Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 57/2018

Urteil vom 23. Januar 2020

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Seiler, Präsident,
Bundesrichter Zünd,
Bundesrichterin Aubry Girardin,
Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,
Gerichtsschreiber Quinto.

Verfahrensbeteiligte
A.________-Gruppe Genossenschaft,
vertreten durch Peter Riedweg und/oder Stefan Oesterhelt, Rechtsanwälte,
Beschwerdeführerin,

gegen

Kantonales Steueramt Aargau,
Tellistrasse 67, 5001 Aarau,

Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt, Fischmarkt 10, 4051 Basel.

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Aargau, Steuerperiode 2012,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau, 2. Kammer, vom 30. November 2017 (WBE.2017.246).

Sachverhalt:

A.

A.a. Die A.________ Genossenschaft mit Sitz in Basel umfasste einerseits das operative Detailhandelsgeschäft mit zahlreichen Betriebsstätten in den verschiedenen Kantonen, insbesondere im Kanton Aargau, und übte andererseits die schweizweiten Leitungsfunktionen aus. In diesem Rahmen hielt sie auch diverse Beteiligungen, Immobilien und die Immaterialgüterrechte der gesamten A.________-Gruppe (insbesondere die Marke "A.________", aber auch Marken wie B.________ und C.________). Mit Vereinbarung vom 12. April 2013 wurden das operative Detailhandelsgeschäft und damit die Betriebsstätten mittels Vermögensübertragung (Ausgliederung) gemäss Art. 69
SR 221.301 Legge federale del 3 ottobre 2003 sulla fusione, la scissione, la trasformazione e il trasferimento di patrimonio (Legge sulla fusione, LFus) - Legge sulla fusione
LFus Art. 69 - 1 Le società iscritte nel registro di commercio, le società in accomandita per investimenti collettivi di capitale, le società di investimento a capitale variabile e le imprese individuali iscritte nel registro di commercio possono trasferire l'intero patrimonio o parte di esso, con attivi e passivi, a un altro soggetto giuridico di diritto privato.46 Il capitolo 3 (Scissione di società) si applica se ai soci della società trasferente sono attribuiti quote sociali o diritti societari della società assuntrice.
1    Le società iscritte nel registro di commercio, le società in accomandita per investimenti collettivi di capitale, le società di investimento a capitale variabile e le imprese individuali iscritte nel registro di commercio possono trasferire l'intero patrimonio o parte di esso, con attivi e passivi, a un altro soggetto giuridico di diritto privato.46 Il capitolo 3 (Scissione di società) si applica se ai soci della società trasferente sono attribuiti quote sociali o diritti societari della società assuntrice.
2    Sono fatte salve le disposizioni legali e statutarie relative alla protezione del capitale e alla liquidazione.
Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (FusG; SR 221.301) auf die neu gegründete und per 6. Mai 2013 in das Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragene Tochtergesellschaft "A.________ Genossenschaft" überführt. Rechnungslegungsmässig und vertraglich erfolgte diese Übertragung rückwirkend per 1. Januar 2013. Ebenfalls am 6. Mai 2013 änderte die ursprüngliche A.________ Genossenschaft bzw. neue Muttergesellschaft ihren statutarischen Zweck in jenen einer Konzernobergesellschaft (insbesondere Halten und Verwalten von Beteiligungen und
Verwaltung sowie Verwertung der Markenrechte) und firmierte neu als "A.________-Gruppe Genossenschaft", wobei der Sitz unverändert in Basel belassen wurde. Die Immaterialgüterrechte der A.________-Gruppe verblieben bei der "A.________-Gruppe Genossenschaft". Im Rahmen eines Steuerrulings der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt (StV BS) vom 19. März 2013 wurden die stillen Reserven auf diesen Immaterialgüterrechten mit Fr. 1'208.6 Mio. beziffert und diesbezüglich seitens der StV BS einem Steueraufschub gemäss § 80 Abs. 2 Steuergesetz vom 12. April 2000 des Kantons Basel-Stadt (StG BS; SG 640.100) zugestimmt. Schliesslich wurde der A.________-Gruppe Genossenschaft mit Verfügung der StV BS vom 22. Mai 2015 rückwirkend per 1. Januar 2013 der Status einer privilegiert besteuerten Holdinggesellschaft nach dem StG BS zugesprochen.

A.b. Die A.________-Gruppe Genossenschaft und die StV BS gingen und gehen davon aus, dass trotz Umstrukturierung und des Statuswechsels zur Holdinggesellschaft keine Besteuerung der genannten stillen Reserven erfolgt, da aufgrund des StG BS ein Steueraufschub für die gesamten stillen Reserven greife, sofern die Immaterialgüterrechte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert würden. Das Kantonale Steueramt Aargau (KSt AG) stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, dass ein Teil der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten den aargauischen Betriebsstätten zuzuordnen sei und beanspruchte deshalb die quotale Besteuerung dieser ihrer Ansicht nach realisierten stillen Reserven im Rahmen der Steuerperiode 2012. Die A.________-Gruppe Genossenschaft und die StV BS wiederum sind der Auffassung, bis am 31. Dezember 2012 habe weder eine Umstrukturierung noch ein Statuswechsel stattgefunden, weshalb in der Steuerperiode 2012 keine stillen Reserven realisiert worden seien. Ab der Steuerperiode 2013 verfüge die A.________-Gruppe Genossenschaft mit Sitz in Basel, welche die Immaterialgüterrechte halte, zudem über keine Betriebsstätten mehr im Kanton Aargau, da letztere Teil der Tochtergesellschaft A.________
Genossenschaft seien, weshalb im Kanton Aargau ein Anknüpfungspunkt für die Besteuerung der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten fehle. Einzig der Kanton Basel-Stadt verfüge diesbezüglich über die Steuerhoheit.

B.
Mit Veranlagungsverfügung vom 17. August 2015 gegenüber der A.________-Gruppe Genossenschaft setzte das KSt AG den steuerbaren Gewinn für das Steuerjahr 2012 auf Fr. 1'097'547'074.-- fest und beanspruchte davon für die Steuerperiode 2012 eine Quote von 5.618 % zur Besteuerung (Kantons- und Gemeindesteuern). Ausserdem wurden die entsprechenden Steuerrückstellungen auf 13 % der Aufrechnung (rund Fr. 157 Mio.) festgelegt. Die dagegen erhobene Einsprache blieb gemäss Einspracheentscheid des KSt AG vom 22. Dezember 2015 erfolglos. Der dagegen eingelegte Rekurs wurde mit Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. April 2017 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat die entsprechende Verwaltungsgerichtsbeschwerde der A.________-Gruppe Genossenschaft mit Urteil vom 30. November 2017 abgewiesen.

C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Januar 2018 an das Bundesgericht beantragt die A.________-Gruppe Genossenschaft (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns ohne Aufrechnung eines steuersystematisch realisierten Gewinns aufgrund des Statuswechsels in Basel. Eventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und der steuerbare Reingewinn der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 auf den Betrag von Fr. 46'065'074.-- festzusetzen. Subeventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zur Festlegung des steuerbaren Reingewinns der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 unter Berücksichtigung des abzugsfähigen Steueraufwands (Steuerrückstellungen) zum Gesamtsteuersatz an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei der abzugsfähige Steueraufwand (Steuerrückstellungen) der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 im Zusammenhang mit dem angenommenen steuersystematisch realisierten Gewinn aufgrund des Statuswechsels in Basel auf Fr. 288'613'680.-- festzusetzen.
Das KSt AG hat am 20. Februar 2018 eine Beschwerdeantwort eingereicht und die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 14. März 2018 repliziert. Die StV BS ist vom Bundesgericht von Amtes wegen zur Vernehmlassung eingeladen worden und schliesst sich in ihrer Eingabe vom 26. Februar 2018 den Ausführungen der Beschwerdeführerin an.

Erwägungen:

1.

1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, Art. 83 e
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
und Art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
BGG; Art. 73
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).

1.2. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
(in erster Linie Bundes- und Völkerrecht) und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG), prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
und 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144). Der Eingriff in kantonales oder kommunales Recht bildet nur insofern einen eigenständigen Beschwerdegrund, als die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte oder kantonaler Bestimmungen zum Stimm- und Wahlrecht geltend gemacht wird (Art. 95 lit. c
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
und d BGG). Abgesehen davon kann das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts lediglich daraufhin überprüfen, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
, b und e BGG). Dabei steht die Verletzung des Willkürverbots (Art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
BV) im Vordergrund (BGE 138 I 162 E. 3.3 S. 166; 136 I 241 E. 2.5.2 S. 250).
In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten und weiteren verfassungsmässigen Rechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht, das heisst in der Beschwerde ist klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern die angerufenen Rechte verletzt sein sollen (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
BGG; BGE 142 II 369 E. 2.1 S. 372; 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 136 II 304 E. 2.5 S. 314; Urteil 2C 138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.3).

1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ist von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG) oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
BGG) möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
BGG beruhen, sprich eine im Sinne von Art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
BV willkürliche Sachverhaltsfeststellung vorliegt und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.; 140 III 264 E. 2.3 S. 265 f.). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung geht das Gericht nicht ein (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 139 II 404 E. 10.1 S. 444 f.).

1.4. Gemäss Art. 102 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 102 Scambio di scritti - 1 Se necessario, il Tribunale federale notifica il ricorso all'autorità inferiore e a eventuali altre parti, altri partecipanti al procedimento o autorità legittimate a ricorrere impartendo loro un termine per esprimersi in merito.
1    Se necessario, il Tribunale federale notifica il ricorso all'autorità inferiore e a eventuali altre parti, altri partecipanti al procedimento o autorità legittimate a ricorrere impartendo loro un termine per esprimersi in merito.
2    L'autorità inferiore gli trasmette gli atti entro tale termine.
3    Di regola non si procede a un ulteriore scambio di scritti.
BGG sind in das Verfahren die Vorinstanz, die anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden einzubeziehen. Wer zu den "anderen Beteiligten" gehört, bestimmt das Bundesgericht von Amtes wegen. Die prozessuale Beiladung bedingt, dass die anderen Beteiligten zum rechtshängigen Rechtsverhältnis in einer besonders engen Beziehung stehen. Es ist mithin ein besonders schutzwürdiges Interesse erforderlich. Die beizuladende Dritte bzw. "andere Beteiligte" muss durch den Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens in rechtlicher oder tatsächlicher Weise hinreichend berührt sein, ohne dass eine derart intensive Betroffenheit verlangt wird, dass sie formell als Gegenpartei auftreten könnte (BGE 135 II 384 E. 1.2.1 S. 387; Urteil 2C 64/2013 vom 26. September 2014 E. 1.4.1 mit Hinweisen; JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 27 zu Art. 102; NICOLAS VON WERDT, in: Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2. Aufl. 2015, N. 12 f. zu Art. 102
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 102 Scambio di scritti - 1 Se necessario, il Tribunale federale notifica il ricorso all'autorità inferiore e a eventuali altre parti, altri partecipanti al procedimento o autorità legittimate a ricorrere impartendo loro un termine per esprimersi in merito.
1    Se necessario, il Tribunale federale notifica il ricorso all'autorità inferiore e a eventuali altre parti, altri partecipanti al procedimento o autorità legittimate a ricorrere impartendo loro un termine per esprimersi in merito.
2    L'autorità inferiore gli trasmette gli atti entro tale termine.
3    Di regola non si procede a un ulteriore scambio di scritti.
BGG). Die vorinstanzlich entschiedene, quotale Besteuerung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten im Kanton Aargau scheint im Widerspruch zu dem vom Kanton Basel-Stadt gewährten, umfassenden Steueraufschub bezüglich dieser
stillen Reserven zu stehen. Bei einem allfälligen, späteren Dahinfallen des Steueraufschubs im Kanton Basel-Stadt würde letzterer ausserdem vor der Situation stehen, dass ein Teil dieser stillen Reserven bereits von einem anderen Kanton besteuert wurde. Der Kanton Basel-Stadt respektive die StV BS sind deshalb durch den Ausgang des vorliegenden Verfahrens hinreichend berührt, weshalb die Beiladung der StV BS gerechtfertigt ist. Letztere hat ausserdem durch ihre Vernehmlassung zum Ausdruck gebracht, am Verfahren teilnehmen zu wollen.

2.

2.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Legalitätsprinzips im Steuerrecht (Art. 127 Abs. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV), da das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG AG; SAR 651.100), insbesondere dessen § 71 Abs. 5 (in der Fassung vom 22. August 2006, in Kraft ab 1. Januar 2007; AGS 2006 S. 355), keine genügende gesetzliche Grundlage für eine Besteuerung der stillen Reserven im vorliegenden Fall enthalte.

2.2. Handelt es sich um harmonisiertes kantonales Steuerrecht, prüft das Bundesgericht dessen Anwendung grundsätzlich mit voller Kognition, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. Soweit das Harmonisierungsrecht den Kantonen allerdings einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre") belässt oder keine Anwendung findet, handelt es sich bei der kantonalen Norm um (rein) kantonales Recht, dessen Anwendung nur auf Verfassungs- und Völkerrechtskonformität hin untersucht wird. Neben der Einhaltung des Willkürverbots (Art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
BV) geht es dabei insbesondere um die Respektierung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht (Art. 127 Abs. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV; BGE 134 II 207 E. 2 S. 209 f.; Urteil 2C 583/2014 vom 9. Februar 2015 E. 1.2.2, nicht publ. in: BGE 141 II 207; Urteile 2C 138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.2 und 1.3.3; 2C 552/2012 vom 3. Dezember 2012 E. 2.1 und 5; 2C 645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.5).
Mit freier Kognition ist wiederum zu prüfen, ob die kantonalrechtliche Lösung, welche einen kantonalen Freiraum betrifft, die Anwendung des Steuerharmonisierungsrechts weder in seiner horizontalen noch vertikalen Harmonisierungsfunktion beeinträchtigt (Urteile 2C 583/2014 vom 9. Februar 2015 E. 1.2.2 mit Hinweisen, nicht publ. in: BGE 141 II 207; 2C 138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.2 mit Hinweisen).

2.3. § 71 Abs. 5 StG AG (in der vom 1. Januar 2007 bis 31. Dezember 2013 gültigen Fassung; AGS 2006 S. 355) lautet folgendermassen:
d) Umstrukturierungen
[...]
5 Über stille Reserven, die im Rahmen einer Umstrukturierung gemäss Absatz 1 oder einer Vermögensübertragung gemäss Absatz 3 in eine Holdinggesellschaft, in eine Verwaltungsgesellschaft oder in eine internationale Konzernkoordinationszentrale gelangen, wird steuerlich abgerechnet. Gleiches gilt beim Übergang zur Besteuerung nach § 68 Abs. 3, § 78 oder § 79. Ausgenommen sind stille Reserven auf Liegenschaften und auf Beteiligungen, für die eine Ermässigung auf der Gewinnsteuer nach § 77 möglich gewesen wäre. Die stillen Reserven auf Liegenschaften unterliegen der Besteuerung nach § 78 Abs. 2 oder § 79 Abs. 1 lit. b.
§ 80 Abs. 1 und 2 StG BS lauten demgegenüber folgendermassen:
d) Änderung des Steuerstatus
1 Fallen die stillen Reserven einer juristischen Person infolge ihrer Anerkennung als Holding- oder Domizilgesellschaft (Statusänderung) unter die privilegierte Besteuerung gemäss §§ 78 oder 79, so wird im Zeitpunkt der Statusänderung über diese Reserven steuerlich abgerechnet.
2 Die steuerliche Abrechnung über die stillen Reserven auf Beteiligungen von mindestens CHF 1'000'000 und Immaterialgüterrechten kann auf Antrag hin unterbleiben, sofern diese Vermögenswerte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert werden. Werden sie vor Ablauf dieser Frist veräussert, so wird auf den stillen Reserven zum Zeitpunkt der Statusänderung eine Jahressteuer von 15 Prozent erhoben; Abzüge werden keine gewährt.

2.4. Die Vorinstanz und das KSt AG sind der Auffassung, es sei überspitzt formalistisch, die Beschwerdeführerin nur bis zur Übertragung des Detailhandelsgeschäfts als qua Betriebsstätte im Kanton Aargau steuerpflichtig zu behandeln. § 71 Abs. 5 StG AG umfasse die gesamte Umstrukturierung bis zu deren Abschluss bzw. diese sei als einheitlicher Geschäftsvorgang zu betrachten, wobei es keine Rolle spiele, ob die steuersystematische Realisierung der stillen Reserven im Jahr 2012 oder 2013 stattgefunden habe. Art. 22 Abs. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 22 Modifica dell'assoggettamento - 1 La persona giuridica che trasferisce la sede o l'amministrazione effettiva da un Cantone a un altro nel corso di un periodo fiscale è assoggettata all'imposta in entrambi i Cantoni per l'intero periodo fiscale. L'autorità di tassazione ai sensi dell'articolo 39 capoverso 2 è quella del Cantone della sede o dell'amministrazione effettiva alla fine del periodo fiscale.
1    La persona giuridica che trasferisce la sede o l'amministrazione effettiva da un Cantone a un altro nel corso di un periodo fiscale è assoggettata all'imposta in entrambi i Cantoni per l'intero periodo fiscale. L'autorità di tassazione ai sensi dell'articolo 39 capoverso 2 è quella del Cantone della sede o dell'amministrazione effettiva alla fine del periodo fiscale.
2    L'assoggettamento in un Cantone diverso da quello della sede o dell'amministrazione effettiva in virtù dell'appartenenza economica, giusta l'articolo 21 capoverso 1, vale per l'intero periodo fiscale, anche se è cominciato, è stato modificato o è stato soppresso nel corso del periodo stesso.
3    L'utile e il capitale sono ripartiti fra i Cantoni interessati sulla base delle regole del diritto federale concernenti il divieto di doppia imposizione intercantonale, applicabili per analogia.
StHG sehe eine wirtschaftliche Zugehörigkeit für die ganze Steuerperiode vor. § 71 Abs. 5 StG AG enthalte zwar keine spezifischen bemessungs- und veranlagungstechnischen Regeln. Die Situation sei jedoch mit der Auflösung der Gesellschaft oder dem Wegzug ins Ausland vergleichbar, weshalb § 92 Abs. 3 StG AG analog anwendbar sei. Der Gesetzgeber habe mit § 71 Abs. 5 StG AG alle Fallkonstellationen erfassen und Lücken schliessen wollen. Dies komme durch die Wortlaute "Umstrukturierungen" und "gelangen" in § 71 Abs. 5 StG AG zum Ausdruck. Demgemäss spiele es keine Rolle, dass der Betrieb in die Tochtergesellschaft verschoben und die Markenrechte bzw. stillen Reserven gar nicht übertragen worden, sondern bei der
Holdinggesellschaft verblieben seien. Die Abrechnung der stillen Reserven im letzten Jahr der ordentlichen Veranlagung im Kanton Aargau (2012) sei zulässig. Die gesetzliche Grundlage für die Besteuerung der stillen Reserven im Kanton Aargau sei gegeben.
Die Beschwerdeführerin vertritt dagegen die Auffassung, ab 1. Januar 2013 sei sie im Kanton Aargau nicht mehr steuerlich ansässig gewesen. Der Kanton Aargau besteuere einen Statuswechsel, der sich im Jahr 2013 ereignet habe, in der Steuerperiode 2012. Die Steuerhoheit für diesen Vorgang liege ausschliesslich beim Kanton Basel-Stadt. Der Kanton Aargau könne nicht den Realisationszeitpunkt in das Jahr 2012 verschieben. Die steuersystematische Erfassung der stillen Reserven sei nicht durch den Wegfall des anteilsmässigen Besteuerungsrechts (aufgrund Betriebsstätte), sondern durch den Statuswechsel im Jahr 2013 erfolgt. Es liege keine zu füllende Gesetzeslücke vor, sondern der Kanton Basel-Stadt habe für diese Situation mit § 80 Abs. 2 StG BS eine abschliessende Regelung getroffen. § 71 Abs. 5 StG AG erlaube nur eine Besteuerung bei Übertragung der stillen Reserven auf eine steuerprivilegierte Gesellschaft oder (unter anderem) bei einem Statuswechsel zu einer Holdinggesellschaft (§ 78 StG AG). Weder habe eine Übertragung stattgefunden noch sei es im Kanton Aargau zu einem Statuswechsel gekommen. § 71 Abs. 5 StG AG sehe keinen Eingriff in die Steuerhoheit eines anderen Kantons vor. Das Legalitätsprinzip im Steuerrecht sei verletzt.

3.

3.1. Das StHG enthält mit Ausnahme von Art. 24 Abs. 3quater lit. b keine Bestimmung, welche die Besteuerung stiller Reserven beim Übergang in den von der kantonalen Gewinnsteuer befreiten Bereich, insbesondere zu einer Holdinggesellschaft, vorsieht. Art. 24 Abs. 3quater
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.110
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.111 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.112
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.113
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.114 115
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.116
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.117
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
StHG knüpft ausserdem nur an Konzernverhältnisse an. Die Kantone sind deshalb abgesehen von der genannten Ausnahme grundsätzlich frei, eine Regelung bezüglich der Besteuerung der stillen Reserven bei einem Statuswechsel vorzusehen (JULIA VON AH/DANIELA C. FISCHER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Kommentar StHG], 3. Aufl. 2017, N. 123 zu Art. 28
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 28 Casi particolari - 1 Per le società di capitali o le società cooperative che possiedono almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di un'altra società oppure partecipano in ragione almeno del 10 per cento agli utili e alle riserve di un'altra società o i cui diritti di partecipazione hanno un valore venale di almeno un milione di franchi, l'imposta sull'utile è ridotta nella proporzione esistente fra il ricavo netto dei diritti di partecipazione e l'utile netto complessivo.144 Il ricavo netto corrisponde al reddito delle partecipazioni dedotti i relativi costi di finanziamento e un contributo del 5 per cento per la copertura delle spese amministrative; è fatta salva la prova delle spese amministrative effettive. Si considerano costi di finanziamento gli interessi passivi nonché gli altri costi economicamente equiparabili agli interessi passivi.145
1    Per le società di capitali o le società cooperative che possiedono almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di un'altra società oppure partecipano in ragione almeno del 10 per cento agli utili e alle riserve di un'altra società o i cui diritti di partecipazione hanno un valore venale di almeno un milione di franchi, l'imposta sull'utile è ridotta nella proporzione esistente fra il ricavo netto dei diritti di partecipazione e l'utile netto complessivo.144 Il ricavo netto corrisponde al reddito delle partecipazioni dedotti i relativi costi di finanziamento e un contributo del 5 per cento per la copertura delle spese amministrative; è fatta salva la prova delle spese amministrative effettive. Si considerano costi di finanziamento gli interessi passivi nonché gli altri costi economicamente equiparabili agli interessi passivi.145
1bis    I Cantoni possono estendere la riduzione agli utili in capitale delle partecipazioni come pure al ricavo della vendita dei relativi diritti d'opzione se la partecipazione alienata era almeno pari al 10 per cento del capitale azionario o sociale di un'altra società oppure dava diritto ad almeno il 10 per cento degli utili e delle riserve di un'altra società ed era per almeno un anno detenuta dalla società di capitali o dalla società cooperativa. Se in seguito ad alienazione parziale della partecipazione la percentuale scende al di sotto del 10 per cento, la riduzione per ciascun utile ulteriore da alienazione può essere accordata soltanto a condizione che i diritti di partecipazione alla fine dell'anno fiscale precedente l'alienazione corrispondevano a un valore venale di almeno un milione di franchi.146
1ter    Il ricavo dell'alienazione è considerato nel calcolo della riduzione solo in quanto superi i costi d'investimento. Le rettifiche di valore e gli ammortamenti sul costo d'investimento di partecipazioni del 10 per cento almeno sono computati negli utili imponibili per quanto non siano più giustificati.147
1quater    Riguardo alle società madri delle banche di rilevanza sistemica di cui all'articolo 7 capoverso 1 della legge dell'8 novembre 1934148 sulle banche (LBCR), per il calcolo del ricavo netto di cui al capoverso 1 non sono considerati né i costi di finanziamento né i crediti iscritti a bilancio derivanti dal trasferimento interno al gruppo di risorse, relativi agli strumenti di capitale di terzi secondo l'articolo 11 capoverso 4 o 30b capoverso 6 o 7 lettera b LBCR approvati dall'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari ai fini dell'adempimento di esigenze prudenziali.149
2    a 5 ...150
6    Non sono ammesse altre eccezioni al calcolo ordinario dell'imposta prescritto dall'articolo 27.
StHG; PETER RIEDWEG, Wechsel vom privilegierten zum ordentlichen Steuerstatus, in: Festschrift für Markus Reich, Dogmatik und Praxis im Steuerrecht, 2014, S. 141 ff., S. 149). Von dieser Freiheit haben die Kantone in unterschiedlicher Weise Gebrauch gemacht, indem die stillen Reserven bei einem Statuswechsel mit oder ohne Umstrukturierung voll oder teilweise besteuert oder die Besteuerung aufgeschoben wird. Insbesondere bei Immaterialgüterrechten wird die Besteuerung (steuersystematisch realisierter) stiller Reserven
verschiedentlich aufgeschoben (vgl. die Übersicht bei PETER RIEDWEG, a.a.O., S. 150 f.; MARINA ZÜGER, Steuersystematische Realisierung stiller Reserven bei Statusänderungen, in: Festschrift für Markus Reich, Dogmatik und Praxis im Steuerrecht, 2014, S. 125 ff., 131 f.).

3.2. Im Bereich der bundesrechtlichen Abgaben und Steuern (Art. 164 Abs. 1 lit. d
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 164 Legislazione - 1 Tutte le disposizioni importanti che contengono norme di diritto sono emanate sotto forma di legge federale. Vi rientrano in particolare le disposizioni fondamentali in materia di:
1    Tutte le disposizioni importanti che contengono norme di diritto sono emanate sotto forma di legge federale. Vi rientrano in particolare le disposizioni fondamentali in materia di:
a  esercizio dei diritti politici;
b  restrizioni dei diritti costituzionali;
c  diritti e doveri delle persone;
d  cerchia dei contribuenti, oggetto e calcolo dei tributi;
e  compiti e prestazioni della Confederazione;
f  obblighi dei Cantoni nell'attuazione e esecuzione del diritto federale;
g  organizzazione e procedura delle autorità federali.
2    Competenze normative possono essere delegate mediante legge federale, sempreché la presente Costituzione non lo escluda.
BV) sowie der Steuern von Kantonen und Gemeinden (Art. 127 Abs. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV, nebst dem jeweiligen kantonalen Verfassungsrecht) herrschen erhöhte Anforderungen an die Gesetzmässigkeit (BGE 139 II 460 E. 2.1 S. 462 f. mit Hinweisen; Urteil 2C 687/2014 vom 28. August 2015 E. 3.2). Gemäss diesem strengen Legalitätsprinzip verlangt das Erfordernis der Normstufe, dass die Besteuerung in jedem Fall eine rechtssatzmässige und formellgesetzliche Grundlage aufweist. Aufgrund des Erfordernisses der Normdichte müssen zudem der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung in den Grundzügen im formellen Gesetz geregelt sein (BGE 140 I 176 E. 5.2 S. 180; 138 V 32 E. 3.1.1 S. 35; 136 I 142 E. 3.1 S. 144 f.; Urteile 2C 1044/2014 vom 26. November 2015 E. 2.4.1; 2C 687/2014 vom 28. August 2015 E. 3.2; 2C 160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2.1; 2C 552/2012 vom 3. Dezember 2012 E. 5.1). Damit soll auch sichergestellt werden, dass den rechtsanwendenden Behörden kein übermässiger Spielraum verbleibt und die möglichen Steuerpflichten voraussehbar und rechtsgleich sind (BGE 136 II 149 E. 5.1 S. 157; 135 I 130 E. 7.2 S. 140; Urteile 2C 1044/2014 vom 26.
November 2015 E. 2.4.1; 2C 160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2.1).

3.3. § 71 Abs. 5 StG AG erfasst den Übergang stiller Reserven in den auf kantonaler Ebene weitgehend gewinnsteuerfreien Bereich (Holdinggesellschaft, Verwaltungsgesellschaft, internationale Konzernkoordinationszentrale) infolge sowie ohne Umstrukturierung. Der aargauische Gesetzgeber wollte mit der Neufassung von § 71 Abs. 5 StG AG eine Besteuerungslücke schliessen, um die Besteuerung stiller Reserven auch bei einem reinen Statuswechsel ohne Umstrukturierung sicherzustellen (JÜRG ALTDORFER, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4. Aufl. 2015, N. 137 zu § 71 StG AG). Die Bestimmung bezweckt im Sinne einer steuersystematischen Realisierung die Besteuerung sämtlicher stiller Reserven, welche in den von der kantonalen Gewinnsteuer befreiten Bereich wechseln. Dies kommt auch im neutralen Wortlaut "gelangen" zum Ausdruck, wonach nicht eine Übertragung auf eine andere Gesellschaft nötig ist, sondern es genügt, wenn sich die stillen Reserven schliesslich im steuerbefreiten Bereich wiederfinden. Selbst wenn die stillen Reserven bei derselben Gesellschaft verbleiben und diese lediglich den Status einer Holdinggesellschaft annimmt, wird über die stillen Reserven abgerechnet. § 71 Abs. 5 StG AG ist in Verbindung mit den übrigen Absätzen
dieser Regelung und den §§ 68, 77, 78 und 79 genügend dicht bzw. bestimmt, um über die Steuerpflicht bei der steuersystematischen Realisierung stiller Reserven Aufschluss zu geben. Die Vorgaben des Legalitätsprinzips im Steuerrecht sind damit erfüllt. Die vorinstanzliche Auslegung, wonach die vorliegende Umstrukturierung trotz mehrerer Teilschritte als ein Vorgang zu betrachten und der Realisierungszeitpunkt auf den 31. Dezember 2012 festzulegen ist, erscheint nach dem Gesagten und vor dem Hintergrund der bzw. des rückwirkend per 1. Januar 2013 erfolgten Umstrukturierung bzw. Statuswechsels nicht als offensichtlich unhaltbar bzw. willkürlich (vgl. Urteil 2C 655/2015 vom 22. Juni 2016 E. 3.1, nicht publ. in: BGE 142 I 155; BGE 141 I 172 E. 4.3.1 S. 177; 140 III 16 E. 2.1 S. 18 f.). Jedenfalls waren bis am 31. Dezember 2012 noch sämtliche stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten und die aargauischen Betriebsstätten in derselben Gesellschaft vereint. Die Besteuerung der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten durch den Kanton Aargau verstösst somit nicht gegen das Willkürverbot, sofern den aargauischen Betriebsstätten in der Steuerperiode 2012 überhaupt solche stillen Reserven zugeordnet werden können (dazu nachfolgend E.
7 und 8).

4.
Weiter erblickt die Beschwerdeführerin in der Besteuerung durch den Kanton Aargau eine Verletzung des Verbots der interkantonalen Wegzugsbesteuerung. Letzteres kommt in Art. 24 Abs. 2 lit. b
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.110
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.111 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.112
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.113
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.114 115
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.116
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.117
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
StHG zum Ausdruck, wonach kein steuerbarer Gewinn entsteht durch Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen anderen Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden. Es bezweckt eine möglichst umfassende, interkantonale Mobilität von Unternehmen. Steuerliche Zugriffe, welche die interkantonale Mobilität stark einschränken, sollen deshalb vermieden werden (PETER BRÜLISAUER/OLIVER KRUMMENACHER, in: Kommentar StHG, N. 437 zu Art. 24
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.110
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.111 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.112
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.113
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.114 115
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.116
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.117
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
StHG). Vorliegend steht jedoch weder eine Sitzverlegung noch die Verlegung einer Betriebsstätte in Frage. Ausserdem sind die Kantone bezüglich der Regelung der Steuerfolgen der vorliegend betroffenen, steuersystematischen Realisierung stiller Reserven weitgehend frei (vgl. E. 3.1 oben). Eine Regelung wie jene des Kantons Aargau gemäss § 71 Abs. 5 StG AG füllt lediglich den Spielraum aus, der den Kantonen gemäss StHG in diesem Zusammenhang verbleibt. Es ist keineswegs so, dass bezüglich stiller Reserven auf
Immaterialgüterrechten von Bundesrechts wegen ein Steueraufschub oder eine Steuerbefreiung vorgeschrieben ist, wenn diese in den steuerfreien Bereich geraten. Können den aargauischen Betriebsstätten der A.________ Genossenschaft in der Steuerperiode 2012 stille Reserven auf Immaterialgüterrechten zugeordnet werden, kann der Kanton Aargau diese somit gemäss seiner gesetzlichen Regelung besteuern, ohne gegen das interkantonale Wegzugsbesteuerungsverbot zu verstossen.

5.

5.1. Im Weiteren rügt die Beschwerdeführerin, die vorinstanzliche Anwendung von § 71 Abs. 5 StG AG führe zu einer verpönten, interkantonalen, virtuellen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV), da der Kanton Basel-Stadt für das gleiche Steuersubjekt und -objekt einen Steueraufschub vorsehe. Eine virtuelle Doppelbesteuerung liegt vor, wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (BGE 140 I 114 E. 2.3.1 S. 117 f.; 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.; 137 I 145 E. 2.2 S. 147; Urteile 2C 655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.1; 2C 243/2011 vom 1. Mai 2013 E. 1.3). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung setzt die unzulässige, interkantonale, virtuelle Doppelbesteuerung die Verletzung einer Kollisions- bzw. Zuteilungsnorm bezüglich Steuerhoheit voraus. Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; BGE 140 I 114 E. 2.3.1 S. 117 f.; 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.; 137 I 145 E. 2.2 S. 147; Urteil 2C 243/2011
vom 1. Mai 2013 E. 1.3).

5.2. Harmonisierungsrechtlich begründet die Betriebsstätte eines interkantonalen Unternehmens in dem Kanton, in dem nicht der Sitz des Unternehmens liegt, ein Nebensteuerdomizil aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit (Art. 21 Abs. 1 lit. b
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 21 Assoggettamento in virtù dell'appartenenza economica - 1 Le persone giuridiche con sede o amministrazione effettiva fuori Cantone98 sono assoggettate all'imposta se:
1    Le persone giuridiche con sede o amministrazione effettiva fuori Cantone98 sono assoggettate all'imposta se:
a  sono associate a un'impresa commerciale nel Cantone;
b  gestiscono uno stabilimento d'impresa nel Cantone;
c  sono proprietarie di fondi situati nel Cantone o sono titolari su di essi di diritti di godimento reali o di diritti di godimento personali a questi economicamente assimilabili;
d  commerciano immobili siti nel Cantone.
2    Le persone giuridiche con sede e amministrazione effettiva all'estero sono inoltre assoggettate all'imposta se:
a  sono titolari o usufruttuari di crediti garantiti da pegni immobiliari o manuali su fondi situati nel Cantone;
b  fungono da intermediari nel commercio di immobili siti nel Cantone.
StHG). Der Kanton Aargau hat demnach das Recht, die in seinem Kanton gelegenen Betriebsstätten entsprechend den Steuerausscheidungsregeln zu besteuern. Eine virtuelle Doppelbesteuerung liegt damit, auch wenn der Kanton Basel-Stadt bezüglich stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten einen Steueraufschub gewährt, von vornherein nicht vor, denn die Kantone haben wie dargelegt die Freiheit, die Steuerfolgen des Übergang stiller Reserven in den steuerfreien Bereich (unterschiedlich) zu regeln. Die betroffenen Kantone Aargau und Basel-Stadt haben bezüglich der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten eine entsprechende Steuerausscheidung vorzunehmen. Eine andere Frage ist, ob im Kanton Aargau in der Steuerperiode 2012 ein entsprechendes Steuersubstrat (stille Reserven auf Immaterialgüterrechten) bei der Betriebsstätte vorhanden war und dieses im Jahre 2012 realisiert wurde. Dies beschlägt jedoch die Frage des Realisationszeitpunktes (dazu E. 7 unten) und die Ermittlung des Steuersubstrats (dazu
E. 8 unten). Das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung ist somit nicht verletzt.

6.

6.1. Ausserdem rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Massgeblichkeitsprinzips bzw. von Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.110
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.111 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.112
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.113
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.114 115
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.116
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.117
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
StHG. Der Steueranspruch des Kantons Aargau betreffe die Steuerperiode 2012, die Umstrukturierung habe jedoch im Jahr 2013 stattgefunden. Letztere habe in der Jahresrechnung des Geschäftsjahres 2012 keinen Niederschlag gefunden.

6.2. Gemäss dem Massgeblichkeitsprinzip ist die handelsrechtliche Bilanz, welche den handelsrechtlichen Vorschriften entspricht, für die steuerliche Gewinnermittlung und die Steuerbilanz verbindlich, sofern nicht eine steuerrechtliche Korrekturvorschrift eingreift (BGE 141 II 83 E. 3.1 S. 85; 137 II 353 E. 6.2 S. 359; 136 II 83 E. 3.1 S. 92; 132 I 175 E. 2.2 S. 177 f.; Urteil 2C 515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2). Mit einer steuerlichen Korrekturvorschrift soll unter anderem erreicht werden, dass die Ertrags- und Vermögenslage entsprechend der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 127 Principi dell'imposizione fiscale - 1 Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
1    Il regime fiscale, in particolare la cerchia dei contribuenti, l'imponibile e il suo calcolo, è, nelle linee essenziali, disciplinato dalla legge medesima.
2    Per quanto compatibile con il tipo di imposta, in tale ambito vanno osservati in particolare i principi della generalità e dell'uniformità dell'imposizione, come pure il principio dell'imposizione secondo la capacità economica.
3    La doppia imposizione intercantonale è vietata. La Confederazione prende i provvedimenti necessari.
BV) ausgewiesen wird (Urteil 2C 515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.3). Mit dem Übergang stiller Reserven in den steuerfreien Bereich wird deren fiskalische Verknüpfung aufgehoben. Die steuersystematische Realisierung und damit Besteuerung der stillen Reserven bei deren Übergang in den steuerfreien Bereich trägt dem Prinzip der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit Nachachtung und rechtfertigt deshalb eine Durchbrechung des Massgeblichkeitsprinzips (vgl. MARINA ZÜGER, a.a.O., S. 127; MARKUS REICH/JULIA VON AH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [Kommentar DBG], 3.
Aufl. 2017, N. 28 zu Art. 18
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 18 Principio - 1 Sono imponibili tutti i proventi dall'esercizio di un'impresa, commerciale, industriale, artigianale, agricola o forestale, da una libera professione e da ogni altra attività lucrativa indipendente.
1    Sono imponibili tutti i proventi dall'esercizio di un'impresa, commerciale, industriale, artigianale, agricola o forestale, da una libera professione e da ogni altra attività lucrativa indipendente.
2    Fanno parte dei proventi da attività indipendente anche tutti gli utili in capitale conseguiti mediante alienazione, realizzazione o rivalutazione contabile di elementi della sostanza commerciale. Il trasferimento di questi elementi nella sostanza privata o in imprese o stabilimenti d'impresa siti all'estero è equiparato all'alienazione. La sostanza commerciale comprende tutti i valori patrimoniali che servono integralmente o in modo preponderante all'attività lucrativa indipendente; lo stesso dicasi delle partecipazioni di almeno il 20 per cento al capitale azionario o al capitale sociale di una società di capitali o di una società cooperativa, purché il proprietario le dichiari come sostanza commerciale al momento del loro acquisto. Rimane salvo l'articolo 18b.30
3    L'articolo 58 s'applica per analogia ai contribuenti che tengono una contabilità in buona e debita forma.
4    Gli utili conseguiti con l'alienazione di fondi agricoli e silvicoli rientrano nel reddito imponibile sino a concorrenza delle spese d'investimento.
DBG; PETER BRÜLISAUER/OLIVER KRUMMENACHER, in: Kommentar StHG, N. 319 zu Art. 24
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.110
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.111 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.112
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.113
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.114 115
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.116
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.117
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
StHG; PETER BRÜLISAUER/MARCO MÜHLEMANN, in: Kommentar DBG, N. 147 und 395 zu Art. 58
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
1    Costituiscono utile netto imponibile:
a  il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
b  tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
c  i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...134
2    L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
3    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
DBG). § 71 Abs. 5 StG AG ist als steuerliche Korrekturvorschrift zu betrachten, welche die Besteuerung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten erlaubt, weshalb vorliegend die Durchbrechung des Massgeblichkeitsprinzips gerechtfertigt ist. Letzteres ist somit nicht verletzt.

7.

7.1. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen das Periodizitätsprinzip bzw. gegen Art. 31 Abs. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 31 - 1 Le imposte sull'utile netto e sul capitale proprio sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
1    Le imposte sull'utile netto e sul capitale proprio sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
2    Il periodo fiscale corrisponde all'esercizio commerciale. Ogni anno civile, eccettuato l'anno di fondazione, i conti devono essere chiusi con un bilancio e un conto dei profitti e delle perdite. Se l'esercizio commerciale comprende più o meno di dodici mesi, l'aliquota dell'imposta sull'utile viene determinata in base all'utile netto calcolato su dodici mesi.
3    L'utile netto imponibile si determina in base al risultato del periodo fiscale.
3bis    Se la chiusura dei conti è redatta in una moneta estera, l'utile netto imponibile va convertito in franchi. È determinante il corso medio delle divise (vendita) durante il periodo fiscale.156
4    Il capitale proprio imponibile si determina in base al suo stato alla fine del periodo fiscale.
5    Se la chiusura dei conti è redatta in una moneta estera, il capitale proprio imponibile va convertito in franchi. È determinante il corso delle divise (vendita) alla fine del periodo fiscale.157
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SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 31 - 1 Le imposte sull'utile netto e sul capitale proprio sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
1    Le imposte sull'utile netto e sul capitale proprio sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
2    Il periodo fiscale corrisponde all'esercizio commerciale. Ogni anno civile, eccettuato l'anno di fondazione, i conti devono essere chiusi con un bilancio e un conto dei profitti e delle perdite. Se l'esercizio commerciale comprende più o meno di dodici mesi, l'aliquota dell'imposta sull'utile viene determinata in base all'utile netto calcolato su dodici mesi.
3    L'utile netto imponibile si determina in base al risultato del periodo fiscale.
3bis    Se la chiusura dei conti è redatta in una moneta estera, l'utile netto imponibile va convertito in franchi. È determinante il corso medio delle divise (vendita) durante il periodo fiscale.156
4    Il capitale proprio imponibile si determina in base al suo stato alla fine del periodo fiscale.
5    Se la chiusura dei conti è redatta in una moneta estera, il capitale proprio imponibile va convertito in franchi. È determinante il corso delle divise (vendita) alla fine del periodo fiscale.157
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SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 31 - 1 Le imposte sull'utile netto e sul capitale proprio sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
1    Le imposte sull'utile netto e sul capitale proprio sono fissate e riscosse per ogni periodo fiscale.
2    Il periodo fiscale corrisponde all'esercizio commerciale. Ogni anno civile, eccettuato l'anno di fondazione, i conti devono essere chiusi con un bilancio e un conto dei profitti e delle perdite. Se l'esercizio commerciale comprende più o meno di dodici mesi, l'aliquota dell'imposta sull'utile viene determinata in base all'utile netto calcolato su dodici mesi.
3    L'utile netto imponibile si determina in base al risultato del periodo fiscale.
3bis    Se la chiusura dei conti è redatta in una moneta estera, l'utile netto imponibile va convertito in franchi. È determinante il corso medio delle divise (vendita) durante il periodo fiscale.156
4    Il capitale proprio imponibile si determina in base al suo stato alla fine del periodo fiscale.
5    Se la chiusura dei conti è redatta in una moneta estera, il capitale proprio imponibile va convertito in franchi. È determinante il corso delle divise (vendita) alla fine del periodo fiscale.157
StHG. Die steuersystematische Realisierung stiller Reserven habe erst am 1. Januar 2013 und nicht in der Steuerperiode 2012 stattgefunden (vgl. zum Periodizitätsprinzip BGE 137 II 353 E. 6.4.3 ff. S. 362 ff.; Urteil 2C 696/2013 vom 29. April 2013 E. 3.1).

7.2. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Es ist unbestritten, dass die Umstrukturierung rückwirkend auf den 1. Januar 2013 vorgenommen wurde. Das heisst, dass ab 1. Januar 2013 die - allenfalls - zuvor auf den Betriebsstätten liegenden Immaterialgüterrechte nicht mehr in den Bilanzen der Betriebsstätten figurierten, während sie bis und mit dem 31. Dezember 2012 - allenfalls - noch den Betriebsstätten zuzurechnen waren. Wenn die Vorinstanzen bei dieser Sachlage annahmen, die allfällige Realisation stiller Reserven sei derjenigen Periode zuzurechnen, in denen diese stillen Reserven noch den Betriebsstätten verhaftet waren, ist dies nicht zu beanstanden.

8.

8.1. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass der Kanton Aargau gestützt auf § 71 Abs. 5 StG AG grundsätzlich über ein Besteuerungsrecht in Bezug auf die steuersystematische Realisierung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten bei vorliegender Umstrukturierung (mit Statuswechsel) verfügt, vorausgesetzt, den aargauischen Betriebsstätten der A.________ Genossenschaft können für die Steuerperiode 2012 überhaupt solche stillen Reserven zugewiesen werden. Sollte sich dagegen ergeben, dass dies aufgrund des Sachverhalts und der Steuerteilungsregeln nicht der Fall ist, entfällt der Steueranspruch des Kantons Aargau mangels Steuersubstrat. Im vorinstanzlichen Urteil ist dieser Punkt ausdrücklich offengelassen worden ("Es spielt daher auch keine Rolle, ob die stillen Reserven auf den Markenrechten zu Lasten der Betriebsstätten oder des Hauptsitzes gebildet wurden (...)."). Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, soweit die Markenrechte aufgrund eines Erwerbs von Dritten in früheren Perioden einen Buchwert aufgewiesen hätten, seien sie bei der interkantonalen Steuerausscheidung für die Kapitalsteuer bis und mit 2012 immer und vollumfänglich dem Kanton Basel-Stadt zugewiesen worden. Dieses Vorgehen sei auch vom Kanton Aargau
akzeptiert worden. Das KSt AG entgegnet in seiner Beschwerdeantwort, die A.________-Markenrechte hätte vor der Umstrukturierung einen Buchwert von CHF null aufgewiesen, weshalb sich aus der genannten Aussage der Beschwerdeführerin gerade nichts ableiten lasse. Aus den Akten ergibt sich, dass die Frage, ob den aargauischen Betriebsstätten überhaupt stille Reserven auf Markenrechten zugeordnet werden können, auch im Rekursverfahren thematisiert, im Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau jedoch ebenfalls offengelassen wurde.

8.2. Vorliegend führte die Realisierung der stillen Reserven auf Markenrechten zu einer Aufrechnung beim Gewinn durch das KSt AG um Fr. 1'208.6 Mio. Die interkantonale Steuerausscheidung erfolgt bei Unternehmen mit schweizerischem Sitz bzw. Hauptsteuerdomizil und Betriebsstätten bzw. Nebensteuerdomizilen (aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit, Art. 21 Abs. 1 lit. b
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 21 Assoggettamento in virtù dell'appartenenza economica - 1 Le persone giuridiche con sede o amministrazione effettiva fuori Cantone98 sono assoggettate all'imposta se:
1    Le persone giuridiche con sede o amministrazione effettiva fuori Cantone98 sono assoggettate all'imposta se:
a  sono associate a un'impresa commerciale nel Cantone;
b  gestiscono uno stabilimento d'impresa nel Cantone;
c  sono proprietarie di fondi situati nel Cantone o sono titolari su di essi di diritti di godimento reali o di diritti di godimento personali a questi economicamente assimilabili;
d  commerciano immobili siti nel Cantone.
2    Le persone giuridiche con sede e amministrazione effettiva all'estero sono inoltre assoggettate all'imposta se:
a  sono titolari o usufruttuari di crediti garantiti da pegni immobiliari o manuali su fondi situati nel Cantone;
b  fungono da intermediari nel commercio di immobili siti nel Cantone.
StHG) in mehreren Kantonen praxisgemäss quotenmässig, während die objektmässige Ausscheidung nur in besonderen, hier nicht einschlägigen Ausnahmefällen zum Tragen kommt. Einem Kanton wird demnach eine Quote des Gesamtgewinns des interkantonalen Unternehmens (und nicht der im jeweiligen Kanton angefallene Gewinn) zugewiesen (BGE 103 Ia 233 E. 3.b S. 236; Urteile 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.2; 2P.228/1993 vom 18. Dezember 1995 E. 2.c.; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011 [Kommentar Interkantonales Steuerrecht], § 30 N. 18 f.). Bezüglich der quotenmässigen Ausscheidung wird zwischen der direkten und der indirekten Methode unterschieden. Erstere stellt für die Ermittlung der (kantonalen) Quoten auf die Betriebsstättenbuchhaltungen ab, während letztere Hilfsfaktoren, nämlich die
Umsätze oder Erwerbsfaktoren (Arbeit und Kapital), heranzieht (BGE 103 Ia 233 E. 3.b S. 236; Urteile 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.2; 2P.228/1993 vom 18. Dezember 1995 E. 2.c.; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 26 ff.). Das im Rahmen der interkantonalen Steuerausscheidung angewendete Vorgehen unterliegt in jedem Fall dem Ziel, unter Berücksichtigung der Verhältnisse des Einzelfalles einen Massstab zu finden, welcher die Bedeutung der Betriebsstätten im Rahmen des Gesamtunternehmens, d.h. ihren Anteil an der Erzielung des Gesamtertrages am zuverlässigsten zum Ausdruck bringt (BGE 103 Ia 233 E. 3.b S. 236 f.).

8.3. Aus den Akten ergibt sich, dass vorliegend betreffend Gewinnquote nach der indirekten Methode verfahren und diesbezüglich auf den Hilfsfaktor Umsatz abgestellt wurde (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
BGG). Nicht klar ist, ob wie bei der Steuerausscheidung 2011 auch für das Steuerjahr 2012 dem Kanton Basel-Stadt ein Vorausanteil (sog. Präzipuum) von 20 % am zu besteuernden Gewinn zugewiesen wurde. Bei Handelsunternehmen ist das Abstellen auf den Umsatz bzw. die Umsatzanteile an sich ein geeigneter Hilfsfaktor (HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 39, § 31 N. 12). Das Präzipuum dient der Abgeltung zentraler Funktionen bzw. entsprechender Leistungen, welche am Hauptsitz erbracht werden. Wenn im Rahmen der indirekten Methode auf den Erwerbsfaktor Arbeit abgestellt wird, ist den zentralen Funktionen in der Regel aufgrund der höheren Lohnsumme durch Management- und Overheadfunktionen bereits Rechnung getragen, weshalb ein reduziertes Präzipuum von praxisgemäss höchstens 10 % zur Anwendung kommt (Urteil 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.3, 3.1 und 3.4). Anders sieht es dagegen bei der Heranziehung des Hilfsfaktors Umsatz aus. In diesem Fall wird den zentralen Funktionen zuwenig Rechnung getragen
und ein Präzipuum von 20 % ist zu gewähren (Urteil 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 3.1; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 42 f.). Demnach ist zugunsten des Kantons Basel-Stadt in jedem Fall ein Präzipuum von 20 % auszuscheiden.

8.4. Vorliegend kommt hinzu, dass der satzbestimmende Gesamtgewinn von rund Fr. 1'097 Mio. in Anbetracht des operativen Reingewinns von "nur" Fr. 468 Mio. (und diversen Abzügen) durch den Gewinn infolge Realisierung der stillen Reserven von Fr. 1'208.6 Mio. im Steuerjahr 2012 stark verzerrt wurde, beträgt doch die Aufrechnung der stillen Reserven das rund 2.6-fache des operativen Gewinns. Der Massstab der Umsatzquote bedarf bei dieser Ausgangslage zusätzlich zum genannten Präzipuum je nach Resultat der nachfolgenden Abklärungen einer weiteren Anpassung. Vorliegend ist zu klären, inwiefern die Konzernmarke "A.________" bis im Jahr 2012 durch den Hauptsitz aufgebaut, gepflegt und verwaltet wurde, der entsprechende Aufwand buchhalterisch dem Hauptsitz belastet und am Hauptsitz die Markenpolitik der A.________-Gruppe bestimmt wurde. Immerhin ist unbestritten, dass sämtliche A.________-Marken bis und mit Steuerjahr 2012 in der Steuerausscheidung bezüglich Kapital der (ursprünglichen) A.________ Genossenschaft (heute A.________-Gruppe Genossenschaft) dem Kanton Basel-Stadt zugewiesen wurden, was zumindest ein Indiz dafür darstellt, dass die entsprechenden Funktionen und Leistungen vom Hauptsitz im Kanton Basel-Stadt erbracht wurden.
Sollte sich ergeben, dass letzteres der Fall ist, ist die genannte Verzerrung durch eine deutliche Erhöhung des genannten Präzipuums zugunsten des Kantons-Basel-Stadt zu korrigieren (vgl. BGE 103 Ia 233 E. 4 S. 237 ff.).

8.5. Die Vorinstanz hat den Sachverhalt diesbezüglich unvollständig festgestellt. Die Sache ist deshalb zur Abklärung und ergänzenden Sachverhaltsfeststellung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen, welche anschliessend aufgrund der zusätzlichen Feststellungen die Steuerausscheidung erneut vorzunehmen bzw. in der Sache neu zu entscheiden hat.

9.
Die Beschwerdeführerin stellt einen Eventualantrag zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns für das Steuerjahr 2012 (auf rund Fr. 46 Mio.) sowie zwei Subeventualanträge zur Festsetzung des desselben unter Berücksichtigung von (teilweise bestimmten) Steuerrückstellungen. Da ein allfälliger steuerbarer Gewinn und allfällige Steuerrückstellungen vom Ergebnis der vorgenannten Sachverhaltsfeststellung abhängen, macht die Beurteilung des Eventualantrages und der Subeventualanträge vorliegend wenig Sinn. Diese Anträge betreffen aufgrund der Ausgangslage theoretische Fragen, welche vom Bundesgericht nicht zu klären sind. Auf den Eventualantrag und die Subeventualanträge ist deshalb vorliegend nicht einzutreten.

10.
Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung zurückzuweisen.

11.

11.1. Da der Kanton Aargau vorliegend Vermögensinteressen verfolgt, sind ihm die Gerichtskosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
und 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
BGG).

11.2. Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
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SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
BGG).

11.3. In Bezug auf die kantonalen Rechtsmittelverfahren wird die Sache zur Neuverlegung der Kosten (inkl. Parteientschädigung) an die Vorinstanz zurückgewiesen (Art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
und 68 Abs. 5
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 30. November 2017 wird aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

2.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 30'000.-- werden dem Kanton Aargau auferlegt.

3.
Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 30'000.-- zu bezahlen.

4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 23. Januar 2020

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Seiler

Der Gerichtsschreiber: Quinto