Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 674/2018

Arrêt du 18 décembre 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffier: M. Tissot-Daguette.

Participants à la procédure
1. X.________ Sàrl,
2. Y.________,
tous les deux représentés par Me Nicolas Merlino, avocat, et M. Didier Mange,
recourants,

contre

Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève.

Objet
Droits de mutation; restructuration,

recours contre l'arrêt de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 12 juin 2018 (ATA/601/2018).

Faits :

A.
Le 13 mai 2013, Y.________, qui était propriétaire de nombreux immeubles dans le canton de Genève, a fait inscrire une entreprise individuelle sous son nom au registre du commerce de la République et canton de Genève. Le but de cette entreprise était l'achat, la vente, la location, la gérance, la construction et la revente d'immeubles ainsi que toutes opérations y relatives.
Le 9 octobre 2013, il a fait une demande de ruling auprès de l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) pour procéder à une restructuration de son patrimoine immobilier. L'intéressé désirait transférer ses immeubles privés et commerciaux à trois sociétés à responsabilité limitée nouvellement créées, la société A.________ Sàrl pour les immeubles privés, ainsi que les sociétés B.________ Sàrl et X.________ Sàrl pour les immeubles ou parts d'immeubles commerciaux. La société C.________ Sàrl serait quant à elle détentrice des parts sociales des trois nouvelles sociétés, Y.________ détenant l'entier des parts sociales de celle-ci dans sa fortune privée. La demande de ruling comportait une énumération des immeubles faisant partie de la fortune commerciale, respectivement privée de l'intéressé, ainsi que de ceux faisant l'objet du transfert aux trois sociétés.
Par courrier du 11 octobre 2013, l'Administration fiscale a donné son accord aux incidences fiscales de cette restructuration, notamment l'absence de perception de droits de mutation.
Le 22 novembre 2013, la société X.________ Sàrl a été inscrite au registre du commerce et les actifs et passifs de Y.________ ont été transférés à cette société au début du mois de décembre 2013, conformément à la demande du 9 octobre 2013. L'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce le 12 décembre 2013.
Le 9 juillet 2015, Y.________ a réinscrit l'entreprise individuelle précédemment radiée au registre du commerce. Le 2 septembre 2015, il a vendu à la société X.________ Sàrl des immeubles qu'il détenait dans sa fortune commerciale, en copropriété à raison d'un tiers avec une autre société, au prix de 3'588'144 fr. (actifs de 19'574'227 fr. moins des passifs de 15'986'083 fr.). Le 29 septembre 2015, le notaire de Y.________ a requis l'exonération des droits de mutation relatifs à ce transfert, ces immeubles ayant fait l'objet d'une promotion immobilière récente et ayant été oubliés par son client lors de la première restructuration. L'entreprise individuelle a été radiée du registre du commerce le 4 janvier 2016.

B.
Par décision de taxation du 2 février 2016, l'Administration fiscale a fixé les droits d'enregistrement (droits de mutation) à 587'231 fr. 10, sur la base d'une valeur de transfert de 19'574'227 francs. Y.________, son notaire et la société X.________ Sàrl ont tous trois élevé réclamation contre cette décision le 1 er mars 2016, estimant qu'aucun montant n'était dû au titre des droits de mutation pour le transfert intervenu le 2 septembre 2015. Cette réclamation a été rejetée par l'Administration fiscale dans une décision du 30 mars 2016. Le 2 mai 2016, les trois mêmes personnes ont contesté cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève qui, par jugement du 2 mai 2017, a rejeté le recours. Le 6 juin 2017, Y.________, son notaire et la société X.________ Sàrl ont interjeté recours contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 12 juin 2018, la Cour de justice a rejeté leur recours.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X.________ Sàrl et Y.________ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2018 et d'exempter de droits de mutation la transaction du 2 septembre 2015; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X.________ Sàrl et Y.________ ont confirmé leurs conclusions.

Considérant en droit :

1.
Le présent recours en matière de droit public est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) rendue dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF) par une autorité judiciaire cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
et al. 2 LTF) en matière de droits de mutation, soit un domaine qui ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF), par les destinataires de l'arrêt entrepris qui ont qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF). Le recours est partant recevable.

2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 97 Établissement inexact des faits - 1 Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
1    Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause.
2    Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits.89
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF).

3.
Les recourants invoquent une violation de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (LFus; RS 221.301) en relation avec l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). Ils sont d'avis qu'il ne doit pas être perçu de droits de mutation sur la vente d'immeubles intervenue le 2 septembre 2015.

3.1. Selon l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
phr. 1 LFus, la perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
et 24 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
et 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 3 Assujettissement à raison du rattachement personnel - 1 Les personnes physiques sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement personnel, lorsque, au regard du droit fiscal, elles sont domiciliées dans le canton ou lorsque, sans interruption notable, elles y séjournent pendant 30 jours au moins en exerçant une activité lucrative, ou pendant 90 jours au moins sans exercer d'activité lucrative.
1    Les personnes physiques sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement personnel, lorsque, au regard du droit fiscal, elles sont domiciliées dans le canton ou lorsque, sans interruption notable, elles y séjournent pendant 30 jours au moins en exerçant une activité lucrative, ou pendant 90 jours au moins sans exercer d'activité lucrative.
2    Une personne a son domicile dans le canton, au regard du droit fiscal, lorsqu'elle y réside avec l'intention de s'y établir durablement ou lorsqu'elle y a un domicile légal spécial en vertu du droit fédéral.
3    Le revenu et la fortune des époux qui vivent en ménage commun s'additionnent, quel que soit le régime matrimonial. Le revenu et la fortune des enfants sous autorité parentale sont ajoutés à ceux du détenteur de cette autorité. Le produit de l'activité lucrative des enfants ainsi que les gains immobiliers sont imposés séparément.
4    L'al. 3 s'applique par analogie aux partenaires enregistrés. Les partenaires enregistrés ont le même statut que des époux. Ce principe vaut également pour les contributions d'entretien durant le partenariat enregistré ainsi que pour les contributions d'entretien et la liquidation des biens découlant de la suspension de la vie commune ou de la dissolution du partenariat.4
quater LHID.
L'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus est une norme fédérale d'application directe, qui ne nécessite aucune concrétisation par le droit cantonal. Les cantons restent cependant libres de prévoir un allégement supplémentaire, dès lors que les droits de mutation reposent en principe sur le droit cantonal. En revanche, depuis l'entrée en vigueur de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus, celui-ci fait obstacle à l'application de règles cantonales plus restrictives. Tant que les dispositions cantonales se contentent de reprendre la teneur de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus, la règle cantonale n'a pas d'effet juridique propre (cf. ATF 138 II 557 consid. 4.2 et 4.3 p. 559). Tel est le cas de l'art. 61A al. 1 de la loi genevoise du 9 octobre 1969 sur les droits d'enregistrement (LDE/GE; RSGE D 3 30), en relation avec l'art. 33 LDE/GE, qui prévoit qu'il n'est perçu aucun droit pour le transfert de biens immobiliers en cas de restructuration en franchise d'impôts au sens de l'art. 20 al. 1 de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP/GE; RSGE D 3 08), dont la teneur est semblable à celle de l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID (cf. consid. 3.2 ci-dessous), et de l'art. 24 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
et 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
quater LHID. Dans ces conditions, le présent cas doit être examiné exclusivement sous l'angle
de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus et des dispositions de la loi sur l'harmonisation auxquelles celui-ci fait référence.

3.2. Comme on l'a vu, l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus renvoie aux art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
et 24 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
et 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 3 Assujettissement à raison du rattachement personnel - 1 Les personnes physiques sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement personnel, lorsque, au regard du droit fiscal, elles sont domiciliées dans le canton ou lorsque, sans interruption notable, elles y séjournent pendant 30 jours au moins en exerçant une activité lucrative, ou pendant 90 jours au moins sans exercer d'activité lucrative.
1    Les personnes physiques sont assujetties à l'impôt à raison du rattachement personnel, lorsque, au regard du droit fiscal, elles sont domiciliées dans le canton ou lorsque, sans interruption notable, elles y séjournent pendant 30 jours au moins en exerçant une activité lucrative, ou pendant 90 jours au moins sans exercer d'activité lucrative.
2    Une personne a son domicile dans le canton, au regard du droit fiscal, lorsqu'elle y réside avec l'intention de s'y établir durablement ou lorsqu'elle y a un domicile légal spécial en vertu du droit fédéral.
3    Le revenu et la fortune des époux qui vivent en ménage commun s'additionnent, quel que soit le régime matrimonial. Le revenu et la fortune des enfants sous autorité parentale sont ajoutés à ceux du détenteur de cette autorité. Le produit de l'activité lucrative des enfants ainsi que les gains immobiliers sont imposés séparément.
4    L'al. 3 s'applique par analogie aux partenaires enregistrés. Les partenaires enregistrés ont le même statut que des époux. Ce principe vaut également pour les contributions d'entretien durant le partenariat enregistré ainsi que pour les contributions d'entretien et la liquidation des biens découlant de la suspension de la vie commune ou de la dissolution du partenariat.4
quater LHID. L'art. 8
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID, intitulé "Activité lucrative indépendante" et applicable, s'agissant en l'espèce de la restructuration d'une personne physique et pas d'une personne morale, prévoit à son al. 3:

"Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:
a. en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b. en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c. en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions."

Il sied de mentionner que, dans l'ATF 138 II 557 consid. 5.2 p. 562, le Tribunal fédéral a jugé qu'il convenait de comprendre le renvoi de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus à l'art. 24 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
et 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
quater LHID (qui est l'équivalent de l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID pour les personnes morales) en ce sens que seule la notion de "restructuration" doit être retenue en matière de droit de mutation, à l'exclusion des autres conditions établies par la loi sur l'harmonisation pour permettre l'exonération des impôts directs (c'est-à-dire le maintien de l'assujettissement en Suisse et la reprise des éléments commerciaux à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu). Cette conséquence tient compte des caractéristiques du droit de mutation qui est un impôt indirect frappant les transactions juridiques (arrêt 2C 744/2017 du 16 avril 2018 consid. 6.3, in RDAF 2018 II 259).

3.3. D'emblée il faut relever qu'en tant que les recourants estiment que la vente du 2 septembre 2015 est intervenue en prolongement du transfert de 2013, ils ne sauraient être suivis. En effet, sur la base des faits retenus par l'autorité précédente et qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 2 ci-dessus), le transfert de 2013, à la suite duquel la raison individuelle du recourant 2 a été radiée du registre du commerce, portait sur des immeubles définis précisément dans la procédure de ruling, à l'exclusion des immeubles ayant fait l'objet de la vente de 2015. Ces derniers immeubles ont d'ailleurs été transférés séparément à la recourante 1, le recourant 2 ayant au demeurant réinscrit sa raison individuelle au registre du commerce dans ce seul but. Le fait que le recourant 2 ait prétendument oublié d'inclure les immeubles du transfert de 2015 dans la liste soumise à l'Administration fiscale dans le cadre du ruling de 2013 ne permet pas d'arriver à une autre conclusion, pas plus que sa volonté de transférer l'ensemble de son patrimoine commercial.
Ainsi, on doit retenir que, le 2 septembre 2015, le recourant 2, indépendant inscrit au registre du commerce, a transféré des immeubles à la recourante 1, société à responsabilité limitée, par le biais d'un contrat de vente immobilière. Cette configuration relève de l'art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID. En conséquence, deux conditions principales doivent être remplies pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus en lien avec l'art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID: il faut que l'on soit en présence, premièrement, d'une restructuration et, secondement, d'une exploitation (cf. arrêt 2C 503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.3).

3.4. L'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus suppose, pour bénéficier de l'exonération des droits de mutation, que l'on soit en présence d'une restructuration; cette loi comporte des chapitres relatifs à la fusion (art. 3 ss
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 3 Principe - 1 La fusion de sociétés peut résulter:
1    La fusion de sociétés peut résulter:
a  de la reprise d'une société par une autre (fusion par absorption);
b  de leur réunion en une nouvelle société (fusion par combinaison).
2    La fusion entraîne la dissolution de la société transférante et sa radiation du registre du commerce.
LFus), la scission (art. 29 ss
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 29 Principe - La scission d'une société peut résulter:
a  soit de la division de l'ensemble de son patrimoine et du transfert des parts de ce dernier à d'autres sociétés; ses associés reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat des sociétés reprenantes; la société transférante est dissoute et radiée du registre du commerce (division);
b  soit du transfert d'une ou de plusieurs parts de son patrimoine à d'autres sociétés; ses associés reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat des sociétés reprenantes (séparation).
LFus), la transformation (art. 53 ss
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 53 Principe - Une société peut changer de forme juridique (transformation). Ses rapports juridiques ne s'en trouvent pas modifiés.
LFus) et le transfert de patrimoine (art. 69 ss
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 69 - 1 Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
1    Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
2    Les dispositions légales et statutaires concernant la protection du capital et la liquidation sont réservées.
LFus); elle régit les restructurations de sociétés sous l'angle du droit civil et contient également des dispositions de droit fiscal. La notion de restructuration n'est cependant définie dans aucune disposition de la législation fiscale ou civile. Quant aux dispositions fiscales auxquelles renvoie la loi sur la fusion, elles sont conçues de façon large et énumèrent une liste exemplative de ce qui est considéré comme des restructurations ou des transactions assimilables à des restructurations (cf. art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
et 24 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
1    L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
a  les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
b  les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
c  les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
2    Ne constituent pas un bénéfice imposable:
a  les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
b  le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
c  les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
3    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
3bis    Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
3ter    En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
3quater    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
3quinquies    Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
4    Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
4bis    En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
5    Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.
LHID, ainsi que art. 19 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
et 61 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 61 Restructurations - 1 Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
1    Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
a  en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
b  en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou une partie distincte d'exploitation;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
d  en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitation ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.
3    Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses, qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille au sens de l'art. 61, al. 1, let. d, est réservé.
4    Si, dans les cinq ans qui suivent un transfert selon l'al. 3, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est abandonnée durant cette période, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue aux art. 151 à 153. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.
5    La société qui, ensuite de la reprise des actifs et passifs d'une société de capitaux ou d'une société coopérative subit une perte comptable sur la participation qu'elle détient dans cette société, ne peut déduire cette perte sur la plan fiscal; tout bénéfice comptable sur la participation est imposable.
LIFD [RS 642.11]). Ces dispositions, dont l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID, mentionnent ainsi que le privilège fiscal s'applique "[...] lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation [...]". Plusieurs types de restructurations outre la fusion, la scission ou la transformation peuvent se présenter et être opérées en neutralité
fiscale; il en va, notamment, ainsi des quasi-fusions et des scissions horizontales. Au regard de l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID, la notion de restructuration comprend également le transfert de patrimoine des art. 69 ss
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 69 - 1 Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
1    Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
2    Les dispositions légales et statutaires concernant la protection du capital et la liquidation sont réservées.
LFus (cf. arrêt 2C 503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.4 et les références).
Le transfert de patrimoine est une institution juridique autonome de la loi sur la fusion et complémentaire à la fusion, la scission et la transformation (Message du Conseil fédéral du 13 juin 2000 concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [Loi sur la fusion; LFus], FF 2000 3995 p. 4018 s., ch. 1.3.2.4.4; arrêt 2C 503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5 et les références). Ce transfert vise plusieurs types d'opérations dont la neutralité fiscale est possible de par la loi sur la fusion, pour autant que le procédé soit analogue, au plan économique, à une fusion, une scission ou une transformation. Selon l'art. 69 al. 1
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 69 - 1 Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
1    Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
2    Les dispositions légales et statutaires concernant la protection du capital et la liquidation sont réservées.
LFus, les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. L'art. 69 al. 1
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 69 - 1 Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
1    Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
2    Les dispositions légales et statutaires concernant la protection du capital et la liquidation sont réservées.
LFus détermine donc quels sujets peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine et à quels sujets ce patrimoine peut être transféré. Cette disposition permet, de la sorte, de dresser la liste des transferts de patrimoine autorisés. Ainsi, en lien
avec l'art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID, le transfert d'une raison individuelle à une personne morale ou l'aliénation d'une partie de l'entreprise de personnes est autorisé (arrêt 2C 503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5 et les références). Contrairement à la fusion, la scission et la transformation, le transfert de patrimoine est admis presque sans restriction relativement à la forme juridique des sujets qui y participent, à la condition toutefois que le sujet transférant soit inscrit au registre du commerce (cf. au sujet de l'obligation d'inscription au registre du commerce: arrêt 2C 503/2017 du 8 octobre 2018 consid. 5.5 et les références).

3.5. Quant à la notion d'exploitation, le Tribunal fédéral l'a définie dans l'ATF 142 II 283 en relation avec l'art. 19 al. 1
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 19 - 1 Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
1    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:35
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 61, al. 1, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.36
2    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 1, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue aux art. 151 à 153, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.37
3    Les al. 1 et 2 s'appliquent par analogie aux entreprises exploitées en main commune.
LIFD (dont la teneur est semblable à celle de l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID). Il n'y a pas de raison de se distancier de cette définition, comme le voudraient les recourants, puisque l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus renvoie expressément à l'art. 8 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID et plus particulièrement à la notion de "restructuration" (cf. consid. 3.2 ci-dessus; ATF 138 II 557 consid. 5.2 p. 562), notion qui comprend celle de transfert d'une "exploitation" (cf. art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID). Ainsi, constitue une exploitation tout complexe organisationnel et technique de valeurs patrimoniales qui représente une certaine indépendance. L'exploitation se caractérise par un degré élevé d'autonomie et se présente comme une organisation capable de subsister par elle-même. Dans une exploitation, le capital et le travail sont mis en oeuvre dans le but de réaliser des bénéfices, étant toutefois précisé que l'engagement de la force de travail ne se limite pas au prélèvement des plus-values ou à la récupération de bénéfices (ATF 142 II 283 consid. 3.2 p. 287 s. et le références).
Le Tribunal fédéral a plus concrètement examiné l'existence d'une exploitation dans les cas d'administration de biens immobiliers (ATF 142 II 283 consid. 3.4.1 p. 291), respectivement de commerce de tels biens (ATF 142 II 283 consid. 3.4.2 p. 291 s.). Il a tout d'abord jugé que l'administration de biens immobiliers ne présentait que rarement les caractéristiques d'une exploitation. Pour que tel soit le cas, il est nécessaire que l'activité dépasse la simple gestion de patrimoine et qu'elle porte sur un grand nombre d'immeubles (cf. ATF 142 II 283 consid. 3.4.1 p. 291; 115 Ib 263 consid. 2c p. 267; arrêt 2C 107/2011 du 2 avril 2012 consid. 3.3 et les références). Quant au commerce de biens immobiliers, le Tribunal fédéral a considéré qu'il n'était pas possible d'admettre systématiquement l'existence d'une exploitation pour chaque activité indépendante relative à un tel commerce, mais qu'il fallait examiner dans chaque cas d'espèce si les conditions étaient remplies (ATF 142 II 283 consid. 3.4.2 p. 291 s.).

4.

4.1. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt contesté que l'entreprise individuelle inscrite au registre du commerce le 9 juillet 2015 était copropriétaire pour un tiers de plusieurs immeubles (huit adresses différentes). Le but de cette entreprise individuelle était l'achat, la vente, la location, la gérance, la construction et la revente d'immeubles, et d'une façon générale toutes opérations se rattachant directement ou indirectement à son but principal. Lors du transfert, le 2 septembre 2015 pour un montant de 3'588'144 fr., les immeubles ne produisaient aucun rendement.

4.2. Ni les recourants, ni l'autorité précédente ne mettent en doute l'existence d'un transfert de patrimoine au sens de l'art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID, respectivement de l'art. 69 al. 1
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 69 - 1 Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
1    Les sociétés et entreprises individuelles inscrites au registre du commerce, les sociétés en commandite de placement collectif et les sociétés d'investissement à capital variable peuvent transférer tout ou partie de leur patrimoine avec actifs et passifs à un autre sujet de droit privé. 44 Le chapitre 3 s'applique si les associés de la société transférante reçoivent des parts sociales ou des droits de sociétariat de la société reprenante.
2    Les dispositions légales et statutaires concernant la protection du capital et la liquidation sont réservées.
LFus. On ne peut effectivement que confirmer ce transfert, puisque la raison individuelle ayant transféré son patrimoine était inscrite au registre du commerce et que le transfert a été effectué au bénéfice d'une société à responsabilité limitée. Seule se pose en définitive la question de savoir si le recourant 2, au travers de sa raison individuelle, a transféré une "exploitation" ou une partie distincte d'une "exploitation" à la recourante 1.

4.3. L'arrêt entrepris ne permet que difficilement de déterminer l'importance du parc immobilier cédé par la raison individuelle à la recourante 1. Néanmoins, compte tenu du nombre d'adresses, on peut constater qu'il ne s'agit tout au plus que de huit immeubles, dont la raison individuelle n'était copropriétaire que d'un tiers. Dans un tel cas de figure, il ne saurait être question d'un grand nombre de biens immobiliers. Par conséquent, l'activité de l'entreprise individuelle du recourant 2, inscrite en 2015, en relation avec ces immeubles ne saurait s'étendre au-delà d'une simple administration de biens-fonds, ce d'autant moins que, comme on l'a vu, la notion d'exploitation s'entend restrictivement lorsqu'elle est en lien avec du commerce ou de la gestion d'immeubles. Il n'est donc nullement question d'exploitation au sens de l'art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID. De plus et surtout, les immeubles cédés ne produisaient aucun rendement lors de leur vente, si bien qu'il n'est pas possible de considérer qu'ils présentaient un degré élevé d'autonomie et constituaient une organisation capable de subsister par elle-même, caractéristiques essentielles à la notion d'exploitation. Le fait que le recourant 2 ait précédemment été propriétaire d'autres
immeubles n'est pas pertinent, seul le transfert des immeubles en cause devant être examiné (cf. ATF 142 II 283 consid. 4.3 p. 293).

4.4. Sur le vu de ce qui précède, il sied de retenir que le transfert du 2 septembre 2015 ne constitue pas le transfert d'une exploitation et ainsi d'écarter le grief de violation de l'art. 103
SR 221.301 Loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Loi sur la fusion, LFus) - Loi sur la fusion
LFus Art. 103 - La perception de droits de mutation cantonaux ou communaux est exclue en cas de restructuration au sens des art. 8, al. 3, et 24, al. 3 et 3quater, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes59. Les émoluments couvrant les frais occasionnés sont réservés.
LFus, respectivement de l'art. 8 al. 3 let. b
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID. Il convient donc de rejeter le recours. Au demeurant, sur le vu de ce qui précède, il n'est pas nécessaire d'examiner l'application faite par la Cour de justice de la Circulaire n° 5 du 1 er juin 2004 de l'Administration fédéral des contributions sur les restructurations (cf. ATF 142 II 283 consid. 3.4.2 p. 292).

5.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
et 5
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 3
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.

3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataire et représentant des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 18 décembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

Le Greffier : Tissot-Daguette