Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Tribu na l e a m m i n i s t r a t ivo fe d e r a l e Tribu na l a d m i n i s t r a t i v fe d e r a l
Cour I
A-6552/2007
A-7166/2007
{T 0/2}

Arrêt du 19 mai 2009

Composition

Pascal Mollard (président du collège), Markus Metz, Lorenz Kneubühler, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.

Parties

X._______,
représentée par la Fiduciaire CM Fidatel SA,
chemin du Devin 72, 1012 Lausanne,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet

TVA (OTVA - LTVA); taxi; assujettissement rétroactif; taxation par estimation (1er semestre 1998 au 1er semestre 2003).

A-6552/2007

Faits :
A.
X._______ exerce l'activité de chauffeur de taxi à A._______. Elle est titulaire d'une concession A (taxis ayant droit de stationner sur le domaine public) avec deux véhicules, l'un avec le numéro d'immatriculation VD XX, qu'elle conduit, et l'autre avec le numéro d'immatriculation VD YY, conduit par sa fille, Y._______. B.
Pour vérifier l'exactitude des renseignements fournis par X._______ dans le questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA qu'elle a signé le 11 novembre 2002, l'AFC procéda à un contrôle sur place les 8 et 9 juillet 2003. Il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ ne répondait pas aux exigences légales, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours de la période allant du 1er semestre 1998 au 1er semestre 2003.
Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, X._______ fut inscrite au registre des contribuables de l'AFC en tant qu'assujettie obligatoire, avec effet rétroactif au 1er janvier 1998. Par la même occasion, elle lui accorda l'autorisation de remettre ses décomptes selon la méthode du taux de dette fiscale nette (TDFN). Afin de respecter le changement de régime fiscal intervenu au 1er janvier 2001, l'AFC scinda sa créance en deux parties. Pour la période allant du 1er semestre 1998 au 2e semestre 2000, à savoir celle régie par l'OTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 17'333.- plus intérêt moratoire dès le 31 août 2001 (décompte complémentaire [DC] n° 210685 du 9 juillet 2003) lui fut réclamé et, pour la période allant du 1er semestre 2001 au 1er semestre 2003, à savoir celle régie par la LTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 16'884.- plus intérêt moratoire dès le 31 août 2001 (DC n° 2100686 du 9 juillet 2003) lui fut également réclamé. C.
X._______, par l'intermédiaire de son mandataire, contesta les reprises d'impôt par lettre du 22 juillet 2003. Estimant qu'elle n'apportait aucun élément permettant de modifier les DC en question, l'AFC rendit, par actes du 8 septembre 2003, deux décisions formelles
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dans lesquelles elle confirma ses rappels d'impôt de Fr. 17'333.- et de Fr. 16'884.-.
D.
Par lettre du 25 septembre 2003, X._______, toujours par l'intermédiaire de son représentant, déposa une réclamation contre les décisions précitées, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC, notamment le rendement kilométrique et l'estimation des kilomètres parcourus, et par conséquent son assujettissement à la TVA.
E.
Par courriers des 13 et 23 octobre 2003 et 12 juillet 2007, l'AFC accorda plusieurs délais à X._______, afin qu'elle régularise sa réclamation, produise des pièces justificatives et réponde à certaines questions en vue d'éclaircir l'état de fait. X._______ répondit aux diverses demandes par envois des 14 octobre 2003, 31 octobre 2003 et 16 août 2007.
F.
L'AFC rendit deux décisions sur réclamation le 30 août 2007 par lesquelles elle confirma l'inscription de X._______ au registre des assujettis TVA et persista à réclamer les sommes de Fr. 17'333.- et Fr. 16'884.- pour les périodes allant du 1er semestre 1998 au 1er semestre 2003 plus intérêt moratoire dès le 31 août 2001. G.
Par envoi recommandé exprès du 30 septembre 2007, X._______ (ciaprès: la recourante), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions sur réclamation de l'AFC du 30 août 2007. Elle conclut avoir tenu de manière probante sa comptabilité, estimant les exigences de l'AFC ni applicables ni appropriées. La recourante conteste le calcul du chiffre d'affaires par estimation, notamment l'utilisation des divers coefficients, en constatant que le résultat est sans lien avec la réalité économique.
H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a renoncé, par courriers du 22 novembre 2007, à déposer une réponse, estimant que les considérations émises dans ses décisions sur réclamation suffisent à
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elles seules à sceller le sort des recours. L'autorité inférieure conclut au rejet des recours, avec suite de frais.
I.
Par répliques du 4 février 2008, la recourante s'est déterminée en produisant des nouvelles pièces justificatives. Tout en réitérant les propos déjà exposés précédemment, la recourante met l'accent sur le caractère social de ses courses et des tarifs réduits appliqués, ainsi que sur le tarif kilométrique applicable à la commune de B._______, où elle exerce une grande partie de son activité. J.
L'autorité inférieure a déposé une duplique par envois du 10 avril 2008, admettant partiellement le recours en ce sens et requérant que le point 2 du dispositif de ses décisions sur réclamation du 30 août 2007 soit modifié en prenant en compte de deux avis de crédit à établir dès l'entrée en force du prononcé du Tribunal administratif fédéral, soit Fr. 3'563.- pour la période OTVA et Fr. 3'471.- pour la période LTVA. L'AFC a pris ainsi en compte les nouveaux arguments étayés par les justificatifs y relatifs de la recourante, notamment les rendements kilométriques applicables pour la commune de B._______. Ce faisant, l'autorité inférieure estime que la recourante a été en mesure de rendre plausible que la taxation ne correspondait en partie pas à la réalité; elle l'a adaptée dans ce cadre-là. Un double de la duplique a été dûment communiqué à la recourante en date du 15 avril 2008 auquel elle n'a pas réagi.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.

Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.
1.1 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de l'ancienne Constitution fédérale de la Confédération suisse du 29 mai 1874 en vigueur jusqu'au 31 décembre 1999 (aCst.) et à l'art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 196 - 1. Disposizione transitoria dell'art. 84 (Transito alpino)
1    La facoltà di riscuotere l'imposta sul valore aggiunto decade alla fine del 2035.151
2    Per garantire il finanziamento dell'assicurazione invalidità, il Consiglio federale aumenta le aliquote dell'imposta sul valore aggiunto, dal 1° gennaio 2011 al 31 dicembre 2017, come segue:
a  per gli autocarri e i veicoli articolati:
2bis    Il Consiglio federale può utilizzare i mezzi di cui al capoverso 2 fino al 31 dicembre 2018 per finanziare l'infrastruttura ferroviaria e, in seguito, per rimunerare e rimborsare gli anticipi al fondo di cui all'articolo 87a capoverso 2. I mezzi sono calcolati conformemente all'articolo 86 capoverso 2 lettera e.141
2ter    L'aliquota di cui all'articolo 86 capoverso 2 lettera f si applica due anni dopo l'entrata in vigore di tale disposizione. Prima di tale data ammonta al 5 per cento.142
3    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 2 è devoluto integralmente al fondo di compensazione dell'assicurazione invalidità.152
4    Per garantire il finanziamento dell'infrastruttura ferroviaria, dal 1° gennaio 2018 il Consiglio federale aumenta di 0,1 punti percentuali le aliquote secondo l'articolo 25 della legge del 12 giugno 2009153 sull'IVA; in caso di proroga del termine di cui al capoverso 1, l'aumento si applica al più tardi sino al 31 dicembre 2030.154
5    Il provento dell'aumento secondo il capoverso 4 è devoluto integralmente al fondo di cui all'articolo 87a.155
6    Il Consiglio federale disciplina l'esecuzione. Per speciali categorie di veicoli può stabilire le aliquote nel senso del capoverso 2, esentare dalla tassa determinati veicoli e emanare normative speciali segnatamente per i trasporti nella zona di confine. I veicoli immatricolati all'estero non vanno però privilegiati rispetto a quelli svizzeri. Il Consiglio federale può prevedere multe in caso di contravvenzione. I Cantoni riscuotono la tassa per i veicoli immatricolati in Svizzera.
7    In via legislativa si potrà rinunciare interamente o parzialmente alla tassa.
8    Il presente articolo ha effetto sino all'entrata in vigore della legge del 19 dicembre 1997138 concernente una tassa sul traffico pesante commisurata alle prestazioni.
de la nouvelle Constitution fédérale de la Confédération Suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006, le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur
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cette base, le Conseil fédéral a adopté l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures). Le 2 septembre 1999, le parlement a accepté la loi sur la TVA du 2 septembre 1999 (LTVA, RS 641.20). Cette dernière étant entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (Arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), il en résulte que l'OTVA a été abrogée à partir de cette même date. Toutefois, selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 93 Garanzie - 1 L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
1    L'AFC può esigere garanzie per le imposte, gli interessi e le spese, anche se non sono passati in giudicato, né scaduti, se:181
a  l'esazione tempestiva sembra in pericolo;
b  il debitore prende disposizioni per abbandonare il suo domicilio, la sua sede sociale o il suo stabilimento d'impresa in Svizzera o per farsi cancellare dal registro svizzero di commercio;
c  il debitore è in mora con il loro pagamento;
d  il contribuente assume in tutto o in parte un'impresa in fallimento.
e  il contribuente presenta rendiconti in cui figurano importi manifestamente troppo bassi.
2    Se il contribuente rinuncia all'esenzione dall'assoggettamento (art. 11) o opta per l'imposizione di prestazioni escluse dall'imposta (art. 22), l'AFC può esigere che presti garanzie conformemente al capoverso 7.
3    La richiesta di garanzie deve indicare la causa giuridica delle stesse, l'importo da garantire e l'ufficio incaricato di riceverle; essa vale come decreto di sequestro ai sensi dell'articolo 274 LEF182. Contro la richiesta di garanzie non è ammesso reclamo.
4    La richiesta di garanzie è impugnabile con ricorso al Tribunale amministrativo federale.
5    Il ricorso contro la richiesta di garanzie non ha effetto sospensivo.
6    La notificazione della decisione concernente il credito fiscale vale come inizio dell'azione ai sensi dell'articolo 279 LEF. Il termine per promuovere l'esecuzione decorre dal momento in cui la decisione relativa al credito fiscale è passata in giudicato.
7    Le garanzie devono essere prestate sotto forma di depositi in contanti, fideiussioni solidali solvibili, garanzie bancarie, cartelle ipotecarie o ipoteche, polizze di assicurazione sulla vita con valore di riscatto, obbligazioni in franchi svizzeri, quotate in borsa, di debitori svizzeri o obbligazioni di cassa emesse da banche svizzere.
LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 94
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 94 Altri provvedimenti di garanzia - 1 Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
1    Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
a  compensata con debiti di periodi precedenti;
b  accreditata per compensare debiti di periodi successivi, se il contribuente è in ritardo con i pagamenti o per altri motivi il credito fiscale appare verosimilmente messo in pericolo; l'importo accreditato frutta interesse, allo stesso tasso di quello rimuneratorio, a contare dal 61° giorno dopo la ricezione del rendiconto da parte dell'AFC e sino al momento della compensazione; oppure
c  compensata con garanzie richieste dall'AFC.
2    Se il contribuente non ha né domicilio né sede sociale in Svizzera, l'AFC può inoltre esigere la prestazione di garanzie secondo l'articolo 93 capoverso 7 per i debiti probabili.
3    In caso di ripetuto pagamento tardivo, l'AFC può obbligare il debitore a effettuare pagamenti anticipati mensili o bimensili.
LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur validité.
En l'occurrence, l'art. 94
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 94 Altri provvedimenti di garanzia - 1 Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
1    Un'eccedenza a favore del contribuente risultante dal rendiconto d'imposta può essere:
a  compensata con debiti di periodi precedenti;
b  accreditata per compensare debiti di periodi successivi, se il contribuente è in ritardo con i pagamenti o per altri motivi il credito fiscale appare verosimilmente messo in pericolo; l'importo accreditato frutta interesse, allo stesso tasso di quello rimuneratorio, a contare dal 61° giorno dopo la ricezione del rendiconto da parte dell'AFC e sino al momento della compensazione; oppure
c  compensata con garanzie richieste dall'AFC.
2    Se il contribuente non ha né domicilio né sede sociale in Svizzera, l'AFC può inoltre esigere la prestazione di garanzie secondo l'articolo 93 capoverso 7 per i debiti probabili.
3    In caso di ripetuto pagamento tardivo, l'AFC può obbligare il debitore a effettuare pagamenti anticipati mensili o bimensili.
LTVA n'entre pas en considération en ce qui concerne les périodes fiscales allant du 1er janvier 1998 au 31 décembre 2000, si bien que l'OTVA demeure applicable aux faits de la présente cause qui se sont déroulés avant le 1er janvier 2001. Il s'impose toutefois, au regard de cette même disposition, de faire application des règles ressortant de la LTVA s'agissant des périodes fiscales allant du 1er janvier 2001 au 30 juin 2003 également litigieuses.
1.2 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 32 Eccezioni - 1 Il ricorso è inammissibile contro:
1    Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale pubblico non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di diritto di voto dei cittadini nonché di elezioni e votazioni popolari;
c  le decisioni in materia di salario al merito del personale federale, in quanto non concernano la parità dei sessi;
d  ...
e  le decisioni nel settore dell'energia nucleare concernenti:
e1  le autorizzazioni di massima per impianti nucleari,
e2  l'approvazione del programma di smaltimento,
e3  la chiusura di depositi geologici in profondità,
e4  la prova dello smaltimento;
f  le decisioni in materia di rilascio o estensione di concessioni di infrastrutture ferroviarie;
g  le decisioni dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
h  le decisioni in materia di rilascio di concessioni per case da gioco;
i  le decisioni in materia di rilascio, modifica o rinnovo della concessione della Società svizzera di radiotelevisione (SSR);
j  le decisioni in materia di diritto ai sussidi di una scuola universitaria o di un altro istituto accademico.
2    Il ricorso è inoltre inammissibile contro:
a  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante opposizione o ricorso dinanzi a un'autorità ai sensi dell'articolo 33 lettere c-f;
b  le decisioni che, in virtù di un'altra legge federale, possono essere impugnate mediante ricorso dinanzi a un'autorità cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 31 Principio - Il Tribunale amministrativo federale giudica i ricorsi contro le decisioni ai sensi dell'articolo 5 della legge federale del 20 dicembre 196819 sulla procedura amministrativa (PA).
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 5 - 1 Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
1    Sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso, fondati sul diritto pubblico federale e concernenti:
a  la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi;
b  l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi;
c  il rigetto o la dichiarazione d'inammissibilità d'istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi.
2    Sono decisioni anche quelle in materia d'esecuzione (art. 41 cpv. 1 lett. a e b), le decisioni incidentali (art. 45 e 46), le decisioni su opposizione (art. 30 cpv. 2 lett. b e 74), le decisioni su ricorso (art. 61), le decisioni in sede di revisione (art. 68) e l'interpretazione (art. 69).24
3    Le dichiarazioni di un'autorità che rifiuta o solleva pretese da far valere mediante azione non sono considerate decisioni.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
et 34
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorità inferiori - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Consiglio federale e degli organi dell'Assemblea federale in materia di rapporti di lavoro del personale federale, compreso il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente;
b  del Consiglio federale concernenti:
b1  la destituzione di un membro del Consiglio della banca o della direzione generale o di un loro supplente secondo la legge del 3 ottobre 200325 sulla Banca nazionale,
b10  la revoca di un membro del consiglio d'amministrazione del Servizio svizzero di assegnazione delle tracce o l'approvazione della risoluzione del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio d'amministrazione secondo la legge federale del 20 dicembre 195743 sulle ferrovie;
b2  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 22 giugno 200726 sulla vigilanza dei mercati finanziari,
b3  il blocco di valori patrimoniali secondo la legge del 18 dicembre 201528 sui valori patrimoniali di provenienza illecita,
b4  il divieto di determinate attività secondo la LAIn30,
b4bis  il divieto di organizzazioni secondo la LAIn,
b5  la revoca di un membro del Consiglio d'istituto dell'Istituto federale di metrologia secondo la legge federale del 17 giugno 201133 sull'Istituto federale di metrologia,
b6  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'Autorità federale di sorveglianza dei revisori o l'approvazione dello scioglimento del rapporto di lavoro del direttore da parte del consiglio di amministrazione secondo la legge del 16 dicembre 200535 sui revisori,
b7  la revoca di un membro del Consiglio dell'Istituto svizzero per gli agenti terapeutici secondo la legge del 15 dicembre 200037 sugli agenti terapeutici,
b8  la revoca di un membro del consiglio di amministrazione dell'istituto secondo la legge del 16 giugno 201739 sui fondi di compensazione,
b9  la revoca di un membro del consiglio d'Istituto dell'Istituto svizzero di diritto comparato secondo la legge federale del 28 settembre 201841 sull'Istituto svizzero di diritto comparato,
c  del Tribunale penale federale in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cbis  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rapporti di lavoro dei suoi giudici e del suo personale;
cquater  del procuratore generale della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei procuratori pubblici federali da lui nominati e del personale del Ministero pubblico della Confederazione;
cquinquies  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro del personale della sua segreteria;
cter  dell'autorità di vigilanza sul Ministero pubblico della Confederazione in materia di rapporti di lavoro dei membri del Ministero pubblico della Confederazione eletti dall'Assemblea federale plenaria;
d  della Cancelleria federale, dei dipartimenti e dei servizi dell'Amministrazione federale loro subordinati o aggregati amministrativamente;
e  degli stabilimenti e delle aziende della Confederazione;
f  delle commissioni federali;
g  dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione, dai suoi stabilimenti o dalle sue aziende;
h  delle autorità o organizzazioni indipendenti dall'Amministrazione federale che decidono nell'adempimento di compiti di diritto pubblico loro affidati dalla Confederazione;
i  delle autorità cantonali, in quanto una legge federale preveda che le loro decisioni sono impugnabili mediante ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF)
LTAF Art. 37 Principio - La procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale è retta dalla PA56, in quanto la presente legge non disponga altrimenti.
LTAF). En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 30 août 2007 et ont été notifiées le lendemain à la recourante. Les recours ont été adressés au Tribunal administratif fédéral le 30 septembre 2007. Ils sont ainsi intervenus dans le délai légal prescrit par l'art. 50
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 50 - 1 Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
1    Il ricorso dev'essere depositato entro 30 giorni dalla notificazione della decisione.
2    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
PA. En outre, les recours satisfont aux exigences posées à l'art. 52
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 52 - 1 L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
1    L'atto di ricorso deve contenere le conclusioni, i motivi, l'indicazione dei mezzi di prova e la firma del ricorrente o del suo rappresentante; devono essere allegati la decisione impugnata e i documenti indicati come mezzi di prova, se sono in possesso del ricorrente.
2    Se il ricorso non soddisfa a questi requisiti o se le conclusioni o i motivi del ricorrente non sono sufficientemente chiari, e il ricorso non sembra manifestamente inammissibile, l'autorità di ricorso assegna al ricorrente un breve termine suppletorio per rimediarvi.
3    Essa gli assegna questo termine con la comminatoria che, decorrendo infruttuoso, deciderà secondo l'inserto o, qualora manchino le conclusioni, i motivi oppure la firma, non entrerà nel merito del ricorso.
PA. Ils sont par conséquent recevables et il convient d'entrer en matière.
1.3 D'après l'art. 24
SR 273 Legge del 4 dicembre 1947 di procedura civile federale
PC Art. 24 - 1 L'attore che intende esercitare più azioni contro lo stesso convenuto può farle valere in un'unica petizione, se il Tribunale federale è competente per giudicare ogni singola pretesa. Questa condizione non è richiesta per pretese accessorie.
1    L'attore che intende esercitare più azioni contro lo stesso convenuto può farle valere in un'unica petizione, se il Tribunale federale è competente per giudicare ogni singola pretesa. Questa condizione non è richiesta per pretese accessorie.
2    Più persone possono agire o essere convenute con la stessa petizione:
a  se esiste tra loro una comunione giuridica in relazione con l'oggetto litigioso o se i loro diritti o le loro obbligazioni derivano da una stessa causa materiale e giuridica. Il giudice può chiamare in causa un terzo che faccia parte della comunione giuridica. Il chiamato in causa diventa parte in lite;
b  se pretese di eguale natura, che si fondano su di una causa materiale e giuridica essenzialmente dello stesso genere, formano l'oggetto di una lite, semprechè la competenza del Tribunale federale esista per ognuna di esse.
3    Quando lo reputa necessario, il giudice può ordinare d'ufficio, in ogni stadio della procedura, la disgiunzione delle cause.
de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 4 - Le disposizioni del diritto federale che regolano più compiutamente un procedimento sono applicabili in quanto non siano contrarie alle presente legge.
PA, il y a lieu de
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réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 131 V 224 consid. 1, 128 V 126 consid. 1 et les références citées, 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2). En l'occurrence, la recourante a déposé deux recours, contestant formellement les deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes deux la question de l'assujettissement de la recourante. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'OTVA pour les périodes fiscales allant du 1er semestre 1998 au 2ème semestre 2000 et la seconde réglant la même question mais cette fois sous l'angle de la LTVA pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de rendre une seule et même décision en la matière, de procéder à une jonction de cause, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 46 - 1 Il ricorso contro altre decisioni incidentali notificate separatamente è ammissibile se:
1    Il ricorso contro altre decisioni incidentali notificate separatamente è ammissibile se:
a  tali decisioni possono causare un pregiudizio irreparabile; o
b  l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante e dispendiosa.
2    Se il ricorso non è ammissibile in virtù del capoverso 1 o non è stato interposto, le decisioni incidentali possono essere impugnate mediante ricorso contro la decisione finale in quanto influiscano sul contenuto della stessa.
PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-6552/2007 et A-7166/2007 sous un seul numéro de dossier, soit le A-7166/2007.
2.
2.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 37
OTVA et 46 LTVA ; cf. ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres mots, l'administration n'a pas
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à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 [Commentaire DFF], p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).
2.2 Aux termes de l'art. 17 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 17 Costituzione dei gruppi - (art. 13 LIVA)
1    I membri del gruppo d'imposizione possono essere determinati liberamente fra coloro che hanno diritto di essere inclusi nell'imposizione di gruppo.
2    È ammessa la costituzione di più sottogruppi.
OTVA, respectivement 21 LTVA, est assujetti subjectivement, celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même s'il manque l'intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépassent annuellement Fr. 75'000.- (Arrêt du Tribunal fédéral du 10 février 1999, publié in Archives vol. 68 p. 669; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 2.2). Demeure réservée la limitation de l'art. 19 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 19 Modifiche nella rappresentanza del gruppo - (art. 13 LIVA)
1    Il rappresentante di un gruppo d'imposizione può dimettersi soltanto per la fine di un periodo fiscale. Le dimissioni vanno notificate per scritto all'AFC almeno un mese prima di tale data.
2    Se, in caso di dimissioni del rappresentante del gruppo, un mese prima della fine del periodo fiscale non le è stato notificato per scritto il nome del nuovo rappresentante, l'AFC può, previa diffida, designare quale rappresentante uno dei membri del gruppo.
3    Di comune accordo, i membri del gruppo possono revocare il mandato al rappresentante purché designino nel contempo un nuovo rappresentante. Il capoverso 1 si applica per analogia.
OTVA, respectivement 25 al. 1 let. a LTVA, selon laquelle ne sont pas assujettis les entrepreneurs dont la dette fiscale nette s'élève à moins de Fr. 4'000.- en présence d'un chiffre d'affaires entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-.
2.3 Selon l'art. 21 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 21 Requisiti amministrativi e contabili - (art. 13 LIVA)
1    I membri del gruppo devono chiudere i conti alla stessa data, eccezion fatta per le società holding che, per motivi inerenti alla presentazione dei conti, prevedono un'altra data di chiusura del bilancio.
2    Ciascun membro del gruppo deve allestire un rendiconto d'imposta interno che va consolidato nel rendiconto del gruppo d'imposizione.
OTVA, respectivement 28 al. 1 LTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant, c'est-à-dire Fr. 75'000.-, a été atteint (JEAN-MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 108 ss). Cette règle est en soi contraire au principe de la neutralité TVA et de l'égalité de traitement mais il est ainsi tenu compte du principe du transfert et du principe de la sécurité du droit (Jurisprudence des
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autorités administratives de la Confédération [JAAC] 63.76 consid. 3b/ bb).
3.
3.1 Selon l'art. 47 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA, respectivement 58 al. 1 LTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870ss), respectivement avec la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives vol. 66 p. 67 consid. 2a ; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de la LTVA, ont repris les mêmes principes (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001).
3.2 Conformément à l'art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
OTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. S'agissant du mode de conservation, l'art. 962 al. 2
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 962 - 1 Sono tenute a effettuare la chiusura contabile in base a una norma contabile riconosciuta, in aggiunta al conto annuale secondo il presente titolo:
1    Sono tenute a effettuare la chiusura contabile in base a una norma contabile riconosciuta, in aggiunta al conto annuale secondo il presente titolo:
1  le società i cui titoli sono quotati in borsa, se la borsa lo esige;
2  le società cooperative con almeno 2000 membri;
3  le fondazioni soggette per legge alla revisione ordinaria.
2    Possono chiedere che la chiusura contabile sia effettuata in base a una norma riconosciuta:
1  soci che rappresentino almeno il 20 per cento del capitale sociale;
2  il 10 per cento dei membri della società cooperativa o il 20 per cento di quelli dell'associazione;
3  qualsiasi socio o membro personalmente responsabile o tenuto a effettuare versamenti suppletivi.
3    L'obbligo di effettuare la chiusura contabile in base a una norma contabile riconosciuta si estingue se viene allestito un conto di gruppo in base a una norma contabile riconosciuta.
4    La scelta della norma riconosciuta spetta all'organo superiore di direzione o di amministrazione, salvo che lo statuto, il contratto di società o l'atto di fondazione dispongano altrimenti o che tale scelta sia operata dall'organo supremo.
CO (respectivement l'art. 957 al. 1
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 957 - 1 Devono tenere la contabilità e presentare i conti conformemente alle disposizioni seguenti:
1    Devono tenere la contabilità e presentare i conti conformemente alle disposizioni seguenti:
1  le imprese individuali e le società di persone con una cifra d'affari di almeno 500 000 franchi nell'ultimo esercizio;
2  le persone giuridiche.
2    Devono tenere soltanto la contabilità delle entrate e delle uscite e la contabilità del patrimonio:
1  le imprese individuali e le società di persone con una cifra d'affari inferiore a 500 000 franchi nell'ultimo esercizio;
2  le associazioni e le fondazioni che non hanno l'obbligo di farsi iscrivere nel registro di commercio;
3  le fondazioni liberate dall'obbligo di designare un ufficio di revisione conformemente all'articolo 83b capoverso 2 CC781.
3    Alle imprese di cui al capoverso 2 si applicano per analogia i principi della tenuta regolare dei conti.
CO depuis la révision de la comptabilité commerciale, en vigueur depuis le 1er juin 2002 [cf. le Message du Conseil fédéral du 31 mars 1999 in FF 1994 4753]), demeure réservé, puisque certains contribuables ne
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sont pas tenus de s'inscrire au registre du commerce et ne sont donc pas astreints à tenir une comptabilité. A ce propos, le Conseil fédéral a rappelé, dans son message précité relatif à la révision de la comptabilité commerciale, que les dispositions du CO concernant la conservation des livres sont également importantes pour les artisans et les entreprises qui ne sont pas obligées par le CO à tenir une comptabilité, car les dispositions du droit commercial relatives à l'obligation de tenir et de conserver les livres s'appliquent également en droit fiscal, la révision ne changeant en rien cette situation car il ne serait pas judicieux de renoncer à l'unité du droit commercial et du droit fiscal (FF 1994 4763, qui renvoie aux Directives applicables en matière fiscale pour la tenue régulière de la comptabilité et relatives à l'enregistrement ainsi qu'à la conservation de documents commerciaux sur des supports de données ou d'images, publiées en 1979 et qui constitue l'exemple le plus frappant des effets du droit commercial sur le droit fiscal, selon le Conseil fédéral). Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 47 Prestazioni al personale - (art. 24 LIVA)
1    Per le prestazioni eseguite a titolo oneroso al personale, l'imposta è calcolata sulla controprestazione effettivamente ricevuta. È fatto salvo l'articolo 24 capoversi 2 e 3 LIVA.
2    Le prestazioni del datore di lavoro al personale che vanno dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo oneroso. L'imposta va calcolata sulla base dell'importo determinante per le imposte dirette.
3    Le prestazioni che non devono essere dichiarate nel certificato di salario sono considerate effettuate a titolo gratuito; per tali prestazioni si presume vi sia un motivo imprenditoriale.
4    Se nell'ambito delle imposte dirette sono ammessi, per la determinazione delle componenti salariali, valori forfettari utili anche ai fini del calcolo dell'imposta sul valore aggiunto, tali valori possono essere applicati anche all'imposta sul valore aggiunto.
5    Ai fini dell'applicazione dei capoversi 2-4 è irrilevante che si tratti di persone strettamente vincolate secondo l'articolo 3 lettera h LIVA.48
in fine OTVA ; cf. également les ch. 938 ss. des Instructions). Sous l'angle de la LTVA, l'art. 58 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 58 Eccezioni all'obbligo di pagare interessi moratori - Non viene riscosso un interesse moratorio se:
a  il debito fiscale è stato garantito mediante depositi in contanti;
b  i beni immessi in libera pratica (art. 48 LD122) sono dapprima stati tassati provvisoriamente (art. 39 LD) e, al momento dell'accettazione della dichiarazione doganale, l'importatore era registrato come contribuente sul territorio svizzero;
c  i beni tassati con obbligo di pagamento condizionato (art. 49, 51 cpv. 2 lett. b, 58 e 59 LD) previa conclusione del regime doganale:
cbis  in caso di beni tassati con obbligo di pagamento condizionato, al momento dell'accettazione della dichiarazione doganale l'importatore era registrato come contribuente sul territorio svizzero;
c1  sono riesportati, o
c2  sono assegnati a un altro regime doganale (art. 47 LD);
d  ...
e  i beni devono essere dichiarati periodicamente nella procedura d'imposizione doganale (art. 42 cpv. 1 lett. c LD) o sono tassati successivamente in base a una procedura d'imposizione doganale semplificata (art. 42 cpv. 2 LD) e l'importatore al momento dell'importazione era registrato come contribuente sul territorio svizzero.
LTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'OTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss. des Instructions 2001 ; W ILLI LEUTENEGGER, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 58 Eccezioni all'obbligo di pagare interessi moratori - Non viene riscosso un interesse moratorio se:
a  il debito fiscale è stato garantito mediante depositi in contanti;
b  i beni immessi in libera pratica (art. 48 LD122) sono dapprima stati tassati provvisoriamente (art. 39 LD) e, al momento dell'accettazione della dichiarazione doganale, l'importatore era registrato come contribuente sul territorio svizzero;
c  i beni tassati con obbligo di pagamento condizionato (art. 49, 51 cpv. 2 lett. b, 58 e 59 LD) previa conclusione del regime doganale:
cbis  in caso di beni tassati con obbligo di pagamento condizionato, al momento dell'accettazione della dichiarazione doganale l'importatore era registrato come contribuente sul territorio svizzero;
c1  sono riesportati, o
c2  sono assegnati a un altro regime doganale (art. 47 LD);
d  ...
e  i beni devono essere dichiarati periodicamente nella procedura d'imposizione doganale (art. 42 cpv. 1 lett. c LD) o sono tassati successivamente in base a una procedura d'imposizione doganale semplificata (art. 42 cpv. 2 LD) e l'importatore al momento dell'importazione era registrato come contribuente sul territorio svizzero.
LTVA). 4.
4.1 Aux termes de l'art. 48
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 48 Tasse cantonali a favore dei fondi di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico e di smaltimento dei rifiuti - (art. 24 cpv. 6 lett. d LIVA)
1    L'AFC fissa per ogni fondo l'entità delle percentuali di deduzione applicabile alle singole aziende affiliate.
2    L'AFC tiene conto del fatto che:
a  il fondo non riversa tutte le tasse incassate; e
b  gli acquirenti contribuenti hanno dedotto interamente a titolo d'imposta precedente l'imposta loro fatturata sulle prestazioni di servizi di smaltimento e sulle forniture di acqua.
OTVA, respectivement 60 LTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation
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externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. PASCAL MOLLARD, TVA et taxation par estimation, in : Archives vol. 69, p. 520ss ; concernant la LTVA, cf. JAAC 68.23 consid. 2b). Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; MOLLARD, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; NICOLAS SCHALLER/YVES SUDAN/PIERRE SCHEUNER/PASCAL HUGUENOT, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, ad art. 60
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 60 Restituzione per riesportazione - 1 L'imposta riscossa sull'importazione è restituita su richiesta se le condizioni per la deduzione dell'imposta precedente conformemente all'articolo 28 non sono date e:
1    L'imposta riscossa sull'importazione è restituita su richiesta se le condizioni per la deduzione dell'imposta precedente conformemente all'articolo 28 non sono date e:
a  i beni sono riesportati inalterati senza essere stati oggetto di una precedente fornitura a un terzo sul territorio svizzero e senza essere stati utilizzati; oppure
b  i beni, pur essendo stati utilizzati sul territorio svizzero, sono riesportati in seguito all'annullamento della fornitura; in tal caso, la restituzione è ridotta dell'importo corrispondente all'imposta sulla controprestazione dovuta per l'utilizzazione dei beni o sulla perdita di valore subita in seguito all'utilizzazione, nonché sui tributi doganali all'importazione non restituiti e sui tributi derivanti da leggi federali di natura non doganale.
2    L'imposta è restituita soltanto se:
a  la riesportazione avviene nel termine di cinque anni a contare dalla fine dell'anno civile in cui l'imposta è stata riscossa; e
b  è comprovata l'identità dei beni esportati con quelli importati in precedenza.
3    In determinati casi la restituzione può essere fatta dipendere da una regolare dichiarazione fatta nel Paese d'importazione.
4    Le richieste di restituzione devono essere presentate al momento della dichiarazione per il regime d'esportazione. Richieste successive di restituzione possono essere prese in considerazione se sono presentate per scritto all'UDSC entro 60 giorni dall'emissione del documento d'esportazione con il quale i beni sono stati sottoposti al regime d'esportazione (art. 61 LD127).
LTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). 4.2 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Il a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.

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5.
En l'espèce, la recourante conteste son assujettissement à la TVA à partir du 1er janvier 1998 en attaquant l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC. Elle fait valoir qu'elle a tenu la comptabilité de son activité de manière probante, les exigences de l'AFC n'étant ni applicables, ni appropriées à sa situation. La recourante constate que l'utilisation des divers coefficients aboutit à un résultat sans lien avec sa réalité économique. De plus, elle met l'accent sur le caractère socioéconomique de son activité qu'elle exerce de manière partiellement bénévole. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 5.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC (consid. 5.2), avant de contrôler l'exactitude du moment du début de l'assujettissement de la recourante ayant conduit à une immatriculation rétroactive (consid. 5.3). 5.1
5.1.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a néanmoins procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de la recourante dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celle-ci n'avait pas été tenue régulièrement dès le début de son activité. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 2.1) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations.
A cet égard, la recourante fait valoir que les exigences de l'AFC ne sont pas appropriées à sa situation de non-assujettie à la TVA et qu'elle n'était dès lors liée que par l'art. 957
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 957 - 1 Devono tenere la contabilità e presentare i conti conformemente alle disposizioni seguenti:
1    Devono tenere la contabilità e presentare i conti conformemente alle disposizioni seguenti:
1  le imprese individuali e le società di persone con una cifra d'affari di almeno 500 000 franchi nell'ultimo esercizio;
2  le persone giuridiche.
2    Devono tenere soltanto la contabilità delle entrate e delle uscite e la contabilità del patrimonio:
1  le imprese individuali e le società di persone con una cifra d'affari inferiore a 500 000 franchi nell'ultimo esercizio;
2  le associazioni e le fondazioni che non hanno l'obbligo di farsi iscrivere nel registro di commercio;
3  le fondazioni liberate dall'obbligo di designare un ufficio di revisione conformemente all'articolo 83b capoverso 2 CC781.
3    Alle imprese di cui al capoverso 2 si applicano per analogia i principi della tenuta regolare dei conti.
du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220) qui prend en compte la nature et l'étendue des affaires selon les normes de la profession. Selon celleci, les données du compteur, qui calcule le prix des courses, devraient, en tant que chiffre d'affaires, être totalisées en fin de période (jour, semaine, mois) et reportées sur un carnet, les informations étant ensuite transmises à une fiduciaire pour l'établissement des états financiers. Néanmoins, la recourante fait remarquer que la plupart des chauffeurs de taxi ne remplissent pas de tel carnet, à savoir de livre de
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caisse proprement dit, soit pour des raisons de commodité, soit parce qu'ils n'en voient pas l'utilité.
5.1.2 Pourtant, le Tribunal de céans rappelle que seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49s). De plus, le Tribunal fédéral considère que lorsqu'on se trouve en présence d'un nombre important de transactions en espèces, la tenue d'un livre de caisse prend une importance centrale, ce qui paraît être le cas pour les entreprises de taxi, l'essentiel des transactions s'effectuant au comptant. Le livre de caisse doit alors satisfaire à des exigences élevées (Archives vol. 55 p. 570 ss consid. 2c). 5.1.3 En raison d'importantes lacunes constatées dans la comptabilité de la recourante, l'AFC était contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par celle-ci au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir vérifier si son assujettissement devait avoir lieu ou non. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient dès lors réalisées sur le principe.
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (MOLLARD, op. cit., p. 524 ; RIVIER/ROCHAT, op. cit., p. 169). 5.2
5.2.1 S'agissant de l'estimation elle-même, il faut d'abord constater qu'en l'occurrence, la recourante n'a produit, pour seules pièces comptables, que les disques tachygraphes (19 boîtes) de ses véhicules, le compte de pertes et profits de l'exercice 2002 ainsi que, lors de sa réplique, plusieurs attestations pour justifier le caractère bénévole et social de son activité. Dans le cadre de son recours,
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l'occasion lui a pourtant été donnée d'apporter les preuves et pièces nécessaires afin d'établir au plus près de la réalité l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, elle ne l'a pas saisie, les documents nécessaires faisant entièrement défaut.
Dans le cadre de la détermination des kilomètres parcourus, nécessaire à l'estimation des chiffres d'affaires de l'activité de la recourante pour les périodes fiscales concernées par les décisions sur réclamation, la recourante conteste le nombre de kilomètres parcourus retenus par l'AFC, les coefficients expérimentaux utilisés par l'administration pour déterminer le rendement kilométrique moyen, ainsi que les kilomètres parcourus à titre privé tels que retenus par l'AFC.
5.2.2 Afin de reconstituer les chiffres d'affaires d'un éventuel assujettissement en la matière, l'administration détermine les kilomètres parcourus, dont elle déduit ensuite les kilomètres à titre privé, pour enfin les valoriser au rendement kilométrique moyen établi par l'AFC pour chaque région. En l'occurrence, les éléments comptables à disposition de l'administration pour déterminer les kilomètres parcourus par la recourante reposent sur des disques tachygraphes propres aux véhicules. La recourante explique d'ailleurs elle-même que les disques tachygraphes, bien qu'ils ne font véritablement pas partie de la comptabilité, donnent des indications sur les kilomètres parcourus, peuvent opérer une distinction entre l'activité privée et professionnelle du véhicule et permettent ainsi de reconstituer, à l'aide du rendement kilométrique, le chiffre d'affaires dégagé par l'activité de taxi.
Les disques tachygraphes ont une valeur comptable reconnue, puisqu'ils doivent répondre aux critères de l'art. 15 de l'ordonnance sur la durée du travail et du repos des conducteurs professionnels de véhicules légers affectés au transport de personnes et de voitures de tourisme lourdes (OTR2 ; RS 822.222). Le tachygraphe devant notamment être maintenu continuellement en fonction pendant l'activité professionnelle et les courses privées, le Tribunal fédéral a confirmé que les données résultant des disques tachygraphes, couvrant une période plus longue que des factures de garage, sont plus représentatives de l'activité de taxi, de telles données jouissant d'une présomption de précision plus importante puisqu'elles proviennent de tachygraphes homologués dont doivent être munis les
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véhicules servant au transport professionnel de personnes conformément à l'art. 100 al. 1
SR 741.41 Ordinanza del 19 giugno 1995 concernente le esigenze tecniche per i veicoli stradali (OETV)
OETV Art. 100 Tachigrafo - 1 Per permettere di controllare la durata del lavoro e del riposo o di accertare la dinamica di un incidente devono essere muniti:
1    Per permettere di controllare la durata del lavoro e del riposo o di accertare la dinamica di un incidente devono essere muniti:
a  di un tachigrafo digitale i veicoli i cui conducenti sottostanno all'OLR 1473;
b  di un tachigrafo analogico o digitale i veicoli i cui conducenti sottostanno all'OLR 2474;
c  di un apparecchio per la registrazione dei dati oppure di un tachigrafo analogico o digitale gli altri autoveicoli pesanti che non rientrano nel campo d'applicazione della lettera a o b aventi una velocità massima per costruzione superiore a 40 km/h, ad eccezione degli autoveicoli di lavoro, degli autoveicoli adibiti ad abitazione e delle automobili pesanti;
d  di un apparecchio per la registrazione dei dati oppure di un tachigrafo analogico o digitale i minibus aventi più di 16 posti a sedere, oltre a quello del conducente, adibiti al trasporto professionale di scolari e i veicoli usati per corse professionali secondo l'articolo 4 capoverso 1 lettera c oppure capoverso 4 OLR 2.
2    I tachigrafi digitali devono essere conformi al regolamento (UE) n. 165/2014 e all'allegato I C del regolamento di esecuzione (UE) n. 2016/799 (tachigrafo intelligente).
3    Per i veicoli di cui al capoverso 1 lettere b-d, i tachigrafi digitali possono essere conformi all'allegato I B del regolamento (CEE) n. 3821/85.
4    I tachigrafi analogici devono essere conformi all'allegato I del regolamento (UE) n. 165/2014 o all'allegato I del regolamento (CEE) n. 3821/85.
5    Sulle automobili usate per il trasporto professionale di persone (art. 3 OLR 2) e dotate di un tachimetro di cui all'articolo 55, il tachigrafo può trovarsi al di fuori del campo visivo del conducente.
6    Per l'indicazione della velocità in caso di tachigrafi è sufficiente un arco fino a 120 km/h. È fatto salvo l'articolo 55 capoverso 4.
de l'ordonnance du 19 juin 1995 concernant les exigences techniques requises pour les véhicules routiers (OETV, RS 741.41) (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2).
Aux termes de l'art. 15 al. 2 de l'OTR2, les courses effectuées à titre privé doivent être correctement indiquées et différenciées des autres, l'administration devant, dans le cas contraire, procéder à une estimation des kilomètres parcourus à titre privé. A ce sujet, la nouvelle teneur de cette disposition, en vigueur depuis le 1er novembre 2006, confirme l'obligation de bien distinguer les courses effectuées à titre privé des autres. De pratique constante, l'AFC fixe jusqu'à 100 kilomètres parcourus par semaine, le contribuable pouvant alors prouver les kilomètres supplémentaires qu'il aurait parcourus à titre privé en présentant des justificatifs tels que disques tachygraphes ou cartes de contrôle. Cette pratique de l'administration a été confirmée dans son principe (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions CRC 2001-100 du 12 août 2002 consid. 3c/bb, publiée in Archives vol. 73 / 2004 p. 228ss). 5.2.3 En l'occurrence, les disques tachygraphes, bien qu'incomplets, des deux véhicules font état des kilomètres des années 1998 à 2003. L'AFC a également examiné les documents produits par la recourante et est arrivée à la conclusion que ceux-ci ne mettent pas clairement en évidence les trajets parcourus à titre privé dans la période en cause, si bien que l'administration n'avait aucune raison de s'écarter de sa pratique en retenant 100 kilomètres par semaine, soit 5'200 kilomètres parcourus par année à titre privé. Cette estimation prend d'ailleurs en compte les vacances en France de la recourante, ainsi que les autres kilomètres effectués à titre privé. Ceux-ci n'étant étayé par aucun justificatifs adéquat, l'AFC a dès lors estimé les trajets du domicile au lieu de travail. Au vu de l'art. 15 de l'ORT2, les disques tachygraphes présentés n'indiquent pas précisément les kilomètres effectués à titre privé durant l'ensemble de la période concernée et l'administration était donc fondée à procéder à une estimation des kilomètres parcourus à titre privé.

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5.2.4 Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base sur des coefficients expérimentaux afin de se rapprocher le plus possible de la réalité. Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les chauffeurs de taxi ont un tel rendement. Il est toutefois nécessaire que l'assujetti qui présente un rendement kilométrique moyen supérieur ou inférieur à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. L'administration se réfère au rendement kilométrique moyen propre qu'elle a calculé pour chaque ville ou région afin d'établir les kilomètres parcourus par un chauffeur de taxi. Afin de se rapprocher le plus possible de la réalité, l'administration tient compte du lieu, des tarifs en vigueur, des périodes concernées, des concessions octroyées, de l'activité des chauffeurs, de l'affiliation ou non à une centrale ainsi que de la taxe de base et des temps d'attente du chauffeur. Par là, la méthode de l'AFC, confirmée par le Tribunal fédéral, permet de cerner au plus près la réalité des entreprises de taxis, en fonction des spécificités de chaque ville (arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in initio, 2A.297/2005 du 3 février 2006 consid. 4 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2). Néanmoins, en omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales, le recourant est lui-même responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister. En l'occurrence, pour la ville de A._______, l'analyse effectuée a fait ressortir, pour les titulaires d'une concession A, un rendement kilométrique moyen de Fr. 2.50 jusqu'au 31 janvier 2002 et de Fr. 2.70 dès le 1er février 2002. Pour la commune de B._______, l'AFC a, dans sa duplique, retenu un rendement de Fr. 1.70 au kilomètre. L'AFC a ainsi revu partiellement l'estimation telle qu'arrêtée dans la décision attaquée, en tenant compte des caractéristiques de la commune de B._______ et donc de la situation particulière de la recourante. L'autorité inférieure a alors conclu à un avis de crédit de Fr. 3'563.-, à établir dès l'entrée en force du prononcé du Tribunal administratif fédéral.
5.2.5 L'AFC a clairement exposé les différentes étapes de son calcul du chiffre d'affaires brut estimé, ainsi que de l'impôt dû correspondant calculé en appliquant la méthode du taux de dette fiscale nette, nécessaire pour fixer l'impôt préalable à valoir sur les dépenses de marchandise et de matériel, ainsi que sur les investissements et les frais généraux qui est ainsi pris en compte de manière forfaitaire. Le Tribunal de céans n'a pas de raison de remettre en cause, en
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l'occurrence, l'estimation des chiffres d'affaires, ni l'application du TDFN, même si cette manière de faire ne va pas sans poser certains problèmes de légalité et de rétroactivité (voir la brochure spéciale n° 02 de l'AFC, ch. 2.4.1, appliquée dès le 1er janvier 2008; voir aussi l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1614/2006 du 1er octobre 2008). Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral confirme l'estimation telle qu'effectuée et rectifiée par l'AFC quant au rendement kilométrique applicable pour la commune de B._______. 5.3 S'agissant, enfin, de la date de l'immatriculation rétroactive, il sied de la confirmer à la lumière de l'estimation effectuée. D'ailleurs, la recourante ne s'en prend finalement qu'à l'estimation elle-même et non à la réalisation des conditions d'assujettissement ni davantage à la date de son début. En tout cas, sa motivation ne se fonde pas directement sur une application prétendument erronée de l'art. 21 al. 1
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 21 Requisiti amministrativi e contabili - (art. 13 LIVA)
1    I membri del gruppo devono chiudere i conti alla stessa data, eccezion fatta per le società holding che, per motivi inerenti alla presentazione dei conti, prevedono un'altra data di chiusura del bilancio.
2    Ciascun membro del gruppo deve allestire un rendiconto d'imposta interno che va consolidato nel rendiconto del gruppo d'imposizione.
OTVA respectivement 28 al. 1 LTVA (cf. consid. 2.3 ci-dessus). Aucun indice résultant du dossier n'infirme à première vue la pertinence du moment de la rétroactivité décidée par l'autorité fiscale. Un contrôle plus approfondi du Tribunal de céans ne s'impose donc pas. 6.
6.1 Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à admettre partiellement le recours, au sens du considérant 5.2.4 ci-dessus. En revanche, le recours doit être rejeté dans la mesure où il a trait au fondement même de la détermination par voie d'estimation du chiffre d'affaires de la recourante et de son assujettissement rétroactif.
6.2 Les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 5'300.-, sont mis à la charge de la recourante. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants et rembourse le surplus éventuel (art. 1 ss, plus particulièrement art. 5 de l'ordonnance du 10 septembre 1969 sur les frais et indemnités en procédure administrative [RS 172.041.0]). Conformément à l'art. 63 al. 3
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 63 - 1 L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
1    L'autorità di ricorso mette nel dispositivo le spese processuali, consistenti in una tassa di decisione nelle tasse di cancelleria e negli sborsi, di regola a carico della parte soccombente. Se questa soccombe solo parzialmente, le spese processuali sono ridotte. Per eccezione, si possono condonare le spese processuali.
2    Nessuna spesa processuale è messa a carico dell'autorità inferiore ne delle autorità federali, che promuovano il ricorso e soccombano; se l'autorità ricorrente, che soccombe, non è un'autorità federale, le spese processuali le sono addossate in quanto la causa concerna interessi pecuniari di enti o d'istituti autonomi.
3    Alla parte vincente possono essere addossate solo le spese processuali che abbia cagionato violando le regole di procedura.
4    L'autorità di ricorso, il suo presidente o il giudice dell'istruzione esige dal ricorrente un anticipo equivalente alle presunte spese processuali. Stabilisce un congruo termine per il pagamento con la comminatoria che altrimenti non entrerà nel merito. Se sussistono motivi particolari, può rinunciare interamente o in parte a esigere l'anticipo.100
4bis    La tassa di decisione è stabilita in funzione dell'ampiezza e della difficoltà della causa, del modo di condotta processuale e della situazione finanziaria delle parti. Il suo importo oscilla:
a  da 100 a 5000 franchi nelle controversie senza interesse pecuniario;
b  da 100 a 50 000 franchi nelle altre controversie.101
5    Il Consiglio federale disciplina i dettagli relativi alla determinazione delle tasse.102 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005103 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010104 sull'organizzazione delle autorità penali.105
PA, des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure, ce qui est le cas en l'espèce. La recourante a en effet remis les moyens de preuves, qui ont conduit à l'admission partielle du recours, lors de la présente procédure, et ce bien qu'elle a été maintes fois invitée, lors de la procédure par-devant l'autorité inférieure, à remettre les pièces justificatives nécessaires. La
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recourante a ainsi provoqué inutilement la présente procédure et doit en répondre (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1643/2006 du 19 août 2008 consid. 4, A-1566/2006 du 11 août 2008 consid. 5.2 et A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 7.1 et 7.2). Pour les mêmes raisons, il n'est pas alloué de dépens (art. 64 al. 1
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 64 - 1 L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
1    L'autorità di ricorso, se ammette il ricorso in tutto o in parte, può, d'ufficio o a domanda, assegnare al ricorrente una indennità per le spese indispensabili e relativamente elevate che ha sopportato.
2    Il dispositivo indica l'ammontare dell'indennità e l'addossa all'ente o all'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, in quanto non possa essere messa a carico di una controparte soccombente.
3    Se una controparte soccombente ha presentato conclusioni indipendenti, l'indennità può essere messa a suo carico, secondo la propria solvenza.
4    L'ente o l'istituto autonomo, nel cui nome l'autorità inferiore ha deciso, risponde dell'indennità addossata a una controparte soccombente, in quanto non possa essere riscossa.
5    Il Consiglio federale disciplina la determinazione delle spese ripetibili.106 Sono fatti salvi l'articolo 16 capoverso 1 lettera a della legge del 17 giugno 2005107 sul Tribunale amministrativo federale e l'articolo 73 della legge del 19 marzo 2010108 sull'organizzazione delle autorità penali.109
PA e contrario, voir également art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Regolamento del 21 febbraio 2008 sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF)
TS-TAF Art. 7 Principio - 1 La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
1    La parte vincente ha diritto alle ripetibili per le spese necessarie derivanti dalla causa.
2    Se la parte vince solo parzialmente, le spese ripetibili sono ridotte in proporzione.
3    Le autorità federali e, di regola, le altre autorità con qualità di parte non hanno diritto a un'indennità a titolo di ripetibili.
4    Se le spese sono relativamente modeste, si può rinunciare a concedere alla parte un'indennità a titolo di ripetibili.
5    L'articolo 6a è applicabile per analogia.7
du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2] e contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce : 1.
Les causes A-6552/2007 et A-7166/2007 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-7166/2007. 2.
Le recours est admis partiellement au sens du considérant 5.2.4 et les décisions de l'AFC du 30 août 2007 sont réformées en leur chiffre 2., en ce sens que les montants devant faire l'objet de la reprise fiscale sont fixés à Fr. 13'770.- et Fr. 13'413.- conformément aux ch. 1 des conclusions formulées dans les dupliques du 10 avril 2008 de l'AFC. Les décisions attaquées sont confirmées pour le surplus. 3.
Les frais de procédure, d'un montant total de Fr. 5'300.-, sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est imputé sur les avances de frais déjà versées de Fr. 2'600.- et Fr. 2'700.-. 4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (Recommandé)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Recommandé)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
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Le président du collège :

La greffière :

Pascal Mollard

Chantal Schiesser-Degottex

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
, 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF).
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