Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I

A-1444/2018

Arrêt du 25 mars 2021

Annie Rochat Pauchard (présidente du collège),

Composition Raphaël Gani, Daniel Riedo, juges,

John Romand, greffier.

Steuerverwaltung des Kantons Zug,
Parties
recourante,

contre

1. A._______,

représentée par

Maître Antoine Berthoud,

Bruderlein Berthoud & Martin-Du Pan,

2. Administration fiscale du canton de Genève,

intimées,

Administration fédérale des contributions AFC,

Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre,

autorité inférieure.

Objet For fiscal ; cantons de Genève et Zoug ; IFD 2005 à 2012.

Faits :

A.

A.a A._______ (ci-après : société contribuable), société anonyme de droit suisse, a été inscrite au registre du commerce (ci-après : RC ; IDE : [...]) du canton de Zoug du (...) au (...), ce avec les but et siège suivants : "(...)" ; (...).

Depuis lors, à savoir dès le (...), la société contribuable est inscrite au RC de la République et canton de Genève avec comme but et siège : "(...)" ; "(...)" puis, dès le (...) : "(...), c/o B._______ [ci-après : société fiduciaire 3 ; IDE : {...}], (...)".

A.b C._______ (ci-après : société fiduciaire 1 ; IDE : [...]) et D._______ (ci-après : société fiduciaire 2 ; IDE : [...]), toutes deux situées à la même adresse dans le canton (...), se sont succédées en tant qu'organe de révision de la société contribuable : la première, du (...) au (...) ; la seconde, dès cette dernière date jusqu'au (...). Selon déclaration du (...), la société contribuable a renoncé à un contrôle restreint.

B.

B.a Dans ses formules déposées pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable a fait valoir, tant auprès de l'administration fiscale zougoise (ci-après : recourante) que celle genevoise (ci-après : intimée 2), un for fiscal, principal, dans le canton de Zoug et, spécial, dans le canton de Genève.

B.b Par huit décisions des 4 septembre 2007, 17 juillet 2009, 28 juillet 2010, 31 mai 2012 et 28 novembre 2013, le canton de Zoug a effectué la taxation de l'impôt sur le bénéfice de la société contribuable, au titre de l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD), pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

C.
Le 17 novembre 2014, la société contribuable a, par l'intermédiaire de la société fiduciaire 3, déposé auprès de l'intimée 2 une dénonciation spontanée, formulée ainsi :

[la société contribuable] est une société anonyme domiciliée dans le canton de [Zoug]. Cette société est taxée à Zoug pour le bénéfice provenant de ces revenus mobiliers et à Genève pour celui provenant de ses revenus immobiliers.

[La société contribuable] ne possède à Zoug aucun locaux ni personnel chargé de l'administration de la société. L'administration effective a lieu [dans le canton de Genève], au domicile de l'administrateur et actionnaire.

Compte tenu de ce qui précède, les résultats des exercices 2004 à 2013 auraient dû être taxés en totalité dans le canton de Genève.

D.

D.a Le 9 mars 2015, la recourante a communiqué un avis de taxation en matière d'IFD pour la période fiscale 2013 à la société contribuable, contre lequel cette dernière a, le 30 mars 2015, élevé une réclamation. Celle-ci a été rejetée le 13 mai 2015.

D.b Par pli du 19 mai 2015 adressé à l'Administration fédérale des contributions (ci-après : autorité inférieure ou AFC), la société contribuable a demandé la désignation de son for fiscal et l'annulation du bordereau IFD 2013.

Dans le cadre de la procédure qui s'en est suivie, la recourante s'est prononcé, le 25 août 2015, sur la compétence de procéder à la taxation de l'IFD pour la période fiscale 2013, qu'elle a considéré attribuée au canton de Genève. L'intimée 2 a, par courrier du 16 septembre 2015, pris position en faveur d'un assujettissement illimité de la société contribuable dans le canton de Genève depuis l'origine.

D.c Par une nouvelle décision sur réclamation du 10 mars 2016, la recourante a admis la réclamation de la société contribuable du 30 mars 2015, annulé le bordereau litigieux et arrêté le montant de l'IFD pour la période fiscale 2013 à zéro franc.

D.d Considérant que la procédure de détermination du for fiscal alors pendante devant elle n'avait plus d'objet, l'autorité inférieure a, le 26 avril 2016, décidé de rayer la cause du rôle.

E.

E.a Le 23 octobre 2015, l'intimée 2 a informé la société contribuable de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années 2005 à 2013, se fondant notamment sur les art. 151 ss
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
et 175
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
2    En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
3    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
4    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266
ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11).

E.b Le canton de Genève a, par neuf bordereaux du 6 décembre 2016 adressés à la société contribuable, procédé à un rappel d'impôt concernant l'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2013 et, par décisions semble-t-il du même jour, renoncé à la poursuite pénale.

F.
Après un échange de correspondances entre les administrations fiscales concernées et la société contribuable, cette dernière a, par pli du 27 décembre 2016, demandé à l'AFC une décision en détermination de son for fiscal en matière d'IFD pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

G.
Des échanges d'écritures ont suivi, portant essentiellement sur les droits alors contestés du canton de Genève de procéder à un rappel d'impôt et de la société contribuable de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD.

H.
L'instruction terminée, l'autorité inférieure a, le 6 février 2018, rendu une décision avec le dispositif suivant :

- [l]e for fiscal de [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012 est attribué, en matière d'impôt fédéral direct, au canton de Genève.

- [L'intimée 2] est ainsi compétente pour assujettir de manière illimitée [la société contribuable] pour les périodes fiscales 2005 à 2012.

- En conséquence, les actes liés à l'assujettissement illimité [de la société contribuable] en matière d'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 2005 à 2012 effectués par le canton de Zoug doivent être annulés.

I.

Dans son mémoire de recours du 8 mars 2019, déposé (en langue allemande) auprès du Tribunal administratif fédéral, la recourante requiert, sous suite de frais et dépens, que le for fiscal de la société contribuable en matière d'IFD 2005 à 2012 soit attribué conjointement à l'intimée 2 et à elle-même, contrairement à ce que prévoient les chiffres 1 et 2 du dispositif de la décision entreprise, et que soit constatée la déchéance du droit de recours en matière de double imposition, notamment sous l'angle de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, de la société contribuable, de sorte que cette dernière doive supporter une double imposition effective. Subsidiairement, elle demande l'annulation de l'acte attaqué et le renvoi de la cause à l'AFC pour nouvel examen. Pour cette conclusion subsidiaire, elle invoque le caractère vague du chiffre 3 du dispositif de la décision précitée.

A l'appui de ses conclusions, la recourante fait en substance grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir retenu contre la société contribuable la déchéance du droit de se plaindre d'une double imposition, voire l'abus de droit, et partant la perte de la saisine prévue à l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD.

J.
Par réponse du 26 avril 2018, la société contribuable conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la recourante soit déboutée de ses conclusions et, subsidiairement, à l'annulation des bordereaux de rappels d'IFD 2005 à 2012 émis par l'intimée 2.

K.
Par déterminations du 27 avril 2018, l'intimée 2 se prononce contre une double imposition de la société contribuable et conclut à la confirmation de la décision attaquée.

L.
Par déterminations du 25 mai 2018, l'AFC confirme que le chiffre 3 du dispositif de sa décision litigieuse doit être compris comme impliquant l'annulation des décisions de taxation en matière d'IFD rendues par la recourante pour les années 2005 à 2012. Elle indique au surplus s'en remettre à la justice pour ce qui est des autres griefs de la recourante.

M.
Par réplique du 11 juin 2018, la recourante maintient sa position.

Les autres faits et arguments seront repris ci-après dans la mesure utile à la résolution du litige.

Droit :

1.

1.1 Sous réserve des exceptions prévues par l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32], le Tribunal de céans connaît, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. En l'occurrence, l'AFC est une autorité au sens de cette disposition et la présente affaire porte sur un recours contre une décision, en cas de for incertain ou litigieux (art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD), ne remplissant pas une des exceptions de l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
LTAF. Le Tribunal administratif fédéral est donc compétent.

1.2 Le recours a au surplus été formé en temps utile (art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA), avec le contenu et la forme prescrits à l'art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA. La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et qui est touchée dans ses intérêts financiers, à tout le moins pour la part de l'IFD qui lui reviendrait et dans le cadre de la péréquation intercantonale, doit se voir octroyer la qualité pour recourir (art. 48 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
1    A qualité pour recourir quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est spécialement atteint par la décision attaquée, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.
PA ; dans le même sens, cf. arrêt du TAF A-162/2013 du 29 octobre 2013 consid. 1.2). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours.

1.3 La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF ; voir aussi, art. 108 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
2ème phrase LIFD).

2.

2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA).

2.2 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués à l'appui du recours (art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. L'autorité saisie s'en tient toutefois en général aux griefs soulevés et n'examine les autres points de droit que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATAF 2014/24 consid. 2.2, 2009/57 consid. 1.2).

2.3 La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal de céans définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement. Le principe inquisitoire doit être toutefois tempéré par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits, en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur recours (cf. art. 52 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA ; ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c ; entre autres, arrêt du TAF A-2491/2018 du 18 mars 2019 consid. 1.4.1 [confirmé par arrêt du TF 2C_384/2019 du 18 novembre 2019]).

3.

Le litige porte sur le for fiscal de la société contribuable, fixé dans le canton de Genève par l'AFC, pour l'IFD 2005 à 2012. Seront traitées ci-après, les questions d'une péremption du droit de procéder au rappel de l'impôt (consid. 4), de l'attribution du for fiscal (consid. 5) et d'une déchéance du droit de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD (consid. 6).

4.

4.1 L'exception de la péremption du droit d'imposer, qui ne peut être élevée que par un canton, à l'exclusion du contribuable lui-même (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 132 I 29 consid. 3.1), doit être traitée en premier lieu puisque si elle s'avère fondée, le recours doit d'emblée être admis (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 du 8 décembre 2016 consid. 5.1).

4.2 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, dans un rapport de double imposition intercantonale, un canton est déchu de son droit d'imposer un contribuable lorsque, connaissant ou pouvant connaître les faits déterminants pour l'imposition, il tarde néanmoins outre mesure à faire valoir sa prétention fiscale et que, si cette dernière était admise, un autre canton pourrait être tenu de restituer un impôt perçu dans les formes voulues, de bonne foi et dans l'ignorance de la prétention fiscale concurrente (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2 ; 137 I 273 consid. 3.3.4 ; 132 I 29 consid. 3.2 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2).

L'exception de péremption du droit d'imposer soulevée par un canton vis-à-vis d'un autre canton n'entre pas en ligne de compte, dans le système de taxation postnumerando annuel, lorsque cet autre canton a été actif dans le délai de deux ans après la fin de la période fiscale ("n+2" ; cf. ATF 139 I 64 consid. 3.2). Il est sans importance que la procédure de taxation n'ait pas été terminée dans l'année suivant la période fiscale, du moment que cette procédure suivait son cours et que l'autre canton en cause connaissait les prétentions du canton désirant également imposer le contribuable. Les actes interruptifs de la prescription (au sens de l'art. 120
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
1    Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
2    La prescription ne court pas ou est suspendue:
a  pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
b  aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
c  aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
3    Un nouveau délai de prescription commence à courir:
a  lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
b  lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
c  lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
d  lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
4    La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
LIFD notamment) valent également comme actes de sauvegarde de la péremption du droit d'imposer. Ainsi, la nécessité de rendre une décision de taxation définitive susceptible d'être attaquée a été exclue (cf. ATF 139 I 64 consid. 3.4 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 5.2 et les réf. cit.). Il a en outre été jugé qu'il y avait lieu de se montrer plus strict en matière de procédure de rappel d'impôt (au sens de l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD notamment) et que le canton devait faire valoir sa prétention dès qu'il avait connaissance des faits déterminants pour l'imposition (cf. arrêt du TF 2C_604/2013, 2C_605/2013 du 10 février 2014 consid. 4.2).

4.3 La recourante a, par-devant le Tribunal administratif fédéral, renoncé (mémoire de recours [ci-après : recours], ch. 4.4, p. 7) à maintenir l'exception, soulevée préalablement par elle vis-à-vis du canton de Genève, de péremption du droit d'imposer, de sorte que ce point n'est plus contesté et ne fait plus partie de l'objet du litige.

5.

5.1 La taxation et la perception de l'IFD sont effectuées par les cantons, sous la surveillance de la Confédération (art. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 2 Perception de l'impôt - La taxation et la perception de l'impôt fédéral direct sont effectuées par les cantons, sous la surveillance de la Confédération.
LIFD). Les autorités cantonales perçoivent l'impôt auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement (art. 105 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 105 Rattachement personnel - 1 Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton ou, à défaut d'un domicile en Suisse, séjournent dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
1    Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton ou, à défaut d'un domicile en Suisse, séjournent dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
2    Les enfants sous autorité parentale doivent l'impôt sur le produit de leur activité lucrative (art. 9, al. 2) dans le canton qui est en droit d'imposer ce revenu à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, d'après les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition intercantonale.
3    Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement.
4    Les bénéficiaires de prestations en capital au sens de l'art. 38 sont imposés pour ces prestations dans le canton où ils sont domiciliés au regard du droit fiscal au moment de l'échéance de ces prestations.
LIFD). Conformément à l'art. 108 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, le for fiscal d'un contribuable est, lorsqu'il ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux et si plusieurs cantons sont en cause, fixé par l'AFC.

5.2 Selon le principe de l'unicité du lieu de l'imposition, dont le but est d'éviter un morcellement de la taxation, le contribuable n'est imposé sur l'ensemble de ses éléments qu'au lieu de son domicile (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.4, 142 II 182 consid. 2.2.6, 137 I 273 consid. 3.3.1 publié in RDAF 2013 II p. 71 s.).

5.3 Dans une ancienne jurisprudence, le Tribunal fédéral avait jugé que, en matière d'IFD, le for de taxation des personnes morales se détermine dans les rapports internes à la Suisse en principe en fonction du siège, même si la société est administrée d'un autre lieu ; que c'est seulement lorsque le siège statutaire ne constitue qu'une simple "boîte aux lettres" que le lieu de la direction effective est reconnu comme domicile fiscal (arrêt du TF 2A.196/2001 du 13 mai 2002, in Archives 72 p. 304 s. et RDAF 2002 II p. 452 s.). Cela a été précisé, plus récemment, en ce sens qu'il a été jugé que, bien que dans les relations intercantonales le domicile fiscal principal se trouve au lieu de l'administration effective, celui-ci, dans le cadre de l'art. 105 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 105 Rattachement personnel - 1 Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton ou, à défaut d'un domicile en Suisse, séjournent dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
1    Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton ou, à défaut d'un domicile en Suisse, séjournent dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
2    Les enfants sous autorité parentale doivent l'impôt sur le produit de leur activité lucrative (art. 9, al. 2) dans le canton qui est en droit d'imposer ce revenu à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, d'après les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition intercantonale.
3    Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement.
4    Les bénéficiaires de prestations en capital au sens de l'art. 38 sont imposés pour ces prestations dans le canton où ils sont domiciliés au regard du droit fiscal au moment de l'échéance de ces prestations.
LIFD, ne prévaut pas automatiquement sur le lieu du siège (pour un exemple où le lieu de l'administration effective a été déterminant, dans un cas d'application de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, cf. arrêts précités du TF 2C_384/2019 et du TAF A-2491/2018). Il a en outre été rappelé que les cantons concernés doivent plutôt s'entendre sur le lieu d'imposition pour l'IFD (cf. art. 111
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 111 Collaboration entre autorités fiscales - 1 Les autorités chargées de l'application de la présente loi se prêtent mutuelle assistance dans l'accomplissement de leur tâche; elles communiquent gratuitement aux autorités fiscales de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes toute information utile et, à leur demande, leur permettent de consulter les dossiers fiscaux. Les faits établis par les autorités ou portés à leur connaissance en application de la présente disposition sont protégés par le secret fiscal, conformément à l'art. 110.
1    Les autorités chargées de l'application de la présente loi se prêtent mutuelle assistance dans l'accomplissement de leur tâche; elles communiquent gratuitement aux autorités fiscales de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes toute information utile et, à leur demande, leur permettent de consulter les dossiers fiscaux. Les faits établis par les autorités ou portés à leur connaissance en application de la présente disposition sont protégés par le secret fiscal, conformément à l'art. 110.
2    Si, pour une taxation, la part cantonale doit être répartie entre plusieurs cantons, l'autorité fiscale compétente en informe les administrations cantonales intéressées.
LIFD) et, le cas échéant, en appeler à l'AFC (cf. ATF 146 II 111 consid. 2.3.1 à 2.3.7).

5.4 En l'espèce, il n'est pas contesté que pour les périodes fiscales 2005 à 2012, la société contribuable ne disposait dans le canton de Zoug d'aucune infrastructure propre et exerçait son administration effective dans le canton de Genève. La recourante ne conteste pas la fixation du for principal de la société contribuable dans le canton de Genève pour les périodes précitées. Dans son recours, elle indique en tant que conclusion principale : "Der Veranlagungsort der direkten Bundessteuer 2005 - 2012 sei entgegen den Dispositivziffern 1 und 2 der Vorinstanz sowohl der Beschwerdeführerin [soit le canton de Zoug] wie auch der Beschwerdegegnerin 2 [soit le canton de Genève] zuzuweisen. Ergänzend sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin 1 [soit la société contribuable] ihr Recht zur Erhebung von Doppelbesteuerungsbeschwerden, namentlich zur Anrufung von Art. 108 DBG, verwirkt und damit eine aktuelle Doppelbesteuerung hinzunehmen habe". On comprend à la lecture de la suite du recours (en particulier ch. 3.2, p. 5) qu'elle en appelle à la déchéance du droit de la société contribuable d'invoquer la double imposition intercantonale, de même que celle de solliciter une décision de fixation de for, avec pour résultat qu'une double imposition effective subsisterait et qu'ainsi l'IFD serait payé à double.

La recourante ne conteste toutefois pas directement l'attribution du for principal au canton de Genève, au lieu de l'administration effective de la société contribuable, de telle sorte que ce point ne fait pas partie de l'objet du litige.

6.

6.1 Il reste ainsi à déterminer si, comme le soutient la recourante, la société contribuable doit être déchue de son droit d'invoquer la double imposition intercantonale et par conséquent de remettre en cause les décisions de taxation zougoises entrées en force.

Pour mémoire, au ch. 3 de la décision entreprise tel qu'explicité par détermination du 25 mai 2018, l'autorité inférieure a fixé que les décisions de taxation en matière d'IFD, rendues par la recourante, pour les périodes fiscales 2005 à 2012, devaient être annulées, en raison de l'attribution du for principal au canton de Genève. Cette conclusion du dispositif est conforme à la jurisprudence du Tribunal fédéral qui admet que l'AFC, dans le cadre de la procédure de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, puisse annuler des opérations de taxations effectuées à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc], in RDAF 2002 II p. 227 s. et Archives 70 p. 529 s. ; Andrea Pedroli, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, art. 108 n° 9 ; voir aussi, infra consid. 7).

La recourante semble tirer de la déchéance du droit invoquée par elle, une déchéance corollaire du droit de solliciter la fixation du for au sens de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD (recours, ch. 14, p. 11). La décision attaquée (au considérant 4) traite d'ailleurs l'argumentaire de la recourante sous un tel angle (cf. à cet égard aussi l'arrêt du TF 2C_396/2011 du 26 avril 2012 consid. 3.2.2 ayant trait cependant à la procédure cantonale préjudicielle de fixation du for et pas à la procédure fédérale de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD). Il n'est pas nécessaire en l'espèce de déterminer si la déchéance du droit à invoquer le droit constitutionnel d'interdiction de la double imposition intercantonale doit conduire à une déchéance du droit de demander la fixation du for au sens de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, compte tenu de l'issue du litige. Comme on le verra, il n'y a en l'occurrence pas de motif de considérer que la société contribuable ait abusé de son droit (voir ci-après consid. 6.2 ss). Il n'est par conséquent pas déterminant de savoir si c'est le droit de demander une décision préjudicielle ou celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition qui devrait être touché.

6.2 Le principe de l'interdiction de la double imposition au sens de l'art. 127 al. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
de Constitution fédérale du 18 avril 1999 de la Confédération suisse (Cst., RS 101) s'oppose notamment à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet et pendant la même période à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle ; cf. ATF 134 I 303 consid. 2.1, 133 I 308 consid. 2.1 ; 132 I 29 consid. 2.1 ; arrêt du TF 2C_505/2015 précité consid. 4 ; en matière d'impôts cantonaux et communaux). Cela exposé, l'art. 127 al. 3
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 127 Principes régissant l'imposition - 1 Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
1    Les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, sont définis par la loi.
2    Dans la mesure où la nature de l'impôt le permet, les principes de l'universalité, de l'égalité de traitement et de la capacité économique doivent, en particulier, être respectés.
3    La double imposition par les cantons est interdite. La Confédération prend les mesures nécessaires.
Cst. ne concerne en principe que les doubles impositions résultant de la concurrence de deux (ou plusieurs) souverainetés cantonales et ne devrait par conséquent pas trouver application en matière d'IFD (dans ce sens, Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2e éd. 2013, n° 33).

6.3

6.3.1 La déchéance du droit d'invoquer la double imposition intercantonale est une particularité propre au recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral. Elle existait déjà sous l'égide de l'ancienne loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (OJ ; RS 3 521). Une partie de la doctrine estime qu'elle n'est plus conforme aux principes de procédure valables dans un Etat de droit et qu'elle n'a plus de raison de subsister sous le nouveau droit de procédure (Michael Beusch, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011, § 42 n° 9 s. ; voir arrêt du TF 2C_655/2016 du 17 juillet 2017 consid. 2.3.3). Une autre partie est d'avis qu'elle continue à exister sous la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral ([LTF, RS 173.110 ;] Daniel de Vries Reilingh, op. cit., n° 1382 ; voir toutefois, Daniel de Vries Reilingh, Brennpunkte im interkantonalen Doppelbesteuerungsrecht, in Aktuelle Fragen des schweizerischen Steuerrechts, Festgabe für Prof. em. Dr. Urs R. Behnisch, 2020, p. 40 s., 41).

6.3.2 Selon l'ancienne jurisprudence du Tribunal fédéral, le contribuable perdait le droit de contester la taxation d'un canton, en particulier, lorsque, bien qu'ayant connaissance de la prétention fiscale concurrente d'un autre canton (in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines andern Kantons), il reconnaissait sans réserve son assujettissement, par exemple en acceptant expressément ou tacitement la taxation, i.e. en remettant la déclaration d'impôt, en renonçant à former réclamation ou un recours ultérieur et en payant le montant de l'impôt taxé (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité c. 2.3.2 avec renvois aux ATF 137 I 273 c. 3.3.3 et 123 I 264 c. 2d).

6.3.3 Dans sa jurisprudence plus récente en matière d'impôts cantonaux et communaux (arrêt du TF 2C_522/2019 du 20 août 2020, prévu à la publication), le Tribunal fédéral a postulé qu'une déchéance du droit à contester une double imposition ne peut être admise qu'avec retenue, ceci conformément à la reconnaissance du caractère de droit constitutionnel de l'interdiction de la double imposition. Un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation est propre à entraîner à lui seul la péremption du droit d'invoquer la double imposition par voie de recours (à cet égard, cf. arrêts du TF 2C_592/2018 du 1er octobre 2019, 2C_655/2016 précité). Tel n'est pas le cas en revanche d'une demande de ruling qui ne peut être qualifiée de transparente et complète à tous égards mais qui ne contient pas non plus de véritables contrevérités. Ce serait aussi aller trop loin que de toujours conclure à un comportement contraire à la bonne foi si une personne assujettie doit s'attendre à une prétention fiscale contradictoire d'un autre canton, et qu'elle ne le signale pas au premier canton (cf. arrêt du TF 2C_522/2019 précité consid. 4.2 s., in StR 75/2020 p. 918 s.).

6.3.4 Jusqu'à présent, le Tribunal fédéral n'a pas eu à trancher la question de savoir si cette jurisprudence au sujet de la déchéance du droit de recourir était applicable également à l'IFD, en particulier dans le cadre d'une procédure en désignation du for fiscal au sens de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD. Il est cependant permis de douter que cela soit effectivement le cas. En effet, faire application d'une telle règle de déchéance entrainerait de fait une double imposition difficilement justifiée voire injustifiée (cf. l'arrêt récent du TF 2C_974/2019 du 17 décembre 2020 consid. 15, suivant lequel il n'y a pas de motif que la Confédération perçoive un montant d'impôt supérieur à l'impôt légalement dû), en tant qu'elle contreviendrait au système de l'IFD, en particulier aux règles régissant la compétence territoriale pour effectuer la taxation et la perception de l'IFD (cf. section 2 LIFD, art. 105 s
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 105 Rattachement personnel - 1 Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton ou, à défaut d'un domicile en Suisse, séjournent dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
1    Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes physiques qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton ou, à défaut d'un domicile en Suisse, séjournent dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont réservés.
2    Les enfants sous autorité parentale doivent l'impôt sur le produit de leur activité lucrative (art. 9, al. 2) dans le canton qui est en droit d'imposer ce revenu à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement, d'après les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition intercantonale.
3    Les autorités cantonales perçoivent l'impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période fiscale ou de l'assujettissement.
4    Les bénéficiaires de prestations en capital au sens de l'art. 38 sont imposés pour ces prestations dans le canton où ils sont domiciliés au regard du droit fiscal au moment de l'échéance de ces prestations.
.), et se distancerait de la finalité de l'impôt, attendu que la part de la Confédération à celui-ci (cf. art. 196 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 196 Part de la Confédération - 1 Les cantons versent à la Confédération 78,8 % des impôts encaissés, des amendes infligées pour soustraction fiscale ou violation de règles de procédure ainsi que des intérêts qu'ils ont perçus.302
1    Les cantons versent à la Confédération 78,8 % des impôts encaissés, des amendes infligées pour soustraction fiscale ou violation de règles de procédure ainsi que des intérêts qu'ils ont perçus.302
1bis    Ils octroient aux communes une compensation appropriée pour les conséquences de l'abrogation des art. 28, al. 2 à 5303, et 29, al. 2, let. b304, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes305.306
2    Sur les montants recouvrés dans le courant d'un mois, les cantons versent à la Confédération, jusqu'à la fin du mois suivant, la part lui revenant.
3    Ils établissent un compte de répartition annuel de l'impôt fédéral direct perçu à la source.
LIFD) est en principe assurée qu'elle soit versée par l'un ou l'autre des cantons en cause et que celle cantonale doit être répartie entre ces derniers selon les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition (cf. art. 197 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 197 Répartition entre les cantons - 1 Les cantons se répartissent, selon les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition, les impôts, les amendes infligées ensuite de soustraction d'impôt ou de violation de règles de procédure et les intérêts dus par les contribuables qui ont des éléments imposables dans plusieurs cantons. ...307
1    Les cantons se répartissent, selon les règles du droit fédéral concernant l'interdiction de la double imposition, les impôts, les amendes infligées ensuite de soustraction d'impôt ou de violation de règles de procédure et les intérêts dus par les contribuables qui ont des éléments imposables dans plusieurs cantons. ...307
2    Si un différend surgit entre les cantons, le Tribunal fédéral tranche en instance unique.308
LIFD). Cette question souffre cependant de demeurer ouverte dans le cas d'espèce puisqu'il apparaît que, même si la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 6.3.3) devait trouver à s'appliquer sous l'angle de l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, les conditions pour admettre une péremption du droit de recourir de la société contribuable n'en seraient pas remplies pour autant en ce qui la concerne.

6.3.5 Il y a lieu de rappeler d'abord que, pendant les périodes considérées, la société contribuable disposait principalement d'un patrimoine immobilier sis dans le canton de Genève, auquel s'ajoutait des liquidités et un portefeuille de titres. Considérant initialement qu'elle avait un for fiscal, spécial, dans le canton de Genève et, principal, dans le canton de Zoug, la société contribuable a déclaré aux autorités fiscales des deux cantons les éléments précités pour les périodes fiscales 2005 à 2013, répartissant les éléments imposables entre les deux cantons.

Il est vrai que la société contribuable a remis des formules de déclaration d'impôt qui se sont, après coup, avérées (en partie) erronées, en tout cas clairement au moment du dépôt de la dénonciation spontanée. Certes aussi, il était renvoyé dans ces formules aux sociétés fiduciaires 1 ([...] à [...]) et 3 ([...] à [...]) pour toute question fiscale. Il n'apparaît pas cependant que la société contribuable ait manqué à son obligation de collaboration, que des informations auraient été délibérément omises (cf. arrêt du TF 2C_655/2016 précité consid. 2.4.2) ou transmises de manière volontairement erronée (cf. arrêt du TF 2C_592/2018 précité consid. 6.4 et 6.6) dans la procédure de taxation dans le canton de Zoug, ni du reste dans celle du canton de Genève. A cet égard, la société contribuable a, sans doute depuis sa constitution, déposé auprès de la recourante et de l'intimée 2 des pièces qui comprenaient des indications du même type, sans que leur contrôle n'ait révélé d'erreur manifeste et, ou, amené à une demande de renseignements.

Il ne peut ainsi être reproché à la société contribuable un comportement contraire à la bonne foi dans la procédure de taxation de l'IFD. Dans ce sens, la recourante elle-même n'a pas considéré que la société contribuable était déchue de son droit de former une réclamation contre la taxation de l'IFD 2013 effectuée par le canton de Zoug. Or les éléments fournis pour celle-ci par la société contribuable étaient analogues à ceux transmis par elle pour les périodes fiscales précédentes. Ils n'ont au demeurant pas fait obstacle à une admission de la réclamation et partant à l'annulation de l'imposition contestée.

On rappellera ici que les éléments de fait, tels qu'ils figurent dans la dénonciation spontanée, s'ils ne sont pas constitutifs en soi d'un comportement contraire à la bonne foi, ont en revanche été pris en compte dans le cadre de la fixation du for fiscal pour l'IFD. Or une telle manière de procéder apparaît proportionnée au but visé par les règles de la dénonciation spontanée.

6.3.6 Sur le vu de ce qui précède, le motif d'une déchéance du droit de la société contribuable de recourir à l'art. 108
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, de même que celui d'invoquer l'interdiction de la double imposition intercantonale, doit en l'occurrence être rejeté.

Il n'est, compte tenu de cette solution, pas nécessaire d'examiner l'argument de la société contribuable selon lequel si une déchéance de son droit était admise, cela contreviendrait à l'absence de punissabilité de sa dénonciation spontanée.

7.

7.1 La recourante demande, comme conclusion subsidiaire, que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure en raison de l'incertitude provoquée par la formulation du ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. La recourante estime que le texte de ce chiffre serait vague, de telle sorte qu'on ne pourrait pas déterminer si les décisions de taxation qu'elle a rendues en matière d'IFD sont nulles, si elles ont été annulées, ou si elles devront l'être par un acte ultérieur.

7.2

7.2.1 Aux termes de l'art. 108 al. 3
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 108 Décision en cas de for incertain ou litigieux - 1 Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
1    Lorsque le for fiscal d'un contribuable ne peut être déterminé avec certitude ou qu'il est litigieux, il est fixé soit par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct, si les autorités de taxation de ce canton sont seules en cause, soit par l'AFC, si plusieurs cantons sont en cause. Le recours contre les décisions de l'AFC est régi par les dispositions générales de la procédure fédérale.209
2    La désignation du for peut être demandée par l'autorité de taxation, par l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct et par les contribuables.
3    L'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente.
LIFD, l'autorité qui a traité un cas qui ne relevait pas de sa compétence territoriale transmet le dossier à l'autorité compétente. Cette disposition n'a de sens que si les actes de taxation déjà effectués ne déploient aucun effet de leur côté. De surcroît, la décision en constatation de l'AFC fixant le for fiscal et l'injonction donnée à l'un des cantons impliqués de procéder désormais à l'imposition en conséquence entraîne nécessairement l'annulation de fait des actes effectués à tort dans l'autre canton (cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] cc] in RDAF 2002 II p. 227, 232).

Cela étant, en règle générale, les actes administratifs ne sont pas nuls, mais seulement annulables, et à défaut de contestation ils produisent des effets juridiques. La nullité, respectivement l'absence totale d'effets d'une décision rendue, n'est admise que lorsque le vice dont la décision est entachée est particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable et si, en outre, la constatation de la nullité ne met pas sérieusement en danger la sécurité du droit (voir parmi d'autres ATF 137 I 273 consid. 3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 73). A titre d'exemple, si un canton assujettit à l'IFD un contribuable en raison d'un rattachement économique, nonobstant un rattachement personnel dans un autre canton, il y a atteinte au principe de droit fédéral de la territorialité ; cette atteinte peut le cas échéant entraîner la nullité de la décision de taxation litigieuse (ATF 137 I 273 consid. 3.3.1 in RDAF 2013 II p. 71, 75). La sécurité du droit implique par ailleurs de ne pas appliquer dans tous les cas de fixation du for fiscal la nullité de la taxation effectuée à tort en raison d'une incompétence à raison du lieu (dans ce sens, cf. arrêt du TF précité du 28 septembre 1999 consid. 4 b] bb] ; voir cependant l'arrêt du TF 2C_806/2019 du 8 juin 2020).

7.2.2 Dans le cas d'espèce, la compétence de la recourante de taxer l'IFD 2005 à 2012 n'était pas contestée et son incompétence à raison du lieu n'était pas évidente, avant la dénonciation spontanée. On ne peut dès lors qualifier sa faute de particulièrement grave et manifeste ou du moins facilement décelable. Dans ces conditions, les décisions de taxation de l'IFD 2005 à 2012 rendues dans le canton de Zoug ne sont pas nulles mais doivent être annulées, en ce sens qu'il est donné instruction à la recourante de les annuler formellement. C'est ainsi à juste titre que l'autorité inférieure a décidé que sa décision de fixation de for devait emporter l'annulation des décisions rendues antérieurement à tort par la recourante, comme elle en avait par ailleurs la compétence (cf. ci-avant consid. 6.1). Ce point du dispositif de la décision attaquée ayant ainsi été précisé, un renvoi à l'autorité inférieure ne s'impose pas.

8.

8.1 Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre très partiellement le recours au sens du considérant 7.2.2 et à le rejeter pour le surplus. Vu l'issue de la cause - en application des art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
et 2
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA et 1 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) - les frais de procédure, fixés à 7 500 francs, sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs, étant précisé que le litige porte sur des intérêts pécuniaires du canton de Zoug (cf. entre autres, l'arrêt du TAF A-5044/2011 du 29 mars 2012 consid. 5.1) et que la réduction partielle des frais supportés par la recourante se justifie par la précision apportée (cf. ci-avant consid. 7.2.2) au ch. 3 du dispositif de la décision attaquée. Le montant de 5 000 francs sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs sera restitué à la recourante une fois le présent arrêt entré en force.

8.2 Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (cf. art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA et art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF, a contrario) ni à l'intimée 2 (cf. art. 7 al. 3
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
et 4
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF). La société contribuable doit, en revanche, recevoir des dépens pour les frais nécessaires causés par le litige (cf. art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
, 8
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
s. FITAF). A défaut d'un éventuel décompte remis par la partie concernée, l'indemnité est fixée sur la base du dossier (art. 14 al. 2
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 14 Calcul des dépens - 1 Les parties qui ont droit aux dépens et les avocats commis d'office doivent faire parvenir avant le prononcé un décompte de leurs prestations au tribunal.
1    Les parties qui ont droit aux dépens et les avocats commis d'office doivent faire parvenir avant le prononcé un décompte de leurs prestations au tribunal.
2    Le tribunal fixe les dépens et l'indemnité des avocats commis d'office sur la base du décompte. A défaut de décompte, le tribunal fixe l'indemnité sur la base du dossier.
FITAF). En l'occurrence, au vu de la nature de la cause et de son degré de complexité, ainsi que de l'écriture brève de réponse du mandataire de la société contribuable, l'indemnité de dépens allouée à la précitée est arrêtée à 1 000 francs, à charge de la recourante.

(Le dispositif de l'arrêt se trouve à la page suivante.)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est très partiellement admis au sens du considérant 7.2.2 et rejeté pour le surplus.

2.
Les frais de procédure de 7 500 francs sont mis partiellement à la charge de la recourante à hauteur de 5 000 francs. Ce montant sera prélevé sur l'avance de frais déjà versée de 7 500 francs. Le solde de 2 500 francs lui sera restitué une fois le présent arrêt entré en force.

3.
Une indemnité de 1 000 francs est allouée à la société contribuable à titre de dépens, à charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- aux intimées (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

La présidente du collège : Le greffier :

Annie Rochat Pauchard John Romand

Indication des voies de droit :

La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).

Expédition :