Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C 787/2012, 2C 788/2012

Urteil vom 15. Januar 2013
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Donzallaz, Kneubühler,
Gerichtsschreiber Wyssmann.

Verfahrensbeteiligte
X.________ Consulting AG,
vertreten durch SwissInterTax AG,
Beschwerdeführerin,

gegen

Kantonales Steueramt Zürich, Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich.

Gegenstand
2C 787/2012:
Staats- und Gemeindesteuer (01.11.2003-31.12.2004),
2C 788/2012:
Direkte Bundessteuer (01.11.2003-31.12.2004),

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Kammer, vom 23. Mai 2012.

Sachverhalt:

A.
Die X.________ Consulting AG (nachfolgend die Steuerpflichtige) wurde am 27. November 2003 mit einem Aktienkapital von Fr. 100'000.-- gegründet. Sie bezweckt die Erbringung von Dienstleistungen aller Art im Finanzbereich. Gründer waren A.Y.________ und seine Ehefrau B.Y.________. Das Aktienkapital wurde durch die Gründer bar liberiert.
A.Y.________ führte zuvor im gleichen Bereich die Einzelfirma Y.________ Consulting sowie - zusammen mit seiner Ehefrau - die Y.________ GmbH Im Zusammenhang mit der Neugründung wurde die Einzelfirma aufgelöst resp. in die Pflichtige überführt. Zudem brachten die Gründer sämtliche Stammanteile der Y.________ GmbH im Nennwert von Fr. 20'000.-- als Sacheinlage in die neu gegründete Gesellschaft ein, welche die Beteiligung mit Fr. 20'000.-- aktivierte.

B.
Am 16. Februar 2004 schloss die Steuerpflichtige mit der Z.________ AG und unter Beteiligung der Y.________ GmbH insgesamt drei Verträge ab:
Beim ersten Vertrag handelt es sich um einen "Kauf- und Abtretungsvertrag", mit dem die Steuerpflichtige 55 Prozent der Stammanteile an der Y.________ GmbH an die Z.________ AG veräusserte. Der Kaufpreis belief sich auf EUR 4'400'000.-- und enthielt einen Betrag von EUR 600'000.-- als Entschädigung für die Geschäftsführung durch die Steuerpflichtige bei der Y.________ GmbH bis zum 30. Juni 2008.
In einem zweiten Vertrag (bezeichnet als "Zusammenarbeitsvertrag") wurde die Zusammenarbeit zwischen der Steuerpflichtigen, der Z.________ AG und der Y.________ GmbH geregelt. Der Kaufpreis war innerhalb von vier Arbeitstagen nach rechtsgültiger Übertragung der Stammanteile durch Überweisung von je EUR 2'200'000.-- auf zwei Konti bei der Zürcher Kantonalbank (ZKB) zu begleichen. Eines der beiden Konti wurde als Escrow-Konto bezeichnet und diente als Sicherheit und Pfand für die Ansprüche der Käuferin aus dem Kauf- und Abtretungs- und aus dem Zusammenarbeits-Vertrag.
Einzelheiten zur Verpfändung des Kontoguthabens auf dem Escrow-Konto wurden in einem dritten, als "Spezieller Pfandvertrag" bezeichneten Vertrag geregelt.

C.
Für das erste vom 27. November 2003 bis 31. Dezember 2004 dauernde Geschäftsjahr reichte die Steuerpflichtige am 28. Juli 2005 die Steuererklärung unter Beilage der durch die damalige Revisionsstelle ausgefertigten Jahresrechnung 2003/2004 ein. Im Anhang zur Jahresrechnung wurde auf die Verpfändung des Aktivguthabens auf dem Escrow-Konto hingewiesen. In der Steuererklärung wurde der Reingewinn gemäss Geschäftsabschluss von Fr. 5'936'933.-- deklariert. Da die Steuerpflichtige gleichzeitig in Ziffer 6 der Steuererklärung (Rubrik Abzüge/Vorjahresverluste mit dem zusätzlichen Vermerk "Beteiligungsgewinn") den beim Verkauf der genannten GmbH-Beteiligung erzielten Kapitalgewinn von Fr. 5'974'380.-- in Abzug brachte, ergab sich aus der Deklaration per Saldo ein steuerbarer Gewinn von Fr. 0.--.
Am 6. Dezember 2005 reichte die Steuerpflichtige ein "Rektifikat" zur Steuererklärung 2004 ein. Darin deklarierte sie nunmehr einen Reingewinn von Fr. 2'546'680.-- und brachte sie (ebenfalls in der Ziffer 6 der Steuererklärung) einen Kapitalgewinn von Fr. 2'584'127.-- in Abzug, womit sich wiederum ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.-- ergab. Eine Erklärung für diese Änderung wurde nicht abgegeben. Jedoch lag der rektifizierten Steuererklärung ein Schreiben der A.________ Treuhand AG an die Steuerpflichtige bei, in welchem die Erstere als "designierte neue Kontrollstelle" die Vornahme von zwei Nachtragsbuchungen empfahl, und zwar die Ausbuchung des Escrow-Kontos zu Lasten des verbuchten Kapitalgewinns und eine Wertberichtigung auf Forderungen der Steuerpflichtigen gegenüber der Y.________ GmbH. Beigelegt wurde zudem ein Bilanzstatus per 31. Dezember 2004 nach Korrekturbuchungen. Eine revidierte Jahresrechnung im Sinn von Art. 662 Abs. 2
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 662
OR wurde nicht eingereicht. Einem der rektifizierten Steuererklärung beigelegten "Kauf- und Abtretungsvertrag/Aufhebungsvertrag" vom 31. Oktober 2005 zwischen der Steuerpflichtigen, der Z.________ AG und der Y.________ GmbH liess sich entnehmen, dass die mit den Verträgen vom 16. Februar 2004
vereinbarte Zusammenarbeit zwischen der Steuerpflichtigen und der Z.________ AG auf den 1. November 2005 aufgehoben worden war und die Steuerpflichtige von dieser die Stammeinlage von Fr. 11'000.-- (55 Prozent des Stammkapitals an der Y.________ GmbH) unter Verwendung des Escrow-Guthabens für EUR 1'450'000.-- zurückgekauft hatte.

D.
Mit Veranlagungsverfügung vom 2. Februar 2007 wurde die Steuerpflichtige für die Steuerperiode (Geschäftsjahr) vom 27. November 2003 bis 31. Dezember 2004 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 6'034'300.-- (Bund und Kanton) und einem steuerbaren Eigenkapital von Fr. 6'036'000.-- (Kanton) eingeschätzt. Die beantragten Bilanzkorrekturen lehnte das kantonale Steueramt Zürich (Veranlagungsbehörde) gestützt auf einen Bericht des steueramtlichen Revisors ab. Den Beteiligungsabzug für den Kapitalgewinn aus der Veräusserung der Stammanteile der Y.________ GmbH gewährte sie nicht, weil das gesetzliche Erfordernis der Mindesthaltedauer von einem Jahr nicht erfüllt sei.

E.
Die Steuerpflichtigen führten Einsprache ohne Erfolg. Rekurs und Beschwerde der Steuerpflichtigen wies die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich (heute: Steuergericht des Kantons Zürich) mit Entscheid vom 19. März 2008 ab. Die von der Steuerpflichtigen daraufhin erhobenen Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit zwei Entscheiden vom 17. Dezember 2008 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zu neuem Entscheid an das kantonale Steueramt zurück. Gemäss den Ausführungen des Verwaltungsgerichts war ungeklärt geblieben, ob die Beteiligung an der Y.________ GmbH sich im Privat- oder Geschäftsvermögen der Einzelfirma von A.Y.________ befunden habe und ob die Beteiligung im Rahmen einer steuerneutralen Umstrukturierung in die steuerpflichtige Gesellschaft eingebracht worden sei.

F.
Nach einer ergänzenden Untersuchung wies das Kantonale Steueramt Zürich die Einsprachen im zweiten Rechtsgang am 2. November 2010 erneut ab. Rekurs und Beschwerde blieben erfolglos (Entscheid des Steuergerichts des Kantons Zürich vom 18. Februar 2011). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde in zwei Entscheiden vom 23. Mai 2012 in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer ab.

G.
Gegen die beiden Entscheide des Zürcher Verwaltungsgerichts führt die X.________ Consulting AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, es sei der Gewinn auf Fr. 0.-- (Staats-, Gemeinde- und direkte Bundessteuer) und das steuerbare Kapital auf Fr. 3'378'000.-- (Staats- und Gemeindesteuern) festzusetzen.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit diese die direkte Bundessteuer betrifft.

Erwägungen:

1.
1.1 Die Beschwerdeführerin ficht die beiden Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich betreffend die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer in einer einzigen Beschwerdeeingabe an. Das ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen den beiden Steuerarten unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit diese angefochten sind und wie zu entscheiden ist (BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 264 f.; 131 II 553 E. 4.2). Das Bundesgericht seinerseits eröffnet grundsätzlich zwei Verfahren, wenn sowohl die kantonalen Steuern wie auch die direkte Bundessteuer streitig sind, um die Fälle aller Kantone einheitlich zu erfassen. Es behält sich aber vor, die beiden Verfahren zu vereinigen und nur ein Urteil zu fällen. Das rechtfertigt sich auch hier, nachdem es um den gleichen Steuersachverhalt geht, sich die gleichen Parteien gegenüberstehen, die Materie steuerlich harmonisiert ist und sich identische Rechtsfragen stellen (vgl. Urteil 2C 603/2012, 2C 604/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 1).

1.2 Die Beschwerde wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 100 Beschwerde gegen Entscheide - 1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
1    Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen.
2    Die Beschwerdefrist beträgt zehn Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen;
b  bei Entscheiden auf den Gebieten der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen und der internationalen Amtshilfe in Steuersachen;
c  bei Entscheiden über die Rückgabe eines Kindes nach dem Europäischen Übereinkommen vom 20. Mai 198089 über die Anerkennung und Vollstreckung von Entscheidungen über das Sorgerecht für Kinder und die Wiederherstellung des Sorgerechts oder nach dem Übereinkommen vom 25. Oktober 198090 über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführung;
d  bei Entscheiden des Bundespatentgerichts über die Erteilung einer Lizenz nach Artikel 40d des Patentgesetzes vom 25. Juni 195492.
3    Die Beschwerdefrist beträgt fünf Tage:
a  bei Entscheiden der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen im Rahmen der Wechselbetreibung;
b  bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen eidgenössische Abstimmungen.
4    Bei Entscheiden der Kantonsregierungen über Beschwerden gegen die Nationalratswahlen beträgt die Beschwerdefrist drei Tage.
5    Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte beginnt die Beschwerdefrist spätestens dann zu laufen, wenn in beiden Kantonen Entscheide getroffen worden sind, gegen welche beim Bundesgericht Beschwerde geführt werden kann.
6    ...93
7    Gegen das unrechtmässige Verweigern oder Verzögern eines Entscheids kann jederzeit Beschwerde geführt werden.
BGG) und Form (Art. 42
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 42 Rechtsschriften - 1 Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
1    Rechtsschriften sind in einer Amtssprache abzufassen und haben die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten.
2    In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt, so ist auszuführen, warum die jeweilige Voraussetzung erfüllt ist. 14 15
3    Die Urkunden, auf die sich die Partei als Beweismittel beruft, sind beizulegen, soweit die Partei sie in Händen hat; richtet sich die Rechtsschrift gegen einen Entscheid, so ist auch dieser beizulegen.
4    Bei elektronischer Einreichung muss die Rechtsschrift von der Partei oder ihrem Vertreter beziehungsweise ihrer Vertreterin mit einer qualifizierten elektronischen Signatur gemäss Bundesgesetz vom 18. März 201616 über die elektronische Signatur versehen werden. Das Bundesgericht bestimmt in einem Reglement:
a  das Format der Rechtsschrift und ihrer Beilagen;
b  die Art und Weise der Übermittlung;
c  die Voraussetzungen, unter denen bei technischen Problemen die Nachreichung von Dokumenten auf Papier verlangt werden kann.17
5    Fehlen die Unterschrift der Partei oder ihrer Vertretung, deren Vollmacht oder die vorgeschriebenen Beilagen oder ist die Vertretung nicht zugelassen, so wird eine angemessene Frist zur Behebung des Mangels angesetzt mit der Androhung, dass die Rechtsschrift sonst unbeachtet bleibt.
6    Unleserliche, ungebührliche, unverständliche, übermässig weitschweifige oder nicht in einer Amtssprache verfasste Rechtsschriften können in gleicher Weise zur Änderung zurückgewiesen werden.
7    Rechtsschriften, die auf querulatorischer oder rechtsmissbräuchlicher Prozessführung beruhen, sind unzulässig.
BGG) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
BGG) eingereicht und richtet sich gegen die Endentscheide (Art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
und Abs. 2 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
BGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.

1.3 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
und 96
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 96 Ausländisches Recht - Mit der Beschwerde kann gerügt werden:
a  ausländisches Recht sei nicht angewendet worden, wie es das schweizerische internationale Privatrecht vorschreibt;
b  das nach dem schweizerischen internationalen Privatrecht massgebende ausländische Recht sei nicht richtig angewendet worden, sofern der Entscheid keine vermögensrechtliche Sache betrifft.
BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
BGG). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen - ebenso wie Bundesrecht (Art. 95 lit. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG) - mit freier Kognition. In den Bereichen, in denen das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14]) den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C 705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).

1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde, soweit die Sachverhaltsfeststellungen nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 95 Schweizerisches Recht - Mit der Beschwerde kann die Verletzung gerügt werden von:
a  Bundesrecht;
b  Völkerrecht;
c  kantonalen verfassungsmässigen Rechten;
d  kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und über Volkswahlen und -abstimmungen;
e  interkantonalem Recht.
BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 97 Unrichtige Feststellung des Sachverhalts - 1 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
1    Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann.
2    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.86
, Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
und 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG). Es gilt im Wesentlichen das Willkürverbot (Art. 9
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 9 Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben - Jede Person hat Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden.
BV; BGE 133 II 249 E. 1.4.3).
Die Vorinstanz verweist in tatsächlicher Hinsicht weitgehend auf die Feststellungen des Steuerrekursgerichts und macht damit dessen Sachverhaltsfeststellungen zu seinen eigenen. Zu prüfen sind die von der Beschwerdeführerin erhobenen Sachverhaltsrügen daher auch auf dem Hintergrund des vom Steuerrekursgericht festgestellten Sachverhalts, wobei hierfür die Bindung des Bundesgerichts an die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz gemäss Art. 105 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
und 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 105 Massgebender Sachverhalt - 1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
1    Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat.
2    Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht.
3    Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so ist das Bundesgericht nicht an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gebunden.95
BGG ebenso gilt.
I. Direkte Bundessteuer

2.
Umstritten und zu prüfen ist zunächst, ob und in welchem Umfang die Beschwerdeführerin in ihrem ersten überjährigen Geschäftsjahr einen Kapitalgewinn aus der Veräusserung von 55 Prozent der Beteiligung an der Y.________ GmbH an die Z.________ AG erzielt hat und damit einhergehend die Frage der Bilanzkorrektur resp. einer Rückstellung.

2.1 Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht erneut geltend, diese Veräusserung bilde Teil eines aufschiebend bedingten Rechtsgeschäfts. Bei solchen Geschäften erfolge der Einkommenszufluss erst im Zeitpunkt, in dem der Schwebezustand wegfalle und feststehe, dass der Empfänger des fraglichen Einkommens diese ohne weitere Gegenleistung behalten darf. Die vorbehaltlose Verbuchung des gesamten Erlöses aus der Veräusserung von 55 Prozent der Stammanteile der Y.________ GmbH sei handelsrechtswidrig. Die Beschwerdeführerin hat daher sowohl in der Steuererklärung 2004 wie auch in der "rektifizierten" Steuererklärung 2004 einen Abzug "Beteiligungsgewinn" gemacht, womit sich jeweils ein steuerbarer Gewinn von Fr. 0.-- einstellte. Eine dementsprechend berichtigte Bilanz legte sie aber nie vor.

2.2 Gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) bildet der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags Ausgangspunkt für die Bestimmung des steuerbaren Reingewinns (Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die Steuerbilanz). Das Massgeblichkeitsprinzip gilt aber nur, wenn der Erfolgsausweis nicht unter Verletzung zwingender Bestimmungen des Handelsrechts zustande kam und sofern keine speziellen steuerrechtlichen Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (Urteil 2A.370/2004 vom 11. November 2005 E. 2.1, in: ASA 77 S. 257 ff., 260 f.; Urteil 2C 29/2012 vom 16. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 756 mit weiteren Hinweisen). Nach dem Massgeblichkeitsprinzip muss sich die steuerpflichtige Gesellschaft grundsätzlich bei der in ihren ordnungsgemäss geführten Büchern erscheinenden Darstellung der Vermögenslage des Jahresergebnisses behaften lassen. Wurden handelsrechtswidrige Ansätze gewählt, ist eine Korrektur bis zum Eintritt der Rechtskraft der Veranlagung zulässig (sog. Bilanzberichtigung; vgl. Urteile 2C 29/2012 vom 16. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 756; 2C 515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2, in:
StE 2011 B 23.41 Nr. 5; je mit weiteren Hinweisen; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil 2004, N. 15 ff. und 22 ff. zu Art. 58
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 58 Allgemeines - 1 Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
1    Der steuerbare Reingewinn setzt sich zusammen aus:
a  dem Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres;
b  allen vor Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden, wie insbesondere:
c  den der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträgen, mit Einschluss der Kapital-, Aufwertungs- und Liquidationsgewinne, vorbehältlich Artikel 64. ...133
2    Der steuerbare Reingewinn juristischer Personen, die keine Erfolgsrechnung erstellen, bestimmt sich sinngemäss nach Absatz 1.
3    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
DBG).

2.3 Die Beschwerdeführerin legt dar, das Vertragswerk mit der Z.________ AG, bestehend aus dem Kauf- und Abtretungsvertrag, dem Zusammenarbeitsvertrag und dem Speziellen Pfandvertrag, bilde ein unteilbares Ganzes und müsse einheitlich beurteilt werden. Die Würdigung des Gesamtkonstrukts ergäbe, dass die Z.________ AG die Beteiligung an der Y.________ GmbH nur unter der Bedingung gekauft habe, dass A.Y.________ während mindestens 4½ Jahren die Geschäftsführung der Y.________ GmbH besorge, wobei die Kaufpreisforderung (einschliesslich der Entschädigung für die Geschäftsführung durch die Beschwerdeführerin von EUR 600'000.--) EUR 4'400'000.-- betrage. Bis zu diesem Zeitpunkt sei das Rechtsgeschäft als aufschiebend bedingt zu betrachten und seien die im Pfandvertrag genannten jeweiligen Summen im Rahmen eines Escrow Account bei der ZKB sicherzustellen. Der Einkommenszufluss erfolge erst, wenn dieser Schwebezustand beseitigt sei und feststehe, dass der Empfänger das Einkommen ohne weitere Gegenleistung behalten könne. Die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt und daraus die falschen rechtlichen Schlüsse gezogen.

2.4 Das trifft offensichtlich nicht zu. Das Verwaltungsgericht und namentlich das Steuerrekursgericht, auf dessen Sachverhaltsfeststellungen und Erwägungen das Verwaltungsgericht zum Teil verweist (vorn E. 1.4), haben die Verträge eingehend analysiert. Es ist unbestritten, dass der Kaufpreis von EUR 4'400'000.-- (mit Ausnahme der EUR 600'000.-- für die Entschädigung der Geschäftsführung) für den Erwerb der Beteiligung geschuldet war. Dabei geht es aber nicht um ein aufschiebend (suspensiv) bedingtes Rechtsgeschäft, das erst mit dem Eintritt der Bedingung wirksam wurde (Art. 151
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 151 - 1 Ein Vertrag, dessen Verbindlichkeit vom Eintritte einer ungewissen Tatsache abhängig gemacht wird, ist als bedingt anzusehen.
1    Ein Vertrag, dessen Verbindlichkeit vom Eintritte einer ungewissen Tatsache abhängig gemacht wird, ist als bedingt anzusehen.
2    Für den Beginn der Wirkungen ist der Zeitpunkt massgebend, in dem die Bedingung in Erfüllung geht, sofern nicht auf eine andere Absicht der Parteien geschlossen werden muss.
OR), wie die Beschwerdeführerin geltend macht, sondern um ein von Anfang an wirksames Rechtsgeschäft mit Erfüllung der Leistungen Zug um Zug (vgl. Art. 82
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 82 - Wer bei einem zweiseitigen Vertrage den andern zur Erfüllung anhalten will, muss entweder bereits erfüllt haben oder die Erfüllung anbieten, es sei denn, dass er nach dem Inhalte oder der Natur des Vertrages erst später zu erfüllen hat.
, 184 Abs. 2
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 184 - 1 Durch den Kaufvertrag verpflichten sich der Verkäufer, dem Käufer den Kaufgegenstand zu übergeben und ihm das Eigentum daran zu verschaffen, und der Käufer, dem Verkäufer den Kaufpreis zu bezahlen.
1    Durch den Kaufvertrag verpflichten sich der Verkäufer, dem Käufer den Kaufgegenstand zu übergeben und ihm das Eigentum daran zu verschaffen, und der Käufer, dem Verkäufer den Kaufpreis zu bezahlen.
2    Sofern nicht Vereinbarung oder Übung entgegenstehen, sind Verkäufer und Käufer verpflichtet, ihre Leistungen gleichzeitig - Zug um Zug - zu erfüllen.
3    Der Preis ist genügend bestimmt, wenn er nach den Umständen bestimmbar ist.
OR). Gemäss dem Kauf- und Abtretungsvertrag vom 16. Februar 2004 war der Kaufpreis von EUR 4'400'000.-- "innerhalb von vier Arbeitstagen nach rechtsgültiger Übertragung des Stammanteils auf die Käuferin" zu begleichen. Weshalb mit Bezug auf den Kaufpreis von einem bedingten Anspruch gesprochen werden muss, ist daher unerfindlich. Aus diesem Vertrag ergibt sich nur, dass die Käuferin vom Kaufpreis den Betrag von EUR 2'200'000.-- auf das so genannte Escrow-Konto bei der ZKB, das als Sicherheit
für die Ansprüche der Käuferin aus dem Zusammenarbeitsvertrag an diese verpfändet war, einzuzahlen hatte. Die weiteren EUR 2'200'000.-- wurden auf ein gewöhnliches Konto bei der ZKB einbezahlt. Die Käuferin überwies die Beträge bereits am 19. Februar 2004, wie das Steuerrekursgericht für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat. Es deutet nichts darauf hin, dass die Zahlung des Kaufpreises aufgeschoben worden wäre.
Aus dem zwischen der Beschwerdeführerin und der Käuferin geschlossenen Zusammenarbeitsvertrag folgt nichts anderes. Darin wurde die Zusammenarbeit zwischen der Beschwerdeführerin und der Z.________ AG für 4½ Jahre festgelegt. Für den Fall, dass die Beschwerdeführerin die Geschäftsführertätigkeit vorzeitig beendet, hat sie der Z.________ AG eine Entschädigung zu bezahlen. Der Zusammenarbeitsvertrag sieht für die Berechnung der Entschädigung je nach Dauer der Tätigkeit abgestufte Beträge vor, beginnend mit EUR 3,5 Mio. (Januar 04-Dezember 04), EUR 1,7 Mio. (Januar 05-Juni 05), EUR 1,45 Mio. (Juli 05-Dezember 05) usw. Damit wurde jedoch keine aufschiebende Bedingung für den zu bezahlenden Kaufpreis vereinbart, sondern werden lediglich die Bedingungen für eine allfällige Rückabwicklung der Geschäftsbeziehungen im Falle des Scheiterns der Zusammenarbeit festgelegt, wie das Steuerrekursgericht willkürfrei festgestellt hat.
Zur Sicherung der etwaigen Schadenersatzansprüche der Käuferin diente das Escrow-Konto. Auf diesem war ein Teil des Kaufpreises zu hinterlegen, wobei halbjährlich ein Betrag von EUR 250'000.-- freigegeben wurde. Das Steuerrekursgericht und die Vorinstanz schlossen daraus, dass sich die Käuferin mit dem Escrow Account bei einem Scheitern der Zusammenarbeit schadlos halten will. Tatsächlich wurde die Zusammenarbeit per 1. November 2005 aufgehoben und bezahlte die Beschwerdeführerin der Z.________ AG die gemäss dem Zusammenarbeitsvertrag geschuldeten EUR 1,45 Mio. (Juli 05-Dezember 05) unter Verwendung des Guthabens auf dem Escrow-Konto. Auch das deutet nicht darauf hin, dass der auf dieses Konto einbezahlte Kaufpreis nur bedingt geschuldet gewesen wäre, wie die Vorinstanzen zu Recht dargelegt haben.
Nach dem Gesagten ist somit davon auszugehen, dass der Beschwerdeführerin mit der Bezahlung des Kaufpreises für die Beteiligung an der Y.________ GmbH durch die Z.________ AG auf insgesamt zwei Konti bei der ZKB ein Vermögenswert zugeflossen ist, der nach den handelsrechtlichen Grundsätzen entsprechend zu verbuchen war (Art. 663
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 663
und 959b
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 959b - 1 Die Erfolgsrechnung stellt die Ertragslage des Unternehmens während des Geschäftsjahres dar. Sie kann als Produktionserfolgsrechnung oder als Absatzerfolgsrechnung dargestellt werden.
1    Die Erfolgsrechnung stellt die Ertragslage des Unternehmens während des Geschäftsjahres dar. Sie kann als Produktionserfolgsrechnung oder als Absatzerfolgsrechnung dargestellt werden.
2    In der Produktionserfolgsrechnung (Gesamtkostenverfahren) müssen mindestens folgende Positionen je einzeln und in der vorgegebenen Reihenfolge ausgewiesen werden:
1  Nettoerlöse aus Lieferungen und Leistungen;
10  direkte Steuern;
11  Jahresgewinn oder Jahresverlust.
2  Bestandesänderungen an unfertigen und fertigen Erzeugnissen sowie an nicht fakturierten Dienstleistungen;
3  Materialaufwand;
4  Personalaufwand;
5  übriger betrieblicher Aufwand;
6  Abschreibungen und Wertberichtigungen auf Positionen des Anlagevermögens;
7  Finanzaufwand und Finanzertrag;
8  betriebsfremder Aufwand und betriebsfremder Ertrag;
9  ausserordentlicher, einmaliger oder periodenfremder Aufwand und Ertrag;
3    In der Absatzerfolgsrechnung (Umsatzkostenverfahren) müssen mindestens folgende Positionen je einzeln und in der vorgegebenen Reihenfolge ausgewiesen werden:
1  Nettoerlöse aus Lieferungen und Leistungen;
2  Anschaffungs- oder Herstellungskosten der verkauften Produkte und Leistungen;
3  Verwaltungsaufwand und Vertriebsaufwand;
4  Finanzaufwand und Finanzertrag;
5  betriebsfremder Aufwand und betriebsfremder Ertrag;
6  ausserordentlicher, einmaliger oder periodenfremder Aufwand und Ertrag;
7  direkte Steuern;
8  Jahresgewinn oder Jahresverlust.
4    Bei der Absatzerfolgsrechnung müssen im Anhang zudem der Personalaufwand sowie in einer Position Abschreibungen und Wertberichtigungen auf Positionen des Anlagevermögens ausgewiesen werden.
5    Weitere Positionen müssen in der Erfolgsrechnung oder im Anhang einzeln ausgewiesen werden, sofern dies für die Beurteilung der Ertragslage durch Dritte wesentlich oder aufgrund der Tätigkeit des Unternehmens üblich ist.
OR). Es liegt kein aufschiebend bedingtes Geschäft vor, wie die Beschwerdeführerin behauptet. In dieser Hinsicht hat das Verwaltungsgericht weder den gegenseitig übereinstimmenden Vertragswillen unhaltbar (willkürlich) festgestellt, noch die Vertragswirkungen in einer Bundesrecht verletzenden Weise beurteilt.

2.5 Zu prüfen bleibt der Einwand der Beschwerdeführerin, dass angesichts der vereinbarten Zusammenarbeit von 4½ Jahren eine Rückstellung mit entsprechender Passivierung vorzunehmen gewesen wäre, um so dem handelsrechtlichen Realisationsprinzip wie auch dem Grundsatz der zeitlichen Abgrenzung zu genügen.
Rückstellungen werden gebildet für Verluste oder für Verbindlichkeiten, die am Bilanzstichtag wahrscheinlich oder sicher, aber hinsichtlich ihrer Höhe noch unbestimmt sind (Boemle/Lutz, Der Jahresabschluss, 5. Aufl. 2008, S. 370; Conrad Meyer, Betriebswirtschaftliches Rechnungswesen, 3. Aufl. 2012, S. 28, 95, 260). Rückstellungen müssen gemäss Art. 669 Abs. 1
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 669
OR insbesondere vorgenommen werden, um ungewisse Verpflichtungen oder um drohende Verluste aus schwebenden Geschäften zu decken. Ungewisse Verpflichtungen sind solche, deren Bestand noch fraglich oder bei denen Höhe und Zeitpunkt der Fälligkeit noch unklar ist; mit der Rückstellung für drohende Verluste aus schwebenden Geschäften wird nach dem Imparitätsprinzip eine Verschlechterung im laufenden Geschäftsjahr berücksichtigt (Neuhaus/ Balkanyi, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 3. Aufl. 2008, N 18 f. zu Art. 669
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 669
OR; Boemle/Lutz, a.a.O., S. 130). Es ist aber nicht zulässig, eine Pauschalrückstellung für drohende Verluste aus allgemeinem Unternehmerrisiko zu bilden, weil damit eine fiktive Verpflichtung in die Bilanz aufgenommen würde (Botschaft über die Revision des Aktienrechts vom 23. Februar 1983, BBl 1983 II S. 893 ad Art. 669 E-OR; Peter Böckli, Schweizer
Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 8 Rz. 847 S. 1081).
Die Beschwerdeführerin hätte somit darzulegen, aufgrund welchen Ereignisses in der Vergangenheit am Bilanzstichtag ein Verlust drohte oder mit einer bezüglich Bestand, Höhe oder Fälligkeit ungewissen Verpflichtung zu rechnen war. Diesbezüglich enthält die Beschwerde keine Ausführungen. Allein die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin mit der Z.________ AG einen Zusammenarbeitsvertrag über 4½ Jahre schloss, lässt noch keine das übliche Geschäftsrisiko übersteigende, konkrete Verlustgefahr oder mögliche Verpflichtung erkennen.
Solches ergibt sich auch nicht aus dem Escrow Account. Wie das Steuerrekursgericht ausgeführt hat, wird unter diesem Begriff gemeinhin eine Sicherstellung von Leistungen oder anderen Geschäftsbeziehungen zwischen zwei Parteien durch eine Bank verstanden (s. auch Eidgenössische Steuerverwaltung, Branchenbroschüre Nr. 14 Finanzbereich, 2009, Ziff. 6.2.5, für die Mehrwertsteuer). Vorliegend diente das Escrow Account bei der ZKB der Absicherung allfälliger Ansprüche der Käuferin bei vorzeitiger Beendigung des Zusammenarbeitsvertrages (vorn E. 2.4). Allein damit ist nicht erwiesen, dass für die Beschwerdeführerin ein Rückstellungsbedarf bestand. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass aufgrund in der Vergangenheit liegender Verhältnisse am Bilanzstichtag mit einer vorzeitigen Beendigung der Zusammenarbeit zu rechnen war. Wie das Verwaltungsgericht zu Recht ausführt, wären Zahlungseingänge für noch nicht oder erst teilweise erbrachte Leistungen für die Dauer des Schwebezustandes am ehesten als Voraus- oder Anzahlungen zu passivieren, doch habe die Beschwerdeführerin im massgebenden Jahresabschluss in dieser Hinsicht keine Passivierung vorgenommen. Die Frage ist daher auch hier nicht zu prüfen.

2.6 Da somit die handelsrechtliche Notwendigkeit auch einer Rückstellung nicht ausgewiesen ist, hat die Vorinstanz eine Bilanzberichtigung zu Recht abgelehnt.

3.
Umstritten ist sodann, ob die Beschwerdeführerin auf dem Kapitalgewinn, den sie aus der Veräusserung der 55-prozentigen Beteiligung an der Y.________ GmbH erzielte, den Beteiligungsabzug gemäss Art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
/70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG beanspruchen kann.

3.1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften beteiligt oder macht ihre Beteiligung an solchem Kapital einen Verkehrswert von mindestens 2 Millionen Franken aus, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrags aus diesen Beteiligungen zum gesamten Reingewinn (Art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
DBG in der hier noch anwendbaren ursprünglichen Fassung). Es handelt sich um den sog. Beteiligungsabzug. Gemäss dem mit Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 über die Reform der Unternehmensbesteuerung 1997 (AS 1998 669) in Art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG neu eingefügten Absatz 4 geben auch Kapitalgewinne auf der Veräusserung von Beteiligungen Anspruch auf den Beteiligungsabzug. Dies aber nur:
"b. sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 20 Prozent des Grund- oder Stammkapitals der anderen Gesellschaft ausmacht und als solche während mindestens eines Jahres im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war".
Das Kantonale Steueramt und die Vorinstanzen haben vorliegend den Beteiligungsabzug auf der Veräusserung der Y.________ GmbH verweigert, weil die Beschwerdeführerin die Beteiligung nur rund drei Monate in ihrem Besitz hielt, das Erfordernis der Haltedauer mithin nicht erfüllt sei. Demgegenüber verlangt die Beschwerdeführerin, dass ihr die Besitzesdauer der Rechtsvorgängerin, das heisst der Personenunternehmung A.Y.________, angerechnet werde. Das ist im Folgenden zu prüfen.

3.2 Der Beteiligungsabzug gemäss Art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
/70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG bezweckt eine Milderung der Mehrfachbelastung, die entsteht, wenn Untergesellschaften, die ihren Reingewinn versteuert haben, diesen an eine Obergesellschaft ausschütten, welche ihren Reingewinn ebenfalls versteuert, bevor sie diesen ganz oder teilweise an ihren ebenfalls steuerpflichtigen Gesellschafter weiterleitet. Ohne den Beteiligungsabzug müssten Erträge aus Beteiligungen an Kapitalgesellschaften und Genossenschaften (mindestens) dreimal versteuert werden. Da die Gewinnsteuer "im Verhältnis des Nettoertrags aus den Beteiligungen zum gesamten Reingewinn" ermässigt wird (Art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
DBG), bleibt der Ertrag aus der Beteiligung im Ergebnis steuerfrei. Damit wird eine Reduktion der steuerlichen Mehrfachbelastung auf eine steuerliche Doppelbelastung angestrebt. Ziel ist die Beschränkung der Besteuerung auf den eigentlichen Unternehmensgewinn (auf operativer Ebene) und auf die Gewinnausschüttung beim Endbeteiligten (Aktionär) unter Freistellung der Dividenden bei den Zwischen- oder Beteiligungsgesellschaften (Urteile 2C 942/2011 vom 29. Mai 2012 E. 4.3.1, in: StE 2012 B 72.22 Nr. 17, StR 67/2012 S. 597; 2A.531/1997 vom 25. Februar 1999 E. 2b, in: ASA 69 S. 735, StE 1999 B 74.311 Nr. 2;
ausführlich: Marco Greter, Der Beteiligungsabzug im harmonisierten Gewinnsteuerrecht, 2000, S. 8 ff.; Locher, a.a.O., N. 1 ff, 6 ff. zu Art. 69
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
DBG; zum früheren Recht, s. Ernst Känzig, Die direkte Bundessteuer [Wehrsteuer], 2. Aufl. 1992, N. 1 ff. zu Art. 59
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 69 Ermässigung - Die Gewinnsteuer einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft ermässigt sich im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn, wenn die Gesellschaft oder Genossenschaft:
a  zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Gesellschaft beteiligt ist;
b  zu mindestens 10 Prozent am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt ist; oder
c  Beteiligungsrechte im Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hält.
BdBSt).

3.3 Mit der Reform der Unternehmensbesteuerung 1997 und der Aufnahme des neuen Absatzes 4 in Art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG ergibt sich diese Befreiung nunmehr auch für Kapitalgewinne aus Beteiligungen. Als Voraussetzung für den Beteiligungsabzug auf Kapitalgewinnen statuiert Art. 70 Abs. 4 lit. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG aber eine Haltedauer von mindestens einem Jahr. Das gesetzgeberische Motiv für die Einführung einer Mindesthaltedauer bestand darin, die Veräusserungsgewinne auf dem Handelsbestand von Wertschriftenhändlern von den Kapitalgewinnen abzugrenzen (Botschaft vom 26. März 1997 zur Unternehmenssteuerreform 1997, BBl 1997 II 1164 Ziff. 22 S. 1186, Ziff. 311 ad Art. 58a S. 1201; Locher, a.a.O., N. 14 zu Art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG). Der Gesetzeswortlaut ist allerdings allgemeiner formuliert und schliesst alle kurzfristig (innerhalb eines Jahres) erzielten Kapitalgewinne vom Beteiligungsabzug aus (vgl. Jürg Altorfer, Die Ausdehnung des Beteiligungsabzuges auf Kapitalgewinne aus wesentlichen Beteiligungen, in: ST 72/1998 S. 166 f.; Duss/Altorfer, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 25a zu Art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG). Wortlaut und Sinn des Gesetzes sind klar. Voraussetzung für den Beteiligungsabzug ist, dass die Beteiligung während mindestens eines Jahres
"im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft" war. Für eine berichtigende Auslegung des Gesetzes im Sinne einer Beschränkung der Mindesthaltedauer auf Handelsgewinne besteht keine Handhabe. Eine Regelungslücke im Sinne einer echten Gesetzeslücke liegt nicht vor (vgl. BGE 132 III 707 E. 2 S. 711; 131 II 562 E. 3.5 S. 567 f.; 128 I 34 E. 3b S. 42). Es verbiete sich daher, die Dauer des Besitzes der Personenunternehmung an der Beteiligung zur Besitzesdauer der Beschwerdeführerin hinzuzurechnen.

3.4 Die Beschwerdeführerin wendet ein, der Besitz im Sinne von Art. 70 Abs. 4 lit. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG werde in der Doktrin wirtschaftlich verstanden. In dieser Hinsicht sei vorliegend entscheidend, dass die fragliche Beteiligung an der Y.________ GmbH der Beschwerdeführerin im Rahmen einer Umstrukturierung - durch Umwandlung der Personenunternehmung in eine Aktiengesellschaft - steuerneutral zugeführt worden sei. Durch die Umwandlung sei es im Wesentlichen zu einem Rechtskleidwechsel gekommen, wobei sich in materieller Hinsicht - und damit auch an der wirtschaftlichen Berechtigung an der Y.________ GmbH - nichts geändert habe. Die Beschwerdeführerin erfülle damit offensichtlich die Voraussetzungen für den Beteiligungsabzug.
Unter dem Besitz im Sinne von Art. 70 Abs. 4 lit. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG wird in der Regel die wirtschaftliche Berechtigung verstanden (Duss/Altorfer, a.a.O., N. 29 zu Art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 23 zu Art. 70
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG). Das Erfordernis des Besitzes und der Besitzesdauer bezieht sich aber nach dem klaren Wortlaut des Gesetzes auf die "veräussernde Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft" und nicht auf deren Gesellschafter. Steuern und Abgaben müssen auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruhen, was auch für Steuerbefreiungen und -ermässigungen gilt. Die Beschwerdeführerin kann sich daher dem Vorbesitz ihres Aktionärs an der Y.________ GmbH nicht anrechnen lassen.
Hinzu kommen steuersystematische Überlegungen. Der Beteiligungsabzug bezweckt - wie gesehen (E. 3.2) - die Reduktion der Vielfachbelastung auf eine steuerliche Doppelbelastung. Demgegenüber besteht bei einer Personenunternehmung, die in ihrem Besitz die Beteiligung an einer Kapitalgesellschaft hält, von Anfang an nur eine steuerliche Doppelbelastung, indem der Reingewinn der Kapitalgesellschaft der Gewinnsteuer und die spätere Ausschüttung an den Inhaber der Personenunternehmung der Einkommenssteuer unterliegen. Wird eine solche Personenunternehmung in eine Kapitalgesellschaft eingebracht, kommt es daher zu einem Systemwechsel. Das schliesst es aus, dass der Kapitalgesellschaft der Vorbesitz des Aktionärs angerechnet wird. Daran vermag auch nichts zu ändern, dass vorliegend die Umstrukturierung mit Einbringung der Personenunternehmung A.Y.________ in die Beschwerdeführerin steuerneutral abgewickelt werden konnte, wie die Beschwerdeführerin geltend macht.
Seit dem 1. Januar 2009 wird die steuerliche Doppelbelastung bei der Einkommenssteuer bei qualifizierten Beteiligungen (10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals und mehr) sowohl im Geschäfts- wie auch im Privatvermögen (Art. 18b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 18b - 1 Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen sowie Gewinne aus der Veräusserung solcher Beteiligungsrechte sind nach Abzug des zurechenbaren Aufwandes im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.33
1    Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen sowie Gewinne aus der Veräusserung solcher Beteiligungsrechte sind nach Abzug des zurechenbaren Aufwandes im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.33
2    Die Teilbesteuerung auf Veräusserungsgewinnen wird nur gewährt, wenn die veräusserten Beteiligungsrechte mindestens ein Jahr im Eigentum der steuerpflichtigen Person oder des Personenunternehmens waren.
resp. Art. 20 Abs. 1bis
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 20 - 1 Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
1    Steuerbar sind die Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere:
a  Zinsen aus Guthaben, einschliesslich ausbezahlter Erträge aus rückkaufsfähigen Kapitalversicherungen mit Einmalprämie im Erlebensfall oder bei Rückkauf, ausser wenn diese Kapitalversicherungen der Vorsorge dienen. Als der Vorsorge dienend gilt die Auszahlung der Versicherungsleistung ab dem vollendeten 60. Altersjahr des Versicherten auf Grund eines mindestens fünfjährigen Vertragsverhältnisses, das vor Vollendung des 66. Altersjahres begründet wurde. In diesem Fall ist die Leistung steuerfrei;
b  Einkünfte aus der Veräusserung oder Rückzahlung von Obligationen mit überwiegender Einmalverzinsung (globalverzinsliche Obligationen, Diskont-Obligationen), die dem Inhaber anfallen;
c  Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.). Ein bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten im Sinne von Artikel 4a des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 196541 über die Verrechnungssteuer (VStG) an die Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft erzielter Liquidationsüberschuss gilt in dem Jahre als realisiert, in welchem die Verrechnungssteuerforderung entsteht (Art. 12 Abs. 1 und 1bis VStG); Absatz 1bis bleibt vorbehalten;
d  Einkünfte aus Vermietung, Verpachtung, Nutzniessung oder sonstiger Nutzung beweglicher Sachen oder nutzbarer Rechte;
e  Einkünfte aus Anteilen an kollektiven Kapitalanlagen, soweit die Gesamterträge die Erträge aus direktem Grundbesitz übersteigen;
f  Einkünfte aus immateriellen Gütern.
1bis    Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Aktien, Anteilen an Gesellschaften mit beschränkter Haftung, Genossenschaftsanteilen und Partizipationsscheinen (einschliesslich Gratisaktien, Gratisnennwerterhöhungen u. dgl.) sind im Umfang von 70 Prozent steuerbar, wenn diese Beteiligungsrechte mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft darstellen.43
2    Der Erlös aus Bezugsrechten gilt nicht als Vermögensertrag, sofern sie zum Privatvermögen des Steuerpflichtigen gehören.
3    Die Rückzahlung von Einlagen, Aufgeldern und Zuschüssen (Reserven aus Kapitaleinlagen), die von den Inhabern der Beteiligungsrechte nach dem 31. Dezember 1996 geleistet worden sind, wird gleich behandelt wie die Rückzahlung von Grund- oder Stammkapital. Absatz 4 bleibt vorbehalten.44
4    Schüttet eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, bei der Rückzahlung von Reserven aus Kapitaleinlagen nach Absatz 3 nicht mindestens im gleichen Umfang übrige Reserven aus, so ist die Rückzahlung im Umfang der halben Differenz zwischen der Rückzahlung und der Ausschüttung der übrigen Reserven steuerbar, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen, handelsrechtlich ausschüttungsfähigen übrigen Reserven.45
5    Absatz 4 ist nicht anwendbar auf Reserven aus Kapitaleinlagen:
a  die bei fusionsähnlichen Zusammenschlüssen durch Einbringen von Beteiligungs- und Mitgliedschaftsrechten an einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe c oder durch eine grenzüberschreitende Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe d nach dem 24. Februar 2008 entstanden sind;
b  die im Zeitpunkt einer grenzüberschreitenden Fusion oder Umstrukturierung nach Artikel 61 Absatz 1 Buchstabe b und Absatz 3 oder der Verlegung des Sitzes oder der tatsächlichen Verwaltung nach dem 24. Februar 2008 bereits in einer ausländischen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft vorhanden waren;
c  im Falle der Liquidation der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft.46
6    Die Absätze 4 und 5 gelten sinngemäss auch für Reserven aus Kapitaleinlagen, die für die Ausgabe von Gratisaktien oder für Gratisnennwerterhöhungen verwendet werden.47
7    Entspricht bei der Rückgabe von Beteiligungsrechten an einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, die an einer schweizerischen Börse kotiert ist, die Rückzahlung der Reserven aus Kapitaleinlagen nicht mindestens der Hälfte des erhaltenen Liquidationsüberschusses, so vermindert sich der steuerbare Anteil dieses Liquidationsüberschusses um die halbe Differenz zwischen diesem Anteil und der Rückzahlung, höchstens aber im Umfang der in der Gesellschaft vorhandenen Reserven aus Kapitaleinlagen, die auf diese Beteiligungsrechte entfallen.48
8    Absatz 3 gilt für Einlagen und Aufgelder, die während eines Kapitalbands nach den Artikeln 653s ff. des Obligationenrechts (OR)49 geleistet werden, nur soweit sie die Rückzahlungen von Reserven im Rahmen dieses Kapitalbands übersteigen.50
DBG in der Fassung des Bundesgesetzes vom 23. März 2007 über die Unternehmenssteuerreform II, AS 2008 2893) zwar nicht beseitigt, aber gemildert. In den Genuss dieser Steuererleichterung gelangen allenfalls die Aktionäre der Beschwerdeführerin. Diese Milderung der Besteuerung betrifft aber allein die Besteuerung des letzten Aktionärs als natürliche Person oder Personenunternehmer und nicht die Gewinnsteuer der juristischen Personen. Auch aus den seitherigen Gesetzesänderungen ergibt sich somit tendenziell nichts, was die Betrachtungsweise der Beschwerdeführer stützen könnte. Für eine Berücksichtigung der Haltedauer der Personenunternehmung A.Y.________ an der Y.________ GmbH bei der Beschwerdeführerin besteht somit kein Raum.

4.
Aus dem Gesagten folgt, dass die Beschwerde hinsichtlich der direkten Bundessteuer abzuweisen ist.
II. Staats- und Gemeindesteuern

5.
Art. 24
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG erwähnt den Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für die steuerliche Gewinnermittlung (vgl. vorn E. 2.2) nicht ausdrücklich, doch ist die Geltung des Grundsatzes, der in allen Kantonen angewendet wird und auch in § 64 Abs. 1 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) enthalten ist, für Art. 24
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG unumstritten. Ausgangspunkt für die Ermittlung des steuerbaren Reingewinns ist somit im kantonalen Steuerrecht - wie bei der direkten Bundessteuer - der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (vgl. Kuhn/Brülisauer, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, 2. Aufl. 2002, N. 9 zu Art. 24
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 8 zu § 64 StG/ZH; Urteil 2A.465/2006 vom 19. Januar 2007 E. 3.2, in: StE 2007 B 72.11 Nr. 15, StR 62/2007 S. 518, RDAF 2007 II 263). Bilanzkorrekturen sind folglich zulässig (und erforderlich), wo die Gesellschaft gegen zwingende Grundsätze ordnungsgemässer Buchführung verstossen und einen unrichtigen Gewinn ausgewiesen hat (vgl. vorn E. 2.2) sowie Richner et al., a.a.O., N. 93 zu § 64 StG/ZH). Die Bilanzkorrektur ist vorliegend kantonalsteuerlich somit nicht
anders zu beurteilen als für die direkte Bundessteuer.
Auch der Rückstellungsbegriff ist in Art. 10 Abs. 1 lit. b
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 10 Selbständige Erwerbstätigkeit - 1 Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen:
1    Als geschäfts- oder berufsmässig begründete Kosten werden namentlich abgezogen:
a  die ausgewiesenen Abschreibungen des Geschäftsvermögens;
b  die Rückstellungen für Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist, oder für unmittelbar drohende Verlustrisiken;
c  die eingetretenen und verbuchten Verluste auf dem Geschäftsvermögen;
d  die Zuwendungen an Vorsorgeeinrichtungen zugunsten des eigenen Personals, sofern jede zweckwidrige Verwendung ausgeschlossen ist;
e  Zinsen auf Geschäftsschulden sowie Zinsen, die auf Beteiligungen nach Artikel 8 Absatz 2 entfallen;
f  die Kosten der berufsorientierten Aus- und Weiterbildung, einschliesslich Umschulungskosten, des eigenen Personals;
g  gewinnabschöpfende Sanktionen, soweit sie keinen Strafzweck haben.
1bis    Nicht abziehbar sind insbesondere:
a  Zahlungen von Bestechungsgeldern im Sinne des schweizerischen Strafrechts;
b  Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten oder als Gegenleistung für die Begehung von Straftaten;
c  Bussen und Geldstrafen;
d  finanzielle Verwaltungssanktionen, soweit sie einen Strafzweck haben.74
1ter    Sind Sanktionen nach Absatz 1bis Buchstaben c und d von einer ausländischen Straf- oder Verwaltungsbehörde verhängt worden, so sind sie abziehbar, wenn:
a  die Sanktion gegen den schweizerischen Ordre public verstösst; oder
b  die steuerpflichtige Person glaubhaft darlegt, dass sie alles Zumutbare unternommen hat, um sich rechtskonform zu verhalten.75
2    Verluste aus den sieben der Steuerperiode (Art. 15) vorangegangenen Geschäftsjahren können abgezogen werden, soweit sie bei der Berechnung des steuerbaren Einkommens dieser Jahre nicht berücksichtigt werden konnten.76
3    Mit Leistungen Dritter, die zum Ausgleich einer Unterbilanz im Rahmen einer Sanierung erbracht werden, können auch Verluste verrechnet werden, die in früheren Geschäftsjahren entstanden und noch nicht mit Einkommen verrechnet werden konnten.
4    Die Absätze 2 und 3 gelten auch bei Verlegung des steuerrechtlichen Wohnsitzes oder des Geschäftsortes innerhalb der Schweiz.77
StHG (in Verb. mit Art. 24 Abs. 4
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 24 Allgemeines - 1 Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
1    Der Gewinnsteuer unterliegt der gesamte Reingewinn. Dazu gehören auch:
a  der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand;
b  die der Erfolgsrechnung nicht gutgeschriebenen Erträge, Kapital-, Liquidations- und Aufwertungsgewinne;
c  die Zinsen auf verdecktem Eigenkapital (Art. 29a).
2    Kein steuerbarer Gewinn entsteht durch:
a  Kapitaleinlagen von Mitgliedern von Kapitalgesellschaften und Genossenschaften einschliesslich Aufgelder und Leistungen à fonds perdu:
b  Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen andern Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden;
c  Kapitalzuwachs aus Erbschaft, Vermächtnis oder Schenkung.
3    Stille Reserven einer juristischen Person werden bei Umstrukturierungen, insbesondere im Fall der Fusion, Spaltung oder Umwandlung, nicht besteuert, soweit die Steuerpflicht in der Schweiz fortbesteht und die bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werte übernommen werden:
a  bei der Umwandlung in eine Personenunternehmung oder in eine andere juristische Person;
b  bei der Auf- oder Abspaltung einer juristischen Person, sofern ein oder mehrere Betriebe oder Teilbetriebe übertragen werden und soweit die nach der Spaltung bestehenden juristischen Personen einen Betrieb oder Teilbetrieb weiterführen;
c  beim Austausch von Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechten anlässlich von Umstrukturierungen oder von fusionsähnlichen Zusammenschlüssen;
d  bei der Übertragung von Betrieben oder Teilbetrieben, sowie von Gegenständen des betrieblichen Anlagevermögens auf eine inländische Tochtergesellschaft. Als Tochtergesellschaft gilt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, an der die übertragende Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital beteiligt ist.109
3bis    Überträgt eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft eine Beteiligung auf eine ausländische Konzerngesellschaft, so wird für die Differenz zwischen dem Gewinnsteuerwert und dem Verkehrswert der Beteiligung die Besteuerung aufgeschoben.110 Der Steueraufschub entfällt, wenn die übertragene Beteiligung an einen konzernfremden Dritten veräussert wird, wenn die Gesellschaft, deren Beteiligungsrechte übertragen wurden, ihre Aktiven und Passiven in wesentlichem Umfang veräussert oder wenn sie liquidiert wird.111
3ter    Bei einer Übertragung auf eine Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert, soweit während den der Umstrukturierung nachfolgenden fünf Jahren die übertragenen Vermögenswerte oder Beteiligungs- oder Mitgliedschaftsrechte an der Tochtergesellschaft veräussert werden; die Tochtergesellschaft kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen.112
3quater    Zwischen inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften, welche nach dem Gesamtbild der tatsächlichen Verhältnisse durch Stimmenmehrheit oder auf andere Weise unter einheitlicher Leitung einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zusammengefasst sind, können direkt oder indirekt gehaltene Beteiligungen von mindestens 20 Prozent am Grund- oder Stammkapital einer anderen Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft, Betriebe oder Teilbetriebe sowie Gegenstände des betrieblichen Anlagevermögens zu den bisher für die Gewinnsteuer massgeblichen Werten übertragen werden. Vorbehalten bleibt die Übertragung auf eine inländische Tochtergesellschaft nach Absatz 3 Buchstabe d.113 114
3quinquies    Werden im Fall einer Übertragung nach Absatz 3quater während der nachfolgenden fünf Jahre die übertragenen Vermögenswerte veräussert oder wird während dieser Zeit die einheitliche Leitung aufgegeben, so werden die übertragenen stillen Reserven im Verfahren nach Artikel 53 nachträglich besteuert. Die begünstigte juristische Person kann in diesem Fall entsprechende, als Gewinn versteuerte stille Reserven geltend machen. Die im Zeitpunkt der Sperrfristverletzung unter einheitlicher Leitung zusammengefassten inländischen Kapitalgesellschaften und Genossenschaften haften für die Nachsteuer solidarisch.115
4    Die Bestimmungen über Ersatzbeschaffungen (Art. 8 Abs. 4), über Abschreibungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. a), über Rückstellungen (Art. 10 Abs. 1 Bst. b) und über den Verlustabzug (Art. 10 Abs. 1 Bst. c) gelten sinngemäss.
4bis    Beim Ersatz von Beteiligungen können die stillen Reserven auf eine neue Beteiligung übertragen werden, sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals oder mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven der anderen Gesellschaft ausmacht und diese Beteiligung während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war.116
5    Leistungen, welche gemischtwirtschaftliche, im öffentlichen Interesse tätige Unternehmen überwiegend an nahe stehende Personen erbringen, sind zum jeweiligen Marktpreis, zu den jeweiligen Gestehungskosten zuzüglich eines angemessenen Aufschlages oder zum jeweiligen Endverkaufspreis abzüglich einer angemessenen Gewinnmarge zu bewerten; das Ergebnis eines jeden Unternehmens ist entsprechend zu berichtigen.
StHG) gleich umschrieben wie in Art. 669 Abs. 1
SR 220 Erste Abteilung: Allgemeine Bestimmungen Erster Titel: Die Entstehung der Obligationen Erster Abschnitt: Die Entstehung durch Vertrag
OR Art. 669
OR, und entspricht dem bundessteuerlichen Begriff der Rückstellung (Art. 63 Abs. 1 lit. a
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 63 Rückstellungen - 1 Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
1    Rückstellungen zu Lasten der Erfolgsrechnung sind zulässig für:
a  im Geschäftsjahr bestehende Verpflichtungen, deren Höhe noch unbestimmt ist;
b  Verlustrisiken, die mit Aktiven des Umlaufvermögens, insbesondere mit Waren und Debitoren, verbunden sind;
c  andere unmittelbar drohende Verlustrisiken, die im Geschäftsjahr bestehen;
d  künftige Forschungs- und Entwicklungsaufträge an Dritte bis zu 10 Prozent des steuerbaren Gewinnes, insgesamt jedoch höchstens bis zu 1 Million Franken.
2    Bisherige Rückstellungen werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.
und c DBG; vgl. vorn E. 2.5). Die Frage der Zulässigkeit (und Notwendigkeit) einer Rückstellung stellt sich daher in gleicher Weise wie im Bundessteuerrecht und ist gleich wie dort zu beantworten.
Schliesslich definieren Art. 28 Abs. 1bis
SR 642.14 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG) - Steuerharmonisierungsgesetz
StHG Art. 28 Besondere Fälle - 1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1    Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 10 Prozent am Grund- oder Stammkapital oder am Gewinn und an den Reserven einer anderen Gesellschaft beteiligt oder haben ihre Beteiligungsrechte einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrages aus den Beteiligungsrechten zum gesamten Reingewinn.142 Der Nettoertrag entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist.143
1bis    Die Kantone können die Ermässigung auf Kapitalgewinne aus Beteiligungen sowie auf Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten ausdehnen, wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war. Fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur gewährt werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.144
1ter    Bei der Berechnung der Ermässigung wird der Veräusserungserlös nur so weit berücksichtigt, als er die Gestehungskosten übersteigt. Wertberichtigungen sowie Abschreibungen auf den Gestehungskosten von Beteiligungen von mindestens 10 Prozent werden dem steuerbaren Gewinn zugerechnet, soweit sie nicht mehr begründet sind.145
1quater    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934146 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.147
6    Andere Ausnahmen von der ordentlichen Steuerberechnung gemäss Artikel 27 sind nicht zulässig.
StHG und § 72a Abs. 2 lit. b StG/ZH auch die Haltedauer für den Beteiligungsabzug gleich wie die entsprechende Vorschrift in Art. 70 Abs. 4 lit. b
SR 642.11 Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG)
DBG Art. 70 Nettoertrag aus Beteiligungen - 1 Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
1    Der Nettoertrag aus Beteiligungen nach Artikel 69 entspricht dem Ertrag dieser Beteiligungen abzüglich des darauf entfallenden Finanzierungsaufwandes und eines Beitrages von 5 Prozent zur Deckung des Verwaltungsaufwandes; der Nachweis des effektiven Verwaltungsaufwandes bleibt vorbehalten. Als Finanzierungsaufwand gelten Schuldzinsen sowie weiterer Aufwand, der wirtschaftlich den Schuldzinsen gleichzustellen ist. Zum Ertrag aus Beteiligungen gehören auch die Kapitalgewinne auf diesen Beteiligungen sowie die Erlöse aus dazugehörigen Bezugsrechten. Artikel 207a bleibt vorbehalten.154
2    Keine Beteiligungserträge sind:
a  ...
b  Erträge, die bei der leistenden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft geschäftsmässig begründeten Aufwand darstellen;
c  Aufwertungsgewinne auf Beteiligungen.
3    Der Ertrag aus einer Beteiligung wird bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt, soweit auf der gleichen Beteiligung zu Lasten des steuerbaren Reingewinns (Art. 58 ff.) keine Abschreibung vorgenommen wird, die mit diesem Ertrag im Zusammenhang steht.157
4    Kapitalgewinne werden bei der Berechnung der Ermässigung nur berücksichtigt:
a  soweit der Veräusserungserlös die Gestehungskosten übersteigt;
b  wenn die veräusserte Beteiligung mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals einer anderen Gesellschaft betrug oder einen Anspruch auf mindestens 10 Prozent des Gewinns und der Reserven einer anderen Gesellschaft begründete und während mindestens eines Jahres im Besitz der veräussernden Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft war; fällt die Beteiligungsquote infolge Teilveräusserung unter 10 Prozent, so kann die Ermässigung für jeden folgenden Veräusserungsgewinn nur beansprucht werden, wenn die Beteiligungsrechte am Ende des Steuerjahres vor dem Verkauf einen Verkehrswert von mindestens einer Million Franken hatten.159
5    Transaktionen, die im Konzern eine ungerechtfertigte Steuerersparnis bewirken, führen zu einer Berichtigung des steuerbaren Reingewinns oder zu einer Kürzung der Ermässigung. Eine ungerechtfertigte Steuerersparnis liegt vor, wenn Kapitalgewinne und Kapitalverluste oder Abschreibungen auf Beteiligungen im Sinne der Artikel 62, 69 und 70 in kausalem Zusammenhang stehen.160
6    Bei Konzernobergesellschaften von systemrelevanten Banken nach Artikel 7 Absatz 1 des Bankengesetzes vom 8. November 1934161 (BankG) werden für die Berechnung des Nettoertrags nach Absatz 1 der Finanzierungsaufwand und die Forderung in der Bilanz aus konzernintern weitergegebenen Mitteln nicht berücksichtigt, wenn diese Mittel aus Fremdkapitalinstrumenten nach den Artikeln 11 Absatz 4 oder 30b Absatz 6 oder 7 Buchstabe b BankG stammen, die von der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht im Hinblick auf die Erfüllung regulatorischer Erfordernisse genehmigt wurden.162
DBG (Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 16 ff. zu § 72a StG/ZH). Der Beteiligungsabzug kann somit auch bei den kantonalen Steuern nicht zugelassen werden.
Die Beschwerde ist auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern abzuweisen.

6.
Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
und 66 Abs. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Verfahren 2C 787/2012 und 2C 788/2012 werden vereinigt.

2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die direkte Bundessteuer abgewiesen.

3.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern abgewiesen.

4.
Die Gerichtskosten von Fr. 16'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.

5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 15. Januar 2013

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Wyssmann