Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

9C 14/2023

Arrêt du 21 novembre 2023

IIIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mmes les Juges fédéraux Parrino, Président,
Stadelmann, Moser-Szeless, Beusch et Scherrer Reber.
Greffier : M. Bürgisser.

Participants à la procédure
Administration fiscale cantonale du canton de Genève, rue du Stand 26, 1204 Genève,
recourante,

contre

A.________ AG,
représentée par Finditer Treuhand AG,
intimée,

Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Bändliweg 21, 8090 Zürich.

Objet
Impôts cantonaux et communaux du Canton de Genève, périodes fiscales 2011 à 2013,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 15 novembre 2022 (A/3361/2020-ICC - ATA/1158/2022).

Faits :

A.

A.a. A.________ AG (ci-après: la contribuable ou la société) est une société anonyme dont le siège se situe dans le canton de Zurich et qui dispose de succursales dans plusieurs cantons, dont celui de Genève. Elle a notamment pour but la vente et la location de (...).

A.b. Par bordereaux de taxation relatifs aux impôts cantonaux et communaux (ci-après: ICC) datés respectivement du 6 décembre 2012 (période fiscale 2011), 5 mars 2014 (période fiscale 2012) et 28 mai 2015 (période fiscale 2013, après réclamation), l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale genevoise) a fixé le bénéfice net et le capital propre de la contribuable, ainsi que le montant des impôts correspondant. Ces décisions sont entrées en force.

A.c. Le 25 juillet 2016, l'Administration fiscale zurichoise (Kantonales Steueramt Zürich) a informé l'Administration fiscale genevoise avoir procédé à des corrections dans la détermination du bénéfice imposable et de la répartition intercantonale de la contribuable. Par courrier du 19 septembre 2016, l'Administration fiscale genevoise a reçu copie de la décision de taxation 2013 (datée du 1 er septembre 2016) de la part de l'Administration fiscale zurichoise concernant la contribuable.
Le 13 janvier 2017, A.________ AG a informé l'Administration fiscale genevoise avoir reçu du canton de Zurich des taxations la concernant pour les années 2011 à 2013, dont elle a joint une copie. Elle l'a invitée à lui retourner dans les meilleurs délais des "décisions de taxation finales" tenant compte des décisions de taxation provenant du canton de Zurich.

A.d. Trois ans plus tard, soit le 25 mai 2020, l'Administration fiscale genevoise a informé la société de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années 2011 à 2013, à la suite des informations transmises par l'Administration fiscale zurichoise. A cette occasion, elle a également mentionné les nouveaux montants imposables relatifs au bénéfice et au capital propre retenus.
En l'absence de réaction de la part de A.________ AG, l'Administration fiscale genevoise a émis le 17 juillet 2020 des bordereaux de rappel d'impôt. Elle a fixé à nouveau pour les périodes 2011 à 2013 la part du bénéfice net imposable et du capital propre attribués au canton de Genève, en fonction des montants retenus par l'Administration fiscale zurichoise. Par décisions du même jour relatives aux années 2011 à 2013, elle a infligé à la contribuable une amende pour chaque période fiscale, dont la quotité a été fixée à 1 /3 du supplément d'impôt.
Statuant sur réclamation le 24 septembre 2020, l'Administration fiscale genevoise a maintenu les reprises et les amendes y relatives.

B.

B.a. Par jugement du 20 décembre 2021, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a rejeté le recours de la contribuable.

B.b. Statuant par arrêt du 15 novembre 2022, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative (ci-après: la Cour de justice), a admis le recours de A.________ AG. Elle a annulé le jugement précité, les bordereaux de rappel d'impôt et d'amende du 17 juillet 2020, ainsi que la décision sur réclamation du 24 septembre 2020.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale genevoise conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 15 novembre 2022 et à la confirmation du jugement du TAPI du 20 décembre 2021 et de sa décision sur réclamation du 24 septembre 2020.
A.________ AG conclut au rejet du recours. L'Administration fiscale zurichoise et l'Administration fédérale des contributions ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :

1.
L'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF). Il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF; ATF 148 I 160 consid. 3).

3.

3.1. Le litige porte sur le point de savoir si la Cour de justice a considéré à bon droit que la recourante ne pouvait pas procéder à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et en soustraction à l'encontre de l'intimée pour les ICC des années 2011 à 2013, dès lors qu'elle ne s'était pas coordonnée avec l'administration fiscale du canton du siège de la société.

3.2. La juridiction cantonale a constaté que l'Administration fiscale genevoise avait rendu ses décisions de taxation des années 2011 à 2013 (devenues définitives respectivement les 6 décembre 2012, 5 mars 2014 et 28 mai 2015) avant même que l'Administration fiscale zurichoise n'eût rendu les siennes pour les exercices correspondants. De plus, dans le cadre des procédures de taxation, l'Administration fiscale genevoise n'avait pas demandé le moindre renseignement à l'Administration fiscale zurichoise, pourtant "directrice de facto" de la procédure, quant à l'avancement ou les éventuels "problèmes" de sa procédure de taxation. Or et conformément à la jurisprudence, notamment publiée aux ATF 139 I 64, la recourante avait fait le choix de procéder à une taxation définitive en lieu et place d'une taxation provisoire, de sorte qu'elle devait renoncer à la possibilité de percevoir un rappel d'impôt en cas de résultat divergeant de la "taxation zurichoise". En outre, il appartenait à l'administration du canton du domicile secondaire de se coordonner avec celle du domicile principal. En conséquence, on ne pouvait pas exiger de la contribuable qu'elle agisse par la voie de la réclamation pour demander que soit établie une taxation
provisoire dans le canton de Genève, dans l'attente de la clôture de la procédure par le canton de Zurich.

3.3. A l'encontre de ce raisonnement, la recourante fait notamment valoir que la Cour de justice se serait fondée à tort sur l'arrêt publié aux ATF 139 I 64. Cet arrêt concernerait en effet l'interdiction de la double imposition intercantonale, qui n'était pas en cause en l'espèce. En outre, la jurisprudence précitée aurait "matériellement pour effet de subordonner les taxations définitives 2011 à 2013" du canton de Genève à l'entrée en force des décisions de taxation rendues pour la même période par l'Administration fiscale zurichoise, ce qui serait contraire au droit de chaque canton de conduire sa propre procédure de taxation. L'application de cet arrêt rendrait en outre impossible celle des règles sur le rappel d'impôt dans tous les cas où le canton de Genève constituerait un for d'imposition secondaire du contribuable. En outre, si le droit genevois prévoyait bien que l'Administration fiscale puisse effectuer une taxation provisoire, la durée de validité d'une telle taxation était limitée dans le temps à un an; à défaut de procéder à une taxation définitive dans ce laps de temps, celle-ci devenait définitive. Or l'exigence de rendre une taxation provisoire ne constituerait pas une solution adéquate, puisque le canton de
Genève demeurerait tributaire de la "vitesse de taxation du canton du siège".

3.4. Pour sa part, la contribuable relève que l'ATF 139 I 64 est clair, de sorte que tout rappel d'impôt est en l'espèce exclu. En outre, même à supposer que l'Administration fiscale genevoise fût fondée à ouvrir une procédure en rappel d'impôt et en soustraction après avoir pris connaissance des éléments contenus dans les décisions de taxation du canton de Zurich, les conditions pour ouvrir de telles procédures ne seraient de toute façon pas remplies. En effet, l'Administration fiscale genevoise aurait dû communiquer avec le canton du siège et attendre ses décisions ou instruire davantage. Or en renonçant à procéder à des investigations plus poussées, elle avait "failli à son devoir".

4.

4.1. De manière générale, on rappellera que les personnes morales sont assujetties à l'impôt dans un canton à raison d'un rattachement personnel lorsqu'elles y ont leur siège ou leur administration effective (cf. art. 20 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 20 Assujettissement à raison du rattachement personnel - 1 Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives, les associations, les fondations et les autres personnes morales sont assujetties à l'impôt lorsqu'elles ont leur siège ou leur administration effective dans le canton. Les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe au sens de l'art. 58 ou 118a LPCC95 sont assimilés aux autres personnes morales.96 Les sociétés d'investissement à capital fixe au sens de l'art. 110 LPCC sont imposées comme des sociétés de capitaux.97
2    Les personnes morales, les sociétés commerciales et les communautés de personnes étrangères sont assimilées aux personnes morales suisses dont elles se rapprochent le plus par leur forme juridique ou leurs structures effectives.
LHID) et sont aussi assujetties dans un autre canton si elles y remplissent un critère de rattachement économique à l'impôt, ce qui est notamment le cas si elles y exploitent un établissement stable (cf. art. 21 al. 1 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 21 Assujettissement à raison du rattachement économique - 1 Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
1    Les personnes morales dont le siège ou l'administration effective se trouve hors du canton sont assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont associées à une entreprise établie dans le canton;
b  elles exploitent un établissement stable dans le canton;
c  elles sont propriétaires d'un immeuble sis dans le canton ou qu'elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels;
d  elles font le commerce d'immeubles sis dans le canton.
2    Les personnes morales qui ont leur siège ou leur administration effective à l'étranger sont en outre assujetties à l'impôt, lorsque:
a  elles sont titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un nantissement sur des immeubles sis dans le canton;
b  elles servent d'intermédiaires dans des opérations de commerce portant sur des immeubles sis dans le canton.
LHID). Dans une telle situation intercantonale, la procédure de taxation ne se déroule pas seulement dans le canton du siège, mais aussi dans l'autre canton (cf. art. 2 al. 1 de l'ordonnance du 9 mars 2001 sur l'application de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs dans les rapports intercantonaux [RS 642.141; ci-après: ordonnance d'application de la LHID]). Dans chaque canton, la procédure de taxation se déroule en application des dispositions cantonales calquées sur les art. 39 ss
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 39 Obligations des autorités - 1 Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
1    Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
2    Les autorités fiscales se communiquent gratuitement toutes informations utiles et s'autorisent réciproquement à consulter leurs dossiers. Lorsqu'il ressort de la déclaration d'impôt d'un contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu'il est aussi assujetti à l'impôt dans un autre canton, l'autorité de taxation porte le contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités fiscales de l'autre canton.
3    Les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes communiquent, sur demande, tous renseignements nécessaires à l'application de la législation fiscale aux autorités chargées de son exécution. Elles peuvent spontanément signaler à celles-ci les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète.
4    ...183
LHID (cf. art. 2 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 2 Impôts directs à prélever - 1 Les cantons prélèvent les impôts suivants:
1    Les cantons prélèvent les impôts suivants:
a  un impôt sur le revenu et un impôt sur la fortune des personnes physiques;
b  un impôt sur le bénéfice et un impôt sur le capital des personnes morales;
c  un impôt à la source auprès de certaines personnes physiques et morales;
d  un impôt sur les gains immobiliers.
2    Les cantons peuvent déterminer si l'impôt sur les gains immobiliers est prélevé par le canton ou par les communes.
de l'ordonnance d'application de la LHID). L'autre canton est donc (aussi) habilité à contrôler la déclaration d'impôt et à procéder aux investigations nécessaires (cf. art. 46 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 46 Taxation - 1 L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
1    L'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires.
2    Elle communique au contribuable les modifications apportées à sa déclaration au plus tard lors de la notification de la décision de taxation.
3    Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou si les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue faute de données suffisantes.
LHID). Selon la Circulaire CI 16 de la Conférence suisse des impôts du 31 août 2001,
pour les personnes morales, c'est en principe le canton du siège ou de l'administration effective qui le premier procède à la taxation et établit la proposition de répartition en faveur des cantons où l'entreprise a un établissement stable ou des immeubles de placement. Ce canton effectue les opérations de contrôle de la déclaration et d'éventuelles corrections. Sur cette base, il établit sa taxation et, à l'attention des autres cantons, une proposition de répartition intercantonale (CI 16, ch. 22).

4.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que la contribuable, qui a son siège dans le canton de Zurich, est également assujettie à raison d'un rattachement économique dans le canton de Genève puisqu'elle y exploite une succursale. Dès lors, les deux cantons étaient compétents pour procéder à une taxation relative aux éléments imposables sur lesquels ils exercent une souveraineté fiscale. Est en revanche controversé le point de savoir si le canton de Genève, canton "secondaire", était en droit, après qu'il a rendu des taxations définitives pour les périodes 2011 à 2013 avant le canton de Zurich, canton du siège (ou canton "principal"), de revenir sur ses décisions par le biais d'un rappel d'impôt en raison des éléments ressortant des données communiquées par l'Administration fiscale zurichoise et la taxation correspondante.

4.2.1. En ce qui concerne les règles applicables au rappel d'impôt, l'art. 59 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; RS/GE D 3 17) prévoit que "lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus du département lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète, ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou un délit commis contre le département, ce dernier procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts". Cette disposition est similaire à l'art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID; ces deux articles correspondent du reste à l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD (RS 642.11; arrêt 2C 60/2020 du 27 avril 2021 consid. 7.1 et la référence). La disposition de droit cantonal et celle de droit harmonisé doivent en outre être interprétées conformément à la disposition applicable en matière d'IFD, en vertu du principe de l'harmonisation verticale (cf. arrêt 2C 263/2018 du 11 février 2019 consid. 2).

4.2.2. L'arrêt appliqué par la juridiction cantonale et invoqué par la recourante (ATF 139 I 64) concernait une problématique d'interdiction de la double imposition intercantonale impliquant un contribuable domicilié dans le canton d'Obwald, propriétaire d'un immeuble dans le canton de Bâle-Campagne et exerçant une activité lucrative indépendante dont les deux cantons entendaient imposer les revenus. Le Tribunal fédéral y a notamment jugé ce qui suit. Introduit sur la base des art. 39 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 39 Obligations des autorités - 1 Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
1    Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
2    Les autorités fiscales se communiquent gratuitement toutes informations utiles et s'autorisent réciproquement à consulter leurs dossiers. Lorsqu'il ressort de la déclaration d'impôt d'un contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu'il est aussi assujetti à l'impôt dans un autre canton, l'autorité de taxation porte le contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités fiscales de l'autre canton.
3    Les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes communiquent, sur demande, tous renseignements nécessaires à l'application de la législation fiscale aux autorités chargées de son exécution. Elles peuvent spontanément signaler à celles-ci les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète.
4    ...183
et 74
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 74 Application de la loi - Le Conseil fédéral édicte les dispositions nécessaires à l'application de la présente loi. Il règle notamment les problèmes qui se posent dans les rapports intercantonaux, en particulier dans les relations entre les cantons appliquant une réglementation différente en ce qui concerne le calcul dans le temps.257
LHID, l'art. 2 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 2 Impôts directs à prélever - 1 Les cantons prélèvent les impôts suivants:
1    Les cantons prélèvent les impôts suivants:
a  un impôt sur le revenu et un impôt sur la fortune des personnes physiques;
b  un impôt sur le bénéfice et un impôt sur le capital des personnes morales;
c  un impôt à la source auprès de certaines personnes physiques et morales;
d  un impôt sur les gains immobiliers.
2    Les cantons peuvent déterminer si l'impôt sur les gains immobiliers est prélevé par le canton ou par les communes.
de l'ordonnance d'application de la LHID prévoit que l'autorité fiscale du canton de domicile ou de siège doit communiquer gratuitement aux autorités fiscales des autres cantons sa taxation fiscale, y compris la répartition fiscale intercantonale et les éventuelles divergences par rapport à la déclaration d'impôt. En raison de cette obligation de déclarer, le domicile fiscal principal se voit attribuer "de facto un rôle de direction". Dans le contexte actuel de la taxation marqué par le traitement électronique des données et autres moyens de communication, il est précisément indiqué de rechercher le contact dans un cas d'activité lucrative hors canton, déjà avant de rendre la décision de taxation. Si le canton du
domicile accessoire procède à la taxation avant que le canton du domicile fiscal principal n'ait rendu sa propre décision de taxation (conformément à la pratique en vigueur), il ne peut le faire que sur une base provisoire (cf. art. 162
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 162 Perception provisoire et perception définitive - 1 L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû.
1    L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû.
2    Les impôts perçus à titre provisoire sont imputés sur les impôts dus selon la taxation définitive.
3    Si les montants perçus sont insuffisants, la différence est exigée; les montants perçus en trop sont restitués. Le DFF arrête les conditions auxquelles ces montants portent intérêt.
LIFD). Sinon, dans l'éventualité où la taxation du domicile fiscal principal diffère de la taxation définitive effectuée par le canton du domicile accessoire, la possibilité de procéder à un rappel d'impôt disparaît (ATF 139 I 64 consid. 3.6 et la référence à l'arrêt 2A.585/2005 du 8 mai 2006 consid. 3.4.2, in StE 2007 B 97.41 n° 19).

5.

5.1. Quoi qu'en dise la recourante, l'application du principe de la déchéance du droit du canton de domicile secondaire de procéder à un rappel d'impôt dans certaines circonstances, posé par l'arrêt 2A.585/2005 cité et confirmé par l'ATF 139 I 64, ne saurait être niée du seul fait qu'aucune question concrète de double imposition intercantonale ne se poserait en tant que telle. Il suffit qu'entre en ligne de compte l'assujettissement du contribuable à l'impôt dans plusieurs cantons, ce qui requiert une certaine coordination entre eux dans leurs relations intercantonales, et que soient donc impliqués un canton principal et un canton secondaire.
Cependant, cet arrêt, en tant qu'on peut en déduire que le canton de taxation accessoire (ici le canton de Genève) perd d'emblée le droit de procéder à un rappel d'impôt lorsqu'il a rendu une décision de taxation définitive sans attendre celle du canton du siège (ici le canton de Zurich) et prend connaissance d'éléments pour lui inconnus à l'issue de la procédure de taxation du canton principal, ne peut être maintenu pour les motifs qui suivent (sur les conditions d'un changement de jurisprudence, cf. ATF 149 III 28 consid. 6.2.3.1; 147 IV 274 consid. 1.4; 139 V 307 consid. 6.1).

5.2.

5.2.1. En premier lieu, l'importance du rôle de "canton leader" et de coordinateur rappelée dans l'ATF 139 I 64, qui se déduit notamment de l'art. 39 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 39 Obligations des autorités - 1 Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
1    Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
2    Les autorités fiscales se communiquent gratuitement toutes informations utiles et s'autorisent réciproquement à consulter leurs dossiers. Lorsqu'il ressort de la déclaration d'impôt d'un contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu'il est aussi assujetti à l'impôt dans un autre canton, l'autorité de taxation porte le contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités fiscales de l'autre canton.
3    Les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes communiquent, sur demande, tous renseignements nécessaires à l'application de la législation fiscale aux autorités chargées de son exécution. Elles peuvent spontanément signaler à celles-ci les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète.
4    ...183
LHID, a été nuancée par la jurisprudence récente. Le Tribunal fédéral a en effet considéré (notamment en se référant à l'ATF 139 I 64) que si l'art. 39 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 39 Obligations des autorités - 1 Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
1    Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
2    Les autorités fiscales se communiquent gratuitement toutes informations utiles et s'autorisent réciproquement à consulter leurs dossiers. Lorsqu'il ressort de la déclaration d'impôt d'un contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu'il est aussi assujetti à l'impôt dans un autre canton, l'autorité de taxation porte le contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités fiscales de l'autre canton.
3    Les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes communiquent, sur demande, tous renseignements nécessaires à l'application de la législation fiscale aux autorités chargées de son exécution. Elles peuvent spontanément signaler à celles-ci les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète.
4    ...183
LHID prévoit certes que le canton du siège porte sa taxation à la connaissance de l'autre canton - lui conférant de la sorte ce rôle de canton "leader" - cette taxation du canton du siège n'a toutefois pas pour effet de contraindre l'autre canton à se rallier à sa position. Dès lors, chaque canton reste habilité à effectuer sa propre appréciation des faits et à procéder ensuite à sa propre taxation et à sa propre répartition (arrêts 9C 674/2022 du 12 avril 2023 consid. 7.3; 2C 1026/2021 du 21 décembre 2022 consid. 4.1 et les références).
A la lumière de ce qui précède, on constate que le principe de la déchéance automatique du droit de procéder à un rappel d'impôt selon l'ATF 139 I 64 interfère dans la compétence du canton secondaire, puisqu'il revient indirectement à lui imposer d'attendre que soit rendue la taxation définitive du canton principal avant de rendre sa propre décision de taxation. Or ni l'art. 39
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 39 Obligations des autorités - 1 Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
1    Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
2    Les autorités fiscales se communiquent gratuitement toutes informations utiles et s'autorisent réciproquement à consulter leurs dossiers. Lorsqu'il ressort de la déclaration d'impôt d'un contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu'il est aussi assujetti à l'impôt dans un autre canton, l'autorité de taxation porte le contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités fiscales de l'autre canton.
3    Les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes communiquent, sur demande, tous renseignements nécessaires à l'application de la législation fiscale aux autorités chargées de son exécution. Elles peuvent spontanément signaler à celles-ci les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète.
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LHID, ni l'art. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 2 Impôts directs à prélever - 1 Les cantons prélèvent les impôts suivants:
1    Les cantons prélèvent les impôts suivants:
a  un impôt sur le revenu et un impôt sur la fortune des personnes physiques;
b  un impôt sur le bénéfice et un impôt sur le capital des personnes morales;
c  un impôt à la source auprès de certaines personnes physiques et morales;
d  un impôt sur les gains immobiliers.
2    Les cantons peuvent déterminer si l'impôt sur les gains immobiliers est prélevé par le canton ou par les communes.
de l'ordonnance d'application de la LHID n'imposent une telle démarche.

5.2.2. Dans ce cadre, une partie de la doctrine remet en cause l'ATF 139 I 64. Elle considère que le principe péremptoire déduit de cet arrêt ne saurait être appliqué lorsque, par exemple, des éléments imposables dans le cadre d'une activité lucrative indépendante ne figurent pas dans les documents remis par le contribuable au canton de taxation secondaire (comme par exemple des revenus en espèce qui n'auraient pas été déclarés) ou que l'insuffisance de taxation dans ce canton n'apparaît pas manifeste (OLIVIER MARGRAF, Interkantonales Verfahrensrecht der direkten Steuern, 2023, pp. 193 et 194). En outre, pour certains auteurs, le concept même de taxation provisoire n'est pas clair - et devrait même être écarté ("scharf abzulehnen"); il ne peut se rapporter, à défaut d'une disposition légale, qu'à une évaluation qui n'est pas encore entrée en force de chose décidée. Or l'administration fiscale cantonale ne peut pas empêcher l'entrée en force de son prononcé, une fois qu'elle a décidé. Il ne serait dès lors pas possible de comprendre comment l'autorité fiscale du domicile secondaire serait en mesure, pour ne pas perdre l'option d'une procédure en rappel d'impôt, de maintenir le statut "provisoire" de sa décision jusqu'au prononcé de
la décision de taxation du canton "leader". Une révision de cette décision provisoire ne serait du reste pas possible puisque le caractère définitif de celle-ci fait précisément défaut. De plus, la référence de l'ATF 139 I 64 à l'art. 162
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 162 Perception provisoire et perception définitive - 1 L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû.
1    L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû.
2    Les impôts perçus à titre provisoire sont imputés sur les impôts dus selon la taxation définitive.
3    Si les montants perçus sont insuffisants, la différence est exigée; les montants perçus en trop sont restitués. Le DFF arrête les conditions auxquelles ces montants portent intérêt.
LIFD n'est pas convaincante, puisque cette disposition se réfère à la procédure de perception de l'impôt et non à celle de la taxation. Or l'art. 162
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 162 Perception provisoire et perception définitive - 1 L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû.
1    L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Il est fixé sur la base de la déclaration ou sur celle de la taxation précédente ou encore selon une estimation du montant dû.
2    Les impôts perçus à titre provisoire sont imputés sur les impôts dus selon la taxation définitive.
3    Si les montants perçus sont insuffisants, la différence est exigée; les montants perçus en trop sont restitués. Le DFF arrête les conditions auxquelles ces montants portent intérêt.
LIFD ne permettrait pas de rendre une décision de taxation provisoire (qui n'est du reste pas prévu par la LIFD), mais uniquement de percevoir provisoirement l'impôt. De même, la LHID ne connaîtrait pas l'institution de la décision provisoire (FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/TOBIAS F. ROHNER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 4e éd., 2021, n° 3a ad § 126 StG/ZH et n° 28 zu § 160 StG/ZH).
La critique des auteurs cités peut précisément être illustrée par la situation selon le droit cantonal genevois, qui prévoit qu'une taxation provisoire a une durée limitée dans le temps. S'agissant du canton de Genève, l'art. 38 al. 1 LPFisc permet qu'une taxation provisoire soit effectuée sur la base des éléments déclarés, sans modification. Toutefois, une taxation provisoire devient définitive à défaut d'une taxation définitive effectuée à l'échéance d'un délai d'une année, dès la notification de la taxation provisoire (cf. art. 38 al. 2 LPfisc). Or rien ne permet d'assurer que, durant ce laps de temps d'une année, le canton du siège aura procédé lui-même à une taxation définitive du contribuable en cause. La solution découlant de la jurisprudence de l'ATF 139 I 64 n'est par conséquent pas satisfaisante, comme l'a mis en évidence la doctrine citée.

5.2.3. Ensuite, le Tribunal fédéral a jugé qu'il existe un numerus clausus des moyens permettant de revenir sur une décision de taxation entrée en force en matière fiscale; lorsqu'une telle décision est modifiée en défaveur du contribuable, seul le rappel d'impôt entre en considération. En outre, les motifs permettant de procéder à un rappel d'impôt sont énumérés de manière exhaustive tant en matière d'IFD que d'ICC (arrêts 2C 217/2021 du 4 novembre 2021 consid. 5.1; 2C 60/2020 du 27 avril 2021 consid. 6.3 et les références; 2C 519/2011 du 24 février 2012 consid. 3.3 et les références).
On rappellera que l'impossibilité de principe posée dans l'ATF 139 I 64 pour le canton "secondaire" de procéder à un rappel d'impôt (si sa taxation est devenue définitive) fondé sur des éléments provenant du canton du siège a été déduite notamment de l'art. 39 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 39 Obligations des autorités - 1 Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
1    Les personnes chargées de l'exécution de la législation fiscale sont tenues de garder le secret. L'obligation de renseigner est réservée, dans la mesure où elle est prévue par une disposition légale fédérale ou cantonale.
2    Les autorités fiscales se communiquent gratuitement toutes informations utiles et s'autorisent réciproquement à consulter leurs dossiers. Lorsqu'il ressort de la déclaration d'impôt d'un contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu'il est aussi assujetti à l'impôt dans un autre canton, l'autorité de taxation porte le contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités fiscales de l'autre canton.
3    Les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes communiquent, sur demande, tous renseignements nécessaires à l'application de la législation fiscale aux autorités chargées de son exécution. Elles peuvent spontanément signaler à celles-ci les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète.
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LHID et de la nécessité pour les différentes administrations fiscales de se coordonner dans un système marqué par le traitement électronique des données. En ce sens, l'ATF 139 I 64 précise, sur la base de la norme d'harmonisation précitée, ce qui est possible ou non en matière de rappel d'impôt dans les rapports intercantonaux. Cependant, en tant que le mécanisme procédural prescrit par l'ATF 139 I 64 se rattache aux conditions permettant d'ouvrir un rappel d'impôt - et donc aux motifs justifiant l'ouverture d'une procédure dans ce domaine - elle pose une condition supplémentaire, soit que le canton "secondaire" n'ait pas rendu une décision de taxation définitive, faute de quoi il ne peut pas procéder à un rappel d'impôt. Cette condition supplémentaire posée par la jurisprudence ne se déduit toutefois pas de l'art. 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID, ce qui n'avait pas été examiné dans l'arrêt en cause.
Or, les motifs permettant de procéder à un rappel d'impôt au sens de l'art. 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID étant exhaustifs, on ne saurait modifier les conditions permettant l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt, en complétant cette disposition (et a fortiori les dispositions de droit cantonal correspondantes) par une exigence supplémentaire posée par la jurisprudence (soit l'absence d'une décision définitive du canton du siège).

5.2.4. Ces considérations justifient d'abandonner la jurisprudence de l'ATF 139 I 64 pour les situations telles que le cas d'espèce, dans lesquelles une décision définitive a été rendue par l'administration fiscale du canton secondaire, avant que le canton "leader" ne se prononce à son tour. Il apparaît plus conforme à l'art. 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID et aux conditions exhaustives qu'il prévoit de ne pas nier d'emblée le droit du canton secondaire d'ouvrir une procédure en rappel s'il estime que les exigences en sont réalisées, ce que le contribuable peut contester selon la procédure prévue. Les considérations qui précèdent s'appliquent également dans l'éventualité d'une soustraction d'impôt au sens de l'art. 56 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 56 Soustraction d'impôt - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1    Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, aura fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
1bis    Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
b  qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer les éléments de la fortune et du revenu soustraits;
c  qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.200
1ter    Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 1bis sont remplies.201
2    Celui qui aura tenté de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende correspondant aux deux tiers de celle qui lui aurait été infligée en cas d'infraction consommée.
3    Celui qui aura incité à une soustraction d'impôt, y aura prêté son assistance, l'aura commise intentionnellement en qualité de représentant du contribuable ou y aura participé sera puni d'une amende fixée indépendamment de la peine encourue par le contribuable. L'amende se montera à 10 000 francs au plus; dans les cas graves et en cas de récidive, elle sera de 50 000 francs au plus. En outre, l'autorité fiscale pourra exiger de lui le paiement solidaire de l'impôt soustrait.
3bis    Lorsqu'une personne visée à l'al. 3 se dénonce spontanément et pour la première fois et que les conditions prévues à l'al. 1bis, let. a et b, sont remplies, il est renoncé à la poursuite pénale et la responsabilité solidaire est supprimée.202
4    Celui qui aura dissimulé ou distrait des biens successoraux dont il était tenu d'annoncer l'existence dans la procédure d'inventaire, dans le dessein de les soustraire à l'inventaire,
5    Lorsque une personne au sens de l'al. 4 se dénonce spontanément et pour la première fois, il est renoncé à la poursuite pénale pour dissimulation ou distraction de biens successoraux dans la procédure d'inventaire et pour les autres infractions commises dans le cadre de la procédure d'inventaire (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
a  qu'aucune autorité fiscale n'ait connaissance de l'infraction;
b  que la personne concernée collabore sans réserve avec l'administration pour corriger l'inventaire.204
LHID. En effet, l'application de l'ATF 139 I 64 peut également avoir pour conséquence de rajouter, dans les faits, une condition supplémentaire qui précise, dans les rapports cantonaux, si une procédure en soustraction d'impôt, peut du point de vue objectif, être ouverte.
En d'autres termes, la jurisprudence de l'ATF 139 I 64 doit être abandonnée en tant qu'elle pose le principe que le canton (de domicile) secondaire qui a rendu une décision de taxation définitive avant le canton de domicile ou du siège est déchu du droit de procéder à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt (et a fortiori en soustraction fiscale), même si les conditions en sont, le cas échéant, réunies.

6.
La juridiction cantonale a considéré que l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt et en soustracti on n'était par principe pas possible (consid. 3.2 supra). Elle n'a donc pas examiné l'ensemble des conditions régissant ces procédures (sur ces conditions, cf. par exemple ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 et les références; arrêt 2C 700/2022 du 25 novembre 2022 consid. 8.1 et les références [rappel d'impôt] et consid. 12.1 et les références [soustraction fiscale]), ni procédé à des constatations de fait y relatives, et ce contrairement à ce que prétend l'intimée. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'établir les faits comme le ferait une autorité de première instance (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF), ni de se prononcer pour la première fois sur les griefs de l'intimée concernant le rappel d'impôt et la procédure en soustraction d'impôt. Il convient dès lors de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle procède en ce sens et rende une nouvelle décision.

7.
La conclusion subsidiaire de la recourante est bien fondée. L'intimée, qui a conclu au rejet du recours, supportera les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt de la Cour de justice, Chambre administrative, du 15 novembre 2022 est annulé et la cause est renvoyée à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.

2.
Les frais de la procédure fédérale, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.

3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Kantonales Steueramt Zürich, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lucerne, le 21 novembre 2023

Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Parrino

Le Greffier : Bürgisser