Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

2C 805/2013

Arrêt du 21 mars 2014

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Président,
Seiler, Aubry Girardin, Donzallaz et Stadelmann.
Greffier: M. Chatton.

Participants à la procédure
Administration fédérale des contributions,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
recourante,

contre

A.________,
intimé.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée (TVA); qualification
d'une notification d'estimation comme décision;
période du 1er trimestre 2010 au 4ème trimestre 2010,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 25 juillet 2013.

Faits:

A.
A.________ exploite à titre individuel un pub-bar sous l'enseigne "B.________" à C.________ (NE). Il n'est pas inscrit au registre du commerce; en revanche, il est, depuis le 1er janvier 2003, immatriculé au registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: la TVA) tenu par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale).
Au printemps 2011, l'Administration fédérale a procédé à un contrôle externe dans l'entreprise de l'assujetti, portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 2006 au 4ème trimestre 2009, ainsi que sur celles allant du 1er trimestre 2010 au 4ème trimestre 2010. Ayant constaté diverses erreurs d'imposition, elle a fixé le montant de la correction d'impôt à 27'705 fr. pour les périodes 2006 à 2009 et à 9'658 fr. pour les périodes s'étendant sur 2010.

B.
Le 21 novembre 2011, l'Administration fédérale a adressé à A.________ deux notifications d'estimation valant, selon elle, décisions formelles et confirmant le montant des corrections d'impôt effectuées à l'issue du contrôle.
L'assujetti a déposé réclamation contre la notification d'estimation relative aux années 2006 à 2009 par courrier du 15 décembre 2011. Le 17 janvier 2012, il a adressé à l'Administration fédérale un courriel indiquant qu'il contestait aussi la seconde notification d'estimation afférente à l'année 2010.
Par décisions du 29 mars 2012, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation du 15 décembre 2011 et déclaré irrecevable la réclamation du 17 janvier 2012 pour cause de tardiveté.
A.________ a recouru contre ces deux décisions sur réclamation auprès du Tribunal administratif fédéral. Après avoir disjoint les deux causes, celui-ci a, par arrêt du 25 juillet 2013, admis le recours portant sur l'année 2010, annulé la décision d'irrecevabilité du 29 mars 2012 et renvoyé la cause à l'Administration fédérale pour décision au fond.

C.
Contre l'arrêt du 25 juillet 2013, l'Administration fédérale interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais, à l'annulation de l'arrêt entrepris et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 29 mars 2012 concernant l'année 2010.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. A.________ ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:

1.

1.1. L'arrêt attaqué retient que c'est à tort que l'Administration fédérale a refusé d'entrer en matière sur la réclamation formulée par l'assujetti pour les périodes fiscales 2010. Partant, il admet le recours, annule la décision d'irrecevabilité du 29 mars 2010 et renvoie la cause à cette autorité pour décision au fond.

Il s'agit donc d'une décision incidente (ATF 139 V 99 consid. 1.3 p. 101), qui est susceptible d'un recours devant le Tribunal fédéral, notamment si elle peut causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
LTF). Selon la jurisprudence, est réputée subir un préjudice irréparable, au sens de cette disposition, l'autorité qui devrait, à la suite d'une décision de renvoi, rendre une nouvelle décision qui, de son point de vue, serait contraire au droit, sans pouvoir par la suite la remettre en cause devant l'instance supérieure (ATF 138 V 106 consid. 1.2 p. 109 s.; 134 II 124 consid. 1.3 p. 128).

Tel est le cas en l'espèce. En effet, l'interprétation que le Tribunal administratif fédéral donne de la notion de2C 805/2013 v "notification d'estimation", selon laquelle cette dernière ne saurait être assimilée à une décision ni, en conséquence, déclencher un délai pour faire réclamation, contraint l'Administration fédérale non seulement à entrer en matière sur le fond de la contestation dans le cas d'espèce, mais également à abandonner sa pratique initiée sous l'empire de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), et consistant à doter ses notifications d'estimation rendues après contrôle d'un caractère décisionnel; ce, sans qu'il ne soit possible pour le fisc de contester ce point subséquemment, puisqu'il l'aura admis implicitement en reprenant dès le départ la procédure contentieuse qui l'oppose à l'intimé concernant la TVA pour l'année 2010. Le recours est donc recevable sous l'angle de l'art. 93 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 93 Autres décisions préjudicielles et incidentes - 1 Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
1    Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    En matière d'entraide pénale internationale et en matière d'asile, les décisions préjudicielles et incidentes ne peuvent pas faire l'objet d'un recours.88 Le recours contre les décisions relatives à la détention extraditionnelle ou à la saisie d'objets et de valeurs est réservé si les conditions de l'al. 1 sont remplies.
3    Si le recours n'est pas recevable en vertu des al. 1 et 2 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions préjudicielles et incidentes peuvent être attaquées par un recours contre la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
LTF.

1.2. L'arrêt entrepris, concernant le domaine de la TVA, a par ailleurs été rendu par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) et ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. L'Administration fédérale a par ailleurs qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF) en vertu de l'art. 141
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 141 Procédure de recours - (art. 81 LTVA)
de l'ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RS 641.201; arrêt 2C 153/2013 du 16 août 2013 consid. 1.3, non publié in ATF 139 II 460).

1.3. Déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 45 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 45 Fin - 1 Si le dernier jour du délai est un samedi, un dimanche ou un jour férié selon le droit fédéral ou cantonal, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit.
1    Si le dernier jour du délai est un samedi, un dimanche ou un jour férié selon le droit fédéral ou cantonal, le délai expire le premier jour ouvrable qui suit.
2    Le droit cantonal déterminant est celui du canton où la partie ou son mandataire a son domicile ou son siège.
, 46 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 46 Suspension - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par le juge ne courent pas:
a  du septième jour avant Pâques au septième jour après Pâques inclus;
b  du 15 juillet au 15 août inclus;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclus.
2    L'al. 1 ne s'applique pas:
a  aux procédures concernant l'octroi de l'effet suspensif ou d'autres mesures provisionnelles;
b  à la poursuite pour effets de change;
c  aux questions relatives aux droits politiques (art. 82, let. c);
d  à l'entraide pénale internationale ni à l'assistance administrative internationale en matière fiscale;
e  aux marchés publics.19
let. b et 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), le recours en matière de droit public est donc recevable.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique d'office le droit fédéral (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF). Toutefois, à moins que la décision attaquée ne contienne des vices juridiques manifestes, il s'en tient aux arguments juridiques soulevés dans le recours (cf. art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF; arrêt 2C 1100/2012 du 20 mai 2013 consid. 2, non publié in ATF 139 II 346).

3.
Le litige est en relation avec les périodes fiscales allant du 1er au 4ème trimestre 2010 et concerne une question procédurale, à savoir la possibilité d'assimiler ou de coupler la notification d'estimation à une décision, contre laquelle une réclamation doit être déposée dans les trente jours. Par conséquent, il est entièrement régi par la LTVA du 12 juin 2009, entrée en vigueur le 1er janvier 2010 (cf. art. 112
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
et 113
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA).

4.
L'arrêt attaqué a considéré en substance que la notification d'estimation afférente à l'année 2010 transmise à l'assujetti à la suite d'un contrôle externe ne pouvait constituer une décision susceptible de faire partir un délai de réclamation; il s'agissait d'une proposition de décision par laquelle l'Administration fédérale a fait connaître ses prétentions à l'assujetti, auquel il revenait ensuite de décider s'il admettait cette créance ou s'il la contestait, cette dernière position entraînant l'ouverture d'une procédure administrative par le prononcé d'une décision formelle. Etant donné que la notification d'estimation du 21 novembre 2011 avait été adressée à l'assujetti avant qu'il ne manifestât, par courriel du 17 janvier 2012, sa volonté d'engager une procédure administrative, ladite notification ne pouvait être assimilée à une décision faisant partir un délai de réclamation, de sorte que le fisc ne pouvait reprocher à l'assujetti d'avoir agi tardivement et, partant, refuser d'entrer en matière sur sa contestation.

5.
Il convient de commencer par qualifier la notion de notification d'estimation.

5.1. Pour ce faire, on aura recours aux méthodes usuelles d'interprétation. D'après la jurisprudence, il n'y a lieu de déroger au sens littéral d'un texte clair par voie d'interprétation que lorsque des raisons objectives permettent de penser que ce texte ne restitue pas le sens véritable de la disposition en cause. De tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi (ATF 139 III 478 consid. 6 p. 479 s.; 138 II 440 consid. 13 p. 453), étant précisé que le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation (ATF 139 IV 270 consid. 2.2 p. 273; 139 V 250 consid. 4.1 p. 254).

5.2. La notification d'estimation (en allemand: die Einschätzungsmitteilung; en italien: l'avviso di tassazione ) ne fait pas l'objet d'une définition précise ni dans la LTVA, ni dans l'OTVA. Cette notion apparaît, d'une part, dans le contexte des contrôles que l'Administration fédérale est en droit d'effectuer auprès des assujettis "dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits" (art. 78 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
1    L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
2    La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
3    Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
4    L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
5    Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
6    Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a  la Banque nationale suisse;
b  une centrale de lettres de gage;
c  une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques142;
d  un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers143;
e  une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers144.145
7    Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés.146
LTVA); dans ce cadre, l'art. 78 al. 5
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
1    L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
2    La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
3    Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
4    L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
5    Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
6    Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a  la Banque nationale suisse;
b  une centrale de lettres de gage;
c  une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques142;
d  un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers143;
e  une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers144.145
7    Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés.146
LTVA prévoit que "le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée". D'autre part, la notification d'estimation établit la créance fiscale dans le cadre de la taxation par estimation (art. 79 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA), à laquelle le fisc procède si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité (art 79 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA). La formulation employée par les art. 78 al. 5
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
1    L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
2    La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
3    Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
4    L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
5    Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
6    Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a  la Banque nationale suisse;
b  une centrale de lettres de gage;
c  une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques142;
d  un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers143;
e  une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers144.145
7    Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés.146
et 79 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA ("précise le montant de la créance"; "la créance fiscale est établie") ne permet pas, à elle seule, ni de confirmer, ni d'infirmer le caractère décisionnel de la notification d'estimation.

Le terme de notification d'estimation apparaît de surcroît aux art. 43 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 43 Entrée en force de la créance fiscale - 1 La créance fiscale entre en force:
1    La créance fiscale entre en force:
a  par une décision, une décision sur réclamation ou un jugement entrés en force;
b  par la reconnaissance écrite ou le paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant figurant dans la notification d'estimation;
c  par la prescription du droit de taxation.
2    Jusqu'à l'entrée en force, les décomptes remis et les montants acquittés peuvent être corrigés.
et 85
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 85 Révision, interprétation et rectification - La révision, l'interprétation et la rectification des notifications d'estimation, des décisions et des décisions sur réclamation rendues par l'AFC sont régies par les art. 66 à 69 PA150.
LTVA. La première disposition précise que la créance fiscale entre en force soit "par une décision, une décision sur réclamation ou un jugement entrés en force" (art. 43 al. 1 let. a), soit "par la reconnaissance écrite ou le paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant figurant dans la notification d'estimation" (let. b), soit encore "par la prescription du droit de taxation" (let. c); la seconde disposition, qui a trait à la révision, l'interprétation et la rectification, fait explicitement mention des "notifications d'estimation, des décisions et des décisions sur réclamation" (art. 85
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 85 Révision, interprétation et rectification - La révision, l'interprétation et la rectification des notifications d'estimation, des décisions et des décisions sur réclamation rendues par l'AFC sont régies par les art. 66 à 69 PA150.
LTVA). L'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, arborant le titre "Décisions de l'AFC", ne mentionne quant à lui pas la notification d'estimation et cite avant tout, au nombre des cas, toutefois non exhaustifs ("en particulier"), dans lesquels l'Administration fédérale rend une décision, les hypothèses de contestation ou d'inexécution d'une obligation par l'assujetti.

Compte tenu de la différenciation lexicale que la loi opère entre la décision et la notification d'estimation, et dès lors que la loi réserve, avant tout, l'usage des décisions aux situations de désaccord, l'interprétation systématique de la loi tend à réfuter tout amalgame entre ces deux notions et à considérer que la notification d'estimation ne constitue pas une décision.

5.3. Les travaux préparatoires confirment l'absence de caractère décisionnel de la notification d'estimation. Il résulte en particulier du Message du Conseil fédéral, du 25 juin 2008, sur la simplification de la TVA, qu'au terme du contrôle fiscal effectué selon l'art. 78
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
1    L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
2    La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
3    Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
4    L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
5    Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
6    Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a  la Banque nationale suisse;
b  une centrale de lettres de gage;
c  une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques142;
d  un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers143;
e  une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers144.145
7    Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés.146
LTVA, l'inspecteur doit remettre à l'assujetti une notification d'estimation "dans laquelle il arrête le résultat du contrôle, c'est-à-dire la reprise d'impôt possible ou l'impôt crédité en faveur de l'assujetti"; ce dernier peut ensuite "se prononcer sur cette estimation et la discuter avec l'inspecteur. Si l'assujetti n'est pas d'accord avec l'estimation, il doit ouvrir une procédure administrative" (FF 2008 6277, p. 6393). Il s'ensuit que le législateur a voulu aménager la procédure de reprise fiscale en deux temps, qui comprend une première phase non contentieuse, dans laquelle l'assujetti exerce son droit d'être entendu préalablement à toute décision; il lui est alors loisible de discuter, de façon informelle, des constats établis par l'inspecteur de l'Administration fédérale et, le cas échéant, d'obtenir leur correction; la seconde phase intervient en cas de désaccord persistant et permet alors à l'assujetti d'ouvrir une procédure administrative, en
sollicitant du fisc ou provoquant une décision formelle sujette à contestation. De surcroît, comme le remarque à juste titre le Tribunal administratif fédéral, aucun élément du Message précité ne traduit l'intention des autorités de qualifier différemment, s'agissant de la nature de l'acte, la notification d'estimation par rapport aux décomptes complémentaires qui existaient sous l'empire de l'ancienne LTVA et ne valaient pas décisions (cf. arrêts 2C 486/2009 du 1er février 2010 consid. 2.3, RF 65/2010 p. 595; 2C 632/2007 du 7 avril 2008 consid. 4.7, ASA 77 p. 354; 2A.561/2002 du 11 juillet 2003 consid. 2.3, RF 59/2004 p. 228; voir également Marlise Rüegsegger, Das Selbstveranlagungsprinzip der Mehrwertsteuer im Lichte der Rechtsprechung, in ASA 76 p. 345 ss, 346 s., 360, 362).

5.4. Du point de vue téléologique, il convient de rappeler que la TVA est perçue sur la base d'un système reposant sur l'auto-taxation (" Selbstveranlagungsprinzip "), en vertu duquel l'assujetti est lui-même responsable de l'établissement correct et complet de ses décomptes, l'Administration fédérale n'intervenant qu'à des fins de contrôle (cf., sous l'ancien droit, art. 46 aLTVA; FF 2008 6277, p. 6300; ATF 137 II 136 consid. 6.2 p. 149; arrêts 2C 350/2011 du 17 octobre 2011 consid. 2.2, RF 67/2012 p. 75; 2C 486/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2, RF 65/2010 p. 595; 2A.546/2000 du 31 mai 2002 consid. 6b, RF 58/2003 p. 209; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, Traité TVA, n° 144 p. 838; Schärer/Brunner, Verfahrensfragen bei der Mehrwertsteuer - und ihre Bedeutung für die Steuerpflichtigen, in RF 64/2009, p. 169 ss, 186). Bien que le nouveau droit, applicable au présent litige, ait assoupli ce principe dans le sens d'une répartition plus équilibrée des tâches entre les assujettis et l'autorité fiscale (FF 2008 6277, ch. 1.3.2 s., p. 6304 ss; arrêt 2C 678/2012 du 17 mai 2013 consid. 2.1, ASA 82 p. 311; Otmar Sieber, Neuerungen beim Verfahren, in L'expert-comptable suisse 2010, p. 286), les entreprises assujetties continuent
néanmoins à supporter une large part de responsabilité pour ce qui est de collaborer à l'imposition à la TVA (cf. Honauer/Ort/ Rüegsegger/Russi, Empfehlung zur Prüfung der MWSt, in L'expert-comptable suisse 2012, p. 40). Compte tenu de la responsabilité incombant à l'assujetti, qui va de pair avec une marge d'appréciation quant au mode d'établir les factures et le calcul de la créance fiscale (cf. notamment art. 36 s
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 36 Méthode de décompte effective - 1 En règle générale, le décompte est établi selon la méthode effective.
1    En règle générale, le décompte est établi selon la méthode effective.
2    Lorsque le décompte est établi selon la méthode effective, l'assujetti détermine la créance fiscale de la période correspondante en déduisant l'impôt préalable de la somme de l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse, de l'impôt sur les acquisitions (art. 45) et de l'impôt sur les importations dont le paiement est reporté (art. 63).
. et 39 LTVA), il n'apparaît pas insolite que le législateur permette à l'assujetti, avant l'engagement d'une procédure contentieuse, de rechercher le dialogue informel avec le fisc, pour lui présenter sa position dans le but d'obtenir un changement de position et/ou de mieux comprendre les motifs ou l'ampleur de la reprise fiscale (cf., dans ce sens, Camenzind/Honauer/Vallender/Jung/Probst, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 3e éd., 2012, n° 2257 p. 838).

5.5. La nature décisionnelle de la notification d'estimation, qui serait directement attaquable, est par ailleurs contestée par la doctrine majoritaire. Pour Baumgartner/Clavadetscher/Kocher (Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 8 n° 39 et § 10 nos 86-90, p. 330 s.), la notification d'estimation est assimilable à une proposition de taxation (" Vorabbescheid ") offrant à l'assujetti la possibilité d'exercer son droit d'être entendu avant qu'une décision de taxation ne soit rendue à son égard; elle constitue simultanément un succédané de décision (" Verfügungssurrogat "), en ce sens qu'elle acquiert force de chose décidée en cas de reconnaissance écrite ou de paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant qu'elle retient (cf. art. 43 al. 1 let. b
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 43 Entrée en force de la créance fiscale - 1 La créance fiscale entre en force:
1    La créance fiscale entre en force:
a  par une décision, une décision sur réclamation ou un jugement entrés en force;
b  par la reconnaissance écrite ou le paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant figurant dans la notification d'estimation;
c  par la prescription du droit de taxation.
2    Jusqu'à l'entrée en force, les décomptes remis et les montants acquittés peuvent être corrigés.
LTVA), tandis qu'en cas de désaccord ou d'inaction de l'assujetti, le fisc est contraint d'ouvrir une procédure décisionnelle ou en recouvrement (poursuite) sujette à opposition et à décision de mainlevée conformément à l'art. 86 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 86 Paiement de l'impôt - 1 L'assujetti doit acquitter la créance fiscale née pendant une période de décompte dans les 60 jours qui suivent la fin de cette période.
1    L'assujetti doit acquitter la créance fiscale née pendant une période de décompte dans les 60 jours qui suivent la fin de cette période.
2    Si l'assujetti ne fait aucun versement ou acquitte un montant manifestement trop bas, l'AFC engage après sommation une poursuite visant au recouvrement du montant provisoirement dû pour la période de décompte concernée. Si l'assujetti n'établit pas de décompte ou qu'il établit un décompte manifestement incomplet, l'AFC détermine, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, le montant provisoirement dû.
3    L'opposition formée par l'assujetti entraine l'ouverture de la procédure de mainlevée. La levée de l'opposition relève de la compétence de l'AFC dans le cadre d'une procédure de décision et d'une procédure de réclamation.
4    La décision relative à l'opposition peut faire l'objet d'une réclamation auprès de l'AFC dans les dix jours suivant sa notification. Sous réserve de l'al. 5, la décision sur réclamation est définitive.
5    Si l'AFC a déterminé le montant provisoirement dû sur la base de son pouvoir d'appréciation en vertu de l'al. 2, la décision sur réclamation peut faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral. Ce recours n'a pas d'effet suspensif, sauf si le tribunal l'ordonne à la suite d'une requête justifiée. Le Tribunal administratif fédéral statue en dernier ressort.
6    L'art. 85a de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)151 n'est pas applicable.
7    Le recouvrement d'un montant d'impôt selon l'al. 2 n'affecte pas la fixation de la créance fiscale définitive, régie par les art. 72, 78 et 82. Si la créance fiscale n'est pas fixée en raison de l'inaction de l'assujetti, notamment parce que ce dernier ne corrige pas les erreurs conformément à l'art. 72 et ne requiert pas le prononcé d'une décision au sens de l'art. 82, les montants d'impôt déterminés par l'AFC selon l'al. 2 sont également considérés comme une créance fiscale dès l'échéance de la prescription du droit de taxation.152
8    L'assujetti peut fournir des sûretés au sens de l'art. 93, al. 7, en lieu et place du paiement de l'impôt.
9    Dès réception du paiement ou des sûretés, l'AFC retire la poursuite engagée.
et 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 86 Paiement de l'impôt - 1 L'assujetti doit acquitter la créance fiscale née pendant une période de décompte dans les 60 jours qui suivent la fin de cette période.
1    L'assujetti doit acquitter la créance fiscale née pendant une période de décompte dans les 60 jours qui suivent la fin de cette période.
2    Si l'assujetti ne fait aucun versement ou acquitte un montant manifestement trop bas, l'AFC engage après sommation une poursuite visant au recouvrement du montant provisoirement dû pour la période de décompte concernée. Si l'assujetti n'établit pas de décompte ou qu'il établit un décompte manifestement incomplet, l'AFC détermine, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, le montant provisoirement dû.
3    L'opposition formée par l'assujetti entraine l'ouverture de la procédure de mainlevée. La levée de l'opposition relève de la compétence de l'AFC dans le cadre d'une procédure de décision et d'une procédure de réclamation.
4    La décision relative à l'opposition peut faire l'objet d'une réclamation auprès de l'AFC dans les dix jours suivant sa notification. Sous réserve de l'al. 5, la décision sur réclamation est définitive.
5    Si l'AFC a déterminé le montant provisoirement dû sur la base de son pouvoir d'appréciation en vertu de l'al. 2, la décision sur réclamation peut faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral. Ce recours n'a pas d'effet suspensif, sauf si le tribunal l'ordonne à la suite d'une requête justifiée. Le Tribunal administratif fédéral statue en dernier ressort.
6    L'art. 85a de la loi fédérale du 11 avril 1889 sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP)151 n'est pas applicable.
7    Le recouvrement d'un montant d'impôt selon l'al. 2 n'affecte pas la fixation de la créance fiscale définitive, régie par les art. 72, 78 et 82. Si la créance fiscale n'est pas fixée en raison de l'inaction de l'assujetti, notamment parce que ce dernier ne corrige pas les erreurs conformément à l'art. 72 et ne requiert pas le prononcé d'une décision au sens de l'art. 82, les montants d'impôt déterminés par l'AFC selon l'al. 2 sont également considérés comme une créance fiscale dès l'échéance de la prescription du droit de taxation.152
8    L'assujetti peut fournir des sûretés au sens de l'art. 93, al. 7, en lieu et place du paiement de l'impôt.
9    Dès réception du paiement ou des sûretés, l'AFC retire la poursuite engagée.
LTVA (avis partagé par Michael Beusch, ad art. 42
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n° 18 p. 330; Béatrice Blum, Auswirkungen des neuen Verfahrensrechts für die steuerpflichtigen Personen, in L'expert-comptable suisse 2010, p. 289 ss,
291; Felix Geiger, ad art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n° 5 p. 506; Honauer/Graff Brakemeier/Di Costanzo, Prozessieren in MWSt-Sachen, in L'expert-comptable suisse 2011, p. 96 ss, 100; contra: Roland Bertschy, Auswirkungen des neuen Verfahrens für die EStV, in L'expert-comptable suisse 2010, p. 294 ss, 296; s'agissant de la procédure de recouvrement: Marlise Rüegsegger, Ausgewählte Aspekte des neuen Verfahrensrechts, in ASA 79 p. 85 ss, 92).

5.6. A l'aune des méthodes d'interprétation systématique, historique et téléologique de la LTVA, il y a donc lieu de confirmer la position du Tribunal administratif fédéral, qui correspond à l'avis majoritaire de la doctrine récente, selon laquelle les notifications d'estimation ne constituent pas en tant que telles des décisions; elles interviennent en amont, dans une phase préalable à l'ouverture de la phase procédurale qui survient en cas de désaccord de l'assujetti.

6.
Il reste à examiner si, comme l'affirme l'autorité recourante, la LTVA habilite celle-ci à "coupler la notification d'estimation à une décision formelle" (recours, p. 6), en revêtant ce premier acte - per se non décisionnel - d'un habit décisionnel par le biais d'une motivation suffisante et de l'indication des voies de droit idoines.

6.1. Pour soutenir sa thèse, l'Administration fédérale indique en particulier que l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA lui confère une compétence générale de rendre des décisions formelles; le fait pour l'assujetti de contrevenir à son obligation d'établir correctement et complètement sa taxation selon le principe de l'auto-taxation menace non seulement la perception de l'impôt, mais est aussi constitutif d'une "contestation" au sens de l'art. 82 al. 1 let. c
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, justifiant ainsi la prise d'une décision immédiate sur cette base. Au vu du principe de l'efficacité, qui régit l'acquittement et la perception de l'impôt (art. 1 al. 3 let. b
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 1 Objet et principes - 1 La Confédération perçoit, à chaque stade du processus de production et de distribution, un impôt général sur la consommation (taxe sur la valeur ajoutée, TVA), avec déduction de l'impôt préalable. La TVA a pour but d'imposer la consommation finale non entrepreneuriale sur le territoire suisse.
1    La Confédération perçoit, à chaque stade du processus de production et de distribution, un impôt général sur la consommation (taxe sur la valeur ajoutée, TVA), avec déduction de l'impôt préalable. La TVA a pour but d'imposer la consommation finale non entrepreneuriale sur le territoire suisse.
2    Au titre de la taxe sur la valeur ajoutée, elle perçoit:
a  un impôt sur les prestations que les assujettis fournissent à titre onéreux sur le territoire suisse (impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse);
b  un impôt sur l'acquisition, par un destinataire se trouvant sur le territoire suisse, de prestations fournies par une entreprise ayant son siège à l'étranger (impôt sur les acquisitions);
c  un impôt sur l'importation de biens (impôt sur les importations).
3    La perception s'effectue selon les principes suivants:
a  la neutralité concurrentielle;
b  l'efficacité de l'acquittement et de la perception de l'impôt;
c  la transférabilité de l'impôt.
LTVA), et compte tenu du raccourcissement du délai de prescription absolue du droit de taxer de quinze à dix ans sous le nouveau droit (art. 42 al. 6
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA), la recourante estime en outre que lui interdire d'établir une décision simultanément à la notification d'estimation l'empêcherait, dans de nombreux litiges, de remplir son obligation de perception; or, ceci irait à l'encontre des principes de célérité, d'égalité des armes entre le fisc et l'assujetti, et de la sécurité du droit.

6.2. Il est vrai que, tel qu'il est formulé ("L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants [...]"), l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA reconnaît une marge de manoeuvre importante à l'Administration fédérale par rapport aux domaines, aux circonstances ainsi qu'au moment dans lesquels il lui est permis de rendre des décisions administratives à l'égard de l'assujetti. Cette disposition n'octroie pas pour autant un blanc-seing en faveur du fisc, dont la compétence se voit d'emblée limitée à la prise de décisions qui sont "nécessaires à la perception de l'impôt". Qui plus est, le texte de la loi précise, par une tournure restrictive, bien que non exhaustive ("en particulier" ["insbesondere"; "in particolare"]), qu'en dehors des cas où l'assujetti requiert l'adoption d'une décision, les situations qui légitiment avant tout son prononcé sont : d'une part, celles où le comportement de l'assujetti ou les circonstances du cas mettent concrètement en danger la perception de l'impôt, par exemple en cas de non paiement ou de non respect d'obligations mises à sa charge (cf. art. 82 let. d
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
à f LTVA; dans ce sens: FF 2008 6277, ad art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, p. 6395: "la
perception de l'impôt est menacée"); d'autre part, les cas dans lesquels l'assujetti conteste son assujettissement, la créance fiscale ou d'autres conditions et modalités que la loi lui impose (cf. art. 82 let. a
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
à c et f LTVA).
Il s'ensuit que, pour rendre une décision conformément à l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, l'Administration fédérale doit soit avoir reçu une requête de l'assujetti allant dans ce sens, soit pouvoir déduire des circonstances concrètes du dossier que ce dernier entend contester les obligations découlant pour lui de la LTVA, ou qu'il met en péril - notamment par des manoeuvres dilatoires ou un autre comportement contraire à la bonne foi - la perception de l'impôt.

6.3. En l'occurrence, la recourante affirme que la perception de l'impôt aurait été menacée ou qu'il aurait existé un "différend" dès lors que l'intimé avait contrevenu à son obligation d'établir correctement et complètement sa taxation, cela ayant nécessité un contrôle et des rectifications de l'auto-taxation.
Cette conception ne peut être suivie.

6.3.1. En premier lieu, elle se heurte à la jurisprudence - amorcée sous l'empire de l'aLTVA, dont il n'y a toutefois pas lieu de s'écarter sous l'angle de la nouvelle loi - selon laquelle le décompte complémentaire (l'actuelle notification d'estimation) ne fait pas encore partie de la procédure contentieuse (cf. consid. 5.3 supra et les arrêts cités), si bien que l'on ne saurait considérer que la nécessité d'un contrôle qui débouche sur une rectification de l'auto-taxation dont le fisc transmet le résultat chiffré à l'assujetti révèle déjà à ce stade l'existence d'une "contestation" au sens où l'entend l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA.

6.3.2. En deuxième lieu, il n'est pas inutile de rappeler que, dans un système d'auto-taxation, même atténué, la responsabilité principale d'établir les décomptes fiscaux appartient à l'entreprise assujettie, laquelle ne dispose que rarement de connaissances approfondies du domaine spécifique lié à la TVA et est partant sujette à commettre des erreurs ou imprécisions. Il s'ensuit que l'autorité fiscale ne peut, en l'absence d'indices concrets, considérer que de tels manquements traduiraient d'emblée et dans tous les cas une tentative consciente de l'assujetti de se soustraire à ses obligations fiscales. La notification d'estimation, que le fisc doit en principe communiquer à l'assujetti peu de temps après la fin du contrôle, tient précisément compte du potentiel d'erreur inhérent au système d'auto-taxation; dans un souci d'efficience et pour éviter que chaque contrôle se solde par une décision formelle, elle offre en effet la possibilité à l'assujetti d'engager un dialogue informel avec l'Administration fédérale, lui permettant de clarifier certains points ou malentendus (et de mieux accepter la solution calculée par le fisc), voire de convaincre cette dernière, par exemple sur la base de pièces inédites, de modifier sa position
(cf., dans ce sens, Baumgartner/Clavadetscher/Kocher, op. cit., p. 269). Ce n'est donc qu'en cas d'échec de ce dialogue, voire si une telle phase informelle apparaît par avance vouée à l'échec (l'assujetti ayant notamment d'emblée fait savoir qu'il s'opposerait à la position du fisc) que l'Administration fédérale pourra en principe notifier une décision.

6.3.3. En troisième et dernier lieu, il résulte tant des explications fournies par l'Administration fédérale dans son mémoire de recours que des commentaires de la doctrine (Blum, Auswirkungen, op. cit., p. 291; Blum, ad art. 78
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
1    L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
2    La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
3    Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
4    L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
5    Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
6    Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a  la Banque nationale suisse;
b  une centrale de lettres de gage;
c  une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques142;
d  un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers143;
e  une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers144.145
7    Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés.146
LTVA, op. cit., n° 35, p. 495; Camenzind et al., op. cit., nos 2261 ss, p. 839 ss; Honauer/Graff Brakemeier/Di Costanzo, op. cit., p. 100), que le couplage de la notification d'estimation à une décision sujette à réclamation dans un délai de 30 jours constitue une pratique administrative instaurée sous l'empire de la nouvelle LTVA. Certes, dans la mesure où elle déplace la phase du dialogue informel (censée commencer avec la notification d'estimation transmise quelque temps après le contrôle) immédiatement à la fin du contrôle, lorsque l'inspecteur présente ses résultats provisoires à l'assujetti (Blum, Auswirkungen, op. cit., p. 291; Harun Can, Einsprache nach neuem MWSt-Gesetz - Eine Eile ohne Weile, in L'Expert-comptable suisse, 2011, p. 655 ss, 658), cette pratique ne lèse a priori pas le droit d'être entendu de l'entreprise (cf. Blum, ad art. 79, op. cit., n° 36, p. 495; Camenzind/ Honauer/Vallender/Jung/Probst, p. 840 s.), même si elle tend à abréger le temps de réflexion et de dialogue qui lui est
accordé à partir de la fin du contrôle (Can, op. cit., 655; Honauer/Graff Brakemeier/Di Costanzo, op. cit., p. 100; contra: Bertschy, op. cit., p. 296) et qu'elle suppose que les résultats provisoires soient effectivement soumis à l'assujetti avant la notification d'estimation. Une telle pratique systématique n'en contredit pas moins l'esprit de l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, qui requiert qu'une décision ne soit prise que si celle-ci est nécessaire à la perception de l'impôt. Or, cette nécessité n'existe pas dans tous les cas aboutissant à une notification d'estimation (cf. supra consid. 6.3.2). Il faut encore que les circonstances particulières le justifient, par exemple en cas d'indices concrets que l'assujetti entend faire obstacle ou s'opposer à la perception ou en cas de requête de l'intéressé; cette volonté du législateur s'inscrit à son tour dans le souhait, conforme au principe de l'auto-taxation, de laisser à l'assujetti le soin de décider lui-même si une procédure administrative doit être ouverte.

6.3.4. S'ajoute à cela que ladite pratique vide de son sens l'art. 43 al. 1 let. b
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 43 Entrée en force de la créance fiscale - 1 La créance fiscale entre en force:
1    La créance fiscale entre en force:
a  par une décision, une décision sur réclamation ou un jugement entrés en force;
b  par la reconnaissance écrite ou le paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant figurant dans la notification d'estimation;
c  par la prescription du droit de taxation.
2    Jusqu'à l'entrée en force, les décomptes remis et les montants acquittés peuvent être corrigés.
LTVA, lequel prévoit l'entrée en force de la créance fiscale par suite de la reconnaissance écrite ou du paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant figurant dans la notification d'estimation; or, dès lors que le fisc confère systématiquement à cette dernière un caractère décisionnel (c'est l'hypothèse prévue à la let. a de l'art. 43 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 43 Entrée en force de la créance fiscale - 1 La créance fiscale entre en force:
1    La créance fiscale entre en force:
a  par une décision, une décision sur réclamation ou un jugement entrés en force;
b  par la reconnaissance écrite ou le paiement sans réserve, par l'assujetti, du montant figurant dans la notification d'estimation;
c  par la prescription du droit de taxation.
2    Jusqu'à l'entrée en force, les décomptes remis et les montants acquittés peuvent être corrigés.
LTVA), la possibilité - inspirée par les principes de l'auto-taxation - donnée à l'assujetti de consentir librement aux prétentions de l'Administration fédérale, le cas échéant après s'être laissé convaincre par les explications et calculs de l'inspecteur, devient illusoire, ce qui se heurte à l'effet utile qu'il convient en principe de donner à chaque norme d'un texte de loi (cf. ATF 134 II 10 consid. 3.5.3 p. 20; arrêt 4A 736/2011 du 11 avril 2012 consid. 3.3.4, résumé in PJA 2012 p. 1616).

6.3.5. Finalement, les arguments de la recourante selon lesquels l'arrêt attaqué irait à l'encontre des principes de célérité, de sécurité juridique et d'égalité des armes entre le fisc et l'assujetti doivent être écartés.
En tant que la recourante craint que l'arrêt querellé l'empêche de percevoir l'impôt avant que le délai de prescription du droit de taxation relatif de cinq ans (art. 42 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA; partant, en l'occurrence, le 1er janvier 2011, soit à l'issue de la période de 2010 en cause; cf. Michael Beusch, ad art. 42
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n° 10, p. 328), voire absolu de dix ans (raccourci par rapport aux quinze ans prévus par l'aLTVA; art. 42 al. 6
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA; cf. arrêt 2C 227/2010 du 5 août 2010 consid. 2.2, RF 66/2011 p. 78) ne soit atteint (cf., dans ce sens, Can, op. cit., p. 661), elle omet de prendre en considération qu'une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription relative et font repartir un nouveau délai de deux ans, qui devrait donner le temps nécessaire à l'Administration fédérale pour mener à bien la procédure, y compris en cas de contentieux, dans les délais légaux de prescription (cf. art. 42 al. 2
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA). S'y ajoute, en respectant l'ordre des démarches prescrit par la loi, la possibilité pour l'assujetti d'écourter de lui-même la procédure en sollicitant un recours omisso medio auprès du
Tribunal administratif fédéral (art. 83 al. 4
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA; cf. Felix Geiger, ad art. 83
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 83 Réclamation - 1 Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
1    Les décisions de l'AFC peuvent faire l'objet d'une réclamation dans les 30 jours qui suivent leur notification.
2    La réclamation doit être adressée par écrit à l'AFC. Elle doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve et porter la signature du réclamant ou de son mandataire. Ce dernier doit justifier de ses pouvoirs de représentation en produisant une procuration écrite. Les moyens de preuve doivent être spécifiés dans le mémoire de recours et annexés à ce dernier.
3    Si la réclamation ne remplit pas ces conditions ou que les conclusions ou les motifs n'ont pas la clarté requise, l'AFC impartit au réclamant un délai supplémentaire de courte durée afin qu'il régularise sa réclamation. Elle l'avise que, s'il ne fait pas usage de cette possibilité dans le délai imparti, elle statuera sur la base du dossier ou que, si les conclusions, les motifs, la signature ou la procuration font défaut, elle déclarera la réclamation irrecevable.
4    Si la réclamation est déposée contre une décision de l'AFC motivée en détail, elle est transmise à titre de recours, à la demande de l'auteur de la réclamation ou avec son assentiment, au Tribunal administratif fédéral.
5    La procédure est poursuivie, nonobstant le retrait de la réclamation, si des indices donnent à penser que la décision attaquée n'est pas conforme à la loi.
LTVA, in MWStG-Kommentar, 2012, n° 19 p. 514; Honauer/Pietropaolo/Borer-Di Costanzo, Prozessieren in MWSt-Sachen, in L'Expert-comptable suisse, 2013, p. 435 ss, 439 s.), étant toutefois précisé que le déclenchement d'une telle procédure dépend de la volonté de l'assujetti. Par ailleurs, il incombe à l'autorité fiscale de s'organiser de façon à être en mesure d'achever les procédures de taxation dans les délais, ce qui implique notamment qu'il lui faut faire preuve de toute la célérité et diligence indiquée tant dans la phase du contrôle aboutissant à la notification d'estimation, que par la suite, au moment de rendre une décision formelle, puis une décision sur réclamation, si celles-ci s'imposent. Il faut préciser que la notification d'estimation limite le temps de réflexion de l'assujetti à trente jours (délai de paiement imparti) et que la loi n'impose nullement au fisc de procéder, comme il le fait actuellement, à deux sommations avant d'engager une procédure de recouvrement. L'on ne saurait en effet perdre de vue que l'un des buts de l'adoption de la nouvelle LTVA visait prioritairement à alléger la charge de travail de l'ass ujetti, à
"recentrer l'administration sur le service aux assujettis", de même qu'à accélérer "la procédure du point de vue des assujettis " (FF 2008 6277, p. 6279 et p. 6374 s., ad art. 42
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 42 Prescription du droit de taxation - 1 Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
1    Le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
2    Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78, al. 3.
3    Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans.
4    La prescription est suspendue tant qu'une procédure pénale fiscale fondée sur la présente loi est en cours pour la période fiscale concernée et a été annoncée au débiteur (art. 104, al. 4).
5    L'interruption et la suspension de la prescription ont effet à l'égard de tous les débiteurs.
6    Le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née.
LTVA), tout en laissant à ces derniers le choix d'entamer une procédure administrative (le cas échéant, en accélérant la procédure via le recours omisso medio ) ou d'accepter le montant de l'impôt. En outre, l'exégèse de la LTVA ne conduit pas radicalement à remettre en cause le droit de l'Administration fédérale de coupler une décision de notification à une décision lorsque les circonstances spécifiques du cas le justifient (l'assujetti annonce d'emblée vouloir contester les constats du fisc, persiste catégoriquement dans son refus d'accepter la position du fisc à l'issue du contrôle ou la perception de l'impôt apparaît concrètement menacée). Elle fait seulement obstacle à une pratique tendant systématiquement au prononcé d'une telle décision, alors que l'existence d'une notification d'estimation ne signifie pas à elle seule qu'il existe déjà une menace concrète quant à la perception de l'impôt.
La recourante ne peut rien tirer du principe de sécurité juridique en sa faveur. Tel que le législateur l'a conçue, la LTVA de 2009 vise moyennant la notification d'estimation au contraire à renforcer ledit principe ainsi que l'égalité des armes en faveur de l'assujetti, en empêchant l'Administration fiscale, notamment par la multiplication ou la prolongation des contrôles en entreprise, de revenir sans cesse sur la différence entre la créance calculée par l'assujetti et celle retenue par le fisc (cf. le délai d'ordre pour les contrôles prévu à l'art. 78 al. 5
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 78 Contrôle - 1 L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
1    L'AFC peut effectuer des contrôles auprès des assujettis dans la mesure nécessaire à l'établissement des faits. À cette fin, les assujettis doivent lui donner accès à leur comptabilité ainsi qu'aux pièces justificatives qui s'y rapportent. Cette obligation s'applique aussi aux tiers tenus de fournir des renseignements en vertu de l'art. 73, al. 2.
2    La réquisition de l'ensemble des pièces de l'assujetti est assimilée à un contrôle.
3    Le contrôle doit être annoncé par écrit. L'AFC peut exceptionnellement s'abstenir de l'annoncer si les circonstances le justifient.
4    L'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée. Ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande.
5    Le contrôle est clos dans un délai de 360 jours par une notification d'estimation, qui précise le montant de la créance fiscale pour la période contrôlée.
6    Les constatations concernant des tiers qui sont faites lors d'un contrôle effectué en vertu des al. 1 à 4 auprès des institutions ci-après ne doivent être utilisées que dans le cadre de l'application de la présente loi:
a  la Banque nationale suisse;
b  une centrale de lettres de gage;
c  une banque ou une caisse d'épargne au sens de la loi du 8 novembre 1934 sur les banques142;
d  un établissement financier au sens de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers143;
e  une infrastructure des marchés financiers au sens de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers144.145
7    Les secrets professionnels prévus par la loi sur les banques, la loi fédérale sur les établissements financiers et la loi sur l'infrastructure des marchés financiers doivent être respectés.146
LTVA; FF 2008 6277, p. 6300 et p. 6392; voir aussi Baumgartner/ Clavadetscher/Kocher, op. cit., n° 83 p. 329 et nos 35 s. p. 268; Camenzind/Honauer/Vallender/Jung/Probst, p. 840; Honauer/Graff Brakemeier/Di Costanzo, op. cit., p. 100; Sieber, op. cit., p. 288).

6.4. En conclusion, il découle de l'interprétation des dispositions concernées de la LTVA que la pratique instaurée par l'Administration fédérale, consistant à systématiquement coupler ses notifications d'estimation à des décisions administratives, sans pour autant examiner si les circonstances particulières du cas d'espèce justifient la prise d'une décision au sens de l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, n'est pas conforme à la systématique et à l'esprit de ladite loi fédérale. En tant que la notification d'estimation afférente à la période de 2010 correspond à cette pratique, sans que la recourante ne parvienne à démontrer que des circonstances particulières aient motivé le prononcé d'une notification d'estimation revêtue d'un caractère décisionnel, c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a considéré qu'elle ne pouvait constituer une décision et que, partant, le fisc ne pouvait refuser d'entrer en matière sur la contestation formulée par l'assujetti au motif qu'elle était tardive.

7.
Reste à se prononcer sur la conséquence qu'en a tirée le Tribunal administratif fédéral, à savoir l'annulation de la décision d'irrecevabilité du 29 mars 2012. Dans un argument subsidiaire, pour le cas où la Cour de céans devrait rejeter son recours, l'Administration fédérale prie le Tribunal fédéral de confirmer que sa décision d'irrecevabilité du 29 mars 2012 doit être annulée et non déclarée nulle. Selon la recourante, il en va de la sécurité juridique par rapport à un grand nombre de décisions de taxation similaires émises à partir du 1er janvier 2010.

7.1. La sanction ordinaire d'une décision comportant des vices est l'annulabilité. Celle-ci ne peut être prononcée que par l'autorité de recours saisie dans le délai prévu. Les décisions ne sont considérées comme nulles que dans des cas exceptionnels. Pour que la nullité soit prononcée, le vice doit non seulement être particulièrement grave, mais aussi être manifeste ou en tous les cas clairement reconnaissable et il faut que la sécurité du droit ne soit pas sérieusement mise en danger par la reconnaissance de la nullité (ATF 137 I 273 consid. 3.1 p. 275 s.; 132 II 21 consid. 3.1 p. 27; arrêt 2C 962/2012 du 21 mars 2013 consid. 4.1).

7.2. En l'occurrence, la Cour de céans a retenu que la pratique du couplage systématique de la notification d'estimation à une décision -, en tant qu'elle s'inscrivait dans ce système sans qu'un autre élément n'en justifiât le prononcé à ce stade précoce de la procédure de reprise d'impôt -, n'était pas conforme à la systématique et à l'esprit de la TVA. La décision d'irrecevabilité du 29 mars 2012 était ainsi infondée. Il n'y avait toutefois pas d'atteinte au droit constitutionnel d'être entendu de l'intimé ni à d'autres garanties fondamentales; en outre, l'on ne pouvait exclure que l'Administration fédérale puisse, dans des circonstances spécifiques répondant aux conditions de l'art. 82
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 82 Décisions de l'AFC - 1 L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
1    L'AFC rend, d'office ou sur demande de l'assujetti, toutes les décisions nécessaires à la perception de l'impôt, en particulier dans les cas suivants:
a  l'existence ou l'étendue de l'assujettissement est contestée;
b  l'inscription au registre des assujettis ou la radiation est contestée;
c  l'existence ou l'étendue de la créance fiscale, de la responsabilité solidaire ou du droit au remboursement de montants d'impôt est contestée;
d  l'assujetti ou les personnes solidairement responsables ne versent pas l'impôt;
e  d'autres obligations fondées sur la présente loi ou sur des ordonnances d'exécution sont contestées ou ne sont pas respectées;
f  l'autorité détermine dans un cas d'espèce à titre préventif l'assujettissement, la créance fiscale, la base de calcul, le taux applicable ou la responsabilité solidaire, à la suite d'une requête ou parce que la mesure s'impose.
2    Les décisions sont notifiées par écrit à l'assujetti. Elles doivent être adéquatement motivées et indiquer les voies de recours.
LTVA, d'emblée communiquer la notification d'estimation sous forme d'une décision sujette à réclamation. En outre, dans une administration de masse comme elle existe en droit fiscal, il y a lieu de suivre l'argument de la recourante selon lequel le constat de la nullité ab initio de la décision en cause créerait une insécurité juridique par rapport aux nombreuses décisions que l'Administration fédérale a rendues de la même façon par le passé (voir, dans ce sens, Blum, ad art. 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
LTVA, op. cit., n° 35 p. 495). Il convient dès lors de confirmer que
c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a seulement annulé et non pas déclaré nulle la décision d'irrecevabilité du 29 mars 2012 portant sur l'année 2010.

8.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante qui succombe et défend un intérêt patrimonial (cf. art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). L'intimé, qui n'est pas représenté par un avocat et qui ne s'est pas déterminé dans la procédure de recours engagée devant la Cour de céans, ne peut pas prétendre à des dépens (cf. art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

3.
Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, à l'intimé, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lausanne, le 21 mars 2014

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

Le Greffier: Chatton