a postulé qu'une déchéance du droit à contester une double imposition ne peut être admise qu'avec retenue, ceci conformément à la reconnaissance du caractère de droit constitutionnel de l'interdiction de la double imposition. Un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation est propre à entraîner à lui seul la péremption du droit d'invoquer la double imposition par voie de recours (à cet égard, cf. arrêts du TF 2C_592/2018 du 1er octobre 2019, 2C_655/2016 précité). Tel n'est pas le cas en revanche d'une demande de ruling qui ne peut être qualifiée de transparente et complète à tous égards mais qui ne contient pas non plus de véritables contrevérités. Ce serait aussi aller trop loin que de toujours conclure à un comportement contraire à la bonne foi si une personne assujettie doit s'attendre à une prétention fiscale contradictoire d'un autre canton, et qu'elle ne le signale pas au premier canton (cf. arrêt du TF 2C_522/2019 précité consid. 4.2 s., in StR 75/2020 p. 918 s.).

6.3.4 Jusqu'à présent, le Tribunal fédéral n'a pas eu à trancher la question de savoir si cette jurisprudence au sujet de la déchéance du droit de recourir était applicable également à l'IFD, en particulier dans le cadre d'une procédure en désignation du for fiscal au sens de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD. Il est cependant permis de douter que cela soit effectivement le cas. En effet, faire application d'une telle règle de déchéance entrainerait de fait une double imposition difficilement justifiée voire injustifiée (cf. l'arrêt récent du TF 2C_974/2019 du 17 décembre 2020 consid. 15, suivant lequel il n'y a pas de motif que la Confédération perçoive un montant d'impôt supérieur à l'impôt légalement dû), en tant qu'elle contreviendrait au système de l'IFD, en particulier aux règles régissant la compétence territoriale pour effectuer la taxation et la perception de l'IFD (cf. section 2 LIFD, art. 105 s
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 105 Appartenenza personale - 1 Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone fisiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno domicilio fiscale in Svizzera o, in mancanza del medesimo, hanno dimora fiscale nel Cantone. Sono fatti salvi gli articoli 3 capoverso 5 e 107.
1    Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone fisiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno domicilio fiscale in Svizzera o, in mancanza del medesimo, hanno dimora fiscale nel Cantone. Sono fatti salvi gli articoli 3 capoverso 5 e 107.
2    I figli soggetti all'autorità parentale sono assoggettati all'imposta sul reddito da attività lucrativa (art. 9 cpv. 2) nel Cantone nel quale, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, sono assoggettati per tale reddito sulla base del diritto federale relativo al divieto della doppia imposizione intercantonale.
3    Le autorità cantonali riscuotono l'imposta federale diretta presso le persone giuridiche che, alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale, hanno la sede o l'amministrazione effettiva nel Cantone.
4    I beneficiari di prestazioni in capitale di cui all'articolo 38 sono tassati per queste prestazioni nel Cantone in cui hanno domicilio fiscale al momento della loro scadenza.
.), et se distancerait de la finalité de l'impôt, attendu que la part de la Confédération à celui-ci (cf. art. 196 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 196 Quota della Confederazione - 1 I Cantoni versano alla Confederazione il 78,8 per cento delle imposte incassate, delle multe inflitte e incassate per sottrazione d'imposta o violazione di obblighi procedurali, come anche degli interessi riscossi.300
1    I Cantoni versano alla Confederazione il 78,8 per cento delle imposte incassate, delle multe inflitte e incassate per sottrazione d'imposta o violazione di obblighi procedurali, come anche degli interessi riscossi.300
1bis    Accordano ai Comuni una compensazione adeguata per gli effetti dell'abrogazione degli articoli 28 capoversi 2-5301 e 29 capoverso 2 lettera b302 della legge federale del 14 dicembre 1990303 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni.304
2    Versano la quota federale delle somme riscosse nel corso di un mese entro la fine del mese successivo.
3    Compilano un conteggio annua delle imposte federale dirette riscosse alla fonte.
LIFD) est en principe assurée qu'elle soit versée par l'un ou l'autre des cantons en cause et que celle cantonale doit être répartie entre ces derniers selon les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition (cf. art. 197 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 197 Ripartizione tra i Cantoni - 1 Cantoni ripartiscono fra loro, secondo i principi del diritto federale relativi al divieto della doppia imposizione, le imposte, le multe inflitte per sottrazione d'imposta o violazione di obblighi procedurali e gli interessi dovuti dai contribuente che hanno elementi imponibili in più Cantoni. ...305
1    Cantoni ripartiscono fra loro, secondo i principi del diritto federale relativi al divieto della doppia imposizione, le imposte, le multe inflitte per sottrazione d'imposta o violazione di obblighi procedurali e gli interessi dovuti dai contribuente che hanno elementi imponibili in più Cantoni. ...305
2    Se i Cantoni non possono accordarsi, decide il Tribunale federale come istanza unica.306
LIFD). Cette question souffre cependant de demeurer ouverte dans le cas d'espèce puisqu'il apparaît que, même si la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 6.3.3) devait trouver à s'appliquer sous l'angle de l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, les conditions pour admettre une péremption du droit de recourir de la société contribuable n'en seraient pas remplies pour autant en ce qui la concerne.

6.3.5 Il y a lieu de rappeler d'abord que, pendant les périodes considérées, la société contribuable disposait principalement d'un patrimoine immobilier sis dans le canton de Genève, auquel s'ajoutait des liquidités et un portefeuille de titres. Considérant initialement qu'elle avait un for fiscal, spécial, dans le canton de Genève et, principal, dans le canton de Zoug, la société contribuable a déclaré aux autorités fiscales des deux cantons les éléments précités pour les périodes fiscales 2005 à 2013, répartissant les éléments imposables entre les deux cantons.

Il est vrai que la société contribuable a remis des formules de déclaration d'impôt qui se sont, après coup, avérées (en partie) erronées, en tout cas clairement au moment du dépôt de la dénonciation spontanée. Certes aussi, il était renvoyé dans ces formules aux sociétés fiduciaires 1 ([...] à [...]) et 3 ([...] à [...]) pour toute question fiscale. Il n'apparaît pas cependant que la société contribuable ait manqué à son obligation de collaboration, que des informations auraient été délibérément omises (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité consid. 2.4.2) ou transmises de manière volontairement erronée (cf. arrêt du TF 2C_592/2018 précité consid. 6.4 et 6.6) dans la procédure de taxation dans le canton de Zoug, ni du reste dans celle du canton de Genève. A cet égard, la société contribuable a, sans doute depuis sa constitution, déposé auprès de la recourante et de l'intimée 2 des pièces qui comprenaient des indications du même type, sans que leur contrôle n'ait révélé d'erreur manifeste et, ou, amené à une demande de renseignements.

Il ne peut ainsi être reproché à la société contribuable un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation de l'IFD. Dans ce sens, la recourante elle-même n'a pas considéré que la société contribuable était déchue de son droit de former une réclamation contre la taxation de l'IFD 2013 effectuée par le canton de Zoug. Or les éléments fournis pour celle-ci par la société contribuable étaient analogues à ceux transmis par elle pour les périodes fiscales précédentes. Ils n'ont au demeurant pas fait obstacle à une admission de la réclamation et partant à l'annulation de l'imposition contestée.

On rappellera ici que les éléments de fait, tels qu'ils figurent dans la dénonciation spontanée, s'ils ne sont pas constitutifs en soi d'un comportement contraire à la bonne foi, ont en revanche été pris en compte dans le cadre de la fixation du for fiscal pour l'IFD. Or une telle manière de procéder apparaît proportionnée au but visé par les règles de la dénonciation spontanée.

6.3.6 Sur le vu de ce qui précède, le motif d'une déchéance du droit de la société contribuable de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, de même que celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition intercantonale, doit en l'occurrence être rejeté.

Il n'est, compte tenu de cette solution, pas nécessaire d'examiner l'argument de la société contribuable selon lequel si une déchéance de son droit était admise, cela contreviendrait à l'absence de punissabilité de sa dénonciation spontanée.

7.

7.1 La recourante demande, comme conclusion subsidiaire, que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure en raison de l'incertitude provoquée par la formulation du ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. La recourante estime que le texte de ce chiffre serait vague, de telle sorte qu'on ne pourrait pas déterminer si les décisions de taxation qu'elle a rendues en matière d'IFD sont nulles, si elles ont été annulées, ou si elles devront l'être par un acte ultérieur.

7.2

7.2.1 Aux termes de l'art. 108 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 108 Decisione in caso di dubbio - 1 Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
1    Se il luogo della tassazione è controverso o incerto, esso viene fissato dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ove entrino in linea di conto più autorità di tassazione dello stesso Cantone e dall'AFC ove entrino in linea di conto più Cantoni. La decisione dell'AFC è impugnabile con ricorso secondo le disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale.210
2    L'accertamento del luogo della tassazione può essere richiesto dall'autorità di tassazione, dall'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta e dai contribuenti.
3    L'autorità che ha trattato un caso esulante dalla sua competenza territoriale trasmette l'incarto all'autorità competente.
LIFD, l'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente. Cette disposition n'a de sens que si les actes de taxation déjà effectués ne déploient aucun effet de leur côté. De surcroît, la décision en constatation de l'AFC fixant le for fiscal et l'injonction donnée à l'un des cantons impliqués de procéder désormais à l'imposition en conséquence entraîne nécessairement l'annulation de fait des actes effectués à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc] in RDAF 2002 II p. 227, 232).

Cela étant, en règle générale, les actes administratifs ne sont pas nuls, mais seulement annulables, et à défaut de contestation ils produisent des effets juridiques. La nullité, respectivement l'absence totale d'effets d'une décision rendue, n'est admise que lorsque le vice dont la décision est entachée est particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable et si, en outre, la constatation de la nullité ne met pas sérieusement en danger la sécurité du droit (voir parmi d'autres ATF 137 I 273 consid. 3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 73). A titre d'exemple, si un canton assujettit à l'IFD un contribuable en raison d'un rattachement économique, nonobstant un rattachement personnel dans un autre canton, il y a atteinte au principe de droit fédéral de la territorialité ; cette atteinte peut le cas échéant entraîner la nullité de la décision de taxation litigieuse (ATF 137 I 273 consid. 3.3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 75). La sécurité du droit implique par ailleurs de ne pas appliquer dans tous les cas de fixation du for fiscal la nullité de la taxation effectuée à tort en raison d'une incompétence à raison du lieu (dans ce sens, cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] bb] ; voir cependant l'arrêt du TF 2C_806/2019 du 8 juin 2020).

7.2.2 Dans le cas d'espèce, la compétence de la recourante de taxer l'IFD 2005 à 2012 n'était pas contestée et son incompétence à raison du lieu n'était pas évidente, avant la dénonciation spontanée. On ne peut dès lors qualifier sa faute de particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable. Dans ces conditions, les décisions de taxation de l'IFD 2005 à 2012 rendues dans le canton de Zoug ne sont pas nulles mais doivent être annulées, en ce sens qu'il est donné instruction à la recourante de les annuler formellement. C'est ainsi à juste titre que l'autorité inférieure a décidé que sa décision de fixation de for devait emporter l'annulation des décisions rendues antérieurement à tort par la recourante, comme elle en avait par ailleurs la compétence (cf. ci-avant consid. 6.1). Ce point du dispositif de la décision attaquée ayant ainsi été précisé, un renvoi à l'autorité inférieure ne s'impose pas.

8.

8.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 7.2.2 et à le rejeter pour le surplus. Vu l'issue de la cause - en application des art. 63 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
et 2
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA et 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure, fixés à 7 500 francs, sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs, étant précisé que le litige porte sur des intérêts pécuniaires du canton de Zoug (cf. entre autres, l'arrêt du TAF A-5044/2011 du 29 mars 2012 consid. 5.1) et que la réduction partielle des frais supportés par la recourante se justifie par la précision apportée (cf. ci-avant consid. 7.2.2) au ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. Le montant de 5 000 francs sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs sera restitué à la recourante une fois le présent arrêt entré en force.

8.2 Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (cf. art. 64 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
PA et art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
FITAF, a contrario) ni à l'intimée 2 (cf. art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
et 4
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
FITAF). La société contribuable doit, en revanche, recevoir des dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (cf. art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
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SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
s. FITAF). A défaut d'un éventuel décompte remis par la partie concernée, l'indemnité est fixée sur la base du dossier (art. 14 al. 2
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 14 Determinazione delle spese ripetibili - 1 Le parti che chiedono la rifusione di ripetibili e gli avvocati d'ufficio devono presentare al Tribunale, prima della pronuncia della decisione, una nota particolareggiata delle spese.
1    Le parti che chiedono la rifusione di ripetibili e gli avvocati d'ufficio devono presentare al Tribunale, prima della pronuncia della decisione, una nota particolareggiata delle spese.
2    Il Tribunale fissa l'indennità dovuta alla parte e quella dovuta agli avvocati d'ufficio sulla base della nota particolareggiata delle spese. Se quest'ultima non è stata inoltrata, il Tribunale fissa l'indennità sulla base degli atti di causa.
FITAF). En l'occurrence, au vu de la nature de la cause et de son degré de complexité, ainsi que de l'écriture brève de réponse du mandataire de la société contribuable, l'indemnité de dépens allouée à la précitée est arrêtée à 1 000 francs, à charge de la recourante.

(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 7.2.2 et rejeté pour le surplus.

2.
Les frais de procédure de 7 500 francs sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs lui sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.

3.
Une indemnité de 1 000 francs est allouée à la société contribuable à titre de dépens, à charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- aux intimées (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

La présidente du collège : Le greffier :

Annie Rochat Pauchard John Romand

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 48 Osservanza - 1 Gli atti scritti devono essere consegnati al Tribunale federale oppure, all'indirizzo di questo, alla posta svizzera o a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine.
1    Gli atti scritti devono essere consegnati al Tribunale federale oppure, all'indirizzo di questo, alla posta svizzera o a una rappresentanza diplomatica o consolare svizzera al più tardi l'ultimo giorno del termine.
2    In caso di trasmissione per via elettronica, per il rispetto di un termine è determinante il momento in cui è rilasciata la ricevuta attestante che la parte ha eseguito tutte le operazioni necessarie per la trasmissione.19
3    Il termine è reputato osservato anche se l'atto scritto perviene in tempo utile all'autorità inferiore o a un'autorità federale o cantonale incompetente. In tal caso, l'atto deve essere trasmesso senza indugio al Tribunale federale.
4    Il termine per il versamento di anticipi o la prestazione di garanzie è osservato se, prima della sua scadenza, l'importo dovuto è versato alla posta svizzera, o addebitato a un conto postale o bancario in Svizzera, in favore del Tribunale federale.
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF).

Expédition :