Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

1C 507/2021

Arrêt du 13 juin 2022

Ire Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Kneubühler, Président,
Chaix et Pont Veuthey, Juge suppléante.
Greffière : Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure
A.________ SA,
B.________ Sàrl,
C.________ SA,
toutes les trois représentées par Me Julien Pacot, avocat,
recourantes,

contre

D.________ SA, représentée par Me Yves Jeanrenaud, avocat,
E.________,
intimés,

F.________,
G.________,
H.________ SA, tous les trois représentés par
Me François Bellanger, avocat,
personnes concernées,

Département du territoire d u canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8,

Objet
Autorisation de construire,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton
de Genève, Chambre administrative, du 29 juin 2021 (ATA/680/2021 - A/4305/2019-LCI).

Faits :

A.
E.________ est propriétaire de la parcelle n° 383, sise en zone 3, sur la commune de Genève-Petit-Saconnex. Le 7 juin 2017, il a obtenu une autorisation préalable de construire portant sur la construction d'un immeuble de logements avec surfaces commerciales au rez sur cette parcelle. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours.
Le 12 octobre 2018, D.________ SA a déposé, pour le compte de E.________, une demande d'autorisation de construire définitive portant sur la construction d'un immeuble de logements avec surface artisanale et parking souterrain sur la parcelle n° 383. Le formulaire relatif à cette requête mentionnait notamment dans la rubrique "Sols, sous-sols et déchets" qu'aucune installation ou construction d'un objet destiné à occuper le sous-sol de façon permanente ou provisoire n'était prévue.
Plusieurs préavis ont été recueillis dans le cadre de l'instruction de cette demande, notamment un préavis favorable sous conditions et avec souhaits du Service de géologie, sols et déchets (ci-après: GESDEC) du 13 novembre 2018, relevant que des constructions profondes à plusieurs étages en sous-sol ou pénétrant de plus de 4 m en-dessous du niveau naturel du terrain étaient nécessaires en vue de la réalisation du projet de construction et que plusieurs documents devraient encore être fournis en vue de l'ouverture du chantier, notamment un rapport géotechnique précisant les méthodes constructives choisies en fonction du projet du bâtiment et des conditions géologiques et hydrogéologiques locales.
Donnant suite aux demandes du Département du territoire du canton de Genève (ci-après: le Département), vu les différents préavis émis par la Commission d'architecture (CA), le GESDEC, la Ville de Genève et l'Office cantonal des transports (OCT), la requérante a produit des documents et apporté des modifications au projet initial.
Par décision du 21 octobre 2019, le Département a délivré l'autorisation de construire: les droits des tiers demeuraient réservés et les conditions figurant dans les divers préavis, notamment celui de la CA, de l'OCT et du GESDEC faisaient partie intégrante de l'autorisation, étant précisé que les préavis de la Ville n'étaient pas mentionnés; les réserves figurant sur cette autorisation primaient sur les plans visés ne varietur.

B.
A.________ SA, B.________ Sàrl et C.________ SA (ci-après: A.________ SA et consorts), copropriétaires des parcelles voisines nos 377, 379 et 380, ont interjeté un recours auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI) contre l'autorisation préalable de construire du 7 juin 2017 et contre l'autorisation de construire du 21 octobre 2019.
F.________, G.________ et H.________ SA (ci-après: F.________ et consorts), propriétaires des parcelles voisines respectivement n° 387, 382 et 384, ont aussi interjeté recours auprès du TAPI contre l'autorisation du 21 octobre 2019.
Par décision incidente du 24 février 2020, le TAPI a joint les causes. Par jugement du 4 novembre 2020, le TAPI a déclaré irrecevables les recours interjetés par A.________ SA et consorts contre l'autorisation préalable de construire, pour cause de tardiveté; il a rejeté les recours de F.________ et consorts et de A.________ SA et consorts contre l'autorisation de construire du 21 octobre 2019.

C.
A.________ et consorts ont recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre le jugement du 4 novembre 2020. Par arrêt du 29 juin 2021, la Cour de justice a rejeté le recours.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 29 juin 2021 et l'autorisation de construire du 21 octobre 2019.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département, E.________ et D.________ SA concluent au rejet du recours. F.________ et consorts s'en remettent à justice. Les recourantes ont répliqué. Le Département a dupliqué.
Par ordonnance du 4 octobre 2021, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif, présentée par les recourantes.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
1    Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Tribunal administratif fédéral;
b  du Tribunal pénal fédéral;
c  de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
d  des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
2    Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
3    Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.
LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
b  les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
c  les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
c1  l'entrée en Suisse,
c2  une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
c3  l'admission provisoire,
c4  l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
c5  les dérogations aux conditions d'admission,
c6  la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
d  les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
d1  par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
d2  par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
e  les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
f  les décisions en matière de marchés publics:
fbis  les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
f1  si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
f2  si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
g  les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
h  les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
i  les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
j  les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
k  les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
l  les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
m  les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
n  les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
n1  l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
n2  l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
n3  les permis d'exécution;
o  les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
p  les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
p1  une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
p2  un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
p3  un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
q  les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
q1  l'inscription sur la liste d'attente,
q2  l'attribution d'organes;
r  les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
s  les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
s1  ...
s2  la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
t  les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
u  les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
v  les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
w  les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
x  les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
y  les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
z  les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.
LTF n'étant réalisée. Les recourantes ont pris part à la procédure devant l'instance précédente. En tant que copropriétaires de parcelles directement voisines de l'autorisation de construire litigieuse, elles sont particulièrement touchées par l'arrêt attaqué. Elles peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elles bénéficient dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
1    A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
a  a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
b  est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
c  a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
2    Ont aussi qualité pour recourir:
a  la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
b  l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
c  les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
d  les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
3    En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.
LTF.
Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière.

2.
Le litige porte désormais uniquement sur la validité de l'autorisation de construire en lien avec l'éventuelle nécessité pour la constructrice d'effectuer des reprises en sous-sol affectant les parcelles des recourantes.

3.
Les recourantes se plaignent d'une appréciation arbitraire des preuves.

3.1. Garanti à l'art. 29 al. 2
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
1    Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
2    Les parties ont le droit d'être entendues.
3    Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.
Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité tombe dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 143 IV 500 consid. 1.1). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al.
2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF (ATF 146 I 62 consid. 3).

3.2. En l'espèce, les recourantes reprochent, dans un premier temps, à la cour cantonale d'avoir considéré que les éléments versés au dossier indiquaient que la construction projetée ne portait que sur la parcelle n° 383. Elles soutiennent au contraire que le projet de construction implique nécessairement une reprise en sous-oeuvre et donc, la réalisation de travaux sur les parcelles leur appartenant et ne serait pas limité à la parcelle n° 383.
A l'instar du Département et du TAPI, la cour cantonale a considéré qu'à ce stade, le dossier ne permettait pas d'établir si le projet de construction impliquait la réalisation de travaux en sous-oeuvre sur d'autres parcelles: l'autorisation de construire comportait les réserves nécessaires à cet égard, tant par la référence au préavis du GESDEC du 13 novembre 2018 que par la réserve des droits de tiers. D'une part, il ressort en effet du préavis favorable sous conditions du GESDEC que, compte tenu de l'emprise en profondeur du projet, un rapport géotechnique précisant les mesures constructives en fonction de la nature des terrains devra être élaboré et transmis au GESDEC au minimum 30 jours avant l'ouverture du chantier; ce rapport devra permettre de préciser les méthodes constructives choisies en fonction du projet du bâtiment et des conditions géologiques et hydrogéologiques locales: un formulaire d'annonce de forage devra en outre être fourni 48 h avant le début des forages, le relevé géologique des forages et leur plan de position devront aussi être produits un mois après la fin des travaux de forage. La cour cantonale a ainsi conclu que le chantier ne sera pas autorisé si les documents en question n'étaient pas fournis.
D'autre part, l'instance précédente a précisé que, comme l'autorisation de construire réservait expressément les droits des tiers, dont font partie les recourantes, en cas d'empiètement sur leurs parcelles, celles- là conservaient la possibilité de faire valoir leurs droits, notamment sur le plan civil. La cour cantonale a par ailleurs exposé que le fait que les plans de coupes et gabarits n'aient pas été visés ne varietur, à l'inverse des autres plans de construction, confirmait que l'ouverture du chantier ne saurait être autorisée tant que les conditions nécessaires n'étaient pas remplies; en ces circonstances, une demande d'autorisation de construire complémentaire pourrait s'avérer nécessaire afin de s'assurer de la conformité du projet de construction en question à l'autorisation de construire; une telle demande pouvait effectivement être déposée en vue de la modification d'une autorisation principale en vigueur, pour laquelle l'attestation de conformité n'avait pas encore été adressée au Département ou pour laquelle le permis d'occuper n'avait pas encore été délivré; tel était le cas en l'occurrence, contrairement aux allégations des recourantes; de plus, si la modification devait s'avérer d'une plus grande ampleur, elle
pourrait être traitée comme une demande nouvelle et distincte.
Dans ces circonstances particulières, l'avis d'un ingénieur civil que les recourantes ont mandaté - selon lequel il ne serait pas possible de réaliser le sous-sol du bâtiment sans une reprise en sous-oeuvre sur des parcelles voisines -, simple allégué de partie (ATF 142 II 355 consid. 6), ne saurait à lui seul rendre insoutenable l'appréciation des preuves opérée par la cour cantonale. Quant aux plans d'installation de chantier produits (lesquels annoncent des travaux sur les parcelles n°s 370, 377 et 379) mis en avant par les recourantes, ils n'ont pas été visés ne varietur, dès lors qu'ils avaient uniquement pour but de traiter des aménagements et installations provisoires mis en place durant le chantier. Les recourantes ne parviennent donc pas à démontrer que la Cour de justice aurait procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en retenant que les éléments versés au dossier indiquaient que la construction projetée, soit celle d'un immeuble de logements avec surface artisanale et parking souterrain, ne portait que sur la parcelle n° 383.

3.3. Dans un second temps, les recourantes font grief à la Cour de justice d'avoir fait fi des expertises de l'ingénieur civil qu'elles avaient mandaté en affirmant qu'aucune des trois variantes mentionnées dans le rapport du bureau d'ingénieurs I.________ et J.________ du 31 janvier 2020 - que D.________ SA avait produit - n'avait été sélectionnée.
Les recourantes perdent toutefois de vue que la Cour de justice s'est expressément référée à ce rapport. Il ressort de ce rapport que trois variantes étaient envisageables, soit un sous-oeuvre classique (variante A), une micro berlinoise avec un blindage en béton projeté (variante B) ou d'autres types de soutènement, tel un jetting, selon les engins à disposition de l'entreprise, la faisabilité, la sécurité et les coûts (variante C) : des sondages complémentaires, voire un forage, seraient effectués afin de connaître les caractéristiques du sol nécessaires au contrôle d'exécution de la variante choisie. La cour cantonale en a déduit qu'à ce stade et contrairement aux allégations des recourantes, aucune variante n'avait encore été décidée; il ne saurait donc être retenu qu'une variante sera préférée à une autre, et en inférer les éventuels effets anticipés sans disposer des informations permettant d'en apprécier la portée; ainsi, le projet de construction envisagé ne valait actuellement que dans la mesure où il avait été autorisé et sous réserve que la constructrice satisfasse aux conditions fixées par celle-ci, en particulier dans le préavis du GESDEC précité. La cour cantonale a donc exposé de manière soutenable pourquoi, à ce
stade, elle n'était pas en mesure de sélectionner une des variantes.
Mal fondé, le grief d'appréciation arbitraire des preuves doit être écarté.

4.
Les recourantes se plaignent aussi d'une violation de la garantie de la propriété (art. 26 al. 1
SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999
Cst. Art. 26 Garantie de la propriété - 1 La propriété est garantie.
1    La propriété est garantie.
2    Une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété qui équivaut à une expropriation.
Cst.). Ce grief se confond toutefois avec le grief traité au consid. 3, dans la mesure où il part de la prémisse que les parcelles des recourantes seraient concernées par le projet de construction litigieux. Comme il a été établi que l'autorisation de construire litigieuse ne portait que sur la parcelle n° 383 (voir consid. 3), le grief de violation de la propriété doit être écarté.

5.
Les recourantes font enfin valoir une application arbitraire des art. 2, 9 et 11 du règlement genevois d'application de la loi sur les constructions et installations du 27 février 1978 (RCI; RSG L 5 05.01). Elles ne motivent cependant que la violation de l'art. 9 RCI.

5.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (ATF 141 I 172 consid. 4.3.1 et les références citées).
Les griefs de violation de dispositions cantonales sont soumis à des exigences de motivation accrue (art. 106 al. 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
LTF); il appartient dans ce contexte à la partie recourante de citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et de démontrer en quoi celles-ci auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8; 133 IV 286 consid. 1.4).

5.2. Selon l'art. 9 al. 7 RCI, pour les constructions profondes, à plusieurs étages en sous-sol ou pénétrant de plus de 4 m en dessous du niveau naturel du terrain, il est exigé un rapport géotechnique précisant le niveau et la direction d'écoulement des nappes d'eau de faible importance (let. a), les méthodes d'exécution des enceintes d'encagement avec détail des fiches en profondeur et des ouvrages annexes tels qu'ancrages et pieux (plan et profil détaillés (let. b), le type et la position des ouvrages de régularisation des écoulements souterrains (let. c).

5.3. En l'occurrence, les recourantes soutiennent d'abord que les documents sollicités par le GESDEC auraient déjà dû être produits durant l'instruction de la requête en autorisation et non uniquement avant l'ouverture du chantier. Le Département a expliqué à ce sujet qu'il était usuel de ne produire les documents qu'avant l'ouverture du chantier, vu les analyses à effectuer au préalable qui s'avéreraient inutiles en l'absence de garantie de l'obtention du permis de construire et engendreraient alors des coûts et une perte de temps; ces analyses détaillées ne remettront en aucun cas en cause le bien-fondé de l'autorisation de construire, mais détermineront uniquement les modalités de l'exécution du chantier. Les recourantes n'exposent pas en quoi ce raisonnement apparaîtrait insoutenable.
Les recourantes se plaignent aussi de ce que la cour cantonale leur a rappelé qu'en cas d'empiètement sur leurs parcelles, elles conservaient la possibilité de faire valoir leurs droits notamment sur le plan civil. Elles prétendent qu'il s'agirait d'un blanc-seing en faveur de l'autorité qui viderait de sa substance les normes du droit de la construction. Elles perdent toutefois de vue que l'art. 3 al. 6
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
1    Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
2    Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses (LCI; RSG L 5 05) réserve les droits des tiers. Il ne s'avère dès lors pas arbitraire de relever que la confirmation du bien-fondé d'un permis de construire par les juridictions administratives ne signifie pas l'absence de possibilité d'agir sur le plan civil. Si, en fin de compte, des constructions permanentes sont projetées sur les parcelles voisines, alors une requête en autorisation de construire complémentaire devra les précéder. Dans ce cadre, le Département a expliqué que les recourantes pourront aussi agir sur le plan administratif, en refusant de signer la requête en autorisation de construire complémentaire ou en exigeant du Département de prononcer un arrêt de chantier et une remise en état si de telles constructions devaient être réalisées sans
autorisation. A nouveau, on ne voit pas en quoi cette argumentation serait arbitraire.
Quoi qu'en disent les recourantes, l'autorisation de construire litigieuse ne contient pas trois variantes, mais prévoit uniquement la construction sur la parcelle n° 383 (sans empiètement sur d'autres parcelles). Toute variante qui n'y correspondrait pas devra alors faire l'objet d'une requête complémentaire au sens de l'art. 10A RCI.
Enfin, s'agissant de la possibilité de déposer une demande d'autorisation de construire complémentaire, les recourants partent de la prémisse erronée que l'autorisation de construire initiale serait viciée. Il ressort cependant des considérants précédents que tel n'est pas le cas. Le Département a expliqué à cet égard qu'il n'était pas rare qu'un projet de construction, bien qu'autorisé car répondant aux règles de police des constructions, s'avère en définitive irréalisable, en raison de problématique de statique non identifiée lors de l'élaboration du projet; il peut arriver que ce n'est que lors de l'élaboration des plans d'exécution, plus précis et impliquant le respect des aspects constructifs en matière de statique et de technique - du ressort et de la responsabilité des ingénieurs civils que le Département n'a pas pour vocation de contrôler - ou encore lors du chantier que des problématiques de statique sont identifiées; lorsque des modifications ou compléments doivent être apportés à un projet, ceux-ci - selon leur étendue et importance - nécessitent alors l'obtention d'une autorisation complémentaire au sens de l'art. 10A RCI; cette procédure permet de légères adaptations du projet sans formalisme excessif. Là encore, les
recourantes ne parviennent pas à démontrer le caractère insoutenable de ce raisonnement.
Par conséquent, le grief d'appréciation arbitraire du RCI doit être rejeté.

6.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Les recourantes, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 65 Frais judiciaires - 1 Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
1    Les frais judiciaires comprennent l'émolument judiciaire, l'émolument pour la copie de mémoires, les frais de traduction, sauf d'une langue officielle à une autre, et les indemnités versées aux experts et aux témoins.
2    L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière.
3    Son montant est fixé en règle générale:
a  entre 200 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 200 et 100 000 francs dans les autres contestations.
4    Il est fixé entre 200 et 1000 francs, indépendamment de la valeur litigieuse, dans les affaires qui concernent:
a  des prestations d'assurance sociale;
b  des discriminations à raison du sexe;
c  des litiges résultant de rapports de travail, pour autant que la valeur litigieuse ne dépasse pas 30 000 francs;
d  des litiges concernant les art. 7 et 8 de la loi du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés24.
5    Si des motifs particuliers le justifient, le Tribunal fédéral peut majorer ces montants jusqu'au double dans les cas visés à l'al. 3 et jusqu'à 10 000 francs dans les cas visés à l'al. 4.
et 66
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
1    En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
2    Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
3    Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
4    En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
5    Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.
LTF). L'intimée D.________ SA, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge des recourantes (art. 68 al. 1
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
et 2
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
1    Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
2    En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
3    En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
4    L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
5    Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.
LTF). L'intimé E.________ qui s'est simplement joint aux déterminations de D.________ SA n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourantes.

3.
Une indemnité de dépens de 3'000 francs est allouée à l'intimée D.________ SA, à la charge des recourantes.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes et de D.________ SA, à E.________, au Département du territoire du canton de Genève, au mandataire de F.________, de G.________ et de H.________ SA ainsi qu'à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève.

Lausanne, le 13 juin 2022
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Kneubühler

La Greffière : Tornay Schaller