Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}

1C 150/2016

Arrêt du 20 septembre 2016

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Fonjallaz, Président,
Chaix et Kneubühler.
Greffier : M. Alvarez.

Participants à la procédure
A.________,
recourante,

contre

B.________, représenté par Me Claude Jeannerat, avocat,
intimé,

Commune de La Baroche, route Principale 64, 2947 Charmoille, représentée par Me Jean-Michel Conti, avocat,
Juge administrative du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura, Le Château, 2900 Porrentruy.

Objet
permis de construire,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative,
du 29 février 2016.

Faits :

A.
B.________, agriculteur à La Baroche-Fregiécourt, est propriétaire des parcelles agricoles n os 285 et 290 sises sur le territoire de cette commune. Par décision du 17 juin 2008, la Section des permis de construire de la République et canton du Jura (ci-après: SPC) lui a délivré une autorisation portant sur la construction d'une halle de stockage de fourrages comprenant une aire bétonnée pour le conditionnement des déchets verts et des engrais de ferme, l'aménagement d'une place groisée circulaire pour l'entreposage des déchets ligneux, la réalisation d'une place bétonnée entre le bâtiment rural existant (4A) et la halle de stockage, la création d'un accès groisé longeant le silo en tranchée existant ainsi que la plantation de cinq arbres fruitiers le long de la façade ouest de la nouvelle halle de stockage.
D'après le dossier d'enquête, la distance prévue entre le rural existant et le projet de halle est de 15 m. Ces deux édifices se trouvent en outre dans le même alignement. Les plans joints à la demande de permis prévoient également le remblaiement du terrain naturel. La façade ouest du bâtiment projeté présente une hauteur, mesurée depuis le terrain naturel, de 8,67 m, au niveau du faîte, et de 6,37 m à la corniche. Les avant-toits au sud et nord sont d'une profondeur de 1 m. La surface de conditionnement des déchets verts est entourée de trois murs d'une hauteur de 3 m.

B.
A.________ s'est opposée à ce projet. Le fonds n° 313, dont celle-ci est propriétaire, est également classé en zone agricole et se situe à environ 90 m à l'ouest des parcelles de B.________.
Par décision du 17 juin 2008, le SPC a notamment levé l'opposition de la prénommée et à délivré le permis de construire requis. Saisie sur recours de A.________, la Juge administrative du Tribunal de pre-mière instance a confirmé cette décision, le 8 mars 2010. Par arrêt du 12 janvier 2012, la Cour administrative du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a très partiellement admis le recours interjeté par A.________ contre ce jugement; elle a confirmé l'octroi du permis de construire, restreignant néanmoins l'horaire durant lequel est autorisé le broyage des déchets ligneux et imposant que les mâchoires de la broyeuse soient orientées vers l'est. Sur recours, le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt cantonal, le 19 novembre 2012 (arrêt 1C 124/2012).

C.
Le 11 décembre 2012, A.________ s'est adressée à la commune afin qu'elle lui communique le certificat de conformité des travaux réalisés par B.________. Le 8 février 2013, elle a réitéré sa requête et a dénoncé une violation des dispositions du permis de construire. Après avoir procédé à différentes investigations, l'autorité communale a estimé que les aménagements réalisés par B.________ étaient conformes à l'autorisation délivrée, sous réserve de la distance entre les bâtiments dépassant de 1,6 m celle prévue dans le dossier d'enquête. Considérant cependant que cette situation ne nuisait en rien à la recourante, la commune a écarté sa plainte, le 10 mars 2014; l'autorité a maintenu sa position par décision sur opposition du 7 juillet 2014.
Après avoir procédé à une inspection des lieux - à laquelle A.________ a fait défaut - en présence d'un inspecteur de la police des constructions du SPC, la Juge administrative du Tribunal de première instance a confirmé la décision communale, par jugement du 1 er juin 2015. La juge unique a constaté que la distance séparant la nouvelle halle - longue de 42,2 m - du bâtiment préexistant (4A) - mesurant 60 m - s'élève effectivement à 16,6 m et non à 15 m, comme prévu dans les plans; elle a également retenu que la hauteur au faîte a été abaissée de 9 cm, ce qui engendre une surélévation des corniches d'environ 30 cm. Selon la première instance, ces modifications n'influencent ni la capacité ni le volume de la construction. La Juge administrative a encore relevé que l'avant-toit, sur la façade sud, dépasse de 50 cm la largeur de 1 m mise à l'enquête; elle a estimé que cette différence était sans conséquence pour A.________. Par ailleurs, bien que trois engins agricoles se trouvassent stationnés dans la halle, lors de cette inspection, la juge unique a considéré que son affectation n'en était pas modifiée. D'après les constatations de la première instance, il n'existe pas non plus de second silo: il s'agit d'un silo existant assaini
sans qu'une autorisation particulière ne soit nécessaire.
Par acte du 30 juin 2015, A.________ a recouru contre ce jugement à la Cour administrative du Tribunal cantonal. Par arrêt du 29 février 2016, celle-ci a rejeté le recours, considérant, en substance, que les modifications apportées au projet pouvaient encore être qualifiées de minimes, qu'elles n'augmentaient pas la capacité de stockage de la halle et qu'elles demeuraient sans incidence sur la situation de la recourante.

D.
Par mémoire du 9 avril 2016 et mémoire complémentaire du même jour, A.________ recourt contre cet arrêt cantonal et demande en substance au Tribunal fédéral de constater la mauvaise foi des autorités communales et de l'intimé; elle sollicite également qu'une étude d'impact soit ordonnée; elle requiert enfin que soient constatées les violations du permis de construire et que la mise en conformité soit exigée.
Le Tribunal cantonal propose le rejet du recours et la confirmation de son arrêt. La Commune de La Baroche conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. L'intimé en demande également le rejet. La recourante a répliqué.
Le 8 juillet 2016, A.________ a notamment requis du Tribunal fédéral d'ordonner à l'intimé de mettre un terme à certaines activités nouvelles exercées sur ses parcelles (utilisation d'un séchoir, création d'un site de stockage à l'ouest). Par lettre du 12 juillet 2016, sur ordre du Président de la Ire Cour de droit public, cette requête a été transmise à la Commune de La Baroche comme objet de sa compétence.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, qui confirme le refus des autorités cantonales d'ordonner la mise en conformité de constructions agricoles réalisées sur deux parcelles sises à proximité de la sienne, qu'elle tient pour contraires au permis de construire délivré. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué; elle a donc qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.

2.
Aux termes de l'art. 42 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF, le mémoire doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci. Le recourant doit indiquer les points sur lesquels la décision est attaquée et quelles sont les modifications demandées. Si les conclusions font défaut ou sont, dans leur ensemble, insuffisantes, le recours est irrecevable. Toutefois, l'interdiction du formalisme excessif impose de ne pas se montrer trop strict dans la formulation des conclusions si, à la lecture du mémoire, on comprend clairement ce que veut le recourant (arrêt 5A 827/2012 du 21 décembre 2012 consid. 1.2 et les arrêts cités); tel est en particulier le cas lorsque le but et l'objet du recours ressortent sans aucun doute des motifs invoqués (cf. ATF 134 III 235 consid. 2 p. 236 s.).

2.1. La recourante articule ses conclusions en quatorze points. La plupart d'entre elles dépassent l'objet du litige ou relèvent de la contestation des faits; elles sont partant irrecevables. Par ailleurs, en demandant au Tribunal fédéral d'ordonner une étude d'impact ou encore de constater la "non-application du principe dit de la proportionnalité", la recourante confond conclusions du recours, griefs de fond et mesures d'instruction. Néanmoins, on comprend de l'ensemble de ses conclusions, en particulier du point n° 9, et des motifs invoqués, que la recourante sollicite que l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens que son recours cantonal est admis et une remise en état ordonnée; dans cette mesure le recours est en principe recevable.

2.2. Sont également irrecevables les conclusions prises par la recourante au terme de sa lettre du 8 juillet 2016; en tant que celle-ci demande à la Cour de céans d'interdire à l'intimé la poursuite d'aménagements postérieurs à l'arrêt attaqué et l'exploitation de nouvelles infrastructures, ses conclusions sont étrangères à l'objet du litige. La correspondance de la recourante a été transmise, le 12 juillet 2016, à l'autorité communale pour suites utiles.

3.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF). Il appartient toutefois à la partie recourante d'exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF). Cela suppose que le mémoire de recours ne soit pas trop long et s'en tienne à l'essentiel (arrêts 1C 450/2012 du 7 août 2013 consid. 3; 2C 285/2013 du 23 avril 2013 consid. 1; cf. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in Commentaire de la LTF, 2014, n. 27 et 41 ad art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF). Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de dégager d'une argumentation prolixe et confuse les moyens susceptibles d'être recevables et pertinents (arrêts 1C 262/2012 du 20 septembre 2012 consid. 4; 1C 369/2009 du 25 février 2010 consid. 5). Or, la recourante présente ses récriminations - de nature essentiellement appellatoire - de façon désordonnée et répétitive; nombre de ses griefs sont en outre disséminées au gré du long exposé par lequel elle livre sa propre appréciation des faits (cf. également consid. 5). L'examen du recours se limitera donc aux critiques motivées de façon suffisamment compréhensible en une partie ou une autre du mémoire; s'agissant des griefs portant sur la violation des droits fondamentaux ou des dispositions de droit cantonal, ceux-ci devront en
outre répondre aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, sous peine d'irrecevabilité.

4.
A titre de mesure d'instruction, la recourante requiert l'édition du dossier cantonal et du dossier d'enquête. Le Tribunal a déposé l'ensemble du dossier cantonal, y compris celui relatif à la demande de permis de construire, le 20 avril 2016; sa requête est partant satisfaite. En revanche, savoir si une "étude d'impact" doit être ordonnée ne relève pas de l'instruction, mais du fond de la cause, de sorte que cette question n'a pas à être examinée à ce stade.

5.
Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF; ATF 137 I 58 consid. 4.1.2 p. 62). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 139 II 404 consid. 10.1 p. 444; 137 II 353 consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
En l'espèce, la recourante présente, sur une vingtaine de pages, sa version des faits, ignorant que le Tribunal fédéral n'est pas une instance d'appel. La recourante remet ainsi notamment en cause l'alignement des constructions, la capacité de stockage de la nouvelle halle, l'existence d'un deuxième silo ou encore le caractère horizontal du mur entourant la place de conditionnement, sans que ses critiques ne trouvent la moindre assise dans le dossier cantonal. Elle se contente essentiellement de livrer sa propre appréciation et interprétation des photographies qu'elle a versées en cause; cette manière de procéder est impropre à démontrer en quoi les observations - au demeurant largement documentées (procès-verbal, photographies) - de la Juge administrative et de l'inspecteur du SPC, lors de l'inspection locale, seraient arbitraires. Sont enfin également irrecevables les considérations portant sur les dimensions de la place groisée et l'utilisation, à d'autres fins que celles projetées, de la place de contournement pour véhicules: ces éléments ne ressortent pas de l'arrêt attaqué et la recourante ne démontre pas qu'ils auraient été arbitrairement omis ni ne prétend qu'elle aurait été victime d'un déni de justice.
Sur le vu de ce qui précède, les griefs portant sur la constatation des faits doivent être déclarés irrecevables. Le Tribunal fédéral s'en tiendra à l'état de fait cantonal (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF).

6.
La recourante reproche à l'instance précédente de n'avoir pas condamné le refus de la Juge administrative de reporter l'inspection locale et l'audience du 24 février 2015 auxquelles elle affirme avoir été empêchée de prendre part.

6.1. L'arrêt attaqué rappelle qu'en vertu de l'art. 76 du Code de procédure administrative du 30 novembre 1978 (Cpa; RS/JU 175.1) les parties doivent être invitées aux visites des lieux et à l'audition des témoins. La convocation à une audience doit contenir le jour, l'heure et le lieu de la comparution, le nom des parties et l'objet de l'entretien ou des débats, ainsi que les conséquences éventuelles du défaut (cf. art. 55 al. 2
SR 272 Code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC) - Loi sur les fors
CPC Art. 55 Maxime des débats et maxime inquisitoire - 1 Les parties allèguent les faits sur lesquels elles fondent leurs prétentions et produisent les preuves qui s'y rapportent.
1    Les parties allèguent les faits sur lesquels elles fondent leurs prétentions et produisent les preuves qui s'y rapportent.
2    Les dispositions prévoyant l'établissement des faits et l'administration des preuves d'office sont réservées.
Cpa). En vertu de l'art. 147
SR 272 Code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC) - Loi sur les fors
CPC Art. 147 Défaut et conséquences - 1 Une partie est défaillante lorsqu'elle omet d'accomplir un acte de procédure dans le délai prescrit ou ne se présente pas lorsqu'elle est citée à comparaître.
1    Une partie est défaillante lorsqu'elle omet d'accomplir un acte de procédure dans le délai prescrit ou ne se présente pas lorsqu'elle est citée à comparaître.
2    La procédure suit son cours sans qu'il soit tenu compte du défaut, à moins que la loi n'en dispose autrement.
3    Le tribunal rend les parties attentives aux conséquences du défaut.
du code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC; RS 272), applicable par renvoi de l'art. 69 Cpa, une partie est défaillante lorsqu'elle omet d'accomplir un acte de procédure dans le délai prescrit ou ne se présente pas lorsqu'elle est citée à comparaître (al. 1). La procédure suit son cours sans qu'il soit tenu compte du défaut, à moins que la loi n'en dispose autrement (al. 2). Le tribunal rend les parties attentives aux conséquences du défaut (al. 3). Par ailleurs, conformément à l'art. 48 al. 2 Cpa, relatif à la restitution des délais, applicable par analogie, selon la jurisprudence cantonale (cf. RJJ 1994 p. 192) - non contestée en l'espèce -, au défaut de comparution en procédure administrative, si une partie peut établir qu'elle a été empêchée, sans faute de sa
part, de comparaître, elle peut requérir, dans les dix jours dès la cessation de l'empêchement, à être relevée de son défaut en présentant une demande motivée.

6.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que la recourante a été valablement citée à l'audience du 24 février 2015 par ordonnance du 4 novembre 2014, notifiée le 12 novembre 2014. Il ressort du dossier que la recourante a requis le report de cette audience par courrier du 10 février 2015, invoquant, sans autre précision, des "raisons familiales". La Juge administrative a jugé les motifs avancés insuffisants et en a informé la recourante par courrier recommandé du 16 février 2015; cette missive lui a été notifiée le jour de l'audience. A nouveau sous pli inscrit, la juge unique a, le jour même de l'audience, transmis à la recourante le procès-verbal établi à cette occasion et a fixé aux parties un délai au 15 mars 2015 pour déposer leur complément de preuves.

6.3. Par l'intermédiaire d'un avocat, consulté dans l'intervalle, la recourante a, par lettre du 10 mars 2015, sollicité une prolongation de ce délai; à cette occasion, elle n'a en revanche formulé aucune demande en vue d'être relevée de son défaut; une telle demande n'a d'ailleurs pas non plus été déposée ultérieurement, au cours de la procédure de première instance. La situation dans laquelle la recourante dit s'être trouvée, en raison de la maladie et du décès de sa mère, est certes regrettable; il faut néanmoins, avec la cour cantonale, reconnaître que l'empêchement a pris fin au plus tard lors de la signature de la procuration en faveur de son mandataire, le 9 mars 2015. A partir de cette date, il était loisible à ce dernier d'entreprendre, au nom de sa mandante, les démarches prévues par l'art. 48 al. 2 Cpa. La recourante ne remet pas réellement en cause cette appréciation; elle se borne en effet à reprocher aux autorités précédentes d'avoir été inconvenantes ou encore d'avoir fait preuve de partialité à son endroit en n'admettant pas le report de l'audience malgré l'importance du motif invoqué. Si devant la Cour de céans, la recourante explique abondamment la nature des "raisons familiales" alléguées, elle n'en a rien fait
devant les instances inférieures, de sorte que son argumentation s'avère non pertinente.
Pour le surplus, la recourante ne prétend pas que les exigences définies par le droit cantonal pour obtenir une restitution de délai relèveraient du formalisme excessif (cf. art. 29 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst.; ATF 130 V 177 consid. 5.4.1 p. 183) ou violeraient les garanties minimales déduites de l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst. (droit d'être entendu) et il n'appartient pas au Tribunal fédéral d'examiner d'office ces questions (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF; cf. consid. 3).

6.4. Ce grief se révèle sans pertinence et doit être écarté.

7.
De manière particulièrement confuse, dans un grief intitulé "compétence de l'intimée en tant que police des constructions [...]", la recourante met en doute l'impartialité des autorités communales au motif que les parcelles de l'intimé abritent le site intercommunal de compostage. Elle formule le même reproche de partialité à l'endroit de la Juge administrative. Elle invoque, dans ce cadre, l'art. "42 LConstr.", dont rien ne permet de supposer qu'il corresponde à l'art. 42 de la loi cantonale sur les constructions et l'aménagement du territoire du 25 juin 1987 (LCAT; RS/JU 701.1). Tout aussi inintelligiblement, elle se prévaut encore d'une violation de son droit d'être entendue et d'un défaut de motivation de la décision communale, sans toutefois étayer son propos. Son grief est incompréhensible et doit, pour ce motif, être déclaré irrecevable (art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).
En tout état, on ne voit pas en quoi il serait critiquable d'avoir jugé tardifs - comme l'ont fait les juges précédents - les soupçons de partialité émis au stade de la dernière instance cantonale. Comme le précise l'arrêt attaqué, l'art. 40 al. 2 Cpa exige que de tels motifs fassent l'objet d'une demande de récusation motivée dès que le cas de récusation s'est produit. Or, on cherche en vain trace d'une telle demande dans le dossier cantonal.

8.
La recourante se prévaut d'une violation du principe de la proportionnalité et exige la mise en oeuvre d'une "étude d'impact".

8.1. Selon une jurisprudence bien établie, lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. L'autorité renonce à une telle mesure, conformément au principe de la proportionnalité, si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (ATF 132 II 21 consid. 6 p. 35; 123 II 248 consid. 3a/bb p. 252).
En règle générale, le Tribunal fédéral examine librement si un ordre de remise en état, qui constitue une restriction du droit de propriété garanti par l'art. 26 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 26 Garantie de la propriété - 1 La propriété est garantie.
1    La propriété est garantie.
2    Une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété qui équivaut à une expropriation.
Cst., est justifié par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il doit se prononcer sur de pures questions d'appréciation ou tenir compte de circonstances locales, dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui (cf. ATF 135 I 176 consid. 6.1 p. 181; 132 II 408 consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités).

8.2. Il ressort de l'état fait cantonal que la halle nouvelle est distante du rural préexistant de 16,6 m au lieu de 15 m, comme indiqué dans le dossier d'enquête; par rapport à l'autorisation de construire, la hauteur au faîte de la toiture a été abaissée de 9 cm, entraînant un rehaussement des corniches de 30 cm; enfin, l'avant-toit, côté sud, présente une largeur de 1,5 m au lieu de 1 m. La cour cantonale a retenu, se fondant à cet égard sur les observations de l'inspecteur de la police des constructions, que ces différences n'avaient aucun impact sur la situation de la recourante. Elle a par ailleurs jugé qu'il serait disproportionné d'ordonner le rétablissement d'un état conforme au permis de construire, les divergences constatées devant être qualifiées de minimes.

8.3. Pour peu qu'on la comprenne - son argumentation se révélant à nouveau redondante et confuse -, la recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir pas ordonné la remise en état alors que les différences constatées auraient, selon elle, été réalisées de mauvaise foi et "dans un but égoïste", par l'intimé. Ce faisant, la recourante se contente d'opposer une nouvelle fois sa propre appréciation des faits à celle de l'instance précédente, ce qui n'est pas admissible. Quoi qu'il en soit, il faut, avec le Tribunal cantonal, reconnaître que les modifications constatées peuvent être tolérées au regard de leur faible importance. Tout d'abord, s'agissant de la distance entre les bâtiments, il n'apparaît pas critiquable d'avoir considéré qu'un dépassement de 1,6 m peut être qualifié de minime, tout particulièrement au regard des dimensions importantes des constructions en cause. S'agissant du dépassement de 50 cm de la longueur de l'avant-toit côté sud, celui-ci a été réalisé, d'après l'expert cantonal, afin de protéger le lamellé-collé, modification qui aurait, selon lui, également été nécessaire si la distance de 15 m avait été respectée; en outre, cet écart, au vu de l'ensemble du projet, apparaît objectivement minime. Il n'existe
pas non plus de motif de s'écarter de l'appréciation de l'expert cantonal lorsqu'il affirme que l'abaissement du toit et le rehaussement des corniches n'entraînent pas une augmentation de la capacité de stockage de la halle litigieuse ni les caractéristiques essentielles de cette construction (cf. également consid. 5). Il n'apparaît ainsi pas que les contraventions au permis de construire porteraient atteinte au caractère inconstructible de la zone agricole dans une mesure supérieure au projet tel qu'autorisé. Dans ces circonstances, il n'y a pas non plus lieu de réserver un écho favorable à la réquisition portant sur la mise en oeuvre d'une étude d'impact, dont les conditions ne sont d'ailleurs pas réalisées (cf. art. 10a al. 2
SR 814.01 Loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE) - Loi sur la protection de l'environnement
LPE Art. 10a Étude de l'impact sur l'environnement - 1 Avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations, l'autorité examine le plus tôt possible leur compatibilité avec les dispositions en matière d'environnement.
1    Avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations, l'autorité examine le plus tôt possible leur compatibilité avec les dispositions en matière d'environnement.
2    Doivent faire l'objet d'une étude de l'impact sur l'environnement (étude d'impact) les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au site.
3    Le Conseil fédéral désigne les types d'installations qui doivent faire l'objet d'une étude d'impact; il peut fixer des valeurs seuil. Il vérifie périodiquement les types d'installation et les valeurs seuil, et les adapte le cas échéant.
et 3
SR 814.01 Loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (Loi sur la protection de l'environnement, LPE) - Loi sur la protection de l'environnement
LPE Art. 10a Étude de l'impact sur l'environnement - 1 Avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations, l'autorité examine le plus tôt possible leur compatibilité avec les dispositions en matière d'environnement.
1    Avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations, l'autorité examine le plus tôt possible leur compatibilité avec les dispositions en matière d'environnement.
2    Doivent faire l'objet d'une étude de l'impact sur l'environnement (étude d'impact) les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au site.
3    Le Conseil fédéral désigne les types d'installations qui doivent faire l'objet d'une étude d'impact; il peut fixer des valeurs seuil. Il vérifie périodiquement les types d'installation et les valeurs seuil, et les adapte le cas échéant.
de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 [LPE; RS 814.01], art. 2
SR 814.011 Ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE)
OEIE Art. 2 Modification d'installations existantes - 1 La modification d'une installation mentionnée dans l'annexe de la présente ordonnance est soumise à une EIE si:
1    La modification d'une installation mentionnée dans l'annexe de la présente ordonnance est soumise à une EIE si:
a  elle consiste en une transformation ou un agrandissement considérables de l'installation, ou si elle change notablement son mode d'exploitation, et
b  elle doit être autorisée dans le cadre de la procédure qui serait décisive s'il s'agissait de construire l'installation (art. 5).
2    La modification d'une installation qui n'est pas mentionnée dans l'annexe de la présente ordonnance est soumise à une EIE si:
a  après que ladite modification aura été effectuée, l'installation sera assimilable aux installations définies en annexe;
b  elle doit être autorisée dans le cadre de la procédure qui serait décisive s'il s'agissait de construire l'installation (art. 5).
de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude d'impact sur l'environnement [OEIE; RS 814.011] et son annexe). On ne comprend enfin pas en quoi le droit cantonal commanderait d'exclure le caractère minime des transformations; les références aux art. "46 al. 1 REL Constr." et "86 REL Constr.", mentionnées par la recourante à ce sujet, sont incompréhensibles et partant irrecevables: on ignore de
quel loi ou règlement cantonal elle se prévaut, les numéros d'articles cités et leur teneur ne correspondant ni au texte de la LCAT ni à celui de son ordonnance d'application et il n'appartient pas au Tribunal fédéral de faire la lumière sur ce point (art. 42 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
et 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF).

8.4. Entièrement mal fondé, ce grief doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.

9.
Selon la recourante, le Tribunal cantonal aurait à tort nié que l'intimé a procédé à un changement d'affectation de la nouvelle halle en y stationnant des véhicules agricoles au lieu d'y entreposer du fourrage, conformément à l'autorisation de construire.

9.1. Selon l'article 22
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 22 Autorisation de construire - 1 Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
1    Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
2    L'autorisation est délivrée si:
a  la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone;
b  le terrain est équipé.
3    Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d'autres conditions.
de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700), aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente. Au sens de cette disposition, il y a transformation lorsque, même sans modifier l'aspect extérieur, on procède à un changement d'affectation d'une construction ou d'une installation (ALEXANDER RUCH, Commentaire LAT, 2010, n. 34 ad art. 22
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 22 Autorisation de construire - 1 Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
1    Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
2    L'autorisation est délivrée si:
a  la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone;
b  le terrain est équipé.
3    Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d'autres conditions.
LAT; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, n. 498 p. 220 s.; NICOLAS MICHEL, Droit public de la construction, 1996, n. 227, p. 51). En l'absence de travaux, un changement d'affectation peut être dispensé d'autorisation uniquement si la nouvelle affectation correspond à celle de la zone en question ou si son effet sur l'environnement et la planification est manifestement mineur (ATF 113 Ib 219 consid. 4d p. 223; arrêt 1C 395/2015 du 7 décembre 2015 consid. 3.1.1; cf. également ATF 139 II 134 consid. 5.2 p. 139 s.; ALEXANDER RUCH, op. cit., n. 34 ad art. 22
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 22 Autorisation de construire - 1 Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
1    Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
2    L'autorisation est délivrée si:
a  la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone;
b  le terrain est équipé.
3    Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d'autres conditions.
LAT; DFJP/OFAT, Etude relative à la LAT, 1981, n. 12 ad art. 22, p. 267). Les simples travaux d'entretien, rénovations, petites réparations ou changements d'affectation de moindre
importance ne sont pas non plus soumis à autorisation (ALEXANDER RUCH, op. cit., n. 35 ad art. 22
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 22 Autorisation de construire - 1 Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
1    Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente.
2    L'autorisation est délivrée si:
a  la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone;
b  le terrain est équipé.
3    Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d'autres conditions.
LAT).

9.2. Lors de l'inspection locale, qui s'est déroulée en février 2015, la présence de trois véhicules agricoles dans la halle de fourrage a été constatée. Le Tribunal cantonal a estimé qu'il n'en découlait toutefois pas un changement d'affectation, considérant notamment qu'une halle de stockage de fourrage ne pouvait pas être remplie toute l'année, en particulier en hiver.
Cette appréciation n'est pas réellement critiquée par la recourante; celle-ci soutient en effet que l'intimé utiliserait en permanence la halle de stockage pour y stationner non pas seulement trois tracteurs, mais de nombreux et bruyants véhicules. Ce faisant, elle remet - une nouvelle fois - en cause les faits établis souverainement par l'instance précédente, sans en démontrer le caractère arbitraire. Rien au dossier ne permet au demeurant d'appuyer ses affirmations; la seule présence de machines agricoles sur le site d'une exploitation agricole, visibles sur les photographies prises par la recourante, ne permet pas d'exclure que l'utilisation de la halle à des fins de stationnement ne serait qu'épisodique, durant la saison froide. Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation de l'instance précédente: l'utilisation temporaire et occasionnelle d'une halle de plus 800 m 2, sise au sein d'une exploitation agricole, pour y stationner un petit nombre de véhicules n'est pas de nature à modifier la destination de cette construction, dont la nécessité pour l'entreposage du fourrage a du reste été dûment établie dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire (cf. décision de conformité à
l'affectation de la zone agricole rendue le 26 mai 2008 par le Département cantonal de l'environnement et de l'équipement). Cela étant, même à supposer qu'il s'agisse effectivement d'un changement (partiel) d'affectation, celui-ci se révélerait de moindre importance; on ne discerne en particulier pas en quoi cette utilisation marginale influencerait le régime d'utilisation du sol en créant notamment une charge supplémentaire pour le réseau d'équipement ou porterait une atteinte additionnelle à l'environnement.
Mal fondé, ce grief doit être écarté dans la mesure de sa recevabilité.

10.

10.1. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 36 al. 4 LCAT; à la suivre, en reconnaissant que l'accès groisé situé à l'ouest du bâtiment préexistant (4A) et la place groisée entre les constructions ne bénéficient d'aucune autorisation de construire, le Tribunal cantonal aurait dû prononcer la remise en état de ces aménagements, la prescription applicable n'étant pas de cinq ans, mais de trente ans.
L'intimé estime pour sa part que cette problématique serait étrangère à l'objet du litige dès lors qu'elle porterait sur des aménagements ne relevant pas du permis de construire délivré en juin 2008. Ce point de vue ne saurait être partagé. En effet, dans la mesure où cette question est traitée dans l'arrêt attaqué et que l'intimé ne prétend pas que l'instance précédente s'en serait saisie en violation du droit cantonal de procédure, la recourante est fondée à s'en plaindre céans, ce d'autant plus qu'elle relève - comme on le verra - de l'application du droit fédéral.

10.2. Selon l'art. 36 al. 1 LCAT, lorsque des travaux de construction sont exécutés sans permis ou en violation des dispositions de celui-ci, l'autorité compétente en matière de police des constructions ordonne la suspension des travaux; cette décision est immédiatement exécutoire. A l'expiration d'un délai de cinq ans à compter de la date de l'achèvement des travaux illicites, le rétablissement de l'état conforme à la loi ne peut être exigé que s'il est dicté par des intérêts publics impérieux (art. 36 al. 4 LCAT).

10.3. Devant la cour cantonale, la recourante a soutenu que la route groisée sise du côté ouest du rural existant (4A) et la place groisée entre les constructions ne bénéficiaient d'aucune autorisation de construire. Constatant que ces aménagements apparaissaient déjà sur des orthophotos prises en 2004 (disponibles sur le géoportail SIT-Jura; https://geo.jura.ch/theme/Orthophoto), l'instance précédente a néanmoins jugé que le droit d'ordonner leur remise en état était prescrit, aucun intérêt public impérieux ne commandant de s'écarter du délai de cinq ans prévu par l'art. 36 al. 4 LCAT, largement échu.

10.4. Avec la recourante, il y a lieu de reconnaître que selon la jurisprudence fédérale, la compétence d'exiger la démolition d'une installation pour rétablir une situation conforme au droit est en principe soumise à un délai de péremption de trente ans; exceptionnellement, cette compétence peut être exercée au-delà du délai en question si des motifs de police au sens strict imposent une telle mesure et, inversement, l'autorité peut en être déchue avant l'écoulement des trente ans lorsque le principe de la bonne foi le commande (cf. ATF 132 II 21 consid. 6.3 p. 39; arrêt 1C 318/2013 du 10 décembre 2013 consid. 4.1.2 in: SJ 2014 I 280 et les références citées).

10.5. En appliquant à la route et à la place litigieuses la prescription quinquennale prévue par le droit cantonal, l'instance précédente a négligé le fait que ces aménagements ont été réalisés en zone agricole, laquelle doit, en principe, et autant que possible être maintenue libre de toute construction (cf. art. 16 al. 1
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 16 Zones agricoles - 1 Les zones agricoles servent à garantir la base d'approvisionnement du pays à long terme, à sauvegarder le paysage et les espaces de délassement et à assurer l'équilibre écologique; elles devraient être maintenues autant que possible libres de toute construction en raison des différentes fonctions de la zone agricole et comprennent:
1    Les zones agricoles servent à garantir la base d'approvisionnement du pays à long terme, à sauvegarder le paysage et les espaces de délassement et à assurer l'équilibre écologique; elles devraient être maintenues autant que possible libres de toute construction en raison des différentes fonctions de la zone agricole et comprennent:
a  les terrains qui se prêtent à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice et sont nécessaires à l'accomplissement des différentes tâches dévolues à l'agriculture;
b  les terrains qui, dans l'intérêt général, doivent être exploités par l'agriculture.
2    Il importe, dans la mesure du possible, de délimiter des surfaces continues d'une certaine étendue.
3    Dans leurs plans d'aménagement, les cantons tiennent compte de façon adéquate des différentes fonctions des zones agricoles.
2ème phrase LAT et art. 16a
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 16a Constructions et installations conformes à l'affectation de la zone agricole - 1 Sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice. Cette notion de conformité peut être restreinte en vertu de l'art. 16, al. 3.
1    Sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice. Cette notion de conformité peut être restreinte en vertu de l'art. 16, al. 3.
1bis    Les constructions et installations nécessaires à la production d'énergie à partir de biomasse ou aux installations de compost qui leur sont liées peuvent être déclarées conformes à l'affectation de la zone et autorisées dans une exploitation agricole si la biomasse utilisée est en rapport étroit avec l'agriculture et avec l'exploitation. Les autorisations doivent être liées à la condition que ces constructions et installations ne serviront qu'à l'usage autorisé. Le Conseil fédéral règle les modalités.38
2    Les constructions et installations qui servent au développement interne d'une exploitation agricole ou d'une exploitation pratiquant l'horticulture productrice sont conformes à l'affectation de la zone. Le Conseil fédéral règle les modalités.39
3    Les constructions et installations dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre du développement interne peuvent être déclarées conformes à l'affectation de la zone et autorisées lorsqu'elles seront implantées dans une partie de la zone agricole que le canton a désignée à cet effet moyennant une procédure de planification.
LAT). Les possibilités de dérogations à ce principe sont définies par le droit fédéral aux art. 24 ss
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 24 Exceptions prévues hors de la zone à bâtir - En dérogation à l'art. 22, al. 2, let. a, des autorisations peuvent être délivrées pour de nouvelles constructions ou installations ou pour tout changement d'affectation si:
a  l'implantation de ces constructions ou installations hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination;
b  aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose.
LAT (cf. CHRISTOPH JÄGER, Commentaire LAT, 2010, n. 6 ad art. 27a
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 27a Restrictions des cantons concernant les constructions hors de la zone à bâtir - La législation cantonale peut prévoir des restrictions aux art. 16a, al. 2, 24b, 24c et 24d.
LAT; ZEN-RUFFINEN/GUY-ECABERT, op. cit., n. 573 p. 265). En vertu de l'art. 27a
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 27a Restrictions des cantons concernant les constructions hors de la zone à bâtir - La législation cantonale peut prévoir des restrictions aux art. 16a, al. 2, 24b, 24c et 24d.
LAT, les cantons conservent la possibilité de restreindre ce régime dérogatoire, mais non de l'assouplir (cf. Message du Conseil fédéral du 2 décembre 2005 relatif à la révision partielle de la LAT in FF 2005 6629 p. 6647; CHRISTOPH JÄGER, ibid., n. 6 ad art. 27a
SR 700 Loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (Loi sur l'aménagement du territoire, LAT) - Loi sur l'aménagement du territoire
LAT Art. 27a Restrictions des cantons concernant les constructions hors de la zone à bâtir - La législation cantonale peut prévoir des restrictions aux art. 16a, al. 2, 24b, 24c et 24d.
LAT). Il s'ensuit que l'art. 36 al. 4 LCAT ne peut s'appliquer au présent état de fait, qui relève au premier chef du droit fédéral (cf. ZAUGG/LUDWIG, Baugesetz des Kantons Bern vom 9. Juni 1985 [BauG; RS/BE 721.0], Kommentar, vol. I, 2013, n. 11b ad art. 46 BauG, disposition dont la teneur est pour l'essentiel identique à celle de l'art. 36 al. 4 LCAT).
En définitive, c'est en violation du droit fédéral que l'instance précédente a appliqué le délai de prescription quinquennal prévu par le droit cantonal pour exclure la remise en conformité d'aménagements réalisés sans autorisation hors de la zone à bâtir. L'arrêt attaqué doit pour ce motif être annulé et la cause renvoyée au Tribunal cantonal afin qu'il examine si les conditions d'une remise en état sont réalisées (à ce propos cf. ATF 132 II 21 consid. 6 p. 35; 123 II 248 consid. 3a/bb p. 252).

11.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'arrêt attaqué sera annulé en tant qu'il porte sur la remise en état de la route jouxtant le bâtiment préexistant (4A) et la place groisée située entre les deux hangars; il sera en revanche confirmé pour le surplus. Compte tenu du caractère marginale des aménagements précités, eu égard à l'ensemble du site, ainsi que de l'argumentation embryonnaire développée à ce propos devant l'instance précédente, il n'y a pas lieu de modifier la répartition des frais et dépens cantonaux. En ce qui concerne les frais de la procédure fédérale, ceux-ci seront répartis à hauteur de deux tiers à la charge de la recourante, et pour un tiers à la charge de l'intimé (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). N'obtenant que très partiellement gain de cause, la recourante versera des dépens réduits à l'intimé, qui a agi avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). La Commune de La Baroche n'a pas droit à des dépens. (art. 68 al. 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il concerne la route à l'ouest du bâtiment existant (4A) et la place sise entre les constructions présentes sur les parcelles n os 285 et 290 de la Commune de La Baroche-Fregiécourt; il est confirmé pour le surplus. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour deux tiers (2'000 fr.) à la charge de la recourante et pour un tiers (1'000 fr.) à celle de l'intimé.

3.
Une indemnité de dépens de 1'000 fr. est allouée à l'intimé, à la charge de la recourante.

4.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante et aux mandataires de l'intimé et de la Commune de La Baroche, à la Juge administrative du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura ainsi qu'au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative.

Lausanne, le 20 septembre 2016
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Fonjallaz

Le Greffier : Alvarez