Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

9C 676/2022

Arrêt du 24 avril 2023

IIIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Parrino, Président,
Moser-Szeless et Beusch.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
A.________,
faisant élection de domicile aupès de B.________ SA,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale du canton de Genève, rue du Stand 26, 1204 Genève,
intimée.

Objet
Impôt à la source, périodes fiscales 2012 à 2013,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 26 avril 2022 (ATA/440/2022).

Faits :

A.

A.a. A.________, médecin, était domicilié à U.________ (France) en 2012 et en 2013. Durant ces années, il a exercé sa profession à la fois en France, pour le centre hospitalier de U.________, et dans le canton de Genève, pour le compte de la société genevoise B.________ SA (ci-après: la Société), laquelle a pour but la fourniture de prestations médicales au chevet du patient.
En 2012, A.________ a travaillé soixante-huit jours pour la Société, pour un salaire brut de 71'560 fr. Sur ce montant, la Société a retenu un impôt à la source de 17'431 fr. 90 (recte: de 372 fr. 10). En 2013, il a travaillé septante-cinq jours pour la Société, pour un salaire brut de 69'439 fr. Sur ce montant, la Société a retenu un impôt à la source de 14'477 fr. 20 (recte: de 1'965 fr. 10).
Pour les années 2012 et 2013, la Société a remis à l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) les décomptes des mois de janvier à décembre, comportant les montants des retenues brutes totales, la commission de perception, ainsi que le montant d'impôt à verser. Elle lui a également remis les listes récapitulatives de tous les salariés soumis à l'impôt à la source, qui comportaient, pour chacun d'eux, les prestations soumises, l'impôt retenu et les retenues totales. L'Administration cantonale a établi des attestations-quittance de l'impôt à la source 2012 et 2013 de A.________, qui mentionnent les retenues de 372 fr. 10 et de 1'965 fr. 10. Elle a par ailleurs adressé à la Société des bordereaux d'impôt à la source, qu'elle a établis sur la base des décomptes de la Société. Ces bordereaux sont entrés en force.

A.b. Le 5 décembre 2014, l'Administration cantonale a informé la Société qu'elle ouvrait à son encontre une procédure en rappel et en soustraction d'impôt concernant l'impôt à la source 2004 à 2013. Elle lui reprochait notamment d'avoir calculé l'impôt à la source sans annualiser les revenus des médecins qu'elle employait pour fixer le revenu déterminant pour le taux.

A.c. Par envoi du 9 décembre 2014, A.________ a adressé à l'Administration cantonale une demande de rectification de son imposition à la source pour les années 2012 et 2013. Il sollicitait l'application du barème tenant compte d'une charge d'enfant mineur et faisait état, sous la rubrique "déclaration d'autres revenus (article 5 LISP) ", de revenus de 6'350 fr. en 2012 et de 4'024 fr. en 2013).
Par courrier daté du 29 mars 2018, A.________ a réitéré sa demande de rectification. Il joignait à ce courrier ses "bulletins de salaires" 2012 et 2013 pour son activité de médecin au centre hospitalier de U.________, ainsi que les "bulletins de paie" de son épouse pour l'activité qu'elle avait exercée en France durant ces années.

A.d. Par décisions du 17 juillet 2018, l'Administration cantonale a adressé à A.________ des bordereaux d'impôt à la source rectifiés pour les années 2012 et 2013. Pour déterminer le taux de l'impôt, elle tenait compte des revenus réalisés à l'étranger. L'Administration cantonale déduisait des montants d'impôt à la source ainsi calculés les retenues qui avaient déjà été effectuées auprès de la Société. Le 23 juillet 2018, l'Administration cantonale a toutefois annulé les décisions du 17 juillet 2018.

B.

B.a. Par décisions du 10 décembre 2019, l'Administration cantonale a adressé à A.________ de nouveaux bordereaux d'impôt à la source rectifiés pour les années 2012 et 2013. Pour déterminer le taux de l'impôt, elle ne tenait plus compte des revenus réalisés à l'étranger, mais annualisait le salaire brut du contribuable sur 231 jours. Le revenu imposable, fixé à 81'610 fr. pour 2012, était ainsi imposé au taux d'un revenu de 277'234 fr., et celui de 2013, fixé à 75'363 fr., l'était au taux d'un revenu de 222'134 fr., comme suit:

2012
Nature de la rubrique Montants admis Montants pour le taux
277'234 fr.
Salaire brut (68 jours de travail) 81'610 fr.
1
Revenu imposable 81'610 fr. 277'234 fr.
1

salaire brut annualisé sur 231 jours

2013
Nature de la rubrique Montants admis Montants pour le taux
217'334 fr.
Salaire brut (75 jours de travail) 70'563 fr.
1
Alloc. familiales et de naissance 4'800 fr. 4'800 fr.
Revenu imposable 75'363 fr. 222'134 fr.
1

salaire brut annualisé sur 231 jours

L'impôt à la source s'élevait à 18'043 fr. 95 pour 2012 et à 14'145 fr. 60 pour 2013.
Pour chaque année, l'Administration cantonale déduisait de ces montants d'impôts la "retenue effectuée par B.________ SA pour M. A.________", à savoir 17'431 fr. 90 pour 2012 et 14'477 fr. 20 pour 2013. Ces montants correspondaient aux retenues effectuées à la source par la Société elle-même (372 fr.10 en 2012 et 1'965 fr. 10 en 2013; supra let. A.a), à quoi s'ajoutaient les montants d'impôt à la source que l'Administration cantonale réclamait à la Société par la voie de la procédure de rappel d'impôt qu'elle avait ouverte à son encontre le 5 décembre 2014. En définitive, le contribuable était encore débiteur d'un montant d'impôt à la source de 612 fr. 05 pour 2012 (18'043 fr. 95 - 17'431 fr. 90), mais créancier d'un montant de 331 fr. 60 pour 2013 (14'145 fr. 60 - 14'477 fr. 20).
Le 27 décembre 2019, A.________ a formé une réclamation contre les décisions du 10 décembre 2019.

B.b. Par décisions sur réclamation du 20 février 2020, l'Administration cantonale a maintenu les taxations selon les bordereaux du 10 décembre 2019.
Le 14 avril 2020, A.________ a recouru contre ces décisions sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Par jugement du 18 mai 2020, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable, car tardif. Par arrêt du 21 juillet 2020, la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé ce jugement et renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il entre en matière sur le recours.
Le 22 janvier 2021, l'Administration cantonale a demandé au Tribunal administratif de suspendre la procédure, parce que les reprises d'impôt à la source étaient directement liées à un litige en cours concernant la Société et que le bien-fondé des bordereaux notifiés au contribuable dépendait des reprises effectuées auprès de son employeur. A.________ s'est opposé à la suspension de la procédure.

B.c. Le Tribunal administratif a rejeté le recours par jugement du 30 août 2021. Le 1er octobre 2021, le contribuable a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice, concluant à son annulation.

B.d. Par arrêt du 26 avril 2022, la Cour de justice a rejeté le recours.

C.
Agissant en personne par la voie du recours en matière de droit public, A.________ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 26 avril 2022 et de dire que les bordereaux établis par l'Administration cantonale le 17 juillet 2018 "constituent les éléments pertinents pour établir le montant dû par le contribuable sous réserve [de] la détermination des montants effectivement versés" par la Société.
L'Administration cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Le recourant s'est déterminé.

Considérant en droit :

1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF), rendue par une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF) qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi l'art. 146
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 146 - Le decisioni pronunciate dalle autorità cantonali di ultima istanza possono essere impugnate con ricorso al Tribunale federale conformemente alla legge del 17 giugno 2005241 sul Tribunale federale. Anche l'amministrazione cantonale dell'imposta federale diretta ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14], renvoyant au Titre 4 de la LHID notamment). Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) par le destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF. Le recours est donc recevable.

2.
Selon l'art. 112 al. 1 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 112 Notificazione delle decisioni - 1 Le decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale sono notificate per scritto alle parti. Contengono:
1    Le decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale sono notificate per scritto alle parti. Contengono:
a  le conclusioni, i motivi, le allegazioni probatorie e le dichiarazioni processuali delle parti, in quanto non risultino dagli atti;
b  i motivi determinanti di fatto e di diritto, segnatamente l'indicazione delle disposizioni legali applicate;
c  il dispositivo;
d  l'indicazione dei rimedi giuridici, con menzione del valore litigioso nei casi in cui la presente legge prevede un valore litigioso minimo.
2    Se il diritto cantonale lo prevede, l'autorità può notificare la sua decisione senza motivarla. In tal caso le parti possono chiedere, entro 30 giorni, il testo integrale della decisione. La decisione non può essere eseguita finché tale termine non scade infruttuoso o il testo integrale della stessa non è notificato.
3    Se una decisione non soddisfa le esigenze di cui al capoverso 1, il Tribunale federale può rinviarla all'autorità cantonale affinché la completi o annullarla.
4    Nei campi in cui autorità federali hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale, il Consiglio federale determina quali decisioni devono essere loro notificate dalle autorità cantonali.
LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir les motifs déterminants de fait et de droit. En vertu de l'art. 112 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 112 Notificazione delle decisioni - 1 Le decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale sono notificate per scritto alle parti. Contengono:
1    Le decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale sono notificate per scritto alle parti. Contengono:
a  le conclusioni, i motivi, le allegazioni probatorie e le dichiarazioni processuali delle parti, in quanto non risultino dagli atti;
b  i motivi determinanti di fatto e di diritto, segnatamente l'indicazione delle disposizioni legali applicate;
c  il dispositivo;
d  l'indicazione dei rimedi giuridici, con menzione del valore litigioso nei casi in cui la presente legge prevede un valore litigioso minimo.
2    Se il diritto cantonale lo prevede, l'autorità può notificare la sua decisione senza motivarla. In tal caso le parti possono chiedere, entro 30 giorni, il testo integrale della decisione. La decisione non può essere eseguita finché tale termine non scade infruttuoso o il testo integrale della stessa non è notificato.
3    Se una decisione non soddisfa le esigenze di cui al capoverso 1, il Tribunale federale può rinviarla all'autorità cantonale affinché la completi o annullarla.
4    Nei campi in cui autorità federali hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale, il Consiglio federale determina quali decisioni devono essere loro notificate dalle autorità cantonali.
LTF, si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'al. 1, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler.
Dans le cas d'espèce, l'arrêt attaqué est incomplet ou erroné sur des éléments de fait déterminants pour la compréhension de la cause. La Cour de céans aurait donc pu le renvoyer à la Cour de justice en l'invitant à le parfaire. Un tel renvoi rallongerait toutefois encore la durée d'une procédure qui a été initiée il y a plus de dix ans. La Cour de céans y a partant renoncé et a complété, respectivement corrigé d'office l'état de fait en application de l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF, en se fondant, d'une part, sur le dossier cantonal et, d'autre part, sur les faits figurant dans les arrêts 2C 60/2020 du 27 avril 2021 et 9C 689/2022 du 12 avril 2023 rendus sur recours de la Société dans le contexte de la procédure en rappel d'impôt à la source susmentionnée (supra let. A.b et B.b).

3.

3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF). Selon l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 146 I 62 consid. 3; 142 II 369 consid. 2.1). Le Tribunal fédéral examine en principe librement la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, à moins que les dispositions de cette loi fédérale ne laissent une marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas son pouvoir d'examen se limite aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. ATF 144 II 313 consid. 5.3; 134 II 207 consid. 2). Par ailleurs, le Tribunal fédéral n'est en principe pas lié par les motifs de l'autorité précédente ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF 139 II 404 consid. 3; 138 III 537 consid. 2.2).

3.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF). Il peut toutefois, comme il l'a fait dans une large mesure en l'espèce, rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF).

4.
Le litige concerne l'impôt à la source du recourant pour les périodes fiscales 2012 et 2013. Il porte uniquement sur le point de savoir à quel taux le revenu que le recourant a réalisé pour la Société durant ces périodes doit être imposé. Le recourant n'ayant pas contesté les montants de revenus imposables tels qu'ils ont été fixés dans les décisions du 10 décembre 2019 de l'Administration cantonale et confirmés le 20 février 2020, ce point n'est en effet pas litigieux.

5.
Il convient de préciser au préalable le droit applicable.

5.1. En droit fédéral, l'impôt à la source est régi dans la LIFD et la LHID, qui sont applicables en l'espèce dans leur teneur en vigueur durant les périodes fiscales litigieuses (arrêts 9C 689/2022 du 12 avril 2023 consid. 4.1; 2C 60/2020 du 27 avril 2021 consid. 3 et 4). Certaines des dispositions de ces lois ont été modifiées par la loi fédérale sur la révision de l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative du 16 décembre 2016 et sont entrées en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2018 1813; FF 2015 625). Les périodes fiscales litigieuses étant antérieures à ces modifications, il sera fait référence à l'aLIFD et à l'aLHID pour mentionner les dispositions de ces lois dont la teneur a été modifiée au 1er janvier 2021. Au niveau réglementaire, l'ordonnance du 19 octobre 1993 du Département fédéral des finances sur l'imposition à la source, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2013 (ci-après: aOIS), est applicable (RO 1993 3324). En conséquence, l'art. 15
SR 642.118.2 Ordinanza del DFF dell' 11 aprile 2018 sull'imposta alla fonte nel quadro dell'imposta federale diretta (Ordinanza sull'imposta alla fonte, OIFo) - Ordinanza sull'imposta alla fonte
OIFo Art. 15 Tassazione ordinaria ulteriore d'ufficio - 1 Le competenti autorità fiscali cantonali possono procedere d'ufficio a una tassazione ordinaria ulteriore se dagli atti emerge il fondato sospetto che si è in presenza di una situazione estrema a favore o a sfavore del contribuente.
1    Le competenti autorità fiscali cantonali possono procedere d'ufficio a una tassazione ordinaria ulteriore se dagli atti emerge il fondato sospetto che si è in presenza di una situazione estrema a favore o a sfavore del contribuente.
2    Per l'avvio di una procedura di tassazione ordinaria ulteriore d'ufficio si applica l'articolo 120 LIFD sulla prescrizione del diritto di tassare.
3    Per i lavoratori frontalieri secondo l'articolo 2 lettera b dell'Accordo sui frontalieri CH-I non può essere effettuata una tassazione ordinaria ulteriore d'ufficio.15
OIS dans sa teneur en vigueur à compter du 1er janvier 2021 (RS 642.118.2), invoqué par le recourant, n'entre pas en considération.

5.2. En droit cantonal genevois, l'ancienne loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition à la source des personnes physiques et morales (ci-après: aLISP) est applicable, de même que l'ancien règlement y relatif, du 12 décembre 1994 (ci-après: aRISP).

6.
Durant les périodes fiscales litigieuses, le recourant, domicilié en France, a réalisé en Suisse des revenus d'activité lucrative dépendante pour son activité de médecin au sein de la Société. Il a donc rempli un critère de rattachement économique à l'impôt, qui a entraîné un assujettissement à l'impôt limité à ce revenu (art. 5 al. 1 let. a
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 5 Altri elementi imponibili - 1 Le persone fisiche senza domicilio o dimora fiscale in Svizzera sono assoggettate all'imposta in virtù della loro appartenenza economica se:
1    Le persone fisiche senza domicilio o dimora fiscale in Svizzera sono assoggettate all'imposta in virtù della loro appartenenza economica se:
a  esercitano un'attività lucrativa in Svizzera;
b  in quanto membri dell'amministrazione o della direzione di persone giuridiche con sede o stabilimento d'impresa in Svizzera, ricevono tantièmes, gettoni di presenza, indennità fisse, partecipazioni di collaboratore o analoghe rimunerazioni;
c  sono titolari o usufruttuarie di crediti garantiti da pegno immobiliare o manuale su fondi siti in Svizzera;
d  ricevono pensioni, assegni di quiescenza o altre prestazioni da un datore di lavoro o da un istituto di previdenza con sede in Svizzera in virtù di un precedente rapporto di lavoro di diritto pubblico;
e  ricevono prestazioni da istituzioni di diritto privato svizzere di previdenza professionale o da forme riconosciute di previdenza individuale vincolata;
f  ricevono un salario o altre rimunerazioni da un datore di lavoro con sede o stabilimento d'impresa in Svizzera a motivo della loro attività nel traffico internazionale a bordo di navi o battelli, di un aeromobile o di un veicolo da trasporto stradale; fa eccezione l'imposizione dei marittimi per il lavoro a bordo di una nave d'alto mare.
2    Se le prestazioni non vengono corrisposte alle persone summenzionate, ma a terzi, questi sono imponibili.
et 6 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 6 - 1 L'assoggettamento in virtù dell'appartenenza personale è illimitato; esso non si estende tuttavia alle imprese, agli stabilimenti d'impresa e ai fondi siti all'estero.
1    L'assoggettamento in virtù dell'appartenenza personale è illimitato; esso non si estende tuttavia alle imprese, agli stabilimenti d'impresa e ai fondi siti all'estero.
2    L'assoggettamento in virtù dell'appartenenza economica è limitato alla parte del reddito per cui sussiste un obbligo fiscale in Svizzera secondo gli articoli 4 e 5. Dev'essere almeno imposto il reddito conseguito in Svizzera.
3    Nelle relazioni internazionali, l'assoggettamento delle imprese, degli stabilimenti d'impresa e dei fondi è delimitato secondo i principi del diritto federale concernente il divieto di doppia imposizione intercantonale. Se un'impresa svizzera compensa sulla base del diritto interno le perdite subìte da uno stabilimento d'impresa situato all'estero con degli utili realizzati in Svizzera e lo stabilimento d'impresa registra degli utili nel corso dei sette anni seguenti, si deve procedere a una revisione della tassazione iniziale, fino a concorrenza dell'ammontare degli utili compensati nello Stato dello stabilimento d'impresa; in questo caso, la perdita subita dallo stabilimento d'impresa all'estero è presa in considerazione a posteriori in Svizzera solo per determinare l'aliquota d'imposta. In tutti gli altri casi, le perdite subìte all'estero sono prese in considerazione esclusivamente per determinare l'aliquota d'imposta. Sono salve le disposizioni previste nelle convenzioni intese ad
4    Le persone imponibili giusta l'articolo 3 capoverso 5 devono l'imposta sui redditi esonerati all'estero dall'imposta sul reddito in virtù di convenzioni internazionali o dell'usanza.
LIFD; art. 4 al. 2 let. a
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 4 Assoggettamento in virtù dell'appartenenza economica - 1 Le persone fisiche senza domicilio o dimora fiscale nel Cantone sono assoggettate all'imposta in virtù della loro appartenenza economica se gestiscono un'impresa o uno stabilimento d'impresa nel Cantone, se vi possiedono fondi, se ne hanno il godimento o se vi esercitano il commercio di immobili.5
1    Le persone fisiche senza domicilio o dimora fiscale nel Cantone sono assoggettate all'imposta in virtù della loro appartenenza economica se gestiscono un'impresa o uno stabilimento d'impresa nel Cantone, se vi possiedono fondi, se ne hanno il godimento o se vi esercitano il commercio di immobili.5
2    Le persone fisiche senza domicilio o dimora fiscale in Svizzera sono assoggettate all'imposta in virtù della loro appartenenza economica se:
a  esercitano un'attività lucrativa nel Cantone;
b  in quanto membri dell'amministrazione o della direzione di persone giuridiche con sede o stabilimento d'impresa nel Cantone, ricevono tantièmes, gettoni di presenza, indennità fisse, partecipazioni di collaboratore o analoghe rimunerazioni;
c  sono titolari o usufruttuarie di crediti garantiti da pegno immobiliare o manuale su fondi siti nel Cantone;
d  ricevono pensioni, assegni di quiescenza o altre prestazioni da un datore di lavoro o da un istituto di previdenza con sede nel Cantone in virtù di un precedente rapporto di lavoro di diritto pubblico;
e  ricevono prestazioni da istituzioni di diritto privato svizzere di previdenza professionale o da forme riconosciute di previdenza individuale vincolata;
f  ricevono un salario o altre rimunerazioni da un datore di lavoro con sede o stabilimento d'impresa nel Cantone a motivo della loro attività nel traffico internazionale a bordo di navi o battelli, di un aeromobile o di un veicolo da trasporto stradale; fa eccezione l'imposizione dei marittimi per il lavoro a bordo di una nave d'alto mare;
g  fungono da intermediari nel commercio di immobili siti nel Cantone.
LHID).

6.1. Le revenu de l'activité lucrative dépendante réalisé en Suisse par un travailleur qui n'est ni domicilié ni en séjour en Suisse est soumis à une imposition à la source (art. 91 aLIFD; art. 36 al. 1 aLHID art. 7 aLISP). L'impôt à la source sur le revenu de ces travailleurs est prélevé selon les mêmes principes que pour les travailleurs étrangers domiciliés ou en séjour en Suisse sans être au bénéfice d'une autorisation d'établissement (cf. les renvois de l'art. 91 al. 1 aLIFD aux art. 83 à 86 aLIFD, de l'art. 36 al. 1 aLHID aux art. 32 et 33 aLHID et de l'art. 7 aLISP aux art. 2 à 4 aLISP).

6.2. L'impôt à la source est calculé sur le revenu brut, lequel comprend tous les revenus provenant de l'activité pour le compte d'autrui (cf. art. 84 al. 1 et 2 aLIFD; art. 32 al. 1 et 3 aLHID; art. 2 al. 1 et 2 aLISP). Il se substitue à l'impôt fédéral direct et à l'impôt cantonal et communal perçus selon la procédure ordinaire (art. 87 et 99 aLIFD; art. 32 al. 1 et 35 al. 2 aLHID; art. 17 aLISP). La retenue comprend par conséquent les impôts fédéral, cantonal et communal (cf. art. 33 al. 1 aLHID; art. 3 al. 2 aLISP). Les cantons établissent leurs barèmes d'impôt à la source d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (dans le canton de Genève, cf. art. 3 aLISP). Les barèmes fédéraux, que l'Administration fédérale des contributions établit d'après les taux de l'impôt sur le revenu des personnes physiques (art. 85 al. 1 aLIFD), sont ensuite incorporés aux barèmes cantonaux (art. 85 al. 2 aLIFD). Comme les barèmes de l'impôt sur le revenu sont progressifs (progressivité par tranches de revenus), les barèmes de l'impôt à la source le sont également (GUIDO JUD/PATRICK MEIER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 4 ad art. 85 DBG).

6.3. L'impôt à la source est perçu par le débiteur de la prestation imposable (à savoir, lorsqu'il concerne le revenu du travail, l'employeur du contribuable; arrêt 2C 60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.1), qui est responsable du paiement de l'impôt à la source (art. 88 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 88 Collaborazione del debitore della prestazione imponibile - 1 Il debitore della prestazione imponibile ha l'obbligo di:
1    Il debitore della prestazione imponibile ha l'obbligo di:
a  trattenere l'imposta dovuta alla scadenza delle prestazioni pecuniarie e di riscuotere, presso il lavoratore, l'imposta dovuta sulle altre prestazioni (segnatamente le prestazioni in natura e le mance);
b  specificare al contribuente una distinta o un'attestazione relativa alla ritenuta d'imposta;
c  versare periodicamente le imposte all'autorità fiscale competente, allestire, all'intenzione di quest'ultima, i conteggi corrispondenti e consentire alla medesima la consultazione di tutti i documenti utili al controllo della riscossione dell'imposta.
2    L'imposta alla fonte deve essere parimenti trattenuta se il lavoratore ha domicilio o dimora in un altro Cantone.176
3    Il debitore della prestazione imponibile è responsabile del pagamento dell'imposta alla fonte.
4    Il debitore della prestazione imponibile riceve una provvigione di riscossione fissata dall'autorità fiscale competente e compresa tra l'1 e il 2 per cento dell'ammontare complessivo dell'imposta alla fonte.177
LIFD; art. 37 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 37 - 1 Il debitore delle prestazioni imponibili (art. 32 e 35) è responsabile per il pagamento dell'imposta alla fonte. Esso ha l'obbligo di:
1    Il debitore delle prestazioni imponibili (art. 32 e 35) è responsabile per il pagamento dell'imposta alla fonte. Esso ha l'obbligo di:
a  trattenere l'imposta dovuta alla scadenza delle prestazioni o riscuoterla dal contribuente;
b  fornire al contribuente un'attestazione relativa alla ritenuta d'imposta;
c  versare le imposte alla competente autorità;
d  versare la quota proporzionale dell'imposta sulle opzioni di collaboratore esercitate all'estero; il datore di lavoro deve la quota proporzionale dell'imposta anche se il vantaggio valutabile in denaro è versato da una società estera del gruppo.
2    Egli deve parimenti trattenere l'imposta alla fonte se il contribuente è assoggettato all'imposta in un altro Cantone.181
3    Il debitore della prestazione imponibile riceve una provvigione di riscossione fissata dall'autorità fiscale competente e compresa tra l'1 e il 2 per cento dell'ammontare complessivo dell'imposta alla fonte. Per le prestazioni in capitale la provvigione di riscossione è pari all'1 per cento dell'ammontare complessivo dell'imposta alla fonte, ma al massimo a 50 franchi per ogni prestazione in capitale per quanto concerne l'imposta alla fonte di Confederazione, Cantone e Comune.182
LHID; art. 18 al. 3 aLISP). Si le débiteur de la prestation imposable a opéré une retenue insuffisante ou n'en a effectué aucune, l'autorité de taxation l'oblige à s'acquitter de l'impôt qui n'a pas été retenu dans le cadre d'une procédure en paiement complémentaire de l'impôt (cf. art. 138 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 138 Pagamento degli arretrati e restituzione - 1 Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
1    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
2    Se ha operato una trattenuta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.238
LIFD; art. 49 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 49 Procedura di riscossione dell'imposta alla fonte - 1 Il contribuente e il debitore della prestazione imponibile devono fornire a richiesta informazioni sugli elementi determinanti ai fini della riscossione dell'imposta alla fonte.
1    Il contribuente e il debitore della prestazione imponibile devono fornire a richiesta informazioni sugli elementi determinanti ai fini della riscossione dell'imposta alla fonte.
2    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 37; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 37.194
2bis    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.195
2ter    Il debitore della prestazione imponibile è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.196
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
4    Se ha operato una ritenuta d'imposta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
5    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.197
LHID; art. 21 al. 1 aLISP). Si en revanche une décision fixant l'impôt à la source a été prononcée et qu'elle est entrée en force, seule une procédure en rappel d'impôt peut alors entrer en considération pour percevoir l'impôt à la source manquant (arrêt 2C 60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.2 et 6.3) et elle peut être dirigée contre le débiteur de la prestation imposable (arrêt 2C 60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.4). Quant au contribuable, il peut demander la rectification de son imposition à la source par la voie de la réclamation puis du recours (cf. art. 137 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 137 Decisione - 1 Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
1    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 88 o 100; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 88 o 100.
2    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.
3    Egli è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.
et 139
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 139 Rimedi giuridici - 1 Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
1    Contro una decisione in materia d'imposta alla fonte, l'interessato può presentare reclamo secondo l'articolo 132.
2    Se la ritenuta alla fonte su cui verte il litigio è fondata sul diritto federale e su quello cantonale, il diritto cantonale può prevedere nelle sue disposizioni d'esecuzione che la procedura di reclamo e quella di ricorso alla commissione cantonale di ricorso siano disciplinate giusta le disposizioni della procedura cantonale determinanti per l'impugnazione e il riesame di una decisione relativa all'imposta cantonale riscossa alla fonte.
LIFD; art. 49 al. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 49 Procedura di riscossione dell'imposta alla fonte - 1 Il contribuente e il debitore della prestazione imponibile devono fornire a richiesta informazioni sugli elementi determinanti ai fini della riscossione dell'imposta alla fonte.
1    Il contribuente e il debitore della prestazione imponibile devono fornire a richiesta informazioni sugli elementi determinanti ai fini della riscossione dell'imposta alla fonte.
2    Il contribuente può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento se:
a  contesta la ritenuta d'imposta alla fonte indicata nell'attestazione di cui all'articolo 37; o
b  non ha ricevuto dal datore di lavoro l'attestazione di cui all'articolo 37.194
2bis    Il debitore della prestazione imponibile può esigere dall'autorità di tassazione, entro il 31 marzo dell'anno fiscale successivo a quello della scadenza della prestazione, una decisione in merito alla sussistenza e all'estensione dell'assoggettamento.195
2ter    Il debitore della prestazione imponibile è tenuto ad operare la ritenuta d'imposta alla fonte sino a quando la decisione è cresciuta in giudicato.196
3    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta, l'autorità di tassazione lo obbliga a versare l'imposta non trattenuta. Rimane salvo il regresso del debitore nei confronti del contribuente.
4    Se ha operato una ritenuta d'imposta troppo elevata, il debitore della prestazione imponibile deve restituire la differenza al contribuente.
5    Se il debitore della prestazione imponibile non ha operato oppure ha operato solo in parte la ritenuta d'imposta e non è possibile procedere a una riscossione posticipata presso il medesimo, l'autorità di tassazione può obbligare il contribuente a pagare gli arretrati dell'imposta alla fonte dovuta.197
et 50 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID; art. 23 et 24
aLISP).

7.
En l'espèce, la Société a prélevé en 2012 un impôt à la source de 372 fr.10 sur un revenu brut de 71'560 fr. et, en 2013, un impôt de 1'965 fr. 10 sur un revenu brut de 69'439 fr. Le recourant a sollicité la rectification de son imposition à la source (supra let. A.b.). Dans ses décisions du 10 décembre 2019, confirmées sur réclamation du contribuable le 20 février 2020, l'Administration cantonale a rectifié l'imposition à la source en défaveur du contribuable, puisqu'elle a annualisé son salaire brut sur 231 jours pour déterminer le taux de l'impôt. L'impôt à la source s'élevait désormais à 18'043 fr. 95 pour 2012 et à 14'145 fr. 60 pour 2013. Après déduction des montants versés par la Société, respectivement réclamés auprès d'elle par la voie du rappel d'impôt, le recourant était encore débiteur d'un montant de 612 fr. 05 pour 2012, mais créancier d'un montant de 331 fr. 55 pour 2013 (supra let. B.a.).

7.1. Selon la Cour de justice, les revenus que le recourant a réalisés pour son activité de médecin étaient des revenus périodiques, de sorte que c'était à bon droit que l'Administration cantonale les avait annualisés pour déterminer le taux d'imposition applicable à sa rémunération globale. Cette annualisation reposait en effet sur les art. 209 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
aLIFD et 63 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, elle était expressément prévue à l'art. 1 al. 3 aOIS et correspondait en outre à un principe général du droit, comme le Tribunal fédéral l'avait reconnu dans un arrêt publié aux ATF 131 II 562.

7.2. A l'encontre de l'arrêt attaqué, le recourant fait valoir que l'extrapolation de son revenu pour obtenir un revenu déterminant pour le taux aboutit à une imposition disproportionnée et contraire au principe de l'imposition selon la capacité économique. Il soutient que le taux de l'impôt applicable à sa rémunération doit être fixé sans extrapoler son salaire brut, mais en tenant compte des revenus que lui et son épouse ont réalisés en France, comme l'avait fait l'Administration cantonale dans les décisions du 17 juillet 2018 qu'elle avait annulées le 23 juillet suivant. Ces deux points sont traités successivement ci-après.

7.3. S'agissant du grief relatif à l'annualisation des revenus, il convient de relever au préalable que, sur le plan terminologique, lorsque la Cour de justice retient que les revenus du recourant doivent être annualisés pour fixer le revenu déterminant pour le taux de l'impôt, il ne s'agit pas véritablement d'une annualisation, mais plutôt d'une extrapolation de ces revenus. Le mécanisme appliqué par l'Administration cantonale consiste en effet à déterminer quel revenu le recourant aurait réalisé s'il avait exercé son activité à plein temps (à savoir, dans le canton de Genève, durant 231 jours, supra let. B.a), et d'appliquer au revenu effectivement réalisé le taux d'impôt applicable à ce revenu extrapolé. Le recourant utilise du reste le terme d'extrapolation dans son mémoire, ce qui correspond à celui que l'Administration fédérale des contributions adopte également pour désigner le mécanisme consistant à convertir le revenu d'une activité lucrative exercée à temps partiel en revenu d'activité à plein temps afin de déterminer le taux d'impôt applicable (cf. la Circulaire n° 45 du 12 juin 2019 sur l'imposition à la source du revenu de l'activité lucrative des travailleurs, ch. 6.4 et ch. 7.3.2). Comme les autorités inférieures
parlent d'annualisation et que ce terme a été utilisé par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 9C 689/2022 qui a été rendu le 12 avril 2023 sur recours de la Société dans le cadre de la procédure en rappel et soustraction d'impôt à la source ouverte à son encontre par l'Administration cantonale, on s'en tiendra à ce terme dans le présent arrêt également.

7.3.1. Le Tribunal fédéral s'est récemment prononcé sur le mécanisme d'annualisation litigieux dans l'arrêt 9C 689/2022 du 12 avril 2023 précité. Il a d'abord rappelé que, selon le principe de la légalité en droit fiscal (art. 127 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
Cst.; cf. aussi l'art. 164 al. 1 let. d
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 164 Legislazione - 1 Tutte le disposizioni importanti che contengono norme di diritto sono emanate sotto forma di legge federale. Vi rientrano in particolare le disposizioni fondamentali in materia di:
1    Tutte le disposizioni importanti che contengono norme di diritto sono emanate sotto forma di legge federale. Vi rientrano in particolare le disposizioni fondamentali in materia di:
a  esercizio dei diritti politici;
b  restrizioni dei diritti costituzionali;
c  diritti e doveri delle persone;
d  cerchia dei contribuenti, oggetto e calcolo dei tributi;
e  compiti e prestazioni della Confederazione;
f  obblighi dei Cantoni nell'attuazione e esecuzione del diritto federale;
g  organizzazione e procedura delle autorità federali.
2    Competenze normative possono essere delegate mediante legge federale, sempreché la presente Costituzione non lo escluda.
Cst.), les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, devaient être définis par la loi, de sorte qu'une autorité ne pouvait pas, sans violer le principe de la légalité, appliquer à un élément imposable un taux d'impôt plus élevé que celui qui résultait de l'application des principes définis dans la loi formelle (arrêt 9C 689/2022 consid. 8.3.2). Le Tribunal fédéral a ensuite rappelé que la nécessité d'une base légale formelle ne signifiait pas qu'une délégation à l'organe exécutif soit totalement exclue, mais que l'exigence de densité normative était élevée pour les impôts au sens propre du terme, car la base légale devait être précise et contenir tous les éléments essentiels au régime fiscal mis en place (arrêt 9C 689/2022 consid. 8.3.2). S'agissant des taux de l'impôt à la source sur le revenu des travailleurs, le Tribunal fédéral a constaté que ni l'aLIFD ni l'aLHID ni
l'aLISP, dans leur teneur applicable aux années 2008 à 2013 alors litigieuses, ne prévoyaient de principe selon lequel les revenus périodiques devaient être annualisés aux fins de la détermination du taux de l'impôt (arrêt 9C 689/2022 consid. 8.3.4). En particulier, l'annualisation litigieuse ne pouvait pas reposer sur les art. 209 al. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 164 Legislazione - 1 Tutte le disposizioni importanti che contengono norme di diritto sono emanate sotto forma di legge federale. Vi rientrano in particolare le disposizioni fondamentali in materia di:
1    Tutte le disposizioni importanti che contengono norme di diritto sono emanate sotto forma di legge federale. Vi rientrano in particolare le disposizioni fondamentali in materia di:
a  esercizio dei diritti politici;
b  restrizioni dei diritti costituzionali;
c  diritti e doveri delle persone;
d  cerchia dei contribuenti, oggetto e calcolo dei tributi;
e  compiti e prestazioni della Confederazione;
f  obblighi dei Cantoni nell'attuazione e esecuzione del diritto federale;
g  organizzazione e procedura delle autorità federali.
2    Competenze normative possono essere delegate mediante legge federale, sempreché la presente Costituzione non lo escluda.
aLIFD (actuel art. 40 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 40 Periodo fiscale - 1 Per periodo fiscale si intende l'anno civile.
1    Per periodo fiscale si intende l'anno civile.
2    L'imposta sul reddito è fissata e riscossa per ogni periodo fiscale.
3    Se le condizioni d'assoggettamento sono realizzate unicamente per una parte del periodo fiscale, l'imposta è riscossa sui proventi conseguiti durante questa parte. Per i proventi periodici l'aliquota di imposta si determina in funzione del reddito calcolato su 12 mesi; i proventi non periodici sono assoggettati a un'imposta annua intera, ma non sono convertiti in un reddito annuo per la fissazione dell'aliquota. È fatto salvo l'articolo 38.
LIFD) et 63 al. 3 aLHID (actuel art. 15 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 15 Periodo fiscale - 1 Il periodo fiscale corrisponde all'anno civile.
1    Il periodo fiscale corrisponde all'anno civile.
2    Le imposte sul reddito e sulla sostanza sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
3    Se le condizioni d'assoggettamento sono realizzate unicamente per una parte del periodo fiscale, l'imposta è riscossa sui proventi conseguiti durante questa parte. Per i proventi periodici, l'aliquota d'imposta si determina in funzione del reddito calcolato su dodici mesi; i proventi non periodici sono assoggettati a un'imposta annua intera, ma non sono convertiti in un reddito annuo per la fissazione dell'aliquota. Sono fatti salvi gli articoli 4b e 11 capoverso 3.
LHID). L'annualisation des revenus périodiques que ces articles prévoyaient était une règle d'imposition dans le temps, destinée à s'assurer que les contribuables qui n'étaient assujettis à l'impôt de manière illimitée que durant une partie de l'année soient imposés selon leur capacité économique (art. 127 al. 2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
Cst.), compte tenu de la progressivité des taux de l'impôt sur le revenu. L'annualisation litigieuse n'avait toutefois rien à voir avec une question d'imposition dans le temps; au demeurant, ces dispositions ne s'appliquaient de toute manière pas aux personnes qui n'étaient assujetties à l'impôt que de manière limitée en Suisse (arrêt 9C 689/2022 consid. 8.3.5). Par ailleurs, le fait que l'art. 1 al. 3 aOIS prévoyait la conversion sur une année des revenus périodiques réguliers ne palliait pas l'absence de base
légale formelle dans l'aLIFD. Finalement, si le Tribunal fédéral avait retenu, dans l'arrêt publié aux ATF 131 II 562, que l'annualisation des revenus pour fixer le taux de l'impôt était un principe généralement admis pour l'imposition des revenus à caractère périodique soumis à un taux progressif, il s'agissait précisément de l'annualisation liée à l'imposition dans le temps, ce qui n'était pas le cas de l'annualisation litigieuse. Le Tribunal fédéral en a conclu que, faute de base légale durant les années litigieuses, il était exclu de procéder à l'annualisation de revenus de travailleurs imposés à la source pour fixer le taux de l'impôt.

7.3.2. Il découle de ce qui précède que c'est à juste titre que le recourant conteste l'annualisation de son revenu pour la fixation du taux, car ce mécanisme ne repose sur aucune base légale durant les périodes fiscales litigieuses. Son grief est donc admis, par substitution de motifs.

7.4. Reste encore à déterminer si, comme le soutient le recourant, les revenus que lui et son épouse ont réalisés en France en 2012 et 2013 doivent être pris en compte pour déterminer le taux de l'impôt à la source.

7.4.1. Au vu de la progressivité des taux de l'impôt à la source (supra consid. 6.2), tenir compte de ces revenus pour déterminer le taux aboutirait forcément à alourdir la charge fiscale du recourant par rapport à un impôt calculé sur la seule base de son revenu suisse. On peut donc se demander si le recourant a véritablement intérêt à formuler un tel grief. Cette question souffre toutefois de rester indécise au vu de ce qui suit.

7.4.2. Selon l'art. 7 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 7 - 1 Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
1    Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
2    I contribuenti domiciliati all'estero devono le imposte per imprese, stabilimenti d'impresa e fondi in Svizzera almeno al tasso corrispondente al reddito conseguito in Svizzera.
LIFD, les personnes physiques qui ne sont que partiellement assujetties à l'impôt sur le revenu en Suisse se voient appliquer le taux auquel leur revenu serait imposé si tous les éléments étaient imposables en Suisse. Cette disposition, qui pose le principe de la réserve de l'application du taux correspondant au revenu global net (JEAN-BLAISE PASCHOUD/DANIEL DE VRIES REILINGH, in Impôt fédéral direct [LIFD], Commentaire romand, 2e éd. 2017, n° 6 ad art. 7
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 7 - 1 Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
1    Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
2    I contribuenti domiciliati all'estero devono le imposte per imprese, stabilimenti d'impresa e fondi in Svizzera almeno al tasso corrispondente al reddito conseguito in Svizzera.
LIFD), ne s'applique toutefois en principe que pour les personnes soumises à l'impôt selon la procédure ordinaire, mais pas aux personnes imposées à la source de manière définitive (cf. arrêt 2P.145/1999 du 31 janvier 2000 consid. 3a/bb, in RF 55/2000, p. 438; STEFAN OESTERHELT/SUSANNE SCHREIBER, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Kommentar, 4e éd. 2022, n° 4 ad art. 7 DBG; PASCHOUD/DE VRIES REILINGH, in op. cit., n° 4 ad art. 7
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 7 - 1 Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
1    Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
2    I contribuenti domiciliati all'estero devono le imposte per imprese, stabilimenti d'impresa e fondi in Svizzera almeno al tasso corrispondente al reddito conseguito in Svizzera.
LIFD). L'art. 7 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 7 - 1 Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
1    Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
2    I contribuenti domiciliati all'estero devono le imposte per imprese, stabilimenti d'impresa e fondi in Svizzera almeno al tasso corrispondente al reddito conseguito in Svizzera.
LIFD ne s'applique donc pas aux travailleurs domiciliés à l'étranger soumis à l'impôt à la source pour le revenu de leur activité lucrative réalisé en Suisse en vertu de l'art. 91
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 91 Lavoratori assoggettati all'imposta alla fonte - 1 I frontalieri, i dimoranti settimanali e i dimoranti di breve durata domiciliati all'estero sono assoggettati all'imposta alla fonte conformemente agli articoli 84 e 85 per il loro reddito da attività lucrativa dipendente conseguito in Svizzera. Ne sono eccettuati i redditi assoggettati all'imposizione secondo la procedura di conteggio semplificata di cui all'articolo 37a.
1    I frontalieri, i dimoranti settimanali e i dimoranti di breve durata domiciliati all'estero sono assoggettati all'imposta alla fonte conformemente agli articoli 84 e 85 per il loro reddito da attività lucrativa dipendente conseguito in Svizzera. Ne sono eccettuati i redditi assoggettati all'imposizione secondo la procedura di conteggio semplificata di cui all'articolo 37a.
2    Sono assoggettate all'imposta alla fonte conformemente agli articoli 84 e 85 anche le persone domiciliate all'estero che lavorano, nel traffico internazionale, a bordo di una nave o di un battello, di un aeromobile o di un veicolo di trasporto stradale, e che ricevono un salario o altre rimunerazioni da un datore di lavoro avente sede o stabilimento d'impresa in Svizzera; ne è eccettuata l'imposizione dei marittimi che lavorano a bordo di navi d'alto mare..
LIFD. Leur revenu doit donc être imposé pour lui-même (principe de l'"Einzelbetrachtung"; PASCHOUD/DE VRIES
REILINGH, in op. cit., n° 7 let. a ad art. 7
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 7 - 1 Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
1    Le persone fisiche parzialmente assoggettate all'imposta sul reddito in Svizzera devono l'imposta sugli elementi imponibili in Svizzera al tasso corrispondente alla totalità dei loro redditi.
2    I contribuenti domiciliati all'estero devono le imposte per imprese, stabilimenti d'impresa e fondi in Svizzera almeno al tasso corrispondente al reddito conseguito in Svizzera.
LIFD; PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, Art. 1-48 DBG, 2e éd. 2019, n° 14 ad art. 7 DBG; OESTERHELT/SCHREIBER, in op. cit., n° 12 ad art. 7 DBG).

7.4.3. Il découle de ce qui précède que le revenu brut du recourant doit être imposé sans tenir compte des revenus que lui ou son épouse ont réalisés à l'étranger.

8.
Ce qui précède conduit à l'admission du recours. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration cantonale pour qu'elle recalcule les montants d'impôt à la source sur le revenu brut du recourant au taux correspondant à ce revenu brut pour chacune des périodes litigieuses, c'est-à-dire sans annualiser son salaire brut ni tenir compte des revenus réalisés à l'étranger pour déterminer le taux de l'impôt. Comme les retenues à la source effectuées initialement par la Société paraissent très peu élevées au regard du revenu brut réalisé par le recourant (372 fr. 10 en 2012 et 1'965 fr. 10 en 2013), il est probable que ce recalcul aboutisse au constat que de l'impôt à la source a été insuffisamment prélevé pour les périodes fiscales 2012 et 2013. Toutefois, et conformément à l'arrêt 9C 689/2022 du 12 avril 2023 consid. 13.1, l'Administration cantonale ne pourra réclamer les montants concernés qu'auprès de la Société dans le cadre de la procédure de rappel d'impôt, et non auprès du recourant dans le cadre de la procédure de rectification. Cette solution se justifie par le fait que seule la Société est légalement responsable du paiement de l'impôt à la source (supra consid. 6.3).

9.
Au vu de l'issue de la procédure, les frais judiciaires seront mis à la charge du canton de Genève (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
et 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Le recourant, qui a agi seul, n'a pas droit à des dépens.

10.
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté offerte par l'art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
LTF et renverra la cause à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais de la procédure antérieure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis. L'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 26 avril 2022 est annulé et la cause est renvoyée à l'Administration cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.

3.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais de la procédure antérieure.

4.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lucerne, le 24 avril 2023
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Parrino

La Greffière : Vuadens