Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

1C 507/2021

Arrêt du 13 juin 2022

Ire Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Kneubühler, Président,
Chaix et Pont Veuthey, Juge suppléante.
Greffière : Mme Tornay Schaller.

Participants à la procédure
A.________ SA,
B.________ Sàrl,
C.________ SA,
toutes les trois représentées par Me Julien Pacot, avocat,
recourantes,

contre

D.________ SA, représentée par Me Yves Jeanrenaud, avocat,
E.________,
intimés,

F.________,
G.________,
H.________ SA, tous les trois représentés par
Me François Bellanger, avocat,
personnes concernées,

Département du territoire d u canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8,

Objet
Autorisation de construire,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton
de Genève, Chambre administrative, du 29 juin 2021 (ATA/680/2021 - A/4305/2019-LCI).

Faits :

A.
E.________ est propriétaire de la parcelle n° 383, sise en zone 3, sur la commune de Genève-Petit-Saconnex. Le 7 juin 2017, il a obtenu une autorisation préalable de construire portant sur la construction d'un immeuble de logements avec surfaces commerciales au rez sur cette parcelle. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours.
Le 12 octobre 2018, D.________ SA a déposé, pour le compte de E.________, une demande d'autorisation de construire définitive portant sur la construction d'un immeuble de logements avec surface artisanale et parking souterrain sur la parcelle n° 383. Le formulaire relatif à cette requête mentionnait notamment dans la rubrique "Sols, sous-sols et déchets" qu'aucune installation ou construction d'un objet destiné à occuper le sous-sol de façon permanente ou provisoire n'était prévue.
Plusieurs préavis ont été recueillis dans le cadre de l'instruction de cette demande, notamment un préavis favorable sous conditions et avec souhaits du Service de géologie, sols et déchets (ci-après: GESDEC) du 13 novembre 2018, relevant que des constructions profondes à plusieurs étages en sous-sol ou pénétrant de plus de 4 m en-dessous du niveau naturel du terrain étaient nécessaires en vue de la réalisation du projet de construction et que plusieurs documents devraient encore être fournis en vue de l'ouverture du chantier, notamment un rapport géotechnique précisant les méthodes constructives choisies en fonction du projet du bâtiment et des conditions géologiques et hydrogéologiques locales.
Donnant suite aux demandes du Département du territoire du canton de Genève (ci-après: le Département), vu les différents préavis émis par la Commission d'architecture (CA), le GESDEC, la Ville de Genève et l'Office cantonal des transports (OCT), la requérante a produit des documents et apporté des modifications au projet initial.
Par décision du 21 octobre 2019, le Département a délivré l'autorisation de construire: les droits des tiers demeuraient réservés et les conditions figurant dans les divers préavis, notamment celui de la CA, de l'OCT et du GESDEC faisaient partie intégrante de l'autorisation, étant précisé que les préavis de la Ville n'étaient pas mentionnés; les réserves figurant sur cette autorisation primaient sur les plans visés ne varietur.

B.
A.________ SA, B.________ Sàrl et C.________ SA (ci-après: A.________ SA et consorts), copropriétaires des parcelles voisines nos 377, 379 et 380, ont interjeté un recours auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI) contre l'autorisation préalable de construire du 7 juin 2017 et contre l'autorisation de construire du 21 octobre 2019.
F.________, G.________ et H.________ SA (ci-après: F.________ et consorts), propriétaires des parcelles voisines respectivement n° 387, 382 et 384, ont aussi interjeté recours auprès du TAPI contre l'autorisation du 21 octobre 2019.
Par décision incidente du 24 février 2020, le TAPI a joint les causes. Par jugement du 4 novembre 2020, le TAPI a déclaré irrecevables les recours interjetés par A.________ SA et consorts contre l'autorisation préalable de construire, pour cause de tardiveté; il a rejeté les recours de F.________ et consorts et de A.________ SA et consorts contre l'autorisation de construire du 21 octobre 2019.

C.
A.________ et consorts ont recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre le jugement du 4 novembre 2020. Par arrêt du 29 juin 2021, la Cour de justice a rejeté le recours.

D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 29 juin 2021 et l'autorisation de construire du 21 octobre 2019.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département, E.________ et D.________ SA concluent au rejet du recours. F.________ et consorts s'en remettent à justice. Les recourantes ont répliqué. Le Département a dupliqué.
Par ordonnance du 4 octobre 2021, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif, présentée par les recourantes.

Considérant en droit :

1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 90 Endentscheide - Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen.
LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 86 Vorinstanzen im Allgemeinen - 1 Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
1    Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide:
a  des Bundesverwaltungsgerichts;
b  des Bundesstrafgerichts;
c  der unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen;
d  letzter kantonaler Instanzen, sofern nicht die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig ist.
2    Die Kantone setzen als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen.
3    Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen.
LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 82 Grundsatz - Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden:
a  gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts;
b  gegen kantonale Erlasse;
c  betreffend die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen sowie betreffend Volkswahlen und -abstimmungen.
LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 83 Ausnahmen - Die Beschwerde ist unzulässig gegen:
a  Entscheide auf dem Gebiet der inneren oder äusseren Sicherheit des Landes, der Neutralität, des diplomatischen Schutzes und der übrigen auswärtigen Angelegenheiten, soweit das Völkerrecht nicht einen Anspruch auf gerichtliche Beurteilung einräumt;
b  Entscheide über die ordentliche Einbürgerung;
c  Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend:
c1  die Einreise,
c2  Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt,
c3  die vorläufige Aufnahme,
c4  die Ausweisung gestützt auf Artikel 121 Absatz 2 der Bundesverfassung und die Wegweisung,
c5  Abweichungen von den Zulassungsvoraussetzungen,
c6  die Verlängerung der Grenzgängerbewilligung, den Kantonswechsel, den Stellenwechsel von Personen mit Grenzgängerbewilligung sowie die Erteilung von Reisepapieren an schriftenlose Ausländerinnen und Ausländer;
d  Entscheide auf dem Gebiet des Asyls, die:
d1  vom Bundesverwaltungsgericht getroffen worden sind, ausser sie betreffen Personen, gegen die ein Auslieferungsersuchen des Staates vorliegt, vor welchem sie Schutz suchen,
d2  von einer kantonalen Vorinstanz getroffen worden sind und eine Bewilligung betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt;
e  Entscheide über die Verweigerung der Ermächtigung zur Strafverfolgung von Behördenmitgliedern oder von Bundespersonal;
f  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen, wenn:
fbis  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Verfügungen nach Artikel 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 200963;
f1  sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt; vorbehalten bleiben Beschwerden gegen Beschaffungen des Bundesverwaltungsgerichts, des Bundesstrafgerichts, des Bundespatentgerichts, der Bundesanwaltschaft sowie der oberen kantonalen Gerichtsinstanzen, oder
f2  der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgebenden Schwellenwert nach Artikel 52 Absatz 1 in Verbindung mit Anhang 4 Ziffer 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 201961 über das öffentliche Beschaffungswesen nicht erreicht;
g  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse, wenn sie eine nicht vermögensrechtliche Angelegenheit, nicht aber die Gleichstellung der Geschlechter betreffen;
h  Entscheide auf dem Gebiet der internationalen Amtshilfe, mit Ausnahme der Amtshilfe in Steuersachen;
i  Entscheide auf dem Gebiet des Militär-, Zivil- und Zivilschutzdienstes;
j  Entscheide auf dem Gebiet der wirtschaftlichen Landesversorgung, die bei schweren Mangellagen getroffen worden sind;
k  Entscheide betreffend Subventionen, auf die kein Anspruch besteht;
l  Entscheide über die Zollveranlagung, wenn diese auf Grund der Tarifierung oder des Gewichts der Ware erfolgt;
m  Entscheide über die Stundung oder den Erlass von Abgaben; in Abweichung davon ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide über den Erlass der direkten Bundessteuer oder der kantonalen oder kommunalen Einkommens- und Gewinnsteuer, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder es sich aus anderen Gründen um einen besonders bedeutenden Fall handelt;
n  Entscheide auf dem Gebiet der Kernenergie betreffend:
n1  das Erfordernis einer Freigabe oder der Änderung einer Bewilligung oder Verfügung,
n2  die Genehmigung eines Plans für Rückstellungen für die vor Ausserbetriebnahme einer Kernanlage anfallenden Entsorgungskosten,
n3  Freigaben;
o  Entscheide über die Typengenehmigung von Fahrzeugen auf dem Gebiet des Strassenverkehrs;
p  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts auf dem Gebiet des Fernmeldeverkehrs, des Radios und des Fernsehens sowie der Post betreffend:68
p1  Konzessionen, die Gegenstand einer öffentlichen Ausschreibung waren,
p2  Streitigkeiten nach Artikel 11a des Fernmeldegesetzes vom 30. April 199769,
p3  Streitigkeiten nach Artikel 8 des Postgesetzes vom 17. Dezember 201071;
q  Entscheide auf dem Gebiet der Transplantationsmedizin betreffend:
q1  die Aufnahme in die Warteliste,
q2  die Zuteilung von Organen;
r  Entscheide auf dem Gebiet der Krankenversicherung, die das Bundesverwaltungsgericht gestützt auf Artikel 3472 des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 200573 (VGG) getroffen hat;
s  Entscheide auf dem Gebiet der Landwirtschaft betreffend:
s1  ...
s2  die Abgrenzung der Zonen im Rahmen des Produktionskatasters;
t  Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung;
u  Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (Art. 125-141 des Finanzmarktinfrastrukturgesetzes vom 19. Juni 201576);
v  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts über Meinungsverschiedenheiten zwischen Behörden in der innerstaatlichen Amts- und Rechtshilfe;
w  Entscheide auf dem Gebiet des Elektrizitätsrechts betreffend die Plangenehmigung von Starkstromanlagen und Schwachstromanlagen und die Entscheide auf diesem Gebiet betreffend Enteignung der für den Bau oder Betrieb solcher Anlagen notwendigen Rechte, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt;
x  Entscheide betreffend die Gewährung von Solidaritätsbeiträgen nach dem Bundesgesetz vom 30. September 201680 über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981, ausser wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt oder aus anderen Gründen ein besonders bedeutender Fall vorliegt;
y  Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts in Verständigungsverfahren zur Vermeidung einer den anwendbaren internationalen Abkommen im Steuerbereich nicht entsprechenden Besteuerung;
z  Entscheide betreffend die in Artikel 71c Absatz 1 Buchstabe b des Energiegesetzes vom 30. September 201683 genannten Baubewilligungen und notwendigerweise damit zusammenhängenden in der Kompetenz der Kantone liegenden Bewilligungen für Windenergieanlagen von nationalem Interesse, wenn sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt.
LTF n'étant réalisée. Les recourantes ont pris part à la procédure devant l'instance précédente. En tant que copropriétaires de parcelles directement voisines de l'autorisation de construire litigieuse, elles sont particulièrement touchées par l'arrêt attaqué. Elles peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elles bénéficient dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 89 Beschwerderecht - 1 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
1    Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer:
a  vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat;
b  durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist; und
c  ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat.
2    Zur Beschwerde sind ferner berechtigt:
a  die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann;
b  das zuständige Organ der Bundesversammlung auf dem Gebiet des Arbeitsverhältnisses des Bundespersonals;
c  Gemeinden und andere öffentlich-rechtliche Körperschaften, wenn sie die Verletzung von Garantien rügen, die ihnen die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt;
d  Personen, Organisationen und Behörden, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
3    In Stimmrechtssachen (Art. 82 Bst. c) steht das Beschwerderecht ausserdem jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist.
LTF.
Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière.

2.
Le litige porte désormais uniquement sur la validité de l'autorisation de construire en lien avec l'éventuelle nécessité pour la constructrice d'effectuer des reprises en sous-sol affectant les parcelles des recourantes.

3.
Les recourantes se plaignent d'une appréciation arbitraire des preuves.

3.1. Garanti à l'art. 29 al. 2
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 29 Allgemeine Verfahrensgarantien - 1 Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
1    Jede Person hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist.
2    Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör.
3    Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité tombe dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (ATF 143 IV 500 consid. 1.1). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al.
2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF (ATF 146 I 62 consid. 3).

3.2. En l'espèce, les recourantes reprochent, dans un premier temps, à la cour cantonale d'avoir considéré que les éléments versés au dossier indiquaient que la construction projetée ne portait que sur la parcelle n° 383. Elles soutiennent au contraire que le projet de construction implique nécessairement une reprise en sous-oeuvre et donc, la réalisation de travaux sur les parcelles leur appartenant et ne serait pas limité à la parcelle n° 383.
A l'instar du Département et du TAPI, la cour cantonale a considéré qu'à ce stade, le dossier ne permettait pas d'établir si le projet de construction impliquait la réalisation de travaux en sous-oeuvre sur d'autres parcelles: l'autorisation de construire comportait les réserves nécessaires à cet égard, tant par la référence au préavis du GESDEC du 13 novembre 2018 que par la réserve des droits de tiers. D'une part, il ressort en effet du préavis favorable sous conditions du GESDEC que, compte tenu de l'emprise en profondeur du projet, un rapport géotechnique précisant les mesures constructives en fonction de la nature des terrains devra être élaboré et transmis au GESDEC au minimum 30 jours avant l'ouverture du chantier; ce rapport devra permettre de préciser les méthodes constructives choisies en fonction du projet du bâtiment et des conditions géologiques et hydrogéologiques locales: un formulaire d'annonce de forage devra en outre être fourni 48 h avant le début des forages, le relevé géologique des forages et leur plan de position devront aussi être produits un mois après la fin des travaux de forage. La cour cantonale a ainsi conclu que le chantier ne sera pas autorisé si les documents en question n'étaient pas fournis.
D'autre part, l'instance précédente a précisé que, comme l'autorisation de construire réservait expressément les droits des tiers, dont font partie les recourantes, en cas d'empiètement sur leurs parcelles, celles- là conservaient la possibilité de faire valoir leurs droits, notamment sur le plan civil. La cour cantonale a par ailleurs exposé que le fait que les plans de coupes et gabarits n'aient pas été visés ne varietur, à l'inverse des autres plans de construction, confirmait que l'ouverture du chantier ne saurait être autorisée tant que les conditions nécessaires n'étaient pas remplies; en ces circonstances, une demande d'autorisation de construire complémentaire pourrait s'avérer nécessaire afin de s'assurer de la conformité du projet de construction en question à l'autorisation de construire; une telle demande pouvait effectivement être déposée en vue de la modification d'une autorisation principale en vigueur, pour laquelle l'attestation de conformité n'avait pas encore été adressée au Département ou pour laquelle le permis d'occuper n'avait pas encore été délivré; tel était le cas en l'occurrence, contrairement aux allégations des recourantes; de plus, si la modification devait s'avérer d'une plus grande ampleur, elle
pourrait être traitée comme une demande nouvelle et distincte.
Dans ces circonstances particulières, l'avis d'un ingénieur civil que les recourantes ont mandaté - selon lequel il ne serait pas possible de réaliser le sous-sol du bâtiment sans une reprise en sous-oeuvre sur des parcelles voisines -, simple allégué de partie (ATF 142 II 355 consid. 6), ne saurait à lui seul rendre insoutenable l'appréciation des preuves opérée par la cour cantonale. Quant aux plans d'installation de chantier produits (lesquels annoncent des travaux sur les parcelles n°s 370, 377 et 379) mis en avant par les recourantes, ils n'ont pas été visés ne varietur, dès lors qu'ils avaient uniquement pour but de traiter des aménagements et installations provisoires mis en place durant le chantier. Les recourantes ne parviennent donc pas à démontrer que la Cour de justice aurait procédé à une appréciation anticipée arbitraire des preuves en retenant que les éléments versés au dossier indiquaient que la construction projetée, soit celle d'un immeuble de logements avec surface artisanale et parking souterrain, ne portait que sur la parcelle n° 383.

3.3. Dans un second temps, les recourantes font grief à la Cour de justice d'avoir fait fi des expertises de l'ingénieur civil qu'elles avaient mandaté en affirmant qu'aucune des trois variantes mentionnées dans le rapport du bureau d'ingénieurs I.________ et J.________ du 31 janvier 2020 - que D.________ SA avait produit - n'avait été sélectionnée.
Les recourantes perdent toutefois de vue que la Cour de justice s'est expressément référée à ce rapport. Il ressort de ce rapport que trois variantes étaient envisageables, soit un sous-oeuvre classique (variante A), une micro berlinoise avec un blindage en béton projeté (variante B) ou d'autres types de soutènement, tel un jetting, selon les engins à disposition de l'entreprise, la faisabilité, la sécurité et les coûts (variante C) : des sondages complémentaires, voire un forage, seraient effectués afin de connaître les caractéristiques du sol nécessaires au contrôle d'exécution de la variante choisie. La cour cantonale en a déduit qu'à ce stade et contrairement aux allégations des recourantes, aucune variante n'avait encore été décidée; il ne saurait donc être retenu qu'une variante sera préférée à une autre, et en inférer les éventuels effets anticipés sans disposer des informations permettant d'en apprécier la portée; ainsi, le projet de construction envisagé ne valait actuellement que dans la mesure où il avait été autorisé et sous réserve que la constructrice satisfasse aux conditions fixées par celle-ci, en particulier dans le préavis du GESDEC précité. La cour cantonale a donc exposé de manière soutenable pourquoi, à ce
stade, elle n'était pas en mesure de sélectionner une des variantes.
Mal fondé, le grief d'appréciation arbitraire des preuves doit être écarté.

4.
Les recourantes se plaignent aussi d'une violation de la garantie de la propriété (art. 26 al. 1
SR 101 Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999
BV Art. 26 Eigentumsgarantie - 1 Das Eigentum ist gewährleistet.
1    Das Eigentum ist gewährleistet.
2    Enteignungen und Eigentumsbeschränkungen, die einer Enteignung gleichkommen, werden voll entschädigt.
Cst.). Ce grief se confond toutefois avec le grief traité au consid. 3, dans la mesure où il part de la prémisse que les parcelles des recourantes seraient concernées par le projet de construction litigieux. Comme il a été établi que l'autorisation de construire litigieuse ne portait que sur la parcelle n° 383 (voir consid. 3), le grief de violation de la propriété doit être écarté.

5.
Les recourantes font enfin valoir une application arbitraire des art. 2, 9 et 11 du règlement genevois d'application de la loi sur les constructions et installations du 27 février 1978 (RCI; RSG L 5 05.01). Elles ne motivent cependant que la violation de l'art. 9 RCI.

5.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (ATF 141 I 172 consid. 4.3.1 et les références citées).
Les griefs de violation de dispositions cantonales sont soumis à des exigences de motivation accrue (art. 106 al. 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
LTF); il appartient dans ce contexte à la partie recourante de citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et de démontrer en quoi celles-ci auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. ATF 136 II 489 consid. 2.8; 133 IV 286 consid. 1.4).

5.2. Selon l'art. 9 al. 7 RCI, pour les constructions profondes, à plusieurs étages en sous-sol ou pénétrant de plus de 4 m en dessous du niveau naturel du terrain, il est exigé un rapport géotechnique précisant le niveau et la direction d'écoulement des nappes d'eau de faible importance (let. a), les méthodes d'exécution des enceintes d'encagement avec détail des fiches en profondeur et des ouvrages annexes tels qu'ancrages et pieux (plan et profil détaillés (let. b), le type et la position des ouvrages de régularisation des écoulements souterrains (let. c).

5.3. En l'occurrence, les recourantes soutiennent d'abord que les documents sollicités par le GESDEC auraient déjà dû être produits durant l'instruction de la requête en autorisation et non uniquement avant l'ouverture du chantier. Le Département a expliqué à ce sujet qu'il était usuel de ne produire les documents qu'avant l'ouverture du chantier, vu les analyses à effectuer au préalable qui s'avéreraient inutiles en l'absence de garantie de l'obtention du permis de construire et engendreraient alors des coûts et une perte de temps; ces analyses détaillées ne remettront en aucun cas en cause le bien-fondé de l'autorisation de construire, mais détermineront uniquement les modalités de l'exécution du chantier. Les recourantes n'exposent pas en quoi ce raisonnement apparaîtrait insoutenable.
Les recourantes se plaignent aussi de ce que la cour cantonale leur a rappelé qu'en cas d'empiètement sur leurs parcelles, elles conservaient la possibilité de faire valoir leurs droits notamment sur le plan civil. Elles prétendent qu'il s'agirait d'un blanc-seing en faveur de l'autorité qui viderait de sa substance les normes du droit de la construction. Elles perdent toutefois de vue que l'art. 3 al. 6
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 106 Rechtsanwendung - 1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
1    Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an.
2    Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist.
de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses (LCI; RSG L 5 05) réserve les droits des tiers. Il ne s'avère dès lors pas arbitraire de relever que la confirmation du bien-fondé d'un permis de construire par les juridictions administratives ne signifie pas l'absence de possibilité d'agir sur le plan civil. Si, en fin de compte, des constructions permanentes sont projetées sur les parcelles voisines, alors une requête en autorisation de construire complémentaire devra les précéder. Dans ce cadre, le Département a expliqué que les recourantes pourront aussi agir sur le plan administratif, en refusant de signer la requête en autorisation de construire complémentaire ou en exigeant du Département de prononcer un arrêt de chantier et une remise en état si de telles constructions devaient être réalisées sans
autorisation. A nouveau, on ne voit pas en quoi cette argumentation serait arbitraire.
Quoi qu'en disent les recourantes, l'autorisation de construire litigieuse ne contient pas trois variantes, mais prévoit uniquement la construction sur la parcelle n° 383 (sans empiètement sur d'autres parcelles). Toute variante qui n'y correspondrait pas devra alors faire l'objet d'une requête complémentaire au sens de l'art. 10A RCI.
Enfin, s'agissant de la possibilité de déposer une demande d'autorisation de construire complémentaire, les recourants partent de la prémisse erronée que l'autorisation de construire initiale serait viciée. Il ressort cependant des considérants précédents que tel n'est pas le cas. Le Département a expliqué à cet égard qu'il n'était pas rare qu'un projet de construction, bien qu'autorisé car répondant aux règles de police des constructions, s'avère en définitive irréalisable, en raison de problématique de statique non identifiée lors de l'élaboration du projet; il peut arriver que ce n'est que lors de l'élaboration des plans d'exécution, plus précis et impliquant le respect des aspects constructifs en matière de statique et de technique - du ressort et de la responsabilité des ingénieurs civils que le Département n'a pas pour vocation de contrôler - ou encore lors du chantier que des problématiques de statique sont identifiées; lorsque des modifications ou compléments doivent être apportés à un projet, ceux-ci - selon leur étendue et importance - nécessitent alors l'obtention d'une autorisation complémentaire au sens de l'art. 10A RCI; cette procédure permet de légères adaptations du projet sans formalisme excessif. Là encore, les
recourantes ne parviennent pas à démontrer le caractère insoutenable de ce raisonnement.
Par conséquent, le grief d'appréciation arbitraire du RCI doit être rejeté.

6.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Les recourantes, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 65 Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
1    Die Gerichtskosten bestehen in der Gerichtsgebühr, der Gebühr für das Kopieren von Rechtsschriften, den Auslagen für Übersetzungen, ausgenommen solche zwischen Amtssprachen, und den Entschädigungen für Sachverständige sowie für Zeugen und Zeuginnen.
2    Die Gerichtsgebühr richtet sich nach Streitwert, Umfang und Schwierigkeit der Sache, Art der Prozessführung und finanzieller Lage der Parteien.
3    Sie beträgt in der Regel:
a  in Streitigkeiten ohne Vermögensinteresse 200-5000 Franken;
b  in den übrigen Streitigkeiten 200-100 000 Franken.
4    Sie beträgt 200-1000 Franken und wird nicht nach dem Streitwert bemessen in Streitigkeiten:
a  über Sozialversicherungsleistungen;
b  über Diskriminierungen auf Grund des Geschlechts;
c  aus einem Arbeitsverhältnis mit einem Streitwert bis zu 30 000 Franken;
d  nach den Artikeln 7 und 8 des Behindertengleichstellungsgesetzes vom 13. Dezember 200223.
5    Wenn besondere Gründe es rechtfertigen, kann das Bundesgericht bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr über die Höchstbeträge hinausgehen, jedoch höchstens bis zum doppelten Betrag in den Fällen von Absatz 3 und bis zu 10 000 Franken in den Fällen von Absatz 4.
et 66
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 66 Erhebung und Verteilung der Gerichtskosten - 1 Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
1    Die Gerichtskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn die Umstände es rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben.
2    Wird ein Fall durch Abstandserklärung oder Vergleich erledigt, so kann auf die Erhebung von Gerichtskosten ganz oder teilweise verzichtet werden.
3    Unnötige Kosten hat zu bezahlen, wer sie verursacht.
4    Dem Bund, den Kantonen und den Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen dürfen in der Regel keine Gerichtskosten auferlegt werden, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis, ohne dass es sich um ihr Vermögensinteresse handelt, das Bundesgericht in Anspruch nehmen oder wenn gegen ihre Entscheide in solchen Angelegenheiten Beschwerde geführt worden ist.
5    Mehrere Personen haben die ihnen gemeinsam auferlegten Gerichtskosten, wenn nichts anderes bestimmt ist, zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung zu tragen.
LTF). L'intimée D.________ SA, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge des recourantes (art. 68 al. 1
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
et 2
SR 173.110 Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG) - Bundesgerichtsgesetz
BGG Art. 68 Parteientschädigung - 1 Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
1    Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden zu ersetzen sind.
2    Die unterliegende Partei wird in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei nach Massgabe des Tarifs des Bundesgerichts alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen.
3    Bund, Kantonen und Gemeinden sowie mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen wird in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen, wenn sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen.
4    Artikel 66 Absätze 3 und 5 ist sinngemäss anwendbar.
5    Der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung wird vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen.
LTF). L'intimé E.________ qui s'est simplement joint aux déterminations de D.________ SA n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.
Le recours est rejeté.

2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourantes.

3.
Une indemnité de dépens de 3'000 francs est allouée à l'intimée D.________ SA, à la charge des recourantes.

4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes et de D.________ SA, à E.________, au Département du territoire du canton de Genève, au mandataire de F.________, de G.________ et de H.________ SA ainsi qu'à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève.

Lausanne, le 13 juin 2022
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Kneubühler

La Greffière : Tornay Schaller