Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 57/2018

Urteil vom 23. Januar 2020

II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Seiler, Präsident,
Bundesrichter Zünd,
Bundesrichterin Aubry Girardin,
Bundesrichter Donzallaz, Stadelmann,
Gerichtsschreiber Quinto.

Verfahrensbeteiligte
A.________-Gruppe Genossenschaft,
vertreten durch Peter Riedweg und/oder Stefan Oesterhelt, Rechtsanwälte,
Beschwerdeführerin,

gegen

Kantonales Steueramt Aargau,
Tellistrasse 67, 5001 Aarau,

Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt, Fischmarkt 10, 4051 Basel.

Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Aargau, Steuerperiode 2012,

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau, 2. Kammer, vom 30. November 2017 (WBE.2017.246).

Sachverhalt:

A.

A.a. Die A.________ Genossenschaft mit Sitz in Basel umfasste einerseits das operative Detailhandelsgeschäft mit zahlreichen Betriebsstätten in den verschiedenen Kantonen, insbesondere im Kanton Aargau, und übte andererseits die schweizweiten Leitungsfunktionen aus. In diesem Rahmen hielt sie auch diverse Beteiligungen, Immobilien und die Immaterialgüterrechte der gesamten A.________-Gruppe (insbesondere die Marke "A.________", aber auch Marken wie B.________ und C.________). Mit Vereinbarung vom 12. April 2013 wurden das operative Detailhandelsgeschäft und damit die Betriebsstätten mittels Vermögensübertragung (Ausgliederung) gemäss Art. 69
SR 221.301 Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (Fusionsgesetz, FusG) - Fusionsgesetz
FusG Art. 69 - 1 Im Handelsregister eingetragene Gesellschaften, Kommanditgesellschaften für kollektive Kapitalanlagen, Investmentgesellschaften mit variablem Kapital und im Handelsregister eingetragene Einzelunternehmen können ihr Vermögen oder Teile davon mit Aktiven und Passiven auf andere Rechtsträger des Privatrechts übertragen.44 Wenn die Gesellschafterinnen und Gesellschafter der übertragenden Gesellschaft Anteils- oder Mitgliedschaftsrechte der übernehmenden Gesellschaft erhalten, gilt Kapitel 3.
1    Im Handelsregister eingetragene Gesellschaften, Kommanditgesellschaften für kollektive Kapitalanlagen, Investmentgesellschaften mit variablem Kapital und im Handelsregister eingetragene Einzelunternehmen können ihr Vermögen oder Teile davon mit Aktiven und Passiven auf andere Rechtsträger des Privatrechts übertragen.44 Wenn die Gesellschafterinnen und Gesellschafter der übertragenden Gesellschaft Anteils- oder Mitgliedschaftsrechte der übernehmenden Gesellschaft erhalten, gilt Kapitel 3.
2    Vorbehalten bleiben die gesetzlichen und statutarischen Bestimmungen über den Kapitalschutz und die Liquidation.
Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (FusG; SR 221.301) auf die neu gegründete und per 6. Mai 2013 in das Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragene Tochtergesellschaft "A.________ Genossenschaft" überführt. Rechnungslegungsmässig und vertraglich erfolgte diese Übertragung rückwirkend per 1. Januar 2013. Ebenfalls am 6. Mai 2013 änderte die ursprüngliche A.________ Genossenschaft bzw. neue Muttergesellschaft ihren statutarischen Zweck in jenen einer Konzernobergesellschaft (insbesondere Halten und Verwalten von Beteiligungen und
Verwaltung sowie Verwertung der Markenrechte) und firmierte neu als "A.________-Gruppe Genossenschaft", wobei der Sitz unverändert in Basel belassen wurde. Die Immaterialgüterrechte der A.________-Gruppe verblieben bei der "A.________-Gruppe Genossenschaft". Im Rahmen eines Steuerrulings der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt (StV BS) vom 19. März 2013 wurden die stillen Reserven auf diesen Immaterialgüterrechten mit Fr. 1'208.6 Mio. beziffert und diesbezüglich seitens der StV BS einem Steueraufschub gemäss § 80 Abs. 2 Steuergesetz vom 12. April 2000 des Kantons Basel-Stadt (StG BS; SG 640.100) zugestimmt. Schliesslich wurde der A.________-Gruppe Genossenschaft mit Verfügung der StV BS vom 22. Mai 2015 rückwirkend per 1. Januar 2013 der Status einer privilegiert besteuerten Holdinggesellschaft nach dem StG BS zugesprochen.

A.b. Die A.________-Gruppe Genossenschaft und die StV BS gingen und gehen davon aus, dass trotz Umstrukturierung und des Statuswechsels zur Holdinggesellschaft keine Besteuerung der genannten stillen Reserven erfolgt, da aufgrund des StG BS ein Steueraufschub für die gesamten stillen Reserven greife, sofern die Immaterialgüterrechte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert würden. Das Kantonale Steueramt Aargau (KSt AG) stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, dass ein Teil der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten den aargauischen Betriebsstätten zuzuordnen sei und beanspruchte deshalb die quotale Besteuerung dieser ihrer Ansicht nach realisierten stillen Reserven im Rahmen der Steuerperiode 2012. Die A.________-Gruppe Genossenschaft und die StV BS wiederum sind der Auffassung, bis am 31. Dezember 2012 habe weder eine Umstrukturierung noch ein Statuswechsel stattgefunden, weshalb in der Steuerperiode 2012 keine stillen Reserven realisiert worden seien. Ab der Steuerperiode 2013 verfüge die A.________-Gruppe Genossenschaft mit Sitz in Basel, welche die Immaterialgüterrechte halte, zudem über keine Betriebsstätten mehr im Kanton Aargau, da letztere Teil der Tochtergesellschaft A.________
Genossenschaft seien, weshalb im Kanton Aargau ein Anknüpfungspunkt für die Besteuerung der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten fehle. Einzig der Kanton Basel-Stadt verfüge diesbezüglich über die Steuerhoheit.

B.
Mit Veranlagungsverfügung vom 17. August 2015 gegenüber der A.________-Gruppe Genossenschaft setzte das KSt AG den steuerbaren Gewinn für das Steuerjahr 2012 auf Fr. 1'097'547'074.-- fest und beanspruchte davon für die Steuerperiode 2012 eine Quote von 5.618 % zur Besteuerung (Kantons- und Gemeindesteuern). Ausserdem wurden die entsprechenden Steuerrückstellungen auf 13 % der Aufrechnung (rund Fr. 157 Mio.) festgelegt. Die dagegen erhobene Einsprache blieb gemäss Einspracheentscheid des KSt AG vom 22. Dezember 2015 erfolglos. Der dagegen eingelegte Rekurs wurde mit Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. April 2017 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat die entsprechende Verwaltungsgerichtsbeschwerde der A.________-Gruppe Genossenschaft mit Urteil vom 30. November 2017 abgewiesen.

C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Januar 2018 an das Bundesgericht beantragt die A.________-Gruppe Genossenschaft (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns ohne Aufrechnung eines steuersystematisch realisierten Gewinns aufgrund des Statuswechsels in Basel. Eventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und der steuerbare Reingewinn der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 auf den Betrag von Fr. 46'065'074.-- festzusetzen. Subeventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zur Festlegung des steuerbaren Reingewinns der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 unter Berücksichtigung des abzugsfähigen Steueraufwands (Steuerrückstellungen) zum Gesamtsteuersatz an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei der abzugsfähige Steueraufwand (Steuerrückstellungen) der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 im Zusammenhang mit dem angenommenen steuersystematisch realisierten Gewinn aufgrund des Statuswechsels in Basel auf Fr. 288'613'680.-- festzusetzen.
Das KSt AG hat am 20. Februar 2018 eine Beschwerdeantwort eingereicht und die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 14. März 2018 repliziert. Die StV BS ist vom Bundesgericht von Amtes wegen zur Vernehmlassung eingeladen worden und schliesst sich in ihrer Eingabe vom 26. Februar 2018 den Ausführungen der Beschwerdeführerin an.

Erwägungen:

1.

1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
, Art. 83 e
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
und Art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
BGG; Art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).

1.2. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
(in erster Linie Bundes- und Völkerrecht) und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG), prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
und 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5 S. 144). Der Eingriff in kantonales oder kommunales Recht bildet nur insofern einen eigenständigen Beschwerdegrund, als die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte oder kantonaler Bestimmungen zum Stimm- und Wahlrecht geltend gemacht wird (Art. 95 lit. c
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
und d BGG). Abgesehen davon kann das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts lediglich daraufhin überprüfen, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
, b und e BGG). Dabei steht die Verletzung des Willkürverbots (Art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
BV) im Vordergrund (BGE 138 I 162 E. 3.3 S. 166; 136 I 241 E. 2.5.2 S. 250).
In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten und weiteren verfassungsmässigen Rechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht, das heisst in der Beschwerde ist klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern die angerufenen Rechte verletzt sein sollen (Art. 106 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG; BGE 142 II 369 E. 2.1 S. 372; 139 I 229 E. 2.2 S. 232; 136 II 304 E. 2.5 S. 314; Urteil 2C 138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.3).

1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ist von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG) oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
BGG) möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG beruhen, sprich eine im Sinne von Art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
BV willkürliche Sachverhaltsfeststellung vorliegt und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6 S. 144 f.; 140 III 264 E. 2.3 S. 265 f.). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung geht das Gericht nicht ein (BGE 140 III 264 E. 2.3 S. 266; 139 II 404 E. 10.1 S. 444 f.).

1.4. Gemäss Art. 102 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 102 Schriftenwechsel - 1 Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
1    Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
2    Die Vorinstanz hat innert dieser Frist die Vorakten einzusenden.
3    Ein weiterer Schriftenwechsel findet in der Regel nicht statt.
BGG sind in das Verfahren die Vorinstanz, die anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden einzubeziehen. Wer zu den "anderen Beteiligten" gehört, bestimmt das Bundesgericht von Amtes wegen. Die prozessuale Beiladung bedingt, dass die anderen Beteiligten zum rechtshängigen Rechtsverhältnis in einer besonders engen Beziehung stehen. Es ist mithin ein besonders schutzwürdiges Interesse erforderlich. Die beizuladende Dritte bzw. "andere Beteiligte" muss durch den Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens in rechtlicher oder tatsächlicher Weise hinreichend berührt sein, ohne dass eine derart intensive Betroffenheit verlangt wird, dass sie formell als Gegenpartei auftreten könnte (BGE 135 II 384 E. 1.2.1 S. 387; Urteil 2C 64/2013 vom 26. September 2014 E. 1.4.1 mit Hinweisen; JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 27 zu Art. 102; NICOLAS VON WERDT, in: Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2. Aufl. 2015, N. 12 f. zu Art. 102
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 102 Schriftenwechsel - 1 Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
1    Soweit erforderlich stellt das Bundesgericht die Beschwerde der Vorinstanz sowie den allfälligen anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden zu und setzt ihnen Frist zur Einreichung einer Vernehmlassung an.
2    Die Vorinstanz hat innert dieser Frist die Vorakten einzusenden.
3    Ein weiterer Schriftenwechsel findet in der Regel nicht statt.
BGG). Die vorinstanzlich entschiedene, quotale Besteuerung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten im Kanton Aargau scheint im Widerspruch zu dem vom Kanton Basel-Stadt gewährten, umfassenden Steueraufschub bezüglich dieser
stillen Reserven zu stehen. Bei einem allfälligen, späteren Dahinfallen des Steueraufschubs im Kanton Basel-Stadt würde letzterer ausserdem vor der Situation stehen, dass ein Teil dieser stillen Reserven bereits von einem anderen Kanton besteuert wurde. Der Kanton Basel-Stadt respektive die StV BS sind deshalb durch den Ausgang des vorliegenden Verfahrens hinreichend berührt, weshalb die Beiladung der StV BS gerechtfertigt ist. Letztere hat ausserdem durch ihre Vernehmlassung zum Ausdruck gebracht, am Verfahren teilnehmen zu wollen.

2.

2.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Legalitätsprinzips im Steuerrecht (Art. 127 Abs. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV), da das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG AG; SAR 651.100), insbesondere dessen § 71 Abs. 5 (in der Fassung vom 22. August 2006, in Kraft ab 1. Januar 2007; AGS 2006 S. 355), keine genügende gesetzliche Grundlage für eine Besteuerung der stillen Reserven im vorliegenden Fall enthalte.

2.2. Handelt es sich um harmonisiertes kantonales Steuerrecht, prüft das Bundesgericht dessen Anwendung grundsätzlich mit voller Kognition, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. Soweit das Harmonisierungsrecht den Kantonen allerdings einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre") belässt oder keine Anwendung findet, handelt es sich bei der kantonalen Norm um (rein) kantonales Recht, dessen Anwendung nur auf Verfassungs- und Völkerrechtskonformität hin untersucht wird. Neben der Einhaltung des Willkürverbots (Art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
BV) geht es dabei insbesondere um die Respektierung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht (Art. 127 Abs. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV; BGE 134 II 207 E. 2 S. 209 f.; Urteil 2C 583/2014 vom 9. Februar 2015 E. 1.2.2, nicht publ. in: BGE 141 II 207; Urteile 2C 138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.2 und 1.3.3; 2C 552/2012 vom 3. Dezember 2012 E. 2.1 und 5; 2C 645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.5).
Mit freier Kognition ist wiederum zu prüfen, ob die kantonalrechtliche Lösung, welche einen kantonalen Freiraum betrifft, die Anwendung des Steuerharmonisierungsrechts weder in seiner horizontalen noch vertikalen Harmonisierungsfunktion beeinträchtigt (Urteile 2C 583/2014 vom 9. Februar 2015 E. 1.2.2 mit Hinweisen, nicht publ. in: BGE 141 II 207; 2C 138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.2 mit Hinweisen).

2.3. § 71 Abs. 5 StG AG (in der vom 1. Januar 2007 bis 31. Dezember 2013 gültigen Fassung; AGS 2006 S. 355) lautet folgendermassen:
d) Umstrukturierungen
[...]
5 Über stille Reserven, die im Rahmen einer Umstrukturierung gemäss Absatz 1 oder einer Vermögensübertragung gemäss Absatz 3 in eine Holdinggesellschaft, in eine Verwaltungsgesellschaft oder in eine internationale Konzernkoordinationszentrale gelangen, wird steuerlich abgerechnet. Gleiches gilt beim Übergang zur Besteuerung nach § 68 Abs. 3, § 78 oder § 79. Ausgenommen sind stille Reserven auf Liegenschaften und auf Beteiligungen, für die eine Ermässigung auf der Gewinnsteuer nach § 77 möglich gewesen wäre. Die stillen Reserven auf Liegenschaften unterliegen der Besteuerung nach § 78 Abs. 2 oder § 79 Abs. 1 lit. b.
§ 80 Abs. 1 und 2 StG BS lauten demgegenüber folgendermassen:
d) Änderung des Steuerstatus
1 Fallen die stillen Reserven einer juristischen Person infolge ihrer Anerkennung als Holding- oder Domizilgesellschaft (Statusänderung) unter die privilegierte Besteuerung gemäss §§ 78 oder 79, so wird im Zeitpunkt der Statusänderung über diese Reserven steuerlich abgerechnet.
2 Die steuerliche Abrechnung über die stillen Reserven auf Beteiligungen von mindestens CHF 1'000'000 und Immaterialgüterrechten kann auf Antrag hin unterbleiben, sofern diese Vermögenswerte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert werden. Werden sie vor Ablauf dieser Frist veräussert, so wird auf den stillen Reserven zum Zeitpunkt der Statusänderung eine Jahressteuer von 15 Prozent erhoben; Abzüge werden keine gewährt.

2.4. Die Vorinstanz und das KSt AG sind der Auffassung, es sei überspitzt formalistisch, die Beschwerdeführerin nur bis zur Übertragung des Detailhandelsgeschäfts als qua Betriebsstätte im Kanton Aargau steuerpflichtig zu behandeln. § 71 Abs. 5 StG AG umfasse die gesamte Umstrukturierung bis zu deren Abschluss bzw. diese sei als einheitlicher Geschäftsvorgang zu betrachten, wobei es keine Rolle spiele, ob die steuersystematische Realisierung der stillen Reserven im Jahr 2012 oder 2013 stattgefunden habe. Art. 22 Abs. 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 22 Wechsel der Steuerpflicht - 1 Verlegt eine juristische Person während einer Steuerperiode ihren Sitz oder die tatsächliche Verwaltung von einem Kanton in einen anderen Kanton, so ist sie in den beteiligten Kantonen für die gesamte Steuerperiode steuerpflichtig. Veranlagungsbehörde im Sinne des Artikels 39 Absatz 2 ist diejenige des Kantons des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung am Ende der Steuerperiode.
1    Verlegt eine juristische Person während einer Steuerperiode ihren Sitz oder die tatsächliche Verwaltung von einem Kanton in einen anderen Kanton, so ist sie in den beteiligten Kantonen für die gesamte Steuerperiode steuerpflichtig. Veranlagungsbehörde im Sinne des Artikels 39 Absatz 2 ist diejenige des Kantons des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung am Ende der Steuerperiode.
2    Eine Steuerpflicht auf Grund wirtschaftlicher Zugehörigkeit im Sinne von Artikel 21 Absatz 1 in einem anderen Kanton als demjenigen des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung besteht für die gesamte Steuerperiode, auch wenn sie während der Steuerperiode begründet, verändert oder aufgehoben wird.
3    Der Gewinn und das Kapital werden zwischen den beteiligten Kantonen in sinngemässer Anwendung der Grundsätze des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung ausgeschieden.
StHG sehe eine wirtschaftliche Zugehörigkeit für die ganze Steuerperiode vor. § 71 Abs. 5 StG AG enthalte zwar keine spezifischen bemessungs- und veranlagungstechnischen Regeln. Die Situation sei jedoch mit der Auflösung der Gesellschaft oder dem Wegzug ins Ausland vergleichbar, weshalb § 92 Abs. 3 StG AG analog anwendbar sei. Der Gesetzgeber habe mit § 71 Abs. 5 StG AG alle Fallkonstellationen erfassen und Lücken schliessen wollen. Dies komme durch die Wortlaute "Umstrukturierungen" und "gelangen" in § 71 Abs. 5 StG AG zum Ausdruck. Demgemäss spiele es keine Rolle, dass der Betrieb in die Tochtergesellschaft verschoben und die Markenrechte bzw. stillen Reserven gar nicht übertragen worden, sondern bei der
Holdinggesellschaft verblieben seien. Die Abrechnung der stillen Reserven im letzten Jahr der ordentlichen Veranlagung im Kanton Aargau (2012) sei zulässig. Die gesetzliche Grundlage für die Besteuerung der stillen Reserven im Kanton Aargau sei gegeben.
Die Beschwerdeführerin vertritt dagegen die Auffassung, ab 1. Januar 2013 sei sie im Kanton Aargau nicht mehr steuerlich ansässig gewesen. Der Kanton Aargau besteuere einen Statuswechsel, der sich im Jahr 2013 ereignet habe, in der Steuerperiode 2012. Die Steuerhoheit für diesen Vorgang liege ausschliesslich beim Kanton Basel-Stadt. Der Kanton Aargau könne nicht den Realisationszeitpunkt in das Jahr 2012 verschieben. Die steuersystematische Erfassung der stillen Reserven sei nicht durch den Wegfall des anteilsmässigen Besteuerungsrechts (aufgrund Betriebsstätte), sondern durch den Statuswechsel im Jahr 2013 erfolgt. Es liege keine zu füllende Gesetzeslücke vor, sondern der Kanton Basel-Stadt habe für diese Situation mit § 80 Abs. 2 StG BS eine abschliessende Regelung getroffen. § 71 Abs. 5 StG AG erlaube nur eine Besteuerung bei Übertragung der stillen Reserven auf eine steuerprivilegierte Gesellschaft oder (unter anderem) bei einem Statuswechsel zu einer Holdinggesellschaft (§ 78 StG AG). Weder habe eine Übertragung stattgefunden noch sei es im Kanton Aargau zu einem Statuswechsel gekommen. § 71 Abs. 5 StG AG sehe keinen Eingriff in die Steuerhoheit eines anderen Kantons vor. Das Legalitätsprinzip im Steuerrecht sei verletzt.

3.

3.1. Das StHG enthält mit Ausnahme von Art. 24 Abs. 3quater lit. b keine Bestimmung, welche die Besteuerung stiller Reserven beim Übergang in den von der kantonalen Gewinnsteuer befreiten Bereich, insbesondere zu einer Holdinggesellschaft, vorsieht. Art. 24 Abs. 3quater
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG knüpft ausserdem nur an Konzernverhältnisse an. Die Kantone sind deshalb abgesehen von der genannten Ausnahme grundsätzlich frei, eine Regelung bezüglich der Besteuerung der stillen Reserven bei einem Statuswechsel vorzusehen (JULIA VON AH/DANIELA C. FISCHER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Kommentar StHG], 3. Aufl. 2017, N. 123 zu Art. 28
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 28 Besondere Fälle - 1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1    Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1bis    Die Kantone können die Ermässigung auf Kapitalgewinne aus Beteiligungen sowie auf Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten ausdehnen, wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. Fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur gewährt werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.144
1ter    Bei der Berechnung der Ermässigung wird der Veräusserungserlös nur so weit berücksichtigt, als er die Gestehungskosten übersteigt. Wertberichtigungen sowie Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen von mindestens 10 Prozent werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.145
1quater    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934146 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.147
6    Andere Ausnahmen von der ordentlichen Steuerberechnung gemäss Artikel 27 sind nicht zulässig.
StHG; PETER RIEDWEG, Wechsel vom privilegierten zum ordentlichen Steuerstatus, in: Festschrift für Markus Reich, Dogmatik und Praxis im Steuerrecht, 2014, S. 141 ff., S. 149). Von dieser Freiheit haben die Kantone in unterschiedlicher Weise Gebrauch gemacht, indem die stillen Reserven bei einem Statuswechsel mit oder ohne Umstrukturierung voll oder teilweise besteuert oder die Besteuerung aufgeschoben wird. Insbesondere bei Immaterialgüterrechten wird die Besteuerung (steuersystematisch realisierter) stiller Reserven
verschiedentlich aufgeschoben (vgl. die Übersicht bei PETER RIEDWEG, a.a.O., S. 150 f.; MARINA ZÜGER, Steuersystematische Realisierung stiller Reserven bei Statusänderungen, in: Festschrift für Markus Reich, Dogmatik und Praxis im Steuerrecht, 2014, S. 125 ff., 131 f.).

3.2. Im Bereich der bundesrechtlichen Abgaben und Steuern (Art. 164 Abs. 1 lit. d
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 164 Gesetzgebung - 1 Alle wichtigen rechtsetzenden Bestimmungen sind in der Form des Bundesgesetzes zu erlassen. Dazu gehören insbesondere die grundlegenden Bestimmungen über:
1    Alle wichtigen rechtsetzenden Bestimmungen sind in der Form des Bundesgesetzes zu erlassen. Dazu gehören insbesondere die grundlegenden Bestimmungen über:
a  die Ausübung der politischen Rechte;
b  die Einschränkungen verfassungsmässiger Rechte;
c  die Rechte und Pflichten von Personen;
d  den Kreis der Abgabepflichtigen sowie den Gegenstand und die Bemessung von Abgaben;
e  die Aufgaben und die Leistungen des Bundes;
f  die Verpflichtungen der Kantone bei der Umsetzung und beim Vollzug des Bundesrechts;
g  die Organisation und das Verfahren der Bundesbehörden.
2    Rechtsetzungsbefugnisse können durch Bundesgesetz übertragen werden, soweit dies nicht durch die Bundesverfassung ausgeschlossen wird.
BV) sowie der Steuern von Kantonen und Gemeinden (Art. 127 Abs. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV, nebst dem jeweiligen kantonalen Verfassungsrecht) herrschen erhöhte Anforderungen an die Gesetzmässigkeit (BGE 139 II 460 E. 2.1 S. 462 f. mit Hinweisen; Urteil 2C 687/2014 vom 28. August 2015 E. 3.2). Gemäss diesem strengen Legalitätsprinzip verlangt das Erfordernis der Normstufe, dass die Besteuerung in jedem Fall eine rechtssatzmässige und formellgesetzliche Grundlage aufweist. Aufgrund des Erfordernisses der Normdichte müssen zudem der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung in den Grundzügen im formellen Gesetz geregelt sein (BGE 140 I 176 E. 5.2 S. 180; 138 V 32 E. 3.1.1 S. 35; 136 I 142 E. 3.1 S. 144 f.; Urteile 2C 1044/2014 vom 26. November 2015 E. 2.4.1; 2C 687/2014 vom 28. August 2015 E. 3.2; 2C 160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2.1; 2C 552/2012 vom 3. Dezember 2012 E. 5.1). Damit soll auch sichergestellt werden, dass den rechtsanwendenden Behörden kein übermässiger Spielraum verbleibt und die möglichen Steuerpflichten voraussehbar und rechtsgleich sind (BGE 136 II 149 E. 5.1 S. 157; 135 I 130 E. 7.2 S. 140; Urteile 2C 1044/2014 vom 26.
November 2015 E. 2.4.1; 2C 160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2.1).

3.3. § 71 Abs. 5 StG AG erfasst den Übergang stiller Reserven in den auf kantonaler Ebene weitgehend gewinnsteuerfreien Bereich (Holdinggesellschaft, Verwaltungsgesellschaft, internationale Konzernkoordinationszentrale) infolge sowie ohne Umstrukturierung. Der aargauische Gesetzgeber wollte mit der Neufassung von § 71 Abs. 5 StG AG eine Besteuerungslücke schliessen, um die Besteuerung stiller Reserven auch bei einem reinen Statuswechsel ohne Umstrukturierung sicherzustellen (JÜRG ALTDORFER, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4. Aufl. 2015, N. 137 zu § 71 StG AG). Die Bestimmung bezweckt im Sinne einer steuersystematischen Realisierung die Besteuerung sämtlicher stiller Reserven, welche in den von der kantonalen Gewinnsteuer befreiten Bereich wechseln. Dies kommt auch im neutralen Wortlaut "gelangen" zum Ausdruck, wonach nicht eine Übertragung auf eine andere Gesellschaft nötig ist, sondern es genügt, wenn sich die stillen Reserven schliesslich im steuerbefreiten Bereich wiederfinden. Selbst wenn die stillen Reserven bei derselben Gesellschaft verbleiben und diese lediglich den Status einer Holdinggesellschaft annimmt, wird über die stillen Reserven abgerechnet. § 71 Abs. 5 StG AG ist in Verbindung mit den übrigen Absätzen
dieser Regelung und den §§ 68, 77, 78 und 79 genügend dicht bzw. bestimmt, um über die Steuerpflicht bei der steuersystematischen Realisierung stiller Reserven Aufschluss zu geben. Die Vorgaben des Legalitätsprinzips im Steuerrecht sind damit erfüllt. Die vorinstanzliche Auslegung, wonach die vorliegende Umstrukturierung trotz mehrerer Teilschritte als ein Vorgang zu betrachten und der Realisierungszeitpunkt auf den 31. Dezember 2012 festzulegen ist, erscheint nach dem Gesagten und vor dem Hintergrund der bzw. des rückwirkend per 1. Januar 2013 erfolgten Umstrukturierung bzw. Statuswechsels nicht als offensichtlich unhaltbar bzw. willkürlich (vgl. Urteil 2C 655/2015 vom 22. Juni 2016 E. 3.1, nicht publ. in: BGE 142 I 155; BGE 141 I 172 E. 4.3.1 S. 177; 140 III 16 E. 2.1 S. 18 f.). Jedenfalls waren bis am 31. Dezember 2012 noch sämtliche stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten und die aargauischen Betriebsstätten in derselben Gesellschaft vereint. Die Besteuerung der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten durch den Kanton Aargau verstösst somit nicht gegen das Willkürverbot, sofern den aargauischen Betriebsstätten in der Steuerperiode 2012 überhaupt solche stillen Reserven zugeordnet werden können (dazu nachfolgend E.
7 und 8).

4.
Weiter erblickt die Beschwerdeführerin in der Besteuerung durch den Kanton Aargau eine Verletzung des Verbots der interkantonalen Wegzugsbesteuerung. Letzteres kommt in Art. 24 Abs. 2 lit. b
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG zum Ausdruck, wonach kein steuerbarer Gewinn entsteht durch Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen anderen Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden. Es bezweckt eine möglichst umfassende, interkantonale Mobilität von Unternehmen. Steuerliche Zugriffe, welche die interkantonale Mobilität stark einschränken, sollen deshalb vermieden werden (PETER BRÜLISAUER/OLIVER KRUMMENACHER, in: Kommentar StHG, N. 437 zu Art. 24
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG). Vorliegend steht jedoch weder eine Sitzverlegung noch die Verlegung einer Betriebsstätte in Frage. Ausserdem sind die Kantone bezüglich der Regelung der Steuerfolgen der vorliegend betroffenen, steuersystematischen Realisierung stiller Reserven weitgehend frei (vgl. E. 3.1 oben). Eine Regelung wie jene des Kantons Aargau gemäss § 71 Abs. 5 StG AG füllt lediglich den Spielraum aus, der den Kantonen gemäss StHG in diesem Zusammenhang verbleibt. Es ist keineswegs so, dass bezüglich stiller Reserven auf
Immaterialgüterrechten von Bundesrechts wegen ein Steueraufschub oder eine Steuerbefreiung vorgeschrieben ist, wenn diese in den steuerfreien Bereich geraten. Können den aargauischen Betriebsstätten der A.________ Genossenschaft in der Steuerperiode 2012 stille Reserven auf Immaterialgüterrechten zugeordnet werden, kann der Kanton Aargau diese somit gemäss seiner gesetzlichen Regelung besteuern, ohne gegen das interkantonale Wegzugsbesteuerungsverbot zu verstossen.

5.

5.1. Im Weiteren rügt die Beschwerdeführerin, die vorinstanzliche Anwendung von § 71 Abs. 5 StG AG führe zu einer verpönten, interkantonalen, virtuellen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV), da der Kanton Basel-Stadt für das gleiche Steuersubjekt und -objekt einen Steueraufschub vorsehe. Eine virtuelle Doppelbesteuerung liegt vor, wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (BGE 140 I 114 E. 2.3.1 S. 117 f.; 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.; 137 I 145 E. 2.2 S. 147; Urteile 2C 655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.1; 2C 243/2011 vom 1. Mai 2013 E. 1.3). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung setzt die unzulässige, interkantonale, virtuelle Doppelbesteuerung die Verletzung einer Kollisions- bzw. Zuteilungsnorm bezüglich Steuerhoheit voraus. Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; BGE 140 I 114 E. 2.3.1 S. 117 f.; 138 I 297 E. 3.1 S. 300 f.; 137 I 145 E. 2.2 S. 147; Urteil 2C 243/2011
vom 1. Mai 2013 E. 1.3).

5.2. Harmonisierungsrechtlich begründet die Betriebsstätte eines interkantonalen Unternehmens in dem Kanton, in dem nicht der Sitz des Unternehmens liegt, ein Nebensteuerdomizil aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit (Art. 21 Abs. 1 lit. b
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 21 Steuerpflicht aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit - 1 Juristische Personen mit Sitz oder mit tatsächlicher Verwaltung ausserhalb des Kantons sind steuerpflichtig, wenn sie:
1    Juristische Personen mit Sitz oder mit tatsächlicher Verwaltung ausserhalb des Kantons sind steuerpflichtig, wenn sie:
a  Teilhaber an Geschäftsbetrieben im Kanton sind;
b  im Kanton Betriebsstätten unterhalten;
c  an Grundstücken im Kanton Eigentum, dingliche Rechte oder diesen wirtschaftlich gleichzuachtende persönliche Nutzungsrechte habe;
d  mit im Kanton gelegenen Grundstücken handeln.
2    Juristische Personen mit Sitz und tatsächlicher Verwaltung im Ausland sind ausserdem steuerpflichtig, wenn sie:
a  Gläubiger oder Nutzniesser von Forderungen sind, die durch Grund- oder Faustpfand auf Grundstücken im Kanton gesichert sind;
b  im Kanton gelegene Grundstücke vermitteln.
StHG). Der Kanton Aargau hat demnach das Recht, die in seinem Kanton gelegenen Betriebsstätten entsprechend den Steuerausscheidungsregeln zu besteuern. Eine virtuelle Doppelbesteuerung liegt damit, auch wenn der Kanton Basel-Stadt bezüglich stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten einen Steueraufschub gewährt, von vornherein nicht vor, denn die Kantone haben wie dargelegt die Freiheit, die Steuerfolgen des Übergang stiller Reserven in den steuerfreien Bereich (unterschiedlich) zu regeln. Die betroffenen Kantone Aargau und Basel-Stadt haben bezüglich der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten eine entsprechende Steuerausscheidung vorzunehmen. Eine andere Frage ist, ob im Kanton Aargau in der Steuerperiode 2012 ein entsprechendes Steuersubstrat (stille Reserven auf Immaterialgüterrechten) bei der Betriebsstätte vorhanden war und dieses im Jahre 2012 realisiert wurde. Dies beschlägt jedoch die Frage des Realisationszeitpunktes (dazu E. 7 unten) und die Ermittlung des Steuersubstrats (dazu
E. 8 unten). Das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung ist somit nicht verletzt.

6.

6.1. Ausserdem rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Massgeblichkeitsprinzips bzw. von Art. 24 Abs. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG. Der Steueranspruch des Kantons Aargau betreffe die Steuerperiode 2012, die Umstrukturierung habe jedoch im Jahr 2013 stattgefunden. Letztere habe in der Jahresrechnung des Geschäftsjahres 2012 keinen Niederschlag gefunden.

6.2. Gemäss dem Massgeblichkeitsprinzip ist die handelsrechtliche Bilanz, welche den handelsrechtlichen Vorschriften entspricht, für die steuerliche Gewinnermittlung und die Steuerbilanz verbindlich, sofern nicht eine steuerrechtliche Korrekturvorschrift eingreift (BGE 141 II 83 E. 3.1 S. 85; 137 II 353 E. 6.2 S. 359; 136 II 83 E. 3.1 S. 92; 132 I 175 E. 2.2 S. 177 f.; Urteil 2C 515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2). Mit einer steuerlichen Korrekturvorschrift soll unter anderem erreicht werden, dass die Ertrags- und Vermögenslage entsprechend der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 127 Grundsätze der Besteuerung - 1 Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
1    Die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, ist in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln.
2    Soweit es die Art der Steuer zulässt, sind dabei insbesondere die Grundsätze der Allgemeinheit und der Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit zu beachten.
3    Die interkantonale Doppelbesteuerung ist untersagt. Der Bund trifft die erforderlichen Massnahmen.
BV) ausgewiesen wird (Urteil 2C 515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.3). Mit dem Übergang stiller Reserven in den steuerfreien Bereich wird deren fiskalische Verknüpfung aufgehoben. Die steuersystematische Realisierung und damit Besteuerung der stillen Reserven bei deren Übergang in den steuerfreien Bereich trägt dem Prinzip der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit Nachachtung und rechtfertigt deshalb eine Durchbrechung des Massgeblichkeitsprinzips (vgl. MARINA ZÜGER, a.a.O., S. 127; MARKUS REICH/JULIA VON AH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [Kommentar DBG], 3.
Aufl. 2017, N. 28 zu Art. 18
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18 Grundsatz - 1 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
1    Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit.
2    Zu den Einkünften aus selbstständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen oder in ausländische Betriebe oder Betriebsstätten. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbstständigen Erwerbstätigkeit dienen; Gleiches gilt für Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, sofern der Eigentümer sie im Zeitpunkt des Erwerbs zum Geschäftsvermögen erklärt. Artikel 18b bleibt vorbehalten.30
3    Für Steuerpflichtige, die eine ordnungsgemässe Buchhaltung führen, gilt Artikel 58 sinngemäss.
4    Die Gewinne aus der Veräusserung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken werden den steuerbaren Einkünften nur bis zur Höhe der Anlagekosten zugerechnet.
DBG; PETER BRÜLISAUER/OLIVER KRUMMENACHER, in: Kommentar StHG, N. 319 zu Art. 24
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG; PETER BRÜLISAUER/MARCO MÜHLEMANN, in: Kommentar DBG, N. 147 und 395 zu Art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
DBG). § 71 Abs. 5 StG AG ist als steuerliche Korrekturvorschrift zu betrachten, welche die Besteuerung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten erlaubt, weshalb vorliegend die Durchbrechung des Massgeblichkeitsprinzips gerechtfertigt ist. Letzteres ist somit nicht verletzt.

7.

7.1. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen das Periodizitätsprinzip bzw. gegen Art. 31 Abs. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 31 - 1 Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
1    Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
2    Als Steuerperiode gilt das Geschäftsjahr. Die Steuerpflichtigen müssen in jedem Kalenderjahr, ausgenommen im Gründungsjahr, einen Geschäftsabschluss mit Bilanz und Erfolgsrechnung erstellen. Umfasst ein Geschäftsjahr mehr oder weniger als zwölf Monate, so bestimmt sich der Steuersatz für die Gewinnsteuer nach dem auf zwölf Monate berechneten Reingewinn.
3    Der steuerbare Reingewinn bemisst sich nach dem Ergebnis der Steuerperiode.
3bis    Lautet der Geschäftsabschluss auf eine ausländische Währung, so ist der steuerbare Reingewinn in Franken umzurechnen. Massgebend ist der durchschnittliche Devisenkurs (Verkauf) der Steuerperiode.154
4    Das steuerbare Eigenkapital bemisst sich nach dem Stand am Ende der Steuerperiode.
5    Lautet der Geschäftsabschluss auf eine ausländische Währung, so ist das steuerbare Eigenkapital in Franken umzurechnen. Massgebend ist der Devisenkurs (Verkauf) am Ende der Steuerperiode.155
, 2
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 31 - 1 Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
1    Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
2    Als Steuerperiode gilt das Geschäftsjahr. Die Steuerpflichtigen müssen in jedem Kalenderjahr, ausgenommen im Gründungsjahr, einen Geschäftsabschluss mit Bilanz und Erfolgsrechnung erstellen. Umfasst ein Geschäftsjahr mehr oder weniger als zwölf Monate, so bestimmt sich der Steuersatz für die Gewinnsteuer nach dem auf zwölf Monate berechneten Reingewinn.
3    Der steuerbare Reingewinn bemisst sich nach dem Ergebnis der Steuerperiode.
3bis    Lautet der Geschäftsabschluss auf eine ausländische Währung, so ist der steuerbare Reingewinn in Franken umzurechnen. Massgebend ist der durchschnittliche Devisenkurs (Verkauf) der Steuerperiode.154
4    Das steuerbare Eigenkapital bemisst sich nach dem Stand am Ende der Steuerperiode.
5    Lautet der Geschäftsabschluss auf eine ausländische Währung, so ist das steuerbare Eigenkapital in Franken umzurechnen. Massgebend ist der Devisenkurs (Verkauf) am Ende der Steuerperiode.155
und 3
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 31 - 1 Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
1    Die Steuern vom Reingewinn und vom Eigenkapital werden für jede Steuerperiode festgesetzt und erhoben.
2    Als Steuerperiode gilt das Geschäftsjahr. Die Steuerpflichtigen müssen in jedem Kalenderjahr, ausgenommen im Gründungsjahr, einen Geschäftsabschluss mit Bilanz und Erfolgsrechnung erstellen. Umfasst ein Geschäftsjahr mehr oder weniger als zwölf Monate, so bestimmt sich der Steuersatz für die Gewinnsteuer nach dem auf zwölf Monate berechneten Reingewinn.
3    Der steuerbare Reingewinn bemisst sich nach dem Ergebnis der Steuerperiode.
3bis    Lautet der Geschäftsabschluss auf eine ausländische Währung, so ist der steuerbare Reingewinn in Franken umzurechnen. Massgebend ist der durchschnittliche Devisenkurs (Verkauf) der Steuerperiode.154
4    Das steuerbare Eigenkapital bemisst sich nach dem Stand am Ende der Steuerperiode.
5    Lautet der Geschäftsabschluss auf eine ausländische Währung, so ist das steuerbare Eigenkapital in Franken umzurechnen. Massgebend ist der Devisenkurs (Verkauf) am Ende der Steuerperiode.155
StHG. Die steuersystematische Realisierung stiller Reserven habe erst am 1. Januar 2013 und nicht in der Steuerperiode 2012 stattgefunden (vgl. zum Periodizitätsprinzip BGE 137 II 353 E. 6.4.3 ff. S. 362 ff.; Urteil 2C 696/2013 vom 29. April 2013 E. 3.1).

7.2. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Es ist unbestritten, dass die Umstrukturierung rückwirkend auf den 1. Januar 2013 vorgenommen wurde. Das heisst, dass ab 1. Januar 2013 die - allenfalls - zuvor auf den Betriebsstätten liegenden Immaterialgüterrechte nicht mehr in den Bilanzen der Betriebsstätten figurierten, während sie bis und mit dem 31. Dezember 2012 - allenfalls - noch den Betriebsstätten zuzurechnen waren. Wenn die Vorinstanzen bei dieser Sachlage annahmen, die allfällige Realisation stiller Reserven sei derjenigen Periode zuzurechnen, in denen diese stillen Reserven noch den Betriebsstätten verhaftet waren, ist dies nicht zu beanstanden.

8.

8.1. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass der Kanton Aargau gestützt auf § 71 Abs. 5 StG AG grundsätzlich über ein Besteuerungsrecht in Bezug auf die steuersystematische Realisierung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten bei vorliegender Umstrukturierung (mit Statuswechsel) verfügt, vorausgesetzt, den aargauischen Betriebsstätten der A.________ Genossenschaft können für die Steuerperiode 2012 überhaupt solche stillen Reserven zugewiesen werden. Sollte sich dagegen ergeben, dass dies aufgrund des Sachverhalts und der Steuerteilungsregeln nicht der Fall ist, entfällt der Steueranspruch des Kantons Aargau mangels Steuersubstrat. Im vorinstanzlichen Urteil ist dieser Punkt ausdrücklich offengelassen worden ("Es spielt daher auch keine Rolle, ob die stillen Reserven auf den Markenrechten zu Lasten der Betriebsstätten oder des Hauptsitzes gebildet wurden (...)."). Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, soweit die Markenrechte aufgrund eines Erwerbs von Dritten in früheren Perioden einen Buchwert aufgewiesen hätten, seien sie bei der interkantonalen Steuerausscheidung für die Kapitalsteuer bis und mit 2012 immer und vollumfänglich dem Kanton Basel-Stadt zugewiesen worden. Dieses Vorgehen sei auch vom Kanton Aargau
akzeptiert worden. Das KSt AG entgegnet in seiner Beschwerdeantwort, die A.________-Markenrechte hätte vor der Umstrukturierung einen Buchwert von CHF null aufgewiesen, weshalb sich aus der genannten Aussage der Beschwerdeführerin gerade nichts ableiten lasse. Aus den Akten ergibt sich, dass die Frage, ob den aargauischen Betriebsstätten überhaupt stille Reserven auf Markenrechten zugeordnet werden können, auch im Rekursverfahren thematisiert, im Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau jedoch ebenfalls offengelassen wurde.

8.2. Vorliegend führte die Realisierung der stillen Reserven auf Markenrechten zu einer Aufrechnung beim Gewinn durch das KSt AG um Fr. 1'208.6 Mio. Die interkantonale Steuerausscheidung erfolgt bei Unternehmen mit schweizerischem Sitz bzw. Hauptsteuerdomizil und Betriebsstätten bzw. Nebensteuerdomizilen (aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit, Art. 21 Abs. 1 lit. b
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 21 Steuerpflicht aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit - 1 Juristische Personen mit Sitz oder mit tatsächlicher Verwaltung ausserhalb des Kantons sind steuerpflichtig, wenn sie:
1    Juristische Personen mit Sitz oder mit tatsächlicher Verwaltung ausserhalb des Kantons sind steuerpflichtig, wenn sie:
a  Teilhaber an Geschäftsbetrieben im Kanton sind;
b  im Kanton Betriebsstätten unterhalten;
c  an Grundstücken im Kanton Eigentum, dingliche Rechte oder diesen wirtschaftlich gleichzuachtende persönliche Nutzungsrechte habe;
d  mit im Kanton gelegenen Grundstücken handeln.
2    Juristische Personen mit Sitz und tatsächlicher Verwaltung im Ausland sind ausserdem steuerpflichtig, wenn sie:
a  Gläubiger oder Nutzniesser von Forderungen sind, die durch Grund- oder Faustpfand auf Grundstücken im Kanton gesichert sind;
b  im Kanton gelegene Grundstücke vermitteln.
StHG) in mehreren Kantonen praxisgemäss quotenmässig, während die objektmässige Ausscheidung nur in besonderen, hier nicht einschlägigen Ausnahmefällen zum Tragen kommt. Einem Kanton wird demnach eine Quote des Gesamtgewinns des interkantonalen Unternehmens (und nicht der im jeweiligen Kanton angefallene Gewinn) zugewiesen (BGE 103 Ia 233 E. 3.b S. 236; Urteile 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.2; 2P.228/1993 vom 18. Dezember 1995 E. 2.c.; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011 [Kommentar Interkantonales Steuerrecht], § 30 N. 18 f.). Bezüglich der quotenmässigen Ausscheidung wird zwischen der direkten und der indirekten Methode unterschieden. Erstere stellt für die Ermittlung der (kantonalen) Quoten auf die Betriebsstättenbuchhaltungen ab, während letztere Hilfsfaktoren, nämlich die
Umsätze oder Erwerbsfaktoren (Arbeit und Kapital), heranzieht (BGE 103 Ia 233 E. 3.b S. 236; Urteile 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.2; 2P.228/1993 vom 18. Dezember 1995 E. 2.c.; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 26 ff.). Das im Rahmen der interkantonalen Steuerausscheidung angewendete Vorgehen unterliegt in jedem Fall dem Ziel, unter Berücksichtigung der Verhältnisse des Einzelfalles einen Massstab zu finden, welcher die Bedeutung der Betriebsstätten im Rahmen des Gesamtunternehmens, d.h. ihren Anteil an der Erzielung des Gesamtertrages am zuverlässigsten zum Ausdruck bringt (BGE 103 Ia 233 E. 3.b S. 236 f.).

8.3. Aus den Akten ergibt sich, dass vorliegend betreffend Gewinnquote nach der indirekten Methode verfahren und diesbezüglich auf den Hilfsfaktor Umsatz abgestellt wurde (Art. 105 Abs. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG). Nicht klar ist, ob wie bei der Steuerausscheidung 2011 auch für das Steuerjahr 2012 dem Kanton Basel-Stadt ein Vorausanteil (sog. Präzipuum) von 20 % am zu besteuernden Gewinn zugewiesen wurde. Bei Handelsunternehmen ist das Abstellen auf den Umsatz bzw. die Umsatzanteile an sich ein geeigneter Hilfsfaktor (HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 39, § 31 N. 12). Das Präzipuum dient der Abgeltung zentraler Funktionen bzw. entsprechender Leistungen, welche am Hauptsitz erbracht werden. Wenn im Rahmen der indirekten Methode auf den Erwerbsfaktor Arbeit abgestellt wird, ist den zentralen Funktionen in der Regel aufgrund der höheren Lohnsumme durch Management- und Overheadfunktionen bereits Rechnung getragen, weshalb ein reduziertes Präzipuum von praxisgemäss höchstens 10 % zur Anwendung kommt (Urteil 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.3, 3.1 und 3.4). Anders sieht es dagegen bei der Heranziehung des Hilfsfaktors Umsatz aus. In diesem Fall wird den zentralen Funktionen zuwenig Rechnung getragen
und ein Präzipuum von 20 % ist zu gewähren (Urteil 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 3.1; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 42 f.). Demnach ist zugunsten des Kantons Basel-Stadt in jedem Fall ein Präzipuum von 20 % auszuscheiden.

8.4. Vorliegend kommt hinzu, dass der satzbestimmende Gesamtgewinn von rund Fr. 1'097 Mio. in Anbetracht des operativen Reingewinns von "nur" Fr. 468 Mio. (und diversen Abzügen) durch den Gewinn infolge Realisierung der stillen Reserven von Fr. 1'208.6 Mio. im Steuerjahr 2012 stark verzerrt wurde, beträgt doch die Aufrechnung der stillen Reserven das rund 2.6-fache des operativen Gewinns. Der Massstab der Umsatzquote bedarf bei dieser Ausgangslage zusätzlich zum genannten Präzipuum je nach Resultat der nachfolgenden Abklärungen einer weiteren Anpassung. Vorliegend ist zu klären, inwiefern die Konzernmarke "A.________" bis im Jahr 2012 durch den Hauptsitz aufgebaut, gepflegt und verwaltet wurde, der entsprechende Aufwand buchhalterisch dem Hauptsitz belastet und am Hauptsitz die Markenpolitik der A.________-Gruppe bestimmt wurde. Immerhin ist unbestritten, dass sämtliche A.________-Marken bis und mit Steuerjahr 2012 in der Steuerausscheidung bezüglich Kapital der (ursprünglichen) A.________ Genossenschaft (heute A.________-Gruppe Genossenschaft) dem Kanton Basel-Stadt zugewiesen wurden, was zumindest ein Indiz dafür darstellt, dass die entsprechenden Funktionen und Leistungen vom Hauptsitz im Kanton Basel-Stadt erbracht wurden.
Sollte sich ergeben, dass letzteres der Fall ist, ist die genannte Verzerrung durch eine deutliche Erhöhung des genannten Präzipuums zugunsten des Kantons-Basel-Stadt zu korrigieren (vgl. BGE 103 Ia 233 E. 4 S. 237 ff.).

8.5. Die Vorinstanz hat den Sachverhalt diesbezüglich unvollständig festgestellt. Die Sache ist deshalb zur Abklärung und ergänzenden Sachverhaltsfeststellung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen, welche anschliessend aufgrund der zusätzlichen Feststellungen die Steuerausscheidung erneut vorzunehmen bzw. in der Sache neu zu entscheiden hat.

9.
Die Beschwerdeführerin stellt einen Eventualantrag zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns für das Steuerjahr 2012 (auf rund Fr. 46 Mio.) sowie zwei Subeventualanträge zur Festsetzung des desselben unter Berücksichtigung von (teilweise bestimmten) Steuerrückstellungen. Da ein allfälliger steuerbarer Gewinn und allfällige Steuerrückstellungen vom Ergebnis der vorgenannten Sachverhaltsfeststellung abhängen, macht die Beurteilung des Eventualantrages und der Subeventualanträge vorliegend wenig Sinn. Diese Anträge betreffen aufgrund der Ausgangslage theoretische Fragen, welche vom Bundesgericht nicht zu klären sind. Auf den Eventualantrag und die Subeventualanträge ist deshalb vorliegend nicht einzutreten.

10.
Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung zurückzuweisen.

11.

11.1. Da der Kanton Aargau vorliegend Vermögensinteressen verfolgt, sind ihm die Gerichtskosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
und 4
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
BGG).

11.2. Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
und 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG).

11.3. In Bezug auf die kantonalen Rechtsmittelverfahren wird die Sache zur Neuverlegung der Kosten (inkl. Parteientschädigung) an die Vorinstanz zurückgewiesen (Art. 67
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 67 Kosten der Vorinstanz - Wird der angefochtene Entscheid geändert, so kann das Bundesgericht die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders verteilen.
und 68 Abs. 5
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 30. November 2017 wird aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

2.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 30'000.-- werden dem Kanton Aargau auferlegt.

3.
Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 30'000.-- zu bezahlen.

4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 23. Januar 2020

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Seiler

Der Gerichtsschreiber: Quinto