Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

2C_164/2009
2C_165/2009
{T 0/2}

Arrêt du 13 août 2009
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Müller, Président,
Merkli, Karlen, Aubry Girardin et Donzallaz.
Greffier: M. Dubey.

Parties
A.X.________ et B.X.________, recourants, tous deux représentés par Berney & Associés SA,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise,
rue du Stand 26, case postale 3937, 1211 Genève 3.

Objet
Impôt sur les gains immobiliers 2003,

recours contre les arrêts du Tribunal administratif du canton de Genève du 17 février 2009.

Faits:

A.
X.________ était propriétaire d'un très important portefeuille immobilier qu'il a souhaité transmettre de son vivant à ses deux enfants, A.X.________ (ci-après: l'intéressé) et B.X.________ (ci-après: l'intéressée), demeurant tous deux dans le canton de Genève.

Les enfants entendant conserver lesdits immeubles dans leur sphère privée et n'être soumis qu'à l'impôt spécial en cas de revente éventuelle, X.________ a liquidé les différentes sociétés immobilières qu'il détenait avant de procéder à la donation.

Parmi ces sociétés, figuraient les SI C.________ et SI D.________, respectivement propriétaires des immeubles ** et **, rue de Y.________, à Genève, cadastrés sous les n° *****et ***** de la commune de Z.________. La juxtaposition des opérations de transformation et de liquidation desdites sociétés et de la donation entraînant une cascade d'impôts et de droits fiscaux, une convention fiscale a été conclue le 16 août 1999 (ci-après: la convention du 16 août 1999) entre la fiduciaire mandataire de X.________ - la société fiduciaire Berney & Associés S.A. - et l'Administration fiscale cantonale. Il était précisé en préambule de la convention du 16 août 1999 que X.________ conserverait l'usufruit de la totalité des objets donnés jusqu'à son décès. Les points convenus sont les suivants:
1. "X.________ continue à déclarer ses biens à titre professionnel, soit en établissant un bilan et un compte de résultats; les valeurs comptables demeurent celles en vigueur jusqu'ici.
2. X.________ déclare à titre professionnel, le résultat de la liquidation des sociétés immobilières, qui seront liquidées et radiées cette année encore, sous réserve d'une prolongation de la période transitoire.
3. B.X.________ et A.X.________ ne déclareront les mêmes immeubles que postérieurement au décès de leur père à leur valeur fiscale d'alors, soit plus précisément à la valeur fiscale de l'année du décès de X.________ , soit le plus souvent à la valeur déterminée par la capitalisation de l'état locatif.
4. L'administration ne fera pas valoir, au moment du décès de X.________ , un transfert de la fortune commerciale à la fortune privée.
5. X.________ ne fera jamais valoir les dispositions de l'article 10a de la loi générale sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 (LCP - D 3 05). Seules les dispositions de l'article 12 alinéa 4 LCP pourront être revendiquées. Demeure réservée la renonciation à l'usufruit.
6. En cas de vente d'un immeuble, du vivant de X.________, le résultat correspondra à la différence entre le prix de vente et la valeur comptable (voir point 1), toutefois augmentée des droits de donation.
7. En cas de vente d'un immeuble, ultérieurement au décès de X.________. mais dans un délai de huit ans à compter de maintenant (date de la donation), l'éventuel bénéfice sera imposé au taux de 15 % s'il s'agit d'un objet prélevé dans une SI dont la liquidation a bénéficié des articles 42 de la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM - D 3 15), 207 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11) et 189 loi sur les droits d'enregistrement du 9 octobre 1969 (LDE - D 3 30).
En ce qui concerne les autres immeubles, la date d'entrée en possession correspond à la date des donations".
La donation prévue a eu lieu le 18 février 2000. Par cet acte, les intéressés sont devenus propriétaires indivis, notamment, des immeubles sis ** et **, rue de Y.________, à Genève. Ils ont été inscrits comme propriétaires des immeubles concernés au registre foncier, le 22 mai 2000. X.________ est décédé le 7 mars 2001.

Le 6 octobre 2003, les intéressés ont vendu les immeubles précités pour un prix de 9'000'000 fr. à une fondation de prévoyance.

Dans leur déclaration d'impôt sur les bénéfices et les gains immobiliers, les intéressés ont chacun mentionné un gain immobilier imposable de 138'066 fr. calculé comme suit:
Valeur d'aliénation 1/2

4'500'000.-
Commission de vente

-72'360.-
Valeur nette d'aliénation

4'427'370.-
Valeur d'acquisition y c.
droits 1/2
4'299'969.-

Décompte acheteur-vendeur
- 10'665.-

Total
4'289'304.-
- 4'289'304.-
Gain immobilier imposable

138'066.-

B.
Par bordereau daté du 29 décembre 2005, l'Administration fiscale cantonale a fixé l'impôt sur les bénéfices et les gains immobiliers dû par chacun des contribuables à 67'555 fr. 50. Le gain imposable retenu était de 450'370 fr. Le calcul était le suivant:
Valeur d'aliénation 1/2

4'500'000.-
Commission de vente

- 72'000.-
Valeur nette d'aliénation

4'427'370.-
Valeur d'acquisition 1/2
3'880'000.-

Frais 2,5 %
97'000.-

Décompte acheteur-vendeur
0.-

Total
3'977'000.-
- 3'997'000.-
Gain immobilier imposable

450'370.-

Le taux d'imposition a été fixé à 15 %. La modification des montants retenus par rapport à la déclaration était justifiée par le fait que les immeubles concernés avaient été repris en nom propre suite à la liquidation de sociétés immobilières.

Par lettres du 30 janvier 2006, chacun des intéressés a déposé une réclamation. Ils contestaient la valeur d'acquisition retenue pour chaque immeuble qui n'était pas de 3'880'000 fr. mais de 4'231'609 fr. En effet, cette valeur correspondait, selon eux, à celle figurant dans l'acte de donation, à laquelle devait être ajouté le montant des droits de donation, de 68'360 fr. Le prix d'acquisition était en conséquence de 4'299'969 fr. et le bénéfice réalisé par chacun des vendeurs s'élevait à 127'401 fr.

Par décisions du 20 juin 2006, l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations. Les taxations étaient conformes à la convention du 16 août 1999 qui précisait qu'en cas de vente d'un immeuble après le décès de X.________, l'éventuel bénéfice immobilier serait imposé au taux de 15 % s'il s'agissait d'un objet prélevé dans une société immobilière dont la liquidation avait bénéficié d'un régime d'imposition favorable, comme c'était le cas en l'espèce. La valeur d'acquisition à prendre en considération était donc la valeur de sortie validée dans le cadre de cet accord (point 7, page 2 de la convention du 16 août 1999).

Les intéressés ont recouru le 4 juillet 2006 contre les décisions rendues le 20 juin 2006 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts (ci-après : la Commission cantonale de recours). Ils contestaient à nouveau la valeur d'acquisition des immeubles vendus.

Par décisions du 3 novembre 2008, la Commission cantonale de recours a rejeté les recours. Le 24 novembre 2008, les intéressés ont recouru auprès du Tribunal administratif contre ces décisions, concluant à leur annulation.

C.
Par arrêts du 17 février 2009, le Tribunal administratif a rejeté les recours des intéressés. Il a jugé que la dernière aliénation soumise à l'impôt sur les gains immobiliers résidait dans le transfert de la fortune commerciale dans la fortune privée du père au moment de la liquidation des sociétés immobilières. La donation aux intéressés ayant entraîné la prorogation de l'imposition n'avait eu lieu qu'ensuite. Il fallait donc calculer le gain en utilisant la valeur de sortie des immeubles des sociétés immobilières (respectivement la valeur d'entrée dans la fortune privée du père), comme l'avait dûment décidé l'Administration fiscale cantonale. Le point n° 4 de la convention du 16 août 1999 ne paralysait pas le mode de fixation de la valeur d'acquisition dans une vente ultérieure au décès de X.________ et le point n° 7 ne contenait aucune dérogation à la loi s'agissant de la valeur d'acquisition, puisqu'il n'avait pour but que de déroger au taux légal de 40% qui eût été applicable en l'espèce. Le début du délai de huit ans à la date de la donation prévu par le point n° 7 de la convention du 16 août 1999 correspondait au paragraphe 2 de la directive du 25 mars 1997 traitant de l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers
consécutifs à la revente d'immeubles repris en nom suite à la liquidation facilitée de sociétés immobilières. Les frais d'acquisition arrêtés à 97'000 fr. (2,5% de la valeur d'acquisition) par l'Administration fiscale cantonale, plus élevés que les impenses déclarées par les intéressés, correspondaient à la directive déjà citée et ne devaient pas faire l'objet d'une reformatio in pejus.

D.
Agissant séparément par la voie du recours en matière de droit public (recours 2C_164/2009 et 2C_165/2009), les intéressés demandent au Tribunal fédéral de constater que le Tribunal administratif s'est écarté de la teneur de la convention du 16 août 1999, de confirmer que les déclarations pour le gain immobilier ont été établies dans l'exact respect de la convention et d'annuler les arrêts rendus le 17 février 2009 par le Tribunal administratif et subséquemment les arrêts rendus le 3 novembre 2008 par la Commission cantonale de recours ainsi que les décisions rendues le 20 juin 2006 par l'Administration fiscale cantonale.

Le Tribunal administratif renonce à formuler des observations. L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet des recours sous suite de frais.

Considérant en droit:

1.
Dirigés contre deux mêmes arrêts, les deux recours reposent sur le même état de fait, exposent une argumentation similaire et contiennent des conclusions identiques. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (ATF 131 V 59 consid. 1 p. 60 s.).

2.
Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) rendue dans une cause de droit public (art. 82
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
lettre a LTF) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.

Les conclusions tendant à l'annulation des arrêts et décisions des instances précédant le Tribunal administratif sont toutefois irrecevables en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès de ce dernier (art. 54 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001, LPFisc; RSGE D 3 17).

3.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
a  du droit fédéral;
b  du droit international;
c  de droits constitutionnels cantonaux;
d  de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
e  du droit intercantonal.
LTF (cf. art. 105 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 105 Faits déterminants - 1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
1    Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente.
2    Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95.
3    Lorsque la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente.99
LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 99 - 1 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
1    Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
2    Toute conclusion nouvelle est irrecevable.
LTF).

En l'espèce, les recourants font référence à un courrier du 12 janvier 2004. Ce courrier et son contenu n'ont pas été retenus dans l'arrêt du Tribunal administratif. Les recourants ne démontrent pas en quoi le Tribunal administratif a constaté les faits de manière manifestement inexacte ou en violation du droit. Il s'agit par conséquent d'un fait nouveau irrecevable. Destinée à prouver ce fait, la production du courrier du 12 janvier 2004 est également irrecevable.

4.
4.1 Les aliénations du 6 octobre 2003, qui font l'objet des impositions cantonales litigieuses, ont eu lieu durant une période fiscale postérieure au 1er janvier 2001, soit après l'échéance du délai de huit ans prévu par l'art. 72 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) durant lequel les cantons devaient adapter leur droit cantonal aux dispositions des titres deuxième à sixième de la loi sur l'harmonisation fiscale. La loi sur l'harmonisation fiscale trouve par conséquent application en l'espèce (cf. art. 65
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
1    Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
2    Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
3    Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.
LHID).

4.2 D'après l'art. 106 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Il n'est limité ni par les arguments des parties ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut ainsi admettre un recours pour un autre motif que ceux invoqués devant lui ou rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de l'autorité attaquée (cf. ATF 133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254; 132 II 257 consid. 2.5 p. 262; 130 III 136 consid. 1.4 p. 140). D'après l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (ATF 134 II 207 consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF exige que l'acte de
recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (ATF 134 I 65 consid. 1.3 p. 67; 134 V 138 consid. 2.1 p. 143).

4.3 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 107 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF), ce qui a pour effet d'exclure toute reformatio in pejus également en matière de contributions publiques contrairement à ce qui prévalait sous l'empire de l'art 114 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
OJ (Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, Berne 2009, n° 2 ad art. 107
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 107 Arrêt - 1 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
1    Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties.
2    Si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Il peut également renvoyer l'affaire à l'autorité qui a statué en première instance.
3    Si le Tribunal fédéral considère qu'un recours en matière d'entraide pénale internationale ou d'assistance administrative internationale en matière fiscale est irrecevable, il rend une décision de non-entrée en matière dans les quinze jours qui suivent la fin d'un éventuel échange d'écritures. Dans le domaine de l'entraide pénale internationale, le Tribunal fédéral n'est pas lié par ce délai lorsque la procédure d'extradition concerne une personne dont la demande d'asile n'a pas encore fait l'objet d'une décision finale entrée en force.100
4    Le Tribunal fédéral statue sur tout recours contre une décision du Tribunal fédéral des brevets portant sur l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets101 dans le mois qui suit le dépôt du recours.102
LTF).

5.
5.1 D'après l'art. 8 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 8 Activité lucrative indépendante - 1 Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
1    Le produit de l'activité lucrative indépendante comprend également tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation, de la réévaluation comptable, du transfert dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger d'éléments de la fortune commerciale; en sont exclus les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles, dans la mesure où le produit de l'aliénation est supérieur aux dépenses d'investissement. L'art. 12, al. 4, est réservé.
2    La fortune commerciale comprend tous les éléments de la fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale, au moment de leur acquisition.44
2bis    Lorsqu'un immeuble de l'actif immobilisé est transféré de la fortune commerciale à la fortune privée, le contribuable peut demander que seule la différence entre les dépenses d'investissement et la valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu soit imposée au moment du transfert. Dans ce cas, les dépenses d'investissement tiennent lieu de nouvelle valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu et l'imposition du reste des réserves latentes à titre de revenu de l'activité lucrative indépendante est différée jusqu'à l'aliénation de l'immeuble.45
2ter    L'affermage d'une exploitation commerciale n'est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu'à la demande du contribuable.46
2quater    Lorsque, en cas de partage successoral, seule une partie des héritiers poursuit l'exploitation commerciale, ceux-ci peuvent demander que l'imposition des réserves latentes soit différée jusqu'à la réalisation ultérieure, pour autant que les valeurs déterminantes pour l'impôt sur le revenu soient reprises.47
2quinquies    Les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et les avantages appréciables en argent provenant d'actions, de parts à des sociétés à responsabilité limitée, de parts à des sociétés coopératives et de bons de participation ainsi que les bénéfices provenant de l'aliénation de tels droits de participation sont imposables, après déduction des charges imputables, à hauteur de 50 % lorsque ces droits de participation équivalent à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Les cantons peuvent prévoir une imposition plus élevée. L'imposition partielle n'est accordée sur les bénéfices d'aliénation que si les droits de participation sont restés propriété du contribuable ou de l'entreprise de personnes pendant un an au moins.48
3    Les réserves latentes d'une entreprise de personnes (entreprise individuelle, société de personnes) ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que cette entreprise reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le revenu:49
a  en cas de transfert d'éléments patrimoniaux à une autre entreprise de personnes;
b  en cas de transfert d'une exploitation ou d'une partie distincte d'exploitation à une personne morale;
c  en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à des restructurations au sens de l'art. 24, al. 3, ainsi que suite à des concentrations équivalant économiquement à des fusions.50
3bis    Lors d'une restructuration au sens de l'al. 3, let. b, les réserves latentes transférées font l'objet d'un rappel d'impôt selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, dans les cinq ans suivant la restructuration, des droits de participation ou des droits de sociétariat sont aliénés à un prix supérieur à la valeur fiscalement déterminante du capital propre transféré; la personne morale peut en ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.51
4    Lorsque des biens immobilisés nécessaires à l'exploitation sont remplacés, les réserves latentes de ces biens peuvent être reportées sur les biens immobilisés acquis en remploi, si ces biens sont également nécessaires à l'exploitation et se trouvent en Suisse. L'imposition en cas de remplacement d'immeubles par des biens mobiliers est réservée.52
LHID, dont la teneur est similaire à celle de l'art. 18 al. 2
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
de la loi fédérale du 12 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11), le produit de l'activité lucrative indépendante comprend notamment tous les bénéfices en capital provenant du transfert dans la fortune privée de la fortune commerciale.

5.2 Dans le canton de Genève, avant le 1er janvier 2001, si le bénéfice provenant de l'aliénation d'un bien immobilier n'était pas soumis à l'impôt sur le revenu en vertu de l'art. 16 al. 2 LCP, les art. 80 à 87 LCP, qui instituent un impôt sur les gains immobiliers, étaient applicables (art. 16 al. 2 et 3 ainsi que 80 à 87 de la loi générale du 9 novembre 1887 sur les contributions publiques dans leur teneur en vigueur avant le 1er janvier 2001; LCP; RSGE D 3 1). Depuis cette date, la matière est nouvellement régie par les art. 3 al. 2 et 10 lettre i de la loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques (impôt sur le revenu; LIPP-IV; RSGE D 3 14) ainsi que 80 à 97 LCP. Le canton de Genève a ainsi conservé le système dualiste d'imposition des gains immobiliers (Bernhard Zwahlen, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemein-den, Zweifel/Athanas éd., Bâle 2002, n° 4 art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID): les bénéfices en capital provenant du transfert dans la fortune privée d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante (art. 3 al. 2 LIPP-IV), tandis qu'en sont exonérés ceux qui sont réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée,
l'imposition des gains immobiliers étant alors réservée (art. 10 lettre i LIPP-IV).

5.3 A l'instar du régime transitoire en matière d'impôt fédéral direct facilitant la liquidation des sociétés immobilières (art. 207
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 207 Réduction de l'impôt en cas de liquidation de sociétés immobilières - 1 L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
1    L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
2    L'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
3    La liquidation et la radiation de la société immobilière doivent intervenir au plus tard au 31 décembre 2003.322
4    Lorsque l'actionnaire acquiert d'une société immobilière d'actionnaires-locataires, en propriété par étages et contre cession de ses droits de participation, la part de l'immeuble dont l'usage est lié aux droits cédés, l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé par la société est réduit de 75 % si la société a été fondée avant le 1er janvier 1995. En outre, le transfert de l'immeuble à l'actionnaire doit être inscrit au registre foncier au plus tard au 31 décembre 2003. À ces conditions, l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.323
LIFD), le canton de Genève a adopté l'art. 42 de la loi du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSGE D 3 15) qui prévoit que l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé lors du transfert d'un

immeuble à l'actionnaire par une société immobilière fondée avant le 1er janvier 1995 est réduit de 75% si la société est dissoute (al. 1) et que la liquidation et le dépôt de la réquisition de radiation de la société immobilière est intervenu au plus tard le 31 décembre 2003 (al. 3).

5.4 Selon la jurisprudence, les actifs de la fortune commerciale du commerçant d'immeubles demeurent commerciaux malgré l'écoulement du temps (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 in RDAF 2007 II p. 299 et les références citées). En outre, l'appartenance d'un bien à la fortune commerciale ou privée n'est pas modifiée par une dévolution successorale. Les actifs de la fortune commerciale du de cujus demeurent commerciaux auprès de ses héritiers (arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 in RDAF 2007 II p. 299 et les références citées). De même, l'appartenance à l'une ou l'autre fortune du contribuable n'a aucune espèce d'influence sur la liquidation privilégiée instituée par l'art. 207
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 207 Réduction de l'impôt en cas de liquidation de sociétés immobilières - 1 L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
1    L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
2    L'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
3    La liquidation et la radiation de la société immobilière doivent intervenir au plus tard au 31 décembre 2003.322
4    Lorsque l'actionnaire acquiert d'une société immobilière d'actionnaires-locataires, en propriété par étages et contre cession de ses droits de participation, la part de l'immeuble dont l'usage est lié aux droits cédés, l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé par la société est réduit de 75 % si la société a été fondée avant le 1er janvier 1995. En outre, le transfert de l'immeuble à l'actionnaire doit être inscrit au registre foncier au plus tard au 31 décembre 2003. À ces conditions, l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.323
LIFD (Bernard Rolli, Commentaire romand de la LIFD; n° 5 ad art. 207
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 207 Réduction de l'impôt en cas de liquidation de sociétés immobilières - 1 L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
1    L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
2    L'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
3    La liquidation et la radiation de la société immobilière doivent intervenir au plus tard au 31 décembre 2003.322
4    Lorsque l'actionnaire acquiert d'une société immobilière d'actionnaires-locataires, en propriété par étages et contre cession de ses droits de participation, la part de l'immeuble dont l'usage est lié aux droits cédés, l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé par la société est réduit de 75 % si la société a été fondée avant le 1er janvier 1995. En outre, le transfert de l'immeuble à l'actionnaire doit être inscrit au registre foncier au plus tard au 31 décembre 2003. À ces conditions, l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.323
LIFD; Dieter Weber, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, vol. I/2b, Zweifel/Athanas éd., 2e éd., Bâle 2008, n° 6 ad art. 207
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 207 Réduction de l'impôt en cas de liquidation de sociétés immobilières - 1 L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
1    L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
2    L'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
3    La liquidation et la radiation de la société immobilière doivent intervenir au plus tard au 31 décembre 2003.322
4    Lorsque l'actionnaire acquiert d'une société immobilière d'actionnaires-locataires, en propriété par étages et contre cession de ses droits de participation, la part de l'immeuble dont l'usage est lié aux droits cédés, l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé par la société est réduit de 75 % si la société a été fondée avant le 1er janvier 1995. En outre, le transfert de l'immeuble à l'actionnaire doit être inscrit au registre foncier au plus tard au 31 décembre 2003. À ces conditions, l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.323
LIFD; Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar DBG, Zurich 2003, n° 12 ad art. 207
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 207 Réduction de l'impôt en cas de liquidation de sociétés immobilières - 1 L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
1    L'impôt sur le bénéfice en capital réalisé, lors du transfert d'un immeuble à l'actionnaire, par une société immobilière fondée avant l'entrée en vigueur de la présente loi, est réduit de 75 %, si la société est dissoute.
2    L'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.
3    La liquidation et la radiation de la société immobilière doivent intervenir au plus tard au 31 décembre 2003.322
4    Lorsque l'actionnaire acquiert d'une société immobilière d'actionnaires-locataires, en propriété par étages et contre cession de ses droits de participation, la part de l'immeuble dont l'usage est lié aux droits cédés, l'impôt sur le bénéfice en capital réalisé par la société est réduit de 75 % si la société a été fondée avant le 1er janvier 1995. En outre, le transfert de l'immeuble à l'actionnaire doit être inscrit au registre foncier au plus tard au 31 décembre 2003. À ces conditions, l'impôt sur l'excédent de liquidation obtenu par l'actionnaire est réduit dans la même proportion.323
LIFD). En revanche, la donation d'un élément de la fortune commerciale implique son passage préalable dans la fortune privée du donateur, une aliénation à titre gratuit n'étant pas compatible avec le but lucratif d'une entreprise (Archives 59, 476 consid. 3b p. 480 s. ainsi que
les références citées; Yves Noël, Commentaire romand de la LIFD, n° 79 ad art. 18
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD; Richner/Frei/Kaufmann, op. cit., n° 86 ad art. 18
SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD)
LIFD Art. 18 Principe - 1 Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
1    Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante.
2    Tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l'activité lucrative indépendante. Le transfert d'éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée ou dans une entreprise ou un établissement stable sis à l'étranger est assimilé à une aliénation. La fortune commerciale comprend tous les éléments de fortune qui servent, entièrement ou de manière prépondérante, à l'exercice de l'activité lucrative indépendante; il en va de même pour les participations d'au moins 20 % au capital-actions ou au capital social d'une société de capitaux ou d'une société coopérative, dans la mesure où le détenteur les déclare comme fortune commerciale au moment de leur acquisition. L'art. 18b est réservé.30
3    L'art. 58 s'applique par analogie aux contribuables qui tiennent une comptabilité en bonne et due forme.
4    Les bénéfices provenant de l'aliénation d'immeubles agricoles ou sylvicoles ne sont ajoutés au revenu imposable que jusqu'à concurrence des dépenses d'investissement.
LIFD).

6.
6.1 D'après l'art. 12 al. 1
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses). Toute aliénation d'immeubles est imposable (art. 12 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID). Est assimilé à une aliénation le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable. L'art. 12 al. 2
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID assimile encore d'autres situations à une aliénation.

Selon l'art. 12 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
lettre a LHID, l'imposition est différée notamment en cas de transfert de propriété par succession (dévolution d'hérédité, partage successoral, legs), avancement d'hoirie ou donation. L'art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID contraint les cantons à percevoir un impôt sur les gains immobiliers et ne leur laisse aucune liberté pour décider des cas dans lesquels l'imposition doit être différée (F. Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, in Archives 61, 309 ss, p. 318). Ils sont en revanche libres d'adopter le barème de l'impôt sur les gains immobiliers (art. 1 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 1 But et champ d'application - 1 La présente loi désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit.
1    La présente loi désigne les impôts directs que les cantons doivent prélever et fixe les principes selon lesquels la législation cantonale les établit.
2    Pour les impôts que les cantons doivent prélever en vertu de l'art. 2, al. 1, la présente loi s'applique également aux communes dans la mesure où le droit cantonal leur accorde la compétence fiscale.
3    Lorsqu'aucune réglementation particulière n'est prévue, les impôts cantonaux et communaux sont établis en vertu du droit cantonal. Restent en particulier de la compétence des cantons la fixation des barèmes, celle des taux et celle des montants exonérés d'impôt.
LHID) sous réserve d'imposer plus lourdement les bénéfices réalisés à court terme (art. 12 al. 5
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID).

D'après l'art. 12 al. 4
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, les cantons peuvent percevoir l'impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale du contribuable, à condition que ces gains ne soient pas soumis à l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice ou que l'impôt sur les gains immobiliers soit déduit de l'impôt sur le revenu ou sur le bénéfice. Dans l'un et l'autre cas: a. les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers; b. le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.

6.2 Dans le canton de Genève, l'impôt sur les bénéfices et gains immobiliers a pour objet le bénéfice net provenant de l'aliénation d'immeubles ou de parts d'immeubles sis dans le canton, ainsi que certains gains que ces immeubles procurent sans aliénation (art. 80 al. 1 LCP). En omettant de préciser que l'aliénation imposable porte sur des immeubles ou parts d'immeubles faisant partie de la fortune privée du contribuable et en prévoyant que "le transfert d'un immeuble ou part d'immeuble [...] de la fortune commerciale dans la fortune privée est assimilé à une aliénation" (art. 80 al. 5 LCP), le canton de Genève fait usage de la faculté pour les cantons de percevoir l'impôt sur les gains immobiliers également sur les gains réalisés lors de l'aliénation d'immeubles faisant partie de la fortune commerciale.

D'après l'art. 81 al. 1 lettre b LCP, l'imposition est prorogée en cas d'aliénation notamment en raison d'avancement d'hoirie ou de donation, ce qui est conforme à l'art. 12 al. 3
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID.

La loi sur l'harmonisation fiscale ne définissant pas précisément l'objet de l'impôt, les cantons disposent d'une certaine marge de manoeuvre dans la manière de calculer le bénéfice (F. Zuppinger, op. cit., p. 321). Dans le canton de Genève, le bénéfice ou gain imposable est constitué par la différence entre la valeur d'aliénation et la valeur d'acquisition (art. 82 al. 1 LCP). La valeur d'acquisition est égale au prix payé pour l'acquisition du bien, augmentée des impenses, ou, à défaut de prix, à sa valeur vénale (art. 82 al. 2 LCP). Lors de l'aliénation d'un immeuble acquis par un transfert justifiant la prorogation de l'imposition, le prix d'acquisition est celui de la dernière aliénation soumise à l'impôt qui est aussi déterminante pour fixer la durée de possession (art. 82 al. 3 LCP). Enfin, lorsque l'immeuble appartient à une personne morale ou à une personne physique astreinte à tenir des livres dans les comptes de laquelle il figure, le bénéfice ou gain imposable correspond à la différence entre la valeur d'aliénation et le montant pour lequel l'immeuble figure dans les comptes. Les alinéas 2 à 5 et 8 de la présente disposition ne s'appliquent pas (art. 82 al. 9 LCP).

D'après l'art. 84 al. 1 LCP, l'impôt est perçu de l'aliénateur ou du bénéficiaire du gain sur le montant global du bénéfice ou du gain nets aux taux suivants: a) 50% lorsqu'il a été propriétaire des biens ou actifs immobiliers, ou titulaire des droits immobiliers (réels ou personnels) pendant moins de 2 ans; b) 40% lorsqu'il l'a été pendant 2 ans au moins, mais moins de 4 ans; c) 30% lorsqu'il l'a été pendant 4 ans au moins, mais moins de 6 ans; d) 20% lorsqu'il l'a été pendant 6 ans au moins, mais moins de 8 ans; e) 15% lorsqu'il l'a été pendant 8 ans au moins, mais moins de 10 ans; f) 10% lorsqu'il l'a été pendant 10 ans au moins, mais moins de 25 ans; g) 0% lorsqu'il l'a été pendant 25 ans et plus.

6.3 La prorogation de l'imposition signifie qu'un transfert constituant en soi un acte d'aliénation n'est cependant pas soumis à imposition. Tout se passe, sous l'angle de l'impôt sur les gains immobiliers, comme si le transfert n'avait pas eu lieu ou, en d'autres termes, comme s'il n'y avait pas eu réalisation d'un gain (ATF 100 Ia 209 consid. 2c p. 212). La prorogation n'implique toutefois pas une exemption définitive, qui serait d'ailleurs contraire à l'art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID (Bernhard Zwahlen, op. cit., n° 61 art. 12
SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID)
LHID Art. 12 - 1 L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
1    L'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable ou d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
2    Toute aliénation d'immeubles est imposable. Sont assimilés à une aliénation:
a  les actes juridiques qui ont les mêmes effets économiques qu'une aliénation sur le pouvoir de disposer d'un immeuble;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée à la fortune commerciale du contribuable;
c  la constitution de servitudes de droit privé sur un immeuble ou les restrictions de droit public à la propriété foncière, lorsque celles-ci limitent l'exploitation ou diminuent la valeur vénale de l'immeuble de manière durable et essentielle et qu'elles donnent lieu à une indemnité;
d  le transfert de participations à des sociétés immobilières qui font partie de la fortune privée du contribuable, dans la mesure où le droit cantonal en prévoit l'imposition;
e  les plus-values résultant de mesures d'aménagement au sens de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire83, obtenues indépendamment d'une aliénation dans la mesure où le droit cantonal les soumet à l'impôt sur les gains immobiliers.
3    L'imposition est différée:
a  les faits mentionnés aux art. 8, al. 3 et 4, et 24, al. 3 et 3quater, sont assimilés à des aliénations dont l'imposition est différée pour l'impôt sur les gains immobiliers;
b  le transfert de tout ou partie d'un immeuble de la fortune privée du contribuable dans sa fortune commerciale ne peut être assimilé à une aliénation.
c  en cas de remembrement opéré soit en vue d'un remaniement parcellaire, de l'établissement d'un plan de quartier, de rectification de limites ou d'arrondissement d'une aire agricole, soit dans le cadre d'une procédure d'expropriation ou en raison d'une expropriation imminente;
d  en cas d'aliénation totale ou partielle d'un immeuble agricole ou sylvicole, à condition que le produit de l'aliénation soit utilisé dans un délai raisonnable pour l'acquisition d'un immeuble de remplacement exploité par le contribuable lui-même ou pour l'amélioration d'immeubles agricoles ou sylvicoles appartenant au contribuable et exploités par lui-même;
e  en cas d'aliénation de l'habitation (maison ou appartement) ayant durablement et exclusivement servi au propre usage de l'aliénateur, dans la mesure où le produit ainsi obtenu est affecté, dans un délai approprié, à l'acquisition ou à la construction en Suisse d'une habitation servant au même usage.
5    Les cantons veillent à ce que les bénéfices réalisés à court terme soient imposés plus lourdement.
LHID, F. Zuppinger, op. cit., p. 318). L'augmentation de valeur qui s'est produite entre la dernière aliénation imposable et l'acte prorogeant l'imposition n'est provisoirement pas taxée; l'imposition est simplement différée jusqu'à nouvelle aliénation imposable, comme le prévoit l'art. 82 al. 3 LCP dans le canton de Genève.

7.
7.1 Dans les arrêts attaqués, le Tribunal administratif a constaté que la donation par laquelle X.________ a cédé ses immeubles à ses enfants le 18 février 2000 avait différé l'imposition des gains immobiliers. Cette aliénation ne pouvait par conséquent pas être prise en compte pour le calcul des impôts dus par les recourants sur les gains immobiliers provenant de la vente des immeubles le 6 octobre 2003. Le Tribunal administratif a considéré en revanche que la liquidation des sociétés immobilières avait eu pour conséquence de faire passer les immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée de X.________ et jugé qu'un tel transfert constituait la dernière aliénation soumise à l'impôt au sens de l'art. 82 al. 3 LCP. Le prix d'acquisition des immeubles en cause résultait par conséquent du transfert effectué lors de la liquidation et correspondait à la valeur comptable de sortie de la société immobilière.

Les recourants reprochent au Tribunal administratif d'avoir vu dans la liquidation des sociétés immobilières un transfert des immeubles appartenant à celles-ci dans la fortune privée de X.________. Ils soutiennent qu'un tel transfert n'a jamais eu lieu.

7.2 En l'espèce, les parties sont d'accord pour considérer que X.________ détenait les actions des sociétés immobilières en cause dans sa fortune commerciale tandis que les recourants détenaient les immeubles en cause dans leur fortune privée. Le Tribunal administratif a en outre dûment considéré que la donation du 18 février 2000 constituait une aliénation qui prorogeait l'imposition conformément à l'art. 81 al. 1 lettre b LCP.

En revanche, contrairement à ce qu'a jugé le Tribunal administratif, la liquidation des sociétés immobilières de X.________ en 1999 n'a pas eu pour effet de transférer dans sa fortune privée les immeubles qu'elles détenaient. En effet, l'appartenance à l'une ou l'autre fortune du contribuable n'ayant aucune influence sur la liquidation privilégiée (cf. consid. 5.4 ci-dessus), le caractère commercial des immeubles perdure sauf déclaration contraire de l'actionnaire devenant propriétaire direct. En l'espèce, non seulement une telle déclaration à l'adresse des autorités fiscales relative à un éventuel transfert d'une fortune à l'autre fait défaut mais encore X.________ a expressément déclaré maintenir le caractère commercial de ses immeubles en s'engageant à "continuer à déclarer ses biens à titre professionnel" (convention du 16 août 1999, point n° 1). Il s'ensuit qu'avant leur donation le 18 février 2000, les immeubles en cause étaient et sont restés des éléments de la fortune commerciale de X.________. On ne saurait toutefois en déduire, comme le font les recourants, que la dernière aliénation est intervenue plus de dix ans avant celle du 6 octobre 2003 ni que la valeur fiscale fixée cinq ans avant l'aliénation doit être
considérée comme valeur d'acquisition en application de l'art. 82 al. 5 LCP.

7.3 Dans leurs raisonnements respectifs, le Tribunal administratif et les recourants ont perdu de vue que la donation d'un élément de la fortune commerciale suppose son transfert préalable dans la fortune privée du donateur (cf. consid. 5.4 ci-dessus). X.________ ayant procédé le 18 février 2000 à la donation des immeubles qu'il détenait en propre depuis 1999 dans sa fortune commerciale, c'est au plus tard le 18 février 2000 que les immeubles sont passés de sa fortune commerciale dans sa fortune privée. Il est vrai que ni les faits établis par le Tribunal administratif dans les arrêts attaqués ni les dossiers ne font apparaître le prélèvement d'un quelconque impôt sur le bénéfice en capital provenant de ce transfert auprès de X.________ en l'an 2000. Il n'est pas nécessaire d'élucider ces faits du moment qu'une telle imposition n'a pas fait l'objet de la procédure cantonale de recours, s'écarte des conclusions des parties et ne saurait par conséquent être examinée d'office par le Tribunal fédéral (arrêts 2D_144/2008 du 23 mars 2009, consid. 3; 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées). Un éventuel effet de la convention du 16 août 1999 sur cette question sera examiné plus loin (cf. consid. 8 ci-
dessous).

Il suffit de retenir que la donation du 18 février 2000 a entraîné le passage des immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée de X.________ et que l'opinion des recourants selon laquelle il n'y a pas eu d'aliénation entraînant l'imposition durant les dix années qui ont précédé la vente des immeubles le 6 octobre 2003 doit être écartée. Dès lors, leurs conclusions tendant à ce que la valeur fiscale désignée par l'art. 82 al. 5 LCP soit utilisée comme valeur d'acquisition pour calculer l'assiette de l'impôt sur les gains immobiliers doivent être rejetées.

7.4 Dans les arrêts attaqués, le Tribunal administratif a jugé que le transfert des immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée de X.________ au moment de la liquidation des sociétés immobilières devait être assimilé à une aliénation en application de l'art. 80 al. 5 LCP et devait être considéré comme la dernière aliénation soumise à l'impôt au sens de l'art. 82 al. 3 LCP. Il a également jugé, sans mentionner l'art. 82 al. 9 LCP, que le prix payé lors de ce transfert ne pouvait correspondre qu'à la valeur de sortie des immeubles des sociétés immobilières (valeur comptable), ou autrement dit, à la valeur d'entrée dans le patrimoine privé de X.________, soit 3'880'000 fr.

Bien qu'elle considère à tort que la dernière aliénation soumise à l'impôt a eu lieu au moment de la liquidation des sociétés immobilières et non pas au moment de la donation, la solution du Tribunal administratif qui consiste à retenir comme prix d'acquisition la valeur de sortie des comptes des sociétés immobilières n'est pas critiquable. Au vu de la connexité dans le temps des deux opérations, il importe peu à cet égard que le transfert litigieux ait eu lieu juste avant la donation du 18 février 2000 plutôt qu'en 1999, lors de la liquidation des sociétés immobilières. C'est bien la valeur de sortie des immeubles des comptes des sociétés immobilières qui est déterminante. Le point n° 1 de la convention du 16 août 1999 prévoit en effet que:
"X.________ continue à déclarer ses biens à titre professionnel [...], les valeurs comptables demeurent celles en vigueur jusqu'ici".
Dans ces conditions, qui constituent pour partie une substitution de motifs, le Tribunal administratif pouvait juger que la valeur d'acquisition des immeubles par les recourants s'élevait à 3'880'000 fr.

8.
Les recourants soutiennent que le Tribunal administratif a violé la convention du 16 août 1999.

8.1 La confiance résultant d'un arrangement entre l'État et un particulier, qualifié de contrat de droit administratif, est d'abord et avant tout protégée par la force contraignante attachée à un tel acte (pacta sunt servanda); les obligations de l'État qui en découlent équivalent, en règle générale, à des droits acquis, qui ont la faculté de résister à un changement de législation ("Gesetzesbeständigkeit") et ne peuvent être modifiés que par voie d'expropriation, soit moyennant le versement d'une complète indemnité (cf. ATF 107 Ib 140, consid. 3a-b p. 144/145; récemment: arrêt 2P. 94/2006 du 16 mars 2007, consid. 3.3); le contrat de droit administratif offre donc des garanties supérieures à la seule protection de la bonne foi (cf. ATF 122 I 328 consid. 7a-c, p. 340/341 et les références citées; récemment: arrêt 2P. 94/2006 du 16 mars 2007, consid. 3.3).

S'il est généralement admis qu'il y a place pour le contrat de droit administratif là où la loi ne l'exclut pas expressément, il est néanmoins possible, dans certains cas, que le sens ou le but de la loi s'y oppose (cf. ATF 105 Ia 207 consid. 2a p. 209; 103 Ia 505 consid. p. 512; récemment: arrêt 2P. 94/2006 du 16 mars 2007, consid. 3.4 et les références citées). Il en va en particulier ainsi en matière fiscale. En effet, selon la jurisprudence, l'autorité fiscale est liée par le principe de la légalité de ses actes. Elle n'a de ce fait pas la compétence de conclure des conventions ayant un effet contractuel d'où dériveraient des droits, des obligations ou qui prévoiraient la renonciation à des droits, comme en droit privé. Elle ne peut établir des conditions spéciales en raison de l'intérêt public ou pour simplifier une procédure fiscale que dans les cas expressément prévus par la loi, laquelle garantit l'égalité de traitement vis-à-vis des autres contribuables dans une même situation. Les conventions sans base légale, voire contraires à la loi, sont nulles et ne sauraient par conséquent avoir d'effet contraignant. Il n'est fait exception à cette règle que dans les cas où la base légale serait incertaine et pour autant que
l'autorité procède selon la règle que le législateur aurait adoptée s'il avait voulu expressément prendre en considération le cas d'espèce, ainsi que lorsque l'établissement des faits est impossible ou difficile. Pourtant, même lorsque la convention entre l'autorité fiscale et le contribuable est nulle, il n'est pas exclu que le contribuable puisse invoquer sa bonne foi (Archives 63, 661, consid. 5a p. 670; arrêt 2A.53/1998 du 12 novembre 1998 in RDAF 1999 II p. 97, consid. 7b.aa, p. 106 s.; Danielle Yersin, Commentaire romand de la LIFD; n ° 88 ss ad Remarques préliminaires).

8.2 En l'espèce, ni le droit fédéral ni le droit cantonal n'autorisaient l'existence d'un arrangement entre l'autorité fiscale et X.________ sur les questions de droit soulevées par la présente cause, sinon celle de fait arrêtant la valeur des biens professionnels aux valeurs comptables en vigueur jusqu'ici (point n° 1 de la convention du 16 août 1999). Les autres hypothèses réservées par la jurisprudence ne sont pas non plus réalisées en l'espèce. Au demeurant, les points de la convention du 16 août 1999 que les recourants invoquent à l'appui de leurs conclusions sont contraires au droit.

Il en va ainsi du point de la convention du 16 août 1999 relatif au moment auquel a eu lieu le transfert des immeubles de la fortune commerciale dans la fortune privée. Il a été jugé que ce transfert a eu lieu juste avant la donation (cf. consid. 5.4 et 7.3 ci-dessus). Par conséquent, les recourants ne peuvent s'appuyer sur cette dernière pour affirmer tout à la fois que X.________ détenait ses immeubles dans sa fortune commerciale jusqu'à son décès alors qu'eux-mêmes les introduisaient dans leur fortune privée (mémoire de recours, p. 5): Le point n° 4 de dite convention, par lequel l'Administration fiscale s'engageait à ne pas faire valoir de transfert de la fortune commerciale dans la fortune privée au moment du décès de X.________, doit à cet égard être considéré comme sans objet. Les immeubles en cause ont fait partie de la fortune privée de X.________ de son vivant au plus tard une seconde avant leur donation. Ils sont resté dans cette fortune jusqu'à son décès. Ils sont par conséquent ipso jure entrés dans la fortune privée des recourants (cf. consid. 5.4 ci-dessus).

Les recourants ne peuvent pas non plus prétendre tirer un avantage du point n° 7 de la convention du 16 août 1999, en affirmant que, sans cette clause fixant le taux d'imposition à 15%, le taux applicable eût été de 0% conformément à l'art. 84 al. 1 lettre g LCP lorsque le propriétaire a été propriétaire des biens pendant 25 ans ou plus. Leur raisonnement omet le transfert de propriété en 1999 entre les sociétés immobilières et X.________. Conformément à l'interdiction de la reformatio in pejus (cf. consid. 4.3 ci-dessus), il n'y a toutefois pas lieu d'examiner si un taux plus élevé aurait dû être retenu.

Contraires aux règles légales et à la jurisprudence y relative, les points de la convention du 16 août 1999 que les recourants invoquent à l'appui de leurs conclusions sont sans pertinence. Leurs griefs sur ces points doivent donc être rejetés.

8.3 Pour le surplus, les recourants n'invoquent ni l'art. 9
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 9 Protection contre l'arbitraire et protection de la bonne foi - Toute personne a le droit d'être traitée par les organes de l'État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi.
Cst. ni la protection de leur bonne foi. Ils n'exposent pas en quoi seraient remplies l'ensemble des conditions posées par la jurisprudence (cf. à ce sujet: ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 636 et les références citées) pour que le fisc respecte, le cas échéant, ses engagements. Faute d'être motivés conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF, leurs recours sont irrecevables sur ce point.

9.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours dans la mesure où ils sont recevables. Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
et 66
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). Ils n'ont pas droit à des dépens (art. 68
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les recours en matière de droit public 2C_164/2009 et 2C_165/2009 sont joints.

2.
Les recours 2C_164/2009 et 2C_165/2009 sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.

3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge des recourants, chacun pour moitié.

4.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 13 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Müller Dubey