Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 814/2017

Arrêt du 17 septembre 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Juge présidant, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
X.________,
représenté par Me Romain Jordan, avocat,
recourant,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct, périodes fiscales 2001 à 2007,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 2 août 2017 (A/3025/2015-ICCIFD).

Faits :

A.

A.a. X.________ est actionnaire et unique administrateur de A.________ SA, une société anonyme qui a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A.________ SA détenait la moitié du capital-actions de B.________ Promotions Immobilières SA (ci-après: B.________, désormais en liquidation) qui avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X.________ était membre du conseil d'administration de B.________ jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B.________ a donné à bail à A.________ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C.________ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. X.________ y réside depuis le 4 mai 1999.
Dans la feuille C (prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes) des déclarations fiscales de A.________ SA pour les années 2006 et 2007, X.________ figurait en qualité d'actionnaire, associé ou personne proche.

B.
Le 21 octobre 2011, l'Administration fiscale cantonale (ci-après: l'Administration cantonale) a informé X.________ de l'ouverture à son encontre d'une procédure en rappel d'impôt ainsi que d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2007. Il aurait bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de A.________ SA durant ces périodes, notamment sous la forme de la mise à disposition gratuite d'un logement. Il n'avait par ailleurs jamais déclaré les actions qu'il détenait dans cette société.
Par sommation du 18 octobre 2012, l'Administration cantonale a demandé au contribuable de lui transmettre les justificatifs des paiements de son loyer pour les années 2001 à 2010.
Le 6 janvier 2014, l'Administration cantonale a notifié à X.________ des bordereaux de rappel d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2007, les années 2002 et 2003 ayant fait dans ce cadre l'objet d'une taxation d'office. Les reprises concernant le loyer s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 32'096 fr. pour 2005, à 27'020 fr. pour 2006 et à 27'288 fr. pour 2007 tant pour l'impôt direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC). L'Administration cantonale lui a également notifié des bordereaux d'amende. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 6 février 2014, X.________ a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. ll faisait en substance valoir que la villa de C.________ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles A.________ SA participait. Il n'avait pas pu se déterminer sur l'assertion, nouvelle, selon laquelle il détenait des actions de A.________ SA.
Par décision du 3 août 2015, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes. X.________ avait reconnu être propriétaire d'actions A.________ SA, mais ne les avait jamais déclarées.
Le 3 septembre 2015, X.________ a recouru contre la décision sur réclamation du 3 août 2015 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif), concluant à sa nullité, subsidiairement à son annulation.
Par jugement du 3 mai 2016, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable du contribuable pour les périodes fiscales 2001 à 2007, liées à la détention des actions de A.________ SA, et confirmé que le fait d'avoir eu gratuitement à sa disposition la villa dont le loyer était payé par A.________ SA représentait une prestation appréciable en argent imposable. Il a par ailleurs d'emblée confirmé le montant des amendes pour soustraction d'impôt qui avaient été fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que l'intéressé ne les avait pas expressément contestées dans son recours.
Le 6 juin 2016, X.________ a recouru contre le jugement du 3 mai 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), concluant à son annulation ainsi qu'à celle de la décision sur réclamation du 3 août 2015. En substance, il a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'il n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'il avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son revenu imposable n'étaient pas justifiées, car il n'avait pas bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de A.________ SA. Il n'était par ailleurs propriétaire des actions de A.________ SA que depuis 2009.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable de X.________ pour les périodes fiscales 2001 à 2007, le contribuable s'étant limité à alléguer sans aucune preuve qu'il n'était actionnaire que depuis 2009. La Cour de justice a également confirmé que, durant ces mêmes périodes fiscales, X.________ avait obtenu un avantage appréciable en argent de la part de A.________ SA, du fait qu'il avait vécu gratuitement dans la villa sise à C.________. La prescription du droit de taxer avait été atteinte s'agissant de la période fiscale 2001, mais pas pour les périodes fiscales 2002 et 2003, qui avaient toutes deux fait l'objet d'une taxation d'office. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant la période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 en matière d'IFD et d'ICC, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans sa décision du 3 août 2015 soient toutes annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. Le recourant a répliqué.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
La décision attaquée est finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (cf. art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 46 Sospensione - 1 I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
1    I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  l'esecuzione cambiaria;
c  i diritti politici (art. 82 lett. c);
d  l'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e l'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
e  gli appalti pubblici.18
et 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) par le destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p 41). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst. ou contraire à un droit fondamental (cf. ATF 142 I 172 consid. 4.3 p. 176; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521 s.; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est
limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. ATF 142 V 94 consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; 134 II 207 consid. 2 p. 210).

3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 24) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).

II. Griefs formels

4.
Le recourant reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Il y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst. et un irrespect du double degré de juridiction garanti par l'art. 50
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, dès lors que le canton de Genève a fait usage de la possibilité, prévue par l'art. 50 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, de prévoir une double instance judiciaire cantonale.
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.

4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst. (ATF 117 Ia 116 en lien avec l'art. 4 aCst.; arrêts 1C 326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 3.1 non publié in ATF 144 II 41; 2C 1014/2013 du 22 août 2014 consid. 7.1 non publié in ATF 140 I 271).
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de le recourant et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment du recourant.

4.2. Selon l'art. 50 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, le contribuable et l'Administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'administration, à condition que le droit cantonal le prévoie. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (cf. art. 7 de la loi genevoise sur la procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17). L'art. 50 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID s'applique par analogie à la procédure pour soustraction d'impôt, par le renvoi de l'art. 57 bis al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 57bis Procedura - 1 L'autorità cantonale competente, terminata l'istruttoria, emana una decisione che è notificata per scritto all'interessato.211
1    L'autorità cantonale competente, terminata l'istruttoria, emana una decisione che è notificata per scritto all'interessato.211
2    Le decisioni delle autorità fiscali concernenti casi di sottrazione d'imposta sono impugnabili davanti ad autorità amministrative e autorità giudiziarie amministrative. Contro le decisioni cantonali in ultima istanza è ammesso il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005212 sul Tribunale federale. La giurisdizione penale è esclusa.213
3    Le prescrizioni sui principi procedurali, sulla procedura di tassazione e sulla procedura di ricorso sono applicabili per analogia.
LHID.
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. ATF 140 I 68 consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, le recourant n'en formule aucun. Il se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Il n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.

4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID sont partant rejetés.

III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription

5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a estimé que la période fiscale 2001 était atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD). Quant aux périodes fiscales 2002 et 2003, il fallait considérer qu'elles étaient entrées en force le 3 août 2015.

5.1. Le recourant soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente concernant la prescription du droit de taxer est erroné et arbitraire. Il invoque une violation de l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits (art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst.), une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst.) et de son droit d'accès au juge (art. 29a
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29a Garanzia della via giudiziaria - Nelle controversie giuridiche ognuno ha diritto al giudizio da parte di un'autorità giudiziaria. In casi eccezionali, la Confederazione e i Cantoni possono escludere per legge la via giudiziaria.
Cst.).

5.2. Toutes les périodes fiscales litigieuses (soit 2001 à 2007) ont fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt, qui a été ouverte le 21 octobre 2011. L'Administration cantonale a notifié au recourant les éléments imposables par décisions (sur rappel d'impôt) du 6 janvier 2014. Dans ce contexte, les éléments imposables des périodes fiscales 2002 et 2003 ont été établis d'office. Le recourant a contesté les décisions y afférentes par réclamation du 6 février 2014. La décision sur réclamation est intervenue le 3 août 2015 et la Cour de justice a statué le 2 août 2017.

5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD pour examiner la prescription en l'espèce. Ils ont admis que la prescription de quinze ans du droit de procéder à la taxation arrivait à échéance en principe le 31 décembre 2016 pour la période fiscale 2001. Toutefois, cette règle s'appliquait différemment en cas de taxation d'office, en raison de l'obligation de démontrer dans la réclamation, sous peine d'irrecevabilité, le caractère manifestement inexact de la taxation. L'irrecevabilité d'une réclamation entraînait l'entrée en force de la décision la constatant, avec effet ex tunc si cette irrecevabilité devait être confirmée à l'issue d'une procédure de recours. En l'occurrence, le recourant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact des taxations d'office 2002 et 2003 dans sa réclamation. Dès lors, l'Administration cantonale "devait en constater l'irrecevabilité et refuser d'entrer en matière sur celle-ci" dans sa décision sur réclamation (arrêt attaqué, consid. 20 1er paragraphe). Les juges précédents poursuivent en relevant qu'en l'espèce, "le rejet du recours a entraîné la confirmation de la décision sur réclamation du 3 août 2015 concernant les années ayant fait l'objet d'une taxation d'office, soit
2002 et 2003; de ce fait, l'ensemble des décisions de taxation en rappel d'impôt pour les exercices y relatifs ont entrées en force avec effet au 3 août 2015, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 20, 2e paragraphe).

5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.

5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant les périodes fiscales 2002 et 2003 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 20) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.

5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD pour calculer la prescription, les juges précédents ont perdu de vue que l'art. 120
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD concerne la prescription du droit de taxer. Or, cette disposition ne peut pas entrer en ligne de compte en l'espèce, puisque l'ensemble des périodes fiscales litigieuses avait déjà fait l'objet de taxations, l'Administration cantonale ayant ouvert une procédure en rappel d'impôt pour chacune d'elles. Ce sont donc les règles sur la prescription du rappel d'impôt, qui figurent à l'art. 152
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD, qui s'appliquent.
Selon l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Ce délai de quinze ans est un délai de péremption (cf. arrêts 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C 146/2013 du 4 septembre 2013 consid. 3.2).
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 153 Procedura - 1 L'avvio della procedura di ricupero è comunicato per scritto al contribuente.
1    L'avvio della procedura di ricupero è comunicato per scritto al contribuente.
1bis    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.246
2    La procedura non ancora avviata o non ancora conclusa alla morte del contribuente è avviata o proseguita contro gli eredi.
3    Per il resto, sono applicabili per analogia le disposizioni su i principi procedurali, la procedura di tassazione e quella di ricorso.
en lien avec l'art. 130 al. 2 et 132 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 132 Presupposti - 1 Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
1    Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
2    Il reclamo presentato contro una decisione di tassazione già esaustivamente motivata può essere trasmessa come ricorso, con il consenso del reclamante e degli altri proponenti (art. 103 cpv. 1 lett. b e 104 cpv. 1), alla commissione cantonale di ricorso in materia di imposte.
3    Il contribuente può impugnare la tassazione operata d'ufficio soltanto con il motivo che essa è manifestamente inesatta. Il reclamo dev'essere motivato e indicare eventuali mezzi di prova.
LIFD; cf. arrêt 2C 304/2013 du 22 octobre 2013 consid. 3.4 et les références) n'a pas d'incidence sur le calcul de la prescription (cf. sur ce point l'arrêt 2C 722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 3.1.2, dûment cité par le recourant dans sa réplique). Le raisonnement de la Cour de justice est partant contraire à l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD.
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force avec effet ex tunc ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.

5.4.3. Il faut donc constater que le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017. En revanche, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2003 n'est pas éteint, le délai de quinze ans échéant au 31 décembre 2018.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si le recourant a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 106 Appartenenza economica - 1 L'imposta federale diretta in virtù dell'appartenenza economica viene riscossa dal Cantone nel quale alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale si verificano:
1    L'imposta federale diretta in virtù dell'appartenenza economica viene riscossa dal Cantone nel quale alla fine del periodo fiscale o dell'assoggettamento fiscale si verificano:
a  le condizioni di cui all'articolo 4, per le persone fisiche;
b  le condizioni di cui all'articolo 51, per le persone giuridiche.
2    Se le condizioni di cui all'articolo 4 o 51 si verificano in più Cantoni, l'imposta è riscossa dal Cantone in cui si trovano gli elementi imponibili più importanti.
3    È fatto salvo l'articolo 107.
LIFD les griefs d'ordre constitutionnels qu'il fait aussi valoir en lien avec la question de la prescription (cf. supra consid. 5).

6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.

6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 L'azione penale si prescrive:
1    L'azione penale si prescrive:
a  nel caso di violazione di obblighi procedurali, in tre anni, e nel caso di tentativo di sottrazione d'imposta, in sei anni dopo la chiusura definitiva del procedimento durante il quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione;
b  nel caso di sottrazione consumata d'imposta, in dieci anni dalla fine:
b1  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 175 cpv. 1), oppure
b2  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato d'imposta (art. 175 cpv. 1) oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 178 cpv. 1-3).
2    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 182 cpv. 1).
LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, prévoit que la poursuite pénale se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète. Selon le nouvel art. 184 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 L'azione penale si prescrive:
1    L'azione penale si prescrive:
a  nel caso di violazione di obblighi procedurali, in tre anni, e nel caso di tentativo di sottrazione d'imposta, in sei anni dopo la chiusura definitiva del procedimento durante il quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione;
b  nel caso di sottrazione consumata d'imposta, in dieci anni dalla fine:
b1  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 175 cpv. 1), oppure
b2  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato d'imposta (art. 175 cpv. 1) oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 178 cpv. 1-3).
2    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 182 cpv. 1).
LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Cela implique que la prescription est atteinte si aucune décision n'a été rendue par l'autorité cantonale compétente dans les dix ans après la fin de la période fiscale concernée (cf. arrêts 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.2, non publié in ATF 144 IV 136; 2C 1010/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.4.1).

Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1
SR 311.0 Codice penale svizzero del 21 dicembre 1937
CP Art. 184 - Il sequestro di persona ed il rapimento sono puniti con una pena detentiva non inferiore ad un anno se il colpevole ha cercato di ottenere un riscatto,
et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b
SR 311.0 Codice penale svizzero del 21 dicembre 1937
CP Art. 333 - 1 Le disposizioni generali del presente Codice si applicano ai reati previsti da altre leggi federali, in quanto queste non contengano disposizioni sulla materia.
1    Le disposizioni generali del presente Codice si applicano ai reati previsti da altre leggi federali, in quanto queste non contengano disposizioni sulla materia.
2    Nelle altre leggi federali le seguenti pene sono sostituite come segue:
a  la reclusione, con una pena detentiva superiore a un anno;
b  la detenzione, con una pena detentiva sino a tre anni o una pena pecuniaria;
c  la detenzione inferiore a sei mesi, con una pena pecuniaria d'importo pari a trenta aliquote giornaliere di 3000 franchi al massimo per un mese di pena detentiva.
3    Se la pena massima comminata è l'arresto o la multa o la sola multa, il reato si configura come contravvenzione. Sono applicabili gli articoli 106 e 107. È fatto salvo l'articolo 8 della legge federale del 22 marzo 1974508 sul diritto penale amministrativo. È contravvenzione anche il reato per cui un'altra legge federale entrata in vigore prima del 1942 commina la detenzione non superiore a tre mesi.
4    Rimangono salvi i limiti di pena minimi e massimi deroganti al capoverso 2, nonché l'articolo 41 e gli importi della multa deroganti all'articolo 106.
5    Se un'altra legge federale commina la multa per un crimine o un delitto, è applicabile l'articolo 34. Le norme di commisurazione deroganti all'articolo 34 non sono applicabili. È fatto salvo l'articolo 8 della legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo. Se è inferiore a 1 080 000 franchi, l'importo massimo della multa comminata decade. Se è comminata una multa di almeno 1 080 000 franchi, tale importo minimo è mantenuto. In questo caso, il numero massimo delle aliquote giornaliere risulta dall'importo massimo della multa diviso per 3000.
6    ...509
6bis    Se per un reato può essere comminata sia una pena detentiva sia una pena pecuniaria con un numero minimo di aliquote giornaliere, questo limite inferiore si applica anche per la durata minima in giorni della pena detentiva.510
7    Le contravvenzioni previste da altre leggi federali sono punibili anche quando sono dovute a negligenza, purché non risulti dalla disposizione applicabile che la contravvenzione è punita solo se è commessa intenzionalmente.
CP (arrêt 2C 173/2015 du 21 novembre 2014 consid. 5.1.1, in RF 71/2016 p. 882).
Selon l'art. 205f
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 205f Disposizione transitoria della modifica del 26 settembre 2014 - Il nuovo diritto si applica al giudizio dei reati commessi in un periodo fiscale precedente l'entrata in vigore della modifica del 26 settembre 2014, per quanto esso sia più favorevole del diritto vigente nel periodo fiscale in cui il reato è stato commesso.
LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2017, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêts 2C 844/2017 du 17 août 2018 consid. 2.3.1; 2C 12/2017 précité consid. 4.1 non publié).

6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 et 2003 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 6 janvier 2014, soit plus de dix ans après la fin des périodes fiscales 2002 et 2003

7.
La période fiscale 2002 est ainsi prescrite, tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. La période fiscale 2003 est prescrite s'agissant du droit de sanctionner la soustraction d'impôt.
Restent donc litigieuses les périodes fiscales 2004 à 2007 ainsi que la période fiscale 2003, mais uniquement, pour cette période, s'agissant de la reprise d'impôt.
III.2 Griefs relatifs à l'existence d'avantages appréciables en argent

8.
Le recourant soutient que la Cour de justice a violé les art. 57
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto.
et 58 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
1    Costituiscono utile netto imponibile:
a  il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
b  tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
c  i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...134
2    L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
3    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
let. b cinquième tiret LIFD en retenant que la mise à sa disposition de la villa sise à C.________ était constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice et qu'elle a partant à tort procédé aux reprises dans son revenu imposable.

8.1. Le litige ayant trait à l'imposition sur le revenu du recourant, ce sont les dispositions relatives à cet impôt qui sont applicables en premier lieu.
L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (art. 16 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 16 - 1 Sottostà all'imposta sul reddito la totalità dei proventi, periodici e unici.
1    Sottostà all'imposta sul reddito la totalità dei proventi, periodici e unici.
2    Sono pure considerati reddito i proventi in natura di qualsiasi specie, segnatamente il vitto e l'alloggio, come anche i prodotti e le merci prelevati dal contribuente nella propria azienda e destinati al consumo personale; essi sono valutati al valore di mercato.
3    Gli utili in capitale conseguiti nella realizzazione di sostanza privata sono esenti da imposta.
LIFD). Selon l'art. 20 al. 1 let. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
LIFD, est imposable au titre de rendement de la fortune mobilière les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations en tout genre.

8.1.1. Font partie des avantages appréciables en argent au sens de l'art. 20 al. 1 let. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
LIFD les distributions dissimulées de bénéfice, à savoir les prestations qu'une société fournit sans obtenir de contre-prestation correspondante à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près, qu'elle n'aurait pas accordées à de telles conditions à un tiers et que la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s.). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607; arrêt 2C 445/2015 du 26 août 2016 consid. 6.3.4).

8.1.2. Il y a distribution dissimulée de bénéfice si une société effectue une dépense qui ne sert qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir (cf. arrêt 2C 124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a ainsi, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C 276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C 795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C 543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C 124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C 795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office),
constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C 795/2015 consid. 4.5 et 4.6).

8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C 927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).

8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que le recourant logeait gratuitement et depuis 1999 dans une villa qui était mise à sa disposition par A.________ SA et que cette société payait aussi des charges afférentes à cette villa. Elle a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'un avantage appréciable en argent était présumée et qu'il incombait au recourant de démontrer le contraire. Or, le recourant avait échoué à le faire. Il avait allégué en vain que la villa représentait le siège de A.________ SA. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C.________. Le recourant n'avait par ailleurs pas prouvé que A.________ SA avait conclu le contrat de bail avec B.________ dans le but d'exercer son activité lucrative dans la villa. Il ressortait de ses allégations que le recourant utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de sa part. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions
avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par A.________ SA, lequel avait été abaissé en conséquence. La société n'aurait d'ailleurs jamais mis à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que le recourant soutenait que s'il n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide et A.________ SA aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.

8.3. Le recourant objecte que la villa était le lieu depuis lequel A.________ SA déployait son activité principale. Le fait qu'elle soit utilisée comme villa-témoin pour des expositions requérait un entretien impeccable régulier, de sorte qu'elle ne pouvait pas être louée à un tiers. Son utilisation pour son activité commerciale permettait à la société d'éviter d'avoir à payer un loyer pour des locaux commerciaux pour le travail effectué par le recourant. Le fait que l'actionnaire occupe cette villa, sans engendrer de charges supplémentaires ni manque à gagner pour elle, ne pouvait pas être constitutif d'un avantage appréciable en argent. X.________ avait du reste fourni une contre-prestation puisqu'il avait dû subir des visites et prendre en charge de nombreux frais d'entretien, faisant économiser à A.________ SA les frais de gardiennage de la villa.

8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure à l'absence d'avantage appréciable en argent.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'un avantage appréciable en argent était présumée dans les circonstances d'espèce. Le fait pour un actionnaire de bénéficier d'un logement gratuit dans une villa, le loyer étant payé par la société qui en assume du reste aussi à tout le moins une partie des charges d'entretien, constitue a priori manifestement un avantage appréciable en argent qui n'aurait pas été accordé à un tiers.
Les arguments développés par le recourant dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que le recourant ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient le recourant, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel A.________ SA déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la société se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence du recourant aurait permis à A.________ SA d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, le recourant échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa par A.________ SA soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient pour le recourant, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que X.________ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la société des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, le recourant n'a pas démontré que le travail qu'il a prétendument effectué à domicile justifiait une prise en charge du loyer par la société.
Finalement, en tant que le recourant soutient que A.________ SA s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucun avantage appréciable en argent ne pourrait être retenu, il perd de vue que l'existence d'un tel avantage est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si A.________ SA a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec son actionnaire et administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.

8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en jugeant que la mise à disposition de la villa de C.________ au recourant et que la prise en charge de frais d'entretien ou de consommation constituait un avantage appréciable en argent imposable à titre de revenu.
Les autres conditions à l'existence d'un avantage appréciable en argent sont au surplus réunies: la prestation a été fournie au recourant, soit à un actionnaire de la société, et les organes de A.________ SA ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs du recourant sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées dans le revenu imposable.

9.
Le recourant conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Il soutient qu'il n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. Le recourant avait du reste toujours été transparent avec l'administration et sa fiduciaire, car il n'avait jamais caché que la villa était occupée. L'autorité fiscale disposait du reste de tous les documents nécessaires concernant la villa. La production du rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B.________ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve du recourant.

9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF (cf. supra consid. 2). Le recourant n'a en particulier pas exposé en quoi les juges auraient procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en jugeant que ce rapport n'apporterait aucun élément pertinent pour juger de la réalisation des conditions de soustraction d'impôt (cf. arrêt attaqué consid. 6). Les juges précédents retiennent du reste que ce rapport semble ne jamais avoir existé, sans que le recourant ne se plaigne de constatation arbitraire des faits.

9.2. Aux termes de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.265
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.266
LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.265
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.266
LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C 1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.1 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).

9.3. La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).

9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que le recourant avait régulièrement bénéficié d'économies d'impôt en ne déclarant pas les revenus issus des avantages appréciables en argent perçus de A.________ SA et ce au cours de plusieurs exercices fiscaux, qu'au vu de la position qu'il exerçait au sein de cette société, il ne pouvait pas l'ignorer que la jouissance de cette maison à titre gratuit constituait un avantage imposable et qu'il avait donc agi à tout le moins par dol éventuel. Quoi qu'il en dise, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence du recourant dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait qu'en bénéficiant d'un logement gratuit et de la prise en charge d'autres frais, il a accepté un avantage appréciable en argent de la part de la société, dont il ne pouvait ignorer qu'il représentait un revenu imposable. On ne voit au surplus pas que le fait que le recourant ait été, comme il le dit, transparent avec la fiduciaire qui a rempli sa déclaration d'impôt jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la
soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.265
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.266
LIFD est partant rejeté.

9.5. Au surplus, le recourant ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références).

IV. Impôt cantonal et communal

10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références citées).

10.1. S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 53 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
2    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo quindici anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
4    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura di ricupero d'imposta, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.199
LHID et l'art. 61 al. 3 LPFisc ont la même teneur que l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD. Le même raisonnement que pour l'IFD s'applique donc pour l'impôt cantonal harmonisé (cf. arrêts 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C 722/2017 précité consid. 3.1.1) et conduit au constat de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes 2001 (comme l'a déjà admis la Cour de justice) et 2002.
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 58 Prescrizione dell'azione penale - 1 L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
1    L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
2    L'azione penale per sottrazione consumata d'imposta si prescrive in dieci anni dalla fine:
a  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 56 cpv. 1); oppure
b  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato (art. 56 cpv. 1), oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 56 cpv. 4).
3    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 57bis cpv. 1).
et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 L'azione penale si prescrive:
1    L'azione penale si prescrive:
a  nel caso di violazione di obblighi procedurali, in tre anni, e nel caso di tentativo di sottrazione d'imposta, in sei anni dopo la chiusura definitiva del procedimento durante il quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione;
b  nel caso di sottrazione consumata d'imposta, in dieci anni dalla fine:
b1  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 175 cpv. 1), oppure
b2  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato d'imposta (art. 175 cpv. 1) oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 178 cpv. 1-3).
2    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 182 cpv. 1).
LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (art. 72s
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 72s
LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 58 Prescrizione dell'azione penale - 1 L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
1    L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
2    L'azione penale per sottrazione consumata d'imposta si prescrive in dieci anni dalla fine:
a  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 56 cpv. 1); oppure
b  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato (art. 56 cpv. 1), oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 56 cpv. 4).
3    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 57bis cpv. 1).
LHID; cf. arrêt 2C 760/2017 précité consid. 4.2). L'art. 78f
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 78f Disposizione transitoria della modifica del 26 settembre 2014 - Il nuovo diritto si applica al giudizio dei reati commessi in un periodo fiscale precedente l'entrata in vigore della modifica del 26 settembre 2014, per quanto esso sia più favorevole del diritto vigente nel periodo fiscale in cui il reato è stato commesso.
LHID prévoit également l'application de la lex mitior (cf. arrêt 2C 12/2017 précité consid. 4.3 non publié). Le même raisonnement est partant applicable en matière d'ICC qu'en matière IFD et conduit au constat que la poursuite pénale pour soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 et 2003 est prescrite, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.

10.2. La notion d'avantage appréciable en argent en sens de l'art. 20 al. 1 let. c
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 20 - 1 Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
1    Sono imponibili i redditi da sostanza mobiliare, segnatamente:
a  gli interessi su averi, compresi quelli versati da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte;
b  il reddito proveniente dall'alienazione o dal rimborso di obbligazioni preponderantemente a interesse unico (obbligazioni a interesse globale, obbligazioni a cedola zero), versato al portatore;
c  i dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro risultanti da partecipazioni di qualsiasi genere (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale ecc.).41 In caso di vendita di diritti di partecipazione alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, conformemente all'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196542 sull'imposta preventiva (LIP), l'eccedenza di liquidazione è considerata realizzata nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis LIP); rimane salvo il capoverso 1bis;
d  i proventi dalla locazione, dall'affitto, dall'usufrutto o da altro godimento di beni mobili o diritti;
e  i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale, nella misura in cui la totalità dei proventi supera i proventi del possesso fondiario diretto;
f  i proventi da beni immateriali.
1bis    I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (comprese le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 70 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.44
2    Il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione non rientra nel reddito della sostanza, a condizione che i diritti patrimoniali appartengano alla sostanza privata del contribuente.
3    Il rimborso degli apporti, dell'aggio e dei pagamenti suppletivi (riserve da apporti di capitale) forniti dai titolari dei diritti di partecipazione dopo il 31 dicembre 1996 è trattato in modo identico al rimborso del capitale azionario o sociale. Rimane salvo il capoverso 4.45
4    Se, in occasione del rimborso di riserve da apporti di capitale di cui al capoverso 3, una società di capitali o società cooperativa quotata in una borsa svizzera non distribuisce altre riserve almeno per un importo equivalente, il rimborso è imponibile per un importo pari alla metà della differenza tra il rimborso stesso e la distribuzione delle altre riserve, ma al massimo per un importo pari a quello delle altre riserve disponibili nella società che possono essere distribuite in virtù del diritto commerciale.46
5    Il capoverso 4 non è applicabile alle riserve da apporti di capitale:
a  costituite, dopo il 24 febbraio 2008, mediante il conferimento di diritti di partecipazione o societari a una società di capitali o società cooperativa estera nell'ambito di concentrazioni aventi carattere di fusione ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera c o mediante un trasferimento transfrontaliero a una filiale svizzera ai sensi dell'articolo 61 capoverso 1 lettera d;
b  già esistenti in una società di capitali o società cooperativa estera, dopo il 24 febbraio 2008, al momento di una fusione o ristrutturazione transfrontaliera ai sensi dell'articolo 61 capoversi 1 lettera b e 3 o del trasferimento della sede o dell'amministrazione effettiva;
c  in caso di liquidazione della società di capitali o società cooperativa.47
6    I capoversi 4 e 5 si applicano per analogia anche alle riserve da apporti di capitale utilizzate per l'emissione di azioni gratuite o gli aumenti gratuiti del valore nominale.48
7    Se, in occasione della vendita di diritti di partecipazione a una società di capitali o società cooperativa che è quotata in una borsa svizzera e li ha emessi, il rimborso delle riserve da apporti di capitale non corrisponde almeno alla metà dell'eccedenza di liquidazione ottenuta, la parte imponibile di questa eccedenza di liquidazione è ridotta della metà della differenza tra la parte stessa e il rimborso, ma al massimo di un importo pari a quello delle riserve da apporti di capitale disponibili nella società e imputabili a tali diritti di partecipazione.49
8    Il capoverso 3 si applica agli apporti e all'aggio forniti durante la validità di un margine di variazione del capitale secondo gli articoli 653s e seguenti del Codice delle obbligazioni (CO)50 per quanto eccedano le riserve rimborsate nell'ambito del suddetto margine di variazione del capitale.51
LIFD est identique à celle prévue à l'art. 6 let. c de l'ancienne loi genevoise sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur le revenu (revenu imposable), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (aLIPP-IV; aRSGE D 3 14, abrogée par l'art. 69 al. 1 de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 en vigueur dès le 1 er janvier 2010; RSGE D 3 08). Elle correspond par ailleurs à l'art. 7 al. 1
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 7 Principio - 1 Sottostà all'imposta sul reddito la totalità dei proventi, periodici o unici, segnatamente quelli da attività lucrativa dipendente o indipendente, da reddito della sostanza compresa l'utilizzazione a scopo personale di fondi, da istituzioni di previdenza, nonché da rendite vitalizie. Quale che sia il loro ammontare, le spese di formazione e formazione continua14 professionali sostenute dal datore di lavoro, comprese le spese di riqualificazione, non costituiscono proventi imponibili. I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (compresi le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 50 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.15 I Cantoni possono prevedere un'imposizione superiore.16 17
1    Sottostà all'imposta sul reddito la totalità dei proventi, periodici o unici, segnatamente quelli da attività lucrativa dipendente o indipendente, da reddito della sostanza compresa l'utilizzazione a scopo personale di fondi, da istituzioni di previdenza, nonché da rendite vitalizie. Quale che sia il loro ammontare, le spese di formazione e formazione continua14 professionali sostenute dal datore di lavoro, comprese le spese di riqualificazione, non costituiscono proventi imponibili. I dividendi, le quote di utili, le eccedenze di liquidazione come pure i vantaggi valutabili in denaro provenienti da azioni, quote in società a garanzia limitata o in società cooperative e buoni di partecipazione (compresi le azioni gratuite, gli aumenti gratuiti del valore nominale e simili) sono imponibili in ragione del 50 per cento se questi diritti di partecipazione rappresentano almeno il 10 per cento del capitale azionario o sociale di una società di capitali o di una società cooperativa.15 I Canto
1bis    In caso di vendita di diritti di partecipazione, ai sensi dell'articolo 4a della legge federale del 13 ottobre 196518 sull'imposta preventiva, alla società di capitali o alla società cooperativa che li ha emessi, il reddito della sostanza è considerato realizzato nell'anno in cui sorge il credito fiscale dell'imposta preventiva (art. 12 cpv. 1 e 1bis della LF del 13 ott. 1965 sull'imposta preventiva).19
1ter    I proventi da assicurazioni riscattabili di capitali con premio unico in caso di sopravvivenza o di riscatto sono imponibili, a meno che queste assicurazioni di capitali servano alla previdenza. Si considera che serva alla previdenza il pagamento della prestazione assicurativa a partire dal momento in cui l'assicurato ha compiuto i 60 anni sulla base di un rapporto contrattuale che è durato almeno cinque anni ed è stato istituito prima del compimento dei 66 anni. In questo caso la prestazione è esente da imposte.20
2    Le rendite vitalizie e i proventi da vitalizi sono imponibili nella misura del 40 per cento.21
3    I proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale ai sensi della legge del 23 giugno 200622 sugli investimenti collettivi (LICol) è attribuito agli investitori in funzione delle loro quote; i proventi da quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale con possesso fondiario diretto sono imponibili soltanto se la totalità dei redditi del fondo supera i redditi del possesso fondiario diretto.23
4    Sono esenti dall'imposta soltanto:
a  il ricavo dall'alienazione di diritti di opzione, a condizione che i diritti patrimoniali appartengono alla sostanza privata;
b  gli utili in capitale conseguiti su elementi della sostanza mobiliare privata, fatto salvo l'articolo 12 capoverso 2 lettere a e d;
c  l'incremento patrimoniale derivante da eredità, legato, donazione o liquidazione del regime matrimoniale;
d  l'incremento patrimoniale derivante da assicurazioni private di capitali, soggette a riscatto, eccettuate quelle da polizze di libero passaggio. È fatto salvo il capoverso 1ter;
e  i pagamenti in capitale versati dal datore di lavoro o da un'istituzione di previdenza professionale in occasione di un cambiamento di impiego, a condizione che il beneficiario li trasferisca nel termine di un anno ad un'altra istituzione di previdenza professionale o li impieghi per acquistare una polizza di libero passaggio;
f  i sussidi d'assistenza provenienti da fondi pubblici o privati;
g  le prestazioni versate in adempimento di un obbligo fondato sul diritto di famiglia, ad eccezione degli alimenti percepiti dal coniuge divorziato o separato legalmente o di fatto, nonché degli alimenti che uno dei genitori percepisce per i figli sotto la sua autorità parentale;
h  il soldo del servizio militare e civile, nonché l'importo giornaliero per le piccole spese versato nel servizio civile;
hbis  il soldo dei pompieri di milizia sino a concorrenza di un ammontare determinato dal diritto cantonale per prestazioni in relazione all'adempimento dei compiti fondamentali dei pompieri (esercitazioni, servizi di picchetto, corsi, ispezioni e interventi effettivi per salvataggi, lotta contro gli incendi, lotta contro i sinistri in generale e contro i sinistri causati da elementi naturali e simili); sono eccettuati gli importi forfettari per i quadri, le indennità di funzione, le indennità per i lavori amministrativi e le indennità per prestazioni volontarie fornite dai pompieri;
i  i versamenti a titolo di riparazione morale;
k  i proventi ricevuti in virtù della legislazione federale sulle prestazioni complementari all'assicurazione per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità.
l  le vincite ai giochi da casinò ammessi secondo la legge federale del 29 settembre 201728 sui giochi in denaro (LGD) realizzate nelle case da gioco, purché tali vincite non provengano da un'attività lucrativa indipendente;
lbis  le singole vincite ai giochi di grande estensione ammessi secondo la LGD e ai giochi da casinò in linea ammessi secondo la LGD sino a concorrenza di un importo pari a un milione di franchi o di un importo più elevato secondo il diritto cantonale;
lter  le vincite ai giochi di piccola estensione ammessi secondo la LGD;
m  le singole vincite ai giochi di destrezza e alle lotterie destinati a promuovere le vendite che secondo l'articolo 1 capoverso 2 lettere d ed e LGD non sottostanno a quest'ultima, purché non superino il limite stabilito dal diritto cantonale;
n  i proventi ricevuti in virtù della legge federale del 19 giugno 202033 sulle prestazioni transitorie per i disoccupati anziani.
LHID. Le raisonnement développé ci-dessus en matière d'IFD est partant aussi applicable en matière d'ICC.

10.3. Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, l'art. 69 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que l'art. 56
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 56 Sottrazione d'imposta - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione passata in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione passata in giudicato sia incompleta,
1bis    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve le autorità fiscali a determinare gli elementi della sostanza e del reddito sottratti; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.203
1ter    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempreché siano adempite le condizioni di cui al capoverso 1bis.204
2    Chiunque tenta di sottrarre un'imposta è punito con una multa pari a due terzi di quella che verrebbe inflitta in caso d'infrazione consumata.
3    Chiunque, intenzionalmente, istiga a una sottrazione d'imposta, vi presta aiuto, oppure, come rappresentante del contribuente, la attua o vi partecipa, è punito con la multa sino a 10 000 franchi e, nei casi gravi o di recidiva, sino a 50 000 franchi, indipendentemente dalla punibilità del contribuente. Inoltre, il colpevole può essere tenuto solidalmente responsabile per il pagamento dell'imposta sottratta.
3bis    Se una persona di cui al capoverso 3 si denuncia spontaneamente per la prima volta e sono adempite le condizioni di cui al capoverso 1bis lettere a e b, si prescinde dall'aprire un procedimento penale e la responsabilità solidale decade.205
4    Chiunque dissimula o distrae beni successori di cui è tenuto ad annunciare l'esistenza nella procedura d'inventario, nell'intento di sottrarli all'inventario, nonché
5    Se una persona di cui al capoverso 4 si denuncia spontaneamente per la prima volta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale per dissimulazione o distrazione di beni successori nella procedura d'inventario e per eventuali altri reati commessi in questo ambito (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  l'infrazione non sia nota ad alcuna autorità fiscale; e
b  la persona aiuti senza riserve l'amministrazione a correggere l'inventario.207
LHID et correspondant à l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.265
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.266
LIFD.

11.
S'agissant des reprises effectuées dans la fortune imposable du recourant, en lien avec la détention d'actions de A.________ SA, il faut relever ce qui suit.

11.1. L'impôt sur la fortune comprend les actions d'une société anonyme (art. 13
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 13 Oggetto dell'imposta - 1 L'imposta sulla sostanza ha per oggetto la sostanza netta totale.
1    L'imposta sulla sostanza ha per oggetto la sostanza netta totale.
2    La sostanza gravata da usufrutto è computata all'usufruttuario.
3    Le quote di partecipazione a investimenti collettivi di capitale con possesso fondiario diretto sono imponibili in funzione della differenza di valore tra il totale degli attivi dell'investimento collettivo di capitale e il suo possesso fondiario diretto.87
4    Le suppellettili domestiche e gli oggetti personali di uso corrente non sono imponibili.
LHID et art. 2 let. b de l'ancienne loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (aLIPP-III; aRSGE D 3 13), abrogée par l'art. 69 al. 1 LIPP.

11.2. L'arrêt attaqué a confirmé les reprises effectuées dans la fortune imposable du recourant des périodes fiscales 2001 à 2007 en lien avec la non-déclaration des actions de A.________ SA, tout en constatant la prescription du droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001.

11.3. Dans ses conclusions, le recourant demande certes l'annulation de "toutes" les reprises effectuées. Toutefois, il concentre ses griefs sur les reprises qui ont été effectuées dans son revenu et ne formule aucun grief à l'encontre des reprises qui ont été effectuées dans sa fortune en lien avec la détention d'actions de A.________ SA. Le mémoire de recours ne contient par ailleurs aucun grief selon lequel les juges précédents auraient arbitrairement constaté qu'il était détenteur d'actions de A.________ SA durant toutes les périodes fiscales litigieuses. Il faut donc en déduire que le recourant ne conteste désormais plus qu'il était actionnaire de A.________ SA durant ces périodes. Les reprises sont donc confirmées. Comme l'a constaté la Cour de justice, la prescription a toutefois été atteinte s'agissant de la période fiscale 2001. Elle l'est également, depuis le 31 décembre 2017, s'agissant de la période fiscale 2002 (cf. supra consid. 10.1).

V. Conséquences, ainsi que frais et dépens

12.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est prescrit s'agissant de la période fiscale 2002, tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC, et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour les périodes fiscales 2002 et 2003, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

13.
Comme le recourant obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, il ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF), le solde étant à la charge de l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
et 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Le recourant a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
et 68 al. 5
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction d'impôt sont supprimés pour la période fiscale 2002 et que l'amende pour soustraction d'impôt est supprimée pour la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende pour soustraction d'impôt sont supprimés pour la période fiscale 2002 et que l'amende pour soustraction d'impôt est supprimée pour la période fiscale 2003. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge du recourant et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.

4.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.

5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.

6.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Juge présidant : Zünd

La Greffière : Vuadens