Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 508/2014

2C 509/2014

{T 0/2}

Arrêt du 20 février 2015

IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Stadelmann.
Greffier: M. Tissot-Daguette.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Daniel Schafer et Me Arnaud Martin, avocats,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
2C 508/2014
Impôts cantonal et communal 2006, 2007 et 2009; soustraction d'impôt, amendes,

2C 509/2014
Impôt fédéral direct 2006, 2007 et 2009; soustraction d'impôt, amendes,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, du 1er avril 2014.

Faits :

A.
A.X.________ SA (d'avril 2005 à janvier 2007: B.X.________ SA, actuellement: X.________ SA) est une société anonyme ayant son siège à Genève et inscrite au registre du commerce de ce canton depuis le 3 avril 1996. Son but statutaire est la gestion de fortune et conseils financiers; transactions financières; toutes activités en qualité de trustee, cotrustee, exécuteur testamentaire, fiduciaire et mandataire général; acquisition, vente et gestion de participations dans d'autres sociétés. Jusqu'en juillet 2011, Y.________ a successivement été administrateur délégué puis, dès octobre 2004, administrateur président de la société, avec signature collective à deux. Il a en particulier cosigné les déclarations fiscales des années 2006 à 2009 de la société. Cette dernière est une filiale à 100% du groupe C.________ AG, société anonyme ayant depuis février 2007 son siège à H.________, dans le canton de Zoug.

Auparavant, depuis août 1998, C.________ AG avait son siège dans le canton de Schwyz, sous la raison sociale Z.________ AG. Cette société a quant à elle pour but l'achat, la vente ainsi que l'administration de participations suisses et étrangères. Elle peut acquérir, grever et aliéner des biens immobiliers. Depuis une augmentation de capital survenue en décembre 2005, elle détient des actions de plusieurs sociétés, qui ont leur siège à Genève, à Tortola dans les Iles Vierges Britanniques, ainsi qu'au Luxembourg.

La société D.________ Limited est également une filiale à 100% du groupe C.________ AG. Elle a son siège à Tortola où elle ne dispose pas de personnel. En décembre 2009, cette société a absorbé la société E.________ Limited, dont le siège était aussi à Tortola. Cette dernière était, entre 2006 et 2009, une filiale à 100% du groupe C.________ AG et ne disposait pas non plus de personnel à son siège. L'activité des sociétés D.________ Limited et E.________ Limited était exercée dans leurs succursales de Moscou et de Saint-Pétersbourg. Le groupe C.________ AG détient également à 100% une autre filiale, la société F.________ AG, dont le siège principal est à Zurich (société radiée du registre du commerce du canton de Zurich en 2014, suite à sa fusion avec la G.________ SA avec siège à Genève). Y.________ a été, entre décembre 2005 et mai 2007, administrateur de F.________ AG, avec signature collective à deux, et ensuite jusqu'en septembre 2007, vice-président du conseil d'administration, avec signature collective à deux. Entre septembre 2007 et octobre 2011, il a été gérant de F.________ AG avec signature collective à deux.

B.
En février 2009, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a procédé à une révision des comptes de A.X.________ SA en relation avec l'impôt anticipé. Dans le cadre de cette révision, elle a appris que C.________ AG exerçait, depuis la Suisse, notamment par l'intermédiaire de A.X.________ SA, une haute surveillance sur les activités déployées par les sociétés apparentées offshore D.________ Limited et E.________ Limited et leurs succursales. A.X.________ SA exerçait également, au besoin, des activités de controlling en matière financière et offrait son support dans les domaines de la comptabilité et de la gestion des ressources humaines. L'Administration fédérale a constaté que les prix de transfert pour les services intragroupe faisaient défaut. Elle a chiffré l'absence de rémunération pour les services rendus par A.X.________ SA à D.________ Limited et E.________ Limited, pour les années 2006 à 2008, à un montant total de 6'811'091 fr. Le 29 janvier 2010 A.X.________ SA a conclu un accord avec l'Administration fédérale (ruling) tendant à fixer une rémunération adéquate des services qu'elle fournissait à ses sociétés soeurs dès le 1er janvier 2009.

Suite à une communication de l'Administration fédérale, l'Administration fiscale cantonal de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a procédé à un rappel d'impôts et ouvert une procédure pénale en soustraction fiscale pour l'impôt fédéral direct (ci-après: l'IFD) ainsi que pour les impôts cantonal et communal (ci-après: l'ICC) des années 2006, 2007 et 2009. Les reprises sur le bénéfice pour les années 2006 à 2008 s'élevaient à respectivement 1'054'592 fr., 3'014'742 fr. et 2'741'757 fr. (cette dernière reprise ayant également une incidence sur la taxation 2009, en ce qu'elle diminuait la perte reportée et augmentait le bénéfice). Le 14 avril 2011 A.X.________ SA a admis les montants des reprises sur le bénéfice et accepté l'émission des bordereaux rectificatifs y relatifs. Ceux-ci ont été émis le 18 mai 2011.

C.
Dans son courrier du 14 avril 2011 adressé à l'Administration fiscale cantonale, A.X.________ SA a toutefois contesté avoir commis une soustraction fiscale. Le 18 mai 2011, l'Administration fiscale cantonale a établi deux bordereaux "amende". L'amende relative à l'IFD 2006, 2007 et 2009 s'élevait à 428'417 fr. et celle relative à l'ICC 2006, 2007 et 2009 à 1'163'477 fr. Ces deux montants correspondaient à une fois la somme totale des suppléments d'impôt dus pour ces trois années. A.X.________ SA a élevé réclamation contre ces amendes. Par décision sur réclamation du 16 avril 2012, l'Administration fiscale cantonale a confirmé les amendes sur leur principe, mais réduit leur quotité à 0,75 fois le montant des impôts soustraits, prenant en compte la bonne collaboration et la régulation des opérations intragroupe. La société a interjeté recours contre ce prononcé. Le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a rejeté le recours par jugement du 22 avril 2013. A.X.________ SA a contesté cette décision le 29 mai 2013 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de
justice).

Dans un arrêt du 1er avril 2014, la Cour de justice a rejeté le recours de la société A.X.________ SA. Elle a jugé que la différence entre le montant d'impôt des taxations définitives et le montant qui aurait dû être effectivement perçu constituait une soustraction. En outre, en n'annonçant pas les rémunérations pour les services rendus, la société avait violé son obligation de déclarer tous les éléments du bénéfice imposable. La Cour de justice a considéré que les organes dirigeants de A.X.________ SA, et en particulier Y.________, avaient envisagé et accepté qu'une soustraction fiscale se réalise, agissant ainsi à tout le moins par dol éventuel. Elle a finalement confirmé la quotité de l'amende et exclu que celle-ci viole le principe ne bis in idem, la procédure conduisant à la perception de l'impôt anticipé n'ayant pas le même objet que celle relative aux amendes fiscales.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 1er avril 2014 et de constater qu'elle n'a commis aucune soustraction fiscale en relation avec les périodes fiscales 2006, 2007, 2008 et 2009. Elle se plaint en particulier de violation du droit fédéral et du principe de l'interdiction de la double peine.

La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale concluent au rejet du recours. Dans des observations finales, A.X.________ SA persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit :

1.
La Cour de justice a rendu un seul arrêt concernant les amendes pour les périodes fiscales 2006, 2007 et 2009 s'agissant de l'ICC et de l'IFD. Partant, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir présenté une seule écriture et pris des conclusions valant pour les amendes tant en matière d'ICC et d'IFD (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C 509/2014), l'autre l'ICC (2C 508/2014). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent en partie, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 71 - Wo dieses Gesetz keine besonderen Bestimmungen über das Verfahren enthält, sind die Vorschriften des BZP30 sinngemäss anwendbar.
LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.

2.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) rendue dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
et 46 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 46 Stillstand - 1 Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
1    Gesetzlich oder richterlich nach Tagen bestimmte Fristen stehen still:
a  vom siebenten Tag vor Ostern bis und mit dem siebenten Tag nach Ostern;
b  vom 15. Juli bis und mit dem 15. August;
c  vom 18. Dezember bis und mit dem 2. Januar.
2    Absatz 1 gilt nicht in Verfahren betreffend:
a  die aufschiebende Wirkung und andere vorsorgliche Massnahmen;
b  die Wechselbetreibung;
c  Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c);
d  die internationale Rechtshilfe in Strafsachen und die internationale Amtshilfe in Steuersachen;
e  die öffentlichen Beschaffungen.18
let. a LTF) par la contribuable destinataire de la décision attaquée, qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF), il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. art. 146
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 146 - Gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen kann nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005241 beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist auch die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer berechtigt.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11], art. 73
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 73 Beschwerde - 1 Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
1    Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 Kapitel 1 geregelte Materie oder den Erlass der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer betreffen, unterliegen nach Massgabe des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005253 der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht.254
2    Beschwerdebefugt sind die Steuerpflichtigen, die nach kantonalem Recht zuständige Behörde und die Eidgenössische Steuerverwaltung.
3    ...255
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]; ATF 134 II 186 consid. 1.3 p. 188 s.).

2.2. Aux termes de l'art. 42 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
LTF, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. De simples renvois à des écritures antérieures ou au dossier ne sont pas admissibles (ATF 133 II 396 consid. 3.2 p. 399 s.; arrêt 4A 709/2011 du 30 mai 2012 consid. 1.1). Par conséquent, en tant que la recourante fait référence à la motivation tenue devant des instances précédentes, il n'en sera pas tenu compte.

2.3. D'après la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être portée devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (arrêts 2C 319/2009 du 26 janvier 2010 consid. 2.2, non publié in ATF 136 II 241; 2D 144/2008 du 23 mars 2009 consid. 3 et 2C 669/2008 du 8 décembre 2008 consid. 4.1 et les références citées) et par les conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 107 Entscheid - 1 Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
1    Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen.
2    Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat.
3    Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen oder der internationalen Amtshilfe in Steuersachen als unzulässig, so fällt es den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels. Auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen ist es nicht an diese Frist gebunden, wenn das Auslieferungsverfahren eine Person betrifft, gegen deren Asylgesuch noch kein rechtskräftiger Endentscheid vorliegt.96
4    Über Beschwerden gegen Entscheide des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195497 entscheidet das Bundesgericht innerhalb eines Monats nach Anhebung der Beschwerde.98
LTF). En l'espèce, la décision attaquée portant exclusivement sur la soustraction d'impôt commise durant les années fiscales 2006, 2007 et 2009, le litige ne saurait s'étendre à une autre période fiscale que celles-ci, soit en l'occurrence à l'année 2008. La conclusion de la recourante à ce propos doit être déclarée irrecevable.

2.4. Selon un principe général de procédure, les conclusions en constatation de droit ne sont recevables que lorsque des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues. Sauf situations particulières, les conclusions constatatoires ont donc un caractère subsidiaire (cf. ATF 135 I 119 consid. 4 p. 122; arrêts 2C 490/2014 du 26 novembre 2014 consid. 1.2; 2C 199/2010 du 12 avril 2011 consid. 3.3, non publié in ATF 137 II 383). Dans la mesure où la recourante conclut, parallèlement à l'annulation de l'arrêt du 1er avril 2014 de la Cour de justice, à ce qu'il soit constaté "que A.X.________ SA n'a commis aucune soustraction fiscale en relation avec les périodes fiscales 2006, 2007, 2008 et 2009", elle formule une conclusion constatatoire qui est irrecevable.

3.

3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.3 p. 254 s.). La notion de "manifestement inexacte" correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
Cst. (ATF 136 II 447 consid. 2.1 p. 450).

Par conséquent, et même si la recourante affirme que l'état de fait résumé par la Cour de justice est correct, en tant que celle-ci avance un nombre important d'éléments de fait ne ressortant pas de l'arrêt attaqué, sans exposer en quoi les conditions qui viennent d'être rappelées seraient réunies, il n'en sera pas tenu compte.

3.2. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté (cf. art. 99 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 99 - 1 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
1    Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt.
2    Neue Begehren sind unzulässig.
LTF). Les documents remis par la recourante en annexe de son mémoire et nommés "pièces nouvelles" sont des moyens de preuve nouveaux et par conséquent irrecevables.

4.
La recourante estime que c'est à tort que son comportement a été considéré comme illicite par la Cour de justice. Elle exclut également toute culpabilité et invoque une violation du principe de l'interdiction de la double peine ainsi que de l'art. 54
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP.

Les décisions portant sur le rappel d'impôt pour les années 2006, 2007 et 2009 n'ayant pas été contestées par la recourante, seule reste donc litigieuse la question de la soustraction fiscale pour ces trois années. Il convient ainsi d'examiner si la recourante remplit les conditions objectives et subjectives de cette infraction. Le cas échéant, il s'agira encore de déterminer si la condamnation à cette contravention constitue une violation du principe ne bis in idemet s'il peut être renoncé à la peine en raison de l'atteinte subie par l'auteur.

I. Impôt fédéral direct

5.

5.1. Aux termes de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD). Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (arrêt 2C 664/2008 du 4 février 2009 consid. 2, non publié in ATF 135 II 86).

5.2. L'existence et le montant du dommage ne sont à juste titre pas contestés par la recourante. Il ressort des faits retenus par les juges cantonaux que celle-ci n'a pas déclaré un montant total de 6'811'091 fr. de prestations effectuées pour des sociétés soeurs durant les années fiscales 2006 à 2008. Cette somme n'ayant pas été prise en compte comme bénéfice, il existe manifestement une différence entre les montants d'impôt figurant dans les décisions de taxation entrées en force pour les années en cause et les montants qui auraient effectivement dû être perçus.

5.3. La recourante nie en premier lieu avoir violé une obligation légale. Elle soutient en particulier que dans un tel cas, il ne lui était pratiquement pas possible de déclarer à temps les prestations effectuées en faveur de ses sociétés soeurs et qu'il ne saurait être question de soustraction fiscale lorsque le principe de pleine concurrence est violé sans que le droit comptable n'ait été transgressé.

5.3.1. L'art. 57
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 57 - Gegenstand der Gewinnsteuer ist der Reingewinn.
LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. D'après l'art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Il s'ensuit que le bénéfice imposable est, sous réserve des règles correctrices prévues notamment par l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
et c LIFD, celui qui ressort de la comptabilité commerciale, dont le contenu, pour autant qu'il soit conforme au droit commercial, est contraignant pour l'autorité fiscale en vertu du principe de l'autorité du bilan commercial ("Massgeblichkeitsprinzip"), si bien que, pour autant que les autres conditions soient remplies, une soustraction est commise dès qu'il y a irrégularité dans la comptabilité (cf. ATF 135 II 86 consid. 3.1 p. 88).

Le bénéfice net comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
in fine LIFD). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêts 2C 30/2010 du 19 mai 2010 consid. 2.1 et 2C 788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et les références citées). Les transactions internationales entre sociétés du même groupe doivent correspondre à ce qui se ferait entre tiers. Même s'il n'est pas toujours facile de déterminer les
prix de transfert pour ces opérations au sein d'un groupe, ceux-ci ne peuvent être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre ou à égaliser les résultats des sociétés (arrêts 2C 724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 7.1, in RDAF 2012 II 37; 2C 788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).

5.3.2. En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (cf. arrêt 2C 620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1). Le présent litige porte sur les périodes fiscales 2006 à 2009 (l'année fiscale 2008 n'est pas concernée par l'infraction de soustraction fiscale, mais par une éventuelle violation du droit comptable ayant entraîné un report de pertes erroné en 2009). C'est par conséquent le droit comptable antérieur à la révision du 23 décembre 2011 (RO 2012 6679) qui est applicable.

La comptabilisation est soumise à un certain nombre de principes, dont on présentera brièvement notamment les suivants. Le principe de sincérité représente l'un des buts même des comptes annuels, comme cela ressort de l'exigence de transparence figurant à l'ancien art. 959
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 959 - 1 Die Bilanz stellt die Vermögens- und Finanzierungslage des Unternehmens am Bilanzstichtag dar. Sie gliedert sich in Aktiven und Passiven.
1    Die Bilanz stellt die Vermögens- und Finanzierungslage des Unternehmens am Bilanzstichtag dar. Sie gliedert sich in Aktiven und Passiven.
2    Als Aktiven müssen Vermögenswerte bilanziert werden, wenn aufgrund vergangener Ereignisse über sie verfügt werden kann, ein Mittelzufluss wahrscheinlich ist und ihr Wert verlässlich geschätzt werden kann. Andere Vermögenswerte dürfen nicht bilanziert werden.
3    Als Umlaufvermögen müssen die flüssigen Mittel bilanziert werden sowie andere Aktiven, die voraussichtlich innerhalb eines Jahres ab Bilanzstichtag oder innerhalb des normalen Geschäftszyklus zu flüssigen Mitteln werden oder anderweitig realisiert werden. Als Anlagevermögen müssen alle übrigen Aktiven bilanziert werden.
4    Als Passiven müssen das Fremd- und das Eigenkapital bilanziert werden.
5    Verbindlichkeiten müssen als Fremdkapital bilanziert werden, wenn sie durch vergangene Ereignisse bewirkt wurden, ein Mittelabfluss wahrscheinlich ist und ihre Höhe verlässlich geschätzt werden kann.
6    Als kurzfristig müssen die Verbindlichkeiten bilanziert werden, die voraussichtlich innerhalb eines Jahres ab Bilanzstichtag oder innerhalb des normalen Geschäftszyklus zur Zahlung fällig werden. Als langfristig müssen alle übrigen Verbindlichkeiten bilanziert werden.
7    Das Eigenkapital ist der Rechtsform entsprechend auszuweisen und zu gliedern.
CO. En vertu de la sincérité matérielle, il est ainsi interdit d'omettre purement et simplement un actif dans les comptes pour créer une réserve latente (cf. Pierre-Marie Glauser, Apports et impôt sur le bénéfice, 2005, p. 55; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4e éd. 2009, § 8 n° 899; Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Zweifel/Athanas [éd.], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2e éd. 2008, n° 23 ad art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD). Le principe de l'intégralité découle du principe de sincérité. Il exige que tous les faits économiques qui ont un effet sur les capitaux engagés soient pris en compte, aussi bien dans le bilan que dans le compte de profits et pertes. Les comptes ne doivent ainsi ni taire, ni escamoter des éléments essentiels (cf. ancien art. 662a al. 2 ch. 1
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 662a
CO; Glauser, op. cit., p. 56; Böckli, op. cit., § 8 n° 115). Le principe de prudence pousse à une approche pessimiste dans les différents aspects de la démarche comptable; en cas d'hésitation sur
l'évaluation, c'est ainsi la valeur la plus basse qui doit être retenue (cf. ancien art. 662a al. 2 ch. 3
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 662a
CO; Glauser, op. cit., p. 56; Brülisauer/Poltera, op. cit., n° 26 ad art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD).

5.3.3. En l'espèce, il ressort des faits retenus par la Cour de justice que la recourante n'a pas facturé certaines prestations effectuées en faveur de deux de ses sociétés soeurs. Il faut admettre, avec la recourante d'ailleurs, que celle-ci n'aurait pas consenti de telles prestations en faveur de tiers. La recourante a ainsi fourni des services pour un montant de 6'811'091 fr., sans encaisser de contre-prestations, ou à tout le moins sans reporter le montant de ces contre-prestations à l'actif de son bilan pour les années en cause. De ce fait, contrairement à ce qu'elle avance, elle a violé le droit commercial. Elle n'a en effet notamment pas respecté les principes de sincérité et d'intégralité du bilan qui lui commandaient de prendre en compte les faits économiques ayant une incidence sur les capitaux engagés et de ne pas simplement les omettre. Le fait que la question des prix de transfert soit, selon elle, hautement technique, n'y change rien. Certes, la recourante pourrait arguer avoir respecté le principe de prudence. Toutefois, ce principe, s'il pousse à une approche pessimiste dans l'évaluation des produits, ne permet pas de passer ceux-ci complètement sous silence. Or, dans le cas d'espèce, il n'est pas question d'une
mauvaise appréciation du montant des prix de transfert, mais du fait que la prestation fournie n'a purement et simplement pas été prise en compte. On peine au demeurant à saisir ce que la recourante tente d'invoquer lorsqu'elle explique ne pas avoir eu la possibilité de démontrer la légalité de ses agissements. Dans ces conditions, la Cour de justice pouvait juger, sans violer les art. 58 al. 1 let. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
et 175 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD, que la recourante avait violé une disposition de droit commercial et constater que cet élément objectif de la soustraction fiscale était réalisé. Mal fondé, ce grief doit être rejeté.

5.4. La recourante conteste également qu'un montant d'impôt aurait été soustrait à la collectivité publique par son comportement. Elle estime que l'autorité précédente a reconnu le caractère intentionnel de son comportement sur la base d'une simple présomption et qu'un défaut de rémunération de certaines prestations rendues à deux sociétés du groupe n'implique en rien une conscience préalable des risques fiscaux, ceux-ci étant essentiellement liés à la croissance du groupe et la technicité des questions liées aux prix de transfert.

5.4.1. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
et 181
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 181 - 1 Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst.
1    Werden mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht, so wird die juristische Person gebüsst.
2    Werden im Geschäftsbereich einer juristischen Person Teilnahmehandlungen (Anstiftung, Gehilfenschaft, Mitwirkung) an Steuerhinterziehungen Dritter begangen, so ist Artikel 177 auf die juristische Person anwendbar.
3    Die Bestrafung der handelnden Organe oder Vertreter nach Artikel 177 bleibt vorbehalten.
4    Bei Körperschaften und Anstalten des ausländischen Rechts und bei ausländischen Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit gelten die Absätze 1-3 sinngemäss.
LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci. (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).

Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève par ailleurs des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (cf. ATF 137 IV 1 consid. 4.2.3 p. 4 s.; 135 IV 152 consid. 2.3.2 p. 156; arrêt 6B 712/2012 du 26 septembre 2013 consid. 3.4, non publié in ATF 139 IV 282; consid. 3.1 ci-dessus).

5.4.2. En l'espèce, selon les faits retenus par la Cour de justice, " les organes dirigeants de la recourante ne pouvaient, au moment des faits reprochés entre 2006 et 2008, ignorer le risque que des prestations soient fournies par la recourante aux sociétés soeurs sans rémunération correspondante conforme au prix du marché, ni celui qu'elles ne soient pas déclarées dans leur intégralité et à leur juste valeur aux autorités fiscales compétentes ". S'agissant ensuite de Y.________, l'autorité précédente continue en mentionnant que celui-ci " se trouvait, au moment des faits litigieux, dans une situation hiérarchique et concrète lui permettant d'identifier et d'apprécier en toute connaissance de cause ledit risque ".

Pour sa part, la recourante explique que les organes dirigeants de la société ne pouvaient avoir conscience du défaut de rémunération en raison du fait que le groupe dans lequel elle se trouve croît et que les questions de prix de transfert intragroupe sont des questions techniques. En outre, elle estime que l'insuffisance de rémunération n'était que le résultat d'une mauvaise appréciation de son implication envers ses sociétés soeurs et pas une volonté de ne pas facturer.

Dans la mesure où les critiques de la recourante portent sur l'établissement des faits, sans exposer concrètement, dans le respect des exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF, en quoi l'instance précédente serait tombée dans l'arbitraire en matière de constatation des faits, ses griefs sont irrecevables.

Les faits retenus par les juges cantonaux lient par conséquent le Tribunal fédéral. Il en découle que, ne pouvant ignorer qu'il existait un risque de fournir des prestations à des sociétés soeurs sans contre-prestation, les administrateurs de la recourante ont, à tout le moins par dol éventuel, cherché à obtenir une taxation moins élevée. Le grief relatif à cette question doit par conséquent également être rejeté, dans la mesure où il est recevable.

5.5. L'ensemble des griefs soulevés par la recourante en lien avec l'application de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD s'avère ainsi sans fondement. En fixant l'amende à un montant de 0,75 fois le montant d'impôt soustrait et en prenant en compte la bonne collaboration de la contribuable au cours de la procédure, l'appréciation des juges cantonaux à ce propos n'est pas critiquable. Au demeurant, la recourante ne se plaint pas, devant le Tribunal fédéral, de la quotité de l'amende en relation avec une infraction commise intentionnellement ou par dol éventuel.

6.
La recourante estime ensuite que l'amende pour soustraction d'impôt contrevient au principe ne bis in idem, puisqu'elle s'ajoute au montant perçu par l'Administration fédérale au titre de l'impôt anticipé.

Selon la jurisprudence, le principe ne bis in idem, qui est un corollaire de l'autorité de chose jugée, interdit qu'une personne soit pénalement poursuivie deux fois pour les mêmes faits. L'autorité de chose jugée et le principe ne bis in idem supposent qu'il y ait identité de l'objet de la procédure, de la personne visée et des faits retenus (ATF 123 II 464 consid. 2b p. 466; 120 IV 10 consid. 2b p. 12 s.; 118 IV 269 consid. 2 p. 271).

En l'occurrence, si l'amende pour soustraction d'impôt constitue bien l'issue d'une poursuite pénale, le paiement d'un montant au titre de l'impôt anticipé n'est ni le résultat d'une procédure pénale ou d'une procédure disciplinaire, ni même ne constitue une sanction administrative (cf. arrêt 2C 54/2008 du 16 avril 2008 consid. 4.6). Au demeurant, la recourante indique que le paiement de l'impôt anticipé constitue une charge pour le groupe auquel elle appartient. Or, ce groupe a une personnalité propre. Partant, l'objet de la procédure et, si l'on suit les propos de la recourante, les personnes visées étant différentes, le principe ne bis in idem ne saurait s'appliquer au présent cas d'espèce. Le recours doit être rejeté sur ce point.

7.
Dans un dernier grief, la recourante invoque une violation de l'art. 54
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP. Selon elle, en raison de l'ampleur de la charge définitive que représente l'impôt anticipé pour le groupe C.________ AG, une peine pour soustraction fiscale est inappropriée.

Selon cette disposition, si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine. Cette disposition a été reprise de l'ancien art. 66 bis
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP dont les principes demeurent valables (ATF 137 IV 105 consid. 2.3). En cas d'infraction intentionnelle, une réduction de la peine en application de l'art. 54
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP est possible, mais ne doit être admise qu'avec retenue (arrêt 6B 373/2009 du 22 septembre 2009 consid. 3.3.2; Franz Riklin, Basler Kommentar, Strafrecht, 3e éd. 2013, n° 41 ad art. 54
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP). L'auteur est directement atteint par les conséquences de son acte s'il a subi des atteintes physiques - par exemple s'il a été blessé lors de l'accident qu'il a provoqué - ou psychiques - comme celles qui affectent une mère de famille devenue veuve par suite de l'accident de la circulation qu'elle a causé (ATF 119 IV 280 consid. 2b p. 283) - résultant de la commission même de l'infraction. En revanche, les désagréments dus à l'ouverture d'une instruction pénale, le paiement de frais de procédure, la réparation du préjudice, ainsi que la dégradation de la situation financière, le divorce ou
le licenciement consécutifs à l'acte délictueux, ne constituent que des conséquences indirectes de l'infraction, sans pertinence au regard de l'art. 54
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP (cf. ATF 117 IV 245 consid. 2a p. 247).

En l'occurrence, on ne voit pas en quoi la recourante serait atteinte par les conséquences de son acte. Au demeurant, seule la situation financière de la recourante est concernée par le paiement de l'impôt anticipé suite à l'ajustement des prix de transfert. Il ne s'agit-là tout au plus que d'une conséquence indirecte de l'infraction qui n'entre donc de toute façon pas dans le champ d'application de l'art. 54
SR 311.0 Schweizerisches Strafgesetzbuch vom 21. Dezember 1937
StGB Art. 54 - Ist der Täter durch die unmittelbaren Folgen seiner Tat so schwer betroffen, dass eine Strafe unangemessen wäre, so sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab.
CP. Au surplus, s'agissant du montant de l'impôt anticipé versé par la recourante, débitrice de la prestation imposable, on peut encore relever que l'obligation fiscale incombe certes à cette dernière en tant que contribuable (cf. art. 10 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 10 - 1 Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung.
1    Steuerpflichtig ist der Schuldner der steuerbaren Leistung.
2    Bei kollektiven Kapitalanlagen gemäss KAG47 sind die Fondsleitung, die Investmentgesellschaft mit variablem Kapital, die Investmentgesellschaft mit festem Kapital und die Kommanditgesellschaft steuerpflichtig. Haben eine Mehrheit der unbeschränkt haftenden Gesellschafter einer Kommanditgesellschaft für kollektive Kapitalanlagen ihren Wohnsitz im Ausland oder handelt es sich bei den unbeschränkt haftenden Gesellschaftern um juristische Personen, an denen eine Mehrheit von Personen mit Wohnsitz oder Sitz im Ausland beteiligt sind, haftet die Depotbank der Kommanditgesellschaft solidarisch für die Steuer auf den ausbezahlten Erträgen.48
de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé [LIA; RS 642.21]), il n'en demeure pas moins que le montant de l'impôt est en finalité à la charge du bénéficiaire de la prestation (cf. art. 14 al. 1
SR 642.21 Bundesgesetz vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer (Verrechnungssteuergesetz, VStG) - Verrechnungssteuergesetz
VStG Art. 14 - 1 Die steuerbare Leistung ist bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen. Vereinbarungen, die dieser Verpflichtung widersprechen, sind nichtig.
1    Die steuerbare Leistung ist bei der Auszahlung, Überweisung, Gutschrift oder Verrechnung ohne Rücksicht auf die Person des Gläubigers um den Steuerbetrag zu kürzen. Vereinbarungen, die dieser Verpflichtung widersprechen, sind nichtig.
2    Der Steuerpflichtige hat dem Empfänger der steuerbaren Leistung die zur Geltendmachung des Rückerstattungsanspruchs notwendigen Angaben zu machen und auf Verlangen hierüber eine Bescheinigung auszustellen.
LIA). Le recours, sur ce point, doit également être rejeté.

8.
Entièrement mal fondé, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

II. Impôts cantonal et communal

9.
Les art. 56 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 56 Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1bis    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Steuerbehörden bei der Feststellung der hinterzogenen Vermögens- und Einkommenselemente vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.200
1ter    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 1bis auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.201
2    Wer Steuern zu hinterziehen versucht, wird mit einer Busse bestraft, die zwei Drittel der bei vollendeter Begehung auszufällenden Busse beträgt.
3    Wer zu einer Steuerhinterziehung anstiftet, Hilfe leistet oder als Vertreter des Steuerpflichtigen vorsätzlich eine Steuerhinterziehung bewirkt oder an einer solchen mitwirkt, wird ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit des Steuerpflichtigen mit Busse bestraft und haftet solidarisch für die hinterzogene Steuer. Die Busse beträgt bis zu 10 000 Franken, in schweren Fällen oder bei Rückfall bis zu 50 000 Franken.
3bis    Zeigt sich eine Person nach Absatz 3 erstmals selbst an und sind die Voraussetzungen nach Absatz 1bis Buchstaben a und b erfüllt, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen und die Solidarhaftung entfällt.202
4    Wer Nachlasswerte, zu deren Bekanntgabe er im Inventarverfahren verpflichtet ist, verheimlicht oder beiseite schafft, in der Absicht, sie der Inventaraufnahme zu entziehen, sowie
5    Zeigt sich eine Person nach Absatz 4 erstmals selbst an, so wird von einer Strafverfolgung wegen Verheimlichung oder Beiseiteschaffung von Nachlasswerten im Inventarverfahren und wegen allfälliger anderer in diesem Zusammenhang begangener Straftaten abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Widerhandlung keiner Steuerbehörde bekannt ist; und
b  die Person die Verwaltung bei der Berichtigung des Inventars vorbehaltlos unterstützt.204
LHID et 69 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc/GE; D 3 17) relatifs à la soustraction d'impôt, ont la même teneur que l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 175 Vollendete Steuerhinterziehung - 1 Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
1    Wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist,
2    Die Busse beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Sie kann bei leichtem Verschulden bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
3    Zeigt die steuerpflichtige Person erstmals eine Steuerhinterziehung selbst an, so wird von einer Strafverfolgung abgesehen (straflose Selbstanzeige), wenn:
a  die Hinterziehung keiner Steuerbehörde bekannt ist;
b  sie die Verwaltung bei der Festsetzung der Nachsteuer vorbehaltlos unterstützt; und
c  sie sich ernstlich um die Bezahlung der geschuldeten Nachsteuer bemüht.265
4    Bei jeder weiteren Selbstanzeige wird die Busse unter den Voraussetzungen nach Absatz 3 auf einen Fünftel der hinterzogenen Steuer ermässigt.266
LIFD. Par ailleurs, conformément aux art. 24 al. 1
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LHID et 12 de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; D 3 15), le bénéfice net se détermine de manière comparable et selon les mêmes principes comptables que ceux prévus à l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LIFD (cf. Stephan Kuhn/Peter Brülisauer, in Zweifel/Athanas [éd.], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 2002, n° 9 ss ad art. 24
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
LHID; Glauser, op. cit., p. 69 s.). Partant, les considérations développées en relation avec l'amende pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'amende relative aux impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales sous examen (cf. arrêt 2C 104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.2). Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de l'amende pour les impôts cantonal et communal, aux considérants relatifs à l'amende relative à l'impôt fédéral direct (cf. arrêt 2C 276/2010 du 19 octobre 2010 consid. 5). Le recours doit par conséquent être rejeté également en tant qu'il concerne
l'amende prononcée en lien avec les impôts cantonal et communal pour les périodes fiscales 2006, 2007 et 2009, dans la mesure où il est recevable.

10.
Succombant en tous points, la recourante supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 3
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Les causes 2C 508/2014 et 2C 509/2014 sont jointes.

2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 20 février 2015
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Zünd

Le Greffier : Tissot-Daguette