Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 104/2008/ROC/elo
{T 0/2}

Arrêt du 20 juin 2008
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mmes les Juges Merkli, Président,
Hungerbühler, Yersin, Karlen et Aubry Girardin.
Greffière: Mme Rochat.

Parties

Administration fiscale cantonale genevoise, rue du Stand 26, case postale 3937, 1211 Genève 3,
recourante,

contre

X.________ Sàrl,
intimée, représentée par Me Jean-Marie Faivre, avocat,

Objet
Impôt cantonal et communal 2000 et 2001,

recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 11 décembre 2007.

Faits:

A.
La société X.________ Sàrl (ci-après: la Société), qui est active dans le commerce en gros et la distribution d'antennes, de matériel et d'accessoires s'y rapportant, est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 26 janvier 1999. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 20'000 fr. La Société comptait, comme associé gérant, Y.________, pour une part de 10'000 fr., et deux autres associés gérants détenant chacun une part de 5'000 fr. Y.________ exploite en outre une entreprise individuelle, dont le but est le commerce, la location et la réparation d'appareils radio, télévision, chaîne Hi-Fi.
Sur la base de la déclaration fiscale 2000 de la Société, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration) a notifié, le 23 juillet 2001, un bordereau pour les impôts cantonal et communal 2000 s'élevant à 95 fr. 35, calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr.

Sur la base de la déclaration fiscale 2001 de la Société, l'Administration a notifié, le 19 décembre 2002, un bordereau de 130 fr. 35 pour les impôts cantonal et communal 2001, toujours calculé sur un bénéfice imposable de 0 fr. et un capital imposable de 20'000 fr.

Pour ces deux années, l'Administration a pris en compte les éléments imposables de la Société qui ressortaient de ses comptes et indiquaient un chiffre d'affaires de 2'592'004 fr. 95 en 2000 et de 2'803'596 fr. 99 en 2001.

B.
Le 21 août 2003, l'Administration a informé la Société de l'ouverture d'une procédure de vérification portant sur les périodes fiscales 1999 à 2001, au motif qu'elle avait constaté certaines anomalies dans ses déclarations fiscales.

Après vérifications, un rapport a été établi le 19 décembre 2003 par la direction du contrôle de l'Administration. Selon ce rapport, Y.________ n'aurait déployé aucune activité en 2000 et en 2001 auprès de la Société, de sorte que les montants de 66'000 fr. par an portés aux comptes de celle-ci au titre de salaire versé à Y.________ correspondraient à un dividende déguisé.

Le 15 avril 2004, l'Administration a informé la société qu'elle mettait un terme à la procédure ouverte à son encontre et lui a notifié des rappels d'impôt portant au total sur 16'267 fr. 95 pour 2000 et 21'623 fr. 15 pour 2001. Ces montants correspondaient à des reprises concernant le versement du salaire de Y.________ et la prise en charge de frais privés d'un véhicule. Un bordereau d'amende de 17'229 fr., correspondant à la moitié de l'impôt soustrait, a également été notifié à la Société.

Le 12 mai 2004, la Société a formé une réclamation, contestant les conclusions de l'autorité fiscale au sujet de l'activité déployée par Y.________ et affirmant que celui-ci avait effectivement travaillé pour elle. En revanche, les reprises concernant les frais de véhicule ont été admises. Partant, elle a conclu à l'annulation des bordereaux de rappel d'impôt 2000 et 2001 en matière d'impôt cantonal et communal en tant qu'ils concernaient la reprise et les intérêts de retard relatifs aux salaires versés à Y.________, ainsi qu'à l'annulation de l'amende.

Le 6 septembre 2004, l'Administration a rejeté la réclamation et maintenu les bordereaux contestés, en relevant que les montants versés à Y.________ en 2000 et en 2001 correspondaient à un dividende et devaient donc être imposés comme bénéfice auprès de la Société.

C.
Statuant le 18 juin 2007 sur recours de la Société, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt l'a admis et a annulé les bordereaux 2000 et 2001, ainsi que l'amende. Elle a considéré que l'ouverture de la procédure de vérification à l'encontre de la Société n'était pas justifiée, car l'Administration cherchait ainsi uniquement à obtenir des informations sur un autre contribuable, à savoir Y.________.

Par arrêt du 11 décembre 2007, le Tribunal administratif a rejeté le recours de l'Administration, au motif que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies.

D.
L'Administration fiscale cantonale, sous la signature d'une collaboratrice juriste, a formé un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif du 11 décembre 2007, dont elle demande l'annulation, sous suite de frais et dépens.

X.________ conclut au rejet du recours, tout en mettant en doute la qualité de la juriste qui a signé le recours pour engager l'Administration.

L'Administration fédérale des contributions a renoncé à déposer des observations.

Donnant suite à la demande de la Juge chargée de l'instruction du 24 avril 2008, le Directeur général de l'Administration a fait parvenir au Tribunal fédéral un document attestant que l'avocate signataire du présent recours a le pouvoir d'engager la recourante.

Considérant en droit:

1.
1.1 Le litige concerne les impôts cantonaux et communaux pour des périodes fiscales 2000 et 2001 et porte sur le bien-fondé d'une reprise d'impôt et d'une amende fiscale prononcées à l'encontre d'une société à responsabilité limitée. La question relève donc de l'imposition des personnes morales et de la possibilité de procéder à un rappel d'impôt, soit de domaines couverts par les titres 3, 5 et 6 chap. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).

1.2 Conformément à l'art. 73 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID, les décisions cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral, lorsqu'elles portent sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, de cette loi et qu'elles concernent une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001. Cette date correspond au terme du délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la LHID le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de celle-ci (art. 72 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
LHID; ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss).
1.2.1 En ce qui concerne le rappel d'impôt contesté portant sur l'année 2001, l'Administration a donc qualité pour former un recours en matière de droit public en vertu de l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID, qui constitue une disposition légale accordant un droit de recours au sens de l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF (arrêt 2C 637/2007 du 4 avril 2008, destiné à la publication, consid. 1.4). Déposé en temps utile et dans les formes prescrites, contre une décision finale de dernière instance cantonale (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
, 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
, 86 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
let d et 90 LTF), le présent recours est donc recevable en tant qu'il porte sur la période fiscale 2001.
1.2.2 En revanche, pour la reprise portant sur l'année 2000, soit sur une période fiscale durant laquelle la LHID n'était pas encore obligatoire pour les cantons, la qualité pour recourir de l'Administration ne peut se fonder sur l'art. 73 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
1    Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
2    Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
3    ...256
LHID, ni sur aucune autre loi fédérale lui accordant un droit de recours. Comme simple unité administrative rattachée à un département cantonal, l'Administration ne saurait non plus fonder sa qualité pour agir sur le droit général de recourir de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF. L'Etat, en tant que détenteur des créances en matière d'impôt, ne peut être assimilé à un particulier. Ainsi, l'autorité inférieure qui participe à une procédure ne peut pas sans autre recourir au Tribunal fédéral contre la décision qui lui donne tort. En effet, n'importe quel intérêt financier de la collectivité publique, lié directement ou indirectement à l'accomplissement d'une tâche d'intérêt public, ne suffit pas, à lui seul, à octroyer à celle-ci le droit général de recourir (ATF 134 II 45 consid. 2.2.1 p. 47 et les références citées; voir aussi arrêt 2C 583/2007 du 6 mars 2008, destiné à la publication, consid. 2.1). Au demeurant, il y a lieu d'interpréter restrictivement l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF, faute de quoi, la
réglementation spécifique du "recours des autorités" figurant à l'art. 89 al. 2 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF n'aurait plus de sens (arrêt 2C 653/2007 du 22 février 2008, non publié, consid. 1.3).

Par conséquent, contrairement à la période fiscale 2001, la recourante n'a pas qualité pour former un recours en matière de droit public en ce qui concerne la période fiscale 2000, de sorte que le présent recours est irrecevable en tant qu'il porte sur cette période.

2.
Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF), qui comprend les droits constitutionnels (ATF 133 III 446 consid. 3.1 p. 447). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. (ATF 133 II 384 consid. 4.2.2 p. 391, 249 consid. 1.2.2 p. 252) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF).

La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3; 133 IV 150 consid. 1.3).

3.
3.1 Conformément à l'art. 72
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
LHID si, dans les huit ans qui suivent l'entrée en vigueur de la LHID, les cantons n'ont pas adapté leur législation aux titres deuxième à sixième, le droit fédéral est directement applicable si les dispositions du droit fiscal cantonal s'en écartent (cf. al. 1 et 2). La loi cantonale genevoise sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994, entrée en vigueur le 1er janvier 1995 (RS GE D 3 15), concrétise la LHID, mais ne contient aucune disposition concernant le rappel d'impôt. Avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2002, de la loi sur la procédure fiscale (LPFisc; RS GE D 3 17), le rappel d'impôt et les pénalités qui y sont liées étaient réglementés aux art. 340 ss de la loi générale sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (aLCP), dispositions qui s'appliquaient aussi aux personnes morales. Depuis lors, la question est réglée à l'art. 59 LPFisc, qui reprend pratiquement le texte de l'art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), fixant les conditions du rappel d'impôt.

En l'espèce, le Tribunal administratif a considéré que les prétentions découlant du rappel d'impôt étaient régies par le droit en vigueur au cours des périodes fiscales litigieuses, sous réserve de l'amende. Il a donc soumis le litige aux règles de l'aLCP en sa teneur antérieure au 1er janvier 2001, en tant qu'il concernait la période fiscale 2000 et a appliqué directement la LHID à la période fiscale 2001, dès lors que la LPFisc n'était pas encore en vigueur. Cette façon de procéder n'ayant pas été critiquée par les parties (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF), il n'est pas nécessaire de se demander si les dispositions de l'aLCP s'écartaient de l'art. 53
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID au point de justifier l'application de cette dernière disposition à la période fiscale 2001 (art. 72 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
LHID), qui seule peut être examinée par le Tribunal fédéral.

3.2 Selon l'art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
LHID, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.

L'art. 53 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 53 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être, qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Un rappel d'impôt est exclu lorsqu'il n'y a que sous-évaluation des éléments imposables.
2    Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée alors qu'elle aurait dû l'être ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
3    Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.
4    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.196
1ère phrase LHID a la même teneur que l'art. 151 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD, de sorte que la jurisprudence et la doctrine se référant à cette disposition sont également valables pour son application.

3.3 Le rappel d'impôt constitue la perception après coup d'impôts qui n'ont, à tort, pas été perçus dans la cadre de la procédure de taxation (ATF 121 II 257 consid. 4b p. 265). Il s'agit du pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd. Bâle 2007, p. 486). Comme le rappel d'impôt permet à l'autorité de revenir sur une décision entrée en force, il implique qu'un intérêt important justifie de modifier la taxation définitive (KLAUS A. VALLENDER/MARTIN E. LOOSER, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, DBG, 2ème éd. Bâle 2008, n. 5 ad art. 147
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 147 Motifs - 1 Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
1    Une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office:
a  lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts;
b  lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles essentielles de la procédure;
c  lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé.
2    La révision est exclue lorsque le requérant a invoqué des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui.
3    La révision des arrêts du Tribunal fédéral est régie par la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral242.243
- 153
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1    Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
1bis    Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
2    Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
3    Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.
LIFD, p. 443), à savoir l'existence d'une imposition insuffisante [("Unterbesteuerung"); VALLENDER, op. cit., n. 3 ad art. 53]. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il suppose qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale (HUGO CASANOVA, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 5 et 6 ad art. 151 p. 1353), ainsi que l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque
là, soit les faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (HUGO CASANOVA, Le rappel d'impôt, in RDAF 1999 II p. 11). Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêt 2A.300/2006 du 27 février 2007, in RF 62/2007 p. 369, consid. 3.3; voir également VALLENDER/LOOSER, op. cit., n. 5 ad art. 151
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
1    Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
2    Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245
LIFD p. 486/487 et les références citées). En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la transaction que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (HUGO CASANOVA, in Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, n. 11 ad art. 151, p. 1355; VALLENDER/ LOOSER, op. cit., n. 8a et 10 ad art. 151, p. 494 et 496; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA Schweizerisches Steuerverfarensrecht: direkte Steuern, in Grundzüge des Steuerrechts, Zurich 2008, n.
15 p. 360).

3.4 En l'espèce, le Tribunal administratif ne s'est pas prononcé sur le bien-fondé des reprises effectuées, ni sur l'amende infligée à la recourante. Il a seulement admis que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôts n'étaient pas réunies. De son côté la recourante soutient qu'au vu des renseignements à sa disposition au moment de la remise de la déclaration d'impôt, elle n'était pas en mesure de s'apercevoir de l'inexactitude de la taxation de la Société. Celle-ci avait en effet déposé une comptabilité dans laquelle elle annonçait des salaires versés à son associé et rien ne permettait alors de soupçonner qu'il s'agissait d'une distribution cachée de dividendes. Ce n'était en effet que lorsqu'elle a examiné les dossiers fiscaux de l'associé gérant majoritaire Y.________ qu'elle se serait rendu compte que ce dernier "n'avait pas de moyens d'existence crédibles sur plusieurs années".
3.4.1 Il n'est pas contesté que les salaires versés à Y.________ apparaissaient clairement dans les comptes d'exploitation et le bilan de l'exercice 2001 de la Société intimée. En l'absence d'indices particuliers, l'Administration pouvait toutefois considérer que la déclaration fiscale 2001 indiquant ces salaires était conforme à la vérité. Elle n'avait donc, à ce moment-là, aucun motif de procéder à un contrôle ou de se mettre en quête de renseignements plus précis. Ce n'est qu'ultérieurement, lorsqu'elle a examiné le dossier de l'associé en cause, qu'elle a constaté que celui-ci n'aurait pas déployé au sein de la Société une activité correspondant aux montants reçus. Avant le contrôle de la situation de l'associé, elle n'avait en effet aucun moyen de se rendre compte si la comptabilité de la Société était erronée et si, en particulier, l'intitulé de certains postes n'était pas correct. Il s'agissait donc bien de faits nouveaux, soit de faits inconnus de l'Administration dans le cadre de la procédure de taxation qui n'ont été découverts qu'à posteriori, ce qui justifiait l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt. A cet égard, la recourante soutient à juste titre que le Tribunal administratif a confondu les motifs d'ouverture
de la procédure de rappel d'impôt, pour laquelle de simples soupçons sont suffisants, avec le bien-fondé matériel de la reprise d'impôt.
3.4.2 La question de savoir si le poste contesté représente un salaire ou une distribution de bénéfice n'a pas été examinée par le Tribunal administratif qui n'a ainsi pas tranché entre les deux versions des faits qui lui ont été présentées au cours de la procédure. La recourante estimait que les salaires perçus par l'associé en cause n'étaient pas liés à une activité au sein de la société pendant la période fiscale litigieuse, dès lors que l'intéressé n'avait ni bureau, ni contrat de travail et n'avait plus été rémunéré depuis 2003. A cela s'ajoutait que les salaires versés étaient sans rapport avec les moyens de la Société et correspondaient à un taux d'activité de 65%, alors que Y.________ dirigeait une entreprise individuelle à plein temps. De son côté, l'intimée a expliqué que ce dernier avait été rémunéré pour le temps considérable qu'il avait consacré au développement de la société lors de sa création, notamment en mettant à jour le catalogue de matériel proposé aux professionnels de la branche et en nouant des contacts avec les clients étrangers, du fait qu'il était le seul à parler l'anglais, l'allemand et l'espagnol; les salaires qui lui avaient été versés avaient d'ailleurs été soumis aux cotisations des assurances
sociales. Le Tribunal administratif a donc reproduit la version des faits des parties, sans procéder à de plus amples investigations, ni en tirer de conclusions claires sur la nature des sommes versées à Y.________. Les seules considérations qu'il en a déduites reposent sur un raisonnement erroné, puisqu'il n'a pas admis que les conditions d'une procédure de rappel d'impôt étaient remplies. Ainsi, le Tribunal administratif n'a pas arrêté les faits de manière suffisante pour déterminer si le poste contesté représente un salaire ou une distribution de bénéfice. Dans ces circonstances, il n'est pas possible au Tribunal fédéral de rectifier ou de compléter d'office les constatations de fait établies par l'autorité précédente (art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), de sorte qu'il y a lieu de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il complète les faits, en particulier sur l'activité déployée par Y.________ dans la Société (art. 107 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF).
3.4.3 Il s'ensuit que le recours doit être admis en tant qu'il porte sur la période fiscale 2001, l'arrêt attaqué étant annulé sur ce point et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.

4.
Au vu de ce qui précède, la recourante n'obtient que partiellement gain de cause, de sorte qu'il y a lieu de mettre à sa charge la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 4
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF), l'autre moitié étant supportée par la Société intimée (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). La recourante versera en outre à l'intimée une indemnité réduite à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). La question des frais et dépens devant le Tribunal administratif est laissée au soin de cette juridiction (art. 67
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 67 Frais de la procédure antérieure - Si le Tribunal fédéral modifie la décision attaquée, il peut répartir autrement les frais de la procédure antérieure.
et 68 al. 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Le recours portant sur l'année fiscale 2000 est irrecevable et l'arrêt attaqué est confirmé en ce qui concerne cette période.
Le recours portant sur l'année fiscale 2001 est admis; l'arrêt attaqué est annulé en ce qui concerne cette période et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la re-courante et de l'intimée, par moitié chacune.

3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.

4.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au mandataire de l'intimée, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.

Lausanne, le 20 juin 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:

Merkli Rochat