Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-1484/2006
{T 0/2}

Arrêt du 19 juin 2007

Composition :
Florence Aubry Girardin (Présidente du collège), Daniel Riedo, Pascal Mollard, juges; Chantal Degottex, greffière.

1. X._______ SA,
2. Y._______ SA,
3. Z._______ SA,
recourantes,
toutes représentées par Me Pierre Weber, avocat, rue de l'Hôpital 12, case postale, 2501 Bienne,

contre

l'Administration fédérale des contributions (AFC), Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité intimée,

concernant
TVA; taxation par estimation; 1er janvier 1995 - 31 décembre 2000

(recours contre la décision de l'Administration fédérale des contributions du 27 juin 2005).

Faits :
A. Les sociétés X._______ SA, Y._______ SA et Z._______ SA (ci-après: les sociétés) sont des entreprises familiales actives dans le domaine de la construction. Elles sont inscrites dans le registre des assujettis de l'administration fédérale des contributions (ci-après: AFC) depuis le 1er janvier 1995, respectivement sous les numéros de TVA ..., ... et .... Ces sociétés font partie de consortiums pour lesquels il n'existe pas d'assujettissement de groupe.
B. Depuis l'année 2000, l'AFC avait décidé de mener un contrôle externe pour ces sociétés. Après avoir été reporté à plusieurs reprises, le contrôle a finalement été agendé au 29 octobre 2001.
Dans la nuit du 16 au 17 septembre 2001, les données informatiques des sociétés furent volées et détruites.
Ayant été informée de cette perte le 15 octobre 2001, l'AFC annula le contrôle sur place du 29 octobre 2001, les archives de la comptabilité ne pouvant plus être présentées.
C. En novembre et décembre 2001, un contrôle des consortiums dont les sociétés font partie eut lieu. En raison de différences entre les chiffres d'affaires déclarés et les montants ressortant de la comptabilité, l'AFC établit deux décomptes complémentaires (ci-après: DC) datés du 12 février 2002 pour chacune des sociétés concernant la période du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000.
Par courrier du 26 mars 2002, les sociétés contestèrent les DC précités et sollicitèrent la délivrance d'une décision formelle en demandant un délai à l'administration pour lui faire parvenir les moyens de preuve qui lui permettraient de revoir les DC établis.
Une correction de la reprise de l'impôt préalable pour l'année 1996 donna lieu à l'établissement d'un nouveau DC pour Y._______ SA en date du 5 avril 2002
D. Comme aucun nouveau document n'avait été transmis et que le contrôle sur place prévu au mois de juillet avait été annulé, l'AFC confirma le bien-fondé des reprises fiscales ressortant des DC par trois décisions rendues le 4 juillet 2002.
Le 5 août 2002, les sociétés déposèrent trois réclamations contre ces décisions. Elles concluaient à l'annulation des décisions du 4 juillet 2002, à l'annulation des DC contestés, éventuellement à l'établissement de nouveaux DC reposant sur les résultats d'un contrôle se fondant sur une reconstruction de deux périodes fiscales à libre choix de l'AFC, qui seraient des périodes témoins dont le résultat du contrôle permettrait la correction de toute la période, partant du principe que l'impôt avait toujours été déclaré et décompté de la même manière.
A la suite de ces réclamations, l'AFC procéda à un contrôle de plausibilité relatif à l'impôt préalable. Elle en informa les sociétés le 6 août 2003 et leur indiqua que, pour procéder à la "reconstruction" des chiffres d'affaires, elle se fonderait sur les périodes fiscales du 4ème trimestre 2001 et d'un trimestre 2002, à savoir sur des périodes pour lesquelles les sociétés disposaient encore de pièces comptables.
Le 11 août 2003, les sociétés répondirent qu'une telle reconstitution s'avérait inutile, car elle ne portait pas sur la période visée par la procédure en cause. Elles demandèrent à ce qu'une seule période soit reconstituée et que celle-ci s'inscrive dans la période allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, soit durant les années pour lesquelles la comptabilité avait été détruite.
Le 12 février 2004, l'AFC informa les réclamantes du fait que, sur la base des documents que celles-ci lui avaient remis, elle avait partiellement corrigé la reprise fiscale effectuée et établit de nouveaux DC. Elle leur soumit pour examen des avis de crédit (ci-après: AC) sur la base des DC corrigés, tout en demandant aux sociétés de lui transmettre des documents permettant de procéder à une nouvelle correction des DC, en raison de différences entre les chiffres d'affaires déclarés et les montants ressortant de la comptabilité.
Certaines pièces furent ainsi remises à l'administration par envoi du 19 avril 2004, laquelle put ainsi corriger la reprise et transmettre aux sociétés de nouveaux AC et DC. L'AFC précisa que les AC annulaient les chiffres retenus dans les DC précédents et que les DC fournis tenaient compte de la situation présentée lors du contrôle. Elle ajouta qu'un poste pouvait encore être précisé et donna un délai au 16 août 2004 aux sociétés pour fournir les pièces s'y référant.
De nouveaux documents ayant été produits par les sociétés dans le délai imparti, l'AFC modifia la reprise fiscale et en informa celles-ci le 23 septembre 2004, leur donnant un délai pour faire part de leur ultime détermination.
Le 10 octobre 2004, les sociétés se prononcèrent sur la nouvelle reprise d'impôt, en reprenant les arguments développés dans leurs précédents courriers, mais sans fournir d'éléments permettant, selon l'AFC, de procéder à une nouvelle correction de la reprise fiscale.
Finalement, par décision du 27 juin 2005, l'AFC admit partiellement les réclamations des sociétés et détermina les sommes dues à titre de TVA pour la période du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000 (du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000). En substance, il en ressort que la reprise fiscale a été fixée à Fr. 695'521.-- pour X._______ SA, à Fr. 176'836.-- pour Y._______ SA et à Fr. 88'321.-- pour Z._______ SA, soit un montant total de Fr. 960'678.-- pour la période du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000, avec intérêts moratoires à 5 % depuis la date indiquée sur les AC et les DC.
E. Contre la décision du 27 juin 2005, les sociétés (ci-après: les recourantes) interjettent, par l'intermédiaire de leur représentant, Me Pierre Weber, avocat à Bienne, recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours) par acte du 29 août 2005. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la reprise fiscale telle que détaillée dans la décision sur réclamation du 27 juin 2005 et à l'admission de leurs réclamations du 5 août 2002.
En substance, les recourantes considèrent qu'elles ont dûment collaboré à la reconstitution de leurs chiffres d'affaires et que celle-ci doit s'effectuer aussi près que possible de la période concernée, les périodes proposées par l'AFC n'étant selon elles pas déterminantes. Elles estiment également qu'elles n'ont pas à pâtir du changement de système de perception de la TVA.
Par réponse du 11 novembre 2005, l'AFC conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
En date du 21 décembre 2006, les recourantes ont communiqué à la Commission de recours le jugement rendu le 24 octobre 2006 par le Tribunal d'arrondissement de Bienne-Nidau, qui reconnaît la culpabilité de trois personnes pour vol, dommage à la propriété et violation de domicile à l'encontre des recourantes durant la nuit du 16 au 17 septembre 2001.
F. A fin 2006, la Commission de recours a transmis le dossier au Tribunal administratif fédéral et début 2007, les parties ont été informées de la composition du collège appelé à statuer.
Par lettre du 13 mars 2007, l'AFC a indiqué que le jugement du 24 octobre 2006 était sans incidence sur le litige, puisque les raisons pour lesquelles les pièces comptables faisaient défaut n'influençaient pas la détermination du montant de l'impôt par voie d'estimation.
Les autres faits seront repris, en tant que besoin, dans les considérants qui suivent.

Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.
1.1. Jusqu'au 31 décembre 2006, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la Commission de recours dans les trente jours qui suivaient leur notification (art. 53
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 53 Préparation et service chez le client - (art. 25, al. 3, LTVA)
1    Valent par exemple préparation le fait de cuire, chauffer, mixer, éplucher et de mélanger des denrées alimentaires64. Le simple fait de maintenir la température de denrées alimentaires prêtes à la consommation ne vaut pas préparation.
2    Valent par exemple service le fait de présenter des mets sur assiettes, de préparer des buffets chauds ou froids, de servir des boissons, de dresser le couvert et desservir, de servir les hôtes, la conduite ou la surveillance du personnel de service ainsi que le fait de s'occuper d'un buffet self-service et de veiller à son approvisionnement.
de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures] dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006).
Depuis le 1er janvier 2007 et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions - 1 Le recours est irrecevable contre:
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021] prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
et 34
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF, auxquelles l'AFC appartient.
Dès lors, conformément à l'art. 53 al. 2
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 53 Dispositions transitoires - 1 La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
1    La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
2    Les recours qui sont pendants devant les commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements à l'entrée en vigueur de la présente loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ils sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure.
LTAF, les recours pendants devant les Commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements au 1er janvier 2007 sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où il est compétent. Les recours sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure. Selon les art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF et 2 al. 4 PA, la procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement.
1.2. En l'espèce, la décision sur réclamation de l'autorité fiscale a été rendue le 27 juin 2005 et a été notifiée le lendemain au représentant des recourantes. Le recours a été adressé à la Commission de recours le 29 août 2005. Compte tenu des féries prévues par l'art. 22a let. b
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 22a - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par l'autorité ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par l'autorité ne courent pas:
a  du 7e jour avant Pâques au 7e jour après Pâques inclusivement;
b  du 15 juillet au 15 août inclusivement;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclusivement.
2    L'al. 1 n'est pas applicable dans les procédures concernant:
a  l'octroi de l'effet suspensif et d'autres mesures provisionnelles;
b  les marchés publics.61
PA dans sa teneur avant le 1er janvier 2007, selon lequel les délais fixés en jours ne courent pas du 15 juillet au 15 août inclusivement, le recours est intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA. En outre, le recours satisfait aux exigences posées aux art. 51
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 51
et 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
2. L'AFC s'est prononcée sur la situation de chacune des trois sociétés recourantes dans une seule décision, à savoir la décision attaquée du 27 juin 2005. Comme le litige concerne un problème juridique identique, les trois sociétés ont déposé un recours commun auprès de la Commission de recours, respectivement du Tribunal administratif fédéral, prenant des conclusions valables pour l'ensemble d'entre elles. Dans ces circonstances, le Tribunal de céans se prononcera dans un seul arrêt sur la situation des trois recourantes.
3. La question litigieuse porte sur le bien-fondé de la taxation par estimation à laquelle a procédé l'AFC telle qu'elle ressort de la décision attaquée du 27 juin 2005.
3.1. L'OTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée, dès le 1er janvier 2001, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
LTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'OTVA s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur des périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000.
3.2. La décision attaquée définit l'objet du litige et limite la contestation à ce qui a été ou aurait dû être réglé dans la procédure devant l'instance précédente (ATF 131 V 164 consid. 2.1, 125 V 413 consid. 1; Moor, op. cit, p. 567). Les recourantes ne peuvent donc s'en prendre qu'à des objets découlant de l'acte entrepris. Elles ne peuvent soulever, dans leur recours devant le Tribunal administratif fédéral, des critiques sur des points qu'ils n'auraient pas contestés devant l'instance inférieure. En revanche, ils peuvent se plaindre du fait que c'est à tort que l'autorité qui a rendu la décision attaquée n'a pas abordé certains arguments.
L'AFC a procédé à une taxation par estimation s'agissant d'une part de la déduction de l'impôt préalable et, d'autre part, du montant d'impôt dû par ces dernières. Le solde de la reprise fiscale relative à l'impôt préalable n'a pas été examiné dans la décision attaquée, l'autorité relevant que ce point n'était pas contesté. Dès lors que les recourantes ne critiquent pas la décision entreprise à ce sujet dans leur recours devant le Tribunal administratif fédéral, cet aspect ne sera pas revu dans la présente procédure. Il en va de même de la part privée d'utilisation des véhicules, ainsi que des reprises fiscales liées à des erreurs de décompte liées au changement d'une méthode de calcul durant la période considérée, à savoir le passage du décompte selon les contre-prestations convenues à celui selon les contre-prestations reçues.
Seul sera ainsi examiné le bien-fondé de la taxation par estimation du chiffre d'affaires des recourantes à laquelle a procédé l'AFC, afin d'établir le montant de l'impôt dû par ces sociétés.
4. Les recourantes indiquent au préalable qu'elles entendent faire valoir l'exception de prescription, tout en étant prêtes à y renoncer si l'AFC n'invoque pas elle aussi la prescription à l'encontre de leurs prétentions relatives à l'imputation de l'impôt préalable. L'autorité intimée n'ayant pas fait valoir ce moyen, il convient d'admettre que l'exception de prescription n'est pas soulevée. Au demeurant, l'exception aurait de toute manière été rejetée. En effet, le courrier de l'AFC aux recourantes du 29 septembre 2000 constitue clairement un acte interruptif de prescription au sens de l'art. 40 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 40
OTVA (cf. JAAC 67.17 consid. 3a-b).
5. Le litige suppose de se demander, dans un premier temps, si l'AFC était en droit de procéder à une taxation par estimation.
5.1. Dans le système de l'auto-taxation prévu aux art. 37
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 37
et 45
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 45 Contre-prestations en monnaie étrangère - (art. 24, al. 1, LTVA)
1    Pour calculer la taxe sur la valeur ajoutée à verser, les contre-prestations en monnaie étrangère doivent être converties en monnaie nationale au moment de la naissance de la créance fiscale.
2    Il y a contre-prestation en monnaie étrangère lorsque la facture ou la quittance sont établies dans une monnaie étrangère. En l'absence d'une telle facture ou quittance, la comptabilisation chez le fournisseur de la prestation est déterminante. Peu importe si le paiement a lieu en monnaie nationale ou en monnaie étrangère et dans quelle monnaie l'argent rendu est payé.
3    La conversion s'effectue sur la base des taux de change publiés par l'AFC, l'assujetti pouvant se fonder à choix sur le cours mensuel moyen ou sur le cours du jour pour la vente de devises.49
3bis    Le cours du jour pour la vente de devises publié par une banque suisse s'applique aux monnaies étrangères pour lesquelles l'AFC ne publie pas de taux de change.50
4    Pour la conversion, les assujettis faisant partie d'un groupe d'entreprises peuvent utiliser le cours de change du groupe. Ce cours doit être appliqué aussi bien aux prestations fournies au sein du groupe qu'aux prestations fournies à ou par des tiers.51
5    Le procédé choisi (cours mensuel moyen, cours du jour ou cours fixé par le groupe) doit être conservé pendant une période fiscale au moins.
OTVA, c'est à l'assujetti de de s'annoncer spontanément auprès de l'AFC et de déclarer l'impôt et l'impôt préalable. L'AFC joue avant tout le rôle de contrôleur (Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, la taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 168). Pour permettre le contrôle, l'assujetti a certaines obligations. Il doit renseigner l'AFC, en faisant preuve de diligence, sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 46
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 46 Commissions sur les cartes de crédit et taxes sur les chèques - (art. 24, al. 1, LTVA)
OTVA). Il doit également tenir ses livres comptables régulièrement et de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 47 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
1ère phrase OTVA). L'obligation de conserver en bon ordre les livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents subsiste pendant six ans voire plus longtemps si le délai de prescription de la créance fiscale n'est pas encore arrivé à expiration (cf. art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA). Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (art. 48
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 48 Taxes cantonales destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets - (art. 24, al. 6, let. d, LTVA)
1    L'AFC fixe pour chaque fonds les pourcentages de la déduction applicable à chaque établissement affilié qui assure l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets.
2    Elle tient en l'occurrence compte du fait que:
a  le fonds ne reverse pas toutes les taxes encaissées, et que
b  les acquéreurs assujettis ont déduit entièrement, au titre de l'impôt préalable, l'impôt qui leur a été facturé sur les prestations d'approvisionnement en eau, de traitement des eaux usées ou de gestion des déchets.
OTVA). Une taxation par voie d'estimation s'impose ainsi chaque fois que, sur la base des documents comptables à disposition, il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme (Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, art. 64
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 64 Remise de l'impôt - 1 L'impôt grevant l'importation de biens peut être remis en tout ou en partie dans les cas suivants:
1    L'impôt grevant l'importation de biens peut être remis en tout ou en partie dans les cas suivants:
a  des biens sous la garde de l'OFDF ou placés sous le régime du transit (art. 49 LD112), de l'entrepôt douanier (art. 50 à 57 LD), de l'admission temporaire (art. 58 LD) ou du perfectionnement actif (art. 59 LD) sont totalement ou partiellement détruits, par cas fortuit ou de force majeure ou avec l'assentiment des autorités;
b  des biens mis en libre pratique sont totalement ou partiellement détruits ou réexportés en vertu d'une décision des autorités;
c  du fait de circonstances particulières, la perception subséquente (art. 85 LD) des montants dus représenterait une charge disproportionnée pour le débiteur visé à l'art. 51;
d  le mandataire chargé de la déclaration en douane (p. ex. le transitaire) ne peut transférer l'impôt en raison de l'insolvabilité de l'importateur et ce dernier, au moment de l'acceptation de la déclaration en douane, était inscrit au registre des assujettis sur le territoire suisse; l'insolvabilité de l'importateur est admise si la créance du mandataire semble sérieusement mise en péril.
2    La Direction générale des douanes statue sur la remise de l'impôt sur présentation d'une demande écrite accompagnée des pièces justificatives.
3    Le délai de production de la demande est:
a  pour les taxations assorties d'une dette inconditionnelle: de un an à compter de l'établissement du document d'importation sur la base duquel l'impôt sur les importations a été déterminé;
b  pour les taxations assorties d'une dette conditionnelle: de un an à compter de l'apurement du régime douanier choisi.
LTVA, p. 267). Lorsque les documents comptables sont inexistants, l'AFC est en droit de procéder par voie d'estimation (JAAC 68.19 consid. 4a; en matière de sinistre, voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 4.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, publié in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 69, p. 511 ss, p. 542 et les références citées).
5.2. Il découle du système mis en place par les art. 46
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 46 Commissions sur les cartes de crédit et taxes sur les chèques - (art. 24, al. 1, LTVA)
et 47
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
OTVA que c'est l'assujetti qui porte la responsabilité de la présentation et de la conservation des documents comptables permettant à l'AFC de contrôler le bien-fondé de ses déclarations. Dès que ces documents font défaut, l'AFC est en droit de procéder à une taxation par estimation, peu importe que l'assujetti n'ait commis aucune faute et ne soit en rien responsable de la disparition des pièces comptables (Mollard, op. cit., p. 545).
5.3. En l'espèce, il ressort du dossier qu'en raison du vol survenu dans la nuit du 16 au 17 septembre 2001, les sociétés n'ont plus été en mesure de présenter des documents comptables complets au moment du contrôle de l'AFC qui était prévu le 29 octobre suivant. En vertu des principes précités, l'AFC était fondée à procéder à une taxation par estimation au sens de l'art. 48
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 48 Taxes cantonales destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets - (art. 24, al. 6, let. d, LTVA)
1    L'AFC fixe pour chaque fonds les pourcentages de la déduction applicable à chaque établissement affilié qui assure l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets.
2    Elle tient en l'occurrence compte du fait que:
a  le fonds ne reverse pas toutes les taxes encaissées, et que
b  les acquéreurs assujettis ont déduit entièrement, au titre de l'impôt préalable, l'impôt qui leur a été facturé sur les prestations d'approvisionnement en eau, de traitement des eaux usées ou de gestion des déchets.
OTVA, peu importe que les recourantes n'aient pas été responsables de la destruction de leur comptabilité.
6. Dans un second temps, il faut vérifier que l'estimation à laquelle a procédé l'AFC respecte les principes en la matière.
6.1. Il découle de l'art. 48
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 48 Taxes cantonales destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets - (art. 24, al. 6, let. d, LTVA)
1    L'AFC fixe pour chaque fonds les pourcentages de la déduction applicable à chaque établissement affilié qui assure l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets.
2    Elle tient en l'occurrence compte du fait que:
a  le fonds ne reverse pas toutes les taxes encaissées, et que
b  les acquéreurs assujettis ont déduit entièrement, au titre de l'impôt préalable, l'impôt qui leur a été facturé sur les prestations d'approvisionnement en eau, de traitement des eaux usées ou de gestion des déchets.
OTVA que l'AFC doit, lorsqu'elle procède à une taxation par estimation, rester dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Lorsqu'elle effectue une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, ce que prescrit l'art 48
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 48 Taxes cantonales destinées à des fonds pour l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets - (art. 24, al. 6, let. d, LTVA)
1    L'AFC fixe pour chaque fonds les pourcentages de la déduction applicable à chaque établissement affilié qui assure l'approvisionnement en eau, le traitement des eaux usées ou la gestion des déchets.
2    Elle tient en l'occurrence compte du fait que:
a  le fonds ne reverse pas toutes les taxes encaissées, et que
b  les acquéreurs assujettis ont déduit entièrement, au titre de l'impôt préalable, l'impôt qui leur a été facturé sur les prestations d'approvisionnement en eau, de traitement des eaux usées ou de gestion des déchets.
OTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède "dans les limites de son pouvoir d'appréciation" (arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 et l'arrêt cité; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; Mollard, op. cit., p. 546). Entrent en ligne de compte d'une part les méthodes qui tendent à compléter ou à reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur les chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; Schaller/Sudan/Scheuner/Huguenot, op. cit., art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
LTVA p. 270 et les références citées).
6.2. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester l'estimation du chiffre d'affaires en tant que telle et il a la possibilité de fournir des moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il appartient de prouver que l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité (arrêt du Tribunal administratif fédéral du 6 mars 2007 précité consid. 4.1 et les référence citées; en ce sens également, voir Schaller/-Sudan/Scheuner/Huguenot, op. cit., art. 60
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 60 Remboursement pour cause de réexportation - 1 Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
1    Sur demande, l'impôt perçu à l'importation est remboursé si les conditions d'une déduction de l'impôt préalable en vertu de l'art. 28 ne sont pas réunies et que l'une des conditions suivantes est remplie:
a  les biens non modifiés sont réexportés sans avoir été préalablement remis à un tiers dans le cadre d'une livraison sur le territoire suisse et sans avoir été utilisés auparavant;
b  les biens ont été utilisés sur le territoire suisse mais sont réexportés en raison de l'annulation de la livraison; dans ce cas, le remboursement ne comprend ni l'impôt calculé sur la contre-prestation due pour l'utilisation des biens ou sur la perte de valeur subie du fait de leur utilisation, ni l'impôt sur le montant non remboursé des droits de douane à l'importation et des redevances dues en vertu de lois fédérales autres que douanières.
2    L'impôt est remboursé uniquement aux conditions suivantes:
a  la réexportation a lieu dans les cinq ans à compter de la fin de l'année civile pendant laquelle l'impôt a été perçu;
b  il est prouvé que le bien réexporté est celui qui avait été importé.
3    Dans certains cas, le remboursement peut dépendre d'une déclaration faite en bonne et due forme dans le pays étranger où le bien a été importé.
4    Les demandes de remboursement doivent être présentées lorsque les biens sont déclarés pour le régime de l'exportation. Les demandes de remboursement ultérieures peuvent être prises en considération si elles sont remises par écrit à l'OFDF dans les 60 jours qui suivent l'établissement du document d'exportation avec lequel les biens ont été taxés selon le régime de l'exportation (art. 61 LD108).
LTVA ch. 2.3 p. 270).
6.3. Comme chaque fois que l'autorité intimée dispose d'un pouvoir d'appréciation, le Tribunal administratif fédéral adopte une certaine réserve lorsqu'il revoit l'opportunité de la décision attaquée. Il ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'autorité qui a rendu la décision, mais n'intervient qu'en cas d'abus (Arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1779/2006 du 15 mars 2007 consid. 2). Dans ce contexte, la jurisprudence rendue par la Commission de recours en matière de contributions demeure applicable : ce n'est ainsi qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis d'importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans va revoir lui-même celle-ci (JAAC 68.19 consid. 1c, 67.124 consid. 2c, 67.122 consid. 3c/cc, 67.82 consid. 4a/cc). Il doit toutefois intervenir lorsque les éléments du dossier font apparaître ab initio une violation du pouvoir d'apréciation de l'AFC (JAAC 67.128 consid. 5b/bb).
6.4. En l'espèce, l'AFC s'est fondée, pour estimer le chiffre d'affaires des recourantes, sur deux périodes pour lesquelles il existait des pièces, soit le 4ème trimestre 2001 et un trimestre de 2002. Elle a en outre adapté à plusieurs reprises l'évaluation découlant de cette période en fonction des documents que lui ont remis les recourantes dans la phase qui a précédé la décision attaquée. En fonction de ces pièces, l'AFC a procédé à diverses corrections de la reprise fiscale initiale en faveur des recourantes. Elle a toutefois refusé de se fonder sur une partie des éléments proposés par celles-ci les estimant comme non probants, et ne s'est pas davantage fondée sur les décomptes qui avaient été élaborés et remis par les sociétés elles-mêmes.
On ne voit pas qu'en procédant de la sorte l'AFC ait dépassé son pouvoir d'appréciation. En effet, elle s'est fondée sur la situation particulière des recourantes qui, en raison du vol, ont subi la destruction de la plupart de leurs documents comptables pour la période fiscale considérée. Dans ce contexte bien spécial, le procédé consistant à prendre comme référence une période pour laquelle les sociétés étaient en mesure de produire des pièces comptables, même si celle-ci était postérieure à la période fiscale considérée n'est pas contraire aux principes régissant la taxation par estimation, ce d'autant que l'AFC a ensuite adapté l'estimation du chiffre d'affaires découlant de cette période en fonction des informations fournies par les recourantes se rapportant à la période fiscale en cause.

Comme l'a relevé pertinemment l'AFC, il ne s'agissait pas de reconstruire le chiffre d'affaires effectivement déclaré pendant la période concernée, mais bien de vérifier que le montant déclaré correspondait bien au chiffre d'affaires effectivement réalisé pendant ce même laps de temps. Le fait que l'AFC n'ait pas utilisé les décomptes élaborés et remis par les sociétés s'explique par le fait que, dans le cadre d'une taxation par estimation, l'objectif ne se limite pas à contrôler que le justiciable a correctement calculé l'impôt dû en fonction du chiffre d'affaires déclaré par ses soins sur la base de ses propres décomptes, mais il porte également sur la vérification de la plausibilité des montants sur la base desquels le justiciable a calculé la TVA due. Or, en l'absence de pièces comptables complètes se rapportant à la période considérée, l'AFC pouvait, lors de son appréciation du chiffre d'affaires effectivement réalisé par les sociétés, se fonder sur des documents comptables portant sur une autre période, puis procéder par extrapolation lorsqu'elle a procédé à son contrôle.

En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a retenu les chiffres d'affaires figurant dans la décision attaquée, sur la base desquels elle a rendu la taxation sur estimation contestée.
6.5. Il reste à examiner si les recourantes parviennent à démontrer, dans leur écriture, le caractère manifestement erroné de cette estimation.
6.5.1. Les recourantes décrivent, avec moult détails, la procédure suivie par l'AFC. Certes, durant la phase ayant précédé le prononcé de la décision entreprise, l'administration est revenue à plusieurs reprises sur les DC. Ce faisant, elle a toutefois partiellement tenu compte des pièces produites par les recourantes et a corrigé son estimation en faveur de celles-ci, de sorte que ce procédé n'a pas été en défaveur des sociétés. Le fait que l'AFC n'ait pas pris en compte l'ensemble des documents produits n'est pas suffisant pour établir le caractère erroné de l'estimation. Sur ce point, on peine du reste à saisir concrètement de quoi se plaignent les recourantes.
6.5.2. En ce qui concerne l'estimation du chiffre d'affaires en elle-même, les recourantes admettent l'inexistence des pièces comptables relatives aux exercices 1995-2000, mais reprochent à plusieurs reprises à l'AFC de leur en avoir fait subir les conséquences, alors qu'elles ont été victimes d'un vol. Une telle position ne peut être suivie, dès lors que, selon le système mis en place en matière de TVA, le justiciable porte la responsabilité de la fourniture des pièces comptables, peu importe qu'aucune faute ne lui soit imputable (cf. supra consid. 6.1 et 6.2). En conséquence, les recourantes ne sauraient se plaindre de devoir supporter les conséquences fiscales de la disparition de leurs pièces comptables.
6.5.3. Les recourantes critiquent l'affirmation de l'AFC figurant dans la décision attaquée, selon laquelle l'administration aurait pu se contenter en l'absence de toute pièce comptable de confirmer le bien-fondé de son estimation. Dès lors que l'administration a tout de même revu son estimation initiale et a tenu compte d'une partie des documents produits ultérieurement par les recourantes, le grief ne porte que sur la motivation de la décision attaquée et n'a aucune consistance.
6.5.4. Les recourantes reprochent à l'AFC de ne pas avoir précisé, à une exception près, quelles étaient les erreurs comptables l'ayant conduite à ne pas revoir son estimation. Ce faisant, elles se plaignent implicitement de la motivation de la décision attaquée.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 129 I 232 consid. 3.2). Il y a également violation du droit d'être entendu si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (ATF 124 II 146 consid. 2a; 122 IV 8 consid. 2c). Il suffit cependant que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 129 I 232 consid. 3.2). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui apparaissent pertinents (ATF 126 I 97 consid. 2b).

Selon la décision attaquée, l'AFC a indiqué qu'elle ne pouvait annuler la reprise fiscale comme le souhaitaient les recourantes, dès lors que les contrôles auxquels elle avait procédé laissaient apparaître des différences et des erreurs de décompte. Dans ce contexte, elle a cité l'exemple de la participation au consortium pour "S._______" qui aurait rapporté un montant de Fr. 99'169.78, alors que la comptabilité présentait un montant de Fr. 248'695.65. Une telle motivation permet de comprendre les motifs qui l'ont conduit à ne pas donner droit aux recourantes, sans que l'AFC ait été tenue de décrire toutes les erreurs dont elle s'était aperçue. Les recourantes ne peuvent lui reprocher de ne pas avoir suffisamment motiver sa décision sur ce point.
6.5.5. Les recourantes soutiennent qu'elles n'ont pas à supporter les conséquences du changement de régime fiscal, à savoir le passage du système fondé sur les prestations reçues à celui fondé sur les prestations convenues. Elles se contentent toutefois d'affirmer que ce changement a entraîné des difficultés supplémentaires dans la preuve de leur chiffre d'affaires effectif, mais sans expliquer pourquoi. On ne voit du reste pas en quoi ce régime est propre à établir le caractère manifestement erroné de l'estimation établie par l'administration, qui seul fait l'objet du présent litige (cf. supra consid. 4.2).
6.5.6. Selon les recourantes, l'AFC aurait dû tenir compte du fait qu'elles se sont toujours comportées correctement envers l'AFC, en lui envoyant leurs décomptes en temps utile et dans les formes prescrites et en versant les acomptes dus. Comme déjà indiqué, lorsqu'elle est en devoir, comme en l'espèce, de procéder à une estimation fiscale, l'administration doit se demander quel est le chiffre d'affaires effectivement réalisé par le contribuable en fonction des éléments à sa disposition et ne se limite pas à vérifier que l'impôt a été correctement calculé sur la base du chiffre d'affaires déclaré. Dans cette optique, les recourantes ne peuvent lui faire grief de ne pas avoir repris, comme base de son estimation, les chiffres résultant de leurs propres décomptes, peu importe leur qualité et le paiement régulier des acomptes.
6.5.7. Il appartient au contribuable de renseigner l'AFC, en faisant preuve de diligence, sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance en particulier pour le calcul de l'impôt (cf. art. 46
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 46 Commissions sur les cartes de crédit et taxes sur les chèques - (art. 24, al. 1, LTVA)
OTVA), et il doit également fournir les pièces comptables nécessaires (cf. art. 47 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 47 Prestations au personnel - (art. 24 LTVA)
1    Pour les prestations fournies au personnel à titre onéreux, l'impôt doit être calculé sur la contre-prestation effectivement reçue. L'art. 24, al. 2 et 3, LTVA est réservé.
2    Les prestations fournies par l'employeur au personnel qui doivent être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre onéreux. L'impôt doit être calculé sur le montant déterminant pour les impôts directs.
3    Les prestations qui ne doivent pas être déclarées dans le certificat de salaire sont réputées fournies à titre gratuit et l'existence d'un motif entrepreneurial est présumée.
4    Des forfaits pour déterminer les éléments du salaire peuvent également être utilisés pour la taxe sur la valeur ajoutée, pour autant que ceux-ci soient autorisés pour les impôts directs et qu'ils puissent aussi servir au calcul de la taxe sur la valeur ajoutée.
5    Les al. 2 à 4 s'appliquent, qu'il s'agisse de personnes étroitement liées au sens de l'art. 3, let. h, LTVA ou non.52
1ère phrase OTVA). Les recourantes perdent de vue leurs propres obligations légales, lorsqu'elles reprochent à l'AFC de leur avoir demandé de nombreux renseignements et qu'elles se prévalent de leur collaboration étendue. Cette question n'a rien à voir avec la répartition du fardeau de la preuve dans le cadre d'une demande de réduction de l'impôt ni ne procède d'une violation du principe inquisitorial.
6.5.8. En définitive, les recourantes formulent de nombreuses critiques tendant à remettre en cause la méthode d'estimation adoptée par l'AFC, lui reprochant de ne pas avoir suffisamment tenu compte de leurs propres décomptes pour la période 1995-2000. Comme indiqué (cf. supra consid. 7.4), l'AFC n'a toutefois pas abusé de son pouvoir d'appréciation en estimant les montants dus par les recourantes sur la base d'une période postérieure, pour laquelle elle possédait des pièces comptables, puis en adaptant son estimation en fonction des renseignements ultérieurs fournis par les sociétés. En revanche, les recourantes ne démontrent en aucun cas, comme il leur aurait appartenu de le faire, dès lors que l'AFC était en droit de procéder par estimation, que le résultat de la taxation serait manifestement erroné.

En pareilles circonstances, le recours ne peut qu'être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.

7. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA et de l'art. 1ss
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
du Règlement du 11 décembre 2006 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 6'500.--, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge des recourantes qui succombent. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée aux recourantes (art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de procédure, par Fr. 6'500.--, sont mis à la charge des recourantes et imputés sur l'avance de frais du même montant.
3. Il n'est pas alloué d'indemnité à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué :
- au représentant des recourantes (acte judiciaire)
- à l'autorité intimée (acte judiciaire)

La Présidente du collège: La greffière:

Florence Aubry Girardin Chantal Degottex

Voies de droit
Les arrêts du Tribunal administratif fédéral peuvent être attaqués dans les 30 jours suivant leur notification au Tribunal fédéral à Lausanne. Le recours n'est pas recevable contre les décisions sur la remise de contributions ou l'octroi d'un sursis de paiement. Le mémoire de recours, rédigé dans une langue officielle, doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral, soit à son attention, à la Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (cf. art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
, 48
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
, 54
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 54 - 1 La procédure est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée.
1    La procédure est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée.
2    Dans les procédures par voie d'action, il est tenu compte de la langue des parties s'il s'agit d'une langue officielle.
3    Si une partie a produit des pièces qui ne sont pas rédigées dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut, avec l'accord des autres parties, renoncer à exiger une traduction.
4    Si nécessaire, le Tribunal fédéral ordonne une traduction.
, 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
let. m et art. 100
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]).

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