Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 104/2008/ROC/elo
{T 0/2}

Arrêt du 20 juin 2008
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mmes les Juges Merkli, Président,
Hungerbühler, Yersin, Karlen et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Rochat.

Parties

Administration fiscale cantonale genevoise, rue du Stand 26, case postale 3937, 1211 Genève 3,
recourante,

contre

X.________ Sàrl,
intimée, représentée par Me Jean-Marie Faivre, avocat,

Objet
Impôt cantonal et communal 2000 et 2001,

recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 11 décembre 2007.

Faits:

A.
La société X.________ Sàrl (ci-après: la Société), qui est active dans le commerce en gros et la distribution d'antennes, de matériel et d'accessoires s'y rapportant, est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 26 janvier 1999. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 20'000 fr. La Société comptait, comme associé gérant, Y.________, pour une part de 10'000 fr., et deux autres associés gérants détenant chacun une part de 5'000 fr. Y.________ exploite en outre une entreprise individuelle, dont le but est le commerce, la location et la réparation d'appareils radio, télévision, chaîne Hi-Fi.
Sur la base de la déclaration fiscale 2000 de la Société, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration) a notifié, le 23 juillet 2001, un bordereau pour les impôts cantonal et communal 2000 s'élevant à 95 fr. 35, calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr.

Sur la base de la déclaration fiscale 2001 de la Société, l'Administration a notifié, le 19 décembre 2002, un bordereau de 130 fr. 35 pour les impôts cantonal et communal 2001, toujours calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr.

Pour ces deux années, l'Administration a pris en compte les éléments imposables de la Société qui ressortaient de ses comptes et indiquaient un chiffre d'affaires de 2'592'004 fr. 95 en 2000 et de 2'803'596 fr. 99 en 2001.

B.
Le 21 août 2003, l'Administration a informé la Société de l'ouverture d'une procédure de vérification portant sur les périodes fiscales 1999 à 2001, au motif qu'elle avait constaté certaines anomalies dans ses déclarations fiscales.

Après vérifications, un rapport a été établi le 19 décembre 2003 par la direction du contrôle de l'Administration. Selon ce rapport, Y.________ n'aurait déployé aucune activité en 2000 et en 2001 auprès de la Société, de sorte que les montants de 66'000 fr. par an portés aux comptes de celle-ci au titre de salaire versé à Y.________ correspondraient à un dividende déguisé.

Le 15 avril 2004, l'Administration a informé la société qu'elle mettait un terme à la procédure ouverte à son encontre et lui a notifié des rappels d'impôt portant au total sur 16'267 fr. 95 pour 2000 et 21'623 fr. 15 pour 2001. Ces montants correspondaient à des reprises concernant le versement du salaire de Y.________ et la prise en charge de frais privés d'un véhicule. Un bordereau d'amende de 17'229 fr., correspondant à la moitié de l'impôt soustrait, a également été notifié à la Société.

Le 12 mai 2004, la Société a formé une réclamation, contestant les conclusions de l'autorité fiscale au sujet de l'activité déployée par Y.________ et affirmant que celui-ci avait effectivement travaillé pour elle. En revanche, les reprises concernant les frais de véhicule ont été admises. Partant, elle a conclu à l'annulation des bordereaux de rappel d'impôt 2000 et 2001 en matière d'impôt cantonal et communal en tant qu'ils concernaient la reprise et les intérêts de retard relatifs aux salaires versés à Y.________, ainsi qu'à l'annulation de l'amende.

Le 6 septembre 2004, l'Administration a rejeté la réclamation et maintenu les bordereaux contestés, en relevant que les montants versés à Y.________ en 2000 et en 2001 correspondaient à un dividende et devaient donc être imposés comme bénéfice auprès de la Société.

C.
Statuant le 18 juin 2007 sur recours de la Société, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt l'a admis et a annulé les bordereaux 2000 et 2001, ainsi que l'amende. Elle a considéré que l'ouverture de la procédure de vérification à l'encontre de la Société n'était pas justifiée, car l'Administration cherchait ainsi uniquement à obtenir des informations sur un autre contribuable, à savoir Y.________.

Par arrêt du 11 décembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'Administration, au motif que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies.

D.
L'Administration fiscale cantonale, sous la signature d'une collaboratrice juriste, a formé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du 11 décembre 2007, dont elle demande l'annulation, sous suite de frais et dépens.

X.________ conclut au rejet du recours, tout en mettant en doute la qualité de la juriste qui a signé le recours pour engager l'Administration.

L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations.

Donnant suite à la demande de la Juge chargée de l'instruction du 24 avril 2008, le Directeur général de l'Administration a fait parvenir au Tribunal fédéral un document attestant que l'avocate signataire du présent recours a le pouvoir d'engager la recourante.

Considérant en droit:

1.
1.1 Le litige concerne les impôts cantonaux et communaux pour des périodes fiscales 2000 et 2001 et porte sur le bien-fondé d'une reprise d'impôt et d'une amende fiscale prononcées à l'encontre d'une société à responsabilité limitée. La question relève donc de l'imposition des personnes morales et de la possibilité de procéder à un rappel d'impôt, soit de domaines couverts par les titres 3, 5 et 6 chap. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).

1.2 Conformément à l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
LHID, les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral, lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, de cette loi et qu'elles concernent une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001. Cette date correspond au terme du délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la LHID le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de celle-ci (art. 72 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 72 Adeguamento delle legislazioni cantonali - 1 I Cantoni adeguano la loro legislazione alle disposizioni della presente legge per la data della loro entrata in vigore. Nel determinare la data dell'entrata in vigore, la Confederazione tiene conto dei Cantoni; accorda loro di norma un termine di almeno due anni per l'adeguamento della loro legislazione.226
1    I Cantoni adeguano la loro legislazione alle disposizioni della presente legge per la data della loro entrata in vigore. Nel determinare la data dell'entrata in vigore, la Confederazione tiene conto dei Cantoni; accorda loro di norma un termine di almeno due anni per l'adeguamento della loro legislazione.226
2    Dalla loro entrata in vigore, le disposizioni della presente legge si applicano direttamente laddove il diritto fiscale cantonale risulti loro contrario.227
3    Il governo cantonale emana le necessarie disposizioni provvisorie.
LHID; ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss).
1.2.1 En ce qui concerne le rappel d'impôt contesté portant sur l'année 2001, l'Administration a donc qualité pour former un recours en matière de droit public en vertu de l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
LHID, qui constitue une disposition légale accordant un droit de recours au sens de l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF (arrêt 2C 637/2007 du 4 avril 2008, destiné à la publication, consid. 1.4). Déposé en temps utile et dans les formes prescrites, contre une décision finale de dernière instance cantonale (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
, 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
, 86 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
let d et 90 LTF), le présent recours est donc recevable en tant qu'il porte sur la période fiscale 2001.
1.2.2 En revanche, pour la reprise portant sur l'année 2000, soit sur une période fiscale durant laquelle la LHID n'était pas encore obligatoire pour les cantons, la qualité pour recourir de l'Administration ne peut se fonder sur l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 73 Ricorsi - 1 Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
1    Le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti una materia disciplinata nei titoli da secondo a quinto e sesto, capitolo 1, o concernenti il condono dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile, possono essere impugnate con ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005257 sul Tribunale federale.258
2    Legittimati a ricorrere sono il contribuente, l'autorità competente secondo il diritto cantonale e l'Amministrazione federale delle contribuzioni.
3    ...259
LHID, ni sur aucune autre loi fédérale lui accordant un droit de recours. Comme simple unité administrative rattachée à un département cantonal, l'Administration ne saurait non plus fonder sa qualité pour agir sur le droit général de recourir de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF. L'Etat, en tant que détenteur des créances en matière d'impôt, ne peut être assimilé à un particulier. Ainsi, l'autorité inférieure qui participe à une procédure ne peut pas sans autre recourir au Tribunal fédéral contre la décision qui lui donne tort. En effet, n'importe quel intérêt financier de la collectivité publique, lié directement ou indirectement à l'accomplissement d'une tâche d'intérêt public, ne suffit pas, à lui seul, à octroyer à celle-ci le droit général de recourir (ATF 134 II 45 consid. 2.2.1 p. 47 et les références citées; voir aussi arrêt 2C 583/2007 du 6 mars 2008, destiné à la publication, consid. 2.1). Au demeurant, il y a lieu d'interpréter restrictivement l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF, faute de quoi, la
réglementation spécifique du "recours des autorités" figurant à l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF n'aurait plus de sens (arrêt 2C 653/2007 du 22 février 2008, non publié, consid. 1.3).

Par conséquent, contrairement à la période fiscale 2001, la recourante n'a pas qualité pour former un recours en matière de droit public en ce qui concerne la période fiscale 2000, de sorte que le présent recours est irrecevable en tant qu'il porte sur cette période.

2.
Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF), qui comprend les droits constitutionnels (ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst. (ATF 133 II 384 consid. 4.2.2 p. 391, 249 consid. 1.2.2 p. 252) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF).

La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3; 133 IV 150 consid. 1.3).

3.
3.1 Conformément à l'art. 72
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 72 Adeguamento delle legislazioni cantonali - 1 I Cantoni adeguano la loro legislazione alle disposizioni della presente legge per la data della loro entrata in vigore. Nel determinare la data dell'entrata in vigore, la Confederazione tiene conto dei Cantoni; accorda loro di norma un termine di almeno due anni per l'adeguamento della loro legislazione.226
1    I Cantoni adeguano la loro legislazione alle disposizioni della presente legge per la data della loro entrata in vigore. Nel determinare la data dell'entrata in vigore, la Confederazione tiene conto dei Cantoni; accorda loro di norma un termine di almeno due anni per l'adeguamento della loro legislazione.226
2    Dalla loro entrata in vigore, le disposizioni della presente legge si applicano direttamente laddove il diritto fiscale cantonale risulti loro contrario.227
3    Il governo cantonale emana le necessarie disposizioni provvisorie.
LHID si, dans les huit ans qui suivent l'entrée en vigueur de la LHID, les cantons n'ont pas adapté leur législation aux titres deuxième à sixième, le droit fédéral est directement applicable si les dispositions du droit fiscal cantonal s'en écartent (cf. al. 1 et 2). La loi cantonale genevoise sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994, entrée en vigueur le 1er janvier 1995 (RS GE D 3 15), concrétise la LHID, mais ne contient aucune disposition concernant le rappel d'impôt. Avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2002, de la loi sur la procédure fiscale (LPFisc; RS GE D 3 17), le rappel d'impôt et les pénalités qui y sont liées étaient réglementés aux art. 340 ss de la loi générale sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (aLCP), dispositions qui s'appliquaient aussi aux personnes morales. Depuis lors, la question est réglée à l'art. 59 LPFisc, qui reprend pratiquement le texte de l'art. 151
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
2    Il ricupero di imposta non può essere operato, nemmeno nel caso di valutazione insufficiente, se il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e ha giustificato in modo adeguato il capitale proprio, e se l'autorità fiscale ha accettato la valutazione.245
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), fixant les conditions du rappel d'impôt.

En l'espèce, le Tribunal administratif a considéré que les prétentions découlant du rappel d'impôt étaient régies par le droit en vigueur au cours des périodes fiscales litigieuses, sous réserve de l'amende. Il a donc soumis le litige aux règles de l'aLCP en sa teneur antérieure au 1er janvier 2001, en tant qu'il concernait la période fiscale 2000 et a appliqué directement la LHID à la période fiscale 2001, dès lors que la LPFisc n'était pas encore en vigueur. Cette façon de procéder n'ayant pas été critiquée par les parties (art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF), il n'est pas nécessaire de se demander si les dispositions de l'aLCP s'écartaient de l'art. 53
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 53 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
2    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo quindici anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
4    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura di ricupero d'imposta, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.199
LHID au point de justifier l'application de cette dernière disposition à la période fiscale 2001 (art. 72 al. 2
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 72 Adeguamento delle legislazioni cantonali - 1 I Cantoni adeguano la loro legislazione alle disposizioni della presente legge per la data della loro entrata in vigore. Nel determinare la data dell'entrata in vigore, la Confederazione tiene conto dei Cantoni; accorda loro di norma un termine di almeno due anni per l'adeguamento della loro legislazione.226
1    I Cantoni adeguano la loro legislazione alle disposizioni della presente legge per la data della loro entrata in vigore. Nel determinare la data dell'entrata in vigore, la Confederazione tiene conto dei Cantoni; accorda loro di norma un termine di almeno due anni per l'adeguamento della loro legislazione.226
2    Dalla loro entrata in vigore, le disposizioni della presente legge si applicano direttamente laddove il diritto fiscale cantonale risulti loro contrario.227
3    Il governo cantonale emana le necessarie disposizioni provvisorie.
LHID), qui seule peut être examinée par le Tribunal fédéral.

3.2 Selon l'art. 53 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 53 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
2    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo quindici anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
4    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura di ricupero d'imposta, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.199
LHID, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.

L'art. 53 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 53 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
2    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo quindici anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
4    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura di ricupero d'imposta, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.199
1ère phrase LHID a la même teneur que l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
2    Il ricupero di imposta non può essere operato, nemmeno nel caso di valutazione insufficiente, se il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e ha giustificato in modo adeguato il capitale proprio, e se l'autorità fiscale ha accettato la valutazione.245
LIFD, de sorte que la jurisprudence et la doctrine se référant à cette disposition sont également valables pour son application.

3.3 Le rappel d'impôt constitue la perception après coup d'impôts qui n'ont, à tort, pas été perçus dans la cadre de la procédure de taxation (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 265). Il s'agit du pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd. Bâle 2007, p. 486). Comme le rappel d'impôt permet à l'autorité de revenir sur une décision entrée en force, il implique qu'un intérêt important justifie de modifier la taxation définitive (KLAUS A. VALLENDER/MARTIN E. LOOSER, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 5 ad art. 147
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 147 Motivi - 1 Una decisione o sentenza cresciuta in giudicato può essere riveduta a vantaggio del contribuente, a sua domanda o d'ufficio:
1    Una decisione o sentenza cresciuta in giudicato può essere riveduta a vantaggio del contribuente, a sua domanda o d'ufficio:
a  se vengono scoperti fatti rilevanti o mezzi di prova decisivi;
b  se l'autorità giudicante non ha tenuto conto di fatti rilevanti o di mezzi di prova decisivi, che conosceva o doveva conoscere, oppure ha altrimenti violato principi essenziali della procedura;
c  se un crimine o un delitto ha influito sulla decisione o sulla sentenza.
2    La revisione è esclusa se l'istante, ove avesse usato la diligenza che da lui può essere ragionevolmente pretesa, avrebbe potuto far valere già nel corso della procedura ordinaria il motivo di revisione invocato.
3    La revisione delle sentenze del Tribunale federale è disciplinata dalla legge del 17 giugno 2005242 sul Tribunale federale.243
- 153
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 153 Procedura - 1 L'avvio della procedura di ricupero è comunicato per scritto al contribuente.
1    L'avvio della procedura di ricupero è comunicato per scritto al contribuente.
1bis    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.246
2    La procedura non ancora avviata o non ancora conclusa alla morte del contribuente è avviata o proseguita contro gli eredi.
3    Per il resto, sono applicabili per analogia le disposizioni su i principi procedurali, la procedura di tassazione e quella di ricorso.
LIFD, p. 443), à savoir l'existence d'une imposition insuffisante [("Unterbesteuerung"); VALLENDER, op. cit., n. 3 ad art. 53]. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il suppose qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale (HUGO CASANOVA, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 5 et 6 ad art. 151 p. 1353), ainsi que l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque
là, soit les faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (HUGO CASANOVA, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II p. 11). Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêt 2A.300/2006 du 27 février 2007, in RF 62/2007 p. 369, consid. 3.3; voir également VALLENDER/LOOSER, op. cit., n. 5 ad art. 151
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale.
2    Il ricupero di imposta non può essere operato, nemmeno nel caso di valutazione insufficiente, se il contribuente ha presentato una dichiarazione completa e precisa del reddito, della sostanza e dell'utile netto e ha giustificato in modo adeguato il capitale proprio, e se l'autorità fiscale ha accettato la valutazione.245
LIFD p. 486/487 et les références citées). En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la transaction que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (HUGO CASANOVA, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 11 ad art. 151, p. 1355; VALLENDER/ LOOSER, op. cit., n. 8a et 10 ad art. 151, p. 494 et 496; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA Schweizerisches Steuerverfarensrecht: direkte Steuern, in Grundzüge des Steuerrechts, Zurich 2008, n.
15 p. 360).

3.4 En l'espèce, le Tribunal administratif ne s'est pas prononcé sur le bien-fondé des reprises effectuées, ni sur l'amende infligée à la recourante. Il a seulement admis que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôts n'étaient pas réunies. De son côté la recourante soutient qu'au vu des renseignements à sa disposition au moment de la remise de la déclaration d'impôt, elle n'était pas en mesure de s'apercevoir de l'inexactitude de la taxation de la Société. Celle-ci avait en effet déposé une comptabilité dans laquelle elle annonçait des salaires versés à son associé et rien ne permettait alors de soupçonner qu'il s'agissait d'une distribution cachée de dividendes. Ce n'était en effet que lorsqu'elle a examiné les dossiers fiscaux de l'associé gérant majoritaire Y.________ qu'elle se serait rendu compte que ce dernier "n'avait pas de moyens d'existence crédibles sur plusieurs années".
3.4.1 Il n'est pas contesté que les salaires versés à Y.________ apparaissaient clairement dans les comptes d'exploitation et le bilan de l'exercice 2001 de la Société intimée. En l'absence d'indices particuliers, l'Administration pouvait toutefois considérer que la déclaration fiscale 2001 indiquant ces salaires était conforme à la vérité. Elle n'avait donc, à ce moment-là, aucun motif de procéder à un contrôle ou de se mettre en quête de renseignements plus précis. Ce n'est qu'ultérieurement, lorsqu'elle a examiné le dossier de l'associé en cause, qu'elle a constaté que celui-ci n'aurait pas déployé au sein de la Société une activité correspondant aux montants reçus. Avant le contrôle de la situation de l'associé, elle n'avait en effet aucun moyen de se rendre compte si la comptabilité de la Société était erronée et si, en particulier, l'intitulé de certains postes n'était pas correct. Il s'agissait donc bien de faits nouveaux, soit de faits inconnus de l'Administration dans le cadre de la procédure de taxation qui n'ont été découverts qu'à posteriori, ce qui justifiait l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt. A cet égard, la recourante soutient à juste titre que le Tribunal administratif a confondu les motifs d'ouverture
de la procédure de rappel d'impôt, pour laquelle de simples soupçons sont suffisants, avec le bien-fondé matériel de la reprise d'impôt.
3.4.2 La question de savoir si le poste contesté représente un salaire ou une distribution de bénéfice n'a pas été examinée par le Tribunal administratif qui n'a ainsi pas tranché entre les deux versions des faits qui lui ont été présentées au cours de la procédure. La recourante estimait que les salaires perçus par l'associé en cause n'étaient pas liés à une activité au sein de la société pendant la période fiscale litigieuse, dès lors que l'intéressé n'avait ni bureau, ni contrat de travail et n'avait plus été rémunéré depuis 2003. A cela s'ajoutait que les salaires versés étaient sans rapport avec les moyens de la Société et correspondaient à un taux d'activité de 65%, alors que Y.________ dirigeait une entreprise individuelle à plein temps. De son côté, l'intimée a expliqué que ce dernier avait été rémunéré pour le temps considérable qu'il avait consacré au développement de la société lors de sa création, notamment en mettant à jour le catalogue de matériel proposé aux professionnels de la branche et en nouant des contacts avec les clients étrangers, du fait qu'il était le seul à parler l'anglais, l'allemand et l'espagnol; les salaires qui lui avaient été versés avaient d'ailleurs été soumis aux cotisations des assurances
sociales. Le Tribunal administratif a donc reproduit la version des faits des parties, sans procéder à de plus amples investigations, ni en tirer de conclusions claires sur la nature des sommes versées à Y.________. Les seules considérations qu'il en a déduites reposent sur un raisonnement erroné, puisqu'il n'a pas admis que les conditions d'une procédure de rappel d'impôt étaient remplies. Ainsi, le Tribunal administratif n'a pas arrêté les faits de manière suffisante pour déterminer si le poste contesté représente un salaire ou une distribution de bénéfice. Dans ces circonstances, il n'est pas possible au Tribunal fédéral de rectifier ou de compléter d'office les constatations de fait établies par l'autorité précédente (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), de sorte qu'il y a lieu de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il complète les faits, en particulier sur l'activité déployée par Y.________ dans la Société (art. 107 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 107 Sentenza - 1 Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
1    Il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti.
2    Se accoglie il ricorso, giudica esso stesso nel merito o rinvia la causa all'autorità inferiore affinché pronunci una nuova decisione. Può anche rinviare la causa all'autorità che ha deciso in prima istanza.
3    Se ritiene inammissibile un ricorso interposto nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale o dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale, il Tribunale federale prende la decisione di non entrare nel merito entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti. Nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale non è tenuto a rispettare tale termine se la procedura d'estradizione concerne una persona sulla cui domanda d'asilo non è ancora stata pronunciata una decisione finale passata in giudicato.97
4    Sui ricorsi interposti contro le decisioni del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195419 sui brevetti, il Tribunale federale decide entro un mese dalla presentazione del ricorso.98
LTF).
3.4.3 Il s'ensuit que le recours doit être admis en tant qu'il porte sur la période fiscale 2001, l'arrêt attaqué étant annulé sur ce point et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.

4.
Au vu de ce qui précède, la recourante n'obtient que partiellement gain de cause, de sorte qu'il y a lieu de mettre à sa charge la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
et 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF), l'autre moitié étant supportée par la Société intimée (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). La recourante versera en outre à l'intimée une indemnité réduite à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). La question des frais et dépens devant le Tribunal administratif est laissée au soin de cette juridiction (art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
et 68 al. 5
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours portant sur l'année fiscale 2000 est irrecevable et l'arrêt attaqué est confirmé en ce qui concerne cette période.
Le recours portant sur l'année fiscale 2001 est admis; l'arrêt attaqué est annulé en ce qui concerne cette période et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la re-courante et de l'intimée, par moitié chacune.

3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

4.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au mandataire de l'intimée, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.

Lausanne, le 20 juin 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Merkli Rochat