A-678/2017 - 2019-10-17 - Travaux publics - Energie - Transports et communications - Renouvellement, modification et octroi des droits de transport dans le cadre de la concession de zone n° 85 en vue du transport régulier de voyageurs à titre professionnel

Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal

Cour I

A-678/2017

Arrêt du 17 octobre 2019

Jérôme Candrian (président du collège),

Composition Christoph Bandli, Kathrin Dietrich, juges,

Jean-Luc Bettin, greffier.

Transports Publics Genevois (TPG),

Parties représentée par Maître Tobias Zellweger, avocat,

recourante,

contre

Office fédéral des transports (OFT),

Division Financement,

3003 Berne,

autorité inférieure.

Objet Renouvellement, modification et octroi des droits de transport dans le cadre de la concession de zone n° 85 en vue du transport régulier de voyageurs à titre professionnel.

Faits :

A.
Les Transports Publics Genevois (TPG) ont pour but, dans le cadre d'un contrat de prestations conclu avec l'Etat de Genève, de mettre à la disposition de la population du canton un réseau de communications pour le transport des voyageurs et de pratiquer une politique tarifaire incitative. Constitués sous la forme d'un établissement de droit public genevois, ils bénéficient de concessions fédérales pour le transport de voyageurs professionnels et réguliers.

B.

B.a Le 17 mars 1986, l'Office fédéral des transports (OFT) avait octroyé aux TPG une concession pour les services de trolleybus à Genève et dans sa banlieue. Dite concession avait été accordée à titre rétroactif au 1er janvier 1986 pour une durée de trente ans, jusqu'au 31 décembre 2015.

Le 19 décembre 1986, les TPG avaient été mis au bénéfice de la concession fédérale n° 85/IV pour transporter des personnes, à titre professionnel, par courses régulières, au moyen de véhicules à moteur à Genève et dans sa banlieue. Par décision du 17 décembre 1996, l'OFT, sur requête des TPG, a transformé cette concession fédérale en une concession de zone n° 85/V, avec effet au 1er octobre 1996 jusqu'au 30 septembre 2006. Cette concession recouvrait le territoire de l'ensemble des communes du canton de Genève, à l'exception de la commune de Céligny, ainsi que le parcours Montfleury - Mies de la ligne V. Par décision du 7 juin 2002, l'OFT, sur requête des TPG, a modifié la concession n° 85, en ce sens que le droit de transport des personnes, à titre professionnel, par courses régulières, au moyen de trolleybus était maintenu jusqu'au changement d'horaire 2015 et recouvrait le territoire de l'ensemble des communes du canton de Genève. Par décision du 14 décembre 2006, l'OFT, sur requête des TPG, a renouvelé la concession n° 85 pour la zone et pour le service de ligne, le service Noctambus, le service Telebus et le service Proxibus, jusqu'au changement d'horaire de décembre 2016. Par contre, la demande de prolongation de la concession pour le transport de personnes au moyen de trolleybus a été refusée par l'OFT. Dite autorité a estimé que la concession de zone recouvrant l'ensemble du territoire des communes du canton de Genève devait toutefois rester valable jusqu'au changement d'horaire de décembre 2015.

B.b Par décision du 11 janvier 2016, l'OFT a refusé de mettre les TPG au bénéfice d'une nouvelle concession de zone trolleybus et leur a octroyé, en lieu et place, une concession de ligne pour les six lignes de trolleybus actuellement exploitées par eux.

En substance, il a été considéré que les concessions de ligne constituaient la règle depuis 2010 et les concessions de zone l'exception. Au vu du nouvel art. 10 al. 1 let. b de l'ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV ; RS 745.11), qu'il fallait partant interpréter de manière restrictive, le périmètre admis pour les concessions de zone se limitait au territoire de la commune selon le répertoire de l'Office fédéral de la statistique (OFS). Les lignes 2, 6, 7, 10 et 19 sortaient d'une concession de zone ainsi délimitée géographiquement. Ces cinq lignes devaient être transformées en concessions de ligne. Les autres lignes auraient pu rester dans la concession de zone : étant donné toutefois qu'il ne restait plus qu'une seule ligne dans la zone, celle-ci, la sixième, devait également être transformée en concession de ligne.

Il a également été refusé de renouveler la concession pour une durée de 25 ans et sa validité a été limitée à 10 ans jusqu'au 13 décembre 2025. Il a été considéré à cet égard que, depuis 2010, l'art. 15 OTV, contrairement à l'ancien droit qui laissait une marge de manoeuvre plus large ("dans la règle"), fixait le renouvellement pour 10 ans. Cela signifiait que le renouvellement ordinaire des moyens d'exploitation ne constituait plus un motif suffisant pour l'octroi d'une concession d'une plus longue durée au sens de l'art. 15 al. 3 OTV, qui n'était appliqué qu'en présence d'investissements extraordinaires. Comme les acquisitions des moyens présentés ne dépendaient pas de la décision de concession, la demande de renouvellement pour 25 ans (art. 15 al. 2 OTV) devait être refusée.

B.c Par arrêt A-956/2016 du 23 octobre 2017, le Tribunal de céans a rejeté le recours déposé par les TPG contre la décision précitée de l'OFT. Par arrêt subséquent 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018, le Tribunal fédéral a rejeté le recours des TPG lui demandant d'annuler l'arrêt de céans précité et, en substance, de les mettre au bénéfice d'une concession de zone intégrée à la concession pour le transport de voyageurs n° 85 du 13 décembre 2015 pour une durée de 25 ans jusqu'au changement d'horaire de décembre 2040.

Par suite, les droits intégrés dans la concession de zone n° 85 dont bénéficiaient les TPG pour le transport régulier de voyageurs à titre professionnel par trolleybus sur le territoire de l'ensemble des communes du canton de Genève sont arrivés à échéance lors du changement d'horaire du mois de décembre 2015 et ont été renouvelés et modifiés par décision de l'OFT du 11 janvier 2016, laquelle est devenue définitive et exécutoire à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral précité du 5 juillet 2018.

C.
Le 7 septembre 2016, les TPG ont demandé à l'OFT de renouveler et de modifier plusieurs droits intégrés à la concession pour transport de voyageurs n° 85, dès leur échéance au 10 décembre 2016. Plus particulièrement, la demande portait sur :

- le renouvellement de la concession territoriale pour service de ligne au moyen de véhicules à moteur sur le territoire de l'ensemble des communes du canton de Genève (concession de zone pour autobus) ;

-l'octroi de concessions de ligne pour les lignes TPG transfrontalières B-G-K-Z entre le territoire du canton de Genève et une commune française ;

-la modification de la concession de ligne pour la ligne valdo-genevoise U (Collex-Bossy, Bossy - Versoix - Chavannes-des-Bois) suite à la desserte d'une nouvelle commune (Colley-Bossy) ;

-l'octroi de concessions de ligne pour les lignes Noctambus NA-ND-NE-NT-NV entre le territoire du canton de Genève et des communes françaises et/ou vaudoises.

Les droits précités ont été demandés pour une durée de 10 ans, soit avec une échéance au changement d'horaire de décembre 2026. La requête était accompagnée d'un mémoire technique comprenant quatre annexes.

D.
Par décision du 19 décembre 2016, l'OFT a accordé aux TPG une concession de zone jusqu'au 12 décembre 2026 pour le périmètre de la localité de Genève, incluant les lignes urbaines 35 et 36. Il a par contre refusé de renouveler les droits afférents aux autres lignes sous forme d'une concession de zone, mais a octroyé aux TPG des concessions de ligne jusqu'au 12 décembre 2026 pour les 42 lignes suivantes (ch. 1 du dispositif de la décision de l'OFT) :

- N° 1 : Thônex, Hôpital Trois-Chêne - Genève, Jardin Botanique ;

- N° 4 : Genève, Bel-Air - Perly ;

- N° 5 : Thônex/Thônex-Vallard - Grand-Saconnex, Aéroport ;

- N° 8 : Pregny-Chambésy, OMS - Veyrier, Douane/Tournettes ;

- N° 9 : Chêne-Bourg, Petit-Bel-Air - Vernier, Tours Lignon ;

- N° 11 :Genève, Jardin Botanique - Genève, Bout-du-Monde ;

- N° 21 : Bernex, Cressy - Genève, Gare des Eaux-Vives ;

- N° 22 : Genève, Nations - Carouge, Tours-de-Carouge ;

- N° 23 : Grand-Saconnex, Aéroport - Plan-les-Ouates, ZIPLO ;

- N° 25 : Thônex, Thônex-Vallard - Genève, Jardin Botanique ;

- N° 28 : Genève, Jardin Botanique - Vernier, Parfumerie ;

- N° 31 : Thônex, P+R Sous-Moulin - Thônex, Puplinge-Mairie ;

- N° 33 : Genève, Rive - Thônex, Puplinge-Mairie ;

- N° 34 : Veyrier, Veyrier-Tournettes - Choulex, Chevrier ;

- N° 41 :Carouge, Tours-de-Carouge - Veyrier, Petit-Veyrier ;

- N° 42 : Lancy, Palettes - Bernex, P+R Bernex ;

- N° 43 :Plan-les-Ouates, Bellins - Bernex, Loëx-Hôpital ;

- N° 44 : Carouge, Tours-de-Carouge - Bardonnex, Croix-de-Rozon ;

- N° 45 : Carouge, Tours-de-Carouge - Troinex, Troinex-Ville ;

- N° 46 : Lancy, Stade de Genève - Bardonnex ;

- N° 47 : Bernex, P+R Bernex - Bernex, Lully ;

- N° 51 : Vernier, CO Renard - Genève, Mervelet ;

- N° 53 :Vernier, Bouchet - Grand-Saconnex, Machéry ;

- N° 54 :Satigny, Gare - Meyrin, ZIMEYSA-Gare ;

- N° 57 : Grand-Saconnex, Aéroport - Meyrin, ZIMEYSA-Gare ;

- N° A :Genève, Rive - Gy-Temple ;

- N° C :Chêne-Bougeries, Malagnou - Jussy, Monniaz ;

- N° E : Genève, Rive - Hermance ;

- N° J : Lancy, Hubert - Avusy ;

- N° L : Bernex, P+R Bernex - Avusy, Athenaz-Ecole ;

- N° P : Meyrin, Hôpital de la Tour - Dardagny, La Plaine-Gare ;

- N° S : Confignon, Croisée de Confignon - Satigny, Gare ;

- N° V : Genève, Gare Cornavin - Versoix, CS La Bécassière ;

- N° W : Satigny, Gare - Satigny, Gare ;

- N° X : Chancy, Chancy-Douane - Dardagny ;

- N° NC : Genève, Cirque - Dardagny, La Plaine-Gare ;

- N° NJ : Genève, Rive - Chancy, Douane ;

- N° NK : Genève, Gare Cornavin - Jussy, Monniaz ;

- N° NM : Genève, Gare Cornavin - Avusy ;

- N° NO :Genève, Coutance - Bardonnex ;

- N° NP : Genève, Gare Cornavin - Corsier ;

- N° NS : Genève, Chantepoulet - Hermance.

Dans sa décision du 19 décembre 2016, l'OFT a en outre accordé les droits de transport suivants aux TPG :

-des concessions de ligne valables jusqu'au 12 décembre 2026 pour les lignes transfrontalières n° B, G, K et Z (ch. 1 du dispositif de la décision de l'OFT) ;

-des concessions de ligne valables jusqu'au 12 décembre 2023 pour les lignes transfrontalières GLCT n° D, F, O, T et Y (ch. 2 du dispositif de la décision de l'OFT) ;

-une concession de ligne (modification) valable jusqu'au 13 décembre 2025 pour la ligne valdo-genevoise n° U (ch. 3 du dispositif de la décision de l'OFT) ;

- des concessions de ligne valables jusqu'au 12 décembre 2026 pour les lignes nocturnes n° NA, ND, NE, NT et NV (ch. 4 du dispositif de la décision de l'OFT).

A l'appui de sa décision, l'autorité inférieure a exposé que si, historiquement, le périmètre de la concession de zone se rapportait à l'ensemble des communes du canton de Genève, cette pratique avait été modifiée « afin de respecter l'esprit de l'art. 10 , alinéa 1, lettre b OTV ». Dorénavant, le périmètre admis pour les concessions de zone devait se limiter aux lignes desservant une seule localité, l'autorité inférieure précisant que lorsqu'une ligne sort d'une concession de zone, elle est transformée en concession de ligne. Appliquée au cas d'espèce, cette pratique a pour conséquence que seules deux lignes du réseau des TPG - les lignes n° 35 (Genève, Sainte-Clotilde - Genève, Beau-Séjour) et n° 36 (Genève, Place de Neuve - Genève, Place de Neuve) - peuvent encore faire l'objet d'une concession de zone car elles restent toutes deux dans le périmètre de la localité de Genève. Les autres lignes, faisant anciennement partie intégrante de la concession de zone des TPG, sont transformées en concessions de ligne.

E.
Par mémoire du 1er février 2017, les TPG (ci-après : la recourante) ont saisi le Tribunal administratif fédéral d'un recours à l'encontre de la décision de l'OFT (ci-après : l'autorité inférieure), concluant, à titre préalable, au retrait de l'effet suspensif au recours et, sur le fond, à l'annulation du chiffre 1 du dispositif de la décision querellée, à l'exception des droits de transports relatifs aux lignes transfrontalières B, G, K et Z.

Sur ce, la recourante a déposé les conclusions principales suivantes :

« Dire que les droits de transport relatifs aux lignes n° 1, n° 4, n° 5, n° 8, n° 9, n° 11, n° 21, n° 22, n° 23, n° 25, n° 28, n° 31, n° 33, n° 34, n° 35, n° 36, n° 41, n° 42, n° 43, n° 44, n° 45, n° 46, n° 47, n° 51, n° 53, n° 54, n° 57, n° A, n° C, n° E, n° J, n° L, n° P, n° S, n° V, n° W, n° X, n° NC, n° NJ, n° NK, n° NM, n° NO, n° NP et n° NS en vue du transport de voyageurs par autobus sont renouvelés dans le cadre de la concession accordée aux TPG, avec effet au 11 décembre 2016 et validité jusqu'au 12 décembre 2026, et inclus dans une concession de zone pour le périmètre du canton de Genève » et « Confirmer la décision de l'autorité intimée du 19 décembre 2016 concernant le renouvellement, la modification et l'octroi des droits de transport dans le cadre de la concession n° 85 en vue du transport régulier de voyageurs à titre professionnel par les transports publics genevois (TPG) pour le surplus ».

Subsidiairement, la recourante a conclu :

« Dire que les droits de transport relatifs aux lignes n° 1, n° 4, n° 5, n° 8, n° 9, n° 11, n° 21, n° 22, n° 23, n° 25, n° 28, n° 31, n° 33, n° 34, n° 35, n° 36, n° 41, n° 42, n° 43, n° 44, n° 45, n° 46, n° 47, n° 51, n° 53, n° 54, n° 57, n° A, n° C, n° E, n° J, n° L, n° P, n° S, n° V, n° W, n° X, n° NC, n° NJ, n° NK, n° NM, n° NO, n° NP et n° NS en vue du transport de voyageurs par autobus sont renouvelés dans le cadre de la concession accordée aux TPG, avec effet au 11 décembre 2016 et validité jusqu'au 12 décembre 2026, et inclus dans une concession de zone pour le périmètre correspondant aux communes-centres de l'agglomération genevoise au sens de la définition de l'Office fédéral de la statistique » et« Confirmer la décision de l'autorité intimée du 19 décembre 2016 concernant le renouvellement, la modification et l'octroi des droits de transport dans le cadre de la concession n° 85 en vue du transport régulier de voyageurs à titre professionnel par les transports publics genevois (TPG) pour le surplus ».

Plus subsidiairement, la recourante a conclu :

« Dire que les droits de transport relatifs aux lignes n° 1, n° 4, n° 5, n° 8, n° 9, n° 11, n° 21, n° 22, n° 23, n° 25, n° 28, n° 31, n° 33, n° 34, n° 35, n° 36, n° 41 (à l'exception du tronçon Fillion - Petit-Veyrier), n° 42, n° 43 (à l'exception du tronçon Burgy - Loëx-Hôpital), n° 44, n° 45, n° 46, n° 47, n° 51, n° 53, n° 54, n° 57, n° A (à l'exception du tronçon Gradelle - Gy-Temple), n° E (à l'exception du tronçon Genève-Plage - Hermance), n° J, n° L, n° P, n° S, n° V, n° W (à l'exception du tronçon Satigny-Temple - La Boverie), n° X, n° NC, n° NJ, n° NK, n° NM, n° NO, n° NP et n° NS en vue du transport de voyageurs par autobus sont renouvelés dans le cadre de la concession accordée aux TPG, avec effet au 11 décembre 2016 et validité jusqu'au 12 décembre 2026, et inclus dans une concession de zone couvrant le périmètre du réseau local de transport composé des lignes de trafic local précitées » et « Confirmer la décision de l'autorité intimée du 19 décembre 2016 concernant le renouvellement, la modification et l'octroi des droits de transport dans le cadre de la concession n° 85 en vue du transport régulier de voyageurs à titre professionnel par les transports publics genevois (TPG) pour le surplus ».

Encore plus subsidiairement, la recourante a conclu au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants.

En substance, la recourante reproche tout d'abord à l'autorité inférieure d'avoir insuffisamment motivé sa décision, violant ainsi son droit d'être entendue. Elle estime à ce propos que la décision rendue le 19 décembre 2016 ne permettait pas de comprendre pourquoi le territoire d'une localité devait désormais constituer le périmètre admissible d'un réseau de transports locaux alors qu'auparavant, la concession de zone couvrait le territoire de l'ensemble des communes genevoises à l'exception de Céligny. Sur le fond, la recourante est d'avis que l'autorité inférieure a violé l'art. 10 al. 1 let. b OTV. Elle fait tout particulièrement grief à l'autorité inférieure d'avoir omis de prendre en considération, pour interpréter la notion de « réseaux de transport locaux » de l'art. 10 al. 1 let. b OTV, la « définition légale » de la notion de localité que renferme l'art. 5 al. 2 OTV et à laquelle elle serait liée. Par ailleurs, en se référant de façon schématique au répertoire des localités suisses de l'OFS, la pratique de l'autorité inférieure serait arbitraire car les localités énumérées dans ce répertoire ne correspondent pas à la définition légale de l'art. 5 al. 2 OTV.

F.

F.a Par écriture du 20 février 2017, l'autorité inférieure a sollicité la suspension de l'instruction de la présente cause jusqu'à droit connu sur la cause A-956/2016, opposant les mêmes parties et dont la question de fond - la portée de l'art. 10 al. 1 let. b OTV - était identique.

F.b Par décision incidente du 9 mars 2017, le Tribunal de céans a admis la requête, formulée par la recourante dans son mémoire de recours, de retrait de l'effet suspensif au recours, ainsi que celle, formulée par l'autorité inférieure, de suspension de la procédure. Par ordonnance du 15 janvier 2018, il a informé les parties que la présente procédure demeurerait suspendue jusqu'à droit jugé par le Tribunal fédéral sur le recours formé contre l'arrêt de céans A-956/2016 du 23 octobre 2017.

F.c Suite à l'arrêt 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 du Tribunal fédéral, la juridiction de céans a invité les parties à se déterminer sur la sort de la présente cause.

Par écriture du 24 août 2018, l'autorité inférieure, se basant sur l'arrêt du Tribunal fédéral et invoquant les similitudes entre les deux causes, a conclu au classement de la présente procédure.

Par écriture du 11 septembre 2018, la recourante a déclaré maintenir son recours et sollicité la reprise de l'instruction.

G.

G.a Le 3 octobre 2018, sur requête du Tribunal, l'autorité inférieure a déposé sa réponse au recours, confirmant sa décision rendue le 19 décembre 2016, et versé en cause le dossier. Elle précise notamment que l'art. 10 al. 1 OTV ne l'oblige pas à étendre le périmètre de la concession de zone au-delà de la localité. En particulier, l'autorité inférieure souligne que l'art. 5 al. 2 OTV, présenté à tort par la recourante comme une définition légale de la notion de localité, a une fonction bien précise, à savoir celle de déterminer dans quels cas on doit considérer une fonction de desserte, ce qui a des incidences à plusieurs niveaux de la législation des transports. Ainsi, de l'avis de l'autorité inférieure, cette définition n'est pas suffisante pour établir la « zone déterminée » de l'art. 10 al. 1 OTV et justifie, ainsi, d'avoir retenu la référence au répertoire des localités de l'OFS, lequel permet de définir un périmètre stable aux concessions de zone. Finalement, l'autorité inférieure a tenu à rappeler que, dans le cadre de sa mission de surveillance, il était important d'éviter que des concessions de zone soient octroyées sans périmètre clairement déterminé, au risque de conduire les entreprises de transport à modifier de plus en plus de lignes sans l'informer. En annexe à sa réponse, l'autorité inférieure a versé en cause plusieurs décisions attestant de la constance de sa pratique, si bien qu'à chaque fois que le périmètre du réseau s'étend au-delà de celui de la localité, les anciennes concessions de zone sont transformées en concessions de ligne.

G.b Par mémoire du 9 novembre 2018, la recourante a répliqué, déclarant persister dans ses conclusions. Elle a notamment souligné ne pas contester la nécessité de définir un périmètre géographique clair et stable pour les concessions de zone, mais estimé que le renvoi schématique au répertoire suisse des localités violait l'art. 10 al. 1 let. b OTV, devant être lu en combinaison avec l'art. 5 al. 2 OTV, et ne constituait pas une pratique objectivement fondée.

G.c Le 28 novembre 2018, à l'invitation du Tribunal, l'autorité inférieure a déposé une duplique sur laquelle la recourante a pu s'exprimer, le 11 janvier 2019, dans le cadre de ses observations finales. Elle réitère les arguments invoqués à l'appui de son recours.

G.d La cause a ensuite été annoncée comme gardée à juger.

H.
Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous.

Droit :

1.
La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA ; RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF ; RS 173.32) n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF). Le Tribunal administratif fédéral examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et la recevabilité des recours qui lui sont soumis.

1.1 Sous réserve des exceptions figurant à l'art. 32 LTAF - non pertinentes en l'espèce -, le Tribunal connaît, en vertu de l'art. 31 LTAF, des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. Tel est en particulier le cas, en application de l'art. 33 let. d LTAF, des décisions des départements et des unités de l'administration fédérale.

L'OFT constituant une unité de l'administration fédérale centrale (cf. annexe 1 de l'ordonnance sur l'organisation du gouvernement et de l'administration du 25 novembre 1998 [OLOGA ; RS 172.010.1] par renvoi de son art. 8 al. 1 let. a ) et l'acte attaqué satisfaisant aux conditions prévalant à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 PA, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du litige.

1.2 La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure. En tant que destinataire de la décision attaquée, qui refuse de lui octroyer une nouvelle concession de zone ainsi qu'elle l'a sollicitée par requête du 7 septembre 2016 (cf. ci-dessus, let. C), elle est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation ou sa modification (art. 48 al. 1 PA). Elle a donc la qualité pour recourir.

1.3 Présenté au surplus dans le délai (art. 50 al. 1 PA) et les formes (art. 52 al. 1 PA) prescrits par la loi, le recours s'avère ainsi recevable, si bien qu'il convient d'entrer en matière.

1.4

1.4.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA). A ce titre, en sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal administratif fédéral dispose d'une pleine cognition. Il vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1; ATAF 2014/24 consid. 2.2).

1.4.2 Bien qu'étant au bénéfice d'un plein pouvoir de cognition, le Tribunal ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité inférieure lorsqu'il s'agit d'apprécier - comme c'est le cas en l'espèce - des questions qui requièrent des connaissances techniques ou locales spéciales. Plus le pouvoir d'appréciation de l'autorité de première instance est important à ce titre, plus le Tribunal est appelé à faire preuve de retenue en exerçant son propre pouvoir d'appréciation, tout en contrôlant avec pleine cognition que le droit a bien été respecté (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêt de céans A-3595/2015 du 21 septembre 2016, consid. 1.4.2 et les réf. citées). Le Tribunal n'intervient dans ces cas que si l'autorité inférieure a excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation. Tel est notamment le cas si la décision attaquée s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle ou lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération ; le Tribunal redresse en outre les décisions rendues en vertu d'un large pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (cf. ATF 132 III 49 consid. 2.1).

2.

2.1 L'objet du présent litige revient à examiner si l'autorité inférieure a renouvelé à bon droit, en décembre 2016, pour une durée de dix ans, dans le cadre de concessions de ligne - et non dans le cadre d'une concession de zone portant sur le périmètre du canton de Genève comme le demandait la recourante - les droits de transport en vue du transport de voyageurs par autobus (ch. 1 du dispositif de la décision attaquée). Plus précisément, il s'agit de déterminer si, en prenant telle décision, l'autorité inférieure a exercé son pouvoir d'appréciation conformément au droit fédéral.

De surcroît, il sied de préciser que les chiffres 2 à 8 du dispositif de la décision de l'OFT du 19 décembre 2016 ainsi que le chiffre 1 dudit dispositif - dans la mesure où il porte sur les lignes transfrontalières - sont demeurés incontestés.

2.2

2.2.1 C'est le lieu de préciser que, conformément aux principes généraux de droit intertemporel, le droit matériel applicable, en cas de changement de règles de droit, est celui qui était en vigueur lors de la réalisation de l'état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques, sous réserve de dispositions contraires de droit transitoire (cf. ATF 139 V 335 consid. 6.2, 137 V 394 consid. 3, 137 V 105 consid. 5.3.1).

2.2.2 In casu, sont applicables la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs (LTV ; RS 745.1), entrée en vigueur le 1er janvier 2010 et partiellement révisée en 2012 (RO 2012 5619 et 2013 1603), en 2015 (RO 2015 3205) et en 2017 (RO 2017 5205), et l'ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV, RS 745.11 ; cf. art. 63 LTV), entrée en vigueur le 1er janvier 2010 et partiellement révisée en 2013 (RO 2013 1695) et en 2015 (RO 2015 3217), dans leur version en vigueur au jour de la décision querellée, soit au 19 décembre 2016.

3.
Dans un grief formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (cf. ATF 132 V 387 consid. 5.1), la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue, en ce sens que la décision partiellement attaquée contiendrait une motivation insuffisante. Elle reproche en particulier à l'autorité inférieure d'avoir motivé sa décision par le seul changement de sa pratique, en se référant uniquement à l'esprit de l'art. 10 al. 1 let. b OTV, sans exposer les motifs l'ayant conduite à la modification d'une pratique pourtant validée par les entités consultées.

3.1 Le droit d'être entendu déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. et consacré à l'art. 29 PA impose notamment à l'autorité judiciaire de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. Pour satisfaire à cette exigence, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (cf. ATF 142 II 154 consid. 4.2 et les références). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (cf. ATF 141 V 557 consid. 3.2.1 et les références).

3.2 Selon la jurisprudence, la violation du droit d'être entendu - pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière - est réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen. Toutefois, la réparation de la violation du droit d'être entendu doit rester l'exception et n'est admissible que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée (cf. ATF 135 I 279 consid. 2.6.1 et les arrêts cités).

3.3

3.3.1 Au cas d'espèce, l'autorité inférieure a motivé sa décision en indiquant en substance que, afin de respecter l'esprit de l'art. 10 al. 1 let. b OTV, le périmètre admis pour les concessions de zone se limitait dorénavant aux lignes desservant une seule localité. A cet égard et indépendamment du bien-fondé de la décision, question qui sera examinée ensuite, les motifs qui ont conduit l'autorité inférieure à refuser l'octroi d'une concession de zone sont clairement explicités dans la décision du 19 décembre 2016 (cf. en particulier, p. 5, let. B, ch. 1 [« adaptation des termes juridiques de la concession »]). Force est par ailleurs de constater que la recourante a été en mesure de saisir pleinement les éléments essentiels sur lesquels l'autorité inférieure s'est fondée pour justifier sa position, ainsi que le démontrent le mémoire de recours de trente-huit pages et les écritures subséquentes - déterminations du 11 septembre 2018, réplique du 9 novembre 2018 et ultimes observations du 11 janvier 2019 - qu'elle a versés en cause durant la présente procédure.

3.3.2 Cela étant, il y a lieu de préciser que, même s'il fallait admettre que l'autorité inférieure a insuffisamment motivé sa décision, violant ainsi le droit d'être entendu de la recourante, le Tribunal de céans, lequel dispose d'une pleine cognition, devrait considérer qu'in casu, compte tenu des différentes prises de position qu'il a été loisible à la recourante de produire au cours de la présente procédure de recours, une éventuelle violation du droit d'être entendu par l'autorité inférieure aurait été guérie devant lui.

3.4 Par voie de conséquence, le grief de violation du droit d'être entendu doit être écarté.

4.
Il sied de rappeler le cadre légal régissant le cas d'espèce.

4.1 La LTV régit tant le transport régulier et professionnel de voyageurs par chemin de fer que, notamment, celui par la route ou sur l'eau (cf. art. 1 al. 2 LTV). Elle a été concrétisée par le Conseil fédéral dans l'OTV.

En vertu de l'art. 4 LTV, la Confédération a le droit exclusif d'assurer le transport régulier de voyageurs tant que ce droit n'est pas limité par d'autres actes normatifs ou des traités internationaux. Elle dispose ainsi d'un monopole de droit pour ce qui est de l'exploitation des lignes de transports publics (cf. THIERRY TANQUEREL, Les services publics de transports, in : T. Tanquerel / F. Bellanger [édit.], Le service public, 2006, p. 233) ; ce droit lui permet d'octroyer des concessions à des entreprises de transport de voyageurs professionnels et régulier, comme le prévoit l'art. art. 6 al. 1 LTV.

La concession donne le droit exclusif à l'entreprise de transport qui en bénéficie d'effectuer des transports de personnes sur les trajets ou les lignes concernés. Aux termes du Message du Conseil fédéral 13 novembre 1996 à l'appui de la réforme du droit des chemins de fer, modification qui a également eu des conséquences sur la LTV, l'instrument de la concession a pour but d'assurer un service public des transports efficace et couvrant au mieux le territoire suisse (FF 1997 I 853 ss, spéc. pp. 857 ss). L'entreprise requérante doit être en possession des concessions et des autorisations nécessaires pour emprunter les voies de communication et prouver que la prestation de transport devant être fournie en vertu de la concession peut l'être de façon appropriée et économique et qu'il n'y a pas création d'une concurrence au détriment de l'offre actuelle des autres entreprises de transports publics (cf. art. 9 al. 1 et 2 let. a et b LTV).

4.2 Conformément à l'art. 6 al. 4 LTV, le législateur a attribué à l'OFT la compétence d'octroyer, mais aussi de transférer, modifier, renouveler, retirer, annuler et révoquer une concession. La loi fédérale sur les transports de voyageurs ne fixe pas elle-même en détail le type de concessions, de ligne ou de zone, pour le transport de voyageurs professionnels.

En vertu de l'art. 63 LTV, le Conseil fédéral a édicté des dispositions d'exécution, notamment les art. 9 et 10 OTV, dont la teneur est la suivante :

« Art. 9 Concessions et autorisations de lignes

1Les concessions et les autorisations sont octroyées pour le transport des voyageurs sur des lignes déterminées.

2Sont réputées lignes toutes les courses ininterrompues sur des parcours ayant les mêmes points de départ et d'arrivée, y compris les courses de renfort, du matin et du soir sur certaines sections. Les noeuds et les points où la fonction de desserte se modifie peuvent être assimilés à un point de départ ou d'arrivée.

3Les offres avec des fonctions de desserte différentes sur le même tronçon sont considérées comme des lignes à part entière.

Art. 10 Concessions et autorisations de zone

1Des concessions et des autorisations peuvent être octroyées pour le transport de voyageurs à l'intérieur d'une zone déterminée, lorsque le transport n'est pas effectué par des véhicules guidés le long d'un tracé fixe:

a. pour des courses sur demande ou des courses collectives;

b. pour des réseaux de transport locaux.

2 Une seule concession ou autorisation territoriale peut être octroyée par zone pour les mêmes services de transport. »

L'art. 52 LTV soumet, quant à lui, les transports publics à la surveillance de l'OFT (cf. ATF 143 I 109 consid. 6.1).

5.
Sur le fond, la société recourante reproche à l'autorité inférieure d'avoir violé l'art. 10 al. 1 let. b OTV en limitant l'octroi des concessions de zone à des lignes opérant sur le territoire de la seule localité de Genève (lignes urbaines). Elle lui fait grief d'avoir ainsi outrepassé son pouvoir d'appréciation en développant une pratique qui ne tient pas compte de la « définition légale » de la notion de localité figurant à l'art. 5 al. 2 OTV ni de celle du « trafic local » de l'art. 28 LTV. Elle conteste en outre le renvoi au répertoire des localités, document établi par l'OFS, ce qui aurait pour conséquence une violation de l'égalité de traitement entre les entreprises de transport titulaires d'une concession.

5.1 En préambule, il sied de rappeler que, comme il a été vu (cf. ci-dessus, let. B.c), la cause examinée ici présente une problématique similaire à celle traitée dans l'affaire A-956/2016. Cette dernière, qui opposait également les TPG à l'OFT, a fait l'objet d'un arrêt de céans en date du 23 octobre 2017, confirmé sur recours par le Tribunal fédéral le 5 juillet 2018 (arrêt 2C_1030/2017). Il importe de mentionner que, dans les deux affaires, l'autorité inférieure a invoqué, à l'appui des décisions qu'elle a rendues, le changement de sa pratique, opéré en 2010 et justifié par le nécessité de mieux respecter l'esprit de l'art. 10 al. 1 let. b OTV. Ce changement de pratique a pour conséquence de réserver l'octroi d'une concession de zone aux lignes demeurant sur le territoire d'une seule et même localité - selon le répertoire des localités de l'OFS - ou, le cas échéant, d'une seule commune politique lorsque celle-ci correspond au territoire d'une localité.

5.2 Vu la similitude des questions juridiques posées par le dossier A-956/2016 et par la présente cause - à savoir la portée de l'art. 10 al. 1 let. b OTV et, plus particulièrement, celle de la notion de « réseaux de transport locaux » -, il s'impose, avant d'examiner les griefs soulevés par la recourante dans son recours du 1er février 2017, de résumer les considérants des arrêts de céans A-956/2016 du 23 octobre 2017, d'une part, et du Tribunal fédéral 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018, d'autre part.

5.2.1 Dans son arrêt du 23 octobre 2017, le Tribunal de céans, après avoir effectué une interprétation littérale, systématique et téléologique de l'art. 10 al. 1 let. b OTV, a considéré que le sens de cette disposition ne pouvait être déduit de son interprétation et qu'il en découlait une lacune improprement dite, qui ne pouvait être comblée par le juge. Il a au surplus rappelé que le législateur avait concédé au Conseil fédéral un très large pouvoir législatif. Il a procédé à cette aune à une analyse de la nouvelle pratique de l'OFT, dans la mesure où, en l'attachant à la définition de la commune politique à l'exclusion de l'agglomération, elle venait restreindre la notion de « réseaux de transport locaux » au sens de l'art. 10 al. 1 let. b OTV. De cette analyse a suivi la conclusion que la nouvelle pratique était basée sur un motif objectif. Plus précisément, il a été considéré que le fait de retenir la localité ou la commune - lorsqu'elle correspond au territoire de la localité - constituait une base aisément déterminable, stable et efficace permettant d'éviter de manière optimale la survenance d'inégalités. Il a en outre été souligné que l'octroi d'une concession de zone pour l'ensemble des communes du canton de Genève rendrait plus compliquée la mission de surveillance conférée à l'autorité inférieure. A ce propos, le Tribunal a insisté sur l'importance que cette dernière puisse garder la maîtrise sur la situation en matière de transport et être informée en amont des modifications de réseau, ce qui apparaît plus complexe à concrétiser avec une concession de zone qu'avec une concession de ligne. Enfin, il a été jugé que l'intérêt de la recourante à bénéficier d'une concession de zone ne saurait surpasser l'intérêt (public) de l'autorité inférieure à pouvoir exercer son rôle de surveillance de manière optimale.

5.2.2 Dans son arrêt subséquent du 5 juillet 2018, le Tribunal fédéral a insisté sur le large pouvoir d'appréciation dont bénéficie l'autorité inférieure et qui se traduit, d'une part, par la liberté de choisir entre plusieurs solutions opportunes et, d'autre part, par l'obligation pour l'autorité juridictionnelle de ne pas substituer sans motif pertinent à une solution convenable une autre solution également convenable. De ce fait, le Tribunal fédéral n'a pas jugé nécessaire de vérifier si l'interprétation de l'art. 10 al. 1 let. b OTV, prônée par l'OFT et validée par le Tribunal administratif fédéral, devait en soi être ou non confirmée. Il a pu se limiter à indiquer que, même si tel devait ne pas être le cas et qu'au contraire, une interprétation systématique s'alignant sur l'art. 5 al. 2 OTV devait primer, l'autorité inférieure resterait malgré tout libre d'octroyer une concession de ligne - et non de zone - en invoquant le principe selon lequel la concession de ligne constitue la règle et la concession de zone l'exception.

5.3 La question peut ainsi se poser de savoir si, au vu des considérants précités de l'arrêt du Tribunal fédéral, la recourante a encore un intérêt à voir reprendre le litige sur ce point par le Tribunal de céans. En toute hypothèse, une nouvelle analyse de la situation juridique ne conduit cependant pas à devoir corriger l'analyse précédemment effectuée.

5.3.1 S'agissant de l'art. 10 al. 1 let. b OTV et, plus spécialement, de la notion de « réseaux de transport locaux », le Tribunal de céans avait considéré dans son arrêt A-956/2016 que le sens de cette disposition ne pouvait être déduit de son interprétation. Il avait en particulier constaté qu'il n'existait aucune définition légale de la notion de « réseau de transport local » et que cette disposition ne contenait aucun périmètre géographique clair susceptible de servir de base à l'octroi d'une concession de zone.

5.3.2 Pour sa part, la société recourante estime que le sens de la disposition précitée peut, au contraire, être déduit de son interprétation pour autant que l'on tienne compte - ce que le Tribunal de céans n'a pas expressément fait dans son arrêt du 23 octobre 2017 - de la « définition légale » de la notion de localité figurant à l'art. 5 OTV.

Cette disposition définit quand une ligne a une fonction de desserte, et énonce ce qui suit en son alinéa 2 :

« Sont considérés comme des localités les espaces construits habités toute l'année et comprenant au moins 100 habitants dans les zones à bâtir continues au sens de la loi du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire, y compris les zones de protection des eaux, les sites importants, les lieux historiques et les monuments culturels (let. a), les habitats dispersés traditionnels (let. b) et les vallées des régions de montagne dont la desserte se fait à partir d'un point commun (let. c) ».

Prenant appui sur le considérant 4.3.4 de l'arrêt A-956/2016, la société recourante relève que le critère de la desserte capillaire des localités mentionné à l'art. 3 de l'ordonnance du 11 novembre 2009 sur l'indemnisation du trafic régional de voyageurs (OITRV ; RS 745.16) permet, en reprenant la « définition » de la notion localité figurant à l'art. 5 al. 2 OTV, de déterminer un périmètre clair pour une concession de zone.

5.3.3 Le Tribunal ne peut suivre le raisonnement de la recourante pour les raisons suivantes.

5.3.3.1 Conformément à l'art. 3 OITVR précité, le trafic local qui est exclu des prestations fédérales conformément à l'art. 28 al. 2 LTV comprend des lignes servant à la desserte capillaire des localités ; une ligne sert à cette desserte lorsque les arrêts se trouvent, en règle générale, à moins de 1,5 kilomètre du point de liaison le plus proche avec le réseau supérieur des transports publics et que la distance entre les arrêts est courte. Pour autant, dans son arrêt A-956/2016, le Tribunal de céans avait, dans le cadre de son interprétation systématique de l'art. 10 al. 1 let. b OTV, considéré que, s'il est certes possible de se référer à l'art. 3 OITRV afin de déterminer ce que recouvre exactement la notion de réseau de transport local, cette disposition n'est toutefois pas déterminante dans la mesure où elle définit le trafic local selon une certaine fonction, mais ne détermine pas un périmètre géographique clair susceptible de servir de base générale à l'octroi d'une concession de zone.

5.3.3.2 Or, force est d'admettre, que, contrairement à ce que la société recourante allègue, l'art. 5 al. 2 OTV ne renferme pas non plus une définition légale de la localité devant nécessairement être reprise de manière générale. Cette disposition, tout comme celle de la LTV - l'art. 3 - qu'elle concrétise, porte la note marginale « Fonction de desserte ». Ainsi, bien plus qu'une définition de la localité, ces dispositions définissent - tant au niveau de la loi que de l'ordonnance - quand un transport de voyageurs assure une fonction de desserte des localités habitées toute l'année (cf. Message du 23 février 2005 sur la réforme des chemins de fer 2 ; FF 2005 2269, p. 2340). A ce titre, l'art. 5 al. 2 OTV définit les conditions minimales pour qu'un groupe d'habitations soit considéré comme une localité et doive être desservi par les transports publics, et pouvoir, ainsi, bénéficier d'une offre de transport de voyageurs régulière exercée à titre professionnel (cf. Message complémentaire du 9 mars 2007 sur la réforme des chemins de fer 2 [Révision des actes normatifs concernant les transports publics] ; FF 2007 2517, p. 2557). Elle ne s'impose ainsi pas pour déterminer ce que recouvre la notion de « réseaux de transport locaux » de l'art. 10 al. 1 let. b OTV.

5.3.3.3 Cela étant, même en admettant le raisonnement de la société recourante et en privilégiant une interprétation systématique de l'art. 10 al. 1 let. b OTV en lien nécessaire avec l'art. 5 al. 2 OTV, malgré leur objet différent, ce qui amènerait le Tribunal à considérer le périmètre géographique de cette disposition comme celui d'une localité au sens de l'art. 5 al. 2 OTV, la décision querellée n'en serait pas annulée pour autant. En effet, ainsi que l'a souligné le Tribunal fédéral dans son arrêt 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 (consid. 3.3), la question n'est pas tant de saisir l'interprétation malaisée de l'art. 10 al. 1 let. b OTV que celle de savoir si, en se basant sur le répertoire des localités de l'OFS pour distinguer la limite de l'octroi des concessions de zone, l'autorité inférieure a excédé son pouvoir d'appréciation, qui doit clairement lui être reconnu.

A cet égard, même s'il fallait juger, avec la recourante, que l'interprétation adoptée par le Tribunal de céans et l'OFT devrait être amendée et, par conséquent, privilégier une interprétation systématique s'alignant sur la notion de localité au sens de l'art. 5 al. 2 OTV, l'OFT serait encore en droit de faire usage du pouvoir d'appréciation que lui confèrent les art. 6 LTV et 10 al. 1 OTV. En effet, le Tribunal observe qu'à la différence de l'art. 9 al. 1 OTV relatif aux concessions de ligne, l'art. 10 al. 1 OTV est une disposition potestative octroyant un large pouvoir d'appréciation à l'autorité administrative. Cela a pour conséquence de permettre à l'autorité inférieure de considérer les concessions de ligne comme la règle et les concessions de zone l'exception, ainsi que l'a mentionné le Tribunal fédéral dans son arrêt du 5 juillet 2018 (cf. consid. 3.1 de l'arrêt 2C_1030/2017).

En effet et comme le Tribunal de céans l'a déjà observé dans la cause A-956/2016, la pratique de l'autorité inférieure, qui se concrétise par le fait de retenir la localité ou la commune, lorsqu'elle correspond au territoire de la localité, en se référant au répertoire des localités de l'OFS, constitue une base aisément déterminable, stable et efficace permettant d'éviter de manière optimale la survenance d'inégalités. Le Tribunal avait au surplus précisé que l'octroi d'une concession de zone pour l'ensemble des communes du canton de Genève rendrait plus complexe le rôle de surveillance de l'autorité inférieure et que des différences de périmètres géographiques subsisteraient de toute manière, quelle que soit la solution retenue. La solution retenue par l'OFT a ainsi pu être jugée comme respectant les limites du pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure, appelée à faire application d'une notion juridique indéterminée, et aucun élément du présent dossier ne conduit le Tribunal à devoir désormais imposer une autre appréciation comme découlant nécessairement d'une interprétation systématique qui ferait appel à une autre disposition dont l'objet est au demeurant différent. Certes, cette solution n'est pas la seule possible, mais elle est indéniablement fondée, n'entre en conflit avec aucune disposition directement applicable et a l'avantage de se fonder sur une définition claire, propre à prévenir toute rupture d'égalité.

6.
Les considérants qui précèdent conduisent à la confirmation de la décision attaquée, qui est conforme au droit, et au rejet du recours.

7.

7.1 Selon l'art. 63 al. 1 1ère phrase PA, les frais de procédure sont généralement mis à la charge de la partie qui succombe. En l'occurrence, la recourante succombe entièrement, de sorte qu'elle doit prendre à sa charge les frais de procédure, qui s'élèvent à 3'000 francs, lesquels seront prélevés sur l'avance de frais du même montant qu'elle a déjà effectuée.

7.2 Le Tribunal peut allouer d'office ou sur requête à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA et art. 7 ss du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF ; RS 173.320.2]). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (art. 7 al. 3 FITAF). Aucune indemnité de dépens ne sera donc allouée en l'espèce.

(le dispositif est porté à la page suivante)

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais de procédure, d'un montant de 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante. Cette somme est prélevée sur l'avance de frais - déjà versée - du même montant.

3.
Il n'est pas alloué de dépens.

4.
Le présent arrêt est adressé :

- à la recourante (Acte judiciaire)

- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; recommandé)

- au Secrétariat général du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC ; acte judiciaire)

L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.

Le président du collège : Le greffier :

Jérôme Candrian Jean-Luc Bettin

Indication des voies de droit :

Le présent arrêt peut être attaqué devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss , 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).

Expédition :

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 10 Concessions et autorisations de zone - 1 Des concessions et des autorisations peuvent être octroyées pour le transport de voyageurs à l'intérieur d'une zone déterminée, lorsque le transport n'est pas effectué par des véhicules guidés le long d'un tracé fixe:
¹	Des concessions et des autorisations peuvent être octroyées pour le transport de voyageurs à l'intérieur d'une zone déterminée, lorsque le transport n'est pas effectué par des véhicules guidés le long d'un tracé fixe:
^a	pour des courses sur demande ou des courses collectives;
^b	pour des réseaux de transport locaux.
²	Une seule concession ou autorisation territoriale peut être octroyée par zone pour les mêmes services de transport.

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 15 Durée de la concession - (art. 6, al. 3, LTV)
¹	La concession est octroyée ou renouvelée pour douze ans.20
²	La concession peut être octroyée ou renouvelée pour une plus courte durée, notamment:
^a	si l'entreprise de transport le demande;
^b	si, à la date de la demande, la mise au concours des lignes concernées figure dans les planifications de mises au concours des cantons commanditaires; ou
^c	si une mise au concours a prévu une durée de concession plus brève;
^d	si cela permet d'harmoniser les durées de concession de plusieurs offres commandées par une même entreprise.
³	Elle peut être octroyée pour une plus longue durée, mais pour 25 ans au plus, si l'amortissement des moyens d'exploitation l'exige.
⁴	...22

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 15 Durée de la concession - (art. 6, al. 3, LTV)
¹	La concession est octroyée ou renouvelée pour douze ans.20
²	La concession peut être octroyée ou renouvelée pour une plus courte durée, notamment:
^a	si l'entreprise de transport le demande;
^b	si, à la date de la demande, la mise au concours des lignes concernées figure dans les planifications de mises au concours des cantons commanditaires; ou
^c	si une mise au concours a prévu une durée de concession plus brève;
^d	si cela permet d'harmoniser les durées de concession de plusieurs offres commandées par une même entreprise.
³	Elle peut être octroyée pour une plus longue durée, mais pour 25 ans au plus, si l'amortissement des moyens d'exploitation l'exige.
⁴	...22

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 15 Durée de la concession - (art. 6, al. 3, LTV)
¹	La concession est octroyée ou renouvelée pour douze ans.20
²	La concession peut être octroyée ou renouvelée pour une plus courte durée, notamment:
^a	si l'entreprise de transport le demande;
^b	si, à la date de la demande, la mise au concours des lignes concernées figure dans les planifications de mises au concours des cantons commanditaires; ou
^c	si une mise au concours a prévu une durée de concession plus brève;
^d	si cela permet d'harmoniser les durées de concession de plusieurs offres commandées par une même entreprise.
³	Elle peut être octroyée pour une plus longue durée, mais pour 25 ans au plus, si l'amortissement des moyens d'exploitation l'exige.
⁴	...22

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 10 Concessions et autorisations de zone - 1 Des concessions et des autorisations peuvent être octroyées pour le transport de voyageurs à l'intérieur d'une zone déterminée, lorsque le transport n'est pas effectué par des véhicules guidés le long d'un tracé fixe:
¹	Des concessions et des autorisations peuvent être octroyées pour le transport de voyageurs à l'intérieur d'une zone déterminée, lorsque le transport n'est pas effectué par des véhicules guidés le long d'un tracé fixe:
^a	pour des courses sur demande ou des courses collectives;
^b	pour des réseaux de transport locaux.
²	Une seule concession ou autorisation territoriale peut être octroyée par zone pour les mêmes services de transport.

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 5 Fonction de desserte - 1 Une ligne a une fonction de desserte lorsqu'elle sert à la desserte générale ou à la desserte capillaire d'une localité.
¹	Une ligne a une fonction de desserte lorsqu'elle sert à la desserte générale ou à la desserte capillaire d'une localité.
²	Sont considérés comme des localités les espaces construits habités toute l'année par au moins 100 habitants dans:
^a	un rayon de 1,5 km au maximum;
^b	les habitats dispersés traditionnels, ou
^c	les vallées des régions de montagne dont la desserte se fait à partir d'un point commun.
³	Une ligne sert à la desserte générale:
^a	si elle relie des localités entre elles ou avec le réseau supérieur des transports publics;
^b	si, au sein d'une localité, elle dessert des zones bâties habitées toute l'année par au moins 100 habitants qui se situent à plus de 1,5 km d'arrêts d'autres lignes servant à la desserte générale.
⁴	Une ligne sert à la desserte capillaire:
^a	si les arrêts se trouvent à moins de 1,5 km environ d'arrêts de lignes servant à la desserte générale, et
^b	si la distance entre les arrêts est courte.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 7 - 1 L'autorité examine d'office si elle est compétente.
¹	L'autorité examine d'office si elle est compétente.
²	La compétence ne peut pas être créée par accord entre l'autorité et la partie.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 5 - 1 Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
¹	Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
^a	de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
^b	de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
^c	de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
²	Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
³	Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 8 - 1 L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente.
¹	L'autorité qui se tient pour incompétente transmet sans délai l'affaire à l'autorité compétente.
²	L'autorité qui tient sa compétence pour douteuse ouvre sans délai un échange de vues avec l'autorité qu'elle considère comme compétente.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 48 - 1 A qualité pour recourir quiconque:
¹	A qualité pour recourir quiconque:
^a	a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure ou a été privé de la possibilité de le faire;
^b	est spécialement atteint par la décision attaquée, et
^c	a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
²	A également qualité pour recourir toute personne, organisation ou autorité qu'une autre loi fédérale autorise à recourir.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
¹	Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
²	Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
¹	Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
²	Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
³	Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
^a	la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
^b	la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
^c	l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
^a	documents;
^b	renseignements des parties;
^c	renseignements ou témoignages de tiers;
^d	visite des lieux;
^e	expertises.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 13 - 1 Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
¹	Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
^a	dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
^b	dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
^c	en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
^1bis	L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
²	L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 62 - 1 L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
¹	L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
²	Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
³	Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
⁴	Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.

SR 745.11 Ordonnance du 4 novembre 2009 sur le transport de voyageurs (OTV) OTV Art. 9 Concessions et autorisations de lignes - 1 Les concessions et les autorisations sont octroyées pour le transport des voyageurs sur des lignes déterminées.
¹	Les concessions et les autorisations sont octroyées pour le transport des voyageurs sur des lignes déterminées.
²	Sont réputées lignes toutes les courses ininterrompues sur des parcours ayant les mêmes points de départ et d'arrivée, y compris les courses de renfort, du matin et du soir sur des sections de lignes. Les noeuds et les points où la fonction de desserte se modifie peuvent être assimilés à un point de départ ou d'arrivée.10
³	Les offres de prestations avec des fonctions de desserte différentes sur le même tronçon sont considérées comme des lignes à part entière.

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
¹	En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
²	Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
³	Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
⁴	L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
^4bis	L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
^a	entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
^b	entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
⁵	Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106

SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA) PA Art. 64 - 1 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
¹	L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
²	Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
³	Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
⁴	La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
⁵	Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110

SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF) FITAF Art. 7 Principe - 1 La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
¹	La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
²	Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
³	Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
⁴	Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
⁵	L'art. 6a s'applique par analogie.7

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
^a	contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
^b	contre les actes normatifs cantonaux;
^c	qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
¹	Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
²	En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.21
³	Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
⁴	Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
¹	Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
^1bis	Lorsqu'une procédure en matière civile a été menée en anglais devant l'autorité précédente, les mémoires peuvent être rédigés en anglais.15
²	Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.16 17
³	Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
⁴	En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique18. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
^a	le format du mémoire et des pièces jointes;
^b	les modalités de la transmission;
^c	les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.19
⁵	Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁶	Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁷	Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.