Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-1483/2006
{T 0/2}

Arrêt du 16 octobre 2007
Composition :
MM. les Juges Pascal Mollard (Président du Collège), Daniel Riedo et Thomas Stadelmann (Président de la Chambre)
Greffière: Mme Marie-Chantal May Canellas

X._______ SA, *******,
recourant,

contre

Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité intimée

concernant
TVA (OTVA); réduction du droit à la déduction de l'impôt préalable; subvention; période fiscale du 1er janvier 1996 au 31 décembre 2000.

Faits :
A. X._______ SA, qui exploite des installations de remontées mécaniques, est immatriculé au registre des contribuables TVA en qualité d'assujetti depuis le 1er janvier 1995.

Aux termes d'un contrat de prêt de droit public du 12 avril 1988, X._______ SA a bénéficié d'un prêt de la Confédération de Fr. 212'000.- fondé sur la loi fédérale sur l'aide en matière d'investissements dans les régions de montagne (LIM), pour la construction d'un téléski et l'aménagement de pistes. Selon un second contrat de prêt de droit public du 20 avril 1988, il a en outre obtenu du canton de Y._______, dans le même but, un prêt d'un montant équivalent, selon la loi cantonale d'application de la LIM. Ces deux prêts étaient exempts d'intérêt. Les aménagements liés à la mise en conformité d'une télécabine faisant partie de ces installations ont été financés par des prêts sans intérêt. Ainsi, par décision du 27 avril 1994, le Fonds d'équipement touristique du canton de Y._______ a octroyé au X._______ SA un prêt sans intérêt conditionnellement remboursable de Fr. 295'000.- au maximum, dont Fr. 293'496.30 ont été effectivement utilisés. La commune de Z._______, laquelle est actionnaire de la société anonyme précitée, lui a également consenti un prêt sans intérêt de Fr. 86'000.-. A dater du 31 décembre 1998, le Fonds d'équipement touristique ainsi que la commune de Z._______ ont fait abandon de leurs créances.
B. A la suite d'un contrôle sur place, l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC) a effectué une reprise fiscale portant sur la période du 1er trimestre 1996 au 4ème trimestre 2000, d'un montant total de Fr. 21'332.-, plus intérêt moratoire (selon le décompte complémentaire n° ******* du 11 janvier 2002). Cette reprise résultait notamment de la réduction de l'impôt préalable liée à l'absence d'intérêts sur les prêts LIM de la Confédération et du canton ainsi que sur ceux du Fonds d'équipement touristique et de la commune (point 3.4 du décompte complémentaire précité). Elle portait en outre sur diverses factures qui ne remplissaient pas les exigences posées par l'AFC pour la déduction de l'impôt préalable (point 3.2 du décompte complémentaire précité).

Certains points de ce décompte complémentaire ont été contestés par l'assujetti et le surplus en a été acquitté.

Sur le vu de documents complémentaires produits par l'assujetti, l'AFC s'est aperçue que les prêts concédés par le Fonds d'équipement touristique et par la commune de Z._______ n'avaient pas été remboursés en 1998, comme elle l'avait initialement retenu, mais qu'ils avaient fait l'objet d'abandons de créances; en conséquence, l'AFC a considéré ces montants comme des contributions de pouvoirs publics induisant une réduction de la déduction de l'impôt préalable supplémentaire pour l'année en question. En outre, elle a tenu compte, pour cette même année, du fait que ces prêts n'avaient pas été rémunérés par le versement d'intérêts, ce qui justifiait également une réduction de la déduction de l'impôt préalable.

Dès lors, par décision formelle du 5 juillet 2004, l'AFC a augmenté le montant de la reprise de Fr. 5'594.- par rapport au précédent décompte complémentaire; s'agissant de certaines des factures, pour lesquelles elle avait dans un premier temps refusé le droit à la déduction de l'impôt préalable, elle a en revanche admis les arguments de l'assujetti et réduit le montant de la reprise, qui a ainsi été fixée à Fr. 20'048.- (Fr. 21'332.- ./. Fr. 1'284.-), dont à déduire les versements de l'assujetti.
C. Le 3 septembre 2004, X._______ SA a formé réclamation contre cette décision, notamment quant à la réduction de la déduction de l'impôt préalable liée à la renonciation à percevoir des intérêts et à l'abandon de créance déjà évoqués. Il a expliqué que cet abandon était intervenu dans le contexte d'un assainissement. Il s'est également opposé à la reprise portant sur l'impôt préalable grevant une série de huit factures présentant certains vices formels ou matériels.

Par décision sur réclamation du 29 juin 2005, l'AFC a constaté que la décision entreprise était entrée en force à hauteur de Fr. 8'242.05, somme non contestée, et a rejeté la réclamation pour le surplus. Elle a dès lors confirmé la dette fiscale de Fr. 20'048.- sous déduction des versements déjà effectués et d'autres montants en faveur de l'assujetti résultant de décomptes d'impôt ultérieurs, le solde dû se montant dès lors à Fr. 9'109.85, plus intérêts moratoires.
D. Le 25 août 2005, X._______ SA (ci-après : le recourant) a formé recours contre cette décision auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC). Dans sa réponse du 22 septembre 2005, l'AFC a conclu au rejet du recours.

Le juge instructeur du Tribunal administratif fédéral, saisi du recours dès le 1er janvier 2007, a interpellé les parties le 8 février 2007 afin qu'elles s'expriment quant à l'application par analogie de l'arrêt du Tribunal fédéral du 9 août 2006 (ATF 132 II 353) au cas d'espèce. Le recourant a fait savoir le 21 février 2007 qu'il considérait que cet arrêt lui était pleinement applicable. Le 13 mars 2007, l'AFC a exprimé un avis contraire, sur la base d'un arrêt ultérieur du Tribunal fédéral. Le 19 avril 2007, le recourant a repris en substance ses précédents arguments et confirmé ses conclusions.

Le 30 août 2007, les parties ont été invitées à s'exprimer sur l'application à la présente cause des art. 15a et 45a OLTVA, ainsi que sur celle de la communication de l'AFC du 27 octobre 2006 concernant la nouvelle pratique du 30 juin 2006. L'AFC s'est déterminée à ce sujet le 6 septembre 2007 et le recourant ne s'est pas exprimé dans le délai imparti.

Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.
1.1 Conformément à l'art. 8 al. 1 des dispositions transitoires (disp. trans.) de l'ancienne constitution fédérale de 1874 (aCst.), respectivement à l'art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 196 - 1. Disposition transitoire ad art. 84 (Transit alpin)
1    La taxe sur la valeur ajoutée peut être perçue jusqu'à la fin de 2035.153
2    Pour garantir le financement de l'assurance-invalidité, le Conseil fédéral relève comme suit les taux de la taxe sur la valeur ajoutée, du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2017: ...
a  pour les camions et les véhicules articulés dont le tonnage
2bis    Le Conseil fédéral peut affecter les moyens visés à l'al. 2 jusqu'au 31 décembre 2018 au financement de l'infrastructure ferroviaire, et ensuite à la rémunération et au remboursement des avances faites au fonds visé à l'art. 87a, al. 2. Les moyens sont calculés conformément à l'art. 86, al. 2, let. e.142
2ter    Le taux visé à l'art. 86, al. 2, let. f, s'applique deux ans après l'entrée en vigueur de cette disposition. Avant cette échéance, il s'élève à 5 %.143
3    Le produit du relèvement prévu à l'al. 2 est entièrement affecté au Fonds de compensation de l'assurance-invalidité.154
4    Pour garantir le financement de l'infrastructure ferroviaire, le Conseil fédéral relève de 0,1 point les taux visés à l'art. 25 de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA155 à partir du 1er janvier 2018 et jusqu'au 31 décembre 2030 au plus tard, pour autant que le délai visé à l'al. 1 soit prolongé.156
5    Le produit du relèvement prévu à l'al. 4 est entièrement affecté au fonds visé à l'art. 87a.157
6    Le Conseil fédéral règle l'exécution. Il peut établir pour des catégories de véhicules spéciaux les montants prévus à l'al. 2, exempter de la redevance certains véhicules et établir, notamment pour les déplacements dans les zones frontalières, une réglementation particulière. Celle-ci ne doit pas privilégier les véhicules immatriculés à l'étranger au détriment des véhicules suisses. Le Conseil fédéral peut prévoir des amendes en cas d'infraction. Les cantons perçoivent la redevance pour les véhicules immatriculés en Suisse.
7    La perception de cette redevance peut être restreinte ou supprimée par une loi.
8    Le présent article a effet jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi du 19 décembre 1997 relative à une redevance sur le trafic des poids lourds139.
de la constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 dans sa version antérieure au 1er janvier 2007 (Cst, RO 99 2556), le Conseil fédéral était tenu d'édicter des dispositions d'exécution relatives à la TVA, qui devaient avoir effet jusqu'à l'entrée en vigueur d'une législation fédérale en la matière. Sur cette base, le Conseil fédéral a adopté le 22 juin 1994 l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA, RO 1994 258). Le 2 septembre 1999, le Parlement a accepté la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Cette dernière étant entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (cf. arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346), il en résulte que l'OTVA a été abrogée à partir de cette même date. Selon l'art. 93 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
LTVA, les dispositions abrogées ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables, sous réserve de l'art. 94
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
LTVA, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. Aux termes de l'art. 94 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
LTVA, le nouveau droit s'applique aux opérations effectuées dès son entrée en vigueur. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte exclusivement sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1996 au 31 décembre 2000.
1.2 Aux termes de l'art. 65
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 65 - 1 L'AFC est compétente en matière de détermination et de perception de l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et de l'impôt sur les acquisitions.
1    L'AFC est compétente en matière de détermination et de perception de l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et de l'impôt sur les acquisitions.
2    Elle arrête les décisions nécessaires à une détermination et à une perception de l'impôt conformes à la loi dans la mesure où ces décisions ne sont pas réservées expressément à une autre autorité.
3    Elle publie sans délai les nouvelles pratiques, excepté celles qui ont un caractère exclusivement interne.
4    Les actes de l'administration doivent être exécutés sans retard.
5    La charge administrative que la perception de l'impôt entraîne pour l'assujetti ne doit pas aller au-delà de ce qui est nécessaire à l'application de la présente loi.
LTVA (RO 2000 1300), en relation avec l'art. 71a al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (RO 1992 288), tous deux en vigueur jusqu'au 1er janvier 2007, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions, dans les trente jours suivant leur notification. Ces dispositions ont été abrogées par le ch. 52, respectivement par le ch. 10 de l'annexe à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), avec effet au 1er janvier 2007. Aux termes de l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cquater  du procureur général de la Confédération, en matière de rapports de travail des procureurs qu'il a nommés et du personnel du Ministère public de la Confédération;
cquinquies  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail de son secrétariat;
cter  de l'Autorité de surveillance du Ministère public de la Confédération, en matière de rapports de travail des membres du Ministère public de la Confédération élus par l'Assemblée fédérale (Chambres réunies);
d  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît désormais des recours contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Selon l'art. 53 al. 2
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 53 Dispositions transitoires - 1 La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
1    La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
2    Les recours qui sont pendants devant les commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements à l'entrée en vigueur de la présente loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ils sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure.
LTAF, les recours pendants devant les commissions fédérales de recours à l'entrée en vigueur de cette loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ces recours sont par ailleurs jugés sur la base du nouveau droit de procédure (art. 53 al. 2
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 53 Dispositions transitoires - 1 La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
1    La procédure de recours contre les décisions qui ont été rendues avant l'entrée en vigueur de la présente loi et qui, selon l'ancien droit, pouvaient faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral ou le Conseil fédéral est régie par l'ancien droit.
2    Les recours qui sont pendants devant les commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements à l'entrée en vigueur de la présente loi sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où celui-ci est compétent. Ils sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure.
in fine LTAF), c'est-à-dire par celle prévue par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).

En l'occurrence, le recours adressé à la Commission fédérale de recours en matière de contributions le 31 août 2005 est intervenu dans le délai légal de trente jours prescrit par l'art. 50 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50 - 1 Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA, compte tenu des féries (art. 22a
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 22a - 1 Les délais fixés en jours par la loi ou par l'autorité ne courent pas:
1    Les délais fixés en jours par la loi ou par l'autorité ne courent pas:
a  du 7e jour avant Pâques au 7e jour après Pâques inclusivement;
b  du 15 juillet au 15 août inclusivement;
c  du 18 décembre au 2 janvier inclusivement.
2    L'al. 1 n'est pas applicable dans les procédures concernant:
a  l'octroi de l'effet suspensif et d'autres mesures provisionnelles;
b  les marchés publics.61
PA). Interjeté auprès de la CRC, alors autorité de recours compétente, il a été transmis d'office par cette dernière au Tribunal administratif fédéral à compter du 1er janvier 2007. Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52 - 1 Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ou de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.3 Il convient dans un premier temps de préciser l'objet du litige. Bien qu'il s'agisse en réalité d'un problème de droit à la déduction de l'impôt préalable, l'objet du litige se scinde en réalité en deux parties, à savoir les conséquences fiscales de l'abandon de créances et de la renonciation à percevoir des intérêts (consid. 3 et 5.1 ci-après). A cela s'ajoute la problématique du droit à la déduction de l'impôt préalable résultant d'une série de huit factures qui ne rempliraient pas, d'après l'AFC, les conditions pour la déduction de l'impôt préalable (consid. 4 et 5.2 ci-après). Le recourant conteste en effet la réduction de la mise en compte de l'impôt préalable à laquelle l'AFC a procédé en raison de la franchise d'intérêts sur les prêts dont il a bénéficié et pour tenir compte de l'abandon de créances consenti par le Fonds d'équipement touristique du canton de Y._______ ainsi que la commune de Z._______. A la lecture du courrier du recourant au Tribunal administratif fédéral du 19 avril 2007, on pourrait s'interroger quant à une éventuelle volonté du recourant d'admettre la reprise relative à la remise d'intérêts sur deux des prêts cités. Toutefois, telle n'a pu être l'intention du recourant, qui a certes acquitté certains montants, au titre de la reprise fiscale, mais sans rapport aucun avec la problématique des dits intérêts.
2.
2.1 Selon l'art. 29
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'un des buts indiqués au 2ème alinéa (parmi lesquels figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire dans son décompte les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 28, pour des livraisons et des prestations de services. A titre de conditions matérielles et formelles, (1) seul un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (art. 29 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA); (2) cette déduction est possible uniquement pour les livraisons et prestations de services grevées de TVA qui lui ont été facturées par un autre assujetti (art. 29 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
et 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA); (3) les prestations doivent être affectées à un des buts limitativement énumérés à l'art. 29 al. 2
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
et 3
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA; (4) la déduction de l'impôt préalable est uniquement possible sur la base d'un justificatif, soit une facture remplissant certaines exigences formelles (art. 29 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
en relation avec l'art. 28
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA); (5) elle ne doit pas avoir été expressément proscrite (art. 30
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 30 Transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation - (art. 18, al. 2, LTVA)
1    La transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation en vertu de l'art. 18, al. 2, LTVA, notamment au sein de coopérations dans le domaine de la formation et de la recherche, n'est pas soumise à l'impôt.
2    La réduction de la déduction de l'impôt préalable conformément à l'art. 33, al. 2, LTVA est opérée auprès du dernier bénéficiaire.
OTVA). Seule l'affectation, même médiate, à des livraisons ou des prestations de services imposables permet ainsi de déduire l'impôt préalable. Il s'ensuit que l' « intrant » ne doit pas être affecté à des opérations hors du champ de l'impôt, des activités qui ne sont pas considérées comme des opérations, des activités privées ou des opérations exercées dans le cadre de la puissance publique (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.2 et 2A.348/2004 du 1er décembre 2004 consid. 3.2).
3.
3.1 Lorsqu'un flux d'argent provient d'une collectivité publique, il faut distinguer suivant qu'il s'agit d'une contre-prestation ou d'une subvention (consid. 3.1.1 et 3.1.2 ci-après).
3.1.1 Selon l'art. 8 al. 2 let. a ch. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 8 Égalité - 1 Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
1    Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
2    Nul ne doit subir de discrimination du fait notamment de son origine, de sa race, de son sexe, de son âge, de sa langue, de sa situation sociale, de son mode de vie, de ses convictions religieuses, philosophiques ou politiques ni du fait d'une déficience corporelle, mentale ou psychique.
3    L'homme et la femme sont égaux en droit. La loi pourvoit à l'égalité de droit et de fait, en particulier dans les domaines de la famille, de la formation et du travail. L'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale.
4    La loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées.
disp. trans. aCst. (art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 196 - 1. Disposition transitoire ad art. 84 (Transit alpin)
1    La taxe sur la valeur ajoutée peut être perçue jusqu'à la fin de 2035.153
2    Pour garantir le financement de l'assurance-invalidité, le Conseil fédéral relève comme suit les taux de la taxe sur la valeur ajoutée, du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2017: ...
a  pour les camions et les véhicules articulés dont le tonnage
2bis    Le Conseil fédéral peut affecter les moyens visés à l'al. 2 jusqu'au 31 décembre 2018 au financement de l'infrastructure ferroviaire, et ensuite à la rémunération et au remboursement des avances faites au fonds visé à l'art. 87a, al. 2. Les moyens sont calculés conformément à l'art. 86, al. 2, let. e.142
2ter    Le taux visé à l'art. 86, al. 2, let. f, s'applique deux ans après l'entrée en vigueur de cette disposition. Avant cette échéance, il s'élève à 5 %.143
3    Le produit du relèvement prévu à l'al. 2 est entièrement affecté au Fonds de compensation de l'assurance-invalidité.154
4    Pour garantir le financement de l'infrastructure ferroviaire, le Conseil fédéral relève de 0,1 point les taux visés à l'art. 25 de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA155 à partir du 1er janvier 2018 et jusqu'au 31 décembre 2030 au plus tard, pour autant que le délai visé à l'al. 1 soit prolongé.156
5    Le produit du relèvement prévu à l'al. 4 est entièrement affecté au fonds visé à l'art. 87a.157
6    Le Conseil fédéral règle l'exécution. Il peut établir pour des catégories de véhicules spéciaux les montants prévus à l'al. 2, exempter de la redevance certains véhicules et établir, notamment pour les déplacements dans les zones frontalières, une réglementation particulière. Celle-ci ne doit pas privilégier les véhicules immatriculés à l'étranger au détriment des véhicules suisses. Le Conseil fédéral peut prévoir des amendes en cas d'infraction. Les cantons perçoivent la redevance pour les véhicules immatriculés en Suisse.
7    La perception de cette redevance peut être restreinte ou supprimée par une loi.
8    Le présent article a effet jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi du 19 décembre 1997 relative à une redevance sur le trafic des poids lourds139.
let. a Cst., dans sa version antérieure au 1er janvier 2007), sont soumises à l'impôt les livraisons de biens et les prestations de services qu'une entreprise effectue à titre onéreux sur le territoire suisse. Pour qu'une opération entre dans le champ de la TVA, l'existence d'une contre-prestation est donc nécessaire (cf. décision de la CRC du 11 janvier 2000 in Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 64.80 consid. 3a/bb; Daniel Riedo, Von Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchstreuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, Berne 1999, ch. 6, p. 223 ss, en particulier ch. 6.4.2, p. 239 ss, cf. également la note de bas de page n° 211 p. 62). Seul l'échange de prestations permet de conclure à une opération imposable. En outre, l'existence d'un lien économique entre la prestation et la contre-prestation est indispensable. La prestation et la contre-prestation doivent être directement liées par le but même de l'opération réalisée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.1; ATF 126 II 443 consid. 6a et les réf. citées).

Il y a échange de prestations et donc caractère onéreux de l'opération au sens de la TVA, quand la somme versée, lors de l'octroi d'une (fausse) « subvention », l'est en fait au titre de contre-prestation pour une prestation de l'assujetti (bénéficiaire) à la collectivité publique. La condition est que la collectivité publique en retire une utilité directe de consommateur (cf. décision de la CRC 2004-220 du 7 avril 2006 consid. 4b/dd; décision de la CRC du 26 avril 2000 in TVA-Journal 3/2000, p. 129 ss, consid. 3b/bb; arrêts de la Cour de justice des Communautés européennes [CJCE] 1997 I 7407 ss [C-384/95] et 1996 I 979 [C-215/94]; Riedo, op. cit., p. 236). Il y a ainsi échange de prestations lorsque le versement correspond à une prestation bien précise et concrète de l'assujetti à la collectivité publique et que celle-ci en a un emploi direct, comme par exemple pour l'entretien des routes et le déblaiement de la neige auxquels un assujetti procède sur mandat d'une collectivité publique. Dans un tel cas, la prestation de l'assujetti décharge en effet la collectivité publique d'une tâche lui incombant (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.233/1997 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2003 II p. 256 consid. 9; arrêt du Tribunal fédéral 2A.166/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.3). S'agissant de prestations imposables, il n'y a pas lieu de réduire la mise en compte de l'impôt préalable.
3.1.2 Les subventions et autres contributions des pouvoirs publics (art. 26 al. 6 let. b
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 26 Prestations fournies à des personnes étroitement liées - (art. 18, al. 1, LTVA)
OTVA), au même titre que les dons ou les cadeaux (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 2.2), n'entrent pas dans le champ d'application de la TVA faute d'échange de prestations. Elles visent (uniquement) à inciter leur bénéficiaire à adopter une certaine attitude ou à effectuer certaines tâches dans un but d'intérêt public. Hormis le comportement attendu de leur bénéficiaire, ces montants sont alloués « gratuitement », c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur de la collectivité qui les verse (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.2, ATF 132 II 353 consid. 7.1; arrêts du Tribunal fédéral 2A.166/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.2, 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3, ATF 126 II 443 consid. 6c; décision de la CRC 2004-047 du 21 octobre 2005 consid. 2b). Selon le Tribunal fédéral, il en va généralement ainsi lorsque l'activité financée est d'intérêt public (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.166/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.3). Il en a jugé ainsi dans le cas de contributions de l'assurance-invalidité à l'exploitation d'un foyer et d'un atelier pour handicapés (ATF 126 II 443 consid. 7), ainsi que de contributions d'une commune à la création et à l'entretien d'une infrastructure touristique (chemins de randonnée, pistes de ski de fond, patinoires, centre de congrès), la promotion du tourisme n'étant pas seulement dans l'intérêt des entreprises de la branche, mais présentant aussi un intérêt public économique (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A 233/1997 consid. 5a et 9).

Une subvention peut également être accordée par renonciation entière ou partielle à une prestation que le bénéficiaire de la subvention doit à celui qui l'octroie (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.547/2002 du 26 mai 2004 consid. 2.3, confirmant la décision de la CRC 2001-119 et 120 du 8 octobre 2002 consid. 3b/ee; décision de la CRC 2002-087 du 28 octobre 2004 consid. 3). La renonciation d'une collectivité publique à percevoir des intérêts sur le prêt concédé à un assujetti peut donc - tout comme d'autres formes de soutien financier - être qualifiée de subvention, sur le plan de la TVA (cf. décision de la CRC 2002-087 du 28 octobre 2004 consid. 3; Fritz Gygi, Verwaltungsrecht, Berne 1986, p. 215).
Tant que l'assujetti reçoit des subventions ou d'autres contributions des pouvoirs publics, la déduction de l'impôt préalable doit être réduite proportionnellement (art. 30 al. 6
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 30 Transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation - (art. 18, al. 2, LTVA)
1    La transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation en vertu de l'art. 18, al. 2, LTVA, notamment au sein de coopérations dans le domaine de la formation et de la recherche, n'est pas soumise à l'impôt.
2    La réduction de la déduction de l'impôt préalable conformément à l'art. 33, al. 2, LTVA est opérée auprès du dernier bénéficiaire.
OTVA; ATF 2A.166/2005 du 8 mai 2006 consid. 4.2; ATF 126 II 443 consid. 6b; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 3.1), c'est-à-dire en proportion de l'ensemble du chiffre d'affaire de l'assujetti.
3.2 Si la collectivité publique en question est actionnaire de la société qui bénéficie du flux d'argent, il faut prendre en compte deux cas de figure supplémentaires (consid. 3.2.1 et 3.2.2 ci-après).
3.2.1 Le versement dont profite la société peut constituer un apport (fonds propres). Dans sa plus récente jurisprudence, le Tribunal fédéral, relevant au passage l'opinion de la doctrine suisse, selon laquelle il s'agirait d'activités ne relevant pas de la TVA, a renoncé à trancher la question de la qualification des apports à une société (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.2; arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.3). Il est en effet de toute manière clair que l'impôt préalable ne doit pas être réduit du fait de la réception d'apports, sauf sur les opérations en rapport direct avec ceux-ci (Dieter Metzger, Kurz-Kommentar zum MWStG, Muri/Berne 2000, n. 8 et 9 ad art. 38; Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, n. 450 ss). La réduction de l'impôt préalable se limite donc, en amont, aux « intrants » directement affectés aux apports en question (et non, en aval, aux biens et services acquis à l'aide des apports). En d'autres termes, sera seule proscrite la déduction de l'impôt préalable sur les livraisons de biens, respectivement les prestations de services utilisées pour réaliser l'opération d'apport (comme par exemple les prestations de conseil ou de services administratifs directement liés à l'apport; cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1 et 7.2; arrêts du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.3 et 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.4; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 3.2).
3.2.2 Il peut également s'agir d'un abandon de créance ou de la renonciation aux intérêts d'un prêt qu'un actionnaire opère au profit de sa société. Selon le Tribunal fédéral, les deux formes de financement des entreprises - sous la forme de fonds propres ou de fonds étrangers (provenant des actionnaires) - doivent bénéficier d'un traitement identique afin de garantir leur neutralité sur le plan de la TVA. Dans ce domaine, une société doit en effet pouvoir choisir entre un financement au moyen de fonds propres ou par emprunt, provenant de son ou de ses actionnaires directs, sans que des conséquences fiscales différentes n'influencent ce choix. Il s'ensuit que l'abandon de créance et la renonciation aux intérêts dus, de la part des actionnaires, bénéficient d'un traitement fiscal identique aux apports (de fonds propres) sur le plan de la TVA. Il s'agit en effet d'opérations de financement, ou de refinancement par l'actionnaire, de même nature que la libération de la valeur nominale des actions, le versement d'un agio, des prestations à fonds perdu ou des versements supplémentaires (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.4). Comme pour les fonds propres (cf. consid. 3.2.1 ci-avant), ils entraînent une réduction de la déduction de l'impôt préalable limitée aux prestations en relation directe avec eux, suivant le principe de l'affectation directe (et non une réduction proportionnelle de l'impôt préalable fondée sur l'art. 30 al. 6
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 30 Transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation - (art. 18, al. 2, LTVA)
1    La transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation en vertu de l'art. 18, al. 2, LTVA, notamment au sein de coopérations dans le domaine de la formation et de la recherche, n'est pas soumise à l'impôt.
2    La réduction de la déduction de l'impôt préalable conformément à l'art. 33, al. 2, LTVA est opérée auprès du dernier bénéficiaire.
OTVA, comme pour les dons et les subventions; cf. ATF 132 II 353 consid. 7.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 3.3).
3.2.3 L'hypothèse d'une subvention ou d'un don privé de l'actionnaire est donc en principe tenue en échec lorsque le flux d'argent provient d'un actionnaire. Ainsi que le Tribunal fédéral l'a justement exprimé, l'actionnaire n'est en principe pas bénévole et attend un avantage direct en retour des investissements consentis (cf. ATF 132 II 353 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 5.3). Le Tribunal fédéral a donc donné tort à l'AFC qui, se basant sur la notice n° 23, dans sa version révisée au 1er juillet 2003, défendait la thèse selon laquelle un apport n'est à traiter comme tel que dans la mesure où il est justifié commercialement, ce qui signifierait qu'au moment de son versement, on devait pouvoir partir du principe de la société pouvait atteindre une rentabilité appropriée. Un apport ne se transforme pas en don quel que soit son montant et les résultats de l'entreprise (cf. ATF 132 II 353 consid. 9.3). En principe, il faut donc retenir l'existence d'un « apport » de l'actionnaire, dont l'impact est moindre sur le plan de la déduction de l'impôt préalable, plutôt que d'un don (privé) ou d'une subvention (publique).
Si le critère de rentabilité de l'entreprise ne peut entrer en ligne de compte, ainsi qu'on l'a déjà vu, il demeure tout de même indispensable que l'actionnaire escompte un retour sur investissement, à défaut de quoi il y aura tout de même don (privé) ou subvention (publique). Ainsi, le financement que des collectivités publiques membres d'un organisme commun lui procurent représente un subventionnement lorsque ce dernier poursuit un but d'intérêt public, en exerçant une activité qui n'est généralement pas rentable. Le Tribunal fédéral en a jugé ainsi s'agissant d'une association de commune destinée à gérer des installations sportives mises à disposition des citoyens; le déficit d'exploitation annuel ainsi que les investissements étaient pris en charge par les dites communes; d'après les résultats de l'exploitation des dix dernières années, qui ne permettaient pas de retenir que la société était viable économiquement, il était clair que les communes n'attendaient aucun avantage direct en retour de leurs investissements mais tout au plus des avantages indirects (tourisme et impôts supplémentaires); dans ces conditions, les montants versés au groupement devaient être qualifiés de subventions et non d'apports (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 7.1). Cette situation est transposable aux dons privés. L'on se trouvera donc en présence d'un don et non d'un apport lorsque l'actionnaire ne peut réalistement attendre un retour sur investissement mais poursuit en fait un but tout autre qu'économique, comme un intérêt idéal; ainsi lorsqu'une société n'exerce pas une activité selon les libres lois du marché mais dépend durablement des contributions de son actionnaire; dans un cas tranché récemment par le Tribunal administratif fédéral, il s'agissait d'une société publiant un journal dont l'activité, à défaut d'être viable, est artificiellement maintenue grâce aux contributions annuelles systématiques de son actionnaire (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 4.2).
4.
4.1 Sur le plan des exigences formelles auxquelles est subordonné le droit à la déduction de l'impôt préalable, il faut souligner celle relative aux documents justificatifs destinés à permettre un contrôle rapide, simple et efficace de l'auto-taxation et à éviter les abus. Concrétisant l'art. 8 al. 2 let. h
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 8 Égalité - 1 Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
1    Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
2    Nul ne doit subir de discrimination du fait notamment de son origine, de sa race, de son sexe, de son âge, de sa langue, de sa situation sociale, de son mode de vie, de ses convictions religieuses, philosophiques ou politiques ni du fait d'une déficience corporelle, mentale ou psychique.
3    L'homme et la femme sont égaux en droit. La loi pourvoit à l'égalité de droit et de fait, en particulier dans les domaines de la famille, de la formation et du travail. L'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale.
4    La loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées.
disp. trans. aCst (art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 196 - 1. Disposition transitoire ad art. 84 (Transit alpin)
1    La taxe sur la valeur ajoutée peut être perçue jusqu'à la fin de 2035.153
2    Pour garantir le financement de l'assurance-invalidité, le Conseil fédéral relève comme suit les taux de la taxe sur la valeur ajoutée, du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2017: ...
a  pour les camions et les véhicules articulés dont le tonnage
2bis    Le Conseil fédéral peut affecter les moyens visés à l'al. 2 jusqu'au 31 décembre 2018 au financement de l'infrastructure ferroviaire, et ensuite à la rémunération et au remboursement des avances faites au fonds visé à l'art. 87a, al. 2. Les moyens sont calculés conformément à l'art. 86, al. 2, let. e.142
2ter    Le taux visé à l'art. 86, al. 2, let. f, s'applique deux ans après l'entrée en vigueur de cette disposition. Avant cette échéance, il s'élève à 5 %.143
3    Le produit du relèvement prévu à l'al. 2 est entièrement affecté au Fonds de compensation de l'assurance-invalidité.154
4    Pour garantir le financement de l'infrastructure ferroviaire, le Conseil fédéral relève de 0,1 point les taux visés à l'art. 25 de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA155 à partir du 1er janvier 2018 et jusqu'au 31 décembre 2030 au plus tard, pour autant que le délai visé à l'al. 1 soit prolongé.156
5    Le produit du relèvement prévu à l'al. 4 est entièrement affecté au fonds visé à l'art. 87a.157
6    Le Conseil fédéral règle l'exécution. Il peut établir pour des catégories de véhicules spéciaux les montants prévus à l'al. 2, exempter de la redevance certains véhicules et établir, notamment pour les déplacements dans les zones frontalières, une réglementation particulière. Celle-ci ne doit pas privilégier les véhicules immatriculés à l'étranger au détriment des véhicules suisses. Le Conseil fédéral peut prévoir des amendes en cas d'infraction. Les cantons perçoivent la redevance pour les véhicules immatriculés en Suisse.
7    La perception de cette redevance peut être restreinte ou supprimée par une loi.
8    Le présent article a effet jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi du 19 décembre 1997 relative à une redevance sur le trafic des poids lourds139.
let. h Cst., dans sa version antérieure au 1er janvier 2007), l'art. 29 al. 1 let. a
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 29 Subventions et autres contributions de droit public - (art. 18, al. 2, let. a, LTVA)
a  les aides financières au sens de l'art. 3, al. 1, de la loi du 5 octobre 1990 sur les subventions (LSu)32;
b  les indemnités au sens de l'art. 3, al. 2, let. a, LSu, dans la mesure où il n'y a pas de rapport de prestations;
c  les subsides en faveur de la recherche, dans la mesure où la collectivité n'a aucun droit exclusif sur les résultats de la recherche;
d  les fonds analogues à ceux des let. a à c versés sur la base du droit cantonal ou communal.
OTVA prévoit que ce droit est ouvert uniquement à celui qui dispose de justificatifs conformes à l'art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA prouvant l'impôt préalable dont il réclame la déduction. Les dits justificatifs doivent comporter le nom, l'adresse et le numéro d'immatriculation au registre des contribuables du prestataire (let. a), le nom et l'adresse du destinataire de la livraison ou de la prestation de services (let. b), la date ou la période de la livraison ou de la prestation de services (let. c), le genre, l'objet et l'importance de la livraison ou de la prestation de services (let. d), la contre-prestation pour la livraison ou la prestation de services (let. e), et le montant de l'impôt dû sur la contre-prestation, à moins que l'impôt ne soit inclus dans la contre-prestation, l'indication du taux de l'impôt étant alors suffisante (let. f). Les exigences précitées sont adéquates et entrent sans aucun doute dans le cadre de la compétence attribuée au Conseil fédéral par l'art. 8 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 8 Égalité - 1 Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
1    Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
2    Nul ne doit subir de discrimination du fait notamment de son origine, de sa race, de son sexe, de son âge, de sa langue, de sa situation sociale, de son mode de vie, de ses convictions religieuses, philosophiques ou politiques ni du fait d'une déficience corporelle, mentale ou psychique.
3    L'homme et la femme sont égaux en droit. La loi pourvoit à l'égalité de droit et de fait, en particulier dans les domaines de la famille, de la formation et du travail. L'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale.
4    La loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées.
disp. trans. aCst (art. 196 ch. 14 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 196 - 1. Disposition transitoire ad art. 84 (Transit alpin)
1    La taxe sur la valeur ajoutée peut être perçue jusqu'à la fin de 2035.153
2    Pour garantir le financement de l'assurance-invalidité, le Conseil fédéral relève comme suit les taux de la taxe sur la valeur ajoutée, du 1er janvier 2011 au 31 décembre 2017: ...
a  pour les camions et les véhicules articulés dont le tonnage
2bis    Le Conseil fédéral peut affecter les moyens visés à l'al. 2 jusqu'au 31 décembre 2018 au financement de l'infrastructure ferroviaire, et ensuite à la rémunération et au remboursement des avances faites au fonds visé à l'art. 87a, al. 2. Les moyens sont calculés conformément à l'art. 86, al. 2, let. e.142
2ter    Le taux visé à l'art. 86, al. 2, let. f, s'applique deux ans après l'entrée en vigueur de cette disposition. Avant cette échéance, il s'élève à 5 %.143
3    Le produit du relèvement prévu à l'al. 2 est entièrement affecté au Fonds de compensation de l'assurance-invalidité.154
4    Pour garantir le financement de l'infrastructure ferroviaire, le Conseil fédéral relève de 0,1 point les taux visés à l'art. 25 de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA155 à partir du 1er janvier 2018 et jusqu'au 31 décembre 2030 au plus tard, pour autant que le délai visé à l'al. 1 soit prolongé.156
5    Le produit du relèvement prévu à l'al. 4 est entièrement affecté au fonds visé à l'art. 87a.157
6    Le Conseil fédéral règle l'exécution. Il peut établir pour des catégories de véhicules spéciaux les montants prévus à l'al. 2, exempter de la redevance certains véhicules et établir, notamment pour les déplacements dans les zones frontalières, une réglementation particulière. Celle-ci ne doit pas privilégier les véhicules immatriculés à l'étranger au détriment des véhicules suisses. Le Conseil fédéral peut prévoir des amendes en cas d'infraction. Les cantons perçoivent la redevance pour les véhicules immatriculés en Suisse.
7    La perception de cette redevance peut être restreinte ou supprimée par une loi.
8    Le présent article a effet jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi du 19 décembre 1997 relative à une redevance sur le trafic des poids lourds139.
Cst., dans sa version antérieure au 1er janvier 2007), qui l'autorisent à édicter les dispositions d'exécution (cf. décision de la CRC 2004-202 du 6 septembre 2006 consid. 4a/bb; JAAC 67.23 consid. 5b, 65.84 consid. 4b).
4.2 Lorsqu'il apparaît à l'occasion d'un contrôle fiscal qu'une facture n'est pas conforme aux exigences de l'art. 28
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA, l'Administration fédérale donne la possibilité au destinataire de la prestation de régulariser la situation en lui adressant un formulaire 1310 (intitulé « Attestation du fournisseur de la prestation au bénéficiaire de la prestation afin de faire valoir la déduction ultérieure de l'impôt préalable, malgré une facturation formellement insuffisante », actuellement formulaire 1550) - à établir par le prestataire -, en vue d'obtenir tout de même la déduction de l'impôt préalable. Cette possibilité n'existe toutefois que si la facture est viciée par l'absence d'un ou de plusieurs des éléments suivants, qui sont considérés comme non-essentiels : numéro d'immatriculation du prestataire, date ou période de la livraison ou de la prestation de services, genre, objet et importance de la livraison ou de la prestation de services, taux de l'impôt (à la fois lorsque l'impôt est mentionné à part et lorsqu'il est inclus dans le prix) et, pour les factures établies en monnaie étrangère le taux de l'impôt ou le montant d'impôt en francs suisses (Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1337; arrêts du Tribunal fédéral 2A.399/2002 et 2A.406/2002 du 31 mars 2003, respectivement consid. 4.2.2 et 4.3; décision de la CRC 2000-135 du 25 mars 2002 consid. 4d/bb). En revanche, les noms et adresses du prestataire et du destinataire, ainsi que la contre-prestation et le montant de l'impôt dû (sauf lorsque le montant de l'impôt est inclus dans le prix) constituent des éléments essentiels dont le défaut d'indication sur les factures ne peut être régularisé (décision de la CRC 2000-135 du 25 mars 2002 consid. 4d/bb; décision de la CRC 2004-202 du 6 septembre 2006 consid. 4a/bb/bbb; décision de la CRC 2001-049 du 14 juin 2002 consid. 3, partiellement confirmée par le Tribunal fédéral dans un arrêt 2A.399/2002 du 31 mars 2003; Camenzind/Honauer/Vallender, loc. cit.). On évite de cette manière les abus, soit par exemple qu'un tiers, lequel n'est pas le destinataire de la prestation, réclame la déduction de l'impôt préalable sur la base d'une facture qui ne lui était pas adressée ou qu'un assujetti prétende à la déduction d'un impôt dont le montant n'est pas déterminé. Il a déjà été jugé que cette réglementation était appropriée et conforme aux dispositions constitutionnelles (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.537/2001 du 1er octobre 2002 consid. 3.2; décision de la CRC 2004-202 du 6 septembre 2006 consid. 4a/bb/ccc; JAAC 67.23 consid. 5d, 66.97 consid. 4d/dd) et il n'y a pas lieu pour le Tribunal de céans d'y revenir.
4.3
4.3.1 Il convient également de citer la novelle du 24 mai 2006 (RO 2006 2353) de l'ordonnance relative à la loi sur la TVA, laquelle comporte l'art. 45a, unique article de la section 14a intitulée « Traitement des vices de forme », et l'art. 15a, disposition unique de la section 7a intitulée « Facturation ». Cette novelle est entrée en vigueur le 1er juillet 2006. Toutefois, dans sa communication concernant la pratique du 27 octobre 2006 (Traitement des vices de forme, Introduction, en ligne sur le site internet de l'AFC www.estv.admin.ch/documentation/publications/taxe sur la valeur ajoutée/communications concernant la pratique/publiées en 2006), l'AFC a indiqué qu'elle n'appliquerait pas ces dispositions uniquement pour l'avenir mais également de manière rétroactive pour toutes les contestations pendantes au 1er juillet 2006 (Communication concernant la pratique, op. cit., Introduction in fine). Conformément à l'intention du Conseil fédéral (cf. communication du Département fédéral des finances du 24 mai 2006), la jurisprudence a déjà observé que ces nouvelles normes, qui mettent un frein à une application excessivement rigide des prescriptions formelles de la loi, s'appliquent également aux cas pendants, soit aussi bien ceux soumis à la LTVA que ceux régis par l'OTVA (cf. ATF 2C.263/2007 du 24 août 2007 consid. 4, plus réservé ATF 133 II 153 consid. 7.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A 1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 3.3, arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1365/2006 du 19 mars 2007 consid. 2.3, A 1352/2006 du 25 avril 2007 consid. 4, A 1437/2006 du 11 juin 2007 consid. 3.3 et les réf. citées).
4.3.2 De manière générale, l'art. 45a OLTVA dispose qu'un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou cette même ordonnance sur l'établissement de justificatifs. Le Tribunal de céans a déjà eu l'occasion de préciser - en relation avec le formalisme de la représentation directe - que l'art. 45a OLTVA est désormais de nature à entamer la rigueur du formalisme de l'AFC, imposant - dans ses Instructions - des documents qui ne sont pas prévus par la loi elle-même (art. 10
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 10 Prestations de services en matière d'informatique ou de télécommunications - (art. 10, al. 2, let. b, LTVA)
1    Sont réputés prestations de services en matière d'informatique ou de télécommunications notamment:
a  les services de radiodiffusion et de télédiffusion;
b  l'octroi de droits d'accès notamment aux réseaux de communication fixes ou mobiles et à la communication par satellite, ainsi qu'à d'autres réseaux d'informations;
c  la mise à disposition et la garantie des capacités de transmission de données;
d  la mise à disposition de sites web, l'hébergement web, la télémaintenance de programmes et d'équipements;
e  la mise à disposition et la mise à jour électroniques de logiciels;
f  la mise à disposition électronique d'images, de textes et d'informations ainsi que la mise à disposition de banques de données;
g  la mise à disposition électronique de musiques, de films et de jeux, jeux d'argent y compris.
2    Ne sont pas réputées prestations de services en matière d'informatique ou de télécommunications notamment:
a  la simple communication par fil, par radiocommunication, par un réseau optique ou par un autre système électromagnétique entre le fournisseur et le destinataire de la prestation;
b  les prestations de formation au sens de l'art. 21, al. 2, ch. 11, LTVA, sous forme interactive;
c  la simple mise à disposition d'installations ou de parties d'installations désignées précisément et destinées à l'usage exclusif du locataire pour la transmission de données.
OTVA). A l'évidence, ce formalisme outrancier n'est plus de mise (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1494/2006 du 21 septembre 2007 consid. 5.2.1; Christoph M. Meier / Ivo Pollini, Schweiz-EU : Unterschiede im MWST- und Zoll-Recht, in Revue fiscale 2007, n° 7-8, p. 559 ch. 4.9 in fine). En revanche, et comme le Tribunal de céans l'a également rappelé dans l'arrêt précité, il n'est pas concevable de prétendre que l'art. 45a OLTVA puisse primer, voire effacer la teneur des termes de la loi elle-même.
4.3.3 Selon l'art. 15a OLTVA, les factures et documents assimilés qui ne satisfont pas aux exigences de l'art. 37 al. 1 let. a
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 37 Décompte selon les méthodes des taux de la dette fiscale nette et des taux forfaitaires - 1 Tout assujetti dont le chiffre d'affaires annuel n'excède pas 5 024 000 francs provenant de prestations imposables et dont le montant d'impôt - calculé au taux de la dette fiscale nette déterminant pour lui - n'excède pas 108 000 francs pour la même période peut arrêter son décompte au moyen de la méthode des taux de la dette fiscale nette.77
1    Tout assujetti dont le chiffre d'affaires annuel n'excède pas 5 024 000 francs provenant de prestations imposables et dont le montant d'impôt - calculé au taux de la dette fiscale nette déterminant pour lui - n'excède pas 108 000 francs pour la même période peut arrêter son décompte au moyen de la méthode des taux de la dette fiscale nette.77
2    Lorsque le décompte est arrêté au moyen de la méthode des taux de la dette fiscale nette, l'assujetti détermine la créance fiscale en multipliant la somme des contre-prestations imposables (impôt inclus) réalisées au cours de la période de décompte par le taux de la dette fiscale nette autorisé par l'AFC.
3    Les taux de la dette fiscale nette tiennent compte des coefficients d'impôt préalable usuels dans la branche considérée. Ils sont fixés par l'AFC après consultation des associations des branches concernées.78
4    L'assujetti qui souhaite établir son décompte selon la méthode des taux de la dette fiscale nette doit en faire la demande à l'AFC et appliquer cette méthode pendant au moins une période fiscale. L'assujetti qui opte pour la méthode effective ne peut recourir à la méthode des taux de la dette fiscale nette qu'après une période d'au moins trois ans. Tout changement de méthode de décompte doit être opéré pour le début d'une période fiscale.
5    Les collectivités publiques et les institutions analogues, notamment les cliniques, les écoles privées, les entreprises de transport concessionnaires ou les associations et les fondations peuvent effectuer leurs décomptes selon la méthode des taux forfaitaires. Le Conseil fédéral règle les modalités.
et b LTVA (lequel a repris pour l'essentiel les exigences de l'art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA) concernant l'indication du nom et de l'adresse du fournisseur et du destinataire de la prestation sont néanmoins admis, à condition que les indications qui y figurent suffisent à « identifier formellement les personnes concernées ». Il demeure cependant essentiel, selon les termes de la loi et des dispositions d'exécution, que l'on puisse clairement identifier (« eindeutige Identifizierung ») le fournisseur ainsi que le destinataire, ce qui permet d'éviter les abus (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.109/2006 du 14 novembre 2006 consid. 2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 3.6.1). Par conséquent, le Tribunal fédéral a jugé que des documents assimilés à des factures, mentionnant non pas la raison sociale du destinataire (à savoir, dans le cas jugé, la société en nom collectif qui s'en prévalait pour déduire l'impôt préalable) telle qu'elle figurait au registre des assujettis TVA ou telle que l'intéressé avait le droit d'utiliser dans les transactions commerciales, mais un autre nom (à savoir celui d'un associé), ne donnaient pas droit à la déduction de l'impôt préalable. L'art. 15a OLTVA ne changeait rien à cet égard étant donné qu'il demeurait impératif d'identifier formellement le destinataire (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.109/2006 du 14 novembre 2006 consid. 2.4).
4.3.4
4.3.4.1 Sans trancher définitivement la question des rapports entre l'art. 15a OLTVA et l'art. 45a OLTVA, il convient de préciser que l'art. 15a OLTVA concerne uniquement les exigences relatives à l'indication, dans la facture, du nom et de l'adresse de l'assujetti et de l'acquéreur de la livraison ou de la prestation de services. Il est donc raisonnable de penser qu'il a une valeur de lex specialis par rapport à l'art. 45a OLTVA, cette dernière disposition demeurant pleinement applicable pour les autres prescriptions formelles auxquelles la facture doit souscrire (voir au surplus s'agissant du rapport entre l'art. 14 al. 2 OLTVA et l'art. 45a OLTVA arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1365/2006 du 19 mars 2007 consid. 4.3 et A-1466/2006 du 10 septembre 2007 consid. 4.5 in fine).
4.3.4.2 Au surplus, il faut souligner que ces deux normes sont certes envisageables lorsque l'on est en présence d'un simple vice de forme mais elles ne protègent aucunement le contribuable contre l'existence d'un véritable vice matériel ou l'absence de réalisation de conditions matérielles. La production de documents écrits (de factures au sens de l'art. 28 al. 1
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
et 3
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA) représente ainsi une condition matérielle du droit, seul le contenu des dits documents pouvant faire l'objet d'une appréciation moins rigoureuse sur la base des art. 15a et 45a OLTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 5.4; voir également, pour la distinction : Jacques Pittet, TVA-Responsabilité du fournisseur pour l'émission de factures, face à l'incertitude, la prudence est de mise, in L'Expert-comptable [EC] 1-2/2007, p. 128 ch. 3.2; Per Prod'hom/David Python, Les modifications de l'ordonnance relative à la LTVA, la fin des reprises pour vice de forme ? In MWST-Ein neuer Geist ? Zur Praxismitteilung der ESTV vom 31. Oktober 2006 « Behandlung von Formängeln », in EC 12/2006, p. 972 ch. 2). Par conséquent, l'absence de documents justificatifs requis pour faire valoir le droit à la déduction ne peut être tenu pour un vice formel, susceptible d'être guéri par le biais de l'art. 15a OLTVA ou de l'art. 45a OLTVA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1476/2006 et A-1492/2006 du 26 avril 2007 consid. 5.2.2, confirmés par l'arrêt du Tribunal fédéral 2C.263/2007 du 24 août 2007 consid. 5.2). L'art. 45a OLTVA n'intervient ainsi pas pour suppléer à l'absence de documents douaniers d'exportation (suisses) ou d'importation (étrangers), dès lors qu'il s'agit d'une condition matérielle pour qu'une exportation directe soit admise (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1480/2006 du 11 juillet 2007 consid. 2.4 et A-1455/2006 du 25 avril 2007 consid. 5.4).
5. En l'espèce, l'on examinera tout d'abord (cf. consid. 5.1 ci-après) si c'est à juste titre que l'AFC a réduit proportionnellement l'impôt préalable dont l'assujetti réclamait la déduction, en fonction des intérêts qu'il a été dispensé de payer sur les prêts de la Confédération, du canton de Y._______, du Fonds d'équipement touristique du canton de Y._______ et de la commune de Z._______ et de l'abandon de leur créance par ces deux dernières collectivités publiques en 1998. La reprise fiscale y relative se monte à Fr. 6'694.- (ch. 3.4 de l'annexe au décompte complémentaire n°238'528 [Fr. 1'100.-] et ch. 2 de l'annexe à l'avis de crédit n° 238'231 [Fr. 5'594.-]). Dans un deuxième temps (cf. consid. 5.2 ci-après), il sera question d'une série de huit factures totalisant Fr. 78'631.70, sur la base desquelles le recourant réclame la déduction de l'impôt préalable (Fr. 5'111.05).
5.1
5.1.1
5.1.1.1 S'agissant des intérêts auxquels ont renoncé la Confédération, le canton de Y._______ ainsi que le Fonds d'équipement touristique du canton de Y._______, sur les prêts octroyés au recourant, il pourrait s'agir soit d'une contre-prestation imposable soit d'une subvention. Or, le premier cas de figure n'est à l'évidence pas réalisé et aucune partie ne prétend d'ailleurs qu'il s'agirait-là de montants imposables. La renonciation à ces intérêts apparaît en effet comme « gratuite », c'est-à-dire sans contrepartie économique équivalente en faveur des collectivités publiques précitées. Il n'y a pas de prestation précise et concrète du recourant bénéficiaire aux collectivités publiques considérées, dont ces dernières auraient une utilité directe de consommateur. La décision du Fonds d'équipement touristique du canton de Y._______ du 27 avril 1994 est explicite quant aux motifs qui ont guidé le soutien financier, à savoir l'intérêt général pour le tourisme cantonal des installations de remontées mécaniques. Il est textuellement fait référence à l'importance pour la région du maintien de l'offre en cette matière et à « l'atteinte grave à l'économie touristique régionale et cantonale » qui résulterait de sa disparition. Ce document ne laisse pas entrevoir une quelconque contre-partie précise et concrète en faveur du fonds d'équipement précité.
5.1.1.2 On doit également en conclure que l'abandon de créance consenti par le Fonds d'équipement touristique au 31 décembre 1998 n'est pas non plus guidé par des motifs commerciaux et est assimilable à une subvention sur le plan de la TVA. On peut faire les mêmes remarques s'agissant du soutien financier octroyé par la Confédération, sur la base du contrat de prêt de droit public du 12 avril 1988, et par le canton de Y._______, sur la base d'un document similaire daté du 20 avril 1988. Ces deux documents se réfèrent à la loi fédérale du 21 mars 1997 sur l'aide aux investissements dans les régions de montagne (LIM, RS 901.1) et il est manifeste que seul l'intérêt public est visé (cf. art. 1 LIM). Il n'importe que l'avantage concédé (renonciation aux intérêts) ne prenne pas la forme d'un versement effectif, puisque la jurisprudence accorde le même poids à la renonciation entière ou partielle à une prestation que le bénéficiaire devrait à celui qui l'octroie (cf. les arrêts cités sous consid. 3.1.2 ci-avant). A cela s'ajoute que les prêts octroyés par la Confédération et le canton de Y._______ sont basés sur la LIM, laquelle ne laisse aucun doute quant au fait qu'il s'agit d'un avantage financier pensé et voulu par rapport aux conditions du marché et donc d'une forme possible de subventionnement (cf. art. 9 LIM « taux d'intérêt »). C'est donc à juste titre que l'AFC a réduit proportionnellement (selon l'art. 30 al. 6
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 30 Transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation - (art. 18, al. 2, LTVA)
1    La transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation en vertu de l'art. 18, al. 2, LTVA, notamment au sein de coopérations dans le domaine de la formation et de la recherche, n'est pas soumise à l'impôt.
2    La réduction de la déduction de l'impôt préalable conformément à l'art. 33, al. 2, LTVA est opérée auprès du dernier bénéficiaire.
OTVA) l'impôt préalable dont l'assujetti réclamait la déduction puisque ces montants sont assimilés à des subventions.
5.1.2
5.1.2.1 S'agissant en revanche de la commune de Z._______, son statut d'actionnaire de la société anonyme recourante impose d'examiner sous un angle différent la renonciation à percevoir les intérêts du prêt et l'abandon de créance auxquels elle a consenti. Au même titre que le canton de Y._______, la dite commune a renoncé à exiger des intérêts sur le prêt octroyé au recourant. Comme pour les autres collectivités publiques impliquées, il n'apparaît pas que cette renonciation s'inscrive dans un rapport d'échange avec une prestation précise et concrète du recourant, ce qui fait qu'on ne saurait parler de prestation imposable. Demeure l'hypothèse d'une subvention. Toutefois, en sa qualité d'actionnaire, la commune de Z._______ n'est pas mue par les mêmes considérations que les autres collectivités publiques impliquées. Au contraire de ces dernières, elle est intéressée financièrement à la société avantagée, de par son statut d'actionnaire, ce qui fait que ses versements ne peuvent être tenus pour bénévoles. Cette règle de principe a été clairement posée par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 9 août 2006 (ATF 132 II 359 consid. 5), ce qui relègue l'hypothèse de subventions (ou de dons privés de l'actionnaire) aux cas où l'activité de l'assujetti n'est généralement pas rentable de sorte que les actionnaires n'attendent aucun avantage direct en retour des investissements, mais tout au plus des avantages indirects (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.410/2006 du 18 janvier 2007 consid. 7.1) ou poursuivent en fait un but autre qu'économique, comme un intérêt idéal (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A 1345/2006 du 12 juin 2007 consid. 4.2). En l'occurrence, il ne résulte pas des pièces figurant au dossier que l'activité du recourant ne serait « généralement pas rentable » de sorte que la commune de Z._______ n'attendrait en définitive aucun avantage direct en retour de ses investissements. Certaines remarques figurant au rapport de révision du 7 mars 2002 (***), notamment celles relatives aux recettes et à la rentabilité estivale, laquelle serait éventuellement susceptible -selon les objectifs- de couvrir l'entier des charges fixes annuelles, ne laissent pas entrevoir que la société serait constamment déficitaire et dépendante de subsides pour exercer son activité, qui s'inscrirait ainsi en marge des règles du marché. Par ailleurs, on observe que l'aide de la Confédération et du canton se restreint à dispenser le recourant du paiement des intérêts sur les prêts octroyés, ce qui n'est pas assimilable à une prise en charge systématique d'un déficit d'exploitation qui serait pour ainsi dire planifiée au fil des années. Au demeurant, si le recourant n'est pas autorisé à verser de dividende à ses
actionnaires pendant la durée des prêts consentis par le Fonds d'équipement touristique du canton de Y._______, la Confédération ainsi que le canton de Y._______ (cf. ***), cette expectative des actionnaires renaît à l'issue des contrats de prêts, sans que l'échéance prévue n'en soit si lointaine qu'elle n'en paraisse illusoire. Rien ne permet dès lors d'écarter le principe posé par la Haute Cour dans son arrêt du 9 août 2006 (ATF 132 II 359 consid. 5) et de considérer la renonciation à percevoir des intérêts sur le prêt octroyé par la commune de Z._______ autrement que comme un financement de l'actionnaire assimilable à un apport sur le plan de la TVA.

Certes, on observe que le prêt octroyé l'a été parallèlement à celui du canton, lui-même fondé sur la loi du 20 septembre 1990 sur le tourisme du canton de Y._______, dont les buts (cf. art. 1) relèvent clairement de l'intérêt public. En outre, basé sur cette loi (art. 44), le règlement d'exécution du 12 mars 1991 (art. 62) prévoit que la commune intéressée est tenue de participer au financement de projets touristiques auxquels le fonds d'équipement cantonal prête son aide à concurrence d'un certain pourcentage. Cela étant, l'intérêt d'actionnaire de la commune visée n'est pas incompatible avec l'intérêt public poursuivi par cette loi. Le fait que ces deux intérêts convergent en l'espèce n'empêche pas que la commune peut espérer un retour sur son investissement, du fait qu'elle est actionnaire de la société concernée.

Enfin, le fait qu'il s'agisse en l'espèce d'une collectivité publique ne doit pas conduire à qualifier de subventions tous les avantages appréciables en argent qu'elle concède. Il serait réducteur de considérer qu'une collectivité publique ne peut interagir sur le marché des biens et des services au même titre qu'un privé. Si elle était mue par le seul intérêt public, l'acquisition d'actions d'une société anonyme n'aurait probablement pour elle guère d'utilité pratique. Il lui suffirait d'exiger par exemple que le bénéficiaire admette l'un de ses représentants au sein de son conseil d'administration, comme l'a d'ailleurs fait en l'espèce le fonds d'équipement touristique cantonal (cf. ***). Il faut donc en conclure qu'il s'agit en définitive d'un financement de l'entreprise par son actionnaire, sous la forme de la renonciation à percevoir les intérêts d'un prêt, cas de figure qui a été expressément évoqué par le Tribunal fédéral dans son arrêt précité du 9 août 2006 (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.4) et placé sur le même plan que la libération de la valeur nominale des actions, le versement d'un agio, les prestations à fonds perdu ou des versements supplémentaires de l'actionnaire.
5.1.2.2 Les mêmes considérations doivent prévaloir pour l'abandon de créance (remboursement du prêt octroyé) consenti par la commune de Z._______, valeur au 31 décembre 1998. Compte tenu de la qualité d'actionnaire de la dite commune, cet abandon de créance représente une forme de financement de l'entreprise et doit bénéficier d'un traitement fiscal identique aux apports sous forme de fonds propres, sur le plan de la TVA. L'abandon de créance est au surplus expressément cité par le Tribunal fédéral dans sa jurisprudence de principe, tranchant la question du financement d'une société par ses actionnaires au moyen de fonds propres et/ou de fonds étrangers (cf. ATF 132 II 353 consid. 6.4).
Il s'ensuit que, s'agissant de l'abandon de créance et de la renonciation à percevoir les intérêts sur le prêt octroyé par la commune de Z._______, l'impôt préalable ne doit pas être réduit proportionnellement, comme l'AFC le retient en se fondant sur l'art. 30 al. 6
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 30 Transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation - (art. 18, al. 2, LTVA)
1    La transmission de fonds ne faisant pas partie de la contre-prestation en vertu de l'art. 18, al. 2, LTVA, notamment au sein de coopérations dans le domaine de la formation et de la recherche, n'est pas soumise à l'impôt.
2    La réduction de la déduction de l'impôt préalable conformément à l'art. 33, al. 2, LTVA est opérée auprès du dernier bénéficiaire.
OTVA. La décision entreprise se révèle dès lors erronée et la cause doit être renvoyée à l'AFC afin qu'elle corrige le montant de la reprise en conséquence.
5.2 Il convient finalement de déterminer si le recourant est en droit de déduire l'impôt préalable (soit Fr. 5'111.05) résultant d'une série de huit factures totalisant Fr. 78'631.70.
5.2.1 Pour ce qui concerne les factures numérotées ci-après de 1 à 5, celles-ci ne sont pas adressées au recourant mais à des tiers, respectivement la commune de Z._______, l'office du tourisme de ******* et l'entreprise de construction ******* (cf. ***) :

1. 05.09.1995 *** adressée à commune de Z._______ Fr. 16'000.-
2. 08.02.1997 *** adressée à l'office du tourisme ** Fr. 629.15
3-4 09.04.1997 (2x) *** adressées à *** SA Fr. 5'668.95
5. 31.10.1996 *** adressée à *** SA Fr. 13'321.05

Au regard de l'art. 28 al. 1 let. b
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA, il est clair que le recourant n'est pas le destinataire des livraisons respectivement des prestations de services en question. Une régularisation par le biais d'une attestation du fournisseur de la prestation (formulaire 1310 ou 1550) n'entrerait pas en ligne de compte, car il s'agit-là d'un élément essentiel dont l'AFC n'admet pas, à bon droit, qu'il puisse être régularisé par ce biais (cf. consid. 4.2 ci-avant). On doit encore examiner si ce droit ne devrait pas néanmoins être ouvert au recourant, sur la base de l'art. 15a OLTVA. En effet, nonobstant le fait que cette disposition soit entrée en vigueur le 1er juillet 2006, l'AFC a indiqué qu'elle l'appliquerait également de manière rétroactive pour toutes les contestations pendantes au 1er juillet 2006, ce qui est précisément le cas (cf. consid. 4.3 ci-avant). Cette disposition atténue certes le formalisme instauré par l'AFC dans ses Instructions, mais elle exige que les indications figurant sur la facture suffisent « à identifier formellement les personnes (prestataire - destinataire) concernées ». Or, d'une part, les destinataires respectivement indiqués sur les documents litigieux n'ont rien à voir avec le recourant. D'autre part, aucun élément figurant sur les dits documents permet d'arriver à la conclusion que le destinataire de la facture n'est pas celui qui est indiqué dans l'en-tête ou dans le champ réservé à l'adresse, à savoir respectivement la commune de Z._______, l'office de tourisme de ******* et ******* SA. Rien ne permet par conséquent d'identifier formellement le recourant comme étant le destinataire des factures litigieuses, bien au contraire. Il s'ensuit que l'art. 15a OLTVA n'est d'aucun secours au recourant.

Quant à l'art. 45a OLTVA, il n'entre en principe pas en ligne de compte comme déjà vu ci-dessus (consid. 4.3.4.1 ci-avant), s'agissant d'un problème d'indication du nom et de l'adresse de l'acquéreur de la livraison ou de la prestation de service pour lequel s'applique l'art. 15a OLTVA. Même s'il en était différemment, le fait que les factures litigieuses mentionnent comme destinataire une toute autre personne que le recourant ne constitue manifestement pas un vice de forme, mais un vice matériel pour lequel l'art. 45a OLTVA serait de toute manière inopérant (cf. consid. 4.3.4.2 ci-avant). Il s'ensuit que c'est à bon droit que l'AFC a refusé au recourant le droit de déduire l'impôt préalable sur les factures numérotées ci-avant de 1 à 5, qui s'adressent à d'autres destinataires que le recourant.
5.2.2 La facture n° 6, adressée par *** au recourant le 10 novembre 1995, n'est plus litigieuse suite aux observations de l'AFC au Tribunal administratif fédéral du 6 septembre 2007. La reprise fiscale y relative doit être annulée.
5.2.3 Enfin, pour ce qui deux dernières factures (n° 7 et 8 ci-après), il leur manque tout à la fois le numéro d'immatriculation du prestataire ainsi que le taux de l'impôt. Ces factures mentionnent en fait uniquement « TVA incluse » ou « TVA comprise », sans indiquer le taux de l'impôt.

7. 31.12.1996 *** numéro TVA et taux manquent Fr. 723.-
8. 10.01.1997 ***SA numéro de TVA et taux manquent Fr. 33'890.55

Pour ce qui concerne le numéro d'immatriculation du prestataire, l'art. 45a OLTVA retrouve application dès lors qu'il ne s'agit pas d'un problème d'indication du nom et de l'adresse de l'assujetti et de l'acquéreur de la livraison ou de la prestation de services. Or, l'AFC a confirmé que, sous l'angle de l'art. 45a
SR 641.201 Ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA)
OTVA Art. 28 Détachement transfrontalier de collaborateurs dans le cadre d'un groupe d'entreprises - (art. 18 LTVA)
a  un employeur étranger détache un collaborateur dans un établissement appartenant au même groupe d'entreprises sur le territoire suisse ou un employeur domicilié sur le territoire suisse détache un collaborateur dans un établissement à l'étranger appartenant au même groupe d'entreprises;
b  le collaborateur fournit son travail à l'établissement en gardant toutefois son contrat de travail avec l'entreprise qui l'a détaché, et
c  le salaire, les charges sociales et les frais de l'employeur qui a détaché le collaborateur sont mis à la charge de l'établissement sans supplément.
OTVA, ce défaut ne justifiait pas à lui seul le refus de la mise en compte de l'impôt préalable (cf. observations de l'AFC au Tribunal administratif fédéral du 6 septembre 2007, p. 2).
S'agissant de l'omission relative au taux de l'impôt, il faut examiner ce problème sous deux angles, à savoir celui des formulaires 1310, respectivement 1550, et celui de l'art. 45a OLTVA. Force est de constater que l'AFC avait déjà assoupli son propre formalisme par le biais des formulaires 1310, respectivement 1550 (cf. consid. 4.1.3 ci-avant). En effet, l'omission du taux de l'impôt, lorsque l'impôt est inclus dans le prix, n'est pas considéré par l'AFC comme un élément essentiel (cf. consid. 4.2 ci-avant, en particulier décision de la CRC 2000-135 du 25 mars 2002 consid. 4d/bb), de sorte qu'il est possible au destinataire de régulariser des factures sur lesquelles cette indication a été omise par le biais des dits formulaires. Cette possibilité n'ayant pas été offerte au recourant, et pour des motifs tirés de l'égalité de traitement, il convient de renvoyer l'affaire à l'AFC afin qu'elle permette au recourant de produire une attestation du fournisseur sur le formulaire pertinent de manière à régulariser ces deux factures, puis le cas échéant qu'elle corrige la reprise fiscale au vu des attestations produites. Sous l'angle de l'art. 45a OLTVA, il n'est pas possible d'éviter ce renvoi et d'admettre purement et simplement la déduction de l'impôt préalable résultant de ces factures, dans la mesure où le recourant n'a pas prouvé que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect de cette prescription formelle, concernant l'indication du taux de l'impôt. Il existe en effet plusieurs taux d'impôt possibles et l'on ne sait pas lequel l'émetteur de la facture a appliqué.
6.
6.1 Partant, le recourant obtient gain de cause s'agissant de la réduction de la déduction de l'impôt préalable liée à la renonciation à percevoir des intérêts et à l'abandon de créance consentis par la commune de Z._______ (consid. 5.1.2 ci-avant), l'affaire étant renvoyée à l'AFC afin qu'elle corrige la reprise fiscale en conséquence. Il lui est également donné raison s'agissant de son droit de déduire l'impôt préalable résultant d'une facture (n° 6) que lui a adressée l'entreprise *** le 10 novembre 1995 (consid. 5.2.2 ci-avant). Enfin, l'affaire est renvoyée à l'AFC pour qu'elle donne la possibilité au recourant de régulariser deux des factures (n° 7 et 8) pour lesquelles elle avait initialement refusé la mise en compte de l'impôt préalable par le biais du formulaire 1310/1550 et qu'elle corrige la reprise fiscale en conséquence (consid. 5.2.3 ci-avant). Pour le surplus, le recours doit être rejeté et la reprise fiscale confirmée.
6.2 Conformément à l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63 - 1 En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours, sont mis dans le dispositif à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits.
6.3 En l'espèce, compte tenu du fait que le recourant obtient partiellement gain de cause, des frais de procédure réduits à Fr. 1'000.- seront mis à sa charge et le surplus, par rapport à l'avance de frais de Fr. 2'000.-, lui sera restitué dès l'entrée en force du présent arrêt. Par ailleurs, le recourant n'étant pas représenté et n'ayant pas pris de conclusion en ce sens, il n'y a pas lieu de lui allouer des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours formé par X._______ SA est partiellement admis et la décision de l'Administration fédérale des contributions du 29 juin 2005 partiellement annulée au sens des considérants, la cause étant renvoyée à l'Administration fédérale des contributions.
2. Les frais de procédure réduits à Fr. 1'000.-, comprenant l'émolument d'arrêté et les émoluments de chancellerie, sont mis à la charge du recourant et imputés sur l'avance de frais de Fr. 2'000.-, le surplus par Fr. 1'000.- lui étant remboursé dès l'entrée en force du présent prononcé.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué :
- au recourant (acte judiciaire)
- à l'autorité intimée (n° de réf. *******; acte judiciaire).

Le Président de la Chambre : La Greffière:

Thomas Stadelmann Marie-Chantal May Canellas
Voies de droit
Contre le présent arrêt, un recours en matière de droit public peut être adressé au Tribunal fédéral. Il doit être déposé dans les trente jours qui suivent la notification de l'expédition complète, accompagné de l'arrêt attaqué. Le mémoire de recours, rédigé dans une langue officielle, doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, soit, à son attention, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (cf. art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
, 48
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 48 Observation - 1 Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
1    Les mémoires doivent être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse.
2    En cas de transmission électronique, le moment déterminant pour l'observation d'un délai est celui où est établi l'accusé de réception qui confirme que la partie a accompli toutes les étapes nécessaires à la transmission.20
3    Le délai est également réputé observé si le mémoire est adressé en temps utile à l'autorité précédente ou à une autorité fédérale ou cantonale incompétente. Le mémoire doit alors être transmis sans délai au Tribunal fédéral.
4    Le délai pour le versement d'avances ou la fourniture de sûretés est observé si, avant son échéance, la somme due est versée à La Poste Suisse ou débitée en Suisse d'un compte postal ou bancaire en faveur du Tribunal fédéral.
, 54
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 54 - 1 La procédure est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée.
1    La procédure est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. Si les parties utilisent une autre langue officielle, celle-ci peut être adoptée.
2    Dans les procédures par voie d'action, il est tenu compte de la langue des parties s'il s'agit d'une langue officielle.
3    Si une partie a produit des pièces qui ne sont pas rédigées dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut, avec l'accord des autres parties, renoncer à exiger une traduction.
4    Si nécessaire, le Tribunal fédéral ordonne une traduction.
et 100
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
1    Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
2    Le délai de recours est de dix jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
b  les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
c  les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
d  les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
3    Le délai de recours est de cinq jours contre:
a  les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
b  les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
4    Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
5    En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
6    ...96
7    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
de la loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 [LTF], RS 173.110).
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