Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

9C 433/2024

Arrêt du 16 décembre 2024

IIIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mmes les Juges fédéraux Parrino, Président, Stadelmann, Moser-Szeless, Beusch et Scherrer Reber.
Greffier : M. Bürgisser.

Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Mes Pierre-Marie Glauser et Anne Tissot Benedetto, avocats,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
intimée.

Objet
Taxe sur la valeur ajoutée, périodes fiscales 2014-2017,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 11 juin 2024 (A-4980/2022).

Faits :

A.

A.a. A.________ SA (ci-après : le groupe ou l'assujetti) est immatriculé au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) en qualité d'assujetti au sens de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), depuis le 1er juillet 2012. Le groupe se compose de B.________ SA, de C.________ SA et de D.________ SA. Ayant son siège à U.________, B.________ SA a pour but statutaire la prise et la gestion de participations dans toute entreprise commerciale industrielle,... et... en rapport avec la navigation sur le lac E.________, notamment dans les sociétés C.________ SA et D.________ SA. D.________ SA, dont le siège est à V.________, a notamment pour buts d'exploiter une flotte de bateaux....

A.b. L'AFC a effectué un contrôle du groupe portant sur la période courant du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2017. À cette occasion, elle a notamment procédé à des reprises de TVA concernant les recettes rétrocédées à l'assujetti par l'Office central de compensation (ci-après: OCC) des Chemins de fer fédéraux (ci-après: CFF), alors décomptées par l'assujetti en tant que chiffre d'affaires réalisé à l'étranger. L'AFC a également opéré une réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison de contributions financières versées par le Département étranger de W.________, ainsi que par les communes étrangères de X.________ et de Y.________ au groupe. L'assujetti a contesté les reprises ainsi que la déduction de l'impôt préalable.
En date du 4 juin 2017, l'AFC a adressé à l'assujetti une notification d'estimation n° xxx, en arrêtant la créance fiscale à xxx fr. et le montant de l'impôt en sa faveur à xxx fr. pour les périodes fiscales 2014 à 2017. À la suite de courriers du groupe contestant le traitement TVA lié aux recettes versées par l'OCC et à la déduction de l'impôt préalable consécutive au versement de contributions financières par les collectivités publiques étrangères, l'AFC a confirmé la créance fiscale arrêtée par sa notification d'estimation du 4 juin 2019, dit que l'assujetti s'était (entre-temps) acquitté de xxx fr. pour les périodes fiscales en cause et qu'il devait encore verser un intérêt moratoire dès le 17 juillet 2016 (décision du 17 mai 2021).

A.c. Statuant sur réclamation le 29 septembre 2022, l'AFC a fixé la créance fiscale à xxx fr. et la correction de l'impôt en sa faveur à xxx fr. pour les périodes fiscales 2014 à 2017, plus intérêt moratoire à compter du 17 juin 2016.

B.
Par arrêt du 11 juin 2024, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours formé par l'assujetti.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le groupe conclut en substance à la réforme de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, en ce sens que la créance fiscale relative aux périodes 2014 à 2017 est réduite de xxx fr. au moins en sa faveur et qu'aucun intérêt moratoire n'est dû (cf. ses conclusions réformatoires en lien avec l'annulation des ch. 1 et 5 de l'Annexe de la notification d'estimation n° xxx du 4 juin 2019). Il conclut également au remboursement de cette somme, ainsi que de xxx fr. déjà acquitté avec réserve.
L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.

Considérant en droit :

1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 90 Decisioni finali - Il ricorso è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento.
LTF) émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 86 Autorità inferiori in generale - 1 Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
1    Il ricorso è ammissibile contro le decisioni:
a  del Tribunale amministrativo federale;
b  del Tribunale penale federale;
c  dell'autorità indipendente di ricorso in materia radiotelevisiva;
d  delle autorità cantonali di ultima istanza, sempreché non sia ammissibile il ricorso al Tribunale amministrativo federale.
2    I Cantoni istituiscono tribunali superiori che giudicano quali autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale, in quanto un'altra legge federale non preveda che le decisioni di altre autorità giudiziarie sono impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
3    Per le decisioni di carattere prevalentemente politico i Cantoni possono istituire quale autorità di grado immediatamente inferiore al Tribunale federale un'autorità diversa da un tribunale.
LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 82 Principio - Il Tribunale federale giudica i ricorsi:
a  contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico;
b  contro gli atti normativi cantonali;
c  concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari.
LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 83 Eccezioni - Il ricorso è inammissibile contro:
a  le decisioni in materia di sicurezza interna o esterna del Paese, neutralità, protezione diplomatica e altri affari esteri, in quanto il diritto internazionale non conferisca un diritto al giudizio da parte di un tribunale;
b  le decisioni in materia di naturalizzazione ordinaria;
c  le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti:
c1  l'entrata in Svizzera,
c2  i permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto,
c3  l'ammissione provvisoria,
c4  l'espulsione fondata sull'articolo 121 capoverso 2 della Costituzione federale e l'allontanamento,
c5  le deroghe alle condizioni d'ammissione,
c6  la proroga del permesso per frontalieri, il cambiamento di Cantone, il cambiamento d'impiego del titolare di un permesso per frontalieri, nonché il rilascio di documenti di viaggio a stranieri privi di documenti;
d  le decisioni in materia d'asilo pronunciate:
d1  dal Tribunale amministrativo federale, salvo quelle che concernono persone contro le quali è pendente una domanda d'estradizione presentata dallo Stato che hanno abbandonato in cerca di protezione,
d2  da un'autorità cantonale inferiore e concernenti un permesso o un'autorizzazione al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto;
e  le decisioni concernenti il rifiuto dell'autorizzazione a procedere penalmente contro membri di autorità o contro agenti della Confederazione;
f  le decisioni in materia di appalti pubblici se:
fbis  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti decisioni secondo l'articolo 32i della legge del 20 marzo 200963 sul trasporto di viaggiatori;
f1  non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale; sono fatti salvi i ricorsi contro gli appalti del Tribunale amministrativo federale, del Tribunale penale federale, del Tribunale federale dei brevetti, del Ministero pubblico della Confederazione e delle autorità giudiziarie cantonali superiori, o
f2  il valore stimato della commessa non raggiunge il valore soglia determinante secondo l'articolo 52 capoverso 1 in combinato disposto con l'allegato 4 numero 2 della legge federale del 21 giugno 201961 sugli appalti pubblici;
g  le decisioni in materia di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi;
h  le decisioni concernenti l'assistenza amministrativa internazionale, eccettuata l'assistenza amministrativa in materia fiscale;
i  le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile;
j  le decisioni in materia di approvvigionamento economico del Paese adottate in situazioni di grave penuria;
k  le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto;
l  le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci;
m  le decisioni concernenti il condono o la dilazione del pagamento di tributi; in deroga alla presente disposizione, il ricorso è ammissibile contro le decisioni concernenti il condono dell'imposta federale diretta o dell'imposta cantonale o comunale sul reddito e sull'utile se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o se si tratta per altri motivi di un caso particolarmente importante;
n  le decisioni in materia di energia nucleare concernenti:
n1  l'esigenza di un nulla osta o la modifica di un'autorizzazione o di una decisione,
n2  l'approvazione di un piano d'accantonamenti per le spese di smaltimento antecedenti lo spegnimento di un impianto nucleare,
n3  i nulla osta;
o  le decisioni in materia di circolazione stradale concernenti l'omologazione del tipo di veicoli;
p  le decisioni del Tribunale amministrativo federale in materia di traffico delle telecomunicazioni, radiotelevisione e poste concernenti:68
p1  concessioni oggetto di una pubblica gara,
p2  controversie secondo l'articolo 11a della legge del 30 aprile 199769 sulle telecomunicazioni;
p3  controversie secondo l'articolo 8 della legge del 17 dicembre 201071 sulle poste;
q  le decisioni in materia di medicina dei trapianti concernenti:
q1  l'iscrizione nella lista d'attesa,
q2  l'attribuzione di organi;
r  le decisioni in materia di assicurazione malattie pronunciate dal Tribunale amministrativo federale in virtù dell'articolo 3472 della legge del 17 giugno 200573 sul Tribunale amministrativo federale (LTAF);
s  le decisioni in materia di agricoltura concernenti:
s1  ...
s2  la delimitazione delle zone nell'ambito del catasto della produzione;
t  le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, della formazione continua e dell'esercizio della professione;
u  le decisioni in materia di offerte pubbliche di acquisto (art. 125-141 della L del 19 giu. 201577 sull'infrastruttura finanziaria);
v  le decisioni del Tribunale amministrativo federale concernenti divergenze d'opinione tra autorità in materia di assistenza amministrativa o giudiziaria a livello nazionale;
w  le decisioni in materia di diritto dell'elettricità concernenti l'approvazione dei piani di impianti elettrici a corrente forte e di impianti elettrici a corrente debole e l'espropriazione dei diritti necessari per la costruzione o l'esercizio di siffatti impianti, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale;
x  le decisioni concernenti la concessione di contributi di solidarietà ai sensi della legge federale del 30 settembre 201681 sulle misure coercitive a scopo assistenziale e i collocamenti extrafamiliari prima del 1981, tranne se si pone una questione di diritto di importanza fondamentale o si tratta di un caso particolarmente importante per altri motivi;
y  le decisioni pronunciate dal Tribunale amministrativo federale nelle procedure amichevoli per evitare un'imposizione non conforme alla convenzione internazionale applicabile in ambito fiscale;
z  le decisioni concernenti le autorizzazioni edilizie di impianti eolici d'interesse nazionale secondo l'articolo 71c capoverso 1 lettera b della legge federale del 30 settembre 201684 sull'energia e le autorizzazioni di competenza cantonale a esse necessariamente connesse, se non si pone alcuna questione di diritto d'importanza fondamentale.
LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 100 Ricorso contro decisioni - 1 Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
1    Il ricorso contro una decisione deve essere depositato presso il Tribunale federale entro 30 giorni dalla notificazione del testo integrale della decisione.
2    Il termine è di dieci giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento;
b  nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale e dell'assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale;
c  in materia di ritorno di un minore secondo la Convenzione europea del 20 maggio 198090 sul riconoscimento e l'esecuzione delle decisioni in materia di affidamento di minori e sul ristabilimento dell'affidamento oppure secondo la Convenzione del 25 ottobre 198091 sugli aspetti civili del rapimento internazionale di minori;
d  del Tribunale federale dei brevetti in materia di rilascio di una licenza secondo l'articolo 40d della legge del 25 giugno 195493 sui brevetti.
3    Il termine è di cinque giorni per i ricorsi contro le decisioni:
a  delle autorità cantonali di vigilanza in materia di esecuzione e fallimento pronunciate nell'ambito dell'esecuzione cambiaria;
b  dei Governi cantonali su ricorsi concernenti votazioni federali.
4    Il termine è di tre giorni per i ricorsi contro le decisioni dei Governi cantonali su ricorsi concernenti le elezioni al Consiglio nazionale.
5    Per i ricorsi concernenti conflitti di competenza tra due Cantoni, il termine decorre al più tardi dal giorno in cui in ciascun Cantone sono state pronunciate decisioni impugnabili mediante ricorso al Tribunale federale.
6    ...94
7    Il ricorso per denegata o ritardata giustizia può essere interposto in ogni tempo.
LTF) et dans les formes prescrites (art. 42
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 42 Atti scritti - 1 Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
1    Gli atti scritti devono essere redatti in una lingua ufficiale, contenere le conclusioni, i motivi e l'indicazione dei mezzi di prova ed essere firmati.
2    Nei motivi occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Qualora il ricorso sia ammissibile soltanto se concerne una questione di diritto di importanza fondamentale o un caso particolarmente importante per altri motivi, occorre spiegare perché la causa adempie siffatta condizione.14 15
3    Se sono in possesso della parte, i documenti indicati come mezzi di prova devono essere allegati; se l'atto scritto è diretto contro una decisione, anche questa deve essere allegata.
4    In caso di trasmissione per via elettronica, la parte o il suo patrocinatore deve munire l'atto scritto di una firma elettronica qualificata secondo la legge del 18 marzo 201616 sulla firma elettronica. Il Tribunale federale determina mediante regolamento:
a  il formato dell'atto scritto e dei relativi allegati;
b  le modalità di trasmissione;
c  le condizioni alle quali può essere richiesta la trasmissione successiva di documenti cartacei in caso di problemi tecnici.17
5    Se mancano la firma della parte o del suo patrocinatore, la procura dello stesso o gli allegati prescritti, o se il patrocinatore non è autorizzato in quanto tale, è fissato un congruo termine per sanare il vizio, con la comminatoria che altrimenti l'atto scritto non sarà preso in considerazione.
6    Gli atti illeggibili, sconvenienti, incomprensibili, prolissi o non redatti in una lingua ufficiale possono essere del pari rinviati al loro autore affinché li modifichi.
7    Gli atti scritti dovuti a condotta processuale da querulomane o altrimenti abusiva sono inammissibili.
LTF) par le destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 89 Diritto di ricorso - 1 Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
1    Ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi:
a  ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo;
b  è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati; e
c  ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi.
2    Hanno inoltre diritto di ricorrere:
a  la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti;
b  in materia di rapporti di lavoro del personale federale, l'organo competente dell'Assemblea federale;
c  i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico, se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o dalla Costituzione federale;
d  le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale.
3    In materia di diritti politici (art. 82 lett. c), il diritto di ricorrere spetta inoltre a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa.
LTF), le recours en matière de droit public est recevable.

2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 105 Fatti determinanti - 1 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
1    Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore.
2    Può rettificare o completare d'ufficio l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95.
3    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, il Tribunale federale non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore.96
LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 95 Diritto svizzero - Il ricorrente può far valere la violazione:
a  del diritto federale;
b  del diritto internazionale;
c  dei diritti costituzionali cantonali;
d  delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari;
e  del diritto intercantonale.
LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 97 Accertamento inesatto dei fatti - 1 Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
1    Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'articolo 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento.
2    Se il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti.87
LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3).

3.
Le litige porte sur le montant que l'AFC réclame au recourant au titre de la TVA à la suite d'une correction d'impôt portant sur les années fiscales 2014 à 2017. Sont seules litigieuses la facturation de la TVA suisse sur des prestations de service vendues en Suisse mais pouvant être fournies en Suisse et à l'étranger (consid. 4 à 6 infra), ainsi que la réduction de l'impôt préalable en lien avec le versement au recourant de fonds par des collectivités publiques étrangères (consid. 7 infra).

4.

4.1. En ce qui concerne le premier point litigieux, le recourant argumentait en première instance ne pas devoir s'acquitter de la TVA sur la part des recettes rétrocédées par l'OCC des CFF correspondant à la part des trajets lacustres effectués hors de Suisse (soit sur les eaux territoriales étrangères). À cet égard, le Tribunal administratif fédéral a d'abord constaté que des titres de transport forfaitaires permettant d'être transportés par D.________ SA avaient été vendus, TVA suisse incluse (au taux normal), respectivement par D.________ SA, les CFF ou d'autres entités. Il s'agissait par exemple d'abonnements généraux, d'abonnements demi-tarif et de cartes journalières. En d'autres termes, la TVA suisse avait été facturée lors de la vente de chaque titre de transport forfaitaire et avait été prélevée à chaque transaction par D.________ SA ou par une autre entité affiliée à Alliance SwissPass (soit un système centralisé de décompte des voyageurs). Examinant la qualification des liens entre la pluralité des intervenants du point de vue de la TVA (vente des titres de transport par une pluralité d'entreprises), les j uges précédents se sont référés au ch. 3.1.1.1 du tarif T601 établi par l'Alliance Swisspass (disponible sous
https://www.allianceswisspass.ch/fr/tarifs/TarifsPrescription; dernière consultation le 29 octobre 2024). Ils ont considéré que cette disposition du tarif T601 prévoyait un rapport de représentation direct entre D.________ SA (la représentée) et les autres entités (les représentantes) soumises au tarif T601, pour le cas où les secondes émettaient des titres de transport permettant de se déplacer avec D.________ SA lorsque celle-ci participait à l'itinéraire de transport du voyageur. De plus, ce rapport de représentation était communiqué aux tiers lors de la facturation: par exemple, sur la facture d'un abonnement demi-tarif se trouvait le pictogramme de SwissPass, l'adresse internet "swisspass.ch/contact", ainsi qu'une inscription présentant les moyens d'éviter d'oublier de payer une facture qui se terminait par "toutes les informations sont disponibles sur swisspass.ch/paiement". Selon les juges précédents, tout tiers neutre acquéreur d'un titre de transport forfaitaire devait objectivement et raisonnablement savoir que les CFF, qui avaient pour but le transport par voie ferroviaire et non pas lacustre, représentaient D.________ SA lors de la vente des titres de transport permettant de se déplacer sur le lac E.________. Le
Tribunal administratif fédéral a conclu en conséquence qu'il existait un rapport de représentation directe (au sens de l'art. 20 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA) liant les entreprises membres de l'Alliance SwissPass. En conséquence, les entités de l'Alliance SwissPass agissaient au nom et pour le compte de D.________ SA à chaque fois qu'elles vendaient des titres de transport donnant droit aux titulaires de ceux-ci de naviguer sur le lac E.________, en Suisse comme à l'étranger. L'existence d'une représentation directe avait en outre des conséquences sur le lieu de fourniture des prestations (consid. 4.5 infra).

4.2. Le recourant reproche à l'instance précédente une violation de l'art. 20
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA en tant qu'elle a retenu un rapport de représentation directe entre la D.________ SA et les CFF ou toute autre entreprise affiliée au système de l'Alliance SwissPass vendant les titres forfaitaires en cause. Sous l'angle de l'exigence prévue par l'art. 20 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA quant à la "visibilité du rapport de représentation" pour le destinataire de la prestation, il fait valoir que ce seraient les CFF, en tant qu'entreprise ferroviaire de premier plan au bénéfice d'une concession de transport ferroviaire grandes lignes, qui offriraient des prestations de transport auxquelles les abonnements forfaitaires permettraient d'accéder; le fait que les pictogrammes SwissPass apparaîtraient sur les factures en question ne sauraient "dénaturer le fait" que les factures seraient émises par les CFF, respectivement au nom et pour le compte des CFF. À cet égard, les abonnements généraux et les abonnements demi-tarif ne s'achèteraient qu'auprès de ceux-ci. Le recourant en infère que les CFF seraient le fournisseur des prestations en cause aux yeux des passagers, de sorte qu'il n'y aurait en l'espèce aucun rapport de représentation directe entre les entités
affiliées à l'Alliance SwissPass. Pour le recourant, il résulterait en outre des circonstances que les acquéreurs seraient amenés à penser qu'ils seraient uniquement liés contractuellement aux CFF en tant qu'entité fournissant des prestations de transport sur l'ensemble du territoire national et que les CFF sous-traiteraient les prestations de transport sur le lac en cas d'utilisation des abonnements. Alternativement, les tiers pourraient déduire des circonstances qu'il existerait un "autre type de relation contractuelle" impliquant une relation de représentation indirecte.

5.

5.1. Selon l'art. 20 al. 1
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA, une prestation est réputée fournie par la personne qui apparaît vis-à-vis des tiers comme le fournisseur de la prestation. L'art. 20 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA prévoit que lorsqu'une personne agit au nom et pour le compte d'une autre, la prestation est réputée fournie par la personne représentée si celle qui la représente remplit les conditions suivantes: elle peut prouver qu'elle agit en qualité de représentant et peut clairement communiquer l'identité de la personne qu'elle représente (let. a); elle porte expressément le rapport de représentation à la connaissance du destinataire de la prestation ou ce rapport résulte des circonstances (let. b). Selon l'art. 20 al. 3
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA, lorsque l'al. 1 s'applique à une relation tripartite, il y a prestation aussi bien entre la personne qui apparaît comme fournisseur et celle qui fournit effectivement la prestation qu'entre la personne qui apparaît comme fournisseur et le destinataire de la prestation.
L'art. 20
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA est notamment applicable lorsque plusieurs sujets de droit entrent en ligne de compte en tant que fournisseurs d'une prestation. En pareil cas, il permet de déterminer à qui la prestation doit être imputée en matière de TVA. En revanche, lorsque l'on a affaire à un seul fournisseur de prestation qui agit en son propre nom et pour son propre compte dans une relation bipartite, la question de l'imputation de la prestation n'apparaît pas spécialement problématique (arrêts 9C 67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.2 et les références; 2C 727/2021 du 11 mai 2022 consid. 4.1).

5.2. L'art. 20 al. 1 TVA fixe le principe suivant: si le prestataire de service se présente au bénéficiaire du service sous son propre nom ("Eigengeschäft"), la prestation lui est imputée. Il en va de même si celui-ci agit pour le compte d'un tiers dans le cadre d'une représentation indirecte ("indirekte Stellvertretung"). Une attribution selon l'art. 20 al. 1
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA présuppose que la personne se présente vers l'extérieur "en tant que fournisseur de prestations". Selon la pratique et la doctrine, cette présentation doit être autonome ou se faire en son propre nom. Les prestations ne doivent pas être attribuées à des personnes qui n'apparaissent pas elles-mêmes comme des fournisseurs de prestations, mais qui se contentent d'aider une autre personne à fournir la prestation. Font typiquement partie des aides et des personnes auxiliaires les employés du fournisseur de prestations, c'est-à-dire les personnes qui dépendent de lui du point de vue de la gestion d'entreprise ou de l'organisation du travail, qui perçoivent un salaire et qui n'assument pas elles-mêmes de risque entrepreneurial proprement dit. La question de savoir si une personne doit être considérée comme un fournisseur de prestations (à part entière) ou simplement comme un
auxiliaire d'exécution doit être évaluée en fonction de l'ensemble des circonstances (arrêts 9C 67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.3 et les références; 2C 727/2021 précité consid. 4.5).

5.3. L'art. 20 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA introduit une exception au principe de l'affectation à "l'opérateur apparent" pour les situations de représentation directe ("direkte Vertretung"). L'application de cette disposition présuppose que le représentant signifie clairement au bénéficiaire de la prestation qu'il agit au nom et pour le compte d'une tierce personne et qu'il ne supporte pas les coûts et les bénéfices relatifs à l'affaire, mais qu'il établit à cet effet un décompte à l'attention du tiers en question. En d'autres termes, lorsque les conditions cumulatives de l'art. 20 al. 2
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1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA sont remplies, l'opération est attribuée au sens de la TVA à la personne représentée (art. 20 al. 2
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1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA). Selon la jurisprudence, le concept de représentation de l'art. 20 al. 2
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA s'inspire de la réglementation de l'art. 32
SR 220 Parte prima: Disposizioni generali Titolo primo: Delle cause delle obbligazioni Capo primo: Delle obbligazioni derivanti da contratto
CO Art. 32 - 1 Quando il contratto sia stipulato a nome di una terza persona che lo stipulante è autorizzato a rappresentare, non è il rappresentante, ma il rappresentato che diventa creditore o debitore.
1    Quando il contratto sia stipulato a nome di una terza persona che lo stipulante è autorizzato a rappresentare, non è il rappresentante, ma il rappresentato che diventa creditore o debitore.
2    Se al momento della conclusione del contratto il rappresentante non si è fatto conoscere come tale, il rappresentato diventa direttamente creditore o debitore nel solo caso in cui l'altro contraente dovesse inferire dalle circostanze la sussistenza di un rapporto di rappresentanza o gli fosse indifferente la persona con cui stipulava.
3    Diversamente occorre una cessione del credito od un'assunzione del debito secondo i principi che reggono questi atti.
CO, même s'il ne s'agit pas d'une représentation au sens du droit civil, mais bien d'une attribution de prestations au sens de la LTVA (cf. ATF 145 II 270 consid. 4.4.3 et les références). Il convient d'examiner selon des critères objectifs s'il existe des circonstances permettant de conclure à l'existence d'un rapport de représentation au sens de l'art. 20 al. 2
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1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA. En revanche, la perception subjective du bénéficiaire concret de la
prestation n'entre pas en ligne de compte. Le représentant doit par conséquent démontrer qu'il a pris des mesures qui permettent à un tiers de reconnaître, d'un point de vue objectif, qu'il ne s'engage pas lui-même, mais la personne représentée qui fournit effectivement la prestation (cf. ATF 145 II 270 consid. 4.4.4; arrêt 9C 67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.4 et les références). En d'autres termes, il doit être reconnaissable pour le tiers qu'il ne conclut pas un contrat avec le représentant, mais bien avec la personne représentée. À titre d'exemple, la doctrine mentionne comme cas d'application de l'art. 20 al. 2
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA la vente de billets de train et d'avion par le truchement d'une agence de voyage, ainsi que la vente de billets de loterie et de cartes pré-payées de téléphones portables par un kiosque (FELIX GEIGER in MWSTG-Kommentar, 2e éd. 2019, n° 17 ad art. 20
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA; arrêt 9C 67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.4 et les références).

5.4.

5.4.1. En premier lieu, le recourant allègue qu'il existerait en l'occurrence un cas de représentation indirecte au sens de l'art. 20 al. 1
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1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA (entre les CFF et les compagnies affiliées au système SwissPass), au motif que des tiers seraient amenés à penser que les CFF fourniraient des prestations sur l'ensemble du territoire suisse en tant qu'entité d'importance nationale. Pour le recourant, les détenteurs des titres forfaitaires acquis auprès des CFF n'auraient pas connaissance que le transport sur le lac E.________ n'est pas le fait des CFF, mais celui de D.________ SA en tant qu'entité distincte des CFF ou alors, ils penseraient que la première sous-traite les prestations de transport en cas d'utilisation d'un abonnement général.
Cette opinion ne saurait être suivie. En effet, ainsi que l'a retenu de manière convaincante le Tribunal administratif fédéral - et pour autant que cela soit pertinent -, un tiers neutre doit raisonnablement et objectivement considérer que les CFF effectuent des transports par voie ferroviaire et non pas par voie lacustre. Vu la différence entre les types de transport, un tiers ne peut pas attendre de la part d'une entreprise de transport par rail qu'elle fournisse des prestations de transport sur les voies fluviales ou lacustres, et ce même si le but des CFF inscrit au registre du commerce - auquel le recourant se réfère - mentionne l'exécution de prestations de transport public ("Diensleistungen im Öffentlichen Verkehr").

5.4.2. S'agissant de l'existence d'un rapport de représentation directe au sens de l'art. 20 al. 2
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA, quoi qu'en dise le recourant, le Tribunal administratif fédéral a, de manière convaincante tenu pour topique, en tant qu'élément objectif de l'analyse, le tarif T601 établi par l'Alliance SwissPass, et en particulier son chiffre 3.1.1.1. Selon ses constatations, ce ch. est libellé comme suit: "en service direct, l'entreprise de transport qui exécute le contrat de transport agit formellement aussi au nom des autres entreprises participant à l'itinéraire de transport (art. 11, alinéa 1 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée) ". À cet égard, le recourant critique en vain l'applicabilité de cette disposition contractuelle pour les périodes fiscales litigieuses, lorsqu'il se limite à argumenter que le tarif auquel l'instance précédente se réfère serait postérieur aux années 2014 à 2017 (en l'occurrence l'édition du 1er juin 2022). En effet, celle-ci a considéré, sans que cela ne soit critiquable, que le ch. 3.1.1.1 de l'édition 2022 du tarif portant sur la représentation lors de l'émission de titres de transport faisait mention de l'art. 11 al. 1 aLTVA, qui traitait déjà de la représentation directe sous l'ancien
droit de la TVA en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (RO 2000 1300); sa déduction selon laquelle le ch. 3.1.1.1 du tarif T601 n'avait pas été modifié lors de l'entrée en vigueur de la nouvelle LTVA en 2010 apparaît logique, de même que la conclusion selon laquelle la version actuelle correspondait à celle existant déjà avant les périodes fiscales litigieuses. Les juges précédents pouvaient ainsi en conclure que le ch. 3.1.1.1 s'appliquait en l'espèce. À la suite de l'instance précédente et sur la base du libellé du ch. 3.1.1.1 du Tarif T601, il existe un rapport de représentation directe (au sens de l'art. 20 al. 2 let. a
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LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA) entre D.________ SA (la représentée) et les autres entités (les représentantes) qui sont soumises à ce tarif, dans le cas où celles-ci émettent des titres de transport permettant de se déplacer avec D.________ SA lorsque cette dernière participe à l'itinéraire de transport d'un voyageur.

5.4.3. En ce qui concerne les conditions de l'art. 20 al. 2 let. b
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1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA, selon lequel le rapport de représentation (porté à la connaissance du destinataire de la représentation) peut aussi résulter des circonstances, il est établi selon les constatations des juges précédents que les titres de transport forfaitaires (abonnements généraux, abonnements demi-tarif et cartes journalières) permettant aux usagers d'être transportés par D.________ SA ont été vendus (TVA suisse incluse au taux normal) respectivement par D.________ SA, les CFF ou d'autres entités. Ces constatations lient le Tribunal fédéral, le recourant ne démontrant pas qu'elles sont manifestement inexactes en se contentant d'affirmer que dans les yeux du public de manière générale, l'achat de titre forfaitaires s'effectue auprès des CFF exclusivement. Ainsi, dans la mesure où la D.________ SA vend des titres de transport forfaitaires en facturant aux usagers la TVA au taux de 8,1 % (alors même qu'une partie de son chiffre d'affaires en relation avec son activité déployée sur le territoire étranger devrait en principe être exonéré de l'impôt), elle signale aux acquéreurs de titres de transport forfaitaires qu'elle intervient en tant que représentante directe des autres
transporteurs affiliés à l'Alliance SwissPass et au même système de décompte centralisé.
De plus, il résulte du raisonnement convaincant de l'instance précédente que le rapport de représentation entre les entités impliquées a été communiqué aux destinataires de la prestation par un autre biais encore: sur les factures d'abonnement demi-tarif figuraient par exemple le pictogramme de SwissPass et à côté de celui-ci les inscriptions "la clé pour votre mobilité et vos loisirs", de même que des possibilités de gestion du paiement de la facture (moyen "eBill" ou envoi de la facture par courriel). On constate également que sur une facture relative à un abonnement (produite par le recourant en instance précédente), l'adresse internet de contact pour contacter les CFF est la suivante: "swisspass.ch/contact". Ces éléments mettent en évidence que d'autres entités, soit les partenaires des CFF, interviennent dans le cadre de l'Alliance SwissPass pour assurer le transport des voyageurs achetant un abonnement auprès des CFF ou assurer d'autres services. Le titulaire de cet abonnement peut et doit en déduire qu'en acquittant la facture de son abonnement, il verse aux CFF la contre-prestation de services assurés, le cas échéant, par une autre entreprise de transport que les CFF, qui agissent dans ce contexte pour le compte et au nom
de celle-ci. Au demeurant, les conditions pour l'acquisition et l'utilisation d'un abonnement général ou demi-tarif renvoie, pour le SwissPass, au Tarif général des voyageurs (consid. 4.4.2 supra).
Il n'y a donc rien à redire sur le fait que les juges précédents ont conclu des éléments qui précèdent que toute entreprise de transport (autre que D.________ SA) comprise dans l'Alliance SwissPass et vendant un titre de transport permettant au titulaire de celui-ci de se déplacer au moyen des services de D.________ SA, communique clairement, par la facture et les documents auxquels cette dernière fait référence, qu'elle agit au nom et pour le compte de tous les autres transporteurs affiliés au même système de décompte centralisé, dont D.________ SA et que celle-ci est donc représentée. Les conditions de l'art. 20 al. 2 let. b
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA sont donc remplies. En définitive, c'est à bon droit que les premiers juges ont admis l'existence d'une représentation directe au sens de l'art. 20 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA.

6.

6.1. Dans la mesure où il était établi qu'il existait un rapport de représentation directe, le Tribunal administratif fédéral s'est ensuite référé à l'art. 18
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
LTVA, selon lequel ne sont soumises à la TVA que les prestations fournies sur le territoire suisse par des entreprises assujetties moyennant une contre-prestation, à moins que la loi ne l'exclue. Il a considéré que cette disposition voudrait que 30 % des recettes générées par la vente de titres de transport par les CFF, pourcentage qui représentait la proportion des trajets effectués par D.________ SA sur le territoire étranger, ne devrait pas être soumis à la TVA suisse car il s'agissait de prestations fournies hors du territoire national. Le recourant ne conteste à juste titre pas cette conclusion intermédiaire de l'instance précédente. En effet, en cas de représentation directe, l'opération de base entre D.________ SA et un voyageur est réputée avoir lieu comme si les intermédiaires (soit les membres de l'Alliance SwissPass) n'avaient pas existé; peu importe dans ce contexte que la totalité du produit de la contre-prestation soit payée directement par le destinataire ou qu'elle transite par les intermédiaires (cf. PIERRE-MARIE GLAUSER in Kommentar zum Schweizerischen
Steuerrecht, MWSTG/LTVA, 2015, n° 40 ad art. 20
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.
LTVA; IVO BAUMGARTNER/DIEGO CLAVADETSCHER/MARTIN KOCHER, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 4 n° 48 p. 136).

6.2. Ce nonobstant, le Tribunal administratif fédéral a considéré en substance que dès lors que la TVA avait été facturée et perçue par les CFF - au nom et pour le compte de D.________ SA - il ne pouvait être dérogé au principe exprimé à l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA (soit celui de "TVA facturée égale à la TVA due"; cf. consid. 6.3.2 infra) que pour autant que l'une des conditions (let. a ou let. b) de cette disposition fût remplie. Or aucune de celles-ci ne l'était en l'occurrence, de sorte que la TVA était due par le recourant sur la totalité des recettes rétrocédées à D.________ SA par l'OCC des CFF pour les années 2014 à 2017.
Le recourant conteste ce raisonnement, en argumentant notamment qu'il ne saurait être lié par la facturation établie par les CFF et que l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA ne lui serait pas applicable. En effet, cette disposition ne pourrait s'appliquer qu'à l'émetteur de la facture et donc aux CFF, mais en aucun cas à lui-même pour les ventes de titres forfaitaires litigieuses.

6.3.

6.3.1. À titre liminaire, on rappellera que l'art. 27 al. 2 let. b
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LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA a été révisé par le ch. I de la modification du 30 septembre 2016 de la LTVA, avec effet au 1er janvier 2018 (RO 2017 3575 4857; FF 2015 2467). Puisque le présent litige porte sur les périodes fiscales 2014 à 2017, ce sont donc les dispositions de la LTVA dans leur teneur jusqu'au 31 décembre 2017 qui sont applicables en l'espèce, singulièrement l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA dans sa teneur en vigueur jusqu'à cette date.

6.3.2. Aux termes de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA, celui qui fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé est redevable de cet impôt, sauf s'il remplit une des conditions suivantes: il corrige sa facture conformément à l'al. 4 (let. a), ou il prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, ce qui est le cas notamment lorsque le destinataire de la facture n'a pas déduit l'impôt préalable ou que l'impôt préalable déduit a été remboursé (let. b).
La loi prévoit donc la règle selon laquelle l'impôt facturé est égal à l'impôt dû, sauf si une des conditions de l'art. 27 al. 2 TVA est remplie (ATF 144 II 412 consid. 3.2.2). En ce sens, l'art. 27 al. 2
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LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA instaure une sorte d'"impôt complémentaire" ("ergänzendes Steuerobjekt") en lien avec une mention indue (ou inexacte de l'impôt), qui s'ajoute à celle qui constitue le véritable objet de l'impôt (ou l'objet principal de l'impôt; "Hauptsteuerobjekt") et dont le fondement réside dans un échange de prestations au sens des art. 1 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 1 Oggetto e principi della legge - 1 La Confederazione riscuote in ogni fase del processo di produzione e di distribuzione un'imposta generale sul consumo con deduzione dell'imposta precedente (imposta sul valore aggiunto, IVA). Lo scopo dell'imposta è l'imposizione del consumo finale non imprenditoriale sul territorio svizzero.
1    La Confederazione riscuote in ogni fase del processo di produzione e di distribuzione un'imposta generale sul consumo con deduzione dell'imposta precedente (imposta sul valore aggiunto, IVA). Lo scopo dell'imposta è l'imposizione del consumo finale non imprenditoriale sul territorio svizzero.
2    La Confederazione riscuote a titolo d'imposta sul valore aggiunto:
a  un'imposta sulle prestazioni che i contribuenti effettuano a titolo oneroso sul territorio svizzero (imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero3);
b  un'imposta sull'acquisto di prestazioni di imprese con sede all'estero da parte di destinatari che si trovano sul territorio svizzero (imposta sull'acquisto);
c  un'imposta sull'importazione di beni (imposta sull'importazione).
3    La riscossione è effettuata secondo i principi:
a  della neutralità concorrenziale;
b  dell'economicità del pagamento e della riscossione;
c  della trasferibilità dell'imposta.
et 18
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
LTVA (ATF 144 II 412 consid. 2.1 et 3.2.4).
Par ailleurs, la jurisprudence considère que la personne à laquelle s'applique l'art. 27
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA est celle qui fait figurer l'impôt sur une facture et que la personne autorisée à établir une facture est celle qui fournit la prestation (ATF 144 II 412 consid. 3.2.).

6.4. Compte tenu du rapport de représentation directe liant les entreprises membres de l'Alliance SwissPass ainsi que du système particulier de rétrocession par l'OCC des CFF, c'est de manière conforme au droit fédéral que l'instance précédente a considéré que l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA était applicable au recourant et que les reprises litigieuses de l'AFC étaient justifiées. En effet, puisque la TVA a été facturée et perçue par les CFF au nom et pour le compte de D.________ SA, celle-ci doit se laisser imputer la part de TVA facturée par les CFF qui correspond aux rétrocessions qui lui sont octroyées. En cas de représentation directe, on doit considérer qu'il existe une obligation fiscale subjective au sens de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA à charge de la personne à laquelle la facture doit être attribuée même si elle ne l'a pas elle-même émise (cf. BÉATRICE BLUM, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, MWSTG/LTVA, 2015, n° 9 ad art. 27
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA). Le résultat auquel sont parvenus les premiers juges est à cet égard conforme au système de la représentation directe, dans la mesure où c'est bien la personne représentée qui fournit la prestation principale. Comme il ressort de ce qui précède (consid. 6.1 supra), dans le contexte de l'art. 20 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 20 Attribuzione delle prestazioni - 1 Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
1    Una prestazione è considerata effettuata dalla persona che agisce quale fornitore della prestazione nei confronti dei terzi.
2    Se una persona agisce in nome e per conto di un'altra, la prestazione è considerata effettuata dal rappresentato se il rappresentante:
a  può provare che agisce in qualità di rappresentante e può identificare chiaramente il rappresentato; e
b  comunica espressamente l'esistenza del rapporto di rappresentanza al destinatario della prestazione o l'esistenza di tale rapporto risulta dalle circostanze.
3    Se il capoverso 1 si applica a un rapporto trilaterale, il rapporto di prestazione tra la persona che agisce quale fornitore e la persona che fornisce effettivamente la prestazione è qualificato alla stregua di quello tra la persona che agisce quale fornitore e il destinatario della prestazione.

LTVA, l'opération de base entre D.________ SA et un voyageur est réputée avoir lieu comme si les intermédiaires (soit les membres de l'Alliance SwissPass dont font partie les CFF) n'avaient pas existé.
Le recourant ne conteste à juste titre pas le raisonnement des premiers juges, selon lequel les conditions posées aux let. a et b de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA ne sont pas remplies.

6.5. Le recourant allègue encore que l'imposition en cause constituerait une double imposition effective, puisque les autorités fiscales étrangères auraient également imposé le chiffre d'affaire de D.________ SA relatif aux trajets situés sur le territoire étranger. Or une telle double imposition serait contraire à la volonté du législateur qui aurait conçu les règles de localisation en matière de TVA de telle sorte qu'elles soient compatibles avec le droit européen. Il en déduit que les considérations du Tribunal administratif fédéral selon lesquelles il n'existe pas en matière de TVA de conventions destinées à éviter la double imposition ne seraient pas convaincantes. Il ne considère pas davantage comme pertinent le raisonnement de l'instance précédente selon lequel le Conseil fédéral, malgré l'art. 9
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 9 Distorsioni della concorrenza - Per evitare le distorsioni della concorrenza causate da doppie imposizioni o lacune di imposizione nell'ambito delle prestazioni transfrontaliere, il Consiglio federale può disciplinare la delimitazione tra fornitura e prestazione di servizi in deroga all'articolo 3 nonché definire il luogo della prestazione in deroga agli articoli 7 e 8.
LTVA - qui lui permet de fixer certaines règles afin d'éviter les distorsions de la concurrence induites par une double imposition ou une non-imposition qui affecteraient les prestations transfrontalières -, n'aurait pas adopté de disposition topique applicable aux circonstances du cas d'espèce, soit la navigation lacustre entre la Suisse et un pays limitrophe.
Contrairement à ce que soutient l'assujetti, l'imposition en cause ne repose pas sur le lieu de la fourniture de la prestation ("objet principal de l'impôt") mais bien sur la perception d'un "impôt complémentaire" au sens de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA ("ergänzendes Steuerobjekt"; cf. supra consid. 6.3.2). Partant, son argumentation fondée sur une double imposition qui résulterait de la détermination de la localisation des prestations de service litigieuses manque sa cible (sur l'objectif des règles de localisation en lien avec l'absence d'imposition ou d'une double imposition, cf. ATF 142 II 388 consid. 9.6.5; 133 II 153 consid. 5.1). Cela étant, en l'état actuel du droit, il n'existe aucune disposition légale qui permettrait d'éviter une éventuelle double imposition résultant dans le cas concret de l'application à l'assujetti de l'art. 27 al. 2
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 27 Dichiarazione fiscale inesatta o non rettificata - 1 Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
1    Chi non è iscritto nel registro dei contribuenti o applica la procedura di notifica secondo l'articolo 38 non può menzionare l'imposta sulle fatture.71
2    Chi menziona un'imposta in una fattura senza esservi autorizzato o indica un'imposta troppo elevata per una prestazione deve l'imposta indicata, salvo che:
a  effettui una correzione della fattura secondo il capoverso 4; o
b  renda verosimile che per la Confederazione non ne risulta una perdita d'imposta; non vi è perdita d'imposta segnatamente se il destinatario della fattura non ha dedotto l'imposta precedente o se l'imposta precedente dedotta è stata rimborsata alla Confederazione.
3    Le conseguenze giuridiche di cui al capoverso 2 si verificano anche in caso di accredito, sempre che il destinatario dell'accredito non si opponga per scritto a un'imposta indicata senza fondamento o a un ammontare d'imposta troppo elevato.73
4    La correzione a posteriori di una fattura può aver luogo, nei limiti ammessi dal diritto commerciale, mediante un documento ricettizio che rinvia alla fattura originale annullandola.74
LTVA.

6.6. En définitive, l'argumentation du recourant relative à la facturation de la TVA suisse sur des prestations de service vendues en Suisse mais pouvant être fournies en Suisse et à l'étranger doit être écartée.

7.
Le second point litigieux a trait aux conséquences des subventions reçues par le recourant de la part des collectivités publiques étrangères pour la déduction de l'impôt préalable.

7.1. Selon l'art. 18 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
LTVA, en l'absence de prestation ne font pas partie de la contre-prestation les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46 al. 2
SR 101 Costituzione federale della Confederazione Svizzera del 18 aprile 1999
Cost. Art. 46 Attuazione e esecuzione del diritto federale - 1 I Cantoni attuano il diritto federale secondo quanto previsto dalla Costituzione e dalla legge.
1    I Cantoni attuano il diritto federale secondo quanto previsto dalla Costituzione e dalla legge.
2    Per l'attuazione del diritto federale la Confederazione e i Cantoni possono concordare determinati obiettivi, nonché programmi cantonali sostenuti finanziariamente dalla Confederazione.11
3    La Confederazione lascia ai Cantoni la massima libertà d'azione possibile e tiene conto delle loro particolarità.12
Cst.
L'art. 75 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 75 - 1 Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
1    Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
2    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un determinato settore d'attività, va ridotta soltanto l'imposta precedente sulle spese di tale settore.
3    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono versati per coprire un disavanzo d'esercizio, l'imposta precedente va ridotta complessivamente in ragione del rapporto tra questi mezzi e la cifra d'affari complessiva, esclusa l'imposta sul valore aggiunto.
de l'ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RS 641.201) prévoit que si les éléments visés à l'art. 18 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
à c LTVA peuvent être imputés à un domaine d'activité déterminé, seul l'impôt préalable sur les dépenses pour ce domaine d'activité doit être réduit. Selon l'al. 3 de cette disposition, si les fonds éléments à l'art. 18 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
à c LTVA sont versés pour couvrir un déficit d'exploitation, l'impôt préalable doit être réduit globalement en fonction du rapport entre ces éléments et le chiffre d'affaires total, sans taxe sur la valeur ajoutée.

7.2.

7.2.1. Le Tribunal administratif fédéral a considéré que la compensation financière versée chaque année par les collectivités publiques étrangères devait être considérée comme des subventions au sens de l'art. 18 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
LTVA. En se référant à deux conventions entre ces entités publiques et D.________ SA conclues pour l'année civile 2017, il a ensuite retenu que les contributions des communes et du Département étranger de W.________ avaient profité à l'ensemble de l'activité de D.________ SA à l'étranger et en Suisse, et non pas uniquement à celle déployée sur les eaux étrangères car le déplacement des passagers sur le territoire lacustre étranger impliquait nécessairement qu'une partie du trajet fût effectuée sur les eaux suisses. Les subventions en cause couvraient ainsi le déficit de l'activité de D.________ SA dans sa totalité. Conformément à l'art. 75 al. 3
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 75 - 1 Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
1    Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
2    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un determinato settore d'attività, va ridotta soltanto l'imposta precedente sulle spese di tale settore.
3    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono versati per coprire un disavanzo d'esercizio, l'imposta precedente va ridotta complessivamente in ragione del rapporto tra questi mezzi e la cifra d'affari complessiva, esclusa l'imposta sul valore aggiunto.
OTVA, elles devaient donc entraîner une réduction de la déduction de l'impôt préalable dans la proportion existant entre le montant des subventions suisses et étrangères et le chiffre d'affaires total hors TVA de D.________ SA.

7.2.2. Sans remettre en cause - à juste titre - le fait que les contributions reçues de la part des collectivités étrangères constituent des subventions qui ne sont pas soumises à la TVA (cf. art. 18 al. 2 let. a
SR 641.20 Legge federale del 12 giugno 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Legge sull'IVA, LIVA) - Legge sull'IVA
LIVA Art. 18 Principio - 1 Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
1    Soggiacciono all'imposta sulle prestazioni eseguite sul territorio svizzero le prestazioni effettuate sul territorio svizzero da contribuenti dietro controprestazione; tali prestazioni sono imponibili nella misura in cui la presente legge non preveda eccezioni.
2    In mancanza di prestazione, non sono segnatamente considerati controprestazione:
a  i sussidi e gli altri contributi di diritto pubblico, anche se sono versati in virtù di un mandato di prestazioni o di un accordo di programma ai sensi dell'articolo 46 capoverso 2 della Costituzione federale;
b  i fondi provenienti esclusivamente da tasse turistiche di diritto pubblico e impiegati a favore della comunità, su incarico delle collettività pubbliche, dagli uffici turistici e dalle società di sviluppo turistico;
c  i contributi versati dai fondi cantonali di approvvigionamento idrico, di trattamento delle acque di scarico o di smaltimento dei rifiuti alle aziende di smaltimento dei rifiuti e alle aziende fornitrici d'acqua;
d  i doni;
e  i conferimenti alle imprese, in particolare i mutui senza interessi, i contributi di risanamento e le rinunce a crediti;
f  i dividendi e altre quote di utili;
g  i pagamenti compensativi dei costi versati agli attori economici di una branca da un'unità organizzativa, segnatamente da un fondo, in virtù di disposizioni legali o contrattuali;
h  gli importi versati per il deposito, segnatamente di imballaggi;
i  gli importi versati a titolo di risarcimento dei danni, riparazione morale e simili;
j  le indennità per attività svolte a titolo dipendente, quali gli onorari di membri di un consiglio di amministrazione o di un consiglio di fondazione, le indennità versate da autorità o il soldo;
k  i rimborsi, i contributi e gli aiuti finanziari ricevuti per la fornitura di beni all'estero esente dall'imposta in virtù dell'articolo 23 capoverso 2 numero 1;
l  gli emolumenti, i contributi o altri pagamenti ricevuti per attività sovrane.
LTVA), le recourant soutient que les montants qu'elle reçoit seraient uniquement affectés aux activités déployées sur le territoire étranger et donc aux seules activités menées par D.________ SA à l'étranger. On comprend que par son argumentation, le recourant reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé le droit fédéral et demande que soit appliqué à son cas l'art. 75 al. 2
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 75 - 1 Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
1    Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
2    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un determinato settore d'attività, va ridotta soltanto l'imposta precedente sulle spese di tale settore.
3    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono versati per coprire un disavanzo d'esercizio, l'imposta precedente va ridotta complessivamente in ragione del rapporto tra questi mezzi e la cifra d'affari complessiva, esclusa l'imposta sul valore aggiunto.
OTVA, en lieu et place de l'art. 75 al. 3
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 75 - 1 Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
1    Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
2    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un determinato settore d'attività, va ridotta soltanto l'imposta precedente sulle spese di tale settore.
3    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono versati per coprire un disavanzo d'esercizio, l'imposta precedente va ridotta complessivamente in ragione del rapporto tra questi mezzi e la cifra d'affari complessiva, esclusa l'imposta sul valore aggiunto.
OTVA.

7.3.

7.3.1. À titre liminaire, il y a lieu de retenir que les deux conventions relatives à l'année 2017, intitulées chacune "convention relative au dispositif d'aide aux passagers transportés par D.________ sur les liaisons régulières desservant un port étranger" signées entre D.________ SA et les collectivités publiques étrangères font mention dans leur préambule de la Décision 2012/21/UE du 20 décembre 2011 de la Commission européenne relative à l'application de l'article 106, paragraphe 2, du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne aux aides d'État sous forme de compensations de service public octroyées à certaines entreprises chargées de la gestion de services d'intérêt économique général (JO L 7 du 11 janvier 2012, p. 3; ci-après: la Décision de la Commission). De plus, la convention signée entre D.________ SA et le Département étranger de W.________, prévoit une contribution financière (art. 1
IR 0.631.252.913.693.3 Accordo del 15 giugno 2010 tra il Dipartimento federale delle finanze della Confederazione Svizzera e il Ministero federale delle finanze della Repubblica federale di Germania concernente l'istituzione di uffici a controlli nazionali abbinati al valico di confine di Rheinfelden-Autobahn (CH)/Rheinfelden-Autobahn (D)
D Art. 1 - 1. Presso il valico di confine di Rheinfelden-Autobahn (Svizzera)/Rheinfelden-Autobahn (Germania) sono istituiti, sul territorio della Confederazione Svizzera e su quello della Repubblica federale di Germania, uffici a controlli nazionali abbinati.
1    Presso il valico di confine di Rheinfelden-Autobahn (Svizzera)/Rheinfelden-Autobahn (Germania) sono istituiti, sul territorio della Confederazione Svizzera e su quello della Repubblica federale di Germania, uffici a controlli nazionali abbinati.
2    I controlli svizzeri e tedeschi vengono effettuati in questi uffici.
) "qui est basée sur l'offre de transport établie par D.________ SA [...] pour les liaisons F.________, G.________ et H.________ (art. 2
IR 0.631.252.913.693.3 Accordo del 15 giugno 2010 tra il Dipartimento federale delle finanze della Confederazione Svizzera e il Ministero federale delle finanze della Repubblica federale di Germania concernente l'istituzione di uffici a controlli nazionali abbinati al valico di confine di Rheinfelden-Autobahn (CH)/Rheinfelden-Autobahn (D)
D Art. 2 - 1. Sul territorio della Repubblica federale di Germania la zona comprende:
1    Sul territorio della Repubblica federale di Germania la zona comprende:
a  il tratto dell'autostrada A861 dal confine fino alla parte di territorio contemplata alla lettera b), corrispondente per lo più al ponte sul Reno di Rheinfelden, fino al chilometro 0,200 dell'autostrada;
b  l'intera area dell'impianto doganale a controlli nazionali abbinati delimitata:
c  i locali negli edifici di servizio dell'impianto doganale a controlli nazionali abbinati utilizzati in comune o riservati all'uso esclusivo degli agenti svizzeri;
d  il sentiero pedonale di collegamento lungo l'autostrada tra le parti dell'impianto situate sul territorio della Repubblica federale di Germania e su quello della Confederazione Svizzera.
2    Per i veicoli che devono essere ricondotti nella Confederazione Svizzera a partire dalla parte dell'impianto situata nella Repubblica federale di Germania, anche la corsia dell'autostrada A861 in direzione della Confederazione Svizzera fa parte della zona per la durata dell'impiego.
3    Sul territorio della Confederazione Svizzera la zona comprende:
a  la parte di territorio delimitata:
b  i locali negli edifici di servizio dell'impianto doganale a controlli nazionali abbinati utilizzati in comune o riservati all'uso esclusivo degli agenti tedeschi;
c  il sentiero pedonale di collegamento lungo il raccordo autostradale N3-A98 tra le parti dell'impianto situate sul territorio della Repubblica federale di Germania e su quello della Confederazione Svizzera.
4    Per i veicoli che devono essere ricondotti nella Repubblica federale di Germania a partire dalla parte dell'impianto situata nella Confederazione Svizzera, anche il raccordo verso la strada cantonale 292, la strada cantonale 292 tra le due isole spartitraffico nonché la rampa di accesso all'autostrada in direzione della Repubblica federale di Germania fanno parte della zona per la durata dell'impiego.
) et qu'en contrepartie de cet effort financier, D.________ SA s'engage à "assurer l'exploitation d'un service de transport public de passagers sur le lac E.________ sur les lignes définies à
l'art. 2" (art. 3). Ensuite, la convention signée avec... et... fait état d'un service régulier de transport lacustre d'intérêt général pour le transport des frontaliers à partir des ports de Z.________, Y.________ et X.________ et prévoit que "les obligations de service public clairement définies imposées par la partie étrangère en termes de desserte notamment sont génératrices d'un coût net pour D.________ en ce qui concerne les lignes en cause". L'art. 3
IR 0.732.012 Statuti del 20 dicembre 1957 dell'Agenzia dell'Organizzazione di Cooperazione e Sviluppo economici per l'energia nucleare (Decisione)
Decisione Art. 3 - Il Comitato direttivo è competente a trattare qualsiasi questione ricadente nell'ambito dell'Agenzia, alle condizioni derivanti dalle disposizioni qui appresso e dalle altre decisioni applicabili del Consiglio.
de la convention précise que le montant des fonds alloués l'ont été conformément à l'art. 5
IR 0.732.012 Statuti del 20 dicembre 1957 dell'Agenzia dell'Organizzazione di Cooperazione e Sviluppo economici per l'energia nucleare (Decisione)
Decisione Art. 5 - a. All'occorrenza l'Agenzia deve promuovere l'istituzione di imprese comuni nel campo della produzione e degli usi dell'energia nucleare a scopi pacifici, sforzandosi di garantire la partecipazione del massimo numero possibile di paesi.
de la Décision de la Commission en fonction des modalités de calcul du coût net compensable.
Selon l'art. 5
IR 0.732.012 Statuti del 20 dicembre 1957 dell'Agenzia dell'Organizzazione di Cooperazione e Sviluppo economici per l'energia nucleare (Decisione)
Decisione Art. 5 - a. All'occorrenza l'Agenzia deve promuovere l'istituzione di imprese comuni nel campo della produzione e degli usi dell'energia nucleare a scopi pacifici, sforzandosi di garantire la partecipazione del massimo numero possibile di paesi.
, par. 2 de la Décision de la commission, "le coût net peut être calculé sur la base de la différence entre les coûts tels que définis au paragraphe 3, et les recettes, telles que définies au paragraphe 4. Il peut également être calculé sur la base de la différence entre le coût net pour l'entreprise assurant l'obligation de service public et le coût net ou bénéfice de la même entreprise n'assurant pas l'obligation de service public".

7.3.2. En premier lieu, c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a constaté - sans arbitraire, contrairement à ce que prétend le recourant - que les contributions financières provenant de l'étranger ont permis de proposer à des voyageurs (frontaliers notamment) des trajets "par nature transfrontalière", de l'étranger en Suisse et inversement. En effet, les montants alloués par les collectivités publiques étrangères l'ont été par exemple en lien avec les liaisons F.________, G.________ et H.________. Les contributions financières concernaient donc des lignes lacustres transfrontalières entre la Suisse et l'étranger. De plus, les subventions prévues dans les conventions précitées ont été calculées selon la méthode prescrite par l'art. 5
IR 0.732.012 Statuti del 20 dicembre 1957 dell'Agenzia dell'Organizzazione di Cooperazione e Sviluppo economici per l'energia nucleare (Decisione)
Decisione Art. 5 - a. All'occorrenza l'Agenzia deve promuovere l'istituzione di imprese comuni nel campo della produzione e degli usi dell'energia nucleare a scopi pacifici, sforzandosi di garantire la partecipazione del massimo numero possibile di paesi.
par. 2 de la Décision de la commission. Par conséquent, les montants alloués par les collectivités publiques étrangères correspondent au coût net relatif aux lignes de transport lacustre en cause, soit la différence entre les coûts et les recettes pour celles-ci. Il en découle que les montants ainsi alloués ont profité à l'ensemble de l'activité de D.________ SA et non pas uniquement à celle déployée sur les eaux étrangères, comme le recourant le soutient en vain. Partant, l'instance
précédente a fait une application correcte de l'art. 75 al. 3
SR 641.201 Ordinanza del 27 novembre 2009 concernente l'imposta sul valore aggiunto (Ordinanza sull'IVA, OIVA) - Ordinanza sull'IVA
OIVA Art. 75 - 1 Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
1    Non va effettuata alcuna riduzione dell'imposta precedente se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un settore d'attività per il quale non è data l'imposta precedente o per il quale non sussiste alcun diritto alla deduzione dell'imposta precedente.
2    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono attribuibili a un determinato settore d'attività, va ridotta soltanto l'imposta precedente sulle spese di tale settore.
3    Se i mezzi di cui all'articolo 18 capoverso 2 lettere a-c LIVA sono versati per coprire un disavanzo d'esercizio, l'imposta precedente va ridotta complessivamente in ragione del rapporto tra questi mezzi e la cifra d'affari complessiva, esclusa l'imposta sul valore aggiunto.
OTVA en lien avec la réduction de la déduction de l'impôt préalable, puisque les montants litigieux visaient à couvrir un déficit d'exploitation (sur des lignes de navigation lacustre transfrontalières).
Le recours est par conséquent mal fondé sur ce point, étant précisé que le recourant ne conteste pas le calcul de la réduction de l'impôt préalable en instance fédérale.

8.
Vu ce qui précède, les conclusions du recourant sont entièrement mal fondées.

9. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 66 Onere e ripartizione delle spese giudiziarie - 1 Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
1    Di regola, le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Se le circostanze lo giustificano, il Tribunale federale può ripartirle in modo diverso o rinunciare ad addossarle alle parti.
2    In caso di desistenza o di transazione, il Tribunale federale può rinunciare in tutto o in parte a riscuotere le spese giudiziarie.
3    Le spese inutili sono pagate da chi le causa.
4    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non possono di regola essere addossate spese giudiziarie se, senza avere alcun interesse pecuniario, si rivolgono al Tribunale federale nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali o se le loro decisioni in siffatte controversie sono impugnate mediante ricorso.
5    Salvo diversa disposizione, le spese giudiziarie addossate congiuntamente a più persone sono da queste sostenute in parti eguali e con responsabilità solidale.
LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
et 3
SR 173.110 Legge del 17 giugno 2005 sul Tribunale federale (LTF) - Organizzazione giudiziaria
LTF Art. 68 Spese ripetibili - 1 Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
1    Nella sentenza il Tribunale federale determina se e in che misura le spese della parte vincente debbano essere sostenute da quella soccombente.
2    La parte soccombente è di regola tenuta a risarcire alla parte vincente, secondo la tariffa del Tribunale federale, tutte le spese necessarie causate dalla controversia.
3    Alla Confederazione, ai Cantoni, ai Comuni e alle organizzazioni incaricate di compiti di diritto pubblico non sono di regola accordate spese ripetibili se vincono una causa nell'esercizio delle loro attribuzioni ufficiali.
4    Si applica per analogia l'articolo 66 capoversi 3 e 5.
5    Il Tribunale federale conferma, annulla o modifica, a seconda dell'esito del procedimento, la decisione sulle spese ripetibili pronunciata dall'autorità inferiore. Può stabilire esso stesso l'importo di tali spese secondo la tariffa federale o cantonale applicabile o incaricarne l'autorità inferiore.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires de la procédure fédérale, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à charge du recourant.

3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lucerne, le 16 décembre 2024

Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Parrino

Le Greffier : Bürgisser