Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 709/2020

Arrêt du 18 juin 2021

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux
Seiler, Président, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière : Mme Kleber.

Participants à la procédure
1. A.________,
2. Association B.________,
toutes les deux représentées par Me Romain Jordan, avocat,
recourantes,

contre

Département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse,
rue de l'Hôtel-de-Ville 6, 1204 Genève.

Objet
Mise en oeuvre de l'exigence de la troisième heure d'éducation physique, déni de justice

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 30 juin 2020 (ATA/629/2020).

Faits :

A.
A.________ est la mère d'un enfant né en 2010 et scolarisé à Genève.
L'association B.________ est une association au sens des art. 60 ss du Code civil, ayant son siège à Genève (art. 1 et 2 des statuts). Elle a pour but statutaire d'assurer la promotion de l'éducation physique et du sport (art. 3.1 des statuts), la défense des intérêts et la profession des maîtres d'éducation physique, des projets sportifs et de la place de l'éducation physique dans les cursus scolaires obligatoires et post-obligatoires (art. 3.2 des statuts), ainsi que de représenter les maîtres d'éducation physique devant diverses autorités (art. 3.3 des statuts). A cette fin, elle entreprend toute action qu'elle juge appropriée (art. 4.2 des statuts). Est notamment admis en qualité de membre tout maître d'éducation physique en activité à Genève (art. 5.1.1 des statuts).

B.

B.a. La loi fédérale du 17 juin 2011 sur l'encouragement du sport et de l'activité physique (loi sur l'encouragement du sport; LESp; RS 415.0) est entrée en vigueur le 1er octobre 2012. D'après l'art. 12 al. 4
SR 415.0 Legge federale del 17 giugno 2011 sulla promozione dello sport e dell'attività fisica (Legge sulla promozione dello sport, LPSpo) - Legge sulla promozione dello sport
LPSpo Art. 12 Promozione delle opportunità di praticare sport e attività fisica - 1 Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
1    Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
2    L'insegnamento dell'educazione fisica è obbligatorio nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II.
3    La Confederazione, dopo aver consultato i Cantoni, stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II, eccezion fatta per le scuole professionali di base. Al riguardo, considera le esigenze specifiche del livello di scuola.
4    Nella scuola dell'obbligo sono obbligatorie almeno tre lezioni di educazione fisica alla settimana.
5    Il Consiglio federale stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nelle scuole professionali di base.
LESp, "l'enseignement à l'école obligatoire doit prévoir au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique".

B.b. Dans un arrêt du 19 mai 2016, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté, dans la mesure où il était recevable, un recours formé notamment par A.________ et l'Association B.________ tendant à ce qu'il soit fait injonction au Grand Conseil de Genève d'adopter une réglementation prévoyant au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique à l'école obligatoire genevoise.
En substance, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice a retenu que l'obligation prévue à l'art. 12 al. 4
SR 415.0 Legge federale del 17 giugno 2011 sulla promozione dello sport e dell'attività fisica (Legge sulla promozione dello sport, LPSpo) - Legge sulla promozione dello sport
LPSpo Art. 12 Promozione delle opportunità di praticare sport e attività fisica - 1 Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
1    Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
2    L'insegnamento dell'educazione fisica è obbligatorio nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II.
3    La Confederazione, dopo aver consultato i Cantoni, stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II, eccezion fatta per le scuole professionali di base. Al riguardo, considera le esigenze specifiche del livello di scuola.
4    Nella scuola dell'obbligo sono obbligatorie almeno tre lezioni di educazione fisica alla settimana.
5    Il Consiglio federale stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nelle scuole professionali di base.
LESp ne nécessitait pas de transposition par les cantons dans un acte de rang législatif. Directement applicable, cette obligation s'imposait indépendamment de toute considération d'ordre financier, organisationnel ou ayant trait aux infrastructures en place.

B.c. A la suite de cet arrêt, différents parents d'élèves et l'Association B.________ ont adressé un courrier à la Conseillère d'Etat en charge du Département de l'instruction publique, de la culture et du sport, devenu le Département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse de la République et canton de Genève (ci-après: la Conseillère d'Etat et le Département) mettant celle-ci en demeure de procéder à la mise en oeuvre d'une troisième période hebdomadaire d'éducation physique. Le 15 juin 2016, la Conseillère d'Etat a répondu que l'instauration de trois périodes hebdomadaires d'éducation physique ne pourrait pas avoir lieu à la rentrée scolaire 2016.
Par arrêt du 23 août 2016 (ATA/693/2016), la Chambre administrative de la Cour de justice a rejeté dans la mesure de sa recevabilité le recours formé contre ce courrier notamment par A.________ et l'Association B.________. Par arrêt du 24 mai 2017 (2C 901/2016), le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours interjeté contre cet arrêt. En substance, le Tribunal fédéral a considéré que la confirmation par la Cour de justice du courrier du Département du 15 juin 2016 indiquant aux recourants que la troisième période d'éducation physique ne pourrait pas être introduite à la rentrée 2016, respectivement au cours de l'année scolaire 2016/2017, ne violait pas l'art. 12 al. 4
SR 415.0 Legge federale del 17 giugno 2011 sulla promozione dello sport e dell'attività fisica (Legge sulla promozione dello sport, LPSpo) - Legge sulla promozione dello sport
LPSpo Art. 12 Promozione delle opportunità di praticare sport e attività fisica - 1 Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
1    Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
2    L'insegnamento dell'educazione fisica è obbligatorio nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II.
3    La Confederazione, dopo aver consultato i Cantoni, stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II, eccezion fatta per le scuole professionali di base. Al riguardo, considera le esigenze specifiche del livello di scuola.
4    Nella scuola dell'obbligo sono obbligatorie almeno tre lezioni di educazione fisica alla settimana.
5    Il Consiglio federale stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nelle scuole professionali di base.
LESp, qui ne fixait notamment pas de calendrier de mise en oeuvre. Le Tribunal fédéral a toutefois précisé qu'il appartenait au canton d'introduire une troisième période d'éducation physique hebdomadaire pour tous les niveaux de l'école obligatoire dans les plus brefs délais (consid. 6.4).

B.d. Courant 2016 et 2017, divers échanges entre l'Association B.________ et la Conseillère d'Etat ont eu lieu au sujet du calendrier de mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire.
Les 23 février et 27 mars 2017, la Conseillère d'Etat a confirmé à l'Association B.________ qu'une troisième période hebdomadaire d'éducation physique au cycle d'orientation (degré secondaire), en "9e R1 et R2" serait prévue à la rentrée scolaire 2017, puis étendue à l'ensemble des classes dès la révision de la grille horaire, prévue à l'horizon de la rentrée scolaire 2018 ou 2019.
Le 4 décembre 2017, l'Association B.________ s'est enquise auprès de la Conseillère d'Etat de l'avancement de ses engagements.
Le 20 décembre 2017, celle-ci a répondu que le déploiement partiel de la troisième heure de sport hebdomadaire pour les élèves du cycle d'orientation lors de la rentrée scolaire 2017-2018 serait poursuivi lors de l'adaptation de la grille horaire prévue à la rentrée 2018-2019.
Par courrier du 22 décembre 2017, l'Association B.________ a mis en demeure la Conseillère d'Etat de lui proposer un calendrier précis de mise en oeuvre. Le 9 janvier 2018, la Conseillère d'Etat a fait savoir à l'association qu'elle l'associerait aux travaux liés à la révision de la grille horaire au plus tard avant la fin de l'année scolaire 2017-2018.
Le 11 janvier 2018, l'Association B.________ a réitéré ses précédentes demandes.

B.e. Le 17 janvier 2018, A.________, notamment, et l'Association B.________ ont saisi la Chambre administrative de la Cour de justice d'un recours pour déni de justice, concluant au renvoi de la cause au Département aux fins de la mise en oeuvre dans les plus brefs délais de la troisième période d'éducation physique dans tous les degrés de l'école obligatoire à Genève, à défaut, que le Département rende une décision sujette à recours.
Par arrêt du 24 avril 2018 (ATA/386/2018), la Cour de justice a déclaré le recours irrecevable. Cet arrêt est entré en force.

B.f. Le 10 juillet 2018, l'Association B.________ a écrit à la Conseillère d'Etat en lui indiquant ne pas avoir été invitée à participer à la réforme de la grille horaire en cours. Elle a souligné que la mise en oeuvre projetée n'était toujours pas conforme au droit fédéral, tout en lui impartissant un délai pour ce faire.
Le 18 juillet 2018, la Conseillère d'Etat lui a proposé une rencontre. Celle-ci a eu lieu le 3 septembre 2018.
Le 19 septembre 2018, la Conseillère d'Etat a confirmé à l'Association B.________ le déploiement progressif d'un dispositif permettant à tous les élèves du cycle d'orientation de bénéficier de trois périodes d'éducation physique sur les deux des trois années de scolarité (soit en sus des élèves des sections "R1 et R2" en 9e année, les élèves de la section "LS" en 10e année, puis l'ensemble des élèves de 11e année), étant précisé qu'au regard des contraintes organisationnelles, matérielles et budgétaires, la perspective d'étendre la mesure à l'ensemble des élèves sur les trois années du cycle d'orientation était complexe. Afin de trouver des solutions alternatives, elle l'invitait à participer à un groupe de travail.
Le 17 décembre 2018, A.________ et l'Association B.________ ont répondu à la Conseillère d'Etat que le calendrier qu'elle proposait ne respectait pas les exigences du Tribunal fédéral. Ils la mettaient ainsi en demeure de leur transmettre un calendrier précis, prévoyant une mise en oeuvre effective de la mesure.
Le 15 janvier 2019, la Conseillère d'Etat leur a répondu que la révision de la grille horaire se poursuivait et a réitéré l'invitation faite à l'Association B.________ de participer à un groupe de travail.
Le 26 février 2019, l'Association B.________ a répété sa demande consistant à obtenir de la Conseillère d'Etat un planning précis de mise en oeuvre. Le 1er mars 2019, la Conseillère d'Etat a renvoyé à la teneur de ses précédents courriers, précisant que la proposition d'un travail concret impliquait que l'Association B.________ prenne contact avec ses services en vue de participer aux séances de travail projetées, afin de définir les modalités pratiques de la mise en oeuvre de la troisième heure de sport.

C.

C.a. Le 9 janvier 2020, A.________ et l'Association B.________ ont invité la Conseillère d'Etat à rendre une décision formelle au sujet de la situation, notamment au regard de l'arrêt du Tribunal fédéral du 24 mai 2017 (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), et à confirmer qu'une troisième période d'éducation physique hebdomadaire pour tous les niveaux de l'école obligatoire serait introduite à la rentrée 2020.
Le 28 janvier 2020, la Conseillère d'Etat s'est référée à la teneur de ses précédents courriers, précisant qu'au vu de la décision du Grand Conseil refusant le budget, les options prises avaient dû être reconsidérées. Elle avait maintenu l'introduction de la troisième période d'éducation physique pour les élèves de 10e année en section "LS", mais la finalisation de la mise en oeuvre de cette troisième heure pour tous les élèves du cycle d'orientation à compter de la rentrée scolaire 2021 était dépendante du budget devant être voté en fin d'année.

C.b. Le 2 mars 2020, A.________ et l'Association B.________ ont saisi la Chambre administrative de la Cour de justice d'un recours pour déni de justice, concluant à ce que ce déni soit constaté et au renvoi de la cause au Département pour prise d'une décision formelle.
Par arrêt du 30 juin 2020, la Cour de justice a déclaré le recours pour déni de justice irrecevable.

D.
Contre l'arrêt du 30 juin 2020, A.________ (ci-après: la recourante 1) et l'Association B.________ (ci-après: l'association ou la recourante 2) forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elles concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué, au constat de la recevabilité de leur recours formé le 2 mars 2020 et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, de déclarer irrecevable le recours et de le rejeter sur le fond. Les recourantes ont répliqué, en persistant intégralement dans les termes et conclusions de leur recours.

Considérant en droit :

1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 135 II 145 consid. 3).

1.1. Dans une procédure administrative, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable, notamment pour défaut de qualité pour recourir, est habilité à contester l'arrêt d'irrecevabilité par un recours en matière de droit public lorsque l'arrêt au fond aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie de droit (ATF 135 II 145 consid. 3.2; 131 II 497 consid. 1; 124 II 499 consid. 1b; arrêt 2C 711/2018 du 7 juin 2019 consid. 1.1, non publié in ATF 145 II 328).
En l'espèce, le litige porte au fond sur le droit à l'obtention d'une décision du Département s'agissant de la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire à l'école obligatoire à Genève. La matière relève donc du droit public (art. 82
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF) et ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. Sur le principe, l'arrêt au fond, en tant que décision finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) rendue dans une cause de droit public par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF), aurait pu faire l'objet d'un recours en matière de droit public, de sorte que cette voie de droit est ouverte pour contester l'arrêt d'irrecevabilité.

1.2. En tant que représentante légale de son enfant (art. 304
SR 210 Codice civile svizzero del 10 dicembre 1907
CC Art. 304 - 1 I genitori rappresentano per legge il figlio verso i terzi, nella misura dell'autorità parentale che loro compete.
1    I genitori rappresentano per legge il figlio verso i terzi, nella misura dell'autorità parentale che loro compete.
2    Se ambedue i genitori sono detentori dell'autorità parentale, i terzi di buona fede possono presumere che ciascun genitore agisca con il consenso dell'altro.386
3    I genitori non possono, in rappresentanza del figlio, contrarre fideiussioni, costituire fondazioni né fare donazioni, fatti salvi i regali d'uso.387
CC), la recourante 1 est habilitée à former un recours aussi bien en son nom qu'au nom de son enfant (arrêt 2C 824/2019 du 31 janvier 2020 consid. 1.2 et les arrêts cités). Les recourantes ont toutes deux participé à la procédure devant la Cour de justice et sont particulièrement touchées par le refus d'entrer en matière sur leur recours pour déni de justice (art. 89 al. 1 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
et b LTF). Elles ont en outre un intérêt digne de protection (art. 89 al. 1 let. c
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF) à ce qu'il soit statué sur le point de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a nié leur qualité pour recourir devant elle. Elles ont donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF. Il convient de préciser que le motif d'irrecevabilité retenu par la Cour de justice constitue l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral, à l'exclusion du fond de l'affaire (ATF 135 II 145 consid. 3.1; 133 V 239 consid. 4; arrêt 2C 711/2018 du 7 juin 2019 consid. 1.2; non publié in ATF 145 II 328). En effet, si la Cour de justice a relevé, s'agissant du recours de la mère de l'enfant, que "même à admettre la recevabilité du recours, celui-ci devrait en tout état de cause être rejeté" (p. 13
de l'arrêt attaqué), laissant entendre qu'elle avait procédé aussi à un examen matériel subsidiaire (cf., sur ce cas de figure, ATF 139 II 233 consid. 3.2), les arguments qu'elle a développés se rapportent tous à l'entrée en matière.

1.3. Pour le surplus, le recours a été formé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 46 Sospensione - 1 I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
1    I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  l'esecuzione cambiaria;
c  i diritti politici (art. 82 lett. c);
d  l'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e l'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
e  gli appalti pubblici.18
et 100
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF). Il est donc en principe recevable.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF, il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux, ainsi que de celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (ATF 142 III 364 consid. 2.4; 141 I 36 consid. 1.3; 135 III 232 consid. 1.2).

3.
Le litige porte sur le point de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a refusé d'entrer en matière sur le recours formé devant elle par les intéressées.

3.1. Dans leur demande du 9 janvier 2020, les recourantes ont invité la Conseillère d'Etat à rendre une décision formelle s'agissant de la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire à l'école obligatoire à Genève. Dans son courrier du 28 janvier 2020, la Conseillère d'Etat ne s'est pas explicitement prononcée sur la demande de décision, se référant seulement à de précédents courriers et faisant état de contraintes budgétaires.

3.2. Dans leur recours du 2 mars 2020 devant la Cour de justice, les recourantes se sont plaintes d'un déni de justice, en relevant que les mesures organisationnelles prises par le Département relatives à la troisième période d'éducation physique hebdomadaire avaient des effets sur leur situation juridique et devaient pouvoir faire l'objet d'une décision sujette à un contrôle juridictionnel. La Cour de justice a déclaré ce recours irrecevable. En résumé, s'agissant de la recourante 1, la Cour de justice a relevé que son enfant, né en 2010, était encore au degré primaire de la scolarité, où trois périodes d'éducation physique hebdomadaires étaient dispensées. Elle n'avait donc pas d'intérêt direct, actuel et concret à recourir. Elle a aussi noté que l'enfant, pour le même motif, n'était pas touché de manière directe, concrète et avec une intensité plus grande que les autres élèves par l'absence de mesure organisationnelle relative à la troisième période d'éducation physique au degré secondaire. Partant, selon la Cour de justice, même si le recours était recevable, il devrait être rejeté, car la recourante ne pouvait pas prétendre au prononcé d'une décision au sens de l'art. 4A de la loi genevoise sur la procédure administrative du
12 septembre 1985 (LPA/GE; RS/GE E 5 10).
S'agissant de la recourante 2, la Cour de justice a retenu, en se référant à son précédent arrêt du 24 avril 2018, que celle-ci n'avait pas qualité pour recourir en l'absence d'intérêt digne de protection tant de ses membres que d'elle-même à la mise en oeuvre de la troisième période hebdomadaire d'éducation physique, un tel intérêt ne pouvant être reconnu qu'aux élèves concernés par l'école obligatoire.

3.3. Les recourantes dénoncent la violation de l'art. 111
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 111 Unità procedurale - 1 Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
1    Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
2    Le autorità federali che hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale possono avvalersi dei rimedi giuridici previsti dal diritto cantonale e, in quanto ne facciano richiesta, partecipare ai procedimenti dinanzi alle autorità cantonali inferiori.
3    L'autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale deve poter esaminare almeno le censure di cui agli articoli 95-98. ...99
LTF en lien avec l'art. 89
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF dans la mesure où la Cour de justice leur a dénié un intérêt digne de protection à recourir pour déni de justice formel et a partant déclaré irrecevable leur recours faute de qualité pour recourir.

4.

4.1. En vertu de l'art. 4A LPA/GE, toute personne qui a un intérêt digne de protection peut exiger que l'autorité compétente pour des actes fondés sur le droit fédéral, cantonal ou communal et touchant à des droits ou des obligations: a) s'abstienne d'actes illicites, cesse de les accomplir, ou les révoque; b) élimine les conséquences d'actes illicites; c) constate le caractère illicite de tels actes (al. 1). L'autorité statue par décision (al. 2).
L'art. 4A LPA/GE, qui est formulé de manière presque identique à l'art. 25a
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 25a - 1 Chiunque ha un interesse degno di protezione può esigere che l'autorità competente per atti materiali che si fondano sul diritto pubblico federale e che tangono diritti od obblighi:
1    Chiunque ha un interesse degno di protezione può esigere che l'autorità competente per atti materiali che si fondano sul diritto pubblico federale e che tangono diritti od obblighi:
a  ometta, cessi o revochi atti materiali illeciti;
b  elimini le conseguenze di atti materiali illeciti;
c  accerti l'illiceità di atti materiali.
2    L'autorità pronuncia mediante decisione formale.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021), met en oeuvre, au niveau cantonal, le droit à l'accès au juge garanti par l'art. 29a
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29a Garanzia della via giudiziaria - Nelle controversie giuridiche ognuno ha diritto al giudizio da parte di un'autorità giudiziaria. In casi eccezionali, la Confederazione e i Cantoni possono escludere per legge la via giudiziaria.
Cst. s'agissant du contrôle des actes matériels de l'administration (arrêt 1C 150/2020 du 24 septembre 2020 consid. 5.3; cf. arrêt 8C 775/2019 du 17 mars 2020 consid. 3.1). La disposition s'interprète de la même manière que l'art. 25a
SR 172.021 Legge federale del 20 dicembre 1968 sulla procedura amministrativa (PA)
PA Art. 25a - 1 Chiunque ha un interesse degno di protezione può esigere che l'autorità competente per atti materiali che si fondano sul diritto pubblico federale e che tangono diritti od obblighi:
1    Chiunque ha un interesse degno di protezione può esigere che l'autorità competente per atti materiali che si fondano sul diritto pubblico federale e che tangono diritti od obblighi:
a  ometta, cessi o revochi atti materiali illeciti;
b  elimini le conseguenze di atti materiali illeciti;
c  accerti l'illiceità di atti materiali.
2    L'autorità pronuncia mediante decisione formale.
PA (cf. arrêt 1C 150/2020 du 24 septembre 2020 consid. 5.3).
En vertu de l'art. 4 al. 4 LPA/GE, lorsqu'une autorité mise en demeure refuse sans droit de statuer ou tarde à se prononcer, son silence est assimilé à une décision. Une partie peut recourir en tout temps à la chambre administrative pour déni de justice ou retard non justifié si l'autorité concernée ne donne pas suite rapidement à la mise en demeure prévue à l'art. 4 al. 4 LPA/GE (art. 62 al. 6 LPA/GE).

4.2. La qualité pour recourir devant la Cour de justice est définie par l'art. 60 LPA/GE. Toutefois, aux termes de l'art. 111 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 111 Unità procedurale - 1 Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
1    Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
2    Le autorità federali che hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale possono avvalersi dei rimedi giuridici previsti dal diritto cantonale e, in quanto ne facciano richiesta, partecipare ai procedimenti dinanzi alle autorità cantonali inferiori.
3    L'autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale deve poter esaminare almeno le censure di cui agli articoli 95-98. ...99
LTF, la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. Il résulte de cette disposition que la qualité pour recourir devant les autorités cantonales ne peut pas s'apprécier de manière plus restrictive que la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, les cantons demeurant libres de concevoir cette qualité de manière plus large (ATF 138 II 162 consid. 2.1.1; 135 II 145 consid. 5). Le droit genevois ne conçoit pas la qualité pour recourir de façon plus large que l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF, de sorte qu'il convient d'examiner la qualité pour recourir sous l'angle de cette dernière disposition (ATF 144 I 43 consid. 2.1). S'agissant de droit fédéral (art. 111 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 111 Unità procedurale - 1 Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
1    Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
2    Le autorità federali che hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale possono avvalersi dei rimedi giuridici previsti dal diritto cantonale e, in quanto ne facciano richiesta, partecipare ai procedimenti dinanzi alle autorità cantonali inferiori.
3    L'autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale deve poter esaminare almeno le censure di cui agli articoli 95-98. ...99
LTF), le Tribunal fédéral examine librement cette question (ATF 144 I 43 consid. 2.1).

4.3. La qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF exige notamment que la partie recourante soit particulièrement atteinte par la décision attaquée et qu'elle ait un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (let. b et c). L'intérêt digne de protection suppose que la personne qui l'invoque soit touchée de manière directe, concrète et dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés; l'intérêt invoqué - qui peut être un intérêt de pur fait - doit se trouver, avec l'objet de la contestation, dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération (cf. ATF 140 II 315 consid. 4.2). Ces exigences visent à éviter l'action populaire (ATF 137 II 40 consid. 2.3). L'intérêt digne de protection doit en outre être actuel et pratique (ATF 142 I 135 consid. 1.3; 137 I 23 consid. 1.3.1; 131 I 153 consid. 1.2).

4.4. En vertu de l'art. 12 al. 4
SR 415.0 Legge federale del 17 giugno 2011 sulla promozione dello sport e dell'attività fisica (Legge sulla promozione dello sport, LPSpo) - Legge sulla promozione dello sport
LPSpo Art. 12 Promozione delle opportunità di praticare sport e attività fisica - 1 Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
1    Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
2    L'insegnamento dell'educazione fisica è obbligatorio nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II.
3    La Confederazione, dopo aver consultato i Cantoni, stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II, eccezion fatta per le scuole professionali di base. Al riguardo, considera le esigenze specifiche del livello di scuola.
4    Nella scuola dell'obbligo sono obbligatorie almeno tre lezioni di educazione fisica alla settimana.
5    Il Consiglio federale stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nelle scuole professionali di base.
LESp, l'enseignement à l'école obligatoire doit prévoir de manière obligatoire au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique (cf. arrêt 2C 824/2019 du 31 janvier 2020 consid. 7.1). La scolarité obligatoire comprend les écoles enfantines, dans la mesure où elles sont obligatoires, le degré primaire et le degré secondaire I (cf. art. 48 al. 1
SR 415.01 Ordinanza del 23 maggio 2012 sulla promozione dello sport e dell'attività fisica (Ordinanza sulla promozione dello sport, OPSpo) - Ordinanza sulla promozione dello sport
OPSpo Art. 48 Definizione - 1 Sono considerati scuola obbligatoria gli anni di scuola dell'infanzia, di scuola elementare e di livello secondario I la cui frequenza è dichiarata obbligatoria dalla legislazione cantonale.
1    Sono considerati scuola obbligatoria gli anni di scuola dell'infanzia, di scuola elementare e di livello secondario I la cui frequenza è dichiarata obbligatoria dalla legislazione cantonale.
2    Sono considerate scuole secondarie di livello II le scuole medie superiori, segnatamente i licei e le scuole specializzate.
de l'ordonnance du 23 mai 2012 sur l'encouragement du sport et de l'activité physique [ordonnance sur l'encouragement du sport, OESp; RS 415.01], qui correspond à la jurisprudence fédérale rendue à propos de l'art. 19
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 19 Diritto all'istruzione scolastica di base - Il diritto a un'istruzione scolastica di base sufficiente e gratuita è garantito.
en lien avec l'art. 62
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 62 - 1 Il settore scolastico compete ai Cantoni.
1    Il settore scolastico compete ai Cantoni.
2    I Cantoni provvedono a una sufficiente istruzione scolastica di base, accessibile a tutti i giovani. L'istruzione di base è obbligatoria e sottostà alla direzione o vigilanza dello Stato. Nelle scuole pubbliche è gratuita.22
3    I Cantoni provvedono altresì a una sufficiente istruzione scolastica speciale per tutti i fanciulli e giovani disabili, fino al massimo al compimento del ventesimo anno di età.23
4    Se gli sforzi di coordinamento non sfociano in un'armonizzazione del settore scolastico per quanto riguarda l'età d'inizio della scolarità e la scuola dell'obbligo, la durata e gli obiettivi delle fasi della formazione e il passaggio dall'una all'altra fase, nonché il riconoscimento dei diplomi, la Confederazione emana le norme necessarie.24
5    La Confederazione disciplina l'inizio dell'anno scolastico.25
6    È attribuita particolare importanza alla partecipazione dei Cantoni all'elaborazione degli atti legislativi federali che concernono le loro competenze.26
Cst.; cf. ATF 140 I 153 consid. 2.3.1; cf. arrêt 2C 824/2019 du 31 janvier 2020 consid. 7.1).
Dès lors qu'il existe une obligation pour les cantons de mise en oeuvre de trois périodes hebdomadaires d'éducation physique, imposée par le droit fédéral, les mesures prises par les autorités administratives du canton de Genève en lien avec l'introduction de la troisième période hebdomadaire doivent, sur le principe, pouvoir faire l'objet d'un contrôle judiciaire en vertu de l'art. 29a
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29a Garanzia della via giudiziaria - Nelle controversie giuridiche ognuno ha diritto al giudizio da parte di un'autorità giudiziaria. In casi eccezionali, la Confederazione e i Cantoni possono escludere per legge la via giudiziaria.
Cst. (cf. arrêt 2C 272/2012 du 9 juillet 2012 consid. 4 à propos de la suppression d'heures de sport imposées par le droit fédéral dans des écoles professionnelles cantonales). A fortiori, un contrôle judiciaire s'impose lorsque l'autorité administrative, comme en l'espèce, invoque des obstacles à la concrétisation de cette obligation, mais ne rend pas de décision formelle (qu'il s'agisse d'une non-entrée en matière ou d'un rejet), alors qu'il lui est demandé de prendre formellement position. La Cour de justice devait donc, a priori, entrer en matière sur le recours pour déni de justice formé par les recourantes au motif que le Département n'avait pas rendu de décision formelle à la suite de leur (énième) demande tendant à ce que la troisième période d'éducation physique hebdomadaire soit mise en oeuvre. La question qui se pose est de savoir si la
Cour de justice pouvait néanmoins refuser en l'espèce d'entrer en matière pour défaut de qualité pour recourir.

4.5. La Cour de céans relève que, dans son arrêt du 24 mai 2017 qui portait sur l'introduction de la troisième période d'éducation physique à l'école obligatoire à Genève à la rentrée 2016, elle a déjà admis la qualité pour recourir de la recourante 1. On ne voit pas qu'il puisse en aller différemment dans le cadre du présent litige, relatif à l'absence de décision concernant la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique. Il faut partant reconnaître à la recourante 1 un intérêt digne de protection à obtenir qu'une autorité judiciaire contrôle la conformité au droit du courrier du Département du 20 janvier 2020, eu égard notamment à l'arrêt de la Cour constitutionnelle de la Cour de justice du 19 mai 2016 retenant que la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire s'impose indépendamment des considérations d'ordre financier, organisationnel ou ayant trait aux infrastructures, d'une part, et à l'arrêt du Tribunal fédéral du 24 mai 2017 donnant pour injonction aux autorités de mettre en oeuvre la troisième période d'éducation physique hebdomadaire dans les plus brefs délais, d'autre part.
La Cour de justice ne pouvait partant pas refuser d'entrer en matière sur le recours en tant qu'il était formé par la recourante 1.

4.6. En ce qui concerne la recourante 2, celle-ci est une association qui a pour buts statutaires d'assurer la promotion de l'éducation physique et du sport, ainsi que de défendre les intérêts des maîtres d'éducation physique et la place de l'éducation physique dans les cursus scolaires obligatoires genevois. La recourante 2 met en doute le fait que le canton de Genève respecte la loi fédérale sur l'encouragement du sport et de l'activité physique, en particulier l'art. 12 al. 4
SR 415.0 Legge federale del 17 giugno 2011 sulla promozione dello sport e dell'attività fisica (Legge sulla promozione dello sport, LPSpo) - Legge sulla promozione dello sport
LPSpo Art. 12 Promozione delle opportunità di praticare sport e attività fisica - 1 Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
1    Nell'ambito dell'insegnamento scolastico, i Cantoni promuovono le opportunità di praticare quotidianamente sport e attività fisica. Provvedono affinché siano disponibili gli impianti e il materiale necessari.
2    L'insegnamento dell'educazione fisica è obbligatorio nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II.
3    La Confederazione, dopo aver consultato i Cantoni, stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nella scuola dell'obbligo e nel livello secondario II, eccezion fatta per le scuole professionali di base. Al riguardo, considera le esigenze specifiche del livello di scuola.
4    Nella scuola dell'obbligo sono obbligatorie almeno tre lezioni di educazione fisica alla settimana.
5    Il Consiglio federale stabilisce il numero minimo di lezioni e i principi qualitativi per l'insegnamento dell'educazione fisica nelle scuole professionali di base.
LESp relatif au nombre d'heures d'éducation physique hebdomadaires imposées à l'école obligatoire. Or, eu égard à ses buts de promotion de l'éducation physique et de défense de la place de l'éducation physique dans les cursus scolaires obligatoires, on doit admettre que la recourante 2 a un intérêt digne de protection propre à ce qu'une autorité judiciaire vérifie la conformité de la position du Département au regard des exigences posées par le droit fédéral et des injonctions des autorités judiciaires. C'est partant également à tort que la Cour de justice a dénié à la recourante 2 la qualité pour recourir pour déni de justice. L'association ayant qualité pour recourir à titre personnel, il n'est pas nécessaire d'examiner si les conditions du recours au
nom des membres de l'association (recours corporatif) sont également réunies (cf. ATF 142 II 80 consid. 1.4.3; arrêt 2C 168/2019 du 15 avril 2019 consid. 1.3).

4.7. En définitive, la Cour de justice a violé l'art. 111
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 111 Unità procedurale - 1 Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
1    Chi ha diritto di ricorrere al Tribunale federale deve poter essere parte nei procedimenti dinanzi a tutte le autorità cantonali inferiori.
2    Le autorità federali che hanno diritto di ricorrere al Tribunale federale possono avvalersi dei rimedi giuridici previsti dal diritto cantonale e, in quanto ne facciano richiesta, partecipare ai procedimenti dinanzi alle autorità cantonali inferiori.
3    L'autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale deve poter esaminare almeno le censure di cui agli articoli 95-98. ...99
LTF en lien avec l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF en déniant aux recourantes la qualité pour recourir pour déni de justice. Le recours doit donc être admis et la cause renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle entre en matière, sans qu'il ne soit nécessaire de trancher l'autre grief, tiré de la violation de l'art. 49
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 49 Preminenza e rispetto del diritto federale - 1 Il diritto federale prevale su quello cantonale contrario.
1    Il diritto federale prevale su quello cantonale contrario.
2    La Confederazione vigila sul rispetto del diritto federale da parte dei Cantoni.
Cst., développé dans le recours.

5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt de la Cour de justice du 30 juin 2020 doit être annulé et la cause renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur le recours formé pour déni de justice.
Succombant dans l'exercice de ses attributions officielles sans que son intérêt patrimonial ne soit en cause, le canton de Genève ne peut pas être condamné au paiement des frais de justice (art. 66 al. 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, les recourantes, créancières solidaires, ont droit à des dépens, à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est admis. L'arrêt de la Cour de justice du 30 juin 2020 est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur le recours interjeté devant elle.

2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.

3.
Le canton de Genève versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.

4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'au Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports (DDPS).

Lausanne, le 18 juin 2021

Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Seiler

La Greffière : Kleber