Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C 813/2017

Arrêt du 17 septembre 2018

IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Zünd, Juge présidant, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Romain Jordan, avocat,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct, périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2009,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, du 2 août 2017 (A/1696/2014-ICCIFD).

Faits :

A.

A.a. X.________ SA a pour but des travaux et services dans le domaine de la construction. A.________ en est l'unique administrateur et actionnaire. B.________ Promotions Immobilières SA (ci-après: B.________, désormais en liquidation) avait pour but la promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant. X.________ SA en détenait la moitié du capital-actions et A.________ en était membre du conseil d'administration jusqu'en novembre 2009.
Par contrat du 22 septembre 1998, B.________ a donné à bail à X.________ SA une maison d'habitation sise sur la commune de C.________ (canton de Genève), pour un loyer annuel de 18'000 fr., charges non comprises. A.________ y réside depuis le 4 mai 1999.

B.

B.a. Dans son compte de résultat de l'exercice 2009, X.________ SA a comptabilisé un montant de 50'251 fr. 85 dans le poste "loyer et charges". Le 2 décembre 2010, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration cantonale) a demandé à X.________ SA des justificatifs concernant cette charge. La contribuable n'ayant pas donné suite à cette demande en dépit d'un rappel et d'une sommation, l'Administration cantonale a, le 6 avril 2011, procédé à une taxation d'office de la période fiscale 2009, en reprenant dans le bénéfice de X.________ SA notamment le montant de 50'251 fr. 85 tant pour l'impôt cantonal et communal (ICC) que pour l'impôt fédéral direct (IFD).
Le 9 mai 2011, X.________ SA a formé réclamation contre cette décision de taxation, produisant à l'appui de son écriture l'extrait des comptes "loyers" (charges), "électricité", "chauffage", "nettoyage", "entretien des locaux" et "autres charges", dont la somme équivalait à 50'251 fr. 85. L'Administration cantonale a sollicité d'autres pièces; le 22 août 2011, la contribuable a notamment fourni les factures correspondant au poste de 50'251 fr. 85, qui concernaient la maison d'habitation susmentionnée sise sur la commune de C.________. Le compte "loyer encaissé" également transmis ne faisait état d'aucun versement de la part de A.________.
Le 31 juillet 2013, l'Administration cantonale a informé la contribuable qu'elle entendait rectifier la taxation en sa défaveur en procédant à une reprise de 63'063. fr. 15 dans le compte "loyer encaissé" et à une reprise de 9'543 fr. dans son chiffre d'affaires. Le 30 septembre 2013, X.________ SA a fourni des justificatifs concernant le compte "loyer encaissé" et contesté la reprise de 9'543 francs.
Par décision sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation sur des points qui ne sont plus litigieux, mais maintenu la reprise de 50'251 fr. 85 au titre de distribution dissimulée de bénéfice accordée à A.________ et modifié la taxation en défaveur de la contribuable en reprenant un montant de 9'543 fr. au titre de chiffre d'affaires non comptabilisé.

B.b. Le 21 octobre 2011, l'Administration cantonale a informé X.________ SA de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, pour avoir accordé des distributions dissimulées de bénéfice à A.________ en mettant gratuitement à sa disposition la villa de C.________. Elle convoquait les représentants de la société dans ses locaux, en les priant d'apporter diverses pièces. N'ayant pas obtenu de réponse, l'Administration cantonale a indiqué à la contribuable le 18 octobre 2012 qu'à défaut de lui fournir les documents requis le 2 novembre 2012, elle statuerait en l'état du dossier. La contribuable a sollicité en vain la suspension de la procédure en raison d'un litige avec l'ancien associé de A.________.
Le 21 août 2013, l'Administration cantonale a notifié à X.________ SA des bordereaux de rappel d'impôt (taxation d'office) pour l'IFD et l'ICC. Les reprises s'élevaient à 27'849 fr. pour 2001 et 2002, à 24'951 fr. pour 2003, à 31'822 fr. pour 2004, à 27'020 fr. pour 2006, à 27'288 fr. pour 2007 et à 3'327 fr. pour 2008. A la même date, l'Administration cantonale a notifié à X.________ SA deux bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt, d'un montant de 15'491 fr. pour l'IFD et de 42'264 fr. pour l'ICC. Le montant des amendes représentait une quotité de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait.
Le 23 septembre 2013, X.________ SA a formé réclamation contre les bordereaux, contestant les reprises effectuées. Elle faisait en substance valoir que la villa de C.________ était utilisée comme maison-témoin pour des acquéreurs potentiels de promotions immobilières auxquelles elle participait.
Par décisions sur réclamation du 8 mai 2014, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation et confirmé reprises et amendes.

B.c. Le 10 juin 2014, X.________ SA a recouru contre les décisions sur réclamation du 8 mai 2014 concernant les périodes 2001 à 2004 et 2006 à 2009 auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).
S'agissant de la période fiscale 2009, elle demandait l'annulation de la décision sur réclamation en tant qu'elle maintenait la reprise de 50'502 fr. (recte: 50'251 fr. 85). S'agissant des périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2008, elle concluait à l'annulation des décisions entreprises.
Au cours de la procédure, l'Administration cantonale a précisé que, pour 2001 et 2002, la reprise correspondait au poste "loyer et charges", soit 27'849 francs. Pour 2003, la reprise s'élevait au même montant de 27'849 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 69'868 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 24'951 francs. Pour les périodes 2004, 2006 et 2007, le montant de la reprise correspondait au poste "loyer et charges", qui s'élevait à 31'822 fr. pour 2004, 27'020 fr. pour 2006 et 27'288 fr. pour 2007. Pour la période fiscale 2008, la reprise correspondait au poste "loyer et charges" de 16'430 fr.; compte tenu toutefois de la première taxation d'office qui était déjà intervenue et qui avait fixé le bénéfice imposable à 80'000 fr., la reprise ne s'élevait en fin de compte qu'à 3'327 francs.
L'Administration cantonale a par ailleurs précisé que le poste "loyer et charges" comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture, qui concernaient la villa.

B.d. Par jugement du 24 mars 2016, le Tribunal administratif a rejeté les recours. Il a confirmé que les conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice était réalisées en lien avec la mise à disposition de la villa à A.________ et a d'emblée confirmé le montant des amendes fixées dans les décision sur réclamation, qui étaient selon lui entrées en force puisque que X.________ SA ne les avait pas expressément contestées dans ses recours.

B.e. Le 9 mai 2016, X.________ SA a recouru contre le jugement du 24 mars 2016 du Tribunal administratif auprès de la Cour de justice, Chambre administrative, du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). En substance, elle a fait valoir que c'était à tort que le Tribunal administratif avait estimé qu'elle n'avait pas recouru contre les décisions d'amende pour soustraction d'impôt; les amendes étaient du reste étroitement liées aux reprises fiscales qu'elle avait contestées. Le Tribunal administratif avait violé la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reoet commis un déni de justice en n'établissant pas les faits pertinents susceptibles de déterminer la réalisation ou non des conditions de la soustraction d'impôt. Par ailleurs, les reprises effectuées dans son bénéfice n'étaient pas justifiées, car elle n'avait pas procédé à des distributions dissimulées de bénéfice.
Dans son arrêt du 2 août 2017, la Cour de justice a d'abord admis que le litige portait bien tant sur le rappel d'impôt que sur la question de la soustraction d'impôt. Au fond, elle a confirmé que X.________ SA avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice en lien avec la mise à disposition de la villa à A.________ et a jugé que les conditions de la soustraction d'impôt étaient réalisées. La période fiscale 2001, qui avait fait l'objet d'une taxation d'office, n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer. Le droit de sanctionner la soustraction d'impôt consommée commise durant cette même période 2001 était en revanche prescrit. La quotité d'amende retenue par l'Administration cantonale, correspondant à 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, ne prêtait pas le flanc à la critique.
En définitive, la Cour de justice a partiellement admis le recours, constaté la prescription du droit de sanctionner la soustraction d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour la période fiscale 2001 et confirmé le jugement du Tribunal administratif pour le surplus.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X.________ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler et de réformer l'arrêt du 2 août 2017 de la Cour de justice en ce sens que les reprises et amendes prononcées par l'Administration cantonale dans ses décisions du 8 mai 2014 soient annulées.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Dans sa réponse, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours, sous suite de frais. L'Administration fédérale des contributions se rallie au dispositif et aux considérants de l'arrêt attaqué, ainsi qu'aux observations de l'Administration cantonale. La recourante a répliqué.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.
La décision attaquée est finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200964 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201962 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:69
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199770 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201072 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3473 della legge del 17 giugno 200574 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201578 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201682 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201685 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (cf. art. 46 al. 1 let. b
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 46 Sospensione - 1 I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
1    I termini stabiliti in giorni dalla legge o dal giudice sono sospesi:
a  dal settimo giorno precedente la Pasqua al settimo giorno successivo alla Pasqua incluso;
b  dal 15 luglio al 15 agosto incluso;
c  dal 18 dicembre al 2 gennaio incluso.
2    Il capoverso 1 non si applica nei procedimenti concernenti:
a  l'effetto sospensivo e altre misure provvisionali;
b  l'esecuzione cambiaria;
c  i diritti politici (art. 82 lett. c);
d  l'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e l'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
e  gli appalti pubblici.19
et 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198091 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198092 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195494 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...95
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et dans les formes prescrites (cf. art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1bis    Se un procedimento in materia civile si è svolto in inglese dinanzi all'autorità inferiore, gli atti scritti possono essere redatti in tale lingua.14
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.15 16
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201617 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.18
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) par la destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF et en dérogation à l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 142 I 99 consid. 1.7.2 p. 106; 141 I 36 consid. 1.3 p 41). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst. ou contraire à un droit fondamental (cf. ATF 142 I 172 consid. 4.3 p. 176; 135 III 513 consid. 4.3 p. 521 s.; 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). S'agissant du droit cantonal harmonisé, le Tribunal fédéral en vérifie librement la conformité et son application par les instances cantonales aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas l'examen du Tribunal fédéral est
limité à l'examen de la violation de droits constitutionnels dûment invoqués, en particulier l'arbitraire (cf. ATF 142 V 94 consid. 1.3 p. 96; V 513 consid. 4.2 p. 516; 134 II 207 consid. 2 p. 210).

3.
Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.97
LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (ATF 143 IV 241 consid. 2.3.1 p. 24) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF (art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.97
LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.88
LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 140 III 264 consid. 2.3 p. 266; 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.).

II. Griefs formels

4.
La recourante reproche à la Cour de justice de ne pas avoir renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il examine le bien-fondé des amendes pour soustraction d'impôt prononcées par l'Administration cantonale, quand bien même elle a admis, contrairement à ce qu'avait retenu cette première instance, que ce point faisait bien partie du litige. Elle y voit un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst. et un irrespect du double degré de juridiction garanti par l'art. 50
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, dès lors que le canton de Genève a fait usage de la possibilité, prévue par l'art. 50 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, de prévoir une double instance judiciaire cantonale.
Ces deux griefs sont examinés successivement ci-après.

4.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst. (ATF 117 Ia 116 en lien avec l'art. 4 aCst.; arrêts 1C 326/2016 du 7 décembre 2017 consid. 3.1 non publié in ATF 144 II 41; 2C 1014/2013 du 22 août 2014 consid. 7.1 non publié in ATF 140 I 271).
En l'occurrence, force est de constater que la Cour de justice a bien traité le grief de la recourante et qu'elle l'a admis. En effet, elle a jugé, contrairement à ce qu'avait retenu le Tribunal administratif, que le litige comprenait également la question de savoir si les bordereaux d'amendes pour soustraction d'impôt étaient conformes au droit (consid. 4 de l'arrêt attaqué). On ne discerne donc pas en quoi l'instance précédente aurait commis un déni de justice formel au détriment de la recourante.

4.2. Selon l'art. 50 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID, le contribuable et l'Administration fiscale cantonale peuvent porter la décision sur recours devant une instance cantonale supérieure indépendante de l'Administration, à condition que le droit cantonal le prévoie. Le canton de Genève a fait usage de cette possibilité (cf. art. 7 de la loi genevoise sur la procédure fiscale [LPFisc; RSGE D 3 17). L'art. 50 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID s'applique par analogie à la procédure pour soustraction d'impôt, par le renvoi de l'art. 57bis al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 57bis Procedura - 1 L'autorità cantonale competente, terminata l'istruttoria, emana una decisione che è notificata per scritto all'interessato.218
1    L'autorità cantonale competente, terminata l'istruttoria, emana una decisione che è notificata per scritto all'interessato.218
2    Le decisioni delle autorità fiscali concernenti casi di sottrazione d'imposta sono impugnabili davanti ad autorità amministrative e autorità giudiziarie amministrative. Contro le decisioni cantonali in ultima istanza è ammesso il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale secondo la legge del 17 giugno 2005219 sul Tribunale federale. La giurisdizione penale è esclusa.220
3    Le prescrizioni sui principi procedurali, sulla procedura di tassazione e sulla procedura di ricorso sono applicabili per analogia.
LHID.
La LHID ne contient pas de règle obligeant la seconde instance judiciaire cantonale de renvoyer la cause à la première instance si cette dernière n'a à tort pas traité un grief. Par ailleurs, la seconde instance cantonale revoit à Genève les faits et le droit et dispose ainsi du même pouvoir d'examen que la première instance (cf. ATF 140 I 68 consid. 9.4 et les références au droit cantonal genevois). Le droit cantonal est donc autonome sur ce point, ce qui limite la cognition du Tribunal fédéral aux griefs constitutionnels dûment invoqués (cf. supra consid. 2). Or en l'occurrence, la recourante n'en formule aucun. Elle se limite à mentionner l'art. 44 LPFisc, qui prévoit que lorsqu'il est compétent pour statuer en matière fiscale, le Tribunal administratif de première instance siège dans la composition d'un juge, qui le préside, et de deux juges assesseurs spécialisés dans les affaires fiscales. Elle n'en tire toutefois aucun grief d'application arbitraire du droit cantonal.

4.3. Les griefs de déni de justice formel et de violation de l'art. 50
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 50 - 1 Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
1    Il contribuente può impugnare con ricorso scritto e motivato la decisione su reclamo, entro 30 giorni dalla notificazione, davanti a un'autorità giudiziaria di ricorso indipendente dall'autorità fiscale.
2    Il ricorso deve essere motivato. Con il ricorso possono essere fatti valere tutti i vizi della decisione impugnata e della procedura anteriore.
3    Il contribuente e l'amministrazione fiscale cantonale possono impugnare la decisione su ricorso davanti a un'altra istanza cantonale, indipendente dall'amministrazione, qualora il diritto cantonale lo preveda.
LHID sont partant rejetés.

III. Impôt fédéral direct
III.1 Prescription

5.
S'agissant des reprises fiscales, la Cour de justice a conclu que la période fiscale 2001 n'était pas atteinte par le délai de prescription de quinze ans du droit de taxer (art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD), car il fallait considérer qu'elle était entrée en force le 8 mai 2014.

5.1. La recourante soutient que le raisonnement conduit par l'instance précédente pour parvenir à cette conclusion est erroné et arbitraire Elle invoque une violation de l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD, ainsi qu'un établissement arbitraire des faits (art. 9
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 9 Protezione dall'arbitrio e tutela della buona fede - Ognuno ha diritto d'essere trattato senza arbitrio e secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato.
Cst.), une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst.) et de son droit d'accès au juge (art. 29a
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29a Garanzia della via giudiziaria - Nelle controversie giuridiche ognuno ha diritto al giudizio da parte di un'autorità giudiziaria. In casi eccezionali, la Confederazione e i Cantoni possono escludere per legge la via giudiziaria.
Cst.).

5.2. La période fiscale 2001 a fait l'objet d'une procédure en rappel d'impôt qui a été ouverte le 21 octobre 2011. Comme la contribuable n'a pas fourni les pièces requises par l'Administration cantonale malgré rappel et sommation, cette dernière a fixé d'office les éléments imposables pour établir le bordereau de rappel de l'impôt 2001, daté du 21 août 2013. La recourante a contesté la décision y afférente par réclamation du 23 septembre 2013. La décision sur réclamation est intervenue le 8 mai 2014 et la Cour de justice a statué sur le recours interjeté par la recourante à son encontre le 2 août 2017.

5.3. Les juges précédents ont recouru à l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD pour examiner la prescription en l'espèce. Ils ont estimé que la prescription de quinze ans du droit de procéder à la taxation par cette disposition arrivait à échéance en principe le 31 décembre 2016 pour la période fiscale 2001. Toutefois, cette règle s'appliquait différemment en cas de taxation d'office, en raison de l'obligation de démontrer dans la réclamation, sous peine d'irrecevabilité, le caractère manifestement inexact de la taxation. L'irrecevabilité d'une réclamation entraînait l'entrée en force de la décision la constatant, avec effet ex tunc si cette irrecevabilité devait être confirmée à l'issue d'une procédure de recours. En l'occurrence, la recourante n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la décision de taxation d'office du 21 août 2013 dans sa réclamation, et l'Administration cantonale "devait en constater l'irrecevabilité et refuser d'entrer en matière sur celle-ci" dans sa décision sur réclamation (consid. 16, 1er paragraphe). Les juges précédents poursuivent en relevant qu'en l'espèce, "le rejet du recours a entraîné la confirmation des décisions sur réclamation du 8 mai 2014. Dès lors, l'ensemble des décisions de taxation (...)
sont entrées en force avec effet au 8 mai 2014, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien-fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable" (consid. 16, 2e paragraphe). Le droit de procéder à la taxation de la période fiscale 2001 n'était donc pas prescrit, car l'entrée en force était intervenue rétroactivement le 8 mai 2014, soit avant le délai de prescription de quinze ans échéant le 31 décembre 2016.

5.4. Le raisonnement de la Cour de justice est confus sur le plan des faits et erroné sur le plan du droit.

5.4.1. S'agissant des faits, on ne parvient pas savoir si les juges cantonaux considèrent que l'Administration cantonale a rendu une décision d'irrecevabilité sur réclamation concernant la période fiscale 2001 (ce qui ressort du premier paragraphe du consid. 16) ou s'ils retiennent au contraire que cette administration est entrée en matière sur la réclamation pour ensuite la rejeter au fond (ce qui ressort du deuxième paragraphe du même considérant). Ce point souffre de rester indécis en l'espèce, puisque l'argumentation de la Cour de justice est de toute manière contraire au droit fédéral.

5.4.2. En appliquant l'art. 120 al. 4
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD pour calculer la prescription, les juges précédents ont perdu de vue que l'art. 120
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 120 Prescrizione del diritto di tassare - 1 Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
1    Il diritto di tassare si prescrive in cinque anni dalla fine del periodo fiscale. Sono salvi gli articoli 152 e 184.
2    La prescrizione non decorre o è sospesa:
a  durante una procedura di reclamo, di ricorso o di revisione;
b  fino a quando il credito fiscale è assicurato da garanzie o fruisce di una dilazione di pagamento;
c  fino a quando né il contribuente, né il corresponsabile dell'imposta hanno domicilio o dimora fiscale in Svizzera.
3    Un nuovo termine di prescrizione decorre con:
a  ogni atto ufficiale inteso all'accertamento o alla riscossione del credito fiscale, comunicato al contribuente o al corresponsabile dell'imposta;
b  ogni riconoscimento esplicito del debito fiscale da parte del contribuente o del corresponsabile dell'imposta;
c  la presentazione di una domanda di condono;
d  il promovimento di un'azione penale per sottrazione consumata d'imposta o per delitto fiscale.
4    Il diritto di tassare si prescrive, in ogni caso, in 15 anni dalla fine del periodo fiscale.
LIFD concerne la prescription du droit de taxer. Or, cette disposition ne peut pas entrer en ligne de compte, puisque la période fiscale 2001 ici litigieuse avait déjà fait l'objet d'une taxation, l'Administration cantonale ayant ouvert une procédure en rappel d'impôt pour cette période fiscale. Ce sont donc les règles sur la prescription du rappel d'impôt, qui figurent à l'art. 152
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD, qui s'appliquent.
Selon l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD, le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte. Ce délai de quinze ans est un délai de péremption (cf. arrêts 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C 146/2013 du 4 septembre 2013 consid. 3.2).
En vertu de cette disposition, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016. Le fait que l'Administration cantonale ait procédé par taxation d'office au cours de la procédure en rappel d'impôt, ce qui est possible (art. 153 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 153 Procedura - 1 L'avvio della procedura di ricupero è comunicato per scritto al contribuente.
1    L'avvio della procedura di ricupero è comunicato per scritto al contribuente.
1bis    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.256
2    La procedura non ancora avviata o non ancora conclusa alla morte del contribuente è avviata o proseguita contro gli eredi.
3    Per il resto, sono applicabili per analogia le disposizioni su i principi procedurali, la procedura di tassazione e quella di ricorso.
en lien avec l'art. 130 al. 2 et 132 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 132 Presupposti - 1 Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
1    Contro la decisione di tassazione il contribuente può reclamare per scritto all'autorità di tassazione, entro 30 giorni dalla notificazione.
2    Il reclamo presentato contro una decisione di tassazione già esaustivamente motivata può essere trasmessa come ricorso, con il consenso del reclamante e degli altri proponenti (art. 103 cpv. 1 lett. b e 104 cpv. 1), alla commissione cantonale di ricorso in materia di imposte.
3    Il contribuente può impugnare la tassazione operata d'ufficio soltanto con il motivo che essa è manifestamente inesatta. Il reclamo dev'essere motivato e indicare eventuali mezzi di prova.
LIFD; cf. arrêt 2C 304/2013 du 22 octobre 2013 consid. 3.4 et les références) n'a pas d'incidence sur le calcul de la prescription (cf. sur ce point l'arrêt 2C 722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 3.1.2, dûment cité par la recourante dans sa réplique). Le raisonnement de la Cour de justice est partant contraire à l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD.
Au surplus, le point de savoir si c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que (hors procédure de rappel d'impôt), un arrêt cantonal constatant ou confirmant l'irrecevabilité d'une réclamation formée contre une décision de taxation d'office a pour conséquence de faire entrer en force à titre rétroactif ladite taxation n'est pas d'emblée évident. Au vu de ce qui précède, il n'est toutefois pas nécessaire de trancher cette question en l'espèce.

5.4.3. Ce qui précède conduit au constat que l'arrêt attaqué a violé l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD en ne retenant pas que le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2001 s'est éteint le 31 décembre 2016.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu d'examiner au surplus si la recourante a motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF les griefs d'ordre constitutionnels qu'elle fait aussi valoir en lien avec la question de la prescription de la période fiscale 2001 (cf. supra consid. 5).

5.5. Pour les mêmes raisons, le droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2002 s'est éteint le 31 décembre 2017, comme le relève à juste titre la recourante dans sa réplique.

6.
Il convient également d'examiner la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée.

6.1. S'agissant des amendes pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 184 al. 1 let. b ch. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 L'azione penale si prescrive:
1    L'azione penale si prescrive:
a  nel caso di violazione di obblighi procedurali, in tre anni, e nel caso di tentativo di sottrazione d'imposta, in sei anni dopo la chiusura definitiva del procedimento durante il quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione;
b  nel caso di sottrazione consumata d'imposta, in dieci anni dalla fine:
b1  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 175 cpv. 1), oppure
b2  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato d'imposta (art. 175 cpv. 1) oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 178 cpv. 1-3).
2    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 182 cpv. 1).
LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, prévoit que la poursuite pénale se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète. Selon le nouvel art. 184 al. 2
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 L'azione penale si prescrive:
1    L'azione penale si prescrive:
a  nel caso di violazione di obblighi procedurali, in tre anni, e nel caso di tentativo di sottrazione d'imposta, in sei anni dopo la chiusura definitiva del procedimento durante il quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione;
b  nel caso di sottrazione consumata d'imposta, in dieci anni dalla fine:
b1  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 175 cpv. 1), oppure
b2  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato d'imposta (art. 175 cpv. 1) oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 178 cpv. 1-3).
2    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 182 cpv. 1).
LIFD, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1) avant l'échéance du délai de prescription. Cela implique que la prescription est atteinte si aucune décision n'a été rendue par l'autorité cantonale compétente dans les dix ans après la fin de la période fiscale concernée (cf. arrêts 2C 12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.2, non publié in ATF 144 IV 136; 2C 1010/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.4.1).
Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait par quinze ans, par le jeu de l'art. 184 let. b ch. 1
SR 311.0 Codice penale svizzero del 21 dicembre 1937
CP Art. 184 - Il sequestro di persona ed il rapimento sono puniti con una pena detentiva non inferiore ad un anno se il colpevole ha cercato di ottenere un riscatto,
et al. 2 aLIFD, en lien avec l'art. 333 al. 6 let. b
SR 311.0 Codice penale svizzero del 21 dicembre 1937
CP Art. 333 - 1 Le disposizioni generali del presente Codice si applicano ai reati previsti da altre leggi federali, in quanto queste non contengano disposizioni sulla materia.
1    Le disposizioni generali del presente Codice si applicano ai reati previsti da altre leggi federali, in quanto queste non contengano disposizioni sulla materia.
2    Nelle altre leggi federali le seguenti pene sono sostituite come segue:
a  la reclusione, con una pena detentiva superiore a un anno;
b  la detenzione, con una pena detentiva sino a tre anni o una pena pecuniaria;
c  la detenzione inferiore a sei mesi, con una pena pecuniaria d'importo pari a trenta aliquote giornaliere di 3000 franchi al massimo per un mese di pena detentiva.
3    Se la pena massima comminata è l'arresto o la multa o la sola multa, il reato si configura come contravvenzione. Sono applicabili gli articoli 106 e 107. È fatto salvo l'articolo 8 della legge federale del 22 marzo 1974510 sul diritto penale amministrativo. È contravvenzione anche il reato per cui un'altra legge federale entrata in vigore prima del 1942 commina la detenzione non superiore a tre mesi.
4    Rimangono salvi i limiti di pena minimi e massimi deroganti al capoverso 2, nonché l'articolo 41 e gli importi della multa deroganti all'articolo 106.
5    Se un'altra legge federale commina la multa per un crimine o un delitto, è applicabile l'articolo 34. Le norme di commisurazione deroganti all'articolo 34 non sono applicabili. È fatto salvo l'articolo 8 della legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo. Se è inferiore a 1 080 000 franchi, l'importo massimo della multa comminata decade. Se è comminata una multa di almeno 1 080 000 franchi, tale importo minimo è mantenuto. In questo caso, il numero massimo delle aliquote giornaliere risulta dall'importo massimo della multa diviso per 3000.
6    ...511
6bis    Se per un reato può essere comminata sia una pena detentiva sia una pena pecuniaria con un numero minimo di aliquote giornaliere, questo limite inferiore si applica anche per la durata minima in giorni della pena detentiva.512
7    Le contravvenzioni previste da altre leggi federali sono punibili anche quando sono dovute a negligenza, purché non risulti dalla disposizione applicabile che la contravvenzione è punita solo se è commessa intenzionalmente.
CP (arrêt 2C 173/2015 du 21 novembre 2014 consid. 5.1.1, in RF 71/2016 p. 882).

Selon l'art. 205f
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 205f Disposizione transitoria della modifica del 26 settembre 2014 - Il nuovo diritto si applica al giudizio dei reati commessi in un periodo fiscale precedente l'entrata in vigore della modifica del 26 settembre 2014, per quanto esso sia più favorevole del diritto vigente nel periodo fiscale in cui il reato è stato commesso.
LIFD, entré en vigueur le 1er janvier 2017, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours de périodes fiscales précédant l'entrée en vigueur de la modification du 26 septembre 2014 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (principe de la lex mitior; cf. arrêts 2C 844/2017 du 17 août 2018 consid. 2.3.1; 2C 12/2017 précité consid. 4.1 non publié).

6.2. En l'occurrence, la Cour de justice, qui a statué après l'entrée en vigueur du nouveau droit, aurait dû constater d'office la prescription de la poursuite de la soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 en appliquant le nouveau droit en tant que lex mitior. La prescription n'a en effet pas été interrompue par la décision de l'Administration cantonale, qui n'est intervenue que le 21 août 2013, soit plus de dix ans après la fin de la période fiscale 2002.

7.
Les périodes fiscales 2001 et 2002 sont ainsi prescrites tant s'agissant du droit de procéder au rappel d'impôt que du droit de sanctionner la soustraction d'impôt. Restent seules litigieuses les périodes fiscales 2003 et 2004 et 2006 à 2009.
III.2 Griefs relatifs à l'existence de distributions dissimulées de bénéfice

8.
La recourante soutient que la Cour de justice a violé les art. 57
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto.
et 58 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
1    Costituiscono utile netto imponibile:
a  il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
b  tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
c  i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...139
2    L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
3    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
let. b cinquième tiret LIFD en retenant que la mise à disposition de la villa sise à C.________ à A.________ était constitutive d'une distribution dissimulée de bénéfice et qu'elle a partant à tort procédé aux reprises des charges y afférentes dans son bénéfice imposable. Le litige ne porte donc que sur ces reprises fiscales.

8.1. L'impôt sur le bénéfice des personnes morales a pour objet le bénéfice net (art. 57
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto.
LIFD). Selon l'art. 58 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
1    Costituiscono utile netto imponibile:
a  il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
b  tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
c  i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...139
2    L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
3    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre des prélèvements au sens de la let. b figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5e tiret).

8.1.1. Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice si: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 et les références). Le point de savoir s'il existe une disproportion (manifeste) entre les prestations se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (principe de pleine concurrence; "dealing at arm's length"; cf. ATF 140 II 88 consid. 4.1 p. 92 s.; 138 II 57 consid. 2.2 p. 59 s. et consid. 4.1 p. 61; 131 II 593 consid. 5.1 p. 607).

8.1.2. Les dépenses qui ne sont pas justifiées par l'usage commercial doivent être réintégrées au bénéfice imposable si elles ont été portées en déduction. Selon la jurisprudence, la justification commerciale d'une dépense dépend de son contexte. Sa nécessité effective pour l'entreprise n'est pas déterminante. Il suffit qu'il existe un rapport de causalité objectif entre la dépense et le but économique de l'entreprise. Le lien de causalité existe lorsque la dépense aurait été consentie par un gestionnaire ordinaire faisant preuve de la diligence objective requise par le droit commercial. Tel n'est pas le cas des dépenses qui ne servent qu'à l'entretien de l'actionnaire ou à son propre plaisir. Dans ce cas, la société grève indûment son compte de résultats en prenant à sa charge des dépenses privées sous couvert de frais commerciaux (arrêt 2C 124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 6.1 et les références).
Selon la jurisprudence, il y a, notamment, distribution dissimulée de bénéfice lorsqu'une société prend à sa charge des frais personnels d'entretien ou de hobby de l'actionnaire (par exemple arrêts 2C 276/2018 du 15 juin 2018 consid. 2.4; 2C 795/2015 du 3 mai 2015 consid. 2.2; 2A.55/2001 du 6 mars 2002 consid. 4.4; 2A.315/1991 du 22 octobre 1992 consid. 2a, in Archives 63 p. 145, traduit in RDAF 1995 p. 38), lorsqu'elle prend à sa charge des frais d'entretiens ou de travaux dans la villa de l'actionnaire (cf. arrêt 2C 543/2008 du 27 mars 2009 consid. 3) ou lorsqu'elle assume les frais relatifs à un bateau, utilisé sans justification commerciale mais pour satisfaire le goût personnel de l'actionnaire (arrêt 2C 124/2016 précité consid. 6.3). Dans l'arrêt 2C 795/2015 du 3 mai 2016, le Tribunal fédéral a retenu que, pour qu'une personne morale puisse réduire son bénéfice imposable des charges liées à des locaux appartenant à son actionnaire, ces charges devaient être justifiées par l'usage commercial et le prix payé à l'actionnaire conforme au marché. En l'occurrence, il n'avait pas été démontré que le montant de loyer payé à l'actionnaire par la société, au motif que celui-ci travaillait pour elle à la maison (home office),
constituait des frais justifiés par l'usage commercial déductibles. Il s'agissait bien plus de baux conclus pour la résidence d'habitation privée de l'actionnaire (arrêt 2C 795/2015 consid. 4.5 et 4.6).

8.1.3. S'agissant du fardeau de la preuve, les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou alors seulement une contre-prestation insuffisante. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (ATF 138 II 57 consid. 7.1 p. 66; 133 II 153 consid. 4.3 p. 158 précité; arrêts 2C 927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.4, in RDAF 2014 II 463).

8.2. En l'occurrence, la Cour de justice a constaté que la recourante était liée par un contrat de bail avec B.________, à qui elle versait un loyer de 18'000 fr. par année, charges non comprises, pour une villa sise à C.________ qu'elle mettait à disposition de A.________, qui l'occupait comme logement depuis 1999. Le poste "loyer et charges" que la recourante avait comptabilisé comprenait le loyer annuel de la villa (18'000 fr. par an), ainsi que, selon les années, d'autres factures liées à l'utilisation de la villa, à savoir des factures des Services industriels genevois, des factures pour le mazout, des factures d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des factures de frais d'entretien, notamment de peinture. Selon les constatations de la Cour de justice qui lient le Tribunal fédéral, A.________ était un des actionnaires et l'unique administrateur de la recourante.
La Cour de justice a estimé que, dans un telle situation, l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée et qu'il incombait à la recourante de démontrer le contraire. Or, elle avait échoué à le faire. La recourante avait allégué en vain que la villa représentait son siège. Il apparaissait en effet que le siège de la recourant était à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009 et que ce n'était qu'à compter de 2010 qu'il avait été déplacé à C.________. La recourante n'avait par ailleurs pas prouvé avoir conclu le contrat de bail auprès de B.________ dans le but d'y exercer son activité lucrative. Il ressortait des allégations de la recourante que A.________ utilisait la villa comme logement privé et qu'il s'en servait accessoirement à des fins professionnelles et commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile). Or, le fait de travailler à la maison procédait d'un choix personnel de A.________ et ne pouvait pas justifier une déduction dans le chef de la recourante. De même, le fait que la villa serve de maison-témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer payé par la recourante, lequel avait été abaissé en conséquence. La recourante n'aurait d'ailleurs jamais mis
à disposition gratuitement la villa à un tiers étranger. En outre, c'était en vain que la recourante soutenait que si A.________ n'avait pas occupé le logement, celui-ci serait demeuré vide,et qu'elle aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité. Ces faits n'étaient que des hypothèses sans pertinence sur l'appréciation juridique du cas d'espèce.

8.3. La recourante soutient que ce raisonnement viole les art. 57
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 57 - L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto.
et 58 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
1    Costituiscono utile netto imponibile:
a  il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
b  tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
c  i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...139
2    L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
3    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
let. b LIFD. La villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. Le fait qu'elle soit utilisée comme villa témoin pour des expositions requérait un entretien impeccable régulier, de sorte qu'elle ne pouvait pas être louée à un tiers. Son utilisation pour son activité commerciale lui permettait d'éviter d'avoir à payer un loyer pour des locaux commerciaux pour le travail effectué par A.________. Le fait que l'actionnaire occupe cette villa, sans engendrer de charges supplémentaires ni manque à gagner pour elle, ne pouvait pas être constitutif d'une distribution dissimulée de bénéfice. A.________ avait du reste fourni une contre-prestation puisqu'il avait dû subir des visites et prendre en charge de nombreux frais d'entretien, faisant économiser à la recourante les frais de gardiennage de la villa.

8.4. Ces éléments ne permettent pas de conclure au caractère commercialement justifié des charges déduites.
En premier lieu, c'est à bon droit que la Cour de justice a jugé que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice était présumée dans les circonstances d'espèce. Les dépenses qu'une société anonyme encourt en payant le loyer ainsi qu'à tout le moins une partie des charges d'entretien du logement privé de son actionnaire et administrateur, qui l'occupe gratuitement, ne constitue a priori manifestement pas une dépense justifiée par l'usage commercial.
Les arguments développés par la recourante dans son recours pour prouver le contraire ne convainquent pas.
D'abord, ses arguments comportent des allégations appellatoires, qui contredisent les éléments de fait constatés par l'arrêt attaqué ou qui n'y figurent pas, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits. C'est ainsi que, contrairement à ce que soutient la recourante, il n'est pas établi que la villa était le lieu depuis lequel elle déployait son activité principale. L'arrêt attaqué constate au contraire que le siège de la recourante se trouvait à Plan-les-Ouates jusqu'en 2009. L'allégation selon laquelle la villa ne pouvait pas être louée à un tiers ne repose par ailleurs sur aucun fait constaté, de même que le fait que la présence de A.________ lui aurait permis d'économiser des frais de gardiennage.
Ensuite, la recourante échoue à démontrer que la prise en charge du loyer de 18'000 fr. par an et de frais de la villa soit, même partiellement, justifiée par l'usage commercial. Les juges précédents ont admis que le fait que la villa puisse être utilisée comme villa-témoin pour des promotions constituait un inconvénient, mais ils ont relevé que ce fait avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer. En tout état de cause, cet élément ne justifiait de toute manière pas que A.________ ait pu loger durant une dizaine d'années gratuitement dans la villa, et encore moins la prise en charge par la recourante des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien des locaux et d'autres charges liées à la villa. Par ailleurs, la recourante n'a pas démontré que le travail prétendument effectué à domicile par A.________ justifiait une prise en charge du loyer par la recourante.
Finalement, en tant que la recourante soutient qu'elle s'est épargnée des frais de locaux commerciaux en mettant la villa à disposition de son administrateur et actionnaire, de sorte qu'aucune distribution dissimulée de bénéfice ne pourrait être retenue, elle perd de vue que l'existence d'une distribution dissimulée de bénéfice est fondamentalement axée sur une comparaison de la transaction en cause avec une transaction entre tiers (cf. supra consid. 8.1.1). Il ne s'agit donc pas de savoir si la recourante a potentiellement économisé des frais supplémentaires, mais si la transaction qui est intervenue avec l'actionnaire/administrateur aurait été convenue dans les mêmes termes avec un tiers. Or, c'est à bon droit que les juges précédents ont estimé qu'une société n'aurait jamais accordé un tel avantage à un tiers.

8.5. La Cour de justice a donc correctement appliqué le droit fédéral en niant le caractère justifié commercialement des charges litigieuses.
Les autres conditions d'une distribution dissimulée de bénéfice sont au surplus réunies: la prestation de la recourante a été fournie à un actionnaire, et les organes de la recourante ne pouvaient pas l'ignorer, puisque le bénéficiaire des prestations en était aussi l'administrateur.
Il s'ensuit que les griefs de la recourante sont rejetés et que l'arrêt attaqué est confirmé s'agissant des reprises fiscales effectuées.

9.
La recourante conteste les bordereaux d'amende pour soustraction d'impôt. Elle soutient qu'elle n'a pas agi intentionnellement ni même par négligence. On était uniquement en présence d'une appréciation juridique différente de celle des autorités fiscales. La recourante avait du reste toujours été transparente tant avec l'Administration fiscale qu'avec sa fiduciaire, car elle n'avait jamais caché que la villa était occupée par A.________. La production d'un rapport établi suite au contrôle fiscal effectué dans B.________ aurait permis de le démontrer, mais cela avait été arbitrairement refusé par les juges cantonaux, en violation du droit à la preuve de la recourante garanti à l'art. 29 al.2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 29 Garanzie procedurali generali - 1 In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
1    In procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole.
2    Le parti hanno diritto d'essere sentite.
3    Chi non dispone dei mezzi necessari ha diritto alla gratuità della procedura se la sua causa non sembra priva di probabilità di successo. Ha inoltre diritto al patrocinio gratuito qualora la presenza di un legale sia necessaria per tutelare i suoi diritti.
Cst.

9.1. Le grief de violation du droit à la preuve (sur ce point, cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 p. 298 s. et les arrêts cités) n'est pas motivé de manière conforme à l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 106 Applicazione del diritto - 1 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
1    Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2    Esamina la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato tale censura.
LTF (cf. supra consid. 2). La recourante n'a en particulier pas exposé en quoi les juges auraient procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en jugeant que ce rapport n'apporterait aucun élément pertinent pour juger de la réalisation des conditions de soustraction d'impôt (cf. arrêt attaqué consid. 6). Les juges précédents retiennent du reste que ce rapport semble n'avoir jamais existé, sans que la recourante ne se plaigne de constatation arbitraire des faits.

9.2. Selon l'art. 181 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 181 - 1 Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima.
1    Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima.
2    L'articolo 177 è applicabile per analogia alla persona giuridica che, nell'esercizio della sua attività, ha istigato, prestato aiuto o partecipato alla sottrazione commessa da un terzo.
3    Sono salve le pene inflitte agli organi o ai rappresentanti della persona giuridica secondo l'articolo 177.
4    I capoversi 1 a 3 s'applicano per analogia alle corporazioni e agli stabilimenti di diritto estero, come anche alle comunità di persone straniere senza personalità giuridica.
LIFD, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Cette disposition renvoie à l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.275
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.276
LIFD pour définir l'infraction de soustraction fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 90).
Aux termes de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.275
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.276
LIFD, est puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour qu'il y ait soustraction au sens de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.275
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.276
LIFD, il faut qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier (arrêt 2C 1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.1 et les références, in RF 73/2018 p. 255, RDAF 2017 II 630).

9.3. Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.275
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.276
et 181
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 181 - 1 Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima.
1    Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima.
2    L'articolo 177 è applicabile per analogia alla persona giuridica che, nell'esercizio della sua attività, ha istigato, prestato aiuto o partecipato alla sottrazione commessa da un terzo.
3    Sono salve le pene inflitte agli organi o ai rappresentanti della persona giuridica secondo l'articolo 177.
4    I capoversi 1 a 3 s'applicano per analogia alle corporazioni e agli stabilimenti di diritto estero, come anche alle comunità di persone straniere senza personalità giuridica.
LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (ATF 135 II 86 consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. ATF 114 Ib 27 consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).

9.4. En l'occurrence, la Cour de justice a jugé à bon droit que l'administrateur de la recourante ne pouvait pas ignorer les avantages fiscaux, pour cette dernière, que représentaient le fait de passer en charges déductibles le loyer et des frais liés à l'entretien de la villa, alors que ces dépenses n'avaient pas de caractère commercial, la villa servant au logement privé de A.________. Ce dernier étant administrateur de la recourante, il ne pouvait pas ignorer que la jouissance de cette maison lui était accordée à titre gratuit. L'avantage accordé à A.________ est si manifeste qu'il ne pouvait procéder que d'une démarche intentionnelle. Quoi qu'en dise la recourante, on ne se trouve pas dans une simple divergence dans l'appréciation de la valeur des prestations fournies. Par ailleurs, le fait que la présence de A.________ dans la villa n'ait pas été cachée à l'Administration cantonale - ce qui n'est au demeurant pas établi - ne change rien au fait que la recourante a diminué son bénéfice imposable en prenant à sa charge des dépenses privées de son administrateur et actionnaire. On ne voit au surplus pas que le fait qu'elle ait aussi été transparente avec sa fiduciaire jouerait un rôle dans la réalisation des conditions de la
soustraction d'impôt. Comme l'a rappelé à bon droit la Cour de justice, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas déchargé de ses obligations et responsabilités fiscales et ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller (cf. au surplus arrêt 2C 908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références, in RDAF 2012 II 324).
Le grief de violation de l'art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.275
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.276
LIFD est partant rejeté.

9.5. Au surplus, la recourante ne formule à juste titre aucun grief concernant la quotité d'amende de 1.25 fois le montant de l'impôt soustrait, qui a été confirmée par la Cour de justice. On ne voit en effet pas que cette quotité d'amende procède d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation (sur les principes régissant la fixation de l'amende pour soustraction d'impôt, cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 p. 152 s. et les références).

IV. Impôt cantonal et communal

10.
La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10 et les références citées).

11.
S'agissant de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt, l'art. 53 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 53 - 1 L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
1    L'autorità fiscale procede al ricupero dell'imposta non incassata, compresi gli interessi, quando fatti o mezzi di prova sconosciuti in precedenza permettono di stabilire che la tassazione è stata indebitamente omessa o che la tassazione cresciuta in giudicato è incompleta, ovvero che una tassazione omessa o incompleta è dovuta a un crimine o a un delitto contro l'autorità fiscale. Il ricupero d'imposta è escluso nel caso di sola valutazione insufficiente.
2    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo quindici anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
4    Se nessun procedimento penale per sottrazione d'imposta è avviato o pendente o escluso a priori al momento dell'avvio della procedura di ricupero d'imposta, il contribuente è informato che un siffatto procedimento nei suoi confronti può essere avviato ulteriormente.206
LHID et l'art. 61 al. 3 LPFisc ont la même teneur que l'art. 152 al. 3
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 152 Perenzione - 1 Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
1    Il diritto di avviare la procedura di ricupero d'imposta decade dopo dieci anni dalla fine del periodo fiscale per il quale la tassazione è stata indebitamente omessa o per il quale la tassazione cresciuta in giudicato era incompleta.
2    L'apertura del procedimento penale per sottrazione d'imposta o per delitto fiscale vale contemporaneamente come avvio della procedura di ricupero d'imposta.
3    Il diritto di procedere al ricupero d'imposta decade dopo 15 anni dalla fine del periodo fiscale al quale si riferisce.
LIFD. Le même raisonnement que pour l'IFD s'applique donc pour l'impôt cantonal harmonisé (cf. arrêts 2C 760/2017 du 15 juin 2018 consid. 4.1; 2C 722/2017 précité consid. 3.1.1) et conduit au constat de la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt des périodes 2001 et 2002, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.
S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour soustraction d'impôt consommée, l'art. 58 al. 2 let. a
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 58 Prescrizione dell'azione penale - 1 L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
1    L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
2    L'azione penale per sottrazione consumata d'imposta si prescrive in dieci anni dalla fine:
a  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 56 cpv. 1); oppure
b  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato (art. 56 cpv. 1), oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 56 cpv. 4).
3    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 57bis cpv. 1).
et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'art. 184
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 184 - 1 L'azione penale si prescrive:
1    L'azione penale si prescrive:
a  nel caso di violazione di obblighi procedurali, in tre anni, e nel caso di tentativo di sottrazione d'imposta, in sei anni dopo la chiusura definitiva del procedimento durante il quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione;
b  nel caso di sottrazione consumata d'imposta, in dieci anni dalla fine:
b1  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 175 cpv. 1), oppure
b2  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato d'imposta (art. 175 cpv. 1) oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 178 cpv. 1-3).
2    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 182 cpv. 1).
LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (art. 72s
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 72s
LHID; cf. art. 77 LPFisc dont l'al. 2 diffère de l'art. 58 al. 3
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 58 Prescrizione dell'azione penale - 1 L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
1    L'azione penale per violazione di obblighi procedurali si prescrive in tre anni e quella per tentativo di sottrazione d'imposta in sei anni dopo la chiusura definitiva della procedura nel corso della quale sono stati violati gli obblighi procedurali oppure è stato commesso il tentativo di sottrazione.
2    L'azione penale per sottrazione consumata d'imposta si prescrive in dieci anni dalla fine:
a  del periodo fiscale per il quale il contribuente non è stato tassato o è stato tassato insufficientemente oppure per il quale la ritenuta d'imposta alla fonte non è stata effettuata conformemente alla legge (art. 56 cpv. 1); oppure
b  dell'anno civile nel corso del quale sono stati ottenuti una restituzione indebita d'imposta o un condono ingiustificato (art. 56 cpv. 1), oppure sono stati dissimulati o distratti beni successori nella procedura d'inventario (art. 56 cpv. 4).
3    La prescrizione non interviene se prima della scadenza del termine di prescrizione è pronunciata una decisione dell'autorità cantonale competente (art. 57bis cpv. 1).
LHID; cf. arrêt 2C 760/2017 précité consid. 4.2). L'art. 78f
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 78f Disposizione transitoria della modifica del 26 settembre 2014 - Il nuovo diritto si applica al giudizio dei reati commessi in un periodo fiscale precedente l'entrata in vigore della modifica del 26 settembre 2014, per quanto esso sia più favorevole del diritto vigente nel periodo fiscale in cui il reato è stato commesso.
LHID prévoit également l'application de la lex mitior (cf. arrêt 2C 12/2017 précité consid. 4.3 non publié). Le même raisonnement est partant applicable en matière d'ICC qu'en matière IFD et conduit au constat que la poursuite pénale pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est prescrite, contrairement à ce qu'a retenu l'instance précédente.

12.
Concernant la reprise des charges dans le bénéfice de la recourante, l'art. 12 let. d de la loi sur l'imposition des personnes morales (LIPM, RSGE D 3 15), dans sa version en vigueur jusqu'au 30 mars 2016 applicable au cas d'espèce prévoit que les sommes qui sont prélevées, avant le calcul du bénéfice net, sur les résultats de l'exercice, pour couvrir les dépenses qui ne peuvent pas être considérées comme des frais d'exploitation sont considérés comme bénéfice net imposable. Cette disposition correspond matériellement à l'art. 24 let. a
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 24 In generale - 1 L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
1    L'imposta sull'utile ha per oggetto l'utile netto complessivo, compresi:
a  le spese non giustificate dall'uso commerciale e addebitate al conto perdite e profitti;
b  i prodotti, gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione che non sono stati accreditati a detto conto;
c  gli interessi sul capitale proprio occulto (art. 29a).
2    Non costituiscono utile imponibile:
a  gli apporti dei soci di società di capitali e di società cooperative, compresi l'aggio e le prestazioni a fondo perso;
b  il trasferimento della sede, dell'amministrazione, di un'impresa commerciale o di uno stabilimento d'impresa in un altro Cantone, a condizione che non intervenga né alienazione né rivalutazione contabile;
c  l'aumento di capitale derivante da eredità, legato o donazione.
3    Le riserve occulte di una persona giuridica non sono imponibili nell'ambito di ristrutturazioni, in particolare in caso di fusione, di scissione o di trasformazione, in quanto la persona giuridica rimanga assoggettata all'imposta in Svizzera e gli elementi fino ad allora determinanti per l'imposta sull'utile vengano ripresi:
a  in caso di trasformazione in un'impresa di persone o in un'altra persona giuridica;
b  in caso di divisione o di separazione di una persona giuridica, in quanto vengano trasferiti uno o più esercizi o rami d'attività e nella misura in cui le persone giuridiche che sussistono dopo la scissione continuino un esercizio o un ramo d'attività;
c  in caso di scambio di diritti di partecipazione o societari a seguito di ristrutturazioni o di concentrazioni aventi carattere di fusione;
d  in caso di trasferimento di esercizi o rami d'attività, nonché di immobilizzi aziendali, a una filiale svizzera. È considerata filiale una società di capitali o cooperativa al cui capitale azionario o sociale la società di capitali o cooperativa che procede al trasferimento partecipa nella misura di almeno il 20 per cento.113
3bis    Qualora una società di capitali o una società cooperativa trasferisca una partecipazione a una società estera del medesimo gruppo, l'imposizione della differenza tra il valore determinante per l'imposta sull'utile e il valore venale della partecipazione è rinviata.114 Il rinvio dell'imposizione decade se la partecipazione trasferita è venduta a un terzo estraneo al gruppo o se la società i cui diritti di partecipazione sono stati trasferiti aliena una parte importante dei propri attivi e passivi o è liquidata.115
3ter    In caso di trasferimento a una filiale secondo il capoverso 3 lettera d, le riserve occulte trasferite vengono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53, nella misura in cui, nei cinque anni dopo la ristrutturazione, i beni trasferiti o i diritti di partecipazione o societari nella filiale vengano alienati; in tal caso la filiale può far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili.116
3quater    Partecipazioni dirette o indirette di almeno il 20 per cento al capitale azionario o sociale di un'altra società di capitali o società cooperativa, esercizi o rami di attività e immobilizzi aziendali possono essere trasferiti, al valore fino ad allora determinante per l'imposta sull'utile, tra società di capitali o cooperative svizzere che, nel contesto delle circostanze concrete, grazie alla detenzione della maggioranza dei voti o in altro modo sono riunite sotto la direzione unica di una società di capitali o cooperativa. Rimane salvo il trasferimento a una filiale svizzera secondo il capoverso 3 lettera d.117 118
3quinquies    Se nei cinque anni seguenti un trasferimento ai sensi del capoverso 3quater i beni trasferiti sono alienati o la direzione unica è abbandonata, le riserve occulte trasferite sono tassate a posteriori secondo la procedura di cui all'articolo 53. La persona giuridica beneficiaria può in tal caso far valere corrispondenti riserve occulte già tassate come utili. Le società di capitali o cooperative svizzere riunite sotto direzione unica al momento della violazione del termine di blocco rispondono solidalmente del pagamento dell'imposta riscossa a posteriori.119
4    Si applicano per analogia le disposizioni relative ai beni sostitutivi (art. 8 cpv. 4), agli ammortamenti (art. 10 cpv. 1 lett. a), agli accantonamenti (art. 10 cpv. 1 lett. b) e alla deduzione delle perdite (art. 10 cpv. 1 lett. c).
4bis    In caso di sostituzione di partecipazioni, le riserve occulte possono essere trasferite su una nuova partecipazione se la partecipazione alienata è pari almeno al 10 per cento del capitale azionario o sociale o almeno al 10 per cento degli utili e delle riserve dell'altra società e la società di capitali o la società cooperativa l'ha detenuta come tale per almeno un anno.120
5    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
LHID, selon lequel le bénéfice net imposable comprend les charges non justifiées par l'usage commercial. Le droit cantonal harmonisé prévoit donc également la non-déductibiltié des charges non justifiées par l'usage commercial, comme l'art. 58 al. 1 let. b
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 58 In generale - 1 Costituiscono utile netto imponibile:
1    Costituiscono utile netto imponibile:
a  il saldo del conto profitti e perdite, epurato dal riporto dell'anno precedente;
b  tutti i prelevamenti fatti prima del calcolo del saldo del conto profitti e perdite e non destinati alla copertura di spese riconosciute dall'uso commerciale, in particolare:
c  i ricavi non accreditati al conto profitti e perdite, compresi gli utili in capitale, di liquidazione e di rivalutazione, fatto salvo l'articolo 64. ...139
2    L'utile netto imponibile delle persone giuridiche che non tengono un conto profitti e perdite è determinato applicando per analogia il capoverso 1.
3    Le prestazioni che imprese miste di interesse pubblico procurano in modo preponderante a persone a loro vicine devono essere stimate al valore di mercato, al loro prezzo di costo aumentato di un margine adeguato o al loro prezzo di vendita finale diminuito di un margine di utile adeguato; il risultato di ciascuna impresa è adattato di conseguenza.
LIFD. Le raisonnement développé ci-dessus en matière d'IFD est partant aussi applicable en matière d'ICC.
Il en va de même s'agissant de la soustraction d'impôt consommée, les art. 69 al. 1 et 74 al. 1 LPFisc ayant la même teneur que les art. 56
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 56 Sottrazione d'imposta - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione passata in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione passata in giudicato sia incompleta,
1bis    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve le autorità fiscali a determinare gli elementi della sostanza e del reddito sottratti; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.210
1ter    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempreché siano adempite le condizioni di cui al capoverso 1bis.211
2    Chiunque tenta di sottrarre un'imposta è punito con una multa pari a due terzi di quella che verrebbe inflitta in caso d'infrazione consumata.
3    Chiunque, intenzionalmente, istiga a una sottrazione d'imposta, vi presta aiuto, oppure, come rappresentante del contribuente, la attua o vi partecipa, è punito con la multa sino a 10 000 franchi e, nei casi gravi o di recidiva, sino a 50 000 franchi, indipendentemente dalla punibilità del contribuente. Inoltre, il colpevole può essere tenuto solidalmente responsabile per il pagamento dell'imposta sottratta.
3bis    Se una persona di cui al capoverso 3 si denuncia spontaneamente per la prima volta e sono adempite le condizioni di cui al capoverso 1bis lettere a e b, si prescinde dall'aprire un procedimento penale e la responsabilità solidale decade.212
4    Chiunque dissimula o distrae beni successori di cui è tenuto ad annunciare l'esistenza nella procedura d'inventario, nell'intento di sottrarli all'inventario, nonché
5    Se una persona di cui al capoverso 4 si denuncia spontaneamente per la prima volta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale per dissimulazione o distrazione di beni successori nella procedura d'inventario e per eventuali altri reati commessi in questo ambito (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  l'infrazione non sia nota ad alcuna autorità fiscale; e
b  la persona aiuti senza riserve l'amministrazione a correggere l'inventario.214
et 57
SR 642.14 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni (LAID)
LAID Art. 57 Casi particolari - 1 Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima. Sono salve le pene inflitte agli organi e ai rappresentanti della persona giuridica in virtù dell'articolo 56 capoverso 3.
1    Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima. Sono salve le pene inflitte agli organi e ai rappresentanti della persona giuridica in virtù dell'articolo 56 capoverso 3.
2    L'articolo 56 capoverso 3 si applica alla persona giuridica se nell'esercizio della sua attività ha istigato, prestato aiuto o partecipato alla sottrazione commessa da un terzo.
3    ...215
4    Il contribuente che vive in comunione domestica con il proprio coniuge è multato soltanto per la sottrazione dei suoi elementi imponibili. È fatto salvo l'articolo 56 capoverso 3. Il solo fatto di controfirmare la dichiarazione d'imposta non costituisce infrazione ai sensi dell'articolo 56 capoverso 3.216
LHID et correspondant aux art. 175 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 175 Sottrazione consumata - 1 Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
1    Il contribuente che, intenzionalmente o per negligenza, fa in modo che una tassazione sia indebitamente omessa o che una tassazione cresciuta in giudicato sia incompleta,
2    La multa equivale di regola all'importo dell'imposta sottratta. In caso di colpa lieve, può essere ridotta a un terzo e, in caso di colpa grave, aumentata sino al triplo dell'imposta sottratta.
3    Se il contribuente denuncia spontaneamente per la prima volta una sottrazione d'imposta, si prescinde dall'aprire un procedimento penale (autodenuncia esente da pena), a condizione che:
a  la sottrazione d'imposta non sia nota ad alcuna autorità fiscale;
b  egli aiuti senza riserve l'amministrazione a determinare l'ammontare dell'imposta sottratta; e
c  si adoperi seriamente per pagare l'imposta dovuta.275
4    Ad ogni ulteriore autodenuncia la multa è ridotta a un quinto dell'imposta sottratta, sempre che siano adempite le condizioni di cui al capoverso 3.276
et 181 al. 1
SR 642.11 Legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD)
LIFD Art. 181 - 1 Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima.
1    Se la violazione degli obblighi procedurali, la sottrazione o il tentativo di sottrazione d'imposta sono stati commessi a favore di una persona giuridica, è punita quest'ultima.
2    L'articolo 177 è applicabile per analogia alla persona giuridica che, nell'esercizio della sua attività, ha istigato, prestato aiuto o partecipato alla sottrazione commessa da un terzo.
3    Sono salve le pene inflitte agli organi o ai rappresentanti della persona giuridica secondo l'articolo 177.
4    I capoversi 1 a 3 s'applicano per analogia alle corporazioni e agli stabilimenti di diritto estero, come anche alle comunità di persone straniere senza personalità giuridica.
LIFD.

V. Conséquences, ainsi que frais et dépens

13.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le droit de procéder au rappel d'impôt est périmé s'agissant des périodes fiscales 2001 et 2002 et que le droit de sanctionner la soustraction d'impôt est prescrit pour la période fiscale 2002, et ce tant en matière d'IFD que d'ICC. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

14.
Comme la recourante obtient partiellement gain de cause en raison de la prescription, elle ne supportera que les deux tiers des frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF), le solde étant à la charge de l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
et 4
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). La recourante a droit à des dépens réduits, qui seront supportés par le canton de Genève dans la même proportion (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (art. 68 al. 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 67 Spese del procedimento anteriore - Se modifica la decisione impugnata, il Tribunale federale può ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore.
et 68 al. 5
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

2.
Le recours est partiellement admis en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le rappel d'impôt des périodes fiscales 2001 et 2002 est supprimé et que l'amende pour soustraction d'impôt de la période fiscale 2002 est supprimée. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à raison de 3'000 fr. à la charge de la recourante et de 1'500 fr. à la charge du canton de Genève.

4.
Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens réduite fixée à 1'500 francs.

5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.

6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Juge présidant : Zünd

La Greffière : Vuadens